4CJSA

Interrogating hiv integrase for compounds that bind- a sampl challenge
Total Genus 55
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
55
sequence length
153
structure length
148
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords INTEGRASE
publication title Interrogating HIV Integrase for Compounds that Bind- a Sampl Challenge.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule tags Transferase
total genus 55
structure length 148
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-12-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4cjsA00
1ASUA 2X78A 2IDOA 1T8EA 4M3UA 5J2NA 1RDAA 1JLCA 1KVBA 1BQMA 1CZ9A 1RTHA 3BDPA 2PY5A 3LZIA 5C42A 4LY7A 1U48A 1JLFA 1RBSA 3RRHA 4M3WA 1MU2A 4CIGA 4OPKA 3ZSOA 1LWEA 3LP3A 4ELTA 4J2BA 3KTQA 4MFBA 3P1GA 2YNHA 4CHYA 2ZD1A 3QEWA 3NE6A 1RBVA 4M3ZA 2YNFA 1ZBUA 1WSHA 4Z4EA 4GW6A 3ZCMA 1NJYA 4KHUA 3VQCA 3RMDA 3K5OA 1J9AA 2Z1GA 3QINA 5J1EA 4J2EA 2KZZA 3AA3A 1CZBA 4AILC 4PUOA 4HUGA 3V9XA 2RKIA 4KHSA 4LH5A 4FJ7A 4H4OA 1U04A 3K59A 3QIOA 4N47A 4CEAA 4O44A 2B6AA 3HJFA 3MEDA 2HHSA 1S5JA 4BWJA 3NFAA 4F3TA 4I7FA 2W42A 3L8BA 4DU1A 2VG5A 3AO5A 2HHUA 4LSLA 4RG8A 2DFEA 3VQQA 1WN7A 1JLGA 1JLBA 4O5BA 4OGEA 2KTQA 1C1BA 4CGJA 2KW4A 5HRPA 3M8SA 3RRGA 4DTRA 3SYZA 3FFIA 1TK0A 3VQBA 1ITGA 4CEQA 2ITGA 1CXUA 1JLEA 4LD0A 1RT6A 4CIEA 3NGYA 3OYDA 1JXEA 1RDBA 3VQ5A 4RW9A 3NH2A 4DLEA 5SZTA 3AO4A 4OLAA 3L2VA 3I8DA 4UQGA 4B9SA 1D9FA 4O55A 4B9TA 4R5PA 4CJ3A 5J2PA 1WAFA 3CG7A 3M8RA 4E0DA 4KPYA 3AA2A 3TR8A 4CE9A 1X9SA 2KFZA 4I2PA 3TI0A 4E1NA 3IS9A 4F3OA 3PX6A 4CJVA 4FJ5A 1C1AA 3NH1A 4J2AA 1LW0A 2IAJA 2FBVA 3TAQA 1NK6A 4EZ6A 3KLIA 2GBZA 1S1XA 4F4KA 4IKFA 1TVRA 3IAYA 1DTQA 3VQ8A 3PO4A 1ZBHA 4IG3A 1LAVA 4IFYA 1BIUA 1VSIA 4F2SA 4KB1A 4E1MA 2XO7A 4FLWA 3PO5A 3QEVA 2VWKA 3HM9A 4KTQA 1TAQA 3JYTA 3TAMA 3G0ZA 3VQEA 4Q5VA 3QEXA 3OYAA 4CEDA 1SL1A 2YHBA 3E01A 3KLFA 3TAFA 4YFUA 2Y1JA 1ASVA 4B9MA 4M3YA 3ZT4A 2OPSA 4HTUA 2ZE2A 2XHBA 3HO1A 1XWLA 4CHNA 4HCBA 4FVMA 2EHGA 1Z25A 4CK2A 3KLEA 3SUOA 3AVHA 4B3OA 2JGUA 4KFBA 3AVIA 4CGFA 4WE1A 3PY8A 1C0TA 3KLHA 1BI4A 4DSKA 1TGOA 4AHUA 1IH7A 3SUNA 1RT5A 1UWBA 3B6PA 3NHGA 1T03A 2HHTA 1ZBLA 3VA0A 3OYLA 1RDDA 4E7JA 2HVIA 2OPPA 3DMJA 3SQ4A 3P83D 4FJGA 1IKYA 1LW2A 3NBPA 4PY5A 2X74A 1RCHA 4OKEA 2HB5A 2IC3A 4CGIA 1JLQA 2DTUA 4FLTA 3S3MA 4RW4A 1UA0A 1Z26A 3OYNA 3DLGA 3MXJA 4DFMA 5JS1A 1KFDA 1HNIA 4CESA 2BGGA 4CCHA 3UIQA 4FM0A 3LALA 3MXMA 3V1OA 2GV9A 4ZTJA 2RN2A 4KTZA 4TSXA 2YKNA 3AVLA 4B9UA 3DOKA 1BIZA 3L2QA 4FZZA 4OKJA 1HYSA 1KCFA 2P5GA 1SKWA 1KVAA 1WSFA 1YVUA 4HHTA 1L3TA 3I0SA 1D8YA 4FW1A 4QCLA 2LSNA 4CEOA 3AVJA 3DYAA 3OS0A 3TWHA 4FM2A 3K58A 1LWCA 3VQDA 2Y1IA 3S9HA 1L3UA 4M42A 3ISNC 3OYMA 4B8AB 1S1VA 3ZSVA 5HLFA 2R7YA 4BE0A 1QSYA 4QAGA 3SUPA 1EP4A 1X9MA 1Q8IA 3C94A 3HYFA 4DWIA 4CJUA 3CM5A 5JS2A 1JLAA 4DQRA 4FJIA 2RF2A 1G15A 1C0UA 1REVA 4CFCA 5DK5A 5SWMA 1U4BA 3OYIA 1YTUA 2G8IA 4FLVA 1JXBA 3LP1A 4PA1A 1B9FA 2BANA 2DFHA 5C24A 3CFPA 3TAPA 1VSMA 3HVTA 1N6QA 3AVBA 3NCIA 1IO2A 3CFOA 3S3OA 3U3GA 1QTMA 4C8KA 1NJXA 1Q9YA 2IGIA 3C6UA 1C1CA 4OVLA 1NK4A 1JL2A 3O3GA 2G8VA 4FJLA 1Y97A 3HSTB 3A2FA 2I5JA 5CYMA 3SV3A 5J2QA 1QQCA 3TABA 1L3VA 3AVFA 3RWUA 4DQSA 3EYZA 3V9SA 1RT3A 1W0HA 2OPQA 4O0IA 4DLGA 3V6DA 2PZSA 4DTOA 1VSHA 4DS5A 4C8NA 4CJTA 3V9UA 4N76A 3TANA 3RTVA 3AVCA 4DFPA 3EZ5A 1NOYA 4DTUA 4FK2A 3RR7A 2D0BA 1UOCA 1BHLA 3DOLA 2KZMA 3PV8A 3WNHA 2IOCA 1F21A 4F2RA 5KRTA 2G8HA 4KHNA 2HHQA 2X6SA 4FZYA 1NJZA 2FBTA 4DF4A 5HP1A 3KD1E 2QK9A 3K57A 3QEPA 3ZSQA 2O4GA 5HBMA 3NDKA 1RT4A 2XY6A 3OS2A 4C8MA 1TL3A 4CJWA 3F73A 3ZSZA 3VQAA 1FXXA 4Z0UA 1IKXA 1VSDA 4RW8A 4FLZA 1WSIA 3VN5A 4M45A 2XY8A 3DLEA 4CEEA 4DMNA 1R0AA 1TKTA 4NCGA 4FLUA 3IRXA 4KHQA 1IKWA 4DF8A 4KTWA 1J5OA 4Z4HA 4W5RA 4K8XA 1RTIA 2B4JA 3T1AA 4E19A 5E41A 4KAZA 4CF1A 3QEIA 1HPZA 2HNZA 3KK1A 3BGRA 3EY1A 3QESA 4W5NA 4IG0A 2VG6A 2HMIA 3NF7A 4AHCA 4EP4A 4DTPA 1C0MA 3SI6A 4FJNA 4DTXA 4CJ5A 4K8ZA 1S1UA 2D5RA 1HQUA 2F96A 3DLRA 4CJPA 3DLBA 4KI4A 1I39A 2DFFA 3M8PA 3K5NA 3AA5X 3QNNA 3SNNA 1TKXA 1KRPA 5T7BA 4FJKA 1S6PA 1IKVA 4CERA 1X9WA 1Q9XA 1EKEA 2A1RA 3NF9A 4AH9A 3ZT2A 3OJSA 4JS5A 1BGXT 1TKZA 3OYEA 3ZSRA 2XY5A 1XHZA 3HPGA 4FJXA 2DY4A 5FRNA 1A5VA 5HRSA 4BDYA 3LZJA 3PX0A 3V81A 4DFJA 4CJEA 3TAGA 4BWMA 3RMCA 3SQ0A 3LP2A 4CGGA 3VQPA 1U45A 1NK0A 3I0RA 4OKKA 1B92A 4E89A 2QXFA 2G8WA 3M8QA 3ZSXA 3O3HA 4ZTFA 4FJJA 4IBNA 3KIOA 3MEEA 1QS4A 3QLHA 3QIPA 3V1QA 3AVGA 2HVHA 1RBTA 1RT2A 3ASMA 3WNGA 1SL0A 4C8LA 1RNHA 2NUBA 2Q3SA 3K2PA 1TKDA 3L3UA 3ZSYA 3SJJA 4N41A 4CJLA 2FBYA 3SPYA 4I9QA 4CHQA 3LANA 4Z4IA 3SQ2A 3OYCA 3B6OA 4CJ4A 4BDZA 3SCXA 5KGXA 2D0CA 4FK0A 2FBXA 4OPJA 1YTAA 1KSPA 2OYQA 1T05A 3NH0A 4DQPA 3L3VA 4Y1CA 4C8OA 1UAXA 4CF0A 3HT3A 1KTQA 3O4NA 3V9ZA 1EXQA 4M3RA 3KK2A 4M3TA 3VQ6A 4CF9A 4Z4CA 1NK5A 2G8KA 5D3GA 1HYZA 2E6MA 3AO1A 3T19A 4FM1A 4CHOA 4DTMA 1U49A 4NYNA 4CFAA 4E7IA 4DFKA 1SKSA 3SZ2A 3PX4A 3OY9A 2KFNA 3O4QA 5CYQA 4CGHA 3AO2A 4FLYA 2RPIA 2VG7A 3QERA 1QE1A 3OYBA 1GOBA 1ASWA 3OJUA 3MECA 5HRRA 3ZT0A 2HW3A 1EETA 2QKKA 1RTJA 1GOAA 3VQ9A 3NF6A 1J53A 4HVJA 3ALYA 4AHRA 3SUQA 4OJRA 2KQ2A 4FK4A 1BL3A 5HROA 4L8RB 4Y1DA 3DRPA 3U3YA 1VK0A 4ZHRA 3AVKA 3PUFA 3HPOA 3OVNA 3ZT3A 4DTSA 1EX4A 4DU4A 1B9DA 1O1WA 4KKOA 1ZBFA 4CGDA 1KLMA 4N56A 3K5MA 4FZXC 2O4IA 1DLOA 4DSJA 2P51A 4ELUA 3TAEA 2X6NA 1HQEA 3D45A 2YNGA 1DTTA 5I3UA 4ELVA 1FKPA 3OYGA 1QSSA 3L2WA 4KHWA 3RR8A 4MQ3A 4E7LA 3VQ7A 1S9GA 3HP6A 2HNYA 3C6TA 5KGWA 4CHPA 2HHVA 3OS1A 2YHAA 3V9WA 4CEBA 3NAEA 3NGIA 1RDCA 3DI6A 4BE1A 1A5XA 5FRMA 4PWDA 4BACA 4AHVA 2E6LA 3CYMA 3HXMA 3HVRA 4HUEA 4DQIA 4F8RA 1J54A 1QSLA 4JLHA 2WONA 3P5JA 4NYFA 3AVAA 1SL2A 5CZ2A 1RBUA 3VQ4A 3LAKA 3ZT1A 2GUIA 2G8FA 3CFRA 2XY7A 1VSLA 2YV0X 2P1JA 4CHZA 2BDPA 3G10A 3QNOA 4YNQA 3F9KA 4GMJB 3AV9A 3CM6A 3LP0A 1HMVA 1SKRA 4KB0A 4JRPA 4CECA 3SQ1A 4Z4FA 1FK9A 3AVMA 1RT1A 4DS4A 1GOCA 4M41A 5HRNA 2PYLA 3DRRA 1WAJA 4ID5A 3H08A 4FJHA 2Z1IA 4LSNA 4CJKA 4PQUA 2E4LA 4CF2A 1HJRA 3LDSA 1NKEA 2YNIA 3LWLA 5I42A 2OZSA 3KD5E 2XRIA 4BE2A 2QKBA 3VA3A 4KO0A 1HRHA 4LH4A 3RMBA 1WSGA 2F8TA 1IG9A 2HHXA 4CFBA 1S1TA 1VSKA 1BCOA 1N5YA 3DRSA 1RBRA 4ICLA 2OA8A 2ATQA 3KLGA 1UA1A 2EX3A 1TK5A 4DTJA 1NK9A 4CEFA 4Q0BA 4JS4A 4FJ9A 4CJQA 4OLBA 2BE2A 3L2UA 4O4GA 4BDPA 3O3FA 3KKSA 2Z1HA 1X1PA 1KLNA 1BCMA 3QO9A 4H4MA 4CEZA 4QOZB 3OYKA 3ZSWA 3L2RA 3KKRA 3DLKA 1RT7A 3KK3A 1W9HA 4B8CA 2PYJA 2FC0A 2G8UA 4I9LA 1KFSA 1FKOA 5CZ1A 4RW6A 3HK2A 3MEGA 1JKHA 3OYHA 1TK8A 4W5TA 2VWJA 5DMRA 1NKBA 4KV8A 3V4IA 1TAUA 3CQ8A 3AVNA 3OYJA 2F8SA 1LV5A 2JLEA 2B5JA 1ZYQA 4KREA 4B9LA 5CY4A 4DSIA 4KRFA 1SV5A 2HHWA 4CK1A 1NK7A 4E3SA 1BISA 5FROA 1U47A 4O0JA 4G1QA 4DTNA 1VSFA 3T3FA 4DG1A 4M3XA 3C95A 4W5QA 4AHSA 4KI6A 1WSEA 4E7HA 1YT3A 3LPTA 3THVA 3V1RA 4GVMA 4IFVA 3TARA 4CK3A 4CJFA 4DSEA 3LWMA 2YKMA 4HUFA 1VSJA 3MXIA 5KI6A 3MAQA 3RMAA 1BQNA 3NF8A 1D5AA 3DLHA 4HCCA 4FJ8A 4AHTA 1D9DA 4B9NA 3QETA 4FXDA 4XIUA 1VRTA 1WNSA 3NGZA 1C6VA 1NK8A 4KHYA 3LAMA 4Z4GA 3AA4A 3ITHA 4E7KA 1LAWA 2ZQBA 3HP9A 4CJSA 3ULDA 4DSLA 4EZ9A 4J2DA 1WLJA 1LWFA 1HNVA 3WNFA 2HNDA 1BI4B 4DSFA 4CJRA 4I2QA 4N5SA 1RTDA 5K14A 1SUQA 4B08A 1L5UA 1TV6A 1XI1A 2IS3A 1NJWA 4NCBA 2WOMA 2D0AA 1CLQA 3DM2A 1TL1A 3HL8A 3IG1A 1L3SA 3SPZA 4IDKA 1QHTA 1S9EA 3LPUA 1K6YA 1A5WA 1VSEA 4ID1A 5J2MA 4FLXA 4DU3A 4EP5A 3S3NA 1ZBIA 2P5OA 3KJVA 1HYVA 1I3AA 4CIFA 4W5OA 3D0PA 4JRQA 2OZMA 1NOZA 4FCYA 2A1SA 1RILA 1VRUA 2ETJA 5EU7A 5KTQA 4H8KA 3OYFA 1WSJA 3SV4A 3K5LA 5C25A 5KRSA 4CF8A 1S6QA 1CXQA 4OGCA 1KVCA 3HPHA 4B9VA 1XHXA 5FDLA 1NKCA 4FYDA 1S1WA 1XC9A 4FJMA 3JSMA 2OPRA 4DQQA 3WNEA 3U6FA 3AO3A 4CFDA 4RW7A 4NCAA 2AJQA 1JL1A 1T7PA 2Z1JA 4FW2A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2X78A 4JI4K 4M3UA 2UU9K 1TYQA 1KVBA 3BDPA 3N4QA 4A5BA 3LZIA 5C42A 3EEQA 1JLFA 1Z05A 4CIGA 1HX1A 4ELTA 4J2BA 4CHYA 2YNHA 3QEWA 2RE2A 4YOTA 2J4RA 3WEEB 3MWTA 2GUPA 3MN7A 3RMDA 3K5OA 1J9AA 4OPAA 4KH4A 2KZZA 3QINA 3AA3A 4PUOA 2E1YA 4JKEA 4N47A 4CEAA 4FWOA 2NLXA 2FSJA 2HHSA 1S5JA 4BWJA 4I7FA 4DU1A 4BRFA 2HHUA 4LSLA 2DFEA 2O8DA 3RRGA 4DTRA 3SYZA 3FFIA 3VQBA 1CXUA 3CHWA 2AA4A 2BUPA 1RDBA 4CZKA 5LJWA 4BR5A 4OX9K 4O55A 4B1VA 5J2PA 3M8RA 4E0DA 1X9SA 3TI0A 2P9IA 3H45C 3CI5A 1LW0A 1NK6A 4F4KA 1TVRA 4BVPA 3IAYA 3VQ8A 3CCSN 2W41A 1FJGK 4CBWA 4FLWA 3PO5A 2VWKA 3CCJN 3R3LA 3L0QA 3JYTA 2V52B 5CE3A 3PLAA 1NGAA 3OYAA 5AR0A 3WUHA 2P9PB 2YHBA 4BVOA 2NZTA 3TAFA 1EWQA 4JK8A 1XWLA 4HCBA 4FVMA 2EHGA 4CK2A 3AVHA 5JLHA 3AVIA 4XH5A 5AQIA 4DSKA 2D1KA 4AHUA 3GOIA 4HTLA 3SUNA 3DLLL 1UWBA 1T03A 1ZBLA 2HVIA 3LDPA 2GWKA 1LW2A 2YJEA 4M63C 2O8EA 3K9JA 1QQOA 4CGIA 1JLQA 3PIOL 1IBMK 2DTUA 3LDOA 4WCEL 3WXMB 3MCAB 4PKHA 5AZJB 2O8FB 3LALA 4DV6K 4ZTJA 2RN2A 4UY8O 2YKNA 3AVLA 3FR0A 3JS6A 4OKJA 5E26A 4A62A 1M90O 2Q1NA 1SKWA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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