2ZF5O

Crystal structure of highly thermostable glycerol kinase from a hyperthermophilic archaeon
Total Genus 169
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
169
sequence length
494
structure length
494
Chain Sequence
MEKFVLSLDEGTTSARAIIFDRESNIHGIGQYEFPQHYPRPGWVEHNPEEIWDAQLRAIKDAIQSARIEPNQIAAIGVTNQRETTLVWDKDGKPLYNAIVWQCRRTAEMVEEIKREYGTMIKEKTGLVPDAYFSASKLKWLLDNVPGLREKAEKGEVMFGTVDTFLIYRLTGEHVTDYSNASRTMLFNIKKLDWDDELLELFDIPESVLPEVRESSEVYGYTKKELLGAEIPVSGDAGDQQAALFGQAAFEAGMVKATYGTGSFILVNTDKMVLYSDNLLTTIAWGLNGRVSYALEGSIFVTGAAVQWLRDGIKIIKHASETEELATKLESNEGVYFVPAFVGLGAPYWDQFARGIIIGITRGTGREHLARATLEAIAYLTRDVVDEMEKLVQIKELRVDGGATANDFLMQFQADILNRKVIRPVVKETTALGAAYLAGLAVDYWADTREIAELWKAERIFEPKMDEKTRERLYKGWKEAVKRAMGWAKVVDSA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule keywords Glycerol kinase
publication title Crystal structure of highly thermostable glycerol kinase from a hyperthermophilic archaeon in a dimeric form
pubmed doi rcsb
source organism Thermococcus kodakarensis
molecule tags Transferase
total genus 169
structure length 494
sequence length 494
chains with identical sequence Y
ec nomenclature ec 2.7.1.30: Glycerol kinase.
pdb deposition date 2007-12-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
O PF00370 FGGY_N FGGY family of carbohydrate kinases, N-terminal domain
O PF02782 FGGY_C FGGY family of carbohydrate kinases, C-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2zf5O02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2zf5O01
3VGLA 3FZFA 4BR0A 1Y64A 3VERA 4BQZA 4K25A 3U4LA 2PAVA 1GLFO 3FZKA 4PKIA 3OHRA 4H5RA 3KHYA 4XH5A 1NMDA 3CQXA 4AM6A 3O4WA 3O8MA 2A3ZA 5JLFA 3MN5A 4M63C 2Q0RA 2A6AA 3I8BA 1X3NA 3ATUA 3VPZA 3BEXA 1SQKA 4FWKA 5AQGA 4YDUC 4MLHA 1HJOA 1CZAN 1BO5O 3EZWA 3VF4A 3MDQA 4EAHD 4HTLA 4H5NA 3FZLA 3WXJA 5EXWA 2Q31A 5AQSA 3LDNA 4BGAA 4BRNA 3A0IX 1HKGA 2FSJA 4FPAA 4BRGA 1QZ5A 3WEEA 2E88A 3LDLA 3M6GA 1GLBG 3ZX0A 3M1FA 1ESVA 3BUZB 2ZGYA 4EIAA 5AQPA 4BRCA 2E2PA 4DCHA 2YI1A 4EHUA 5AQJA 1HX1A 3VESA 1V4SA 4J8FA 1GLEG 1ATSA 2IVNA 3JXUA 3A8YA 5AZIA 2E1YA 3D2FA 3O1BA 3BF3A 1DEJA 4CI6A 1QQMA 1RDWX 5FPDA 4BRAA 3JS6A 4WQ4A 3BF1A 4A61A 3B8AX 3H1VX 1HKBA 3A5OC 3GE1A 4K43A 2NZTA 3WEEB 1YVNA 2P9LB 4FL9A 2FF3B 2E2OA 4A62A 4FO0A 3TPQA 4BRLA 5KQ8A 2QW9A 5FPMA 3AARA 3QFUA 3CJ7A 1NGEA 1YAGA 4I6MA 1KAYA 4QS7A 5KPZA 3MN9A 5AZIB 1TYQA 3D2FB 5AQZA 2D0PA 4A2BA 2ZF5O 3DAWA 4KBOA 2E8AA 3CJBA 5KQDA 3QFPA 4BGBA 4B9QA 3WXKA 3CETA 3LM9A 1HUXA 5ADXA 1TUYA 2QXLA 3M3ZA 3VENA 3FZHA 5AQUA 3LDPA 1ZBSA 5LY3A 1Z05A 4K41A 1U2VA 1Z6RA 4I6MB 4BREA 4CZIA 5TKYA 3FFKB 1TYQB 1SAZA 1X3MA 5EY4A 1MWMA 3SMSA 1NGDA 1NGAA 1SZ2A 3ATVA 4NB4A 5AQWA 2H3GX 1GLAG 3ZETA 1X9JA 3DXMA 2F9TA 3W3DA 3A5MC 2HMPA 3J8AA 3UKRA 2GWKA 1XUPO 2V52B 2QWNA 2QWQA 3L0QA 2KHOA 3QBXA 4BR5A 5BRDA 3UB5A 1U2VB 4YDUA 2IVPA 1C0FA 3KVGA 1DKGD 3VEWA 2J4RA 4E1JA 1E4GT 1YXQA 3EN9A 2VWBA 5EX5A 2V7YA 3MK6A 3SLCA 3SMPA 4B1UB 5JLHA 1NGFA 1K8KB 3IFRA 1S3XA 1ATNA 4F9OA 1BUPA 3FE1A 5B8HA 1NLVA 2D1KA 5AQNA 3CJCA 3EL2A 1EQYA 4CZEA 4B1WB 3ZETB 3DXMB 3WQUA 3UKRB 3WXLA 2YJEA 3TU5A 3L6QA 3WQTA 2W40A 2BTFA 2P9IA 4BVOA 1G99A 4PL7A 2GWJA 3O08A 4CZJA 5BREA 5KPRA 3ENOA 4NO7A 2QWOA 1QZ6A 4IJAA 2NLXA 1KAZA 4RTFD 3SJHA 3VF6A 3IUCA 4B1YB 5E26A 1RFQA 4XH1A 5BR9A 4O5FA 3VEVA 3CHWA 4JHDA 4MO5A 5KPTA 5AQTA 3VGKA 2QWPA 4M7YA 1JCEA 1HPMA 3LL3A 3MCPA 4H0OA 4GNIA 4ISFA 3DJCA 1T44A 2GELA 2IIRA 1NGBA 4PKHA 4WQ5C 1IJJA 1XQSC 3GL1A 2HF4A 4FSVA 4BRHA 2GUPA 1LCUA 2FSKA 3VEXA 3D2EA 1KXPA 1P8ZA 1BWFO 2ASMA 2Q1NA 1ZC6A 1YUWA 2VCPA 3HSCA 3ENHA 4B1XB 4JHDB 2V51B 3VEYA 2ZWHA 4CBWA 3EKSA 3IDHA 3GBTA 5BPLA 3ZEUA 1BDGA 4B1ZA 5LJWA 3H3NO 2PBDA 3WXIA 2A40A 5I9EB 2FF6A 5AQOA 1MDUB 1NWKA 3FZMA 3HBTA 4CZLA 4BQLA 4H5WA 2CGJA 3O5BA 1U6ZA 3CQYA 3CJ9A 3D2EB 5AQFA 4IJNA 4DB3A 1NBWA 3U9ZA 3BP8A 4L3QA 1D4XA 3C7NA 4JAXA 1NGJA 5AR0A 2EWSA 1ATRA 3ZEUB 1WOQA 2CGKA 1DGKN 1HKCA 2GTDA 4BC5A 1MWKA 2A41A 4H0VB 3VEZA 4HWIA 3UE5A 4C23A 1Q18A 3H6EA 4FPBA 5AFUH 5AQQA 3G25A 1RGIA 4CZMA 4IWVA 4FOIA 3FLCO 4FWLA 2QWLA 3FR0A 4RCHA 4XEIA 1BA0A 4BR4A 3VOVA 3C7NB 4WQ4C 2QWRA 4BRFA 3DWLA 5ELZA 5JMVA 3LDOA 1T6CA 3R8EA 2ITMA 2I7NA 5AQVA 1MA9B 4Z94A 4CD3A 3H1QA 1OKJA 3KZBA 5ADXH 5FPEA 1NGGA 3VF2A 1QQNA 4O8KA 4IO8A 3U9DA 5FPNA 1HLUA 5E84A 5F0XA 2OANA 1QQOA 4RWTA 1NGCA 2A5XA 3C0BA 4FWNA 3GDQA 3MMVA 2CGLA 2E1ZA 2VYPA 4ISEA 5AQHA 1QHAA 4K42A 4H0YB 3I33A 4IZ9A 1S22A 2P9PA 3QMLA 4BRQA 3ZX3A 2A42A 1IG8A 5EVZA 5AQRA 1J6ZA 1LOTB 3AAPA 2D4WA 2HF3A 3IMXA 4IXCA 4CBXA 5BPNA 4BC3A 4FWSA 3O6WA 1GLJO 5F2RA 4WYBA 4QS8A 2P9SA 3QB0A 3QICA 2YHXA 3W0LA 4CJ7A 4FWPA 3WUHA 2Q36A 3F9MA 3P4IA 3MN6A 5AQMA 3D7EO 3O1WA 1BG3A 1JCGA 2P9KA 2F9WA 1GLCG 2P9IB 1H1VA 5EOYA 2P9PB 4BRIA 2BUPA 2ASPA 4BVPA 4JN4A 3HM8A 4BROA 3ID8A 2P9NA 1E4FT 1NM1A 1WUAA 2AP1A 3U8XA 5LJVA 3AAQA 2QWMA 4CZFA 2E20A 2P9SB 2FXUA 2I7PA 4QS9A 4MO4A 3A5LC 5BN8A 4LC9B 3EO3A 3R6MA 2YCHA 2P9LA 2P9KB 1R59O 1BOTO 4H03B 2V7ZA 3CIPA 4B1VA 1GLDG 3FGUA 1NGHA 3H46O 2HOEA 3HZ6A 5CE3A 4BC2A 3VETA 3GOIA 5AQXA 2P9NB 4CBUA 4CZHA 3A5NC 3L4IA 3CERA 4EHTA 3GG4A 5BN9A 4M7XA 4ISGA 4MLEA 4BR9A 5BRHA 3AY9A 3CJ1A 4BG9A 3HI0A 3RSEA 4H0TB 3SK3A 4BR2A 4FWOA 1T6DA 5BPMA 2FLOA 2ZGZA 3CJAA 3HTVA 5AFUA 5F1XA 1XC3A 1BU6O 5AZJA 4PKGA 4CD1A 2YHWA 2Q0UA 3EKUA 2NRHA 5AQKA 4H5TA 2CH5A 3QDKA 4BRDA 4JD2A 4FWMA 1BA1A 1KAXA 3VGMA 2CH6A 2IVOA 2W41A 4DHYA 4BRPA 2E2QA 3RSEB 3DXKA 4H0XB 1JCFA 2GEMA 5BRFA 4JNEA 3MN7A 5AZJB 2YHYA 4AM7A 3UKUA 4FOEA 4DQ8A 2D0OA 4BRKA 3H3OB 3O80A 3ZX2A 4JD2B 5AQLA 4BRMA 3ULEA 2E2NA 1GLLO 3H45C 2P9UA 2WUSA 3CI5A 4H0PA 5AQIA 2UYTA 2Q2RA 1K8KA 4XH4A 2Q97A 2ASOA 4BR7A 3DXKB 4BG8A 2QM1A 4EFHA 1V4TA 4BC4A 1ZXOA 4A2AA 3S41A 4WQ5A 2AA4A 4GY2B 3UKUB 1TUUA 4CZGA 5JICA 3QBWA 4FWQA 1NGIA 3WT0A 2DPNA 4CZKA 5AQYA 1C0GA 4Y0WA 3ULEB 4H5VA 2YJFA 2P9UB 3LM2A 3VEOA 4FWRA 4PL8A 3R9PA 3LDQA 2FSNA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1KLMA 4BR0A 1ZBFA 1Y64A 3TAGA 3HRGA 3OHRA 4H5RA 3KHYA 3O4WA 4DQQA 3N4PA 4CHOA 4N41A 3HM9A 4M63C 1RBRA 1VSHA 3ATUA 3BEXA 2RPIA 1S9EA 1SQKA 2YNGA 3ZSYA 3ZSWA 3SUOA 4YDUC 1HJOA 4ILHA 4YOXA 1BL3A 3DYAA 3QLHA 4IOXA 4N47A 4H5NA 5EXWA 3SV4A 4LFAK 3PO5A 5AQSA 4BRNA 3M8RA 2IS3A 4NYFA 1L3UA 4FPAA 3T69A 4JKEA 3WEEA 5GAEP 3M6GA 1GLBG 3ZX0A 3M1FA 1VQ4N 4YHHK 1YITN 2NRVA 2I5JA 1TVRA 3ZT2A 4DCHA 3VESA 4J8FA 1ATSA 2WONA 5M1QA 5CYQA 3CYMA 3O1BA 4DR1K 4E7JA 3NH0A 4J2AA 1REVA 3ZLJA 1QQMA 1RDWX 2F8TA 2ZQBA 4WQ4A 3BF1A 4A61A 4E19A 3H1VX 5K14A 4OKJA 1HKBA 3A5OC 1YJ9N 4K43A 3TSUA 4L8RB 2P9LB 4FL9A 4U7BA 4KB1A 4AILC 2FF3B 4A62A 5CYMA 4FO0A 1L3TA 5KQ8A 2QW9A 5FPMA 1NGEA 1WSFA 1Y97A 3MN9A 1TYQA 5AQZA 4X64K 1BI4A 4KBOA 2DFFA 2HHSA 4FW1A 5C2DA 1UWBA 4B3RK 3WXKA 4ZTJA 2D5RA 3THYB 3G71N 5ADXA 3M3ZA 2G8WA 1SL2A 3P83D 3HYFA 4CVNE 4B3OA 1ZBSA 4O8UA 1VSMA 3CCMN 5JVGL 1U2VA 4BREA 3VQ6A 3FFKB 1YVUA 1X3MA 3C6UA 1N34K 1MWMA 1CXQA 4X65K 2HVIA 3OYGA 2HHVA 5HBMA 1SZ2A 4NB4A 1JJ2M 1N33K 4HTUA 1HYVA 4E1NA 1JLBA 3SPYA 3HVTA 1I39A 3AVFA 3AVCA 3A5MC 3KJVA 4IG0A 3UKRA 1M1KO 1UOCA 2QWNA 1S1XA 3L0QA 3T3FA 1WB9A 3UB5A 4YDUA 3OA9A 2IVPA 4YOYA 3SPZA 2UUCK 4CK1A 1YXQA 4AHSA 3SLCA 4YNQA 1NGFA 2F4VK 4LF9K 3IFRA 4PWDA 1B9FA 1S3XA 3MWPA 5B8HA 2O8CA 4DTJA 5AQNA 1EQYA 4LF6K 3ZETB 3DOKA 3VQ7A 2O8EA 3L6QA 1NOYA 2P9IA 4TSXA 4DV1K 4NO7A 4DTMA 3PX6A 4JKGA 2QWOA 5C12A 4IJAA 4B1YB 1KVAA 4KH6A 3ZYYX 3E9OA 4XH1A 4ZHRA 4DS4A 2BGGA 3CHWA 5IWAK 4JHDA 3TTDA 4KTZA 3VQEA 4UQGA 4CJVA 1Q81O 3MAQA 1JCEA 1HPMA 5HRSA 1Z26A 3SUPA 3DJCA 5MLCQ 1VQ8N 1W7AA 4K8XA 4AHUA 3NFAA 4CGHA 3SAFA 3C95A 4M42A 4CGJA 2KZMA 2HBMA 3VEXA 1BWFO 4EP4A 1WLJA 3CCRN 4KHWA 2V51B 3NF8A 2QKBA 2ZWHA 4CBWA 3SV3A 3EKSA 3KLIA 4CEBA 4DFJA 5BPLA 1HYZA 4B1ZA 1BGXT 4CJSA 3AO1A 2P1JA 3FZMA 2IAJA 4H5WA 3OYAA 2CGJA 3AA4A 3O5BA 3PIPL 1U6ZA 3CQYA 1ITGA 3K9JA 3CJ9A 4DSLA 3RMDA 3D2EB 5HL7L 1C0UA 2JLEA 4MDAA 4LY7A 3C7NA 4BE1A 4ELTA 1WOQA 1L3SA 4B9TA 1NU0A 2QK9A 4B9LA 4MQ3A 3K5MA 4LFBK 4DR3K 3F5TA 3CQ8A 3OS1A 4H0VB 4HWIA 3UE5A 4FPBA 4NYNA 3CCUN 2HHWA 3MXIA 3SJJA 4IWVA 3O3FA 2QWLA 4CFAA 1NOZA 2HB5A 4LF5K 3RTVA 4W5TA 2HMIA 4DQIA 4CECA 4DU1A 1MA9B 3H1QA 5ADXH 4IDHA 2YKNA 3VF2A 4IO9L 4DR2K 3HO1A 1QQNA 2O8FB 3OBWA 4CFCA 2FBYA 5GIOA 2OANA 1QQOA 2OPSA 4CF1A 4C8KA 2W6KA 3L3VA 4B8AB 2CGLA 1W97L 3LP3A 2E1ZA 4CK2A 5KGXA 4ISEA 4CJLA 1QHAA 2P9PA 1C0MA 1HJRA 3ZX3A 2A42A 3I55N 1RT7A 5EVZA 1LOTB 3AAPA 3DI6A 1EWQA 4KHQA 3CFRA 4WF9L 1VSLA 5F2RA 1IBMK 4WYBA 3QICA 2YHXA 1QVGM 4CJ7A 2OTJN 3P4IA 3AA5X 3L2QA 3D7EO 1BG3A 2P9KA 4Z4FA 4NCGA 3JYTA 2P9IB 1Q86O 5EOYA 4JKCA 3HSTB 3K5OA 3VA3A 4BROA 2P9NA 1NM1A 3LALA 5LJVA 2B4JA 2QWMA 1O13A 2QTDA 2FXUA 2NNWA 2Q3SA 1TK5A 2I7PA 4QS9A 3QESA 3G10A 4LC9B 3EO3A 1XNRK 2UUAK 3ZSOA 1BOTO 4KTQA 2V7ZA 4LD0A 3B6PA 3D45A 1DT9A 1NGHA 2HOEA 1D8YA 3VETA 4FK4A 5FLXO 3KLHA 4EHTA 5BN9A 4OX9K 4IFVA 4GV9A 3ZSXA 2VWKA 1P90A 1JL1A 3M8PA 3AY9A 3TAPA 3HI0A 3NH1A 4DF4A 4OPJA 3CCJN 2FLOA 3CJAA 4IG3A 3NGZA 1JLFA 4M41A 5KGWA 2YHWA 1KSPA 1J5EK 3LAMA 3KD1E 2NRHA 4H5TA 3QDKA 4M3TA 4BRDA 1BA1A 4Z4CA 1ILYA 3MEDA 1QVFM 4NLCA 1NJXA 4DLGA 2W41A 1RDCA 1WAJA 4AHTA 3RRHA 2E2QA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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