2ZF5O

Crystal structure of highly thermostable glycerol kinase from a hyperthermophilic archaeon
Total Genus 169
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
169
sequence length
494
structure length
494
Chain Sequence
MEKFVLSLDEGTTSARAIIFDRESNIHGIGQYEFPQHYPRPGWVEHNPEEIWDAQLRAIKDAIQSARIEPNQIAAIGVTNQRETTLVWDKDGKPLYNAIVWQCRRTAEMVEEIKREYGTMIKEKTGLVPDAYFSASKLKWLLDNVPGLREKAEKGEVMFGTVDTFLIYRLTGEHVTDYSNASRTMLFNIKKLDWDDELLELFDIPESVLPEVRESSEVYGYTKKELLGAEIPVSGDAGDQQAALFGQAAFEAGMVKATYGTGSFILVNTDKMVLYSDNLLTTIAWGLNGRVSYALEGSIFVTGAAVQWLRDGIKIIKHASETEELATKLESNEGVYFVPAFVGLGAPYWDQFARGIIIGITRGTGREHLARATLEAIAYLTRDVVDEMEKLVQIKELRVDGGATANDFLMQFQADILNRKVIRPVVKETTALGAAYLAGLAVDYWADTREIAELWKAERIFEPKMDEKTRERLYKGWKEAVKRAMGWAKVVDSA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Transferase
molecule keywords Glycerol kinase
publication title Crystal structure of highly thermostable glycerol kinase from a hyperthermophilic archaeon in a dimeric form
pubmed doi rcsb
source organism Thermococcus kodakarensis
total genus 169
structure length 494
sequence length 494
chains with identical sequence Y
ec nomenclature ec 2.7.1.30: Glycerol kinase.
pdb deposition date 2007-12-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
O PF00370 FGGY_N FGGY family of carbohydrate kinases, N-terminal domain
O PF02782 FGGY_C FGGY family of carbohydrate kinases, C-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2zf5O02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2zf5O01
3BUZB 4BRFA 1P8ZA 2FSKA 3FR0A 3WT0A 2F9TA 3UKUB 3FZKA 3A5NC 3O1BA 4H0VB 5EX5A 2ASMA 3G25A 4BRCA 1GLJO 3VEZA 2A40A 1JCFA 5TKYA 1BA0A 3P4IA 3TU5A 1BU6O 3A5OC 4KBOA 3SK3A 3ULEB 2P9IB 1NMDA 3R9PA 5AZJB 3SMSA 1NM1A 2YHYA 3CJ1A 2QWRA 1LOTB 1NGIA 3DXMB 4E1JA 1D4XA 1TYQB 2QWNA 4PL8A 3EKSA 4H0YB 4L3QA 5EOYA 5EXWA 2YI1A 1ZC6A 2IIRA 2ZWHA 5KQ8A 4CZJA 3LDPA 1T6DA 4BC2A 1KXPA 4B1ZA 1EQYA 1NLVA 1G99A 2ASOA 3D7EO 4ISEA 3HSCA 1GLFO 3HI0A 4FSVA 4FWQA 4B1UB 2EWSA 4YDUA 2E1YA 3CIPA 5AQXA 4XH5A 1Q18A 2P9UB 2IVNA 3WQUA 3A5MC 1DKGD 4FPBA 2P9KB 3CJ9A 2QM1A 4BRNA 5AQJA 2I7PA 2E20A 3O8MA 5AQKA 2ZGYA 2CGLA 4BC3A 5AZIA 1K8KB 3MN9A 3VEWA 4RWTA 3H1VX 2AP1A 1NGJA 3BF1A 4I6MB 3ZEUA 5BRFA 2A5XA 1BOTO 4CZEA 3QICA 5LJVA 4B1WB 4BVPA 4PL7A 4O5FA 1C0FA 1SQKA 4IWVA 3FZFA 3QFUA 3LDQA 3BF3A 1YVNA 3DJCA 5BPNA 3U4LA 1U6ZA 2E2OA 4FL9A 3D2EB 4RTFD 1ATRA 1DGKN 4BQLA 4Z94A 4QS8A 2A6AA 2P9PA 1SZ2A 4FWPA 4WQ4C 3HTVA 4DCHA 4H5RA 3L0QA 3WEEB 1TUYA 1XUPO 4XH4A 1C0GA 2GTDA 4CBWA 5FPMA 3FZMA 3L6QA 3J8AA 4K41A 1ZXOA 5AQRA 2UYTA 3FE1A 3WXKA 2FSNA 2QWLA 3VERA 1YAGA 2QWPA 3MN7A 4JN4A 4H5TA 4GNIA 4FWSA 4BR7A 3HZ6A 3JXUA 3D2FB 3LDLA 2D0PA 3O4WA 4B1YB 3MK6A 5I9EB 4FO0A 1RFQA 4CZKA 1BWFO 1GLEG 4EHTA 3VEOA 3WXIA 3EKUA 4HTLA 2DPNA 3GOIA 4EAHD 1CZAN 2V51B 5BREA 5AQTA 2P9LA 3UKRA 1HKBA 1X3NA 1ATSA 3QB0A 4F9OA 1SAZA 2FSJA 3HBTA 3JS6A 4AM6A 4JNEA 3SJHA 3WQTA 1YXQA 3W0LA 3HM8A 1NGEA 3IFRA 3RSEB 2NLXA 3VEXA 5AQMA 2E2NA 4BRIA 3VGLA 4PKGA 3W3DA 4CI6A 5ADXH 5CE3A 2CH5A 5BRHA 3OHRA 2P9NB 3CJBA 3UKUA 3A8YA 2PBDA 2QW9A 3O6WA 4ISGA 3KHYA 1R59O 5AQVA 2ITMA 1V4TA 4M7YA 3I8BA 4JHDA 3CQYA 5EVZA 4FWOA 2QWMA 2V52B 4CJ7A 2CH6A 3M6GA 1NBWA 4MLHA 5AQSA 3VETA 5AZJA 1XC3A 5LY3A 3C7NA 2D1KA 5AQFA 4IXCA 4RCHA 4JAXA 3AAQA 3DXMA 3VEYA 1TYQA 5ELZA 1NGGA 4BR9A 2ZGZA 3IUCA 3CQXA 4BQZA 4FWNA 3C0BA 2BUPA 1S22A 4FWRA 4QS7A 4EFHA 3H46O 4O8KA 4WYBA 2I7NA 5AFUA 3H3OB 4BREA 4WQ5A 1NGCA 2WUSA 4H5VA 5FPNA 4H5WA 4CZIA 4K43A 4H03B 2OANA 3MN5A 2AA4A 2FXUA 1XQSC 1H1VA 2P9KA 3GBTA 3UE5A 2J4RA 4A2BA 3DXKA 3QFPA 5AZIB 4BRGA 1K8KA 1HKCA 2NRHA 3ZEUB 4A62A 3GE1A 3VEVA 3ZETA 3M3ZA 3IMXA 3EO3A 1Z05A 4FWMA 4B1XB 3CHWA 4H0TB 5FPEA 5AQUA 1GLAG 3VGKA 4IJNA 1QQOA 2A42A 4NB4A 3ZX2A 1HLUA 4M7XA 5AQWA 5FPDA 1MWKA 3CJCA 3D2EA 1IJJA 4FPAA 4H0OA 2Q0UA 2PAVA 5AQOA 5E26A 3GG4A 3QMLA 1NGAA 3M1FA 1QHAA 3TPQA 1E4FT 3F9MA 4NO7A 2A3ZA 1WUAA 1BO5O 5JLHA 3KVGA 3VPZA 4J8FA 3EN9A 3O08A 5KPZA 3VOVA 4B1VA 2FF6A 4BGBA 4CD3A 1U2VA 2VWBA 4PKIA 5BPMA 3H3NO 4EHUA 4DQ8A 1T6CA 4BRAA 1ATNA 3CI5A 4CZMA 1RGIA 4WQ4A 5F1XA 3MCPA 1BDGA 3SLCA 5JMVA 3FGUA 3KZBA 4CZHA 5KQDA 1X9JA 2E2PA 3LM9A 4MO4A 1NGDA 2IVOA 4BRMA 5F0XA 2GELA 1NWKA 1V4SA 3UKRB 4JD2A 3H6EA 3VGMA 3AARA 4GY2B 4QS9A 4A61A 5AR0A 4HWIA 1MA9B 4BRHA 1NGHA 5B8HA 4MO5A 4CZGA 3ENOA 5AQZA 3I33A 1YUWA 3LDNA 3ZX3A 3ENHA 3LL3A 2YJFA 3BEXA 1BA1A 2FF3B 2P9SB 2E8AA 5BN8A 3RSEA 1OKJA 5KPTA 3IDHA 3MN6A 1TUUA 3R8EA 2QXLA 2Q31A 3H1QA 4BG8A 4BC5A 1JCGA 1RDWX 4K42A 3VF6A 3LDOA 3U8XA 5BN9A 3O80A 3VF4A 4IO8A 3ID8A 2P9NA 4XH1A 4FOIA 1GLCG 3ULEA 4CZFA 2P9IA 4YDUC 4CBXA 2YHXA 1GLLO 2V7YA 5AQPA 4JHDB 4XEIA 4BC4A 3ATUA 2VCPA 1HPMA 1HKGA 2Q2RA 1WOQA 2CGKA 4WQ5C 5AQNA 1X3MA 4B9QA 3C7NB 3DAWA 5AQGA 1JCEA 3AY9A 1BG3A 3MDQA 4FWKA 4BRLA 4BRQA 4BGAA 5JLFA 2GEMA 2NZTA 3DWLA 3O1WA 3CERA 4EIAA 4BR5A 2E88A 2HMPA 1LCUA 4DHYA 3H45C 2V7ZA 2P9UA 3WXJA 3LM2A 4BR4A 5BR9A 2KHOA 2YHWA 2D4WA 3BP8A 3ZX0A 4C23A 4BG9A 2D0OA 3A0IX 1E4GT 2W41A 2A41A 3B8AX 4M63C 3VESA 3FLCO 2HOEA 5KPRA 3U9DA 3QDKA 3GDQA 1KAYA 5F2RA 2Q0RA 1Y64A 3GL1A 1T44A 4I6MA 3L4IA 4CBUA 4AM7A 3DXKB 4IZ9A 1NGBA 2E1ZA 3ATVA 4H0PA 4BRDA 1GLDG 4PKHA 1DEJA 3EZWA 3SMPA 5ADXA 1J6ZA 3ZETB 2P9PB 1QQMA 1ESVA 3CJAA 3WEEA 3QBWA 3VENA 3WUHA 3FFKB 3MMVA 4Y0WA 5AQLA 2Q1NA 4H0XB 5AQQA 3QBXA 2HF3A 1HUXA 1IG8A 3VF2A 3CETA 2FLOA 1BUPA 5LJWA 2F9WA 3AAPA 3WXLA 2Q36A 2QWQA 1GLBG 2VYPA 2H3GX 1MWMA 3CJ7A 2ASPA 4FOEA 4BVOA 3A5LC 3D2FA 1QZ5A 3R6MA 2IVPA 1U2VB 2YJEA 3FZHA 4H5NA 1HX1A 5EY4A 4CZLA 2QWOA 5AQYA 4BROA 4FWLA 4CD1A 4IJAA 1ZBSA 2ZF5O 1Z6RA 4DB3A 4BR2A 5BRDA 4MLEA 5JICA 3O5BA 2P9LB 4ISFA 2Q97A 2HF4A 3FZLA 5AFUH 2BTFA 1QZ6A 1QQNA 2YCHA 2W40A 4BRKA 1S3XA 1NGFA 2GWJA 3EL2A 4LC9B 5AQHA 3UB5A 5E84A 4JD2B 1KAZA 1MDUB 2CGJA 2GUPA 3U9ZA 4BR0A 1KAXA 4A2AA 4BRPA 5BPLA 4K25A 3S41A 1HJOA 2P9SA 2GWKA 2E2QA 5AQIA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4YY3K 3FR0A 4CK3A 2HNYA 3FZKA 4JRPA 2DY4A 1ZBHA 4H0VB 5EX5A 1N5YA 3SQ0A 2HHHK 2PYJA 4Z4EA 5TKYA 3P4IA 3TU5A 5KRSA 1BU6O 1JXEA 3SK3A 1NMDA 1T03A 3SUPA 4FJ7A 3F5TA 3VQDA 1VSJA 1NM1A 4N5SA 3QEVA 1LOTB 4UY8O 2QWNA 4PL8A 5I3UA 3VQ5A 3EKSA 1N36K 5KI6A 3CCJN 4NXNK 1NJYA 1ZC6A 2IIRA 4Z4GA 5T7BA 4OGEA 1RTHA 4ISEA 4DV0K 3RMAA 4OKJA 1YT3A 3HSCA 4CFAA 1SS6A 1S6PA 4OLBA 4CEEA 3VQ6A 3L2RA 1LV5A 4OJRA 3V9SA 1HNZK 1DKGD 1ZBIA 3VTHA 1K73O 1VQON 4CJPA 1P90A 3ID6A 3HRGA 5AQKA 2ZGYA 4O55A 3HP6A 5AZIA 1HMVA 4E0DA 1VQMN 3VEWA 1L3TA 4YOTA 4IOCL 4FZXC 4I6MB 1NGJA 3BF1A 5J2PA 5LMUK 1ZBUA 4DF4A 4FVMA 4CZEA 2UUCK 1VQ8N 5C0YA 3QNOA 1LW0A 3EZ5A 3L4QA 4JI2K 1SQKA 1G15A 2JLEA 3FZFA 3LDQA 1YVNA 2G8FA 4JK9A 2E2OA 3D2EB 2OPQA 1XMQK 4QS8A 1JLAA 4FWPA 4WQ4C 3HTVA 1XHXA 3P39A 4CECA 1A5WA 4XH4A 5C10A 4BDPA 5FPMA 3L6QA 4K41A 3V81A 3CM6A 5J2MA 3J80O 4QCLA 2UXCK 4C1NI 4JN4A 3V9UA 2QK9A 1JLFA 2KKZA 3OYLA 4B3TK 1VQNN 1Y97A 1UOCA 3SPYA 4B1YB 1VQ5N 1RTJA 3VQCA 1NOYA 3K58A 1RFQA 1W97L 3CFOA 4JKBA 4IFYA 4CZKA 4ZTFA 1GLEG 3HT3A 4EHTA 3TWHA 3KK1A 4EAHD 1CZAN 5HBMA 3V1QA 3UKRA 4DTSA 1ATSA 3TTFA 3QB0A 4F9OA 1SAZA 3SJJA 3JS6A 1YVUA 1OH5A 5DMRA 3WXMB 4FJ8A 1BIZA 3VEXA 5AQMA 2E2NA 2KQ2A 3CG7A 3A2FA 4N76A 4BY9C 3RR8A 2F8TA 3SNNA 1RT2A 4LF4K 1WB9A 3QIOA 4IFEA 2P9NB 3ASMA 4CW7B 4KV8A 3SUNA 4N56A 4DTMA 3CFRA 4JYAK 3KHYA 3RMCA 3MXMA 1TK5A 1FW6A 4JHDA 5EVZA 2V52B 2RHKA 3M6GA 4Q0BA 4PA1A 5AQSA 1F21A 1RDCA 5AZJA 4NCAA 5HROA 3AAQA 4DV2K 4RW7A 1NK0A 2O8DA 3MX2A 4BDYA 3WNEA 3IUCA 3TSQA 3VMFB 4DR2K 5CZ2A 3G4SN 4DLEA 4FWNA 3C0BA 3AVBA 4FWRA 3KLHA 4EFHA 4AHUA 4WE1A 1TKXA 4WQ5A 4WFNL 3NF7A 5FPNA 4CZIA 2HSTA 3VN5A 2DFEA 3ZSOA 4IO9L 4FCYA 4Z0UA 4W5QA 4DUZK 1XQSC 2XHBA 3GBTA 2RF2A 1VSIA 4W5OA 3BZCA 5AZIB 4NCBA 1KRPA 3UIQA 1K8KA 3HPGA 3HOTA 1Z05A 4FWMA 3CHWA 2G8HA 4FJ5A 4C8KA 4CVNE 1QQOA 3CCEN 5FRNA 3V9WA 2HBJA 4KFBA 3MWPA 4IDKA 5E26A 1L3VA 3NMUA 4HTUA 4CJWA 3M1FA 4B08A 2NNWA 4BE2A 3TAPA 3CCRN 1RT3A 3KVGA 2GBZA 1YHQN 2HW3A 3HVTA 3VOVA 5CYMA 1RTIA 4IOAL 3DRRA 1Q9XA 4IBNA 4ILJA 3CI5A 2GUIA 4DR5K 3RTVA 4OKKA 3I8DA 5M1NA 1VQ7N 1BDGA 1OH7A 1HQEA 3SLCA 3PY8A 4M3UA 4GKJK 1EKEA 3FGUA 3P38A 4B9SA 3KZBA 3CCMN 5KTQA 5KQDA 3SAFA 2E2PA 1NGDA 3KLFA 3EE8A 2GELA 1K6YA 2BGGA 4AQYK 1T8EA 3UKRB 4KHNA 4OPKA 4OPHA 4GY2B 4HWIA 4DTNA 5B8HA 3CCVN 4B9NA 1A5VA 5AQZA 3I33A 4JKEA 2FF3B 4CJQA 1D9DA 2E8AA 3RSEA 4IKFA 5KPTA 3IDHA 1TUUA 2NUBA 3SAHA 3K9KA 2E6LA 4B9UA 3H1QA 3QEXA 1S6QA 1U04A 4DV5K 3LDOA 4IEIA 5BN9A 4CJ4A 1QS4A 5M1QA 1VAZA 3DOKA 4DKWA 2W6KA 5I42A 1SL2A 1GLCG 4B3OA 1TGOA 4CZFA 5GINA 3J7ZO 3C95A 3OS1A 1GLLO 5AQPA 4JHDB 5E41A 5FRMA 4X66K 1HKGA 4CJ5A 1YJNN 1WOQA 1NOZA 2D0CA 5AQGA 3C94A 3AY9A 1BG3A 3MDQA 3THWB 1TVRA 4BRQA 4BGAA 4DMNA 4LF5K 2HBKA 1Z26A 3L3VA 2O8DB 4EIAA 4ILHA 4N41A 3DI6A 1LCUA 4DHYA 3NHGA 3ALYA 1B92A 3THXA 5BR9A 3ZSWA 2F8SA 1WAFA 3ZX0A 3CF5L 4BG9A 4FJNA 3ZSRA 4CEAA 2D0OA 1N33K 1RDDA 2A41A 4CGHA 3FLCO 3QDKA 5F2RA 3GL1A 4DSIA 1YITN 3E66A 4GVEA 4WF9L 4IZ9A 2E1ZA 3ATVA 1I3AA 3B6OA 3AGRA 4CJUA 4OO1J 2P9PB 4RW8A 4DTJA 1QQMA 1ESVA 3CJAA 2DFFA 3VENA 3T3FA 4ELTA 3WUHA 3FFKB 5JVHL 2Q1NA 4H0XB 2F96A 2OZSA 1IG8A 4GV6A 3TI0A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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