2PBDA

Ternary complex of profilin-actin with the poly-pro-gab domain of vasp*
Total Genus 120
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
120
sequence length
371
structure length
359
Chain Sequence
b'TTALVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPRHSYVGDEAQSKRGILTLKYPIEGIITNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPTLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNVPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVLDSGDGVTHNVPIYEGYALPHAIMRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFVTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFENEMATAASSSSLEKSYELPDGQVITIGNERFRCPETLFQPSFIGMESAGIHETTYNSIMKCDIDIRKDLYANNVMSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWITKQEYDEAGPSIVHRKCF'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords Actin, alpha skeletal muscle
molecule tags Structural protein
source organism Homo sapiens
publication title Structural basis for the recruitment of profilin-actin complexes during filament elongation by Ena/VASP
pubmed doi rcsb
total genus 120
structure length 359
sequence length 371
ec nomenclature
pdb deposition date 2007-03-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.30.36.70 Mainly Beta Roll Actin; Chain A, domain 2 Actin; Chain A, domain 2 2pbdA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2pbdA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2pbdA03
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 2pbdA04
1NGAA 4FWLA 2HOEA 2Q36A 3BP8A 3EKSA 5AQFA 1HPMA 3CQXA 2HF4A 1R59O 4DCHA 1MDUB 5TKYA 3ZEUA 3C7NA 3GL1A 5EOYA 1BDGA 2GUPA 3ZX0A 5AQNA 1MWMA 1BA1A 2CH6A 1GLJO 1NGCA 1GLDG 4FOEA 3VETA 1T6DA 3FZHA 4O8KA 3DXMB 3JXUA 4B1WB 1GLBG 3M3ZA 1C0FA 4DHYA 3O8MA 1GLEG 5AQYA 5FPNA 4NB4A 4A62A 1GLAG 4FWSA 3H6EA 5JLHA 1YUWA 4B1ZA 4MO4A 2QWRA 5CE3A 1YXQA 3VGMA 4XH4A 1HKCA 3ULEB 3LM2A 1NGDA 3CJ1A 4JHDA 3ULEA 1X3NA 3VEWA 3CJ7A 4BRDA 1RDWX 4XEIA 1RFQA 4PKGA 2P9PA 4PKIA 3H3OB 3W3DA 3LDOA 4CD1A 3IUCA 3O1BA 4YDUC 4BC5A 3H1VX 4M7XA 2CH5A 2YHYA 1NM1A 2NLXA 3ID8A 3HTVA 3O5BA 4H0OA 5AQRA 4CI6A 4B1VA 1WOQA 3R9PA 1HLUA 2IVNA 4BC3A 3EN9A 2IVPA 1TUUA 3DXMA 3A5NC 1T44A 4JD2A 3VF4A 1K8KB 4M63C 1JCFA 2P9IB 2ASMA 3BEXA 1EQYA 4ISEA 1U6ZA 2E2OA 5BPNA 4RTFD 4BRNA 2BUPA 1JCEA 2D0OA 5AQKA 5JMVA 4XH1A 5KQ8A 2FXUA 5KPZA 3CERA 3RSEB 5AQGA 5BPLA 4AM7A 3LL3A 1XUPO 3WQUA 3A5MC 3I33A 3H3NO 5BRFA 4CJ7A 3UKRB 2ITMA 3D2EB 3U4LA 4BVOA 3F9MA 2NRHA 5AFUH 5AQLA 4CZJA 2A41A 3VEOA 2Q0UA 3CETA 2FSNA 3H1QA 2P9UB 5BRHA 4EFHA 5JICA 5LJWA 3KVGA 3M1FA 1G99A 4A61A 3HM8A 4CZMA 1BO5O 2Q97A 3MN9A 1NGBA 4XH5A 4FWPA 1D4XA 1BA0A 3QFUA 4BROA 1V4SA 2PAVA 4FWKA 1Z05A 1BOTO 2IVOA 4ISFA 3R6MA 4EHTA 4GY2B 3L0QA 3WEEA 2I7PA 4BRKA 1LCUA 4BREA 4BGBA 1KXPA 3ATUA 1YAGA 3R8EA 3L6QA 5BN8A 1S22A 4BQLA 2E1ZA 4FWMA 3CJCA 1Y64A 5F2RA 2KHOA 3JS6A 2D1KA 3CJAA 1TUYA 2YI1A 5LY3A 1K8KA 4FPAA 3FGUA 1U2VA 2ASPA 2HF3A 3I8BA 4YDUA 1Q18A 4H0VB 2VYPA 5AQJA 4I6MB 3ATVA 5AQTA 5FPDA 2GELA 2P9UA 4BC4A 3VOVA 3CHWA 2VWBA 1ATRA 2F9WA 3WXIA 4K41A 1SAZA 3QBWA 1NWKA 3UKRA 3QB0A 1ESVA 3EZWA 4AM6A 4BR9A 2FF6A 2HMPA 1NMDA 2V51B 5EVZA 3VEVA 5AZJA 3SJHA 4PL7A 4I6MA 4JHDB 3MN7A 4A2BA 1QZ5A 2AA4A 3BF1A 1U2VB 1QQMA 1BU6O 1GLLO 4E1JA 3VPZA 3P4IA 2E1YA 1NGIA 3HI0A 1BG3A 1IG8A 3DXKB 5F1XA 4CBUA 2PBDA 4BGAA 1WUAA 2P9IA 4FL9A 4H0XB 2VCPA 3L4IA 3BF3A 3KZBA 2E2NA 1GLCG 5BR9A 4BRLA 3FZKA 4EHUA 2W41A 4WQ5A 2FF3B 3TU5A 4LC9B 2ZGZA 4CBWA 4RWTA 4K43A 2ZF5O 1Z6RA 3U8XA 4H5RA 3WXLA 3U9ZA 4MLEA 2NZTA 3VESA 1NGJA 3DWLA 4WQ5C 4MLHA 3C7NB 2YJFA 3O6WA 4BRCA 5AQUA 3UE5A 4IWVA 4Z94A 4DB3A 2EWSA 4HWIA 4F9OA 4WYBA 4CZGA 4CZLA 1TYQA 5AQWA 4BRGA 2QWNA 2QXLA 3MN6A 3D2EA 3FZFA 2P9NB 4B1XB 3RSEA 2FSJA 5AQPA 3AAQA 4H5TA 4H0TB 2FLOA 4CZKA 2CGKA 2GWKA 4FOIA 3SLCA 4KBOA 2Q1NA 3UKUA 4Y0WA 3AY9A 5F0XA 4QS8A 2I7NA 2YHXA 2D4WA 3IMXA 5EY4A 2P9SB 4BR7A 2GEMA 3HZ6A 1ATSA 4JD2B 4JN4A 1DEJA 3CJ9A 4BRHA 2BTFA 1J6ZA 4H03B 5AZIA 3QICA 4CBXA 4FSVA 5KQDA 4PL8A 1MA9B 4BRQA 3VERA 3FZMA 3FZLA 2E8AA 3GBTA 3QFPA 3LM9A 3MMVA 1P8ZA 3G25A 2W40A 2OANA 1TYQB 4JAXA 4MO5A 3HSCA 4NO7A 5AZIB 3IFRA 1SZ2A 4EIAA 4B1YB 5AQIA 3ENOA 5ADXA 1NGEA 3FFKB 3GDQA 1KAYA 1E4FT 2QM1A 2P9SA 3EL2A 4QS7A 3MCPA 3LDQA 3O4WA 3SK3A 3FR0A 3SMPA 5EX5A 3UKUB 3WT0A 1QQNA 3VEXA 4CZIA 4BR0A 1RGIA 3A0IX 3LDNA 4BQZA 3OHRA 3W0LA 5AQVA 2QWPA 5BPMA 4K42A 4B9QA 3M6GA 2P9NA 4JNEA 1E4GT 4WQ4C 2Q31A 1BWFO 1MWKA 5AQHA 3VEZA 2A5XA 4BC2A 5AQMA 2V7ZA 1X3MA 3J8AA 3C0BA 2V7YA 2P9PB 4CZFA 3DXKA 5AQXA 3WXJA 3QBXA 4CD3A 4FWNA 4O5FA 4FWRA 2FSKA 3D7EO 3IDHA 2WUSA 4BRPA 1HKBA 2P9LA 4DQ8A 3TPQA 2UYTA 2A40A 4BRFA 3HBTA 3MN5A 4H5NA 1KAZA 3VGKA 2CGLA 2Q0RA 1ZBSA 4IJAA 3VF2A 4BRAA 1YVNA 2A3ZA 2P9KB 1DKGD 4C23A 1HX1A 4ISGA 5FPEA 2YJEA 1JCGA 1NLVA 1X9JA 3ZX3A 3H45C 1LOTB 1C0GA 2GTDA 5AR0A 3ZETB 3VENA 4FPBA 4WQ4A 4B1UB 1T6CA 3LDPA 1OKJA 4GNIA 1HKGA 3EO3A 1QZ6A 4HTLA 3MK6A 3O1WA 3VEYA 2ZWHA 4EAHD 3O80A 4BVPA 5I9EB 5AQOA 4A2AA 5ADXH 3ZEUB 3GE1A 4H0PA 3ZETA 2A6AA 1NGFA 2F9TA 4IZ9A 5B8HA 1S3XA 3ENHA 5AQQA 3DAWA 2P9KA 1KAXA 3KHYA 1QHAA 4FWOA 1NBWA 2V52B 3D2FA 5AZJB 3WEEB 3GG4A 3VGLA 4CZHA 3VF6A 5ELZA 4RCHA 5AFUA 4IJNA 5BREA 1HJOA 4BR5A 2YCHA 2P9LB 1ATNA 2Q2RA 3AARA 2ZGYA 3CIPA 1XC3A 2QWOA 3U9DA 1HUXA 4QS9A 2H3GX 3GOIA 1ZXOA 4CZEA 3WXKA 2QW9A 1GLFO 1NGHA 4BR4A 3WUHA 4IO8A 1ZC6A 4H0YB 4FWQA 4BRMA 3FLCO 5BN9A 3WQTA 3LDLA 4IXCA 4BG9A 1IJJA 2GWJA 3FE1A 2QWQA 1BUPA 4BRIA 5E84A 3A5OC 3CJBA 1DGKN 2E2QA 3S41A 3CI5A 5AQSA 3ZX2A 5KPTA 3AAPA 2E20A 2ASOA 3A8YA 2E88A 4J8FA 3CQYA 3B8AX 1H1VA 3MDQA 4FO0A 3SMSA 3QDKA 3EKUA 5LJVA 3A5LC 2J4RA 4H5WA 3O08A 3UB5A 2A42A 5JLFA 2DPNA 2AP1A 5FPMA 1XQSC 4BG8A 1V4TA 2D0PA 2QWLA 5BRDA 1QQOA 2CGJA 2QWMA 3BUZB 1CZAN 4M7YA 5E26A 4PKHA 3H46O 2E2PA 1NGGA 4L3QA 5KPRA 4K25A 4BR2A 3DJCA 1SQKA 2YHWA 5EXWA 3QMLA 3D2FB 4H5VA 2IIRA 5AQZA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1NGAA 4WE1A 5J2PA 3AO1A 4YY3K 2HOEA 3BP8A 5GAHP 3OBWA 4DCHA 4CVNE 1BDGA 3ZX0A 2QXFA 4B9SA 1MWMA 4AHUA 4Z4FA 4FJKA 2IS3A 4CJSA 1GLBG 1RDDA 4JLHA 1EETA 2Y1IA 3KLEA 1JLCA 2FBVA 1FKOA 3DRRA 2NRWA 3NFAA 3P38A 1GOAA 4WFAL 1BGXT 1GLEG 3LP3A 3VMFB 1F21A 2UXBK 1L3TA 3MCAB 3E66A 5K14A 2RPIA 2WC9A 3OW2M 4B1ZA 4KTQA 2QWRA 5CE3A 3SUNA 1HKCA 3ULEB 2HNYA 5IT9O 3ULEA 1X3NA 1ZYQA 1U45A 2EHGA 1RT5A 3DOKA 4B3RK 3TAPA 1VQLN 4PKGA 2YNFA 4FK4A 3EYZA 4YDUC 4BC5A 1XHZA 3MX2A 3TABA 4M3ZA 1NM1A 3TANA 5BR8K 3ZSQA 1VQPN 3ID8A 4H0OA 1WOQA 1HLUA 2IVNA 1KVAA 3L3UA 4CJFA 1YJNN 1FW6A 1KTQA 4JD2A 3VF4A 4YOUA 4Q5VA 2HHWA 1JLQA 4DQSA 1X9MA 2NRRA 1S1UA 4O0IA 1VSEA 2VGNA 5TKWA 3KLIA 1TL3A 1KC8O 4FK0A 4KHYA 4XH1A 5FLXO 1U04A 4FVMA 4MDBA 4H8KA 1XUPO 1A5XA 4OGEA 5BRFA 3D2EB 3LP0A 2ZJPL 2NRHA 4CJRA 3OA9A 4XIUA 2IAJA 3LZJA 4IEEA 4GV6A 4R79A 3H1QA 4W5RA 1Q82O 1NK8A 3R1XA 1ASUA 4DTNA 4B3MK 4N76A 3HM8A 3VQ8A 2ZQBA 3UIQA 3MN9A 4XH5A 3TI0A 4BROA 3ALYA 1V4SA 3G0ZA 5J1EA 4DR7K 1KD1O 1J54A 2IVOA 3R6MA 4OLBA 4HVJA 2VG6A 2I7PA 3T7ZA 4F8RA 4QOZB 1QQCA 3HXMA 1JLEA 1Y64A 1GOBA 1KVCA 4NCGA 1NK7A 2YI1A 1N5YA 1K8KA 1NK0A 4FPAA 2JWLA 3J7ZO 4LFCK 4H0VB 5AQTA 3ATVA 2NNWA 5FPDA 4X65K 2WTUA 2OA8A 2BH1A 4BECA 1IKWA 4BC4A 3MEGA 1X9SA 4FJHA 4GVEA 1M90O 3V1RA 3K57A 3CFRA 3V4IA 3QBWA 3UKRA 4YOYA 4BR9A 2FF6A 1RT3A 1NMDA 2HMPA 4IDKA 3VEVA 3OS2A 3M8RA 4AILC 1U47A 3L2UA 4I6MA 3S3OA 4HUEA 1S1XA 4JI7K 3MN7A 3MX5A 5HRPA 4DWIA 2E4LA 3KK3A 1YHQN 3AVIA 3D45A 3DMJA 2HBJA 1T03A 3DOLA 2P9IA 4DU3A 1RCHA 2VCPA 4CGFA 1T3VA 3C6AA 1EKEA 3SAHA 2OTLN 4F2SA 3LPTA 3CD6N 1GLCG 5BR9A 4LC9B 4EP5A 1YI2N 4CFDA 1Z6RA 3O3FA 1NU0A 1TKDA 1WBDA 1BL3A 2O8FA 3PLAA 1NG9A 2NZTA 1NGJA 3HM9A 4YOVA 4BE2A 4DFMA 1NNEA 2YJFA 3O6WA 4JV5K 4B9UA 1EP4A 5C42A 5AQUA 4ZHRA 3EY1A 1L3UA 2QKKA 2EWSA 4F9OA 3NH1A 1VQ4N 4WYBA 3AVFA 2HNZA 4JKDA 3CC7N 1RDCA 1CXQA 5AQWA 4BACA 3K59A 2UUCK 3AVKA 1NJZA 3FZFA 1K73O 2BE2A 3V9XA 3S3NA 1TK0A 4EP4A 3CFPA 1JJ2M 3VQ5A 4M45A 1LW0A 4BDYA 1W2BM 4CZKA 2G8KA 4FOIA 2VG7A 4B9NA 3UKUA 2I7NA 3LP2A 2OTJN 4CJEA 2C1IA 4BRHA 5AZIA 4CEFA 3OYBA 2W6LA 4M3TA 4CHQA 1RTIA 3OYLA 1VQNN 5KQDA 2X6NA 4KTZA 4PL8A 4YOWA 3VERA 3FZMA 2O8BA 3QFPA 4IOAL 3MMVA 4E3SA 1BI4B 2ZD1A 4JAXA 2KTQA 4OPKA 3KJVA 4KAZA 1J5EK 4KV8A 4KKOA 3TSUA 2YX6A 4CJ5A 3CPWM 4DUZK 1S6PA 4JYAK 4QS7A 3O4WA 3SK3A 3CM6A 1YTUA 4CK1A 4DSLA 5I42A 1DT9A 2Z1IA 4BQZA 1RGIA 3LAKA 1XNQK 3VTIA 1QS4A 4B9QA 3M6GA 2YHAA 4JNEA 1IG9A 1JL2A 3ZSRA 3OYEA 4PA1A 1EXQA 1BWFO 2UUBK 1FJGK 3BZKA 3VEZA 2WOMA 2A5XA 4ILGB 2V7ZA 3PX4A 1X3MA 3EE9A 4M3UA 4JK8A 3SCXA 1IH7A 3RTVA 4AHSA 3D7EO 4BRPA 2P9LA 4OGCA 3TPQA 2A40A 3QEPA 4KREA 1ZBSA 3G4SN 3F9KA 4DUYK 2QI2A 3H08A 5CHIA 1YVNA 4IKFA 1DKGD 4ISGA 1KFDA 2YJEA 1NLVA 1KLNA 3Q7BA 4EZ9A 4CE9A 2GTDA 3HL8A 3OYCA 3AO4A 4ID5A 1RT7A 3WNHA 2VWJA 1RT4A 3CF5L 1OKJA 4GNIA 1U48A 1WSFA 3O9SA 4HTLA 3O1WA 3VEYA 4EAHD 4CJWA 5I9EB 4A2AA 3ZEUB 3ZETA 3FFIA 2F9TA 2KZMA 4IFVA 3C95A 3MEEA 1HNXK 3DAWA 1XHXA 1QHAA 3NVKA 1NBWA 2V52B 4N47A 3NH2A 4FJ5A 5GAEP 4CZHA 4N41A 3VF6A 4CEDA 3KKRA 5AFUA 1HJOA 4BR5A 3BGRA 2Q2RA 3SUPA 2IGIA 2BGGA 4CF8A 4JKGA 2H3GX 3GOIA 5CYMA 5HL7L 1KSPA 3WXKA 3AO3A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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