4CJSA

Interrogating hiv integrase for compounds that bind- a sampl challenge
Total Genus 55
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
55
sequence length
153
structure length
148
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase
source organism Human immunodeficiency virus 1
publication title Interrogating HIV Integrase for Compounds that Bind- a Sampl Challenge.
pubmed doi rcsb
molecule keywords INTEGRASE
total genus 55
structure length 148
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-12-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4cjsA00
3OYAA 2A1SA 3KLIA 3V9WA 4DSIA 1NJYA 2FBTA 1JXEA 4N47A 2FBYA 4CGJA 2O4GA 4DTSA 4J2AA 3L3VA 2B6AA 3TARA 1CXQA 1HRHA 2HMIA 3RMCA 3VQAA 1U4BA 1S6PA 3IG1A 4DTXA 3AVFA 4HHTA 4AHCA 4DTUA 1XHZA 4FJXA 2VG6A 1IKWA 4CJQA 2YHBA 1S1UA 3B6PA 3TI0A 4CEDA 4IG0A 1QHTA 4W5NA 3S3MA 3U6FA 4OPJA 2YNFA 3ZSZA 5FROA 4B9MA 3RMDA 1ZBUA 2YNGA 2OPSA 2ZQBA 1RTIA 4LSLA 2VWJA 2DY4A 4ICLA 3D45A 3TAFA 1RT3A 3VQEA 3CQ8A 3NH0A 5HRPA 4DSFA 1TKXA 1X9WA 2IOCA 3AVCA 4CJTA 2Y1IA 4DQPA 4KHSA 1WAJA 2Q3SA 3F9KA 3TR8A 3RTVA 2XY5A 1HNIA 1WSHA 4DTOA 1WSGA 4NCGA 4B9LA 3LWMA 1GOCA 4FZZA 4FJNA 1C0UA 4B9SA 4I9QA 4AH9A 3L2WA 4FLUA 1TL1A 1TL3A 3DLRA 3K2PA 3V1RA 3HM9A 4DLEA 4K8ZA 2RKIA 3KIOA 2DTUA 1GOBA 4H8KA 3MEDA 1VSDA 3M8SA 2HNZA 1FK9A 4DSKA 3L8BA 4OGCA 4H4MA 4IBNA 3VQQA 3OYFA 3KJVA 1S9GA 3CYMA 1Y97A 5HROA 4AHVA 3HL8A 3NGYA 3AVLA 3HPOA 1T7PA 1RILA 3NFAA 2VWKA 4JRQA 3OYCA 4DQQA 4F3OA 1S9EA 5FRMA 3P5JA 3QEWA 1BCMA 4E0DA 1IKXA 1J9AA 3CFRA 1RBUA 1BGXT 3NE6A 3C6UA 4DQRA 1ASUA 4FJ8A 1ITGA 4M3RA 4KHUA 1N5YA 3LZJA 1U48A 4B9TA 1YVUA 1B9FA 2D0AA 3SUPA 4OKEA 1QQCA 3L2UA 3RR7A 3QLHA 1JLFA 1VSKA 3LP3A 2VG7A 4AHSA 5J2PA 4CEOA 4Q0BA 1RTJA 4EP5A 1TKDA 3V1QA 3AVGA 1BQMA 1RBTA 3DLKA 4OKKA 5CYQA 3V1OA 3PV8A 3OY9A 3RMAA 1U49A 3BDPA 1LW0A 2Z1HA 1X9SA 4Z4CA 2XHBA 3O4QA 1C6VA 2E6LA 1W0HA 3AVMA 5DK5A 2KQ2A 4CIEA 2JGUA 2OPRA 1X9MA 3OYHA 1NKBA 4C8KA 2BE2A 1KFDA 4KKOA 4MQ3A 3K5NA 3S3OA 2OA8A 4C8OA 2D0BA 2PY5A 4M3WA 4F3TA 2P5OA 4EZ6A 3AA2A 1B9DA 4DU1A 5J2NA 1QS4A 1JLEA 5FRNA 4CEAA 2G8HA 1JLQA 1QE1A 4CESA 4CJKA 1NJWA 2LSNA 4QOZB 4PA1A 2G8VA 3HVRA 4FLWA 2RF2A 5C24A 3ZT4A 1NKEA 3ASMA 1Q9YA 2KZZA 4CJLA 4FJ7A 1LAVA 1VK0A 4KREA 3C94A 4DTRA 4LH4A 5I42A 2KFZA 4PY5A 3I0SA 1TGOA 3NCIA 4F2RA 4KV8A 1VSJA 4B9UA 1UA0A 3NH2A 2BDPA 4Y1CA 3G10A 4DQIA 4FZYA 1WSIA 1Z26A 4W5RA 4O0JA 4JRPA 3MXJA 4FVMA 4O44A 4E7HA 1NK6A 3TAEA 3L2VA 4NCBA 3CFPA 4BDPA 4M3TA 4CK1A 3H08A 4C8NA 3NGIA 2XY6A 3HK2A 3KK2A 1SKSA 1EXQA 4CERA 3AVBA 3K58A 3L3UA 3O3HA 3ZSOA 1S6QA 3RRHA 2R7YA 4HTUA 1CZBA 3SV4A 3QNNA 1D5AA 3OYKA 2BGGA 4DSEA 3DLGA 4FJJA 3PUFA 3EZ5A 4CGDA 3UIQA 4BE2A 1HYVA 4CEEA 5KGXA 3C6TA 4KB1A 4IFVA 3MEGA 1L3VA 2OPPA 4FK2A 3PO5A 2EHGA 1LAWA 3LZIA 1SUQA 1NJXA 4PWDA 1HMVA 4OLAA 4LY7A 4ELUA 3ALYA 4CF0A 1BQNA 4KHWA 4OGEA 1IH7A 4RW6A 3VQBA 4CJ5A 3VQPA 4DFJA 5T7BA 4N5SA 4FJLA 4OJRA 2RPIA 3KD5E 3PX0A 1BCOA 4B9NA 4RW7A 4E3SA 3OYNA 2HHTA 4NYNA 2X6SA 3QERA 2QK9A 3K5MA 4M3YA 1Q9XA 4CF2A 1HPZA 4B3OA 3NF7A 1LW2A 4N76A 3WNHA 4RW9A 1BIUA 3AA3A 4C8MA 4AHRA 4M42A 1A5WA 1RTHA 4CFDA 3JSMA 4CJEA 1KVBA 3VQ8A 4K8XA 1O1WA 3QEVA 4KRFA 4DTPA 2DFFA 4CHNA 3K57A 1UA1A 3M8RA 3KKRA 1EETA 1Z25A 2DFEA 2GUIA 3ITHA 3PY8A 1W9HA 3DRRA 1D9DA 2EX3A 2G8KA 5SWMA 2VG5A 1C1BA 3QIOA 4CE9A 4CCHA 3DOLA 1KLMA 3HPGA 3JYTA 3ZSWA 3QETA 3AO3A 4Z0UA 4FXDA 4DFMA 1BISA 3RWUA 3LP1A 3WNGA 2BANA 4GMJB 2YKNA 2G8WA 4BDZA 1VSIA 3LDSA 3SUOA 1RT6A 2E6MA 1UAXA 3MAQA 4PUOA 2HB5A 2IAJA 3LALA 3OS1A 3KK3A 1YTAA 3TAGA 1VSLA 1JLCA 3O3FA 3TAQA 5HRSA 4HUFA 4HCBA 4HUGA 1SV5A 2YV0X 4HUEA 1L5UA 1QSLA 3LAKA 1VSFA 4FZXC 5KGWA 3L2QA 2HHSA 3VQ7A 4ELVA 4FLYA 1S1TA 1EKEA 2OPQA 4J2DA 3CM6A 3HJFA 1LWFA 1VSMA 3SQ0A 3DLBA 3OYBA 5HP1A 2Z1IA 1N6QA 4Y1DA 1QSSA 4CFAA 3SUNA 4QCLA 1T8EA 3BGRA 4RG8A 5HBMA 3NGZA 3QEIA 3SQ2A 1CLQA 4FLZA 1RDAA 3CM5A 3HO1A 1JLAA 4CGIA 2XY7A 1SL0A 3VQDA 3FFIA 3ISNC 1S1WA 3O4NA 2IDOA 4J2BA 1RT5A 4CJ3A 1SKRA 1HYZA 4B8AB 4RW4A 3SUQA 5EU7A 3ZT2A 5KRTA 3S9HA 3QIPA 4CF9A 1ASWA 3V9ZA 3AO1A 1SL1A 1DTQA 3NHGA 1L3SA 1WSEA 4CF1A 1F21A 4AHTA 3OYJA 1RBVA 3V81A 3OYEA 1LV5A 1J54A 3KLFA 3PO4A 4KHYA 4CEBA 4BACA 4F8RA 3DM2A 1BI4A 4KI4A 1VRUA 3ZCMA 3KKSA 2G8IA 3QEPA 1XI1A 3P1GA 3RR8A 1RTDA 4CGFA 4DFKA 4FJHA 2ETJA 1DTTA 1HYSA 2XY8A 3PX4A 3VQ5A 4G1QA 4CJRA 4DSJA 3AVKA 4CGHA 3VQ4A 4YFUA 4DQSA 2HNYA 3HVTA 4CJFA 5DMRA 2OYQA 3RRGA 3I8DA 1JL2A 3E01A 3HYFA 4W5QA 3F73A 2GV9A 3QINA 1RNHA 3VQCA 3ULDA 1UWBA 4FJIA 1NOZA 2PYLA 4KHQA 2AJQA 3DYAA 3LPTA 4LH5A 3HT3A 3VQ6A 3SCXA 4ZTJA 3MECA 4WE1A 3QESA 1NK5A 2IGIA 3AVHA 3RMBA 1VSEA 1ZBIA 1C0TA 3LAMA 3OVNA 3ZSVA 3AVIA 4DS4A 4JS4A 4ZHRA 2Y1JA 4N41A 1RDCA 1RT1A 1ZBFA 3TWHA 5J1EA 4EP4A 1NK8A 3AVNA 2YNIA 3K5OA 3LWLA 1TK8A 2B5JA 4CHOA 4DF4A 2NUBA 1B92A 3SQ1A 2QKKA 1RBSA 1RT4A 4CJUA 3PX6A 1NK9A 4CHQA 1QTMA 3V9UA 1UOCA 3AO4A 4IKFA 4OLBA 3ZT1A 3LPUA 4H4OA 1G15A 3QO9A 3SPYA 2FBVA 4KTZA 1IKYA 1NK7A 4F4KA 2ATQA 3ZSRA 3MEEA 3G0ZA 4FW1A 3SZ2A 4B08A 4CGGA 3KK1A 3HPHA 1EP4A 1RDBA 2DFHA 4FLVA 1TK0A 4PQUA 4W5TA 2HHXA 1X1PA 3T1AA 3AO2A 2ZD1A 2FC0A 3M8QA 2KW4A 4DU3A 2HVHA 1JLBA 4O4GA 3AA5X 3VN5A 1NK4A 3NDKA 2HW3A 4CEZA 1U47A 1TK5A 3OYMA 2F8SA 3NF6A 4KTQA 3DRPA 3CG7A 5HRRA 1ASVA 4BWJA 4BWMA 1WSFA 4DG1A 4O0IA 1U45A 1J5OA 4CIGA 2ITGA 2HHWA 2G8UA 4QAGA 1I39A 3AA4A 3S3NA 3EYZA 3OYGA 1RBRA 3SI6A 4CIFA 4DSLA 4FJMA 1NOYA 1HQEA 4R5PA 2X6NA 4FCYA 4I7FA 3WNEA 3KLHA 1RT2A 3LP2A 1HJRA 2HHVA 2KZMA 3U3GA 4B8CA 4EZ9A 3HP9A 4CEFA 1KRPA 4DTJA 4RW8A 3NF8A 2OZMA 3LP0A 4FW2A 4BE0A 4E7IA 2P1JA 2PZSA 3IAYA 5KRSA 4FYDA 3C95A 4NYFA 3SQ4A 1D8YA 1KTQA 4DTNA 3ZSXA 1WAFA 1WN7A 3OYDA 1JL1A 4W5OA 4C8LA 4I2QA 3QEXA 3DRSA 4E1NA 1T03A 1NK0A 4OVLA 4JS5A 1FKPA 2D0CA 3KTQA 2P51A 1TAUA 3OYLA 4B9VA 2WONA 4M41A 2OZSA 3SNNA 1RCHA 1C1CA 4L8RB 1Q8IA 4HVJA 3OS0A 4O5BA 1K6YA 1RT7A 3DLHA 3NAEA 3IRXA 1TKTA 4CECA 3THVA 2JLEA 4E89A 1BIZA 1KVCA 2O4IA 5KTQA 4CJVA 2F96A 4E7KA 4M3ZA 4E1MA 4M3XA 3TANA 5C42A 1YT3A 4E19A 1JXBA 2GBZA 3IS9A 5FDLA 4CF8A 5J2MA 4CEQA 2WOMA 5SZTA 1BL3A 4CJSA 1S1XA 4Z4HA 1XWLA 1FXXA 1WLJA 4DFPA 4FK0A 2KFNA 3LANA 3HXMA 1WSJA 1J53A 2X78A 5HLFA 1WNSA 3T3FA 1SKWA 3V4IA 4GVMA 2Z1JA 5E41A 4DU4A 3VQ9A 4IG3A 4CK3A 4N56A 3SYZA 4DF8A 4DLGA 1DLOA 3O3GA 3HP6A 4E7JA 4AHUA 4FM1A 4OKJA 2YKMA 1XHXA 4CHZA 4M45A 3EY1A 4CJPA 5J2QA 2XRIA 3V9SA 1D9FA 3NH1A 3AO5A 3KLEA 4FK4A 4KAZA 3DOKA 3TAMA 1JKHA 1S1VA 1VRTA 4BE1A 4CFCA 2G8FA 4KI6A 1ZBHA 3V6DA 4CK2A 1LWEA 4FM0A 2A1RA 1ZYQA 3DLEA 2QKBA 3D0PA 1IKVA 2QXFA 3VA3A 4ID5A 5CYMA 1L3UA 2XO7A 1A5VA 3TAPA 4CHPA 1ZBLA 3SPZA 4DWIA 2RN2A 3OYIA 3OS2A 2HHUA 3KD1E 3HSTB 3V9XA 1CXUA 2X74A 3VA0A 5CZ2A 3MXMA 1KLNA 2P5GA 2IC3A 4KB0A 4J2EA 2ZE2A 4DMNA 2IS3A 4HCCA 5K14A 4CJ4A 1SL2A 3ZT0A 1CZ9A 3OJUA 4DTMA 1QSYA 4FJKA 4FM2A 4FLTA 3TABA 2D5RA 4TSXA 1EX4A 1KVAA 4FJ5A 1L3TA 3OJSA 2HHQA 2YNHA 1I3AA 1A5XA 2HNDA 1HQUA 3AVAA 4ID1A 3I0RA 3NF9A 4XIUA 3SV3A 1C1AA 5D3GA 3K59A 4KTWA 3WNFA 3L2RA 4YNQA 4I9LA 2Z1GA 1LWCA 4KHNA 5JS1A 2HVIA 1C0MA 1REVA 4CFBA 4FJGA 5JS2A 5KI6A 3DI6A 1KCFA 5I3UA 4Z4FA 3AVJA 1TV6A 4KFBA 2E4LA 1TVRA 4CJWA 4DS5A 1R0AA 4FJ9A 4Z4EA 3K5LA 3AV9A 5C25A 3ZSQA 1MU2A 4IFYA 4E7LA 1NJZA 2B4JA 3T19A 3ZSYA 3ZT3A 4Q5VA 4OPKA 3QNOA 3SJJA 3A2FA 1KFSA 3KLGA 3NBPA 1YTUA 4I2PA 1JLGA 1T05A 1BHLA 3U3YA 1IO2A 2FBXA 4F2SA 2PYJA 1S5JA 1GOAA 4M3UA 4CHYA 4MFBA 1BI4B 4FLXA 2KTQA 1U04A 4BDYA 3MXIA 4AILC 3B6OA 4ZTFA 4Z4IA 3CFOA 5CZ1A 5CY4A 1RDDA 1TAQA 3M8PA 5HRNA 1KSPA 2YHAA 4IDKA 3P83D 4O55A 1VSHA 4UQGA 2I5JA 1NKCA 2W42A 4ELTA 1HNVA 1IG9A 1TKZA 2F8TA 1FKOA 4JLHA 4LSNA 4NCAA 4GW6A 4Z4GA 4LD0A 3DMJA 4KPYA 4KO0A 1XC9A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1DGKN 2A1SA 3OTOK 5CR4A 3V9WA 3BZCA 4CGJA 4ISGA 4DTSA 3D7EO 1HRHA 3VQAA 3IMXA 5C10A 3AVFA 4AHCA 4DR5K 4FJXA 1IKWA 2YHBA 3TI0A 2O8BB 4CEDA 1QHTA 2P9SA 3U6FA 4OPJA 3ZSZA 4B9MA 3HM8A 2OPSA 4LSLA 1E3MA 2DY4A 2VWJA 2NRVA 3D45A 1KAYA 1QQNA 5HRPA 3F5TA 3AVCA 3OBWA 4DQPA 4GV9A 3RTVA 2XY5A 3HSCA 1ATRA 4JI0K 1WSGA 1C0UA 1MWKA 4B9SA 1SQKA 1HYSA 1TL3A 3BP8A 2RKIA 4BGAA 4H8KA 3VGKA 2HNZA 3QBXA 3L8BA 4OGCA 4IBNA 1MWMA 4AHVA 3NGYA 2H3GX 3OYCA 5FRMA 4JKAA 3CFRA 2ZF5O 2GELA 1GLCG 1BGXT 3C6UA 1ASUA 1JCFA 4IEIA 1B9FA 2D0AA 1ESVA 1RDUA 4OKEA 4JV5K 1QQCA 3AARA 1NBWA 2KLAA 3V1QA 5CYQA 3BDPA 1OKJA 4U7BA 2Z1HA 3KZBA 4Z4CA 2UU9K 3O4QA 1C6VA 1VQON 3AVMA 1Q82O 2KQ2A 4C8KA 3F9MA 3AA2A 4DU1A 2F9WA 5LL6Z 4CEAA 2VGNA 1JLQA 4CESA 1NJWA 4QOZB 4FWSA 1Q9YA 1NKEA 2KZZA 5A2QO 1S22A 4DTRA 4F2RA 1C0FA 3HRGA 3CCJN 4Y1CA 4FZYA 4DQIA 2ASOA 1WSIA 3MXJA 1NK6A 4BDPA 4CK1A 4C8NA 3SBGA 2J4RA 1EXQA 3AVBA 1WUAA 3L3UA 3ZSOA 3MK6A 1N32K 1BDGA 3SV4A 1VQMN 1CZBA 3OYKA 3MX5A 3K9KA 2O8CB 2WTUA 4EAHD 2PFUA 3EKUA 4IFVA 3MEGA 1L3VA 1LAWA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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