4FWPA

Crystal structure of salmonella typhimurium propionate kinase (tdcd) in complex with gdp
Total Genus 134
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
134
sequence length
394
structure length
394
Chain Sequence
b'FPVVLVINCGSSSIKFSVLDVATCDVLMAGIADGMNTENAFLSINGDKPINLAHSNYEDALKAIAFELEKRDLTDSVALIGHRIAHGGELFTQSVIITDEIIDNIRRVSPLAPLHNYANLSGIDAARHLFPAVRQVAVFDTSFHQTLAPEAYLYGLPWEYFSSLGVRRYGFHGTSHRYVSRRAYELLDLDEKDSGLIVAHLGNGASICAVRNGQSVDTSMGMTPLEGLMMGTRSGDVDFGAMAWIAKETGQTLSDLERVVNKESGLLGISGLSSDLRVLEKAWHEGHERARLAIKTFVHRIARHIAGHAASLHRLDGIIFTGGIGENSVLIRQLVIEHLGVLGLTLDVEMNKQPNSHGERIISANPSQVICAVIPTNEEKMIALDAIHLGNVKA'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule keywords Propionate kinase
publication title Mechanistic features of Salmonella typhimurium propionate kinase (TdcD): insights from kinetic and crystallographic studies.
pubmed doi rcsb
source organism Salmonella typhimurium
molecule tags Transferase
total genus 134
structure length 394
sequence length 394
ec nomenclature ec 2.7.2.15: Propionate kinase.
pdb deposition date 2012-07-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00871 Acetate_kinase Acetokinase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4fwpA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4fwpA02
1CZAN 4PKHA 4FWQA 5AQZA 4I6MB 1GLJO 1TYQB 2QWPA 5KQDA 1T6DA 1QHAA 3A5NC 1J6ZA 4FL9A 2P9PB 4BRKA 5EOYA 3UKUB 4QS8A 4XH5A 5AQUA 4BR2A 4QS9A 5ELZA 2A42A 2P9IA 2CH5A 5AQRA 1QZ5A 3ENOA 3WEEB 1JCFA 3UE5A 3CJBA 5AQGA 3MMVA 4BGAA 4MO5A 2FLOA 3IUCA 1WOQA 2ASOA 2IVNA 3IMXA 1QQOA 1NGIA 2D0OA 1HKCA 3HZ6A 1XUPO 2GUPA 3QDKA 4NO7A 2QM1A 1T44A 4EHTA 2P9UA 3MN7A 5JLHA 1BWFO 1NMDA 3O6WA 3D2FA 3MN5A 5AQWA 3P4IA 3VGKA 1XQSC 3LM9A 2QW9A 2P9KA 4BR7A 3KVGA 5AQTA 1HX1A 3G25A 3VEWA 2GWKA 2HF3A 2IVOA 3W0LA 1ZXOA 1U2VA 2CGKA 3VPZA 4M63C 4BGBA 4HTLA 4L3QA 3HTVA 3CJAA 2QWNA 3D2FB 5AQXA 5EX5A 3BUZB 4QS7A 4O5FA 4XH1A 3WQTA 4J8FA 4H0VB 1MWKA 1TUUA 3ZETB 4IJNA 2ZF5O 1RDWX 1NGEA 4GY2B 2ASMA 1BA0A 1JCGA 5BPMA 4CZJA 2YHWA 1QQNA 1D4XA 4IO8A 4XH4A 1V4SA 2FF6A 4H5WA 3R9PA 4CZLA 3QB0A 5AQVA 5BREA 4BRDA 3A5LC 3ENHA 2QWOA 5ADXH 3O4WA 1NGAA 4FWOA 4BRIA 2Q2RA 1IJJA 4FWNA 3SMPA 1ATRA 3VESA 3GOIA 3W3DA 4BR0A 1LCUA 3R6MA 5FPDA 2YI1A 1KAYA 4RWTA 4IWVA 3QFUA 2I7NA 1GLEG 4WQ4C 2W40A 1ESVA 3MN9A 5KPRA 5AQIA 2AA4A 1KAXA 3FR0A 4BRLA 1X3MA 1KAZA 3O80A 1ATSA 2FSJA 2V7YA 1TUYA 5E84A 4A61A 3D2EB 3DXKA 4FOIA 4IJAA 2E20A 3R8EA 2A5XA 1HKGA 3O08A 2HF4A 4H0PA 4ISFA 4AM6A 4E1JA 1NWKA 3FZFA 1GLLO 5AZIA 3KHYA 2VCPA 4CI6A 1HUXA 3AAQA 3LL3A 3HM8A 5AZJB 2D1KA 5AFUH 3U9DA 2F9WA 1SQKA 4IZ9A 1BOTO 4H0TB 4CZFA 4F9OA 3M6GA 3WXJA 4BRHA 4EFHA 2EWSA 1NGHA 2CGJA 5TKYA 4FWRA 3H1VX 1SAZA 3FZLA 1NGFA 3DXMB 2E1ZA 3L0QA 4ISEA 4CD3A 1Y64A 3UKRB 5KPTA 1Z05A 2QXLA 2Q0UA 4CZIA 4BRNA 2A41A 3CETA 1HKBA 2I7PA 3ZX2A 1Z6RA 1BO5O 4BR5A 1X9JA 1P8ZA 4CBWA 5ADXA 2YHXA 4FWLA 4GNIA 4FSVA 3FLCO 2V52B 4BR9A 3LDOA 3WXLA 1GLCG 3QBWA 5AQJA 5EVZA 5LJWA 2FSKA 3VF6A 3L4IA 1OKJA 2E2OA 1K8KA 3EL2A 2PBDA 3FFKB 4H5TA 4DQ8A 4BRCA 2GELA 5BPNA 2P9IB 4MLHA 3LDLA 4BROA 4FO0A 4CZMA 1YVNA 3EZWA 4PKGA 5EXWA 3JXUA 4BQZA 3ZEUA 4AM7A 1NLVA 4H5VA 1X3NA 3GG4A 4JN4A 2GTDA 2E8AA 2D4WA 4BQLA 2P9UB 4CZEA 1SZ2A 5AFUA 2VYPA 3SJHA 4BRMA 3CQYA 3I33A 2F9TA 2P9LA 4FOEA 1E4GT 1GLFO 1S3XA 2P9SA 2YJFA 4WQ5A 3WXKA 4KBOA 3ZEUB 4DHYA 2P9KB 2YHYA 3O1WA 3UB5A 3VOVA 4CZGA 1U2VB 5LY3A 2D0PA 4WQ5C 5AQKA 2YCHA 3A0IX 4BG8A 4B1XB 4BRFA 2NLXA 1NGCA 2QWMA 4FWMA 2P9NA 2NZTA 1BU6O 2CH6A 2P9SB 5AQQA 1MA9B 3CJ9A 1ZBSA 1V4TA 5B8HA 4BRPA 4H5RA 5AQNA 3H1QA 4BRGA 1QQMA 4RCHA 1QZ6A 2V51B 4ISGA 3S41A 4M7XA 2Q31A 3VETA 2HMPA 4B1VA 2P9NB 1H1VA 4BC3A 2IVPA 3CERA 4JD2A 4H03B 3FGUA 3C0BA 3BF1A 1Q18A 3H46O 4B9QA 4Y0WA 5AQSA 3SLCA 1MWMA 1RGIA 3HBTA 2A40A 1GLAG 3I8BA 3U4LA 4CBUA 2PAVA 3EO3A 3EKSA 5I9EB 3BP8A 3ZX3A 4YDUA 5KPZA 3HSCA 5CE3A 3C7NA 3O5BA 5AQYA 5F2RA 3DXKB 4YDUC 4CD1A 2GEMA 4A2BA 2CGLA 3LDQA 4I6MA 5FPMA 3VEOA 4NB4A 1EQYA 1TYQA 4B1YB 4DB3A 1C0GA 1R59O 5AZIB 1U6ZA 1BDGA 2P9PA 3GL1A 3VERA 3UKUA 3SMSA 1HJOA 1YAGA 3RSEA 3WQUA 5BN9A 3CJ7A 4IXCA 3WT0A 5F1XA 4MLEA 3CQXA 2J4RA 4K42A 3MN6A 3M1FA 4C23A 3A5MC 4FPBA 2FF3B 1YXQA 1NM1A 4K25A 5JICA 3WEEA 5AQPA 3VEYA 2YJEA 5BN8A 5JLFA 3QFPA 4PKIA 3H3OB 1LOTB 2FXUA 1RFQA 4H0XB 3U8XA 4BR4A 2OANA 4K41A 1S22A 3IDHA 4MO4A 3U9ZA 3VF2A 3RSEB 4DCHA 3EKUA 5BR9A 2E88A 5AR0A 1DGKN 1NGGA 4BRQA 4CZKA 3LDNA 2KHOA 3FZHA 3ID8A 3EN9A 2E2QA 3MK6A 3HI0A 5AQLA 2A6AA 5BRDA 3FZMA 3TU5A 3ATUA 3GE1A 4A2AA 3CHWA 4BVPA 1NBWA 5LJVA 3ATVA 1G99A 5AQMA 5BPLA 1K8KB 3VGLA 3VENA 3WUHA 3O8MA 4CZHA 4BRAA 2A3ZA 4EIAA 2H3GX 1GLBG 3JS6A 1T6CA 4B1WB 4JNEA 4H5NA 2E2NA 2IIRA 3L6QA 5AQOA 1HPMA 2W41A 3ULEA 2E1YA 3BEXA 2ITMA 4EHUA 1NGDA 1ZC6A 3A8YA 2Q36A 1MDUB 2Q0RA 2DPNA 2QWQA 3J8AA 3QMLA 2QWLA 1BA1A 3ZETA 3KZBA 5EY4A 5KQ8A 4CBXA 4WYBA 4FWSA 2QWRA 3H6EA 1WUAA 3LDPA 3QICA 4PL7A 2VWBA 4FWPA 3FZKA 2Q97A 4EAHD 2ZGYA 2P9LB 4RTFD 3ULEB 2BTFA 3LM2A 3VEVA 4B1ZA 3FE1A 5JMVA 4A62A 2E2PA 3CJ1A 3D7EO 5BRFA 2V7ZA 4H0OA 3AY9A 4JAXA 5AQHA 1E4FT 1HLUA 3IFRA 4K43A 4FPAA 1DKGD 5FPNA 2ZWHA 3VEXA 1XC3A 4BC2A 3VF4A 5F0XA 2BUPA 3A5OC 4O8KA 4Z94A 3GBTA 3H3NO 5AQFA 1BUPA 1GLDG 3DJCA 2HOEA 3AARA 4BG9A 4WQ4A 3D2EA 1DEJA 3AAPA 3M3ZA 3H45C 3QBXA 1BG3A 3F9MA 2UYTA 1YUWA 3CIPA 3B8AX 5E26A 4BC5A 4BC4A 4JD2B 4BVOA 5AZJA 3TPQA 4XEIA 2WUSA 1C0FA 4HWIA 5FPEA 4FWKA 4JHDA 2ASPA 3DAWA 3OHRA 4BREA 2NRHA 1IG8A 1JCEA 1NGJA 2FSNA 2AP1A 4B1UB 3BF3A 5BRHA 4PL8A 3GDQA 1ATNA 3VGMA 3O1BA 4M7YA 2ZGZA 3CI5A 3WXIA 3DXMA 2Q1NA 4LC9B 3UKRA 3MDQA 3VEZA 1KXPA 3CJCA 4H0YB 2GWJA 1NGBA 3C7NB 4CJ7A 3MCPA 3ZX0A 3DWLA 4JHDB 3SK3A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4E1MA 1CZAN 1KCFA 1S5JA 4LY7A 4DV3K 5AQZA 3OJUA 1GLJO 4CJEA 4MFBA 2QWPA 3P31A 1VRUA 1SS6A 1QHAA 1VHXA 5CZ2A 4JI4K 4XH5A 1RBSA 4QS9A 2A42A 4CF0A 1WSEA 1S9GA 2P9IA 4OKKA 4OPJA 1YJNN 4CJKA 3ENOA 4E7IA 1M90O 3WEEB 3K2PA 3CJBA 1SKRA 4YOYA 5D3GA 3IMXA 1HKCA 2OPSA 3QDKA 3TTDA 1T44A 3OYIA 3T19A 1WSHA 5JLHA 4G9ZA 1R0AA 3VMFB 3D2FA 3AVGA 4CK1A 4LF8K 3THXB 3MN5A 1Q9YA 3J7YP 4N47A 4HTUA 3VQ5A 4KI6A 4DS4A 3VQ9A 2HHUA 1NJWA 2HF3A 1WSGA 4Z0UA 3SQ4A 3EE8A 1KD1O 3BGRA 3BDPA 4CGGA 3CMAN 3CJAA 4O44A 3KTQA 5EX5A 3M8SA 3SAHA 3THWB 4CJUA 4XH1A 4YHHK 4J8FA 5T7BA 4H0VB 1FK9A 1JLFA 3VQEA 2VG7A 4IJNA 2ZF5O 1RT3A 4E19A 1NGEA 2ASMA 1BA0A 5BPMA 5HRPA 4GKKK 4C8MA 4CZLA 4LF5K 1WSJA 1HMVA 5BREA 3T1YK 4DR7K 4FZZA 4FZXC 2W6KA 3SQ2A 4FWOA 2Q2RA 4IOAL 3CFPA 3VESA 4BR0A 3R6MA 3SPYA 3NGZA 4ELVA 1BQNA 3OTOK 2ZM6K 4HCBA 5CYQA 3AVKA 2B4JA 1IKWA 3RWUA 2FBYA 3LANA 3L3UA 3O80A 3SCXA 5J2QA 1JXBA 4FOIA 5M1OA 2PY5A 3HT3A 3OYCA 3IG1A 1G15A 3FZFA 1GLLO 1K9MO 4RG8A 3KHYA 1J53A 2X74A 1VSEA 3U9DA 1B9FA 1RBTA 3OVNA 1BOTO 2F7TA 4CZFA 1F21A 3OYEA 3CQ8A 3WXJA 4FLWA 3TAPA 1OVYA 4JI3K 4DUZK 4FJHA 4Z4IA 3NF7A 4JKCA 5TKYA 1SAZA 4CD3A 1EWQA 4J2BA 2QXLA 1S9EA 3LWLA 4JS5A 1OVQA 3ZX2A 1Z6RA 1QVFM 3H08A 3NE6A 3I56N 1P8ZA 4CBWA 4OKJA 2OPRA 4GNIA 1Y97A 3L4QA 3FLCO 4CFDA 2ZE2A 3R3LA 5KGXA 4WFNL 1KLNA 5AQJA 5EVZA 4FK2A 5GINA 4KAZA 2DFHA 4Z4CA 4BRCA 4AQYK 1QTMA 1TKZA 4M3YA 4CZMA 2PYJA 3EZWA 3G6EN 3P5JA 3JXUA 1N5YA 4BQZA 1I39A 1JLBA 3DLRA 4B3SK 1X3NA 5M1NA 4NLCA 2E8AA 4FJ8A 2P9UB 1NU0A 5AFUA 2VYPA 3AO4A 4JKEA 1ITGA 3CQYA 4I2PA 3O3GA 3WNGA 3I33A 1RTIA 3PIPL 4CECA 2Z1HA 4KBOA 4DHYA 3IRXA 1VSIA 3NH1A 3VOVA 3K59A 5LY3A 1NJYA 4WQ5C 5AQKA 1B9DA 2G8WA 4B1XB 3OS0A 3HVRA 1SKWA 1I3AA 2NZTA 2W42A 2P9SB 3HL8A 3J7ZO 1MA9B 4U67L 1V4TA 5B8HA 4BRPA 5BR8K 5AQNA 1DTTA 4BDYA 1QQMA 4RCHA 3C94A 1QZ6A 3CCJN 1UOCA 4CIEA 1UWBA 2VGMA 4B1VA 4DU3A 4BC3A 3SBTA 3QNNA 2IVPA 4OLBA 3QINA 4JD2A 3M8QA 1J5OA 4H03B 3O4NA 1ZBFA 3H46O 3MECA 2I5JA 1TK0A 1SUQA 1MWMA 1EKEA 5CZ1A 2G8HA 2F8TA 2OPQA 1XNRK 2O8BB 4ICLA 5I9EB 3WXMB 4FZYA 3BP8A 3K0SA 1RT1A 3DLBA 3M8RA 3LP3A 1DLOA 2KZZA 3CC2N 2FBVA 3O5BA 1W2BM 3DLGA 5F2RA 3DXKB 3OW2M 4CD1A 4KB0A 4W5QA 3LDQA 4CEAA 1RCHA 4JI6K 2OYQA 1EQYA 3AO5A 4B1YB 1C0GA 3L2VA 4E1NA 3PIOL 3PX6A 3VERA 3UKUA 1HJOA 3LPUA 3DMJA 1O13A 3RSEA 2G8KA 4ELUA 3CQXA 4K42A 3AA3A 4FPBA 2FF3B 1L3TA 1JLQA 1RILA 1JXEA 3H3OB 4H0XB 3U8XA 1SL1A 2YHBA 4LFAK 1YI2N 4KHNA 1XWLA 1VSHA 1S22A 3DLKA 4MO4A 3U9ZA 1NK8A 5KRTA 4DCHA 5BR9A 4KB1A 5AR0A 1DGKN 3NAEA 4BRQA 3DLHA 3LDNA 4DU4A 2KFZA 5J2MA 4AILC 3O9UA 1HPZA 3HI0A 5AQLA 1BQMA 3ATUA 4FVMA 2RKIA 4KTZA 3HVTA 3NF8A 4BVPA 4FLTA 4CEBA 2VG6A 4W5TA 4C8LA 1NKBA 3RMBA 5FROA 3JYTA 1QVGM 5AQMA 2QKBA 1S1XA 3OA9A 5GIPA 2DY4A 1RBRA 2BDPA 4KV8A 4CZHA 4BRAA 2IGIA 4JKBA 4H5NA 3L6QA 2Q3SA 4IG0A 2W41A 5I3UA 1RDAA 4PA1A 5GAEP 1ZBHA 2Q0RA 2QWLA 4QOZB 1SL2A 4A5BA 3TABA 5EY4A 4CBXA 4DSFA 3SJJA 1NOZA 5EU7A 3QETA 1LWFA 4R79A 2VWBA 3EZ5A 4G1QA 4DUYK 2OTJN 5GIOA 4CEEA 1KVBA 3O9QA 3SV4A 3DRSA 1K73O 3LM2A 4CF8A 2P5OA 3FE1A 3PX0A 4A62A 3QERA 1FKPA 3V6DA 5BRFA 2DFFA 4LH5A 3CCQN 3AY9A 3HYFA 3TTCA 1W97L 4K43A 4FPAA 1FKOA 5GAGP 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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