3ULDA

High resolution structure of dna/rna hybrid in complex with rnase h catalytic domain d132n mutant
Total Genus 40
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
40
sequence length
133
structure length
133
Chain Sequence
EEIIWESLSVDVGSQGNPGIVEYKGVDTKTGEVLFEREPIPIGTNNMGEFLAIVHGLRYLKERNSRKPIYSNSQTAIKWVKDKKAKSTLVRNEETALIWKLVDEAEEWLNTHTYETPILKWQTDKWGEIKADY
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title RNA/DNA hybrid in complex with RNase H catalytic domain mutant D132N
rcsb
molecule keywords Ribonuclease H
molecule tags Hydrolase/rna/dna
source organism Bacillus halodurans
total genus 40
structure length 133
sequence length 133
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2011-11-10
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3uldA00
4DQRA 5I42A 3OS2A 2KW4A 4MFBA 4B9NA 2X74A 1KFDA 4FYDA 1Y97A 3DLKA 4BWMA 3NCIA 3TI0A 2Z1HA 4CIEA 1XI1A 3RRGA 2B4JA 1RT6A 1S1VA 3LP2A 4KKOA 4DQQA 3SQ1A 1T03A 1CXUA 1RTJA 4N5SA 1C0UA 4KB1A 2KZMA 3OYJA 4PQUA 1O1WA 3QIOA 4H8KA 4CJUA 4FM2A 3E01A 5C25A 3V9WA 4FZYA 2KQ2A 4KAZA 3P83D 2KTQA 4CEDA 1BGXT 1G15A 3CFRA 1C0MA 3S9HA 1T8EA 3AO4A 4LSLA 4FW2A 1MU2A 1WSEA 1NJYA 1NK0A 3OJUA 3SQ0A 1I39A 4KPYA 3PV8A 3RR7A 2HHSA 1HYSA 1RNHA 2OPQA 1BISA 3L8BA 3AVKA 3NDKA 2HB5A 3OYLA 5EU7A 2PYLA 2PZSA 1X1PA 1L3UA 2G8IA 1EETA 1C1BA 5KGWA 1Z26A 3L2QA 4CESA 1KVAA 3DYAA 4AHUA 2P1JA 3VA0A 1LAVA 4E1NA 1TK5A 2P5OA 3U6FA 4CGGA 4JS5A 1NKEA 2ZD1A 2E6MA 4FJ9A 4OLAA 2HHXA 4B9LA 3F73A 1N6QA 2X78A 2EX3A 3ULDA 5HRSA 3OJSA 1WNSA 3TAGA 3HPHA 3JSMA 4CJQA 3MXIA 2G8FA 1JXBA 3P1GA 3WNFA 4CF0A 3TAFA 1U49A 4CK1A 4CF9A 4KB0A 3SV3A 3QEWA 4CF8A 3BDPA 3QNNA 1HQEA 3KK3A 1WSFA 1WLJA 2ZQBA 3C94A 4OKJA 5DMRA 4CEOA 1BIUA 4CJTA 1IKWA 4CERA 5D3GA 3AVAA 4EP4A 3AVHA 2OA8A 4Y1CA 2VG7A 2XHBA 4KREA 3O4QA 3OYBA 4EZ6A 4DS4A 2QKBA 3SUOA 1NKCA 4M3XA 3VQEA 3OS0A 3OYGA 3ZT1A 4DTXA 1SKSA 4CHQA 5J1EA 4EZ9A 4Z4IA 3AVMA 3V9ZA 1UA0A 4BDPA 4FK2A 4E1MA 1EKEA 3IG1A 2D0AA 3O3HA 4CJVA 4Q0BA 2HHTA 4CK3A 1C6VA 2GBZA 1RBSA 2F8SA 1SV5A 1VSKA 2RPIA 1LAWA 4F4KA 3DM2A 3B6OA 3RR8A 1YTUA 1WAFA 2HNDA 4F3OA 1SKWA 4LD0A 3SZ2A 4KFBA 1J53A 3DLRA 1KRPA 4PUOA 3NF9A 4XIUA 1JL2A 1YTAA 2IS3A 1LV5A 3SPYA 4CF1A 1VRUA 4OGCA 4BACA 4E3SA 3TAQA 3OYAA 1BL3A 4N56A 3DMJA 4MQ3A 4CHPA 4OKKA 4ZHRA 3AV9A 2IC3A 2Y1JA 1RDBA 4CGDA 1VSJA 2ITGA 2YNHA 2W42A 1R0AA 1EXQA 4B9VA 4C8OA 3I0SA 4UQGA 4FK0A 1UWBA 2RKIA 3FFIA 4AHCA 4FJ8A 1W9HA 3ZT3A 4CHZA 4NCBA 3ZSQA 2G8UA 4FLYA 4FLVA 4M3TA 5KTQA 4JS4A 1VSIA 1BQMA 5I3UA 4FZXC 3HPGA 2Z1JA 3JYTA 1RDAA 2OPPA 3LAKA 4KHYA 2DTUA 3SPZA 4E7LA 3RMCA 1KVBA 1LWFA 2EHGA 4WE1A 3VQ8A 3OYCA 3TABA 3SJJA 4BE1A 2O4GA 2VG5A 4KTZA 1BI4B 4H4MA 3NH1A 5HROA 1RT5A 1QSLA 1IG9A 5J2PA 1RT2A 1RBVA 1ZBUA 3NH2A 1D5AA 3QERA 5HP1A 4N76A 2HHQA 2Z1IA 1RTHA 2P5GA 4B9SA 4F2RA 3ZSRA 4FLWA 4IKFA 4LY7A 3HVRA 4CGIA 5KGXA 4DSLA 3OYEA 4PA1A 3AA4A 2BANA 3DOKA 5K14A 4CJKA 1X9WA 3D45A 1ASVA 2JLEA 3NHGA 3HL8A 4O44A 3L3UA 4E7JA 3C6UA 1U45A 3K5NA 1UAXA 3TAPA 1T05A 4OKEA 3MEDA 4RW4A 4DWIA 3KTQA 1GOCA 3QO9A 3NF8A 1CXQA 4IG0A 1XHZA 3UIQA 2Q3SA 4JLHA 4CJPA 1XHXA 3K59A 1EX4A 1FKPA 3WNHA 4LSNA 3HVTA 4E7HA 3L2RA 1RCHA 3BGRA 3AA2A 3KLIA 4OVLA 2Y1IA 3RMDA 1S6QA 2PYJA 4L8RB 4DMNA 2WOMA 2FBTA 5CYQA 4DLEA 4FM0A 4KI4A 3K5OA 1VSDA 2X6SA 4CJSA 1RBUA 3NBPA 3SQ2A 3THVA 3A2FA 3SCXA 4DFJA 1VSLA 3SV4A 3S3NA 4E0DA 3DLEA 3HP9A 1FK9A 1QSYA 5SZTA 2VG6A 3VQ5A 3AVJA 3M8SA 3OYIA 1B9FA 3NAEA 3EY1A 1HPZA 3T1AA 2R7YA 4FLTA 2B6AA 4CJLA 4K8XA 3AVGA 3SQ4A 2YHBA 3RRHA 2GUIA 1NKBA 3TR8A 4ELUA 3V81A 2DFEA 4YNQA 4EP5A 1HJRA 1SL2A 1WSIA 2VWKA 3QINA 4HVJA 4DTPA 4NCGA 3PO5A 4M3YA 3IRXA 4CJWA 1HQUA 4DU4A 4CJ5A 4CCHA 3B6PA 3CM6A 3IS9A 2I5JA 4B08A 2HVHA 4O55A 1TVRA 4CFCA 3O4NA 1Q9XA 3CG7A 3VQAA 3I8DA 1LWCA 2LSNA 2HHUA 2XY5A 1LW0A 4NYFA 4DTNA 1C1AA 3AVNA 3CFOA 2RF2A 3VQ4A 3KLGA 3EYZA 4DTOA 1TK8A 3CM5A 4IDKA 1HYVA 4B9TA 3KD5E 4M3WA 1FKOA 2B5JA 1A5XA 4C8NA 3QEIA 2QKKA 1TAUA 3OS1A 4DFKA 4CJ4A 3KLFA 4W5QA 3OYHA 3OYKA 4I9LA 4C8LA 5CYMA 3NGZA 1NJZA 2DFFA 3KLEA 1U04A 4CFDA 4FJKA 5JS2A 3SI6A 3LP3A 1A5WA 4J2EA 3LAMA 3WNEA 1BIZA 4HUGA 4FLXA 2QK9A 4HUEA 4ID5A 3L2VA 1Q8IA 4F2SA 4DTJA 4OPJA 3HPOA 4I9QA 1KCFA 3OVNA 3RMAA 1KSPA 3ALYA 1A5VA 4E7IA 4AILC 4F8RA 3S3MA 3PY8A 1ZBIA 1D9DA 4HHTA 2FBYA 5FROA 4CJRA 2BGGA 3QNOA 1S9EA 1HYZA 1RTDA 1T7PA 4DFMA 1NK6A 1TL3A 4ID1A 4IBNA 2OYQA 2D5RA 4DU3A 3PX4A 3C95A 3K57A 2DY4A 3HYFA 5HBMA 4AHVA 4GVMA 4CJ3A 4O0JA 3V9SA 4FZZA 4KI6A 3VQPA 1S1WA 1NK7A 2AJQA 4OJRA 4DFPA 1RT7A 3AVBA 3AVIA 4FJMA 3G10A 1NK9A 3QEXA 1ASWA 3VQ9A 1J54A 3P5JA 5DK5A 3VQQA 3LPTA 4JRPA 1DTTA 2E6LA 4FK4A 4PWDA 1TKZA 3AVLA 1QSSA 5KI6A 4FXDA 3ZCMA 1F21A 3OYFA 1YVUA 1RILA 2Z1GA 3DLHA 3AVCA 1DTQA 2YKMA 3M8RA 3KK1A 4DQSA 1DLOA 1L3SA 4CEFA 3G0ZA 1B92A 4PY5A 3VQ6A 1JLEA 3O3FA 3VQDA 4FW1A 4CFBA 3HXMA 1SUQA 3NGYA 4E7KA 1VK0A 3KLHA 2YNGA 3HO1A 1Q9YA 5J2MA 4RW7A 3AO2A 1S6PA 3VQBA 3ZT0A 5CZ1A 2XO7A 3QETA 4J2DA 3T19A 1TKTA 4ELTA 4M3UA 2E4LA 3LALA 3LANA 4HCBA 3QLHA 3LP1A 3VQCA 1BQNA 4B8CA 5C42A 1NK4A 1NJXA 1C0TA 4W5OA 4FJJA 4GW6A 2G8VA 4B9UA 3DRRA 3ZT2A 1J5OA 3ITHA 1IKVA 3ZSYA 4CFAA 4CK2A 1N5YA 1VRTA 3S3OA 1VSFA 4BWJA 4KHNA 2FBXA 3K5MA 4M3RA 4HTUA 1U47A 1U48A 4KTWA 3ZSZA 4CGHA 1RT3A 4CIFA 3U3GA 3LWLA 3EZ5A 3ZT4A 3V4IA 2WONA 1QQCA 4B9MA 3MEGA 3RMBA 2KZZA 1LW2A 1S1TA 3L3VA 4C8MA 3NH0A 1NOYA 1TKXA 5J2QA 3HSTB 1S1XA 4CGFA 1QHTA 3KJVA 3OYMA 1XC9A 1BI4A 3ZSXA 3D0PA 3PX0A 4N41A 3DOLA 4M45A 4Z4HA 5CZ2A 2OPSA 4M3ZA 5C24A 2BE2A 1VSHA 1VSEA 3KKSA 4Y1DA 3K2PA 5FRMA 4B8AB 2A1RA 3LWMA 4BDYA 4KHSA 5FDLA 2FBVA 1CLQA 5HRPA 1SL1A 3LDSA 3TARA 4BE0A 1ZBHA 4ZTFA 2OPRA 1JLQA 3SYZA 3CQ8A 2OZSA 3KK2A 3V9UA 1WN7A 4KRFA 1SL0A 4FJXA 3OYNA 1TGOA 3DLBA 2IGIA 3ISNC 3KD1E 1D9FA 4BDZA 1WSJA 3T3FA 2O4IA 1EP4A 3AO3A 4W5TA 4BE2A 2YV0X 4DTRA 1FXXA 3MEEA 1CZ9A 1TKDA 4Q5VA 2HNZA 4Z4CA 4FJLA 3SUPA 1NK5A 4FCYA 5CY4A 3V1RA 4IG3A 2G8KA 4AH9A 1J9AA 4ZTJA 3H08A 1RT4A 1JLFA 4FJ7A 2HHVA 4DSIA 4J2AA 2P51A 3NE6A 2IDOA 4DTUA 5FRNA 2HVIA 4QAGA 4KHUA 1RBTA 2A1SA 4KV8A 1HNIA 4CHYA 5KRTA 2OZMA 4KHQA 4CEQA 4DS5A 2YNFA 2IAJA 4GMJB 1IO2A 2D0BA 1HRHA 4O4GA 1L3VA 1KLNA 3M8PA 3VA3A 1WAJA 3AO1A 1UOCA 4AHTA 1IKYA 4FJIA 1S9GA 1TL1A 3MAQA 4CF2A 1JKHA 3DRSA 4DSJA 3LPUA 1ASUA 5HRNA 4KHWA 2JGUA 4O5BA 3L2WA 3HT3A 1W0HA 2NUBA 2FC0A 3MECA 4RG8A 4CE9A 1TV6A 4DLGA 1BCOA 2ETJA 3ASMA 1IH7A 4DQPA 2DFHA 3V1QA 1QE1A 3AA5X 3TWHA 3RWUA 1BHLA 3TAMA 4C8KA 2D0CA 3HM9A 2ZE2A 4N47A 3PUFA 3ZSOA 3V6DA 4ELVA 1REVA 3AA3A 3NF6A 4Z0UA 4JRQA 3VQ7A 4K8ZA 1U4BA 1X9MA 2KFNA 3ZSVA 3CYMA 5JS1A 3M8QA 4DTSA 1ZBLA 1K6YA 1BCMA 1RDDA 4KO0A 4YFUA 1KTQA 1LWEA 1JL1A 2HNYA 3C6TA 4CHNA 3IAYA 4AHRA 2RN2A 1JLAA 2IOCA 4DG1A 5KRSA 4CJFA 1KFSA 1UA1A 2YKNA 4DTMA 2ATQA 1WSHA 1VSMA 4I2PA 2KFZA 1JLCA 1GOBA 4RW6A 2YHAA 3MXJA 4CIGA 2XY6A 3DRPA 3DI6A 4DSFA 2HMIA 1QTMA 2XRIA 3CFPA 4DQIA 4CHOA 3K58A 1ZBFA 4DF4A 1X9SA 4HUFA 1JXEA 3KKRA 4H4OA 4AHSA 3KIOA 3PO4A 1B9DA 3K5LA 3V1OA 3HP6A 3SUNA 2GV9A 1XWLA 3ZSWA 4FLUA 3VN5A 3QEPA 4Z4EA 5E41A 4QCLA 4G1QA 4HCCA 1IKXA 4I7FA 4FJGA 4NCAA 1RT1A 2G8WA 3LZJA 4OLBA 1CZBA 4M41A 3U3YA 4FVMA 1C1CA 1NOZA 1GOAA 3AVFA 4CEBA 4R5PA 4OPKA 5HLFA 4DF8A 5HRRA 1RDCA 4DSEA 2PY5A 1HNVA 2F8TA 5SWMA 3DLGA 4M42A 1RTIA 3HK2A 5T7BA 3TAEA 4TSXA 2HW3A 3OYDA 3NGIA 4F3TA 2XY8A 1I3AA 3OY9A 4CECA 4CJEA 4QOZB 4W5NA 4RW8A 3AO5A 4CEAA 2YNIA 4RW9A 4IFYA 4E19A 1YT3A 3LZIA 3V9XA 3SUQA 3LP0A 5J2NA 3HJFA 1D8YA 1KVCA 1S1UA 1RBRA 1QS4A 1WSGA 4O0IA 4DU1A 4IFVA 2VWJA 1TAQA 1TK0A 4CGJA 3RTVA 4FJ5A 4LH5A 4Z4FA 4KTQA 1KLMA 4DSKA 4NYNA 4ICLA 3TANA 1NK8A 1HMVA 1JLBA 3F9KA 3NF7A 4E89A 3O3GA 1Z25A 4FJHA 2BDPA 4B3OA 1L5UA 3L2UA 2HHWA 4CEEA 3SNNA 4OGEA 1SKRA 2X6NA 4I2QA 2XY7A 2G8HA 2QXFA 3QEVA 3QIPA 4W5RA 4CEZA 1ITGA 3NFAA 4FM1A 1ZYQA 2F96A 1NJWA 4FLZA 1L3TA 4J2BA 3QESA 3PX6A 1JLGA 4FJNA 4Z4GA 3MXMA 3WNGA 3I0RA 4LH4A 1S5JA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1HNWK 2KW4A 4LFCK 1MA9B 4BWMA 3TI0A 4CIEA 4L3QA 2B4JA 3LP2A 4WQ5A 1T03A 2KZMA 4KB1A 4N5SA 4IDHA 1O1WA 1ZXOA 5C25A 3BZCA 2KQ2A 2V51B 4CEDA 1BGXT 1G15A 3CFRA 3LDNA 4GNIA 4CW7B 3S9HA 3AO4A 4LSLA 1MU2A 2JWKA 2CGLA 4E1JA 5EVZA 4B1WB 4KHPK 3L4QA 1RNHA 4IEIA 2HB5A 3W0LA 5EU7A 2W6KA 3U8XA 1VQON 1OKJA 4PKIA 1L3UA 4BC2A 4PL7A 4DV1K 4CESA 1KVAA 4PHTX 1LAVA 2P5OA 3UKRB 3U6FA 4CGGA 2ZD1A 4OLAA 2HHXA 3VTHA 5GIPA 2X78A 2KKZA 5HRSA 3TAGA 2G8FA 1JXBA 1WB9A 4CK1A 4KB0A 4CF8A 5AZJA 3BDPA 1HQEA 3KK3A 3QICA 2WBNA 4CEOA 1BIUA 5D3GA 3J8AA 3VENA 3VETA 4IOCL 3AVHA 2OA8A 1JCFA 3O4QA 2OANA 3SUOA 1NKCA 1SKSA 3Q7BA 5J1EA 4Z4IA 3AVMA 2O8BB 3V9ZA 1UA0A 4BDPA 4FK2A 4E1MA 1EKEA 3N4QA 4CJVA 4Q0BA 4DUYK 1SV5A 1LAWA 4F4KA 4X66K 2HNDA 3BF3A 1SKWA 3M1FA 1W7AA 1J53A 1KRPA 2ZF5O 1YTAA 1LV5A 3TAQA 1VRUA 4KH4A 3LM9A 1QQOA 4N56A 4CZMA 1QQMA 3AV9A 4B9VA 4CGDA 4FK0A 1EXQA 3CMEN 1W9HA 3ZT3A 2G8UA 4FLVA 4DHYA 1MDUB 4ISFA 3HPGA 1RDAA 4KHYA 3SPZA 5F2RA 3VQ8A 4WQ4A 1HPMA 3MDQA 2A3ZA 1RT5A 5HL7L 5J2PA 3QERA 2P5GA 4F2RA 4B9SA 4FLWA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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