5AZJA

Crystal structure of glycerol kinase from trypanosoma brucei gambiense complexed with 4np (with disulfide bridge)
Total Genus 177
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
177
sequence length
513
structure length
513
Chain Sequence
FTMKYVGSIDQGTTSTRFIIFDERQRPVSVHQVPHTQHTPHPGWLEHDPMEIFRSACKCMSVAIAKLRQKDASFRKIEAIGITNQRETTVAWDRVTKEPLCYAPVWNDLRTYDITKKVTAELGGGDSMFASKITGLPVSTYFAAFKMRWMLENVPAVADACRRGTLCFGTIDTWLMYKLSGGKAFVTDVTNASRTFLMDLRTRKWSPELCEKLKIPMETLPEIRSNSELFGYVETDECGVAAALNERTPIMGSIGDQQSALFGNMCFEKGEAKNTYGTGCFLLMNVGEEARFSKHGLLSTVGFQVGRDGPCYYALEGAIACAGATVEWMRRNMNLFSHITECEKLARSVPGTQGIVFVPAFSGLLAPYWDPSARGTIVGMTLKTTRAHVIRAALQAIALQLNDVVGSMKRDAGLNLSSLRVDGGLSKNGLLMEIQASLLGVDILVPSMHETTALGAALCAGLAAGVWTSLEEVKAVSRRENSWKTVSPSGSAMEREAMIAEWREALKRTKWAK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Transferase
molecule keywords Glycerol kinase
publication title Glycerol kinase of African human trypanosomes possesses an intrinsic phosphatase activity that can be exploited to accelerate anti-trypanosomal drug design
rcsb
source organism Trypanosoma brucei gambiense
total genus 177
structure length 513
sequence length 513
chains with identical sequence C
ec nomenclature ec 2.7.1.30: Glycerol kinase.
pdb deposition date 2015-10-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00370 FGGY_N FGGY family of carbohydrate kinases, N-terminal domain
A PF02782 FGGY_C FGGY family of carbohydrate kinases, C-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5azjA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5azjA01
4BG9A 3ID8A 4A61A 5EVZA 1MWKA 2QWMA 2A6AA 4CZGA 1SQKA 3A5NC 5AQYA 5ADXA 4WQ5A 4XH5A 2A42A 4QS9A 3C7NB 1YUWA 2IVOA 2E1YA 2PAVA 3O6WA 3G25A 3ZEUB 1HX1A 2FF3B 1GLCG 3QBWA 3SMPA 4FWMA 4CD1A 5I9EB 3LDOA 5AQFA 1BA1A 3KVGA 4FOIA 2P9LB 2AP1A 5BRDA 4JD2B 3DXKB 1MA9B 2HF3A 2ZGZA 3QDKA 2E1ZA 1K8KA 5EX5A 3WUHA 3A8YA 2CH6A 3M1FA 3QFPA 1Y64A 1S22A 3BEXA 3VEWA 5F0XA 1GLLO 5JLHA 5E26A 3CJAA 3FFKB 1LOTB 5BN9A 2E8AA 3CJ1A 3D2FA 4CBUA 4EFHA 5AFUA 5KPZA 4BQZA 2I7NA 3ULEB 1DKGD 5ADXH 1Z05A 2Q0RA 4BRKA 1ATNA 3KHYA 4H5NA 4FWSA 4JHDB 2EWSA 2Q0UA 1NGAA 1NBWA 3HM8A 3GE1A 1X9JA 5AQQA 1S3XA 1BO5O 5KQDA 4PKGA 3H46O 2KHOA 2P9PB 2Q31A 3O4WA 3VF2A 2GUPA 5B8HA 3VOVA 1NGBA 2D1KA 3FZLA 3EZWA 5AQSA 3VEOA 3P4IA 4MLEA 1HJOA 1KAXA 3H1QA 3L0QA 4H0XB 5AZIB 4WQ4C 4CZMA 1ESVA 3JS6A 2D4WA 4CZIA 2FSKA 4YDUA 5ELZA 2E2OA 1QHAA 5AQTA 3EL2A 4BVOA 5BN8A 4DCHA 4QS8A 2VWBA 2QWOA 3F9MA 4JN4A 3U4LA 5JLFA 3O1BA 1YVNA 4CI6A 5AQZA 1NGDA 5AFUH 3ZEUA 4BRNA 4BRLA 4BRMA 3VESA 3IMXA 4H03B 3KZBA 4H5WA 5AQUA 3VEZA 3MN7A 3CJ7A 5BRFA 2ITMA 3ATVA 1E4GT 3TPQA 2YHYA 4C23A 4H5TA 5AQPA 4BC4A 2P9LA 4JAXA 4I6MB 4JD2A 3ZX3A 1NGFA 2GELA 3DXKA 3R8EA 3VENA 3UE5A 4H0OA 5F1XA 3A5MC 5TKYA 1ZBSA 2NZTA 1QQNA 2YJFA 3AAQA 3S41A 3HZ6A 2Q1NA 2YJEA 4BRHA 4BC2A 3M3ZA 2IVNA 2QWPA 3SJHA 2Q36A 4O8KA 1QZ5A 5EY4A 4Y0WA 5EXWA 2A40A 3TU5A 5CE3A 3MDQA 1QQMA 4RWTA 3QICA 1GLFO 2YCHA 5BRHA 2FSJA 5BPNA 2GWJA 3ULEA 1ATRA 2YHXA 2D0OA 2FSNA 2V7YA 4LC9B 4CZJA 3QFUA 3U8XA 3CHWA 1G99A 4ISGA 3HI0A 4JHDA 4MO4A 2AA4A 3ENHA 4PL8A 4WYBA 1NGJA 4RCHA 1U2VB 1NM1A 2P9PA 4BRPA 3VPZA 1R59O 4FO0A 2ASMA 4H0PA 1EQYA 3WQTA 1T6CA 3SMSA 5KPRA 1ZXOA 2QWQA 3CJBA 3U9ZA 2ZGYA 3WXIA 4CZHA 3L4IA 5AZIA 1SZ2A 3ZX0A 2FLOA 4IXCA 2PBDA 2E2PA 1T6DA 2QWNA 5AQKA 2WUSA 1V4SA 5AQJA 3VETA 5JMVA 3MK6A 3ZETB 1NGIA 4CZEA 3O80A 3VF4A 3VF6A 5FPMA 3DAWA 3VGLA 3LDNA 3A5OC 1GLAG 4K43A 1DEJA 1YAGA 3W3DA 4I6MA 1RDWX 3HSCA 2NLXA 5AQRA 3ENOA 4BR4A 2CGLA 1WUAA 4BRQA 1IG8A 2F9WA 1HLUA 4NO7A 4JNEA 3LM9A 4M7XA 4B1XB 5AQGA 1IJJA 1JCGA 3L6QA 3C0BA 1Z6RA 3CJ9A 4BR2A 3AAPA 2P9IB 1NGHA 1NGEA 1MWMA 3MMVA 1C0GA 4EIAA 3FLCO 3GBTA 2W41A 4RTFD 1J6ZA 3D2EB 2YHWA 4BVPA 3AY9A 4BRDA 4IZ9A 3A0IX 4CJ7A 4NB4A 3EO3A 3CQXA 1NMDA 3A5LC 4BR5A 1RGIA 3D7EO 4CZKA 5LY3A 4BRAA 2I7PA 4ISEA 2E88A 4J8FA 3C7NA 2CH5A 3MN9A 4PL7A 3H3NO 4FPAA 1BUPA 4WQ5C 4H0TB 1U2VA 5AQIA 3FGUA 4FPBA 4GNIA 3CETA 4PKIA 4FWPA 3ATUA 1QQOA 3QMLA 2A3ZA 1H1VA 4FSVA 4FL9A 3RSEB 3BF1A 4L3QA 5AQOA 3DXMB 4Z94A 1TUUA 2P9SB 3R6MA 3SLCA 3AARA 4HTLA 1YXQA 4IJAA 1HKGA 2HOEA 1MDUB 1TYQB 1X3NA 4B9QA 3QB0A 4CZLA 4O5FA 5KPTA 2E20A 3J8AA 3CERA 2D0PA 4FOEA 1QZ6A 3CIPA 4BREA 2QWLA 3WXLA 3CQYA 3O8MA 3BF3A 1C0FA 1JCEA 3QBXA 2Q2RA 3WT0A 3FZKA 4H0VB 1NGGA 3WEEB 3VEXA 3IDHA 2IVPA 4K42A 4K41A 4AM7A 4MLHA 3DJCA 3H3OB 4WQ4A 4F9OA 3BP8A 4B1ZA 5BR9A 5AZJB 3CJCA 4CD3A 4IO8A 1KAYA 3OHRA 4BGBA 3U9DA 2P9IA 4FWLA 5EOYA 2P9UB 4BG8A 1E4FT 1ZC6A 1T44A 1GLEG 3LDLA 1TUYA 3D2EA 3M6GA 3HBTA 3I8BA 2V7ZA 3R9PA 4K25A 2P9NB 2P9KB 2V51B 3WXKA 5JICA 3MN6A 3GL1A 3SK3A 3UB5A 3MCPA 3O08A 3HTVA 2CGKA 3FZFA 5AR0A 4DQ8A 2VCPA 1GLBG 3B8AX 1GLJO 4XH1A 2HMPA 2Q97A 4M63C 3GOIA 3O1WA 4YDUC 4BQLA 3UKUB 1HUXA 1BA0A 3WXJA 2H3GX 2ZWHA 3UKRB 4DB3A 1WOQA 1X3MA 4HWIA 4PKHA 1U6ZA 5AQHA 1XUPO 1LCUA 5BREA 3GDQA 4CBXA 3VGMA 5AQVA 3VEVA 3VEYA 4QS7A 4IWVA 3RSEA 4BROA 3DXMA 2VYPA 2P9SA 1DGKN 4B1UB 1TYQA 1D4XA 4IJNA 1KXPA 4FWQA 3GG4A 4A2BA 4M7YA 4EHUA 3H45C 2QXLA 2V52B 2ZF5O 1BWFO 3LDPA 2ASOA 2CGJA 2QWRA 3MN5A 1NWKA 3VGKA 4A62A 1HKCA 4B1VA 2F9TA 3EKUA 2GWKA 4CBWA 1XC3A 4XEIA 2GTDA 4FWNA 3H1VX 2W40A 4EAHD 4E1JA 3LM2A 1OKJA 1XQSC 4BGAA 5BPLA 1BDGA 1BOTO 3LDQA 2E2QA 4BRGA 4BRCA 3WEEA 2DPNA 5FPNA 2OANA 4FWRA 3FZHA 4H5VA 5F2RA 3FR0A 5AZJA 4BR7A 3DWLA 1ATSA 2A5XA 4BC5A 5AQNA 3I33A 4AM6A 2QM1A 2BTFA 1V4TA 2P9UA 3H6EA 1CZAN 5FPEA 3FE1A 2YI1A 5KQ8A 1K8KB 2ASPA 3CI5A 3WQUA 4H5RA 5BPMA 5AQXA 4BRFA 2P9NA 2P9KA 4CZFA 2NRHA 1NLVA 3EKSA 2IIRA 3D2FB 3FZMA 3IUCA 3EN9A 4BR9A 4MO5A 4XH4A 1KAZA 3LL3A 5LJVA 5E84A 3IFRA 5LJWA 1GLDG 3ZETA 3UKUA 2E2NA 5AQLA 4A2AA 1Q18A 2A41A 5AQWA 3UKRA 1HPMA 4ISFA 3JXUA 4KBOA 3BUZB 3VERA 2FXUA 2GEMA 1P8ZA 4BC3A 1HKBA 1BU6O 3O5BA 2BUPA 4B1WB 4BR0A 1BG3A 4EHTA 4B1YB 5AQMA 3ZX2A 2UYTA 4FWKA 4FWOA 2HF4A 2FF6A 4BRIA 2QW9A 3W0LA 1RFQA 1NGCA 1JCFA 2J4RA 5FPDA 4H0YB 4GY2B 4DHYA 1SAZA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4E7HA 3SUPA 4A61A 5FRNA 1EETA 1MWKA 4EP5A 3A5NC 5ADXA 5E41A 3M5RA 3C7NB 3OYBA 3HXMA 2IVOA 5J1EA 1VSDA 3ZEUB 4DSJA 2FF3B 3SMPA 2HHWA 5HL7L 1RNHA 4CD1A 3KWIA 3TABA 5AQFA 1BA1A 2AP1A 5BRDA 3VTIA 1NK6A 4JD2B 3V9ZA 3CFRA 3DXKB 3VQPA 1KSPA 2ZGZA 4LFBK 1VQ9N 4Q0BA 2E1ZA 2VWKA 3NF6A 5EX5A 3VQBA 1RT7A 2CH6A 4CK2A 5F0XA 5JLHA 1RILA 5SZTA 1FJGK 3FFKB 2QEXN 5BN9A 1K9MO 3ZT0A 4DR4K 3L3UA 1RTDA 4ELTA 2O8DA 1EXQA 2IS3A 2HHTA 3AVMA 3P31A 1C1CA 5ADXH 1Z05A 3KHYA 4H5NA 4DSEA 3AVAA 4B8CA 1T03A 4L8RB 3L2WA 4FZZA 3T69A 5AQQA 1BO5O 2ZJQL 4TSXA 4NCAA 2GUPA 2D1KA 4IFVA 3EZWA 1D5AA 1WSEA 5AQSA 4JI3K 1HJOA 3OJUA 1SL2A 4J2DA 4BWMA 4DV7K 1EP4A 2D4WA 1RDCA 4HCCA 1XMQK 3OS1A 3LAMA 1WLJA 3CPWM 2QWOA 4BE2A 5JLFA 2PYJA 3VESA 5CYQA 4H03B 5AQUA 3AA4A 3VA0A 1S6PA 4C8MA 5BR8K 1U45A 5BRFA 1X9MA 2KFNA 1E4GT 4JK9A 4H5TA 2P9LA 1SKWA 3G10A 4CHYA 3K5NA 3JAMO 4H0OA 2VQEK 5I42A 4E3SA 2YJFA 3AAQA 3VQEA 3IG1A 2Q1NA 4BY9C 4B9TA 2YJEA 3RTVA 2QWPA 3SJHA 2Q36A 1WNSA 2WOMA 5EY4A 4KO0A 1QSYA 2O8CA 4GVMA 4CJWA 3TU5A 3V1QA 5FROA 3I8DA 2YCHA 3MECA 2FSJA 2YX6A 4R79A 2FSNA 4LC9B 3U8XA 1IV0A 3HI0A 4W5OA 4DF8A 2QXFA 2O8FA 3VTHA 1U2VB 3I0RA 1NM1A 3O3GA 2ASMA 1RT4A 4FJXA 2RPIA 1OVQA 1T6CA 4FW1A 1ZXOA 2QWQA 3AVIA 3WXIA 3NF7A 1S1XA 4Z4HA 1D9DA 2ZQBA 4IXCA 1IKWA 1YHQN 3TR8A 1K6YA 1T6DA 3O9RA 5AQKA 4LFCK 2DY4A 3CM6A 3RMAA 1VRTA 5AQJA 1J53A 2HB5A 3LP2A 3MK6A 3ZETB 1KLNA 1NGIA 2NRZA 3T19A 5FDLA 3V81A 1JXBA 1SUQA 3DLHA 5LL6Z 3MEGA 2EX3A 3VF6A 1WSGA 1WAFA 1HNIA 2NRRA 1JJ2M 1RT2A 3A5OC 4YOTA 3PUFA 3K59A 3D0PA 4OX9K 3ENOA 1RTIA 1RCHA 4E7KA 1Q81O 3OA9A 4CHNA 1HLUA 4NO7A 1ASUA 4CEQA 4M3XA 2QTDA 2OZSA 3C0BA 4BR2A 1EX4A 1VHXA 1NGHA 3MMVA 4EIAA 5C2FA 4N47A 3LPUA 4IZ9A 3A0IX 1P90A 4JKHA 4CHQA 1NMDA 3DRSA 4Z0UA 1ZYQA 3D7EO 2X6NA 1EKEA 1TL1A 5DM7L 4WE1A 3LP3A 3C7NA 3L3VA 4PL7A 1VSIA 4DQIA 3ITHA 1O13A 3NMUA 5TKWA 4FPAA 4EZ9A 4M42A 4KHWA 3FGUA 4FPBA 4WFBL 4YOVA 4KI6A 4M3UA 4DTOA 2XY5A 4YFUA 1TGOA 5AQOA 2RN2A 4BDYA 4Z94A 2OCEA 3AO3A 1HRHA 3ZT2A 1VQPN 3J80O 3CCMN 3NBPA 4CZLA 4O5FA 3UIQA 1GOAA 1LAWA 3SI6A 1L3SA 2PFUA 3QLHA 2VWJA 1VSFA 5KRTA 2QWLA 4JK8A 3CQYA 3O8MA 3QBXA 4CJ5A 2Q2RA 3IKMA 1FK9A 1YIJN 3F5TA 1RTHA 3V1RA 1JXEA 2W42A 4IFEA 4DR7K 5HRPA 2FBXA 2B6AA 2O4GA 4K42A 1KD1O 4K41A 4WQ4A 4CVNE 3BP8A 4B1ZA 1UWBA 3OY9A 4PQUA 4IO8A 3PV8A 3SJJA 1C1AA 2P9IA 3U9DA 1NJYA 4B9MA 2O8BA 2P9UB 4BG8A 1E4FT 1XNQK 3RR8A 3F9KA 3SQ0A 4AQYK 3M6GA 5KGXA 3R9PA 1NK0A 4FJGA 2V51B 3WXKA 5JICA 3OYEA 3UB5A 4GMJB 3HTVA 4DMNA 4M3TA 3I56N 4XH1A 2HMPA 4DTMA 4LY7A 2Q97A 4M63C 4YDUC 4KH6A 4CESA 4FJIA 3WXJA 2H3GX 1HMVA 4A57A 1BQNA 2HNZA 4GVEA 1NK8A 5AQHA 3HT3A 3TAFA 5C25A 3VGMA 2GX9A 3VEVA 3CG7A 4QS7A 4IWVA 3RRGA 4X62K 3DXMA 4KTQA 5SWMA 3CCUN 3HL8A 3FFIA 4B1UB 1D4XA 3KKRA 3H45C 2QXLA 2ZF5O 2GV9A 2ASOA 3DLEA 2QWRA 3CYMA 4AILC 1HKCA 4B1VA 1YJNN 5D3GA 2F9TA 4CHZA 3V6DA 3E66A 1XC3A 4W5TA 4JKBA 2W40A 3NAEA 1KVAA 4BGAA 1XI1A 4ICLA 1BDGA 3P1GA 4DV1K 3WEEA 1N8RO 2DPNA 1A5VA 3KLFA 3SAFA 5FPNA 3PX0A 1G15A 5DK5A 4DR1K 1VAZA 3DWLA 4BR7A 4B3MK 2A5XA 3KK1A 5CYMA 3I33A 3WNGA 4C8OA 4C8LA 3NE6A 2E6MA 1ZBLA 4JS5A 5GADP 2P9NA 3QIPA 3L4QA 1QHTA 4HHTA 1I94K 1NLVA 2PY5A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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