4CGGA

Interrogating hiv integrase for compounds that bind- a sampl challenge
Total Genus 54
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
54
sequence length
154
structure length
150
Chain Sequence
SSPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Interrogating HIV Integrase for Compounds that Bind- a Sampl Challenge.
pubmed doi rcsb
molecule keywords INTEGRASE
molecule tags Transferase
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 54
structure length 150
sequence length 154
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-11-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4cggA00
3IAYA 2D0AA 4RW7A 1QSYA 2X6SA 4FJMA 4UQGA 3TAEA 3V1OA 3RMDA 3DI6A 3OYJA 1FXXA 4B9NA 2Y1JA 3PX0A 1JKHA 4CGHA 1S9GA 4DS5A 4DTNA 3OVNA 4CJUA 2G8WA 4KHUA 4FLTA 1JLFA 4IG3A 1S5JA 1RTDA 1RTJA 3D0PA 4B9VA 1KRPA 3CG7A 4CJFA 1SV5A 1CXUA 1RDCA 3HPGA 3DLKA 4RG8A 1SKRA 1ITGA 4CEFA 2FBTA 3L2WA 4I2QA 4B9LA 3IG1A 2F8TA 4M3RA 1IKWA 4E7JA 3U6FA 1S1TA 4RW6A 2D5RA 3TR8A 3VN5A 4E7IA 3S3NA 3RTVA 3K59A 3OS1A 3CM6A 1Q9XA 4O0IA 3DRPA 4DQQA 1LWFA 4J2EA 3HO1A 3L2VA 1U4BA 1S9EA 4M3WA 1BHLA 1C0MA 1HQEA 2Z1HA 3DOKA 1N6QA 3BGRA 2JLEA 1WSJA 4LH5A 4R5PA 5D3GA 1ASVA 4JRPA 1RBRA 4DFMA 3C94A 1ASUA 1WN7A 4KHNA 3VQDA 1RBTA 1VSFA 3O3GA 1YTUA 1Z26A 1BCOA 4QCLA 1IKVA 3U3GA 4W5RA 3MEGA 4CFBA 3QERA 3E01A 4DSKA 1WSFA 1G15A 1BGXT 1NK9A 1WSEA 4OVLA 1JL2A 3PX6A 1TKZA 4BE0A 3PX4A 3OYHA 3G10A 5CY4A 2PYJA 3AA5X 1TL1A 3KKRA 4DSLA 4K8ZA 3OYLA 4N47A 5FRNA 2DY4A 4ELTA 2WONA 4DU1A 4DTPA 4MFBA 3VQ5A 2OPRA 3LDSA 4OKJA 4FZYA 5T7BA 1QHTA 3ZSRA 1L5UA 3HL8A 4DLEA 1BI4B 1WNSA 2JGUA 3AO2A 4E0DA 3CM5A 3SUPA 4DQPA 1JLCA 2YNFA 3NCIA 1FKPA 1EXQA 4FW1A 3SUOA 1KVBA 3LANA 3O4QA 3TI0A 2YHAA 2HVIA 4FW2A 3V9UA 3DRRA 3NF9A 3HT3A 3PO5A 1ZYQA 3ZSVA 1A5WA 2F96A 1KFSA 4ZHRA 3AVNA 2ATQA 3OYDA 4DTSA 4KB1A 3M8RA 3V4IA 4FJXA 1GOAA 1C0TA 4FVMA 4ID1A 1D5AA 5CYMA 4CJWA 3JYTA 3AO3A 3LAKA 4KHYA 4LH4A 4IBNA 3V1RA 3LZJA 4NCAA 1J5OA 2I5JA 4Y1DA 1NJZA 2Z1IA 4EZ9A 3LPUA 1FKOA 3K58A 3OYGA 4L8RB 1T7PA 1Y97A 2P5GA 4M41A 1C1CA 3VQ6A 2OA8A 4N76A 2D0BA 4KO0A 2LSNA 4DFKA 1WAFA 1J53A 2G8FA 4CF9A 1B9DA 4I9LA 2B4JA 4KTQA 3HPOA 1WSHA 3AVKA 3V9ZA 5CYQA 2ZE2A 3KLGA 1NOZA 4CE9A 3F73A 2XRIA 4CHPA 4N5SA 2OPPA 4ELUA 4FK2A 4CJQA 1QS4A 3IRXA 1QSSA 2RN2A 2DTUA 4F3OA 4M42A 1HNIA 3NE6A 3K5MA 4DLGA 5J1EA 4NCBA 1ZBUA 4DFJA 3CYMA 3ZT4A 4CK1A 4E19A 4F3TA 4W5NA 4FLVA 3VA3A 3QIPA 2VG5A 2HHUA 1NKEA 3AO1A 3LP1A 2DFHA 1KLMA 5FROA 1NK4A 5J2MA 3WNGA 1QQCA 4CCHA 1W9HA 1RT7A 3AO5A 5HRPA 2GBZA 3KLIA 2HMIA 1S1WA 4DU3A 2G8IA 4CESA 4QOZB 3SQ2A 3TAMA 1RT2A 4OPJA 3ASMA 4E89A 2GV9A 2PZSA 4W5OA 1FK9A 2YHBA 4KRFA 3NBPA 1YTAA 2KQ2A 1S1VA 3DLRA 1RDBA 3FFIA 4FJLA 1TAUA 3OYEA 3NDKA 3PY8A 5HBMA 3HYFA 2HW3A 4M3TA 1CZBA 1D9FA 1GOBA 2IC3A 4KFBA 1S1XA 2A1RA 4LSLA 3M8PA 4AHCA 4CEOA 1ASWA 4DTMA 2AJQA 3NF8A 4JS5A 3VQAA 4CECA 1RDDA 4GMJB 3OJSA 3IS9A 3SV3A 2QK9A 1B9FA 4CEEA 2EX3A 3F9KA 4BE1A 1JLEA 4J2BA 4DSJA 3SI6A 3DMJA 2X74A 5DK5A 4WE1A 1NKBA 1BCMA 1JL1A 4HUEA 1RT1A 1XC9A 3NH1A 4CERA 4KI6A 4KHQA 3AA4A 3ZSZA 4CEAA 3SUQA 1HYSA 1RT3A 2Z1GA 4LY7A 3NAEA 1LV5A 2Y1IA 4M3XA 4OLAA 2FC0A 4ICLA 3V9XA 3SQ0A 3RMAA 3SQ4A 4C8KA 5KRTA 1NK5A 5HRSA 4Z0UA 4DTRA 4KTWA 3KLHA 2OPQA 4E7HA 5I42A 4KPYA 3LP2A 1Q8IA 4IKFA 3ZT3A 4CK2A 3THVA 2BGGA 2KZMA 1RT5A 3LZIA 1TL3A 2IGIA 1KSPA 2O4GA 5C25A 1X1PA 4CEZA 4HCCA 3HPHA 4FYDA 4B9MA 3V9SA 3VQQA 5SWMA 1U47A 1EKEA 3TANA 4FJNA 5I3UA 4QAGA 4CHYA 3QEXA 4CJKA 4OGCA 1T8EA 2A1SA 4M3YA 4KREA 4CGDA 5HROA 1DTTA 3EZ5A 4DSIA 3QO9A 2HB5A 1QSLA 5EU7A 1SL2A 1L3VA 4B9TA 3L3VA 3KD1E 3SZ2A 3QLHA 3RRHA 4DF4A 1BIUA 4DSFA 3B6OA 4BDYA 2P5OA 2YKMA 4FJ5A 4I7FA 5DMRA 3HP9A 4W5QA 4BE2A 4FJ9A 5SZTA 2FBXA 2IDOA 1SUQA 1LAWA 4FK4A 2IS3A 4DTJA 3QNOA 3QIOA 3AVAA 4HUGA 3DLHA 1LWEA 1VRTA 4O44A 2F8SA 2ITGA 3MEEA 2DFFA 3PV8A 3P83D 4M3ZA 2BE2A 4KHSA 4JS4A 3TAPA 4DQRA 1WAJA 1J9AA 2P1JA 3AO4A 3KIOA 3AVFA 1LW0A 1EX4A 3HK2A 3DYAA 4K8XA 3HVTA 1VK0A 1NJWA 2IAJA 1NKCA 4CJVA 4FLZA 2KFZA 4IG0A 3LAMA 4B3OA 1RBSA 2EHGA 3T3FA 1HYVA 1RBVA 4YFUA 4C8LA 3QEPA 3VQ9A 1TAQA 3TAFA 4J2AA 3P1GA 1UA0A 4FJ7A 5JS1A 2Q3SA 1TK0A 5J2QA 3DRSA 5J2NA 4NYNA 4KKOA 3L8BA 4CGFA 4CHNA 4RW9A 4FCYA 2FBYA 1GOCA 2BANA 3DLGA 3ZSWA 5FDLA 4XIUA 4LSNA 1ZBIA 3ISNC 2RPIA 4GVMA 3RMBA 4AILC 3AA2A 3KKSA 4CIGA 4AHRA 3OYNA 3OYFA 3WNHA 3V9WA 2O4IA 5E41A 1L3TA 3B6PA 2HNZA 4Y1CA 4KI4A 3MECA 3SYZA 1YVUA 4G1QA 4DTXA 1MU2A 3AVJA 4LD0A 3OS0A 5KRSA 1Q9YA 3L2QA 2KFNA 1J54A 3HVRA 1HQUA 1TK5A 4PUOA 4B8AB 1U48A 4CJLA 1LAVA 1ZBFA 4FM2A 5K14A 4Z4GA 3LWMA 4E7KA 2YV0X 4EZ6A 3ZSQA 2KTQA 4KHWA 3RWUA 3V6DA 3AV9A 1SL1A 4FJIA 5HLFA 2RF2A 4OKKA 2E6MA 2HHXA 3CFOA 3RR7A 4CF8A 4C8OA 1XWLA 4C8MA 3P5JA 1W0HA 4DU4A 3KLFA 3SUNA 1KVAA 1A5VA 3LPTA 4FLYA 1T03A 3L3UA 1S1UA 2QXFA 4IDKA 1U04A 3QEVA 2QKKA 1VRUA 2KW4A 3ITHA 1VSDA 3SCXA 4GW6A 1HYZA 3QINA 3OYIA 4B9SA 3NGYA 1L3SA 3NGIA 1VSJA 2YNGA 4FM1A 4CJ5A 4RW4A 3HSTB 2RKIA 4E7LA 3HXMA 4KB0A 4DFPA 3ZT2A 4OPKA 4BACA 4BDPA 3KD5E 2G8VA 3K57A 4CF2A 2XY6A 3AVIA 4Z4HA 1KLNA 2XY5A 3KTQA 4I9QA 4OKEA 4O5BA 1YT3A 4CF0A 2NUBA 1SKSA 4FZXC 1HNVA 4CJSA 3NF7A 3KLEA 2PY5A 4EP4A 2HNYA 4O4GA 4DTUA 2HHWA 5HRNA 2VWJA 2YKNA 4F2SA 4B08A 4JRQA 4DQSA 3ZSYA 1DTQA 1RNHA 4CHOA 1NK7A 1D9DA 1ZBHA 1BISA 3NH0A 4FJ8A 3DOLA 2GUIA 2VWKA 3K5NA 3OYKA 3WNFA 4KAZA 1TK8A 1KCFA 1CZ9A 1NK6A 4NYFA 4O0JA 5HRRA 3SV4A 4FJKA 2VG6A 1U45A 4FLWA 4DTOA 4CF1A 3NHGA 1KTQA 3ZT1A 4ELVA 3RR8A 3AVBA 1C1BA 1IO2A 1VSLA 4CGJA 4CHQA 3D45A 3VQ8A 4YNQA 3K5LA 1NK0A 4DWIA 3DM2A 2P51A 3I8DA 4CJ3A 4BDZA 4FLXA 4TSXA 4OGEA 2XO7A 2HHSA 2W42A 3G0ZA 2IOCA 3HJFA 1IKYA 2WOMA 1JLQA 3C6TA 3U3YA 4PWDA 5CZ2A 4M3UA 3TAQA 2E4LA 4CK3A 4HHTA 1IG9A 4FJGA 1U49A 4I2PA 2HHTA 1NOYA 3VQPA 4F4KA 4CIFA 1TKDA 1RDAA 1RTIA 1A5XA 1CXQA 1JLBA 3LWLA 3SNNA 3MXIA 5FRMA 2PYLA 2OYQA 3VQCA 4FJJA 3OY9A 3L2UA 1RT6A 2B5JA 4CJTA 4H4MA 5KGXA 3PUFA 2DFEA 2VG7A 3NF6A 1XHXA 4N56A 1Z25A 4DF8A 4DSEA 5HP1A 3MXMA 1TVRA 3DLBA 2HHQA 3ZT0A 1NJXA 3JSMA 4FK0A 2OPSA 4CHZA 1BQNA 3ZSXA 1I3AA 4DQIA 3K5OA 4HUFA 4PQUA 1BL3A 2OZSA 4MQ3A 4AH9A 4CEDA 3KK2A 1UOCA 3AVLA 3OYCA 3RMCA 4F2RA 1KFDA 1L3UA 4AHSA 1X9WA 1O1WA 1VSKA 1I39A 4W5TA 3O3HA 1JXBA 4C8NA 1BQMA 1RILA 3SJJA 3V81A 4NCGA 3OYBA 1D8YA 3OJUA 1TKXA 4CFAA 3OYMA 4F8RA 3T1AA 1C0UA 3M8QA 4CJ4A 4IFVA 1RTHA 2KZZA 4CEQA 4E1NA 2HNDA 4RW8A 1SL0A 3ULDA 1IKXA 3ZCMA 3CFRA 3I0RA 4CGGA 5J2PA 1RCHA 3CFPA 1XHZA 3S3MA 3PO4A 3ZSOA 4FZZA 1WSIA 4Z4FA 3EYZA 1WLJA 3AA3A 4E3SA 1DLOA 3AVCA 4B8CA 4JLHA 2XY7A 3QEWA 1JLGA 2Z1JA 3VQ4A 4ZTFA 1VSMA 4Z4CA 4KTZA 2XY8A 1N5YA 4OLBA 3OS2A 1SKWA 3T19A 1KVCA 1TGOA 5C24A 1VSIA 4H8KA 3VQ7A 1XI1A 1R0AA 1X9SA 4Q5VA 1HJRA 3VQBA 3O4NA 2YNIA 4Q0BA 2ETJA 4CJRA 1X9MA 3VQEA 3K2PA 2XHBA 1JLAA 4N41A 2HVHA 3OYAA 3AVGA 4PY5A 1EP4A 1C1AA 4Z4EA 1T05A 1JXEA 2D0CA 2FBVA 4IFYA 3LALA 3QNNA 2G8UA 1UAXA 4AHVA 3TWHA 3QESA 3SPZA 4PA1A 1C6VA 1CLQA 4E1MA 1HMVA 2X6NA 2G8KA 4J2DA 4HVJA 4Z4IA 5KTQA 4ID5A 1LWCA 4FXDA 4CFCA 1UA1A 3MEDA 3I0SA 1EETA 1F21A 1LW2A 4OJRA 4HTUA 3HM9A 3VA0A 2OZMA 1VSHA 3SPYA 3TABA 4CJPA 4DMNA 2QKBA 5KI6A 3AVHA 4CIEA 4CFDA 3S9HA 3MXJA 3EY1A 3C95A 2X78A 4EP5A 1TV6A 1HPZA 4BWMA 2ZD1A 3NH2A 1NK8A 3QEIA 3LP0A 1VSEA 3C6UA 4AHUA 3V1QA 3O3FA 4FM0A 4ZTJA 3RRGA 4CGIA 3M8SA 3AVMA 2BDPA 1IH7A 1TKTA 1WSGA 5KGWA 3WNEA 3KK3A 4DG1A 4H4OA 4AHTA 3HP6A 3L2RA 3DLEA 3NFAA 2HHVA 3KK1A 3TARA 3H08A 4FLUA 4B9UA 3A2FA 4DS4A 1RBUA 4CJEA 4M45A 3CQ8A 1UWBA 4BWJA 4CEBA 1ZBLA 1RT4A 1BI4A 1QE1A 1S6QA 3MAQA 4HCBA 2B6AA 1NJYA 3SQ1A 3TAGA 3ALYA 2E6LA 1B92A 5C42A 2R7YA 3S3OA 1QTMA 4FJHA 3BDPA 1HRHA 4O55A 3NGZA 1S6PA 5JS2A 2G8HA 1K6YA 4KV8A 3UIQA 2YNHA 1BIZA 3KJVA 3QETA 5CZ1A 1REVA 3LP3A 2ZQBA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4H0PA 2D4WA 1T6DA 3UE5A 4RW7A 4ILHA 5BPMA 3TAEA 3NVKA 3OYJA 4B9NA 4CGHA 4OPHA 3SBTA 4DS5A 1KXPA 3VF6A 4IG3A 5AQYA 1S5JA 2KHOA 3D0PA 4B9VA 4CJFA 1RDCA 3OW2M 3P31A 4CEFA 2UUAK 4IO8A 4I2QA 5GAGP 1IKWA 3SAHA 4RW6A 3LDNA 4E7IA 3RTVA 4QS8A 3CM6A 3WQUA 4DQQA 1LWFA 1U4BA 5EX5A 5I9EB 1HQEA 1N6QA 1M90O 3BGRA 2JLEA 4LH5A 4BRFA 3VGLA 4XH1A 3VQDA 1YTUA 1Z26A 4QCLA 4CFBA 3Q7BA 5BN9A 3CJ9A 1BGXT 2I7NA 4MLHA 1WSEA 3OYHA 5CY4A 3AA5X 4I6MA 3OA9A 4EHUA 5FRNA 2DY4A 2WONA 4CVNE 1T44A 3O9RA 4DU1A 4DTPA 3OHRA 4OKJA 4FZYA 3PSFA 3VERA 1QHTA 3GBTA 4H0OA 1WNSA 2JGUA 4BRLA 2NZTA 1JLCA 3QICA 1FKPA 1EXQA 2ZJRL 1KVBA 3O4QA 3DRRA 1ZYQA 1A5WA 2F96A 3EN9A 3IMXA 3AVNA 3OYDA 4FJXA 1GOAA 1C0TA 4DKWA 5EY4A 3LAKA 1MWKA 1K73O 4Y1DA 1VQPN 4JV5K 3LDPA 4DV1K 1T7PA 2P5GA 4M41A 3A0IX 4JKFA 4N76A 4IZ9A 1J53A 3THWB 2VYPA 5FPMA 3O9UA 2FSKA 3V9ZA 4IOXA 3KLGA 1NOZA 2VCPA 4A5AA 3F73A 4N5SA 2OPPA 4B1WB 1QSSA 2RN2A 1GLBG 3CCVN 2DTUA 2Q0UA 3D6RA 2F7TA 4DFJA 4W5NA 1YIJN 5C2FA 3LP1A 1OH8A 2QWNA 3C65A 3SQ2A 4DCHA 2E2QA 4E89A 3G71N 3CMAN 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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