2PBDA

Ternary complex of profilin-actin with the poly-pro-gab domain of vasp*
Total Genus 120
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
120
sequence length
371
structure length
359
Chain Sequence
TTALVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPRHSYVGDEAQSKRGILTLKYPIEGIITNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPTLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNVPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVLDSGDGVTHNVPIYEGYALPHAIMRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFVTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFENEMATAASSSSLEKSYELPDGQVITIGNERFRCPETLFQPSFIGMESAGIHETTYNSIMKCDIDIRKDLYANNVMSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWITKQEYDEAGPSIVHRKCF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Structural protein
source organism Homo sapiens
publication title Structural basis for the recruitment of profilin-actin complexes during filament elongation by Ena/VASP
pubmed doi rcsb
molecule keywords Actin, alpha skeletal muscle
total genus 120
structure length 359
sequence length 371
ec nomenclature
pdb deposition date 2007-03-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.30.36.70 Mainly Beta Roll Actin; Chain A, domain 2 Actin; Chain A, domain 2 2pbdA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2pbdA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2pbdA03
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 2pbdA04
4BRQA 3LDOA 1GLEG 3D2EB 1ZC6A 4BQZA 4BR9A 3I33A 5AQOA 2YI1A 5AQQA 5BPLA 3SLCA 3UB5A 3LM9A 4XH5A 3L4IA 2CGKA 2P9SA 4E1JA 4K42A 4EFHA 5AQVA 5AQRA 3O5BA 2A42A 5LJWA 1QZ5A 2E1ZA 4WQ4C 3QFPA 5EXWA 3VPZA 3VF2A 4KBOA 3BF1A 1HKCA 3P4IA 3AAPA 4JD2A 4JD2B 3WXLA 1OKJA 4I6MA 2Q97A 4MO4A 2FF6A 5AQUA 1XQSC 5AQMA 3A8YA 2IVOA 2DPNA 3HZ6A 3ATUA 3VOVA 2A41A 3U9ZA 3HBTA 1NGIA 5KQDA 3UKRA 3A5LC 3KVGA 3ID8A 4HWIA 5ADXH 5AQNA 3VEZA 3O1WA 3A5OC 2ASMA 4BR0A 3MCPA 3U8XA 3WQUA 5AQZA 2GTDA 4FWMA 3FZFA 4CZIA 3SMPA 1U2VB 5FPDA 5ADXA 5BREA 1GLFO 1EQYA 4PL7A 4H0OA 4FWLA 1S22A 1TUUA 2E20A 3O4WA 4CZLA 3ZEUB 5EX5A 5F0XA 4M7XA 3IUCA 4B1WB 3H46O 3IMXA 5JLHA 4K25A 1BG3A 3L6QA 4BRGA 4IO8A 3VGLA 4C23A 2P9NB 4GY2B 3FE1A 1GLAG 4PKGA 4MO5A 4MLHA 4H0XB 5JLFA 2E1YA 4A2AA 2P9UB 3F9MA 3R9PA 3RSEA 4BR2A 4BRIA 4CD3A 3EKSA 3AAQA 2IIRA 2P9LA 2QW9A 1QQMA 3VEYA 1ATRA 2P9LB 4CJ7A 3O08A 1ESVA 3O8MA 4JNEA 3CJ9A 3H1VX 2AP1A 4JAXA 5AQKA 4BG8A 2FSNA 2PAVA 4DB3A 3VEVA 1SQKA 1NGAA 1TYQB 3WXIA 5BPMA 1GLDG 1JCEA 1D4XA 3HTVA 4FWNA 1BA1A 4YDUA 4EHUA 3CQYA 4YDUC 4H0PA 3WEEB 3MK6A 4BRPA 3WQTA 1BO5O 4BC4A 2H3GX 1NGBA 2V7ZA 1NGDA 3VF6A 3FZHA 2GUPA 2E88A 4IXCA 5KPZA 3ULEA 3R6MA 2D4WA 3ULEB 5I9EB 5AZJA 1NWKA 4CZKA 1SAZA 3D2FB 2QWOA 4CZGA 1NGEA 2V52B 4GNIA 1DKGD 2P9KB 1MWKA 4B1YB 4BRHA 4BR5A 2IVPA 3R8EA 3D2EA 4XEIA 2E2NA 3GOIA 5B8HA 3MMVA 5AQPA 3A5NC 4RCHA 1YVNA 2HOEA 2ZGZA 3CJ1A 4IWVA 1Y64A 3FR0A 3WUHA 1KAXA 3H6EA 1NLVA 3L0QA 1Z6RA 2ASOA 3UE5A 4EIAA 5ELZA 3DAWA 3EL2A 4M63C 4WQ4A 4O5FA 4CI6A 1MDUB 2CGLA 3VESA 3CQXA 4BVPA 3DJCA 5FPNA 1NGGA 2QWPA 3UKUA 5E26A 4BVOA 3UKUB 3CJCA 2YJEA 4BRMA 1CZAN 4PKIA 2Q1NA 3W3DA 2QWLA 1X3MA 5BRHA 2EWSA 2BUPA 3I8BA 3MN6A 2D0OA 1YAGA 3FGUA 1BU6O 1RGIA 3GDQA 4IZ9A 3ZX3A 4CZMA 3CJ7A 4BROA 3H3NO 4HTLA 3CERA 5JICA 3B8AX 2YHXA 2P9PB 5BRDA 2ZWHA 1HLUA 4Z94A 2AA4A 2F9TA 2FSJA 5AZIB 4FWPA 1YXQA 2YJFA 4PKHA 5AQGA 5BPNA 1BA0A 3LDQA 3G25A 1U2VA 1BWFO 3BP8A 3VENA 4BGBA 5AQFA 2I7PA 4RWTA 5AQSA 1Z05A 1V4SA 3BF3A 1LOTB 2Q0UA 3ZEUA 2WUSA 4BRDA 2YHYA 3SMSA 5FPEA 3TPQA 4PL8A 1GLJO 1K8KB 1JCFA 5JMVA 5KPTA 4FPBA 5AQXA 3FLCO 3CJBA 2ITMA 2QXLA 1MA9B 5E84A 2P9NA 1ZBSA 2F9WA 3QFUA 2ASPA 2CH5A 4QS7A 3LDLA 2P9UA 1XUPO 3WXKA 5EY4A 2ZGYA 3SK3A 3WXJA 4BGAA 4BRLA 1TUYA 4QS8A 1R59O 1QQOA 3GG4A 4XH4A 5EVZA 3CETA 5LJVA 1J6ZA 4FSVA 4NB4A 4DQ8A 1NGHA 3U9DA 3MN9A 2HF4A 1YUWA 1TYQA 2YCHA 3FZLA 3QMLA 4H0VB 5AFUH 4A2BA 4ISFA 5AQHA 4CZEA 3QB0A 1KAZA 1ATSA 5LY3A 3EO3A 3S41A 4H03B 2Q2RA 4FWQA 3WEEA 3DXMB 5AFUA 1BUPA 4BC3A 2W41A 4A62A 1X9JA 3A5MC 1HX1A 3GE1A 1GLLO 3GBTA 1HPMA 2IVNA 4LC9B 2A6AA 4H5RA 3SJHA 4H0YB 2GWJA 1WUAA 4DCHA 1T6CA 5F1XA 2Q0RA 4CZFA 1RDWX 3BUZB 3CIPA 3D2FA 1E4FT 4XH1A 4BQLA 3M6GA 3O80A 4FWRA 2P9KA 4BG9A 5AQLA 5TKYA 4JHDB 5AR0A 4AM7A 1HJOA 4CZHA 2A3ZA 4BREA 3O1BA 4FWKA 4H5WA 1RFQA 2ZF5O 3CJAA 2QM1A 4B9QA 2KHOA 3ZETB 4CBUA 1HKGA 4CBXA 3EZWA 2A40A 5AQJA 2QWMA 4F9OA 3M1FA 4H5VA 1NMDA 2BTFA 3CHWA 4Y0WA 3HSCA 3OHRA 4IJNA 3U4LA 3QBWA 4FOEA 2P9IA 5AQTA 4RTFD 2P9IB 1DGKN 2V51B 5BN9A 5F2RA 4AM6A 1C0GA 4DHYA 1QZ6A 3D7EO 3VEOA 3O6WA 1IG8A 3JXUA 4BC2A 4H5NA 1JCGA 2YHWA 4B1ZA 2CH6A 3JS6A 4FOIA 3ENOA 1C0FA 4BRAA 2P9PA 2P9SB 3A0IX 4JN4A 4FO0A 3ATVA 2FLOA 3MDQA 1H1VA 3FZKA 1S3XA 1ATNA 4FWSA 5BRFA 3H1QA 2GWKA 1NGCA 5AZIA 4QS9A 4WYBA 2Q31A 1BOTO 4MLEA 1SZ2A 3HI0A 1LCUA 3EN9A 5BN8A 4BRFA 4I6MB 4H5TA 5KPRA 4J8FA 1QHAA 2NZTA 2E2OA 1G99A 3QBXA 4ISEA 2V7YA 1NGJA 1K8KA 2Q36A 3BEXA 3C7NA 3UKRB 1HKBA 4EHTA 3C7NB 4NO7A 2I7NA 3FFKB 2VCPA 1DEJA 3VEWA 3VETA 4K41A 4BRNA 2GELA 3M3ZA 5CE3A 3LDNA 2QWQA 1QQNA 3KZBA 4BC5A 1GLCG 3VGMA 1KXPA 4A61A 2VWBA 3QICA 5AQWA 4BR7A 4IJAA 5EOYA 2OANA 2J4RA 3VERA 2QWRA 2E2QA 4FPAA 4L3QA 3DXKA 3MN5A 3J8AA 4FL9A 2A5XA 3ENHA 2VYPA 3DXKB 1GLBG 2E8AA 3KHYA 4CD1A 2FSKA 3GL1A 3EKUA 2CGJA 3QDKA 5KQ8A 3CI5A 1E4GT 3ZX2A 4WQ5A 4FWOA 2HF3A 3C0BA 4WQ5C 2E2PA 4ISGA 2HMPA 3IFRA 3DXMA 2D0PA 3RSEB 5AQIA 3DWLA 4CZJA 4BR4A 1XC3A 5BR9A 3HM8A 4M7YA 1NGFA 3LM2A 2NLXA 4BRKA 1IJJA 3FZMA 2D1KA 4B1UB 3H45C 3LL3A 1MWMA 3MN7A 2GEMA 4K43A 3VF4A 2FF3B 4CBWA 2PBDA 4O8KA 1P8ZA 1ZXOA 1NBWA 3VGKA 3WT0A 3H3OB 4JHDA 2FXUA 1HUXA 1U6ZA 1WOQA 3VEXA 2NRHA 2QWNA 4H0TB 1T44A 3ZETA 3LDPA 4BRCA 4EAHD 3AARA 1Q18A 1X3NA 1T6DA 2W40A 5AQYA 3W0LA 1V4TA 5AZJB 1NM1A 2UYTA 1BDGA 1KAYA 3AY9A 4B1VA 5FPMA 3TU5A 3IDHA 4B1XB 3ZX0A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3HVRA 2Q3SA 4B9NA 1GLEG 4A59A 1U47A 3OYEA 5M1QA 4CJ5A 3TAEA 5J2QA 3T1YK 3HO1A 1KFSA 4LH5A 1RDBA 4B9SA 3U6FA 1IO2A 3CQ8A 3UB5A 3LM9A 3ZLJA 3TAFA 5AQVA 2GUIA 4KHSA 4CHOA 1QZ5A 4WQ4C 3VPZA 2KKZA 1W2BM 2NRXA 3MXJA 3CXCM 4KBOA 3PLAA 3P4IA 2IC3A 4JD2B 3NH2A 4CJEA 3L2UA 4DSKA 2O8EA 3BGRA 3Q7BA 3HZ6A 2ZQBA 1DTTA 3SPYA 2NNWA 4KHUA 1HR0K 1A5VA 3CF5L 2Z1GA 3THWA 4ELVA 2D0BA 3AGRA 3O9QA 1EO1A 3RVCA 5C12A 3O1WA 3A5OC 1SL2A 4BR0A 2OPQA 1P90A 3MCPA 3HM9A 4CZIA 2DFHA 2RHKA 2XY8A 3AVNA 4W5RA 3C6TA 3AA3A 1S22A 4R5PA 4JK9A 2ZE2A 2G8FA 4BECA 4NLCA 3H46O 4LF5K 2YKMA 1UWBA 5JLHA 1BG3A 3RRHA 3TSUA 4IO8A 3VGLA 5CYMA 4C23A 2P9NB 4GY2B 4FCYA 2PFUA 3FE1A 4OPAA 2WTUA 3N4QA 2G8KA 4GW6A 4MO5A 3QEIA 1JLCA 4Z0UA 1ASWA 3CC2N 1LWCA 4CJSA 4BRIA 1JL1A 2P5OA 5C15A 2P9LA 4WE1A 4DSEA 4FXDA 1QQMA 4Q0BA 4DFMA 1ESVA 1Z25A 4M42A 1NU0A 4DUZK 3H1VX 1VSJA 2AP1A 3OBWA 4CECA 2FSNA 2PAVA 4LY7A 3KIOA 1NGAA 5BPMA 4BWJA 1GLDG 3SZ2A 3VQ7A 5HLFA 4LSNA 4M45A 2LSNA 5M1PA 1E3MA 4FVMA 4FLTA 3KTQA 1ZBHA 3V81A 2H3GX 2X74A 2Y1JA 3I55N 1XMQK 5HP1A 1RBTA 1RTDA 4QAGA 3O3FA 3CC4N 4IXCA 2KTQA 5HOOA 5C0YA 2D4WA 4DQPA 5AZJA 1OH6A 1WSJA 4XIUA 4JLHA 3SNNA 1RTHA 3D2FB 4CK3A 4BRHA 3QINA 4B3OA 1NKBA 5IT9O 3HOTA 2XY7A 4XEIA 2E2NA 3K5NA 3HYFA 4RCHA 3VQQA 3CJ1A 3T1AA 1KAXA 4FJ7A 1Z6RA 4OKEA 3CFRA 4LSLA 3DLGA 1SL1A 3VESA 1UOCA 4AHUA 3CQXA 5SWMA 5FPNA 1NGGA 5K14A 3RR7A 3C94A 4CGDA 3UKUB 3S3NA 4PKIA 2I5JA 2Q1NA 4FZYA 1XI1A 2BUPA 2D0OA 3GDQA 1RGIA 3CJ7A 1IH7A 1NJYA 3B8AX 2FBTA 2P9PB 1KVAA 4GVEA 5BRDA 2AA4A 2BE2A 4Q5VA 1UA1A 3AA4A 3DLLL 5KRTA 1WB9A 3E1YA 4PKHA 5AQGA 1YVUA 2QEXN 1WSFA 1TK0A 3BP8A 1SUQA 1HMVA 3IKMA 5AQSA 3ZEUA 1VSEA 4JS4A 3E01A 1KVBA 1K8KB 1JCFA 3OY9A 2VWJA 4FPBA 1YHQN 3FLCO 3CJBA 1QHTA 3G71N 4X66K 4NCBA 4IG0A 1ZBSA 4YOUA 2P51A 3SCXA 2ASPA 3RMAA 4K8XA 2CH5A 3VQDA 3SBTA 4E0DA 4RW7A 1CXQA 5EY4A 3SK3A 4BRLA 1S6QA 3QEWA 5HROA 1KD1O 4E7LA 4Z4EA 1J6ZA 4DQ8A 4FJ9A 2BANA 4KHNA 4C8MA 4GVMA 1U04A 3QMLA 3DLHA 4FM2A 3EO3A 4JKGB 3RRGA 3K2PA 3MCAB 3SQ4A 2WONA 5C24A 2W41A 1X9JA 4CEAA 5A2QO 5DM7L 1L3TA 4RW8A 2F8SA 2IVNA 4EZ9A 4AHVA 3KWIA 4LC9B 4KI4A 4H0YB 1WUAA 4DCHA 1T6CA 1A5WA 1E4FT 4YY3K 1RDAA 3M6GA 2P9KA 4I7FA 4CGIA 4FLYA 3THXA 4Y1DA 3EEQA 5AR0A 1NJIO 3BDPA 2A3ZA 3ZSVA 4E1NA 4W5OA 3TAQA 4DWIA 1RDDA 4AH9A 2QM1A 1VQKN 4UY8O 1OH7A 5AQJA 1IG9A 2QWMA 4F9OA 4H5VA 3CHWA 3U4LA 4CIEA 4OVLA 1LW0A 5AQTA 1VQ9N 4BE1A 3AA2A 5BN9A 5F2RA 3VQEA 4KV8A 4AM6A 4KHPK 3O6WA 1IG8A 3S3MA 1N6QA 4KI6A 4H5NA 4Z4IA 1BI4A 4CEOA 5AJ3K 4DV1K 3OW2M 3QEXA 4FOIA 1KLMA 3OYNA 3ENOA 2G8VA 3P38A 2IGIA 3ATVA 3HXMA 2XY6A 3ALYA 3CC7N 1K8AO 1Q9XA 1QSLA 1YT3A 1CZ9A 5BRFA 3H1QA 1NK6A 3CCLN 2GWKA 4CW7B 2G8UA 4A57A 1BOTO 4MLEA 5J2NA 1N5YA 1IBMK 1NK7A 3G10A 5KPRA 1VQ8N 4J8FA 1RT6A 1C6VA 4J2EA 2E2OA 4JKEA 2O8EB 4ISEA 5DMRA 5JS2A 1KVCA 4RW4A 5CZ2A 3BEXA 1GOBA 1HKBA 3TARA 4NO7A 3THWB 2I7NA 3PSIA 1DEJA 4LF4K 3VETA 5DM6L 4I9QA 2O8CA 4K41A 3TTCA 2HNYA 4JV5K 2X78A 3U3YA 4E7KA 4ZTFA 4OX9K 4MDAA 3IS9A 1KXPA 4DFJA 4IJAA 1YF5L 3PX4A 3VA3A 3AVHA 3LWMA 1RBUA 3PV8A 4FL9A 3MEGA 1RBRA 3KHYA 2XY5A 1I39A 1TAQA 5C2DA 2KLAA 5KQ8A 4GKKK 1SKRA 3ZX2A 1YJ9N 1TVRA 4FWOA 4QCLA 2HF3A 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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