3P39A

Crystal structure of the ns1 effector domain w182a mutant from influenza a/vietnam/1203/2004 (h5n1) virus
Total Genus 31
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
31
sequence length
123
structure length
123
Chain Sequence
KMPASRYLTDMTLEEMSRDWFMLMPKQKVAGSLCIKMDQAIMDKTIILKANFSVIFDRLETLILLRAFTEEGAIVGEISPLPSLPGHTGEDVKNAIGVLIGGLEANDNTVRVTETIQRFAWRN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title X-ray structures of the NS1 effector domain from highly pathogenic influenza A/Vietnam/1203/2004 (H5N1) virus
rcsb
source organism Influenza a virus
molecule tags Viral protein
molecule keywords Nonstructural protein 1
total genus 31
structure length 123
sequence length 123
chains with identical sequence B, C, D, E, F
ec nomenclature
pdb deposition date 2010-10-04
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.330 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3p39A00
4OPHA 3EE9A 3O9TA 3P38A 3F5TA 3M5RA 4OPAA 3O9QA 3EE8A 3P39A 3OA9A 2GX9A 3L4QA 2RHKA 3RVCA 3D6RA 2KKZA 3O9UA 3KWGA 3O9RA 3P31A 3O9SA 3KWIA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4HWIA 4JI6K 3QNOA 3OYEA 4CI6A 4BE2A 1NWKA 4WCEL 2ZGZA 2E2NA 3SMPA 1JLFA 3AVFA 3G25A 3P5JA 3TWHA 4WF9L 1SQKA 1LCUA 2ZD1A 5BPNA 5B8HA 1RT1A 2VGMA 3AA4A 4KH6A 4KB0A 3LDQA 3TAQA 4DS5A 1JLGA 4DV5K 1IBMK 1Q82O 3VEOA 4GVMA 1TAUA 1K73O 1ATRA 4CJEA 4DV4K 1BIUA 3LWMA 1GLLO 2IDOA 4WQ5A 2NRRA 1QQMA 2FF3B 2E2QA 2KFNA 4CF8A 1DTQA 1LWFA 4BRGA 1U45A 1CZ9A 3H1QA 2RF2A 3J81O 1QZ5A 4W5TA 2DTUA 2E5LK 5C2DA 3KIOA 4H0OA 1HLUA 4PL8A 2QK9A 4R79A 5CHIA 3E1YA 4IOXA 4OLAA 2G8KA 4M7XA 1VQ5N 3OYBA 4G9ZA 5TKWA 3AV9A 5HBMA 4KHQA 3CHWA 5AFUA 2OPSA 1KVCA 1IKXA 3HK2A 1ASVA 1D4XA 4NB4A 4Z0UA 2E20A 3CJ9A 4OPJA 5LMNK 1NG9A 3FZLA 2RKIA 1M90O 3R1XA 3LDSA 4G1QA 1ESVA 3I33A 1NK0A 3PX0A 3CI5A 3DLGA 3HSCA 2XO7A 4MDAA 4E7JA 2FC0A 3KLHA 4E7HA 4BGAA 4FJGA 4BC4A 4CGFA 1HJOA 3CJ7A 4O5FA 1TK5A 4BE0A 3KK7A 2OPQA 4WE1A 5DMRA 5TKYA 2QWOA 5AQWA 2HNDA 4BRHA 1SS6A 4Z4FA 2OYQA 4CZLA 2P9LB 4RCHA 3WNFA 1TGOA 3IMXA 1QQNA 1RT7A 2P9IB 1I39A 3B8AX 4X64K 3U3YA 1Z26A 3UIQA 3H3OB 5I42A 3HT3A 4GMJB 3VQ9A 3QMLA 4QAGA 2I5JA 3M5RA 3NFAA 5M1FA 1EO1A 2KW4A 2QKKA 4H5VA 3NGZA 4LH4A 4PA1A 2RE2A 4DQ8A 3K9KA 2A41A 1BHLA 2NRHA 1SKWA 3KJVA 3O9RA 1YTUA 1SAZA 3HI0A 3DLEA 4BROA 1N33K 1KAXA 3ULDA 3G0ZA 3V1QA 2VWJA 4N5SA 4XH5A 4OKKA 4AHSA 1Q8IA 5J2QA 2A42A 3UKRA 1SL2A 3VGKA 3NF9A 4E3SA 4FJ5A 2RN2A 3LDNA 4MQ3A 3QO9A 4CD1A 3ZX3A 3VF2A 1U2VB 3JSMA 4J8FA 3UKUA 4N41A 4OGCA 3R8EA 1TKXA 4JV5K 2WUSA 3EL2A 1EX4A 1W7AA 4EHTA 3PV8A 3AA3A 3OYLA 4H0YB 3TAEA 3ZX2A 3IRXA 5HOOA 5JICA 4B3SK 5H1SQ 3V9UA 4KKOA 1VHXA 4DSLA 4CGJA 4BDZA 3GOIA 1FJGK 2VWBA 3MCAB 2B4JA 1DEJA 3KWIA 1CXQA 1K8KA 3CFRA 3ZT3A 3MN6A 1Y97A 1RDUA 3VERA 2G8VA 1UA0A 4LD0A 3TTDA 4IXCA 3RSEB 4KPYA 1HPMA 1QSYA 4CZJA 4B1VA 1NGDA 4JRQA 4C1NK 3HTVA 4O0IA 1EWQA 1WSIA 3R3LA 2RHKA 5M1OA 3SQ0A 4CERA 2X78A 3OTOK 5JS1A 2YJFA 1E4FT 4BRKA 2HNYA 2IS3A 2YV0X 1LWCA 3BUZB 3KLFA 4BGBA 3O08A 4ILJA 2P9PA 3OYKA 1E4GT 3VQ8A 1HMVA 4CJRA 3QFPA 4NXMK 3AVJA 4CJ4A 4JD2A 3ATUA 3ISNC 1L3SA 1P90A 5FLXO 3IS9A 3ZCMA 2PYJA 3D2EB 2HMIA 3LZIA 3DXKB 4WFAL 1C0FA 1RT2A 4DTXA 1ZYQA 1NGIA 1Q86O 4FK0A 4I2QA 4BQZA 3M8SA 1TYQB 1S9GA 4XIUA 1U4BA 3OYCA 1XHXA 3C6TA 3L2VA 1L5UA 4M3RA 3RMCA 3D2FA 1DKGD 3HVRA 3P83D 3SPYA 1HKBA 4YDUC 4CIEA 1NJWA 4B9UA 3SUQA 3DXMA 2BTFA 1U6ZA 3FZKA 4MFBA 2F8TA 3P38A 4CECA 3C94A 2Y1JA 4FJJA 2HB5A 3I56N 3CJBA 4ELTA 4RW7A 1SKSA 4ILHA 2P9NA 3VPZA 2JWKA 1VQNN 3AGKA 4DTOA 3O8MA 4FK2A 1CZAN 2A1RA 3VEZA 1JCGA 1LAWA 2X6NA 1T03A 4CE9A 1RBTA 4KRFA 2X74A 2Q2RA 3OJSA 1O13A 1KSPA 3KK2A 4FJ8A 4R5PA 4JKCA 1JCFA 1RDDA 3AVAA 4CGHA 3VQCA 4QS8A 4YY3K 3T69A 3VGMA 1Q9YA 3OHRA 3MN9A 1NJZA 4C8NA 3SAGA 4H0TB 2YKNA 4IOCL 5AZIB 2P9NB 3M8PA 2ZF5O 3BY5A 4CZGA 1M1KO 3K2PA 2FLOA 4H5RA 4JKGA 5KGWA 3DXMB 3CC4N 3H45C 3TU5A 2I7NA 3TSPA 1A5WA 3ID6A 3C6AA 3BF1A 1TVRA 4E1NA 1VK0A 2PFUA 1E3MA 2DFFA 2E1YA 4I9LA 4KBOA 1C0MA 4RW6A 4DQQA 4CJ5A 1NBWA 3VESA 1TYQA 5LJVA 5AJ3K 1JJ2M 4FJKA 1UOCA 2ASMA 4H0VB 3MEEA 3TSQA 3ASMA 1K6YA 4KH5A 1RTHA 1KLNA 5I9EB 4DFKA 3M3ZA 3T19A 3WT0A 4B3OA 2CH5A 4LF6K 3K5MA 3LDOA 4J2EA 1S6QA 4WYBA 4KAZA 3DXKA 5AQNA 1A5VA 5EVZA 4B8AB 3NMUA 3DOLA 5AQKA 5KPZA 2HVIA 3KD5E 1I94K 1IBKK 4CHOA 4TSXA 4Q5VA 1ATSA 5AQLA 3QEWA 4BREA 3LDLA 4DTPA 4BRAA 3SV4A 1QQOA 4FWPA 4K43A 1NK4A 3QIPA 2I7PA 1IKYA 4K42A 3HP6A 4PUOA 3FFKB 4ISFA 3LM9A 4BR5A 4CF2A 1WLJA 2GV9A 4CZKA 3VOVA 4IBNA 1GOCA 1JLAA 1NK8A 4C8LA 2G8HA 5DM6L 4OPKA 4CJFA 4LF8K 4DR6K 4JKAA 4JKHA 4N56A 3E9LA 3QINA 3CFOA 2CGJA 2OZMA 3RR8A 1NGEA 4CK1A 1QVFM 2PAVA 2O4GA 2V52B 4YOWA 3DRSA 4CJUA 4QS7A 3NHGA 3TR8A 2O4IA 1BA1A 5C42A 3THWA 3HYFA 5HRSA 3QDKA 3C7NA 1H1VA 3H3NO 4PKHA 3UB5A 1L3UA 5AFUH 5J2MA 3HM8A 3THXA 1GLAG 1WUAA 2BUPA 3FE1A 1W2BM 3T1HK 3WUHA 1VQLN 3QFUA 3HXMA 3GBTA 3U3GA 1BCMA 4A59A 3PLAA 3OJUA 2WTUA 5JLFA 1HYSA 2GUPA 2WC9A 4OKJA 4AF1A 4CEDA 1NOYA 3SCXA 4BR0A 4B9NA 3TANA 4JI4K 4AILC 3G71N 5J1EA 3GL1A 4RW4A 3SYZA 4LF5K 1RDBA 1S1UA 1R0AA 1OH5A 1HNVA 1EKEA 4PHTX 3BEXA 4O8KA 1VSEA 4FLUA 1RTDA 3K5OA 3KLIA 1JLQA 2ZJPL 3K5NA 5BR8K 2OPRA 1NKCA 3LP0A 2Q1NA 3I8BA 1GLFO 4GV9A 2O8CB 4JN4A 4I2PA 1Z05A 1I3AA 3WQTA 2WBNA 3DLKA 1MDUB 4JNEA 2JLEA 3IG1A 4O5BA 3CF5L 2E1ZA 2HMPA 5CYMA 3CCQN 4LSLA 4H0XB 4UY8O 3MWPA 2EWSA 1ATNA 3DM2A 5KTQA 4CEFA 1VAZA 1SUQA 1G15A 1NJXA 3HO1A 1KC8O 1ASWA 3L2UA 1HUXA 1VRTA 3KKRA 3HPHA 3MCPA 3QETA 3J7AP 1IG9A 3O4WA 3P31A 4LSNA 1OH6A 3DLRA 3C6HA 4KTWA 3VQ6A 3DMJA 4WQ4A 3GG4A 5IWAK 1NJIO 4JS4A 3LPTA 1ZBHA 3RWUA 4OVLA 3ZSYA 1WB9A 4I6MB 4JK9A 4AHTA 1OH7A 5CYQA 2OCEA 4M3WA 5GAHP 1VSLA 3DI6A 2CGLA 1WOQA 2HHUA 3EZWA 3VEXA 1GLEG 4CD3A 4NCBA 2E4LA 1S5JA 2V7ZA 4LFCK 5AQJA 1FK9A 1YJNN 4B9SA 4CHZA 4IJAA 2F4VK 1S72N 4CZMA 3CIPA 4Z4HA 4DQPA 4O55A 4DS4A 3N4PA 4IWVA 4OLBA 4A62A 1YVNA 3MXIA 3WXJA 3ZSXA 1ZBFA 4IFYA 4QOZB 3AA2A 3CJCA 5LJWA 3V9SA 1HKCA 4JI8K 5CE3A 1VSFA 4CEBA 1LW2A 4M41A 4E1JA 5CR4A 1VQPN 1KLMA 5EX5A 1JLEA 3ZSRA 3HJFA 3OYJA 3TAFA 1IKVA 3CC7N 3E01A 4M42A 1JXEA 1EQYA 3KLEA 1HNXK 2ZE2A 2JWLA 4ILGB 2P5GA 2RPIA 2VWKA 1VSJA 2IVOA 4MO4A 3CFPA 1KTQA 1BUPA 3QEXA 3H6EA 3VQQA 4F2RA 5FPMA 4DSIA 5FROA 3TAMA 1S1VA 4RW9A 1EP4A 4CFDA 3ZSVA 1OVYA 1XI1A 5HP1A 5LL6Z 1RBUA 1XWLA 1J9AA 3A0IX 3LZJA 2YNIA 3VQEA 4B3RK 1YI2N 4MDBA 2P1JA 5KQ8A 5BN9A 3Q7BA 1WSJA 1T05A 4JI3K 3EO3A 2XHBA 3NBPA 4JYAK 2O8EA 3G4SN 3NF7A 2P9UA 3DWLA 4FJLA 3I0SA 4H4OA 4Z4IA 3CJAA 3SMSA 3WEEB 2P9SB 4W5OA 3A2FA 3UE5A 4FM1A 1T3VA 1NMNA 4CHNA 4AH9A 4LF4K 3P1GA 4ZHRA 3KZBA 5C25A 1C0GA 2F9TA 3PIPL 5AZJB 3CCSN 4KHSA 3ZSWA 4IZ9A 1JCEA 3PX6A 5FPEA 1RFQA 4DSFA 4CBWA 1Z6RA 4LY7A 1QTMA 3AARA 2G8IA 1N32K 1X9SA 4BR9A 5KGXA 1LAVA 5C12A 2NRWA 3VQ7A 4FLZA 2PY5A 5BPMA 4HVJA 4JI7K 2O8BB 4M63C 4BRLA 4A61A 5CZ2A 4JI2K 5GIOA 3IDHA 5HRRA 4JKFA 4HTUA 5AQSA 4KO0A 5GINA 3EZ5A 4U67L 3D2FB 2P51A 1X3MA 3VTHA 5JS2A 3ZSQA 3AGRA 2P9SA 2VQEK 4IDKA 1VQON 3VTIA 3VQAA 1J5OA 1HQUA 3FLCO 1HQEA 4CZIA 4KHNA 4FJIA 3VEVA 4M3YA 3CQYA 4L8RB 1S1TA 3E66A 3WNEA 3OYNA 3BGRA 1Q7YO 3QESA 4Z94A 4CEEA 4CIGA 1SL1A 2YHAA 4DR7K 2W40A 1ASUA 3KK1A 2IC3A 3HVTA 3ATVA 1QE1A 4CZHA 2ITMA 5GAGP 1SL0A 2A3ZA 3M1FA 4JEPA 4OPAA 4K0KK 1K9MO 3HL8A 1Q18A 1XMQK 3LPUA 2NRTA 1TKDA 1S1XA 3LANA 3MK6A 3ZLJA 4M45A 3RMBA 3S3NA 5C24A 1QHTA 3FZFA 1TK0A 1XUPO 4CFAA 1N36K 4CF0A 1BG3A 1MWMA 5AQQA 4FWKA 4JHDA 3PSIA 3L0QA 3AVBA 3H1VX 1D5AA 4A5AA 3ULEA 1WAJA 3K57A 4J2BA 1FKPA 2QTDA 2Z1IA 4XH1A 3ZT4A 3V9ZA 3VMFB 4ZTJA 1TL3A 2YI1A 2YNHA 3O6WA 1T8EA 3THVA 4O8UA 1KCFA 4CJ3A 5AQFA 2W6KA 3LAMA 1C1BA 4DUYK 4M3ZA 3K5LA 1S6PA 3PO5A 2UUAK 1REVA 1KAZA 2E2OA 3F5TA 1B9DA 1D9DA 4BACA 4F9OA 2H3GX 4BC2A 4E7IA 5BN8A 3OS1A 4MLEA 5C10A 3ZYYX 5E26A 3C7NB 4U7BA 3DLBA 3CM5A 1C0UA 3RTVA 3AVMA 1XNRK 4BE1A 2D4WA 5F1XA 4E89A 3SBTA 1DTTA 1QQCA 4LFAK 5I3UA 4B1YB 4KI4A 1YVUA 4EP4A 1VSIA 1HKGA 2NNWA 1QSSA 5SWMA 3O5BA 4K25A 3A5MC 3KWGA 3M8QA 3MN5A 1F21A 3T3FA 4NCGA 3EEQA 4DTJA 4DR3K 2IAJA 3KVGA 4DU1A 3NGYA 5KRTA 5FRNA 2VG7A 3ITHA 3KKSA 3KD1E 2A6AA 4FWLA 3W3DA 1RT5A 4F2SA 2NRVA 2E6LA 1WSGA 2IGIA 1C1CA 4YOXA 2D0AA 4BRQA 4HTLA 4IOAL 3CMAN 4X65K 4FLTA 3EKUA 3HP9A 3C6UA 4HHTA 4FOIA 1KRPA 4ISGA 1WSHA 2ASOA 2OPPA 3B6OA 1RTJA 4PL7A 3NE6A 1WN7A 1HPZA 4B9QA 3LL3A 1D8YA 2HHXA 3VGLA 3CPWM 2AA4A 2O8BA 2OANA 3ENHA 3V1OA 2QXFA 2UXBK 3N4QA 1EWRA 2E8AA 3CG7A 5KRSA 1EXQA 2P9KA 2QEXN 2XY7A 3GE1A 1HX1A 2BE2A 3CC2N 4DSJA 3FZMA 4B8CA 5AQPA 1VQ4N 1KQSM 1JLBA 3EYZA 3O3FA 1YHQN 2V51B 4DCHA 1Q9XA 1FKOA 3THXB 2QW9A 1WBBA 4H5TA 3L2WA 1TAQA 2EHGA 1RILA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4HWI A;  4JI6 K;  3QNO A;  3OYE A;  4CI6 A;  4BE2 A;  1NWK A;  4WCE L;  2ZGZ A;  2E2N A;  3SMP A;  1JLF A;  3AVF A;  3G25 A;  3P5J A;  3TWH A;  4WF9 L;  1SQK A;  1LCU A;  2ZD1 A;  5BPN A;  5B8H A;  1RT1 A;  2VGM A;  3AA4 A;  4KH6 A;  4KB0 A;  3LDQ A;  3TAQ A;  4DS5 A;  1JLG A;  4DV5 K;  1IBM K;  1Q82 O;  3VEO A;  4GVM A;  1TAU A;  1K73 O;  1ATR A;  4CJE A;  4DV4 K;  1BIU A;  3LWM A;  1GLL O;  2IDO A;  4WQ5 A;  2NRR A;  1QQM A;  2FF3 B;  2E2Q A;  2KFN A;  4CF8 A;  1DTQ A;  1LWF A;  4BRG A;  1U45 A;  1CZ9 A;  3H1Q A;  2RF2 A;  3J81 O;  1QZ5 A;  4W5T A;  2DTU A;  2E5L K;  5C2D A;  3KIO A;  4H0O A;  1HLU A;  4PL8 A;  2QK9 A;  4R79 A;  5CHI A;  3E1Y A;  4IOX A;  4OLA A;  2G8K A;  4M7X A;  1VQ5 N;  3OYB A;  4G9Z A;  5TKW A;  3AV9 A;  5HBM A;  4KHQ A;  3CHW A;  5AFU A;  2OPS A;  1KVC A;  1IKX A;  3HK2 A;  1ASV A;  1D4X A;  4NB4 A;  4Z0U A;  2E20 A;  3CJ9 A;  4OPJ A;  5LMN K;  1NG9 A;  3FZL A;  2RKI A;  1M90 O;  3R1X A;  3LDS A;  4G1Q A;  1ESV A;  3I33 A;  1NK0 A;  3PX0 A;  3CI5 A;  3DLG A;  3HSC A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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