4FWOA

Crystal structure of salmonella typhimurium propionate kinase (tdcd) in complex with gmp
Total Genus 126
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
126
sequence length
394
structure length
394
Chain Sequence
FPVVLVINCGSSSIKFSVLDVATCDVLMAGIADGMNTENAFLSINGDKPINLAHSNYEDALKAIAFELEKRDLTDSVALIGHRIAHGGELFTQSVIITDEIIDNIRRVSPLAPLHNYANLSGIDAARHLFPAVRQVAVFDTSFHQTLAPEAYLYGLPWEYFSSLGVRRYGFHGTSHRYVSRRAYELLDLDEKDSGLIVAHLGNGASICAVRNGQSVDTSMGMTPLEGLMMGTRSGDVDFGAMAWIAKETGQTLSDLERVVNKESGLLGISGLSSDLRVLEKAWHEGHERARLAIKTFVHRIARHIAGHAASLHRLDGIIFTGGIGENSVLIRQLVIEHLGVLGLTLDVEMNKQPNSHGERIISANPSQVICAVIPTNEEKMIALDAIHLGNVKA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Transferase
molecule keywords Propionate kinase
publication title Mechanistic features of Salmonella typhimurium propionate kinase (TdcD): insights from kinetic and crystallographic studies.
pubmed doi rcsb
source organism Salmonella typhimurium
total genus 126
structure length 394
sequence length 394
ec nomenclature ec 2.7.2.15: Propionate kinase.
pdb deposition date 2012-07-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00871 Acetate_kinase Acetokinase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4fwoA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4fwoA02
3WEEA 3DJCA 3M3ZA 4RCHA 4BROA 4A61A 1NGCA 1XC3A 4BC2A 3D7EO 1BA0A 2P9PA 5LY3A 3QBXA 3GE1A 1JCEA 1MDUB 2E1ZA 4EHUA 4BRAA 3FLCO 5BRDA 2Q97A 3I8BA 2YHXA 3C7NA 1HX1A 5AQVA 3A5OC 4BG8A 4FPBA 4XH4A 5AQNA 3VF4A 5AQGA 4BRMA 4BR5A 5BREA 2OANA 2IIRA 3BP8A 3UKRA 3ZETB 2P9KA 1NM1A 3VGKA 4CD3A 1GLFO 1TYQA 3LM2A 5EVZA 3LDNA 2CGLA 4Z94A 1HKCA 1HUXA 5ADXH 4GY2B 3A5MC 4FL9A 1Q18A 1NGBA 1C0GA 2EWSA 1DKGD 4CZMA 2ZGZA 4BVOA 5KQ8A 2Q0UA 4XH5A 4QS7A 4B1VA 3ZEUB 1OKJA 4CBXA 5KPTA 3U8XA 3H1QA 4CZEA 3WQUA 4YDUA 3FR0A 3CJBA 3A5LC 3FZKA 3LM9A 1YAGA 3FZMA 4WQ5A 3VEWA 2E2QA 5AZIA 4FSVA 3FE1A 4EHTA 1ATNA 5BN8A 3MK6A 3BF1A 3J8AA 4EIAA 3LL3A 4FWMA 4BR7A 3O08A 2NRHA 4RTFD 4PL8A 4H0YB 4FPAA 1GLEG 1ATRA 3W3DA 2FF3B 5JMVA 3UB5A 3HTVA 4I6MA 4JD2B 3VGMA 4WYBA 1SZ2A 5BRHA 1TUYA 5LJVA 4H0TB 2E2NA 2P9SB 1YXQA 2QWPA 3UKUB 3H45C 4BRFA 3HBTA 2HOEA 1ATSA 2YJFA 4CD1A 4CBWA 3ENHA 3CJ1A 4JHDB 3P4IA 3RSEB 5AQWA 3W0LA 1NWKA 1T44A 4BG9A 4WQ4A 3KHYA 4CZKA 3WXKA 2V51B 3CETA 2P9PB 5AQMA 5KQDA 4H03B 2HF3A 1XUPO 3TU5A 3DAWA 4PL7A 2UYTA 3HZ6A 3C0BA 2P9IA 2HF4A 3L4IA 4BRIA 3C7NB 3QB0A 1TUUA 3GOIA 3QDKA 1YVNA 1BDGA 3UKRB 5AQKA 3SMPA 2P9KB 3QFUA 4DHYA 2GWKA 2Q36A 3VEYA 3U9DA 2A3ZA 3CJ7A 1TYQB 1BU6O 4FWLA 5AQOA 2F9WA 3B8AX 2CH6A 4FOIA 2E1YA 3LDPA 3ZX0A 3VEOA 5AFUA 2ASOA 2Q0RA 4M63C 3VETA 3S41A 5AQYA 4CZJA 3G25A 3JS6A 4JN4A 2GEMA 3ZX3A 4WQ4C 4ISFA 3WXJA 3FZHA 5JICA 3O1BA 3VOVA 3CERA 4PKIA 1KAZA 5KPZA 4BC5A 5AZIB 3D2EA 4CZHA 5EY4A 1S22A 4HWIA 1QQOA 2ZGYA 5AQIA 4H0OA 1LOTB 1RGIA 3ULEA 3VERA 1WOQA 2V7YA 3A8YA 2AA4A 3DWLA 4ISEA 3L0QA 3M1FA 4IWVA 4I6MB 4BRQA 3IMXA 1NBWA 2E2PA 3FGUA 2W40A 2QXLA 2YJEA 1DGKN 4MLEA 2D1KA 4MLHA 4BRHA 2H3GX 1Z6RA 2D0PA 3KZBA 1ZC6A 4BVPA 4XH1A 2QWNA 3IFRA 3IUCA 1MA9B 4FO0A 5TKYA 2E2OA 4IJAA 1DEJA 1IJJA 1NMDA 4EAHD 3QICA 3WXIA 3EKSA 3CJ9A 3VF2A 2W41A 2YHYA 3I33A 4BRNA 3HSCA 3BF3A 1E4FT 5AQQA 3AY9A 1X3NA 1GLDG 2CGKA 5AQRA 1ZBSA 5AFUH 3SMSA 1GLCG 1U2VB 4H0PA 2I7NA 1SAZA 2P9IB 1ESVA 2CH5A 3O4WA 4BR0A 4J8FA 2P9UA 3CI5A 2A5XA 4FWPA 1BOTO 4H5NA 3M6GA 3BUZB 4NB4A 5AQSA 4BR9A 1BUPA 5AQXA 4CJ7A 2BTFA 5AZJB 3DXMA 2KHOA 1HKBA 2E88A 3A0IX 5F0XA 3WT0A 5FPEA 4FOEA 5I9EB 1Y64A 1IG8A 2A42A 3R9PA 4L3QA 4CZGA 2VYPA 3D2FB 2IVPA 1G99A 3ATUA 4FWQA 1X3MA 2BUPA 4YDUC 5BRFA 4A62A 3CQYA 3WEEB 5FPDA 4FWNA 3EL2A 2ASMA 1LCUA 3SJHA 4RWTA 1T6CA 3F9MA 4WQ5C 5AQJA 3D2EB 5EX5A 2IVOA 3H3NO 5AQTA 1NGHA 5FPNA 1EQYA 3ULEB 2F9TA 4JAXA 3MDQA 1CZAN 3AAPA 1BG3A 5JLHA 2QM1A 3WXLA 4K25A 4BRKA 1HPMA 1E4GT 4H5VA 4NO7A 3EKUA 3TPQA 3DXKA 4EFHA 1HKGA 4MO5A 2FXUA 4O8KA 1QZ6A 4DCHA 2GUPA 1XQSC 3U4LA 2PAVA 4CZIA 1NGJA 2VCPA 1NLVA 1KXPA 1ZXOA 4IJNA 4BGAA 1JCFA 5ADXA 4BREA 1WUAA 4H0VB 4JNEA 4CI6A 1KAYA 4ISGA 2ZF5O 3IDHA 3MN5A 2E20A 4BC3A 1RFQA 1K8KA 4B1UB 2VWBA 1P8ZA 4QS8A 3MN7A 3MCPA 4K42A 5BPLA 3R6MA 2ASPA 2GELA 3H1VX 1BWFO 3H3OB 2D0OA 2QWLA 3FZFA 1S3XA 1KAXA 1HJOA 2P9UB 1NGFA 4IZ9A 4DB3A 3QMLA 3CHWA 5FPMA 3VPZA 3LDOA 4F9OA 3CJAA 3ID8A 1NGEA 5F2RA 4XEIA 3BEXA 4BQZA 1HLUA 3OHRA 4H5WA 2AP1A 3DXMB 1BA1A 1NGAA 3QFPA 3LDQA 3ZX2A 1GLLO 5BPMA 2J4RA 4B1ZA 4Y0WA 5EXWA 2P9NA 2DPNA 1H1VA 1RDWX 3MN6A 2V7ZA 4KBOA 3KVGA 5JLFA 3VEVA 3VF6A 1NGDA 4HTLA 1V4TA 5BN9A 1SQKA 2E8AA 3EO3A 3EZWA 2YCHA 3SK3A 5EOYA 4H0XB 2Q1NA 3R8EA 4DQ8A 3CJCA 3VENA 3FZLA 3H46O 4B1WB 3O1WA 5CE3A 3MMVA 4K41A 1NGIA 3CIPA 5B8HA 2Q2RA 4M7YA 4BRCA 3HM8A 4PKGA 2P9LA 3GG4A 4LC9B 4B1YB 2GTDA 4PKHA 3VEZA 1BO5O 3FFKB 3GDQA 1C0FA 3DXKB 4BRPA 2QWMA 4BC4A 4BRGA 3HI0A 4B9QA 1R59O 2A40A 3EN9A 2ZWHA 1JCGA 1GLBG 1QQNA 3VEXA 3CQXA 5AR0A 4CZLA 4BGBA 5AQZA 4CBUA 4AM7A 2WUSA 4H5TA 2QWOA 3MN9A 5BR9A 2FF6A 2FSKA 2QWQA 3VESA 4BR2A 3GBTA 4CZFA 2V52B 1QHAA 3AAQA 2CGJA 3ZETA 4BQLA 1K8KB 1GLAG 3A5NC 3GL1A 5BPNA 2I7PA 3U9ZA 4M7XA 1Z05A 2A41A 4MO4A 1D4XA 5AQLA 4A2BA 2ITMA 3JXUA 3LDLA 1V4SA 1YUWA 4A2AA 1GLJO 3UE5A 1MWMA 5AQPA 1U6ZA 4BRLA 1J6ZA 4O5FA 4FWSA 3O5BA 3ZEUA 1X9JA 4QS9A 5F1XA 4FWRA 5AQFA 2GWJA 4FWKA 2IVNA 3L6QA 3SLCA 4E1JA 2HMPA 5ELZA 3O80A 2YI1A 4BRDA 2P9NB 4IO8A 2QWRA 3O6WA 1U2VA 4GNIA 5AQUA 1T6DA 2FSJA 2YHWA 3WQTA 4IXCA 2NZTA 4AM6A 4JD2A 4K43A 5LJWA 5AZJA 3VGLA 5E84A 5AQHA 3O8MA 3WUHA 2P9SA 2Q31A 2PBDA 3UKUA 1QZ5A 2FLOA 2P9LB 3ATVA 2FSNA 3H6EA 5E26A 1MWKA 2NLXA 2A6AA 4B1XB 5KPRA 3D2FA 4JHDA 3RSEA 3ENOA 4BR4A 1QQMA 4H5RA 4C23A 4FWOA 2QW9A 1NGGA 2D4WA 3QBWA 3AARA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3DJCA 4DSEA 1WLJA 3M3ZA 4BROA 5GAEP 4K0KK 4A61A 1IV0A 3QEVA 1XC3A 4OPKA 1JLEA 2QEXN 3D6RA 1UA1A 3D7EO 4PQUA 4DV0K 1YTAA 4KI4A 3FLCO 3I8BA 1SL2A 4ID1A 1HX1A 5AQVA 5GINA 3KLGA 4XH4A 2UXBK 4BRMA 2QKKA 2IIRA 3UKRA 1FW6A 1S1XA 3VGKA 4CD3A 1TYQA 4ID5A 4E7LA 1VRUA 2CGLA 4JKFA 3OYMA 4E1NA 3HVRA 2ITGA 1HUXA 2YNHA 3MXMA 3HYFA 1X9WA 2EWSA 1DKGD 1LAVA 2KLAA 2W6LA 4BVOA 4CZMA 4JKGB 1XI1A 2P5GA 3F2KA 4KHPK 3OS2A 4FM1A 5KPTA 3DLGA 3U8XA 1CZ9A 3T69A 3VEWA 1MU2A 4IG0A 2E2QA 5AZIA 3OYCA 2B5JA 2D0CA 4C1NI 3FE1A 3L2RA 1Y97A 3MK6A 4IEIA 3P5JA 3LL3A 4FWMA 2KFZA 3DRPA 2DFHA 1JKHA 2NRHA 4RTFD 4PUOA 2XY5A 3CFRA 4CHYA 3LPTA 3NGIA 3UB5A 4JD2B 4NYNA 1RT6A 1TUYA 3QIOA 2BANA 2A1RA 3RMAA 4DR3K 1KVAA 4CERA 2P9SB 4RW7A 3TR8A 2OCEA 3HBTA 1TKDA 3K59A 4DSJA 4DS5A 2RKIA 2A1SA 1JL2A 4BE1A 1VSMA 1EXQA 1I3AA 1T44A 4CZKA 3TANA 5C42A 4FCYA 3QEXA 2HF3A 1XUPO 2RN2A 3EE9A 4DSLA 3DAWA 1W0HA 4RW8A 3QEIA 3QB0A 1TUUA 5AQKA 3NVKA 4K8XA 4DHYA 1Z25A 4NYFA 4M3ZA 2GWKA 3VEYA 3CCRN 4RG8A 3DLEA 4B3RK 2UXCK 4CK1A 2PYLA 3MWTA 3AVJA 4FOIA 4X64K 1RBRA 3NH0A 1ITGA 2ASOA 5C12A 4M63C 4GV6A 1TVRA 1N34K 1TV6A 4KH6A 3G25A 4CZJA 2BGGA 1HJRA 2GEMA 5M1QA 3V9WA 2XY7A 3O9RA 3WXJA 4E7KA 5JICA 3VOVA 5JVHL 4KV8A 5EY4A 1S22A 2ZGYA 4H0OA 4B8CA 1RGIA 3ULEA 3VERA 2V7YA 3C6UA 1IKXA 3A8YA 5C24A 2HBKA 4UQGA 4Z4IA 5M1KA 3M1FA 3L3VA 3IMXA 1NBWA 3FGUA 3O9TA 2YJEA 1DGKN 1DTTA 2H3GX 1Z6RA 2JWLA 3TAEA 4BVPA 1C0UA 3Q7BA 3IFRA 1BI4A 4FJKA 4I2QA 2E2OA 3NE6A 3PIOL 3AO1A 1BQMA 1IJJA 5FLXO 5EU7A 2HBLA 4FYDA 4NXMK 3CJ9A 4Y1DA 1YJNN 3I33A 2YHYA 3NHGA 3VA3A 4BRNA 4IFVA 1OVYA 3HM9A 1U04A 4EZ6A 1BHLA 3K5NA 1K73O 1ZBLA 1ZBSA 3OYGA 4GW6A 4DU4A 2ZQBA 3O4WA 3CCSN 3KK3A 3B6PA 2HHUA 3QETA 1RTIA 3D45A 2NRXA 3QESA 1VQ4N 3DRRA 3SCXA 2KW4A 4BR9A 4CIFA 3BY5A 3THXA 1HKBA 3ULDA 3A0IX 4DV4K 4FW1A 3PLAA 3L2WA 3SJJA 5I9EB 1Y64A 1L3VA 3ALYA 1X3MA 1L3SA 2OTLN 3ZSRA 3PSIA 3DLHA 4FWNA 3EL2A 4FK0A 4DV6K 1LCUA 4RWTA 3CMAN 1T6CA 3D2EB 2HW3A 3NFAA 4H8KA 4O55A 2IVOA 5FPNA 3O9QA 4JAXA 1TKZA 3MDQA 4DF4A 4BDZA 3AAPA 2LSNA 1U4BA 1HPMA 1C0MA 1E4GT 4NO7A 3EKUA 3DXKA 3V1RA 2G8UA 4DV2K 1Q82O 1VSEA 1KCFA 1NGJA 4BDYA 1RDAA 4FVUA 5AJ3K 2ATQA 3AVBA 1JCFA 1YHQN 1WUAA 4M3TA 4CI6A 5KRTA 4ISGA 2ZF5O 2UXDK 1VHXA 3PX4A 3MN5A 3QEWA 4BC3A 3THVA 3RTVA 2G8FA 4KHSA 3ZSXA 1QVGM 5I3UA 4B1UB 4FLWA 2RPIA 4A5BA 1C1BA 1TAUA 3R6MA 2VWJA 1BWFO 3RVCA 2VQFK 4DV3K 3FZFA 3VTIA 1S3XA 4JRPA 3ZT2A 1BCMA 1NGFA 1WSFA 4IZ9A 5HOOA 3QMLA 3CHWA 3ZSOA 4CJWA 4DTMA 4IBNA 2QXFA 5I42A 1BQNA 3A2FA 1NGEA 4CJ3A 4QCLA 3S3OA 1D5AA 3AVAA 5M1NA 1N6QA 2AP1A 2PFUA 1RBVA 3QFPA 1YT3A 2Z1GA 4DMNA 2J4RA 3ZT3A 5EXWA 4OO1J 2DTUA 4C8KA 2WBNA 3LPUA 4DTNA 2D0BA 3E01A 1NGDA 4HTLA 1BL3A 2IOCA 3ZT0A 1WSIA 3CFOA 4BE2A 3VA0A 3SK3A 2UU9K 4H0XB 2Q1NA 3TAFA 3VENA 1J54A 4DFKA 1ZBHA 3ZSWA 2Z1HA 2KZZA 1WSHA 4K41A 1NGIA 1OVQA 3SV3A 1FKPA 3CCEN 1G15A 4LC9B 3VEZA 3TARA 2QWMA 2HNDA 2O8FA 3HI0A 3SZ2A 2YNIA 4IFEA 4FK2A 2ZWHA 1JCGA 1UAXA 1W9HA 4DR4K 3CQXA 1RT1A 3CM6A 4CBUA 2QWOA 5BR9A 5CZ2A 2QWQA 1K8AO 4CEFA 2YX6A 4CZFA 2V52B 1QHAA 3TSPA 3AAQA 3VQ9A 4AHCA 4M3XA 1GLAG 3U9ZA 4ELTA 3IAYA 3IG1A 4BACA 3SI6A 4BRLA 4FLXA 3M8SA 4CJRA 4PWDA 3AGRA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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