5AZJA

Crystal structure of glycerol kinase from trypanosoma brucei gambiense complexed with 4np (with disulfide bridge)
Total Genus 177
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
177
sequence length
513
structure length
513
Chain Sequence
b'FTMKYVGSIDQGTTSTRFIIFDERQRPVSVHQVPHTQHTPHPGWLEHDPMEIFRSACKCMSVAIAKLRQKDASFRKIEAIGITNQRETTVAWDRVTKEPLCYAPVWNDLRTYDITKKVTAELGGGDSMFASKITGLPVSTYFAAFKMRWMLENVPAVADACRRGTLCFGTIDTWLMYKLSGGKAFVTDVTNASRTFLMDLRTRKWSPELCEKLKIPMETLPEIRSNSELFGYVETDECGVAAALNERTPIMGSIGDQQSALFGNMCFEKGEAKNTYGTGCFLLMNVGEEARFSKHGLLSTVGFQVGRDGPCYYALEGAIACAGATVEWMRRNMNLFSHITECEKLARSVPGTQGIVFVPAFSGLLAPYWDPSARGTIVGMTLKTTRAHVIRAALQAIALQLNDVVGSMKRDAGLNLSSLRVDGGLSKNGLLMEIQASLLGVDILVPSMHETTALGAALCAGLAAGVWTSLEEVKAVSRRENSWKTVSPSGSAMEREAMIAEWREALKRTKWAK'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule keywords Glycerol kinase
publication title Glycerol kinase of African human trypanosomes possesses an intrinsic phosphatase activity that can be exploited to accelerate anti-trypanosomal drug design
rcsb
source organism Trypanosoma brucei gambiense
molecule tags Transferase
total genus 177
structure length 513
sequence length 513
chains with identical sequence C
ec nomenclature ec 2.7.1.30: Glycerol kinase.
pdb deposition date 2015-10-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00370 FGGY_N FGGY family of carbohydrate kinases, N-terminal domain
A PF02782 FGGY_C FGGY family of carbohydrate kinases, C-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5azjA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5azjA01
5KQDA 4JD2A 4BC5A 4FWRA 4H0VB 3R8EA 1NBWA 1S3XA 3W3DA 3ZETA 4BGBA 5JLFA 4IJAA 2IVOA 3KVGA 1BOTO 3M3ZA 3WQUA 3VETA 1QHAA 5AQKA 5AQVA 5BREA 4FWQA 3D2EB 5AQIA 1BUPA 2AA4A 3EKSA 1JCEA 3CJAA 1E4FT 3VERA 4FWMA 4A62A 1U2VB 3DXKA 2YJFA 3LDPA 5EY4A 4BRKA 5AQRA 1BU6O 3QDKA 4BRNA 1GLJO 3VEXA 2E1YA 1CZAN 1GLCG 3VESA 3FZLA 3I8BA 4FO0A 1Y64A 1K8KA 1BO5O 5BPLA 2A40A 1KXPA 3CQYA 4KBOA 2QWPA 4BGAA 2PAVA 4BVPA 1QQMA 3H6EA 4JNEA 3MN7A 2W41A 1HJOA 3HI0A 3G25A 4BR4A 3WXIA 3O08A 1LOTB 3FZFA 3FGUA 3S41A 1NGAA 1MWKA 4K43A 2Q1NA 3GL1A 3JXUA 4MLHA 1NLVA 3D7EO 1V4SA 4FWNA 4B1WB 5KPRA 3MN5A 1X3NA 5FPMA 3U4LA 4BR5A 2GEMA 1NGFA 4BRDA 1YXQA 1DKGD 4BC4A 5AR0A 5FPDA 1JCFA 2GTDA 3IFRA 1NWKA 3MCPA 2P9SB 3HBTA 3VEVA 5BR9A 2VYPA 1YUWA 3VOVA 3CJ7A 4FWOA 3LDLA 4BROA 3MN6A 3FZKA 2E2PA 1S22A 2FLOA 2P9NA 3B8AX 3VF2A 3CERA 2FXUA 3FE1A 3D2FA 3ZX3A 4BRPA 2A6AA 4DB3A 4Z94A 3LL3A 4CD1A 3AARA 3DAWA 3O80A 5CE3A 5AQGA 4LC9B 4QS8A 1KAYA 3C0BA 1J6ZA 4FWPA 4FWSA 4RTFD 5BRHA 3CI5A 4Y0WA 2E88A 3M6GA 1GLLO 2QWQA 4H0XB 3HZ6A 2YHWA 1ZXOA 1Q18A 5F2RA 5AQYA 2ASOA 3HM8A 3ID8A 2ASPA 1XUPO 4ISFA 3IDHA 1XC3A 3P4IA 4JHDB 4FL9A 2FSKA 4K41A 4GNIA 4IXCA 4WQ4C 2CGLA 5ADXH 5ADXA 3CJBA 3CETA 3WXKA 1QZ6A 4FWLA 4A2AA 3BUZB 1HKBA 4DQ8A 5AQOA 2P9KA 2FSNA 1YVNA 4H5WA 4PL7A 1BA1A 2P9LB 4C23A 1NGJA 2YI1A 3O1WA 4B1ZA 5I9EB 4A2BA 2V7ZA 2Q31A 4JN4A 2YHYA 4BRMA 3GBTA 4H0PA 3ZEUA 4FOEA 3DWLA 4K25A 5BN9A 3ZX2A 2QWNA 3CHWA 3QB0A 1QQOA 4I6MA 1LCUA 1X9JA 4AM7A 4IWVA 1C0GA 2I7NA 2ZWHA 1NGCA 4HWIA 4WYBA 4O5FA 3M1FA 3A5OC 2E8AA 1HKGA 3SMPA 2E2NA 3ULEB 4IO8A 1GLBG 4BC3A 3EZWA 1SAZA 2ITMA 1RDWX 4WQ4A 2ZGZA 2A5XA 2P9PB 5AQUA 5BRFA 3EN9A 2P9UA 3FZMA 3LDQA 4QS9A 2D0PA 2PBDA 2V7YA 4IJNA 1BA0A 1H1VA 4BRIA 5JLHA 2HMPA 3H3OB 4H0YB 4XH1A 3KZBA 3BP8A 2Q97A 2GELA 3DXMA 4FOIA 5TKYA 1KAXA 4BC2A 4B1YB 2QWMA 3SK3A 5F0XA 2P9IA 1V4TA 3LM2A 3O4WA 3ATVA 3SLCA 1C0FA 4JD2B 5AZIA 3WXLA 4DHYA 3L6QA 1ESVA 1ATSA 4E1JA 1RFQA 3O6WA 3BF3A 2IVNA 2NZTA 2I7PA 3GE1A 4FSVA 3UE5A 1BDGA 4B9QA 3ZETB 4H5TA 1TYQA 3RSEA 1Z05A 3VGMA 4CZFA 4WQ5C 5BN8A 5AQXA 5AQHA 4BVOA 2GWKA 3A5NC 1GLFO 5AQZA 3A8YA 2V51B 2UYTA 3H46O 4IZ9A 3VEOA 5E26A 4H5VA 3ATUA 5BPNA 4EHTA 4M63C 3DXKB 3QFPA 3UKUA 4MO5A 1ZBSA 1TUUA 4HTLA 3CJ1A 1HKCA 1Z6RA 2FSJA 3H45C 1K8KB 3MK6A 2NLXA 5EXWA 4AM6A 2GUPA 3WXJA 3GDQA 4EHUA 3CQXA 4PKHA 4B1XB 1ATRA 5EOYA 4BREA 1QQNA 5AQNA 1HX1A 4XEIA 1E4GT 1NGGA 4BQLA 3MMVA 3DXMB 2V52B 3C7NA 3WT0A 5LJVA 4M7YA 1KAZA 4CZMA 3VEYA 2ZGYA 3U9DA 5FPEA 3FR0A 3VPZA 4CZEA 3DJCA 4PKIA 4EIAA 5AQWA 3D2EA 3SJHA 5KPZA 1NM1A 2IIRA 1XQSC 2GWJA 1EQYA 4ISGA 3RSEB 3KHYA 3TPQA 4NO7A 5E84A 2E2QA 2HOEA 3WQTA 4MO4A 3BEXA 2D0OA 5ELZA 2ZF5O 5EVZA 2BTFA 1NGIA 5AQPA 5KPTA 1U6ZA 5AQQA 4CZHA 4BQZA 2CH5A 5AQSA 1MDUB 3WEEA 3LDNA 2BUPA 4BR7A 2P9NB 2E2OA 1DGKN 4F9OA 1IG8A 3ZX0A 3D2FB 4J8FA 2YJEA 2HF4A 3A0IX 4CI6A 4CZLA 3LDOA 3L0QA 4YDUC 2D1KA 2YCHA 4XH5A 3ENOA 4BRCA 3LM9A 2DPNA 3AY9A 3AAPA 3QFUA 1R59O 4H0OA 3FZHA 3A5MC 5FPNA 4CJ7A 1NGEA 4RWTA 3EO3A 3C7NB 1NGHA 3QICA 3W0LA 4O8KA 3O8MA 4BRGA 1HPMA 4M7XA 2FF6A 4MLEA 1NGBA 2QM1A 2H3GX 3L4IA 4H03B 1GLDG 4EFHA 4QS7A 2P9SA 5AQLA 5AQMA 4L3QA 3VGLA 4FPBA 5AZJA 2EWSA 4FPAA 5AQFA 3SMSA 2VWBA 2Q36A 2P9KB 2D4WA 1T44A 3MN9A 2QWRA 1TUYA 3VEZA 1QZ5A 1WOQA 2QWLA 3F9MA 1NGDA 1BWFO 3EKUA 3GOIA 3VEWA 3CIPA 4BG9A 3FFKB 5B8HA 5F1XA 3TU5A 3VENA 3WEEB 1T6DA 2FF3B 3ZEUB 3UKRA 4YDUA 4BR9A 2E20A 3CJCA 2A41A 1JCGA 2CGKA 2CH6A 2QWOA 1WUAA 3FLCO 3VGKA 4I6MB 2E1ZA 4NB4A 1GLEG 3H1VX 4EAHD 4BRAA 5LJWA 2YHXA 2NRHA 3QMLA 3QBWA 4FWKA 2Q0UA 3OHRA 4JHDA 4BRFA 2F9WA 1MA9B 1HLUA 5BRDA 4CZGA 4ISEA 3R6MA 2QXLA 5JMVA 3A5LC 2ASMA 2WUSA 1IJJA 2P9UB 3R9PA 2P9LA 5AQJA 5JICA 1NMDA 3J8AA 3WUHA 4BRLA 3IMXA 2W40A 5AZJB 4CBUA 4CZIA 4CBXA 5AFUA 5AFUH 4B1UB 4CZKA 5KQ8A 2J4RA 4CBWA 1D4XA 2Q0RA 5BPMA 4CZJA 3HSCA 4BRHA 1MWMA 4PL8A 4BG8A 2CGJA 3VF4A 1HUXA 3O1BA 3O5BA 3IUCA 2P9IB 3UB5A 3H1QA 5AZIB 4CD3A 4XH4A 3MDQA 1ZC6A 4H5NA 4WQ5A 5AQTA 4BR0A 3UKRB 2F9TA 1P8ZA 3H3NO 3VF6A 4A61A 3HTVA 1TYQB 3CJ9A 3ULEA 1OKJA 1U2VA 4BRQA 2VCPA 2AP1A 4H5RA 4K42A 3U8XA 3JS6A 2A42A 2OANA 2Q2RA 2P9PA 1G99A 3GG4A 3EL2A 4B1VA 1RGIA 3U9ZA 1YAGA 4RCHA 2QW9A 2HF3A 4BR2A 5EX5A 3UKUB 2A3ZA 1SQKA 4H0TB 5LY3A 1SZ2A 3QBXA 2IVPA 4PKGA 1DEJA 1ATNA 1BG3A 3AAQA 4JAXA 3BF1A 1GLAG 2KHOA 1X3MA 3ENHA 4GY2B 3I33A 1T6CA 4DCHA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1Q9YA 4B3RK 4JD2A 4YOUA 5AJ3K 4DUYK 4FWRA 4CIEA 3CCQN 2YV0X 3DOKA 2NNWA 4KKOA 5JLFA 2IVOA 4CK2A 3DLGA 1JLBA 4GV3A 3M3ZA 5CR4A 1Q86O 1QHAA 5AQVA 4FJ8A 4OKJA 4BDPA 3EKSA 1JCEA 2HNYA 2UU9K 3HK2A 4A62A 4A5AA 3MEDA 4FW1A 5AQRA 3QO9A 1EWRA 1X9MA 1W2BM 3AVHA 1Y64A 1K8KA 1DTQA 3RWUA 3AVKA 5BPLA 2A40A 4KBOA 4DR2K 1P90A 3RVCA 5T7BA 1K8AO 1HNZK 3O9RA 1YVUA 4DQPA 1IO2A 3OS2A 4BR4A 3O08A 4N76A 1LOTB 4W5OA 2D0CA 2HSTA 4KO0A 2Q1NA 3JXUA 4MLHA 4CHZA 2P1JA 3D7EO 4CEFA 4FWNA 3AA2A 3CFOA 1Q81O 1KVCA 1C0TA 4BRDA 3IFRA 3NF6A 1NK0A 5HOOA 1NOZA 2P9SB 3R1XA 2QKKA 4F3OA 2VYPA 1S1TA 4E7KA 5FDLA 1YUWA 4H4MA 3VOVA 4E1NA 2RKIA 3FZKA 2P5OA 3KLHA 4LFCK 3AO5A 4BRPA 1QE1A 3VQPA 1J6ZA 1KCFA 3WXMB 1UOCA 2YHWA 2ZJPL 3CCLN 1J5EK 5F2RA 3VQ9A 4EP4A 2KW4A 4FZXC 3QIOA 4M3ZA 4KHNA 2HMIA 2OCEA 4DTPA 3EEQA 4MQ3A 1JJ2M 3E01A 1QZ6A 2G8FA 4FWLA 3ZT0A 4M3XA 3B6OA 1VQON 4IFEA 1YITN 4IDKA 4B9NA 4DQ8A 2P9KA 2FSNA 1YVNA 5HRRA 3RR7A 1S72N 5C0YA 4WFAL 4LFAK 3AVCA 4DFPA 4JS5A 4KV8A 4A2BA 4RW9A 2G8VA 3GBTA 2O4IA 1RTDA 3DWLA 3ZSQA 3ZX2A 3QEVA 3DMJA 3HPHA 4QAGA 4KFBA 3VQ8A 3LP0A 1QQOA 4I6MA 3G6EN 3V9UA 1RBRA 4O5FA 1J53A 3PO4A 4L8RB 3M8RA 1XC9A 1YJ9N 5C15A 2G8UA 3OYIA 4N5SA 3THWA 2E4LA 4YHHK 3CG7A 2D0PA 3P38A 3VQQA 1B9DA 3C6TA 1DTTA 1BA0A 4BRIA 3AVIA 4GKJK 2HMPA 3H3OB 4H0YB 1ASWA 2O8FA 4FOIA 3KJVA 2OTLN 3T1HK 1VQPN 4BC2A 4B1YB 5DM7L 3OS1A 1L3SA 2FBYA 3O4WA 4EZ6A 3AVJA 1ATSA 5C12A 4E1JA 4JK9A 3O6WA 2UUCK 2NZTA 3SBGA 3PX4A 4V19S 4B9QA 3THYA 3T3FA 1TYQA 3VGMA 1Z05A 3NHGA 1NJYA 4E89A 4KH6A 4CF2A 1EX4A 3HP6A 3O3HA 3A5NC 5AQZA 4CF8A 4DQIA 2V51B 4H5VA 4M63C 5HL7L 4JK7A 1ZBSA 1RT1A 4JKBA 4F2RA 3HSTB 3LALA 3SBTA 1HKCA 2FSJA 3VA3A 3RMCA 4AM6A 4LF7K 2F8TA 2YHBA 4CEEA 4EHUA 3TAGA 2F4VK 3CQXA 4B1XB 1W7AA 4BREA 1QSLA 5AQNA 4Z4GA 1HX1A 3DLKA 1KC8O 4BQLA 4YY3K 4C1NK 3WT0A 1KAZA 1NJZA 1LAWA 3C6HA 1N34K 2VWKA 5KGXA 1C1CA 1GOAA 4Z4FA 3Q7BA 3MEEA 3CCEN 4PKIA 2VGNA 4YOVA 1VSJA 3WNGA 5AQWA 4E7HA 1NM1A 2B4JA 1L3UA 4ISGA 4FJLA 4AF1A 2DFEA 5E84A 3P1GA 3VQEA 3WQTA 4MO4A 4ILGB 2VQEK 2HBMA 1N33K 5EVZA 1NGIA 1VSHA 3O9SA 5IWAK 5AQSA 4CJFA 1MDUB 3LDNA 4JLHA 3M5RA 4EP5A 2RHKA 1BL3A 2IOCA 2YJEA 3KLIA 3HPOA 1XI1A 4YDUC 1S1XA 4KHUA 1Z25A 3LM9A 3AVGA 2QTDA 3AY9A 3ZSRA 5DMRA 1O13A 3FZHA 2OA8A 4CJ7A 3MX5A 1VSLA 3PUFA 4DTNA 3LPUA 1HYVA 4BRGA 3NFAA 4AHTA 4H03B 3AA3A 1GLDG 1GOCA 4QS7A 2WTUA 3VGLA 3KD5E 5AZJA 2EWSA 3SMSA 2VWBA 4JKEA 1JKHA 1VRUA 5C2FA 2D4WA 1T44A 3MN9A 1TUYA 1IV0A 2QWLA 4BG9A 3GOIA 3P31A 3K2PA 3FFKB 4J2AA 3K5LA 4R79A 4CGIA 4J2BA 4KTWA 4WFNL 1F21A 4JKFA 2CGKA 1NNEA 2QWOA 2FBVA 2E1ZA 4JI6K 4FW2A 4CK1A 3DI6A 5LJWA 1XHXA 1ZBLA 3QBWA 3IS9A 3LAKA 2Q0UA 2WOMA 4BRFA 3VTHA 3ZCMA 5JMVA 3A5LC 2ASMA 2WUSA 3CCJN 4DR6K 2PYJA 2XHBA 3CQ8A 2GV9A 3S3OA 4BRLA 4OGCA 4CZIA 3IMXA 5AZJB 4CBXA 2HBJA 4QCLA 2GUIA 3RMBA 3K5MA 4B1UB 4DV3K 4I9QA 4CBWA 2E5LK 1KSPA 5M1PA 3PO5A 1MWMA 3SNNA 5J2MA 1YTUA 2HHWA 3UB5A 3H1QA 4CFCA 4YNQA 3BY5A 3MX2A 2OYQA 4H5NA 4WQ5A 4OKEA 1M1KO 3H3NO 4A61A 4JI5K 3O3GA 3ULEA 4E1MA 1RILA 1RBVA 4DSJA 3U8XA 3JS6A 3CPWM 2A42A 2QA4N 3DM2A 3EL2A 4B1VA 1YAGA 1U04A 2HF3A 3VQAA 1L5UA 2UXDK 2A3ZA 1LAVA 4WFBL 1RTIA 4BDYA 2UUAK 3QBXA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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