5GAHP

Rnc in complex with srp with detached ng domain
Total Genus 32
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
32
sequence length
117
structure length
117
Chain Sequence
MDKKSARIRRATRARRKLQELGATRLVVHRTPRHIYAQVIAPNGSEVLVAASTVEKAIAEQLKYTGNKDAAAAVGKAVAERALEKGIKDVSFDRSGFQYHGRVQALADAAREAGLQF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords SRP 4.5S RNA
publication title Structures of the E. coli translating ribosome with SRP and its receptor and with the translocon.
pubmed doi rcsb
molecule tags Ribosome
total genus 32
structure length 117
sequence length 117
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-11-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
P PF00861 Ribosomal_L18p Ribosomal L18 of archaea, bacteria, mitoch. and chloroplast
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5gahP00
1VQMN 3CCUN 5MLCQ 5H1SQ 5JVHL 3CCVN 1NJIO 3CC2N 1YJNN 1KD1O 3CCLN 1KQSM 5GAHP 3CCMN 1Q82O 1OVYA 1YJWN 1VQON 1VQ9N 2QEXN 1VQ5N 3I55N 3CCEN 3CPWM 1W2BM 2OTJN 3CCJN 1VQNN 3PIPL 1K8AO 1YIJN 3CCSN 3CCQN 1Q86O 1N8RO 1VQLN 4IOAL 5HL7L 5GAGP 1VQKN 3CCRN 4IO9L 1VQ8N 3CMAN 2OTLN 1VQ4N 3CD6N 5DM7L 3CC4N 2ZJPL 3CC7N 5GAEP 1M1KO 1S72N 4WCEL 4WFNL 5DM6L 1K9MO 3CXCM 1K73O 2QA4N 1Q81O 1Q7YO 4WFAL 2ZJRL 4WFBL 2ZJQL 1KC8O 3OW2M 4UY8O 3DLLL 3PIOL 1YHQN 1QVGM 4WF9L 3I56N 1YITN 1YJ9N 3G4SN 5JVGL 1JJ2M 1QVFM 1VQ6N 4U67L 1ILYA 1YI2N 1VQ7N 3G6EN 4IOCL 1M90O 3J7ZO 3CF5L 5GADP 3CMEN 3G71N 1VQPN
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5AZIA 4E89A 4CZJA 4ELVA 3QIOA 1T8EA 2G8WA 3L6QA 5M1PA 2HBKA 3FZFA 5F2RA 2QTDA 3CC2N 3S9HA 1TK0A 1XHZA 3ENHA 2DTUA 5GIPA 2A41A 3IAYA 3P4IA 2D0AA 3A8YA 4CK2A 4FLUA 3G10A 5E84A 5FPMA 3OJUA 3DXKB 3OYFA 2DFHA 3UB5A 3HSCA 4JS4A 2P51A 5M1QA 4RW8A 3ZSYA 2VQFK 4FOEA 5T7BA 4LSLA 4XIUA 4B9MA 4DU4A 1TYQB 1S9GA 3PIPL 4CGJA 2DY4A 3DI6A 1NGFA 1TL3A 4IWVA 4FJ9A 3DXKA 4QAGA 4LFCK 4M3WA 4JYAK 2CGJA 4LF8K 2F96A 1NKCA 5M1KA 4GV6A 4BRHA 2HHVA 3DLGA 3HVTA 1TYQA 1W9HA 3KVGA 2CGKA 4B9TA 2E2NA 3CJAA 1XI1A 4H0TB 1JLBA 2GWKA 1RDWX 4BG8A 3IS9A 4DV3K 3PX6A 3KWIA 4BR0A 4GMJB 3HOSA 1HRHA 3O80A 3CD6N 1CLQA 4BRKA 3L2QA 4MQ3A 4C1NK 1EKEA 3CM5A 3ENOA 4K41A 4DLEA 3M1FA 4BDYA 1TVRA 2FBTA 1BA0A 1A5WA 1HYVA 4DMNA 4ISEA 3TTDA 4BDZA 4N56A 1HR0K 5JS2A 3O3FA 3UIQA 1JL1A 3WNFA 5ADXA 1NJYA 2HNDA 3ENBA 3SAHA 3SV3A 4M45A 4KPYA 3SUQA 1C0FA 1GLBG 4NYNA 4BR4A 3AO4A 4FWNA 3CQ8A 2EHGA 3ZX2A 5M1NA 3I0SA 4AM7A 4PL7A 4LD0A 4CEQA 4LH4A 4PHTX 1LCUA 4CERA 5FPNA 1NGDA 3HP6A 3TABA 2PYLA 3RMAA 5EU7A 2AA4A 1VSKA 4AILC 3IFRA 5IWAK 4H0YB 3K9KA 3O4QA 1YJNN 3JS6A 2IGIA 5C25A 3ZSWA 2E6LA 3DLRA 1SKRA 2FBVA 4W5QA 1ZBLA 2GUPA 1TKTA 3F2KA 4GY2B 1Q18A 2HBMA 3ZX3A 4RCHA 3HI0A 2GV9A 4Y0WA 4CF1A 2FSJA 4JI2K 3LWLA 3HT3A 4FJ5A 3NBPA 1EXQA 4J2BA 5C12A 3DJCA 5CZ2A 1WSFA 4FLYA 4ISFA 4CK1A 3TWHA 1J5OA 1NGIA 3E66A 2JGUA 4JI5K 4CJRA 4CD3A 3AVGA 2NNWA 4RG8A 3TSPA 5TKYA 4U7BA 1LAVA 3T7ZA 1RTJA 5AQTA 4WCEL 1BIZA 4QS7A 1RTIA 5HROA 4FLWA 3UKRB 4IEEA 1OH7A 4LF7K 1JLCA 4JKFA 3CXCM 3T3FA 2NRHA 1C0TA 5AFUA 3DLEA 1DTTA 2KQ2A 4WFBL 1RNHA 4DFKA 3IKMA 1XUPO 3UKRA 1T7PA 3ZT1A 5KRSA 4FJHA 4UY8O 4KV8A 3VPZA 2YNHA 2XHBA 1GLCG 4DTSA 3J80O 2V51B 1QVGM 2ZWHA 4IJAA 1LOTB 1VSHA 4W5NA 4BVPA 1YITN 1HYSA 4BRGA 2QWOA 4DQPA 3P1GA 4MDBA 1CZBA 3KKRA 4FJLA 3EKSA 1GLAG 3EN9A 3CPEA 4BRAA 3P39A 1TKZA 4HTUA 1HLUA 3G71N 4M3TA 2BDPA 4XEIA 3SQ2A 4M63C 1VQMN 1U6ZA 5MLCQ 3GL1A 4O4GA 4LF9K 3SJJA 2OPSA 4KHWA 4J2EA 4CJQA 5KPZA 3M8QA 3L8BA 5AQUA 3I55N 1MDUB 4Z4GA 4E7JA 4F3OA 3LDLA 1Q8IA 2FSKA 3JYTA 4PKHA 2D5RA 5JLFA 2QWQA 4C8KA 2HB5A 3A2FA 1QE1A 2GWJA 3VF2A 4IEIA 3KKSA 4E0DA 2F4VK 5AQPA 5KI6A 1SZ2A 4CJ3A 1NJXA 3DRRA 4B3MK 5B8HA 3HO1A 3O08A 1S6PA 3NH0A 1VQ8N 3C7NB 3SUNA 1S22A 1VQ4N 1U04A 4E7HA 1NKBA 5AQSA 3LZJA 1X3NA 3SQ1A 5LY3A 3HM9A 1TUUA 1ATSA 1JLQA 3C7NA 4BE1A 3RTVA 3FLCO 3QEIA 2HBLA 2W40A 2GELA 1WSHA 3PX4A 3FR0A 2DFFA 5KQDA 1T44A 4H0PA 3U9DA 4CF2A 4GVEA 1OH5A 4GKJK 3HOTA 3K5LA 3LZIA 3J7AP 1NMNA 4DQRA 2KFZA 3CERA 1W7AA 3M8RA 3KWGA 1JCEA 4B9SA 1G15A 1RFQA 4BRPA 4JKDA 3TAGA 1GLEG 2HHXA 1HNWK 2WC9A 3DMJA 3G4SN 1RTDA 4R79A 4JEPA 4CEBA 3FGUA 1QQMA 3EZ5A 4FLTA 3WXKA 3VMFB 4XH1A 3FE1A 1X3MA 3E9LA 4FZZA 1S1UA 1SL2A 1N34K 3TSQA 4KTQA 5FROA 4YOTA 2I7NA 4BQLA 5GIOA 4FJJA 1U48A 3VERA 2R7YA 4CIEA 4DSFA 4HVJA 4CZFA 1IG9A 3D2EB 4CFDA 1VQ9N 5KQ8A 3KIOA 2WTUA 1NGJA 5FPDA 4WE1A 4E1MA 3F9MA 3ZSZA 2Q3SA 5AQGA 3CHWA 4C8MA 3D2EA 1ZBFA 3OTOK 1NGAA 2OYQA 3WNEA 3VEOA 1HX1A 3EZWA 4C1NI 4DUZK 4JKGB 3M5RA 4WQ4C 3RR7A 1S1TA 2VWBA 1IO2A 2B4JA 4DF8A 4YDUC 2QWPA 1HJOA 4H0XB 4DKWA 1IKWA 4A57A 1W97L 4JKCA 2ZGYA 3ZT2A 2UUBK 3SAGA 4J2AA 1GOCA 3BEXA 4DFJA 3ATUA 4CGIA 4RW9A 4M3XA 3T69A 4FJIA 4CECA 1FK9A 2W42A 4BRLA 4FL9A 5SZTA 1JXBA 1JCFA 3W3DA 1NK8A 3DAWA 3NF7A 1HJRA 1VSMA 2E2QA 2E20A 4PY5A 3T1AA 5J1EA 2QKKA 4A61A 1E4GT 1N33K 2E1ZA 1XC9A 3DXMB 4B1UB 1LAWA 3CQYA 5AQVA 5AZJB 3RSEB 4C23A 2Q0RA 4CJTA 3PIOL 1HYZA 3NHGA 1NK5A 3IMXA 1UA1A 2V7YA 3VA0A 3V9XA 1JJ2M 3THXB 3NGYA 2A6AA 5I3UA 4CFAA 3DXMA 5AZJA 3RSEA 3WUHA 2PY5A 2ASPA 2FF6A 1M90O 2IAJA 1E3MA 1RBUA 4CJUA 4DR6K 3KK2A 4JS5A 3THXA 4KH6A 5HRRA 3V6DA 2A42A 1QHAA 2FBXA 3TU5A 2IIRA 1KVCA 5CHIA 1BHLA 1H1VA 3CIPA 4RWTA 3NAEA 3PSIA 2A40A 1VSLA 1RDUA 3O9TA 4DQ8A 3VETA 3CJ7A 3QBWA 1N5YA 3ZLJA 1ZBUA 3THWA 3O4NA 3SCXA 3SI6A 4ELTA 3F73A 3CJ9A 2BH1A 4FM0A 4BE2A 2BUPA 3QO9A 4CBUA 2IDOA 3HK2A 2Q1NA 2D0PA 2P9SB 1HQEA 4EP5A 3VQ7A 1D5AA 1WOQA 1UAXA 4HUGA 2QWNA 2HVHA 2YHXA 4BE0A 1OH8A 4A2AA 4FWQA 3K58A 4WYBA 3AA3A 4DFPA 2O8EB 2P9NB 3QERA 5DK5A 4CIGA 2Z1IA 4O0JA 4CEDA 1VSDA 2HNZA 4FPBA 5HRSA 4H5WA 3NH2A 1K9MO 3CQXA 4JK9A 3AVFA 2CH5A 3MN7A 2YJEA 4YOXA 5I9EB 1HNZK 2O8EA 2P9NA 2RF2A 3VGMA 1K73O 1HNXK 1Q7YO 3OBYA 3AO1A 4CF8A 2PZSA 1TUYA 4BREA 1A5XA 4CZGA 2QWLA 2YKNA 3WQTA 1IH7A 2X6NA 2XY8A 4A62A 3AVIA 3VEZA 2VG7A 3QB0A 3QEXA 4CI6A 2RHKA 4CZHA 5JICA 2XY7A 3GOIA 2QXFA 4I6MB 4DTRA 1ILYA 3EYZA 3ATVA 3J7ZO 3V9UA 3CF5L 3MEGA 1Q9YA 4MLEA 5HP1A 2V52B 5BRDA 5BR8K 4M3YA 4CESA 4CJKA 1VSEA 3S3NA 4E1NA 5AQIA 4DR7K 4I9QA 2HOEA 4B9UA 4KI4A 4CF0A 3LWMA 5AZIB 3FZMA 5C2DA 1TKDA 3CCEN 1JL2A 1K6YA 1RT3A 1MWKA 5I42A 2FLOA 3VQBA 2NRXA 4MLHA 3OYEA 3E1YA 1YIJN 5CE3A 4BVOA 4OLAA 3H3NO 5CY4A 3P5JA 4QS8A 4AHRA 3LAKA 3MAQA 3ID6A 1GLJO 2GUIA 4W5OA 3DLKA 3NVKA 3C6HA 4N76A 1NLVA 2W41A 4IDHA 4FWPA 2Q0UA 3O5BA 5A2QO 5KRTA 1L3UA 3VA3A 1CZAN 5LL6Z 3SPYA 3LDPA 2OTLN 1NGGA 3OYIA 2O8DB 1Y64A 3CC4N 3AAPA 1S72N 3L4IA 3D2FA 3E01A 3NF9A 1YT3A 3DLBA 4IJNA 3B6PA 2OPRA 1QSYA 2O8DA 2WUSA 3H3OB 3ZX0A 3CI5A 2YI1A 3SMPA 3OYLA 4E7IA 4Z4EA 2Q97A 5AQNA 2F8TA 3O3GA 3H1QA 1HKBA 2E4LA 3TTCA 4H4MA 3QEWA 5JS1A 5C2FA 1OKJA 2VG6A 4Z0UA 1UA0A 4JKEA 1YAGA 2Y1JA 2UXDK 5FPEA 3DYAA 3ZT4A 3DLLL 1WSEA 3DM2A 3TAFA 1IV0A 4B8CA 4DU1A 1DTQA 1MWMA 3MXMA 1ZBHA 4M3RA 2Q36A 4LC9B 4CJSA 3AV9A 1N32K 2G8IA 2OA8A 5GADP 4M41A 3T1HK 2ZQBA 1TL1A 3OS2A 4O0IA 3UE5A 3QNOA 3PLAA 4Q0BA 1BWFO 4O8KA 1NJIO 4H8KA 3J81O 1KQSM 3QESA 5FRMA 1Q82O 3KD1E 2HW3A 1WN7A 2G8KA 4BWJA 3ZSQA 4K8XA 4JI6K 4NXMK 1P90A 1HPMA 4FLZA 3ZYYX 4NB4A 5JLHA 3LM2A 3GE1A 3K57A 1DLOA 3TARA 3GDQA 3GG4A 5HLFA 1RT5A 1NGEA 3NE6A 5IT9O 2B5JA 2OPPA 4OPHA 3HM8A 3HVRA 3BZKA 3V1RA 4K25A 2CH6A 4OVLA 1NG9A 1WSGA 3WNHA 1BI4B 4FJNA 3O9SA 4DR1K 5GINA 2WFBA 1FXXA 3A0IX 4DSJA 4ID1A 3SZ2A 1RDDA 1X1PA 2PAVA 2E2PA 3S41A 2OZSA 4JK7A 3CC7N 3MK6A 1BI4A 2P9IB 5AQYA 2P9KA 4CJWA 3OYGA 1P8ZA 3VQPA 4LF6K 1BDGA 3TAEA 3RR8A 1BA1A 4NLCA 4B8AB 2P9IA 3PUFA 4DV5K 2VG5A 1Q81O 4KBOA 1ATRA 3BF3A 4CZIA 4AH9A 3WEEB 4YY3K 4JI3K 2VGMA 4IOXA 4YNQA 2BANA 4H5RA 2Y1IA 1RBTA 4ZHRA 4KHUA 3OYMA 4LF5K 3A5NC 3Q7BA 3WEEA 3ITHA 4DFMA 3MXJA 4HWIA 4U67L 1JLEA 3NGZA 3S3MA 1YVUA 1TAQA 3R3LA 3K0SA 1ZBSA 1T6DA 2YNFA 3CETA 5JMVA 3NDKA 4AHCA 4DV4K 4B3TK 3LP0A 4DF4A 3O3HA 3T1YK 4FK2A 1OH6A 3I0RA 5D3GA 3CCMN 4G1QA 1EWQA 4YOYA 3AVLA 1VQ5N 2G8FA 2QI2A 1RTHA 3NF8A 3JAMO 3LDSA 5AQZA 4I2QA 3A5MC 1C1AA 3VQ5A 3V9SA 3TI0A 2IC3A 4CJFA 1C6VA 4MO5A 2YHAA 2X6SA 4IBNA 3SMSA 3FZKA 4O8UA 4CJ5A 4IFEA 4DTJA 2FC0A 5C15A 5GAGP 3QFPA 3H46O 4JHDB 3CCRN 2F8SA 2ZF5O 1QQOA 3S3OA 4KB1A 3HL8A 4JI8K 3ASMA 4FW2A 1EQYA 3VQQA 1M1KO 4KHNA 2QXLA 4C8OA 1XHXA 1ASWA 1BU6O 2HNYA 4B3RK 4DR4K 4LF4K 4JHDA 5CYMA 4E7LA 4K42A 4CJ4A 4JI7K 3AVNA 5DM6L 3QINA 3LP2A 3P31A 2KFNA 2E8AA 4JI1K 1IBMK 1I3AA 2QA4N 1JLFA 1HKCA 4CVNE 5FLXO 4CHZA 1Y97A 4W5TA 4B3OA 3CYMA 3E9PA 4FJKA 3ZSOA 5EOYA 4YHHK 4F2SA 4CEEA 5BRFA 4CJEA 4BACA 2FBYA 2IVOA 3G0ZA 3J8AA 3PV8A 1IBKK 2HSTA 4HCCA 1BL3A 3D0PA 3DRPA 3VQ8A 1NWKA 3EEQA 5BN8A 2Z1GA 4EZ6A 3A5OC 2P9PB 5C24A 5TKWA 3VQ9A 1XNRK 3OYJA 3JXUA 1N36K 4CHOA 2X74A 4BGAA 1VRTA 1BIUA 3WNGA 4BG9A 2GEMA 1U49A 1GOBA 4YOUA 4IXCA 3L2VA 2QEXN 2YNGA 2P9PA 1QQNA 4FWSA 5BPLA 1J5EK 3CPWM 1RBVA 1VSFA 3AVMA 1KRPA 4IZ9A 1K8KA 4OLBA 1J54A 5AQMA 3O6WA 3ZSVA 3SUOA 2NRTA 5AQOA 2D0BA 2E5LK 1BG3A 2VQEK 2OCEA 1J6ZA 2HHUA 4Z4HA 2RPIA 4FJ8A 4CJPA 3DRSA 4Q5VA 3AO3A 3RRHA 3C0BA 3TANA 1Z6RA 3EL2A 4JLHA 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4H03B 4G9ZA 2O8BA 4EAHD 1VRUA 3AVJA 4DUYK 1NU0A 2IS3A 1L3TA 3TPQA 4B9LA 3V9WA 4PKIA 2P9LA 1NGHA 2A1SA 2G8VA 4BRDA 3HYFA 1EETA 3D45A 3HZ6A 3MWTA 2YJFA 3KJVA 1FKOA 3O9QA 4OKKA 1D8YA 4HHTA 4Y1DA 4BQZA 3OYBA 2QK9A 2QW9A 3VTIA 4B1WB 4CF9A 4DQIA 1QHTA 3QMLA 2P9UB 5KPRA 3E9OA 5BPMA 4NLBA 4FO0A 4PWDA 3CMEN 4F9OA 3IDHA 3U9ZA 1KTQA 4DS4A 4C8LA 2D0CA 1O13A 1RDBA 1E4FT 1G99A 1KFDA 5JVHL 2P9UA 3MN9A 3QLHA 3KZBA 4HUFA 1WBDA 4GV9A 2HBJA 4AHUA 4ILHA 2ITMA 3MX2A 1BUPA 2BE2A 3AVAA 3CJBA 3SJHA 3NCIA 2UYTA 4FYDA 3NFAA 1QS4A 2O8CB 3WXIA 3CCJN 1KFSA 4CZLA 3ZSRA 4M7YA 4CJ7A 5BREA 3CCSN 1MA9B 3R9PA 1SS6A 1L3SA 3VQCA 4R5PA 3BP8A 3VESA 1YTAA 5AQXA 4X64K 2O8CA 4B9QA 3LDOA 2RKIA 3N4QA 3MCPA 5HL7L 4NCBA 2WOMA 2AP1A 2Z1JA 4FZYA 3C65A 3AVCA 1BQNA 3SBGA 4LH5A 4YOVA 4CBXA 5F0XA 4KH5A 4FW1A 4JRPA 4FLVA 2NRRA 2W6KA 3K2PA 4EP4A 3ZCMA 3SLCA 1X9SA 4F3TA 4JI4K 4LY7A 2E2OA 4IO8A 4BDPA 3D2FB 2OPQA 3QBXA 2GTDA 4FSVA 4JD2B 3CFRA 3U8XA 1KXPA 3K9JA 2VWKA 4CGGA 3VQEA 4HCBA 4PA1A 4O55A 2I7PA 1YHQN 1O1WA 2VYPA 5FRNA 4M7XA 1B92A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1VQM N;  3CCU N;  5MLC Q;  5H1S Q;  5JVH L;  3CCV N;  1NJI O;  3CC2 N;  1YJN N;  1KD1 O;  3CCL N;  1KQS M;  5GAH P;  3CCM N;  1Q82 O;  1OVY A;  1YJW N;  1VQO N;  1VQ9 N;  2QEX N;  1VQ5 N;  3I55 N;  3CCE N;  3CPW M;  1W2B M;  2OTJ N;  3CCJ N;  1VQN N;  3PIP L;  1K8A O;  1YIJ N;  3CCS N;  3CCQ N;  1Q86 O;  1N8R O;  1VQL N;  4IOA L;  5HL7 L;  5GAG P;  1VQK N;  3CCR N;  4IO9 L;  1VQ8 N;  3CMA N;  2OTL N;  1VQ4 N;  3CD6 N;  5DM7 L;  3CC4 N;  2ZJP L;  3CC7 N;  5GAE P;  1M1K O;  1S72 N;  4WCE L;  4WFN L;  5DM6 L;  1K9M O;  3CXC M;  1K73 O;  2QA4 N;  1Q81 O;  1Q7Y O;  4WFA L;  2ZJR L;  4WFB L;  2ZJQ L;  1KC8 O;  3OW2 M;  4UY8 O;  3DLL L;  3PIO L;  1YHQ N;  1QVG M;  4WF9 L;  3I56 N;  1YIT N;  1YJ9 N;  3G4S N;  5JVG L;  1JJ2 M;  1QVF M;  1VQ6 N;  4U67 L;  1ILY A;  1YI2 N;  1VQ7 N;  3G6E N;  4IOC L;  1M90 O;  3J7Z O;  3CF5 L;  5GAD P;  3CME N;  3G71 N;  1VQP N; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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