2PBDA

Ternary complex of profilin-actin with the poly-pro-gab domain of vasp*
Total Genus 120
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
120
sequence length
371
structure length
359
Chain Sequence
TTALVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPRHSYVGDEAQSKRGILTLKYPIEGIITNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPTLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNVPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVLDSGDGVTHNVPIYEGYALPHAIMRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFVTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFENEMATAASSSSLEKSYELPDGQVITIGNERFRCPETLFQPSFIGMESAGIHETTYNSIMKCDIDIRKDLYANNVMSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWITKQEYDEAGPSIVHRKCF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural basis for the recruitment of profilin-actin complexes during filament elongation by Ena/VASP
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
molecule tags Structural protein
molecule keywords Actin, alpha skeletal muscle
total genus 120
structure length 359
sequence length 371
ec nomenclature
pdb deposition date 2007-03-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.30.36.70 Mainly Beta Roll Actin; Chain A, domain 2 Actin; Chain A, domain 2 2pbdA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2pbdA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2pbdA03
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 2pbdA04
3RSEB 1NGJA 4BG9A 3VF6A 1BO5O 4H5WA 1KAZA 1QQNA 4CZJA 4FPBA 3UKRA 1GLCG 4BRGA 1BWFO 1YUWA 4F9OA 2GEMA 5AFUH 2YHXA 1NGFA 1KXPA 4BR2A 2QWPA 1BA0A 3CQXA 5ADXA 4PKGA 4BR9A 5LJWA 1JCEA 2YHWA 4HTLA 3O5BA 3SLCA 3R6MA 4BRQA 4RWTA 1XUPO 4IZ9A 2E2NA 2GTDA 5JLHA 1ATRA 3QFPA 5AZJB 4E1JA 2ZGZA 4CD3A 3O8MA 4K43A 3GOIA 3VEZA 4C23A 2A40A 3IUCA 4CZEA 1HJOA 2E2QA 2VYPA 3IDHA 4BVOA 2QWMA 4H0TB 1QZ6A 4PKIA 1TUUA 3O08A 1GLJO 2PAVA 3FZMA 4O8KA 1BA1A 5BN8A 3H46O 3ZX2A 3TU5A 1GLBG 1BDGA 3ZEUA 1HKGA 2YJFA 1V4SA 4A62A 3DXKA 5EY4A 3MN7A 2CH5A 4ISEA 1WOQA 2NRHA 2QWNA 1HX1A 3BP8A 2GWKA 4Z94A 3UKUA 2QW9A 1U2VA 3VEWA 3WEEB 3D2EB 3L0QA 1ATSA 1K8KA 3MK6A 4BC5A 2PBDA 1MWMA 5F1XA 4WQ4C 2E8AA 4MO5A 5AQPA 4BC4A 4BRMA 2FSNA 2Q0UA 5E84A 4BC2A 4XH5A 1HLUA 5AR0A 4B1YB 3JXUA 5BREA 3A5LC 5AQJA 3VF4A 2HOEA 5AQWA 4BR4A 1DGKN 3S41A 4M7XA 3ZETB 2P9KB 1QHAA 3LM2A 3P4IA 3M6GA 5BN9A 3EN9A 1E4FT 3VPZA 4CZGA 3L6QA 3DAWA 4RTFD 1SZ2A 3A8YA 4I6MA 3ID8A 2E1YA 3ULEB 3VESA 3O6WA 4BQZA 5B8HA 1SQKA 4BGAA 2A6AA 3CJBA 1TYQA 4BRKA 1GLEG 1D4XA 3VOVA 1HPMA 2P9IB 4H0YB 3CJ7A 3JS6A 3VF2A 1NGAA 4JD2B 4FWSA 3FR0A 1CZAN 1NGHA 3SMSA 2J4RA 5BPNA 5BPMA 3QFUA 1GLFO 1RDWX 1TUYA 3ZEUB 2IVNA 4LC9B 3HBTA 5EXWA 2UYTA 3CJCA 4BRHA 4MO4A 5EVZA 4BVPA 3VGKA 3QBWA 4FO0A 1QQMA 2E88A 4L3QA 1ESVA 1NMDA 3R9PA 1HUXA 5KPTA 4K25A 3ULEA 5AQFA 3WXJA 3MMVA 3ENOA 2CH6A 3CJAA 4CZKA 1ATNA 2GWJA 3U9ZA 4WQ4A 4WQ5C 4M7YA 5AQYA 2P9NA 4FL9A 1T6CA 4WYBA 1ZXOA 1JCGA 2P9LB 2ZGYA 2A3ZA 5AQHA 4FWMA 3WQTA 4CJ7A 4XH4A 3VETA 3C7NB 4B9QA 2V51B 1RFQA 1DKGD 4FSVA 4HWIA 2FF3B 3DXMB 3QMLA 4XH1A 3VEYA 3WQUA 2VCPA 2Q36A 3O4WA 3WXIA 4FWLA 4H0PA 4PL8A 4CBUA 3VEVA 3J8AA 3WXLA 4M63C 3QB0A 5AQNA 1X3NA 2YCHA 3TPQA 3DXKB 5F0XA 2QWLA 4BRCA 5AQOA 1YXQA 1HKBA 3DJCA 2E20A 4FWNA 4IXCA 4CBXA 3IFRA 3LDLA 2HMPA 5BPLA 1GLLO 4GY2B 3KHYA 1S22A 4FWQA 1IG8A 4BRLA 3CETA 5AQGA 4A61A 2AP1A 2I7PA 5ADXH 4FOIA 3D7EO 5BRFA 1NBWA 5AQZA 3WUHA 5AFUA 3ATVA 4BR5A 2F9TA 2ITMA 2P9UB 4H0OA 2ZF5O 4FWKA 5AZJA 2D1KA 2W40A 5FPEA 2ASPA 3VGLA 1LOTB 2CGKA 1HKCA 2QWRA 5AQXA 4IO8A 2GELA 2Q2RA 3LDNA 4YDUA 1H1VA 3HSCA 3U8XA 3MDQA 2OANA 3A5MC 2V7ZA 4BRIA 4AM6A 2YHYA 4AM7A 2VWBA 5JICA 3D2EA 4MLEA 4K41A 4CBWA 3AAPA 5AQMA 1TYQB 4EHUA 3CERA 4B1VA 3M3ZA 3CI5A 5EX5A 3H3OB 3UE5A 2KHOA 3HM8A 4I6MB 1NGGA 4DB3A 4JN4A 4JNEA 5BRDA 5BR9A 4B1UB 1NLVA 2QWOA 1Y64A 4BRPA 2FSKA 3GBTA 4FWRA 4IJNA 3CQYA 1SAZA 3F9MA 4CI6A 3O80A 4H5TA 3W0LA 2HF3A 4EFHA 5JLFA 3HTVA 4MLHA 4H03B 3FZHA 4XEIA 1S3XA 4H5VA 1BG3A 2Q31A 3ZX0A 3HZ6A 2NLXA 3WXKA 5KPZA 2E2OA 4NB4A 4BQLA 4Y0WA 5KQDA 4FOEA 2GUPA 3BEXA 5LJVA 2E2PA 2Q97A 5FPDA 3BUZB 3CHWA 2D4WA 3AY9A 4O5FA 5AQUA 1YAGA 3C7NA 3VENA 1U2VB 1NGEA 3WT0A 1MDUB 4FPAA 1J6ZA 3L4IA 1X3MA 1P8ZA 3AARA 4FWOA 2P9NB 4WQ5A 2D0PA 4JHDB 3ENHA 3W3DA 1XQSC 3H45C 3H3NO 3H6EA 3O1WA 3AAQA 5F2RA 1NWKA 4YDUC 1KAYA 1MWKA 4B1WB 2W41A 3H1QA 4JAXA 4BREA 3B8AX 3I33A 3CJ1A 1C0FA 2QM1A 3KZBA 5AQTA 2AA4A 2QXLA 2BUPA 5BRHA 5AQSA 1T44A 2FSJA 4KBOA 1BOTO 1T6DA 3D2FA 4K42A 2I7NA 2V52B 3SJHA 5AZIA 4CZIA 3FFKB 1GLAG 2FLOA 1C0GA 4BGBA 1ZBSA 1NGDA 2WUSA 5AQVA 1XC3A 2ASOA 4IWVA 1EQYA 1E4GT 4JHDA 1MA9B 1Q18A 3EKUA 2H3GX 1NGBA 2E1ZA 4PL7A 4NO7A 2YI1A 3M1FA 4H5NA 2P9IA 2P9LA 4A2BA 5FPMA 4DCHA 1BUPA 1G99A 3EO3A 4DQ8A 3A0IX 4CZFA 4H5RA 1OKJA 5E26A 5TKYA 3U9DA 2EWSA 3BF1A 3ZX3A 2F9WA 3FZLA 2CGLA 4FWPA 2V7YA 4EIAA 3R8EA 3ZETA 3SK3A 1NGCA 2BTFA 2YJEA 3DWLA 5AQQA 5LY3A 1NM1A 3QICA 3VEOA 3MN9A 2FXUA 5AZIB 4CZMA 5KPRA 3C0BA 4BRNA 5I9EB 3D2FB 4GNIA 3UKRB 3U4LA 3I8BA 2P9SA 1R59O 2P9PA 3CJ9A 1IJJA 3RSEA 2A42A 3SMPA 4BRAA 5AQKA 1V4TA 1K8KB 3GG4A 5AQIA 2P9PB 3GL1A 3IMXA 3WEEA 2D0OA 2P9UA 4CZHA 3LL3A 1Z05A 1QQOA 2NZTA 1WUAA 2DPNA 4QS9A 5AQRA 1LCUA 1KAXA 3HI0A 3UB5A 3VGMA 3LDPA 3MN6A 3DXMA 3EL2A 4BG8A 4J8FA 3H1VX 1QZ5A 3LM9A 3GDQA 2HF4A 4CD1A 4BRFA 4QS7A 3ATUA 3VEXA 4EHTA 5CE3A 2P9KA 3BF3A 2A41A 1YVNA 3FZKA 4BR7A 4RCHA 4BR0A 4BC3A 4B1XB 2IVOA 3LDOA 3MCPA 1BU6O 2Q0RA 3VERA 4EAHD 3FGUA 5KQ8A 4PKHA 1DEJA 3GE1A 2QWQA 2FF6A 4H0XB 2Q1NA 5AQLA 1RGIA 1NGIA 1X9JA 2ASMA 3QBXA 5EOYA 3EZWA 4A2AA 5FPNA 3CIPA 3UKUB 2ZWHA 4BRDA 2CGJA 4ISFA 2P9SB 3FZFA 2IVPA 3OHRA 4H0VB 3FE1A 4ISGA 3LDQA 4DHYA 3A5NC 2A5XA 1U6ZA 4IJAA 1GLDG 2IIRA 1ZC6A 3QDKA 5ELZA 4CZLA 4QS8A 3MN5A 4JD2A 3EKSA 3G25A 4B1ZA 4BROA 1Z6RA 3O1BA 3KVGA 1JCFA 3FLCO 3A5OC 5JMVA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3CYMA 1VQ7N 4M3RA 3VF6A 3CYGA 1YTUA 1QQNA 3CC7N 3QIPA 3UKRA 5C10A 4CF2A 3DM2A 2GEMA 2B6AA 5AFUH 2HNZA 1DLOA 4DUYK 4FVMA 3VQCA 4YOYA 1NGFA 4BR2A 4B8AB 1RBSA 2QWPA 1BA0A 2YNHA 2EX3A 4ID1A 4PKGA 1KC8O 3AA2A 2Z1JA 4HTLA 3OYGA 4RWTA 3RR7A 2E2NA 4CVNE 3CCSN 4J2AA 4KHUA 2ZGZA 3P38A 4FJJA 3GOIA 4MFBA 1FKOA 3VEZA 4FJIA 3MEGA 3U3GA 1QZ6A 4PKIA 1TUUA 3O08A 1GLJO 2PY5A 3MWPA 1NK5A 4DSFA 3SUOA 1XNRK 1HKGA 4A62A 2D0BA 2XY8A 3K5MA 3NF9A 3OJSA 2CH5A 3D6RA 1TL3A 3LP0A 4DTXA 2NRRA 4LF6K 3TARA 3B6OA 3AVGA 3C95A 3OYMA 3WEEB 3DLKA 3I56N 1K8KA 2G8HA 3MK6A 3PSFA 4JK7A 3WNHA 4FZYA 4BRMA 5E84A 4F2SA 4BC2A 4OKJA 5AR0A 4JS5A 4B1YB 2KZMA 3JXUA 5BREA 1RBTA 3A5LC 4Z0UA 3NFAA 5KRTA 1SS6A 3O3GA 1JLFA 1D9FA 1XWLA 5BN9A 1E4FT 3VPZA 3FFIA 4DQSA 2UXDK 3CCRN 2O8EB 3DAWA 3A8YA 3CM5A 3ID8A 1VSFA 2LSNA 5K14A 4KB0A 4BQZA 3IRXA 1SQKA 3T19A 4BRKA 1GLEG 4CE9A 5DM6L 1S9EA 1FW6A 1Z25A 3JYTA 3WXMB 1KFDA 5GIPA 1CZAN 3D45A 1JLGA 5TKWA 1LV5A 1NGHA 4H8KA 3SZ2A 5BPNA 5BPMA 3VQEA 3E1YA 4CEDA 4LC9B 3C6AA 3CJCA 4MO4A 4DG1A 3V9ZA 1RTDA 4R79A 4LSNA 5J2MA 5T7BA 3NAEA 4K25A 3OYCA 5H1SQ 3TAGA 3L2RA 4CZKA 1NJWA 1ATNA 5DK5A 3U9ZA 2RN2A 3RMAA 4M7YA 1Q9XA 3PY8A 1T6CA 3ZT4A 5AQHA 4AHCA 2G8UA 1CLQA 1ZBLA 5M1PA 1N6QA 1DKGD 2ZE2A 4HWIA 4OGEA 1DTTA 1U49A 1W97L 3O4WA 3CFOA 4CF0A 1TAQA 3OBYA 4H0PA 4ELVA 4F2RA 3ZT2A 3RTVA 1K73O 3MECA 3QB0A 3HK2A 5AQNA 4CEFA 4KREA 1HNVA 4AH9A 1IKYA 3TPQA 2IOCA 2QWLA 2DFEA 3O9SA 3DJCA 1BCOA 4FWNA 4KI4A 3IFRA 3LDLA 3PX6A 1GLLO 4NCAA 2HW3A 4BRLA 4DTUA 2AP1A 1RBUA 2I7PA 3C65A 3RR8A 1YJNN 4M3XA 4FOIA 3D7EO 1NOYA 4M3UA 2F9TA 4RW6A 3V4IA 4CFBA 3K5NA 3L4QA 4KTQA 4FWKA 5FPEA 2ASPA 2ETJA 2CGKA 1HKCA 4I9QA 1NKBA 2QWRA 5CYMA 1ZBIA 3ITHA 4LFBK 4B9VA 1S1UA 4Z4CA 3LDNA 1Q9YA 3ISNC 1UOCA 3MDQA 2OANA 2QXFA 2RHKA 4GKJK 3AGRA 1NNEA 3SYZA 4DF8A 2G8IA 2ZM6K 4ZHRA 4PWDA 4BY9C 3CPEA 4M45A 4IOAL 5JICA 2HHXA 4PA1A 4W5TA 3NGIA 4B1VA 3O9RA 5EX5A 2I5JA 4U67L 3H3OB 3UE5A 3TAFA 5I3UA 4I6MB 3L2VA 3N4QA 4ELTA 2QWOA 2WOMA 4BRPA 3GBTA 4IJNA 3SPZA 3CQYA 4NLCA 4IDHA 1VRUA 3CD6N 5GAHP 2KZZA 4H5TA 3W0LA 2YNGA 3NF8A 3BY5A 1WSIA 1JJ2M 3FZHA 2EHGA 4CCHA 4ILGB 1S3XA 4H5VA 3HZ6A 2NLXA 3WXKA 5KPZA 4CFAA 2X74A 4BQLA 3AVAA 2KKZA 1Z26A 1RT3A 3BUZB 1VQMN 3AY9A 1HNWK 1YAGA 4FLZA 1T03A 3K2PA 1C1CA 5JENA 1EETA 4JKHA 4FPAA 2HBKA 4DU4A 1X3MA 3QNOA 4HUGA 2VGNA 4FXDA 2W00A 3H45C 2UUCK 3AAQA 1C6VA 1NWKA 4G1QA 5FLXO 1KAYA 1B92A 1EWRA 3PX0A 4JAXA 1T3VA 3HPHA 1RBVA 1GOBA 3B8AX 3I33A 4OVLA 1C0FA 3HSTB 3KZBA 2AA4A 4CJPA 1I3AA 3TANA 2FSJA 2VGMA 4DTRA 2I7NA 3SV3A 1TGOA 3CPWM 1IO2A 1GLAG 1C0GA 2FLOA 4FJNA 2GX9A 2WUSA 2FC0A 3KWIA 5EU7A 1IBKK 1WNSA 1U04A 1B9FA 1MA9B 4DV0K 4DWIA 4WFAL 4OJRA 3WNGA 3M1FA 4FLWA 2IAJA 3QERA 5SWMA 4CHPA 3VQPA 3DLHA 1IKWA 1ZBFA 4DQ8A 3A0IX 3AVKA 4FJGA 1G15A 2UUAK 1YF5L 1OKJA 4FZZA 5TKYA 3V1OA 2EWSA 4EP4A 4CIEA 4WFBL 1TKTA 3M8SA 3VTIA 3FZLA 3OYJA 4DV2K 4DTSA 1U45A 2XHBA 3VQDA 4GV3A 4CFDA 2VG6A 2V7YA 3SUQA 2F8SA 4E3SA 1IBMK 1UAXA 4K0KK 4JKAA 1NK4A 2BTFA 1OVYA 3S9HA 2NRXA 3VEOA 3MN9A 3AVNA 5GAGP 4CZMA 2OTJN 3C0BA 2Z1GA 4GNIA 4YOVA 3I8BA 4ICLA 2BANA 4M41A 1R59O 4CW7B 3CFRA 3P83D 3CJ9A 1FJGK 1KTQA 3SMPA 4FJ9A 1K8KB 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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