4FWOA

Crystal structure of salmonella typhimurium propionate kinase (tdcd) in complex with gmp
Total Genus 126
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
126
sequence length
394
structure length
394
Chain Sequence
FPVVLVINCGSSSIKFSVLDVATCDVLMAGIADGMNTENAFLSINGDKPINLAHSNYEDALKAIAFELEKRDLTDSVALIGHRIAHGGELFTQSVIITDEIIDNIRRVSPLAPLHNYANLSGIDAARHLFPAVRQVAVFDTSFHQTLAPEAYLYGLPWEYFSSLGVRRYGFHGTSHRYVSRRAYELLDLDEKDSGLIVAHLGNGASICAVRNGQSVDTSMGMTPLEGLMMGTRSGDVDFGAMAWIAKETGQTLSDLERVVNKESGLLGISGLSSDLRVLEKAWHEGHERARLAIKTFVHRIARHIAGHAASLHRLDGIIFTGGIGENSVLIRQLVIEHLGVLGLTLDVEMNKQPNSHGERIISANPSQVICAVIPTNEEKMIALDAIHLGNVKA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule keywords Propionate kinase
publication title Mechanistic features of Salmonella typhimurium propionate kinase (TdcD): insights from kinetic and crystallographic studies.
pubmed doi rcsb
source organism Salmonella typhimurium
molecule tags Transferase
total genus 126
structure length 394
sequence length 394
ec nomenclature ec 2.7.2.15: Propionate kinase.
pdb deposition date 2012-07-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00871 Acetate_kinase Acetokinase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4fwoA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4fwoA02
4FO0A 4BR0A 2W41A 2GWKA 5AQLA 1NMDA 1RFQA 3GL1A 4F9OA 4A62A 5AQOA 4FOEA 3VEVA 2ZWHA 2EWSA 2E88A 4MLHA 3O1WA 5EVZA 4C23A 1BA0A 2CH6A 4QS7A 3VENA 3DJCA 5ADXH 4FWPA 3TPQA 5F2RA 4EHTA 5BR9A 3CQXA 4XEIA 4YDUC 3WQUA 1QQNA 3BF1A 4CZGA 1K8KA 2HOEA 3UKUA 4K43A 4CZHA 1HKCA 1BG3A 4FWSA 4B9QA 4MO4A 3VETA 1ESVA 3I33A 4JD2A 4WQ5A 4BG9A 3JS6A 1YVNA 5F1XA 5EXWA 3WEEA 3MN9A 4WQ5C 1J6ZA 1X3MA 3MCPA 2VCPA 3MK6A 3FZKA 5AQFA 1NGHA 2W40A 4J8FA 2IIRA 4HWIA 3WXLA 4ISGA 2P9KB 3VEZA 5AZIB 3O8MA 3HBTA 3DXMA 5JLFA 3D2EA 5BRFA 4BRFA 4BQZA 4BGBA 3O5BA 1HUXA 2V7ZA 1NGEA 5FPEA 5BPNA 3HZ6A 5BPMA 1RDWX 1DEJA 2ZF5O 3A5OC 4BVPA 2NRHA 1RGIA 1KXPA 4JHDB 3S41A 3TU5A 2P9PA 4BR2A 1QQMA 5AQMA 3A5MC 3L0QA 4I6MA 4PKGA 3VEYA 5LY3A 2IVPA 3FZFA 1WUAA 5BN8A 5KQ8A 2E1ZA 5JLHA 4FWKA 1SQKA 3UKRA 4M7YA 4K41A 4EAHD 2A41A 2AP1A 1DGKN 2YJFA 1V4TA 3QFUA 2ZGZA 4M63C 1BO5O 1BOTO 4MLEA 4FWMA 3H1QA 1GLLO 2GEMA 5KPRA 3VPZA 1NGBA 2QXLA 1HPMA 1NM1A 3WT0A 4B1UB 5AQHA 5AQGA 5AFUA 3B8AX 3QICA 4IJNA 1MA9B 3HSCA 3ENOA 5AQUA 4BC2A 4XH4A 4BC5A 1ATNA 1QZ5A 4FWQA 1TYQA 1S22A 3CJAA 1R59O 2ASMA 4L3QA 4H0XB 1QHAA 4CJ7A 5BN9A 1P8ZA 3MN6A 1QZ6A 4RTFD 5AQVA 4WYBA 3CQYA 3EN9A 1KAXA 2E2NA 2QWLA 2A5XA 4WQ4A 1T6DA 4BRQA 3R8EA 3IFRA 3KZBA 3ZEUA 2ASPA 2FLOA 4M7XA 3DXKA 3C7NB 2FF6A 2Q0UA 3VEWA 4A2BA 4BR4A 1HKBA 3GDQA 4EIAA 4CBWA 3UKUB 4BRGA 3ZETA 3U9ZA 4E1JA 1XQSC 3AAQA 2E1YA 2P9NA 3SK3A 2P9SA 3CIPA 5AQQA 3ULEA 5KQDA 4H0YB 5AFUH 3R9PA 2YJEA 4IJAA 1T44A 3HI0A 1ZBSA 3SMSA 4FOIA 4H0OA 1NLVA 2QWPA 4FSVA 4ISEA 2AA4A 5AZJA 4FWRA 3IUCA 1OKJA 5B8HA 5FPMA 2PBDA 3D2EB 4Y0WA 3CJ7A 3GE1A 3IMXA 1U6ZA 1GLFO 5AQKA 3R6MA 2D0PA 3M1FA 3M3ZA 1KAYA 5AQNA 3GG4A 4FL9A 3KHYA 3P4IA 5AQWA 1NBWA 2E2PA 5CE3A 2QWMA 4BR7A 1BU6O 5JMVA 3VGKA 1GLJO 5KPTA 5BRDA 3H3OB 1U2VA 3W0LA 4B1YB 2Q1NA 3ZX2A 3J8AA 3U9DA 4B1ZA 2QWNA 3FLCO 1LOTB 3EO3A 1HLUA 4A61A 4IXCA 4KBOA 4CZKA 1TUUA 3HTVA 3D2FB 3O1BA 2YCHA 2D0OA 3W3DA 4BRIA 2CGLA 1SZ2A 4MO5A 2P9IB 3SLCA 1KAZA 2E20A 3ID8A 4FPAA 4RCHA 3O08A 1LCUA 3C0BA 3LM9A 2YHXA 5AQYA 3WXIA 4B1WB 1IG8A 5FPDA 4BRDA 2FSNA 5LJWA 1NGFA 3QMLA 4IZ9A 2CGJA 2P9LB 3WUHA 4H0VB 1MDUB 1NGCA 2NLXA 3WQTA 4H03B 1ZXOA 4BC3A 4BRNA 4FWLA 4CI6A 3MN5A 4H5WA 1XUPO 3H45C 2ASOA 4EFHA 3CHWA 4BRAA 4NO7A 5AQZA 2HF3A 2V52B 3VF2A 2FF3B 3CERA 2P9UB 3O80A 3MN7A 4DCHA 3U8XA 4K42A 5E84A 3UB5A 4H0TB 1NGAA 3CETA 4EHUA 2GUPA 3HM8A 5AZIA 2A40A 2P9NB 2PAVA 4IWVA 4PKHA 4BGAA 1S3XA 2E2QA 3M6GA 3FE1A 3EKUA 1JCFA 3DWLA 3QDKA 4BR9A 1XC3A 3L4IA 2HMPA 4JHDA 1NWKA 3RSEA 2Q36A 1ATSA 1GLAG 2Q97A 4WQ4C 4RWTA 1E4FT 4H5VA 1K8KB 1BWFO 4A2AA 3BF3A 3CI5A 1EQYA 2A6AA 1T6CA 4QS8A 5BPLA 4CZFA 2I7NA 2GWJA 4JD2B 3VGLA 2D1KA 3UE5A 4CZMA 4GY2B 4H5TA 2V7YA 3WEEB 4BRPA 3SMPA 1ZC6A 1H1VA 1Y64A 3AY9A 4O8KA 5EOYA 5EY4A 1DKGD 4CZIA 3DAWA 1BA1A 5AQRA 3VGMA 4BG8A 1NGIA 2YHWA 3OHRA 3LDQA 1CZAN 3DXMB 3MDQA 3GBTA 2GTDA 4BRMA 5BRHA 3FZHA 1X3NA 3VEXA 5BREA 5AQTA 4XH5A 3AARA 3LM2A 4BRLA 3EL2A 3FGUA 3CJCA 3G25A 3LDPA 2F9WA 2QWOA 2FSKA 5AR0A 1GLBG 1NGDA 2P9PB 4FWOA 4DHYA 4I6MB 3CJ9A 2D4WA 2BTFA 4BROA 1V4SA 3QBXA 3U4LA 1D4XA 2E2OA 1GLCG 2Q31A 3UKRB 3C7NA 2YHYA 2CGKA 3BUZB 3IDHA 1GLEG 2ZGYA 2F9TA 4JNEA 4H0PA 5E26A 2CH5A 3LDLA 1GLDG 5ELZA 4H5RA 4BR5A 1QQOA 1Z05A 1MWKA 4B1VA 1MWMA 3VF4A 4FWNA 1BDGA 5I9EB 3AAPA 1YAGA 2IVNA 3CJ1A 4XH1A 3SJHA 1Q18A 4PL7A 1TYQB 1BUPA 4Z94A 3KVGA 2J4RA 5F0XA 4BQLA 3MMVA 3FFKB 4JAXA 2UYTA 1IJJA 4H5NA 4JN4A 3QB0A 5KPZA 3ATUA 4O5FA 3ATVA 3H46O 4ISFA 4DB3A 2VYPA 3F9MA 3EZWA 4HTLA 3RSEB 1HX1A 2I7PA 1JCGA 3LDOA 2OANA 2DPNA 4BREA 5AQPA 3ZEUB 3CJBA 1C0GA 1C0FA 1ATRA 1SAZA 3DXKB 2WUSA 2YI1A 4FPBA 3ZX0A 4CZJA 3BEXA 3O4WA 3VEOA 1HJOA 3ZETB 2P9KA 4CZLA 2V51B 2QWRA 2P9SB 3FR0A 3ULEB 3FZMA 3GOIA 2E8AA 1NGGA 2FSJA 4PL8A 3VESA 4BC4A 3A5NC 3D2FA 4B1XB 4CD1A 4QS9A 2QWQA 1Z6RA 3EKSA 2P9IA 3LDNA 5AZJB 1YUWA 2IVOA 5FPNA 4NB4A 5AQSA 4CBXA 3FZLA 2BUPA 5JICA 3H1VX 3LL3A 3L6QA 4BVOA 3ENHA 5AQJA 4CBUA 3A0IX 2A42A 4BRCA 3QBWA 3D7EO 1WOQA 2QW9A 5ADXA 5LJVA 2FXUA 2VWBA 3O6WA 4LC9B 2P9LA 1JCEA 1YXQA 2ITMA 4AM7A 5AQIA 4CZEA 2GELA 3QFPA 4GNIA 4AM6A 2Q2RA 1G99A 5TKYA 3WXKA 3A5LC 4K25A 3I8BA 1TUYA 4CD3A 1E4GT 1U2VB 3ZX3A 2H3GX 3VERA 5EX5A 2P9UA 4DQ8A 1X9JA 3BP8A 5AQXA 3A8YA 1HKGA 2A3ZA 2KHOA 3H3NO 4BRHA 2HF4A 2QM1A 4YDUA 2Q0RA 4BRKA 3H6EA 3WXJA 3VF6A 3JXUA 4IO8A 3VOVA 4PKIA 2NZTA 1NGJA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2YHBA 2W42A 1N5YA 1MU2A 1QE1A 1EETA 1LV5A 1EXQA 3SAGA 1Z25A 5EVZA 1BA0A 2CH6A 3VENA 3T3FA 5ADXH 4DR5K 3ZSOA 3HPOA 4DTSA 1QHTA 3DRPA 5BR9A 3OYGA 4CZGA 5J2QA 5MLCQ 3NHGA 3TANA 1RT4A 2RKIA 1BG3A 1HKCA 2KTQA 3P1GA 4MO4A 2G8WA 4KHSA 5KTQA 3OYEA 5F1XA 3KWIA 4YOTA 3VN5A 2VCPA 5AQFA 2W40A 2IIRA 1WLJA 1CXQA 4CGGA 3HBTA 3DXMA 5JLFA 4FJNA 5BRFA 2X78A 3ZSRA 1NGEA 5FPEA 1S1WA 1J54A 2FBVA 3ZT2A 3LAKA 4J2EA 2NRHA 1B9DA 5GAEP 2P9PA 4BR2A 4HUFA 5AQMA 3L0QA 1KLNA 4IOCL 5LY3A 1L3UA 3CMEN 1TKTA 2IGIA 4CECA 2VWJA 1WUAA 1KFDA 5BN8A 4KI4A 3Q7BA 1SL1A 3UKRA 5I42A 3PX4A 3KKSA 3RMBA 3OYLA 3OA9A 3U6FA 3TAFA 1YJ9N 3QFUA 1BO5O 1KCFA 1KVBA 4FWMA 4BE2A 3H1QA 3ISNC 3OY9A 1NGBA 5J1EA 2ZQBA 1HPMA 3THXA 4FJ8A 5AQGA 3NGYA 4IJNA 1VSLA 4FJ5A 1MA9B 3HSCA 3LDSA 1C0UA 4CJKA 4JI4K 3AA5X 1VSKA 3A2FA 4BC5A 3VQBA 3NMUA 1QZ5A 3CJAA 4GKJK 1TGOA 4L3QA 1RDAA 3J7ZO 4K8XA 4CJ7A 5BN9A 4GVMA 1U49A 4RTFD 5AQVA 1NK8A 1JL1A 1S1VA 2A5XA 4WQ4A 3C94A 4BE0A 4L8RB 4M41A 4AF1A 3IFRA 1WB9A 1J9AA 3C6UA 3CCVN 4B9TA 3WXMB 1O13A 4JK8A 3VEWA 1HYSA 1N34K 3GDQA 4EIAA 3UKUB 4BRGA 3U9ZA 5CY4A 1XQSC 2P9NA 4FLTA 1NJXA 4BE1A 4RW8A 1I94K 3SQ4A 4IBNA 3HI0A 1ZBSA 4JI5K 4B9NA 2HHSA 4KPYA 4FOIA 4H0OA 1NLVA 4DS5A 4NCAA 1QQCA 3OYBA 4NLCA 2DFFA 3R3LA 4FWRA 1GOCA 4FJXA 5CYQA 3D2EB 5KGWA 3CJ7A 4FXDA 2D0PA 3M1FA 4B3SK 1NKBA 4CF8A 4FJJA 4DQIA 1NBWA 4HUGA 1BU6O 3VGKA 4RW7A 1FKPA 3H3OB 1U2VA 4KHQA 4ZHRA 1UOCA 3RVCA 5KGXA 2QA4N 3U9DA 1OH6A 1HLUA 4DSFA 2ZM6K 4KBOA 3DLHA 3K5MA 1UA1A 3O1BA 1XC9A 5HRRA 3MX2A 1WSEA 2CGLA 3SLCA 1J53A 1IKXA 4JI1K 4RCHA 1NKCA 2NRRA 1JLGA 4C8KA 3ZT0A 5LJWA 4KHNA 3O4NA 3QMLA 3AVJA 3WUHA 3ENBA 3L8BA 4DR6K 3MN5A 4H5WA 1GOBA 1WSFA 2ASOA 1HNXK 2BE2A 3VA0A 3VF2A 3SNNA 4IFVA 1S6QA 2QEXN 3MN7A 3U8XA 4OPAA 4K42A 5E84A 4F3TA 4DTRA 3CETA 1X9SA 4YNQA 5C2DA 1RT3A 2RE2A 3HM8A 3OYKA 4IO9L 2F7TA 1NK5A 1Q7YO 1RTJA 5FROA 5LMNK 3M6GA 5LL6Z 3O3GA 4M3XA 3PY8A 4C8NA 4K0KK 3OTOK 3AVGA 4LH5A 1DTTA 3IKMA 4KB0A 1BQNA 4CESA 1GLAG 2Q97A 4LF5K 4AHSA 3LPUA 4A2AA 3BF3A 1EQYA 4OX9K 1T6CA 2HNYA 3HP6A 4JRQA 4CEQA 4JD2B 3VGLA 2A1SA 2D1KA 3UE5A 4Z4CA 4YOYA 1B92A 3LANA 3CFOA 2HHXA 1Y64A 3I0RA 1HNVA 1IKVA 1BA1A 2VWKA 3VGMA 1TL3A 2FC0A 1TAQA 2OYQA 1FW6A 2YHWA 3C6HA 4CGHA 4GV6A 3LDQA 2OZSA 2ZJRL 3GBTA 1NK7A 1D8YA 4BRMA 1X3NA 2ZJPL 2O8EB 4C8LA 3PLAA 4YOXA 3EL2A 2KLAA 1X9WA 3E9LA 3H08A 4O44A 5I3UA 5M1OA 3M8SA 1ZBUA 3AVFA 5HLFA 3CMAN 2D4WA 4CEDA 1FKOA 3SAHA 3U4LA 2AJQA 1C0TA 3PIOL 4N76A 3NH0A 2CGKA 4FJKA 4F8RA 2G8IA 1GLEG 4JNEA 4FM1A 5E26A 3B6OA 2HB5A 2CH5A 3OS1A 4FLUA 1MWKA 1MWMA 3NFAA 3HJFA 4DLGA 4CGDA 3ASMA 3NH1A 1NK6A 2VQFK 1S1UA 4JKDA 1DT9A 2IVNA 3CJ1A 4XH1A 4W5QA 4DKWA 4PL7A 4Z94A 4M3YA 4BQLA 3LP3A 3NDKA 1WAJA 4JAXA 4W5NA 4PWDA 4CGJA 3LAMA 4JN4A 3ATUA 3KLEA 1RTHA 3ATVA 4ISFA 3G4SN 2VYPA 4HTLA 3HK2A 3SUQA 2DPNA 3S9HA 4LY7A 3SYZA 4FZZA 1JLBA 3V1OA 2PFUA 2YI1A 2BDPA 1A5WA 4X64K 3D0PA 3BEXA 1YJWN 3VEOA 4DSIA 1HJOA 3ZETB 3ZSQA 3SZ2A 3O9TA 4CF1A 2XY6A 4CZLA 2UUBK 2V51B 1BHLA 3FR0A 3ULEB 4DU4A 2ETJA 2YX6A 2E8AA 4CHNA 3OS2A 1C1AA 3A5NC 2B6AA 4FCYA 1ITGA 5HBMA 4CD1A 4IEIA 1N8RO 3HVTA 1Z6RA 1RCHA 5FPNA 5AZJB 4OLAA 1U04A 2HHQA 5GIPA 4CBXA 4E3SA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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