2P9IB

Crystal structure of bovine arp2/3 complex co-crystallized with adp and crosslinked with gluteraldehyde
Total Genus 76
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
76
sequence length
354
structure length
272
Chain Sequence
VVCDNGTGFVKCGYAGSNFPEHIFPALDDMKHLWDYTFGPLLTEPPMVAIQAVLTLYAQGLLTGVVVDSGDGVTHICPVYEGFSLPHLTRRLDIAGRDITRYLIKLLLLRGYAFNHSADFETVRMIKEKLCYVGYNIEQEQKLALETTVLVESYTLPDGRIIKVGGERFEAPEALFQPHLINVEGVGVAELLFNTIQAADIDTRSEFYKHIVLSGGSTMYPGLPSRLERELKQLYLERVLKGDVEKLSKFKIRIEDPPRRKHMVFLGGAVLA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Insights into the Influence of Nucleotides on Actin Family Proteins from Seven Structures of Arp2/3 Complex.
pubmed doi rcsb
source organism Bos taurus
molecule tags Structural protein
molecule keywords Actin-like protein 3
total genus 76
structure length 272
sequence length 354
ec nomenclature
pdb deposition date 2007-03-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2p9iB02
3.30.420.520 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2p9iB01
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 2p9iB03
3VEWA 5AZJA 2QWQA 2I7NA 3VESA 4A2BA 4CJ7A 3U8XA 1BG3A 1E4FT 2VWBA 2ZGZA 3UKUB 4K25A 1EQYA 2F9TA 2CGJA 2P9SB 5KPZA 3MCPA 3GL1A 2A6AA 1D4XA 2E2PA 5AQMA 1KXPA 4MO5A 2YHWA 2IVNA 4IWVA 4XEIA 3RSEB 4BRCA 3B8AX 3QDKA 4FL9A 4AM6A 2YJEA 2FSKA 3VEYA 4B9QA 2Q0RA 1NGFA 4BRMA 2V51B 1GLCG 3ENHA 3BEXA 2A5XA 1BWFO 3FLCO 4IJAA 4AM7A 1TUYA 5E84A 2GWKA 2BTFA 3CHWA 3MMVA 4F9OA 4JHDA 2YHYA 4FWMA 3H6EA 4B1YB 1NGGA 5BRHA 3H1QA 4H5RA 3SJHA 2IIRA 2E1ZA 5JLHA 3FZLA 1T6DA 4C23A 1TYQB 2P9UB 2QW9A 4PKHA 1SZ2A 4BREA 5BN9A 3VEZA 4EAHD 5BPLA 3ZETB 4CI6A 5LY3A 5F1XA 4CZGA 3IFRA 1YAGA 3LDOA 3VEXA 1G99A 3VEOA 5AZJB 1GLLO 4H0PA 2P9PA 1E4GT 2Q1NA 3A5OC 3D2FA 1NGAA 4J8FA 5BREA 2GUPA 1IJJA 4H03B 3ZX3A 3FZMA 4BRGA 4H5NA 2FF3B 5EOYA 2A3ZA 2ASMA 4H5WA 3TU5A 1QQNA 3QMLA 4WQ5A 3D7EO 1HPMA 5AFUH 1HLUA 3IUCA 4QS8A 5AQJA 2E2OA 3HSCA 5AQXA 5AZIA 1IG8A 4WQ4C 5KQ8A 4CZHA 4JNEA 4PKGA 4XH5A 3M1FA 2W40A 4CZKA 4EFHA 2YCHA 3VPZA 2I7PA 4A61A 5LJVA 1GLFO 4ISGA 2PBDA 2A40A 2V7YA 3J8AA 4FWNA 3CJ9A 2YHXA 3AARA 3MN6A 1ZBSA 1NGEA 2CH5A 4FPAA 4HWIA 3W0LA 3WXKA 5CE3A 3D2EB 5AQGA 1RGIA 4CZEA 3H45C 4IZ9A 4CZFA 2FSJA 5EXWA 3WXIA 4WYBA 3OHRA 3O4WA 3A5NC 3ATUA 4FOEA 2E1YA 4BC5A 5ELZA 5ADXA 3R9PA 2FXUA 1GLDG 3VF4A 3H3NO 3LDNA 1C0FA 1KAYA 4BRLA 2UYTA 4RWTA 3L0QA 1HX1A 2CGKA 5KPRA 4QS9A 2E88A 3R6MA 3ZX0A 2WUSA 4K41A 1BU6O 2GELA 2P9IB 3ID8A 3WQUA 2J4RA 2NZTA 2QWMA 4O8KA 3CQXA 3EL2A 4BVOA 5AQZA 3JS6A 3ZETA 2P9SA 4KBOA 5EY4A 2QWPA 3AAQA 2NLXA 3FFKB 1S22A 1U2VB 3ENOA 4K43A 1NGJA 1ZC6A 1GLAG 1HKBA 3VF6A 2P9LA 4PL7A 3A5LC 1NGCA 1X3MA 3C7NA 1Z05A 3DWLA 3U4LA 4ISFA 3CJAA 4BC4A 1K8KA 1NLVA 1QQOA 1Q18A 5EX5A 4IXCA 3ZEUB 2V7ZA 1QZ5A 1RDWX 3CIPA 5JLFA 4WQ5C 3BF1A 1WOQA 3MDQA 3A0IX 4LC9B 3GDQA 4BVPA 4A62A 5AQWA 4BROA 5AQSA 3RSEA 2ITMA 3TPQA 5LJWA 2P9PB 2VCPA 3O08A 3DJCA 1T6CA 3SLCA 3UKRB 3WEEB 1ESVA 2E8AA 2YI1A 4XH4A 1YXQA 3M6GA 3HI0A 2GTDA 1JCEA 5F0XA 4B1WB 3D2EA 4BGBA 2PAVA 2P9IA 2Q31A 3P4IA 2V52B 3CJ1A 1NBWA 3WUHA 1RFQA 5FPDA 2AP1A 3VERA 2CGLA 5JICA 1GLJO 3LL3A 1ATRA 4CD3A 4CBWA 2P9KB 1T44A 4BG9A 1YUWA 5AQTA 2IVOA 4IO8A 1BO5O 4BRQA 1HKGA 4BRDA 1Y64A 4CBUA 5AZIB 4BRNA 1QQMA 3CJBA 3ZEUA 3EKUA 4IJNA 3FZKA 1SAZA 3ZX2A 4BC3A 3CJ7A 3FE1A 3H46O 3M3ZA 4BRHA 2AA4A 1GLEG 2A41A 3HM8A 3UKUA 2D1KA 3A5MC 3GBTA 4H0TB 3HBTA 3KHYA 4FWOA 1JCFA 3L6QA 3O1WA 3VETA 5AQVA 4DHYA 1MA9B 2E2QA 1XUPO 1DGKN 3MN5A 1WUAA 5BPNA 3WEEA 4JHDB 3EN9A 4NO7A 4BRFA 1ZXOA 3I8BA 1YVNA 3VGKA 5F2RA 3FZFA 3SMPA 4BR2A 4CZJA 1LOTB 1S3XA 3WT0A 1HUXA 3KZBA 3AAPA 1BA1A 4H0XB 5BR9A 4GNIA 3F9MA 4JD2B 4B1UB 2ZWHA 4CZMA 3EKSA 4MLEA 2W41A 4DB3A 3EO3A 3VEVA 3VOVA 5FPEA 2HF3A 3CI5A 3BUZB 1NM1A 2EWSA 2QM1A 4BRIA 5AQLA 5AQKA 3O5BA 1OKJA 1X3NA 3DAWA 4I6MB 3WXJA 3CJCA 4BG8A 3MN9A 3C0BA 5AQOA 5AQUA 4BRKA 1LCUA 1R59O 3LDPA 4FSVA 2GEMA 4M7YA 3UKRA 4O5FA 4BR5A 1BOTO 1BA0A 2DPNA 4FWRA 4FWQA 4Y0WA 4JAXA 4A2AA 4B1VA 2HMPA 5ADXH 3VGMA 2E20A 4EHTA 2P9UA 3DXKB 1U6ZA 3DXMB 3EZWA 2IVPA 2ZGYA 4L3QA 4BR7A 1V4SA 3WQTA 4H5TA 3QFUA 3SMSA 3O80A 4JN4A 3O6WA 2FF6A 5AQHA 4M63C 4BQZA 3G25A 5BRFA 3GE1A 4H0VB 3H3OB 4BRPA 3QBWA 3AY9A 2CH6A 3O8MA 3QBXA 4H0OA 2F9WA 2KHOA 1P8ZA 3A8YA 4FPBA 1KAXA 4QS7A 5AQFA 1ATNA 3LM2A 3R8EA 4BGAA 3GOIA 1TUUA 4CZIA 1J6ZA 5JMVA 5AQNA 5AQPA 4GY2B 5I9EB 1NWKA 3LDLA 3MN7A 4YDUA 4B1ZA 1NGBA 3LDQA 2FSNA 2Q36A 2P9KA 3VENA 3ULEB 1DEJA 4K42A 4BRAA 3SK3A 3JXUA 2YJFA 1TYQA 1NGIA 3IMXA 4YDUC 5E26A 5EVZA 4BR9A 2A42A 5BN8A 4ISEA 2OANA 3DXKA 2ZF5O 3C7NB 3U9ZA 3LM9A 3MK6A 3WXLA 4FWLA 1V4TA 3H1VX 5KPTA 4PKIA 1HKCA 4FOIA 2E2NA 3FZHA 2Q0UA 4CBXA 3UB5A 3QB0A 4DCHA 1CZAN 3BF3A 3CQYA 3QFPA 5BPMA 4WQ4A 1C0GA 4Z94A 1MDUB 4B1XB 3FGUA 3GG4A 4MLHA 3I33A 5AQQA 4CD1A 5TKYA 1U2VA 4BC2A 3FR0A 5AFUA 4BR0A 5AQIA 3QICA 5AQRA 2P9NA 3KVGA 1XC3A 4DQ8A 2Q97A 4NB4A 1ATSA 3CERA 5B8HA 2D4WA 2BUPA 1BUPA 1X9JA 2P9LB 3VF2A 3VGLA 3HZ6A 5BRDA 4PL8A 4BR4A 4M7XA 5AR0A 4JD2A 1H1VA 1DKGD 4RTFD 2QWRA 4EHUA 5KQDA 3DXMA 1K8KB 2Q2RA 4H0YB 2HOEA 3D2FB 3ATVA 3O1BA 1NGDA 2P9NB 5AQYA 4MO4A 4HTLA 3UE5A 4EIAA 2H3GX 5FPMA 3HTVA 1HJOA 2VYPA 4XH1A 1GLBG 4FO0A 4H5VA 1SQKA 3L4IA 4CZLA 2FLOA 4E1JA 2D0OA 2QXLA 1BDGA 1JCGA 3CETA 3S41A 1QHAA 4RCHA 2ASOA 2ASPA 4I6MA 4FWKA 3IDHA 4FWPA 1MWMA 3W3DA 1NGHA 2QWNA 5FPNA 4BQLA 2QWOA 1NMDA 1QZ6A 2D0PA 2NRHA 1KAZA 1XQSC 2GWJA 2HF4A 3BP8A 3ULEA 2QWLA 4FWSA 1Z6RA 1MWKA 3U9DA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2VGMA 3VEWA 2KZZA 4JK9A 3VQQA 4CJ7A 4RW7A 2G8FA 1E4FT 3TR8A 4Q5VA 2CGJA 5KPZA 3TARA 3CYGA 4XEIA 3SCXA 4FL9A 4AM6A 2KLAA 4BWJA 4OO1J 2P5OA 1GLCG 3E66A 3ENHA 5E84A 2BTFA 3CHWA 2YHYA 4FWMA 4KH4A 4CK3A 4N76A 1NGGA 5BRHA 1KCFA 4H5RA 3TSUA 2E1ZA 2F7TA 3FZLA 4CK1A 2QW9A 4PKHA 1SKRA 1WLJA 4NCBA 4WFAL 4CI6A 3SJJA 1VQ9N 5C42A 5C24A 3THWB 1YAGA 3AA4A 1E4GT 4LF8K 2JWKA 3A5OC 1BISA 1DLOA 1IJJA 4H03B 5EOYA 2ASMA 4H5WA 3TU5A 3L2QA 2B6AA 1VQ8N 4KHYA 2EX3A 5AQJA 3O4QA 2E2OA 5AZIA 1P90A 3NF9A 2OZSA 4PKGA 1QTMA 3HPGA 3DI6A 3VMFB 4DF8A 1VQNN 5LJVA 4ZTFA 3P31A 2O8BA 2PBDA 4JRPA 1OH7A 3J8AA 3CJ9A 2YHXA 4FPAA 3V9SA 1UA1A 3SBGA 3D2EB 5AQGA 3BGRA 4JKGB 4CZEA 3H45C 4CEBA 4LF4K 4CZFA 1NJZA 2FBYA 3ALYA 4WYBA 3OHRA 1NJXA 1FXXA 4BC5A 5M1QA 4IOXA 4XIUA 3VQPA 4HVJA 4DV4K 3H3NO 1RILA 3OTOK 2O8CB 4B8CA 1C0FA 3LALA 4CGGA 1NJIO 5KPRA 4QS9A 2OPPA 3R6MA 3ZX0A 4K41A 1BU6O 4DV2K 3ID8A 3WQUA 4OPHA 1TK5A 4IDHA 5C2FA 4F3OA 3P1GA 5HBMA 3ZETA 4Z4FA 2P9SA 4RW8A 1S22A 3V9WA 3I55N 1GLAG 4WFBL 3VQAA 1I39A 3C6HA 3RTVA 1NGCA 3TAPA 3SAHA 4JKAA 2FBXA 1ZBLA 1SL2A 4DSJA 1C1BA 3DWLA 3U4LA 4ISFA 2ZJQL 1J9AA 1C0UA 4IXCA 4LFBK 3MEGA 1EO1A 4OX9K 4WQ5C 3BF1A 4LC9B 3CM5A 5M1NA 3OA9A 5AQWA 4CGHA 1L3VA 3T69A 5AQSA 2ITMA 4FZXC 1K73O 2PYJA 5LMNK 3O08A 2IAJA 2VQEK 1KC8O 3R3LA 1ESVA 3NGZA 2YI1A 4XH4A 1KLNA 1YXQA 4LF5K 1ZBHA 1JCEA 1S1TA 2PAVA 2Q31A 3P4IA 4DR4K 3HJFA 1I94K 4FJ5A 4OPAA 3WUHA 1T05A 1RFQA 2HNZA 4CHQA 2CGLA 4Q0BA 3ZSRA 1TL1A 1ATRA 4GKKK 2P9KB 4B08A 3THVA 4HUGA 5FLXO 1D9DA 2UU9K 4BRQA 3ZCMA 2NUBA 4M42A 3EE9A 4DSLA 3CJBA 3FZKA 3K5OA 4B3RK 1JXEA 4DTSA 1SAZA 1C1CA 3CJ7A 3FE1A 1VQLN 2PY5A 3OBYA 2DFEA 2A41A 2D1KA 2QKKA 3ZSVA 4H0TB 3TAMA 4CJ3A 4DU1A 3RMBA 1JCFA 2OPSA 3OS1A 1QSLA 1DGKN 1VSHA 1L3TA 3WEEA 3ZSWA 5KI6A 4DSKA 1M1KO 4DFMA 5F2RA 1S3XA 3WT0A 4H0XB 4KTZA 5JS1A 3C94A 4BE2A 1M90O 1R0AA 4OLBA 4BEBA 2HF3A 4IOAL 4BRIA 4DFKA 3O5BA 3SQ4A 3WXJA 3PX0A 3S3NA 5AQOA 4DR5K 2WC9A 4BRKA 4FSVA 1RTDA 1QSSA 3KK7A 2VWKA 4M7YA 3UKRA 4O5FA 1BCOA 3D45A 1BOTO 2DPNA 4CFDA 4J2BA 4Y0WA 3DLEA 4NXNK 1NK7A 1S1XA 3TSPA 3CCUN 3DXMB 3EZWA 4O44A 5IT9O 4CF2A 4L3QA 4BR7A 2QA4N 4CF8A 4EP5A 4LY7A 5AQHA 4M63C 4BQZA 1UOCA 1J5EK 1XHZA 3G25A 1XWLA 3OS0A 3J7ZO 4CHNA 3P83D 3FFIA 3WXMB 2HHXA 2G8KA 4YY3K 5HP1A 3V4IA 4CGIA 3DLLL 1VQ4N 1P8ZA 2D0AA 1N34K 3F9KA 4RG8A 4FLUA 3R8EA 4W5RA 1JKHA 4BGAA 4X65K 4CEAA 2X6NA 1VSDA 3NH0A 2G8VA 5JMVA 3OYDA 4GY2B 3O9QA 3LDLA 3MN7A 2IC3A 3QINA 1NGBA 3HK2A 2QEXN 2O8FA 3ULEB 2YJFA 3CPWM 3OYFA 3MWPA 3QLHA 3QETA 5C0YA 1NGIA 3M8RA 3K9KA 1EETA 3V1OA 4ISEA 3VQ5A 4LSNA 2OANA 4M45A 4OVLA 4FJLA 4C1NI 1W2BM 3WXLA 1LW0A 5KPTA 4EZ6A 4PKIA 3CQ8A 1XNRK 4CEZA 3K0SA 2OTLN 2Q0UA 1HMVA 3UB5A 1JL1A 3ZLJA 1FK9A 2DFFA 3RMAA 1RBVA 4WQ4A 3DRSA 4BY9C 4E72A 3GG4A 4CD1A 4FJKA 1RTHA 5TKYA 3EEQA 1NK4A 5AFUA 3QEXA 4NCGA 4W5TA 2KW4A 4G1QA 5HROA 1J53A 4B3SK 1KFDA 1N6QA 3SBTA 3MXJA 3VQ6A 3AV9A 3DOKA 3OYIA 1YVUA 4DV1K 1X9JA 1TAQA 4PL8A 3TTFA 3LZIA 4MDAA 3HOTA 4M7XA 5AR0A 3CF5L 4GMJB 4CVNE 1IKXA 2QWRA 1K8KB 3NDKA 3I0RA 3O1BA 3ATVA 3HYFA 3RR7A 3KLFA 4JV5K 3ENBA 4E1MA 4EIAA 2H3GX 3HTVA 1JL2A 2VYPA 1GLBG 3K58A 4DQQA 4FO0A 4H5VA 4A5AA 4DUYK 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 1IG9 A;  3E9O A;  1VSJ A;  4ID5 A;  5HRP A;  4KHP K;  3CM6 A;  1U2V A;  4DLG A;  4JKE A;  2NRV A;  4BC2 A;  3FR0 A;  3ZT4 A;  4BR0 A;  4JK7 A;  5AQI A;  3NAE A;  5LMU K;  4CHO A;  4CJS A;  2P9N A;  3VA3 A;  1WSG A;  4DQ8 A;  1W9H A;  3K5M A;  2BE2 A;  4FJH A;  1YIT N;  2BUP A;  3ASM A;  1BUP A;  3I8D A;  5HRS A;  2P9L B;  3VF2 A;  4FLT A;  5KGX A;  3OYL A;  5HLF A;  4JD2 A;  1LV5 A;  1DKG D;  4EHU A;  1HQU A;  5I3U A;  4H0Y B;  2HOE A;  3D2F B;  3K5N A;  4G9Z A;  2P9N B;  4JYA K;  1HJO A;  3RR8 A;  1HNV A;  1D9F A;  3TAE A;  3PX4 A;  4CZL A;  2VQF K;  2FLO A;  2F96 A;  2QXL A;  1RDB A;  2RKI A;  1VSL A;  5J1E A;  4FXD A;  4FWP A;  3HO1 A;  4GV6 A;  1YJ9 N;  3OYN A;  4IFV A;  1NGH A;  1QQC A;  3PO5 A;  2QWN A;  4DU3 A;  4A5B A;  2XY7 A;  2KKZ A;  2UUB K;  4DQS A;  4W5N A;  2HBK A;  1S1W A;  1U48 A;  4I9Q A;  1VQ6 N;  3VQ7 A;  2Z1I A;  3NH2 A;  4KPY A;  3CCL N;  1XQS C;  1VSK A;  3NGI A;  4E3S A;  1S6Q A;  4DMN A;  1ZBU A;  1HRH A;  4E7H A;  4J2A A;  4KHW A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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