1DKGD

Crystal structure of the nucleotide exchange factor grpe bound to the atpase domain of the molecular chaperone dnak
Total Genus 96
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
96
sequence length
381
structure length
376
Chain Sequence
KIIGIDLGTTNSCVAIMDGTTPRVLENAEGDRTTPSIIAYTQDGETLVGQPAKRQAVTNPQNTLFAIKRLIGRRFQDEEVQRDVSIMPFKIIAADNGDAWVEVKGQKMAPPQISAEVLKKMKKTAEDYLGEPVTEAVITVPAYFNDAQRQATKDAGRIAGLEVKRIINEPTAAALAYGLDKTGNRTIAVYDLGGGTFDISIIEIDEKTFEVLATNGDTHLGGEDFDSRLINYLVEEFKKDQGIDLRNDPLAMQRLKEAAEKAKIELSSAQQTDVNLPYITADATGPKHMNIKVTRAKLESLVEDLVNRSIELLKVALQDAGLSVSDIDDVILVGGQTRMPMVQKKVAEFFGKEPRKDVNPDEAVAIGAAVQGGVLT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule keywords NUCLEOTIDE EXCHANGE FACTOR GRPE
publication title Crystal structure of the nucleotide exchange factor GrpE bound to the ATPase domain of the molecular chaperone DnaK.
pubmed doi rcsb
source organism Escherichia coli
molecule tags Complex (hsp24/hsp70)
total genus 96
structure length 376
sequence length 381
ec nomenclature
pdb deposition date 1997-02-13
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.30.30 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Defensin A-like Defensin A-like 1dkgD02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1dkgD01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1dkgD03
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 1dkgD04
4I6MB 3D2FA 4JD2A 2E8AA 4FWMA 1XQSC 3O5BA 1NGEA 2F9TA 4RCHA 5LY3A 1BDGA 3R6MA 1JCFA 5AQRA 3L6QA 3GOIA 4CZJA 4FSVA 3ZEUA 2QWLA 5BRFA 2ASMA 4H5RA 1P8ZA 5TKYA 3ULEB 4B1UB 4RWTA 3BF3A 2Q31A 4JHDA 4H5WA 2D0OA 3UKRB 4BRNA 1KXPA 1SAZA 3WEEA 1GLLO 3HBTA 4B1ZA 1R59O 3U9ZA 4B1YB 3VPZA 4O8KA 1TYQA 2HF4A 4BRFA 3EKSA 4CI6A 4DHYA 1YUWA 4IWVA 1HLUA 3VERA 4CZFA 5BREA 5EX5A 3QB0A 2P9LB 3GG4A 1V4TA 3RSEB 2QM1A 5AQUA 4WYBA 4B1XB 3QMLA 1GLEG 2E88A 2QWQA 1YVNA 3VF2A 3DXKB 5CE3A 3AARA 2PAVA 3CIPA 4BRIA 1Y64A 4GNIA 2IVPA 2WUSA 4FPAA 4BC4A 5B8HA 1HX1A 3FZKA 3D7EO 4WQ5A 2E2QA 2FSKA 3O4WA 3R9PA 5KPZA 1NGBA 3ENOA 5FPMA 3L0QA 1ATNA 3VEOA 1BO5O 1MDUB 3M3ZA 4QS7A 4FO0A 3LL3A 2NZTA 2FSJA 3EKUA 3D2FB 4JD2B 3EO3A 3ZX0A 1GLCG 1E4GT 1HJOA 2GWJA 3O1BA 3LM2A 2A40A 3A5LC 4MO5A 2P9KA 2YJEA 1MA9B 4XH4A 2HF3A 2QWRA 4KBOA 3GL1A 2QWOA 1WOQA 2P9IA 3VGLA 1WUAA 5KQ8A 2HOEA 3ZEUB 3VF4A 3ZX2A 4JAXA 4QS8A 3VENA 2A6AA 3MK6A 1GLAG 3VGMA 2Q97A 4JHDB 3WQUA 1NGCA 3LDNA 3O6WA 3SJHA 1IJJA 3WEEB 2VCPA 2VYPA 2YI1A 4Y0WA 1ATRA 4F9OA 3WXLA 2P9NA 4EFHA 3VEWA 1TYQB 2GUPA 3A5NC 1HKBA 4PL7A 4BRAA 2E20A 1GLBG 1NM1A 5F1XA 3GE1A 2BUPA 2J4RA 4E1JA 2Q0RA 1E4FT 1EQYA 1K8KA 3FLCO 5BPNA 5AQIA 3LDOA 4FWLA 2ITMA 5AQFA 5AQPA 2E2NA 5AQKA 4EHTA 1ZXOA 3ATUA 3WUHA 3IMXA 1BA1A 5AZJA 1NWKA 2W41A 4PKHA 4WQ4A 1X3MA 2FF6A 4GY2B 3C7NA 2ZGYA 4AM7A 5AQGA 4IZ9A 4RTFD 4MLEA 5AQTA 3J8AA 2CGJA 3HSCA 2GEMA 2P9UA 2FSNA 4EIAA 4FWNA 3FGUA 3CETA 2HMPA 3R8EA 3CQYA 3QFPA 3QBXA 3DAWA 3OHRA 1YAGA 1D4XA 3FZFA 5BPLA 2P9KB 4H0PA 4H0XB 2P9IB 4BVOA 1KAXA 2D1KA 2NRHA 3M1FA 1QQMA 1NMDA 4BR9A 4CJ7A 4FWSA 1DEJA 4BR0A 4BREA 3LDQA 2CH5A 4IXCA 1C0GA 1T6CA 1NGHA 2FXUA 5AQMA 2BTFA 2P9NB 3AAQA 4K25A 2VWBA 4BC2A 3I33A 1U2VA 1Z6RA 3A5MC 2FF3B 3QFUA 4CZHA 2I7PA 2OANA 4JNEA 2A3ZA 3WXKA 2E2PA 4BC3A 3TU5A 1U6ZA 1K8KB 3O80A 3VEYA 4ISFA 5JLFA 2YHWA 3MN9A 3CI5A 3JS6A 2GWKA 3VESA 2P9SA 5LJWA 3A0IX 5AQHA 1BG3A 1X3NA 5AZJB 5F2RA 5BRHA 3M6GA 3C0BA 1GLFO 5EOYA 4K43A 4CBXA 3QBWA 4M63C 4H03B 1Q18A 3C7NB 1Z05A 2P9PA 4Z94A 2E1YA 4CZKA 3CJCA 2YJFA 1T6DA 5JLHA 3CQXA 1KAZA 1ESVA 2I7NA 2PBDA 2D0PA 2P9UB 3BUZB 4JN4A 4B1WB 1LOTB 5KPTA 4FWRA 1DGKN 1TUYA 2KHOA 3AY9A 3GBTA 3CERA 5AQVA 4XEIA 4FOEA 2QXLA 2IVOA 5AQOA 4CBWA 4BR7A 3FZLA 1QZ5A 3CJ1A 3MCPA 3S41A 2CH6A 4WQ5C 3WT0A 1NGFA 3ENHA 5AZIA 3GDQA 2W40A 1LCUA 4CD1A 3U9DA 1ZBSA 3VEVA 3VF6A 1NGJA 1JCEA 2Q1NA 2GTDA 3O1WA 4FPBA 2QWNA 3MMVA 3D2EA 5EXWA 5AQWA 1IG8A 2V52B 4DQ8A 3B8AX 1RDWX 3EL2A 3U4LA 5BR9A 4BRCA 4HTLA 1RFQA 2IIRA 2YHXA 1U2VB 1G99A 5ADXA 3O08A 5AQXA 2QWPA 2F9WA 4BC5A 3L4IA 3DWLA 3UB5A 3KHYA 3VGKA 2ASOA 1NGAA 1RGIA 1XC3A 1H1VA 3IFRA 4FOIA 3FZMA 1ZC6A 2A42A 3H3NO 3WXIA 2P9SB 1BU6O 3IDHA 4L3QA 5KPRA 4BRDA 3BEXA 5BN8A 5KQDA 5ADXH 5AQYA 2E2OA 4FWPA 4CZEA 3ZETA 2YCHA 3A8YA 1JCGA 1SQKA 4H5TA 3H1VX 4IO8A 3I8BA 3W3DA 4BRPA 3HM8A 1S3XA 4NO7A 3UKUA 2P9PB 4DB3A 5AR0A 2ZGZA 2V7ZA 5F0XA 4CZMA 4BG9A 3CJ7A 4A2BA 1NLVA 5AQSA 1MWKA 4EAHD 4BR2A 3VEZA 4IJAA 1GLDG 1MWMA 4M7YA 3BP8A 1HKGA 2YHYA 4XH5A 3KVGA 5BRDA 4WQ4C 2V7YA 4H0YB 4A61A 5AQZA 3SLCA 4BG8A 3CHWA 3P4IA 2DPNA 5FPDA 3CJAA 5AZIB 4YDUA 4A62A 3ID8A 4FL9A 4M7XA 3W0LA 5FPNA 4H5VA 3U8XA 5I9EB 1YXQA 3A5OC 3VOVA 4FWQA 3D2EB 1NGDA 3JXUA 3MDQA 4CZLA 1QHAA 3FFKB 5AQNA 4BROA 4IJNA 1QZ6A 4NB4A 1DKGD 1ATSA 3DXMA 1HUXA 1J6ZA 2CGKA 3SK3A 4EHUA 2Q0UA 4A2AA 3QICA 1QQOA 1XUPO 3EZWA 3HTVA 4J8FA 4DCHA 4HWIA 5FPEA 4I6MA 2FLOA 3CJ9A 3BF1A 3H1QA 4BVPA 4H0OA 5EVZA 3FR0A 1V4SA 3FE1A 3IUCA 3CJBA 5JMVA 5BPMA 4PL8A 3SMSA 4BRKA 2AP1A 2IVNA 2ZWHA 4BGBA 4LC9B 2EWSA 5BN9A 1S22A 4BGAA 4MLHA 3LDPA 4B9QA 2UYTA 4H0TB 3ZETB 4PKIA 2A41A 5ELZA 3ULEA 3UKRA 4YDUC 2ZF5O 3EN9A 5AQQA 4K41A 4MO4A 2QWMA 3UKUB 1HKCA 1QQNA 3KZBA 3ZX3A 4K42A 4O5FA 4B1VA 5E84A 3TPQA 2GELA 3FZHA 1GLJO 2CGLA 5E26A 3H3OB 4H5NA 1T44A 1NBWA 4BQLA 3VETA 5AFUA 1NGGA 3MN7A 3AAPA 2H3GX 4BRQA 3QDKA 4BRGA 3HI0A 1HPMA 1NGIA 5AQJA 3MN5A 3WXJA 4BQZA 4H0VB 1KAYA 2P9LA 3RSEA 4FWKA 3VEXA 3H46O 4BR5A 4BRMA 1CZAN 4CZGA 4BR4A 1BOTO 2D4WA 3LM9A 5JICA 3HZ6A 3UE5A 4CBUA 3DXKA 4CD3A 2NLXA 2A5XA 2Q2RA 1BWFO 3LDLA 5AFUH 3G25A 3H6EA 3MN6A 1SZ2A 1OKJA 2ASPA 2V51B 3SMPA 4XH1A 4AM6A 3ATVA 1BA0A 1C0FA 3F9MA 4PKGA 4BRLA 4QS9A 4BRHA 4ISGA 3DXMB 2AA4A 5LJVA 4FWOA 2E1ZA 1BUPA 3WQTA 1X9JA 3O8MA 5AQLA 4C23A 1TUUA 2Q36A 5EY4A 4ISEA 3DJCA 2QW9A 3H45C 4CZIA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4Q5VA 2E8AA 1XQSC 5GAEP 1NGEA 4FJIA 1B7DA 2OPSA 1M90O 4OLBA 4FVMA 4IDKA 2ZM6K 5AQRA 3EEQA 3KWGA 4BE7B 4CGIA 4CZJA 4DSFA 3T69A 2QWLA 5C12A 4B1UB 4BEBA 2Q31A 4IEIA 4QAGA 4H5WA 2D0OA 4MFBA 4DTRA 2O8DA 1NU0A 3HBTA 2DFHA 4B1ZA 1R59O 3HM9A 2QK9A 4WFNL 3AGRA 3D6RA 1S1WA 1YI2N 3Q7CA 2HF4A 4X64K 1Z25A 4DR5K 1YUWA 3KWIA 1HLUA 3JYTA 1BL3A 3QNNA 1BCOA 4DUZK 4OKKA 3AA4A 4ICLA 5BREA 5EX5A 2P9LB 3RSEB 1HYZA 1RNHA 3CC7N 2QM1A 2O4IA 3QMLA 2X6NA 1KFDA 3V4IA 2RN2A 3MEEA 2E6MA 3Q7BA 4W5NA 4UADE 4E7KA 4BRIA 2QA4N 4JS4A 4GNIA 5IWAK 2WUSA 4BC4A 4A57A 3ZT4A 2XRIA 2N66A 1TKXA 3KK7A 2HNYA 2FSKA 3ASMA 3K2PA 5KPZA 1NK5A 2LSNA 3OYBA 2JWKA 1NOZA 3SUOA 3TTCA 1N36K 4Z4GA 4I9QA 4QS7A 5JS2A 2NUBA 2FSJA 1S6QA 4JK8A 1I3AA 4DQRA 3EO3A 3CM6A 4X66K 1BCGA 1N33K 2A40A 1ZBHA 2OTLN 1Y97A 2P9KA 4LF4K 1VQPN 2QWRA 4KBOA 3GL1A 4E7HA 1WUAA 2ITGA 2HOEA 3AVKA 3OYMA 2OTJN 3ZX2A 4KHYA 3VENA 2A6AA 3WQUA 1VSEA 5GIOA 2Q97A 4JHDB 4DS4A 3LDNA 3S3NA 4OO1J 1IJJA 3SV3A 2VYPA 4GV3A 1RT7A 3AVMA 3HSTB 2JGUA 3J7AP 2X78A 3TANA 4EFHA 3PV8A 3A5NC 4CW7B 4YOVA 4CEOA 4B9NA 1GLBG 1NM1A 4W5QA 5F1XA 3RRGA 2BUPA 4E1JA 4BE0A 4CHPA 2VGNA 3DLKA 3C6HA 1RTDA 5AQIA 4JKGB 3K57A 2YNHA 4DV1K 1VSLA 1LWEA 4I2PA 1J5OA 3H08A 1ZXOA 4E7IA 1S72N 3ATUA 3ID6A 3WUHA 1BA1A 5AZJA 1NWKA 2W41A 3CCJN 4GY2B 3OYDA 4NYNA 1ILYA 3MWPA 4AM7A 3ZT0A 2XY8A 3LAMA 4RTFD 2GEMA 3TWHA 3FGUA 2HMPA 3OYCA 3F9KA 1ITGA 4BWMA 4RW7A 4H0XB 4BVOA 1KAXA 4A5AA 1S1VA 4PY5A 3V9ZA 3M1FA 3D45A 4IFVA 3SJJA 4KHUA 4BR9A 1EXQA 1Q8IA 3L3VA 4EZ9A 3KP1A 3NGYA 2YC1C 5J2QA 1WSJA 1HQEA 1ZU3A 1K73O 1JKZA 2E2FA 4IXCA 1C0GA 2FXUA 2BTFA 2P9NB 4M3ZA 3D0PA 1Z6RA 2FF3B 2KZZA 1HNIA 4CIGA 3CCRN 4FJXA 4OPAA 4CCHA 3THWB 1NK0A 2YHWA 3TTDA 3MN9A 4CJ4A 2LT8A 2GWKA 4FLUA 1FKOA 5AQHA 1BQNA 1BG3A 4DTSA 4KHQA 3BDPA 4E1NA 1NRBA 5F2RA 1JZBA 2KTQA 4M63C 3C7NB 3IRXA 3TSUA 4FVUA 5JLHA 4LF5K 3TAPA 1KAZA 5KPTA 3M8SA 3HYFA 2Y1IA 4KV8A 4LSLA 3QESA 4FJ7A 2OA8A 1TUYA 2P1JA 3L2VA 3AVHA 2O8DB 4FOEA 2GV9A 4DTUA 3T7ZA 4CBWA 3RMDA 3S41A 3CJ1A 4DSJA 2CH6A 1Q86O 3DLLL 4K0KK 2RF2A 2N69A 5BR8K 2IS3A 3DLRA 3O9TA 3AVFA 3VQ6A 5AZIA 3GDQA 1ZFUA 3U9DA 2OCEA 3I8DA 1NJIO 4KRFA 1NGJA 2PZSA 5EXWA 1UA0A 3C94A 2A1SA 3TI0A 4J2BA 4LF7K 1ASWA 3EL2A 2O8BB 1HQUA 1RFQA 2IIRA 4FW2A 4KHNA 1HJRA 1U2VB 1SL0A 5ADXA 1TGOA 2O8FA 1JLFA 3K5MA 1BMRA 3KOYA 3C95A 1U48A 2HNDA 1T8EA 4FJ8A 3DWLA 3UB5A 3KHYA 4U67L 3OYAA 3KLFA 5DM6L 1H1VA 3B6OA 1BIZA 4DLGA 2A42A 4KB1A 2XY5A 3WXMB 1SV5A 4DV5K 2P9SB 3NBPA 2E2OA 3NGZA 1SQKA 4H5TA 1LW2A 3W3DA 2IAJA 1WBBA 4BRPA 1HMVA 3BGRA 1ZBFA 4JKHA 3S9HA 2YNFA 1S3XA 4NO7A 1VSHA 4M3WA 2KZMA 4A2BA 4FJMA 1NLVA 1MWKA 4KO0A 4BR2A 4RW8A 1HNVA 2NRZA 5SWMA 1GLDG 4GV9A 1IKVA 4BDYA 2YHYA 3J7YP 1QQCA 1HR0K 2W6LA 2B68A 4H0YB 3CFPA 1BRZA 1RBRA 4BG8A 3V9SA 5CY4A 1D5AA 2KPYA 4X62K 3CJAA 3SYZA 3W0LA 4JKFA 2Z1IA 1ZVEA 4BDPA 1E3MA 2WBNA 3VOVA 3D2EB 4NXMK 4JI8K 3DLBA 3C65A 4IJNA 2KW4A 5AJ3K 1ATSA 3CXCM 1HUXA 2F96A 4B8AB 1J6ZA 2CGKA 1VQ8N 3P39A 3TR8A 2RKIA 2B4JA 3QICA 5CHIA 1QQOA 4J8FA 4DCHA 2VG7A 3BF1A 3I55N 5FRMA 3FR0A 3MEDA 5JMVA 4PL8A 3SMSA 4BRKA 1TL1A 5GAGP 2ZWHA 3SQ4A 1XHZA 1PE4A 4B9QA 4JRQA 4ELUA 4PKIA 3VQEA 4CGJA 4CEBA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 4Q5V A;  2E8A A;  1XQS C;  5GAE P;  1NGE A;  4FJI A;  1B7D A;  2OPS A;  1M90 O;  4OLB A;  4FVM A;  4IDK A;  2ZM6 K;  5AQR A;  3EEQ A;  3KWG A;  4BE7 B;  4CGI A;  4CZJ A;  4DSF A;  3T69 A;  2QWL A;  5C12 A;  4B1U B;  4BEB A;  2Q31 A;  4IEI A;  4QAG A;  4H5W A;  2D0O A;  4MFB A;  4DTR A;  2O8D A;  1NU0 A;  3HBT A;  2DFH A;  4B1Z A;  1R59 O;  3HM9 A;  2QK9 A;  4WFN L;  3AGR A;  3D6R A;  1S1W A;  1YI2 N;  3Q7C A;  2HF4 A;  4X64 K;  1Z25 A;  4DR5 K;  1YUW A;  3KWI A;  1HLU A;  3JYT A;  1BL3 A;  3QNN A;  1BCO A;  4DUZ K;  4OKK A;  3AA4 A;  4ICL A;  5BRE A;  5EX5 A;  2P9L B;  3RSE B;  1HYZ A;  1RNH A;  3CC7 N;  2QM1 A;  2O4I A;  3QML A;  2X6N A;  1KFD A;  3V4I A;  2RN2 A;  3MEE A;  2E6M A;  3Q7B A;  4W5N A;  4UAD E;  4E7K A;  4BRI A;  2QA4 N;  4JS4 A;  4GNI A;  5IWA K;  2WUS A;  4BC4 A;  4A57 A;  3ZT4 A;  2XRI A;  2N66 A;  1TKX A;  3KK7 A;  2HNY A;  2FSK A;  3ASM A;  3K2P A;  5KPZ A;  1NK5 A;  2LSN A;  3OYB A;  2JWK A;  1NOZ A;  3SUO A;  3TTC A;  1N36 K;  4Z4G A;  4I9Q A;  4QS7 A;  5JS2 A;  2NUB A; 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