4CJSA

Interrogating hiv integrase for compounds that bind- a sampl challenge
Total Genus 55
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
55
sequence length
153
structure length
148
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Interrogating HIV Integrase for Compounds that Bind- a Sampl Challenge.
pubmed doi rcsb
molecule tags Transferase
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule keywords INTEGRASE
total genus 55
structure length 148
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-12-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4cjsA00
3SCXA 5CYQA 1BL3A 3L2UA 2WOMA 4KRFA 1ITGA 3QEVA 2DFFA 1NK7A 4DFPA 5HRSA 4DF8A 2BDPA 1QSSA 4E7LA 2YV0X 4CGFA 1EXQA 4RW9A 1SL0A 4O55A 3HSTB 4Z4CA 2P5OA 3OS0A 2WONA 4OVLA 3AVNA 3NH2A 3TANA 2IGIA 3THVA 4H8KA 1SKRA 3NE6A 2VG5A 1D9FA 4C8KA 3V6DA 3V9XA 3ZSOA 3K5MA 4AHCA 4CGIA 1FXXA 3VQ8A 4CGGA 1X1PA 1KTQA 4UQGA 3VQBA 1RBTA 1RTIA 3K57A 4DSLA 1WSJA 4W5RA 4DTJA 4CJKA 4IG3A 1BHLA 4F8RA 2F96A 4O0IA 3SUOA 3TR8A 2PY5A 1NK9A 3VQEA 3QEIA 4I2PA 1YT3A 3M8SA 3U6FA 4CF9A 1FK9A 3CM6A 4CHYA 1WAJA 2IDOA 4R5PA 4W5TA 1KFSA 3BGRA 3PX6A 3SI6A 4F2SA 2KTQA 3KLGA 4GW6A 1TGOA 3B6PA 2GBZA 1TAUA 5FDLA 3L2RA 4DLEA 1C0UA 4W5NA 3KD1E 2EHGA 4CHNA 4DQIA 3KKRA 1HYSA 2ZE2A 3DRPA 3AO1A 1TL3A 3QO9A 1RTHA 4N76A 2HHVA 4ID5A 3WNFA 3PO4A 3TAQA 2YKMA 1TKDA 4H4MA 1GOBA 3VQ9A 2HB5A 4CJSA 4XIUA 4M3UA 4ZTFA 4CJQA 1RDDA 4RW8A 4KPYA 4CJ3A 2P51A 3HT3A 3NHGA 1BI4B 4LSLA 1NK6A 4OPJA 3MEDA 4I7FA 3OYNA 4DLGA 1GOAA 4B8AB 4DFMA 4E19A 3SQ1A 2KZZA 4FJLA 3HM9A 2D0BA 4CFAA 4KHSA 3V9ZA 3DM2A 1KFDA 3E01A 4EZ6A 4FYDA 4LY7A 3S3NA 2HHQA 2X6SA 3B6OA 3LDSA 3V9SA 1C1BA 3DOKA 1KVBA 2HNZA 3U3GA 1WSGA 4PQUA 3AV9A 5HP1A 2W42A 4HUFA 4DU3A 1U04A 2IAJA 3V1OA 3ASMA 5HRNA 1C6VA 3AO2A 4N56A 3OYLA 4FCYA 4FM0A 1T7PA 3JYTA 1BIZA 4E1MA 1C1CA 4E3SA 1B9DA 3SQ2A 1NK0A 1VSLA 2JGUA 1TV6A 3F73A 1LWFA 4AH9A 3JSMA 2X74A 4KHYA 4Z4GA 4CJRA 3L3VA 4JRQA 2HVIA 4OJRA 2OPQA 3RRGA 2IOCA 4C8OA 3CFRA 3LPTA 1HNVA 1K6YA 5E41A 3RWUA 2FBXA 3K2PA 5J2NA 5KGWA 4C8MA 3WNGA 1S1TA 3PO5A 4CJFA 4Y1DA 4CHZA 1RT5A 2E6LA 3DRRA 3UIQA 3L8BA 4FJKA 3KK3A 4F3TA 1BISA 2O4GA 3RMAA 1IKVA 4KTQA 4CEFA 1TAQA 2XY5A 2E4LA 5EU7A 3DRSA 1U48A 4B3OA 1LWCA 2HHXA 1HMVA 5CYMA 3T1AA 3ZSZA 4FK4A 4CIFA 1XWLA 4B9LA 2ETJA 1X9MA 4F4KA 1Q8IA 3P5JA 1LWEA 1T03A 4Q5VA 3TAPA 2B5JA 4Z0UA 1UA0A 4B9NA 4FZYA 4KHQA 5HRPA 5KRTA 4DS4A 2RPIA 2YHAA 3HPHA 3KJVA 3SZ2A 4CGHA 1ASVA 4BE1A 1ZBFA 4CEZA 1WSFA 4BE0A 1IH7A 3TAMA 4DS5A 3U3YA 2HHWA 3QNOA 4FW1A 1HYZA 1VSMA 3HPOA 4DTOA 4NCGA 3ITHA 4RW7A 1RT6A 3AVGA 1BCMA 3M8QA 4AHRA 2ATQA 5C25A 3LZJA 3VA3A 2PYLA 3VQ6A 3QNNA 3LZIA 3SYZA 1JLFA 4KTWA 3V4IA 3T3FA 2O4IA 3KLFA 4K8XA 1L3SA 3PX0A 4HCCA 3DYAA 1J9AA 3HP9A 3LWMA 3HXMA 4FJ8A 3M8RA 3AO3A 1HPZA 1VSFA 3P83D 1L3VA 3ZT2A 2YHBA 3OYDA 4LH4A 4B9UA 4YNQA 3QINA 1X9WA 1KLNA 1IKXA 5J2QA 3VQ7A 3L2VA 4CJ5A 1S9GA 4FK2A 3KLIA 3KK2A 4CJPA 1VSIA 4B9TA 4ELVA 1DTQA 2E6MA 3AA2A 1SV5A 2EX3A 2DTUA 2P5GA 4K8ZA 1RNHA 3OYHA 3HP6A 1HQEA 3HPGA 4OGEA 4HUGA 3RR8A 4DQSA 1KVAA 4CIEA 1CZBA 2KFZA 2D0CA 4NCBA 1JLGA 1JL2A 4O44A 4IG0A 1UA1A 4CK2A 4CE9A 4ELUA 4KB0A 4CFCA 4FZXC 3NF9A 4FJNA 4NCAA 2G8KA 1TKZA 1JKHA 3ZCMA 2HVHA 2Z1HA 4FJ7A 1Y97A 4YFUA 4JLHA 1I3AA 1WSHA 5HRRA 5T7BA 4DTUA 1F21A 3NDKA 3ULDA 4AILC 1IG9A 1S1XA 1SL1A 1TK0A 1LV5A 3NH0A 4DSJA 3C94A 4FJMA 4FJ9A 1RDAA 3OJSA 1CXQA 2Y1JA 4CFDA 2G8VA 2PZSA 2RKIA 4RW6A 4CHPA 4NYNA 1NK5A 3TAFA 4FJHA 2P1JA 4FLVA 4KHUA 4CJ4A 4DTNA 4CF1A 1SKSA 3HK2A 3NAEA 3MXMA 1SL2A 1C1AA 3CYMA 1S1UA 2LSNA 2RN2A 4RW4A 1BI4A 3PX4A 4LSNA 1VSDA 3ZT0A 2QKKA 4M3WA 3OYMA 3T19A 1NJXA 1QSYA 3DLHA 3SV4A 1QTMA 1WLJA 1J54A 1B92A 4JS5A 4C8NA 3VQDA 1L5UA 4FLXA 2G8WA 4PUOA 4M3RA 1EETA 3EZ5A 4E7JA 3RMCA 4CERA 1T8EA 4BDYA 4BDPA 3TAGA 4Z4IA 5KRSA 3DLGA 3NF6A 1W0HA 4CK3A 5J1EA 1U47A 2DY4A 4OLBA 3OYCA 3AVLA 2G8UA 1A5WA 4Z4HA 4DQRA 3C95A 4IKFA 1L3UA 4E7HA 1TVRA 2YNHA 3HJFA 3S9HA 3C6UA 1IKYA 3BDPA 3D45A 1RT4A 1JLEA 4N5SA 3QLHA 4IFVA 5KTQA 4QOZB 5CZ2A 2Y1IA 3CM5A 3LALA 2AJQA 4DTPA 1UAXA 3F9KA 4CEQA 4ICLA 4M3ZA 4OLAA 3MEGA 2YNFA 1XHXA 2Z1GA 4DU4A 3QIPA 1FKOA 4HUEA 1B9FA 4KAZA 1JL1A 1S1WA 4ELTA 5C24A 4N41A 4QCLA 4FJGA 4DQPA 4IDKA 1WNSA 2IS3A 3RR7A 2G8IA 3ISNC 4CEEA 3ZSQA 3ZSXA 4OKJA 4FXDA 5J2MA 1S6PA 3VQ4A 4B08A 2HW3A 3KLEA 3I0SA 3AA4A 1TKXA 4M3XA 3PV8A 4B8CA 3AVCA 3LP0A 3O4QA 4CF8A 3TAEA 2KZMA 2NUBA 3ZT3A 3IRXA 3CQ8A 3KLHA 1NOYA 4W5QA 4FLYA 1S6QA 4FLUA 4ID1A 1T05A 4BWMA 3RMBA 1D5AA 1FKPA 4CESA 4E89A 2JLEA 1RT2A 4DQQA 4I9LA 1R0AA 2ZQBA 1TL1A 3HVTA 1G15A 2OZMA 3SV3A 1DLOA 3DI6A 3LPUA 1J53A 2HNYA 1BGXT 3AVMA 1U45A 3K5OA 3IAYA 1WN7A 5SZTA 2YNIA 3H08A 4M41A 4DSKA 3HL8A 3MXJA 3DLEA 3DLRA 1TK5A 2VWKA 3OS1A 3HYFA 3V1QA 1QE1A 3HVRA 1WSEA 4PWDA 1EP4A 3KKSA 3AVKA 1D9DA 4Q0BA 4J2AA 1EX4A 4J2EA 3KK1A 2B6AA 5I3UA 5HLFA 3RMDA 1ZBUA 2XRIA 3LP3A 3TWHA 4O5BA 1KVCA 1VRTA 4B9SA 3LP1A 4H4OA 5I42A 4CK1A 2PYJA 3DLKA 3ZSVA 4DSIA 1JLBA 4KKOA 3O3FA 3OYJA 3AO5A 3NGIA 3WNHA 3QETA 4BE2A 3SQ0A 1XI1A 1N5YA 1TKTA 4AHUA 1VRUA 4HCBA 3AVBA 1QQCA 3CFOA 4PA1A 3QIOA 2Z1JA 3OYBA 4NYFA 3QERA 1TK8A 4DU1A 3DLBA 2QK9A 3AO4A 3NFAA 1RBVA 1W9HA 1U49A 1NJYA 4E7KA 1A5XA 1C0MA 4L8RB 2BANA 3I0RA 2HNDA 3S3OA 1RBUA 2I5JA 4BWJA 3AVFA 3V1RA 4FM1A 5SWMA 2HMIA 4WE1A 3QEWA 4E0DA 4CJTA 4KI4A 1RCHA 4OKEA 1MU2A 1VSKA 1KLMA 4CECA 3SUQA 1HJRA 3SPZA 4RG8A 3V81A 4KTZA 3TARA 5CZ1A 3AVAA 4AHVA 3EYZA 3S3MA 1ZYQA 4KO0A 1C0TA 2VG7A 2R7YA 5HBMA 3KD5E 3WNEA 3AA5X 1I39A 1VK0A 1S9EA 2Z1IA 2KW4A 3KIOA 3K59A 3RTVA 1D8YA 4GMJB 3M8PA 1HQUA 2FBYA 3ZSRA 3MECA 1YVUA 3NF8A 3O3HA 1NK4A 4Z4FA 1KRPA 4J2DA 3SJJA 4M3TA 3AVJA 4O0JA 4OPKA 4Z4EA 1WAFA 3EY1A 1Z25A 1L3TA 4CEAA 4KI6A 4KHWA 2OPPA 3L3UA 4LH5A 4FJIA 2HHSA 1WSIA 4CF0A 1J5OA 4B9VA 5JS1A 1JLQA 2X6NA 1BIUA 3LP2A 3OJUA 4FLWA 4AHTA 1BQNA 4DF4A 2XY7A 1QSLA 4FVMA 2YKNA 4DTXA 2OPRA 4G1QA 1ZBIA 2HHUA 3V9UA 5KGXA 1NOZA 3DMJA 3NF7A 1JXEA 4DTSA 3I8DA 1EKEA 4DSEA 4M42A 1RBSA 3TABA 3VN5A 2XY6A 1UWBA 1NJZA 4FK0A 4DMNA 1Z26A 2G8FA 3CFPA 4CIGA 1X9SA 4CEDA 3QEPA 3VQAA 2B4JA 3SPYA 3SNNA 1RTJA 3L2QA 1KSPA 3OYKA 1LW2A 4CGJA 2D0AA 4EZ9A 1S5JA 3G0ZA 3NBPA 2DFHA 3SUNA 2F8SA 4CJUA 3V9WA 2IC3A 3NGYA 5KI6A 1RT7A 4CFBA 4JRPA 3OYAA 3KTQA 4AHSA 3NH1A 4J2BA 3VQPA 4ZHRA 5D3GA 2OPSA 4QAGA 2XHBA 4F2RA 4DWIA 4KREA 1NJWA 2OYQA 5FRMA 3OYGA 1KCFA 4E7IA 3G10A 1RDCA 1GOCA 5K14A 1BCOA 4LD0A 3TI0A 1NKBA 4O4GA 5FROA 2BE2A 3L2WA 3ZT4A 1RILA 1U4BA 3O3GA 3ALYA 3LANA 2RF2A 2DFEA 2D5RA 4N47A 2XO7A 4BACA 2VWJA 4M3YA 3ZT1A 3OVNA 4KV8A 4E1NA 4EP5A 4B9MA 1LW0A 1RT1A 4W5OA 2YNGA 1RDBA 3P1GA 4CEOA 4DG1A 3K58A 4JS4A 3NCIA 3VQQA 4FJJA 3CG7A 4I2QA 5HROA 3MEEA 1O1WA 3AA3A 4KFBA 3OY9A 1JLCA 2ZD1A 3OYFA 1SUQA 2BGGA 5J2PA 1VSJA 3QEXA 1HRHA 1ASUA 4FJ5A 3VQ5A 4DFJA 3SUPA 4HTUA 3K5NA 2FC0A 4MQ3A 2GUIA 1CXUA 2A1RA 1NK8A 1YTUA 1VSHA 4MFBA 3PY8A 4HHTA 2F8TA 2A1SA 2ITGA 3FFIA 4CJLA 3NGZA 2G8HA 2KFNA 5JS2A 2QXFA 1RT3A 3D0PA 2XY8A 4CGDA 4FLTA 3VA0A 3OYIA 4FZZA 2OZSA 2HHTA 2VG6A 4CHQA 3RRHA 1ASWA 2KQ2A 1IO2A 1QHTA 3O4NA 4FW2A 1BQMA 1SKWA 3IG1A 4GVMA 4CHOA 4HVJA 4CJVA 1QS4A 4ZTJA 1N6QA 3ZSWA 1CLQA 3A2FA 1Q9YA 4PY5A 1YTAA 4IBNA 3OYEA 1XHZA 4EP4A 1CZ9A 4M45A 4CCHA 4OKKA 1LAWA 3IS9A 4Y1CA 4F3OA 4FM2A 1A5VA 1RTDA 4DTRA 1REVA 4CF2A 1LAVA 1DTTA 3HO1A 5C42A 4TSXA 1IKWA 4DFKA 4CJWA 4FJXA 5DK5A 1NKCA 1RBRA 3AVIA 4FLZA 5FRNA 1Q9XA 1VSEA 2QKBA 4C8LA 3ZSYA 1HNIA 2FBTA 4I9QA 4CJEA 1JLAA 4CEBA 3AVHA 1S1VA 3LWLA 4DTMA 1NKEA 4DSFA 2OA8A 1ZBHA 3LAMA 1JXBA 4KHNA 4IFYA 3C6TA 3PUFA 3VQCA 1XC9A 4KB1A 4BDZA 3QESA 3K5LA 4OGCA 5CY4A 5DMRA 1ZBLA 1HYVA 2X78A 2GV9A 3MXIA 3LAKA 2Q3SA 3DOLA 3OS2A 3SQ4A 1UOCA 2FBVA 3MAQA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1ITGA 3QEVA 4GV9A 2BDPA 1QSSA 1NGFA 2YV0X 1EXQA 3QBWA 3HSTB 2P5OA 3OS0A 3NH2A 3TANA 4H8KA 3NE6A 3VQ8A 4CGGA 3VQBA 1RTIA 3CPWM 4IG3A 1H1VA 1ATSA 3TR8A 3MN6A 1W97L 3VQEA 3QEIA 1YT3A 4M7YA 3PX6A 2P9KA 2P9LB 4JK9A 3H6EA 3BF1A 3KD1E 4CHNA 4DQIA 3AO1A 1Z05A 3CJ9A 4H03B 4JV5K 4NXNK 3MN5A 3WNFA 3PO4A 3VQ9A 2CGLA 3H45C 3UKUA 4CJQA 4KPYA 2P51A 5AQPA 1BI4B 4OPJA 3MEDA 4B3SK 4E19A 3SQ1A 1BDGA 3HM9A 5AQNA 4PHTX 3V9ZA 3E01A 1O13A 5AJ3K 1Q86O 1LOTB 4JKCA 4BRIA 2A3ZA 3B6OA 3LDSA 5C2DA 3DOKA 5GAEP 1KVBA 3U3GA 4DR1K 1WSGA 1U2VA 3AV9A 4IO8A 4M63C 3HM8A 1U04A 4FWQA 4JHDA 4FCYA 4FM0A 1C6VA 3TSPA 3OYLA 3JYTA 4E1MA 1N8RO 4CZLA 4Z4GA 4CJRA 3L3VA 2OTLN 4FSVA 4CZEA 4J8FA 4C8OA 4BVPA 1OVQA 2VYPA 4JN4A 4DR2K 5KGWA 4C8MA 2UXBK 2P9SB 2W6LA 4CHZA 2E6LA 3EE8A 4BRKA 3UIQA 2FSNA 2O4GA 4RTFD 2F9WA 4A5AA 3LDPA 2E4LA 3DRSA 5LMNK 4B3OA 3ZETA 4HTLA 3G4SN 4CIFA 1XWLA 1X9MA 2HBKA 1T03A 5KRTA 2RPIA 3SZ2A 1ASVA 1KAYA 3QMLA 5CE3A 3H1QA 4LFCK 4EFHA 4JKFA 1W7AA 4DTOA 4NCGA 4RW7A 1RT6A 3VQ6A 4IZ9A 5ELZA 1JLFA 3BF3A 3H46O 4FOEA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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