3BF3A

Type iii pantothenate kinase from thermotoga maritima complexed with product phosphopantothenate
Total Genus 77
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
77
sequence length
248
structure length
248
Chain Sequence
MDPMYLLVDVGNTHSVFSITEDGKTFRRWRLSTGVFQTEDELFSHLHPLLGDAMREIKGIGVASVVPTQNTVIERFSQKYFHISPIWVKAKNGCVKWNVKNPSEVGADRVANVVAFVKEYGKNGIIIDMGTATTVDLVVNGSYEGGAILPGFFMMVHSLFRGTAKLPLVEVKPADFVVGKDTEENIRLGVVNGSVYALEGIIGRIKEVYGDLPVVLTGGQSKIVKDMIKHEIFDEDLTIKGVYHFCFG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural basis for substrate binding and the catalytic mechanism of type III pantothenate kinase.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Type III pantothenate kinase
molecule tags Transferase
source organism Thermotoga maritima
total genus 77
structure length 248
sequence length 248
chains with identical sequence B, C, D, E, F
ec nomenclature ec 2.7.1.33: Pantothenate kinase.
pdb deposition date 2007-11-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF03309 Pan_kinase Type III pantothenate kinase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3bf3A01
3.30.420.490 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3bf3A02
2FF3B 2GELA 1HKBA 4BVOA 3BF3A 5FPMA 4BRMA 4M63C 5E84A 3L0QA 4K25A 4QS7A 1QQNA 2P9SB 3L4IA 3R6MA 4BRQA 3ZX0A 1SAZA 5BRFA 5EY4A 4XEIA 2W40A 1GLAG 1XC3A 4XH5A 4BC3A 4DQ8A 2HF4A 3SLCA 3M6GA 3VEVA 4CZLA 1SQKA 4FOEA 3CJ1A 1QZ5A 1BA1A 4FPAA 4BRIA 5AZIA 3UB5A 3WXJA 3MN9A 2P9PB 2VCPA 3HI0A 1SZ2A 1MDUB 3WT0A 4B1XB 4YDUA 3I8BA 3DJCA 2QWQA 1RGIA 2CGKA 5BRDA 4CZFA 3EKUA 2CH6A 1T6DA 2E8AA 2P9LB 3BEXA 5AQOA 1TYQB 4QS9A 2Q97A 4IXCA 4BRAA 2Q0UA 4A62A 1NGFA 4JHDB 2HOEA 3SMSA 4BGAA 3CERA 5AQHA 2P9PA 3RSEB 1KAZA 3A0IX 3IMXA 2V7ZA 1Z6RA 4IZ9A 3H1QA 1K8KB 1E4GT 4JNEA 2AP1A 5BR9A 4FWLA 4FWMA 2P9LA 4Z94A 3FZLA 1X3NA 3CQYA 3FZMA 4PKIA 3CJAA 5AQYA 3ULEB 2VWBA 4EFHA 1IG8A 4MLHA 3VPZA 3H1VX 3MDQA 1NGHA 3R9PA 3LDLA 2GEMA 2CH5A 3VEZA 4BRCA 3H3OB 4FSVA 4DHYA 3U9ZA 4EHUA 2YHXA 1G99A 4H0TB 1K8KA 2P9NA 4O5FA 3GBTA 2E2NA 1ATNA 2A6AA 4H5RA 3VEWA 1NMDA 1S3XA 3O4WA 3ULEA 4BGBA 4WYBA 3WEEA 4H5TA 3VGLA 3A5LC 3DWLA 3B8AX 5AFUA 5AQKA 3FZFA 3FGUA 4H0YB 3MN5A 5ADXA 4BR5A 2QXLA 5LJVA 3WQUA 2YJEA 3CJ7A 3EO3A 1X3MA 4DCHA 2E1YA 4BROA 4B9QA 1NM1A 3CI5A 1GLBG 1P8ZA 1TUYA 2FLOA 2I7PA 5BREA 3MMVA 4H0XB 1V4TA 2ASPA 2HMPA 2FSJA 4CBUA 2A40A 2ZGYA 2D4WA 3ATVA 1WUAA 3U9DA 4BRPA 4H0OA 3MN6A 2V7YA 3VF6A 3FZHA 2IIRA 2F9TA 4FWPA 2Q1NA 3DXKA 1BG3A 2V52B 3WUHA 4M7YA 3VEXA 2P9UA 3AAQA 1NBWA 3HZ6A 3M3ZA 2A41A 1LOTB 4MLEA 4A2BA 3MN7A 4BR2A 2OANA 5AZIB 1QHAA 2F9WA 1HJOA 2IVNA 3CJCA 4GNIA 3QBWA 5KPZA 3QB0A 1NGGA 1GLFO 5TKYA 1GLEG 2A5XA 2P9IA 3ZEUB 1XQSC 3LL3A 2AA4A 4LC9B 1WOQA 4O8KA 3DXMA 5AQTA 4H0VB 4CZGA 3F9MA 1BA0A 5EXWA 5AFUH 3UE5A 4ISGA 3AY9A 5AQNA 3D2FA 3EZWA 5I9EB 5F1XA 5ADXH 4A2AA 3O6WA 4BR7A 5AQUA 1V4SA 3ZEUA 1ESVA 5AQSA 4WQ5A 4CD1A 1ATSA 2GWJA 4E1JA 4RTFD 5LJWA 3HM8A 1NGEA 5AQPA 2E2QA 1C0FA 4PL7A 4FO0A 2YHWA 3C7NA 5B8HA 1NGBA 3H6EA 2H3GX 1GLJO 1ZBSA 2HF3A 2KHOA 3GE1A 2IVOA 4CBWA 2NLXA 4BRLA 5KQDA 3UKUB 5JICA 1HX1A 2QWMA 3I33A 1C0GA 1YVNA 3LDPA 3D2EB 5FPNA 3CJBA 5KPRA 4B1VA 2P9NB 4XH4A 4MO5A 3SK3A 4F9OA 2NRHA 3QICA 1BDGA 1U2VB 3VETA 1RFQA 5CE3A 4WQ4C 5KQ8A 3VENA 3O8MA 3WEEB 5JLHA 3UKUA 3FFKB 3D2EA 2QWPA 3GDQA 4BG9A 3A5MC 2GWKA 2QW9A 1ZC6A 3BP8A 4H5NA 1EQYA 3DAWA 3IUCA 3FZKA 3LDOA 3U8XA 3H3NO 5AQZA 5JLFA 3VGMA 4BRKA 1U2VA 2E2PA 5AZJB 2PAVA 2FSNA 3O1WA 3SMPA 3GOIA 3MK6A 3OHRA 2D0PA 4C23A 5AQIA 2FF6A 3O1BA 1DKGD 4FWQA 3GG4A 1QQMA 4BC2A 1R59O 4BRNA 2QWLA 3O08A 4IJNA 4IWVA 4ISEA 4CZHA 3QBXA 3DXKB 4J8FA 1S22A 1X9JA 4BVPA 2Q0RA 5AZJA 2P9UB 4FPBA 4IO8A 4CZIA 5AR0A 1MA9B 5AQGA 3IFRA 2ASMA 1BO5O 4WQ5C 1BUPA 3UKRA 5AQVA 5BPNA 4AM7A 3CIPA 3ZETB 4WQ4A 4BREA 3EL2A 2ZWHA 1RDWX 1QZ6A 5E26A 2P9IB 1Q18A 4CJ7A 4CBXA 2GUPA 4RCHA 2Q36A 3O80A 1BU6O 1NLVA 1H1VA 4FWNA 4GY2B 3DXMB 4NB4A 1JCEA 2YI1A 4PL8A 2E88A 3D2FB 4JD2A 3QFUA 3LM2A 2DPNA 4FWOA 1CZAN 2EWSA 3ZETA 4CZJA 3CQXA 1J6ZA 2VYPA 1JCFA 2FSKA 1BOTO 4L3QA 5LY3A 2J4RA 3C7NB 3IDHA 3L6QA 2D0OA 4QS8A 3VGKA 1NGJA 1KXPA 3A8YA 1GLCG 2GTDA 4A61A 1E4FT 2ASOA 4EAHD 4B1ZA 4FOIA 3ATUA 4BRGA 3VESA 1XUPO 4M7XA 5ELZA 5AQFA 1D4XA 2Q31A 5EVZA 2ZF5O 3BUZB 2D1KA 1YAGA 3C0BA 2NZTA 1YUWA 1HPMA 1T6CA 3VF4A 4I6MA 4BRDA 3GL1A 3W0LA 2W41A 4H0PA 1HKGA 4H5WA 1NGDA 2UYTA 2E2OA 5BPMA 5AQXA 1JCGA 3TPQA 1MWMA 4BC5A 3VOVA 3QMLA 1IJJA 2P9SA 2QWOA 1NGCA 1GLDG 5FPDA 3CJ9A 4K42A 2WUSA 4NO7A 3TU5A 3R8EA 2CGJA 3VEYA 4ISFA 4B1UB 5AQQA 4H03B 3J8AA 3EN9A 1U6ZA 4Y0WA 3G25A 2V51B 2IVPA 1LCUA 5F0XA 4CI6A 2FXUA 3D7EO 3WXKA 2E1ZA 3A5NC 1NWKA 2P9KB 2QWRA 4H5VA 3P4IA 5FPEA 3VEOA 5JMVA 3ENHA 3U4LA 4B1YB 1TYQA 1DEJA 4DB3A 4FL9A 2Q2RA 3BF1A 5AQMA 3WQTA 3ZX3A 3CETA 4JHDA 5AQLA 2E20A 3UKRB 2YJFA 1ATRA 3RSEA 1KAXA 3HTVA 3ZX2A 5BPLA 1BWFO 4BR9A 3HSCA 1Z05A 4BRHA 3FR0A 2P9KA 4CZKA 3LM9A 4FWRA 4AM6A 5BRHA 4KBOA 1NGIA 2A3ZA 3KZBA 4PKHA 3ID8A 3SJHA 3VF2A 3FE1A 3A5OC 4MO4A 2ITMA 3HBTA 5AQWA 4BG8A 1GLLO 1YXQA 3KVGA 3VERA 1QQOA 4JD2B 4BC4A 1HKCA 3ENOA 4JAXA 1DGKN 4RWTA 4HTLA 3LDQA 2QWNA 2QM1A 2BTFA 2YHYA 4FWKA 4EIAA 5EOYA 5BN9A 4HWIA 1NGAA 1OKJA 3H46O 3FLCO 3WXIA 3EKSA 4IJAA 4FWSA 4BR4A 5F2RA 5AQRA 3CHWA 2ZGZA 2BUPA 4BQLA 5KPTA 4YDUC 3QDKA 1TUUA 3QFPA 3AAPA 4BQZA 3AARA 4CD3A 3MCPA 4BR0A 2A42A 2I7NA 4K43A 4XH1A 3S41A 4K41A 4CZMA 2YCHA 4EHTA 2PBDA 5AQJA 1ZXOA 3JXUA 1MWKA 5BN8A 1HUXA 3M1FA 4CZEA 3LDNA 1Y64A 2CGLA 3JS6A 3W3DA 4BRFA 1KAYA 4B1WB 4I6MB 4JN4A 5EX5A 3O5BA 1HLUA 3KHYA 4PKGA 3WXLA 3H45C 1T44A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2GELA 1HKBA 3BF3A 1OH5A 3L0QA 2HBMA 1UA1A 2P9SB 4EP5A 4BRQA 2O8CB 3ZX0A 1GLAG 1XC3A 4BC3A 4L8RB 4DSEA 3CJ1A 3DM2A 2DFFA 1QZ5A 3NF7A 4AH9A 3ZT0A 4JYAK 1UA0A 3MN9A 3AV9A 1Z26A 3QERA 1NJZA 2OTJN 2KQ2A 3WT0A 4B1XB 3D0PA 4B9TA 4HTUA 4BDZA 2CGKA 4CZFA 4JV5K 1T6DA 3T1AA 4O55A 4LFCK 3TWHA 2Q0UA 4A62A 2XY7A 4E19A 4UQGA 3CERA 2P9PA 1KAZA 4NXNK 3A0IX 4OLBA 1VQ6N 4X64K 2F96A 1E4GT 2JLEA 4JNEA 3CCJN 2BE2A 4PUOA 2P9LA 3O4QA 3MWPA 3NE6A 2QXFA 3KK1A 2P5OA 4KRFA 3AGRA 1IG8A 3K5MA 3RMDA 4MLHA 1YHQN 3LDLA 4N41A 2HW3A 4HCBA 4KH4A 2Y1IA 3H3OB 1VQ8N 4H0TB 1K8KA 4IEIA 4AHTA 1ATNA 4F4KA 2A6AA 1RDUA 3NVMA 3OTOK 4FJIA 3RVCA 3TAEA 1FW6A 3DRSA 4CF9A 3CCVN 3WEEA 3OYFA 1Q81O 3TAPA 3VGLA 3NH2A 4W5OA 5GAHP 3TI0A 3B8AX 3OS1A 3I56N 1I39A 3P31A 3FGUA 3LZIA 2QXLA 1W2BM 3WQUA 2UUCK 3CJ7A 4RW7A 1J54A 4ELVA 1X1PA 4BROA 2RN2A 3VQEA 1NM1A 3CI5A 1GLBG 1TUYA 2I7PA 4I2PA 4H0XB 2ASPA 4JK7A 3O9RA 4OPAA 4CBUA 4BE0A 4FJ5A 1MU2A 2B5JA 1WUAA 3VQCA 3HL8A 3I8DA 4ID5A 4Q5VA 3U9DA 5C15A 1Q9YA 3PY8A 3HPGA 3NF9A 1VQ7N 4M3ZA 4CJVA 1LAWA 4KHSA 1WSHA 2B6AA 4CFBA 3HZ6A 1OVQA 4AILC 4BR2A 3MN7A 4DV1K 1NJIO 3DYAA 3BZCA 1XMQK 2E4LA 2F9WA 1HJOA 3QBWA 4M45A 3CCEN 5C2FA 4X66K 1NGGA 5J1EA 2P9IA 3AO1A 4FK0A 1XNRK 2AA4A 4CF2A 3QEXA 4DFMA 1BHLA 1WOQA 5K14A 3DI6A 5AQTA 4H0VB 1DTTA 1TGOA 5EXWA 4AHRA 1SL2A 1YITN 5AQNA 3K2PA 3D2FA 1BI4A 4LD0A 3RWUA 4CIEA 1NK6A 1BISA 3V9ZA 1NKEA 3KLEA 4F3OA 4NLCA 3MEDA 3OYBA 4JKFA 4WQ5A 4E7IA 4CD1A 1I3AA 5AQPA 4FO0A 2YHWA 4JI6K 5B8HA 5DK5A 4C8OA 1GLJO 3GE1A 4CBWA 4LH5A 3M5RA 4B3TK 5KQDA 3UKUB 5JICA 5T7BA 2QK9A 3LAKA 3UIQA 5FPNA 4R79A 3CJBA 1YTUA 4EZ6A 2P9NB 4GVMA 2OTLN 1IO2A 5FRNA 3FFIA 4B08A 2PZSA 4K0KK 2F7TA 3U3GA 1T05A 3VQ5A 4BG9A 3THWA 3A5MC 2GWKA 1ZBHA 1LWFA 4H5NA 1LWEA 3DAWA 2IGIA 3OYDA 3FZKA 1XHZA 4A5AA 1A5VA 5JLFA 2FSNA 3HRGA 2NUBA 4C23A 2BANA 1DKGD 1RT4A 2IDOA 3SV4A 4DF4A 3GG4A 2W6KA 3QEPA 1R59O 4BRNA 4DMNA 3O08A 4IJNA 2DFEA 4FJMA 1EWRA 2P9UB 4FPBA 4DR7K 1QS4A 1T8EA 5AR0A 1SKSA 4LFBK 4CK2A 1BO5O 1WLJA 4OKEA 3OYNA 2NRZA 4Z4FA 4CFAA 4DG1A 4DR2K 5LMUK 1NJWA 5M1FA 3OYCA 3WXMB 1RT1A 4JI4K 1RDWX 4ILJA 1NKBA 1FJGK 1G15A 3AA4A 4RCHA 3NCIA 1N5YA 4F8RA 1ASUA 1H1VA 4DV5K 4MDBA 2YI1A 1NK4A 2HNZA 5GAGP 2OCEA 1L5UA 1QQCA 2DPNA 1D5AA 1CZAN 1S9EA 1KSPA 3ZETA 2D0AA 4DQPA 3TAQA 2O8EB 2FSKA 2J4RA 5C2DA 4QS8A 1NGJA 4C1NI 4KHNA 2Z1IA 4YORA 4A59A 2KZMA 1YJ9N 4A61A 3SYZA 4LF5K 4B1ZA 4FK2A 4WCEL 3THYB 2WTUA 4BRGA 3VESA 3HYFA 4JKGB 3ZT2A 3OYMA 1BIZA 5AQFA 4E7JA 4H4OA 4JKHA 2ZF5O 3RMAA 3BUZB 3ENBA 1YJWN 1NK7A 1YUWA 1RT2A 3C94A 2KLAA 2Q3SA 3MAQA 2W41A 3LANA 4AHUA 5GINA 1B9DA 4YOVA 1D9DA 2E2OA 4FLXA 4FJ8A 1S72N 3VOVA 3KD1E 3L4QA 4K42A 2R7YA 4RW8A 3TU5A 3R8EA 2CGJA 1QTMA 3NGIA 1RT5A 2PY5A 1B92A 2I5JA 1DTQA 4Y0WA 3AA3A 3HPOA 4DQSA 4JI0K 2V51B 2IVPA 1LCUA 5F0XA 2OPSA 3ZYYX 1RTIA 4U67L 1IBMK 2HBLA 2E1ZA 1NG9A 3E9LA 4YOUA 3HPHA 3U4LA 2D0BA 3E1YA 1TYQA 4AF1A 4DUZK 5HROA 4FL9A 3MEGA 2OYQA 3NDKA 4BWMA 5AQMA 3CCLN 3T7ZA 3AVGA 4JHDA 3TTCA 2E20A 4HUEA 4HVJA 5BPLA 4BR9A 4CGIA 3LP0A 3VQ9A 3L2UA 2BH1A 4O8UA 4Y1DA 4FWRA 4KBOA 4FJHA 3SUOA 4KTQA 3AVAA 2ITMA 3HBTA 3I0SA 4FJJA 4B3SK 3P5JA 1QQOA 3EEQA 1KLMA 4JAXA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 4B1Y B;  1S1T A;  3BF1 A;  1WNS A;  2VG5 A;  3O9U A;  1JJ2 M;  1KVA A;  3RSE A;  1KAX A;  2HVH A;  1UWB A;  3HTV A;  3AO2 A;  1C0M A;  3SBG A;  3HSC A;  4E3S A;  3FR0 A;  4DTJ A;  3LM9 A;  5KI6 A;  3C6T A;  5BRH A;  4ZTF A;  1KTQ A;  2O8D A;  3ID8 A;  3VF2 A;  4U7B A;  1IKV A;  2IS3 A;  1JLB A;  4BG8 A;  4JD2 B;  1SKR A;  2VG7 A;  1DGK N;  1SV5 A;  4CF1 A;  3O9S A;  4FWK A;  1KLN A;  5BN9 A;  1J53 A;  3FLC O;  4FZY A;  4IJA A;  4DF8 A;  3CC7 N;  2BUP A;  1L3U A;  4LF8 K;  3ZSO A;  1JLC A;  4HUG A;  3SPZ A;  4FW1 A;  4CD3 A;  5C24 A;  1K8A O;  3CC2 N;  3J7Y P;  2HBK A;  3NGZ A;  5HRR A;  2A42 A;  3ISN C;  3VQP A;  1S1U A;  1QVF M;  3JXU A;  3Q7B A;  1WAJ A;  2HHT A;  5FDL A;  4CZE A;  3HJF A;  2VQF K;  1Y64 A;  3JS6 A;  3EY1 A;  3CCU N;  1LW0 A;  5IT9 O;  2X74 A;  4JEP A;  4I6M B;  1NK8 A;  4LY7 A;  3KHY A;  1JLA A;  2UXB K;  4PKG A;  2G8K A;  3O3G A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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