5AZJA

Crystal structure of glycerol kinase from trypanosoma brucei gambiense complexed with 4np (with disulfide bridge)
Total Genus 177
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
177
sequence length
513
structure length
513
Chain Sequence
FTMKYVGSIDQGTTSTRFIIFDERQRPVSVHQVPHTQHTPHPGWLEHDPMEIFRSACKCMSVAIAKLRQKDASFRKIEAIGITNQRETTVAWDRVTKEPLCYAPVWNDLRTYDITKKVTAELGGGDSMFASKITGLPVSTYFAAFKMRWMLENVPAVADACRRGTLCFGTIDTWLMYKLSGGKAFVTDVTNASRTFLMDLRTRKWSPELCEKLKIPMETLPEIRSNSELFGYVETDECGVAAALNERTPIMGSIGDQQSALFGNMCFEKGEAKNTYGTGCFLLMNVGEEARFSKHGLLSTVGFQVGRDGPCYYALEGAIACAGATVEWMRRNMNLFSHITECEKLARSVPGTQGIVFVPAFSGLLAPYWDPSARGTIVGMTLKTTRAHVIRAALQAIALQLNDVVGSMKRDAGLNLSSLRVDGGLSKNGLLMEIQASLLGVDILVPSMHETTALGAALCAGLAAGVWTSLEEVKAVSRRENSWKTVSPSGSAMEREAMIAEWREALKRTKWAK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule keywords Glycerol kinase
publication title Glycerol kinase of African human trypanosomes possesses an intrinsic phosphatase activity that can be exploited to accelerate anti-trypanosomal drug design
rcsb
source organism Trypanosoma brucei gambiense
molecule tags Transferase
total genus 177
structure length 513
sequence length 513
chains with identical sequence C
ec nomenclature ec 2.7.1.30: Glycerol kinase.
pdb deposition date 2015-10-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00370 FGGY_N FGGY family of carbohydrate kinases, N-terminal domain
A PF02782 FGGY_C FGGY family of carbohydrate kinases, C-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5azjA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5azjA01
4FWQA 2W41A 4BVPA 4BGBA 4BRQA 2Q2RA 1KAXA 5FPDA 4JHDB 4Y0WA 1TUYA 3M3ZA 3A8YA 4HWIA 2YHYA 5FPMA 5AQHA 4FWKA 4FSVA 1C0FA 3CERA 1GLJO 3BF1A 3RSEA 1HKCA 2Q36A 2V7ZA 1S3XA 3QICA 1TYQA 2E1ZA 3AY9A 3I8BA 1E4FT 5EX5A 1NGAA 4AM7A 2QWPA 3SJHA 5CE3A 1GLFO 2E2NA 4CZGA 1ZC6A 3UKRA 3S41A 3WEEA 5E84A 5AQTA 4CBUA 1BU6O 3CJ1A 1T6DA 1DKGD 4WQ4C 1LOTB 3B8AX 3I33A 4CZHA 3JS6A 3HM8A 3MN5A 5LY3A 4EAHD 2P9UA 1U6ZA 1S22A 4B1XB 4BRKA 2NZTA 1YUWA 4WQ5C 3LL3A 3VOVA 4BQLA 2YCHA 1MWMA 4M7XA 2E1YA 1NWKA 1YXQA 4HTLA 2Q1NA 3HBTA 1HX1A 2A3ZA 3DJCA 1K8KB 3H6EA 5LJVA 4RWTA 1BO5O 3ZX0A 4YDUC 5AQUA 1GLLO 3J8AA 1TYQB 3UE5A 4BG9A 4FWSA 1NGFA 3FR0A 3FZFA 3CJ7A 3UKRB 1T44A 2D0PA 5AQZA 4B9QA 3WEEB 3ATUA 2ITMA 4FOIA 4H0TB 3MN6A 1EQYA 3AAQA 3H46O 3QMLA 3MN7A 2WUSA 2P9LA 3CHWA 2P9KB 4C23A 1BDGA 1C0GA 2IVPA 2P9UB 4DCHA 5ELZA 2J4RA 4I6MA 3C7NB 3A5NC 2YI1A 5TKYA 4H5VA 4MO4A 4H0VB 4BR0A 1QHAA 4ISFA 3WXLA 5KPTA 2IVOA 3H1QA 2GTDA 2ZGYA 2QXLA 2GEMA 4FWOA 3BEXA 5AQVA 1NMDA 4K42A 4BR4A 5KQ8A 2QWMA 4BC4A 4FL9A 2QM1A 3CJCA 2D1KA 3VEZA 3D2FA 5KPZA 2A42A 1QZ5A 1J6ZA 3C0BA 5AQLA 1BOTO 1NGEA 3EO3A 3LDNA 4B1UB 4BRDA 2I7PA 3FZHA 3MN9A 5KQDA 2E2PA 2CGJA 4BRHA 3A5LC 3W0LA 3MK6A 4CZLA 2P9NA 4BRNA 2PBDA 2V7YA 3FZLA 1V4TA 1HKGA 3LM9A 3O08A 3HTVA 4H0XB 4PKGA 3H45C 5EY4A 1P8ZA 4IJNA 1LCUA 4H5NA 3A5MC 1NGIA 1GLAG 3AARA 4F9OA 4H0YB 2EWSA 4FO0A 4PKHA 2PAVA 3CJBA 3O8MA 3SMPA 1Z6RA 4BG8A 4BQZA 2CH6A 3VESA 1R59O 1JCEA 1ZBSA 3EL2A 4BC3A 3L6QA 3WXIA 5JMVA 3EZWA 1K8KA 3KZBA 2P9PB 3D2FB 1NM1A 1OKJA 2NRHA 2BTFA 4XH1A 1ESVA 3ULEB 4CD1A 3MCPA 1SQKA 4A2AA 1X3MA 3QFUA 2P9NB 4RTFD 3UKUB 3D7EO 4XEIA 4B1VA 3D2EB 5F2RA 2V51B 2P9KA 2FLOA 2ZGZA 1X3NA 2YJFA 5BRHA 3BP8A 1ZXOA 3FFKB 4EHUA 4EHTA 3C7NA 4CD3A 5AQMA 4BRFA 4M63C 2ASMA 4Z94A 5AQQA 4CBWA 3R6MA 2GELA 3KHYA 4WYBA 1IJJA 1BG3A 3DWLA 5I9EB 3O5BA 4BROA 3HI0A 4FWRA 2IIRA 3VEYA 2FSKA 2GUPA 3CQYA 3H3OB 4O8KA 3VF2A 3W3DA 4IJAA 5AQSA 2VYPA 3O1BA 3R8EA 2DPNA 1IG8A 2OANA 2E20A 3JXUA 3CETA 5BPLA 4WQ4A 3FZMA 4AM6A 4DQ8A 3WQTA 4BR5A 3GBTA 1GLBG 2P9IB 1SAZA 2CH5A 4DB3A 2E2QA 3HZ6A 4GY2B 5AZJB 4A62A 3GDQA 3QB0A 2AP1A 2H3GX 4IO8A 4IWVA 4XH5A 1Y64A 4BRPA 4FWMA 3EN9A 3ENOA 4FPBA 3GOIA 4L3QA 4YDUA 3DXKA 4K41A 2GWJA 5BPMA 1HPMA 2HF4A 2HOEA 3CIPA 2CGLA 3U9ZA 5B8HA 2FXUA 1XC3A 2A6AA 3A5OC 1NGHA 5AQGA 2P9PA 5FPNA 5EXWA 4EIAA 5AQNA 2FF3B 3ZEUA 1Q18A 5BREA 4CI6A 4H5TA 3SK3A 1NGGA 4K25A 3ULEA 1MA9B 2A5XA 4BR2A 4BRGA 2Q31A 3IDHA 4BGAA 1JCGA 3CJAA 3KVGA 3UKUA 3LM2A 4BVOA 5AZIB 1QQNA 5EOYA 3U8XA 1RDWX 1GLDG 4H0PA 4PL8A 2ZWHA 2P9SB 3D2EA 3MMVA 2NLXA 4CZJA 4B1ZA 2Q0RA 4M7YA 3R9PA 3VEXA 3VEOA 3VERA 1ATRA 4JD2B 4XH4A 3FLCO 1BUPA 1Z05A 3FZKA 1WUAA 5ADXH 2QW9A 3SLCA 2Q97A 3A0IX 3DXKB 4LC9B 1CZAN 1HJOA 4FOEA 2ASOA 1DEJA 1YAGA 3LDQA 4RCHA 3H3NO 2VCPA 1G99A 1XUPO 2D0OA 5AQYA 3O4WA 3LDOA 1HUXA 3BF3A 3DAWA 5AQIA 2ZF5O 3ZEUB 1GLEG 4E1JA 4MLEA 5AQJA 3M6GA 5ADXA 5BN8A 5JLHA 4CZMA 3O80A 3H1VX 3L4IA 3GL1A 3VF4A 4QS7A 2FSNA 2HF3A 3OHRA 3M1FA 5JLFA 2P9IA 3P4IA 4H0OA 2E88A 5EVZA 5AZJA 4MLHA 3ZX3A 3ZETA 4DHYA 2VWBA 4IXCA 2A41A 2QWLA 3LDPA 1NGCA 2YJEA 3QBXA 4BRAA 1YVNA 4EFHA 3WQUA 2ASPA 4FPAA 5AQOA 3TU5A 1NGDA 3G25A 1BA1A 1KAZA 4NB4A 5E26A 4CZEA 1HKBA 4BRMA 2FF6A 4FWPA 2E8AA 3VGMA 3IMXA 1U2VA 1NGBA 2IVNA 2A40A 4B1WB 5FPEA 4CZFA 5BRDA 4FWLA 5KPRA 1BA0A 1XQSC 3VF6A 3EKUA 4CBXA 1HLUA 3VPZA 1D4XA 3VENA 2E2OA 3DXMA 3FGUA 5AFUH 2FSJA 3GE1A 4ISGA 1NLVA 3GG4A 3QDKA 1X9JA 1ATNA 4H03B 3U9DA 5F0XA 4BRIA 1QQMA 4GNIA 1MDUB 1NBWA 5AZIA 4BRCA 2D4WA 3RSEB 3WT0A 1ATSA 3ENHA 3F9MA 4WQ5A 2P9SA 3CJ9A 2HMPA 5AR0A 3ZETB 1RGIA 1V4SA 4JD2A 4MO5A 4BR7A 3VEWA 3CQXA 3ID8A 2GWKA 2F9WA 3HSCA 4A61A 1GLCG 4QS9A 4PL7A 1E4GT 5AFUA 5BRFA 3U4LA 3WXKA 5AQXA 4CJ7A 2KHOA 3CI5A 3ZX2A 4PKIA 3WUHA 1RFQA 1SZ2A 1U2VB 4B1YB 5AQRA 5JICA 4KBOA 3IUCA 2UYTA 4BC2A 1KAYA 1QQOA 4JN4A 2W40A 4CZKA 2AA4A 4ISEA 2Q0UA 4JNEA 5BR9A 4K43A 2QWRA 3DXMB 3O1WA 1JCFA 1QZ6A 4FWNA 2F9TA 2YHWA 3TPQA 3ATVA 3VGLA 4BREA 4NO7A 4IZ9A 4JHDA 5AQPA 3QFPA 3WXJA 4H5WA 3O6WA 2I7NA 1WOQA 3UB5A 1DGKN 1NGJA 3BUZB 3QBWA 5AQFA 5F1XA 4BR9A 1H1VA 2V52B 5AQKA 2QWNA 1TUUA 3AAPA 5LJWA 5AQWA 1KXPA 4H5RA 3IFRA 4JAXA 3VEVA 2CGKA 1MWKA 1BWFO 2BUPA 4O5FA 3FE1A 3VGKA 3MDQA 3VETA 2P9LB 3EKSA 5BN9A 2QWOA 1T6CA 2YHXA 4BC5A 3SMSA 3L0QA 4A2BA 4I6MB 5BPNA 2QWQA 4BRLA 4CZIA 4J8FA 4QS8A 3LDLA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4FWQA 1FJGK 2Q2RA 1KAXA 2X78A 4Y0WA 3TANA 3THXB 4HWIA 4OGEA 4OPJA 1YT3A 4FSVA 1B92A 3CERA 5I3UA 2V7ZA 1RT6A 4CF2A 1TYQA 5CYQA 3QNNA 1UA0A 2WBNA 1E4FT 2ITGA 1Q81O 3SUOA 2E2NA 3AV9A 3WEEA 4CBUA 2KQ2A 3CJ1A 1T6DA 1DKGD 3MCAB 4WQ4C 3B8AX 4M3YA 5DM6L 3HM8A 4DMNA 3MN5A 1CXQA 4FJHA 3NAEA 2P9UA 1U6ZA 4B1XB 4OO1J 1J53A 1DLOA 3TSUA 1YUWA 3NF7A 4A57A 4WQ5C 4LD0A 2OPSA 4CGDA 3P5JA 1VQLN 3ZT3A 4M7XA 1NWKA 5LMNK 4HUFA 3NF9A 2IGIA 1HX1A 3T1AA 1UWBA 2O8FA 2NUBA 4RWTA 3DRPA 1RBTA 3S3OA 4EP4A 4E7IA 1XMQK 3EYZA 3OYBA 4DR5K 2HHWA 4IG0A 3J8AA 1LW2A 3K5LA 3B6OA 3ULDA 1ZBLA 1HNVA 4JKGB 4JI3K 1KTQA 2D0PA 5AQZA 4DG1A 2ITMA 4WCEL 1WNSA 3AAQA 3ISNC 3D0PA 1HMVA 3MN7A 4KHPK 2P9LA 4C23A 4AHTA 3QERA 2J4RA 1WAJA 1RNHA 1IKXA 4B3MK 3ZLJA 2NRVA 4DFJA 2O8DB 1T05A 5HBMA 4JI7K 3E01A 3RMDA 3WXLA 4N47A 1RT2A 2ZGYA 3C95A 2QXLA 2GEMA 4FWOA 2HW3A 3QEVA 1NMDA 3ZSRA 4K42A 1OVQA 4HCCA 3D2FA 5C24A 2A42A 5KPZA 4LF9K 2HHVA 3QIOA 3CQ8A 4B1UB 5AQLA 1BOTO 1NGEA 2XY5A 1VQMN 3M8SA 3CCQN 2XY7A 3VTHA 4BRHA 4DTSA 2O8CA 1C1AA 3A5LC 3NH2A 1TVRA 1QVFM 2AJQA 4BRNA 1NOYA 2V7YA 1VQ6N 3HTVA 1XHXA 4CHQA 1KVAA 1RTJA 4PKGA 4PHTX 4YOXA 3A5MC 1X9MA 1WBBA 3AARA 2EWSA 4PKHA 2PAVA 1LWEA 4BQZA 4E19A 4NLBA 1R59O 2KKZA 5CZ1A 3EL2A 1IKWA 3L6QA 1D5AA 3TSQA 1BISA 1K8KA 1EKEA 2P9PB 1WLJA 4FLTA 2HBJA 3VA3A 3LP0A 3WNGA 4AHCA 4CEEA 4WFBL 3QEWA 2HHHK 4CD1A 4OPAA 1SQKA 4A2AA 3L2WA 3SQ0A 4RTFD 4C8NA 4XEIA 3G4SN 3D2EB 5F2RA 2FC0A 1YTAA 2P9KA 2FBTA 2FLOA 3PX4A 1VQNN 3E9LA 1X3NA 2YJFA 5M1NA 3BP8A 3V9ZA 4EHUA 1EWQA 4EHTA 3OBYA 3V9XA 1L3SA 3VMFB 1BCOA 3C7NA 4CD3A 5M1OA 1VSKA 2KZZA 2OZSA 4ZHRA 4JS5A 4Z94A 4DV2K 4DR2K 2GELA 4WYBA 4DTOA 1IJJA 1MU2A 5I9EB 4K8ZA 1WSGA 3HI0A 2Y1IA 2IIRA 4W5OA 1RT7A 2GUPA 3CQYA 3H3OB 4FLWA 1YF5L 3MEDA 3W3DA 4IJAA 1TK8A 1ZBHA 3F2KA 4F2SA 2OANA 4DV5K 2E20A 3JXUA 4V19S 1DTQA 3CETA 4R5PA 4FJ8A 4BDZA 3FZMA 1QQCA 4JI4K 1A5XA 3P1GA 3ZT1A 2JWLA 1IO2A 1GLBG 2P9IB 4Q5VA 3HXMA 3CXCM 3QB0A 1J9AA 5C10A 1U48A 4RW7A 3LZIA 3GOIA 4L3QA 1HNZK 4K41A 1HPZA 4OKEA 5BPMA 4EZ6A 3PO5A 2FXUA 4JK9A 4LF7K 3T19A 4YFUA 1DTTA 4CHNA 2VG6A 1IKVA 5EXWA 5FPNA 1NKEA 3U3YA 2FF3B 3ZEUA 1Q18A 5BREA 3SK3A 4K25A 3LP2A 2B6AA 3RTVA 1JCGA 3UKUA 4DQPA 5AZIB 4HTUA 1QQNA 5EOYA 2Q0RA 4M7YA 3KJVA 4W5TA 2HBLA 3KLGA 3DM2A 4DV6K 1VQON 1KC8O 1BUPA 3BY5A 4FW2A 3SBGA 4Z4FA 3ZT4A 1EO1A 4IEEA 4LC9B 3NVKA 1HJOA 4FOEA 2ASOA 3LDQA 4BWMA 1KVCA 3SQ2A 1G99A 1Q9XA 2UUCK 2YNFA 3O4WA 1HUXA 3BF3A 1UOCA 1L3VA 1K6YA 4MLEA 4OVLA 2QI2A 1LAVA 5BN8A 1WSHA 5KRSA 4CGHA 3I55N 3GL1A 2FSNA 2HF3A 4Z0UA 1SKRA 4CF0A 1YITN 3P4IA 3VQCA 1GOCA 1SV5A 4DR1K 2ZM6K 4MLHA 4ELTA 3ZETA 4G1QA 1N5YA 4JI0K 4LF8K 2DFEA 2HHQA 1QVGM 3CM5A 3QBXA 4JKAA 4HUGA 3HP9A 4FPAA 1BQMA 1NGDA 1XWLA 2OCEA 1XC9A 4CIGA 4CCHA 1HKBA 4BRMA 2QA4N 4FWPA 4CJSA 1NGBA 4FJ7A 5BRDA 5KPRA 1IG9A 3AGKA 4N41A 3QEPA 3SUNA 3RWUA 3C6TA 3GE1A 4DU4A 1JLBA 1NLVA 3PY8A 4DV3K 3U9DA 1QSSA 4JI5K 3AVIA 1RT1A 3WT0A 3F9MA 4KH4A 5SZTA 4MDBA 4CERA 3D6RA 4JD2A 4N5SA 2XY6A 1BI4A 5C12A 2F9WA 3HSCA 1GLCG 3OS2A 4QS9A 4PL7A 1D9DA 4DFKA 3WXKA 3TAQA 5K14A 4IFEA 3V81A 2KHOA 3CI5A 2G8UA 4PKIA 1IBLK 1U2VB 1VK0A 1SKWA 2ATQA 3MAQA 4M3WA 1KAYA 3N4QA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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