1VK0A

X-ray structure of gene product from arabidopsis thaliana at5g06450
Total Genus 67
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
67
sequence length
206
structure length
200
Chain Sequence
SASFDGPKFKMTDGSYVQTKTIDVGSSTDISPYLSLIREDSILNGNRAVIFDVYWDVGFTKTSGWSLSSVKLSTRNLCLFLRLPKPFHDNLKDLYRFFASKFVTFVGVQIEEDLDLLRENHGLVIRNAINVGKLAAEARGTLVLEFLGTRELAHRVLWSDLGQLDSIEAKWEKAGPEEQLEAAAIEGWLIVNVWDQLSDE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords hypothetical protein
publication title X-ray Structure of Gene Product from Arabidopsis Thaliana At5g06450
rcsb
source organism Arabidopsis thaliana
molecule tags Structural genomics, unknown function
total genus 67
structure length 200
sequence length 206
chains with identical sequence B, C, D, E, F
ec nomenclature
pdb deposition date 2004-04-12
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1vk0A00
5J2NA 2OPRA 3F9KA 3NF7A 3L3VA 2G8FA 3RRGA 1C1AA 1S1WA 4FLTA 2PY5A 1QE1A 2Z1HA 2XY7A 2OPQA 4CF0A 3OYKA 1RT5A 4DQQA 4BWJA 1Y97A 1BHLA 1EXQA 1SL2A 2EX3A 1RBVA 1RILA 3KLHA 3UIQA 3RRHA 4CGDA 4DFMA 2OA8A 2DFEA 5HP1A 5T7BA 1BCOA 1HNIA 2YHBA 3PY8A 1VSFA 3G0ZA 4KHYA 1BGXT 3DI6A 1NKBA 3U3GA 5FRMA 3TAPA 3CM6A 2X6SA 5DK5A 3M8RA 4KFBA 3HPHA 5K14A 1Z25A 4QCLA 5CY4A 2E4LA 1TGOA 2VWJA 4B9LA 4ICLA 4F3OA 4M3XA 2OZMA 4C8LA 3SNNA 4FJMA 4B9UA 4EZ6A 4M3YA 3IS9A 4CHZA 3MEEA 5HRRA 4CEFA 4CHQA 4FZXC 3HT3A 2OYQA 3AVHA 4B8AB 1BQNA 2X74A 4FJJA 2F8SA 1T8EA 3AVLA 2I5JA 2KW4A 3KK3A 2HVIA 4OKEA 3M8PA 4O0IA 4CEEA 4KTWA 4Z4IA 1J54A 4AILC 3T19A 4ZHRA 4CJ4A 3DLBA 2RN2A 3O3HA 4FLYA 1RT1A 3K2PA 1RDBA 3MEDA 3NHGA 4DS4A 1L3SA 4FJGA 1DLOA 1YVUA 3CG7A 3OYNA 1ZBIA 1GOAA 3NCIA 4RW9A 3VQQA 1ZBLA 1J9AA 2YKMA 3LAKA 4CFBA 1RDCA 2B5JA 3SUNA 4IFYA 5CYMA 3VQEA 3MXMA 1REVA 3NF6A 4W5TA 1JLCA 2IAJA 4DQRA 1UA1A 1YT3A 4CEAA 4OPKA 4HUGA 4OPJA 3HK2A 3QIPA 2RKIA 3VQBA 2X78A 2YNIA 3WNEA 4DQPA 2WOMA 3LP3A 4AHUA 3U3YA 2HVHA 3MAQA 1EP4A 3CFOA 2HNZA 4RW7A 1QQCA 1ASWA 3SV4A 3P83D 3V9XA 4DFKA 3SPYA 1TAQA 3QINA 4CGFA 1S1XA 3OYFA 3AVCA 3DM2A 1NK0A 1EETA 3ZSQA 2ZQBA 2G8KA 4KTQA 3NH0A 4KHUA 1JXEA 3AV9A 1NK4A 3O3FA 3ALYA 1WSFA 4FLXA 4FM0A 1TV6A 3DLRA 4I9LA 5FROA 4N5SA 2W42A 3V9WA 1IKYA 1L3TA 3LP0A 4MQ3A 1KLMA 3ITHA 1RDDA 3VA0A 3LZJA 1TKDA 1UA0A 5HRSA 1HJRA 1D5AA 4RG8A 4RW8A 4B8CA 3NGZA 3SYZA 1JLEA 4QAGA 2GV9A 4O44A 1NK8A 3PUFA 3OYJA 1JLFA 3ZT2A 4CJTA 4FM2A 2XY6A 2Y1JA 3CM5A 4DFPA 1U04A 3S9HA 1TL3A 3ZSZA 1ZBFA 3V9SA 4CERA 5C42A 3VA3A 3T1AA 4DLGA 4E3SA 4FJ7A 4CEQA 4CFAA 3L2RA 3K5MA 2E6MA 1CZBA 4IG0A 1RBRA 2ETJA 1VRTA 1RTJA 3IG1A 1IG9A 3LP2A 3OYGA 3TI0A 4FJLA 4M3TA 3AVBA 1Q9YA 4AHTA 1L5UA 4KHSA 1J53A 4TSXA 1HMVA 1NJWA 1WSEA 4CEOA 3G10A 3PX4A 2O4IA 1LWCA 3IAYA 2IS3A 4CJSA 2FBTA 2E6LA 3NGIA 1MU2A 2ATQA 4JRPA 4E7IA 1CXUA 1EX4A 3FFIA 2JGUA 3KIOA 4PUOA 1ZBHA 2HHQA 2IDOA 1X1PA 4H4MA 4B08A 3L2VA 3OYBA 3L2UA 4CGJA 1BI4B 1X9MA 3B6PA 3PO5A 3K58A 1HNVA 4CE9A 1LV5A 4C8KA 2G8IA 4CFDA 1JL1A 4CF1A 1VSKA 4OGCA 2HHSA 1TVRA 1C0MA 3P5JA 4J2EA 4N76A 1LW0A 1ZYQA 3KJVA 3NH2A 3KD1E 3I8DA 3AVFA 3RMDA 2DFHA 4RW4A 2XO7A 1VSIA 3H08A 2VG5A 1WSIA 3WNFA 4B9MA 4CJFA 4DTMA 4Z4FA 1RCHA 4DQSA 2O4GA 3K5OA 1WNSA 3C6TA 4CK1A 1VK0A 3AA2A 3NFAA 3HYFA 4UQGA 1BQMA 3ISNC 4OKKA 4B3OA 4HCCA 4BDZA 4E0DA 1IO2A 3NE6A 4E7JA 1S9EA 2ZE2A 5CZ1A 4CJQA 1ITGA 3HL8A 2KZZA 2D0AA 3DMJA 1NKEA 5KRSA 1IKXA 4BE1A 2XHBA 4FJKA 3MECA 2P5GA 1ASUA 4C8MA 1U45A 1GOCA 4L8RB 4FLWA 4GW6A 1QTMA 4Q0BA 3LDSA 3U6FA 2KTQA 4KHWA 4MFBA 4KTZA 3DRPA 4F2SA 4FXDA 4FK2A 3PX6A 1B9FA 2OPPA 2G8UA 1S6QA 3M8SA 3OJUA 1RT2A 3K5LA 1Q9XA 4H4OA 5KGWA 3VQ8A 1HYVA 4HTUA 3SCXA 3OS0A 1TK5A 1HQEA 4CJ3A 3OYHA 4B9NA 4FJ5A 4CEZA 1VSHA 3WNGA 4LSLA 4JS5A 5I3UA 1IKWA 1TKTA 1UOCA 4AHCA 1TK0A 3ZT1A 3THVA 3VQPA 5KI6A 4KB0A 4DSKA 4N56A 1QSLA 1NJYA 1I3AA 4F2RA 3ASMA 3LPTA 3OY9A 3JSMA 1VSJA 3NDKA 4CIFA 4RW6A 4BACA 3HM9A 3C6UA 2G8VA 4HVJA 4Q5VA 2QKKA 3RWUA 4J2AA 4N41A 1FXXA 3K5NA 2HNYA 1DTTA 1S1TA 3A2FA 3TABA 3V1OA 4E89A 4I7FA 4DG1A 4ID5A 3AA4A 4DWIA 4KO0A 3TANA 4M3WA 4CIGA 3OYCA 4DTPA 2RF2A 3L8BA 4K8ZA 4CJVA 3LALA 2G8WA 1C1BA 1HQUA 1VSDA 1RT4A 1WSHA 1IH7A 3TARA 3KTQA 4M3UA 1SL1A 3TAFA 4FZYA 3VQCA 4CJPA 3I0RA 4E7KA 2XRIA 4FJ8A 3ULDA 3ZSYA 4CEBA 3F73A 1KSPA 2BANA 4DF4A 3CYMA 4LH5A 4CJKA 1BISA 1KCFA 3SUQA 4FK0A 1C6VA 5HBMA 4HHTA 3KD5E 1RT3A 4DU1A 4IDKA 4FJ9A 1KVBA 3OS1A 4K8XA 3HVTA 3NGYA 5KTQA 1ZBUA 4CHYA 4I2QA 3ZSVA 1JXBA 3ZSXA 4XIUA 4QOZB 3ZCMA 3QEVA 4LSNA 4KI6A 3OYAA 4E19A 4DTSA 2P5OA 4F3TA 3QEPA 1LWFA 4CFCA 3HP6A 2NUBA 3KK1A 4B9SA 3LPUA 3KLGA 2DFFA 3NF9A 3TAEA 1BIUA 1A5VA 1Z26A 3AVJA 1L3VA 3RR8A 1G15A 4R5PA 1FK9A 3V1RA 1RTIA 1SL0A 3SQ2A 4KREA 5SZTA 4DTRA 4FVMA 1U49A 4W5NA 2Z1IA 1LWEA 4DSLA 4Z0UA 3OJSA 1RDAA 3QO9A 3BDPA 1KLNA 2F96A 1YTAA 2P1JA 2YNHA 3TAQA 1U48A 1T05A 1S1UA 2HB5A 2HNDA 3DLEA 4Z4GA 2HHVA 1NJXA 3IRXA 4LH4A 5C24A 3LP1A 4DTOA 3B6OA 3CQ8A 1SKWA 2XY5A 3ZT3A 2QXFA 4M42A 2D0CA 4CJRA 3HP9A 5I42A 2HHWA 1KFDA 2B6AA 2ITGA 3LAMA 4JRQA 2PYLA 3WNHA 4OLAA 4G1QA 1D9FA 3SPZA 3OYIA 1BCMA 3RMAA 2BE2A 3HSTB 4KKOA 4FZZA 3NF8A 1DTQA 1BI4A 3V1QA 4FK4A 3C95A 4CEDA 4E1MA 2OZSA 2EHGA 1JKHA 4CESA 5JS2A 1NK9A 1N6QA 2YHAA 3AO5A 3TAMA 4Y1CA 2G8HA 3HVRA 1NOYA 1D8YA 3DOLA 4E7HA 4KPYA 4CHOA 3QERA 4KV8A 3I0SA 4CK2A 4AHSA 2RPIA 3CFRA 4DFJA 2YNFA 1CZ9A 4OLBA 4CJWA 3ZSRA 3OYMA 1RTHA 3AO1A 3AVAA 2DTUA 4OKJA 5DMRA 4ELTA 3QNNA 1C0TA 3L3UA 5D3GA 2KQ2A 4B9TA 2QK9A 1A5WA 4Z4HA 4FLZA 1S5JA 4GMJB 1QSYA 4I9QA 3S3MA 4DTXA 2QKBA 3HPOA 1QSSA 3OVNA 3KLEA 2HHTA 4HCBA 1IKVA 3AO2A 3DRSA 4OVLA 4CGHA 4E1NA 5KGXA 4NCAA 1W9HA 2FBVA 1Q8IA 1XWLA 4CJEA 2OPSA 4J2BA 2VG6A 2P51A 3SJJA 3V9UA 3OS2A 3KLFA 4NYFA 3S3OA 1YTUA 4ID1A 1SV5A 1XHZA 3AVIA 2ZD1A 1KFSA 3KK2A 3SQ4A 1F21A 4FJXA 1WSGA 1RTDA 3QEIA 5J1EA 1CLQA 1HYZA 1JLAA 3AVNA 3MEGA 4O0JA 2A1RA 1C0UA 4J2DA 4KHQA 1TKZA 2Z1GA 3QIOA 1S1VA 3O4QA 3KKRA 4CF8A 4M45A 4DF8A 1NJZA 5C25A 1T03A 3EZ5A 4C8OA 4F8RA 4KHNA 5FRNA 3VQ4A 4M3ZA 3NBPA 4CJ5A 4CJLA 3HJFA 1VSEA 3RMBA 2Y1IA 2BDPA 4DSJA 3V81A 1TAUA 5E41A 4DU3A 2HHUA 4O55A 3HXMA 5J2MA 1RNHA 1GOBA 4JLHA 2GUIA 3O3GA 3LZIA 3SZ2A 3V4IA 3TAGA 1WAJA 3QLHA 4NYNA 5SWMA 1BIZA 3O4NA 3SQ1A 4LD0A 1RT6A 2AJQA 1QHTA 3RTVA 4CIEA 3RR7A 1HPZA 4FJNA 4DSFA 1LAWA 1TKXA 3D45A 3C94A 1NKCA 2HW3A 1A5XA 4CECA 3LWMA 2DY4A 1VSLA 1WN7A 3BGRA 1B9DA 3DOKA 3L2QA 4DTJA 4YNQA 1NK6A 4DQIA 2JLEA 1NOZA 4KI4A 3QESA 4ZTJA 3SUPA 4DMNA 2IGIA 1XHXA 3EYZA 2HMIA 4CJUA 1CXQA 3SI6A 1LAVA 5CZ2A 3M8QA 3QEXA 4IKFA 2R7YA 1VRUA 4EP5A 4W5OA 4Z4EA 4DSEA 4ELVA 4KB1A 4O4GA 4M3RA 3EY1A 2FC0A 4CHNA 3VQ6A 2LSNA 1I39A 4OGEA 4BWMA 4FLUA 1T7PA 1FKPA 3S3NA 3OYLA 3QEWA 4FLVA 1RBUA 4Z4CA 1K6YA 3K57A 1KVCA 1KRPA 3AA3A 2FBYA 4FJIA 2X6NA 1UAXA 4NCBA 4W5QA 1BL3A 1LW2A 2KFNA 1WSJA 2YNGA 3OYDA 1JL2A 3P1GA 2D5RA 3VQ9A 3ZSWA 3VQDA 1QS4A 1KVAA 1X9SA 1HYSA 2F8TA 2KFZA 4GVMA 4DU4A 4IBNA 3DLKA 3ZT4A 3D0PA 1ASVA 2XY8A 4CK3A 4YFUA 3RMCA 4CGGA 1NK7A 4ELUA 1UWBA 3QNOA 3E01A 3AA5X 1C1CA 5CYQA 3PV8A 1U47A 1SKRA 3NAEA 2PYJA 4JS4A 3AVGA 2PZSA 1SKSA 4KAZA 3AO3A 2Q3SA 3AO4A 4LY7A 2IC3A 1X9WA 1N5YA 4M41A 2KZMA 4CF9A 3VQ7A 1B92A 1XC9A 1WLJA 3OYEA 4CCHA 4OJRA 1JLBA 4BDYA 3HO1A 1RBSA 4WE1A 3DLHA 4KRFA 4AHVA 4NCGA 3SQ0A 4BDPA 3MXJA 4C8NA 1WAFA 4PY5A 4FM1A 3PX0A 4FW1A 1L3UA 4N47A 2GBZA 4O5BA 3VN5A 3K59A 3SV3A 3V6DA 3VQ5A 3AVMA 1RT7A 4BE0A 2A1SA 5KRTA 1NK5A 5J2PA 3CFPA 1R0AA 1S9GA 1JLQA 3TR8A 3SUOA 2VWKA 1TL1A 3ZT0A 1U4BA 4EZ9A 3L2WA 4FYDA 4FW2A 4E7LA 1JLGA 2VG7A 4DSIA 2IOCA 1J5OA 4ZTFA 2FBXA 2WONA 3DLGA 3TWHA 3DYAA 4HUFA 1XI1A 4H8KA 4B9VA 3LWLA 1VSMA 4DS5A 3T3FA 1EKEA 4Y1DA 5FDLA 3MXIA 4PWDA 1FKOA 3KLIA 4DTUA 4PQUA 3VQAA 3V9ZA 4W5RA 3JYTA 1HRHA 4BE2A 4F4KA 3LANA 4IFVA 5EU7A 5HRPA 1W0HA 1RBTA 3AVKA 4FCYA 1KTQA 1S6PA 4PA1A 4CF2A 3QETA 4HUEA 5JS1A 5HLFA 2YV0X 4CHPA 2D0BA 4CGIA 4FJHA 3NH1A 1SUQA 2BGGA 2B4JA 3DRRA 4AHRA 4AH9A 2Z1JA 1TK8A 4IG3A 1O1WA 4DLEA 5J2QA 3HPGA 4DTNA 4I2PA 2YKNA 1D9DA 2HHXA 4EP4A 5HROA 3ZSOA 5HRNA 3KKSA 3PO4A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1MA9B 5AFUH 5J2NA 2G8FA 3L3VA 4FLTA 2E2QA 2Z1HA 3THWA 1Y97A 2KKZA 4XEIA 4BRAA 5AQWA 2EX3A 1RBVA 3KLHA 3RRHA 3CCVN 4CGDA 3EZWA 4MDBA 2YHBA 4DV6K 4A57A 1E4FT 3U3GA 2CH5A 3CM6A 4AM6A 3C65A 4B1UB 2X6SA 4ISGA 4CW7B 3C7NB 5IWAK 4QCLA 3CIPA 5C0YA 5E84A 2ZJRL 4BGAA 2OZMA 5EY4A 2A6AA 3ZETA 5A2QO 1YIJN 3JS6A 4B8AB 4FJJA 1T8EA 3O8MA 2NLXA 2HVIA 4OKEA 5AR0A 3SBGA 3UKUA 4O0IA 3CCEN 1J54A 3CJ1A 4LF4K 4CJ4A 3GBTA 2RN2A 1RDBA 3NHGA 1VQPN 1VQNN 5LL6Z 4IZ9A 3J7YP 4RW9A 3VQQA 3LAKA 2B5JA 5CYMA 1UA1A 3WQTA 4DQRA 2V51B 2YHXA 3HK2A 3F2KA 3WNEA 4BRDA 5EX5A 3LP3A 2FSKA 1EP4A 2HNZA 4RWTA 1ASWA 4DFKA 3P83D 3SPYA 2CGKA 3WXMB 3QINA 4BC4A 4KTQA 4K25A 1NK4A 3AV9A 4GV3A 1WSFA 2V7ZA 4FM0A 5JICA 5MLCQ 4I9LA 1L3TA 4MQ3A 1KLMA 3ITHA 1RDDA 1TKDA 5HRSA 3SYZA 1QQOA 4RG8A 3QBWA 2FXUA 1JCEA 3OYJA 1JLFA 2Y1JA 3CM5A 5GADP 2IVOA 3E9PA 3V9SA 4CERA 5GINA 5C42A 3T1AA 4BRPA 4E3SA 2EWSA 1CZBA 3SAFA 5F2RA 4M3TA 2VCPA 2O8BB 1Q9YA 4AHTA 4KHSA 1E3MA 1HMVA 5DM6L 1WSEA 2I7NA 1TYQA 1OH8A 4MLEA 2IS3A 4JKHA 2UUAK 1MU2A 2ATQA 1CXUA 2JGUA 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 1HJO A;  2QM1 A;  3OYL A;  3QEW A;  3CQY A;  5KPZ A;  3AA3 A;  1UAX A;  3HTV A;  1BL3 A;  4WQ4 C;  4W5Q A;  4FOE A;  5AQO A;  2YNG A;  3OYD A;  1JL2 A;  2D5R A;  1HYS A;  3VQD A;  2KFZ A;  1K8A O;  4K0K K;  3ZT4 A;  1ASV A;  4CK3 A;  3MWP A;  4ELU A;  1C1C A;  4FPA A;  5CYQ A;  2E1Z A;  1SKR A;  1GLE G;  1BOT O;  3JXU A;  1SKS A;  3AO4 A;  3DAW A;  1X9W A;  2IC3 A;  4CZL A;  1WLJ A;  1JLB A;  4WE1 A;  4DV2 K;  1RDW X;  4UY8 O;  4GV9 A;  3CI5 A;  4C8N A;  4N47 A;  4O5B A;  4BY9 C;  3QFP A;  2FSJ A;  3VQ5 A;  1NK5 A;  1S9G A;  1JLQ A;  3SUO A;  4ISF A;  3D2F A;  4FYD A;  4FW2 A;  2GEL A;  2IOC A;  2WON A;  4B9V A;  3CPE A;  3DYA A;  3QDK A;  1VSM A;  1EKE A;  4PWD A;  1TYQ B;  4BR7 A;  4IFV A;  1QHA A;  5HRP A;  5AQZ A;  5E26 A;  5AQG A;  1HKB A;  4GKK K;  1DKG D;  4CF2 A;  3THX A;  4FJH A;  2BGG A;  3MMV A;  4DLE A;  2NRW A;  1WBB A;  2VWB A;  3HRG A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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