4FWOA

Crystal structure of salmonella typhimurium propionate kinase (tdcd) in complex with gmp
Total Genus 126
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
126
sequence length
394
structure length
394
Chain Sequence
FPVVLVINCGSSSIKFSVLDVATCDVLMAGIADGMNTENAFLSINGDKPINLAHSNYEDALKAIAFELEKRDLTDSVALIGHRIAHGGELFTQSVIITDEIIDNIRRVSPLAPLHNYANLSGIDAARHLFPAVRQVAVFDTSFHQTLAPEAYLYGLPWEYFSSLGVRRYGFHGTSHRYVSRRAYELLDLDEKDSGLIVAHLGNGASICAVRNGQSVDTSMGMTPLEGLMMGTRSGDVDFGAMAWIAKETGQTLSDLERVVNKESGLLGISGLSSDLRVLEKAWHEGHERARLAIKTFVHRIARHIAGHAASLHRLDGIIFTGGIGENSVLIRQLVIEHLGVLGLTLDVEMNKQPNSHGERIISANPSQVICAVIPTNEEKMIALDAIHLGNVKA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Mechanistic features of Salmonella typhimurium propionate kinase (TdcD): insights from kinetic and crystallographic studies.
pubmed doi rcsb
source organism Salmonella typhimurium
molecule tags Transferase
molecule keywords Propionate kinase
total genus 126
structure length 394
sequence length 394
ec nomenclature ec 2.7.2.15: Propionate kinase.
pdb deposition date 2012-07-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00871 Acetate_kinase Acetokinase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4fwoA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4fwoA02
2CGLA 3BF3A 3QBXA 4FWLA 4B1YB 4H0VB 3MN5A 4M7XA 4MLHA 4RTFD 3U4LA 4FWNA 1KAXA 4A61A 2ZGZA 4BRIA 2AA4A 4B1VA 1QQNA 4H0PA 5BPNA 3ZX3A 5JLFA 3VEXA 5AFUH 3M1FA 3FR0A 2IIRA 2ZWHA 3BP8A 2P9LA 3QFPA 1NGGA 4LC9B 3DXKB 3R9PA 2QWQA 2YI1A 2FF3B 2YCHA 4ISGA 1LOTB 4CZFA 4EHTA 1NGDA 5AQJA 1Z6RA 3LDPA 4BRKA 3EN9A 1XUPO 4BRMA 2OANA 2P9NB 3O80A 2ASPA 3VESA 3CJ1A 3ULEA 2BUPA 4PKHA 2P9PB 2NRHA 3KZBA 4FWMA 4H0OA 3VENA 2GEMA 4IZ9A 1QHAA 1HPMA 3LDNA 2D1KA 3FZMA 4CZLA 3FFKB 1GLJO 4QS7A 4BC5A 1ESVA 3SK3A 2IVOA 5AQKA 3L0QA 5BRHA 3GE1A 5AZJA 4JN4A 5ELZA 4ISEA 2P9KB 3BEXA 1NGJA 1MWMA 2IVPA 4IWVA 3W3DA 4BQZA 4F9OA 5FPMA 5AQZA 5I9EB 1BWFO 2EWSA 3ZEUA 2F9WA 1BUPA 5FPEA 3H46O 4FWKA 2CGKA 4JNEA 3TU5A 3VF2A 2YJEA 3A5NC 4K25A 4WYBA 3CJ7A 4FWPA 1Y64A 3OHRA 5F1XA 5AQOA 1U2VA 3SJHA 4DB3A 1SQKA 3W0LA 3QMLA 4M7YA 1GLLO 4YDUA 3MK6A 3R8EA 4C23A 1V4TA 4H5NA 2CH5A 4Y0WA 4BR2A 1R59O 4GNIA 3O6WA 4A2AA 2Q36A 1U6ZA 5FPDA 2QW9A 1GLFO 5BRDA 1P8ZA 1Q18A 5AQSA 4RCHA 3LM9A 4FL9A 1MA9B 1XQSC 2ZF5O 3TPQA 3GOIA 4BVOA 4B1ZA 4CJ7A 5AQUA 1X9JA 4BR5A 2GWJA 2PAVA 5AQYA 1DKGD 3O08A 3VEVA 2E88A 4FPAA 1TUYA 2J4RA 3H45C 3ZETA 5AZIB 3CERA 4BREA 3O8MA 4CZEA 3SMPA 1KAZA 2ITMA 3ENOA 2UYTA 1YUWA 4AM6A 4PL8A 1NGEA 1WUAA 3LM2A 3UE5A 2QXLA 3ENHA 2FSJA 3WEEA 1SZ2A 3VEWA 4PKGA 2YJFA 2V7ZA 3GG4A 4WQ5C 3JS6A 4BRAA 1QZ6A 5BN8A 4Z94A 2W40A 4FOEA 1U2VB 4BVPA 1YXQA 2P9IA 2Q1NA 1BDGA 4FO0A 3O4WA 4CZIA 4BG9A 2QWPA 3O5BA 1CZAN 4BG8A 1NLVA 4CZHA 1RGIA 4B1XB 3MN9A 4HTLA 5AQPA 2P9NA 1BU6O 1TYQB 3O1BA 3VPZA 1D4XA 1NGHA 3CJAA 3HM8A 2P9SA 1LCUA 5AQQA 4K41A 4H5RA 2GWKA 4PKIA 5AR0A 3UKUA 5F0XA 5CE3A 3D2FB 3UKRB 4IXCA 2QWLA 1NGBA 3BF1A 3VGMA 4BR9A 5KQ8A 4WQ5A 2E2OA 5JMVA 4JHDB 4DQ8A 2QWMA 1NM1A 3HZ6A 4K42A 5E26A 4BRLA 4H5TA 4QS8A 3IFRA 2F9TA 1ZC6A 3CI5A 4BGBA 1S22A 3A5LC 3QICA 3QFUA 4L3QA 3VERA 3CJBA 2AP1A 2HMPA 3KHYA 4K43A 5EOYA 5BRFA 4EIAA 2YHYA 2Q0UA 3O1WA 1ATSA 3S41A 4CZMA 4O5FA 3ZETB 1BG3A 3CQXA 1ATRA 4B9QA 5E84A 4DCHA 1DGKN 1JCFA 3ZEUB 2ASMA 5JLHA 1JCEA 1QQMA 2I7PA 4DHYA 1NGAA 3HTVA 3L4IA 2NLXA 3FZLA 3CJ9A 3WXJA 3DWLA 4BRPA 4MO4A 4CBUA 4FWQA 5EVZA 5AZJB 4BRFA 4CBWA 3ZX0A 4ISFA 4EAHD 1TYQA 5LJVA 1HKCA 4IJAA 4QS9A 4B1WB 3SMSA 3WQUA 3KVGA 1BA0A 2E1YA 4I6MA 2GUPA 3HBTA 5BPMA 3M6GA 3MN7A 2D0OA 3AARA 4BRDA 4BC4A 3GBTA 4FWRA 3U8XA 3CQYA 4MLEA 3WT0A 1KXPA 5AQWA 1GLDG 3C7NB 2GELA 4BR7A 5AQRA 2FF6A 3JXUA 2P9IB 3CHWA 3H3NO 4BRQA 2P9UB 3CETA 1XC3A 3WXIA 1YAGA 1C0GA 2V51B 3AAPA 2WUSA 1NBWA 2A5XA 1BO5O 3LDQA 2DPNA 3MN6A 2A41A 3G25A 3H1VX 4H03B 5AQGA 4BRNA 1TUUA 4H0YB 1T6CA 5AZIA 5TKYA 5ADXH 2V52B 1BOTO 4CD1A 2A42A 2QWOA 3VETA 2H3GX 5BPLA 5AQFA 2Q31A 3AY9A 3LDOA 4EHUA 3EO3A 5AQNA 4M63C 1QZ5A 5AQHA 1C0FA 1ZXOA 4H0TB 1HKBA 3VEYA 3UKUB 3CJCA 4CZGA 2PBDA 4BC3A 2A6AA 3D2EA 1QQOA 4BR0A 3QDKA 1V4SA 3ATUA 2HOEA 5AQTA 2Q0RA 3H6EA 3VEOA 4KBOA 5AQLA 2A40A 2W41A 1GLEG 3FZHA 2E2PA 2YHWA 3EKSA 1RDWX 2GTDA 3P4IA 1HLUA 5FPNA 3IMXA 3U9DA 1IG8A 1GLCG 3AAQA 3ATVA 4AM7A 3HSCA 4XH4A 4O8KA 3WUHA 1JCGA 3L6QA 3WXKA 4BQLA 3U9ZA 2P9LB 3H1QA 4NB4A 3EKUA 4J8FA 5LY3A 1NMDA 3VOVA 1K8KB 3C7NA 2CH6A 2P9SB 3VF4A 3HI0A 4WQ4A 2KHOA 1MWKA 4BGAA 3FE1A 3I33A 3IUCA 5F2RA 4FOIA 5AFUA 3R6MA 3M3ZA 1NGIA 3FGUA 1HJOA 2P9PA 2Q97A 1X3MA 1GLBG 3DXKA 3FZKA 2Q2RA 3DXMA 4JD2B 2FLOA 1T6DA 5AQMA 5BREA 1HX1A 3VGLA 1BA1A 5EY4A 4FPBA 1Z05A 5EX5A 4CI6A 5AQXA 2FXUA 3A8YA 4I6MB 2E1ZA 4A62A 4E1JA 4WQ4C 3VF6A 5AQVA 3MMVA 1NGCA 3LDLA 2QWRA 5AQIA 4CD3A 1WOQA 2IVNA 3IDHA 4PL7A 5KPTA 3WEEB 3D2EB 1KAYA 2FSNA 4JD2A 1EQYA 1GLAG 1MDUB 4BRCA 1T44A 2ZGYA 4CZKA 1E4GT 3F9MA 2E20A 2HF3A 4JHDA 2QM1A 3EL2A 2YHXA 4FWOA 2A3ZA 3LL3A 3RSEA 5B8HA 2FSKA 3A5MC 4IJNA 1J6ZA 1E4FT 3SLCA 5BN9A 5BR9A 2NZTA 3FLCO 5KPRA 4JAXA 5EXWA 1X3NA 1DEJA 2D0PA 3CIPA 4BC2A 4H5VA 4HWIA 3C0BA 4MO5A 4RWTA 4H0XB 4GY2B 5JICA 4BRGA 2BTFA 1OKJA 3MCPA 4BR4A 1G99A 3FZFA 2P9KA 4BROA 3BUZB 3I8BA 1S3XA 3DXMB 4FSVA 3GL1A 4XH1A 3WQTA 4CBXA 3DJCA 4H5WA 3DAWA 5LJWA 3D7EO 5ADXA 1H1VA 3D2FA 3UKRA 1ZBSA 4EFHA 1IJJA 1HUXA 2E2QA 3A0IX 3A5OC 3ID8A 3J8AA 5KQDA 1ATNA 2P9UA 3ULEB 1K8KA 2VWBA 1YVNA 3QB0A 4FWSA 4NO7A 3H3OB 3UB5A 3VEZA 2ASOA 2D4WA 2QWNA 2VYPA 4BRHA 4A2BA 2VCPA 2I7NA 3MDQA 1RFQA 5KPZA 2E2NA 3QBWA 4IO8A 1HKGA 1NGFA 3WXLA 4CZJA 1NWKA 2CGJA 4B1UB 4YDUC 2V7YA 3RSEB 1SAZA 4XEIA 3VGKA 3B8AX 3ZX2A 3EZWA 2E8AA 2HF4A 4XH5A 3GDQA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4LD0A 1T03A 4B1YB 4C8NA 4CEQA 4M7XA 4CCHA 3K5OA 4B9VA 1KAXA 1WSJA 1WN7A 5KGXA 2YKMA 3ZSYA 3TAQA 4FLXA 3ZX3A 1GOAA 3O9QA 4JEPA 2VQEK 4DMNA 4YOYA 3IKMA 2IIRA 2ZWHA 1L3TA 4L8RB 4Z4EA 1Z26A 4LC9B 3DXKB 2YNGA 3VQDA 3E9OA 3MXIA 1JLQA 4ISGA 4KREA 4EHTA 4MQ3A 3EN9A 3O80A 4E7HA 2ASPA 3ULEA 2P9PB 1JXBA 4JI8K 4IDHA 1LWEA 2O8EA 2BANA 4KTWA 1RDUA 2JLEA 2BGGA 4OLAA 4CVNE 5J2PA 1GLJO 5CY4A 2YHBA 4GV9A 3HPHA 4BC5A 1RTIA 3K9KA 4Y1CA 2DFHA 1VQ5N 5AZJA 4N56A 2WFBA 5ELZA 4NCBA 3I0SA 3PUFA 3BEXA 4AHSA 1NGJA 4H4OA 1OH8A 2IVPA 4IWVA 3EEQA 3W3DA 3ZT4A 3QESA 4MFBA 5AQZA 3QIPA 2KFZA 1SS6A 5BR8K 4IG0A 2CGKA 1QSSA 1S9GA 3H08A 2YJEA 3TAFA 2XO7A 3QLHA 4W5RA 4KHYA 1NK6A 4ELTA 1NJWA 1CZBA 5GIPA 5AQOA 4N47A 1BCMA 1Y97A 3L3VA 4DB3A 1LW2A 5C24A 3HOSA 1I39A 1YITN 3OYLA 1BI4B 3R8EA 4C23A 2VQFK 5SWMA 3SV4A 2HBKA 1W2BM 2HHVA 4GV6A 1R59O 4CFCA 3C6HA 3OYCA 4FZXC 4M42A 3MWTA 4IOCL 3CPWM 1MU2A 4LY7A 3LM9A 1L3UA 4CEBA 4FL9A 3OBWA 4CJ7A 1IKVA 5LL6Z 4OO1J 4ICLA 3F9KA 4JKEA 5AQYA 4LF7K 3AO4A 2O4GA 4CJ4A 1TV6A 4Z4IA 1TUYA 1RBSA 3AVKA 3CERA 4M3RA 4F2RA 2IOCA 3SMPA 3CMAN 2RE2A 1FXXA 4DR4K 3HPOA 4OKKA 1YUWA 4AM6A 1NGEA 3UE5A 4OLBA 4LF9K 2ZQBA 3KKRA 3BZKA 1HRHA 2F8TA 4DSEA 5CYMA 4F3OA 1Q86O 4E1NA 1L5UA 3MXJA 3GG4A 4O0JA 4JI0K 3TAEA 4DTPA 1KVBA 4BWJA 3AVMA 3T19A 1NK4A 1S1TA 1YXQA 2P9IA 1YHQN 4OPHA 4E7LA 1BIZA 3O4WA 4CZIA 4OPAA 2ITGA 3AVIA 3O9RA 4O5BA 3HP9A 3SBTA 1BHLA 2OPRA 4B8CA 2HHUA 1BU6O 3QO9A 3O1BA 3HM8A 2KQ2A 4CJ3A 1KTQA 2HHSA 5C2FA 3E9PA 4BDPA 4LF8K 5F0XA 5CE3A 4LF5K 2QWLA 1DTQA 3HT3A 3C6UA 1UWBA 4ILHA 3LWLA 3QEPA 3CM5A 4PWDA 1NM1A 4K42A 3O9UA 3QEXA 1TK0A 1ZC6A 1L3VA 5D3GA 3QICA 2HHTA 2HMPA 3V9WA 2YHYA 3S41A 4CZMA 4DF8A 5C0YA 3PO4A 4B8AB 4JKGA 1JCFA 4BACA 2ASMA 3CC4N 3HTVA 3L4IA 3FZLA 3CJ9A 3VQ7A 4BRPA 3KK1A 1NKCA 4FJ7A 4IEEA 4QOZB 4CBUA 3M8SA 1U48A 3TSUA 3ZX0A 4ISFA 4EAHD 3AGKA 5HRRA 4CJQA 1OVQA 2O8FA 3BZCA 4B1WB 3HJFA 1SL1A 3DLRA 4I6MA 4JI6K 2GUPA 5BPMA 1XHZA 4BWMA 1JXEA 1KVAA 2D0OA 4BRDA 3Q7CA 3CQ8A 3WT0A 4DU4A 4KHSA 2GX9A 1ZBFA 2P1JA 3ZSXA 5AQWA 1GLDG 2GELA 4O8UA 3JXUA 4M3XA 3NGYA 4CJTA 2NRVA 3OJSA 4YOXA 1BO5O 3LDQA 4R79A 4H03B 2A41A 3G25A 4BRNA 1RTDA 4ZTFA 5TKYA 3VQ8A 1TKZA 1J53A 3AO2A 4M63C 3HP6A 4H0TB 1HKBA 3UKUB 5AJ3K 4CZGA 2PBDA 2A1SA 4EZ6A 3D2EA 1TKTA 1QQOA 4CIEA 4CGIA 2RHKA 5HRNA 1Z25A 1HYSA 3TR8A 2YHWA 1X9SA 1RDWX 4CEZA 5M1PA 1HLUA 5FPNA 1D8YA 2KW4A 4ZTJA 5FRNA 1IBLK 4XH4A 1RT6A 1YJNN 3VQAA 3ZSQA 4JK8A 1O1WA 3H1QA 4E89A 3OYDA 4BDZA 5GINA 1NMDA 1K8KB 3KK3A 2CH6A 3EY1A 3OYNA 3VF4A 4WQ4A 2KHOA 3FE1A 1P90A 3I33A 3CCLN 4FOIA 5LMUK 3M3ZA 2ZE2A 2Q97A 4E3SA 1GLBG 2WBNA 4NLBA 5M1QA 4I7FA 5JS2A 3VGLA 4DU3A 2DY4A 4DFJA 1W0HA 5GADP 5AQXA 1KC8O 2FXUA 3BY5A 4AQYK 4WQ4C 3MMVA 1NGCA 3KWIA 4KH5A 1WOQA 2IVNA 5GAGP 2OTLN 3D2EB 4PY5A 3SCXA 4LFCK 3V1OA 2FSNA 4BRCA 1HNZK 4CJPA 2E20A 2HF3A 1ASVA 3O9TA 2YHXA 1FJGK 4HTUA 4ID1A 1E4FT 5CYQA 5BR9A 3NVKA 4FVUA 2UXBK 3FLCO 4LFAK 1YT3A 2D0AA 3CIPA 2JGUA 4CJUA 4H0XB 4EP4A 4BRGA 4BE0A 1WSFA 3HXMA 3B6OA 4FLWA 2VG5A 3FZFA 2JWLA 2P9KA 4BROA 3BUZB 5M1NA 4YOTA 3I8BA 1HYVA 4FSVA 1M1KO 3HRGA 4FLYA 4KI6A 3WQTA 3G10A 1LWCA 1J54A 3OA9A 4H5WA 3AVJA 2O8CB 1BISA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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