5GAHP

Rnc in complex with srp with detached ng domain
Total Genus 32
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
32
sequence length
117
structure length
117
Chain Sequence
MDKKSARIRRATRARRKLQELGATRLVVHRTPRHIYAQVIAPNGSEVLVAASTVEKAIAEQLKYTGNKDAAAAVGKAVAERALEKGIKDVSFDRSGFQYHGRVQALADAAREAGLQF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Ribosome
publication title Structures of the E. coli translating ribosome with SRP and its receptor and with the translocon.
pubmed doi rcsb
molecule keywords SRP 4.5S RNA
total genus 32
structure length 117
sequence length 117
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-11-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
P PF00861 Ribosomal_L18p Ribosomal L18 of archaea, bacteria, mitoch. and chloroplast
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5gahP00
5GAGP 2QEXN 3CCVN 1K9MO 3CCLN 2ZJQL 1VQ9N 1K73O 1KQSM 1KD1O 3CCQN 3CCMN 3CPWM 2ZJPL 3CMEN 5DM6L 1Q7YO 3CC7N 4IOAL 1KC8O 5HL7L 3CF5L 1NJIO 3CCRN 3CC4N 4WF9L 1VQ8N 4WCEL 1OVYA 1VQ6N 3CCSN 3I56N 1VQON 3G71N 1QVGM 1VQ4N 1VQ5N 5JVHL 4IO9L 1ILYA 1VQMN 5GAEP 1Q81O 1VQLN 1YIJN 1YJNN 3CC2N 3CMAN 3CCUN 3I55N 1N8RO 4WFAL 4IOCL 1YJ9N 1Q82O 5DM7L 1YI2N 3CD6N 1VQKN 5GAHP 4U67L 1QVFM 1YHQN 3CCJN 1S72N 1YJWN 3PIPL 3PIOL 2QA4N 3OW2M 1VQPN 1VQ7N 5GADP 1W2BM 1Q86O 5JVGL 1K8AO 5MLCQ 5H1SQ 1M90O 1M1KO 3G6EN 1VQNN 3CXCM 3DLLL 1YITN 2ZJRL 4WFBL 4UY8O 4WFNL 3G4SN 3CCEN 1JJ2M 2OTJN 3J7ZO 2OTLN
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3VQCA 2A6AA 4CJ5A 1C1CA 4A2AA 2ZQBA 1SKWA 2GBZA 1HQUA 4RCHA 2V51B 4JD2B 1GLLO 1YVUA 3GL1A 3AVLA 3FFIA 4JD2A 1KRPA 2O8EA 2E2PA 3CPWM 4X62K 2NRTA 2O4IA 1IKWA 2WOMA 1C0MA 3K57A 1NK4A 1LV5A 2X78A 1SL0A 1X9JA 3CJAA 1VAZA 2UXDK 3LDOA 1LWEA 1T05A 4DTMA 2QWQA 1BG3A 4UQGA 3HT3A 5JVHL 3DMJA 2ZM6K 5GAEP 3DAWA 3ZEUB 3TABA 2BDPA 5M1PA 1N5YA 4JKGB 4CCHA 4FM2A 3ZEUA 4TSXA 1ZBFA 4Y1CA 4DTJA 3QFUA 3OYGA 5ELZA 4BGBA 1P90A 1EKEA 4ID5A 3M8QA 4JKGA 1TUYA 3SLCA 1C0UA 4LH4A 3LP1A 1YXQA 3ISNC 4FPAA 2P9LB 4N41A 4DV3K 3FZLA 1Z26A 1C0GA 3LANA 2P9LA 1RT4A 4Z4FA 4CI6A 2HVHA 3THWA 3MXIA 1VQ7N 4BQLA 2YNGA 3KKRA 1T44A 4Z94A 3NGIA 1C6VA 1EP4A 2RPIA 5JVGL 3DOKA 4YY3K 3A5NC 4C8KA 1GOBA 1JL2A 3MX5A 3E9OA 2B5JA 4C8LA 1FJGK 4JNEA 3DYAA 2EHGA 3ZT1A 4AHCA 4LH5A 1TAUA 4JI1K 5AJ3K 1GLJO 4CFCA 4E19A 1K6YA 3O4WA 4NLCA 1EWRA 2HHUA 4BGAA 4OJRA 4G9ZA 4YHHK 5EVZA 3TWHA 1VSEA 4NXNK 4BRKA 3KJVA 3L3UA 3OHRA 3CCLN 4M3UA 1WSHA 3CERA 4F3OA 2QI2A 3DLHA 2A5XA 3GBTA 1VSFA 1QSSA 1FK9A 2QXFA 5AQOA 3P39A 3NF6A 5EX5A 3O6WA 1N33K 4JI2K 4JI0K 2JLEA 3RRGA 3SUQA 4BRFA 3CFOA 3FGUA 1XHXA 3S3MA 4WQ4C 4QS8A 2HNDA 3O5BA 5AQXA 4LFBK 4DSJA 2NZTA 2F8TA 2YNFA 1HKGA 3PSFA 2IDOA 3NE6A 1XC3A 3KLIA 4XH4A 4HCBA 5FPEA 3TR8A 3RMAA 3ZT0A 3WQTA 4BACA 1RTJA 4MLEA 3VEOA 4FK0A 2YCHA 2P5OA 3ZETB 4H0XB 3ZX3A 3V9WA 1DT9A 3DM2A 4CEOA 4A62A 1VSJA 3WNEA 3LAKA 2NRXA 1B9FA 3TTCA 1CZAN 4H4OA 3ZETA 2F7TA 3BP8A 2KFZA 3LDPA 3O4NA 2PYJA 3CJ1A 2W41A 4YDUA 2E6MA 4CVNE 3O1BA 3HOTA 3EKUA 4K8XA 1NGDA 3HPOA 4X66K 3MEDA 3ENHA 4CEAA 3AO4A 2R7YA 2OZSA 1KSPA 5AQLA 3DLLL 4JKCA 3HVRA 3NF8A 2O4GA 3KWIA 4WFNL 4KH5A 4OKEA 4DFMA 4UY8O 4KV8A 3AVAA 3HBTA 2ATQA 5I3UA 4FWQA 4DTNA 4JKAA 5T7BA 1NKCA 4FJLA 3A2FA 4DTUA 2UU9K 3SQ4A 3ENBA 1DTTA 3VMFB 4DSEA 1HKCA 2OPRA 1XC9A 1KD1O 5EY4A 1KVBA 2GX9A 3S3NA 4M3ZA 3CCMN 2Q36A 3VQ9A 2A40A 1VSDA 1YTUA 3N4PA 3U4LA 2G8VA 4EHUA 4M63C 5FDLA 2XO7A 1DGKN 1J54A 4QS9A 3WNFA 3OS2A 4MQ3A 4HTUA 3ITHA 5LMNK 1HYVA 2UXBK 5JLHA 1IO2A 2YHAA 1VRTA 3HVTA 1VQMN 4ILGB 1EXQA 2LSNA 4GVMA 3ZSYA 2RN2A 3O3HA 4OKKA 5AQQA 3WNHA 2FBTA 3CJCA 4A5AA 1GOAA 3OYNA 4BRLA 2VWKA 3P1GA 2RE2A 4H5VA 3SQ1A 3QEIA 2UXCK 4DFPA 1B92A 3HPGA 4U67L 2IGIA 3ZSWA 1VHXA 4NCGA 1L3SA 4GKKK 1D8YA 5AQJA 4N56A 2X74A 4FO0A 3TARA 4ELTA 2HF3A 2G8FA 4CD3A 3MXMA 1ZBIA 4LSLA 1ESVA 4I9QA 5MLCQ 3AGKA 4DTOA 3S3OA 2YKMA 3IAYA 3AA5X 3HP9A 4HVJA 3O3GA 4FLTA 3PX0A 1ASVA 4KTZA 3LL3A 4DG1A 4ZHRA 1NGAA 3A0IX 3C6HA 1JJ2M 4CBWA 2P9UB 1Y64A 3H6EA 1EO1A 3QEPA 1LAWA 4DQIA 4WQ5A 3KD1E 5FPNA 2QEXN 2P9UA 1P8ZA 5C15A 4YOWA 1G99A 2WONA 2AP1A 2FF6A 1VQ9N 1SKSA 5BR8K 3VN5A 3AAQA 4H5WA 1KVAA 3CJBA 3NMUA 2NRZA 4M3WA 1NGGA 5DM6L 4J2DA 1QZ5A 3OYJA 4FLWA 2KZZA 2HW3A 3TI0A 3RTVA 4B3RK 3TAQA 2IS3A 4OPJA 4BDPA 3QETA 1IJJA 4H5TA 1TKTA 1RBRA 4E0DA 1NK5A 3DLRA 4H5NA 3DLBA 3CCSN 1KXPA 1IKXA 4DF4A 1BQMA 3AVCA 4JK9A 2A1RA 3VQ4A 1Q81O 4CF0A 3RMCA 4IG3A 3JAMO 1LCUA 2YKNA 3CC2N 3KWGA 3CMAN 1SAZA 1U45A 4Y0WA 3SQ0A 2W6LA 3AV9A 1N8RO 1TUUA 3HSCA 4IXCA 5CHIA 3J8AA 3QLHA 2VWJA 4EP4A 1YI2N 4OPHA 2FXUA 3G0ZA 1OH8A 2G8KA 3D2FB 5C0YA 4B3OA 4Q5VA 4KTQA 1NNEA 1Q9XA 1U2VB 4LF5K 3BF3A 1RT5A 5J2MA 1SQKA 3CPEA 3FR0A 4B9VA 2E6LA 4C8MA 5EXWA 1U2VA 4MDAA 1RDAA 3VQPA 3VQ7A 2VG7A 4EFHA 3WXKA 4DSLA 3Q7BA 1M1KO 3OYAA 3D7EO 4B08A 2FLOA 4C1NI 4AHSA 4ILJA 3LM2A 5LMUK 3C7NB 5I42A 3V1QA 1QSLA 1XHZA 4QOZB 3HM9A 1NMNA 1B9DA 4EZ9A 2ASPA 4WFBL 3C7NA 1WUAA 4KRFA 3OYLA 1U04A 3PX6A 3ZT3A 4DKWA 4CD1A 1T7PA 4E7KA 4ISGA 4CEQA 1LAVA 3ATVA 3HPHA 3OJUA 3BDPA 1WBDA 2Z1JA 2Q1NA 3LP2A 3WXIA 3NH0A 3E66A 4FLUA 4CHNA 5BRFA 2ETJA 1NJXA 1S1WA 1SV5A 1IBMK 3AAPA 4C23A 3J81O 4FLYA 1RCHA 3ZYYX 4KHYA 3CC7N 1Q7YO 1HYSA 2D0CA 3K58A 3IUCA 3MWTA 4W5NA 4FWPA 4IJAA 5M1FA 3CF5L 4CGDA 2D0OA 3R9PA 4CF8A 4KBOA 3RSEA 3VEWA 2RF2A 2AA4A 1MA9B 2F4VK 4XEIA 3SMPA 3M1FA 4BC4A 1O1WA 1GOCA 4ZTFA 1ILYA 1R0AA 5LJWA 3TPQA 3ASMA 3ZCMA 4FVMA 1RDCA 1KVCA 3LWMA 3DLGA 5LL6Z 4EIAA 5KTQA 3SAHA 1ZBLA 1V4SA 1S22A 4CFBA 4GV6A 4JN4A 2KTQA 4FJGA 1NK8A 4B1ZA 2VGNA 4Y1DA 3E01A 3CJ9A 4R5PA 3C95A 4E1JA 5B8HA 3KLFA 4KHUA 3KK7A 5I9EB 1T3VA 4YOXA 2A41A 4ZTJA 3ZSVA 4FL9A 2P5GA 4I9LA 4LF7K 4W5RA 1D4XA 4RW9A 1XUPO 4BRPA 1Q9YA 5IT9O 1OH6A 4EAHD 2KQ2A 1QHTA 4CIFA 2HBKA 3NCIA 4KTWA 4CZLA 2I5JA 3NF9A 4CF1A 4KHSA 4CF2A 4O44A 2BTFA 2CGJA 2Y1IA 3OTOK 2KW4A 4CEBA 4HCCA 4O55A 1ATRA 1OKJA 3BUZB 1RBTA 4W5OA 4GNIA 3H1QA 2WUSA 3D2EB 4BDYA 2HHTA 4KI4A 3PX4A 3PSIA 1RFQA 5TKWA 3AVJA 3D2EA 3D6RA 3M6GA 3VENA 4WCEL 3TAPA 1WN7A 2OZMA 4CZEA 5BR9A 3LZIA 1WNSA 1BQNA 3SJHA 3THXB 1VQ6N 4CHQA 1LW2A 3DRSA 4PA1A 4JV5K 3LAMA 4B9MA 2O8EB 3EEQA 3THXA 1N34K 2Q97A 4B1XB 4JHDA 3P4IA 3K59A 1WLJA 3SUOA 2F9WA 3V9XA 2GV9A 1YJNN 1X9MA 4RTFD 1TL3A 4DS5A 3RR7A 3U8XA 3OJSA 3CQYA 3EYZA 4M7XA 3IMXA 3QESA 3F2KA 1U49A 1S9EA 1BU6O 1HNIA 1Q18A 2E2QA 3P83D 1A5WA 2BH1A 1TK0A 3CD6N 3MN5A 4IJNA 4BRAA 2Z1IA 2GELA 2PY5A 4B8CA 4CZKA 1RT6A 4AHRA 4CBUA 4K41A 3W0LA 3VQAA 4CZMA 3UIQA 3H3OB 1UOCA 4BWMA 1RTIA 3R1XA 4CK3A 3DLEA 3T69A 3KK3A 3O9TA 3SJJA 4NO7A 1NK6A 3TSPA 1CXUA 3HSTB 4WQ4A 3BZKA 1VK0A 1NGIA 4H0VB 5BPMA 5JLFA 5FRMA 4YORA 4B9QA 3ZX0A 5KQ8A 4BWJA 3OBYA 3PUFA 1BL3A 2PZSA 5KPTA 1CXQA 3THWB 4CZIA 2IC3A 3V1RA 3JS6A 1QS4A 4BVOA 3ULDA 1J9AA 4IWVA 4KI6A 4IEEA 3K5NA 3J7ZO 4H5RA 1NWKA 3TAMA 4C8OA 4FK4A 1KFDA 1HNXK 3KTQA 2XHBA 5F0XA 3WEEA 1K9MO 4AF1A 5KGXA 4DQSA 4OLAA 2OA8A 1KQSM 5FRNA 4O8KA 4FJ8A 3FZHA 3VQEA 1ASUA 5AFUA 2ZJPL 4ELVA 4FK2A 3IKMA 4MDBA 4H8KA 3QO9A 4GY2B 3ZX2A 2Q31A 1VQ8N 3VEVA 4IFEA 3B8AX 4ILHA 4RW7A 4JAXA 3U3YA 3O9SA 3OYMA 4PQUA 3LDLA 4I7FA 1UA0A 3OYHA 3A5LC 1DTQA 5BPLA 2OPQA 1XMQK 3OVNA 3OYKA 1NJZA 3PO5A 3I55N 2UYTA 5AQKA 4DS4A 3SI6A 4ISFA 5KRSA 2VYPA 5DMRA 4DV0K 1BOTO 1K8KB 5KI6A 4FOEA 3U3GA 4DR4K 2D0BA 1SL1A 1K8KA 4ID1A 4QCLA 2AJQA 2QWMA 4EP5A 5CR4A 3E9LA 4BRCA 4CHOA 4YOVA 2OYQA 5AQMA 2ZF5O 2IOCA 3ZSZA 5GINA 4KHQA 2HBLA 4M7YA 4DTRA 3AA2A 3B6OA 4BY9C 4DUYK 1GLCG 4FSVA 4IFVA 4BROA 4KHNA 1YTAA 3FZMA 3AVHA 3AO3A 4BRGA 4DV7K 1VQNN 3H3NO 3SAFA 1RBUA 3CYMA 4MLHA 1GLBG 1YUWA 1HKBA 3FZFA 2RKIA 3H1VX 2A3ZA 3RMDA 5J2PA 4Z4GA 2B6AA 4YFUA 4BQZA 4H0OA 4DR7K 3TAFA 3QDKA 5GAGP 1JLEA 3T1HK 3CM5A 3CCVN 4FJXA 4DV2K 4J2AA 3NBPA 3VA3A 1XMOK 1MWMA 2HBMA 1G15A 4CJEA 4DQPA 4DTXA 4DHYA 4FJ5A 5AQSA 2YI1A 5BN9A 3KK2A 3DXMB 2BE2A 4B9LA 4JKHA 1HJRA 1HLUA 4BR2A 3FE1A 1ATSA 3BF1A 3QBXA 1WSFA 3AA4A 3AVIA 3DXMA 3JSMA 3QEXA 4DB3A 4JI7K 4CIEA 4DU3A 5M1QA 5AQUA 4KFBA 4NLBA 3VTIA 1VSKA 1NG9A 3F73A 3MDQA 1H1VA 5BPNA 3OA9A 4JKDA 1CZBA 4GKJK 2YNIA 3QEVA 4DV1K 1TYQB 3I33A 4AH9A 4FZYA 2E1YA 3CCUN 4K43A 2JWLA 3SPZA 4YOTA 1S6QA 3WQUA 1TYQA 3PY8A 5AZIB 4FJMA 3QICA 3UKUB 4AQYK 3HYFA 1L3TA 2YV0X 1SZ2A 5KGWA 3V81A 2P9PB 5AZIA 3UKUA 1T6CA 1QQMA 3KZBA 3T3FA 1DLOA 2GEMA 4FLXA 2P9PA 4BR9A 3PIOL 2QA4N 2FC0A 3V6DA 3MN9A 4CGHA 2JWKA 4L3QA 1VQPN 4LY7A 1KFSA 1U4BA 5GADP 3O3FA 2HHXA 3NHGA 3HZ6A 4BR7A 4FJJA 1F21A 1HX1A 1FKOA 3L2RA 4FWKA 2ITMA 3FLCO 2Q2RA 2VG6A 1J5OA 3PLAA 1LWFA 5F2RA 3K5OA 4PKGA 1NMDA 4AILC 4CZGA 2ZD1A 4A57A 1Z6RA 2KZMA 3L2QA 4DR2K 1QSYA 4FYDA 1Z25A 3QFPA 3VTHA 3F9KA 1LW0A 4DU4A 4DU1A 3NGZA 3BGRA 3MAQA 1NGJA 4YDUC 4KPYA 1S5JA 3R6MA 1NGHA 2IIRA 4E7JA 2UUCK 3WXMB 1X9SA 4A5BA 2P51A 4BG8A 4CZFA 1A5VA 1QE1A 3WXLA 5C10A 1W97L 3P38A 5AQRA 4CEEA 2F8SA 4GV9A 5AQIA 4A2BA 1KC8O 2UUAK 1TK8A 5LJVA 2A42A 3Q7CA 2YJFA 3CCRN 3LWLA 3NH1A 3CFRA 4RW8A 3NGYA 2Q3SA 5HRRA 2HNYA 3HTVA 3KLHA 2QM1A 1VQON 4FZZA 5D3GA 1VQ4N 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5GAG P;  2QEX N;  3CCV N;  1K9M O;  3CCL N;  2ZJQ L;  1VQ9 N;  1K73 O;  1KQS M;  1KD1 O;  3CCQ N;  3CCM N;  3CPW M;  2ZJP L;  3CME N;  5DM6 L;  1Q7Y O;  3CC7 N;  4IOA L;  1KC8 O;  5HL7 L;  3CF5 L;  1NJI O;  3CCR N;  3CC4 N;  4WF9 L;  1VQ8 N;  4WCE L;  1OVY A;  1VQ6 N;  3CCS N;  3I56 N;  1VQO N;  3G71 N;  1QVG M;  1VQ4 N;  1VQ5 N;  5JVH L;  4IO9 L;  1ILY A;  1VQM N;  5GAE P;  1Q81 O;  1VQL N;  1YIJ N;  1YJN N;  3CC2 N;  3CMA N;  3CCU N;  3I55 N;  1N8R O;  4WFA L;  4IOC L;  1YJ9 N;  1Q82 O;  5DM7 L;  1YI2 N;  3CD6 N;  1VQK N;  5GAH P;  4U67 L;  1QVF M;  1YHQ N;  3CCJ N;  1S72 N;  1YJW N;  3PIP L;  3PIO L;  2QA4 N;  3OW2 M;  1VQP N;  1VQ7 N;  5GAD P;  1W2B M;  1Q86 O;  5JVG L;  1K8A O;  5MLC Q;  5H1S Q;  1M90 O;  1M1K O;  3G6E N;  1VQN N;  3CXC M;  3DLL L;  1YIT N;  2ZJR L;  4WFB L;  4UY8 O;  4WFN L;  3G4S N;  3CCE N;  1JJ2 M;  2OTJ N;  3J7Z O;  2OTL N; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 3VQC A;  2A6A A;  4CJ5 A;  1C1C A;  4A2A A;  2ZQB A;  1SKW A;  2GBZ A;  1HQU A;  4RCH A;  2V51 B;  4JD2 B;  1GLL O;  1YVU A;  3GL1 A;  3AVL A;  3FFI A;  4JD2 A;  1KRP A;  2O8E A;  2E2P A;  3CPW M;  4X62 K;  2NRT A;  2O4I A;  1IKW A;  2WOM A;  1C0M A;  3K57 A;  1NK4 A;  1LV5 A;  2X78 A;  1SL0 A;  1X9J A;  3CJA A;  1VAZ A;  2UXD K;  3LDO A;  1LWE A;  1T05 A;  4DTM A;  2QWQ A;  1BG3 A;  4UQG A;  3HT3 A;  5JVH L;  3DMJ A;  2ZM6 K;  5GAE P;  3DAW A;  3ZEU B;  3TAB A;  2BDP A;  5M1P A;  1N5Y A;  4JKG B;  4CCH A;  4FM2 A;  3ZEU A;  4TSX A;  1ZBF A;  4Y1C A;  4DTJ A;  3QFU A;  3OYG A;  5ELZ A;  4BGB A;  1P90 A;  1EKE A;  4ID5 A;  3M8Q A;  4JKG A;  1TUY A;  3SLC A;  1C0U A;  4LH4 A;  3LP1 A;  1YXQ A;  3ISN C;  4FPA A;  2P9L B;  4N41 A;  4DV3 K;  3FZL A;  1Z26 A;  1C0G A;  3LAN A;  2P9L A;  1RT4 A;  4Z4F A;  4CI6 A;  2HVH A;  3THW A;  3MXI A;  1VQ7 N;  4BQL A;  2YNG A;  3KKR A;  1T44 A;  4Z94 A;  3NGI A;  1C6V A;  1EP4 A;  2RPI A;  5JVG L;  3DOK A;  4YY3 K;  3A5N C;  4C8K A;  1GOB A;  1JL2 A;  3MX5 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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