5GAHP

Rnc in complex with srp with detached ng domain
Total Genus 32
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
32
sequence length
117
structure length
117
Chain Sequence
b'MDKKSARIRRATRARRKLQELGATRLVVHRTPRHIYAQVIAPNGSEVLVAASTVEKAIAEQLKYTGNKDAAAAVGKAVAERALEKGIKDVSFDRSGFQYHGRVQALADAAREAGLQF'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords SRP 4.5S RNA
publication title Structures of the E. coli translating ribosome with SRP and its receptor and with the translocon.
pubmed doi rcsb
molecule tags Ribosome
total genus 32
structure length 117
sequence length 117
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-11-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
P PF00861 Ribosomal_L18p Ribosomal L18 of archaea, bacteria, mitoch. and chloroplast
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5gahP00
4UY8O 1VQLN 1YIJN 4U67L 3PIOL 1YJ9N 3CCUN 1KC8O 3I56N 3CCSN 5GAGP 5JVHL 4WF9L 1YJWN 4WFAL 1Q82O 1K73O 5JVGL 1VQON 3CCVN 3CMEN 1VQ5N 2QA4N 1YI2N 1KQSM 1OVYA 3CCEN 5MLCQ 3CMAN 1VQMN 2OTJN 2ZJRL 1K8AO 3OW2M 2OTLN 1JJ2M 3CXCM 1VQ8N 2ZJQL 4WFNL 3CC7N 1KD1O 3CCQN 4WFBL 4IOAL 1VQPN 1ILYA 3J7ZO 3CCMN 1Q86O 3DLLL 3CD6N 2QEXN 3G6EN 4IO9L 1NJIO 1QVGM 5DM6L 1M90O 3CF5L 1Q7YO 1Q81O 1VQKN 3CC2N 1S72N 1YHQN 1YITN 3PIPL 3G4SN 3CCRN 4IOCL 5DM7L 2ZJPL 1N8RO 1VQ4N 5GAEP 4WCEL 1M1KO 1K9MO 3I55N 1VQNN 1QVFM 1VQ6N 1VQ7N 3CPWM 1VQ9N 5HL7L 1W2BM 3CCLN 3G71N 5GADP 5H1SQ 1YJNN 3CCJN 5GAHP 3CC4N
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1KRPA 1QQOA 1XC3A 3UKRB 1L3TA 4E1MA 3VEZA 2G8KA 1CLQA 3IRXA 3LP2A 5LJWA 2ZGZA 1DGKN 4FWMA 4WQ5C 1XWLA 4CEFA 4KHPK 1SL1A 3VTIA 3DLRA 4F2SA 3MCPA 1KSPA 4LF9K 3NGZA 1K73O 4K43A 2P9LA 4B1UB 1C0UA 1DTQA 4BR7A 5IT9O 4FM1A 4DQQA 3NGIA 1OH7A 4OO1J 1SUQA 4CZJA 3THXB 1HQEA 3NE6A 1C1CA 2XY7A 2Q1NA 2X6SA 4EHUA 2HHHK 3VF4A 1SAZA 4ID1A 4E7JA 4BG9A 3TU5A 3HPOA 4MQ3A 4DLGA 2FXUA 4IG0A 4Y1CA 1YTUA 3DRSA 2E20A 1TK0A 3C6UA 4CERA 3ZX3A 3QETA 2HVHA 2XRIA 3ITHA 4DS4A 1SL0A 2OA8A 4PY5A 4KHSA 4KKOA 3DOLA 4BY9C 4EAHD 4DR3K 4B3TK 3OS0A 1ASUA 1YF5L 1BIUA 4FJHA 1IBKK 1Q7YO 1RDAA 5KPRA 1VQKN 5B8HA 4CEZA 4I7FA 1QTMA 3O9UA 5JLHA 1RDCA 4DCHA 5T7BA 4IEIA 3VPZA 2AJQA 1NK9A 3EEQA 4HCCA 4B1ZA 4DV7K 2G8HA 3BF3A 1QHTA 1U4BA 1GLDG 3F5TA 3BEXA 4C1NK 3VQPA 1FW6A 3TSUA 1MU2A 4FZXC 1S6QA 4ISFA 4DTNA 3MDQA 1HYSA 2GUPA 1K8KB 3P38A 3OYHA 4M42A 1RGIA 4DU1A 3MXIA 1W2BM 3H1VX 4UY8O 3ATVA 4W5NA 2IC3A 4IOXA 1NGDA 5KGWA 5AZJA 4K25A 1C6VA 1J6ZA 2O8DB 1ZBSA 4R5PA 2GTDA 4BRQA 2HMPA 3IFRA 2ETJA 2KFZA 4RW9A 1OVQA 2HVIA 4X66K 1NGFA 1SKRA 1VSIA 3IUCA 1RTIA 4DG1A 5BPLA 3RRHA 3V9SA 2Z1GA 4R79A 2FBTA 2QA4N 3QNNA 4B9SA 4A2BA 4BE0A 4DQRA 4BE2A 1C0MA 3AVFA 2WFBA 1BG3A 5FPMA 1VQMN 4H03B 1BI4A 4FPBA 4NXNK 1NJZA 1J5OA 3KWGA 4H4MA 5AFUA 2CH5A 4IO8A 1TKDA 3SAFA 2GUIA 2QK9A 3DMJA 3T7ZA 3CIPA 3TABA 1XMQK 3FZLA 4EHTA 5AQWA 1KXPA 1JCEA 3DOKA 1RT1A 3VQAA 2HHWA 4J2AA 4KO0A 1ILYA 4K8ZA 3HOTA 2WBNA 3VEYA 3AY9A 1HYVA 5F0XA 3QFUA 3GE1A 3NBPA 3BP8A 3HL8A 3TTDA 3G6EN 1T8EA 1QVGM 2AA4A 2GELA 1LWEA 4FJKA 3CI5A 4GVMA 4O5BA 2XY6A 3HOSA 1ZXOA 4H5TA 1OH6A 4JI4K 3MCAB 1R0AA 1JL1A 3P5JA 4KBOA 5C10A 1TL3A 4O8UA 3LPTA 3C94A 2HHXA 2RHKA 4IJAA 1YAGA 4GV6A 2R7YA 1WSJA 4WQ5A 3K5NA 5SZTA 1W0HA 5ADXA 2OZSA 3OBWA 1VQNN 3THYA 3FZHA 1VQ9N 3EKUA 4B9TA 1BA1A 4DUZK 2E88A 4JLHA 1NGBA 1ESVA 3CM6A 3ASMA 1B9DA 5JS2A 1QS4A 2E4LA 1RTDA 1X3NA 3DRPA 1XMOK 3TR8A 3T1AA 1CXUA 1O1WA 3PV8A 3KIOA 3ULEA 5AQRA 1JLQA 4OKJA 4H8KA 3R9PA 4CECA 2ZM6K 1EETA 1U48A 2P9KA 1LWFA 3M8QA 4H5NA 3DYAA 1W7AA 4CJWA 2FLOA 4J8FA 4FJLA 4XH5A 2IVPA 1K8AO 3ZX2A 3FZFA 3QLHA 5AQXA 4LY7A 1GLAG 3ULDA 1BQMA 2LSNA 4F8RA 5J1EA 1NKBA 3MECA 1QQNA 4FYDA 2GX9A 4CFAA 4PHTX 4CJVA 1I3AA 4JRPA 4L8RB 4XH1A 3UKRA 4MO5A 3S9HA 5C25A 3OY9A 3GG4A 3QIPA 1U49A 1Q18A 2HBJA 2Y1IA 1NGIA 1TK5A 3CD6N 1TV6A 1ASVA 2QEXN 1JLEA 3VEVA 2PZSA 3F2KA 1JL2A 1T03A 1RCHA 4BQZA 4CF2A 3LWLA 3VQ7A 3KJVA 1S72N 1IKWA 1HX1A 3TWHA 2P9PB 2J4RA 3AO4A 4OKKA 3M8SA 3FGUA 3LDOA 4YY3K 1GLJO 4M3XA 2FSKA 4I6MB 2HHUA 3K59A 4CIGA 4JEPA 3HBTA 4KH5A 3SI6A 3I55N 3J7AP 1ZYQA 3P31A 4JK8A 2GEMA 4CGDA 1IKYA 2PYLA 1I39A 3AA2A 3KLIA 4KTWA 4M3YA 5FPDA 3T3FA 4DTJA 3QERA 4ELUA 5FPNA 4N76A 3OHRA 3EYZA 4FWPA 4CIEA 4IFVA 2NRXA 2ITGA 1KLNA 3LM2A 3AV9A 2E2NA 4ILJA 5AQLA 3U6FA 1J9AA 1BCMA 4DSJA 1SQKA 4WF9L 1WUAA 4DU4A 4NLCA 1NJXA 3R3LA 1YI2N 3CCEN 1VSJA 2A6AA 4BQLA 3CMAN 3LP0A 4BREA 5C15A 3K9JA 2HBKA 3KLGA 4IKFA 2ZJRL 2O8EA 1BGXT 4EP5A 3VERA 1ZBHA 5AQJA 1VSMA 4DV3K 3MX2A 1FJGK 2Q97A 3TARA 4Q0BA 3CC7N 1JLFA 5AQFA 2BANA 5HBMA 3ZSRA 3SLCA 4KHQA 4LSNA 5EX5A 3CCQN 5LJVA 3EZWA 3N4PA 3OYKA 3WNGA 3ZSQA 4B08A 4E7KA 3HPHA 1Z25A 3QIOA 1Z26A 4YDUC 4PL7A 1IG8A 1RILA 5AQIA 1BOTO 3C95A 3BZCA 4M7YA 3AVMA 4CEDA 2XHBA 3ZCMA 4EIAA 3O1WA 2X6NA 4M3UA 2UXDK 4J2BA 4LH4A 2O8BA 3VQ5A 2W6KA 5ADXH 4IOCL 4G1QA 2Q3SA 4MDBA 4FWLA 2FF3B 3IG1A 3L2QA 4YOXA 1A5WA 1BHLA 1MDUB 3GL1A 2KKZA 1BISA 3QMLA 3M6GA 5FROA 3DXKB 4CZMA 4AHCA 4CK2A 2O8FA 2KLAA 3I0SA 2QWOA 3D0PA 1TUYA 1IV0A 3H08A 5J2NA 4CGGA 2ATQA 4FJGA 3SQ0A 4HUFA 2BE2A 4BGAA 2D1KA 3KK7A 2QWNA 4CEQA 4CW7B 3AA3A 3DLEA 1ASWA 3VMFB 3DM2A 4PUOA 3V6DA 5LMNK 1FK9A 4OPAA 4FJMA 2HHQA 5J2MA 1KQSM 1HNWK 4N47A 4FSVA 5CYQA 4CF8A 4DSKA 1XHXA 1TYQB 2A42A 2F8TA 2DFEA 3GBTA 3NAEA 3OW2M 5CE3A 4BRCA 5HRPA 1BIZA 4H0OA 3HI0A 3CJAA 4DV1K 2VYPA 4DF8A 4PL8A 1NOYA 3ZT2A 4BC4A 3KD1E 3KD5E 4JI7K 3AVIA 1HJOA 5M1OA 2FBVA 4OPKA 5I9EB 4C8NA 2RF2A 4BG8A 2W41A 4CFBA 2OANA 2HNYA 3D6RA 3V9ZA 3QEIA 1ATRA 3KLFA 3LL3A 3EE9A 1CZAN 1BDGA 3FR0A 3LPUA 3D2FB 2HB5A 3AO3A 3PO4A 3B8AX 4MDAA 3V9WA 4FK4A 1NKEA 1CZBA 4EP4A 4I9LA 3O3HA 5KQ8A 4CF1A 4OPJA 3OYMA 5DM7L 1C1AA 1RTHA 3DJCA 4DQSA 2ITMA 5GAEP 4OGEA 2QWQA 4O0JA 1C0FA 3L2VA 3AVJA 5KRTA 3HT3A 4Z4EA 4MO4A 3PX4A 1BA0A 1E4FT 1UOCA 3U8XA 4CEBA 1FKOA 3CPWM 4QOZB 2KQ2A 1XHZA 3VQ8A 2XO7A 1JCGA 4OJRA 3LAKA 1ZBLA 3WEEB 3RSEA 4KHUA 3TTCA 3KHYA 3NF6A 4FW1A 4DU3A 4JKDA 3AARA 1D8YA 3DRRA 4O4GA 2D0PA 4BRLA 3VGLA 4JKFA 2YKMA 3O6WA 3ZEUB 3U9ZA 3RMAA 3AO1A 4HVJA 1RT7A 3J7YP 2B6AA 1WSIA 3AAPA 4FL9A 3SAHA 4A62A 3CMEN 4LF5K 4FWNA 5HROA 2W6LA 3DI6A 4M3TA 3PX0A 2UXCK 4YORA 3EO3A 3NGYA 5F1XA 4DKWA 1JLCA 1Q8IA 4CEOA 1FKPA 2P9UB 3G0ZA 4NLBA 3C7NB 3NCIA 2P5OA 1QQCA 1WBDA 2Q0RA 3VTHA 3EE8A 1NJYA 4YDUA 4WFNL 3A5NC 3JS6A 1U2VB 1EWRA 3Q7CA 4JKEA 5AJ3K 4O5FA 1BWFO 1R59O 4MLHA 1C0GA 5AQVA 4GVEA 1UAXA 1VSFA 5FLXO 5AQNA 1RDDA 4B9VA 4DWIA 4XIUA 4DTMA 3E9LA 4CHNA 3A5LC 2FSJA 3NVMA 3AVNA 2P9IB 4ZTJA 2KFNA 3I0RA 5KRSA 4KH6A 3UE5A 1Z05A 1QHAA 3E1YA 4OLAA 3VGMA 3ENBA 3WQUA 4F4KA 3N4QA 2QWMA 1IBMK 4LD0A 1L3VA 3NF8A 3CCRN 3ZSOA 1NMNA 2IVOA 4JS4A 3SK3A 2HW3A 1QZ6A 4WCEL 1NOZA 4FXDA 1NBWA 3DXMA 2OPPA 4JNEA 5GIOA 5BPMA 4H5WA 1TVRA 4JN4A 4JI1K 3VQEA 2NRRA 2G8WA 2HHVA 4OGCA 3LANA 1JLAA 4DFPA 5K14A 3QEWA 1VQLN 3V4IA 2VGMA 3QFPA 3HM9A 1KVBA 3O9RA 3S3NA 3SMPA 3FLCO 4JK9A 4DTXA 3CCUN 4CJ7A 5A2QO 3LP3A 2O8CB 4QS9A 3TAGA 3ZT4A 2Q0UA 3FZKA 3M8RA 1B9FA 3HXMA 3MAQA 4QS7A 4QCLA 2KTQA 1ZBUA 2NRVA 1E3MA 1E4GT 2IDOA 4CJSA 4KB0A 1S6PA 3NFAA 2VWBA 4RW7A 1P8ZA 2HHSA 4FO0A 3TAFA 4M3ZA 2E2OA 1N6QA 4FK2A 2JGUA 3CM5A 3ZSVA 5AQPA 1VSKA 3Q7BA 2V52B 1VQ8N 1SKWA 2QWLA 4FOIA 2E5LK 4FLXA 2EWSA 3KLEA 4K41A 2YJFA 4WFBL 1SL2A 3MEDA 2H3GX 2BH1A 4RTFD 2NLXA 4HUGA 3NF7A 3K0SA 4W5RA 1ITGA 2YHAA 4O0IA 4JI0K 2HBLA 5KPTA 3ATUA 3CFPA 3VF2A 3UB5A 3SV3A 1RBUA 3VESA 2F9TA 3NH1A 3BY5A 4X65K 3UKUB 3CJCA 3PIPL 3LDSA 5ELZA 3AVCA 4AH9A 4BRPA 3VQ4A 4ELTA 4BRHA 4FJ5A 1RT3A 2RN2A 3MN7A 4BRKA 3LZJA 2WUSA 2YJEA 3VENA 1XNQK 1S9EA 1NK5A 4BC5A 2HBMA 3D2EB 3O9SA 3LWMA 1LW0A 4M63C 3ENOA 1LOTB 3WXIA 3ZT3A 1BUPA 4JKCA 5EVZA 3OYAA 5TKYA 1TK8A 4M3RA 1NK7A 4B3SK 3MEEA 4F3OA 2HNDA 2D5RA 2IS3A 1D9DA 4YOWA 2A41A 4CVNE 4ZTFA 1YJ9N 4H5RA 4L3QA 1C0TA 3NVKA 4BRIA 3P39A 1XC9A 4AILC 4BR0A 1YJWN 5JICA 1Q82O 3SMSA 5C42A 4FLYA 2YX6A 3D2FA 3ZT0A 3C6HA 4DTOA 1XUPO 1BQNA 2V7YA 2P5GA 4CZHA 3SCXA 4C8KA 4CZGA 4ILGB 4CEEA 3TANA 4FK0A 2PBDA 1WB9A 2E2QA 4B8CA 1Z6RA 3MN9A 3O4QA 2OTLN 4CHOA 4FWSA 3IMXA 4CJUA 4WQ4C 1C1BA 1GLEG 2PYJA 2D0AA 3T19A 2CGKA 3KKRA 4YOVA 4FVUA 3T69A 2IOCA 4AHRA 5EU7A 2HHTA 2ZD1A 3K5MA 4IOAL 3EZ5A 1RT2A 1HMVA 3RVCA 2FBXA 1IJJA 3M8PA 5HRRA 4GY2B 3VOVA 2FF6A 4XEIA 1HPMA 3B6OA 5BRDA 3HZ6A 4JKGA 1T6CA 5LY3A 4C8OA 1TUUA 2E8AA 4H0TB 2PAVA 2QXFA 3J81O 1HUXA 4CZFA 3PUFA 3V1OA 1VQ4N 2P9UA 4DSIA 3NF9A 4FJJA 3ZSZA 4HCBA 4KAZA 4PKGA 4CGJA 3RRGA 3KLHA 4J2EA 3WNFA 4IJNA 4H0VB 2F4VK 3CCLN 4FJ8A 3O08A 3OTOK 3VQBA 3W3DA 2YKNA 4W5TA 3K57A 2IGIA 1NGEA 2YI1A 3THXA 2D0BA 1U04A 3HSCA 3O5BA 1V4SA 4JYAK 2VGNA 4IFYA 3CJ1A 2WONA 4JI6K 1MWMA 3ID8A 4J2DA 5AQOA 4WFAL 1WNSA 3CJBA 4K8XA 1VHXA 2B5JA 4JS5A 4HUEA 3HJFA 4FLUA 4Y1DA 2GWJA 3FFIA 4NCAA 4FJIA 2EHGA 3O80A 1S1WA 2D4WA 2P1JA 1QSSA 3O8MA 2P9SB 4RG8A 1N32K 3G25A 5AQTA 1GLFO 3SUNA 5AZIB 3BF1A 1QZ5A 3AAQA 3PO5A 3T1HK 3SBTA 3O4WA 4BE1A 3WUHA 5FDLA 5HRNA 3ISNC 5I42A 5AFUH 3AVLA 1U47A 2KW4A 2BUPA 2X78A 4JKBA 4E89A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4UY8 O;  1VQL N;  1YIJ N;  4U67 L;  3PIO L;  1YJ9 N;  3CCU N;  1KC8 O;  3I56 N;  3CCS N;  5GAG P;  5JVH L;  4WF9 L;  1YJW N;  4WFA L;  1Q82 O;  1K73 O;  5JVG L;  1VQO N;  3CCV N;  3CME N;  1VQ5 N;  2QA4 N;  1YI2 N;  1KQS M;  1OVY A;  3CCE N;  5MLC Q;  3CMA N;  1VQM N;  2OTJ N;  2ZJR L;  1K8A O;  3OW2 M;  2OTL N;  1JJ2 M;  3CXC M;  1VQ8 N;  2ZJQ L;  4WFN L;  3CC7 N;  1KD1 O;  3CCQ N;  4WFB L;  4IOA L;  1VQP N;  1ILY A;  3J7Z O;  3CCM N;  1Q86 O;  3DLL L;  3CD6 N;  2QEX N;  3G6E N;  4IO9 L;  1NJI O;  1QVG M;  5DM6 L;  1M90 O;  3CF5 L;  1Q7Y O;  1Q81 O;  1VQK N;  3CC2 N;  1S72 N;  1YHQ N;  1YIT N;  3PIP L;  3G4S N;  3CCR N;  4IOC L;  5DM7 L;  2ZJP L;  1N8R O;  1VQ4 N;  5GAE P;  4WCE L;  1M1K O;  1K9M O;  3I55 N;  1VQN N;  1QVF M;  1VQ6 N;  1VQ7 N;  3CPW M;  1VQ9 N;  5HL7 L;  1W2B M;  3CCL N;  3G71 N;  5GAD P;  5H1S Q;  1YJN N;  3CCJ N;  5GAH P;  3CC4 N; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 1KRP A;  1QQO A;  1XC3 A;  3UKR B;  1L3T A;  4E1M A;  3VEZ A;  2G8K A;  1CLQ A;  3IRX A;  3LP2 A;  5LJW A;  2ZGZ A;  1DGK N;  4FWM A;  4WQ5 C;  1XWL A;  4CEF A;  4KHP K;  1SL1 A;  3VTI A;  3DLR A;  4F2S A;  3MCP A;  1KSP A;  4LF9 K;  3NGZ A;  1K73 O;  4K43 A;  2P9L A;  4B1U B;  1C0U A;  1DTQ A;  4BR7 A;  5IT9 O;  4FM1 A;  4DQQ A;  3NGI A;  1OH7 A;  4OO1 J;  1SUQ A;  4CZJ A;  3THX B;  1HQE A;  3NE6 A;  1C1C A;  2XY7 A;  2Q1N A;  2X6S A;  4EHU A;  2HHH K;  3VF4 A;  1SAZ A;  4ID1 A;  4E7J A;  4BG9 A;  3TU5 A;  3HPO A;  4MQ3 A;  4DLG A;  2FXU A;  4IG0 A;  4Y1C A;  1YTU A;  3DRS A;  2E20 A;  1TK0 A;  3C6U A;  4CER A;  3ZX3 A;  3QET A;  2HVH A;  2XRI A;  3ITH A;  4DS4 A;  1SL0 A;  2OA8 A;  4PY5 A;  4KHS A;  4KKO A;  3DOL A;  4BY9 C;  4EAH D;  4DR3 K;  4B3T K;  3OS0 A;  1ASU A;  1YF5 L;  1BIU A;  4FJH A;  1IBK K;  1Q7Y O;  1RDA A;  5KPR A;  1VQK N;  5B8H A;  4CEZ A;  4I7F A;  1QTM A;  3O9U A;  5JLH A;  1RDC A;  4DCH A;  5T7B A;  4IEI A;  3VPZ A;  2AJQ A;  1NK9 A;  3EEQ A;  4HCC A;  4B1Z A;  4DV7 K; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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