4FWPA

Crystal structure of salmonella typhimurium propionate kinase (tdcd) in complex with gdp
Total Genus 134
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
134
sequence length
394
structure length
394
Chain Sequence
FPVVLVINCGSSSIKFSVLDVATCDVLMAGIADGMNTENAFLSINGDKPINLAHSNYEDALKAIAFELEKRDLTDSVALIGHRIAHGGELFTQSVIITDEIIDNIRRVSPLAPLHNYANLSGIDAARHLFPAVRQVAVFDTSFHQTLAPEAYLYGLPWEYFSSLGVRRYGFHGTSHRYVSRRAYELLDLDEKDSGLIVAHLGNGASICAVRNGQSVDTSMGMTPLEGLMMGTRSGDVDFGAMAWIAKETGQTLSDLERVVNKESGLLGISGLSSDLRVLEKAWHEGHERARLAIKTFVHRIARHIAGHAASLHRLDGIIFTGGIGENSVLIRQLVIEHLGVLGLTLDVEMNKQPNSHGERIISANPSQVICAVIPTNEEKMIALDAIHLGNVKA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule keywords Propionate kinase
publication title Mechanistic features of Salmonella typhimurium propionate kinase (TdcD): insights from kinetic and crystallographic studies.
pubmed doi rcsb
source organism Salmonella typhimurium
molecule tags Transferase
total genus 134
structure length 394
sequence length 394
ec nomenclature ec 2.7.2.15: Propionate kinase.
pdb deposition date 2012-07-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00871 Acetate_kinase Acetokinase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4fwpA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4fwpA02
5AQLA 1G99A 1X9JA 1XQSC 4HWIA 1BDGA 2CGKA 4BG9A 4FWMA 3IFRA 4FSVA 2YHWA 1GLEG 5JLFA 2CH5A 4NO7A 4FPBA 1V4SA 2ASOA 1U2VB 3L6QA 3ZETB 1NLVA 3VETA 4BR5A 4DQ8A 3DJCA 4I6MB 3QFUA 2V7ZA 4FWLA 1Y64A 3O4WA 4WYBA 5BREA 3IDHA 3MN9A 3ZX2A 2E1YA 2E88A 4BRMA 1QQOA 4WQ5C 4CZEA 4JHDA 2P9IB 2F9TA 4K25A 5AQNA 4BC4A 4FO0A 1E4GT 5EY4A 3WQUA 5AR0A 3MCPA 3O80A 3F9MA 3AAPA 3H1QA 2D4WA 1MWMA 3IUCA 4IZ9A 4K41A 3ZEUA 3IMXA 4A2BA 2QXLA 4A62A 5BN9A 3ATUA 4WQ4C 3VEZA 1NGCA 3CERA 2DPNA 3WEEA 1T6DA 5AZIB 3U4LA 3EKUA 4Z94A 1NGIA 5EVZA 2YJEA 1GLDG 1S3XA 4H5NA 3O08A 1Z6RA 3VEVA 2AA4A 4YDUA 3D2FB 4BRIA 4B1WB 3I33A 1MDUB 2Q2RA 1NBWA 3HM8A 3VEXA 4DCHA 3VPZA 1RGIA 3FZKA 3VGMA 3A5NC 3U9ZA 1V4TA 3GBTA 4A2AA 1YAGA 1KAZA 2V51B 5EX5A 1T44A 3CJ1A 3QICA 1ESVA 5LJWA 2HF3A 5EXWA 2YI1A 1K8KA 3O1BA 3RSEB 5AQPA 2I7NA 4FWKA 4ISEA 3CIPA 1BOTO 2CH6A 2FXUA 3UKUA 2A3ZA 4H0OA 4FWNA 4PKIA 1QHAA 3GOIA 4O5FA 1C0FA 4LC9B 2IVOA 5F0XA 5BN8A 5BPMA 3EL2A 2Q97A 4M7YA 4RTFD 4EHUA 2IIRA 2GWJA 1NGJA 4BRPA 1NGGA 4ISFA 3R8EA 2ZGZA 4K42A 2BTFA 4CD1A 1BUPA 4PL8A 1YUWA 3HI0A 2QWRA 1TYQA 2QWQA 2GWKA 4C23A 1NGDA 2GELA 4CZMA 4XH5A 3BEXA 4IXCA 4BR2A 4H0VB 5AQXA 1RFQA 5FPDA 3D2EA 3M1FA 4B1ZA 3CJ9A 5AFUA 5F1XA 2CGJA 3DXMB 4A61A 3CETA 4CZKA 2V52B 5ADXA 3WT0A 2P9LA 3FZFA 4BRHA 4H5RA 2IVPA 1Z05A 4DHYA 4H0PA 2E1ZA 3A5LC 3CI5A 2J4RA 3VEYA 4BGBA 2BUPA 3GE1A 3C7NA 3HZ6A 2QWLA 3A5MC 3KZBA 3SMSA 3LM9A 3WXJA 1LOTB 3CJ7A 3VENA 1EQYA 1SAZA 1U6ZA 3FZMA 4PKHA 4RCHA 4JHDB 5AQQA 4L3QA 3SK3A 3LDOA 4BR9A 5AQOA 1P8ZA 2P9SB 1BA0A 1E4FT 4FWRA 3WUHA 3CHWA 3KHYA 3U8XA 3WQTA 4BRNA 2FF3B 3LDLA 4H0YB 4XH1A 5TKYA 4BQZA 2AP1A 3M3ZA 3B8AX 4MO4A 3ENHA 3JS6A 3CQXA 1KAXA 2P9UB 1C0GA 1CZAN 3A5OC 4CZGA 3UE5A 2QWOA 5BRDA 2QWPA 3HSCA 3LDNA 3SLCA 4E1JA 2E2PA 2P9KB 5E84A 3SMPA 5AFUH 3ATVA 1HUXA 4QS8A 3BUZB 1GLBG 3S41A 5ADXH 5BRFA 4B9QA 3A8YA 5AQFA 3WXIA 1DGKN 2NLXA 3O8MA 5BPNA 4AM6A 4Y0WA 1HKGA 4GNIA 1U2VA 3ZETA 4CZFA 4FOEA 3KVGA 2QW9A 4H03B 4BROA 2P9PB 3J8AA 4JNEA 2Q0UA 3EO3A 2QM1A 5E26A 4CD3A 4FL9A 4FWQA 1ATRA 1NWKA 3DWLA 5FPEA 1HKCA 2E2OA 3VESA 5AZJA 3VEWA 4CBUA 1JCFA 2P9IA 4IJNA 4BRFA 2E20A 2FLOA 3AAQA 4CZLA 2A6AA 3MN5A 4NB4A 4XH4A 5AQHA 1NGFA 3O1WA 4B1YB 4CI6A 1HLUA 3MDQA 2GUPA 2A5XA 3CJAA 3OHRA 4BRAA 5ELZA 3HTVA 4CJ7A 1ZC6A 5AQSA 3QB0A 1BO5O 2F9WA 2Q1NA 5BR9A 2A40A 3M6GA 1NGEA 4GY2B 1TYQB 2Q36A 1QZ6A 1NMDA 3DAWA 3P4IA 4MLHA 3UB5A 3BP8A 3QDKA 4IWVA 2NRHA 4RWTA 2P9NB 2FF6A 3VOVA 4WQ5A 3UKRB 2ZWHA 3LL3A 2D0PA 2ZF5O 3R6MA 1GLJO 2NZTA 3ULEA 2P9LB 3ID8A 3FLCO 3EKSA 1X3MA 4H5VA 3FZLA 1NGBA 4BRQA 5AQMA 4H0TB 2A42A 2HMPA 4K43A 4WQ4A 5CE3A 4H5WA 3R9PA 3QFPA 1QQMA 4FPAA 5AQIA 5FPMA 3RSEA 3H3OB 5AQYA 3AARA 1GLAG 2ZGYA 3W3DA 1HJOA 3MN7A 3I8BA 5I9EB 4CZIA 4IO8A 1WUAA 2PAVA 3CQYA 4O8KA 1T6CA 4B1VA 4FWOA 3WXLA 4FOIA 1XUPO 3H1VX 4BRDA 3QBWA 4EHTA 5JLHA 1DKGD 1HX1A 3VGLA 3H46O 2H3GX 3FE1A 4YDUC 2EWSA 1ZBSA 4BREA 4BRLA 1X3NA 1R59O 3DXKA 4EFHA 3MN6A 3L4IA 1NGHA 3GG4A 4JD2A 1JCEA 1BG3A 5BPLA 3TU5A 3FGUA 5F2RA 3ZEUB 4JAXA 3ZX0A 3DXMA 2W40A 3LM2A 5KQ8A 1GLFO 5KPZA 3BF3A 2GEMA 2YHXA 3QBXA 4HTLA 4BC2A 3WEEB 3C0BA 5KPTA 5AQUA 4PKGA 1DEJA 1HKBA 1LCUA 4DB3A 1IJJA 3WXKA 2YCHA 2HOEA 2YHYA 1Q18A 3W0LA 3EZWA 1KXPA 3CJCA 5JICA 1TUUA 1QQNA 4QS9A 2I7PA 1XC3A 5AZJB 2ASPA 1WOQA 5KPRA 1D4XA 3BF1A 4QS7A 3O6WA 3TPQA 2ITMA 4MO5A 5AQTA 2D0OA 1OKJA 4I6MA 2P9SA 1QZ5A 3FFKB 4EIAA 5LY3A 2VYPA 2E2NA 4J8FA 2VWBA 4CZHA 5B8HA 3LDQA 2FSJA 2OANA 1RDWX 4ISGA 4BRKA 2ASMA 2P9UA 3MK6A 1MA9B 3VF6A 3LDPA 1K8KB 2PBDA 3GDQA 5AQRA 3O5BA 3H45C 4BC5A 4B1XB 3VF4A 4AM7A 3UKUB 2A41A 1YVNA 5AQJA 2P9KA 1NGAA 1J6ZA 4BR7A 3ZX3A 2YJFA 2W41A 3HBTA 4F9OA 4JN4A 5AQZA 1SZ2A 1S22A 1YXQA 4IJAA 3FZHA 5FPNA 3FR0A 2UYTA 3VERA 4FWPA 3A0IX 1H1VA 4BRGA 1HPMA 2CGLA 1TUYA 5AZIA 1BU6O 5BRHA 4CBWA 3SJHA 3ULEB 4M7XA 5AQKA 1IG8A 2P9PA 3EN9A 3H3NO 1MWKA 3CJBA 4H0XB 2GTDA 4CBXA 2FSKA 3D2EB 5AQGA 4PL7A 1BWFO 3ENOA 1BA1A 3H6EA 4BQLA 3D2FA 4MLEA 2VCPA 5JMVA 2IVNA 3GL1A 3D7EO 3MMVA 4XEIA 3VEOA 3VF2A 1GLCG 4BG8A 4EAHD 4M63C 5AQVA 2E2QA 2E8AA 4BVPA 4B1UB 1NM1A 3C7NB 3JXUA 4KBOA 1KAYA 1GLLO 4BGAA 5EOYA 2KHOA 5KQDA 1JCGA 4BR0A 4CZJA 2FSNA 3VGKA 3DXKB 4FWSA 3L0QA 5LJVA 4BC3A 4BR4A 2HF4A 1ATSA 5AQWA 4JD2B 2P9NA 1ATNA 2Q0RA 3AY9A 3UKRA 3U9DA 3QMLA 2QWNA 1SQKA 4BVOA 2D1KA 1ZXOA 2Q31A 2QWMA 4H5TA 2WUSA 3G25A 4BRCA 2V7YA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4PA1A 2OYQA 2HVHA 4JI1K 3PO5A 3DMJA 1JL2A 1G99A 4AHSA 3EY1A 3AO2A 3LP0A 2D0CA 4FSVA 2YHWA 3SUPA 3RMAA 4KKOA 3RRGA 5JLFA 2CH5A 4NO7A 1V4SA 4O44A 4C1NI 3D45A 2HHXA 4JYAK 3C6HA 4V19S 5FDLA 3QFUA 2V7ZA 1RT2A 4WYBA 4DTUA 3SCXA 3ZX2A 1RCHA 2GUIA 4K25A 4FO0A 4E1NA 1E4GT 1Q9XA 5AR0A 3MCPA 3O80A 3H08A 3H1QA 4Z0UA 1BGXT 4A2BA 1X9WA 2JWKA 1KVCA 1IKXA 4KHQA 4AHTA 3V4IA 5TKWA 3CERA 1Z26A 4DS4A 3BZCA 1BCOA 1T6DA 3CPEA 3LZJA 4Q0BA 4ZTJA 3I55N 4Z4CA 4R79A 2YJEA 3VMFB 4I7FA 3CQ8A 3K0SA 1TAQA 4W5QA 1C0TA 2HNYA 4FLVA 3CCJN 3D2FB 1YHQN 1MDUB 4E3SA 3OJSA 3HM9A 4YOYA 3VPZA 3KLIA 1RGIA 1V4TA 4A2AA 4MDAA 3G71N 4FVUA 3QESA 1NK9A 3C6UA 2UXDK 5EX5A 1T44A 1U47A 1TKZA 4AHRA 2QKBA 3L2RA 4NXNK 3TAQA 3NMUA 4OGCA 3CIPA 4JK9A 3J7AP 4FWNA 3T69A 3K59A 5F0XA 3M8SA 2Z1JA 4M7YA 4EHUA 2IIRA 5C24A 2GWJA 4ISFA 2BTFA 2VGNA 4PL8A 1YUWA 2W6LA 4OPKA 2QWRA 1TYQA 4OO1J 4RW6A 4Z4IA 2NRVA 1NGDA 1YJWN 3BEXA 1YF5L 4B9MA 4H0VB 4ELVA 1Q81O 4PY5A 4B1ZA 2R7YA 5AFUA 2CGJA 1W2BM 3ISNC 4GKJK 2P9LA 4H5RA 1Z05A 2OTJN 3CI5A 3K9JA 5HRNA 2RKIA 3TARA 2BANA 3HZ6A 4JI8K 3HK2A 3WXJA 3CC7N 1LOTB 3VENA 3SQ0A 1U6ZA 4FJXA 2O8CB 1IKYA 4E0DA 2ETJA 4LF5K 3VQEA 1P8ZA 2XRIA 3DLRA 3CHWA 3SBTA 2FF3B 4AHUA 1XMQK 3M5RA 3M3ZA 3AVMA 1KFSA 3ENHA 1WLJA 3JS6A 1IBKK 2P9UB 4CIFA 1S1VA 1UOCA 4DR5K 3SLCA 4CEOA 4FM0A 4KHNA 3NFAA 3SQ2A 3SNNA 5E84A 1QS4A 1VSFA 2B4JA 3ULDA 4BACA 4OJRA 2KKZA 4QS8A 1VQKN 3NVKA 4LF8K 4ELUA 3WXIA 3O8MA 1HKGA 1Q7YO 4IFYA 4CZFA 3NDKA 4XIUA 3CMAN 4BROA 1S9EA 3J8AA 3KKSA 2QM1A 1FXXA 4FL9A 3KK2A 1ATRA 1NWKA 5FPEA 4J2AA 1KD1O 1VSMA 3VESA 5AZJA 1N34K 3L2QA 3G0ZA 1LW2A 4CBUA 1JCFA 4A5BA 1VSIA 4J2BA 1TAUA 4CZLA 2DFEA 3MN5A 1HRHA 5AQHA 5DM7L 4CI6A 1VQ5N 4OX9K 3MDQA 3CCLN 2GUPA 1WSFA 1OH5A 4I2QA 5ELZA 1VSEA 3QINA 4H4MA 1HNWK 1Y97A 3ITHA 4BY9C 2G8IA 2ZQBA 2Q1NA 3MXJA 4HUFA 3DRPA 3V9XA 4GY2B 2Q36A 3DAWA 3ZSVA 5FLXO 1FKOA 3UB5A 4LF9K 3QDKA 1L3UA 4HCBA 3LPUA 1E3MA 3QEPA 1NK5A 4ID5A 3VOVA 1NJWA 2WBNA 3BGRA 4IDHA 2ZWHA 3LL3A 4KTZA 2QTDA 4Y1DA 1GLJO 3CCSN 3L2WA 3ID8A 4B9SA 3ZSWA 4CFCA 1J54A 1X3MA 5HLFA 4B3MK 5M1PA 4MQ3A 1D5AA 5C12A 2HMPA 3DYAA 4C8NA 3MAQA 3EYZA 3U6FA 3O4NA 3QFPA 3I0RA 5C2FA 1TKDA 1RILA 1XNRK 1RT1A 4CJKA 1ZBLA 1GLAG 1HJOA 3MN7A 2HBKA 4N76A 3CC2N 2PAVA 4FJJA 3DOLA 4L8RB 4B3OA 3NF7A 3WXLA 4DR4K 4FOIA 3H1VX 4CEQA 2YX6A 4EHTA 3VGLA 2NRZA 3FE1A 4DR3K 1NK0A 3ZT0A 2VGMA 2GV9A 2GBZA 3O9UA 3NAEA 4A59A 4JD2A 4FZZA 2P51A 1RBRA 3FGUA 4N47A 3ZEUB 3OBWA 3LWMA 2KZMA 3LM2A 3TAMA 4DF4A 4O5BA 1GLFO 3CMEN 2YHXA 4BC2A 4M3RA 1BI4B 3ZSXA 3AO5A 1HNXK 5AQUA 4KPYA 2O8BB 3DLGA 3L8BA 1S72N 4DQIA 2HOEA 3W0LA 3EZWA 1K9MO 5DK5A 1TVRA 1X1PA 5MLCQ 4IKFA 1LV5A 3AVCA 4WF9L 2O8CA 3UIQA 1XC3A 1NKEA 1QE1A 1IG9A 5KPRA 4JRQA 4IOCL 3QIPA 4AHVA 3O6WA 3TPQA 2ITMA 4MO5A 2D0OA 1ZYQA 4I6MA 5SZTA 1ZBIA 1BIZA 2E2NA 4DQPA 3BDPA 2OANA 1QSSA 3T1AA 2P9UA 2F8TA 4M3WA 3KK3A 3UKUB 1IV0A 1YVNA 5AQJA 2AJQA 4NCBA 4AILC 3DLEA 3HBTA 4F9OA 1S22A 3K9KA 4ID1A 1UA1A 3MWPA 4NYFA 4DR1K 2LSNA 1H1VA 1K73O 2CGLA 1TUYA 5AZIA 4X64K 2OPQA 1BIUA 4DV2K 4DSFA 4CBXA 1NKCA 3M8PA 1WNSA 3D2EB 5AQGA 4PL7A 1BWFO 3R1XA 5KGXA 3O3GA 5JMVA 3GL1A 4XEIA 1SV5A 4A5AA 4WFBL 4M63C 2E2QA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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