1DKGD

Crystal structure of the nucleotide exchange factor grpe bound to the atpase domain of the molecular chaperone dnak
Total Genus 96
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
96
sequence length
381
structure length
376
Chain Sequence
KIIGIDLGTTNSCVAIMDGTTPRVLENAEGDRTTPSIIAYTQDGETLVGQPAKRQAVTNPQNTLFAIKRLIGRRFQDEEVQRDVSIMPFKIIAADNGDAWVEVKGQKMAPPQISAEVLKKMKKTAEDYLGEPVTEAVITVPAYFNDAQRQATKDAGRIAGLEVKRIINEPTAAALAYGLDKTGNRTIAVYDLGGGTFDISIIEIDEKTFEVLATNGDTHLGGEDFDSRLINYLVEEFKKDQGIDLRNDPLAMQRLKEAAEKAKIELSSAQQTDVNLPYITADATGPKHMNIKVTRAKLESLVEDLVNRSIELLKVALQDAGLSVSDIDDVILVGGQTRMPMVQKKVAEFFGKEPRKDVNPDEAVAIGAAVQGGVLT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Complex (hsp24/hsp70)
source organism Escherichia coli
publication title Crystal structure of the nucleotide exchange factor GrpE bound to the ATPase domain of the molecular chaperone DnaK.
pubmed doi rcsb
molecule keywords NUCLEOTIDE EXCHANGE FACTOR GRPE
total genus 96
structure length 376
sequence length 381
ec nomenclature
pdb deposition date 1997-02-13
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.30.30 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Defensin A-like Defensin A-like 1dkgD02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1dkgD01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1dkgD03
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 1dkgD04
2Q0UA 3F9MA 3FZLA 3FLCO 4WQ4A 4XH4A 2VCPA 2BUPA 4BRIA 4AM6A 3HBTA 1S3XA 1D4XA 3UKUA 3GDQA 1NGBA 2PAVA 1NMDA 3UE5A 2E2NA 3L6QA 4H0XB 3LL3A 2DPNA 3H45C 1HJOA 2A42A 5LJWA 4F9OA 3ZEUA 4CZLA 5F2RA 4B1WB 4NO7A 5AQRA 2NZTA 5CE3A 1GLBG 2WUSA 4ISEA 4FPAA 2CGKA 4MLEA 2AA4A 2YI1A 4FL9A 1QQNA 3VF6A 2E1YA 3WQTA 4CJ7A 5KQDA 4H5WA 4JHDA 3ENHA 3EKUA 2V7YA 1X9JA 5ADXH 1MWKA 1BA1A 3VF4A 5AZIA 3C7NA 2P9UB 4H5NA 4BC4A 4WQ5A 1J6ZA 3CERA 2QWOA 1GLLO 2QM1A 4FWPA 3ZX2A 1Y64A 4I6MA 3SK3A 3WUHA 3A0IX 4YDUC 3DWLA 4K42A 4PKIA 5AQZA 3SMSA 1ATNA 4BRGA 3U9ZA 4FOIA 3VEVA 2HF3A 1KAYA 2P9PB 5EOYA 3UKRA 5AQVA 3FE1A 1HKCA 1P8ZA 2FXUA 3BF3A 3MN5A 3VGKA 3DAWA 4H0PA 4BRMA 1NM1A 4CBXA 3O1BA 5KQ8A 2GELA 4BG9A 1S22A 4MLHA 1G99A 3WT0A 1GLCG 3ULEB 1TYQA 2QWMA 4HTLA 3VEYA 3VETA 4BGBA 1YXQA 2FF6A 4QS7A 1DKGD 1X3MA 3R9PA 3U9DA 3CJAA 3DJCA 2ASMA 1GLJO 4BRPA 3MN9A 5AQFA 3JS6A 1NGGA 2GWKA 3FZFA 2UYTA 2D0PA 1BWFO 1XUPO 5EXWA 2GUPA 4BR0A 4BR9A 2OANA 4IXCA 4O5FA 3VEWA 3D2FB 5BPLA 2Q1NA 2A3ZA 1Z6RA 3FR0A 2P9LB 5BRFA 3ATUA 3MMVA 1HKBA 3GE1A 2QWRA 3FFKB 5ELZA 2ASOA 5AQOA 1V4TA 2W41A 3MCPA 4CBWA 3KZBA 1NGIA 2E2QA 3C0BA 3VPZA 2P9NB 3CI5A 1K8KB 3IMXA 5BRHA 3ZETB 5AQJA 5BREA 2Q31A 5BN8A 2CGLA 5FPDA 1TUYA 3QDKA 4BR5A 1ZBSA 4B1ZA 1XQSC 1T44A 4BR4A 1X3NA 2ZGYA 3CJ1A 4NB4A 3ZX0A 1OKJA 2GTDA 1HPMA 1KAXA 3IFRA 4H0VB 1HX1A 1QZ5A 3WXJA 3CJCA 1QQMA 1RDWX 2J4RA 4DB3A 4JD2B 1BA0A 2A6AA 4PL7A 4HWIA 5AFUA 2P9IB 3VGMA 3O6WA 4GY2B 4H0OA 2QWNA 3TPQA 4BR2A 2P9SB 5AZJB 4BQLA 4FWLA 3R8EA 1U2VB 4J8FA 4CZGA 3RSEA 2E2PA 3DXMB 5LJVA 4CZMA 3MN6A 3O1WA 2Q2RA 1GLDG 3ZX3A 3B8AX 4BGAA 2BTFA 3CQXA 3IUCA 3WEEA 3A8YA 2IVNA 2NRHA 5F1XA 2P9KB 3L0QA 3LDLA 4JNEA 3D2EB 3M6GA 1T6DA 2FSNA 2VWBA 3VEXA 3ATVA 4Y0WA 2V51B 4E1JA 3AY9A 3HM8A 4BC2A 3AARA 1T6CA 2D4WA 2ZWHA 4EAHD 3MN7A 1QZ6A 3DXKB 4B1XB 3CETA 4BRHA 3OHRA 5B8HA 4CD1A 3VESA 3H1VX 2GEMA 5AQMA 4FWKA 3VOVA 5AQUA 2QWQA 5AQNA 1EQYA 2V52B 4DCHA 4EHUA 4CZFA 3S41A 2QXLA 2AP1A 4M7YA 5LY3A 1LCUA 3LDQA 3AAQA 2E88A 5BN9A 3QBWA 2QW9A 3A5OC 3ENOA 2IVPA 4RCHA 4CD3A 3ZEUB 3QICA 5BR9A 2YHXA 3FZMA 3LM2A 4PKHA 1DEJA 4Z94A 5AQLA 3H1QA 3L4IA 1ZC6A 1R59O 4JAXA 4BRDA 3M1FA 3QB0A 4BRFA 4H5VA 4L3QA 3BUZB 3BF1A 3QBXA 4IWVA 3A5NC 3KVGA 3LM9A 5AQGA 4YDUA 2E1ZA 2VYPA 4MO4A 1DGKN 3R6MA 4JHDB 4K41A 4MO5A 4FO0A 2Q36A 4A61A 4FWNA 3VERA 5AZIB 3C7NB 1HLUA 1HUXA 4QS8A 4WYBA 1V4SA 3ZETA 1SQKA 4IZ9A 4FOEA 3HI0A 3LDPA 4C23A 5AFUH 1NGHA 3ID8A 3O5BA 1BOTO 4I6MB 4KBOA 4GNIA 4CBUA 3M3ZA 5FPMA 3KHYA 1ATRA 4FPBA 4AM7A 5AQIA 2YJFA 1NGFA 1NGJA 4RWTA 1YVNA 2HOEA 4B1YB 5E84A 4H5RA 4ISGA 4BQZA 2QWPA 3JXUA 4H5TA 2W40A 4BRLA 4A2BA 3A5MC 3EKSA 5EX5A 5BPNA 2FF3B 3VEZA 4CZHA 5JLFA 5JICA 4PL8A 1NWKA 3EL2A 1YAGA 2P9SA 3MDQA 4XH1A 1SZ2A 1NLVA 3H46O 4A62A 3TU5A 1WUAA 3LDNA 4XH5A 1TYQB 4M63C 2E20A 4CI6A 3D7EO 4A2AA 3DXMA 3HZ6A 3WXIA 1XC3A 3GBTA 5BPMA 2F9WA 1HKGA 4WQ4C 1YUWA 5AQKA 4K43A 1U6ZA 4BROA 4PKGA 4EHTA 3LDOA 3O80A 3VENA 1NGCA 2Q0RA 4BC3A 5FPEA 5KPRA 2D0OA 2ASPA 3VGLA 3BP8A 2E2OA 2YJEA 2YHWA 1QHAA 2I7PA 1MWMA 1ESVA 5AQYA 4CZEA 5EY4A 2YCHA 4FSVA 2P9UA 2PBDA 3W0LA 1LOTB 1GLFO 3O08A 5JMVA 5AQHA 3GOIA 5AR0A 3H3OB 3U4LA 4H03B 2IIRA 4BRKA 5TKYA 4LC9B 4O8KA 1E4FT 4B1VA 5AQQA 3FZKA 5F0XA 3GG4A 2HF4A 3MK6A 3U8XA 4BC5A 1JCGA 2A41A 2I7NA 3FGUA 3CQYA 2P9PA 3I8BA 3UB5A 2Q97A 4M7XA 3WXKA 4WQ5C 1SAZA 2ZGZA 4BVOA 4XEIA 1NGAA 3HSCA 4DQ8A 3SJHA 3VEOA 3CHWA 3UKUB 1BO5O 1C0GA 1RFQA 2A5XA 4H0YB 3ULEA 3WXLA 1TUUA 4FWSA 4FWOA 2GWJA 3QFPA 5AQXA 2CH5A 3G25A 3RSEB 4IO8A 1IG8A 1CZAN 3EZWA 4CZKA 4EFHA 1JCFA 4BG8A 4EIAA 2D1KA 3WEEB 3H6EA 1RGIA 3CIPA 3D2FA 2P9LA 3O4WA 3GL1A 3P4IA 4BRAA 4IJNA 4ISFA 3SLCA 1ATSA 2FLOA 2F9TA 5FPNA 2H3GX 3O8MA 3CJ9A 1GLAG 5AQSA 2P9NA 3J8AA 4BRNA 1K8KA 4CZIA 3FZHA 5AQWA 4RTFD 4CZJA 2FSJA 4FWRA 5BRDA 3QMLA 3I33A 4BRCA 1BU6O 2FSKA 3CJ7A 5I9EB 1NGEA 1MA9B 1MDUB 4DHYA 5KPTA 5E26A 5ADXA 2NLXA 4BR7A 1E4GT 1ZXOA 1JCEA 1QQOA 3SMPA 4QS9A 2HMPA 3WQUA 3EN9A 1Z05A 1NGDA 2ITMA 2CH6A 4JD2A 1GLEG 3H3NO 1KXPA 3UKRB 2P9IA 4BREA 1H1VA 2CGJA 2QWLA 4H0TB 3CJBA 2IVOA 2ZF5O 3A5LC 5JLHA 5AZJA 5KPZA 1C0FA 1U2VA 3AAPA 4IJAA 5EVZA 1BDGA 1BG3A 4K25A 3W3DA 1NBWA 4BRQA 3BEXA 4FWMA 2E8AA 2KHOA 5AQPA 3HTVA 4BVPA 1BUPA 5AQTA 2P9KA 1KAZA 1WOQA 1IJJA 3EO3A 2A40A 3D2EA 2V7ZA 4B1UB 3IDHA 2EWSA 4B9QA 3VF2A 2YHYA 4FWQA 3QFUA 1Q18A 4JN4A 3DXKA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1ZVEA 3FLCO 4WQ4A 4M3ZA 4XH4A 1K6YA 4NCBA 3NH0A 3OYGA 3KKRA 1VQ8N 4MDBA 1HPZA 3GDQA 1NGBA 3C6HA 3LALA 2KKZA 1NMDA 3UE5A 2E2NA 3H45C 3SYZA 1CLQA 5GIOA 3CCVN 3ZEUA 1ZBHA 4CJEA 4KRFA 4CGJA 4NO7A 4UY8O 5AQRA 3VQEA 1GLBG 2XY5A 2LSNA 2WUSA 3BZKA 2CGKA 3QIPA 2YNFA 4FXDA 2YI1A 1W7AA 1QQNA 2NRZA 4OPAA 3KK7A 3LANA 1U45A 1L3UA 3L4QA 5GAGP 2UXBK 4PUOA 4JHDA 3ENHA 4JKAA 5ADXH 4W5NA 1C56A 2N66A 4GV9A 3O4QA 3CFOA 3MEEA 4DQRA 2P9UB 3TSUA 5J2NA 4DTMA 2QM1A 1JLBA 2D0BA 2A1RA 2ETJA 3EE9A 3ZSZA 1J5OA 3V9WA 4FZYA 3SK3A 1UA1A 2IDOA 1W97L 3OJUA 2PY5A 1U04A 4YDUC 4ILJA 3DWLA 2A7TA 1BL3A 1FKOA 4RW9A 1KRPA 4PKIA 4KHQA 3ID6A 5AQZA 1MU2A 2RF2A 1RTIA 3ZSWA 5EOYA 1J5EK 1LWEA 3UKRA 3HVTA 5AQVA 3BF3A 4YOWA 4H0PA 1XNQK 2C1GA 1WSHA 3O1BA 3CMAN 1T03A 1GLCG 1A5XA 3SBGA 4CK3A 1TYQA 5JENA 2QWMA 5KGXA 4ID1A 4I9LA 3R9PA 3U9DA 3DJCA 4JI3K 1LW2A 3C94A 5AQFA 4EP5A 5CHIA 4DSJA 1C0UA 1T7AA 1XUPO 3SBTA 4FLTA 1EX4A 2B68A 4BR0A 1CN2A 3I0SA 1W2BM 1WAJA 4O5FA 3D2FB 3AA2A 2Q1NA 1Z6RA 2A3ZA 3AO5A 3ATUA 3U3YA 1N5YA 1NPIA 1EWQA 4WF9L 3DLLL 2QWRA 3FFKB 5ELZA 5AQOA 2W41A 3MCPA 4M41A 4C1NI 1S1WA 3C0BA 3IRXA 3VPZA 1I2VA 4DTNA 3CI5A 4JRPA 5BN8A 5FPDA 4I2PA 3THXA 4JI8K 3DYAA 1ZBSA 4EP4A 3QEIA 1XQSC 2RHKA 3JSMA 1RBSA 2UU9K 3HPHA 4NB4A 3NH2A 5I42A 1OKJA 3AO4A 4KFBA 4I2QA 5KGWA 1KAXA 4WFAL 4H0VB 4U67L 1D9FA 3SQ1A 4C8LA 4JD2B 4PL7A 4JKBA 1BI4A 3V81A 4EZ9A 3O6WA 4JI4K 4BR2A 3OYNA 4RW6A 1KFSA 3NAEA 1U2VB 2KGQA 3RSEA 3VTHA 3ZSQA 3CF5L 3LZIA 4CE9A 3V9ZA 2ITGA 1FH3A 3E1YA 3O1WA 4X62K 1NK6A 3MWTA 1GLDG 3B8AX 3CQXA 4V1DC 3F9KA 1W9HA 3HXMA 2JLEA 1K8BA 1BHLA 2ZJRL 1N33K 1QQCA 3J7YP 3I0RA 3VEXA 3ATVA 3JYTA 3AV9A 3QETA 4RG8A 3M5RA 2V51B 5D3GA 4E1JA 4CIFA 4BC2A 2ZWHA 3T3FA 4KI6A 1QZ6A 3SPZA 3DXKB 1L3SA 1VQ5N 3L3VA 5EU7A 4PWDA 5B8HA 3HYFA 3V6DA 3O9QA 1LWFA 3NGZA 1VK0A 4DU3A 3DLGA 4FVUA 5AQMA 3VOVA 4MQ3A 4W5RA 5AQNA 1EQYA 4LY7A 3EE8A 2AP1A 5CYQA 4JEPA 3S5TA 3LDQA 4CK1A 4FM1A 4KAZA 4N47A 1Q7YO 4CD3A 3ZEUB 4CJSA 1DEJA 4Z94A 5AQLA 3L4IA 4Q0BA 2C1IA 3QB0A 2VG7A 4L3QA 1KTQA 4IWVA 3A5NC 3KVGA 4F4KA 3LM9A 3OS0A 3E9PA 3CCMN 1OH7A 2RPIA 4JHDB 4K41A 1KVBA 4FO0A 2O8FA 2HNYA 4FJLA 4JI7K 1HLUA 1V4SA 4DLGA 1SQKA 3QLHA 5BR8K 2E6MA 4ILHA 1T8EA 4DV4K 1KC8O 4A5AA 4C23A 1X9WA 4OKKA 5TKWA 1LV5A 1PE4A 3E66A 3M3ZA 5FPMA 3KHYA 1ATRA 2PZSA 4AEIA 2I61A 4FPBA 4LSNA 4UAFE 4CJ3A 1S9GA 2YJFA 4B1YB 4M3RA 4GW6A 3JXUA 4AAZA 4O44A 3QO9A 4BRLA 3A5MC 5CR4A 3EKSA 5BPNA 2FF3B 1JKHA 3NF8A 3K9JA 5JLFA 1NWKA 1YAGA 3MDQA 1JLFA 4XH1A 1SZ2A 1NLVA 1BGXT 2QI2A 4A62A 1T7PA 4KH4A 1TYQB 3DXMA 3HZ6A 3WXIA 1JXEA 3THVA 4AQYK 2A1SA 4BROA 5AQKA 1JLQA 3KLEA 3K59A 1IKXA 3VENA 2Q0RA 4AH9A 2D0OA 3VGLA 4DTRA 4JRQA 2YJEA 4CEBA 3F5TA 1QHAA 3NF7A 3O9SA 5EY4A 1LWCA 1S1XA 3ZYYX 5J1EA 5M1QA 5M1FA 3J7ZO 4LD0A 3OS2A 1TKXA 1GLFO 1VSFA 1AHOA 3BY5A 1TK5A 3GOIA 3KLHA 2P1JA 3THXB 3H3OB 4LF5K 4H03B 2IIRA 4CF0A 1S72N 3THYB 1TAQA 1DQ7A 3ZSYA 2X78A 5AQQA 1YI2N 3GG4A 3NH1A 3U8XA 4ELUA 3MXIA 4OPJA 4BC5A 3UB5A 2P9PA 2QXFA 2Q97A 2OCEA 3DLEA 1C1CA 2HHQA 4JI2K 3DOLA 1ZBFA 3VEOA 4L8RB 1QSYA 3OYLA 4DR5K 2ZQBA 3ZT0A 1C0GA 1C55A 4CEFA 1TK0A 4IOAL 2VGNA 4CFAA 4JI6K 1WSFA 4DLEA 1X1PA 3HO1A 4FWOA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1ZVE A;  3FLC O;  4WQ4 A;  4M3Z A;  4XH4 A;  1K6Y A;  4NCB A;  3NH0 A;  3OYG A;  3KKR A;  1VQ8 N;  4MDB A;  1HPZ A;  3GDQ A;  1NGB A;  3C6H A;  3LAL A;  2KKZ A;  1NMD A;  3UE5 A;  2E2N A;  3H45 C;  3SYZ A;  1CLQ A;  5GIO A;  3CCV N;  3ZEU A;  1ZBH A;  4CJE A;  4KRF A;  4CGJ A;  4NO7 A;  4UY8 O;  5AQR A;  3VQE A;  1GLB G;  2XY5 A;  2LSN A;  2WUS A;  3BZK A;  2CGK A;  3QIP A;  2YNF A;  4FXD A;  2YI1 A;  1W7A A;  1QQN A;  2NRZ A;  4OPA A;  3KK7 A;  3LAN A;  1U45 A;  1L3U A;  3L4Q A;  5GAG P;  2UXB K;  4PUO A;  4JHD A;  3ENH A;  4JKA A;  5ADX H;  4W5N A;  1C56 A;  2N66 A;  4GV9 A;  3O4Q A;  3CFO A;  3MEE A;  4DQR A;  2P9U B;  3TSU A;  5J2N A;  4DTM A;  2QM1 A;  1JLB A;  2D0B A;  2A1R A;  2ETJ A;  3EE9 A;  3ZSZ A;  1J5O A;  3V9W A;  4FZY A;  3SK3 A;  1UA1 A;  2IDO A;  1W97 L;  3OJU A;  2PY5 A;  1U04 A;  4YDU C;  4ILJ A;  3DWL A;  2A7T A;  1BL3 A;  1FKO A;  4RW9 A;  1KRP A;  4PKI A;  4KHQ A;  3ID6 A;  5AQZ A;  1MU2 A;  2RF2 A;  1RTI A;  3ZSW A;  5EOY A;  1J5E K;  1LWE A;  3UKR A;  3HVT A;  5AQV A; 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