5JLFA

Structure of the f-actin-tropomyosin complex (reprocessed)
Total Genus 94
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
94
sequence length
367
structure length
366
Chain Sequence
TTALVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPRHQGVMVGMGQKDSYVGDEAQSKRGILTLKYPIEGIITNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPTLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNVPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVLDSGDGVTHNVPIYEGYALPHAIMRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFVTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFENEMATAASSSSLEKSYELPDGQVITIGNERFRCPETLFQPSFIGMESAGIHETTYNSIMKCDIDIRKDLYANNVMSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWITKQEYDEAGPSIVH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Contractile protein
molecule keywords Actin, alpha skeletal muscle
publication title Cryo-EM structure of a human cytoplasmic actomyosin complex at near-atomic resolution.
pubmed doi rcsb
source organism Mus musculus
total genus 94
structure length 366
sequence length 367
chains with identical sequence B, C, D, E
ec nomenclature
pdb deposition date 2016-04-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.30.36.70 Mainly Beta Roll Actin; Chain A, domain 2 Actin; Chain A, domain 2 5jlfA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5jlfA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5jlfA03
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 5jlfA04
1IJJA 4BR4A 4CD1A 3ZX3A 2P9SA 2J4RA 4PKGA 1U2VB 4EFHA 3VF6A 2Q97A 5KQ8A 1U6ZA 3VETA 3QFUA 3EO3A 1TYQB 3ZETB 3WT0A 4CJ7A 4A61A 2A40A 2E2QA 4FWRA 3IMXA 2DPNA 1JCFA 2HF3A 4H0VB 3U8XA 3ATVA 2QWPA 4QS8A 3JXUA 3P4IA 3WXIA 5AQKA 3QDKA 2AP1A 4BC5A 4L3QA 4H03B 1NGDA 1RDWX 2CGLA 2P9UA 3CQXA 4M7XA 5EX5A 1HPMA 3UB5A 3LDNA 3CIPA 4BR2A 1NWKA 1JCEA 2D1KA 3WEEB 4JAXA 4B1VA 1V4SA 2V7ZA 2GTDA 4B1WB 2ASPA 3W0LA 5I9EB 4FWMA 1CZAN 3EKUA 4CBUA 4C23A 1NM1A 3ATUA 2CGKA 2NLXA 4RWTA 1DGKN 5AQYA 3FZFA 2Q0RA 1D4XA 1WOQA 3HZ6A 4ISFA 5AQHA 3SMPA 2I7PA 5AZJA 3GG4A 4BRMA 1Q18A 1X3MA 4YDUC 1RFQA 4H5RA 2GWJA 4WQ5A 4XH5A 3RSEA 3WQTA 4BR7A 3SK3A 2KHOA 3GBTA 4RCHA 1HLUA 4GNIA 5KPRA 3HTVA 1ZXOA 2QWRA 2ZF5O 2FXUA 3H3NO 2CH6A 2QM1A 2E88A 3J8AA 4BRDA 1NGGA 4CBXA 4XH4A 3MN5A 1ATRA 4MO4A 5AFUA 5KPZA 3M1FA 1NLVA 5AQTA 2QWMA 4FWOA 4DQ8A 5KQDA 3U9DA 3A5LC 3UE5A 3D2EA 4EHTA 1ESVA 3FZLA 3ZEUB 3D2FA 1GLBG 3OHRA 5E26A 2YCHA 3L4IA 4MLHA 2H3GX 4NB4A 3C7NA 5AQZA 3FR0A 4FL9A 3ZEUA 4B1ZA 3TU5A 4M7YA 4Y0WA 4JHDB 2Q36A 2QXLA 3LDQA 1GLLO 4BRHA 1NGIA 1LCUA 3AY9A 4BRKA 5AQFA 3B8AX 3FGUA 5EVZA 4JHDA 1KXPA 4A2AA 4CI6A 3LDOA 4K42A 1GLFO 3H1VX 1ZBSA 5AQSA 1SAZA 2WUSA 3MK6A 3ENHA 5EOYA 5AQRA 4JNEA 3MN7A 2I7NA 4BVOA 5AQLA 4IWVA 4BR0A 4B9QA 4QS7A 3UKUA 1IG8A 2FSNA 1KAYA 2IVPA 1NGFA 3DWLA 3ID8A 4JD2B 3R6MA 2P9NA 4H0PA 4EHUA 3UKRA 1X9JA 2P9SB 3VEXA 2Q0UA 1K8KA 2P9LA 4JD2A 5CE3A 1BUPA 2YI1A 5AQIA 3O4WA 1BO5O 3GDQA 2ZWHA 3BP8A 5AFUH 3R8EA 3H3OB 3VEVA 3LM2A 2GEMA 1QHAA 5AQOA 2E8AA 4CZKA 2QWLA 2A41A 5EXWA 4IXCA 2P9UB 1HKGA 3A5OC 1BU6O 2NRHA 1NGCA 4BROA 3HBTA 4IJNA 4BQLA 3G25A 3QB0A 3CERA 2E20A 4HWIA 3CQYA 4AM6A 4CZMA 4H5NA 5BRHA 3JS6A 2YHYA 5ELZA 1MDUB 4FWNA 3BF1A 1GLCG 3VOVA 3ULEA 3MMVA 1YXQA 2A6AA 3CJ7A 4CZHA 5ADXH 1KAXA 2HOEA 2V51B 4PL7A 1DEJA 2P9KB 3GE1A 1BWFO 2A5XA 5AQPA 5AZIA 5B8HA 5AZJB 4BRGA 2P9KA 4FOEA 3RSEB 5BPMA 5BREA 4PKIA 1J6ZA 3LDLA 3CJAA 2BTFA 2YJEA 3HM8A 1Z05A 2ZGYA 4BRLA 4CZLA 2W40A 4H5TA 1HKCA 4CZFA 5LJWA 5JLFA 3BEXA 5FPDA 3QFPA 3HI0A 4IZ9A 5E84A 4CBWA 3VF2A 3WXJA 4WQ4A 3CJBA 4BC4A 4BRPA 3MN9A 5AQGA 1NGBA 3I8BA 2BUPA 3D2EB 3D7EO 4BRIA 3WXLA 3WUHA 3D2FB 1NBWA 3A0IX 4BRQA 1HJOA 1ATNA 5AR0A 2A42A 1Y64A 3C7NB 2ASOA 4E1JA 3SLCA 3A5MC 3QMLA 3KVGA 3FE1A 3FZHA 4CZGA 4K25A 3R9PA 4BC3A 4BG8A 2GWKA 3O80A 1NGAA 3WXKA 2IIRA 4WQ5C 4CD3A 2GELA 2QW9A 3LM9A 4H0TB 4A62A 4H5WA 4J8FA 1S22A 1Z6RA 2P9IA 1JCGA 4CZEA 5BR9A 1OKJA 3BUZB 5JMVA 3VPZA 3CI5A 3H45C 4FSVA 3HSCA 2VWBA 2VCPA 4IO8A 1P8ZA 1GLDG 2GUPA 3CJ1A 1HX1A 2ITMA 1TUUA 1C0GA 3UKUB 4XEIA 3U4LA 3O1BA 1BOTO 1NGEA 3VENA 2E2NA 5FPNA 1R59O 4RTFD 2P9NB 1GLAG 3VGMA 4BG9A 3QICA 1BG3A 2D0PA 3UKRB 5FPEA 5AQJA 4FWSA 3VGKA 1K8KB 3DJCA 2P9LB 2VYPA 1DKGD 3FFKB 3H1QA 1T6DA 5AQUA 2ASMA 2QWQA 4FWLA 1YAGA 4NO7A 3DAWA 3AAQA 3O1WA 4XH1A 1T6CA 4M63C 2OANA 4O8KA 4CZIA 3W3DA 4EIAA 4BR5A 5BN9A 2V7YA 4ISGA 4DCHA 2D0OA 4LC9B 3DXMB 5BRDA 1HKBA 2ZGZA 4DB3A 4BR9A 2P9PA 2W41A 3FLCO 2E1YA 2YHXA 2EWSA 2E2PA 3DXMA 5LY3A 3M6GA 3IFRA 4PL8A 1HUXA 4IJAA 2PAVA 5JICA 4I6MB 1S3XA 1BA1A 1XUPO 1ZC6A 3AAPA 3BF3A 3F9MA 1X3NA 2Q31A 2YJFA 3H6EA 1G99A 3ULEB 1TUYA 4DHYA 3CJ9A 2F9TA 4BRCA 4I6MA 4AM7A 3IDHA 1KAZA 3FZKA 2A3ZA 3CHWA 5AZIB 4BRFA 4BC2A 1U2VA 2CGJA 1YVNA 2NZTA 3A8YA 3VEZA 3VEWA 2FF6A 3SMSA 4H5VA 1V4TA 4YDUA 4QS9A 4BVPA 1TYQA 2PBDA 3ZETA 2E2OA 3VGLA 3VF4A 3U9ZA 3O8MA 2HF4A 4B1YB 2YHWA 3O6WA 3O08A 5BRFA 1C0FA 4BQZA 2F9WA 5AQQA 5AQVA 1MWMA 4EAHD 4FPBA 4WYBA 5EY4A 1WUAA 2Q1NA 5LJVA 2FLOA 4FWQA 5F2RA 3WEEA 1QZ6A 1RGIA 3EZWA 3QBXA 4BRAA 1NGJA 3FZMA 5AQMA 5KPTA 2IVNA 3IUCA 4FOIA 3EN9A 3KHYA 1LOTB 2IVOA 5JLHA 1XQSC 2Q2RA 3TPQA 1SQKA 4B1UB 2E1ZA 3L0QA 3ZX0A 2V52B 3ZX2A 3MCPA 2CH5A 1QQNA 5BPNA 1MWKA 2P9IB 2HMPA 3EL2A 4CZJA 3M3ZA 4BREA 5TKYA 3VEYA 3LL3A 1QQOA 4KBOA 4BGBA 4FWKA 4MO5A 4H0YB 4FWPA 4BGAA 1E4FT 4BRNA 3DXKB 4WQ4C 5BPLA 4ISEA 4JN4A 2D4WA 4B1XB 1XC3A 4O5FA 3MDQA 5FPMA 3DXKA 5F0XA 5AQNA 3CETA 2AA4A 3VERA 4H0OA 1T44A 1QQMA 4HTLA 1E4GT 2UYTA 3C0BA 1SZ2A 3H46O 1BDGA 2FSKA 1MA9B 1GLJO 4F9OA 5AQXA 4MLEA 5ADXA 5BN8A 2QWNA 3I33A 4Z94A 1EQYA 4K41A 1H1VA 3VESA 3GOIA 2P9PB 1GLEG 3VEOA 3KZBA 3ENOA 1ATSA 3L6QA 3A5NC 4A2BA 1BA0A 1YUWA 2QWOA 1NMDA 3LDPA 3QBWA 4FO0A 3MN6A 4GY2B 4FPAA 3EKSA 2FSJA 3AARA 4H0XB 3O5BA 5AQWA 4PKHA 3CJCA 1QZ5A 2FF3B 3SJHA 5F1XA 1NGHA 3GL1A 4K43A 3S41A 3WQUA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1IJJA 4O0JA 4CD1A 2JWLA 2HVHA 2J4RA 2P5GA 2VG5A 5C12A 4EFHA 2Q97A 3MEEA 2FC0A 4CJ7A 3C65A 3HP6A 3T19A 4DFMA 3HL8A 3M8RA 3DOLA 4QS8A 4CK1A 5AQKA 3QDKA 3TAPA 2P9UA 4IDHA 4PUOA 4BE7B 3UB5A 3LDNA 4BR2A 1ZYQA 4OLBA 1S9EA 3JYTA 1GOCA 4B1VA 3VMFB 4KO0A 4HVJA 2GTDA 4B1WB 2ASPA 3W0LA 3SBGA 3K5MA 4HUFA 3KWGA 4OPHA 3KLIA 1CZAN 3O9TA 1TVRA 3CFRA 3ZYYX 4KH6A 4IEEA 4RWTA 1S1UA 3FZFA 3ZSYA 1D4XA 4CEEA 2I7PA 3GG4A 1Q18A 1X3MA 4YDUC 3ALYA 4N5SA 3RSEA 4KPYA 3AVBA 3J80O 4RW6A 3SBTA 1NNEA 3ZLJA 3GBTA 4CEZA 2D0AA 4AHCA 4GNIA 2HHUA 3HTVA 2ZM6K 2ZF5O 4FM0A 2DFHA 1KFSA 3AA3A 1HNWK 4BRDA 5J2PA 4DQSA 1TV6A 1VHXA 4XH4A 3V9UA 5CZ1A 5AFUA 3IAYA 2XRIA 4DV0K 2NRWA 5KQDA 5HBMA 3L2VA 4B8AB 3CMEN 2ZQBA 4PQUA 5E26A 1J53A 3K2PA 1RT6A 2XY5A 4NB4A 3C7NA 3FR0A 5JS1A 1RBVA 4FL9A 3ZEUA 4B1ZA 4B8CA 1TK0A 3TU5A 1RNHA 4Y0WA 3HYFA 5LL6Z 1FKPA 4JHDB 2QXLA 1CZ9A 1NGIA 4NYFA 4MQ3A 1VQ7N 5AQFA 1VSIA 2LSNA 3AV9A 1KXPA 4A2AA 4CI6A 3LDOA 3BGRA 4JI4K 3K9JA 3KKRA 4OLAA 3KK3A 2WUSA 3NF7A 4KHWA 5C0YA 3K58A 4FJGA 3CCQN 5AQRA 2P5OA 4BECA 3G4SN 1HJRA 4BR0A 1FKOA 1HYVA 3J7ZO 1IG8A 5AJ3K 5KRSA 1RTDA 5FRNA 4H0PA 1B92A 3AGKA 3THVA 4DSLA 2R7YA 3VEXA 2Q0UA 3TSUA 2OA8A 4JD2A 2ZJPL 1NKBA 3OJUA 3G6EN 1BO5O 3OYFA 3GDQA 4EP4A 5AFUH 1XHZA 1C6VA 3LM2A 3TABA 4J2EA 2E8AA 3V1QA 2QWLA 3LALA 1YIJN 5C10A 1NOZA 2HVIA 2A41A 5EXWA 4BACA 1KFDA 4IXCA 2P9UB 1BU6O 3KLFA 3M8QA 3NGYA 3I0RA 3VN5A 3HBTA 5SZTA 4GV3A 3G25A 4DMNA 1M90O 2VGNA 3CQYA 4AM6A 3EYZA 1GLCG 1X1PA 1YXQA 3F5TA 5ADXH 4FZZA 3SQ4A 4OKEA 2JLEA 4DSJA 3QEPA 4XJXA 4ZTJA 5AZIA 2OTJN 4BRGA 4DV2K 2P9KA 2G8UA 5KI6A 3RSEB 2X74A 5BPMA 5BREA 4KTWA 3LZJA 1BCOA 3KLEA 3RRGA 1REVA 2BTFA 4BRLA 4CZLA 5FPDA 3HI0A 5TKWA 2KQ2A 4B9MA 2Z1GA 4BE0A 3MECA 4DTPA 3VF2A 4KV8A 4BC4A 3CJBA 4BRPA 4DSIA 2YNFA 3MN9A 5AQGA 4F2SA 4BRIA 4LF5K 3WXLA 1VQ5N 1RBTA 4HTUA 4GV9A 1HJOA 3UIQA 4NXNK 4DLEA 3C7NB 2DFEA 4JKHA 2ASOA 4E1JA 3U3YA 3A5MC 4CJEA 4ELVA 4FLUA 4C1NI 4F2RA 4CZGA 4BC3A 1C0TA 5BR8K 3SQ1A 4CD3A 2QW9A 4M3WA 4H4OA 4A62A 3NDKA 4DU3A 1UA0A 2JGUA 4ID1A 1OKJA 3BUZB 3PO5A 4CJFA 4BDYA 4YOYA 3HSCA 3VQ7A 4CJ3A 5M1KA 4IO8A 2A1RA 4W5OA 1P8ZA 3AVKA 4CEFA 1HX1A 4DKWA 4XEIA 3U4LA 4CK3A 1KVCA 4CGGA 4NCBA 1BL3A 2PY5A 3VGMA 4IKFA 3QICA 5SWMA 3DJCA 4CJLA 2VYPA 4CIGA 4FVMA 1DKGD 1WSFA 4B3OA 3H1QA 3ZSXA 4AHUA 1YAGA 3C6AA 4M63C 4DV6K 3W3DA 1RBUA 1RDUA 2V7YA 5EU7A 4DCHA 2VQEK 2OYQA 2BDPA 4CF0A 4DTMA 1WBBA 2YV0X 4BR9A 1CLQA 3SPZA 2W41A 4AHSA 1VRUA 4OGEA 4OKJA 3HJFA 5LY3A 3M6GA 2O4GA 5FLXO 1XUPO 4H8KA 3F9MA 2WFBA 1X3NA 4JKDA 3KLHA 4DF8A 3NVMA 1KAZA 4CHZA 2A3ZA 5AZIB 2E4LA 5M1NA 4FJXA 5FDLA 4BC2A 3HOTA 3CCUN 3ZSQA 3OY9A 4DR4K 3SMSA 4BVPA 1TYQA 1W9HA 3HSTB 3HVTA 3ZETA 1KC8O 3O8MA 5C24A 1HYSA 5BRFA 3O08A 3MAQA 4GW6A 4IOXA 3O9SA 4DR7K 3E01A 1HYZA 4B08A 3QNOA 5EY4A 1S1XA 3WEEA 1EWQA 1VQ9N 1P90A 1RT1A 4CVNE 3PIPL 2IVNA 4DFJA 1XQSC 1L3SA 2B4JA 4YORA 3TPQA 2V52B 3NVKA 2BH1A 3MCPA 1B9DA 2CH5A 1L5UA 5BPNA 1MWKA 3PX0A 2HMPA 4DSEA 3WXMB 4CZJA 1T03A 5TKYA 4KBOA 2X6NA 4FWKA 4IOAL 1VSDA 4H0YB 2OPRA 4BGAA 4UY8O 4B3RK 1N33K 2O8DA 3OYHA 4JN4A 1Y97A 4O5FA 3MDQA 3THWA 1EP4A 5FPMA 3AVNA 3CETA 4ELTA 2AA4A 2HHVA 4CIFA 4CJWA 4BE1A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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