2PBDA

Ternary complex of profilin-actin with the poly-pro-gab domain of vasp*
Total Genus 120
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
120
sequence length
371
structure length
359
Chain Sequence
b'TTALVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPRHSYVGDEAQSKRGILTLKYPIEGIITNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPTLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNVPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVLDSGDGVTHNVPIYEGYALPHAIMRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFVTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFENEMATAASSSSLEKSYELPDGQVITIGNERFRCPETLFQPSFIGMESAGIHETTYNSIMKCDIDIRKDLYANNVMSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWITKQEYDEAGPSIVHRKCF'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule keywords Actin, alpha skeletal muscle
publication title Structural basis for the recruitment of profilin-actin complexes during filament elongation by Ena/VASP
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
molecule tags Structural protein
total genus 120
structure length 359
sequence length 371
ec nomenclature
pdb deposition date 2007-03-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.30.36.70 Mainly Beta Roll Actin; Chain A, domain 2 Actin; Chain A, domain 2 2pbdA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2pbdA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2pbdA03
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 2pbdA04
3VERA 1RGIA 1JCFA 3A5NC 2YI1A 4H0XB 1GLLO 5EY4A 1LOTB 4Y0WA 4FWQA 4H0YB 5KQ8A 3D2FB 5AQIA 3G25A 1T6DA 3FZFA 1TYQB 4CZKA 4BR2A 2A41A 5BRHA 3D2FA 1ZC6A 2Q0UA 1HX1A 1WOQA 2Q0RA 2VWBA 1RDWX 3BF1A 2YCHA 4J8FA 1CZAN 3VGLA 4BR5A 3QFPA 1K8KB 3TU5A 2QWMA 3H1QA 2FSKA 1T44A 3CERA 1V4TA 3U9ZA 4K25A 5AQKA 1IJJA 2CGKA 4ISFA 1KAZA 1NGJA 1K8KA 2P9SB 1LCUA 2IVNA 4JN4A 4FWPA 3ENHA 1RFQA 3H3NO 3ID8A 1NGHA 2P9SA 2FLOA 4WYBA 3W3DA 4M7XA 3CI5A 2YJEA 3HBTA 5AQZA 2GWKA 3H1VX 3SMSA 3J8AA 3CJAA 3HSCA 1BWFO 3VETA 4DB3A 3FFKB 4BR0A 3FZLA 4CJ7A 2CH6A 2P9KB 3QDKA 5JICA 4A2AA 4CBUA 4BRNA 1HUXA 2P9KA 3LDLA 3JS6A 4BC3A 3L0QA 5CE3A 2H3GX 3GOIA 1MWKA 5AQFA 3LM9A 4F9OA 4CZHA 4DHYA 4XH5A 2QM1A 4CZJA 1SZ2A 2E2QA 5I9EB 4EAHD 2D0OA 1XQSC 4PL7A 3BP8A 1TUYA 4PKGA 5AQHA 1IG8A 2ZWHA 4A62A 4ISGA 5AQGA 2QWOA 4O5FA 3MN6A 2D1KA 1GLCG 5AQOA 2QW9A 2QWPA 3CQXA 3IUCA 1BUPA 3GE1A 4JNEA 3ENOA 1BG3A 4XH4A 5AQNA 3GDQA 4GY2B 1V4SA 4FWMA 3C7NB 1S22A 5AQTA 3ZETB 3B8AX 4BRFA 4NO7A 2CGLA 3C7NA 1U6ZA 1DKGD 5BPMA 3ZETA 2E2NA 4FOIA 3DAWA 4BQZA 4H5TA 5AZIB 2P9IB 3SK3A 2NLXA 1HLUA 2QWLA 5BPLA 3O5BA 4IWVA 4YDUA 2YHWA 5AZIA 3U4LA 1QQOA 2P9IA 4MO4A 4FPAA 3H3OB 5AQJA 1BDGA 4FWNA 2F9TA 2CH5A 3WXLA 1NLVA 2YHYA 5F0XA 3LDOA 4QS8A 1GLFO 2CGJA 5AQUA 5BPNA 2UYTA 3CJ7A 4CBWA 3RSEB 3VEWA 4FWRA 2Q2RA 4B1XB 1HKGA 2DPNA 3DWLA 5AQQA 5AR0A 4BRLA 3RSEA 4H03B 4BRCA 5EVZA 3SLCA 1C0FA 4AM6A 1JCEA 1NGDA 1NMDA 3FZMA 1GLDG 2KHOA 4K43A 5KPZA 5F1XA 3EO3A 3FE1A 4FWLA 1NGCA 1MA9B 3UKUB 2AA4A 4BVPA 4PKIA 2E88A 1QZ6A 4BRQA 3CETA 4IZ9A 4KBOA 3CJCA 2A42A 3CJ1A 2ZF5O 3UKUA 3VEOA 4BG8A 1TYQA 2P9PB 4CZGA 3WQTA 4PKHA 4BR4A 4BR9A 1GLAG 2VCPA 3HI0A 4CD1A 1X9JA 3QB0A 2E2PA 1Y64A 2P9PA 3UB5A 2E20A 1Z05A 4A61A 2OANA 1ESVA 2HF4A 4E1JA 4BG9A 2HF3A 3WEEB 4CZIA 5KPRA 3D7EO 1JCGA 3DXMB 4DQ8A 3BF3A 3EN9A 5AFUH 3GBTA 4B9QA 3MCPA 3WEEA 3LDPA 3M3ZA 4QS7A 3CHWA 1KXPA 4JAXA 4EHUA 4B1WB 1U2VB 2FF6A 5AQLA 4IXCA 4M63C 3DJCA 5E84A 3H45C 1U2VA 3IDHA 3LDQA 2ZGZA 2W41A 5FPDA 1QQNA 2GEMA 3CQYA 3FZKA 4BC5A 4EFHA 1HJOA 2EWSA 3GG4A 3HTVA 3MDQA 3WT0A 2FF3B 2I7NA 3VESA 4YDUC 2P9UB 4A2BA 3ATVA 3VOVA 2P9UA 1HPMA 1C0GA 2BUPA 4CI6A 3LL3A 5ELZA 4BVOA 3ZX2A 4B1UB 3A0IX 3VGKA 5AFUA 4L3QA 4JD2B 5FPNA 3A5MC 1ATNA 4BRKA 1NGAA 1MDUB 1ATSA 4JD2A 1EQYA 5EX5A 1G99A 3O1BA 5AZJB 5AQYA 3U8XA 3WXKA 2J4RA 1P8ZA 4IO8A 4XH1A 3O8MA 3AY9A 5AZJA 4CZLA 5FPMA 1Z6RA 3H6EA 3QBWA 3L4IA 4CZEA 1R59O 3HM8A 3R6MA 1XUPO 3L6QA 3VF4A 4FOEA 1WUAA 1XC3A 5F2RA 1QHAA 2YJFA 3F9MA 1NGIA 5BN9A 1BO5O 3VEVA 4C23A 1SAZA 5KQDA 2PBDA 2GUPA 2PAVA 2P9NB 2Q97A 2NZTA 2IVOA 4JHDB 3R8EA 1DGKN 3H46O 3VF6A 2ASOA 2P9NA 2IVPA 4JHDA 5LJWA 5BRFA 4NB4A 2AP1A 2FSNA 2ITMA 2HOEA 1QQMA 3FGUA 2E2OA 3O4WA 3U9DA 1T6CA 4H0TB 5LY3A 4BGAA 4RWTA 1NWKA 3WXJA 1BA1A 1YXQA 3AAQA 4K42A 2FSJA 2E8AA 2ASMA 2Q31A 1YUWA 2QWNA 3KZBA 1NGBA 3IMXA 3ULEB 2YHXA 1NBWA 3QICA 4H5VA 5AQRA 4H0OA 2ASPA 3FR0A 3BEXA 3VEZA 2Q1NA 4BQLA 2BTFA 2GTDA 3ATUA 3CJ9A 2NRHA 4WQ5A 4FWOA 1X3NA 2D0PA 4WQ4A 4CZMA 5EOYA 1D4XA 4O8KA 1SQKA 3CJBA 2E1ZA 3VGMA 3VEXA 4BR7A 3I33A 2I7PA 3MK6A 1BOTO 1X3MA 2V7ZA 3S41A 2D4WA 4DCHA 4FWKA 3EZWA 3W0LA 4BGBA 4MLHA 4H5RA 4CBXA 3GL1A 3QMLA 1HKCA 1ZBSA 4BRAA 3O80A 5TKYA 3AARA 3DXMA 3AAPA 4BROA 2W40A 3QFUA 3MN5A 4B1ZA 3SJHA 5BRDA 2FXUA 4B1VA 1NM1A 4RCHA 4EHTA 3MN9A 2V52B 3JXUA 3HZ6A 5AQMA 3EL2A 4BC2A 4ISEA 5EXWA 1E4FT 4LC9B 2QXLA 1GLBG 3MMVA 5AQSA 3ZEUB 3LM2A 4BRPA 3I8BA 2GWJA 2ZGYA 3O1WA 5LJVA 5AQWA 1ATRA 3ZEUA 4XEIA 3KVGA 3VF2A 3M1FA 1NGFA 1Q18A 2GELA 3VEYA 3ZX0A 1E4GT 4FPBA 4H0PA 3VPZA 4BREA 4IJNA 3OHRA 3MN7A 1GLEG 5FPEA 5JLHA 2QWQA 1HKBA 3R9PA 2Q36A 3ZX3A 4RTFD 1GLJO 4M7YA 4H5NA 1J6ZA 4GNIA 3QBXA 4PL8A 3O6WA 1ZXOA 3D2EB 3KHYA 5BR9A 3FLCO 3A5OC 3LDNA 3O08A 4WQ5C 1OKJA 4BRIA 3A8YA 4Z94A 4WQ4C 3D2EA 3C0BA 1MWMA 5ADXH 4FL9A 1YAGA 4CD3A 4BRDA 5AQXA 3A5LC 2HMPA 2WUSA 4QS9A 4B1YB 3UE5A 4FSVA 1S3XA 2E1YA 4I6MB 3P4IA 4FWSA 4CZFA 1KAXA 1BA0A 1DEJA 5AQVA 2A6AA 2V7YA 1KAYA 5BN8A 1BU6O 3DXKB 1H1VA 3BUZB 4I6MA 3WUHA 4EIAA 3EKUA 2A40A 3SMPA 3DXKA 4BRHA 4H5WA 1NGEA 5B8HA 2IIRA 3IFRA 3TPQA 3FZHA 5BREA 3UKRB 4AM7A 2VYPA 2F9WA 4BC4A 4FO0A 3EKSA 1YVNA 3CIPA 2QWRA 4H0VB 3UKRA 4IJAA 2A3ZA 3M6GA 5JLFA 2V51B 1TUUA 2P9LB 4K41A 1QZ5A 1NGGA 2A5XA 4MO5A 5ADXA 3WXIA 5E26A 3ULEA 5JMVA 4HWIA 2P9LA 4MLEA 3WQUA 4BRGA 4HTLA 5AQPA 5KPTA 4BRMA 3VENA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4C1NI 1RT2A 1OVYA 3K59A 3RMBA 5IT9O 3K5LA 4AHRA 1RCHA 4DR5K 1IKWA 5EY4A 4Q0BA 1VQLN 4BR2A 3OBWA 4AQYK 3T3FA 1SV5A 1RBTA 3AVBA 4O0JA 4BE1A 1HJRA 4DFMA 3MXIA 3BZCA 3LZJA 3QEXA 4DV4K 4CEDA 1RDWX 2ZJQL 3RMDA 4J8FA 5I42A 3VGLA 3H1QA 3C94A 1W9HA 3CERA 4E1MA 4O0IA 5AQKA 4ISFA 3L3VA 4G1QA 4JK8A 4JKGB 2W00A 3V1QA 4E72A 1C0MA 2FLOA 4JKGA 4FJ9A 2NRRA 4WFAL 3CI5A 3K9KA 2QXFA 5HL7L 4JKAA 3MXMA 4E7HA 4CJTA 3CJAA 4DUZK 4GV6A 3OYKA 1BWFO 3ENBA 5KGWA 3VETA 3FFKB 4DB3A 1N5YA 5C2DA 2C1GA 4A2AA 3SUPA 4CBUA 3OYEA 1DTTA 1IKXA 4JKHA 2WFBA 4JI4K 4FM2A 1MU2A 2QI2A 1NJWA 3L0QA 1WLJA 3LWLA 5AQFA 2F8TA 4FJ8A 2E2QA 3KWIA 4CF0A 5I9EB 5SZTA 1XQSC 2XY5A 1BIZA 4A62A 2HSTA 4ISGA 4A5BA 1N32K 4O5FA 1RTDA 1K73O 5A2QO 3CQXA 3IUCA 3GE1A 2YNIA 4A59A 4BWMA 4FWMA 1L3TA 1S22A 5AQTA 2B4JA 4LF5K 1N8RO 1WAJA 4OPJA 3B8AX 3LAKA 4YOTA 3MEEA 4BACA 4FOIA 4WE1A 4BQZA 5HROA 1NK6A 3CC2N 5J2PA 3O5BA 4IWVA 4YDUA 2YHWA 1CZBA 1QQOA 4FPAA 3H3OB 2JWLA 4YHHK 4K0KK 2YHYA 1VQON 4QS8A 3AVLA 2CGJA 4FLWA 3ZSRA 5BPNA 2UYTA 3CJ7A 3RSEB 4B8CA 4CJUA 4WFBL 4FJNA 5AR0A 1NKBA 2P51A 3RSEA 1Q82O 4H03B 2OTLN 3SLCA 5C42A 2UUAK 4DTUA 3OYFA 4AM6A 3AO1A 4IG0A 1GLDG 3AA3A 4K43A 2HNDA 3ZT2A 3AVCA 3KD1E 2KLAA 3I8DA 1L3UA 3O3FA 2AA4A 4IKFA 4BRQA 4EZ9A 4CJLA 4BG8A 1RDAA 3L2QA 4EZ6A 2O4GA 2P9PB 4PKHA 3L2VA 2YKNA 2O8CB 4DQPA 3QB0A 2P9PA 1F21A 3UB5A 5LL6Z 3KD5E 2O8CA 1XHZA 4QOZB 1KFDA 2HF3A 3WEEB 1BQMA 1JCGA 3HPOA 2XY7A 2BDPA 2F4VK 3WEEA 4X65K 4QS7A 4JLHA 4EHUA 3VQ5A 3BGRA 2FF6A 1Q9YA 4I2PA 1NU0A 3THWB 3H45C 4CERA 3IDHA 3CCQN 2W41A 4BC5A 3TR8A 3THWA 4KHWA 3GG4A 4M41A 3SQ4A 2I7NA 4IDKA 3TSPA 1RT3A 4IOAL 1VSFA 2D5RA 4CI6A 4RG8A 4DTRA 2W6LA 2HVIA 1T03A 5HOOA 3TAEA 4OLBA 3DOKA 3ZX2A 4B1UB 1IO2A 1XC9A 1U04A 4DKWA 5FPNA 3ZSXA 2P5GA 4KH4A 4DR1K 1FJGK 4Y1DA 4FLVA 4ELTA 1EQYA 5EX5A 1TKDA 1JL1A 5AQYA 1WSEA 2J4RA 3SV4A 4B9VA 3PLAA 4CZLA 4Y1CA 3VTHA 3QBWA 3L4IA 3ZSZA 4CZEA 1R59O 3R6MA 3JYTA 2KZMA 3HPHA 1WUAA 5F2RA 3PX6A 1S1UA 3F9MA 1NGIA 4JI1K 2HHUA 1VSEA 3VEVA 1RDCA 2GUPA 3N4QA 4M45A 1JLAA 1TL1A 3NE6A 2D0CA 2NUBA 4DTPA 4HTUA 4OKKA 3D0PA 1NK7A 3K5NA 4DSEA 2KKZA 2HOEA 3FGUA 3O4WA 5JVHL 4RWTA 2F7TA 1YXQA 2YNHA 3AAQA 3KWGA 3M8QA 4GV9A 5GAEP 4FJ7A 3NH1A 3O9TA 2ZD1A 4CGIA 3IMXA 1VSMA 2X78A 3A2FA 4DR2K 1XMQK 3VEZA 2Q1NA 1KSPA 2GTDA 3U3YA 3CJ9A 2D0PA 2KQ2A 2RPIA 3ZT4A 5HBMA 4B08A 2DY4A 5EOYA 3S9HA 1D4XA 4KI6A 4O8KA 3CJBA 2E1ZA 1RNHA 4FLXA 3LP2A 3MK6A 1X3MA 2V7ZA 3OYAA 3QESA 2Y1JA 4IFEA 4KB1A 3LZIA 3DM2A 3W0LA 4PQUA 1WSIA 1EWRA 3NVKA 1C1BA 4X64K 3CCEN 3ITHA 3GL1A 3QMLA 3NCIA 3K58A 1CLQA 4B9UA 3AAPA 4Z4FA 3NF9A 4KHPK 4BROA 3IKMA 3SJHA 1WSJA 1N36K 1BIUA 3C95A 3HZ6A 5C2FA 2QXLA 4A57A 4X66K 3KKRA 1T05A 4CECA 3J7YP 3CCVN 5AQSA 3CMEN 4K8ZA 3RWUA 2GWJA 2VQEK 1X9MA 1BCMA 3SYZA 5LJVA 1OH8A 3KVGA 5KTQA 3SPYA 4FJHA 1GOCA 1RT7A 4PHTX 1NGFA 1EXQA 3DLBA 3OYJA 1YIJN 1Q18A 2GELA 4IFYA 2JLEA 4H0PA 3HOTA 4JI7K 1WB9A 3OYMA 4BREA 3SAFA 4OPKA 4NCBA 4B9NA 5FPEA 5JLHA 3S3MA 4CF8A 4CGGA 3V9WA 2E4LA 1QHTA 3EZ5A 2XHBA 3CFPA 1GLJO 4M7YA 4DU1A 1J6ZA 1NK8A 3RMAA 2YHAA 5CYQA 4HUEA 3A5OC 3TWHA 3SZ2A 4KI4A 3A8YA 1JXBA 2BGGA 4CJ3A 5ADXH 5FLXO 5CR4A 2F96A 2Y1IA 2OYQA 3HJFA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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