3DXKA

Structure of bos taurus arp2/3 complex with bound inhibitor ck0944636
Total Genus 120
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
120
sequence length
415
structure length
397
Chain Sequence
AGRLPACVVDCGTGYTKLGYAGNTEPQFIIPSCIAIKESVMKGVDDLDFFIGDEAIEKPTYATKWPIRHGIVEDWDLMERFMEQVIFKYLRAEPEDHYFLLTEPPLNTPENREYTAEIMFESFNVPGLYIAVQAVLALAASWTSRERTLTGTVIDSGDGVTHVIPVAEGYVIGSCIKHIPIAGRDITYFIQQLLRDREVGIPPEQSLETAKAVKERYSYVCPDLVKEFNKYDTDGSKWIKQYTGINAISKKFSIDVGYERFLGPEIFFHPEFANPDFTQPISEVVDEVIQNCPIDVRRPLYKNIVLSGGSTMFRDFGRRLQRDLKRTVDARLKLSEELSKPKPIDVQVITHHMQRYAVWFGGSMLASTPEFYQVCHTKKDYEEIGPSICRHNPVFGV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Structural protein
publication title Characterization of two classes of small molecule inhibitors of Arp2/3 complex
pubmed doi rcsb
molecule keywords Actin-related protein 3
total genus 120
structure length 397
sequence length 415
ec nomenclature
pdb deposition date 2008-07-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.30.36.70 Mainly Beta Roll Actin; Chain A, domain 2 Actin; Chain A, domain 2 3dxkA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3dxkA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3dxkA03
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 3dxkA04
5AQUA 3AAQA 1LOTB 5EVZA 4NB4A 1QQNA 3O8MA 1NGCA 2EWSA 5AQLA 3WT0A 2F9TA 4Y0WA 5LJVA 1KAZA 2QW9A 3WEEB 1GLCG 3DXKA 1KAXA 4B1VA 3RSEB 3CI5A 4BQLA 3TU5A 3ZETA 3FGUA 2Q36A 3CJCA 1Z6RA 2QWRA 3JS6A 4BRHA 3VF4A 2E8AA 1HKCA 2UYTA 2AA4A 2D1KA 1SZ2A 2I7NA 4CJ7A 3QBWA 5KQ8A 1SAZA 3D7EO 3SK3A 4E1JA 4ISGA 4MO4A 3W3DA 3OHRA 3WQUA 4DCHA 2IIRA 3VPZA 3LDLA 4XH4A 1RFQA 3ULEA 3D2FA 1MWKA 2F9WA 4WQ5A 4QS7A 5AQMA 2GELA 5I9EB 3LM2A 2A41A 2QWNA 2E88A 2P9LB 5FPMA 2YJFA 4B1WB 4BRDA 4QS8A 2ASOA 2Q0UA 5FPNA 1T6CA 4H5VA 3VF6A 5KPZA 3AAPA 1HUXA 1DKGD 4K41A 1ESVA 4JN4A 3O80A 4FWKA 3A5LC 1Z05A 1R59O 2QWOA 3MN5A 5E84A 3O4WA 4BRMA 5E26A 3VGLA 5AQRA 3BUZB 4CI6A 1TYQA 3VGMA 1X9JA 3MK6A 4JD2A 2W40A 1HX1A 3KVGA 4BVPA 5AZIB 3G25A 3UKUB 4K43A 5AQNA 4MLEA 2CH5A 2E1ZA 2V7ZA 4H0TB 3U9DA 1T6DA 5F2RA 3R8EA 4CZHA 3A5NC 3A0IX 5B8HA 3W0LA 2FSJA 4JNEA 4MLHA 1WUAA 4HWIA 4AM7A 2A6AA 1BG3A 2D0PA 4H5WA 4IO8A 4H5NA 2P9SB 3MN9A 3WXIA 2HF4A 4BC3A 2P9NA 4A2BA 1ATRA 3R9PA 4IXCA 5AZJA 4IJAA 5BPNA 2Q2RA 5EXWA 5CE3A 5ADXH 4CZEA 5BREA 3M1FA 3FR0A 4XEIA 2VYPA 4FPAA 4BR7A 5BR9A 5ADXA 3SMSA 4H03B 1NMDA 2P9PA 2ITMA 3WQTA 2P9UA 3VETA 3VEYA 3VEXA 4B1XB 3FLCO 3BP8A 3D2EA 3EN9A 3UKRB 1YXQA 4Z94A 2P9KB 3ENHA 3UB5A 1J6ZA 3CERA 2FLOA 3HZ6A 1NGFA 2CH6A 2VWBA 3C7NA 4H5RA 4IZ9A 4AM6A 4CZGA 3ID8A 1ZC6A 5BRFA 3AY9A 3DXMA 3ATVA 3ZX3A 1P8ZA 3QB0A 2A3ZA 4L3QA 3LDOA 2A5XA 4FWRA 1IJJA 5FPEA 4BRIA 3M3ZA 4FWOA 4I6MA 5AQKA 4FOIA 4BGAA 4CZLA 2E20A 2DPNA 4YDUA 1NGJA 1GLLO 3GOIA 3O5BA 5EOYA 2E2PA 2A40A 1U2VB 3LM9A 3B8AX 3CIPA 3IMXA 4FWLA 3VEOA 4CBUA 3CHWA 3EO3A 1Y64A 4BRAA 1QZ5A 4H0YB 4FSVA 4EAHD 1NWKA 5AFUH 1RDWX 4DHYA 3QMLA 3WEEA 5AQGA 4KBOA 2Q31A 2Q1NA 1V4TA 3RSEA 1K8KB 3P4IA 5AFUA 4QS9A 5BPMA 1S22A 3EKUA 5AQJA 2HMPA 3FE1A 3ATUA 3CETA 1E4FT 3U4LA 4IWVA 3TPQA 4BR2A 2ZGZA 4FWNA 4CZFA 3ZX2A 4DB3A 4K42A 3U8XA 4FPBA 1MDUB 5JLFA 3FZMA 3VGKA 3IDHA 1NGAA 1NGEA 2Q97A 3VF2A 2OANA 2AP1A 4CD1A 4EFHA 3LDNA 5AQFA 2YHWA 2P9LA 2BUPA 1XUPO 3I33A 1NBWA 3UE5A 3VEWA 4H0PA 1YAGA 2FF6A 2ZGYA 3CQYA 3ZEUB 2NZTA 4A62A 3L6QA 3HSCA 5EX5A 2GUPA 1V4SA 1YUWA 5JMVA 2FSNA 3LDQA 2E1YA 2V51B 3EKSA 1NGBA 3QICA 4BC2A 5AQTA 3LDPA 2QWQA 4ISEA 4BC4A 4CD3A 2J4RA 3EL2A 4CZJA 2GTDA 3H6EA 4BROA 4BRKA 1ATNA 1BOTO 5AZIA 3DAWA 3FZKA 3UKUA 4H0XB 4A2AA 1E4GT 5BRDA 3KHYA 1YVNA 4PL7A 4RCHA 3O1BA 4FL9A 4MO5A 1C0FA 4LC9B 2IVNA 1S3XA 1ZXOA 5KPRA 3O1WA 1XC3A 1NM1A 1MA9B 2D4WA 3MN7A 4GY2B 4CBXA 5BN8A 3MMVA 4BQZA 4JHDB 1RGIA 2P9SA 2CGLA 4BRQA 3JXUA 4BR5A 1JCFA 4B1ZA 1T44A 2D0OA 2GWJA 1HKBA 4WYBA 3QDKA 4CZKA 3FZHA 4IJNA 4B1YB 2PAVA 2QM1A 2H3GX 3CJAA 5KQDA 4O5FA 4M63C 2WUSA 2P9IB 3FZLA 4FOEA 3IUCA 4BRPA 5AQIA 4BRGA 5F0XA 3C0BA 1NLVA 3HBTA 4JAXA 1GLJO 4C23A 3QFUA 2E2NA 1DEJA 3KZBA 3DWLA 4B9QA 3O08A 2HF3A 5EY4A 3UKRA 1CZAN 2QWMA 3H3NO 1QQMA 3DXKB 1BUPA 2P9KA 2VCPA 3ZETB 3LL3A 1HJOA 1BU6O 4PL8A 3MDQA 5BRHA 4H0OA 3MCPA 2IVOA 4BC5A 4J8FA 3GDQA 3O6WA 4RWTA 4CBWA 1KAYA 3CQXA 3SJHA 4BR9A 3SMPA 3VOVA 3MN6A 2IVPA 4XH1A 1QHAA 2V7YA 1NGIA 4GNIA 4BG9A 3VESA 2YI1A 3H45C 5BPLA 4EIAA 3ULEB 3D2FB 1BO5O 5ELZA 1U2VA 1JCGA 4BR0A 4EHTA 3WXKA 2NRHA 2QXLA 2W41A 1HLUA 2FF3B 3SLCA 3VEZA 2V52B 4WQ4C 3HI0A 5JICA 1GLFO 1K8KA 1MWMA 5BN9A 2A42A 3H1QA 1BA1A 1TUUA 3ENOA 5AQWA 3EZWA 3ZX0A 3QBXA 4BG8A 1GLBG 1HPMA 3GE1A 5AQYA 1DGKN 4BVOA 1OKJA 4O8KA 4PKHA 1WOQA 1TYQB 3I8BA 1LCUA 3R6MA 1QZ6A 1C0GA 4JD2B 1XQSC 4H0VB 2ZWHA 3L0QA 3WUHA 3U9ZA 4PKIA 3QFPA 5AQSA 2YJEA 3A5OC 4HTLA 3S41A 5AR0A 2ASPA 4BR4A 5TKYA 4FWMA 4K25A 4RTFD 1EQYA 1HKGA 4BREA 3BF1A 3WXJA 2YHYA 4CZMA 3M6GA 4XH5A 4BRFA 4FO0A 3GL1A 2FXUA 2YHXA 3ZEUA 3FZFA 2CGJA 2E2QA 3F9MA 1SQKA 3HM8A 2NLXA 3BF3A 5AQOA 1D4XA 2P9NB 2QWPA 4DQ8A 1U6ZA 1Q18A 5AQXA 3AARA 3L4IA 4M7XA 5LJWA 5AZJB 4WQ4A 1BDGA 4CZIA 4ISFA 2CGKA 1NGHA 1JCEA 3VEVA 4BRCA 2BTFA 1IG8A 4FWSA 1X3NA 2HOEA 1H1VA 1TUYA 5FPDA 4YDUC 5KPTA 3CJ1A 4F9OA 1ATSA 2GWKA 4FWQA 5JLHA 3GBTA 3HTVA 3GG4A 1QQOA 2P9PB 2P9UB 4NO7A 2ZF5O 5AQQA 2YCHA 4PKGA 4FWPA 3D2EB 4BRLA 1NGGA 4BRNA 1NGDA 2KHOA 1GLEG 1KXPA 3IFRA 4BGBA 3VERA 1GLDG 4JHDA 1GLAG 1ZBSA 4A61A 2FSKA 2QWLA 5AQZA 2I7PA 1G99A 3C7NB 3H3OB 3FFKB 3A5MC 3DXMB 4WQ5C 3CJ9A 2E2OA 4EHUA 3WXLA 5LY3A 3BEXA 4B1UB 2PBDA 5AQVA 2P9IA 4H5TA 4I6MB 5AQPA 5F1XA 5AQHA 1X3MA 2ASMA 1BWFO 3J8AA 3A8YA 3CJ7A 3VENA 4M7YA 2GEMA 3H1VX 3CJBA 1BA0A 3DJCA 2Q0RA 3H46O
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2O8CB 4H4MA 3O3HA 4NB4A 1QSYA 3ULDA 1RT6A 1NGCA 3ISNC 5IWAK 1EO1A 4Y0WA 1KAZA 3HM9A 3WEEB 2HBJA 4DFPA 3CI5A 3G4SN 3TU5A 4LFAK 1N32K 4KH5A 4KHYA 2UYTA 4QOZB 3RMCA 2D1KA 3LALA 2P5GA 2HHWA 4CJPA 3V9WA 3V9XA 3D7EO 4GV6A 3T69A 5GAHP 3WQUA 4DCHA 2IIRA 4WF9L 2VQEK 3LDLA 3MEGA 3SUOA 4DR4K 4QS7A 3TTCA 5AQMA 2PYLA 3F5TA 3LAMA 5FDLA 5K14A 1VSHA 3EE8A 5I9EB 1VQ8N 2A41A 2QWNA 4ZHRA 3OYFA 4B9VA 1JJ2M 5FPNA 3NH1A 1XMQK 3O9TA 5J2MA 4E72A 4H5VA 3VF6A 1JLQA 3CMEN 4K41A 2O8FA 4JN4A 3O80A 4DUZK 4FWKA 1Z05A 1HNZK 3PSFA 4BRMA 4GKJK 3THXA 3CXCM 4NLCA 4DLGA 3VGLA 1KC8O 5AQRA 3AVIA 1ILYA 5HP1A 1X9JA 2KZMA 1T05A 4DSFA 1ZBFA 1I39A 3VQ5A 4KHQA 5AZIB 3G25A 2QK9A 4YOTA 4IFYA 5DM7L 2E1ZA 2V7ZA 3MXIA 3S5TA 3K5NA 1ASUA 3KKSA 2HBMA 3TAQA 4JEPA 4HWIA 1VQNN 4H5WA 3O3FA 5KTQA 1QVFM 4H5NA 4WFAL 3R9PA 1HQUA 1BIZA 3CMAN 4IXCA 4KREA 5AZJA 1HYSA 4DQPA 4F3TA 5C24A 3ZT0A 4Z4CA 4HUGA 5LL6Z 4DV7K 3V1OA 5BREA 3AA2A 5HRRA 3FR0A 3RMAA 2F96A 4JKEA 5BR9A 5ADXA 3SMSA 4F3OA 4CJKA 2P9PA 2ITMA 4FJIA 3V9ZA 4KHUA 3VETA 3VA3A 1S9GA 3FLCO 4X65K 4E1NA 1YVUA 4JKDA 1HYVA 1JLGA 4DTSA 3L2UA 4R5PA 4EZ9A 4O44A 1J6ZA 4FCYA 1LAVA 3HZ6A 4RG8A 4AM6A 2ZJPL 1M1KO 3IG1A 3AY9A 2O8DB 3ZX3A 2KLAA 4DQSA 2A3ZA 4IDKA 4Z4HA 4HUFA 4OKKA 3DLLL 3P39A 4RW8A 2VQFK 3SZ2A 4FWOA 5AQKA 3Q7BA 4FOIA 5CYMA 4CZLA 1N33K 4YDUA 3K59A 3K0SA 3CG7A 1RBSA 4LF9K 3WNFA 3LM9A 3VEOA 1VSIA 1TKDA 3VN5A 4JKBA 1OH5A 4FJGA 1NJYA 4H0YB 5FROA 3HYFA 4FSVA 4AHUA 5E41A 3IRXA 1NWKA 1BCMA 4KBOA 1YITN 3RSEA 1K8KB 3P4IA 3LZIA 1TV6A 1NJXA 1N34K 1WLJA 3ATUA 1YJNN 2ZGZA 4W5RA 3L2RA 4FWNA 4CZFA 3OYBA 1RTJA 3DOLA 4NXNK 1ZYQA 3CF5L 3ZSWA 4FPBA 5JLFA 5KGXA 1T03A 3SAFA 2ZD1A 3IDHA 1VQON 1RTDA 1NGEA 3VF2A 3TAGA 3QIPA 3CFPA 4DTXA 2P9LA 2BUPA 2QI2A 4E7JA 1K8AO 1VQMN 4PWDA 3KLFA 4CJVA 4CJUA 3NF9A 3OJSA 4A62A 1JLFA 3HSCA 4CJEA 2W6KA 4JK9A 2QEXN 1BIUA 3KD5E 1NNEA 3QICA 4KH4A 4CHYA 4HTUA 4Z4FA 3BGRA 4OKEA 4CEAA 3CCVN 4K8ZA 1FKOA 3P1GA 4CD3A 4JYAK 5GIOA 3RR8A 2GTDA 3T7ZA 3H6EA 1VQLN 1ATNA 1BOTO 1ZBUA 3DAWA 1RBVA 3FZKA 3UKUA 5HRNA 4ILJA 2X6SA 4GMJB 1ASWA 4IEIA 4BE1A 1TVRA 4RCHA 4IBNA 3ZSRA 4FL9A 3BZKA 4LC9B 4GKKK 4DR3K 3ZT2A 3I0RA 4WFNL 1MA9B 4H8KA 1TKTA 4CFBA 1T3VA 4NLBA 4E7HA 2P9SA 3HK2A 1DTQA 3VTIA 3OBWA 4BRQA 1JCFA 5C12A 1T44A 2D0OA 2GWJA 1HKBA 2G8HA 4CZKA 1U45A 4B1YB 4N56A 2PAVA 4JK7A 1J5EK 3SPYA 4O5FA 2HNZA 4OPHA 3P38A 3IUCA 4LF7K 3OA9A 4BRPA 1HJRA 2NRVA 5F0XA 3LWMA 3E01A 3HBTA 1WAFA 2ZQBA 1VSMA 3TWHA 2X74A 1DEJA 5CR4A 4MQ3A 4B9QA 2X78A 4FJNA 4CIFA 2EHGA 3V81A 3AO5A 4DV3K 4AQYK 1QQMA 4FZZA 2P9KA 4B9LA 3ZETB 4DR6K 1BU6O 4PL8A 4BC5A 3RRHA 1TKXA 2RF2A 1U48A 3F73A 4BR9A 1KCFA 2QKBA 4AHVA 3CCQN 3AVLA 3KLEA 1QHAA 4AHRA 4GNIA 2E6MA 2YI1A 3RMBA 4OPKA 3S3MA 4CGDA 2HNYA 2D5RA 1HQEA 4FLYA 1JCGA 3J7ZO 4BR0A 3ENBA 3EE9A 1QSSA 4QAGA 3HOTA 1HRHA 1N6QA 4W5NA 1JLCA 4WQ4C 2DTUA 4FZYA 3SBTA 2YKMA 1GLFO 4WFBL 4B9MA 2O8EA 2UXCK 3H1QA 4BG8A 4HUEA 3CQ8A 4KHWA 3VQAA 2ZJQL 2YNHA 5AQYA 2XO7A 4ICLA 1KQSM 3CCRN 2G8KA 2O4IA 1WOQA 1UA1A 3LP1A 1W7AA 4M3TA 4JD2B 3LP3A 3NGZA 3L0QA 3WUHA 4PKIA 1XMOK 3QFPA 1KLNA 5AQSA 1S6PA 2O4GA 2XRIA 5AR0A 5TKYA 3U3YA 4RTFD 1WNSA 4B8CA 1NOYA 4DV1K 3HM8A 3M8QA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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