4FWOA

Crystal structure of salmonella typhimurium propionate kinase (tdcd) in complex with gmp
Total Genus 126
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
126
sequence length
394
structure length
394
Chain Sequence
b'FPVVLVINCGSSSIKFSVLDVATCDVLMAGIADGMNTENAFLSINGDKPINLAHSNYEDALKAIAFELEKRDLTDSVALIGHRIAHGGELFTQSVIITDEIIDNIRRVSPLAPLHNYANLSGIDAARHLFPAVRQVAVFDTSFHQTLAPEAYLYGLPWEYFSSLGVRRYGFHGTSHRYVSRRAYELLDLDEKDSGLIVAHLGNGASICAVRNGQSVDTSMGMTPLEGLMMGTRSGDVDFGAMAWIAKETGQTLSDLERVVNKESGLLGISGLSSDLRVLEKAWHEGHERARLAIKTFVHRIARHIAGHAASLHRLDGIIFTGGIGENSVLIRQLVIEHLGVLGLTLDVEMNKQPNSHGERIISANPSQVICAVIPTNEEKMIALDAIHLGNVKA'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Mechanistic features of Salmonella typhimurium propionate kinase (TdcD): insights from kinetic and crystallographic studies.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Propionate kinase
source organism Salmonella typhimurium
molecule tags Transferase
total genus 126
structure length 394
sequence length 394
ec nomenclature ec 2.7.2.15: Propionate kinase.
pdb deposition date 2012-07-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00871 Acetate_kinase Acetokinase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4fwoA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4fwoA02
2VCPA 3O1BA 5ELZA 5ADXH 2IVOA 3VERA 1WOQA 5BRFA 1U6ZA 4JN4A 3ENOA 2YHYA 1Y64A 1U2VA 2ASMA 3QBWA 4DCHA 4MLEA 2A6AA 4ISGA 5BREA 3DXKB 3DAWA 3GL1A 4BGBA 3AAPA 1YUWA 2YHXA 4M7XA 3ZX3A 4MO5A 1V4TA 4PKIA 1BA1A 3WXJA 3VPZA 4B1YB 3LDPA 3VEVA 2P9NA 2GEMA 1NGFA 1HKCA 2CH5A 4FWKA 4BR9A 2FF6A 3G25A 2D0OA 4PL8A 4H0PA 2A41A 4FSVA 4BRMA 2NZTA 1HX1A 5LY3A 4GY2B 3QDKA 2E2OA 2HMPA 2P9UA 1ATSA 5AQFA 5AQYA 2ASOA 5AQZA 3R9PA 1HKBA 4FWRA 3O4WA 4BC3A 1BO5O 3EKSA 3I8BA 3O1WA 3L0QA 3VENA 2YCHA 1BWFO 3WXLA 4B1VA 1CZAN 1U2VB 4BR0A 3JXUA 1GLEG 2GWJA 3SLCA 4IO8A 4Z94A 3H3OB 4BC2A 3A8YA 2BTFA 1BOTO 4BREA 3HZ6A 3FE1A 4CI6A 4BQZA 5EY4A 1LOTB 2GTDA 2IIRA 4B1WB 1QZ5A 4CZMA 3AAQA 2QWLA 3WEEA 1MWMA 4BRPA 5AQKA 3EN9A 3L4IA 2QWNA 3WQTA 4FOIA 4BVPA 4HTLA 1MWKA 4B1UB 3JS6A 1QHAA 1EQYA 4O5FA 2YI1A 3KZBA 5AQJA 1QQMA 3RSEA 3WXKA 2ASPA 3ZEUB 5FPDA 5LJWA 1ZXOA 2NLXA 3D2FA 3C7NA 1NGDA 4CZJA 3UKRA 3HM8A 4QS8A 5BRDA 1NWKA 3HI0A 1NGBA 3SMPA 4BRQA 4EAHD 2GWKA 3UE5A 3MN6A 3BUZB 5EX5A 4FOEA 4BC5A 3VEXA 2YHWA 3ZX2A 4BVOA 4I6MA 3WEEB 1BG3A 3VEOA 1BDGA 3SK3A 3ZX0A 3FGUA 3TU5A 4B1ZA 3ENHA 1XC3A 4F9OA 5JLHA 3MMVA 2Q2RA 3A5OC 1HLUA 5AZIA 3WUHA 4BRIA 4CD3A 1HKGA 2ZF5O 4FPAA 4PKHA 3VEZA 4QS9A 5EOYA 4EFHA 4K42A 4XEIA 3MK6A 1DEJA 1KAYA 3VOVA 3ZETA 4A2BA 4CJ7A 3M3ZA 4M7YA 5AQRA 4CBUA 5KQDA 4LC9B 2P9SB 1RDWX 4IJNA 3DJCA 4CZGA 3IMXA 2HF3A 3BEXA 1GLDG 2ZWHA 3CJ7A 3H3NO 5LJVA 2KHOA 4BRAA 3VESA 5FPEA 1H1VA 4I6MB 4EHUA 3HBTA 1T6CA 1NGEA 1MDUB 2QWQA 3HTVA 5AQLA 4H5NA 3U4LA 1NGCA 3S41A 5KQ8A 3MN7A 3IUCA 3W3DA 3H1QA 2P9KA 4WQ4A 4NB4A 4Y0WA 5AQHA 1GLFO 3VGMA 4KBOA 5AQMA 2A42A 3FFKB 1K8KB 1JCFA 1ATNA 4H5TA 3VF6A 4BG9A 2F9TA 4PL7A 4BR7A 3FZKA 4XH1A 2P9LB 4RCHA 3ZETB 4FWMA 5AZJB 4FWLA 3D2EA 1KXPA 3KHYA 5AQPA 1QQOA 4FWNA 4H0TB 4JNEA 1WUAA 1NBWA 4CZFA 1ZC6A 1TYQB 1T44A 2QM1A 3FLCO 4BC4A 5AQNA 2BUPA 5AQIA 1X9JA 2E8AA 3BF1A 5FPMA 3A5MC 3GOIA 1GLBG 2IVNA 1C0FA 5KPTA 3L6QA 3LDLA 4AM6A 3CHWA 5BN8A 3H1VX 3CJ9A 4BR4A 1ATRA 3WXIA 3MDQA 4M63C 2QWMA 3FR0A 1X3NA 3C0BA 1Z6RA 3ID8A 4WQ4C 3ULEA 3DXMA 3UKUA 2PBDA 2CH6A 2Q0RA 4FPBA 2P9NB 1V4SA 3QFUA 5KPZA 5ADXA 3MN9A 5BPLA 5EVZA 1Z05A 3FZFA 3O08A 2YJFA 2WUSA 3CJCA 2FLOA 2Q31A 2FSKA 3B8AX 3W0LA 4J8FA 3UB5A 5BN9A 3O5BA 4XH4A 4BRLA 2P9UB 1NLVA 2E2NA 3WT0A 1JCGA 4BROA 1T6DA 3BP8A 4NO7A 4EHTA 2VWBA 1IG8A 3FZMA 3MCPA 5BPMA 3EKUA 5AFUH 3ATUA 5AQXA 2D1KA 1GLCG 4H5WA 3O8MA 4ISFA 2FXUA 5AQWA 1R59O 2Q97A 3R8EA 4B9QA 3A5LC 2EWSA 4BGAA 3ULEB 4DB3A 4IXCA 1P8ZA 3U9DA 4JD2A 3U9ZA 3H45C 1NGJA 3EL2A 3RSEB 5BPNA 1D4XA 3KVGA 2E88A 4JHDA 5FPNA 4MLHA 4BRCA 2QW9A 4BR5A 2I7PA 1SZ2A 4CD1A 4H0XB 3D2FB 3C7NB 1E4GT 3F9MA 3P4IA 3QB0A 3UKRB 3H46O 1NMDA 3GG4A 3I33A 2J4RA 2D4WA 5BR9A 4K41A 1NGHA 3DXKA 2ITMA 4JAXA 3MN5A 4PKGA 2YJEA 3CQXA 3AY9A 4BR2A 2PAVA 3QMLA 1JCEA 2E1ZA 2P9PA 4CBXA 5B8HA 3M6GA 3QFPA 2I7NA 4DQ8A 2E1YA 1BUPA 1GLLO 1ZBSA 3O6WA 5AZIB 4WQ5C 4WYBA 3TPQA 1OKJA 2CGKA 3CJAA 1RFQA 2V7YA 1TUYA 4BRGA 4GNIA 4BRNA 5JMVA 2DPNA 2V52B 3ATVA 2V7ZA 3LL3A 3M1FA 5KPRA 4K43A 4MO4A 2FF3B 1YAGA 2QWPA 4IZ9A 5JLFA 2E2QA 2FSJA 2QXLA 3BF3A 5AR0A 2E2PA 5AQUA 5JICA 1J6ZA 1Q18A 1RGIA 2W40A 2AP1A 2F9WA 5E84A 4FL9A 4A62A 2CGLA 1NGGA 3A0IX 4CZLA 5F0XA 2ZGZA 3FZHA 3CQYA 4RWTA 1XQSC 1ESVA 3WQUA 3IDHA 4H5VA 2P9PB 4YDUC 4A2AA 3DWLA 2CGJA 4FO0A 4CZKA 5AQSA 1S22A 3LDQA 4FWSA 3A5NC 2HOEA 3GBTA 2UYTA 4CBWA 3ZEUA 2P9KB 3LDNA 4O8KA 4IWVA 1SAZA 1C0GA 2IVPA 3EO3A 3IFRA 4A61A 2H3GX 4FWPA 2GELA 3FZLA 1BA0A 3QICA 4EIAA 4DHYA 1MA9B 5F1XA 3D2EB 1S3XA 4HWIA 4C23A 1LCUA 2OANA 2P9IA 1YVNA 4H0YB 2QWRA 4BRKA 3CETA 5E26A 3GE1A 1TUUA 3LM9A 3QBXA 4K25A 4XH5A 3VF4A 1QQNA 5AQTA 3OHRA 1NGAA 4H03B 1DKGD 2V51B 2FSNA 3VEWA 4BQLA 2A5XA 4QS7A 5BRHA 3VF2A 4H0VB 2Q0UA 2HF4A 1TYQA 1G99A 3DXMB 3HSCA 3UKUB 2D0PA 3R6MA 2QWOA 3CI5A 5F2RA 5AQVA 3CJBA 4WQ5A 1KAXA 2AA4A 3CERA 1NM1A 2P9SA 2A3ZA 3VGKA 1HJOA 1GLJO 4BRFA 3U8XA 2P9IB 1GLAG 5AQOA 4BRHA 3CJ1A 1HPMA 1HUXA 2A40A 2W41A 4FWQA 4B1XB 3H6EA 5EXWA 1SQKA 4IJAA 1QZ6A 1IJJA 4H0OA 1NGIA 1BU6O 1X3MA 3GDQA 2GUPA 3AARA 3SJHA 3VETA 1DGKN 2NRHA 3VEYA 3EZWA 5AQQA 5CE3A 2ZGYA 4YDUA 4BRDA 3LM2A 5AQGA 1E4FT 1K8KA 2Q36A 3D7EO 3SMSA 1XUPO 4JD2B 4H5RA 4AM7A 2P9LA 4ISEA 3LDOA 4FWOA 5I9EB 5AZJA 1KAZA 4RTFD 3J8AA 4E1JA 4CZEA 4BG8A 4L3QA 1YXQA 3O80A 2Q1NA 3VGLA 5TKYA 4CZIA 4JHDB 3CIPA 2VYPA 4CZHA 2E20A 5AFUA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4M3XA 4GVEA 4DR2K 3C6TA 3T7ZA 3VERA 4JN4A 4CJ5A 1SKSA 1JLGA 1Y64A 3NH2A 2G8IA 2XY8A 4LY7A 5BREA 1DTQA 4MDBA 4O5BA 4W5NA 4PKIA 1HNVA 5KRTA 1YI2N 2P9NA 1QVGM 2CH5A 1NK9A 4PL8A 4PQUA 1RCHA 1RTHA 3T1HK 4CJ4A 1HX1A 5LY3A 4JS4A 3PUFA 4DG1A 1VQ8N 2E2OA 2P9UA 5AQYA 5AQZA 3R9PA 4YFUA 4BC3A 1BO5O 3I8BA 1NJYA 4ILJA 3JYTA 1GLEG 5DM6L 3VQEA 3K5OA 5HRPA 4E7HA 3PX6A 4BC2A 2BTFA 3LANA 2EHGA 3HZ6A 3FE1A 4O4GA 4BREA 4FLWA 2OPQA 1IKYA 5EY4A 4BQZA 1NJZA 4FJNA 5D3GA 2IIRA 2G8UA 4B1WB 1QZ5A 2QWLA 1EP4A 5AQKA 4FOIA 4O8UA 4B1UB 3D6RA 5GAEP 2F96A 3CG7A 3F5TA 3KZBA 3RSEA 1QQMA 1ZBIA 1W7AA 1KVAA 3CCVN 3ULDA 4JRQA 3D2FA 3QO9A 5DMRA 2UXCK 4YOUA 3WNEA 3L2QA 1NWKA 4BDZA 5C2FA 5E41A 2GWKA 4OJRA 1U47A 3UE5A 4QOZB 2P5OA 5H1SQ 4DLGA 1VQLN 4I7FA 5CR4A 3ZX2A 1UA1A 5C42A 3H08A 3ZSOA 3VEOA 4H4OA 4B3TK 3ZX0A 3KLIA 2O8BA 1VRUA 4JYAK 1SUQA 3A5OC 5FDLA 4W5RA 4YOWA 1KLNA 5TKWA 2HMIA 3BZKA 4PKHA 2BANA 3DMJA 4QS9A 4K42A 4F3TA 1OVYA 3OTOK 1M1KO 4OPHA 4JI4K 3BY5A 3SBGA 2Y1JA 1U49A 5FLXO 2XRIA 1KAYA 1W9HA 3VOVA 2D0CA 2X6SA 4Y1CA 4BE2A 1WSEA 4JI6K 2O8EB 3CQ8A 4I9QA 4F3OA 2GUIA 4FK2A 3TSPA 1RDWX 4CZGA 4FM0A 3BEXA 1GLDG 3NVKA 3RTVA 3OY9A 5LJVA 3EE8A 3I0RA 1U48A 4DTRA 2NRXA 4BRAA 1I3AA 4B9LA 1IO2A 2O8BB 3HK2A 3EE9A 4F2SA 5KQ8A 4DFJA 4E1NA 3W3DA 4NB4A 4Y0WA 3THYA 2XY7A 2O4IA 3AVAA 3T1YK 2O4GA 1JCFA 3VF6A 5GAHP 2F9TA 4F2RA 3LZJA 3G6EN 1WSIA 4YOYA 4W5OA 3D2EA 1E3MA 4JI3K 3DLRA 3L4QA 4CZFA 4CJEA 1T44A 3TR8A 2NRWA 5AQNA 4DFPA 1C1AA 1VAZA 4DU3A 1J54A 2ITGA 3A5MC 3K5NA 3AO5A 1C0FA 1FXXA 4KTZA 1A5XA 5BN8A 2ATQA 2DFEA 3H1VX 4DSFA 4BR4A 3ZSRA 4TSXA 2OTLN 2VWJA 3PY8A 3AVFA 3ULEA 3ZSZA 3UKUA 3NH1A 5GIOA 3OYDA 4GMJB 3KWIA 4BE0A 4FPBA 3QFUA 3ISNC 5ADXA 3ZYYX 4OGEA 5BPLA 3O08A 1QSLA 3CJCA 3C65A 3W0LA 4C8MA 2PFUA 4J2DA 3UB5A 1TVRA 4XH4A 4BRLA 1U04A 2OA8A 3CFRA 4F8RA 4BROA 4WE1A 4PA1A 2VWBA 3FZMA 1S1TA 3NE6A 3DLHA 3CCJN 3ATUA 2WOMA 4H5WA 3LP3A 5AQWA 1R59O 2Q97A 2NRTA 3A5LC 2EWSA 3ULEB 4KI4A 4IXCA 1P8ZA 1WSJA 1NJIO 3U9DA 4H8KA 1RBTA 3SQ4A 2F7TA 1W2BM 3H45C 2YHBA 1TGOA 3TI0A 1Q81O 3SZ2A 4JHDA 1U4BA 3NBPA 5J2QA 4KHSA 3V4IA 2I7PA 1SZ2A 3EEQA 2HVHA 3CCEN 3E9PA 1A5WA 2E5LK 3HPHA 3P4IA 4CVNE 3V9ZA 4M3TA 2HHVA 2VGNA 5BR9A 3M8SA 4B3RK 1NGHA 3C94A 5JS1A 2E4LA 3IAYA 4M42A 1L3UA 3MN5A 1TAQA 3AVHA 4PKGA 4E89A 3RR8A 3AY9A 3QMLA 1WBDA 3S3MA 3VQQA 4CBXA 1JKHA 1Q82O 1SV5A 3O6WA 3CD6N 4WYBA 3TPQA 5GADP 4GNIA 1EETA 5C2DA 2DPNA 3PSIA 3ATVA 2QI2A 4M3RA 4AQYK 1OH6A 4A5BA 3OYEA 1S1WA 5KPRA 1EX4A 4FLZA 4JV5K 3CC7N 5JLFA 3CCRN 4HHTA 2GX9A 3BF3A 3NVMA 4ID5A 5SZTA 5AQUA 2HHQA 3VTHA 4M3UA 1RGIA 4Z4IA 4IDKA 5E84A 4FL9A 4MQ3A 1TAUA 3TTDA 1NGGA 4RG8A 3A0IX 4NXNK 4IFVA 3P39A 4AHRA 4Q5VA 1FKPA 2ZGZA 3SCXA 3FZHA 2DTUA 1NK4A 4RWTA 1L3VA 4N56A 2KW4A 2HHHK 4GV3A 4O55A 3LDQA 4FWSA 2OPSA 1T3VA 2HOEA 4DV1K 3ZEUA 2ZJRL 3SQ2A 5DM7L 1C0GA 3EO3A 2KFNA 1BA0A 3QICA 4LH5A 1S3XA 1B92A 4NLCA 2XY5A 3WNFA 4CK2A 1YVNA 1NKBA 2QWRA 1NK0A 4M3WA 4DQSA 5E26A 3ASMA 2QA4N 1YHQN 4K25A 4XH5A 1XHZA 5AQTA 1NGAA 1RTIA 4CGHA 1DKGD 2V51B 2FSNA 3HSTB 3AA5X 2A5XA 3HM9A 3AO3A 2Q0UA 3THXA 3S3OA 4BWJA 3VQCA 3DXMB 4CESA 4CECA 3R6MA 2QWOA 4YOVA 3OJUA 5AQVA 3L3VA 2AA4A 2OZSA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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