2ZF5O

Crystal structure of highly thermostable glycerol kinase from a hyperthermophilic archaeon
Total Genus 169
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
169
sequence length
494
structure length
494
Chain Sequence
MEKFVLSLDEGTTSARAIIFDRESNIHGIGQYEFPQHYPRPGWVEHNPEEIWDAQLRAIKDAIQSARIEPNQIAAIGVTNQRETTLVWDKDGKPLYNAIVWQCRRTAEMVEEIKREYGTMIKEKTGLVPDAYFSASKLKWLLDNVPGLREKAEKGEVMFGTVDTFLIYRLTGEHVTDYSNASRTMLFNIKKLDWDDELLELFDIPESVLPEVRESSEVYGYTKKELLGAEIPVSGDAGDQQAALFGQAAFEAGMVKATYGTGSFILVNTDKMVLYSDNLLTTIAWGLNGRVSYALEGSIFVTGAAVQWLRDGIKIIKHASETEELATKLESNEGVYFVPAFVGLGAPYWDQFARGIIIGITRGTGREHLARATLEAIAYLTRDVVDEMEKLVQIKELRVDGGATANDFLMQFQADILNRKVIRPVVKETTALGAAYLAGLAVDYWADTREIAELWKAERIFEPKMDEKTRERLYKGWKEAVKRAMGWAKVVDSA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title Crystal structure of highly thermostable glycerol kinase from a hyperthermophilic archaeon in a dimeric form
pubmed doi rcsb
molecule tags Transferase
source organism Thermococcus kodakarensis
molecule keywords Glycerol kinase
total genus 169
structure length 494
sequence length 494
chains with identical sequence Y
ec nomenclature ec 2.7.1.30: Glycerol kinase.
pdb deposition date 2007-12-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
O PF00370 FGGY_N FGGY family of carbohydrate kinases, N-terminal domain
O PF02782 FGGY_C FGGY family of carbohydrate kinases, C-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2zf5O02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2zf5O01
3FZLA 3EKUA 4DHYA 1NGHA 3WEEB 4ISFA 3EO3A 3MN6A 3ULEB 2CGJA 1YAGA 5BN8A 4BC2A 2FLOA 3AAPA 3M6GA 4BQZA 2P9LA 3ZETB 1GLBG 1XC3A 1C0GA 4EFHA 2P9KB 5KPRA 4B1VA 3H46O 5AQOA 3P4IA 2VCPA 4CZEA 4B1XB 3ULEA 4IXCA 3VGKA 1NGGA 4JD2A 1QQMA 3DAWA 3FZMA 2Q0UA 3DWLA 5ELZA 3UE5A 2P9IA 3CIPA 4K42A 1ESVA 1ZC6A 1WOQA 2P9KA 3M1FA 3UB5A 4MO5A 3GBTA 1GLJO 3R6MA 4FWOA 5BPMA 2BTFA 2HOEA 3U4LA 4CBWA 2ZGZA 3JS6A 3O8MA 4PKGA 3CQYA 4H5RA 5BR9A 5AQZA 4F9OA 4BRNA 5AQVA 1HUXA 4FO0A 3CQXA 2YHWA 2W41A 1RDWX 3MK6A 3CI5A 1QHAA 3M3ZA 3WXIA 2YI1A 4H5NA 4A2BA 1NWKA 3EKSA 3CERA 4PL7A 1X3NA 1LCUA 3CJBA 4BRDA 3FR0A 1BWFO 4FOEA 2QWRA 1QZ6A 3LDOA 1NGBA 4L3QA 3VF6A 3QFPA 1HKCA 4IWVA 4RTFD 3H6EA 2E2PA 5AQFA 5AZIA 3WUHA 3EZWA 5BRDA 3D2EB 3LL3A 3VESA 1BU6O 3VEVA 2J4RA 3SMSA 1V4TA 3FFKB 3GOIA 3ENOA 2V7ZA 2VWBA 3AAQA 5BPLA 4RWTA 3D2FB 1NGJA 3VPZA 3WXLA 1S3XA 3VENA 4GNIA 3O1BA 4RCHA 3CJ1A 4MO4A 2GWKA 3D2EA 4DQ8A 3ID8A 2A42A 4CZKA 4BRCA 4K41A 3SLCA 2NRHA 2HF3A 3HZ6A 1TUUA 3D2FA 3VGMA 1LOTB 3QBXA 1ATRA 4O8KA 4BRMA 3CJCA 4BRFA 4H5TA 4GY2B 2Q36A 5JLFA 1HKBA 1NGAA 2Q97A 3IMXA 1G99A 4M7XA 4CZLA 1NGEA 4FOIA 1R59O 4ISEA 4H5WA 4IJNA 1QZ5A 3CETA 4PKIA 4CZMA 1BDGA 4M63C 2P9LB 4WQ5C 2GEMA 4YDUC 3O6WA 5AFUH 3R9PA 3QMLA 1JCEA 4WQ4A 2E88A 5F1XA 3O4WA 4CBUA 5LJVA 3UKRB 1H1VA 4B9QA 2FSJA 1MA9B 5TKYA 3VEYA 4CI6A 4JD2B 2AP1A 2E8AA 5AQGA 3I8BA 4Z94A 1DGKN 4JHDB 4QS8A 3DJCA 2P9IB 5JMVA 1J6ZA 1YUWA 2CGKA 3VEOA 1BG3A 5CE3A 3ZX2A 3FZHA 3UKRA 2P9SA 3FE1A 2CH5A 4H5VA 1BUPA 1E4GT 3LM2A 3SMPA 1GLFO 2CH6A 3L6QA 1SAZA 4JHDA 2E2NA 4MLHA 5AQWA 1SZ2A 4AM6A 1HLUA 3DXKA 2QWMA 4WQ5A 4YDUA 3O80A 4BGAA 2Q0RA 3D7EO 1NMDA 3H3OB 1HKGA 4NB4A 2F9TA 3SK3A 5LJWA 2GELA 3BF3A 1P8ZA 3QFUA 5FPDA 3BF1A 4FWRA 1KAZA 3LDLA 4XH1A 4EHUA 5AQQA 5AZIB 1NM1A 1GLLO 2GTDA 2NLXA 2D1KA 3HSCA 4A2AA 3HM8A 1ATNA 1NGIA 3FZFA 3BUZB 3CJAA 5AQUA 4BR9A 3H1VX 5F0XA 3VGLA 2ASOA 3WXJA 1X9JA 3U9DA 1CZAN 4BC5A 1BOTO 4A62A 2V7YA 3CHWA 2QM1A 3OHRA 2H3GX 1SQKA 3LDPA 3MN7A 5EX5A 1KAXA 4AM7A 4H0VB 3GL1A 4HWIA 1BA1A 1ZXOA 2F9WA 2QWPA 5ADXH 4Y0WA 3U9ZA 5AQSA 2E2QA 3ZX0A 4DCHA 3EN9A 3ATVA 1U6ZA 3W0LA 4BRKA 4CZJA 2YCHA 4WYBA 1DEJA 1QQOA 4BR7A 5F2RA 4K25A 1JCGA 5BN9A 3EL2A 1D4XA 5I9EB 3A0IX 3VF2A 4EAHD 3L0QA 1ATSA 2Q2RA 4C23A 3VF4A 2W40A 2BUPA 2P9UA 3UKUB 4BR5A 4BC4A 4BGBA 4FWKA 1XQSC 2YJEA 4E1JA 4IO8A 5AQLA 4B1YB 5FPNA 1T44A 3IDHA 1NGFA 5EVZA 5AQRA 5AQTA 3MCPA 2ASPA 4JNEA 3UKUA 1GLCG 3QB0A 3WT0A 4DB3A 3LM9A 4BRAA 3H3NO 2ZWHA 3FGUA 3A5OC 3BP8A 1MDUB 1MWMA 4FWMA 4XH5A 3F9MA 5EY4A 5FPMA 2UYTA 1RFQA 2QWLA 1OKJA 4BQLA 4EHTA 3FZKA 3A5LC 3GG4A 3CJ7A 3O5BA 3HBTA 2FF6A 1IG8A 3A8YA 2GUPA 3VERA 2I7PA 4BG8A 2P9SB 2KHOA 2YHXA 1Z05A 4BRLA 4BRIA 4CZHA 5B8HA 4XEIA 3AY9A 2NZTA 5KQ8A 2HMPA 3GDQA 3U8XA 1U2VA 5EXWA 2FSNA 2P9PA 5E26A 1C0FA 4BRGA 5FPEA 3LDNA 5AFUA 2FSKA 3DXKB 2YJFA 4FPBA 2VYPA 5BPNA 4BROA 4I6MA 4KBOA 4CZFA 3TPQA 3ZEUB 1NBWA 4CD3A 3VEZA 1GLEG 1TYQB 2P9NB 3O08A 2IVNA 2A41A 2QWQA 4FWLA 4NO7A 4HTLA 2GWJA 3VEWA 2IIRA 4H0YB 2AA4A 5AQNA 3A5MC 5JLHA 3KVGA 4BR2A 2D0OA 1NLVA 4LC9B 4EIAA 3ZEUA 1HX1A 4CZIA 5KPZA 1WUAA 5LY3A 4BVPA 1DKGD 1TYQA 4CD1A 2A5XA 3C0BA 5KPTA 2P9NA 3MN5A 5E84A 3WEEA 3WQUA 4M7YA 3S41A 1NGDA 2FXUA 3QBWA 1HJOA 5AQHA 5AZJB 1TUYA 2E1ZA 2QWNA 3ZETA 1ZBSA 2FF3B 5JICA 5AQKA 3FLCO 4B1ZA 4QS7A 3RSEB 4CZGA 1HPMA 3ENHA 2V52B 3QICA 3C7NB 2I7NA 2IVOA 4H0TB 5KQDA 3VOVA 2WUSA 4BREA 4BC3A 1YVNA 2E20A 3O1WA 2QXLA 5AQJA 3VEXA 3GE1A 4J8FA 3ZX3A 5AZJA 2E2OA 4H0XB 2D4WA 1Y64A 3AARA 4BG9A 3MDQA 3RSEA 3KZBA 4BRPA 1RGIA 4JN4A 3C7NA 4FSVA 3B8AX 2OANA 3IFRA 1EQYA 4BR4A 2QWOA 4H0PA 1IJJA 5EOYA 1GLDG 4ISGA 2P9UB 5AQMA 2PBDA 1BA0A 4PL8A 4B1WB 2ASMA 3H1QA 3WXKA 4FWPA 4FWNA 3JXUA 4B1UB 5BREA 3ATUA 5ADXA 3CJ9A 5AR0A 4A61A 4H0OA 2D0PA 2CGLA 3MMVA 2Q31A 4JAXA 1T6CA 4BRQA 2ZGYA 1X3MA 5AQYA 1T6DA 4CBXA 1Z6RA 3SJHA 3IUCA 4FPAA 2HF4A 5BRFA 2Q1NA 3LDQA 4PKHA 4WQ4C 3HI0A 3BEXA 3DXMB 2PAVA 3R8EA 1GLAG 5AQIA 2EWSA 2QW9A 3A5NC 1KXPA 4FWQA 3TU5A 4CJ7A 1NGCA 2IVPA 4QS9A 1K8KB 3H45C 5AQXA 4K43A 5AQPA 1U2VB 2P9PB 4MLEA 1MWKA 2DPNA 2V51B 4IZ9A 5BRHA 3DXMA 2A6AA 3KHYA 1JCFA 3VETA 1XUPO 4I6MB 3W3DA 4XH4A 3I33A 1Q18A 4BVOA 4FWSA 2E1YA 1K8KA 3WQTA 1KAYA 2YHYA 1V4SA 2A40A 2ZF5O 3J8AA 2A3ZA 1S22A 1YXQA 3G25A 3HTVA 4FL9A 4BRHA 1QQNA 3MN9A 4H03B 1BO5O 3QDKA 3L4IA 2ITMA 4O5FA 4BR0A 1E4FT 4IJAA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2VQFK 4E3SA 3RMBA 4DHYA 4JKHA 1P90A 3C6UA 4LFBK 3BY5A 3EO3A 2CGJA 4J2EA 4BC2A 3SYZA 5KGXA 2P9LA 4M3RA 1GLBG 1BHLA 1C0GA 4RW7A 3AVGA 1UAXA 3Q7CA 5AQOA 3ENBA 3EE9A 1NGGA 3WNFA 3CM5A 4CIEA 2HMIA 2G8IA 3DWLA 2P9IA 3VQ8A 1ESVA 1WOQA 5BPMA 2OZSA 2QKKA 3WXMB 3VQQA 1YF5L 2ZGZA 3LPUA 3O8MA 4PKGA 2DFFA 3CQYA 4H5RA 1J53A 5FDLA 4F9OA 1HUXA 4BE2A 4FK0A 2W41A 2WC9A 4AHUA 4IOCL 3SAHA 4ILGB 4DTXA 2WBNA 4DV2K 3PIOL 1NWKA 3CERA 4PL7A 3MX2A 1N8RO 1IG9A 4WE1A 1Q9YA 4KI4A 1BWFO 4N41A 2O8CA 5FROA 1XHZA 2QWRA 3SUQA 1NGBA 3VF6A 3PO4A 3H6EA 2PYLA 1J9AA 4BWJA 1TK5A 4FZYA 5KI6A 3KLEA 3NDKA 1YITN 3PSFA 2I5JA 5BRDA 2GBZA 3T69A 1BU6O 2J4RA 1V4TA 1C6VA 5HLFA 3T7ZA 3ZT1A 2YNIA 2V7ZA 3D2FB 1JLFA 4JK8A 5GADP 1YTAA 4ZHRA 4CEEA 3O1BA 4E1MA 1JL1A 2HNDA 1C0TA 3CMEN 3D2EA 1BGXT 4DQ8A 1KCFA 3VQ9A 4CZKA 4JI4K 4OPJA 5C2FA 4DV6K 4XIUA 3CMAN 3QIPA 4CFBA 3QBXA 3VA3A 3NH2A 4I9QA 2NNWA 4B9UA 4BRFA 2O8EB 4H5TA 4JV5K 3KKRA 2Q36A 4B9VA 3HT3A 2Q97A 4NYNA 2P5OA 1NGEA 1KVBA 1R59O 4ISEA 1QZ5A 3OYMA 4CZMA 2P9LB 3O6WA 4NYFA 4JYAK 1JCEA 3QO9A 3O4WA 3ZT4A 4DU1A 4R79A 3UKRB 3JSMA 3O9RA 2G8UA 2UXBK 1MA9B 3VEYA 3P83D 4CI6A 1WSGA 4QCLA 4CHOA 4E19A 3S3MA 2AP1A 1UA0A 2G8HA 1A5VA 3DJCA 2P9IB 1ZBFA 1J6ZA 3THWA 1YUWA 4RW4A 3K0SA 3U3YA 4DSEA 3VEOA 4FZZA 1N5YA 3V9XA 3FZHA 4DQQA 2CH5A 4DV3K 1E4GT 3D6RA 3F2KA 2CH6A 1HNZK 1BQNA 1W97L 5M1KA 5TKWA 2ZD1A 3CPEA 5J2QA 1VQLN 1SZ2A 3KTQA 4DQPA 4KH5A 4FLXA 4B9NA 3DXKA 1RTDA 2QWMA 4YDUA 3TAQA 4IDHA 2A1SA 4J2AA 2Q0RA 1J54A 1VRUA 4IFEA 1YHQN 3H3OB 4CEBA 3BGRA 1NKEA 4LF7K 1IBMK 1RT4A 3AVFA 4NB4A 2X78A 2F9TA 5LJWA 5HRNA 4CHNA 1BISA 1T7PA 2GELA 1RT1A 3QNOA 2O8CB 1P8ZA 4FWRA 3PX0A 3ZCMA 1FJGK 2F4VK 2AJQA 1NM1A 3A2FA 4KHPK 4M3YA 1SL1A 2NLXA 5LMNK 1JLAA 5M1NA 1EO1A 4DV0K 2UXCK 3CCLN 3HM8A 1NGIA 4C8NA 4NCGA 2A1RA 3SAFA 2ASOA 3AVJA 1CZAN 1RDDA 4GKJK 2V7YA 2QM1A 3V4IA 3MN7A 5DM6L 1KAXA 4AM7A 4CJ5A 4H0VB 3OTOK 4DR4K 1LW0A 1VQ4N 4KFBA 4OKKA 1U04A 4Y0WA 4DCHA 3OBYA 3ATVA 1VSIA 3W0LA 1RBSA 1C1AA 4CEAA 4CF8A 4WYBA 4BR7A 1NKBA 4M42A 4K25A 4DTOA 1JCGA 2VG5A 4OGEA 3VQDA 5I9EB 3A0IX 4WCEL 3L0QA 4C23A 3VF4A 4JKEA 1RT5A 2RN2A 2W40A 4JI1K 1KLNA 2Z1GA 4BGBA 4IO8A 2WTUA 1ASUA 3T1HK 1HNIA 5IWAK 1T44A 5C24A 1NGFA 2IDOA 3K58A 1ZBIA 5AQTA 2ASPA 4JNEA 3PO5A 2O4IA 1S1XA 4F3OA 3WT0A 2IOCA 4DB3A 3CCUN 4K8ZA 4R5PA 3H3NO 1MWMA 3F9MA 2UYTA 1RFQA 1S1VA 1YJNN 3E01A 3M8RA 3GG4A 4KH6A 3BZKA 3ALYA 3HBTA 4A59A 1HNVA 4M3ZA 3A8YA 2GUPA 4UQGA 1KQSM 3V9SA 1U45A 2JGUA 1C0FA 2XHBA 4OLAA 3DXKB 1IBKK 4FPBA 1OH5A 2OPSA 4O55A 3OYIA 2QI2A 4KBOA 3VQBA 1L3SA 4K8XA 3F9KA 4CJTA 4IG0A 4CHZA 2IVNA 2A41A 4FWLA 5I3UA 2IIRA 2AA4A 3A5MC 5JLHA 5M1OA 4JKBA 1RTIA 4JRQA 4IG3A 1N6QA 3MXJA 5LY3A 2FBVA 4BVPA 4G9ZA 1RT2A 3HPGA 4CD1A 3C0BA 3MN5A 1EWQA 4O44A 3SNNA 3WQUA 4M7YA 3S41A 3RR7A 5HP1A 1HJOA 5AQHA 4F2SA 4CEDA 2E1ZA 1LW2A 1EX4A 4AQYK 5JICA 1JLCA 4JI8K 3RSEB 1HPMA 3QICA 3C7NB 4N56A 1NOZA 4NXNK 4M41A 3VOVA 2WUSA 3TAMA 4BREA 4BWMA 1YVNA 2E20A 4KTWA 4CE9A 4O0JA 4B3TK 2FBXA 4ID1A 2E2OA 2D4WA 2X74A 4BG9A 4KTQA 3KZBA 4BRPA 2FBTA 4B08A 1HR0K 2G8WA 3B8AX 3LDSA 1VSMA 4IKFA 1EQYA 1WN7A 4GV6A 1IJJA 3L8BA 3SUPA 1YI2N 1IH7A 4ISGA 1VHXA 3IRXA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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