4CJSA

Interrogating hiv integrase for compounds that bind- a sampl challenge
Total Genus 55
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
55
sequence length
153
structure length
148
Chain Sequence
b'SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRGYSAGERIVDIIATDIQ'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords INTEGRASE
publication title Interrogating HIV Integrase for Compounds that Bind- a Sampl Challenge.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule tags Transferase
total genus 55
structure length 148
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-12-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4cjsA00
3HO1A 4CHZA 5HLFA 1NK9A 2HNDA 3LWMA 2HNYA 4W5OA 4CJRA 3K5MA 1TK8A 1NOYA 1VK0A 3QNOA 3AVLA 2OA8A 3C6TA 3THVA 1S6QA 4UQGA 3EY1A 4DFMA 3SV4A 4NCBA 4CJVA 4NCAA 3K2PA 2JLEA 1ZYQA 1G15A 4CGJA 5DMRA 1N5YA 4KB0A 2FBXA 3AO3A 4FJGA 1YT3A 4DTOA 4CF1A 3O3HA 3V9WA 4CFBA 3LPTA 1SL1A 4F3OA 2HHSA 4FM1A 2E6LA 3JSMA 1X9WA 3PX4A 3DRRA 3B6OA 4OKKA 1S1UA 4I9QA 3DLBA 4GMJB 2IDOA 1CXUA 3DLEA 1K6YA 5HROA 2KZMA 3WNFA 4KRFA 1WSIA 3LP2A 4Q5VA 1C6VA 4CHNA 1U49A 4CJPA 5CZ1A 1DLOA 1NK0A 2FBYA 1HYZA 3DOKA 3ZSRA 3SZ2A 4DTRA 3NBPA 3KLHA 1NJYA 3HJFA 1IKYA 4AHVA 3NF7A 1KTQA 5J1EA 5HP1A 3LANA 3LWLA 4Z4HA 4CIGA 1RBTA 2R7YA 1SKWA 3ULDA 4YFUA 3AO4A 3TAQA 3TARA 4CEFA 3SJJA 2ATQA 4NYNA 4CHOA 1S5JA 2ZE2A 3VQ9A 4CEOA 3KD5E 4RW4A 3PV8A 4YNQA 4DQPA 3NFAA 3TAPA 2G8WA 3ISNC 3VQ5A 5C25A 4N41A 5D3GA 3B6PA 4IG0A 4C8NA 4OVLA 3KLEA 4FJ8A 3ZSZA 1BHLA 1IKXA 3L2UA 1NK4A 3ZT0A 2HHUA 2KZZA 4CEBA 4KHSA 4Z4FA 2AJQA 3VQBA 2QKKA 4KHNA 1X1PA 2HMIA 4FZZA 4CJ5A 1J53A 5HRSA 3NGZA 4ID1A 4FVMA 4N47A 3AA5X 3O3GA 5JS1A 2HB5A 4IDKA 5KGWA 2OPSA 4M3ZA 3VQ4A 3ZSWA 4FJXA 1RT2A 3AVIA 1B9FA 1HPZA 4KPYA 1VSDA 1NKCA 3NDKA 4CHPA 4M3RA 2FBVA 1VSMA 4DSLA 4K8XA 4Z4GA 1VSIA 1WN7A 4AILC 3TI0A 2XHBA 2JGUA 2EHGA 1TKDA 3AVGA 3SUPA 4RW9A 4DSIA 1FXXA 1RT6A 4DMNA 1REVA 1KRPA 3QETA 3RMBA 3KKSA 3VQPA 1HMVA 3MXIA 4OGEA 4B9MA 4F2SA 4FLWA 1QSLA 1FKOA 4CESA 1KVAA 1S9EA 4B9NA 2X6SA 4FJIA 4BACA 4FYDA 3T3FA 4E0DA 1GOCA 1LW0A 2YNGA 3O3FA 3CM5A 4E7HA 3NH2A 1EP4A 4FLYA 1VSHA 4O0IA 3ZT1A 4AH9A 2P5GA 4CECA 4FK2A 2VG6A 2E4LA 3NF8A 1TL1A 4RG8A 4EZ9A 1KVBA 4HCBA 1KCFA 4BWMA 2IC3A 3IAYA 2HVHA 3HT3A 4FJ9A 3MEDA 3MECA 1HQUA 1LAWA 4BE1A 2BDPA 1MU2A 3LZJA 3PX6A 4B9TA 1Z26A 2G8IA 2B6AA 4O5BA 1BIUA 1BCMA 2F8TA 4O0JA 3RMDA 3KTQA 2P1JA 2HHTA 2DFEA 3L2VA 4IFYA 4JRPA 1U04A 4RW6A 3TWHA 3T1AA 3DRSA 4DLEA 1X9MA 1C0TA 5E41A 2HHWA 2BANA 1JLBA 2G8KA 1W0HA 1JLEA 3SUQA 2Z1HA 4WE1A 4CJKA 1W9HA 2HW3A 1BL3A 3AVHA 3S3OA 4E7LA 2YKNA 4DG1A 5K14A 2HHQA 1ASWA 4O55A 4B9VA 1ZBLA 4LD0A 4FJLA 2FBTA 4J2AA 3KK3A 1TGOA 3SQ0A 1D9DA 4CF2A 1QQCA 3OYIA 4AHSA 3I0RA 3NGIA 2G8HA 2X78A 4AHTA 4KHYA 3OVNA 1D5AA 3ZSYA 3OYBA 4DLGA 1JL1A 1L3VA 4DQQA 1BIZA 1VSKA 3AVCA 4RW7A 1LWEA 2VWKA 3CFOA 4CFAA 4FCYA 4BWJA 1C0MA 4FZYA 1RBUA 1DTTA 2P5OA 3HPOA 4I2PA 5I3UA 4NCGA 3CG7A 3AA3A 3E01A 3NF9A 4B08A 1TKXA 1FKPA 2PYLA 1WSFA 2G8UA 1SKRA 2D0BA 1WSEA 4Z0UA 1RBRA 3SV3A 5C24A 1NJXA 1U48A 5CYQA 3V9SA 4OPJA 4C8MA 4DFPA 4I2QA 3NH0A 2PY5A 4Y1DA 4E7JA 4FLXA 3ZT4A 4N56A 1WAJA 1IKVA 3OY9A 4QAGA 3D0PA 5HRNA 2DY4A 4FK4A 4Z4CA 3ZSXA 1QSSA 2RKIA 4KTZA 2Z1GA 4AHUA 4ELTA 4XIUA 1HYSA 4DU1A 1XI1A 3O4QA 1BQMA 4JRQA 2KFNA 4PQUA 3HM9A 1U45A 1BISA 3P83D 4IG3A 3EZ5A 1NKBA 3AV9A 3AVBA 1RDBA 3HXMA 4DSFA 1TVRA 4MFBA 2QKBA 4CJWA 4CJQA 1I3AA 4CGHA 4C8OA 5KRTA 5SWMA 3OJUA 1HNVA 4I9LA 1WAFA 4EP5A 4OPKA 4FJ5A 4E7KA 3ZSVA 1GOAA 1VSFA 3L3VA 1QSYA 4FK0A 3DM2A 3HYFA 4E89A 3L2QA 2KW4A 3S9HA 4DF4A 4ZTJA 4O4GA 4CJ3A 1RTDA 3ZSQA 1QTMA 4J2EA 1RDCA 1R0AA 5HBMA 1RCHA 1YVUA 4H8KA 2KFZA 3VQCA 4BE0A 3K5OA 4CFCA 3HVTA 4DSJA 4CHQA 4ELVA 3D45A 2E6MA 3V1QA 3BGRA 2OYQA 2QXFA 2ZQBA 3HSTB 3AVJA 3CYMA 3M8PA 3ZSOA 1NOZA 4DS5A 4CGGA 3OYHA 1VSJA 3UIQA 4DS4A 1DTQA 1RBSA 2Z1IA 4KKOA 2I5JA 1B92A 3SQ4A 4N76A 1KFDA 3KKRA 1CLQA 1ZBFA 4DFJA 3OYLA 3MXMA 1QE1A 4LH4A 1CXQA 4CIFA 4FLUA 4CEAA 1I39A 3M8SA 1IKWA 3SPYA 4M42A 2VG5A 2NUBA 2YHBA 3LALA 3K5NA 1NK7A 3H08A 4KAZA 3IRXA 1UAXA 3MEEA 5FDLA 3HK2A 4OKJA 1RDDA 1SV5A 3WNHA 4M41A 3VQ6A 2VG7A 3VQDA 4CJSA 4DQIA 4M3UA 2QK9A 2B4JA 3V9XA 2DFFA 3AO2A 1SL0A 4HUGA 3MEGA 3PO4A 4KHWA 1YTUA 3PX0A 3KLGA 3V81A 3QNNA 4E1NA 2D0AA 4CK3A 3T19A 4IFVA 3VQEA 4FJNA 3QIOA 5KTQA 3SPZA 4CHYA 3QEPA 4L8RB 1EX4A 4CEEA 5J2MA 3VQAA 1RTIA 1UA0A 1L3SA 2RPIA 1EXQA 3G0ZA 4O44A 4OJRA 4W5TA 3G10A 3OYNA 4FW2A 4DU4A 1NJWA 3DYAA 3K57A 4CEDA 1NKEA 2P51A 3OYGA 3U3YA 1HNIA 3QESA 1JXEA 4FJMA 1S1WA 3DLRA 3TAFA 1CZBA 3HPHA 3KIOA 3V1RA 1EKEA 1BCOA 2HHVA 3HP9A 4KV8A 4KI4A 5FRMA 2LSNA 3L2RA 5J2QA 4CIEA 3TABA 1BQNA 3AA4A 3AVKA 4OKEA 3SI6A 4C8LA 1TAUA 3K5LA 3LAMA 2IAJA 1ASUA 5T7BA 4FM0A 1L3UA 4PY5A 2DTUA 2YHAA 1U4BA 3AA2A 1JL2A 3OS0A 3LZIA 4Z4IA 2D5RA 4J2BA 1VRUA 1VRTA 2X6NA 4CGFA 4CJFA 3VQQA 1SUQA 2HHXA 1XHXA 3V1OA 3ALYA 3KJVA 4JS4A 1TKTA 4JS5A 1HQEA 2BE2A 3I8DA 3SCXA 4TSXA 4CJLA 1UOCA 3OYKA 4G1QA 1Q8IA 2G8FA 3QEVA 4FXDA 3IG1A 4B8AB 2Y1IA 1JXBA 4EP4A 3L3UA 4F2RA 1ASVA 3P5JA 4KO0A 3K59A 5KI6A 4E19A 1Z25A 2RF2A 3DI6A 1RILA 2XO7A 1YTAA 3V9ZA 1SL2A 1SKSA 4M3XA 3ZT3A 4DSEA 3LAKA 5J2PA 1C1AA 2RN2A 2W42A 2KQ2A 5FROA 2YNIA 4KTWA 4CFDA 4N5SA 3JYTA 2DFHA 3NCIA 2ZD1A 3KD1E 4QOZB 1EETA 1A5WA 3AVFA 3ITHA 5HRRA 3FFIA 4GW6A 1LAVA 1TV6A 4DTNA 4B9LA 2OPQA 1T7PA 3AO1A 3VA3A 4PWDA 2O4IA 4FZXC 3ASMA 4KI6A 1WSJA 3KLIA 3C94A 2O4GA 3A2FA 2HNZA 3L2WA 4M3YA 3RTVA 1IG9A 4DFKA 4CEZA 2D0CA 4IBNA 3OS1A 1T03A 3RR8A 4KHUA 2YKMA 1O1WA 4CJ4A 1QHTA 4J2DA 2IS3A 4CJUA 4FJKA 1S6PA 4KFBA 4M3TA 3OYAA 2XY5A 4BDPA 4CK2A 4DTMA 1TK5A 1J5OA 3CFRA 3NHGA 2HVIA 1RTJA 2YNHA 4CJEA 3RMAA 1Q9XA 3LDSA 1IO2A 4M45A 5DK5A 1TL3A 3CQ8A 4ID5A 4ZTFA 3U3GA 4DQRA 1BI4B 4GVMA 5HRPA 4HTUA 2A1RA 1Q9YA 1VSLA 2XY8A 3OYCA 4DTXA 1C1BA 1FK9A 2GV9A 3U6FA 2FC0A 2YV0X 5CY4A 1JLCA 5C42A 3QERA 2KTQA 3F9KA 3S3NA 2OZSA 1F21A 4HUFA 5CYMA 1XHZA 3AVAA 1TKZA 3HPGA 1RNHA 3V6DA 2G8VA 3I0SA 4DQSA 1S1TA 1A5XA 3ZT2A 3AVMA 4AHCA 3V9UA 3SUNA 4BDYA 1LV5A 4CJTA 1X9SA 1KFSA 3VA0A 1CZ9A 4DTUA 4EZ6A 5KRSA 3QEXA 4CF0A 1L3TA 4HCCA 1Y97A 3VN5A 4CE9A 3OJSA 4LSLA 4E1MA 3K58A 4W5NA 4FLVA 4H4OA 1KSPA 1S1VA 3NAEA 1RT4A 3RR7A 1WNSA 2WOMA 4ZHRA 2OZMA 2ITGA 4FJJA 3CFPA 3RWUA 2Q3SA 1IH7A 3C6UA 3DRPA 1J54A 1JLAA 1TAQA 1QS4A 1GOBA 3RMCA 3SNNA 4CEQA 1XC9A 4B9UA 3DLHA 2EX3A 3CM6A 2IOCA 4W5QA 4KHQA 4H4MA 1LWCA 3V4IA 4CGDA 5CZ2A 1D8YA 2WONA 2BGGA 3MAQA 4BDZA 4E3SA 3ZCMA 4R5PA 3SYZA 2VWJA 1JLFA 3S3MA 4CF9A 4E7IA 2IGIA 1VSEA 3NGYA 1NK5A 4F4KA 2PZSA 3OYFA 4M3WA 3DMJA 4PA1A 3C95A 3MXJA 1RT7A 2GBZA 1B9DA 1T8EA 1NK6A 2ETJA 3OS2A 3SQ1A 4CF8A 2X74A 1NK8A 3F73A 4FJ7A 3RRGA 1C0UA 4OLAA 3TR8A 1HJRA 4FM2A 4FJHA 1WLJA 3LP3A 4B8CA 2B5JA 1ITGA 1JLQA 1WSGA 3QINA 3TAGA 4OGCA 1JKHA 4ELUA 3NF6A 4AHRA 1UA1A 1U47A 1TK0A 5FRNA 3KK1A 4CERA 3M8QA 3M8RA 3HP6A 4FW1A 1RTHA 4BE2A 1ZBHA 5JS2A 4DSKA 4KREA 1S9GA 2OPPA 4Z4EA 3PO5A 4CCHA 1RBVA 4KTQA 4CGIA 2OPRA 3QEWA 2XY6A 1HYVA 2Y1JA 1UWBA 1LW2A 3QIPA 3NH1A 4DU3A 3EYZA 3LP1A 5EU7A 1KLNA 2A1SA 1JLGA 2F96A 2GUIA 1KVCA 3DLKA 3QLHA 3OYEA 4F3TA 4QCLA 1RT5A 3PUFA 3SQ2A 1NJZA 3VQ8A 3AO5A 3L8BA 4W5RA 1T05A 3PY8A 4DTPA 1BGXT 1XWLA 3KLFA 4DWIA 4DTSA 3O4NA 4B9SA 3WNGA 3AVNA 4F8RA 3RRHA 5I42A 4HVJA 4Q0BA 2XY7A 3TAEA 4KB1A 3OYDA 1L5UA 4IKFA 4MQ3A 4LSNA 4DF8A 3TAMA 4DTJA 3QEIA 3BDPA 1RT1A 4HUEA 3KK2A 1S1XA 3DOLA 1A5VA 3WNEA 3VQ7A 1ZBUA 3P1GA 5J2NA 4K8ZA 4B3OA 3HL8A 1C1CA 3LP0A 4Y1CA 1KLMA 4NYFA 4HHTA 1BI4A 4RW8A 3TANA 1D9FA 4I7FA 4FLTA 3LPUA 4FLZA 3IS9A 4CK1A 3NE6A 3SUOA 3HVRA 2PYJA 1ZBIA 1N6QA 2XRIA 5SZTA 4PUOA 4LH5A 1WSHA 1J9AA 2F8SA 4LY7A 3OYMA 3OYJA 4JLHA 1RT3A 3DLGA 1HRHA 1RDAA 4OLBA 5KGXA 3QO9A 2YNFA 2Z1JA 4C8KA 4ICLA 1LWFA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1JJ2M 2HNDA 4BC2A 1VK0A 3C6TA 2IVPA 2Q0UA 2FBXA 1N33K 3EZWA 3LPTA 5BRDA 4FWKA 1BWFO 3ATVA 4I9QA 3P31A 2IDOA 3BZCA 5HROA 1K6YA 4A2BA 1WSIA 3LP2A 3I8BA 1C6VA 2F7TA 4DHYA 2FBYA 1HYZA 5AQVA 3FZMA 3VF4A 2ASPA 3SZ2A 3ULEB 4BRLA 3KLHA 1NJYA 4NLCA 5J1EA 5HP1A 4BGBA 4M7XA 1RBTA 4BREA 1SKWA 3AO4A 4NYNA 3VQ9A 2ZE2A 3KD5E 4RW4A 5C15A 3PV8A 4DQPA 1S3XA 3ISNC 1VQ9N 3B6PA 4IG0A 1SZ2A 3ZSZA 2V52B 3NVKA 4DCHA 4BRMA 5BRFA 3CJBA 4BR9A 1HKBA 2NNWA 5HRSA 3AA5X 2QTDA 3VQ4A 3CHWA 4U67L 1RT2A 1HPZA 3THXA 1NKCA 3CCLN 4K41A 1E3MA 4Z4GA 3O9TA 3AVGA 3OW2M 3O80A 4BRHA 4QS7A 4F2SA 3VF2A 2P9UA 1QSLA 4CESA 3KHYA 1WBDA 4FJIA 4BACA 4DR5K 4E0DA 3CM5A 4E7HA 1E4GT 1DKGD 1OKJA 1XC3A 3NF8A 1HKCA 3WUHA 5MLCQ 1KCFA 5AQOA 4FJ9A 4ILGB 4BE1A 2BDPA 4ISEA 4B9TA 1BCMA 2F8TA 5AR0A 3RMDA 2HHTA 2HF4A 3E66A 3TWHA 2D4WA 5JLHA 3DRSA 4DLEA 1C0TA 3KWGA 1Q82O 2P9LB 2FSNA 4YORA 4Z94A 5K14A 1ASWA 4DR2K 5M1FA 4FJLA 2FBTA 2P9PB 4J2AA 2IVNA 3SQ0A 4BC5A 1NM1A 3I0RA 3OVNA 3HBTA 4YDUC 4BRPA 5BR9A 4DQQA 1QQNA 2VWKA 1U2VA 1C0MA 4MLHA 1GLEG 1Y64A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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