1DKGD

Crystal structure of the nucleotide exchange factor grpe bound to the atpase domain of the molecular chaperone dnak
Total Genus 96
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
96
sequence length
381
structure length
376
Chain Sequence
KIIGIDLGTTNSCVAIMDGTTPRVLENAEGDRTTPSIIAYTQDGETLVGQPAKRQAVTNPQNTLFAIKRLIGRRFQDEEVQRDVSIMPFKIIAADNGDAWVEVKGQKMAPPQISAEVLKKMKKTAEDYLGEPVTEAVITVPAYFNDAQRQATKDAGRIAGLEVKRIINEPTAAALAYGLDKTGNRTIAVYDLGGGTFDISIIEIDEKTFEVLATNGDTHLGGEDFDSRLINYLVEEFKKDQGIDLRNDPLAMQRLKEAAEKAKIELSSAQQTDVNLPYITADATGPKHMNIKVTRAKLESLVEDLVNRSIELLKVALQDAGLSVSDIDDVILVGGQTRMPMVQKKVAEFFGKEPRKDVNPDEAVAIGAAVQGGVLT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Complex (hsp24/hsp70)
molecule keywords NUCLEOTIDE EXCHANGE FACTOR GRPE
publication title Crystal structure of the nucleotide exchange factor GrpE bound to the ATPase domain of the molecular chaperone DnaK.
pubmed doi rcsb
source organism Escherichia coli
total genus 96
structure length 376
sequence length 381
ec nomenclature
pdb deposition date 1997-02-13
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.30.30 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Defensin A-like Defensin A-like 1dkgD02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1dkgD01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1dkgD03
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 1dkgD04
2F9WA 4Z94A 2ASOA 3QDKA 4NB4A 3U9ZA 4H0YB 5ADXA 3DAWA 1HUXA 3AAPA 1G99A 1XC3A 1NGHA 1HKGA 2YCHA 3UKUA 5AQRA 5F2RA 3IFRA 5I9EB 1YVNA 4WQ4A 4BG9A 4H5WA 5JLFA 3TPQA 3WEEB 1IJJA 2ZGYA 3FR0A 1RFQA 2QWRA 2J4RA 1NGIA 3WT0A 3QBWA 1KAYA 2FF6A 5AQUA 3CJAA 3QFUA 3BP8A 1H1VA 4PKHA 4IJNA 4MLEA 5E84A 5BREA 2EWSA 3VEYA 4AM7A 4DQ8A 1ATRA 1K8KA 3QMLA 2CGLA 3HBTA 4JD2B 1Y64A 3LM9A 2IVNA 4RCHA 1NLVA 4WQ5C 3VF2A 3C0BA 2IIRA 1GLJO 3A5MC 3QICA 5EXWA 2A41A 3SK3A 3EL2A 2QWOA 4JAXA 1E4GT 1NGDA 1KXPA 3A8YA 2FSKA 5BRFA 2P9NA 4H0PA 4XH4A 4JHDA 4B1VA 1ZC6A 3GDQA 4BREA 3H3NO 1T6CA 2UYTA 3M1FA 1KAZA 5AZIA 3D2EA 1C0FA 2FLOA 4BRDA 2V7YA 2P9PB 3ULEB 3UKRA 3DXKA 2E20A 1BA0A 3LDNA 1V4SA 4WQ5A 1GLBG 2P9SA 1TUYA 2BUPA 1QZ5A 2QWQA 4I6MA 3VGKA 4BRPA 4K42A 1S22A 3WQTA 4PL7A 4BC5A 3VEOA 2HF3A 3VENA 4B1WB 5AFUA 5AQMA 5AQHA 1BG3A 3VERA 3UKUB 2D4WA 4CZHA 1RDWX 2HOEA 5FPNA 5LJWA 3DJCA 2YJEA 5AQOA 3O6WA 3JXUA 2AP1A 1ATNA 4QS8A 1NWKA 1SQKA 3UE5A 3CJCA 2IVPA 4C23A 4CZJA 5ADXH 1HJOA 4GY2B 1X3MA 3M3ZA 2KHOA 3LDQA 3HTVA 1LCUA 5AQGA 1BDGA 1K8KB 3BUZB 2HF4A 4EHUA 2QWLA 3EZWA 3CJ9A 3VOVA 5AQQA 3LDPA 4H5NA 4BQZA 1U2VA 2CH6A 5AQXA 1DGKN 2H3GX 5AQSA 3QBXA 4FWRA 2A40A 3SMPA 4CBXA 4BRNA 2P9NB 1QQOA 4JHDB 1IG8A 2P9UA 2ZF5O 3WXJA 4PKIA 4CZFA 3J8AA 5KPRA 3D7EO 5AZIB 3D2EB 5KQDA 4ISFA 1TUUA 3CERA 3UKRB 3DXKB 4K43A 4FWQA 3WQUA 1GLLO 5AQWA 3RSEA 3AY9A 5AQTA 5KQ8A 3VEZA 1MWKA 1GLAG 4MO5A 3EKSA 2P9SB 3M6GA 4A61A 5B8HA 3R6MA 3GG4A 4E1JA 4I6MB 5AQNA 3ENHA 4FSVA 3CI5A 3GE1A 4F9OA 3GL1A 2Q2RA 3F9MA 3TU5A 3HM8A 2P9LA 5AR0A 1NBWA 3LDOA 5F0XA 3CETA 2ZGZA 3P4IA 4XH5A 4BG8A 5AQKA 3CHWA 5KPZA 3MCPA 4H5TA 4BRMA 4WYBA 1BUPA 4XH1A 4BRHA 2W40A 5E26A 1GLCG 3SJHA 3LDLA 2VCPA 3CIPA 2OANA 2CH5A 4L3QA 4BRLA 1JCGA 2Q36A 5EOYA 1RGIA 3KVGA 4FOIA 3G25A 3IUCA 1XUPO 4H0XB 4H03B 1QZ6A 4J8FA 4IZ9A 3SLCA 1DEJA 5AZJA 4BR0A 4BR7A 1U2VB 3DWLA 3O5BA 3O80A 3W3DA 4M63C 4H5RA 4CZGA 5CE3A 5EVZA 1ESVA 2FSJA 2F9TA 3VF4A 4BR9A 1YUWA 4M7XA 2PAVA 1YAGA 4FWKA 5FPDA 4BRAA 1GLEG 4BGAA 2P9UB 3FZHA 4BRQA 1NM1A 2D1KA 2A42A 4M7YA 4H0VB 3RSEB 3FZLA 4CZKA 2Q31A 4BRKA 4RWTA 4MLHA 4FWLA 4JNEA 2ASMA 4EIAA 1R59O 2V51B 1NGBA 2E2QA 2P9LB 4O5FA 3ZETA 4BRCA 2PBDA 3GBTA 2P9IA 1QQNA 1JCEA 3ZEUA 3FZMA 3U4LA 4HWIA 5AQJA 5AQFA 3FGUA 3O8MA 3D2FA 3CJBA 2E2NA 3CQYA 2WUSA 4IXCA 3L4IA 1D4XA 1WOQA 4FWPA 4CZLA 4YDUC 2YJFA 1C0GA 5KPTA 3DXMA 4BQLA 4IO8A 5JMVA 5BPMA 4KBOA 4FOEA 5BPNA 2IVOA 2QM1A 3O4WA 2VWBA 3SMSA 3A0IX 4FPAA 3VEWA 4BR4A 5AZJB 1ZBSA 4QS9A 2QW9A 4CZEA 5FPMA 3MN7A 3MN5A 1S3XA 2GWJA 3QB0A 3WXLA 4B1ZA 5JLHA 2FXUA 4YDUA 3EKUA 3VGMA 3KZBA 1XQSC 4BR2A 3ATUA 2FSNA 2NRHA 2E1YA 1HX1A 3ZX2A 2E88A 4NO7A 5BN8A 4ISEA 4CZIA 4IWVA 2QWMA 1QQMA 5BN9A 4B1YB 2FF3B 2QWPA 3QFPA 4CJ7A 5AQIA 2P9KA 5BRDA 3KHYA 5EY4A 3A5OC 3MK6A 4H0OA 4ISGA 3MMVA 4BRIA 2GWKA 4HTLA 4XEIA 3CJ1A 1NMDA 4WQ4C 2YHYA 1E4FT 4PKGA 3R8EA 1NGFA 1P8ZA 2D0OA 3O1WA 5AQPA 1HPMA 2W41A 4FWNA 3ZETB 3VGLA 4CI6A 2P9IB 2I7NA 4FO0A 1LOTB 1EQYA 3ZX3A 5LJVA 3ZEUB 3IDHA 3VESA 2Q1NA 1NGGA 5EX5A 2A6AA 3MDQA 3BEXA 3WXIA 1BO5O 4JN4A 1QHAA 5FPEA 4BRFA 1HKBA 1NGCA 2E2PA 3VEXA 4IJAA 3D2FB 3CJ7A 5AFUH 3HI0A 4CBUA 4EHTA 3BF3A 3O1BA 3DXMB 4EAHD 1HKCA 4BR5A 3H3OB 4CD1A 4BC3A 1MWMA 1BWFO 4B1XB 5AQZA 1T44A 2Q97A 1ZXOA 2ZWHA 2QWNA 2VYPA 3W0LA 2I7PA 5ELZA 4FWSA 3B8AX 4LC9B 5LY3A 4GNIA 1ATSA 1Q18A 2A3ZA 2Q0UA 1WUAA 4B1UB 4K41A 3VEVA 3H45C 1YXQA 3JS6A 2V52B 2CGKA 1X3NA 4QS7A 1TYQA 4FPBA 1JCFA 5BR9A 3C7NA 2YHXA 3L6QA 5JICA 4FWOA 1BOTO 5BRHA 3LM2A 5AQYA 4EFHA 3A5NC 1CZAN 5AQVA 1SZ2A 4BC4A 4BROA 2P9KB 3MN9A 3I33A 2NLXA 1BA1A 4BRGA 2E8AA 3IMXA 3VF6A 2D0PA 1BU6O 1KAXA 2AA4A 3UB5A 2YHWA 4DHYA 4PL8A 2YI1A 1GLDG 2GELA 3H1VX 5AQLA 3HZ6A 3ZX0A 1HLUA 2BTFA 1NGAA 3BF1A 3FFKB 3WXKA 2ASPA 4BVOA 2GEMA 3WEEA 4BGBA 3AAQA 1NGJA 3FZFA 1V4TA 3CQXA 4FL9A 4BVPA 3GOIA 1U6ZA 4O8KA 4A62A 1Z6RA 1X9JA 2NZTA 4A2AA 3AARA 2Q0RA 1SAZA 3FLCO 3U9DA 3HSCA 1OKJA 4K25A 4A2BA 3H6EA 3MN6A 5F1XA 3O08A 3I8BA 3H46O 1J6ZA 4JD2A 3R9PA 5BPLA 4CD3A 1DKGD 4H0TB 2E2OA 4Y0WA 3FZKA 4BC2A 2CGJA 3LL3A 4CZMA 2V7ZA 3VETA 1T6DA 2ITMA 3ATVA 4DCHA 1TYQB 3H1QA 3C7NB 5TKYA 4H5VA 3S41A 2GTDA 2A5XA 3WUHA 1NGEA 1GLFO 3EO3A 2HMPA 3A5LC 3U8XA 4B9QA 4RTFD 2P9PA 3ULEA 4CBWA 2E1ZA 2DPNA 2GUPA 3L0QA 3EN9A 4FWMA 3ENOA 3OHRA 3FE1A 1MDUB 1MA9B 3VPZA 2QXLA 3ID8A 4AM6A 4DB3A 1Z05A 4MO4A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1NJYA 4Z94A 2ASOA 3P5JA 4NB4A 1DLOA 4FJHA 4IBNA 3CFPA 3H08A 5SWMA 1WSFA 1HKGA 5AQRA 3T1AA 5F2RA 2VG7A 1YI2N 1YVNA 4WQ4A 3SBTA 4BG9A 1FJGK 4H5WA 4DU4A 4DTUA 1NMNA 2O8BB 4FJGA 3CCMN 1QSYA 3C6UA 4CE9A 1KAYA 4M3XA 4KB1A 4RW9A 3V9UA 1NOYA 4M3TA 5BREA 3HXMA 4YOTA 3VEYA 4AM7A 1UA1A 1K8KA 1TI5A 3HT3A 2JGUA 4JD2B 2YKNA 3WXMB 1NLVA 4BWJA 1GLJO 4OPAA 4KPYA 2DTUA 3CMEN 5M1OA 1HYVA 4I9QA 1IV0A 3LAMA 1YITN 3UIQA 3NH2A 4OGCA 2HHIA 2ATBA 3EYZA 1SKWA 3H3NO 2SN3A 3M1FA 1CZBA 1KAZA 3I0RA 4WFAL 3D2EA 4W5QA 1YTUA 4BRDA 2V7YA 4DV0K 3DXKA 4CGDA 4ILHA 1E3MA 2P51A 1S72N 3VQAA 5C0YA 3LDNA 4YOVA 1TUYA 2E5LK 2BUPA 2G8FA 2OYQA 4CJ3A 4CJRA 2QWQA 3ZT3A 4BRPA 4K42A 4AHVA 4PL7A 1KVCA 3VEOA 1WSHA 3HSTB 3NCIA 3DRPA 4OKEA 3WNFA 3VERA 1I6FA 3VQDA 5J2QA 5FPNA 4LF8K 1LAWA 1J9AA 5AQOA 3R3LA 4E89A 5EU7A 4LD0A 1KD1O 3UE5A 5KI6A 3N4QA 4GKJK 4IDKA 4CEDA 5J2NA 5D3GA 3LDQA 1LCUA 3TSPA 4ILJA 3T7ZA 3DLLL 3THWB 4DR7K 4W5NA 4FK2A 3OYFA 2YHAA 5AQQA 1RT7A 1U2VA 2NY9X 5HRSA 2VGNA 5CR4A 2I61A 2H3GX 4A5BA 3J7AP 4BRNA 1UGLA 1P00A 2DFEA 1IG8A 4JHDB 3IAYA 1XRSB 4JI3K 3K2PA 5AZIB 1VQ8N 1I39A 2KZZA 2X78A 1FH3A 5KQDA 4AAZA 1IBLK 1BI4B 1UAXA 3QNNA 4FWQA 3WQUA 5AQWA 5AQTA 4MO5A 3QO9A 4CEFA 3EKSA 1NOZA 3M6GA 3R6MA 4DUZK 1S1TA 4I6MB 4FSVA 3CI5A 4F9OA 3HL8A 2UXDK 4C1NK 4KH5A 2Q2RA 3DYAA 4RW4A 3LDOA 1QVGM 3OW2M 5F0XA 3CETA 2IAJA 1IO2A 1BISA 2IC3A 5M1PA 4XH5A 4DTMA 2W00A 1XC9A 5AQKA 1S6QA 4HCCA 4H5TA 1B92A 4BRMA 4WYBA 1BUPA 4FM1A 4KH6A 4XH1A 2OANA 2CH5A 3R1XA 4L3QA 2OA8A 2VQFK 1I94K 4M3ZA 4B08A 1TKZA 1MR4A 3RMBA 4Z4EA 3OJUA 2XY7A 4JKFA 2OTLN 1C0TA 2O8EB 4CK3A 4ELVA 4J8FA 1RT2A 4KV8A 1LAVA 4IZ9A 1DEJA 1S5JA 4FXDA 3DWLA 1TK5A 3O5BA 3O80A 4CZGA 4DTPA 1TKDA 2F9TA 3VF4A 1YUWA 4C1NI 4FWKA 1YAGA 1GLEG 1NK7A 4JI8K 3FZHA 2BRZA 1IKYA 2F96A 2WC9A 3KP1A 1NM1A 5GADP 1WSJA 3AVGA 3THXB 3KOYA 4H0VB 3RSEB 3FZLA 2KFNA 4FZYA 3HVTA 3O9UA 1L3TA 3NH1A 1WSIA 3KHWA 3SNNA 3SZ2A 4O5FA 3ZETA 1RTDA 3V9ZA 4DQSA 4RG8A 3M8QA 3TSUA 2VQEK 2NRZA 1SL2A 1S9EA 1IBKK 5LL6Z 4FLZA 4CHOA 4HWIA 1XHXA 4OPKA 3FGUA 3O8MA 2EX3A 3D2FA 3CJBA 3KLGA 2O8DA 4JS5A 4IXCA 4FWPA 1YJ9N 4YDUC 1HQUA 5KPTA 1HJRA 4BQLA 2YX6A 4JRQA 4FM0A 1KFDA 2IVOA 3CYGA 4Y1DA 3ZLJA 2VWBA 4K0KK 1RDUA 4JEPA 3BZKA 3NMUA 1N34K 1ZBSA 4QS9A 1LQQA 3KK3A 1BIUA 3THVA 2A7TA 2MZ0A 2ZQBA 1EETA 3EKUA 5FROA 2X6NA 1C55A 2KGQA 4BR2A 3DMJA 5CY0A 2N69A 3C65A 4CZIA 4GMJB 4IWVA 3V1QA 4B1YB 4KHNA 3OTOK 2P9KA 5BRDA 1EO1A 5EY4A 3A5OC 3DLGA 3AVHA 3CD6N 2HHXA 4PKGA 4M42A 1VSEA 1HPMA 4YOYA 4CGGA 1W2BM 4KB0A 3M8PA 1JZBA 4CI6A 1IKWA 3NF7A 3ZX3A 1EQYA 1BCGA 1YHQN 5C42A 3DLBA 1O13A 5EX5A 3MDQA 1LWEA 2E2PA 1NGCA 3WNHA 3DM2A 3NFAA 5C24A 2E2FA 5AFUH 4FJ8A 1ZVEA 3HI0A 4DV2K 4E1NA 1HKCA 1FK9A 4EP4A 1KVBA 1VQON 2Q97A 2YKMA 2UXBK 3CW4A 2QWNA 2D5RA 1NK5A 3KD5E 1N8RO 5LY3A 4DFMA 4GNIA 1HPZA 4CF2A 2Q0UA 4WE1A 1WAFA 3TAEA 4PQUA 1YT3A 2V52B 4QS7A 3VA0A 1WAJA 1TYQA 4C8LA 3CC2N 1T0ZA 4W5RA 2QKBA 5BRHA 1HQEA 4CJUA 4EFHA 3A5NC 5A2QO 2G8KA 3TAPA 2Y1JA 4B8AB 4JI1K 3WNEA 5LMUK 3KJVA 4DWIA 5JVHL 3SV3A 2ZJQL 4DQRA 2AA4A 4F4KA 4CEAA 1T03A 1CN2A 1GOBA 2KW4A 2O8FB 5FDLA 1NK4A 1T8EA 3IG1A 1ITGA 3VTIA 4LF7K 2Z1JA 1ZFUA 4EP5A 3WXKA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1NJY A;  4Z94 A;  2ASO A;  3P5J A;  4NB4 A;  1DLO A;  4FJH A;  4IBN A;  3CFP A;  3H08 A;  5SWM A;  1WSF A;  1HKG A;  5AQR A;  3T1A A;  5F2R A;  2VG7 A;  1YI2 N;  1YVN A;  4WQ4 A;  3SBT A;  4BG9 A;  1FJG K;  4H5W A;  4DU4 A;  4DTU A;  1NMN A;  2O8B B;  4FJG A;  3CCM N;  1QSY A;  3C6U A;  4CE9 A;  1KAY A;  4M3X A;  4KB1 A;  4RW9 A;  3V9U A;  1NOY A;  4M3T A;  5BRE A;  3HXM A;  4YOT A;  3VEY A;  4AM7 A;  1UA1 A;  1K8K A;  1TI5 A;  3HT3 A;  2JGU A;  4JD2 B;  2YKN A;  3WXM B;  1NLV A;  4BWJ A;  1GLJ O;  4OPA A;  4KPY A;  2DTU A;  3CME N;  5M1O A;  1HYV A;  4I9Q A;  1IV0 A;  3LAM A;  1YIT N;  3UIQ A;  3NH2 A;  4OGC A;  2HHI A;  2ATB A;  3EYZ A;  1SKW A;  3H3N O;  2SN3 A;  3M1F A;  1CZB A;  1KAZ A;  3I0R A;  4WFA L;  3D2E A;  4W5Q A;  1YTU A;  4BRD A;  2V7Y A;  4DV0 K;  3DXK A;  4CGD A;  4ILH A;  1E3M A;  2P51 A;  1S72 N;  3VQA A;  5C0Y A;  3LDN A;  4YOV A;  1TUY A;  2E5L K;  2BUP A;  2G8F A;  2OYQ A;  4CJ3 A;  4CJR A;  2QWQ A;  3ZT3 A;  4BRP A;  4K42 A;  4AHV A;  4PL7 A;  1KVC A;  3VEO A;  1WSH A; 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