5GAHP

Rnc in complex with srp with detached ng domain
Total Genus 32
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
32
sequence length
117
structure length
117
Chain Sequence
MDKKSARIRRATRARRKLQELGATRLVVHRTPRHIYAQVIAPNGSEVLVAASTVEKAIAEQLKYTGNKDAAAAVGKAVAERALEKGIKDVSFDRSGFQYHGRVQALADAAREAGLQF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Ribosome
molecule keywords SRP 4.5S RNA
publication title Structures of the E. coli translating ribosome with SRP and its receptor and with the translocon.
pubmed doi rcsb
total genus 32
structure length 117
sequence length 117
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-11-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
P PF00861 Ribosomal_L18p Ribosomal L18 of archaea, bacteria, mitoch. and chloroplast
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5gahP00
1K8AO 3CCJN 4WF9L 1YJNN 3CCUN 1S72N 3CCQN 3CC4N 1VQ6N 5DM6L 3CCMN 1VQMN 5DM7L 3G4SN 1Q82O 1QVFM 1YIJN 2OTJN 2ZJPL 3CF5L 3CD6N 5JVHL 5MLCQ 2OTLN 5GAGP 1Q86O 2QEXN 1VQON 4WFAL 3PIOL 3CPWM 3CMEN 3CXCM 3G6EN 1M1KO 1W2BM 1VQ9N 2ZJRL 1KQSM 4WFBL 1YHQN 4IOAL 3CCRN 1OVYA 5HL7L 3CCLN 1YITN 1VQPN 3G71N 1M90O 5GADP 5GAEP 3CC2N 1VQ5N 4UY8O 3PIPL 4U67L 3I55N 1VQ8N 5GAHP 3OW2M 1ILYA 2ZJQL 3CCSN 1VQ4N 4WFNL 1JJ2M 1QVGM 1K73O 3I56N 1Q7YO 1NJIO 5H1SQ 5JVGL 3J7ZO 1Q81O 3CCVN 1YJWN 1N8RO 3CMAN 1K9MO 1VQKN 1YI2N 4WCEL 4IO9L 2QA4N 1KD1O 1KC8O 3CC7N 1VQ7N 3CCEN 4IOCL 1VQLN 1YJ9N 1VQNN 3DLLL
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3VGLA 4LF7K 1RTHA 3TAPA 2HNDA 4AM7A 3KLGA 2D0BA 3QNNA 1YJNN 3THWB 4BVPA 4DTJA 2ZM6K 1IBMK 5HRPA 5AQIA 3ZX2A 2X74A 3L2UA 3CC4N 3VF4A 4BQLA 2AJQA 5DM7L 3NF6A 4H0TB 4B3OA 1TAQA 3RMAA 3MN7A 2VQFK 4CF0A 4CJEA 1YIJN 4XEIA 3NFAA 5T7BA 1OH5A 1VSDA 3CF5L 1Z26A 3DOLA 3PX6A 5KTQA 3EO3A 2HHHK 4M45A 3LM2A 1QQNA 1NOZA 4IJAA 4CBWA 4DHYA 2GBZA 3C94A 4CIEA 1JXBA 4DS4A 4CZMA 4JI8K 3VQEA 3ULEB 3CXCM 4LF6K 1NGEA 2CH6A 2E1YA 4PKIA 2FSNA 4O55A 1NKCA 3TR8A 5LL6Z 3HL8A 4CGHA 1YTUA 2I5JA 5GIOA 4FPAA 5AQXA 3NVMA 1SV5A 3ZSVA 1NM1A 1NK4A 3FFIA 5HL7L 4EAHD 2WOMA 4B3SK 1FKPA 3G71N 1UWBA 3SQ4A 4KHUA 3IMXA 1D4XA 3MN6A 4CE9A 1NK6A 4BRKA 3R6MA 1HLUA 2HMIA 1VQ8N 2Q97A 2HNZA 1EWRA 1QVGM 3P38A 4PA1A 4CZEA 4PHTX 4JLHA 1WSHA 4HHTA 4DU1A 3ALYA 2EX3A 1P8ZA 2AA4A 3CJAA 1QSSA 3R9PA 2P5OA 5J2MA 2ASPA 4E19A 2E1ZA 3HTVA 4G9ZA 1S1WA 1SQKA 5FPEA 1XUPO 4E7KA 3CC7N 2IVNA 3MN5A 5F2RA 4GW6A 4OPJA 1QSYA 1U49A 4ID5A 4NLBA 3SK3A 4FJIA 3AGRA 3A5NC 2VWBA 3I0SA 1RCHA 4IFEA 1K8AO 4KREA 4E7HA 4OKJA 1KFDA 4CJWA 3CCUN 4CIGA 4M63C 4ILGB 3VA0A 4DB3A 5JS2A 4ID1A 5C15A 2NLXA 1DTQA 4H0VB 1HNIA 1XI1A 5CR4A 3HRGA 4B3MK 4CJPA 4CHOA 4DU3A 2H3GX 4GVEA 3MEEA 5CYQA 2E8AA 2XY5A 1A5WA 3AVFA 2QWMA 4B9SA 1SAZA 3ZEUB 2OCEA 3AO2A 2NRWA 3EKUA 1N33K 4DQSA 1W97L 1G99A 1RBUA 3M1FA 3QIPA 1I39A 1N5YA 4Z4EA 4CIFA 4GMJB 3K2PA 3G0ZA 1HJRA 3F73A 1IG8A 1I94K 4BC2A 1BHLA 3KWIA 2A5XA 4FJ5A 1NGHA 3O9SA 4A2AA 4FW1A 3OBYA 5GAHP 2UYTA 4JHDA 1FXXA 1Q8IA 3PX4A 3S41A 3QLHA 1U47A 2QWOA 4PL8A 4EHUA 1TYQB 3MEGA 1YAGA 5HRRA 5TKYA 5H1SQ 3KK1A 2XY7A 2G8WA 2WTUA 3CQXA 5F0XA 4ELTA 3CMAN 3FLCO 5FROA 4DWIA 4HCCA 3AVAA 4YORA 2OPRA 2P9PA 4DQ8A 1LCUA 3EEQA 1X9MA 4MDAA 1VSFA 1LAVA 3AVCA 2XY6A 2QKBA 5FPDA 2E88A 3GG4A 3ID8A 3MN9A 3SJJA 1RT1A 4QS9A 3ZSZA 2HBKA 2QI2A 1JLGA 1MU2A 1HYZA 3FFKB 4QS8A 3P83D 3G25A 1YTAA 4I9QA 3VQ5A 1U6ZA 3HP6A 1ITGA 3TSPA 5KQDA 4O8KA 3TABA 1VRTA 3N4QA 3LWLA 4DSFA 4BRFA 1YXQA 3LDNA 4FWPA 1E3MA 3F9MA 1QS4A 3JYTA 2NRXA 3VQDA 1S22A 3MAQA 4JHDB 4U7BA 1TUYA 4A62A 1GLFO 2HHSA 4KTQA 1GLCG 4CF8A 3O4WA 4DQPA 1RT6A 2P9LA 5AQRA 4DFJA 4CESA 3OYFA 4O0IA 3CCRN 2X78A 3OYDA 3PLAA 3HJFA 5M1PA 2UUCK 3KLHA 5KPRA 3I8DA 1GOAA 4NLCA 2PFUA 1NK8A 1X9JA 3VOVA 4E7LA 1X3MA 5J2NA 5BN9A 3VESA 2VGMA 3UKUA 2GX9A 4B9NA 3TSQA 4LF8K 5AZIB 3HSTB 4CGJA 3SLCA 3SV4A 1XC9A 4BR7A 4AHRA 4M3WA 2ZD1A 4E0DA 4K0KK 4JI3K 1ZBHA 4FLUA 4Y0WA 4DSJA 5F1XA 2DPNA 1NGAA 1GOBA 5ADXH 5AQVA 2ZE2A 3VA3A 1N8RO 3DRRA 1C0TA 3HYFA 1WAJA 4DFPA 3OJSA 5JLFA 3HM8A 1NGBA 1HNXK 2DTUA 2W6LA 1Y64A 4IO9L 1X1PA 2R7YA 3MXJA 1GLBG 3EYZA 1FW6A 5JLHA 1NGDA 3C95A 4C8KA 4BR9A 4EP4A 4UQGA 4HUGA 5AR0A 3LP2A 4B1YB 2OZMA 3M8PA 3CI5A 4CGGA 2QKKA 3CCJN 3R3LA 4O0JA 3U3GA 3NHGA 5FDLA 3CCQN 4DLEA 5TKWA 2P1JA 4DV0K 1NOYA 4M3RA 1OH7A 4OPHA 3CCMN 3H46O 1WAFA 2KLAA 4PKGA 1NGIA 1D5AA 2IOCA 2HB5A 3T19A 1W7AA 4B1VA 5EXWA 4KO0A 3T69A 2A40A 1Q9XA 5EVZA 3THXB 4BE1A 4OJRA 5B8HA 4EP5A 1BOTO 2GELA 3T7ZA 4ILHA 3EE8A 1QSLA 3L4QA 4KH5A 3E66A 1VRUA 2B6AA 2E2OA 4JI2K 3QIOA 4DS5A 1KQSM 1FK9A 4CHNA 4B9LA 3V9SA 5AQNA 4CF2A 1L3TA 4YFUA 1NJXA 2YV0X 2V52B 4YOVA 1IBKK 3W3DA 1C0GA 1CXQA 3I55N 4IG3A 4EIAA 3THYB 4GV3A 1IKWA 1RDCA 2JWLA 3R1XA 4Z0UA 1RDAA 1TVRA 5AQKA 2E2QA 1B9FA 3S3NA 4DR6K 4FM2A 1S6PA 5AQLA 3U9ZA 1OH8A 4J8FA 3MXMA 2G8VA 2QK9A 4KB1A 4CZIA 2VWJA 5J2PA 2BTFA 2G8HA 4BDPA 4IO8A 1NLVA 3TI0A 1V4SA 2YNIA 3HPHA 4ELVA 4JI1K 4FWRA 4BC5A 1VSJA 2F9WA 4NCBA 2RF2A 3ID6A 3MMVA 4E1JA 1ESVA 5JS1A 2ZQBA 3V1RA 2HVHA 1U04A 3U3YA 5LJVA 3C6UA 5CZ2A 3OJUA 1TK5A 3R8EA 2ZGYA 5GIPA 3OS0A 4FK2A 1NK5A 1WSFA 5KGWA 3ITHA 4N5SA 2LSNA 4GV9A 3G4SN 4L3QA 5HROA 4CZHA 3SI6A 1Q82O 1BISA 3Q7BA 3T1AA 1QVFM 4DR1K 2KTQA 3SUPA 3C6AA 3NH0A 4O4GA 1L3SA 4JV5K 1B92A 3V9ZA 1Q9YA 4IWVA 1B9DA 3VTIA 4CF1A 2OANA 4FWQA 3PIOL 3OYMA 3P39A 4DV7K 3UKRB 3CPWM 3AVGA 2F96A 2E4LA 3G6EN 1NMDA 4N47A 1BWFO 1NBWA 3RSEA 2G8UA 1T44A 1C0MA 4M3ZA 3VQCA 1O13A 3T1YK 2VG6A 1T05A 3ZETA 1YT3A 5C25A 3K5OA 2Q0UA 3VENA 1VSHA 1ASWA 4CGDA 3CIPA 5C10A 1OVQA 1BIZA 1ZYQA 1YF5L 4UY8O 3PIPL 1NGJA 3VEOA 2V7YA 4B1ZA 4E1MA 3NCIA 3VETA 1NGCA 3KKSA 1W9HA 1JJ2M 3OYLA 1QTMA 4YDUA 1RT7A 1BI4B 2A3ZA 1TL1A 4W5OA 3O4NA 2YHAA 1NJWA 3O4QA 3OVNA 1IG9A 2QWLA 2Q0RA 4DV2K 1N6QA 4RW8A 4BR5A 3J7AP 2W6KA 4CJ5A 4M3XA 2QWPA 4BR4A 4R79A 1BQNA 1MA9B 1WSEA 4K42A 2Q36A 2YKNA 2UXDK 1WUAA 5LMNK 2Z1HA 5M1FA 4WCEL 3H1QA 1DTTA 2QTDA 3IFRA 4YOTA 1K6YA 3ULEA 1C1BA 1LWEA 2WUSA 1WBDA 4DLGA 1F21A 4R5PA 1LAWA 4CJTA 4LF4K 4IZ9A 1HKGA 4CCHA 4RG8A 4KB0A 2HNYA 2YHXA 4OX9K 3QFPA 1HNZK 3WUHA 3TAEA 1TKZA 2HHXA 2A42A 4LSLA 3SAFA 3RSEB 3L2RA 3DMJA 5KQ8A 3WXMB 3IG1A 3KLIA 4C8MA 1G15A 4E1NA 3RR7A 1RNHA 1S9GA 3QEPA 4BGBA 4IOXA 3P31A 4TSXA 3WXLA 3HPGA 4CJ3A 4CEAA 4KPYA 3L3UA 4H03B 4F8RA 3M5RA 4KTWA 4OVLA 3WXKA 3J81O 3ZSWA 3QETA 3PY8A 4CK1A 3ZT3A 2E6MA 3EZ5A 1ATNA 3F2KA 3SQ2A 4KTZA 4DCHA 4FPBA 2VCPA 3WQTA 3CMEN 4CJFA 2JWKA 4MO4A 2QXLA 2V7ZA 5AFUA 4AHSA 3VGKA 4LSNA 1RTDA 4RW4A 1JLFA 4BACA 1JCFA 1KAYA 4KI4A 4H0XB 4CEBA 2YJFA 4I2PA 4DV6K 1YITN 3M3ZA 3VQAA 2OPPA 1KAZA 3DOKA 3SBTA 4JKHA 3QFUA 3L3VA 3AA4A 3IUCA 4IDKA 1KFSA 3QEIA 4WE1A 1VSKA 5EOYA 1D9DA 4H5RA 4CFAA 3H3OB 1ILYA 3OS1A 2HSTA 1RBTA 4C8NA 1D9FA 2JLEA 4FCYA 2I7NA 1BA0A 4BWMA 3NH1A 3HZ6A 2A41A 1C0FA 2HVIA 4DSLA 4PUOA 5KI6A 4FLVA 3L0QA 1JLAA 4FJGA 5KPTA 1TGOA 4CZFA 2GTDA 4I9LA 4Z4GA 4BG9A 1NG9A 2JGUA 1ZXOA 4BRMA 3JXUA 3ZEUA 3FR0A 1SS6A 2F7TA 5C24A 2QA4N 4M3TA 3V1QA 4E89A 4B9TA 4XH4A 3VN5A 3SAGA 4DUYK 4J2DA 3D7EO 4NXMK 2BH1A 2I7PA 2W41A 3DLRA 2PY5A 3V9WA 3AVBA 3O3FA 1HMVA 3CERA 1OKJA 3ZT2A 1VSIA 3VQ8A 3LL3A 4ICLA 4BVOA 3V9XA 1VQ6N 4YDUC 1T3VA 1U45A 1T8EA 4QCLA 3AO4A 1GLJO 1QZ6A 3U8XA 3L2VA 3ISNC 4JI6K 3BGRA 3NH2A 4HUEA 5E26A 1J6ZA 4CBXA 2FBYA 2D0PA 1TYQA 1JCGA 2HHWA 3LALA 4H0PA 4FK4A 2KHOA 5AQTA 4YHHK 4NYFA 3WNEA 3PX0A 4KFBA 1HYSA 2PYJA 4FK0A 3QINA 4CEDA 5LY3A 3VEXA 3DLHA 1X9SA 4PQUA 1BO5O 4FWNA 2X6NA 1KXPA 3ATVA 3SUQA 2D5RA 5C42A 1YHQN 3QEVA 1SL0A 3O80A 3CCLN 4BRLA 3KD1E 1H1VA 4OKEA 1VQPN 1U48A 3C65A 1UOCA 3MCAB 4CFDA 4Z4HA 1X9WA 1LW2A 1CZ9A 2RN2A 4ISFA 4I2QA 3D6RA 2UUAK 1HPZA 3QEXA 1KLMA 5D3GA 4BY9C 1HKBA 3CQ8A 3O1BA 4FJLA 1C6VA 3K5NA 1OH6A 5ELZA 3MXIA 4BQZA 1BGXT 3WXIA 3LZJA 4B3RK 4ZTFA 1T7PA 3AAQA 1Q81O 3DXKB 3NF8A 4JKCA 2OZSA 3FZHA 4KHNA 2FF3B 3B8AX 4FWKA 3NGYA 4H5NA 4CGFA 2HW3A 5BREA 3O08A 3QO9A 2O8EA 4FLYA 3SQ0A 3HI0A 4YY3K 2HHVA 1TV6A 3DI6A 2Z1IA 3KJVA 2D1KA 1JLEA 4H0YB 3E9OA 3AVHA 4BRHA 2O8BB 3DLLL 5I42A 1DLOA 3QBXA 4ZTJA 4FWOA 3ULDA 1NU0A 3NBPA 3FZMA 1SL1A 1RFQA 4DQQA 4NO7A 4HCBA 5AZIA 3CHWA 3WEEB 2YHBA 4FZZA 2HHQA 3CJCA 3BZCA 1EWQA 1C0UA 4KH6A 4A57A 5BRDA 3OYAA 1ASUA 3OYBA 2OTLN 3KIOA 4A61A 4JRQA 3I8BA 3EY1A 4FOIA 2YNFA 4FZXC 4JS5A 3RMCA 2NRVA 2E5LK 4EZ9A 4BRNA 4FM0A 2KFNA 4B8CA 3IRXA 3VF2A 3H45C 3K5MA 1KRPA 1N36K 2NRZA 4E3SA 1QZ5A 4FL9A 1EXQA 3P5JA 3KK2A 3OA9A 1YVNA 3O9QA 5FRMA 2KKZA 4CHQA 3V4IA 4BROA 2YX6A 3PUFA 1IBLK 2A6AA 3KTQA 3AVJA 4MO5A 2YNHA 4LC9B 3NF7A 3SUOA 4FOEA 4FJ9A 3HPOA 1FJGK 2ZJQL 3CCSN 2O8EB 1VQ4N 3VEZA 4A5BA 3HOTA 2IVOA 4HUFA 2HHUA 1YUWA 4AQYK 3TU5A 3DLKA 3KLFA 4HTUA 5HBMA 3LANA 4RW9A 4Q0BA 4XH1A 3QNOA 4FLTA 1VHXA 3OYNA 1EP4A 3E1YA 3THXA 1CLQA 4YOYA 4OGCA 2PZSA 2O8CA 1JLBA 3CCEN 4PKHA 1NK0A 3DM2A 3ZT0A 2YHYA 2GV9A 1U4BA 4DTNA 4DQRA 4CERA 4DG1A 2BDPA 4B3TK 2KQ2A 1Z05A 3CFRA 4JI4K 1P90A 2E20A 3MK6A 4DTUA 1V4TA 4WQ5A 4DMNA 5DK5A 4JI7K 3IDHA 3THYA 2ITMA 1HNWK 3ZSXA 5K14A 3SMPA 3TTDA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1K8A O;  3CCJ N;  4WF9 L;  1YJN N;  3CCU N;  1S72 N;  3CCQ N;  3CC4 N;  1VQ6 N;  5DM6 L;  3CCM N;  1VQM N;  5DM7 L;  3G4S N;  1Q82 O;  1QVF M;  1YIJ N;  2OTJ N;  2ZJP L;  3CF5 L;  3CD6 N;  5JVH L;  5MLC Q;  2OTL N;  5GAG P;  1Q86 O;  2QEX N;  1VQO N;  4WFA L;  3PIO L;  3CPW M;  3CME N;  3CXC M;  3G6E N;  1M1K O;  1W2B M;  1VQ9 N;  2ZJR L;  1KQS M;  4WFB L;  1YHQ N;  4IOA L;  3CCR N;  1OVY A;  5HL7 L;  3CCL N;  1YIT N;  1VQP N;  3G71 N;  1M90 O;  5GAD P;  5GAE P;  3CC2 N;  1VQ5 N;  4UY8 O;  3PIP L;  4U67 L;  3I55 N;  1VQ8 N;  5GAH P;  3OW2 M;  1ILY A;  2ZJQ L;  3CCS N;  1VQ4 N;  4WFN L;  1JJ2 M;  1QVG M;  1K73 O;  3I56 N;  1Q7Y O;  1NJI O;  5H1S Q;  5JVG L;  3J7Z O;  1Q81 O;  3CCV N;  1YJW N;  1N8R O;  3CMA N;  1K9M O;  1VQK N;  1YI2 N;  4WCE L;  4IO9 L;  2QA4 N;  1KD1 O;  1KC8 O;  3CC7 N;  1VQ7 N;  3CCE N;  4IOC L;  1VQL N;  1YJ9 N;  1VQN N;  3DLL L; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 3VGL A;  4LF7 K;  1RTH A;  3TAP A;  2HND A;  4AM7 A;  3KLG A;  2D0B A;  3QNN A;  1YJN N;  3THW B;  4BVP A;  4DTJ A;  2ZM6 K;  1IBM K;  5HRP A;  5AQI A;  3ZX2 A;  2X74 A;  3L2U A;  3CC4 N;  3VF4 A;  4BQL A;  2AJQ A;  5DM7 L;  3NF6 A;  4H0T B;  4B3O A;  1TAQ A;  3RMA A;  3MN7 A;  2VQF K;  4CF0 A;  4CJE A;  1YIJ N;  4XEI A;  3NFA A;  5T7B A;  1OH5 A;  1VSD A;  3CF5 L;  1Z26 A;  3DOL A;  3PX6 A;  5KTQ A;  3EO3 A;  2HHH K;  4M45 A;  3LM2 A;  1QQN A;  1NOZ A;  4IJA A;  4CBW A;  4DHY A;  2GBZ A;  3C94 A;  4CIE A;  1JXB A;  4DS4 A;  4CZM A;  4JI8 K;  3VQE A;  3ULE B;  3CXC M;  4LF6 K;  1NGE A;  2CH6 A;  2E1Y A;  4PKI A;  2FSN A;  4O55 A;  1NKC A;  3TR8 A;  5LL6 Z;  3HL8 A;  4CGH A;  1YTU A;  2I5J A;  5GIO A;  4FPA A;  5AQX A;  3NVM A;  1SV5 A;  3ZSV A;  1NM1 A;  1NK4 A;  3FFI A;  5HL7 L;  4EAH D;  2WOM A;  4B3S K;  1FKP A;  3G71 N;  1UWB A;  3SQ4 A;  4KHU A;  3IMX A;  1D4X A;  3MN6 A;  4CE9 A;  1NK6 A;  4BRK A;  3R6M A;  1HLU A;  2HMI A;  1VQ8 N;  2Q97 A;  2HNZ A;  1EWR A;  1QVG M;  3P38 A;  4PA1 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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