4BRAA

Legionella pneumophila ntpdase1 crystal form ii, closed, mg amppnp complex
Total Genus 114
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
114
sequence length
358
structure length
358
Chain Sequence
TNPCEKHSCIAVIDAGSTGSRLHIYSYDTDDTNTPIHIEEIWNKKIKPGFASIQPNSVTIDAYLTMLLADAPIHNIPVYFYATAGMRLLPQSQQKKYYDELDYWFRQQSQWQLVEAKTITGNDEALFDWLAVNYKLDTLKSVQNKSVGVMDMGGASVQIVFPMPKNAEISKHNQVELNIYGQNINLYVHSFLGLGQTEMSHQFLNSPSCFANDYPLPDGESGQGNAPSCKEEVTSLMNSVHKVNQQIQPLLALNPVNEWYSIGGISNLASSQLFHFENSELTNQSLLQQGDNQICHQQWDILNGQYPDDEYLYQYCLLSSYYYALMVDGYGINPNQTIHYIPPEQNLDWTIGVVLHRA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystallographic Snapshots Along the Reaction Pathway of Nucleoside Triphosphate Diphosphohydrolases
pubmed doi rcsb
molecule keywords ECTONUCLEOSIDE TRIPHOSPHATE DIPHOSPHOHYDROLASE I
molecule tags Hydrolase
source organism Legionella pneumophila
total genus 114
structure length 358
sequence length 358
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.6.1.5: Apyrase.
pdb deposition date 2013-06-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01150 GDA1_CD39 GDA1/CD39 (nucleoside phosphatase) family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4braA01
3.30.420.150 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Exopolyphosphatase. Domain 2 4braA02
1HPMA 1RDWX 3JXUA 1QQMA 4K43A 5AQOA 3H1QA 4H5TA 1QZ6A 3RSEA 1S22A 4IZ9A 5AQJA 5AQTA 1X3NA 3LDNA 3UE5A 2ASMA 3KZBA 3VGMA 4A62A 4CBXA 4DCHA 4ISFA 3H45C 3SMPA 3EL2A 2IVNA 5BN8A 4LC9B 4H5WA 4H0XB 3DAWA 3CQYA 3BF1A 4XH5A 3SJHA 4JHDA 3CETA 1JCGA 4GY2B 2OANA 2YJFA 4B9QA 2UYTA 1U6ZA 3IFRA 1HUXA 4BGBA 1IG8A 4WQ4C 3ID8A 4YDUA 5EY4A 1D4XA 3J8AA 1H1VA 4CZMA 3O1BA 3HBTA 5BN9A 2IVPA 4FWMA 3BP8A 4H5VA 2QXLA 5F0XA 3SLCA 2ITMA 1BUPA 3ENOA 3FLCO 3O08A 2HMPA 1TUUA 1XQSC 5AQGA 3WQUA 3ZETA 3DXKB 1XUPO 2QWPA 1MDUB 5AQVA 1MA9B 5AZIB 4B1VA 4BREA 5LJVA 2VYPA 2Q1NA 1YVNA 3FR0A 2F9TA 5AQYA 1KAYA 3AAPA 5TKYA 4BRLA 5AQIA 1HKBA 5ADXH 2D4WA 2F9WA 4GNIA 4BGAA 2FXUA 3AY9A 3C0BA 1LOTB 5AQWA 4BRPA 2CGKA 1NBWA 3IDHA 4ISEA 4BR2A 1HKGA 3KHYA 3QDKA 5BRHA 3GG4A 1BOTO 4JHDB 4BC5A 4DB3A 4EHUA 5E26A 3UKUA 4A2AA 3A5MC 4M7XA 5E84A 1EQYA 4WQ4A 3LM2A 1TYQA 1SZ2A 1Y64A 2I7PA 4BRAA 3I8BA 5KQ8A 3HM8A 5AQMA 1NLVA 4CZEA 4K42A 4WYBA 2HF3A 4BRCA 3AARA 4PKIA 2P9PA 5BRFA 4IJAA 2D0PA 1NGCA 2E88A 4BR5A 2DPNA 2A3ZA 3CJ1A 2V7ZA 4XH1A 3A5NC 1DGKN 4PKHA 3FZMA 2GUPA 3CI5A 3U9ZA 1WUAA 1BU6O 1NGEA 5BPNA 4XH4A 4B1ZA 2YHYA 2P9IA 4QS9A 3EKUA 2WUSA 5F1XA 3A5LC 4BRDA 3UKUB 2YHWA 3KVGA 4WQ5C 3QBXA 1QQOA 4A61A 1BA1A 2ZGZA 3M3ZA 5AQSA 4H0VB 4H5NA 3H6EA 1TYQB 3LL3A 5AQLA 4CZKA 4FWLA 4BQLA 5JLFA 5KQDA 3WUHA 4CI6A 1GLAG 1ESVA 4H0YB 3BEXA 2CH6A 1OKJA 5AQKA 1GLFO 1ZBSA 4EFHA 5JLHA 4FSVA 1BG3A 4QS7A 1RGIA 3W3DA 3VF6A 4FOEA 3A8YA 4CJ7A 5AQNA 3WXKA 2Q36A 1YAGA 2W41A 2YCHA 1G99A 4B1UB 5AZIA 3ULEB 3C7NA 3DWLA 1ATRA 4FWQA 1P8ZA 5AQPA 3HTVA 3SK3A 4CD1A 1BWFO 1ATNA 2QWNA 2QWLA 2P9IB 4EIAA 4BC4A 3D2FB 1T44A 3GOIA 4CZGA 3BUZB 3FFKB 2YHXA 1NWKA 4QS8A 3QFPA 3VEYA 3M6GA 3GE1A 4HWIA 2FSKA 3GL1A 5AFUH 4NB4A 4ISGA 4B1XB 2NRHA 2QWOA 3F9MA 4BROA 2FSNA 3ZX0A 4K41A 1T6CA 3AAQA 4CBWA 3QICA 4CBUA 3R6MA 3VOVA 1JCEA 5ELZA 2NLXA 3CJ7A 3BF3A 5EOYA 3TU5A 2BUPA 3LDLA 4O5FA 1KAXA 3QFUA 2HOEA 3C7NB 2V52B 1DKGD 3CJBA 2V51B 3MDQA 5CE3A 3IMXA 2E2QA 3O4WA 2A5XA 1CZAN 3CJCA 3VGKA 4BG9A 4BRFA 4CZHA 2FF6A 4RWTA 3VPZA 3VEXA 1QQNA 4PKGA 2E1YA 2GTDA 3A5OC 2IVOA 4JNEA 3ATUA 4L3QA 2Q0RA 2P9LA 4FWSA 3UKRA 4AM6A 3SMSA 4CZJA 3TPQA 4FPAA 1NGIA 3MCPA 5BPLA 2E2NA 3S41A 3WQTA 1Z05A 3FZFA 2P9SB 3LDOA 3WXLA 2ZGYA 4FWPA 4JN4A 2H3GX 1JCFA 1E4FT 4Z94A 3ZX2A 1S3XA 4CZLA 4Y0WA 1Q18A 2D0OA 4I6MA 4PL7A 3CERA 5AQRA 4A2BA 3EZWA 4DHYA 3ULEA 4BR9A 5EX5A 5AFUA 3FZKA 4MO4A 2VWBA 4CZIA 4BRGA 2A6AA 4BR4A 3O1WA 4B1WB 2QW9A 4FWKA 5FPMA 1HJOA 5F2RA 4BG8A 3L6QA 3O5BA 4J8FA 3D2FA 3HI0A 3EKSA 4BRNA 2P9LB 3UKRB 1TUYA 3G25A 1T6DA 2QWRA 4XEIA 5KPRA 3H1VX 4BVOA 4IXCA 5AQFA 4FWRA 1GLCG 2FSJA 5FPNA 3FZHA 2AA4A 3ATVA 5EVZA 5ADXA 3U4LA 3FGUA 3DJCA 2W40A 1HLUA 3HZ6A 4FWOA 4BRMA 2GWJA 4I6MB 1J6ZA 2P9KA 3H46O 4IO8A 3FZLA 3H3OB 5EXWA 4E1JA 2EWSA 1MWKA 4FO0A 1XC3A 3WT0A 4BQZA 3VF4A 4BC3A 1LCUA 4MLEA 4BC2A 2E2OA 3MN5A 1QHAA 2AP1A 5AQUA 1NM1A 3WEEA 2QWQA 2ZWHA 4WQ5A 3MN6A 1HX1A 2A40A 3MK6A 2P9UA 1GLDG 4NO7A 3O80A 1NGGA 4HTLA 4EAHD 4BR7A 3FE1A 1U2VA 1V4SA 3QMLA 3ZEUA 4MLHA 4FL9A 3VESA 2Q31A 2V7YA 3MN7A 3ENHA 4DQ8A 3L0QA 4BVPA 2FF3B 2P9SA 2QM1A 1YUWA 3R8EA 2GWKA 5AQQA 2QWMA 4H5RA 5I9EB 2P9KB 1ZXOA 3LDPA 3ZX3A 3VEZA 2J4RA 2IIRA 4BRKA 3VETA 4IWVA 4BRQA 1C0GA 4CZFA 1X3MA 3CHWA 2P9NB 4MO5A 2ASPA 4B1YB 5FPEA 4O8KA 3MMVA 2HF4A 2A41A 3A0IX 5BPMA 2D1KA 5FPDA 5JMVA 4AM7A 5LJWA 1BDGA 1YXQA 3CQXA 3WEEB 4BRHA 4JD2A 1BA0A 1NGBA 5BRDA 4M63C 3EN9A 5KPZA 2P9UB 4H0PA 5JICA 4C23A 3GDQA 1WOQA 1GLEG 2Q97A 1U2VB 2I7NA 1X9JA 1K8KA 1NMDA 1NGAA 1ZC6A 2E20A 5AQZA 3RSEB 3ZEUB 1MWMA 4RTFD 4EHTA 2ZF5O 3JS6A 1KAZA 1IJJA 2NZTA 1NGJA 3R9PA 2A42A 1V4TA 3MN9A 1KXPA 3VEOA 4FPBA 5AQHA 3UB5A 2FLOA 1SQKA 3VEVA 3QBWA 3WXIA 3DXMA 3WXJA 4H0OA 4PL8A 4FWNA 5AQXA 2VCPA 3D7EO 3VGLA 5BR9A 2PAVA 5AR0A 2YI1A 5AZJA 1HKCA 3CJAA 3LDQA 4JD2B 3VENA 4CD3A 3H3NO 2CGLA 3ZETB 2ASOA 3D2EA 2CH5A 1ATSA 3O8MA 1Z6RA 1QZ5A 4K25A 3W0LA 4M7YA 2E2PA 2PBDA 2Q2RA 1K8KB 3I33A 2E8AA 4BRIA 3CJ9A 3L4IA 3QB0A 1NGFA 1GLBG 1GLJO 3VF2A 3U9DA 1R59O 4F9OA 2CGJA 5BREA 4BR0A 5KPTA 1E4GT 4KBOA 2YJEA 1GLLO 1BO5O 1RFQA 4IJNA 4RCHA 3DXMB 1NGHA 1C0FA 3IUCA 3OHRA 4JAXA 4H03B 2P9NA 3M1FA 4YDUC 2BTFA 2E1ZA 3LM9A 4FOIA 3EO3A 3P4IA 3VERA 3U8XA 5AZJB 2GEMA 1SAZA 5B8HA 2KHOA 4H0TB 2GELA 2P9PB 3GBTA 3O6WA 2Q0UA 3B8AX 5LY3A 1NGDA 3D2EB 3VEWA 3HSCA 3DXKA 1DEJA 3CIPA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4B3OA 3JXUA 3E9LA 1C0MA 4ZTJA 2HHWA 3H1QA 4H5TA 1QZ6A 4JKBA 3RSEA 5AQJA 4DMNA 4BY9C 1X3NA 3KZBA 3ZSWA 4CBXA 1SS6A 1EETA 4FW2A 3SMPA 3ALYA 3HYFA 2GX9A 4H0XB 3DAWA 1D5AA 3R1XA 1QVGM 3PIOL 4YNQA 4FVUA 1JCGA 4GY2B 4ILHA 1U6ZA 1NOYA 1D4XA 4B8AB 3OY9A 3HOSA 4DFKA 1DTQA 1QQCA 1BCMA 4A57A 4H5VA 1U47A 1JL1A 3SLCA 2IOCA 1XQSC 3ZETA 4B3SK 3DXKB 1ITGA 1TAQA 1XUPO 2DFHA 3MXMA 1VQPN 4ICLA 4BWMA 3FR0A 5TKYA 3V1OA 5AQIA 1HKBA 3P83D 4IOAL 2F9WA 1YT3A 2FXUA 2Z1HA 4E7HA 2CGKA 1NBWA 3HPOA 3LP0A 1WAJA 4BC5A 4DB3A 3CC4N 5J2NA 1TYQA 1NG9A 4AHRA 3NGYA 1IKVA 4BRAA 1QVFM 5KQ8A 3HM8A 1BISA 4WYBA 1LW2A 3MCAB 2QTDA 1EX4A 3NF6A 2D0PA 4I2QA 2DPNA 2V7ZA 3PO5A 3A5NC 1FKPA 4RW4A 3QLHA 5K14A 2OPQA 1VRTA 5KGXA 4DTRA 2IAJA 4IG0A 1BU6O 3KKSA 2VGNA 4XH4A 4FJLA 4B1ZA 3VMFB 2UXCK 4QS9A 5I42A 3KWIA 4N47A 2OCEA 5F1XA 4KAZA 3AO5A 2YHWA 3KVGA 2O4GA 4CF8A 4Y1CA 3H6EA 4CJTA 2W6KA 4BQLA 3QETA 2IC3A 4H0YB 4FW1A 2GBZA 2E4LA 2HVIA 4EFHA 4KB1A 4FSVA 1A5XA 4CGHA 4I9LA 4FOEA 3L2QA 4GKKK 2BDPA 2Q36A 2W41A 2B4JA 1JLGA 1HR0K 4PHTX 5C2DA 5FLXO 4FWQA 1HQEA 4YOYA 3SUPA 4EP4A 1BWFO 1ATNA 5GADP 2G8UA 3DYAA 3V9UA 4LF5K 1N33K 1TKTA 1RBSA 3SI6A 3CYMA 4KREA 2OYQA 3AGKA 2D0AA 3BUZB 2UUCK 3TAFA 3QFPA 3HJFA 4CEZA 1LWFA 5AFUH 2HBKA 4M3WA 4CEFA 4FZYA 2NRHA 4FZXC 3G0ZA 4DS5A 1T6CA 1TL3A 1JLEA 2HHQA 3VOVA 3OYJA 4JKDA 3CJ7A 4DR4K 3BF3A 4LFAK 2O8BB 5C0YA 2G8VA 3C65A 4OLBA 1KAXA 2HOEA 1YI2N 3L2VA 1KC8O 4QOZB 1DKGD 1C1AA 4JK9A 2OA8A 4JRQA 5CE3A 3AVKA 2QKBA 4FCYA 3O9QA 4DQQA 3SUOA 4ELUA 1CZAN 3CJCA 3VGKA 2XHBA 1YJNN 4O4GA 2NRWA 2FF6A 3VPZA 3THYA 3KK1A 1QQNA 4PKGA 3LPUA 2IDOA 4L3QA 4B9MA 3O4NA 1TGOA 3UKRA 4AM6A 4Z4FA 3WXMB 3TPQA 1HNZK 3SJJA 4GMJB 5JS2A 3TAQA 4OPAA 2HNYA 3M8RA 4DFMA 3K2PA 3L8BA 1FKOA 2VG6A 2ZGYA 2H3GX 1EWQA 1NK6A 4DU4A 1S3XA 4KPYA 3VQ6A 4J2AA 4GV9A 5C24A 4LF8K 3RMAA 3C6HA 3P39A 3SV3A 4FJNA 1BIUA 4CEOA 3CFOA 3ZSQA 4AHTA 3C6TA 4MO4A 1JL2A 2VWBA 4Z4CA 4OPHA 2A6AA 2ATQA 4BR4A 2B5JA 4IFVA 4CK3A 4HVJA 1HJOA 5F2RA 4BG8A 3AO1A 3O5BA 4J8FA 4LSLA 4KHWA 3HSTB 4AILC 3H1VX 4FJIA 2OTJN 4FM2A 4NXNK 4FWRA 4O5BA 1VSIA 1J54A 1UA0A 1VQNN 1EXQA 2QK9A 3O3FA 3FGUA 3MXIA 4KI4A 2QKKA 3K5LA 3TAEA 2P1JA 3MWTA 1C0UA 2FBVA 2UUBK 1GOBA 1ASVA 1XC3A 1LCUA 5LMUK 1JJ2M 1CZBA 3SQ0A 1HMVA 3KD5E 4L8RB 3MEGA 2WOMA 4FLVA 4HTLA 3TR8A 2B6AA 2GV9A 3FE1A 4CEDA 1V4SA 3ZEUA 4KB0A 4FL9A 3P1GA 3MN7A 3ENHA 4PA1A 4CF9A 4YFUA 2P9SA 2QM1A 4YY3K 4CGJA 1GOAA 2GUIA 3LWMA 2QWMA 4H5RA 5DM6L 4V19S 3CCMN 5I9EB 1K73O 4ID1A 3AA5X 3ZX3A 3VEZA 1U48A 1WN7A 4CZFA 4LF6K 5BR8K 3CHWA 3IS9A 4MO5A 4B1YB 3DI6A 1XNQK 4NXMK 1RTJA 1BHLA 4AM7A 3LZJA 5LJWA 1BDGA 3QEXA 3WEEB 3F73A 1NOZA 1YIJN 4OO1J 3EN9A 3ZLJA 1LAWA 3LZIA 3GDQA 1WOQA 2RPIA 2I7NA 1X9JA 1K8KA 1ZC6A 3AO3A 1MWMA 4BDZA 5SWMA 1YJ9N 3E1YA 3JS6A 3K9KA 3HPHA 1VQMN 1KAZA 4FJMA 1IJJA 3L2RA 1NGJA 1NK0A 3R9PA 1V4TA 1YVUA 1KXPA 2FLOA 2KKZA 3SQ1A 4KH4A 3V4IA 1RTHA 3WXIA 2JGUA 4CESA 4ZHRA 1NJXA 3SBTA 1HYVA 4CERA 5AZJA 3AVLA 4C8MA 4JD2B 1JXEA 4CD3A 3H3NO 2CGLA 4K25A 4CIEA 2PBDA 4CJPA 2Q2RA 4UY8O 2E8AA 4BRIA 3CJ9A 3QB0A 4FLXA 1BCOA 5M1FA 3NE6A 5E41A 1R59O 5LL6Z 3AVCA 1VAZA 3C6UA 3L3UA 3BDPA 4CIGA 3SAHA 4RW9A 4DF8A 2YJEA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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