5DM7L

Crystal structure of the 50s ribosomal subunit from deinococcus radiodurans in complex with hygromycin a
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
104
structure length
104
Chain Sequence
RRKLRTRRKVRTTTAASGKLRLSVYRSSKHIYAQIIDDSRGQTLAAASSAALKSGNKTDTAAAVGKALAAAAAEKGIKQVVFDRGSYKYHGRVKALADAAREGG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Crystallographic characterization of the ribosomal binding site and molecular mechanism of action of Hygromycin A.
pubmed doi rcsb
molecule tags Ribosome
molecule keywords 50S ribosomal protein L1
total genus 18
structure length 104
sequence length 104
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-09-08
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5dm7L01
1YJWN 5GADP 1VQPN 3CD6N 2OTJN 3PIPL 1N8RO 5JVHL 4IOAL 1Q7YO 1VQMN 1ILYA 1VQ7N 5MLCQ 1Q81O 2QEXN 1K73O 3CCEN 5DM7L 4WFAL 1VQ5N 1OVYA 1VQ6N 1JJ2M 1VQLN 1YJNN 5DM6L 5GAHP 3I56N 1S72N 2ZJQL 5GAEP 1Q86O 4WCEL 1VQON 4WF9L 3DLLL 3G4SN 1YJ9N 1YHQN 3CC2N 1QVFM 3CCVN 4U67L 1K9MO 1M1KO 1M90O 4WFBL 3G71N 1KC8O 3J7ZO 3CC4N 3CXCM 2QA4N 1Q82O 3CMAN 3CCMN 1QVGM 1KQSM 2ZJPL 3CCUN 5GAGP 3CMEN 3OW2M 3PIOL 2OTLN 3CCJN 1YIJN 1YI2N 3CPWM 3G6EN 3I55N 5H1SQ 1VQ8N 3CCSN 5HL7L 4IO9L 1K8AO 3CCLN 1VQNN 1KD1O 1VQ4N 3CF5L 1VQ9N 1VQKN 3CCQN 2ZJRL 1YITN 5JVGL 1NJIO 1W2BM 3CC7N 4WFNL 3CCRN 4IOCL 4UY8O
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4ILHA 3TAPA 3D2EA 4FLWA 3SPYA 4KO0A 1RGIA 2YNFA 4OKEA 1HX1A 2XY6A 3DOLA 2HB5A 1JL2A 3MEGA 3JAMO 1VSIA 2HF3A 3J7AP 1BI4B 2VQFK 1NLVA 3GDQA 3G25A 4RW6A 1Y97A 3NF8A 4BG9A 2V51B 4DSIA 1TL1A 2BANA 1NOYA 4DV5K 4H5RA 3QNOA 2KKZA 4OGCA 3LP3A 1LW0A 4DV7K 1NKBA 4N47A 4ID1A 4JS4A 2X74A 3O6WA 3U3YA 4B1VA 3QICA 1TAUA 3K5NA 1GLDG 1YJ9N 1X1PA 1RBSA 3KKSA 1QVFM 2QWPA 4JNEA 5AQTA 2UYTA 3KK1A 4C1NI 3IUCA 2Q3SA 3AAQA 3PLAA 1E4GT 4FLZA 2WFBA 5KPRA 3D0PA 1JXEA 3AO5A 3CCMN 3UKUA 2OPQA 4CJ5A 1MDUB 2WUSA 5HBMA 5C2FA 1ZBFA 1RT3A 4N41A 4FOEA 4M3RA 4FCYA 1DEJA 3MK6A 1NGDA 3JS6A 3ULEA 5AQUA 1RT7A 4CF9A 3V1OA 3K5LA 1NJYA 3FGUA 4CHYA 2IIRA 1DTTA 4NB4A 4CEFA 2E1YA 4FLYA 3SPZA 3OS0A 4KTQA 3CF5L 4DLEA 3CQXA 4CW7B 5HP1A 4CE9A 4BC2A 5B8HA 4CZLA 4KI4A 3SQ4A 4CEQA 1W2BM 4I2QA 3HL8A 4QS7A 3P38A 4M3UA 1RDUA 2YJEA 3VENA 2P9PB 1W97L 4HTLA 3WQTA 2XY7A 4FXDA 2VWKA 4FPAA 4DMNA 4O44A 3NVKA 4DHYA 1SKRA 2NRXA 3VQ6A 3L3UA 2UXDK 4GV3A 5MLCQ 2FC0A 3O3GA 2QEXN 3WNEA 1S1VA 5C12A 4LH4A 3T19A 1NU0A 4Z4CA 4BDPA 3DXKA 1VQ5N 5CYMA 1GOCA 1IKXA 1O13A 2GWKA 3MWPA 3DMJA 3O5BA 4HUEA 4Z4IA 3ID6A 4KHUA 3ZT0A 3RR7A 4FJKA 3L2QA 3ULDA 1RCHA 3HVRA 1S72N 3S41A 3VPZA 3G10A 1HLUA 3DLBA 5AQXA 4CJ4A 3P39A 2O4IA 4PA1A 1BIZA 4HCBA 4FJGA 4JEPA 4O5FA 3EYZA 1WSEA 5AZIA 3WXIA 1Z26A 1NGEA 2VCPA 2LSNA 4KHPK 2PBDA 1VSKA 4F4KA 4JI2K 3KLGA 3AVMA 3DJCA 1C6VA 2HBLA 3CC4N 2G8WA 4N5SA 4WQ5C 4W5QA 4G1QA 2O8EB 4BRMA 2A3ZA 4DSFA 1A5VA 1BOTO 3DYAA 3TPQA 4JAXA 3DRRA 1NBWA 4C8MA 1RBTA 5M1PA 1RTIA 1Q9YA 5JS2A 5FRNA 4CD3A 3THVA 5BN8A 3QERA 4IWVA 3NVMA 4OPKA 1VQNN 3AVGA 5AZJA 2P9NA 3CJBA 2QWMA 4I9LA 1X9MA 2HMIA 1D4XA 2ASOA 5JVGL 4KTWA 1S1UA 1NG9A 2E8AA 3B8AX 4DR4K 4ISEA 4FM0A 3LM9A 4NCGA 3CCRN 2D0AA 1T7PA 3ZLJA 5HLFA 1QSLA 1I39A 1VQPN 3Q7BA 4E7KA 4ZHRA 1XMOK 3ATVA 3PIPL 1C1BA 4CGIA 2F9WA 4DTNA 3ZX0A 1CZBA 3HRGA 1RT4A 1RILA 4DR2K 4HCCA 1WAJA 5AQOA 4BRGA 2P9LA 3BF1A 3SLCA 3FZLA 1SL1A 4DQ8A 4CJFA 4BGBA 4E7HA 4FJ9A 3WNGA 3HTVA 1NOZA 2W6LA 4CESA 1N33K 4CJQA 1P90A 2ZQBA 5EXWA 3MEEA 5KPTA 4BDYA 4E3SA 4E7LA 1N5YA 4QAGA 3VOVA 3SJHA 4NYNA 1BISA 2P9KB 4B9NA 2IVOA 2NNWA 1BG3A 4FJNA 1TYQB 3HYFA 2I5JA 4CJLA 2D0PA 1JLGA 1RDWX 3ZSQA 1GLFO 3EL2A 4HUFA 1NKCA 4QCLA 4DQRA 3K2PA 2BTFA 3TTDA 4FJHA 1RBVA 3QEXA 1HNWK 4DR1K 5BREA 4O8KA 4B3MK 3MXMA 3NH0A 3CG7A 3VN5A 3RSEA 1U2VB 3IS9A 4M3WA 3KK3A 1W9HA 4IO9L 3I0SA 2DTUA 3ZSXA 3OYAA 4MDBA 2P9SA 4R79A 4FK4A 3AVHA 4OPHA 4KREA 2IC3A 1GLLO 2BUPA 4DSKA 5AQZA 1JCEA 3VESA 1SKSA 4Y0WA 4BRIA 3BF3A 4FWRA 4DFJA 5I42A 2HHVA 3R1XA 3JYTA 4RG8A 4O0JA 4DR7K 4PHTX 3PO4A 3V9XA 4CBWA 3IMXA 2UXCK 3M8QA 4CIGA 4CGHA 4CHPA 2E2QA 1J5EK 1YAGA 2YKMA 1NM1A 4HVJA 1K8KB 1KAXA 1DKGD 4DG1A 1ASWA 4CHNA 1X3NA 4DV3K 2HHUA 3MX5A 3IAYA 1S22A 1BQNA 3J81O 3OYDA 1VQLN 2RHKA 1TUUA 5CR4A 4L3QA 3I56N 1ZBUA 1LAVA 3L0QA 1XUPO 3DAWA 4KRFA 2G8HA 3THWB 2ITMA 4H8KA 4JI5K 3PY8A 3G4SN 4DU4A 1HKBA 1YHQN 3JXUA 1FXXA 4BVOA 4WFBL 1NK7A 2NRWA 1B92A 1J53A 3EZ5A 3P4IA 4DV1K 3H45C 4DS5A 3CXCM 2O8BB 4XH1A 2KFNA 3EZWA 4BR7A 2X78A 1GOAA 4A2AA 2Z1IA 4B3SK 2IAJA 5AQPA 1GOBA 1QVGM 4QOZB 3CCUN 3VA3A 5ADXH 4CECA 1CZ9A 5F1XA 4IJAA 1S1XA 3DI6A 4NCAA 1RT5A 3EO3A 1QSSA 2GELA 3F9MA 3ITHA 4BRQA 2O8FB 3KHYA 1HNIA 3WXJA 3O4QA 4AHSA 1UWBA 4EZ9A 4FJIA 4JV5K 2PYLA 1NKEA 4IDHA 3VEVA 3OYGA 4X62K 4IKFA 4H0VB 4KH4A 4BROA 3MXJA 2HMPA 3MCPA 4JKFA 1YITN 4YOVA 3TAEA 5CZ1A 1GLEG 4CZFA 3UIQA 4BY9C 1JL1A 1MWKA 3QESA 1U6ZA 3LWLA 2FF3B 5LJVA 1GLAG 3S3MA 3A8YA 3BP8A 4KH6A 1G99A 4DFMA 3V9ZA 4B9UA 1ILYA 4CZGA 3SMPA 4XH5A 2ASMA 2V7YA 3H6EA 5J1EA 1IH7A 5HRNA 3OBWA 4LY7A 4J2BA 1OH7A 1TGOA 3WNHA 5EX5A 3MCAB 3O3HA 2CH6A 1OVYA 3LZJA 1DLOA 1LWEA 3HPHA 4LD0A 2VWJA 5AFUA 4B1XB 2A1RA 2FSKA 1TKZA 1QZ5A 1TAQA 4Z94A 2BGGA 3SAFA 2HBMA 3H3OB 3CJAA 4H5VA 1S3XA 1UA1A 1CZAN 3DLEA 1VQON 3UB5A 2P5OA 3DLLL 2KFZA 2GUPA 4DQIA 1HNXK 3NGYA 5AR0A 3VEYA 2PY5A 2HHHK 5J2MA 5J2PA 1NGAA 3TTFA 2FXUA 5FRMA 4HHTA 3CMAN 4I6MB 1IG9A 3T1HK 4MLHA 4FJXA 4GNIA 1VRUA 2QWLA 3AARA 4BR4A 4DV6K 3RVCA 3OW2M 1C0MA 2FSJA 2WTUA 4B8CA 5FPMA 4JI0K 2QKBA 3TABA 3ISNC 3MN9A 3CCJN 4NXNK 1D5AA 5EU7A 3OJUA 5GIPA 3G6EN 3B6PA 5KGXA 3A5NC 4AM6A 1QZ6A 5F2RA 4HUGA 3ALYA 4YOTA 1NK6A 4QS8A 4X66K 2P1JA 2QWQA 4CJSA 2EWSA 1VQ9N 4F2SA 4FK2A 2HNZA 3RTVA 2ZJRL 4PL8A 1ESVA 5BRHA 5DMRA 2G8KA 4FLVA 3AA3A 4WFNL 2XO7A 3OY9A 1KAZA 2HBJA 3LP0A 1IBLK 2IVNA 3THXB 2OA8A 3KK7A 3R3LA 4BRLA 1T03A 2D4WA 3VQ5A 3ZETB 2IOCA 4FWKA 5BPMA 3SUOA 3A0IX 2GEMA 3LDOA 1VQMN 1JLFA 1BDGA 4O55A 3DRPA 1OH8A 5D3GA 4GMJB 2BH1A 4EHTA 4WFAL 4KB0A 2D1KA 4DS4A 1UA0A 3L4IA 4CJVA 4K8XA 1SL0A 4JKEA 4C8KA 2QXFA 2Z1GA 3FZFA 4ILGB 1QQOA 5HOOA 5GAHP 4E7IA 3UKRB 3VQDA 4FJJA 2XY8A 3C95A 4AQYK 1EQYA 1T3VA 5LL6Z 4WCEL 2QWOA 2X6NA 2FBVA 1NGIA 3L3VA 3V1RA 3VQCA 3GG4A 3VEOA 4BG8A 3WNFA 3O08A 4PUOA 3KZBA 3ZX2A 2GTDA 3J7ZO 2RE2A 4AILC 3ENHA 4BR0A 3CQYA 1ZBLA 3QIPA 3DXMB 4FWOA 3ZSYA 3CPEA 1RDBA 2VG6A 3DOKA 1K6YA 2QTDA 3M3ZA 3CFPA 1A5WA 2O8CB 2YI1A 3LDPA 1QSYA 1CLQA 3HPGA 3CMEN 4JK8A 5C24A 4YFUA 3U6FA 3TSPA 5IWAK 4DWIA 3AVKA 2VGMA 1I3AA 2B4JA 3RR8A 4DTUA 2NRRA 4ILJA 1HJOA 4NYFA 4KFBA 3PSIA 4DV4K 4KI6A 1TL3A 4H0TB 3HPOA 5CE3A 1JLQA 1KVAA 3D2EB 1KSPA 4K25A 4OKJA 4R5PA 2OZSA 3U8XA 3VEZA 5M1KA 3LWMA 4C8NA 3QB0A 3QO9A 3E9LA 1JLCA 4FO0A 3A5OC 3ZX3A 3EN9A 3R6MA 2D0BA 4KH5A 4LSLA 5FPEA 1OH6A 1NK9A 4B1YB 2QXLA 2E6LA 3OYKA 2E6MA 3TU5A 1ASUA 4DU3A 4PL7A 3IDHA 2AA4A 1RTJA 2F8TA 4JHDA 4DFPA 2DFHA 1ITGA 1ATSA 3VTIA 1S6PA 2YX6A 4H4OA 4CEZA 4M7YA 3O4WA 4X64K 1MWMA 5M1OA 3L2RA 4GV6A 4KHYA 1P8ZA 3AVIA 1ZBIA 5BRDA 4FWPA 5AQKA 2HSTA 1D9DA 2D0OA 4DTJA 1YF5L 4M42A 3ZSOA 3O9QA 2Q2RA 1YJNN 5AQMA 4MLEA 4LF9K 1FJGK 4M3XA 1R59O 1S9GA 1HYVA 4EP4A 3KKRA 1WAFA 3HOTA 4K8ZA 3J7YP 2FSNA 3UKUB 4DCHA 4IEIA 4DF4A 4O0IA 1W7AA 4GV9A 3SMSA 3UE5A 3AGKA 5KI6A 3NAEA 2UU9K 4FK0A 5FLXO 4BACA 1M1KO 1Q9XA 1M90O 4RTFD 1QQNA 3QIOA 2B6AA 4IFVA 4FVUA 4CGGA 2O8EA 2QA4N 4YOYA 5ELZA 5AJ3K 4WE1A 3D45A 4LFAK 4AF1A 3MEDA 1JLEA 4OX9K 1C0GA 2OCEA 4CVNE 3VEXA 1IO2A 2OZMA 3O3FA 2VQEK 3O9SA 4BWJA 3KD1E 3KLIA 3HK2A 4LF4K 1E3MA 2IVPA 3K59A 3K57A 1Q18A 3GOIA 3P1GA 2R7YA 1L3UA 5HL7L 3H3NO 3OS1A 1RBRA 4DLGA 3SYZA 2A1SA 4B9MA 1VQKN 3IKMA 4M3ZA 3QEVA 3MDQA 4E7JA 4DR5K 3C0BA 4IFYA 2B5JA 3VQ4A 1T8EA 1U47A 3TANA 3AY9A 3P83D 3DXKB 3LPUA 3GE1A 4YOUA 3TAQA 1YJWN 1A5XA 3HZ6A 4CJRA 5EY4A 4Z4GA 4O4GA 4DU1A 2AJQA 5JVHL 4RW9A 4JN4A 3SBTA 3BEXA 5C15A 4E19A 2QI2A 3CM6A 3ZT3A 2WC9A 1K73O 3TSUA 2JWLA 1HYSA 5TKYA 2YHXA 1NJXA 5AQHA 3R8EA 4H0OA 3MXIA 2RKIA 4EZ6A 3VF4A 3ASMA 2GBZA 3AA4A 3TAGA 2VG5A 4E89A 1YVNA 4M63C 2E5LK 2OPPA 3M5RA 2VG7A 3CCVN 1IKYA 3L6QA 3TR8A 1VSFA 1K9MO 4LF8K 5AQIA 5LMNK 4CJKA 3G71N 2V52B 5KTQA 4KHNA 3LANA 3IRXA 4ISGA 4BRHA 3O8MA 4A5BA 1NGGA 4YOXA 2NRZA 4BC5A 3DM2A 4DSJA 5AZJB 4BR5A 4CI6A 1VSHA 2P9NB 3C94A 4AHCA 4DV0K 4L8RB 3DLKA 4H5TA 3VGMA 1KVCA 1HMVA 3CERA 3PIOL 3T3FA 4JI6K 4EIAA 4JKAA 4CJPA 2IS3A 1YI2N 5SZTA 4BVPA 1V4SA 4IBNA 2DFFA 3ZSRA 3LDQA 2W41A 5SWMA 2HVHA 2CGJA 3O9UA 3VQQA 1XWLA 1L3VA 1ZBSA 1BO5O 1EX4A 3RMAA 5T7BA 3C6AA 4LF5K 3LPTA 3CJ1A 4F2RA 4OPAA 2GV9A 1BQMA 3MN6A 4NXMK 2QM1A 1NGBA 5AFUH 2PYJA 4UY8O 2P9IA 3VGLA 1FKOA 5AQFA 4BQZA 3AO4A 2E2NA 3FFIA 4A57A 1OH5A 4FWSA 4IOXA 2HBKA 1N34K 3P5JA 3AVBA 3FZKA 1K8KA 5AQNA 1ZBHA 1NJZA 1O1WA 4LH5A 1HQEA 4JLHA 3WEEA 4Z0UA 3FLCO 4C8OA 2Z1HA 3KLHA 1HNZK 3QFPA 4BRNA 1X9JA 3V9UA 1KXPA 4JI3K 5C0YA 3ZEUA 3MAQA 4BE2A 4KHSA 3FZMA 4M3YA 5DM6L 1JXBA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1YJW N;  5GAD P;  1VQP N;  3CD6 N;  2OTJ N;  3PIP L;  1N8R O;  5JVH L;  4IOA L;  1Q7Y O;  1VQM N;  1ILY A;  1VQ7 N;  5MLC Q;  1Q81 O;  2QEX N;  1K73 O;  3CCE N;  5DM7 L;  4WFA L;  1VQ5 N;  1OVY A;  1VQ6 N;  1JJ2 M;  1VQL N;  1YJN N;  5DM6 L;  5GAH P;  3I56 N;  1S72 N;  2ZJQ L;  5GAE P;  1Q86 O;  4WCE L;  1VQO N;  4WF9 L;  3DLL L;  3G4S N;  1YJ9 N;  1YHQ N;  3CC2 N;  1QVF M;  3CCV N;  4U67 L;  1K9M O;  1M1K O;  1M90 O;  4WFB L;  3G71 N;  1KC8 O;  3J7Z O;  3CC4 N;  3CXC M;  2QA4 N;  1Q82 O;  3CMA N;  3CCM N;  1QVG M;  1KQS M;  2ZJP L;  3CCU N;  5GAG P;  3CME N;  3OW2 M;  3PIO L;  2OTL N;  3CCJ N;  1YIJ N;  1YI2 N;  3CPW M;  3G6E N;  3I55 N;  5H1S Q;  1VQ8 N;  3CCS N;  5HL7 L;  4IO9 L;  1K8A O;  3CCL N;  1VQN N;  1KD1 O;  1VQ4 N;  3CF5 L;  1VQ9 N;  1VQK N;  3CCQ N;  2ZJR L;  1YIT N;  5JVG L;  1NJI O;  1W2B M;  3CC7 N;  4WFN L;  3CCR N;  4IOC L;  4UY8 O; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 4ILH A;  3TAP A;  3D2E A;  4FLW A;  3SPY A;  4KO0 A;  1RGI A;  2YNF A;  4OKE A;  1HX1 A;  2XY6 A;  3DOL A;  2HB5 A;  1JL2 A;  3MEG A;  3JAM O;  1VSI A;  2HF3 A;  3J7A P;  1BI4 B;  2VQF K;  1NLV A;  3GDQ A;  3G25 A;  4RW6 A;  1Y97 A;  3NF8 A;  4BG9 A;  2V51 B;  4DSI A;  1TL1 A;  2BAN A;  1NOY A;  4DV5 K;  4H5R A;  3QNO A;  2KKZ A;  4OGC A;  3LP3 A;  1LW0 A;  4DV7 K;  1NKB A;  4N47 A;  4ID1 A;  4JS4 A;  2X74 A;  3O6W A;  3U3Y A;  4B1V A;  3QIC A;  1TAU A;  3K5N A;  1GLD G;  1YJ9 N;  1X1P A;  1RBS A;  3KKS A;  1QVF M;  2QWP A;  4JNE A;  5AQT A;  2UYT A;  3KK1 A;  4C1N I;  3IUC A;  2Q3S A;  3AAQ A;  3PLA A;  1E4G T;  4FLZ A;  2WFB A;  5KPR A;  3D0P A;  1JXE A;  3AO5 A;  3CCM N;  3UKU A;  2OPQ A;  4CJ5 A;  1MDU B;  2WUS A;  5HBM A;  5C2F A;  1ZBF A;  1RT3 A;  4N41 A;  4FOE A;  4M3R A;  4FCY A;  1DEJ A;  3MK6 A;  1NGD A;  3JS6 A;  3ULE A;  5AQU A;  1RT7 A;  4CF9 A;  3V1O A;  3K5L A;  1NJY A;  3FGU A;  4CHY A;  2IIR A;  1DTT A;  4NB4 A;  4CEF A;  2E1Y A;  4FLY A;  3SPZ A;  3OS0 A;  4KTQ A;  3CF5 L; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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