2PBDA

Ternary complex of profilin-actin with the poly-pro-gab domain of vasp*
Total Genus 120
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
120
sequence length
371
structure length
359
Chain Sequence
TTALVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPRHSYVGDEAQSKRGILTLKYPIEGIITNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPTLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNVPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVLDSGDGVTHNVPIYEGYALPHAIMRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFVTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFENEMATAASSSSLEKSYELPDGQVITIGNERFRCPETLFQPSFIGMESAGIHETTYNSIMKCDIDIRKDLYANNVMSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWITKQEYDEAGPSIVHRKCF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural basis for the recruitment of profilin-actin complexes during filament elongation by Ena/VASP
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
molecule tags Structural protein
molecule keywords Actin, alpha skeletal muscle
total genus 120
structure length 359
sequence length 371
ec nomenclature
pdb deposition date 2007-03-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.30.36.70 Mainly Beta Roll Actin; Chain A, domain 2 Actin; Chain A, domain 2 2pbdA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2pbdA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2pbdA03
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 2pbdA04
4BVOA 4BQZA 2Q36A 2Q1NA 3U8XA 3A8YA 3ZETA 5KPRA 3EZWA 1HKBA 5KQDA 1U2VA 5TKYA 4IO8A 3MN6A 3DAWA 3DJCA 4M63C 3LDLA 3BF3A 3VOVA 4FWPA 4CZHA 1BO5O 2Q31A 4C23A 5FPMA 2P9PA 4NO7A 4BRLA 4FPBA 4FWRA 2IIRA 1XQSC 4I6MB 4BR5A 3BUZB 2F9WA 3O5BA 3R6MA 4BR2A 3LDNA 3EKUA 1ATNA 5F1XA 3D2EB 2ZF5O 1DGKN 3EN9A 5AQIA 4FSVA 1GLFO 4H5NA 5AQUA 1X3NA 4RWTA 3BF1A 4JHDA 4B1UB 2GEMA 2D0OA 3L6QA 1ATRA 2E2QA 4WQ5C 3SJHA 4PL7A 2P9UA 3DXKB 3UKRB 5JLHA 2DPNA 3ULEB 3VPZA 2QWQA 2YHYA 3ZETB 2WUSA 5AZJA 2FSJA 4FWMA 3QBXA 3HBTA 3IDHA 3MN5A 3QB0A 2GTDA 5AQFA 3O4WA 5EOYA 5EY4A 1E4FT 4CZMA 1HLUA 3HI0A 2E20A 2P9SB 3JXUA 2P9KA 3HM8A 4FOIA 3SLCA 4FWSA 2UYTA 1Y64A 3EKSA 3WXKA 2FLOA 5AQJA 3J8AA 5AQLA 5AFUA 3CERA 5AQYA 4BVPA 4BQLA 4BRDA 4K25A 3MN9A 3EL2A 1GLBG 5AQMA 3B8AX 4FWLA 4IWVA 3UKUB 3MN7A 2EWSA 2ASPA 4BR4A 4E1JA 2Q2RA 4CZFA 5KPZA 4BRAA 4LC9B 3WQTA 5AFUH 4FOEA 3MDQA 4BGBA 3G25A 4BRPA 5BREA 4BC5A 4PKHA 3O8MA 1QQMA 4M7XA 3ATUA 3SK3A 4MLHA 1BG3A 3ATVA 3KZBA 2BUPA 4JHDB 1X3MA 1KXPA 3VERA 2QM1A 2P9UB 5LJVA 4FWQA 2NLXA 3VEYA 4XH4A 1HKCA 3HZ6A 1NWKA 2IVPA 3LDOA 3O08A 3VEXA 4EIAA 3I33A 4H5TA 5AQGA 1KAYA 2KHOA 4H0OA 4ISEA 1QQNA 2A5XA 3VESA 5EVZA 3CJAA 4O8KA 3WEEA 4BRMA 1Z6RA 1C0FA 1YUWA 3CQXA 3WXIA 2PBDA 1NGBA 2V7YA 4CBWA 3QFPA 1WOQA 3FZFA 3IMXA 4A2BA 3FZHA 5AR0A 1QZ6A 1XUPO 3TU5A 4PKIA 2YJFA 1YXQA 1HPMA 5AQXA 2Q97A 3MK6A 4B1ZA 3QBWA 1HX1A 4RCHA 1NLVA 4EHUA 2P9NB 5AZIB 2V52B 2QWMA 2IVOA 5FPNA 2F9TA 4CZIA 1BU6O 4H0TB 1TUYA 4HTLA 3F9MA 3S41A 3VEZA 3M3ZA 2GWKA 1NGGA 4K43A 3U4LA 3U9DA 3GE1A 2IVNA 1WUAA 3R9PA 3A5LC 4CBXA 4EFHA 1U2VB 3FE1A 4H5WA 4CI6A 3GBTA 2ASOA 1GLDG 3HTVA 4CD1A 1NGCA 2FF6A 3LDPA 5AQQA 4DQ8A 1KAXA 1U6ZA 2QWPA 3LL3A 4BRIA 5KPTA 1QQOA 5AQPA 3GDQA 3CJBA 3LM2A 5AQOA 3AARA 3W0LA 3IFRA 3AAPA 4H5VA 2VCPA 2Q0RA 4IXCA 3WXJA 4XEIA 4BR7A 3QICA 2FF3B 2FSKA 1Q18A 4WQ4C 4FL9A 4B1XB 1BDGA 2OANA 4FWNA 3DXKA 3UKRA 2GUPA 3LDQA 4BC2A 3CI5A 3DXMB 4JN4A 4CZGA 3DXMA 4BRNA 5F0XA 3H6EA 4IJNA 4BR9A 4DHYA 4QS9A 1NBWA 4NB4A 1YVNA 3AAQA 4PKGA 1NGAA 1ESVA 1SZ2A 3CJCA 2NRHA 3H3OB 3KHYA 2P9SA 4KBOA 2I7NA 1GLJO 1HKGA 4XH5A 3P4IA 4H0VB 4MLEA 4EHTA 2VWBA 2P9LA 2AP1A 3CJ1A 5BR9A 4J8FA 3VGMA 1P8ZA 3C7NB 3ZX0A 1TYQA 1IG8A 1X9JA 4H0YB 1J6ZA 4A61A 1EQYA 3O80A 2HF3A 3ZEUA 4BREA 5CE3A 1MA9B 3H3NO 4FWOA 2D1KA 4EAHD 4FWKA 2V51B 4FPAA 3O1BA 3LM9A 2H3GX 3VEWA 1GLAG 3D2FB 4JD2B 2ZWHA 2CGKA 4JD2A 3GOIA 2P9NA 2QXLA 2GELA 2W41A 4BR0A 3U9ZA 5E84A 3QMLA 3CQYA 4BRQA 5BRDA 1MDUB 4AM6A 1S3XA 4DB3A 1QHAA 4QS8A 2ASMA 2CGJA 3CIPA 2I7PA 3FZLA 3ID8A 4BC4A 5AQHA 2HMPA 3VEOA 1ZXOA 3VF4A 2PAVA 3M1FA 4AM7A 4BRFA 3WQUA 4K42A 3MCPA 4CZLA 4CBUA 1LOTB 1NGHA 4CJ7A 2ZGYA 2FXUA 3H46O 5KQ8A 1OKJA 3TPQA 3O1WA 2E1ZA 3JS6A 1E4GT 3RSEA 3L4IA 4WQ5A 4K41A 2ITMA 2P9KB 5AQRA 5BPNA 3ZX3A 5LY3A 1G99A 3H45C 2W40A 4H03B 2YI1A 2FSNA 3UE5A 3H1QA 3GL1A 3L0QA 3FGUA 1R59O 2QWNA 4A2AA 4B1WB 1V4TA 1GLCG 4M7YA 3A5OC 1T44A 1JCEA 3FR0A 3SMPA 1T6DA 4YDUA 3R8EA 5I9EB 2VYPA 5BRHA 1Z05A 3FFKB 4JAXA 5FPEA 5AQZA 1LCUA 4BRGA 4IZ9A 3ZX2A 4GY2B 4BG8A 2A42A 2V7ZA 1IJJA 2NZTA 3AY9A 4BGAA 2CGLA 1XC3A 4F9OA 5ADXH 1NGJA 3KVGA 1DKGD 4BG9A 5AZIA 1GLLO 5BRFA 5JMVA 4GNIA 5JICA 1BWFO 5JLFA 1JCGA 4YDUC 3VF2A 2QW9A 3FLCO 3FZMA 2E2PA 1RFQA 4DCHA 1RGIA 1T6CA 4HWIA 4L3QA 3UB5A 3QDKA 2J4RA 2HF4A 3SMSA 3VGKA 1K8KA 4B1YB 3CJ7A 3C7NA 1TYQB 3VENA 3RSEB 4WYBA 4CZEA 1JCFA 3VF6A 2A6AA 4PL8A 3WEEB 3VETA 4Z94A 4XH1A 2QWRA 5EXWA 5AQNA 5FPDA 3A5MC 5E26A 3D2FA 2E2NA 4IJAA 4MO5A 3VEVA 3BEXA 2ZGZA 1GLEG 3GG4A 2A40A 1V4SA 4H0PA 3A0IX 2A3ZA 5ELZA 3VGLA 1C0GA 4H0XB 3UKUA 3WXLA 1NGDA 3D2EA 2P9IB 1QZ5A 3EO3A 1BA1A 2QWLA 4MO4A 2D0PA 1MWKA 1NGFA 1NMDA 5EX5A 1SQKA 3BP8A 5AQKA 2AA4A 5AQWA 3C0BA 4RTFD 2E8AA 2P9LB 2YCHA 3ULEA 4CZKA 2GWJA 2QWOA 3HSCA 5AZJB 1HUXA 4ISFA 3QFUA 1ZBSA 3FZKA 1BUPA 4ISGA 4BROA 5AQVA 1BOTO 4QS7A 5AQTA 4H5RA 3ZEUB 1ZC6A 1H1VA 5B8HA 3W3DA 1BA0A 2BTFA 1NM1A 1RDWX 3WT0A 3CHWA 3H1VX 5BPLA 1HJOA 1ATSA 1K8KB 4Y0WA 1YAGA 2CH6A 2D4WA 2YHWA 3IUCA 4B9QA 2E2OA 1DEJA 3CETA 4BRHA 5F2RA 5AQSA 3O6WA 1KAZA 4BRCA 3I8BA 4A62A 5BN9A 2E1YA 3DWLA 2P9PB 3D7EO 3M6GA 3OHRA 4BC3A 1NGEA 5ADXA 2P9IA 1MWMA 1D4XA 1SAZA 3ENOA 1S22A 3A5NC 4I6MA 1NGIA 1CZAN 2YHXA 2YJEA 4O5FA 4B1VA 4BRKA 2E88A 2A41A 5LJWA 3MMVA 3WUHA 4CZJA 5BN8A 3ENHA 4CD3A 4JNEA 1TUUA 4WQ4A 2CH5A 2HOEA 4FO0A 2Q0UA 3CJ9A 5BPMA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3OYHA 3SAHA 4JLHA 2GX9A 4CHPA 3U6FA 5KPRA 2GV9A 3SQ4A 4IO8A 1EETA 3ENBA 1CZBA 3LDLA 2DFFA 1GOCA 3RRGA 4IDKA 1BO5O 3SUQA 1HQEA 2EX3A 4F8RA 1VQMN 4N47A 1TL1A 3HXMA 2IIRA 5CYMA 5KRSA 2A1RA 4BR5A 3PV8A 4DFJA 3BUZB 3I8DA 5DK5A 1EP4A 3AGKA 3O9RA 5AQIA 5CY4A 5AQUA 1X3NA 4JHDA 2GEMA 1Q86O 4DU3A 4PL7A 2P9UA 3UKRB 3ULEB 2OYQA 1XNRK 2YHYA 4AHTA 4OLAA 5JS2A 3KWGA 4CEDA 3K5OA 2YHAA 3AA4A 3QBXA 1IKVA 3MN5A 5AQFA 3SCXA 3O4WA 3TI0A 2E20A 2P9SB 3LDSA 1NOYA 2O8CB 4JI3K 2P9KA 3SLCA 2D0CA 4JK7A 4HTUA 4FK4A 1NKBA 4KREA 5J2NA 2PFUA 1LWFA 3CERA 2JWLA 4BRDA 5DMRA 1FK9A 2ZE2A 3MN9A 3UKUB 4Z4HA 2UXCK 2ASPA 1RDBA 5TKWA 5KPZA 2G8VA 1SS6A 2X74A 4JI2K 1S1VA 2E4LA 3KKRA 3MDQA 4CERA 4RW8A 5BR8K 5LMNK 2Z1JA 2ZQBA 1WLJA 2QKKA 3DLKA 1LW2A 3VQ6A 1WSIA 3SK3A 4MLHA 5C2DA 2BUPA 4GW6A 5C10A 1KLNA 5LJVA 3G0ZA 1U04A 3C6AA 3OS2A 1VSKA 3VEYA 4XH4A 3HZ6A 3SQ1A 2IVPA 1SUQA 2KLAA 2PZSA 1KAYA 3LANA 2P1JA 4H0OA 2KKZA 4ISEA 3VESA 4E7HA 3AVCA 3WEEA 4BRMA 2VG6A 3I55N 3WXIA 4CJVA 4CBWA 3NBPA 3IMXA 3O9SA 3FZHA 2O8EB 1QZ6A 3TU5A 3SYZA 2JWKA 4PKIA 1YJ9N 4DSIA 1YXQA 4BY9C 5AQXA 1WB9A 4B9NA 4B8CA 3JAMO 2Q97A 3P1GA 3EEQA 1HX1A 4RCHA 1NLVA 5FROA 4CHOA 4AF1A 5FDLA 2V52B 2QWMA 5FPNA 2F9TA 3VN5A 4CZIA 1BU6O 3VEZA 1TUYA 4FVUA 1NGGA 3Q7CA 4KRFA 4YOXA 1XC9A 4EFHA 4JKGB 3FE1A 4DG1A 2ASOA 3ZT2A 3HTVA 2ATQA 4JI4K 4OJRA 3PIOL 3SBGA 1NK9A 1KAXA 4DSLA 1U6ZA 3DLGA 1HNVA 4J2BA 4CHNA 3GDQA 3U3YA 1QS4A 1RDUA 5CR4A 3IFRA 4DLEA 3AO2A 4CFAA 2WONA 4H5VA 3WXJA 4XEIA 2GUIA 2FF3B 3ZSYA 4FL9A 4W5OA 1S9EA 1M90O 1BDGA 3KIOA 4FXDA 2OANA 3THVA 1JLEA 5E41A 2B4JA 4RW9A 4FWNA 3AA5X 4C8NA 4JS5A 4CZGA 3AVBA 1W7AA 4KI6A 4C8MA 1NBWA 4WFBL 3OYCA 1L3UA 3MWPA 1YVNA 4PKGA 1ESVA 4CEZA 1VSHA 3KJVA 2EHGA 4H0VB 1TK5A 3HYFA 1E3MA 3HT3A 1P8ZA 3Q7BA 5J2PA 1SL0A 3R1XA 4O4GA 5C42A 4YOUA 2DFHA 4N5SA 3ZEUA 4DTUA 1MA9B 3EZ5A 3H3NO 5SWMA 3CYGA 1FJGK 4FWOA 1JXBA 4FWKA 3ZSOA 4EAHD 5KRTA 3O1BA 2H3GX 1VRUA 3F2KA 4JKBA 2RHKA 3H08A 4N76A 4E3SA 4B9MA 1BQMA 3U9ZA 3RMBA 4BRQA 5BRDA 4M42A 2FBTA 4LSLA 1S3XA 4QOZB 3NDKA 2ASMA 2IAJA 3M8QA 1BHLA 1G15A 1UAXA 1UOCA 4DTSA 2HHUA 3VF4A 4FJLA 1NGHA 4PY5A 2FXUA 4HCBA 3H46O 1KQSM 3TPQA 3M8PA 4NYFA 1GOAA 1N5YA 4H4OA 3CCEN 3OA9A 4CF1A 4WQ5A 2ITMA 5AQRA 3H45C 4H03B 3CF5L 4DV6K 2F96A 3H1QA 5HBMA 1R59O 2YNIA 2QWNA 5C25A 3CMAN 3NVMA 1T44A 3FR0A 3SMPA 4PQUA 3ZSVA 3NE6A 4KHSA 5I9EB 5BRHA 5M1FA 4C8KA 3HPOA 3DRSA 1VQKN 2VQEK 5FPEA 4A5BA 4YORA 4CECA 5JS1A 4IFYA 4LF9K 2A42A 2ZJPL 1J5EK 3LWLA 1J5OA 2HBLA 1RBUA 4KO0A 3OYBA 5AZIA 4CHZA 5JMVA 5HP1A 2JGUA 3QNOA 3DYAA 3ZT1A 4V19S 1ZYQA 1LW0A 4YOVA 4CGJA 3PSFA 1BWFO 4OGCA 4ICLA 3VTHA 4AQYK 3NVKA 4DCHA 4FZYA 4HWIA 3KKSA 2WBNA 3QDKA 4CF2A 3M8SA 3L2RA 4E7IA 3THWA 1K8KA 4B1YB 3C7NA 1TYQB 4ID1A 3V9UA 4WYBA 1IBLK 3VQEA 4CZEA 1QE1A 3TSQA 5KTQA 4DV0K 5EXWA 5FPDA 5E26A 3D2FA 4IJAA 3ZT0A 3TR8A 1N36K 2ZGZA 4YOWA 2A40A 3C6UA 1VQ5N 2O8FA 4A5AA 4CJ5A 2QK9A 4NCAA 1NK5A 2GBZA 1A5WA 4H0XB 4OPKA 5FLXO 3TAPA 4CIEA 3DI6A 3WXLA 4AHCA 1XWLA 3G4SN 3AVLA 1RTHA 4ILJA 1NGFA 5EX5A 5AQKA 4JRQA 3C94A 3KLIA 4GVMA 2UU9K 3I56N 1HJRA 3NF9A 1JXEA 2P9LB 4XIUA 1YTAA 4CZKA 3HSCA 5FRNA 4ISFA 4LSNA 3CFRA 2O8CA 1YIJN 1BUPA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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