4FWOA

Crystal structure of salmonella typhimurium propionate kinase (tdcd) in complex with gmp
Total Genus 126
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
126
sequence length
394
structure length
394
Chain Sequence
FPVVLVINCGSSSIKFSVLDVATCDVLMAGIADGMNTENAFLSINGDKPINLAHSNYEDALKAIAFELEKRDLTDSVALIGHRIAHGGELFTQSVIITDEIIDNIRRVSPLAPLHNYANLSGIDAARHLFPAVRQVAVFDTSFHQTLAPEAYLYGLPWEYFSSLGVRRYGFHGTSHRYVSRRAYELLDLDEKDSGLIVAHLGNGASICAVRNGQSVDTSMGMTPLEGLMMGTRSGDVDFGAMAWIAKETGQTLSDLERVVNKESGLLGISGLSSDLRVLEKAWHEGHERARLAIKTFVHRIARHIAGHAASLHRLDGIIFTGGIGENSVLIRQLVIEHLGVLGLTLDVEMNKQPNSHGERIISANPSQVICAVIPTNEEKMIALDAIHLGNVKA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Transferase
source organism Salmonella typhimurium
publication title Mechanistic features of Salmonella typhimurium propionate kinase (TdcD): insights from kinetic and crystallographic studies.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Propionate kinase
total genus 126
structure length 394
sequence length 394
ec nomenclature ec 2.7.2.15: Propionate kinase.
pdb deposition date 2012-07-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00871 Acetate_kinase Acetokinase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4fwoA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4fwoA02
4YDUA 4FWRA 1GLFO 3IFRA 2ZGYA 3GDQA 3UKRB 5AFUA 3O80A 1XUPO 4H0XB 5I9EB 4CI6A 4ISFA 3VGKA 3H3OB 2BTFA 4BRCA 2Q1NA 4FWPA 3FGUA 3W0LA 2QWNA 5EVZA 2NLXA 4BC4A 3H46O 4RWTA 2H3GX 3O1BA 3CQYA 2KHOA 4JAXA 2A3ZA 2DPNA 3ULEA 5BPNA 4H0OA 2FF6A 3KHYA 3KVGA 1GLLO 3MN7A 3ZX0A 1Y64A 5AQIA 4QS8A 3TU5A 3R6MA 3ENOA 4MLHA 4CZIA 3LDNA 1K8KB 3VEYA 5AQPA 3R8EA 2E2OA 1LOTB 3HI0A 4XH4A 1Q18A 5AQYA 4BRQA 3DXKB 3FZHA 4AM7A 1T6CA 4H0VB 2F9WA 1NGDA 2I7PA 2ASMA 1ATNA 2FSJA 1KAYA 2E2QA 5KQ8A 1J6ZA 3O08A 3VEOA 3VETA 1BUPA 4H5RA 4O8KA 3A5MC 4CZEA 1ATSA 1JCGA 2P9PA 4XH5A 3MCPA 5KPZA 1BA1A 2IVNA 3O5BA 3QFPA 3VEXA 3CHWA 1GLBG 4BG9A 1T6DA 2BUPA 1DKGD 3FZMA 2P9NA 1E4FT 3M6GA 1S22A 3M1FA 4C23A 2A41A 4H03B 4I6MB 4K41A 1NMDA 5AQLA 1QZ5A 1C0GA 3RSEA 3U4LA 2ASPA 3VERA 5KQDA 1QQNA 2YCHA 2CH6A 1C0FA 5EX5A 2E88A 1NLVA 3U9DA 1TYQB 1HKGA 4BRGA 3SLCA 5EY4A 4BRAA 1BO5O 2Q0RA 2EWSA 3CJAA 3WQTA 1BU6O 3LL3A 4LC9B 5BPLA 5LJWA 4BROA 4H0PA 2QWPA 4PKHA 3VGMA 1U2VA 4FWMA 4J8FA 1NGFA 4XH1A 5AQNA 1NBWA 1HUXA 4BRNA 4NO7A 3WEEA 4EIAA 3GBTA 2GTDA 2I7NA 4A2BA 2P9LA 3AARA 2E1YA 4IO8A 5F0XA 3DXMA 3EKUA 4ISEA 4CZKA 3FLCO 4FOIA 1BWFO 3CJ1A 4B1ZA 1YAGA 1KXPA 1X3NA 3C7NA 4EAHD 3EO3A 4RCHA 2NRHA 4WQ4A 1NGJA 5AFUH 3FZFA 5BPMA 4A2AA 5AQGA 3DWLA 2FXUA 2V51B 4KBOA 4QS7A 3ID8A 3ZETA 3VEZA 1Z6RA 5AQVA 4BRLA 2P9KB 4O5FA 1HJOA 5ELZA 5BREA 4EHTA 2ZGZA 4H5VA 1MWMA 2FLOA 1TUYA 3HZ6A 1JCEA 1ESVA 3OHRA 4Z94A 1NGAA 3VF2A 1T44A 3CJCA 3D7EO 2QWMA 4FPBA 3HTVA 2HF3A 4CD3A 3LDLA 5AQFA 4JD2A 3WXLA 2QWOA 2GWJA 4HWIA 1HLUA 1LCUA 3LM2A 3UKUB 3A0IX 3MN9A 2P9IB 3QDKA 4FWQA 3ZX2A 4HTLA 3S41A 5AQHA 2P9UA 4DHYA 3ATVA 4H0YB 1OKJA 4A62A 1DGKN 4FWNA 4H5TA 5AZJB 4BQLA 2GWKA 2YHXA 1P8ZA 3SMSA 4GY2B 3H1VX 5KPTA 1DEJA 2YI1A 3GOIA 4FWKA 3VEVA 2P9PB 1NGIA 2ZWHA 1GLDG 3CJBA 3VF6A 2GEMA 3BF1A 4ISGA 4BVOA 4CD1A 4BR2A 1SZ2A 3C0BA 3AAPA 4M7XA 5B8HA 5BN9A 1RGIA 3ZX3A 4XEIA 2OANA 2IIRA 5E84A 3O6WA 3UKRA 2Q97A 4QS9A 4DB3A 3H6EA 3P4IA 1NWKA 2E8AA 2Q36A 3A5NC 4MO5A 4WYBA 3RSEB 2WUSA 5FPDA 5E26A 1KAZA 2FSNA 2HF4A 1YXQA 5FPEA 5KPRA 2AP1A 4IZ9A 3CI5A 4BRDA 3H3NO 2W40A 2PAVA 5AQMA 1MA9B 2F9TA 3D2FA 4BR0A 4A61A 3D2EA 4IWVA 4FO0A 1MWKA 1SAZA 3VPZA 5AQOA 3ZEUB 1SQKA 4GNIA 4PL7A 3R9PA 2YJEA 3BUZB 5LJVA 5AQUA 3WEEB 4CBWA 4BGAA 4BRMA 4DCHA 1BA0A 2P9LB 1XQSC 3KZBA 5BRDA 3DXMB 3FR0A 3MN6A 2CGKA 3U9ZA 3AAQA 4YDUC 3CJ9A 3U8XA 4BG8A 3F9MA 3HSCA 5FPNA 5JLHA 3MK6A 3C7NB 3UB5A 5ADXA 5JMVA 2YHWA 5AZIA 4FPAA 2YJFA 2YHYA 4K43A 1NM1A 4E1JA 3MMVA 3M3ZA 4EFHA 2E1ZA 2FF3B 1S3XA 3G25A 2A5XA 2Q0UA 4CZGA 2QM1A 4M63C 4JHDA 3LDQA 2QXLA 3TPQA 4B1UB 1MDUB 2D4WA 1NGBA 3H1QA 5BN8A 1H1VA 3LM9A 2CH5A 3QB0A 3GL1A 3DJCA 4I6MA 2GELA 1WUAA 4JD2B 3MDQA 4Y0WA 4B9QA 1BDGA 2D1KA 4IXCA 1G99A 3WXKA 3A5OC 3CIPA 2Q31A 3EN9A 5AQSA 2Q2RA 3IMXA 3L0QA 5FPMA 5EOYA 3CERA 3ULEB 1KAXA 3FE1A 3J8AA 4FOEA 4M7YA 2IVOA 1X9JA 2P9SA 2FSKA 3VENA 4FWLA 1HKBA 4BRIA 4BR5A 4BQZA 1NGCA 2J4RA 3SMPA 1ATRA 2A6AA 3GG4A 1TUUA 1YUWA 3AY9A 3QMLA 1EQYA 3HM8A 3EL2A 3BF3A 1HX1A 4BVPA 3CJ7A 4CJ7A 4DQ8A 2ITMA 1RFQA 3W3DA 4WQ5A 3MN5A 1RDWX 2GUPA 3FZKA 4H0TB 1V4SA 2ASOA 2UYTA 5EXWA 4MO4A 3D2FB 2E2PA 3WUHA 4BC3A 3L4IA 2P9KA 3D2EB 4BGBA 2VCPA 3BEXA 4CZFA 3EZWA 3QFUA 2P9NB 3SK3A 4B1XB 2A40A 3BP8A 3UE5A 3I8BA 1NGHA 1ZBSA 3A5LC 4FL9A 2QWRA 5BRFA 4MLEA 3QICA 1R59O 1WOQA 2E2NA 1NGGA 5AQXA 1GLAG 5JICA 1BOTO 1GLEG 1E4GT 2V52B 1BG3A 5AR0A 4CZMA 4BR9A 3ENHA 4H5NA 3VESA 3UKUA 2P9IA 3B8AX 3DAWA 3IUCA 5AQWA 3WXIA 5LY3A 2HOEA 5AZIB 1GLCG 4K25A 5AZJA 1U2VB 3QBWA 5ADXH 1GLJO 4WQ4C 2CGJA 1V4TA 1X3MA 5CE3A 5AQTA 4FWSA 3O4WA 4NB4A 3WQUA 4B1WB 2ZF5O 2QWLA 4PKIA 4K42A 1K8KA 4JHDB 3CETA 2D0PA 3WT0A 3LDOA 5F1XA 3DXKA 3IDHA 3JXUA 3JS6A 3L6QA 5AQJA 5AQQA 1Z05A 3CQXA 4CZJA 2QW9A 4PKGA 4IJAA 4L3QA 3VGLA 4PL8A 5BRHA 5AQKA 4CZHA 2NZTA 4FSVA 4EHUA 2VYPA 3O8MA 4BC5A 3H45C 5F2RA 1YVNA 2IVPA 4CBUA 3ZETB 4F9OA 1QHAA 1IG8A 1IJJA 4B1YB 2QWQA 2W41A 1QQOA 4BC2A 3EKSA 4BR7A 3O1WA 1D4XA 1CZAN 3FZLA 3ATUA 2P9SB 3QBXA 4BRHA 4RTFD 3SJHA 4B1VA 3ZEUA 3A8YA 4CBXA 1U6ZA 3FFKB 2E20A 2VWBA 2D0OA 1ZC6A 1XC3A 4BRPA 2PBDA 4CZLA 4AM6A 4WQ5C 2CGLA 3GE1A 1TYQA 5JLFA 4BREA 2P9UB 3I33A 4BRFA 4IJNA 2HMPA 2A42A 5TKYA 4BR4A 3LDPA 1QQMA 1JCFA 4JNEA 1HPMA 2V7ZA 2AA4A 4H5WA 4BRKA 3VEWA 3VF4A 4FWOA 3WXJA 5BR9A 1ZXOA 4JN4A 5AQRA 1HKCA 2V7YA 5AQZA 3VOVA 3HBTA 1NGEA 1QZ6A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1IKYA 1WNSA 1WSFA 3JAMO 4ELTA 4ILJA 3P31A 1XUPO 1BQMA 5H1SQ 1VSDA 3H3OB 4C8OA 2BTFA 3WNGA 1IBKK 2Q1NA 3FGUA 3SYZA 4CJFA 4BE2A 5TKWA 5EVZA 2NLXA 1T03A 1C1AA 3ALYA 1RT7A 3H46O 2H3GX 3Q7CA 3ULEA 4CJRA 3KVGA 3P1GA 2G8IA 1GLLO 3TAPA 1XMOK 1Y64A 3CCEN 3HK2A 3ID6A 1VK0A 3VQDA 3QLHA 3VA0A 4JRQA 4IFEA 3TSQA 3CMAN 2HW3A 1LOTB 1RT2A 2OA8A 4XH4A 1Q18A 3NVKA 4E3SA 3CCLN 3CMEN 3CFRA 3DXKB 3ASMA 5M1KA 4HTUA 3G71N 2F9WA 2ZD1A 4NYFA 1VHXA 1NGDA 1KAYA 5KQ8A 1J6ZA 4CF0A 4FJMA 3VETA 4FJ7A 1BUPA 4CZEA 1ATSA 1WSHA 4DV6K 4DQPA 2KTQA 5E41A 5KPZA 3ISNC 4DR1K 4KB0A 1WAFA 1R0AA 3TANA 4C8KA 3QFPA 3LP0A 1L5UA 1TKXA 3FZMA 3LWMA 1S22A 3AVHA 3M1FA 4C23A 4DTNA 4JI3K 2O4IA 3NDKA 3SQ2A 4IOAL 3U4LA 5KQDA 2CH6A 3THYB 1NLVA 3DLEA 2P51A 1HKGA 4BRGA 3SLCA 5C15A 4PHTX 5DMRA 4Z4IA 2E6MA 4BROA 1VQ8N 4H0PA 2OPQA 3VGMA 4U7BA 1U2VA 5AQNA 1NGFA 2YKNA 1Q9XA 2HHVA 4G1QA 2D0CA 3GBTA 3CCSN 1HYVA 3PIPL 2P9LA 4DSFA 3VQEA 4IO8A 5F0XA 4OJRA 3FLCO 4FOIA 2UUBK 1YAGA 4EAHD 4RCHA 2VGNA 3OYMA 3KD5E 3OS1A 3FZFA 3F2KA 1WB9A 4A2AA 4DLEA 5AQGA 1QSYA 4QS7A 3V9WA 2G8WA 2OZSA 1WSGA 3LPUA 3OS0A 1TK5A 3ZETA 4CE9A 1Z6RA 3ZT4A 3MXIA 1HRHA 2P9KB 4ZHRA 3PX6A 4O5FA 5ELZA 1WBDA 3V9XA 3TSPA 3OYLA 2QKBA 1VAZA 1VSJA 3VF2A 1T44A 2O8DB 4B08A 3EY1A 3HTVA 2HF3A 3LDLA 5AQFA 1LWFA 3WXLA 4K8XA 2R7YA 1HLUA 2DY4A 3LM2A 1LV5A 4FWQA 5KTQA 4A62A 1JXBA 1HNVA 5AZJB 2YHAA 4M45A 1NK6A 1T8EA 3SMSA 3H1VX 4KTQA 3HL8A 3SZ2A 5C2FA 1RTDA 3E1YA 4FWKA 3VEVA 3ZSXA 1HNWK 3PO5A 2E5LK 3KK1A 2GEMA 3BF1A 4BVOA 1SZ2A 3C0BA 3OYAA 3AAPA 4KO0A 4M7XA 5BN9A 1NK8A 3V1QA 4XEIA 1BCOA 2FBYA 5E84A 4QS9A 3P4IA 2PY5A 3RSEB 2WUSA 5FPDA 2HF4A 1YXQA 2AP1A 3H3NO 1OH8A 2PAVA 1MA9B 1W2BM 3HPOA 3D2FA 4A61A 4BE0A 5MLCQ 4GV9A 4DV2K 4JS4A 4GNIA 4CBWA 1YITN 4BRMA 4CGIA 2XHBA 4DCHA 1ASVA 2OPPA 2QXFA 4DF8A 3DXMB 3ZSZA 2ZE2A 2CGKA 3U9ZA 3AAQA 4DQQA 4BG8A 3F9MA 5JLHA 1ZYQA 3MWPA 1BI4B 3NFAA 4DTJA 1QVGM 2OTLN 1M90O 2HBMA 2VWJA 5CHIA 4O5BA 2WBNA 2XY8A 2YNGA 2F8TA 3MEGA 3ZLJA 4CCHA 4JHDA 4C8NA 1E3MA 4DTXA 3K2PA 4O55A 5BN8A 2CH5A 1VQ7N 3GL1A 4KTWA 3DJCA 3MCAB 1NKCA 2F8SA 3LPTA 3TAMA 4B9QA 2YNFA 5HRRA 3CIPA 4HUGA 3NVMA 2Q31A 3EN9A 5AQSA 3DYAA 3DRSA 2D5RA 3IMXA 3Q7BA 5EOYA 2WONA 3SUNA 3ULEB 1WAJA 4KI6A 3IAYA 4FOEA 3CC4N 4Z0UA 3QETA 2IVOA 3UIQA 1RNHA 3VQ9A 3C94A 3OYKA 4KTZA 1CXQA 2JWLA 4YY3K 4BRIA 3OBWA 5GINA 4BR5A 4BQZA 2P1JA 1X9SA 1CLQA 2EHGA 4F2RA 1ZBIA 1ATRA 1EWRA 2A6AA 3ENBA 3QEIA 1QS4A 4E0DA 1YJNN 4DF4A 4KH6A 4LFCK 1Z25A 3LP3A 5DM6L 4B3OA 3NCIA 1RT1A 3EL2A 2O4GA 2PFUA 4O4GA 1HX1A 1IH7A 3CJ7A 4CJ7A 1YTAA 4DMNA 4AHUA 1RDWX 4H0TB 3ZSYA 4V19S 4JYAK 1V4SA 5EXWA 3MX2A 1U47A 3KLEA 2KFZA 1YF5L 3IG1A 3MAQA 4TSXA 4JKEA 1VSMA 3VQBA 4BC3A 4DTSA 3D2EB 1VQ4N 4CJ4A 4QOZB 1SKSA 3AGRA 4KHQA 1IG9A 1Q8IA 2QWRA 5BRFA 1R59O 2E2NA 3DI6A 2B4JA 2OTJN 1LWEA 1TKTA 4FLXA 3QNNA 4DSIA 4HUFA 1GLEG 4IEEA 1E4GT 4JEPA 2V52B 4CZMA 3OYJA 1T3VA 1S6PA 3OW2M 5D3GA 1S1TA 3UKUA 4DTRA 4LF9K 5J2NA 5AQWA 4C8MA 1NK0A 5AZIB 2O8CB 4K25A 3NH0A 4GVMA 1U2VB 5ADXH 1GLJO 3LP2A 3J81O 4FJKA 4CEEA 3SNNA 1Q81O 4DS5A 4DWIA 5CE3A 5EU7A 3KK2A 4K42A 1VQKN 3WNHA 4FW1A 3LDOA 1WSEA 1RT5A 3AVFA 2Z1GA 5F1XA 3DXKA 4DU3A 1Z05A 4KREA 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4J2BA 1HMVA 3O5BA 3THXA 1WSJA 4LH4A 4AHRA 4O44A 1GLBG 4BG9A 4CGHA 4FM2A 1JXEA 2DFEA 2BUPA 4DTUA 5FRMA 4RW9A 1RCHA 2P9NA 1QE1A 3HSTB 1VQNN 4H03B 4G9ZA 3KWIA 1QZ5A 2Q3SA 5AQLA 1N33K 3RSEA 3RVCA 2VG5A 3PV8A 4A5BA 4B8AB 1QQNA 2YCHA 3PSIA 2E88A 4FLZA 1TYQB 4GKKK 5EY4A 2P5OA 4X64K 2EWSA 3VMFB 2YKMA 5LJWA 4CJ5A 3LZJA 2QWPA 4PKHA 4XH1A 3V9ZA 1DT9A 2ZJQL 1YJWN 3T7ZA 4EIAA 3HM9A 4OKKA 4A2BA 3AARA 4NXMK 2E1YA 2HHSA 3DXMA 5GIPA 2VQEK 4KV8A 5IWAK 1J53A 3OY9A 4B1ZA 4PA1A 1KXPA 1NU0A 2NRHA 3L2VA 1BI4A 2G8VA 4LY7A 3M8RA 3QNOA 4OGCA 4DQSA 5BPMA 2GBZA 4KFBA 4NLBA 3DWLA 3ID8A 4LD0A 1NJIO 4LFBK 4CK3A 1K9MO 3C6AA 3E9LA 4BRLA 5FDLA 1HJOA 5BREA 2OYQA 4EHTA 3CM6A 2FBVA 4H5VA 4I7FA 2FLOA 1VQ9N 1JCEA 2E4LA 3TAEA 4YHHK 1JLAA 3VQ4A 3KK7A 4CFCA 3KD1E 4DSKA 3L3UA 3AO5A 3CCMN 2Y1JA 3UKUB 1TAUA 1ASWA 4HTLA 3VTIA 2P9UA 2DFHA 4H0YB 4CW7B 1DGKN 4FWNA 5M1FA 4H5TA 3HJFA 3PLAA 3T3FA 2YHXA 4GMJB 3NGZA 5A2QO 3WXMB 4OGEA 3N4PA 2YI1A 1KVBA 3TTCA 4R79A 2ZWHA 1GLDG 3CJBA 4ISGA 4LSNA 2BH1A 4RG8A 1N6QA 3RMBA 1WLJA 3ZX3A 4NCBA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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