1HRHA

Crystal structure of the ribonuclease h domain of hiv-1 reverse transcriptase
Total Genus 37
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
37
sequence length
130
structure length
125
Chain Sequence
YQLEKEPIVGAETFYVDGAANRETKLGKAGYVTNKGRQKVVPLTNTTNQKTELQAIYLALQDSGLEVNIVTDSQYALGIIQAQPDKSESELVNQIIEQLIKKEKVYLAWVPGGNEQVDKLVSAGI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Crystal structure of the ribonuclease H domain of HIV-1 reverse transcriptase.
pubmed rcsb
molecule tags Hydrolase(endoribonuclease)
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule keywords RIBONUCLEASE H
total genus 37
structure length 125
sequence length 130
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1991-03-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00075 RNase_H RNase H
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1hrhA00
1IO2A 3SQ1A 1ZYQA 1LAVA 1QS4A 4CESA 3AVJA 2F8TA 4CFDA 2G8IA 1G15A 3K5LA 3PV8A 3VQEA 2X78A 3RMCA 3S3MA 3OYGA 4XIUA 1S1WA 1NK9A 4E19A 3VQ9A 4J2AA 3L2WA 4B08A 4CIFA 4F8RA 2D5RA 4CHQA 3TAFA 4KTQA 2ZD1A 1JXEA 3AVHA 3LANA 1RNHA 1WSHA 3PUFA 1X9SA 3KD5E 4B9NA 2ATQA 1S6QA 1QQCA 1CZ9A 4G1QA 4CJPA 3S3NA 1L3UA 1FK9A 1RDDA 3AO1A 1JLCA 3TAGA 4EZ6A 2KTQA 3D0PA 5I42A 4N76A 1EP4A 4KHUA 1GOBA 4DS4A 3HSTB 3DI6A 2E6LA 4M3XA 3PX6A 1UA1A 1NJWA 3ZCMA 1U49A 4FZXC 1VRTA 4KFBA 1Q9XA 4PUOA 1A5VA 2ETJA 2Q3SA 4CJWA 1SL2A 4AH9A 3HYFA 3KLFA 4CEFA 1B9DA 3DLKA 1LW2A 4M3ZA 2RF2A 4H4MA 1SV5A 2HNZA 2YKMA 3CM6A 3VQ5A 1VSEA 3VA0A 3KLGA 2Z1JA 4E3SA 5J2PA 2FBYA 3TARA 4FK0A 2QKBA 1RT4A 4M3UA 3AVLA 1HNVA 4CHOA 1KVAA 3DRRA 5C25A 3NHGA 3THVA 2HMIA 4KB1A 2RKIA 3T19A 3NH0A 3JSMA 3G0ZA 4F3OA 2IAJA 1TL3A 4ID1A 3K59A 3LP0A 4CF0A 4CF8A 4DU4A 3QEIA 1EETA 3K5OA 1YTUA 3DM2A 4OPJA 3OYAA 4IFYA 3QIPA 1FKOA 2IOCA 3OYNA 2HHTA 3RRHA 1TK0A 4DWIA 4IG3A 4B3OA 1Z25A 4GMJB 4LSNA 5KI6A 3ZT3A 4HVJA 3HVRA 3L8BA 2VG5A 1UA0A 4DFKA 4KAZA 1TAQA 1RCHA 3OYHA 4DTOA 2AJQA 4AHUA 3M8QA 4HTUA 4GVMA 1QSYA 2KFNA 3TWHA 4LH4A 2X6NA 5K14A 5HRNA 1SL1A 3ZT1A 3AV9A 1T03A 2GUIA 5D3GA 2VWJA 3LWLA 5E41A 4ID5A 4B9MA 3RR8A 4FLVA 2Z1HA 3ZSWA 3NBPA 4KHNA 2JGUA 1RTHA 4FLZA 1S5JA 3H08A 3OJSA 4FLYA 4DTXA 1N5YA 4Q0BA 1WSGA 3SPZA 4DSEA 1HYZA 2PY5A 1C6VA 1JXBA 2B4JA 3LPTA 1RTDA 1NJXA 3VQBA 3SV3A 3V1QA 3ZSQA 4KO0A 3AVGA 1QSSA 3RR7A 5KTQA 4Y1CA 4CF1A 4Z4GA 2A1SA 4Y1DA 2B5JA 2XY6A 3LALA 1KSPA 3OJUA 4E0DA 4PQUA 2G8HA 3VQDA 4PWDA 1TAUA 4C8MA 3VQAA 3OYBA 4CF9A 3AVAA 3OVNA 4DTUA 1VSMA 4CEOA 2QKKA 1B92A 1S1XA 2GBZA 3C6TA 4AHVA 3RMBA 2E6MA 1SKRA 2OZMA 4E1NA 3B6OA 3SUOA 4Z4IA 3HPGA 3O3HA 3RWUA 2YNHA 1NOYA 3MEEA 4KTZA 1C0MA 3ITHA 3QETA 1QHTA 2OA8A 4HHTA 4M45A 3LWMA 4W5QA 4FJLA 4DU3A 4DLGA 2P51A 4DTNA 2Y1JA 1DLOA 1RBSA 2QK9A 3QERA 1NK4A 3NF6A 4I9LA 4CK1A 4CGDA 4FJKA 1X1PA 1C0TA 2I5JA 4FM0A 4CERA 2ZE2A 4CEZA 1IKXA 1HNIA 4DFMA 3SQ0A 3S9HA 1VSJA 4FJ5A 1TV6A 5C42A 3RTVA 3ULDA 1RBVA 4BDYA 4CE9A 3U6FA 1LWEA 1YTAA 4FJ8A 1VSIA 1LV5A 1BIZA 2Z1IA 1IKWA 1KVBA 3ALYA 1VRUA 4CGJA 2FBXA 1NK8A 4O55A 3HM9A 4OGCA 1SUQA 1UWBA 4B9UA 3TAEA 2BGGA 4FLWA 3AA3A 1U04A 1UOCA 3FFIA 4E7HA 4DQSA 4DTRA 3F73A 4LSLA 1SL0A 4FW1A 2KZZA 1ZBHA 1F21A 2P1JA 5SWMA 4FLUA 4DF8A 3NF7A 1WNSA 1W9HA 4E7LA 1XC9A 1W0HA 4RW7A 4FJ7A 2G8KA 4KHSA 1HQUA 3E01A 3ZT0A 5FROA 3OY9A 4FJMA 2VG7A 4K8ZA 4CJ5A 4E7KA 1BI4A 3OYFA 3V9ZA 3SPYA 4N5SA 3NCIA 4FJ9A 1BI4B 2HNDA 4H8KA 2O4GA 3NH1A 1SKWA 5I3UA 1A5XA 4Z0UA 3IS9A 4IDKA 4W5TA 3K5MA 4N41A 1RBUA 4CGIA 4CJQA 3CFRA 4KRFA 3VQ7A 4CJTA 2D0CA 3HXMA 1NKEA 2HVHA 4RG8A 1KTQA 3QO9A 4E89A 1U47A 3B6PA 3EYZA 1BCOA 3HPOA 1NKBA 4FYDA 1L5UA 3AVNA 1D8YA 3HT3A 1JLAA 3AO2A 3QINA 3DLBA 1DTTA 1DTQA 3PX0A 2G8UA 5CYQA 3V4IA 3NGIA 1C1CA 2X6SA 3BGRA 2R7YA 1U4BA 4BE2A 3L2QA 3AO3A 3OS0A 4CJSA 3OYEA 3PO4A 3ASMA 1Q9YA 1RT3A 1BIUA 3WNEA 4DLEA 1ASUA 4CGHA 1ZBUA 2YNFA 4DTSA 2ITGA 4DQRA 1KLNA 1Z26A 1U45A 2OZSA 4QCLA 4CJ3A 4O5BA 1JLEA 4HCBA 1IG9A 4Z4CA 4KREA 4EP5A 3P83D 4IFVA 4PA1A 3L3UA 3WNHA 3OYDA 1XHXA 4FW2A 3HPHA 1BQMA 3KKSA 4DSFA 4FLTA 1S1VA 1EX4A 4KHWA 1WSIA 3CFPA 4BE0A 4ZTFA 5FDLA 2HW3A 1WSEA 4OKJA 3C94A 2PYLA 1KRPA 4CJLA 2OPRA 4DSJA 1VSKA 2ZQBA 3MXJA 3O4NA 1RT6A 3L2VA 2HHXA 1VK0A 4OKKA 3ZSZA 1CXQA 2HHUA 1LWFA 4UQGA 1FXXA 4MFBA 3SNNA 1HRHA 1J53A 3DRPA 4ZTJA 4NYNA 4DSLA 1JL1A 4M3TA 4FZZA 3ZSOA 3V1RA 4AILC 4AHCA 4DF4A 4Z4FA 4QOZB 3CM5A 3PO5A 1RDAA 1RT1A 4FVMA 3L3VA 5FRMA 1KVCA 3QLHA 3VN5A 5J1EA 4KB0A 1A5WA 4CJUA 1X9WA 2DTUA 3DLHA 1TKDA 1L3TA 4OLBA 1GOCA 2KFZA 4M3YA 5HROA 2G8VA 2Y1IA 1C0UA 4DFPA 4IG0A 3SJJA 3TAQA 3CFOA 5SZTA 3LDSA 2PYJA 1RT7A 3TR8A 4E7JA 3PX4A 3L2RA 4F2RA 1JL2A 4YFUA 3RMAA 3NF9A 4HCCA 4ZHRA 4KHQA 2QXFA 1CXUA 1L3SA 2D0AA 3HL8A 1L3VA 4I2PA 1VSFA 3U3YA 3QNOA 4DSIA 4JS5A 1NOZA 3QIOA 4CJ4A 3L2UA 4ELVA 4CHNA 2YKNA 1JLQA 1ITGA 3OYCA 1NK7A 1ZBFA 1QTMA 3VQQA 1NK0A 4KV8A 4BDPA 4CEEA 1WAJA 1J54A 4CJEA 1WSFA 2HHSA 3QEVA 4FK2A 3I0RA 3AVIA 1RBTA 2XY8A 3V9UA 1RBRA 3MXMA 1T8EA 5CYMA 2PZSA 4M42A 3LZIA 1ASVA 4JS4A 3NE6A 1EKEA 4AHRA 4WE1A 4OVLA 3HP9A 4H4OA 4R5PA 4F2SA 5T7BA 3S3OA 3K58A 1TL1A 4FXDA 4HUGA 4HUFA 3C6UA 4E7IA 4KPYA 3K5NA 1TVRA 2Z1GA 2OYQA 4CCHA 1NKCA 3T3FA 1BISA 4DS5A 1WLJA 1NJZA 1S9EA 2BANA 3JYTA 4DTJA 4B9VA 3I8DA 1KLMA 3MEGA 3HJFA 3KKRA 3LAMA 3QEPA 2HHQA 3DOLA 1C1BA 4M3WA 1QE1A 3ZSXA 3CG7A 1WAFA 3NAEA 2FBVA 2E4LA 3NFAA 5HLFA 4CFCA 4FJIA 4QAGA 4L8RB 4F3TA 4PY5A 2HNYA 3O3FA 5J2NA 2EHGA 1TKTA 4DSKA 4J2EA 3AVMA 4BACA 4FM1A 3NGZA 1MU2A 4B9LA 4DQQA 2XY5A 4ELTA 1FKPA 2HVIA 3AVCA 3IAYA 2X74A 3LP2A 1RT5A 4EP4A 5HP1A 4FJGA 3HP6A 4I7FA 4B8CA 2XY7A 3DOKA 3RRGA 4O0JA 3K57A 4N56A 1NK5A 1T7PA 4EZ9A 3D45A 3P1GA 1ASWA 2IGIA 4TSXA 1XI1A 2YNGA 4CFBA 4CGGA 1S1TA 4DU1A 3EY1A 3HVTA 4ELUA 4B9TA 1D9FA 3K2PA 2FC0A 4CEBA 4FLXA 1XWLA 2OPQA 2VG6A 3TAMA 1NK6A 5FRNA 4CJRA 4CHPA 3AO5A 5HRRA 3VQ4A 3SYZA 3WNFA 3SQ2A 3KD1E 2LSNA 5KGWA 3OS2A 3OYMA 4JRPA 4FJNA 5HRSA 2F96A 3SV4A 3ZT2A 3HK2A 2GV9A 3V9XA 4DQPA 2RN2A 4LY7A 3VQ8A 1T05A 2G8FA 2P5OA 4OGEA 3AVKA 3UIQA 1TGOA 4YNQA 3SZ2A 1ZBIA 1U48A 3HO1A 1LAWA 1S9GA 1TK8A 4IKFA 3U3GA 1IKYA 1RDCA 1TKZA 1CZBA 4AHSA 4FJJA 1HYSA 4RW4A 4I2QA 3TANA 4CFAA 1GOAA 4DTPA 1VSDA 1ZBLA 2BE2A 3SCXA 1LWCA 3ZSYA 5DK5A 4CJFA 3MAQA 3SUQA 3LP3A 1XHZA 1J5OA 3DLRA 2DFHA 1RTJA 3OYJA 4NCAA 4RW8A 4LD0A 2IS3A 4IBNA 3V9SA 4CK2A 2BDPA 3ZT4A 4AHTA 4C8OA 2A1RA 3DRSA 3F9KA 1RT2A 1I39A 5KRSA 1HYVA 2KQ2A 4FZYA 1JLFA 2YV0X 4M3RA 3KK3A 3NH2A 3P5JA 1VSHA 3I0SA 3OYLA 1Q8IA 1TK5A 3TAPA 1RDBA 4NYFA 1REVA 1K6YA 1CLQA 3M8PA 1HJRA 3ISNC 3SUNA 4O4GA 3M8RA 2F8SA 5KGXA 3AO4A 1BHLA 4CECA 4DMNA 4K8XA 3BDPA 3AVBA 1Y97A 2EX3A 1B9FA 5CY4A 3AA2A 4J2DA 3V1OA 4C8KA 2IC3A 1KFDA 3C95A 2FBTA 5KRTA 2NUBA 4RW9A 4BWMA 3OYKA 3QESA 1WSJA 2D0BA 4JRQA 2YNIA 1YVUA 4NCGA 3SQ4A 4B9SA 4Q5VA 1IH7A 5CZ2A 5DMRA 3KLEA 4KI4A 1TKXA 4ICLA 4CEQA 4BDZA 3VQCA 4CK3A 4FM2A 3QNNA 5JS2A 1BL3A 3ZSRA 1NJYA 4KHYA 3LP1A 1D9DA 1N6QA 5JS1A 1D5AA 2HHWA 4CJVA 4DQIA 4BWJA 3OYIA 1HQEA 1S1UA 4RW6A 3G10A 3A2FA 1J9AA 2IDOA 1YT3A 2DFEA 3QEXA 3SI6A 3QEWA 2HHVA 4CEDA 3TI0A 3IRXA 3VQ6A 1LW0A 3KIOA 4MQ3A 3KLHA 1KFSA 2RPIA 1KCFA 1BGXT 1RTIA 3AA4A 3MEDA 4KKOA 3KJVA 1X9MA 4C8LA 4OLAA 3LAKA 3VA3A 5C24A 1HPZA 3NF8A 5HRPA 1SKSA 4I9QA 5J2MA 4CGFA 2DY4A 2XHBA 3KLIA 4BE1A 1WN7A 3AVFA 5HBMA 2OPPA 4LH5A 4CIEA 2KW4A 3CYMA 2W42A 4E1MA 1BCMA 1RILA 3DLGA 1BQNA 4GW6A 2VWKA 1I3AA 3KK2A 2HB5A 1EXQA 1O1WA 3DYAA 4OPKA 5J2QA 3PY8A 1VSLA 4CF2A 4Z4HA 4M41A 3O4QA 3MECA 1UAXA 4CIGA 2P5GA 4OKEA 3M8SA 4DTMA 4O44A 4KTWA 3V6DA 3IG1A 2O4IA 2DFFA 1JLBA 3NDKA 1S6PA 1JKHA 3AA5X 4B8AB 3V81A 2XO7A 3DMJA 3WNGA 4J2BA 3EZ5A 3CQ8A 4FCYA 4FJXA 2YHBA 2WONA 3ZSVA 4FK4A 2WOMA 3LZJA 4KI6A 4W5OA 4N47A 2OPSA 4W5NA 3DLEA 5EU7A 5CZ1A 4O0IA 4DFJA 4CEAA 2JLEA 4NCBA 4C8NA 1QSLA 1C1AA 3NGYA 3TABA 3KK1A 4Z4EA 4HUEA 4FJHA 3VQPA 3KTQA 2XRIA 3OS1A 3SUPA 4F4KA 4JLHA 1R0AA 2KZMA 1JLGA 2G8WA 4CHYA 4CJKA 2YHAA 3RMDA 4CHZA 3MXIA 4W5RA 3O3GA 3V9WA 2B6AA 3LPUA 3T1AA 4OJRA 4DG1A 1HMVA 1IKVA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4BC5A 3SQ1A 1ZYQA 1LAVA 3C7NB 3AVJA 4MDAA 4CFDA 1YJNN 1XC3A 1GLEG 3VQEA 1EQYA 2X78A 3S3MA 3FZFA 4CIFA 3U9ZA 2D5RA 1VQ7N 1IBMK 2Q97A 3AVHA 3PUFA 1RNHA 4IDHA 4WQ5A 5AQZA 3S3NA 2OTLN 1FK9A 1JLCA 3BF3A 5I42A 1HX1A 4DS4A 3DI6A 2E6LA 4M3XA 3PX6A 4KFBA 4PUOA 4CJWA 2Q3SA 1SL2A 3HYFA 1R59O 3N4QA 4E3SA 1ESVA 1VSEA 3QBWA 1QVGM 4FK0A 5DM7L 4M3UA 1HNVA 2YI1A 3OTOK 1Q18A 1KVAA 4BC3A 5LJVA 4JI4K 3SJHA 3NH0A 4A57A 1LCUA 1GLFO 1JCEA 4ID1A 2Q36A 3LP0A 3QEIA 1XNQK 1EWRA 3K5OA 4JI8K 1YTUA 3ENHA 3OYAA 4K42A 2HHTA 4B3OA 1HNZK 1BU6O 2VG5A 3WXIA 4IWVA 3M8QA 4HTUA 5AQMA 1QSYA 4IJAA 2KHOA 2CH6A 4IZ9A 3CPEA 4NO7A 4JI1K 1Q82O 4FVUA 2BH1A 2P9KB 2X6NA 5HRNA 3WQUA 5D3GA 5AZJB 2VWJA 3DXKB 3LWLA 3TTDA 5AQVA 3NBPA 4JK9A 4PL8A 5M1OA 1NWKA 1CZAN 3SPZA 1HYZA 2B4JA 2CGKA 1NJXA 3H6EA 3SV3A 3ZSQA 4KO0A 5EX5A 4CF1A 1NGJA 2B5JA 2XY6A 2NLXA 3LALA 4E0DA 3VF2A 3VQAA 1VSMA 4BRPA 3R6MA 3RMBA 2FF3B 3E9OA 4E1NA 2YNHA 1NOYA 1K9MO 3ATVA 3ITHA 3U8XA 4HHTA 3UE5A 3AGRA 3J8AA 4DU3A 2QM1A 2P51A 1ATNA 3TTCA 1DLOA 1RBSA 4DTNA 2Y1JA 1BOTO 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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