5JLFA

Structure of the f-actin-tropomyosin complex (reprocessed)
Total Genus 94
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
94
sequence length
367
structure length
366
Chain Sequence
TTALVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPRHQGVMVGMGQKDSYVGDEAQSKRGILTLKYPIEGIITNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPTLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNVPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVLDSGDGVTHNVPIYEGYALPHAIMRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFVTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFENEMATAASSSSLEKSYELPDGQVITIGNERFRCPETLFQPSFIGMESAGIHETTYNSIMKCDIDIRKDLYANNVMSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWITKQEYDEAGPSIVH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Cryo-EM structure of a human cytoplasmic actomyosin complex at near-atomic resolution.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Actin, alpha skeletal muscle
molecule tags Contractile protein
source organism Mus musculus
total genus 94
structure length 366
sequence length 367
chains with identical sequence B, C, D, E
ec nomenclature
pdb deposition date 2016-04-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.30.36.70 Mainly Beta Roll Actin; Chain A, domain 2 Actin; Chain A, domain 2 5jlfA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5jlfA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5jlfA03
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 5jlfA04
5AQPA 3O6WA 2ASPA 1SQKA 3C7NA 4CBUA 3ZX2A 2E2PA 2CGJA 5JLHA 3FGUA 5AQTA 5FPDA 2NRHA 1BUPA 4H5WA 2NZTA 3P4IA 3BUZB 4EHTA 1LCUA 4M7YA 3M6GA 2ZF5O 4PL8A 5BPMA 2HF3A 1NGBA 3VGMA 4ISGA 4O8KA 4MO4A 4JD2B 2NLXA 3CERA 3VGKA 1NGCA 4H0XB 4H0TB 1DGKN 3M1FA 1BA0A 3O1BA 3D2EB 4L3QA 4MO5A 1CZAN 3CQXA 2CH6A 4BG9A 2GWKA 1NGJA 3H6EA 4BRDA 3LDOA 4MLEA 2V51B 4FWPA 4BQZA 3MK6A 1ATSA 1BDGA 4JNEA 5EVZA 3W3DA 5LY3A 3WXIA 3U9DA 3CJAA 3EL2A 3VENA 4CZHA 3H45C 4FWRA 3D2EA 5FPNA 4XH1A 1HPMA 2GTDA 3R9PA 4CZGA 1HKCA 3WQUA 2D4WA 4CD1A 2YCHA 3CI5A 2FF6A 2Q36A 1IJJA 1MWMA 2E88A 4DHYA 1BO5O 3HZ6A 3ULEB 3O5BA 2QWPA 1KAXA 3L6QA 3VETA 4CBXA 3WXKA 1BA1A 5CE3A 3F9MA 2KHOA 1LOTB 1IG8A 3WXLA 4FSVA 3VEYA 4BC5A 4CD3A 1BG3A 2Q0RA 2DPNA 1R59O 3ULEA 2QW9A 4H0VB 2VWBA 5BPNA 3CETA 1QQOA 4BC3A 4Z94A 4F9OA 5EXWA 3CJBA 1BU6O 4RCHA 5E26A 2ZGZA 4WYBA 5LJWA 1BWFO 1Y64A 4EIAA 3J8AA 5AQZA 3WXJA 5AQGA 4FWLA 5AQJA 1YUWA 5KPTA 2FSKA 1Q18A 3I33A 3VPZA 4IJAA 1MWKA 3A5LC 3KVGA 4A62A 4IXCA 4BR7A 1NBWA 1TYQA 2P9IB 4QS8A 3GG4A 1BOTO 1NM1A 1K8KB 1T6DA 1HLUA 4MLHA 3EKSA 3A5MC 3WQTA 1S3XA 3DJCA 5F0XA 1HKGA 5BREA 3A8YA 4CZKA 2YI1A 4HWIA 4B1VA 1XC3A 3R8EA 1J6ZA 3GE1A 2E2QA 3IDHA 4GNIA 4NB4A 1HX1A 3TPQA 2P9IA 4I6MB 5F2RA 3TU5A 3EZWA 4BVOA 1K8KA 3VEVA 3MN9A 5AQIA 2IVPA 1RDWX 4BRGA 2Q2RA 2IIRA 3BP8A 4DQ8A 1MDUB 4BRHA 4B1ZA 1NGHA 1ESVA 4BR9A 3QBXA 1T44A 4XH4A 3O08A 4GY2B 4PKIA 5AQNA 2V52B 4I6MA 3SJHA 3ZEUB 4CBWA 4H0OA 4QS7A 3ENHA 2ZGYA 5AQSA 5AQKA 3CQYA 5AQXA 1Z6RA 4B1UB 1ATNA 3O80A 5AQUA 2OANA 4BGAA 1D4XA 5BPLA 4B1WB 2VYPA 5AFUA 4BRFA 4JHDB 3CIPA 2W40A 3VESA 3VGLA 1E4FT 3O4WA 3ZEUA 2CGKA 3DWLA 1GLFO 2AA4A 2FSNA 1GLAG 3CJ7A 4BVPA 3LDLA 4FPAA 4H5RA 2ITMA 1G99A 3O8MA 4IWVA 4IZ9A 1NGAA 2QWQA 5FPEA 4K25A 5BRHA 2E2NA 1WUAA 5KPZA 3R6MA 2Q31A 4H0PA 1NGEA 4JHDA 4E1JA 3LDQA 1GLEG 2P9KB 1U6ZA 2D0OA 4CJ7A 3W0LA 4JN4A 4BR5A 2YHYA 3QMLA 1OKJA 4BREA 1NWKA 3UKUB 3WUHA 5AQWA 1GLBG 5ELZA 5EY4A 5AQFA 3ATVA 3A5NC 5F1XA 3HM8A 5JMVA 1U2VB 3H3OB 3LM9A 2E1YA 4FL9A 3OHRA 3DAWA 2Q0UA 2IVNA 2FSJA 2P9KA 2E1ZA 2YJEA 3MDQA 3MN6A 4PKHA 3UKUA 5FPMA 2GUPA 2BTFA 4CZFA 2YJFA 2Q97A 4BC4A 5AQYA 3QB0A 4FWQA 1U2VA 3VEXA 3C0BA 5AQLA 4FWNA 2PBDA 2J4RA 1X3NA 3FLCO 1DEJA 2QWLA 5B8HA 3BF1A 2BUPA 4FOIA 3ENOA 4RTFD 4H5TA 4DB3A 3FZLA 3CJ1A 3KHYA 1H1VA 1QZ5A 4XH5A 3VEZA 4NO7A 1ZC6A 3ATUA 4AM7A 1X9JA 4YDUA 1TYQB 2ZWHA 4HTLA 3VF6A 2ASOA 1MA9B 4YDUC 2W41A 3A0IX 3BEXA 3FZKA 4BRNA 3CJCA 4K41A 5AQRA 3FE1A 1RGIA 3EO3A 3VOVA 3WT0A 4CZJA 1JCFA 5LJVA 3MN7A 5AFUH 3AAQA 1QHAA 2IVOA 3DXKB 3L4IA 4QS9A 1E4GT 1WOQA 1X3MA 5AQHA 2V7YA 1GLJO 3LDNA 3M3ZA 5EOYA 1C0GA 1ZBSA 2P9SA 5AZIB 1GLCG 3D2FB 3U4LA 1EQYA 1C0FA 3EN9A 4CI6A 3H46O 3GBTA 1P8ZA 3QICA 3HTVA 1SAZA 3DXKA 3VF4A 4ISEA 4BGBA 2A3ZA 2CH5A 5AQVA 3SMSA 2HMPA 4BC2A 3MCPA 4C23A 3D7EO 5AQOA 5AZIA 3ZX0A 3FR0A 4WQ4A 4RWTA 4FOEA 3AARA 1XQSC 3D2FA 2I7NA 1V4TA 4ISFA 2UYTA 2V7ZA 2A40A 3MMVA 4B9QA 2P9UB 4BRIA 3AY9A 4O5FA 4BRCA 2FXUA 3GL1A 1YXQA 2E2OA 2QWRA 2P9LA 3BF3A 1NLVA 4FWSA 3UE5A 4H0YB 2YHXA 4JAXA 3RSEA 3SMPA 5ADXA 3VERA 3FZMA 2VCPA 5BRDA 3DXMA 1JCGA 1JCEA 4BR0A 1HUXA 5AQQA 4A2AA 4BG8A 3CJ9A 3UKRB 2E20A 5EX5A 3LDPA 2P9UA 4EFHA 5AZJB 3EKUA 3FFKB 1NGIA 1GLDG 5TKYA 4BRQA 1KAYA 3GDQA 4H5NA 4CZEA 3HBTA 2I7PA 3MN5A 3QFPA 4FPBA 1NGGA 3LL3A 2EWSA 3ZX3A 4BQLA 4XEIA 3FZHA 5AR0A 3UKRA 1KAZA 5JLFA 2CGLA 3L0QA 5AZJA 4CZMA 3IUCA 2A6AA 3HSCA 4A61A 4M7XA 1YAGA 3A5OC 4WQ5A 2QM1A 3FZFA 4M63C 1ZXOA 3LM2A 4B1YB 4WQ5C 4KBOA 5I9EB 4FWOA 2E8AA 3HI0A 4BRKA 4BROA 4H5VA 4BRMA 2ASMA 4EHUA 4JD2A 4CZLA 2A5XA 1NGFA 5JICA 1GLLO 4BR4A 1TUYA 2D1KA 4CZIA 4BRAA 3SK3A 1S22A 1ATRA 3QBWA 3GOIA 4FO0A 5BN9A 2P9NB 1SZ2A 2F9TA 3WEEB 4FWMA 2FF3B 3JS6A 3QDKA 4DCHA 4AM6A 2HOEA 3AAPA 3JXUA 2P9PB 3B8AX 5KQ8A 1YVNA 3IFRA 5BRFA 4BRPA 3ZETB 1RFQA 5AQMA 3KZBA 2P9NA 1NGDA 4PKGA 3WEEA 4IJNA 1TUUA 2HF4A 4FWKA 2A41A 1Z05A 1XUPO 2P9PA 2QWMA 4Y0WA 3SLCA 3ID8A 4BRLA 2H3GX 5KPRA 2P9SB 1DKGD 2D0PA 3G25A 2GEMA 2Q1NA 3VEWA 5ADXH 2FLOA 4BR2A 3IMXA 3ZETA 4LC9B 2WUSA 3O1WA 2YHWA 2A42A 4K43A 3UB5A 4EAHD 1NMDA 5BR9A 2QXLA 2GELA 2QWNA 3H1VX 1V4SA 1QQMA 2GWJA 2PAVA 2QWOA 4B1XB 4H03B 1QQNA 4K42A 1KXPA 5BN8A 1T6CA 5KQDA 3U9ZA 1HJOA 2P9LB 3RSEB 3H1QA 1HKBA 3I8BA 4IO8A 3S41A 4J8FA 3H3NO 3DXMB 2AP1A 3C7NB 3QFUA 3VF2A 2F9WA 1QZ6A 4PL7A 4WQ4C 3VEOA 3U8XA 5E84A 3CHWA 4A2BA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1KVBA 3O6WA 2GV9A 4CJ4A 2RN2A 2DFFA 2ASPA 4ID1A 4W5NA 3E66A 3V9XA 5I42A 4O5BA 3DLLL 1REVA 2E2PA 5JLHA 4CHOA 4Q5VA 2HSTA 2HHUA 5FPDA 3V4IA 4KO0A 2ZF5O 3MWPA 5BPMA 3SQ2A 2UXDK 1HQEA 1QSLA 3RVCA 2LSNA 4ISGA 2HMIA 2F8SA 3LP0A 1OH6A 3TSQA 4H4OA 3TAMA 3WNGA 4W5RA 3KLEA 2O8FB 3RMCA 2QTDA 2YKMA 3IRXA 3D2EB 1NJZA 1CZAN 4JI3K 2G8WA 2XY6A 4BG9A 1HNWK 1I94K 3LDOA 4MLEA 3MK6A 1VSLA 1ATSA 4XIUA 3O4QA 4CJTA 1YT3A 5IWAK 1LV5A 4FLZA 5C2FA 3DYAA 4DU4A 1J5OA 1CZ9A 4JI5K 1IKWA 4ZHRA 4O0JA 4XH1A 4CZGA 2GTDA 1HKCA 4DLEA 4JKAA 4JKDA 4DHYA 2OTLN 2IOCA 4JI4K 1BIZA 4M45A 3WXKA 1K6YA 2A1SA 4FYDA 5KI6A 1LOTB 4X65K 4IEIA 5EU7A 4CD3A 4DSKA 3THXA 2NRRA 1VQON 2DPNA 3OYCA 3V9SA 2R7YA 5EXWA 3RR7A 3CJBA 2HB5A 5E26A 1SKSA 3AVHA 4YOWA 4DTOA 1KLMA 4FJ7A 2BGGA 3OYMA 5AQJA 1XI1A 2WTUA 3OW2M 1Q18A 3KK2A 1RT5A 3VQ4A 4KTQA 1RDBA 1RTIA 3DLEA 4OKJA 4U67L 1NBWA 3PO5A 1TYQA 4QS8A 4YOTA 3KJVA 2DTUA 1K8KB 3ZSWA 5C15A 1NG9A 3A5MC 3S5TA 4JK7A 2HHTA 3CCUN 5M1QA 1S3XA 1S9GA 3DJCA 5BREA 4CZKA 4HWIA 4FM1A 4NB4A 3OBWA 3TPQA 3EYZA 3L4QA 3MN9A 2Q2RA 4DFPA 2IIRA 3BP8A 4DQ8A 1RDUA 5E41A 3AGRA 1ASWA 4OO1J 4BRHA 3D45A 3HL8A 3WNFA 2NRTA 3DLKA 1VSDA 3TWHA 4I6MA 1RILA 3T1YK 4UY8O 4H0OA 2W6KA 4DU1A 3ENHA 1BHLA 5AQSA 1LW2A 3TANA 4B3OA 2OPPA 5AQKA 5SWMA 3VQBA 2P5OA 1ATNA 1C0TA 1D4XA 4DFJA 3DI6A 1M90O 3SPYA 3CIPA 3VGLA 1ILYA 3CF5L 3ZEUA 3DWLA 2AA4A 1ZBFA 3CFPA 4BVPA 3O8MA 4KH5A 3VQAA 4DV4K 4F4KA 4K25A 4JKGA 1SS6A 3R6MA 5DMRA 4E1NA 3Q7CA 2X6NA 1RDAA 3ZT3A 2O8EA 1S1UA 3HP9A 2EHGA 4E7HA 3RR8A 2HHSA 4KB0A 1GLBG 5EY4A 4FJGA 5A2QO 1OH7A 1J53A 1U2VB 3H3OB 3SZ2A 3DAWA 4DQSA 1IKXA 2FSJA 4E19A 1LWEA 4LFAK 3HRGA 4HVJA 4DFKA 2GUPA 4LH5A 2YJFA 4LF7K 4BC4A 2NUBA 1KCFA 2Z1JA 3DRRA 5GAGP 3VEXA 1L3VA 4DMNA 5B8HA 1VSJA 2BUPA 4FOIA 3OYJA 2PYJA 4E0DA 1EX4A 1A5VA 3VQ6A 3CJ1A 3OY9A 2B6AA 1QZ5A 3TAFA 4XH5A 3ATUA 5HROA 3KLHA 3CCJN 4HTLA 4FLUA 4Z4FA 1EXQA 3A0IX 3FZKA 4BRNA 4Q0BA 3CJCA 3V6DA 5GIPA 3VOVA 3RMDA 1N5YA 5LJVA 4CF8A 1HMVA 2KW4A 1R0AA 4Z4HA 3IAYA 3OYIA 3DLGA 4OJRA 1VSHA 1EWQA 1XHXA 3DXKB 3L4IA 4FVUA 4XJXA 4A57A 3TABA 3NH0A 1BL3A 1UA1A 3NE6A 3QIOA 2OTJN 1W9HA 1J54A 5AZIB 4M3ZA 1HYSA 3H46O 1I39A 3HTVA 3CCLN 2F8TA 1QQCA 3EY1A 3C65A 1VHXA 3NH1A 4BC2A 2HMPA 3MCPA 3D7EO 5HOOA 3AGKA 2GX9A 3D2FA 2UYTA 4K8ZA 4C8LA 1JXEA 2O8BB 1YXQA 1Q81O 1EWRA 3NAEA 3BF3A 3VN5A 4H0YB 1NKEA 5CR4A 3SMPA 1O13A 3VERA 3FZMA 1IKVA 3V9UA 1NJXA 2YNGA 1S9EA 4BG8A 3CJ9A 3J81O 3UKRB 4GKJK 2P9UA 1ITGA 3ZT4A 2JWKA 1KFDA 1NGIA 3THWB 1U49A 2WOMA 1EKEA 1RCHA 4N56A 2HHQA 3MN5A 3QFPA 2EWSA 3MWTA 2YNIA 4BQLA 3FZHA 1KAZA 2CGLA 2GUIA 3HSCA 4A61A 1VQKN 2IC3A 4RW7A 1A5XA 4DSIA 3AVBA 1F21A 2E8AA 4BRKA 4BRMA 2A5XA 4DQIA 5D3GA 1NJYA 5JICA 4DFMA 3S9HA 4IOAL 4BRAA 3QBWA 3C6UA 3R3LA 1BCMA 3QEWA 5FRMA 4FLVA 4FWMA 2FF3B 4DCHA 4AM6A 3ENBA 2NRZA 3IFRA 3OBYA 4JKHA 4BRPA 4DTJA 4O4GA 1NK8A 1U04A 4HUEA 3MX5A 4OPKA 3WEEA 4E7IA 4OX9K 2HF4A 3EE9A 3AVMA 3SLCA 4BRLA 4A59A 1DKGD 3G25A 2GEMA 3VEWA 1RT3A 3A2FA 3ZETA 3HP6A 3BZKA 4LF5K 4CFCA 4C1NI 4RW4A 2RF2A 1NMDA 2ZJRL 3OYAA 4DF4A 1CXQA 2QWNA 3SQ0A 1V4SA 1Z26A 4C8KA 3CCSN 4O55A 2YNFA 1D9FA 3MAQA 4B1XB 4CF2A 3TSUA 1TV6A 4K42A 1KXPA 3PO4A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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