3DXKA

Structure of bos taurus arp2/3 complex with bound inhibitor ck0944636
Total Genus 120
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
120
sequence length
415
structure length
397
Chain Sequence
AGRLPACVVDCGTGYTKLGYAGNTEPQFIIPSCIAIKESVMKGVDDLDFFIGDEAIEKPTYATKWPIRHGIVEDWDLMERFMEQVIFKYLRAEPEDHYFLLTEPPLNTPENREYTAEIMFESFNVPGLYIAVQAVLALAASWTSRERTLTGTVIDSGDGVTHVIPVAEGYVIGSCIKHIPIAGRDITYFIQQLLRDREVGIPPEQSLETAKAVKERYSYVCPDLVKEFNKYDTDGSKWIKQYTGINAISKKFSIDVGYERFLGPEIFFHPEFANPDFTQPISEVVDEVIQNCPIDVRRPLYKNIVLSGGSTMFRDFGRRLQRDLKRTVDARLKLSEELSKPKPIDVQVITHHMQRYAVWFGGSMLASTPEFYQVCHTKKDYEEIGPSICRHNPVFGV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule keywords Actin-related protein 3
publication title Characterization of two classes of small molecule inhibitors of Arp2/3 complex
pubmed doi rcsb
molecule tags Structural protein
total genus 120
structure length 397
sequence length 415
ec nomenclature
pdb deposition date 2008-07-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.30.36.70 Mainly Beta Roll Actin; Chain A, domain 2 Actin; Chain A, domain 2 3dxkA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3dxkA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3dxkA03
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 3dxkA04
4M7YA 2QWLA 4Y0WA 3WQUA 4B1ZA 1KXPA 2PAVA 3DXKB 4BRHA 4CZHA 1DGKN 2QWPA 5AQNA 3VEYA 3WQTA 1QQOA 2E1YA 3QMLA 5FPDA 1T6DA 3GE1A 3A0IX 3FZFA 3JXUA 2Q2RA 1NLVA 2A6AA 4QS7A 1GLDG 4LC9B 3CQXA 2CGKA 1MWKA 4CZKA 1HKCA 1QZ5A 1BOTO 4JN4A 3UKUB 4FWQA 4NO7A 4H5WA 2GUPA 2ZGZA 4BRGA 3ENOA 3LM2A 3W3DA 5AZIB 5JLFA 1EQYA 3R8EA 2A40A 3LDOA 3GBTA 2QWOA 4K25A 3J8AA 2HMPA 3I33A 3M3ZA 4H0OA 4IJNA 4BVOA 1TYQA 2E88A 4H0XB 5F2RA 3SJHA 3VEWA 1NGHA 4ISFA 4I6MA 5I9EB 2E1ZA 2ASOA 1P8ZA 4FWNA 2GEMA 5JLHA 4IXCA 3LM9A 1K8KB 3H45C 3IFRA 4BC2A 1XUPO 2E2NA 4O8KA 5AZJB 3KVGA 3W0LA 4BRKA 5F1XA 2I7NA 4PL7A 3FZLA 4BR9A 4EFHA 4A61A 3R9PA 3EO3A 4CBUA 4JD2B 3CJCA 1TUUA 3MK6A 3LL3A 3QFUA 4BRIA 4EAHD 2QXLA 1NGIA 4MO5A 4BGBA 1NGGA 3LDPA 3MN9A 4A62A 3CETA 2CH6A 2DPNA 1T6CA 3O1WA 3H3OB 1ATRA 5AQPA 1J6ZA 5AQJA 4JHDA 3WEEB 4B1XB 5EX5A 3VOVA 2V7ZA 2YJEA 3M1FA 3BEXA 2CGJA 2E2OA 3CI5A 4BRLA 1HPMA 2YJFA 1C0GA 3TPQA 3IDHA 4BRAA 1ZXOA 4BROA 4AM7A 5BRFA 2Q0UA 3MN5A 3UKRB 3HM8A 3DXKA 1GLFO 3A5MC 1Y64A 5AQSA 2A3ZA 1NMDA 3RSEB 3UB5A 4MO4A 4XH5A 2YHWA 3VF4A 1T44A 1YVNA 3LDQA 1U6ZA 1HKBA 4DHYA 1LOTB 2VCPA 4FWMA 2YI1A 2YHXA 2J4RA 5FPMA 4PL8A 1Z05A 4ISGA 2E20A 3VESA 4CI6A 3EKUA 3L4IA 4WQ5C 3WXKA 3CERA 4BRCA 4BRFA 3L0QA 4DQ8A 5AFUA 3UKUA 3WXLA 2P9SB 4IJAA 2D0OA 3H3NO 3HZ6A 3QDKA 5AZIA 1R59O 4H03B 2P9LB 4FOIA 1NM1A 1Z6RA 3GG4A 4FWPA 2AA4A 3EZWA 3VEXA 1GLAG 2FSNA 5AQMA 3O5BA 5E84A 5E26A 4CZGA 2HOEA 5BN8A 5AQZA 4BC5A 2ITMA 1NBWA 4H0YB 2QWNA 3BUZB 3DJCA 3CJ7A 1K8KA 2GWJA 3DXMB 2AP1A 1KAXA 3HTVA 3H46O 3VERA 3CJ9A 5AZJA 1ESVA 4EHTA 3VETA 4IZ9A 4H5VA 3SMPA 4DCHA 5CE3A 5F0XA 5AQGA 5FPNA 2GELA 3GOIA 2E2PA 1X3MA 3VGKA 2P9NB 4BQLA 5EOYA 4JD2A 3D2EB 3ZX3A 1BG3A 3WXJA 5AQQA 2W41A 3GL1A 3AAPA 3VF2A 3HSCA 3O8MA 3ZX0A 4H0TB 2P9UB 1QHAA 2Q1NA 1GLLO 5AQUA 2KHOA 3ZEUB 5KPZA 3SK3A 4WYBA 1SZ2A 3WEEA 5BPLA 3BF3A 3VEVA 4RWTA 3SMSA 4FOEA 2D0PA 4CBWA 1NGEA 4CD1A 1ATNA 4KBOA 4F9OA 3VEZA 1JCGA 2NZTA 3C7NB 3L6QA 4BR7A 3A5OC 3BP8A 4E1JA 4NB4A 5AQRA 5AQVA 1BDGA 5BRHA 4M7XA 5FPEA 5EVZA 1RFQA 1QQMA 1BA0A 4B1YB 4BC3A 3UKRA 4JNEA 4QS8A 1JCFA 2V51B 3RSEA 3CJ1A 5AFUH 1MWMA 4MLEA 2P9IB 2Q0RA 5LY3A 2V52B 4PKGA 2I7PA 2YHYA 4FPBA 5LJVA 4BGAA 2VWBA 4H0PA 2FF3B 1NWKA 2P9PB 3HI0A 3ULEB 3IUCA 4FPAA 3H6EA 3QBXA 4FL9A 2E8AA 2H3GX 3QB0A 3U8XA 3HBTA 3D2FB 4WQ5A 3R6MA 2YCHA 4CZFA 2P9SA 1GLEG 4A2AA 3MDQA 4RCHA 4GY2B 3QFPA 3ID8A 1KAZA 3WUHA 1CZAN 2FXUA 2A42A 1WUAA 5AQWA 2P9KB 3D7EO 5BPNA 4BRPA 3B8AX 2HF4A 3P4IA 4RTFD 3GDQA 1HX1A 1C0FA 4FWLA 4BRNA 1S3XA 1IJJA 5AQYA 3H1QA 3VENA 3G25A 5KPRA 3CQYA 3M6GA 4BRDA 3FE1A 3I8BA 3O80A 4H5TA 5BRDA 2IVOA 5AQHA 2FF6A 3DXMA 3U9ZA 3ZETB 4DB3A 4WQ4C 5ADXA 4CBXA 3O08A 2ZWHA 1NGFA 2A5XA 4K41A 2F9TA 4Z94A 2P9NA 3BF1A 4GNIA 5JMVA 3D2EA 3CJAA 4M63C 3FGUA 2GWKA 5B8HA 4K42A 4XH4A 3O1BA 3MCPA 1E4FT 4CJ7A 1BO5O 3VF6A 4L3QA 2P9UA 4YDUC 3S41A 4FWKA 5BR9A 4FWRA 1ATSA 3ZEUA 3SLCA 3ATVA 4H5RA 2D4WA 5EY4A 1LCUA 2IVPA 4K43A 1XC3A 4CZLA 2HF3A 2IIRA 2ZGYA 5AQKA 3MN7A 2GTDA 1HKGA 3C7NA 4CZJA 5KPTA 3VEOA 4QS9A 3LDLA 5BREA 1ZC6A 3FZKA 2BTFA 2E2QA 1U2VB 5AQTA 1S22A 2Q97A 5AQXA 1TUYA 3OHRA 2QWRA 3U4LA 1V4TA 1QZ6A 5AR0A 1JCEA 2P9IA 3EKSA 1SQKA 2A41A 1XQSC 5BN9A 2D1KA 3TU5A 4XEIA 2NLXA 1RDWX 1NGBA 2P9PA 3ENHA 1BU6O 2PBDA 2OANA 3ULEA 2EWSA 3O4WA 4FWSA 5LJWA 4PKHA 3VPZA 3VGLA 1SAZA 4A2BA 2QWMA 3O6WA 1MA9B 1NGDA 4C23A 3FZMA 3JS6A 4BR2A 3D2FA 4BQZA 2F9WA 4BC4A 4J8FA 2CH5A 4XH1A 5KQDA 1YAGA 4MLHA 5AQIA 3MMVA 3ZX2A 3DAWA 4EIAA 2QWQA 2UYTA 3ATUA 3AY9A 4BG9A 5BPMA 5AQOA 4CD3A 1KAYA 1NGCA 3C0BA 3MN6A 5JICA 5ADXH 1BA1A 3KZBA 4AM6A 2IVNA 1IG8A 4FWOA 3FFKB 2P9KA 3WT0A 1DKGD 4BR0A 3FLCO 3KHYA 1X3NA 4BG8A 3F9MA 1TYQB 1HLUA 4BRQA 3AARA 2Q36A 4CZEA 4I6MB 4H5NA 3UE5A 3DWLA 4H0VB 2QM1A 2FSJA 3IMXA 4ISEA 1V4SA 5ELZA 4FO0A 5KQ8A 2FLOA 2V7YA 1X9JA 3ZETA 3CIPA 4BRMA 4PKIA 1GLBG 4WQ4A 2P9LA 1YXQA 3WXIA 5AQFA 1Q18A 4BVPA 2NRHA 4BR5A 1HUXA 3VGMA 4HTLA 1QQNA 3FR0A 1D4XA 1GLCG 2Q31A 4HWIA 4BREA 1GLJO 2ASPA 3AAQA 3FZHA 2QW9A 2VYPA 2BUPA 3QICA 2ZF5O 3CHWA 1OKJA 3QBWA 3CJBA 2FSKA 4O5FA 2W40A 3A5LC 4EHUA 1E4GT 1YUWA 1NGJA 1G99A 4YDUA 1BUPA 1RGIA 3EN9A 4B1VA 2ASMA 4CZMA 4BR4A 3LDNA 4JHDB 3A5NC 5TKYA 1MDUB 4B9QA 4B1UB 1ZBSA 3U9DA 2CGLA 5EXWA 4IWVA 5AQLA 3EL2A 4B1WB 3A8YA 1HJOA 1WOQA 4JAXA 1DEJA 4IO8A 3H1VX 1NGAA 4FSVA 1U2VA 1BWFO 1H1VA 2WUSA 4CZIA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3OS1A 1IBKK 4M7YA 2PZSA 3WQUA 1KXPA 2PAVA 1U45A 4FJMA 4BRHA 1L3VA 3QNNA 3VQ7A 2YNIA 3QEXA 1QQOA 4NLCA 3L2VA 1KD1O 3A0IX 1VQPN 4OKJA 5GAEP 5M1KA 2HBKA 3PY8A 2VQFK 3SUOA 4LC9B 2OPRA 4JRPA 4M41A 1VQON 3SQ2A 1QZ5A 3HYFA 4JN4A 3UKUB 4KREA 4FWQA 1NU0A 4NO7A 4E7LA 1QSLA 4BACA 2NRTA 4U67L 1BCMA 2ZGZA 4RW8A 5KGWA 1NJYA 4FM1A 4B9SA 4GKJK 1HRHA 3IRXA 2F7TA 3J8AA 1YF5L 4XJXA 4H0OA 1Q82O 3I8DA 1TYQA 3OTOK 4CGJA 2E88A 4H0XB 3VEWA 4DFJA 3E9LA 3AGRA 4I6MA 3LWLA 5I9EB 4FWNA 2GEMA 5HROA 1SL1A 4NYFA 4DQSA 1K8KB 4WFAL 3H45C 3IFRA 1M1KO 3NCIA 1CXUA 3WNFA 3EYZA 4O8KA 4M3ZA 4OX9K 3W0LA 4ZHRA 2I7NA 4PL7A 3WXMB 1XWLA 4G1QA 3KWIA 1K9MO 1S1XA 1BQNA 1CXQA 3E1YA 3SCXA 1VSDA 2DTUA 3TAGA 4BRIA 5GIOA 4EAHD 4KHWA 2PFUA 1ZBUA 2RHKA 3LDPA 3QEVA 2ZJQL 1T6CA 3HPOA 1BIUA 1LWEA 3O1WA 5AQPA 3WEEB 1NK6A 3TR8A 3V9WA 3VOVA 2X6SA 3KLEA 4PQUA 2OYQA 2CGJA 1L3TA 2E2OA 4C8MA 3I56N 1CLQA 2F8SA 3IDHA 4BRAA 3O9RA 1N8RO 1ZXOA 3E66A 3ZT2A 4B08A 1LW2A 4KH6A 4ELVA 2Q0UA 3MN5A 3UKRB 4JKGB 3IAYA 4CHYA 2VWKA 3DRRA 3KTQA 3UB5A 4XH5A 4CHNA 3VQPA 5KTQA 4FJKA 3RMAA 5TKWA 1NK0A 2HHHK 1U6ZA 4DFMA 2VCPA 1HYVA 3CMEN 1WSJA 3TTCA 3LP0A 1TGOA 4BDZA 3EKUA 3WXKA 1WB9A 2O8CB 5AFUA 1BHLA 5C42A 3ISNC 3HVTA 3HZ6A 4CEEA 4H03B 4FOIA 4DU3A 4FWPA 4OKKA 3MEEA 2OPSA 3THYB 4QCLA 2ZJRL 1C6VA 2A1RA 1O13A 3OYNA 3UIQA 5E26A 4XIUA 4B8AB 4CJ3A 1KSPA 1D9FA 4JKCA 3O4QA 1J5OA 3ZSXA 4EP4A 3RR7A 4KH5A 3HTVA 1KAXA 4FJXA 3P31A 4Y1CA 1S1UA 4DCHA 1YTAA 2GELA 1X3MA 4BECA 3GL1A 2NUBA 3AAPA 3SQ4A 3HSCA 1T3VA 2P9UB 3E9OA 3HOSA 5AQUA 2JLEA 2KHOA 2O8BA 4FJIA 5KPZA 3SK3A 3ZSOA 4WYBA 3EEQA 4CFCA 3JAMO 2D0PA 4KHQA 3VEZA 1S72N 2NZTA 1FKOA 3BP8A 3EE9A 3NVMA 4ILJA 3S9HA 1BDGA 4M7XA 5FPEA 3NFAA 4JS4A 5CY4A 4B1YB 4DR5K 1F21A 3LZJA 3CF5L 2NRVA 5GAHP 4DS4A 3RSEA 4CESA 3E9PA 1S6QA 2X6NA 1S9EA 4GKKK 2P9IB 2V52B 2ZM6K 2YHYA 3NH0A 3L2WA 4BGAA 1Y97A 2VWBA 2W00A 4FM0A 4FPAA 2KLAA 3H6EA 4HUEA 3J81O 2H3GX 3LDSA 3U8XA 1WSGA 1NK7A 1YIJN 4AH9A 4CZFA 4IFVA 1KVAA 3LAKA 3MDQA 3HP6A 4F3TA 1JLGA 4RCHA 2VGMA 1YTUA 1KAZA 1EWQA 3AVHA 1BL3A 3AA2A 4GMJB 4KB0A 5AQWA 2P9KB 4FLYA 3B8AX 3P4IA 4RTFD 4CJWA 3ULDA 3MWTA 3K58A 1S3XA 3H1QA 5KPRA 3OBYA 4BRDA 3FE1A 4FZZA 1ZBHA 4DUZK 3I8BA 3O80A 5AQHA 4WQ4C 1VSKA 4U7BA 3MECA 4BWMA 4LFCK 1VQLN 3EZ5A 3C6TA 1D8YA 1BI4B 2Z1HA 1YJ9N 1X9SA 4OJRA 5HOOA 4K41A 4OO1J 4E19A 3TAQA 4Z94A 3C6AA 2P9NA 3BF1A 4H4OA 4CJFA 3CJAA 3U6FA 4WFBL 3U3YA 3NDKA 2OTLN 1RT4A 3CCUN 3QERA 1BO5O 3S41A 1RTDA 2HBJA 1ZYQA 3VN5A 3ZEUA 2UXBK 3SLCA 4FZXC 5EY4A 3HM9A 3K5NA 1TKDA 1LCUA 4K43A 1N36K 2HF3A 2ZGYA 5AQKA 1B92A 1HKGA 1BISA 5KPTA 4QS9A 5GIPA 3LDLA 4KO0A 1ZC6A 3FZKA 3KK3A 1WAFA 3SQ1A 2FBYA 1VQ4N 4C1NK 2E2QA 1U2VB 3KK7A 1WSFA 2Q97A 5AQXA 1J9AA 4FW1A 2ZJPL 4CEFA 4KI4A 3VQAA 1IG9A 1S9GA 1SQKA 3C65A 3QLHA 2IAJA 5BN9A 4LSNA 4CF1A 2B6AA 3ENHA 2HNDA 4PWDA 4JEPA 4OLBA 4OPKA 2D0CA 2HHWA 4A2BA 2QWMA 1N34K 4C23A 3OYLA 1NJZA 3SAFA 3D2FA 4FLWA 1WAJA 4Z4FA 3P38A 3KK1A 3DAWA 4CGIA 4EIAA 2PYLA 2G8VA 3AY9A 3CM6A 5BPMA 2GBZA 2NRWA 4DLGA 4F3OA 4B8CA 3C0BA 5ADXH 3KZBA 4KTZA 1HR0K 1IG8A 1DKGD 2KFNA 3SZ2A 3CPEA 3F9MA 1TYQB 4YNQA 4CJSA 2B5JA 4CZEA 4I6MB 4JKEA 4LSLA 4ILHA 1JLFA 4K8ZA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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