3ULDA

High resolution structure of dna/rna hybrid in complex with rnase h catalytic domain d132n mutant
Total Genus 40
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
40
sequence length
133
structure length
133
Chain Sequence
EEIIWESLSVDVGSQGNPGIVEYKGVDTKTGEVLFEREPIPIGTNNMGEFLAIVHGLRYLKERNSRKPIYSNSQTAIKWVKDKKAKSTLVRNEETALIWKLVDEAEEWLNTHTYETPILKWQTDKWGEIKADY
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords Ribonuclease H
publication title RNA/DNA hybrid in complex with RNase H catalytic domain mutant D132N
rcsb
source organism Bacillus halodurans
molecule tags Hydrolase/rna/dna
total genus 40
structure length 133
sequence length 133
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2011-11-10
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3uldA00
1RTIA 2P1JA 1S1UA 4B9MA 4HCCA 4Z4GA 3AVMA 1BI4B 3ZSOA 4DWIA 4FLUA 4DTXA 4AHSA 2VG5A 4OKKA 4CJSA 2ZE2A 4F2RA 3V9SA 4O4GA 3ZT0A 1IKVA 3V9UA 3RMAA 1XHZA 3OS0A 4DTJA 1JXBA 4BE1A 1SKRA 2ZQBA 3HXMA 2F96A 2VG6A 3JSMA 4FXDA 1KTQA 1RBSA 4RW7A 1HPZA 4YNQA 3O3HA 3KLFA 3S9HA 2G8HA 4B9UA 2KTQA 4FZXC 4KO0A 2XY7A 1JLCA 2OPQA 5E41A 1SL0A 4KHUA 3LALA 2Y1JA 1NKCA 4RW8A 3K58A 3KJVA 1FXXA 1NOYA 3RMBA 4BACA 4J2EA 1ZBLA 2DTUA 4CIFA 1A5WA 2EX3A 3C95A 1JL2A 5I3UA 4ZTJA 1TKTA 4NCGA 4DTMA 1SKSA 1TK8A 3RR7A 4M3UA 1GOBA 3VQ9A 1X9SA 4E0DA 2OZMA 2YNGA 1D9DA 4CJ4A 1UAXA 3KD1E 3VQQA 3ZSVA 4HCBA 3V1QA 3KTQA 4KHSA 4RW4A 2HVHA 4FJLA 3OYGA 4I9QA 3TAMA 1WSGA 2RN2A 3KLGA 3AVIA 4W5RA 2G8IA 4Z4EA 4CFBA 4CK3A 4DU1A 4ID5A 1U45A 3QEXA 1ASWA 3QINA 1T8EA 1S6PA 3VQAA 5C25A 3VQ6A 4DSLA 1BIUA 3CFPA 3SZ2A 4CERA 4E7LA 1L5UA 1C1AA 2DFEA 3C94A 4Y1DA 3NH0A 1RT5A 4PQUA 3DLBA 1JLEA 4FJ8A 4F3TA 2IGIA 2YKMA 3I8DA 1U49A 1JLAA 5J2NA 1DTTA 3MEDA 1BHLA 4CF0A 2YHAA 3AVCA 5HLFA 1QSLA 1MU2A 4KHNA 4M3ZA 2YNIA 3U3YA 4DSFA 2B6AA 3DLEA 4DTSA 3S3NA 2FBTA 5JS2A 4Z4CA 4CJWA 3K5MA 4E7HA 4K8XA 1NK5A 3AA4A 5KRSA 1J54A 3VQ4A 1BL3A 2NUBA 2G8WA 2HHVA 4QCLA 3ZSQA 3AVBA 2OPPA 4AILC 1NJZA 4CHQA 4C8LA 4FJHA 4FLTA 1KLNA 4CFCA 3LZJA 1LWEA 2QKBA 3MXIA 3PY8A 2O4GA 3AV9A 1JLGA 1FKOA 4JLHA 3JYTA 1T03A 3SV4A 4F3OA 4FJ5A 1RCHA 4KB0A 4DFPA 2D0BA 4M45A 3DRSA 2GBZA 3SYZA 4DQIA 4GVMA 3LANA 1LW0A 5FDLA 3AO5A 4CK1A 3CM5A 1TAUA 2OPRA 5HBMA 3PV8A 3IS9A 4F2SA 3SPZA 1N6QA 4OLAA 4CEQA 4ZTFA 4DG1A 1VK0A 1NK4A 3T1AA 1EP4A 4C8NA 4E1MA 1NKBA 4ELTA 2JGUA 1ZYQA 3A2FA 4CFDA 1TGOA 1EXQA 3V1RA 1NK8A 1T7PA 1S9GA 3E01A 3VA0A 3SPYA 2X74A 3V9ZA 4KAZA 4K8ZA 4KTZA 1J53A 3NE6A 2D5RA 1Q9XA 4NYNA 3NF8A 2KZMA 2D0AA 3TAGA 1RTJA 4FK0A 2IDOA 1EX4A 1QE1A 4M41A 2HMIA 2P5OA 2RF2A 3C6UA 3SQ2A 3OJUA 4CJFA 3K59A 4CJKA 4FJIA 3O3GA 4IFYA 4CJ3A 1S6QA 3VA3A 3HSTB 4R5PA 3KD5E 4I2QA 3ISNC 3AA2A 1J9AA 1EETA 1D9FA 4DSIA 4J2AA 4FK2A 4Z4IA 3VQPA 4AH9A 3QERA 1LV5A 3PO4A 5FRNA 2HHXA 3QEWA 1BGXT 3HPHA 2YNFA 1N5YA 4RW6A 3SQ4A 3O4NA 3TABA 1Y97A 1LWFA 1SUQA 4M42A 5C42A 2QXFA 2X78A 3TI0A 5DMRA 3ZT4A 3OVNA 1HQEA 5CY4A 2HHQA 1Q8IA 3KKSA 3ZCMA 1RDAA 4JRPA 2BANA 2XY5A 1QSSA 4WE1A 4FYDA 1G15A 3DLHA 4IFVA 3SUNA 3KKRA 4IBNA 1D8YA 3AO4A 1BQNA 1S1TA 3M8RA 3UIQA 3T19A 3LDSA 4CJEA 5J2QA 3PO5A 3CG7A 3D45A 2ITGA 4CGJA 1JLQA 2BDPA 1IG9A 1A5XA 4CHYA 1S1VA 1C0TA 1WLJA 5FROA 3WNFA 5KTQA 3THVA 2OPSA 4FM2A 4CEDA 3ALYA 3L2RA 3NAEA 3TAPA 1KRPA 2G8FA 2B5JA 2G8VA 1T05A 4Z0UA 1UWBA 2E4LA 1C6VA 1RDDA 2VG7A 3L2UA 1ASVA 3QIPA 4HVJA 3K5NA 4YFUA 3K57A 1ZBHA 4KPYA 4B9SA 4N76A 4KHQA 1TKXA 1C0UA 3NH1A 3AO3A 4M3RA 1W0HA 4CEAA 3ITHA 5HP1A 4FJJA 2BGGA 4CJ5A 5CYMA 4CE9A 3RWUA 4CF1A 3F73A 4B08A 3TANA 1KVAA 1JXEA 4C8OA 3L3UA 4OVLA 1NOZA 4DTUA 1IH7A 1YT3A 1B9DA 1SKWA 4J2DA 4W5OA 1TL3A 4KKOA 1ASUA 4KTWA 3RTVA 1UOCA 1WSFA 3VN5A 1NJWA 2W42A 1B9FA 4O0IA 4HUGA 3HPGA 3TAEA 4FZZA 2E6MA 3EY1A 4FLWA 4DQRA 2YHBA 3AVKA 1U47A 1SL2A 4LSLA 3WNHA 1S1XA 4JRQA 4DTOA 4BDPA 1I3AA 1JLFA 1HRHA 3HM9A 1IKXA 3HP9A 1D5AA 3KIOA 3VQCA 3DLKA 3QO9A 1U48A 3ZT1A 3LP0A 5K14A 3TAQA 1Z25A 4W5QA 4W5NA 4O5BA 2HHSA 4AHVA 3P1GA 4BE0A 1NK0A 3O4QA 3LWMA 2G8UA 3DI6A 3C6TA 1ZBFA 4B8CA 3HJFA 1TKDA 1QS4A 4N41A 4Z4HA 1HMVA 3T3FA 3SUOA 4C8MA 3AVNA 3HK2A 4OGCA 1LAWA 2Z1HA 4FW1A 1W9HA 3OS1A 4PWDA 1NJYA 1CXQA 4Q5VA 3V6DA 3K5OA 2PYLA 4E7KA 4FVMA 1O1WA 1REVA 3VQDA 4O55A 4BE2A 5JS1A 5CZ2A 3OY9A 4H4MA 3DM2A 1IO2A 1QQCA 2E6LA 1LW2A 4LD0A 3NDKA 4DQQA 3SUQA 1XI1A 1VSFA 3PX6A 4CF2A 4CESA 1WSJA 3AVLA 3DRRA 2XY6A 3BDPA 3RRGA 3ZSXA 1JL1A 3L2WA 1BISA 4DTPA 4QOZB 4OKEA 3RMDA 1RBRA 1VSIA 4CJQA 3WNGA 3B6PA 4CJUA 4DSEA 3SQ1A 2QKKA 4KV8A 3DYAA 4CHNA 3HVRA 2YNHA 3OYDA 3DLGA 4FLXA 3L2VA 1X1PA 1RBUA 1RT7A 1RT6A 3QETA 3FFIA 3P83D 4FJGA 4CEOA 4ZHRA 1NK7A 4OPJA 5KGXA 4EZ9A 1KSPA 1BI4A 1SL1A 3CM6A 1RT3A 3MECA 3HYFA 3NHGA 4BDZA 4DFKA 3V9XA 3PX4A 1WAJA 1TAQA 1L3TA 2IAJA 2YKNA 2ATQA 2YV0X 3MEGA 4BWJA 4CEEA 4FLZA 3OS2A 4FJKA 3QEVA 3VQ8A 4B9VA 4LSNA 1IKWA 2X6NA 4B8AB 3WNEA 4RW9A 4Q0BA 1TVRA 3IRXA 2IC3A 4DLGA 4M3TA 2XY8A 3ULDA 5J1EA 5KRTA 3KK3A 3AVHA 2GV9A 4PA1A 2LSNA 4IDKA 4OGEA 4CIGA 1RNHA 4UQGA 1ITGA 1S9EA 4E89A 4FW2A 4GMJB 4FM1A 4DTNA 1K6YA 3I0RA 3TARA 3G0ZA 2HNYA 4OKJA 4MQ3A 4CEZA 1SV5A 3HT3A 1X9MA 3AA3A 2RKIA 1S5JA 3CQ8A 4IG0A 4FJ9A 1HYVA 3ZT3A 1HYSA 2R7YA 4BDYA 1BQMA 1TL1A 3LPTA 4E7JA 1EKEA 3VQ7A 4CJVA 1RT4A 1BIZA 1HQUA 4DQPA 4DQSA 2KFNA 4KHWA 3KK1A 3MAQA 2F8TA 3NH2A 1IKYA 1B92A 3V1OA 4CF8A 3M8QA 5SZTA 1QSYA 3OYLA 1HNVA 4PUOA 3OYFA 4CJRA 3ZSYA 5I42A 3G10A 3S3MA 3AO1A 3EYZA 2PY5A 4M3YA 3SUPA 4B9NA 3SQ0A 3AVFA 2A1SA 1YTAA 2XRIA 1HJRA 3DLRA 3MEEA 3MXJA 5HRNA 1VSJA 4E3SA 4KHYA 3AA5X 3HPOA 2IOCA 4DSJA 4E19A 1KFDA 3AVGA 1WAFA 2VWKA 3OYBA 3KLHA 3S3OA 1CZBA 1VSHA 4CGIA 1YVUA 4ELUA 4KTQA 4KI6A 4I9LA 2VWJA 4FM0A 2PZSA 1WSIA 4AHTA 3B6OA 3QLHA 2BE2A 4CFAA 3TWHA 1QHTA 1RTDA 1XHXA 4DTRA 4KREA 4LY7A 3QIOA 3V4IA 1RT1A 2HB5A 3ZSRA 2RPIA 4EP4A 3HO1A 4DF4A 4G1QA 3TR8A 3V81A 4GW6A 2DFFA 3DMJA 5HRPA 5D3GA 3U3GA 1XC9A 3PX0A 4F4KA 4E1NA 1XWLA 3EZ5A 3AVAA 5C24A 3LP3A 4B9LA 2FBYA 3VQBA 2IS3A 3NGZA 4BWMA 4KFBA 3QNOA 4CJPA 2Y1IA 4KI4A 2QK9A 1YTUA 4MFBA 1U4BA 1RDCA 4LH4A 2FBXA 3SV3A 3PUFA 4IKFA 2HVIA 1L3SA 2KW4A 3CYMA 3VQEA 3SI6A 5EU7A 4F8RA 1WSHA 4DF8A 4ID1A 4E7IA 1TK5A 4AHRA 1KCFA 4DU4A 3QNNA 4B9TA 3BGRA 4CJLA 4DMNA 3OYNA 2HNDA 4KB1A 1NKEA 4JS5A 1CXUA 1VSMA 4QAGA 5CZ1A 1TKZA 3DOKA 4AHCA 2GUIA 3NF6A 3K5LA 4FLVA 1JKHA 3RRHA 1NJXA 2AJQA 1C1CA 4I7FA 4TSXA 3HP6A 3HL8A 1VSEA 4I2PA 4H8KA 5HROA 1BCMA 4DLEA 4DU3A 3AO2A 1CLQA 4CGDA 1RBTA 2KQ2A 3F9KA 4PY5A 1RT2A 2PYJA 3TAFA 3OJSA 3NGYA 3SCXA 5J2MA 4FZYA 1UA1A 2OA8A 4HTUA 4N5SA 3RMCA 3NCIA 3K2PA 1A5VA 1U04A 2FBVA 3LPUA 2ZD1A 3AVJA 3LP2A 3OYHA 5J2PA 1X9WA 4NCBA 4FJNA 4FK4A 3RR8A 4B3OA 2DY4A 4M3XA 1DTQA 5DK5A 4CGFA 3QESA 4W5TA 2OYQA 3NF9A 1VSDA 2JLEA 2KZZA 2WONA 4RG8A 1FKPA 3ZSWA 4FJ7A 4L8RB 3CFOA 5CYQA 3CFRA 1BCOA 1VRUA 2ETJA 4ICLA 1CZ9A 4DSKA 1RTHA 1JLBA 2OZSA 4CK2A 5FRMA 1RBVA 2Z1GA 1KVBA 3DRPA 4HUEA 4CF9A 4FJMA 4J2BA 2F8SA 2Q3SA 4H4OA 1VSLA 1L3VA 3LAMA 3ASMA 2DFHA 4XIUA 1C1BA 2FC0A 2HW3A 1WNSA 4CGHA 4DFJA 1TV6A 4CECA 5T7BA 1UA0A 3HVTA 1WSEA 4C8KA 3LP1A 4JS4A 5KI6A 3QEIA 3NFAA 3ZSZA 4CHOA 4HUFA 4HHTA 5KGWA 4IG3A 1QTMA 1FK9A 3NBPA 4O44A 4EP5A 4OPKA 1VSKA 3KK2A 4Z4FA 4NYFA 1TK0A 1RILA 1R0AA 3L2QA 3NF7A 3LWLA 4CCHA 2I5JA 2Z1JA 3QEPA 2WOMA 4CHZA 1HYZA 4CJTA 3H08A 4CEFA 1GOCA 4OJRA 5SWMA 3OYEA 3V9WA 3IAYA 1F21A 4FJXA 3NGIA 3OYIA 4DS4A 1Q9YA 3SJJA 3KLIA 2P5GA 1DLOA 4ELVA 4Y1CA 1LWCA 1Z26A 3OYMA 4O0JA 3M8SA 3I0SA 1ZBUA 2Z1IA 3U6FA 4EZ6A 4DFMA 4NCAA 3VQ5A 3OYKA 4CIEA 4FLYA 3OYCA 3KLEA 3L8BA 3LZIA 1HNIA 2D0CA 3L3VA 2O4IA 1GOAA 1NK9A 1L3UA 3ZT2A 4AHUA 4CGGA 2EHGA 5HRSA 1ZBIA 3OYJA 1KVCA 3M8PA 1LAVA 1WN7A 5HRRA 2B4JA 4OLBA 2XHBA 3P5JA 2P51A 4DS5A 1S1WA 3LAKA 4CHPA 4KRFA 1I39A 2A1RA 1J5OA 2HHWA 2HNZA 2HHUA 4N56A 2G8KA 1VRTA 4LH5A 4N47A 4FCYA 3IG1A 1KFSA 1C0MA 2KFZA 2XO7A 3D0PA 3SNNA 1KLMA 2HHTA 4M3WA 1RDBA 4CEBA 3O3FA 3DOLA 2X6SA 1NK6A 3MXMA 3OYAA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1RTIA 4B9MA 5M1KA 3RVCA 2RHKA 4FLUA 4F2RA 2ZE2A 3V9SA 4O4GA 3ZT0A 5A2QO 1XHZA 4BE1A 2ZQBA 2F96A 1KTQA 4RW7A 4CBWA 3R8EA 4FZXC 1VQ6N 3KWIA 4YOTA 1SL0A 5AQPA 3THWA 1NKCA 4RW8A 3K58A 2VCPA 2DTUA 1A5WA 3VGKA 1YITN 4FWKA 2FXUA 2KHOA 3O8MA 4IWVA 1MWMA 4CJ4A 3AARA 4KH5A 3OYGA 1HLUA 4IXCA 4QS9A 4BGAA 2G8IA 3N4QA 4R79A 4CK3A 4DU1A 1YJWN 1X9JA 4JK8A 3DLLL 3DAWA 1T8EA 5I9EB 1S6PA 3VQAA 5KQDA 2W6LA 4FWRA 3SZ2A 5AQHA 4CERA 3FR0A 3NH0A 1RT5A 4JEPA 3DLBA 4F3TA 1RFQA 2IGIA 1JLAA 1DTTA 2YHAA 5C0YA 4KHNA 3U3YA 2B6AA 3VTHA 3K5MA 1NK5A 3K0SA 3AA4A 3VQ4A 2OPPA 4AILC 4C8LA 4CHQA 4CFCA 3LZJA 1LWEA 4YHHK 1Z05A 3J81O 4JLHA 1HUXA 4JKGA 4WYBA 1T03A 4BRQA 3D7EO 3SYZA 5GIPA 5FDLA 4CK1A 3IS9A 4F2SA 1GLBG 4PL7A 4DG1A 4BY9C 4BRNA 3A2FA 4A62A 3P38A 5KPZA 3ZX0A 3SPYA 3O9UA 2RE2A 4KTZA 3NE6A 4DR4K 3MK6A 3VEOA 5KPTA 3U9ZA 1OH6A 2QEXN 1RTJA 2V52B 2IDOA 1QE1A 5EX5A 4M41A 2P5OA 1KAZA 4JI6K 4FJIA 1S6QA 3HSTB 1VQKN 5KQ8A 1MA9B 4JI5K 1D9FA 4FK2A 5MLCQ 4Z4IA 4AH9A 3QERA 3PO4A 4HTLA 3HPHA 3SBGA 1Y97A 3PLAA 1NGCA 5DMRA 1Q8IA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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