4FWPA

Crystal structure of salmonella typhimurium propionate kinase (tdcd) in complex with gdp
Total Genus 134
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
134
sequence length
394
structure length
394
Chain Sequence
FPVVLVINCGSSSIKFSVLDVATCDVLMAGIADGMNTENAFLSINGDKPINLAHSNYEDALKAIAFELEKRDLTDSVALIGHRIAHGGELFTQSVIITDEIIDNIRRVSPLAPLHNYANLSGIDAARHLFPAVRQVAVFDTSFHQTLAPEAYLYGLPWEYFSSLGVRRYGFHGTSHRYVSRRAYELLDLDEKDSGLIVAHLGNGASICAVRNGQSVDTSMGMTPLEGLMMGTRSGDVDFGAMAWIAKETGQTLSDLERVVNKESGLLGISGLSSDLRVLEKAWHEGHERARLAIKTFVHRIARHIAGHAASLHRLDGIIFTGGIGENSVLIRQLVIEHLGVLGLTLDVEMNKQPNSHGERIISANPSQVICAVIPTNEEKMIALDAIHLGNVKA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Transferase
molecule keywords Propionate kinase
publication title Mechanistic features of Salmonella typhimurium propionate kinase (TdcD): insights from kinetic and crystallographic studies.
pubmed doi rcsb
source organism Salmonella typhimurium
total genus 134
structure length 394
sequence length 394
ec nomenclature ec 2.7.2.15: Propionate kinase.
pdb deposition date 2012-07-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00871 Acetate_kinase Acetokinase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4fwpA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4fwpA02
5FPMA 2HF3A 5F2RA 3TU5A 4BVOA 5AQGA 2HF4A 2Q0UA 4B1VA 5AQTA 2IVNA 2A40A 4CBWA 3BUZB 4K25A 4EFHA 1IJJA 3WEEA 4BR0A 3O80A 2WUSA 3BF1A 4PL8A 3ULEB 3WUHA 4H0YB 5LJVA 3HZ6A 4H0TB 1K8KA 4H03B 1HKCA 4JNEA 3HI0A 3HM8A 4BRLA 3JS6A 2IVOA 2H3GX 1NGDA 3SK3A 2YHXA 3UKRA 4CZFA 2P9KA 5TKYA 2VWBA 5AQLA 4QS8A 5AQIA 2CH5A 3SJHA 2FSJA 2Q97A 4QS7A 2PAVA 1JCGA 1SZ2A 3WXJA 1T6CA 4WQ4A 3VF4A 3VERA 1GLJO 4XEIA 3AARA 2A41A 1NWKA 1NGBA 3KZBA 4FWPA 1X3NA 4M7YA 1U2VA 4XH1A 4JAXA 2YI1A 1QZ6A 2V7YA 2GWJA 3ID8A 1BWFO 1NGFA 5KQDA 4H5NA 1MWKA 1GLBG 1RDWX 1EQYA 1HX1A 2A42A 3VPZA 3HTVA 3O5BA 5AQZA 3AAPA 4C23A 2CGJA 5EXWA 3WEEB 2F9WA 3HSCA 4BQZA 4MLHA 4ISEA 3U8XA 3AAQA 3H1VX 5BR9A 1S3XA 5BRDA 1K8KB 4CD3A 5BPMA 1GLDG 2QXLA 1TUUA 3DXKA 3EN9A 1SQKA 1J6ZA 1CZAN 4B9QA 2GWKA 1ZBSA 1NBWA 1BA0A 3LDPA 3UKRB 1ZXOA 1WOQA 1RGIA 2E2PA 1Q18A 3U9ZA 2FF6A 3VEWA 4PKHA 4CZEA 3O1WA 3ZETA 5BREA 3CIPA 2P9PA 5AQUA 5B8HA 1OKJA 1NGEA 2UYTA 4BRKA 1BU6O 1NGHA 3C7NA 4IXCA 2QWNA 3VEZA 3IFRA 3UE5A 1BDGA 4BR4A 4K43A 3H3NO 1NGGA 1NGJA 1U2VB 3FE1A 4I6MA 4PKIA 4YDUA 5AQVA 3IDHA 1NLVA 5KPZA 1JCEA 1QZ5A 5BN8A 3CERA 5BRFA 3DXMB 3VGLA 2BTFA 2I7NA 2DPNA 1HLUA 3BF3A 2A5XA 4BREA 3CQYA 3QBWA 3EZWA 2YHYA 3A5OC 2GEMA 5FPNA 1ESVA 3DXKB 5CE3A 3BP8A 3VF2A 1JCFA 2ITMA 3CI5A 3A0IX 3AY9A 3J8AA 3QFUA 1Y64A 3D2FA 5AZJA 1HJOA 1HKBA 2D4WA 3UKUA 2NRHA 3ZETB 3DWLA 4HWIA 2P9PB 2CGLA 2IVPA 3VOVA 5EOYA 2E1YA 5AQXA 2HOEA 4DHYA 1DEJA 4FWQA 3C7NB 3CJAA 4KBOA 3CJ7A 2KHOA 1ZC6A 3VESA 1QQMA 4DCHA 3ZX3A 4BG8A 4I6MB 3VEXA 1TYQA 3VEVA 1D4XA 1GLEG 3QMLA 3ZX0A 3FZLA 2FSNA 1MA9B 2GUPA 4EIAA 2QWRA 4BRPA 2F9TA 3EKUA 1V4SA 2P9LA 4RWTA 3A8YA 5KQ8A 1R59O 5ELZA 3ZX2A 3LDQA 2ASMA 4BR2A 2P9IA 4GY2B 3UB5A 4ISGA 1P8ZA 3L4IA 4CJ7A 5AR0A 4B1YB 2EWSA 3FLCO 2P9SB 5EY4A 3MN5A 3VEYA 3SLCA 3MN9A 4BR9A 3MN6A 2J4RA 1LOTB 3FGUA 3R9PA 4QS9A 2YJFA 1SAZA 5AQKA 4BQLA 1BG3A 3D2FB 5AZJB 4FWSA 3DXMA 5F1XA 3UKUB 3R6MA 2D0PA 3WT0A 4FWRA 1BUPA 2FSKA 3QFPA 2P9NA 2YJEA 2VYPA 4LC9B 4BRNA 1ATNA 1DGKN 2NLXA 1YXQA 4HTLA 1GLCG 1HKGA 3WXLA 5JMVA 3B8AX 5BRHA 4H0PA 4O5FA 1TYQB 2A6AA 3CJBA 4CD1A 5ADXH 2V52B 1NM1A 2E8AA 2A3ZA 3L6QA 4FPBA 2ASPA 2P9LB 3GOIA 2CGKA 4FSVA 3R8EA 2YCHA 4CZMA 4Y0WA 3IUCA 3LM9A 1T44A 4BG9A 1U6ZA 2P9IB 1XC3A 5AFUH 3ENHA 4BVPA 5AQYA 4RTFD 2OANA 2E88A 1NMDA 5JLFA 2E20A 3LDOA 5LY3A 4PL7A 4FOIA 3CJCA 2AA4A 4H5VA 2E1ZA 4CZJA 4O8KA 4BGBA 4BGAA 1IG8A 1S22A 1NGAA 3WQUA 3FFKB 3CQXA 3MMVA 3S41A 3SMPA 4NO7A 2NZTA 2QWMA 3A5NC 4BC3A 3FZMA 2P9NB 3GL1A 3H1QA 4B1WB 4BC2A 4BRCA 2AP1A 3A5LC 5JICA 4FL9A 2I7PA 2Q2RA 3A5MC 3LDNA 2P9SA 5AQFA 4DB3A 5BN9A 3QBXA 4DQ8A 5BPNA 3VENA 3ATVA 2FLOA 3W3DA 4ISFA 3WXKA 3VGKA 3ENOA 4CBXA 4CI6A 1Z05A 2VCPA 2W41A 4NB4A 4BRDA 3JXUA 4FWLA 2P9UA 1YVNA 4MO5A 4EHUA 5LJWA 3ATUA 4JHDA 4K42A 5AZIA 4WQ5C 2ASOA 1C0GA 3GDQA 3CJ9A 4CZGA 4J8FA 1ATSA 4MLEA 2E2NA 1KAYA 3MCPA 5BPLA 2Q31A 3KVGA 4IJNA 2ZF5O 3H3OB 5ADXA 1H1VA 5AQWA 1BOTO 3WXIA 4XH5A 3I33A 1YUWA 5JLHA 3HBTA 4MO4A 3BEXA 1HPMA 3VETA 5EVZA 1C0FA 3TPQA 2V51B 3GBTA 1DKGD 5AQRA 4CZLA 2QWQA 1KXPA 2ZGYA 5E26A 1YAGA 3L0QA 5AQMA 5AFUA 5FPEA 5AQQA 1KAZA 5FPDA 2QM1A 5E84A 4RCHA 4H5RA 4B1XB 3GG4A 3QICA 1XUPO 3FZFA 5KPRA 4M7XA 3M1FA 1QQNA 2V7ZA 3IMXA 3D2EA 1ATRA 4K41A 2BUPA 4BRGA 2Q0RA 4BRHA 4JD2A 1MDUB 2HMPA 3GE1A 5AQOA 4B1UB 3CJ1A 3P4IA 3MDQA 3DAWA 3VEOA 1X9JA 4A62A 4CBUA 4H5WA 1QHAA 3O1BA 4FWNA 4EHTA 1GLFO 1BO5O 1X3MA 2P9UB 4H0OA 4BRFA 2FXUA 4JHDB 5AZIB 5I9EB 4WYBA 2QWOA 4A2BA 4BROA 4BR5A 2ZWHA 4L3QA 4CZKA 4AM6A 4CZHA 2Q36A 2ZGZA 3F9MA 4AM7A 4BRIA 4IJAA 3QB0A 4BR7A 1LCUA 3CHWA 4Z94A 4FO0A 3H45C 2D0OA 3EKSA 4FWMA 4IZ9A 4CZIA 3MN7A 5AQNA 1BA1A 4A2AA 3C0BA 3O08A 5AQPA 3EO3A 4BC4A 3ZEUA 3LL3A 1E4GT 1XQSC 4WQ4C 3RSEA 4M63C 4E1JA 4FWOA 3WQTA 4BRQA 1WUAA 4EAHD 2W40A 3D2EB 3O8MA 2PBDA 3D7EO 3SMSA 1V4TA 3M3ZA 4JD2B 3DJCA 1MWMA 2P9KB 3U4LA 2QW9A 3H6EA 3O6WA 4BRMA 5F0XA 5EX5A 3LM2A 4GNIA 2GTDA 4H5TA 4H0XB 4BRAA 4F9OA 1NGIA 1TUYA 2QWPA 4B1ZA 3G25A 4WQ5A 2Q1NA 1GLAG 3M6GA 3ULEA 3VF6A 3FZKA 3H46O 4JN4A 4A61A 2E2OA 3I8BA 1E4FT 4FPAA 4FWKA 5AQSA 3FR0A 1KAXA 1RFQA 1NGCA 5AQJA 4XH4A 2QWLA 3VGMA 3LDLA 4IO8A 3CETA 3OHRA 2GELA 3U9DA 5AQHA 1HUXA 2YHWA 4PKGA 2FF3B 4BC5A 1QQOA 4FOEA 3W0LA 2E2QA 3O4WA 3ZEUB 3FZHA 3RSEB 4H0VB 1Z6RA 2IIRA 3QDKA 5KPTA 2D1KA 1T6DA 1GLLO 1G99A 2CH6A 3MK6A 3EL2A 4IWVA 4YDUC 3KHYA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5F2RA 4IFYA 4BVOA 4DV1K 5AQGA 2Q0UA 3AVFA 4B1VA 2D0BA 2A40A 4CBWA 3RR8A 4ELVA 4DQIA 4FJ8A 1L3SA 1VSEA 4CJWA 3RMCA 3RR7A 4AILC 1K8KA 1HKCA 5CZ1A 3MXMA 1CZ9A 3THWA 4CEQA 4RW4A 3KLIA 3O9SA 4NCBA 2I5JA 2H3GX 4X66K 4ZHRA 3OJSA 1J54A 2HBLA 1C0UA 2YHXA 2P9KA 4FJHA 1NOYA 3OYLA 2VWBA 5AQLA 3CG7A 3L8BA 1TKZA 2CH5A 3ZSOA 4AHRA 1WSFA 4QS7A 2PAVA 4DQPA 3NF8A 3WXJA 3V81A 2A1RA 3VF4A 3OYFA 2D0AA 3MX2A 4FJ5A 1RILA 1K9MO 4FWPA 1X3NA 1KQSM 3TTDA 4PQUA 4KI4A 4QAGA 1RDWX 3NVKA 1EKEA 4M45A 2B6AA 3AVCA 3O5BA 1BI4A 4ICLA 3C94A 2CGJA 5EXWA 1JLQA 4JI2K 2QEXN 4BQZA 3HSCA 4A59A 1KFDA 3H1VX 5BR9A 3KK2A 1SKSA 3MXJA 1HMVA 5J2NA 1JKHA 2QXLA 1TUUA 3ZSWA 1G15A 1SQKA 4B9QA 3JAMO 1ZYQA 3MECA 3UKRB 1WOQA 1NJWA 4CZEA 1FW6A 1ZBLA 2P9PA 3TSUA 1WSGA 4WE1A 4CJSA 1NJXA 3C7NA 3O4NA 2ZD1A 3RMBA 1J53A 5GAGP 4BR4A 4K43A 4LF9K 1NGGA 4DF8A 1YJ9N 4N5SA 2DFFA 2EHGA 3IDHA 1NLVA 3QO9A 1NJYA 5BN8A 2BTFA 3MEDA 2DPNA 1HLUA 3BDPA 2A5XA 3FFIA 4CF9A 3MEEA 3EZWA 2YHYA 3OYCA 4YOUA 1N34K 5FPNA 3DXKB 4DF4A 3SPYA 2KZMA 1WSIA 3TSQA 1XNQK 1JCFA 3QLHA 3A0IX 4I2QA 3E9PA 4PHTX 5HRPA 3D2FA 4JK7A 4IEIA 1FK9A 2GX9A 4W5TA 3ZETB 2CGLA 4DHYA 1EXQA 3HL8A 1IBMK 4KBOA 2X6NA 3VESA 2PY5A 5J2PA 3MX5A 3VEXA 3ZX0A 1RBUA 3FZLA 1MA9B 2QWRA 2KTQA 3ENBA 4FW1A 4FLVA 3AVJA 1V4SA 1TV6A 4CHNA 2X6SA 3ZX2A 4BR2A 4IO9L 4K8XA 1BQNA 4ISGA 1P8ZA 4IEEA 5HRRA 1S6PA 3NH0A 3MN5A 5LMUK 3SLCA 1T8EA 2XHBA 2J4RA 3SBGA 2O8FB 3E01A 4JI1K 1U48A 1XMQK 5HBMA 5AZJB 3DXMA 2WC9A 1QTMA 3CCVN 3EEQA 3PIPL 2ZE2A 3L2UA 1BUPA 2YJEA 4Y1CA 2G8VA 2NRTA 1N33K 3QESA 4KV8A 1DGKN 2QTDA 1YXQA 1RTJA 1GLCG 1HKGA 3WXLA 3VQQA 1TYQB 1TKDA 3CJBA 4CD1A 4CJFA 2DFHA 2V52B 2GBZA 4WF9L 2E8AA 1B92A 2A3ZA 1Z25A 1RBTA 2F8TA 3K58A 2ASPA 4Q0BA 3GOIA 4FSVA 3ZYYX 3AVGA 4LD0A 2VQFK 3T7ZA 1S6QA 1T44A 4CJLA 1EETA 1LAWA 4NXMK 2ZQBA 4CECA 3J81O 4RTFD 1RT3A 2E20A 2ETJA 2E1ZA 4CZJA 5DM6L 4O8KA 4CGJA 1BIUA 3KWGA 1S22A 3NF9A 2O8EB 2VG6A 3AO4A 3FFKB 3MMVA 3V9XA 4V19S 3A5NC 4BC3A 1KLMA 3FZMA 3DLEA 2P9NB 3GL1A 1EP4A 3A5LC 5E41A 4FL9A 4DSEA 3VQPA 3CFOA 3I8DA 1M90O 2JWKA 1SKWA 4KRFA 4O8UA 2O8CB 2O8BB 1L3VA 5AQFA 1D8YA 4DQ8A 3VENA 4UQGA 4E89A 3KLGA 4JV5K 1BGXT 3P31A 2HHTA 3E9OA 4Z4HA 4ISFA 5FLXO 3WXKA 3VGKA 3R1XA 4NB4A 3PO4A 1REVA 4O44A 4FWLA 5HROA 5LJWA 4EHUA 4DQQA 2B4JA 5AZIA 3QIOA 4E7KA 3OY9A 2ASOA 3GDQA 3THYB 2G8WA 3QNNA 4HUEA 4AHVA 3KVGA 2P5OA 3H3OB 5ADXA 3L2WA 5JS1A 1H1VA 5AQWA 4XH5A 4Q5VA 4JKFA 3G6EN 4MO4A 4JI8K 1CZBA 3AO3A 1HPMA 3VETA 4E19A 3TARA 2PYJA 4ID1A 5I3UA 5AQMA 5M1OA 4BDZA 5AFUA 5FPDA 1KAZA 3QIPA 4FJGA 4Z4FA 4H5RA 4CF2A 4NYNA 1RCHA 5KPRA 1J9AA 2BGGA 5JS2A 1QQNA 1JLBA 3IMXA 1KRPA 2G8KA 3VQ7A 2QK9A 3AVMA 2HNYA 3CJ1A 3MDQA 1X9JA 4H5WA 1T03A 3DRSA 1S5JA 1GOCA 3OBYA 1VQ8N 4JS5A 4EP5A 2E6MA 4O5BA 4Z0UA 4HUFA 4DTSA 4F8RA 4DLEA 1DLOA 3LP0A 4KHYA 4BRFA 3HP6A 1L3UA 3I0SA 1NK9A 5MLCQ 4BROA 2R7YA 1U49A 4CW7B 4FVUA 3O9TA 4NYFA 1WN7A 4CJ4A 4JI4K 3V9UA 4CESA 4MDAA 3Q7BA 4AM7A 3QB0A 3KD5E 2XRIA 1JLCA 2IAJA 4JKBA 5KGWA 2Z1IA 1ITGA 3H45C 4BY9C 4CZIA 5CYQA 5AQNA 2WOMA 3ZT0A 5AQPA 4BC4A 1VSIA 3LL3A 4K0KK 1HQUA 4E1JA 1Q81O 1NMNA 1TGOA 1XHXA 1KLNA 1WUAA 3D2EB 1V4TA 3M3ZA 2VGMA 4JD2B 1XMOK 1IKYA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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