4FWPA

Crystal structure of salmonella typhimurium propionate kinase (tdcd) in complex with gdp
Total Genus 134
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
134
sequence length
394
structure length
394
Chain Sequence
FPVVLVINCGSSSIKFSVLDVATCDVLMAGIADGMNTENAFLSINGDKPINLAHSNYEDALKAIAFELEKRDLTDSVALIGHRIAHGGELFTQSVIITDEIIDNIRRVSPLAPLHNYANLSGIDAARHLFPAVRQVAVFDTSFHQTLAPEAYLYGLPWEYFSSLGVRRYGFHGTSHRYVSRRAYELLDLDEKDSGLIVAHLGNGASICAVRNGQSVDTSMGMTPLEGLMMGTRSGDVDFGAMAWIAKETGQTLSDLERVVNKESGLLGISGLSSDLRVLEKAWHEGHERARLAIKTFVHRIARHIAGHAASLHRLDGIIFTGGIGENSVLIRQLVIEHLGVLGLTLDVEMNKQPNSHGERIISANPSQVICAVIPTNEEKMIALDAIHLGNVKA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule keywords Propionate kinase
publication title Mechanistic features of Salmonella typhimurium propionate kinase (TdcD): insights from kinetic and crystallographic studies.
pubmed doi rcsb
source organism Salmonella typhimurium
molecule tags Transferase
total genus 134
structure length 394
sequence length 394
ec nomenclature ec 2.7.2.15: Propionate kinase.
pdb deposition date 2012-07-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00871 Acetate_kinase Acetokinase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4fwpA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4fwpA02
1LOTB 1QHAA 3QFUA 4BRNA 3O5BA 3CJ9A 1EQYA 4K43A 4BG9A 3FFKB 4WQ4A 2P9LA 1GLEG 1YXQA 3RSEA 5AR0A 3CQYA 4EHTA 5FPNA 1X3NA 1DEJA 4B1VA 1RGIA 4JHDB 4RWTA 3D2FB 2QM1A 4B1UB 1HKGA 2FF6A 4CD3A 4BREA 5EXWA 1CZAN 2I7PA 2E2NA 5AQVA 4BRAA 5F0XA 3GBTA 5AQLA 3H45C 4DB3A 4JNEA 1ZXOA 3VEXA 2ASPA 3QB0A 2E20A 4CZHA 3A5LC 3WQUA 3U9DA 5JMVA 4JAXA 3CIPA 2QWLA 4EFHA 2GTDA 1X9JA 1V4SA 3ZX0A 5TKYA 1BA0A 4YDUC 1NBWA 3C7NA 1SAZA 1MWKA 2ZGYA 2QW9A 4FOIA 5AZJB 1QQMA 4H03B 1IJJA 4H5RA 2W40A 3WEEB 1NGFA 4BVPA 3DXMB 3GL1A 2FXUA 2ASMA 4Z94A 5KQ8A 1GLAG 5AQQA 4BR0A 1C0FA 5JLFA 3CJBA 1U2VB 3GE1A 3ULEB 2VYPA 3WUHA 4WQ5C 3WT0A 2AP1A 3CJAA 2P9KB 1BG3A 1C0GA 1BOTO 4K41A 4RCHA 4A62A 2ZGZA 2Q31A 5EOYA 1SQKA 4M63C 4IXCA 3FZKA 2Q36A 5LJVA 5AQWA 3UB5A 3ENHA 4FWSA 2NZTA 4FWNA 2HOEA 4MLHA 4BR4A 4H5WA 1WUAA 2I7NA 1JCEA 4CZMA 4CZFA 4PL8A 3CI5A 1E4GT 2A40A 3SMSA 4K25A 2VCPA 2IVNA 2D0OA 3O4WA 2F9WA 4BRFA 3S41A 2QWPA 4KBOA 1SZ2A 1NGBA 3A5MC 3AAPA 1NGGA 2Q0UA 1BA1A 3FZHA 5AZJA 4PKHA 4EHUA 3WQTA 1T6CA 1P8ZA 3HBTA 4H0OA 3R8EA 4CI6A 2W41A 1YUWA 1R59O 1NGJA 3WXLA 4FWLA 2NLXA 2CGKA 1BWFO 1V4TA 3BEXA 3UKUB 5I9EB 1U2VA 2E2PA 4AM6A 2P9SB 3C0BA 3JXUA 1ATNA 1ESVA 1GLBG 3CJCA 3F9MA 3TPQA 5JICA 1X3MA 3KZBA 3MN6A 3LDNA 2V52B 1RFQA 2BTFA 2FSJA 4BRLA 4CZGA 1OKJA 4ISGA 2YCHA 2DPNA 3VGKA 1NGCA 3GDQA 3HM8A 2YI1A 4FWPA 4CBWA 3ZETB 5BN9A 1ZBSA 1DKGD 3DXKB 1ATSA 2IVOA 3SJHA 3BF3A 4BR9A 4H0VB 3O1WA 4H5NA 1QZ5A 1HX1A 4BC3A 4BRDA 2QWRA 3VEWA 4IO8A 4O5FA 3O08A 2Q97A 1Q18A 2VWBA 2E8AA 3ZX2A 4ISFA 5F2RA 2P9NA 5AQIA 4H0PA 4YDUA 5ELZA 3MN5A 2OANA 5ADXA 5FPMA 3L4IA 1HUXA 5ADXH 4DQ8A 2P9SA 3MDQA 3GOIA 2H3GX 1GLFO 3O1BA 2GUPA 4IZ9A 5BN8A 1J6ZA 1E4FT 3FZLA 3ZX3A 1QZ6A 1IG8A 1NM1A 1S3XA 1NGAA 3ATVA 3R9PA 3U8XA 4B9QA 4DHYA 3W0LA 4I6MB 3A8YA 2A5XA 4QS8A 4BRQA 2Q2RA 3B8AX 5BREA 5BPNA 3AARA 3A5NC 3HSCA 3H3NO 3D2EB 2QWMA 4JN4A 3ZEUA 4F9OA 2IIRA 3AAQA 3BF1A 2YHXA 5LY3A 3D7EO 4BQZA 2A6AA 4BRHA 3U4LA 2E88A 3CJ7A 2V51B 5AQPA 2YHWA 3DWLA 3L0QA 4WQ4C 3IFRA 3UKRB 2FF3B 2CH5A 1QQNA 4JHDA 5AQOA 3D2FA 2YHYA 3IMXA 3HI0A 3OHRA 4CZEA 4HWIA 2QWOA 3H46O 1HJOA 2FSNA 3VF2A 3BP8A 3SMPA 1NGHA 3DAWA 4NO7A 2YJFA 5E84A 2GWJA 3WXJA 4BVOA 5KQDA 1HKCA 4AM7A 1NGEA 4FWOA 4I6MA 5EX5A 3H3OB 3LDQA 2P9IB 4A61A 1NGDA 2ZWHA 3H1QA 3CJ1A 3D2EA 1GLLO 2Q1NA 1MDUB 3KVGA 3W3DA 3WXKA 3VENA 4BR2A 3WEEA 1BO5O 3DXMA 4PL7A 2BUPA 3ID8A 4JD2B 5AQHA 5E26A 4PKGA 2AA4A 5AQMA 4FPBA 3ULEA 5FPDA 4FOEA 3CHWA 3QFPA 5BRHA 3M6GA 3UKRA 2P9KA 4FWRA 3EZWA 3A0IX 3EN9A 1KAZA 4WYBA 5AQRA 2FLOA 5AQKA 1T44A 2E1YA 3KHYA 3QICA 3IUCA 4FL9A 3VF6A 2P9LB 4FWQA 4H0XB 4DCHA 4BRIA 3QDKA 2EWSA 2E1ZA 4BROA 5F1XA 4E1JA 2IVPA 5CE3A 1TUYA 3ATUA 4J8FA 3JS6A 2P9IA 1LCUA 3UE5A 4H0TB 3DJCA 1D4XA 2HF4A 2A3ZA 3MMVA 1HPMA 1KAYA 4GNIA 3EKUA 4CD1A 3P4IA 3MN9A 4H0YB 1U6ZA 1BUPA 3LDLA 5BR9A 4FPAA 3ENOA 4JD2A 3HZ6A 3U9ZA 3MN7A 4BQLA 4M7XA 4HTLA 1BDGA 3UKUA 2A42A 5KPRA 4BRKA 3VOVA 1T6DA 2ITMA 1QQOA 1ATRA 2GEMA 5AQTA 1K8KB 4IJNA 4EAHD 2J4RA 2GWKA 5AFUA 3I33A 1NGIA 4WQ5A 3CQXA 5AFUH 3VETA 3CERA 4CBXA 1KAXA 3VEZA 2UYTA 3ZETA 1XC3A 3DXKA 4CJ7A 1TUUA 3MK6A 5AZIB 4BC4A 4BRCA 4CBUA 3VGMA 2P9PB 2HF3A 5AQFA 1WOQA 3FZFA 3VF4A 3LDOA 2WUSA 1JCFA 2YJEA 1XUPO 3HTVA 3VESA 4BR5A 3CETA 3LM2A 4EIAA 5FPEA 4A2AA 3VEOA 5AQZA 2D1KA 5AQJA 4BRGA 1GLCG 1ZC6A 3VERA 3EO3A 5AQSA 2D4WA 3H6EA 2CH6A 5AQNA 1GLDG 1MWMA 4QS7A 2GELA 5B8HA 1NWKA 2PAVA 3SK3A 2ZF5O 4FO0A 1BU6O 5AQGA 1K8KA 3O8MA 3VPZA 1NLVA 3H1VX 5EY4A 4BC5A 5BPLA 1Y64A 4QS9A 5AQUA 1G99A 1TYQB 1NMDA 4FWKA 2PBDA 5EVZA 2P9UB 4ISEA 3EKSA 3EL2A 2E2OA 2CGJA 5AQXA 4O8KA 1YVNA 3QBXA 5BPMA 3GG4A 3IDHA 3M3ZA 3QBWA 5AZIA 4LC9B 1KXPA 3FR0A 4BC2A 2P9PA 2FSKA 2V7YA 4H5VA 4B1YB 4CZJA 3VGLA 3LL3A 2Q0RA 4C23A 3LM9A 4BR7A 3QMLA 3FZMA 2NRHA 5LJWA 3G25A 3FGUA 5BRDA 4B1WB 4PKIA 1XQSC 4RTFD 2E2QA 5KPZA 3LDPA 3AY9A 3WXIA 3J8AA 3TU5A 4L3QA 2D0PA 2V7ZA 3A5OC 1HLUA 2P9NB 4K42A 3RSEB 4IJAA 3BUZB 4CZLA 4BGAA 4XEIA 1DGKN 1JCGA 2A41A 3FLCO 5AQYA 1Z6RA 4FWMA 4GY2B 4CZIA 1HKBA 4XH5A 3M1FA 4MLEA 3VEVA 5JLHA 4XH1A 1MA9B 1TYQA 3VEYA 4BGBA 2P9UA 1H1VA 5BRFA 1S22A 3MCPA 4BG8A 4H5TA 3SLCA 3O6WA 4MO5A 3O80A 4Y0WA 4B1ZA 3R6MA 4M7YA 2F9TA 2HMPA 3FE1A 2QXLA 3I8BA 4IWVA 2ASOA 4BRMA 1GLJO 1RDWX 2QWQA 4XH4A 4BRPA 4CZKA 2CGLA 2KHOA 4A2BA 4B1XB 2QWNA 3C7NB 5KPTA 4FSVA 4NB4A 3ZEUB 1Z05A 4MO4A 3L6QA 1YAGA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4BRNA 3O5BA 4U67L 3AVGA 1TL1A 2P9LA 1YXQA 4OPKA 4JRQA 4TSXA 2B4JA 3VQBA 4B1VA 2HB5A 4CEBA 2OTJN 3L3VA 3I56N 3OYDA 4CD3A 1CZAN 2I7PA 4CIFA 3KK1A 3PIPL 3NAEA 2E6MA 1ZXOA 2E20A 1KSPA 3A5LC 3WQUA 4KHWA 1M1KO 2AJQA 4OLAA 3ZX0A 1V4SA 5C42A 4YDUC 4M3YA 5T7BA 4KI4A 3E9OA 1I94K 4FJLA 3C6TA 1MWKA 4DSFA 3IRXA 1NJWA 3CCSN 2W40A 3WEEB 4W5NA 3DYAA 3KTQA 1VAZA 1C0FA 4DS5A 4KHPK 4DFMA 1DTTA 1ZBFA 4IG0A 1LWFA 2D5RA 3CJAA 3OS0A 2P9KB 1BOTO 4RCHA 2VWKA 2ZGZA 2Q31A 4M63C 3HP9A 3ZT0A 1P90A 2HBKA 5LJVA 5AQWA 4WE1A 2NZTA 2JWLA 4AH9A 4CE9A 5C10A 3SAGA 4HCCA 4K25A 2IVNA 4FCYA 1VRUA 3O4WA 4BRFA 2HHWA 4JV5K 2QWPA 4NCGA 2Y1IA 1NGGA 1C1CA 1TK5A 3IG1A 4ICLA 1P8ZA 4CHOA 3WNEA 4JEPA 1OVQA 3R8EA 1S1VA 2IS3A 2CGKA 3AVKA 1BWFO 3UKUB 2IDOA 5LL6Z 3KK2A 1WAJA 3J81O 3CJCA 3F9MA 2X74A 3MN6A 3P38A 4MQ3A 4CZGA 2KW4A 3ISNC 4ISGA 1C1BA 4YNQA 2DPNA 4HHTA 3VGKA 1VQLN 3GDQA 1QE1A 3K57A 4FWPA 3TTCA 5CZ1A 4CBWA 3DRRA 4GVEA 3DXKB 4B9NA 1ATSA 3E01A 1IKVA 4BDPA 4DSKA 2R7YA 2KQ2A 2OYQA 3RMBA 2HHTA 1WSFA 3G71N 4A5AA 4O0IA 3O3HA 3NVMA 2FBYA 2E8AA 5CHIA 3ZX2A 2Z1GA 2P9NA 1GOAA 3MN5A 3HP6A 1BQNA 4EP4A 4E7IA 2OANA 5SWMA 4NCAA 1W97L 5M1OA 3ZSXA 1VQ6N 3LWLA 4C1NK 3GOIA 3KKSA 1N32K 3K9KA 3AO3A 3R3LA 4AHUA 3ENBA 2GUPA 1VQ5N 3ATVA 3KKRA 3U8XA 3A8YA 4CJ5A 3T1HK 4K8XA 4L8RB 1K6YA 5BREA 5BPNA 1HNWK 3OBWA 3OS1A 3HSCA 3H3NO 3NGYA 3HO1A 3T19A 3OYKA 3PO4A 3L4QA 4AHVA 2QKBA 1T7PA 4BQZA 3L2RA 4BRHA 3U4LA 3I0RA 5HBMA 2ZM6K 4CK1A 4WQ4C 2FF3B 1JL1A 4EP5A 1QQNA 1CLQA 3D2FA 4CFAA 1WBDA 3IMXA 3HI0A 3OJSA 3OHRA 2Q3SA 3TWHA 2QWOA 4FJ8A 1S9EA 3QEIA 2QI2A 4E7KA 3ALYA 2DFFA 3O9SA 3DAWA 4DU4A 4CJ3A 1VSKA 4FJKA 2O8BA 4FWOA 5EX5A 3R1XA 4YY3K 2HVIA 1T05A 1N33K 1BIZA 5C2FA 1NGDA 3K5LA 1RT5A 3V6DA 1FKPA 1CZBA 4B9VA 3J7AP 2WOMA 4BR2A 4I2PA 3ZSRA 1Y97A 3DXMA 4PL7A 2BUPA 3VQ9A 3TABA 4DR6K 3K5NA 4WFAL 4CFDA 3LP2A 4O44A 1U49A 1YTAA 1SL1A 2OPPA 1NJIO 5FPDA 4CF8A 2HHSA 4NYFA 4YOXA 2JWKA 1NMNA 1ZBHA 3QICA 4KH6A 3IUCA 4FL9A 1REVA 4H4MA 3SQ2A 4H0XB 3NH2A 3QIOA 4F2RA 4A57A 4JS4A 2E1ZA 4BROA 5F1XA 4E1JA 1VQKN 3OYEA 5M1FA 3AO2A 4MFBA 3BZKA 4Z4GA 1HQEA 1D4XA 4KRFA 4BWJA 3BDPA 4OVLA 4N76A 1HJRA 4O55A 1U6ZA 4E1NA 1BUPA 3LDLA 4CFCA 4JD2A 3ENOA 3U9ZA 5BR9A 4DTNA 1OH6A 4OLBA 3A2FA 4BQLA 1IBMK 1C6VA 3TSPA 4Z4EA 1B92A 2A1RA 3S3OA 3I0SA 3THWB 1ATRA 4FM1A 2E5LK 4UQGA 1VSIA 1Z25A 2GWKA 3DLBA 1S6QA 5AFUA 1XMQK 5AFUH 1I39A 1CXQA 3VEZA 4CJ7A 1T8EA 4FK2A 4CEEA 5AZIB 4BC4A 3MAQA 2QK9A 1L3TA 2NRXA 5AQFA 4JKGA 4LF7K 3VF4A 3LDOA 4AHCA 1NOYA 2WUSA 1JCFA 4M3TA 4E0DA 3V4IA 4KV8A 4DR1K 2DY4A 1NK6A 4BRGA 3HVRA 4CHNA 3B6OA 1ZC6A 3VERA 4F2SA 1VQ9N 2O8EA 1XHZA 5I42A 5AQNA 4LF6K 1FW6A 3LPTA 2PAVA 5C25A 4CF0A 3V9UA 1BCOA 3SK3A 4FO0A 2UUAK 2UUCK 1FJGK 1K8KA 3QNNA 3NHGA 2YNGA 5GINA 5HROA 4BC5A 5FRMA 1Y64A 3K9JA 4GV3A 1TYQB 1NMDA 4ID5A 4C8LA 3MCAB 2CGJA 5AJ3K 1C1AA 3HSTB 3B6PA 3QBXA 5BPMA 4X66K 2WONA 3QBWA 3V9ZA 1VQMN 4RW8A 3LZIA 3VGLA 3LL3A 5HP1A 4DFJA 2Q0RA 1HNZK 4B9UA 3PY8A 1TKTA 2NRHA 1QTMA 3AA5X 3FGUA 5BRDA 3OYMA 2WC9A 4PKIA 2E2QA 5K14A 3LDPA 1HNXK 2QXFA 4DTPA 2D0PA 2Z1HA 2V7ZA 3ZSZA 4K42A 1SL2A 3AVJA 3RSEB 1SKRA 3BUZB 4KFBA 5M1QA 3AGKA 3E9PA 1DGKN 1D5AA 4FWMA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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