4KTWA

Lactococcus phage 67 ruvc - apo form
Total Genus 61
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
61
sequence length
160
structure length
160
Chain Sequence
MKKILAINFSTASKKGEGTGYAFRKDGQVYVGSIKAYNPKKTAWERTFDIVNAIKDIIDEFDLKGYHLAIETPIMGRNRKHSITLANCNGYFIGAIDGLVNGYTFIDNSKWCSYHLISGKREQRKEESLELLKATGLVDSNCKDDNIADAYNILTYCEHL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
source organism Lactococcus phage bil67
publication title Mutants of phage bIL67 RuvC with enhanced Holliday junction binding selectivity and resolution symmetry.
pubmed doi rcsb
molecule keywords RuvC endonuclease
total genus 61
structure length 160
sequence length 160
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-05-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF07066 DUF3882 Lactococcus phage M3 protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4ktwA00
4CERA 5J2QA 1RTIA 1NK4A 1NKBA 3KLGA 3MXMA 5KRSA 4HHTA 5I3UA 3QO9A 4DQPA 4DTNA 3DRSA 4W5RA 3VA0A 3VQAA 3G10A 3VA3A 3KJVA 3ZSYA 4R5PA 1C1CA 1CXQA 2Z1HA 1ASVA 3LAMA 5DK5A 3SUNA 2XRIA 5E41A 2P51A 3CM6A 3S3MA 3O3HA 5C25A 3C94A 3U3YA 4CK2A 4N76A 3A2FA 4KAZA 4DTRA 4F3OA 1NK9A 1KVCA 3AVHA 3V1QA 5D3GA 1CZBA 4Z4CA 4O0IA 4W5TA 3QEIA 3DMJA 4BE1A 3UIQA 4FZZA 4KRFA 1QSYA 3KKRA 3V1RA 1LV5A 3HO1A 2ZE2A 1HYSA 5C24A 4AHVA 1U47A 4B9TA 2IAJA 3VQ4A 4CJRA 4DQIA 1VSMA 4FJKA 2HHXA 1U48A 3TAFA 4I9QA 3NHGA 3KK2A 4ID5A 4CJ5A 1UAXA 4RW6A 4RW9A 5CZ2A 3NF9A 1FKOA 4LSLA 3V9XA 1KLMA 2IGIA 3AVCA 3EYZA 1S5JA 1TK5A 4CJPA 4PQUA 2G8HA 4E89A 4KHUA 4DU3A 1KVBA 2FBXA 3RR7A 4E3SA 1RNHA 2BGGA 1T7PA 1HYZA 1RBUA 4DTMA 2HHUA 4EZ6A 1JL1A 2HB5A 4FLWA 4FLVA 2G8UA 1QTMA 4EP4A 1Q9XA 3U3GA 4BE2A 3HK2A 4ICLA 3SV4A 5KGWA 3SCXA 2HW3A 1WN7A 1WLJA 3HVTA 4Z4GA 1R0AA 4BDZA 1RCHA 1W0HA 3KK1A 1ITGA 2G8WA 4N5SA 4KB0A 3V81A 4Z4EA 3AVKA 3DLHA 1QSLA 1EX4A 4KPYA 4KFBA 4DTXA 4CEZA 2PY5A 3AO3A 3L2WA 4Z4HA 4W5OA 3F73A 3AO2A 3KIOA 1LAWA 4FJGA 4B08A 4C8MA 4Z0UA 1WSEA 3VQPA 3CFPA 2G8KA 2G8IA 2GUIA 1B9DA 2DTUA 4CGIA 4FJXA 3DRRA 1EETA 2OPPA 1FXXA 2P1JA 5J2MA 4DFKA 4I2QA 4CEFA 4CF1A 1U04A 2AJQA 3DLGA 4B9MA 1ZBFA 1QE1A 4CEBA 1T03A 4CJ3A 3OYCA 3QNOA 1IH7A 1HYVA 1ZYQA 3IS9A 1XC9A 4FJJA 3CFRA 2XO7A 4FW1A 4MFBA 3LP2A 2GV9A 3IRXA 3AVLA 1VSDA 1TKTA 4DSEA 3QEXA 1IKVA 2EHGA 1IKYA 2KTQA 3NDKA 3QEWA 3MEEA 2E6MA 3NAEA 4LD0A 3OJSA 2I5JA 3K59A 2YNIA 4CJKA 3T19A 4DS5A 4DSLA 2E4LA 3KK3A 2IDOA 5T7BA 4KHSA 4M42A 1KSPA 5KGXA 4DSJA 3H08A 1C6VA 1J54A 4RW8A 3K5NA 2DFHA 4E7JA 4FZXC 3I8DA 2OYQA 1ASWA 1FK9A 3DLKA 3LWMA 4B9SA 4B9VA 3DLRA 3NGYA 4CGDA 3LALA 2HVHA 4CJSA 3HP6A 4YNQA 1BCMA 1RDDA 3AA2A 3DM2A 4M45A 1TAQA 3DI6A 2PYLA 1GOBA 4KREA 3BGRA 3RWUA 4RG8A 1HQUA 3B6OA 4CEDA 4CIFA 4Y1CA 4KHWA 4PA1A 3C6TA 3D45A 3LPTA 2KW4A 3VQ6A 4FLXA 3RMDA 3HYFA 2HMIA 1BIUA 4M3RA 4KKOA 1QHTA 1VRUA 2XY7A 1BQMA 4ZTJA 1BCOA 5FRMA 1RDBA 2YNGA 4C8NA 1BL3A 3P83D 3L8BA 3P1GA 1SL0A 4CF9A 3TAGA 4GVMA 3WNEA 4CHQA 1HMVA 2FBTA 4DSFA 3AA5X 1BQNA 4AILC 3M8SA 1XI1A 1J9AA 4B8CA 1L3SA 4OJRA 4KTQA 5FRNA 1RT1A 3NH2A 4GMJB 4OPJA 3G0ZA 4IFVA 4E7HA 4DFMA 4CFCA 1S1WA 3QLHA 2KZZA 4I7FA 1D9FA 2YHAA 1C0TA 4FM0A 3ZSXA 2KFZA 1CXUA 3LDSA 4IG0A 1WSJA 1G15A 4E1MA 1I39A 2FBYA 3OYKA 4NCAA 3SPYA 2OPRA 3ISNC 3QNNA 4HTUA 3U6FA 3AO5A 4CFDA 4FJ7A 4AHSA 4CGFA 1YTAA 1XWLA 4CGHA 1U45A 4DWIA 1RBVA 4RW7A 4DF4A 4ID1A 3NF6A 4NCGA 4TSXA 4CESA 4B3OA 1JLQA 1C1AA 5SZTA 4DTPA 4JRQA 4HUGA 2OZSA 5HBMA 2DFEA 3HJFA 3K5OA 3RRHA 1CZ9A 2WOMA 4CK1A 4FLTA 1VSKA 1NK6A 4NYNA 4AHTA 1T8EA 2D5RA 4CJTA 4CEAA 2B6AA 3OYIA 2Z1GA 4CCHA 2D0CA 3QETA 2G8VA 1KFDA 5CYMA 1D5AA 1A5XA 3HM9A 2FC0A 2JLEA 4I9LA 1N6QA 4H4OA 3VQ7A 3OJUA 3CYMA 3HPOA 4DTSA 3KTQA 4DMNA 3ZSZA 4CJ4A 4EP5A 1VSHA 3OYHA 3L2QA 3EY1A 3VQ9A 1RDCA 1JXBA 3JYTA 3SUPA 3RRGA 4CEOA 5HP1A 4CJWA 1ZBHA 3B6PA 4FVMA 4J2BA 3MXJA 3AVMA 4O0JA 2ZQBA 4O55A 3ZT3A 2HVIA 1S9EA 4LY7A 2A1RA 1NKEA 4DSKA 4QCLA 1CLQA 1KVAA 3ULDA 3DOKA 3ZT0A 2YNHA 4OVLA 3AVIA 1B9FA 3VQ5A 1REVA 2OPSA 4FJ5A 4AHRA 3VQQA 1TL3A 3LANA 4Z4IA 2VG7A 2GBZA 3LZJA 1JLFA 2O4GA 2X74A 1RT6A 2QKKA 3RMBA 3ZSOA 1GOCA 3AVNA 2B4JA 1QS4A 4LSNA 3VQEA 3TI0A 2P5GA 3O4QA 3VQ8A 1UA0A 4KI4A 1NOYA 1HQEA 1BGXT 4N47A 4CK3A 3EZ5A 2F8TA 1KTQA 2OPQA 1YTUA 3E01A 4OKEA 4W5NA 1TVRA 1X9WA 1UA1A 3QEVA 4CFBA 1TL1A 1YVUA 2X6SA 3PO4A 4B9LA 2IC3A 4FK0A 2HHSA 1SKWA 4OKJA 1VK0A 1RT7A 4KHYA 4H8KA 1WSIA 4NCBA 3ZT1A 1VSEA 3K58A 4ELTA 1RILA 2D0AA 3RMAA 3NF7A 2HHTA 4RW4A 5K14A 5I42A 3O4NA 4CIGA 3OYAA 4Y1DA 3SUQA 4DU1A 3KD5E 1RT4A 3K2PA 2VWJA 3DYAA 4LH5A 3CM5A 3HXMA 1UOCA 4FLUA 4Q0BA 4DQQA 1C1BA 4DF8A 2HHWA 3ZT2A 3LAKA 4BE0A 4CEQA 3CFOA 3SQ4A 1L3VA 3KLIA 3HL8A 3QIPA 5KTQA 4CHNA 1NJXA 2BDPA 3K57A 2ATQA 3C6UA 1NK8A 1C0MA 4JS5A 3AA4A 2R7YA 3NF8A 5EU7A 1LWCA 2RPIA 4HCCA 3OYEA 4DFJA 1JL2A 3MEDA 4DLEA 1LAVA 3QERA 5HRSA 4F2RA 1IO2A 3V9SA 1A5VA 3SZ2A 1XHZA 3OYLA 2DFFA 4M3ZA 2Y1IA 1RBRA 3PUFA 1BHLA 1TV6A 3ZSQA 4C8OA 1FKPA 4BDPA 2BANA 1EXQA 1TK0A 1A5WA 2HNZA 1BI4B 3ALYA 4CFAA 1VSJA 3QEPA 4FK2A 1J5OA 3DLBA 4M3UA 1NOZA 4G1QA 4F8RA 1X9SA 1WSHA 1TKZA 2OA8A 4E7LA 3ZSRA 1S1UA 2JGUA 1IKXA 2DY4A 3KLEA 1Z25A 3AVJA 1TKDA 3OS0A 3SQ2A 2W42A 5CZ1A 4OGCA 4JS4A 3LZIA 3FFIA 4BDYA 1RTHA 3T1AA 4PY5A 2Y1JA 1NJWA 4F3TA 4H4MA 4E7KA 2ZD1A 5SWMA 2HHQA 1IG9A 3AVAA 2YHBA 3I0RA 4FM2A 4UQGA 3MEGA 1Q8IA 4DS4A 1HRHA 1VSLA 4O5BA 3JSMA 3ASMA 5DMRA 2HNYA 4B9NA 4M3TA 5JS2A 3L2VA 2KFNA 4O4GA 3VN5A 3OYJA 4HCBA 1RTJA 2XHBA 1ZBIA 1JLAA 3KLHA 3OS1A 1YT3A 1JLBA 4E0DA 1LWEA 4O44A 4GW6A 1EP4A 3HVRA 3RMCA 1NJZA 2O4IA 2KZMA 4CF0A 1MU2A 1NK0A 4CHPA 3SUOA 2X6NA 2YKNA 1N5YA 1ZBLA 1DTTA 3SYZA 2YKMA 4LH4A 1KCFA 4DG1A 4EZ9A 3NGIA 3DLEA 3WNHA 1ASUA 3NH0A 2PZSA 3OY9A 3AVBA 4CJVA 4IG3A 1W9HA 3LWLA 3PY8A 4KB1A 4FXDA 3V9WA 4CECA 3TWHA 4PWDA 3L3UA 1Q9YA 2NUBA 1QSSA 3I0SA 3OYBA 3SPZA 4ZTFA 4IKFA 4CGGA 4FK4A 1LW2A 5FDLA 3VQCA 1WSFA 2XY6A 3TAEA 4W5QA 4FJIA 4FJMA 2XY8A 3OYFA 1I3AA 4J2EA 1BI4A 3IG1A 3TAQA 3PX0A 1KFSA 2VG5A 4DQRA 5HLFA 3ITHA 3RTVA 2OZMA 2B5JA 2HHVA 4OLAA 4C8KA 2LSNA 1WAJA 2WONA 4DU4A 5KRTA 3MXIA 3HSTB 4E19A 4HVJA 3OS2A 3TARA 1NK5A 3TANA 4CJFA 1O1WA 3ZT4A 5HROA 3NFAA 1HPZA 2A1SA 4FJ8A 4F2SA 4OGEA 3OYMA 3TAMA 1U4BA 3QIOA 3LP3A 3IAYA 4DSIA 5C42A 2F8SA 3VQBA 1S6PA 1RT2A 2KQ2A 4BACA 3VQDA 1U49A 4MQ3A 1KLNA 4CE9A 1NK7A 3L3VA 4YFUA 1D9DA 4M3YA 4AHUA 1L5UA 3ZSVA 2FBVA 3V1OA 5J1EA 4FCYA 3DRPA 3AA3A 4CJUA 3TAPA 3O3FA 2VWKA 3PX6A 4WE1A 3V9UA 1D8YA 4Z4FA 4DLGA 1NKCA 3NBPA 1RBSA 2D0BA 3T3FA 3SQ0A 3C95A 1SKSA 2Q3SA 4CHZA 3NH1A 2VG6A 3OVNA 2Z1JA 3CG7A 3NE6A 4DTJA 4NYFA 4FLYA 1WNSA 3MECA 4KTZA 5JS1A 4KHNA 4CIEA 2QKBA 4E7IA 3K5LA 3D0PA 3WNFA 4B8AB 2RN2A 4N56A 4M3WA 1SV5A 4FJHA 4HUEA 1EKEA 4DFPA 4C8LA 2QK9A 3O3GA 2IOCA 2ITGA 1RT3A 2PYJA 1J53A 4FJNA 4OLBA 5KI6A 4I2PA 1JKHA 1F21A 3KKSA 1IKWA 1DTQA 4E1NA 4FM1A 1Z26A 1VRTA 3M8PA 1X1PA 4Q5VA 3HPHA 2QXFA 1S1VA 1DLOA 2RF2A 3P5JA 4BWJA 4PUOA 4J2DA 3S9HA 1HNIA 1XHXA 3AVFA 4XIUA 1X9MA 1JXEA 5CYQA 3SV3A 3V4IA 3V6DA 3V9ZA 1SL1A 3TR8A 3PO5A 4F4KA 3OYDA 4FZYA 4KHQA 3SQ1A 4N41A 2ETJA 1RDAA 1JLCA 1RBTA 1S9GA 4IDKA 1BIZA 5HRRA 4CF8A 4OKKA 4BWMA 1BISA 3QINA 4CJEA 4JRPA 4HUFA 1L3UA 1K6YA 1KRPA 3PX4A 5HRNA 3CQ8A 3DOLA 4ELUA 2HNDA 1TKXA 3L2UA 1T05A 5HRPA 1VSFA 1WAFA 5J2PA 4FJLA 1ZBUA 3L2RA 3LPUA 4FLZA 1S1TA 3M8QA 1LW0A 2F96A 2E6LA 4M41A 2YV0X 1HNVA 3AO4A 1RT5A 4JLHA 4ZHRA 1QQCA 1LWFA 1TGOA 4FYDA 3RR8A 4CJLA 3S3NA 4QOZB 4AH9A 3F9KA 4CGJA 4DQSA 2XY5A 4M3XA 2YNFA 4CHYA 1TAUA 3HPGA 1SKRA 4KO0A 4AHCA 3M8RA 1SUQA 2BE2A 3TABA 3SI6A 3THVA 3WNGA 1SL2A 3MAQA 1VSIA 1TK8A 3SNNA 3LP1A 3AV9A 1HJRA 1S1XA 3OYGA 5J2NA 1L3TA 4ELVA 4KI6A 3HT3A 3S3OA 3PV8A 3KD1E 1WSGA 5FROA 4FJ9A 3AO1A 2X78A 2IS3A 4B9UA 5CY4A 3ZSWA 1S6QA 2P5OA 3AVGA 3ZCMA 4CF2A 1NJYA 3LP0A 1Y97A 2EX3A 4QAGA 1C0UA 4CHOA 3OYNA 4J2AA 4CEEA 4L8RB 4IBNA 3HP9A 1UWBA 2RKIA 4KTWA 2Z1IA 4OPKA 3K5MA 3QESA 2G8FA 1JLGA 4FW2A 4KV8A 4CJQA 4K8XA 1GOAA 1RTDA 4IFYA 4DTOA 3NCIA 1JLEA 3KLFA 4K8ZA 3NGZA 3BDPA 1B92A 3SJJA 4DTUA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1RTIA 3KLGA 3VPZA 5KRSA 4HHTA 5I3UA 3VA0A 2RHKA 4DV6K 2D0OA 3VA3A 3ZSYA 4JYAK 4U7BA 4LFCK 2YJFA 5DK5A 3P4IA 2NRRA 2XRIA 4BRGA 4BR4A 4EAHD 5C25A 4F3OA 2PAVA 4BREA 3FR0A 3V1QA 4QS7A 4O8KA 3WT0A 5D3GA 3UIQA 3KKRA 1HYSA 4AHVA 1ATNA 2IAJA 3VQ4A 4DQIA 2DPNA 2D4WA 4JV5K 4ID5A 3GG4A 5AQJA 1W97L 1UAXA 4RW9A 3NF9A 1FKOA 4LSLA 2IGIA 3EYZA 3ZYYX 2UUAK 1BUPA 1KAXA 2G8HA 4KHUA 3RR7A 3VF6A 4E3SA 4BR9A 1DKGD 3DXKB 4WFBL 3IUCA 1MDUB 4A2BA 5BPMA 5KGWA 1WLJA 3HVTA 1XQSC 1KD1O 3DAWA 4BDZA 1WBBA 3L0QA 2G8WA 3EO3A 4KB0A 2P9SA 4K41A 3P39A 4KFBA 1VQ7N 3L2WA 4ISFA 4LF7K 4FJGA 4C8MA 3CFPA 1NGAA 2GUIA 1B9DA 4A62A 4CGIA 4FJXA 4R79A 2NZTA 4DFKA 4I2QA 3DLGA 1QE1A 1JCFA 3OYCA 3QNOA 4EFHA 1OKJA 1TKTA 4RCHA 2EHGA 1IKYA 1XC3A 3NAEA 3K59A 1NGEA 4CJKA 4DR7K 1YVNA 4EHTA 5EVZA 3KK3A 5T7BA 2YHWA 3H08A 1C6VA 3C6AA 3O1BA 4IFEA 2OYQA 4B9VA 4CGDA 4CJSA 4KREA 1RDDA 1K73O 4M45A 3DI6A 2PYLA 1GOBA 4WQ4A 4OO1J 1HQUA 3QFUA 4OPHA 4PA1A 3C6TA 3RMDA 3HYFA 4JI7K 5C2DA 2NLXA 1SL0A 3TAGA 1HMVA 1J9AA 1DT9A 5FRNA 4DUZK 4GMJB 3MX2A 5CR4A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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