4CJSA

Interrogating hiv integrase for compounds that bind- a sampl challenge
Total Genus 55
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
55
sequence length
153
structure length
148
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase
molecule keywords INTEGRASE
publication title Interrogating HIV Integrase for Compounds that Bind- a Sampl Challenge.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 55
structure length 148
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-12-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4cjsA00
2XY5A 3VQ4A 3LP0A 1RTJA 4DF8A 4L8RB 4Z4GA 3PY8A 1IG9A 4CJ5A 4B9MA 3KKRA 1BCOA 2ZD1A 1U49A 1VSEA 4ID5A 4DSFA 4DTSA 3KLIA 3DLKA 3NF6A 2P5GA 4M3UA 2YKMA 2IS3A 2G8UA 4B9LA 2FBVA 4EZ9A 4AHUA 5JS1A 2KTQA 3VA3A 4BDZA 3ZSYA 2ATQA 3C94A 4CF2A 1WLJA 2RKIA 4Z4FA 2G8WA 3OYDA 1RNHA 4H8KA 1KVBA 1HQUA 4AHRA 4AILC 1WNSA 3NF9A 3SQ1A 3I0SA 1Y97A 1G15A 4KHWA 3VQQA 1VRTA 3K5NA 4DLEA 1T8EA 1CZ9A 4CGIA 5HBMA 1U45A 4M3WA 2OPPA 1WSIA 4B3OA 3IAYA 4DQSA 4FZXC 3O3FA 4HHTA 1C0TA 1J53A 2B4JA 1C6VA 1X9SA 4B9TA 1LWFA 4FJLA 4F2RA 3DOLA 3SQ4A 1O1WA 1BL3A 3KLHA 4M45A 1HNVA 4O55A 3CYMA 1NKCA 1XHZA 3LALA 1DTQA 4O0JA 4BWJA 3JYTA 3CFPA 4B08A 4DSLA 2KFZA 3AVJA 4M41A 3OS2A 4W5OA 4KRFA 3LANA 3OJSA 3SV3A 2NUBA 4F3OA 3WNGA 3O4QA 4CK2A 1JLEA 4JRPA 4ZTFA 3HXMA 1BISA 3QINA 1BIUA 1SV5A 1TAUA 4C8KA 3P83D 2IAJA 4K8ZA 1RT3A 1VSJA 5CY4A 4KI4A 2OA8A 5FROA 1L3VA 1RBVA 3PX4A 4KPYA 4QCLA 3HP6A 2HHXA 1VSMA 1C1CA 5J2MA 1EXQA 1KVAA 3TAEA 4HCCA 3RR7A 2BDPA 1HYVA 3KKSA 3SI6A 1SKRA 3NF7A 4JLHA 3WNHA 4CEZA 4IBNA 1VSDA 2HNZA 4CFDA 3RWUA 2YHAA 2LSNA 1RBUA 4OKJA 4DSKA 1N5YA 1KLMA 3SNNA 3TAPA 3AO2A 3FFIA 5HRPA 4CEDA 1LW0A 2HMIA 3PUFA 2P51A 4DMNA 3V6DA 3NFAA 2XRIA 3TABA 2YNGA 3V9WA 4LH4A 4DFKA 3RR8A 1RTDA 1I39A 1ZBUA 2X78A 3MEDA 1VSFA 3B6PA 2WONA 4IG0A 4CJUA 3TARA 3HVRA 3OYCA 4DTMA 4ELTA 2O4GA 1A5WA 2Q3SA 3CM5A 3OYEA 3VQ8A 1VRUA 1QSSA 4FXDA 4KI6A 1JXBA 2G8FA 1WAFA 1W9HA 4DFMA 3TAMA 1UAXA 2IC3A 5C24A 3VQPA 1S6QA 1ZBHA 1KVCA 4FJ7A 2VG7A 3NAEA 2HB5A 4M42A 3V4IA 4CGHA 1U4BA 4DG1A 4JRQA 4O5BA 3KTQA 4FZYA 4J2EA 1S9EA 3C6UA 4E19A 4CJRA 5E41A 2XO7A 1HPZA 1EETA 4RW7A 4KV8A 1C0UA 3HYFA 3LP2A 1S6PA 3MECA 4FCYA 4FYDA 4CEEA 1XWLA 3O4NA 5SZTA 4RG8A 4E7KA 3DI6A 3L2WA 4CGGA 1JLQA 3NHGA 3VQ5A 1L3TA 3HL8A 4MQ3A 4BDPA 4CJLA 3SQ0A 3ASMA 1D5AA 4LH5A 3JSMA 1S1WA 2HHQA 4B8CA 1S1UA 1CZBA 3T19A 4N56A 1QTMA 3HM9A 2G8HA 4LD0A 3MAQA 2YV0X 2PY5A 4GW6A 3TWHA 1RTIA 1FKPA 3THVA 4CJEA 3AO1A 2GV9A 4BE2A 3S3OA 4M3TA 1RT4A 4EP4A 4OPKA 4CJPA 4DQIA 3OVNA 4Z4HA 4DQQA 1YVUA 5I3UA 3LAKA 3DLBA 1T03A 2E6LA 3G0ZA 1LWEA 4Z4IA 4DQRA 3V1OA 5JS2A 3AVCA 3ZT3A 3HT3A 4CJWA 3QNNA 1IKWA 1YTAA 1U48A 2PYJA 3DLRA 3NE6A 1RT2A 4PUOA 5HROA 5CZ1A 3ZSQA 1K6YA 2F96A 2VWKA 5KTQA 5KRTA 3D0PA 3SYZA 3DM2A 1QE1A 4DSEA 4F4KA 4KB1A 4I2QA 4C8NA 2OPRA 1QSLA 4N76A 3CFOA 4FK0A 4CFBA 2X6NA 4CESA 4C8MA 4EP5A 3OYGA 1S9GA 2A1RA 4H4OA 3OYHA 4OVLA 3VQBA 3AVNA 3K58A 1TVRA 3CFRA 3ZT0A 5CZ2A 2F8SA 4DSIA 2YHBA 1UWBA 3PX6A 2VWJA 4E89A 1FK9A 4RW4A 4CEAA 3NH2A 4KHQA 4FJNA 1KCFA 1JLAA 4KO0A 2YKNA 5KGWA 1F21A 3SV4A 5C25A 4OPJA 3TAQA 1Z26A 3AVAA 3OYLA 4DTOA 3OYBA 2KZZA 3AVFA 1B92A 3AA4A 2E6MA 4CJFA 3K5MA 1NK7A 4K8XA 4RW8A 4E1NA 3TAFA 3F9KA 4NCAA 1WSEA 1TGOA 3AO3A 3V1QA 3NCIA 3PX0A 1TAQA 2YNFA 4B9NA 4FJJA 1HYZA 3QIPA 4DS5A 3HK2A 4FLYA 5KRSA 1QSYA 4FLVA 3I8DA 1ZBFA 5CYQA 1LW2A 5I42A 3AV9A 4KB0A 2HNYA 4GMJB 4DTUA 2G8VA 1CXQA 4M3XA 3VA0A 3KIOA 4LSLA 4CF8A 3OYJA 3SPYA 4KTQA 4H4MA 1ZYQA 1RDCA 3P1GA 4JS4A 1HMVA 1U04A 1D8YA 4DTJA 4CIEA 4CEFA 1SKWA 1IKXA 2B5JA 4DLGA 3L2RA 1X9WA 1XI1A 3HSTB 3MEEA 4E3SA 1Z25A 3QNOA 4B9UA 4CHOA 4PY5A 4IKFA 4OGCA 1JLFA 1T7PA 3LP1A 4DSJA 1ASVA 3HO1A 4DTRA 4CCHA 3QIOA 1WAJA 3MXIA 1HJRA 2Z1JA 3NF8A 4ID1A 4OKEA 4NYNA 3NGIA 3K2PA 2HW3A 2HHSA 4FM2A 4W5NA 2ITGA 2XY6A 4KFBA 5HLFA 1RTHA 3HPGA 3IS9A 4J2DA 3C95A 3KK2A 1RDDA 2JLEA 2D0AA 4KHSA 3O3HA 4KKOA 3VQ7A 1HYSA 4FLXA 4KTWA 1BIZA 3DOKA 3AVGA 4HCBA 1L3SA 2QK9A 1GOBA 1X9MA 3ZSVA 1BHLA 4RW9A 5HRRA 2DFFA 3KJVA 4FJGA 4CERA 4HTUA 3CM6A 5KI6A 1QS4A 3B6OA 1JLBA 1VSLA 1NK8A 1KTQA 1JLCA 3ALYA 3M8PA 3QLHA 4Z0UA 1ASUA 2G8KA 3D45A 4O4GA 3O3GA 4FZZA 4FK4A 3AVKA 2Y1IA 4Y1DA 4CGFA 4W5QA 3DYAA 4E0DA 4Z4EA 4BE0A 1MU2A 4F2SA 2PZSA 1EP4A 2EX3A 4FJ9A 3LPTA 4FJ5A 3C6TA 3L8BA 3QEIA 4BDYA 4J2AA 3VQ6A 4CEOA 4I9LA 5J2QA 5FRNA 1CXUA 3I0RA 2OPQA 5J1EA 1NJXA 1KLNA 4C8LA 4AHTA 3WNFA 4BWMA 2IOCA 4CK1A 1W0HA 1NKBA 1JL2A 2YNHA 2RPIA 3V9UA 3RRHA 1SUQA 1NKEA 1RT7A 4CJSA 1UOCA 2D5RA 2HHTA 2RN2A 1TKXA 1RBSA 4Y1CA 4OGEA 3AO5A 3L2QA 2R7YA 3QETA 3QEPA 2DTUA 1S1XA 1VK0A 4CJTA 2VG6A 1KSPA 1A5XA 4NYFA 3UIQA 5D3GA 1RDBA 3DRRA 3OS0A 1SL1A 1WSHA 4WE1A 4E7IA 4CHZA 3LZJA 4CHNA 4IDKA 1WSGA 4HUEA 1NJYA 2Z1HA 3OS1A 1XHXA 4DU4A 1TV6A 1KFDA 3LZIA 3U3GA 1VSHA 3S3MA 4KTZA 4O0IA 1BCMA 3OYKA 1IKVA 3AA5X 4CE9A 3KLFA 3AO4A 4OKKA 3LAMA 2OPSA 4CIGA 3MXMA 1TK0A 1SKSA 1Q9XA 3V9SA 3OJUA 1U47A 3U6FA 2EHGA 1UA1A 4RW6A 3K57A 1N6QA 1IO2A 1L3UA 2OZMA 2HVIA 3BGRA 1EX4A 1NK6A 4CEBA 3PO4A 5K14A 2ZQBA 4W5TA 1FKOA 2RF2A 4OLAA 1RT6A 1S1VA 4FJXA 3V1RA 3TANA 3NH1A 3KK3A 3M8SA 4CJ4A 1S1TA 3V81A 4Q0BA 4FM1A 1WSJA 3L3VA 4ELUA 3K5OA 1XC9A 3E01A 1GOCA 4OJRA 4DU3A 1NK0A 3AVHA 4QAGA 4CGDA 3KLGA 2G8IA 3RMDA 3KLEA 3MEGA 4KHYA 1TL3A 3AA2A 4CK3A 4FLUA 4AHCA 4I7FA 4CECA 4ZHRA 4KAZA 4CF9A 2KZMA 3VN5A 4HVJA 4CFCA 1TK8A 4BACA 4BE1A 4FLZA 3VQ9A 3VQEA 2D0CA 1TL1A 4CHQA 4CIFA 1RILA 4F8RA 3ZSOA 4Z4CA 4XIUA 3VQAA 4CJVA 4CF1A 4M3YA 1LAWA 2QXFA 4FW1A 4PA1A 3DMJA 3AVIA 4DTNA 1A5VA 3DLGA 1SL2A 2AJQA 3ZSWA 3V9XA 3QERA 3U3YA 1B9DA 1RT1A 4QOZB 5EU7A 4B9SA 4FLWA 4N47A 4CHYA 2XHBA 4JS5A 4FM0A 5HRNA 2QKKA 2DFEA 1NOZA 5DK5A 1KFSA 4YNQA 4UQGA 4OLBA 3ZT4A 3HPHA 3S3NA 4EZ6A 1C1AA 3IG1A 3SUNA 1LV5A 1ZBIA 2W42A 3TAGA 4E7JA 4PQUA 1JKHA 3LP3A 4DU1A 3KD1E 3T1AA 1TKTA 4IG3A 1TKZA 3PV8A 3SJJA 4FJHA 4KREA 1QQCA 1YT3A 1RDAA 1B9FA 1REVA 4HUGA 2ETJA 2FBTA 3V9ZA 4DTPA 2GUIA 4PWDA 3DRPA 2HHVA 1C1BA 4DF4A 2IGIA 2Y1JA 3KD5E 1GOAA 1BI4B 1IH7A 4E1MA 3VQDA 3HP9A 1X1PA 2VG5A 1D9FA 1HQEA 2KW4A 2O4IA 2BANA 1LWCA 2FBYA 3ZSRA 4CGJA 3RRGA 1TKDA 3L2UA 4G1QA 1RBTA 3K5LA 1D9DA 3ULDA 2X74A 4FW2A 4FJIA 5T7BA 3DRSA 1JXEA 1VSKA 4M3RA 2HHUA 3L2VA 4MFBA 2PYLA 3QESA 3AVLA 3QEWA 3A2FA 1FXXA 3SUQA 4B8AB 3M8RA 1RCHA 5J2NA 3KK1A 4ELVA 1RBRA 2BGGA 3NDKA 1LAVA 3ZT1A 4B9VA 2P5OA 4M3ZA 1SL0A 1Q9YA 3OY9A 1NK4A 3ZSZA 2IDOA 4FVMA 2DFHA 3ZSXA 1VSIA 4CJQA 3QO9A 1TK5A 2FC0A 1NK9A 4AHVA 3S9HA 1NJZA 5KGXA 1ZBLA 5J2PA 2YNIA 3SUOA 3M8QA 3OYAA 3OYMA 1C0MA 4IFVA 4KHUA 2KQ2A 4FLTA 1L5UA 4CJKA 3EY1A 3HJFA 4F3TA 1RT5A 3SZ2A 3RMBA 1NK5A 1BI4A 1J54A 3NBPA 1JLGA 5HP1A 4E7LA 3AA3A 5CYMA 4CFAA 1DTTA 5SWMA 3NGZA 4R5PA 4IFYA 1JL1A 1I3AA 1S5JA 4YFUA 2E4LA 1BGXT 3OYNA 4C8OA 1WN7A 3NH0A 2OZSA 2JGUA 2A1SA 2HHWA 3P5JA 4W5RA 3G10A 4ICLA 3F73A 2OYQA 4GVMA 4FJMA 2GBZA 1J9AA 1J5OA 4NCBA 4AHSA 1DLOA 4AH9A 3SCXA 4I9QA 1T05A 1IKYA 3ISNC 5DMRA 3BDPA 1HRHA 2QKBA 4LY7A 1HNIA 2X6SA 3RTVA 3HVTA 1ITGA 3DLEA 3SPZA 1UA0A 3IRXA 3PO5A 4J2BA 3ITHA 4CF0A 1YTUA 3WNEA 3ZCMA 5FDLA 4N41A 3SUPA 1EKEA 3LDSA 4CEQA 3LPUA 3EYZA 1NOYA 4TSXA 3LWLA 4CJ3A 2WOMA 1BQNA 3QEVA 2ZE2A 3SQ2A 3OYIA 2XY7A 3AVMA 3AVBA 2D0BA 3NGYA 3CG7A 4DFJA 4CHPA 1Q8IA 3EZ5A 4NCGA 4DS4A 4Q5VA 1NJWA 3RMCA 2B6AA 3QEXA 4ZTJA 3L3UA 3H08A 4FK2A 3OYFA 5HRSA 4DQPA 1CLQA 4N5SA 2F8TA 2FBXA 5C42A 4DWIA 3RMAA 1R0AA 4HUFA 4FJ8A 2I5JA 1ASWA 1QHTA 4DFPA 2HVHA 4KHNA 5FRMA 2BE2A 3CQ8A 1BQMA 4O44A 3TR8A 3TI0A 3DLHA 3T3FA 4I2PA 1WSFA 4E7HA 2HNDA 4LSNA 2Z1GA 4DTXA 3ZT2A 2P1JA 3VQCA 2KFNA 3MXJA 2XY8A 3K59A 2DY4A 4FJKA 3HPOA 3LWMA 1KRPA 2Z1IA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1RTJA 1GLFO 4EFHA 1IG9A 1U49A 1VSEA 3AARA 3O1BA 2YKMA 4B9LA 4BRMA 4AHUA 3VA3A 2ATQA 4RWTA 2RKIA 4BR9A 4YDUA 4H8KA 1HNWK 3NF9A 1Y97A 3VQQA 1VRTA 4DR2K 5HBMA 3UKUA 1NGFA 4B9TA 3M1FA 1C0TA 1J53A 2B4JA 4FJLA 1K8KA 2YI1A 1HNVA 1NKCA 3CYMA 2FF3B 4DV2K 4O0JA 2QEXN 2KFZA 4DSLA 3VETA 4B1UB 4M41A 3O9SA 4W5OA 3VF6A 3SV3A 3OJSA 3W3DA 4KRFA 2NUBA 1VQKN 5F2RA 4ZTFA 3DXKA 3QINA 1BIUA 4H5WA 4C8KA 4K8ZA 4KI4A 1VSJA 1L3VA 1RBVA 3PX4A 4KPYA 4QCLA 2HHXA 5J2MA 1HR0K 3TAEA 1Z6RA 3NF7A 4JLHA 3A0IX 4CEZA 4IBNA 1R59O 4CFDA 3RWUA 3CERA 5GINA 4DSKA 3CCUN 3CIPA 5FPEA 2VQFK 3SNNA 3TAPA 3AO2A 3CJCA 4DMNA 3VENA 4X64K 3V9WA 4LH4A 1I39A 2X78A 3MEDA 4CJUA 4IG0A 3HVRA 3OYCA 4B1XB 4ELTA 3VQ8A 1W9HA 1ZXOA 1ILYA 2OANA 5C24A 1S6QA 1ZBHA 2VWBA 3AGRA 2VYPA 3QFUA 4FJ7A 2VG7A 4ILJA 1Q18A 3V4IA 2GX9A 3HRGA 4DG1A 4DR6K 4JRQA 2D0PA 3KTQA 1S9EA 3C6UA 3ULEB 5E41A 4WQ5C 4IOXA 4RG8A 4MO5A 4BDPA 4MQ3A 2HMPA 1D5AA 3JSMA 4JI6K 1QTMA 3IUCA 3HM9A 4LD0A 2YV0X 3SMSA 3MN6A 4BR0A 1RGIA 5M1QA 3J7ZO 4EP4A 4IDHA 4CJPA 2IVOA 3OVNA 2PFUA 1T03A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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