5AZJA

Crystal structure of glycerol kinase from trypanosoma brucei gambiense complexed with 4np (with disulfide bridge)
Total Genus 177
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
177
sequence length
513
structure length
513
Chain Sequence
FTMKYVGSIDQGTTSTRFIIFDERQRPVSVHQVPHTQHTPHPGWLEHDPMEIFRSACKCMSVAIAKLRQKDASFRKIEAIGITNQRETTVAWDRVTKEPLCYAPVWNDLRTYDITKKVTAELGGGDSMFASKITGLPVSTYFAAFKMRWMLENVPAVADACRRGTLCFGTIDTWLMYKLSGGKAFVTDVTNASRTFLMDLRTRKWSPELCEKLKIPMETLPEIRSNSELFGYVETDECGVAAALNERTPIMGSIGDQQSALFGNMCFEKGEAKNTYGTGCFLLMNVGEEARFSKHGLLSTVGFQVGRDGPCYYALEGAIACAGATVEWMRRNMNLFSHITECEKLARSVPGTQGIVFVPAFSGLLAPYWDPSARGTIVGMTLKTTRAHVIRAALQAIALQLNDVVGSMKRDAGLNLSSLRVDGGLSKNGLLMEIQASLLGVDILVPSMHETTALGAALCAGLAAGVWTSLEEVKAVSRRENSWKTVSPSGSAMEREAMIAEWREALKRTKWAK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule keywords Glycerol kinase
publication title Glycerol kinase of African human trypanosomes possesses an intrinsic phosphatase activity that can be exploited to accelerate anti-trypanosomal drug design
rcsb
source organism Trypanosoma brucei gambiense
molecule tags Transferase
total genus 177
structure length 513
sequence length 513
chains with identical sequence C
ec nomenclature ec 2.7.1.30: Glycerol kinase.
pdb deposition date 2015-10-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00370 FGGY_N FGGY family of carbohydrate kinases, N-terminal domain
A PF02782 FGGY_C FGGY family of carbohydrate kinases, C-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5azjA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5azjA01
2IVOA 3O6WA 5AQLA 3ZX0A 5BR9A 4O5FA 4FOIA 2HOEA 3WQUA 3SMPA 4FWMA 4BR0A 1ZXOA 2A3ZA 2Q1NA 3OHRA 3M3ZA 3O5BA 5AZJA 3MCPA 5FPNA 4CZGA 3LDNA 5AQUA 4CZKA 1NM1A 1V4SA 2QWPA 1H1VA 3LDQA 4JHDB 3MK6A 5AQIA 4BRLA 5EX5A 1J6ZA 1HUXA 4Y0WA 3ZX3A 4C23A 5KPZA 3ATVA 4BR9A 2FF6A 1NGGA 3WUHA 2CGKA 4BC2A 3A5OC 4BRIA 3BF1A 2V51B 4PKIA 4A2AA 2QWLA 4BVOA 5EY4A 3J8AA 2HF3A 2A6AA 2KHOA 2E20A 5BN9A 1YVNA 1IG8A 3UE5A 4BGAA 1DKGD 3B8AX 2VWBA 4HWIA 3AAPA 4WQ4A 4A61A 1RGIA 4BRFA 3O1BA 3UKRB 4H5NA 1BOTO 1IJJA 1NGFA 2E8AA 3DXKB 3H6EA 5AQVA 3VENA 3DAWA 4FOEA 4KBOA 5E84A 1RDWX 4ISEA 2GTDA 3AY9A 2V7ZA 4H5TA 4MLHA 1TYQA 2I7NA 4CZEA 3DWLA 4XEIA 3VEZA 2FSNA 3WXJA 3FFKB 5BRFA 2D1KA 2ZWHA 3RSEB 4J8FA 3ULEB 3MN9A 1DGKN 4FPBA 1Q18A 3VEVA 1NGEA 2P9PA 4H0XB 5BPMA 1MDUB 1Z6RA 3VPZA 3C7NA 4K25A 1HKGA 3SMSA 2BUPA 4BRMA 3CJ9A 2F9TA 5AQZA 1NLVA 1U6ZA 2I7PA 5CE3A 2A5XA 2YHYA 1WOQA 3UKUA 3W0LA 2E2NA 5EXWA 2P9NA 4MO5A 2YHXA 1GLLO 1HPMA 3LDLA 1HX1A 3ENOA 1NGCA 3DXMB 4F9OA 3WQTA 2CGLA 4H5RA 1V4TA 4FWRA 5F2RA 3CJBA 4M7YA 3VF6A 4JNEA 1NGBA 4B1UB 3A0IX 2P9SA 2P9IB 1SQKA 2P9SB 3D2FB 3FE1A 4CZMA 3ZEUA 1S3XA 3MMVA 2E1ZA 5LJWA 2AP1A 4QS7A 3MN7A 4BRGA 2A40A 3GBTA 5AQTA 4BGBA 1Y64A 5AQOA 4XH5A 4M7XA 4B1XB 1MA9B 4I6MA 1BUPA 4JD2B 5EVZA 4JAXA 3ZX2A 4EHUA 5KQ8A 1NWKA 3D2EB 3ENHA 1T6DA 3LDOA 2P9LB 3HM8A 5AQSA 2W40A 3CI5A 2E2PA 5AQFA 4BROA 4H0PA 5BREA 2PAVA 3CJCA 1KXPA 1QQMA 1YXQA 1T6CA 2P9KB 1NGJA 4BC3A 4MLEA 4O8KA 3VF4A 5FPDA 3CJ1A 1S22A 4CZLA 2GWJA 4A62A 1BA0A 4L3QA 3VGLA 4FWOA 4JHDA 3BUZB 3HTVA 2HMPA 3LM9A 4FSVA 2D4WA 2QWQA 3R6MA 5JLHA 2QWMA 4PL7A 4FO0A 3HZ6A 1QQOA 4RTFD 4BQLA 4CD3A 2ZGYA 4WQ5A 4IJAA 1GLDG 4CBXA 5E26A 3O8MA 5ADXH 4RWTA 3CHWA 4BRKA 1QQNA 5AQKA 1RFQA 2P9UB 4WYBA 4H0VB 3VESA 4BR4A 1C0GA 4RCHA 4Z94A 2ZGZA 3UKRA 3QBWA 3G25A 4EHTA 3U9ZA 3UB5A 3DXKA 3HSCA 3FZMA 3CERA 3WEEB 4EAHD 2E2QA 3CJAA 3MN5A 4HTLA 2WUSA 3ZETA 2E1YA 2Q2RA 1BWFO 4CBUA 4K42A 3ZETB 1BO5O 1KAZA 1GLBG 2Q36A 5AQWA 5AFUH 3RSEA 3ULEA 3R9PA 4NO7A 3ATUA 3FLCO 3QDKA 4CI6A 1E4FT 4K43A 5ELZA 3O4WA 3QICA 3QB0A 1HJOA 2V7YA 3MN6A 3EO3A 4FWSA 5LJVA 4IO8A 4AM6A 3WXIA 3SLCA 3I33A 4PKHA 4BRDA 3VEXA 1ATNA 1YAGA 3AARA 5AR0A 3KZBA 1CZAN 4EIAA 2A42A 4QS8A 5AZIB 2FSJA 2GWKA 3IFRA 5I9EB 1GLCG 1BG3A 3O1WA 4E1JA 3FZLA 3QFPA 5B8HA 1U2VA 2GELA 3FGUA 3GDQA 1U2VB 1MWKA 3QBXA 2ASMA 4FL9A 4DHYA 5BN8A 5LY3A 3BEXA 4B1ZA 1BU6O 3DXMA 4QS9A 2AA4A 3IUCA 3H1QA 4IZ9A 4BRHA 2QWRA 2FSKA 1LCUA 5KQDA 4YDUC 3VGMA 2P9IA 5BRDA 2NRHA 2E2OA 2HF4A 3D2FA 4BG9A 4B9QA 3CQXA 5AQHA 4M63C 4CBWA 1DEJA 3SJHA 4BC4A 2IVPA 3WXKA 3AAQA 3CJ7A 4ISGA 3EKUA 2YHWA 5FPEA 4EFHA 3WXLA 2VYPA 4JD2A 4A2BA 4NB4A 3LDPA 3D2EA 2J4RA 3A8YA 3JS6A 2P9LA 4FWPA 4H5VA 1TUYA 4XH4A 1JCGA 3EL2A 3H45C 4GNIA 1GLJO 1HKCA 4H0OA 4BRQA 2VCPA 1ZC6A 2P9KA 1SZ2A 5AQJA 5JLFA 5KPRA 2Q31A 1Z05A 1ESVA 3M6GA 3GE1A 3SK3A 2QM1A 1K8KB 2QWNA 4BRAA 4ISFA 1XUPO 3A5LC 3IDHA 1NMDA 2YJFA 2ASPA 3H46O 2UYTA 2ITMA 1C0FA 4BR7A 3LL3A 2BTFA 3BP8A 1NGAA 1P8ZA 4BRNA 2NZTA 1G99A 1OKJA 5AQNA 3O08A 5ADXA 4CZIA 4DQ8A 1JCEA 1NGHA 4B1WB 2D0OA 1BA1A 4PL8A 4BRCA 3KHYA 1NGIA 1T44A 4FWLA 1BDGA 3P4IA 4CD1A 5AZJB 3L6QA 2P9UA 3GOIA 3FZKA 1YUWA 5AQYA 2FXUA 4BQZA 3FR0A 4K41A 3D7EO 3MDQA 1HLUA 2EWSA 4BVPA 4DCHA 3M1FA 5AQMA 3VF2A 4IXCA 5BRHA 3WEEA 3C0BA 1MWMA 2YJEA 3EKSA 3VGKA 2CGJA 5AFUA 3H1VX 3QMLA 3R8EA 3WT0A 4WQ5C 1X9JA 5F0XA 3EN9A 1GLAG 2CH5A 3H3NO 4BG8A 4H0TB 4FWNA 2ASOA 2Q97A 3I8BA 2GUPA 3DJCA 2F9WA 4BREA 3H3OB 4IJNA 3TPQA 2IVNA 4BR5A 3W3DA 4WQ4C 3S41A 2H3GX 1ATRA 4GY2B 1E4GT 3FZHA 4BRPA 1LOTB 5AQGA 3VEOA 1NGDA 4CZFA 3VEYA 2E88A 2PBDA 1QZ5A 2NLXA 2OANA 3CIPA 3HBTA 5AZIA 3GG4A 1QZ6A 2DPNA 1TYQB 3TU5A 4DB3A 4PKGA 4LC9B 2V52B 3EZWA 3VERA 5BPLA 3LM2A 4B1VA 3VOVA 4BR2A 1XQSC 1ATSA 4B1YB 1NBWA 2P9PB 5AQPA 1HKBA 4MO4A 3QFUA 3C7NB 4YDUA 5AQXA 1D4XA 3BF3A 5BPNA 4JN4A 1KAYA 1XC3A 5JICA 4IWVA 2GEMA 2QW9A 1GLFO 1R59O 4H0YB 3L4IA 1EQYA 2FLOA 2YI1A 3CQYA 1KAXA 3UKUB 5AQRA 3L0QA 4BC5A 5TKYA 1GLEG 2P9NB 1X3MA 2ZF5O 5JMVA 4XH1A 1TUUA 4CZJA 5F1XA 4H5WA 2QXLA 2Q0RA 3VETA 3JXUA 2D0PA 3U4LA 4FPAA 2QWOA 5EOYA 1X3NA 3GL1A 3VEWA 3A5NC 3O80A 3FZFA 1ZBSA 2YCHA 3KVGA 1JCFA 4FWQA 3ZEUB 2FF3B 3A5MC 3ID8A 2A41A 3U8XA 3CETA 1QHAA 1K8KA 2IIRA 3F9MA 3IMXA 5KPTA 3U9DA 4H03B 3HI0A 4FWKA 2CH6A 4CJ7A 4I6MB 1WUAA 1SAZA 4AM7A 4CZHA 5FPMA 5AQQA 2W41A 2Q0UA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4FLYA 5AQLA 2RPIA 4IDHA 2PY5A 4C8MA 3DMJA 4CJTA 2HOEA 3WQUA 4DG1A 1VRTA 3AVIA 3G10A 2NRXA 5CYMA 3HXMA 3MCPA 4AHUA 3NH2A 2Q3SA 5AQUA 1NM1A 1RBUA 2QWPA 1NOYA 3LDQA 4BDZA 3SNNA 4DR2K 1N5YA 1J6ZA 3ZX3A 2FF6A 4GVMA 3DM2A 4BC2A 4BRIA 1NK6A 3BF1A 4J2DA 3KWGA 4E7JA 4A2AA 5M1OA 2QWLA 2HF3A 4HUEA 1SKRA 4Z4GA 4DQRA 3QEIA 1TL1A 3ASMA 3CCRN 4BRFA 4YOWA 1D9DA 3VQQA 2E5LK 5HP1A 1JL2A 1RDDA 2VG6A 3DXKB 1KVBA 1VSLA 3DAWA 4KBOA 1RDWX 3SQ2A 2GBZA 3TI0A 2V7ZA 4H5TA 1VQON 3HJFA 5BR8K 4XEIA 2OZMA 3WXJA 1ZBUA 1RBVA 3V1QA 4DF8A 1ITGA 1RDAA 2A1RA 3V9ZA 1X9WA 1MDUB 4B3RK 4C8OA 4O0JA 4JI4K 2B6AA 3E9PA 1HKGA 3O9QA 3SMSA 3ID6A 5AQZA 2F7TA 3IG1A 2BGGA 5CE3A 1NK9A 1WN7A 4BDYA 4CVNE 1KSPA 3A2FA 2P9NA 3AA3A 4MO5A 2YHXA 4W5RA 1WSJA 4U7BA 4NCBA 3LDLA 4Y1CA 3NF7A 1K6YA 4CECA 4FWRA 3KIOA 3CJBA 1L5UA 3VF6A 2VQFK 3TWHA 4IG0A 5GINA 3A0IX 1NNEA 1GOCA 4CJQA 4FJ5A 3WNGA 2HBJA 4DTMA 1BHLA 3IAYA 1S3XA 4O55A 2NRTA 2F8TA 2AP1A 3T7ZA 3T19A 2A40A 5AQTA 1VAZA 3MX5A 2XY6A 4DV5K 3CCQN 3CD6N 4M7XA 1XNRK 4KHNA 4I6MA 4OPJA 5EVZA 4CF1A 4FCYA 1RBTA 5KQ8A 3ENHA 3LDOA 3ZYYX 1VSKA 5AQSA 5AQFA 4DSKA 4E7HA 5C42A 2PAVA 1T6CA 4YOYA 3VTHA 4MLEA 4O8KA 3AVJA 1RTHA 2QEXN 1EX4A 5C12A 4KHYA 4JHDA 3BUZB 3LM9A 2D4WA 4F2SA 1YJWN 4E7LA 5GIPA 4FO0A 3ZSQA 4BQLA 1ZBIA 4KHPK 2ZGYA 5I3UA 3QLHA 2JWLA 4Z4CA 2P5OA 1I39A 5J2NA 1ZBHA 4WFNL 1RILA 5SZTA 1HPZA 4UY8O 1Y97A 3P1GA 2UXDK 3CF5L 3VQ8A 4K8ZA 1RNHA 4CHZA 5IWAK 5FLXO 1UWBA 3SPYA 3VESA 2G8UA 2OZSA 3M8SA 4Z94A 3Q7CA 3NGIA 3UKRA 3OYHA 4CFAA 4H8KA 2OTLN 3V9SA 1VSDA 5KRSA 2WUSA 3EY1A 3ZETB 3VQCA 3PSIA 4DQPA 4M3XA 4CJ5A 4I2PA 4JKBA 1S1WA 1VSJA 3O3GA 3KJVA 4WCEL 4NO7A 3CCLN 1EP4A 3QDKA 3KK2A 4YORA 4CJ3A 4M3UA 1HJOA 1LAWA 1RT4A 4AM6A 1NJIO 4WF9L 5KGWA 3VEXA 5AR0A 3ZSYA 4CEOA 3CCUN 1RDUA 3NAEA 4QS8A 2FSJA 2GWKA 1GLCG 1JLQA 3IKMA 4E1MA 3FZLA 4E1JA 3Q7BA 1B92A 1U49A 1U2VB 4KFBA 4CJPA 3HPHA 2EX3A 1BU6O 4CFCA 3WNEA 4DMNA 3LZJA 2DFFA 1VSHA 2NRWA 1KC8O 4JI0K 1IKWA 3H1QA 4YOUA 5GADP 2QWRA 2VGNA 2P1JA 5J2PA 2P9IA 3T69A 3CQXA 2RHKA 5AQHA 4IO9L 1C1AA 4M63C 1IH7A 3DRPA 5C0YA 3QETA 4BC4A 4BE0A 3AAQA 3CM5A 3TTFA 2OYQA 3EKUA 4LSLA 1YTUA 4FJNA 4JD2A 2NRRA 1VQPN 3NF9A 4NB4A 5GIOA 2KZZA 3D45A 2AJQA 5JS2A 4ELVA 4XH4A 3MEDA 1JCGA 4B3TK 1GLJO 4A57A 1ZC6A 1VHXA 5AQJA 2Q31A 1KFDA 5JS1A 1WAJA 2DFEA 4DR1K 1T05A 1WNSA 3A5LC 3F5TA 4MDBA 2ASPA 4Z4FA 4BR7A 3EZ5A 3DOLA 3LL3A 1JL1A 3BP8A 3SQ4A 3OS0A 4CESA 4KREA 2NZTA 4LD0A 3HP6A 3PX4A 4M3TA 4FZYA 1T03A 4JRPA 4CZIA 4DQ8A 3HK2A 4B1WB 3OVNA 1BA1A 4PL8A 1BDGA 4DS5A 2YHBA 3P4IA 5HLFA 1O13A 3U3GA 3S3NA 5AZJB 4EP4A 3L6QA 2KKZA 2P9UA 1YUWA 5AQYA 2FXUA 3V9XA 1P90A 4A59A 2EWSA 4C1NK 4BVPA 3HO1A 4B9LA 4J2EA 3M1FA 5AQMA 4YHHK 4AHSA 4NLCA 1B9FA 1BISA 3WEEA 4FK2A 1RT3A 2BANA 3O9RA 4CJLA 1N8RO 1FJGK 2CH5A 4JI6K 2I5JA 1KFSA 3QIPA 3LDSA 2VWJA 4NXNK 4B9NA 4DUYK 3THYB 4BR5A 3PX0A 4AF1A 3L8BA 1L3TA 1XHZA 2GX9A 4LF4K 1S1UA 4AH9A 3VEOA 1NK7A 1NGDA 4CZFA 3VEYA 3G6EN 2WTUA 4B8AB 1EXQA 4CGDA 2NLXA 3CIPA 4L8RB 3GG4A 3ENBA 1TYQB 3SQ1A 4DB3A 3LAKA 3RWUA 1YF5L 5CZ1A 3CCVN 2V52B 1NJWA 3VERA 3VMFB 5BPLA 2DY4A 3O3FA 3VOVA 1ATSA 4B1YB 5AQPA 3OJUA 4KB0A 3EEQA 4BWMA 3RTVA 2HW3A 4KHUA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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