5AZJA

Crystal structure of glycerol kinase from trypanosoma brucei gambiense complexed with 4np (with disulfide bridge)
Total Genus 177
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
177
sequence length
513
structure length
513
Chain Sequence
FTMKYVGSIDQGTTSTRFIIFDERQRPVSVHQVPHTQHTPHPGWLEHDPMEIFRSACKCMSVAIAKLRQKDASFRKIEAIGITNQRETTVAWDRVTKEPLCYAPVWNDLRTYDITKKVTAELGGGDSMFASKITGLPVSTYFAAFKMRWMLENVPAVADACRRGTLCFGTIDTWLMYKLSGGKAFVTDVTNASRTFLMDLRTRKWSPELCEKLKIPMETLPEIRSNSELFGYVETDECGVAAALNERTPIMGSIGDQQSALFGNMCFEKGEAKNTYGTGCFLLMNVGEEARFSKHGLLSTVGFQVGRDGPCYYALEGAIACAGATVEWMRRNMNLFSHITECEKLARSVPGTQGIVFVPAFSGLLAPYWDPSARGTIVGMTLKTTRAHVIRAALQAIALQLNDVVGSMKRDAGLNLSSLRVDGGLSKNGLLMEIQASLLGVDILVPSMHETTALGAALCAGLAAGVWTSLEEVKAVSRRENSWKTVSPSGSAMEREAMIAEWREALKRTKWAK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title Glycerol kinase of African human trypanosomes possesses an intrinsic phosphatase activity that can be exploited to accelerate anti-trypanosomal drug design
rcsb
molecule keywords Glycerol kinase
molecule tags Transferase
source organism Trypanosoma brucei gambiense
total genus 177
structure length 513
sequence length 513
chains with identical sequence C
ec nomenclature ec 2.7.1.30: Glycerol kinase.
pdb deposition date 2015-10-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00370 FGGY_N FGGY family of carbohydrate kinases, N-terminal domain
A PF02782 FGGY_C FGGY family of carbohydrate kinases, C-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5azjA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5azjA01
1HKGA 4EFHA 3QDKA 2D1KA 2GWJA 3HBTA 4YDUA 2YJFA 3EO3A 3IMXA 3DXMB 4JNEA 2PAVA 3D2EB 4IZ9A 3A0IX 3RSEB 3C7NB 5BRHA 3QFUA 2D0PA 1TUUA 3ZEUB 2A41A 1KAXA 2P9UB 5AQZA 3ZX3A 3QBXA 4ISEA 2J4RA 3IDHA 1NWKA 1Z05A 2ASOA 2E2OA 3VPZA 4K42A 1E4FT 1U6ZA 1V4TA 3LDPA 4FWLA 4E1JA 2WUSA 4CZIA 1T6CA 4O8KA 3JXUA 1WUAA 4BRNA 4QS8A 2QM1A 3CJAA 2W41A 3MCPA 3VF4A 4KBOA 2CH5A 3MK6A 1BUPA 3KVGA 2P9SA 3WXLA 3LDNA 2BUPA 1ATRA 4RTFD 2Q2RA 3CQYA 4BRIA 1ZXOA 1QQMA 1GLCG 2AP1A 4CZEA 1JCFA 1DEJA 2E2PA 3CERA 4CZKA 4H5VA 3W0LA 4XH4A 3O6WA 4J8FA 2GUPA 4FPBA 2P9IB 2YHWA 5EVZA 1GLEG 4BRCA 2NZTA 1S22A 4IJNA 3A5LC 2E20A 3AAQA 1GLAG 4FWNA 1HLUA 1TYQB 4QS9A 1XQSC 4M7YA 2E1YA 5AQSA 1NGEA 5LJWA 5AQMA 1BA1A 4HTLA 3ZX2A 3WXIA 3BF1A 3EKSA 3MDQA 4BROA 5JMVA 4GY2B 2P9PA 5ELZA 1SAZA 3DXKA 1NMDA 3HM8A 5FPMA 3FZMA 4O5FA 4XEIA 1MWMA 5AQFA 5AQRA 3SJHA 3R9PA 3MN7A 2FSNA 5AQOA 1KXPA 4K43A 3FZKA 2IVNA 3LDOA 4H0PA 2ZGZA 1NBWA 2A6AA 4CZJA 3ULEA 3QBWA 4BR0A 1QZ6A 5AQIA 1BO5O 3A5MC 1KAZA 2YHYA 4MO5A 1YVNA 3ZX0A 5BPLA 4JHDB 4EAHD 4JD2A 3FZHA 4IO8A 3CJBA 4FPAA 4K25A 1U2VB 1NLVA 5EXWA 4EHUA 4BQLA 1BG3A 1MWKA 2YJEA 3D7EO 1BOTO 3CI5A 2ZF5O 2D4WA 5KQDA 4CZMA 3WEEB 2NRHA 2W40A 1NGAA 4ISGA 4CJ7A 1MDUB 1X9JA 2P9LB 1MA9B 2ASPA 3KZBA 3O80A 4BVPA 1X3MA 3A5NC 1GLBG 1V4SA 3GL1A 1E4GT 2E88A 3EZWA 4FOIA 2V7ZA 4PKHA 1NGFA 2YHXA 4WQ5C 5TKYA 3LL3A 4FSVA 2CGKA 3VGMA 4BRMA 3VENA 1WOQA 2HF3A 2VCPA 4BRAA 3CETA 2QWMA 3MN9A 5AFUH 1NGBA 4B1YB 3UKRA 4BRDA 3VEYA 5B8HA 2P9KB 4PL7A 5AZIA 3KHYA 5F1XA 2IVOA 3D2FB 1RGIA 3LM2A 3FE1A 3U9ZA 1C0GA 1GLJO 5FPNA 4K41A 1TUYA 4BRFA 3ENHA 3DXMA 4FWRA 5FPEA 2HF4A 3IUCA 1NGIA 3D2EA 4AM6A 3RSEA 2E2NA 3C7NA 4H0YB 4H5WA 2F9TA 3ZEUA 4YDUC 2P9UA 3CIPA 4BR7A 3GG4A 1JCGA 3VGLA 3GOIA 3UKUB 3M6GA 5BR9A 1QQOA 3ENOA 4H0TB 4I6MB 3WUHA 4CD3A 3DAWA 2A5XA 2E8AA 2Q31A 5AQKA 3F9MA 3GBTA 5F2RA 3EL2A 5AQUA 5AQQA 3J8AA 4B1ZA 4FWPA 1BWFO 3AAPA 5I9EB 5AQVA 4H0VB 1X3NA 2GEMA 4DQ8A 5BPMA 4NO7A 3L0QA 1T6DA 1G99A 2QWOA 3O08A 4B1XB 3HTVA 3LDQA 3H3NO 1YUWA 2QXLA 4LC9B 4BR9A 2E2QA 5CE3A 5BRFA 2ITMA 4WQ4A 1HJOA 3FFKB 3A5OC 2GELA 1ZBSA 4NB4A 3ZETB 1NGDA 1IJJA 3O1BA 3VEZA 4FO0A 2P9IA 2QWLA 2GTDA 3EN9A 4FWSA 3FZFA 2VWBA 4CBWA 4FOEA 3FGUA 1TYQA 2GWKA 5LJVA 4FWQA 3A8YA 1QQNA 4CZHA 1XC3A 2QWRA 1HUXA 2Q1NA 4JN4A 4BVOA 3B8AX 3BF3A 3FLCO 2V7YA 4FWMA 4CZLA 5AQTA 4C23A 5LY3A 2NLXA 1XUPO 4CZFA 2FSKA 3L4IA 3SMPA 4BR4A 4MO4A 2FLOA 3G25A 3SLCA 1P8ZA 5AZJB 3VGKA 1GLFO 2YCHA 3TU5A 2QWPA 3CQXA 1NGHA 2FXUA 1SZ2A 2BTFA 4BRLA 3WQTA 5F0XA 3VESA 5AQXA 4JHDA 1OKJA 1CZAN 4H0XB 2OANA 4BRPA 5EY4A 3WQUA 4A61A 1GLDG 2YI1A 3VF2A 2QWNA 3QMLA 2IVPA 4A2AA 1RDWX 1U2VA 1HPMA 1QZ5A 5EX5A 2I7PA 1ATSA 4FWKA 3WT0A 5AQWA 5AR0A 3BUZB 3WEEA 1ESVA 4DCHA 1H1VA 5JLHA 3MMVA 4WYBA 1ATNA 2P9NB 4F9OA 5JLFA 1Z6RA 3ID8A 1K8KB 1S3XA 2P9LA 4ISFA 1YXQA 3SMSA 3VEWA 3DWLA 4FWOA 3CHWA 4MLEA 4XH1A 1DKGD 3ATVA 1SQKA 2CH6A 2CGLA 4AM7A 2ZWHA 5ADXA 4A62A 2Q0UA 3GDQA 1QHAA 3U9DA 3ATUA 4B1WB 3UE5A 3VERA 2A40A 5E84A 4BG8A 2ZGYA 2P9KA 4H0OA 4BR2A 3D2FA 4XH5A 1ZC6A 1YAGA 5BPNA 3WXKA 4PKIA 2AA4A 1BDGA 2E1ZA 1KAYA 4MLHA 4BC5A 5AQHA 3VEOA 4M7XA 3FZLA 4B1UB 3TPQA 4RWTA 3JS6A 4CBUA 5JICA 4BGAA 2P9SB 3H46O 3R8EA 3L6QA 4HWIA 3S41A 3QFPA 5AQYA 2DPNA 5KQ8A 4QS7A 3LDLA 2UYTA 4EIAA 1DGKN 1LCUA 3O8MA 1IG8A 3P4IA 4BC2A 3R6MA 2EWSA 3CJ7A 3UKUA 5KPRA 3WXJA 1NM1A 4I6MA 4M63C 2QW9A 3VOVA 4PL8A 4BRKA 4IXCA 3HZ6A 1BU6O 4H5NA 4CBXA 5AFUA 4A2BA 5BN9A 5BRDA 1BA0A 1NGCA 5AQGA 4BRQA 3SK3A 4BGBA 2QWQA 5KPTA 4BRGA 2KHOA 2Q0RA 4BG9A 2A3ZA 5E26A 3OHRA 5AQJA 2P9PB 4Y0WA 4BQZA 2ASMA 3DXKB 4GNIA 2FF6A 3H3OB 3MN5A 3ZETA 3HI0A 4BC3A 3GE1A 3BP8A 3UB5A 2A42A 3MN6A 3O1WA 1HKBA 2IIRA 3U8XA 4L3QA 4WQ4C 3ULEB 2Q97A 3LM9A 1HKCA 3HSCA 4EHTA 4BC4A 2HOEA 1D4XA 3EKUA 5EOYA 5KPZA 1Q18A 3IFRA 4H03B 2V51B 2F9WA 1LOTB 5BREA 3DJCA 3H6EA 4JD2B 4BREA 5AQLA 3M3ZA 3O4WA 3VETA 1C0FA 4BRHA 1NGJA 3VEXA 3O5BA 5AQNA 3H45C 5FPDA 5AQPA 1Y64A 2I7NA 3C0BA 4IWVA 3QB0A 5AZJA 5ADXH 3FR0A 4FL9A 3U4LA 3H1QA 3VF6A 1EQYA 3AY9A 3BEXA 2CGJA 4WQ5A 2VYPA 2PBDA 4CD1A 4CI6A 3H1VX 4Z94A 4BR5A 4JAXA 4CZGA 2D0OA 1JCEA 2HMPA 3M1FA 4DHYA 4DB3A 3CJ9A 4PKGA 3QICA 4IJAA 1R59O 2Q36A 3I8BA 1NGGA 4H5RA 1GLLO 2FF3B 1J6ZA 4H5TA 4RCHA 1RFQA 3CJ1A 1HX1A 3VEVA 3AARA 5BN8A 3CJCA 2H3GX 3UKRB 4B1VA 3W3DA 1T44A 5AZIB 2FSJA 2P9NA 2V52B 3I33A 4B9QA 1K8KA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2D1KA 2GWJA 4AH9A 3HBTA 4J2DA 2O8FB 5D3GA 3DXMB 2PAVA 5BRHA 3TAPA 3ULDA 1KAXA 2NRTA 2NRXA 5AQZA 5E41A 1KSPA 3QBXA 4ISEA 3PSIA 2J4RA 3VPZA 4V19S 3EY1A 4FWLA 1UWBA 3JXUA 4BRNA 4FJNA 4B9LA 2YV0X 1BI4A 2UU9K 1XMOK 4J2AA 3F2KA 1YITN 4QCLA 1QSLA 3WXLA 5JS1A 3LDNA 3ALYA 3ZCMA 4JI1K 2XY5A 3CQYA 1SL2A 4BRIA 4DS5A 1QQMA 4W5RA 3V6DA 1NU0A 3TABA 2AP1A 3KLHA 3DLEA 1VQPN 1DEJA 4I7FA 4Q5VA 2FBYA 1VSMA 3NCIA 1WBDA 3O6WA 1QQCA 3O9RA 2GUPA 5EVZA 2P9IB 4JKCA 3E66A 3V9XA 5M1FA 3L2UA 2O8DB 1GLAG 4FWNA 4QS9A 4M3RA 1UA1A 4W5QA 3WXIA 4CJLA 3BF1A 3EKSA 2HHVA 3DLRA 5DK5A 3V4IA 1RT3A 3DXKA 3AVIA 5FPMA 2OPSA 3FZMA 4O5FA 1MWMA 4EZ6A 3R9PA 1L3SA 3MN7A 3THWB 2FSNA 3QO9A 4UQGA 3KLEA 4U7BA 2ZGZA 1OH7A 3VQDA 4DV1K 3QBWA 1OH5A 4X65K 1BO5O 1KAZA 1JLEA 4MO5A 2QKKA 1Q9XA 2DTUA 4FM1A 3QEXA 1RDCA 2YNIA 4DTSA 2DFHA 4IO8A 3AO3A 1HQEA 2Y1JA 3D0PA 4YOWA 1HYZA 4GVEA 3SPYA 1U2VB 1P90A 4CECA 1RTIA 4CJQA 3OYIA 1T3VA 1KC8O 3D7EO 3O9SA 1VRTA 3KLGA 3HO1A 2D4WA 1VRUA 5KQDA 3NH2A 4F4KA 2VG5A 4H8KA 4DR7K 1NGAA 4ISGA 4K8ZA 3SPZA 1KVBA 4JKAA 2JLEA 1X9JA 2P9LB 5JVGL 4M3WA 5C0YA 2A1SA 1X9SA 1X9MA 3GL1A 1NJZA 1E4GT 4CEEA 4WQ5C 4KHPK 1U49A 3PX6A 2QEXN 4JS5A 1IH7A 3QIPA 1IKVA 1LWEA 1RDUA 2XO7A 3MN9A 1NGBA 4WFAL 2P9KB 3EEQA 5AZIA 3KHYA 3P5JA 2RE2A 3R1XA 4YORA 1Z26A 1J5EK 3KK1A 1GLJO 2O8CB 5FPNA 3HP6A 4BRFA 2E6LA 2O8FA 3C95A 3DXMA 5FPEA 2HF4A 3IUCA 3LAMA 3WNFA 4DFPA 3CIPA 3P83D 3ISNC 1HNXK 4DU4A 4FCYA 1BIZA 4FJGA 3SZ2A 1L3TA 4CD3A 3DAWA 2OPQA 5AQKA 2Q31A 4CFCA 3QLHA 4CERA 2W6LA 1NK9A 1B9FA 3QNNA 1IKXA 3JSMA 3EZ5A 1EETA 3NGYA 4KB1A 1FJGK 3WNGA 2GEMA 3K9JA 1T6DA 1I39A 1C1CA 2LSNA 3HTVA 3LDQA 3HVRA 2ITMA 1N36K 4JK7A 2GELA 1ZBSA 3K5OA 1RTDA 3P38A 3CG7A 1RBUA 4FO0A 1XNRK 3TANA 2P9IA 2OA8A 2JGUA 3EN9A 1XMQK 3FZFA 2G8FA 4B9TA 4FOEA 2O8DA 3P1GA 4B9SA 3SUOA 1FK9A 4O0IA 4FJMA 4YOVA 1HUXA 1O13A 2ZM6K 3OYEA 2Q1NA 4BWMA 3OYJA 4M42A 3B8AX 4LH5A 4NXMK 4M3UA 5LY3A 4C23A 1XUPO 2ZQBA 2FSKA 1JJ2M 4JKHA 4CHZA 3THWA 3SMPA 4BR4A 3SQ1A 1VSIA 3KLFA 1GLFO 2YCHA 3TARA 4KPYA 1BISA 1YI2N 4DTXA 3CCJN 2A1RA 1HNWK 4WFNL 4CJTA 3DLLL 3LANA 5GAHP 4JRPA 5AQXA 3AO4A 4ID1A 1OKJA 4EZ9A 5J2PA 4H0XB 2IC3A 1SKSA 2E5LK 3WQUA 1ZBUA 3VF2A 3EE9A 3SAGA 4AQYK 2QWNA 2IVPA 3AVJA 3OYAA 1U2VA 3CYMA 3L3VA 1QZ5A 5C12A 3OS1A 4DU3A 2HBLA 1QSSA 5FDLA 4IKFA 1ESVA 3V9ZA 4ELUA 3LAKA 5KGWA 3EYZA 2P9LA 4GMJB 4E1MA 1EX4A 3ZSRA 1Q7YO 4AM7A 2YHAA 4A5AA 1U04A 5BR8K 1JLFA 1QHAA 1JL1A 3U9DA 2QXFA 3UE5A 3MCAB 4BG8A 3HL8A 2P9KA 4H0OA 3NF9A 5BPNA 3WXKA 5JVHL 2O8CA 2AA4A 1BDGA 2E1ZA 4MLHA 1RDBA 3VQCA 4B1UB 5HL7L 1A5WA 1N8RO 3JS6A 4H4MA 2IDOA 5CYMA 4CJPA 2P9SB 2HB5A 4CEDA 4FLWA 1VSFA 2UYTA 4JI0K 1LCUA 3I56N 1IG8A 2NRWA 4BC2A 3R6MA 3M8RA 3LZIA 2W6KA 2RPIA 3IRXA 4WCEL 2YNFA 1NM1A 2XY7A 3VOVA 3SNNA 3HJFA 4IXCA 3HZ6A 1BU6O 4H5NA 1N32K 1CZBA 2YKMA 5AFUA 4A2BA 1L3UA 4OGEA 5BN9A 3O3FA 3SK3A 5KPTA 4M3YA 3OJSA 4DFJA 1JXBA 4AF1A 3S3MA 2GV9A 2D0AA 4OPKA 4A59A 4BG9A 3OHRA 1QE1A 1QSYA 3ID6A 3PLAA 3MXIA 3H3OB 1WSFA 3TAMA 4BC3A 3BP8A 3UB5A 1A5VA 4L3QA 4WQ4C 3KLIA 3LM9A 4KHSA 1KFDA 2KZZA 4BC4A 3TAEA 4E19A 3K2PA 2ETJA 2V51B 4H03B 3J7ZO 5M1OA 4OKJA 2JWLA 3KK2A 1SUQA 4DSLA 2F8TA 3DLHA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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