1VK0A

X-ray structure of gene product from arabidopsis thaliana at5g06450
Total Genus 67
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
67
sequence length
206
structure length
200
Chain Sequence
SASFDGPKFKMTDGSYVQTKTIDVGSSTDISPYLSLIREDSILNGNRAVIFDVYWDVGFTKTSGWSLSSVKLSTRNLCLFLRLPKPFHDNLKDLYRFFASKFVTFVGVQIEEDLDLLRENHGLVIRNAINVGKLAAEARGTLVLEFLGTRELAHRVLWSDLGQLDSIEAKWEKAGPEEQLEAAAIEGWLIVNVWDQLSDE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title X-ray Structure of Gene Product from Arabidopsis Thaliana At5g06450
rcsb
molecule keywords hypothetical protein
molecule tags Structural genomics, unknown function
source organism Arabidopsis thaliana
total genus 67
structure length 200
sequence length 206
chains with identical sequence B, C, D, E, F
ec nomenclature
pdb deposition date 2004-04-12
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1vk0A00
1BI4B 5K14A 4FLXA 1NK5A 5EU7A 4TSXA 3S3OA 4DG1A 4DMNA 3DLGA 3VQQA 4NYNA 3DOKA 1VSEA 4DTSA 1RT3A 4CJUA 3OYDA 1RBSA 3MXIA 1T7PA 1TKXA 3HM9A 4RW9A 3QEVA 3LAMA 5HP1A 1BHLA 1HJRA 1C6VA 3B6OA 3MEDA 4OVLA 2RPIA 4IDKA 3HP9A 4OPKA 3VQ4A 3LAKA 3RTVA 3OS1A 3OYNA 1NK4A 1T05A 4AHVA 2PYLA 1HYSA 1VSIA 5SWMA 3O3HA 3K57A 1RT7A 5KGXA 3V6DA 1JLAA 3HL8A 4ZTJA 4KI4A 2HHUA 4N47A 3P83D 4I9LA 1TL1A 2JLEA 3OYLA 3V1QA 1BIZA 3LP1A 1NKCA 4OPJA 3F73A 3TAQA 2NUBA 2XY6A 4L8RB 1N5YA 1HQUA 3KLIA 3QEXA 3CM5A 4AHUA 5KTQA 3OYMA 3NH1A 3SJJA 4O44A 4M45A 1SKSA 1RDBA 4CK3A 2BANA 3TANA 2P5OA 4M3UA 2A1RA 4GMJB 3VQ7A 1BGXT 3NGIA 4KB1A 4E0DA 3K58A 1C1BA 5KGWA 4DQIA 1X9SA 4FK0A 4HTUA 1EXQA 3SZ2A 3VA3A 4IFYA 4B9VA 4FJGA 4DQSA 1TKTA 3V1RA 4Q0BA 4FZXC 1X1PA 2HW3A 2HMIA 1S9EA 4J2BA 3SUNA 3OYCA 3DLHA 4B9TA 1WLJA 4CIGA 2XO7A 3TAMA 4H4MA 1XHXA 4CJ3A 3SUOA 4H8KA 2IGIA 1A5VA 1S1WA 3QLHA 3OYAA 1QHTA 3QERA 3OVNA 3ZSOA 1RT1A 4J2DA 1HQEA 4IFVA 3VQ5A 1GOCA 4YFUA 1WSIA 4CJPA 1S6PA 4PUOA 5CYQA 4CJTA 5SZTA 3L3VA 3QEPA 1U48A 3OYFA 4FVMA 2G8IA 3TABA 3MEEA 3VQCA 2O4IA 4BWJA 3SPZA 2AJQA 1TAQA 1IKVA 3VN5A 3ZSYA 4E1NA 3D0PA 3T3FA 4DTUA 2HHTA 3SV3A 4BACA 4CGJA 3PO4A 3M8PA 1SV5A 1ZBHA 1TGOA 5C25A 4FM0A 1D9FA 3M8QA 4O0JA 4AHTA 4FK4A 4HUEA 3K5MA 4DSFA 1LAWA 1X9WA 4CERA 4ZHRA 4FJ8A 3AVFA 4MQ3A 3C94A 4ELTA 3CFOA 3BDPA 1C1CA 4B9LA 4OLAA 4FJXA 2OPSA 3LPTA 3RWUA 2HNZA 4W5OA 2BDPA 5J2QA 5FRMA 4DTJA 2YNHA 3LP0A 3V9ZA 4BE2A 3QEWA 5J2PA 4CCHA 4C8LA 4E19A 4E7IA 4E7JA 3WNGA 1JLFA 3DYAA 1ZBIA 4E7LA 2VG6A 3D45A 4KI6A 5FROA 1SKWA 1W9HA 2B5JA 3VA0A 1S5JA 4KHNA 3ALYA 1B9DA 3S9HA 3TWHA 3A2FA 3ZSQA 2DFFA 3RRGA 2KZMA 4LSNA 3LWMA 4FXDA 4FLTA 2YKMA 4RW8A 1SKRA 1U04A 3AO1A 4DTOA 4E1MA 4FJ9A 4FM2A 4O55A 1U45A 3G10A 1WSJA 3OYKA 4FYDA 3VQ9A 4ID1A 3TAEA 4RW6A 1QQCA 1HRHA 4Z4HA 3KKSA 4BWMA 3ZT4A 1UWBA 3DLEA 4KKOA 4CEAA 3L2QA 3HVRA 1SUQA 2XY7A 1UA0A 1NK0A 3NF8A 2X78A 4O4GA 3FFIA 4CFAA 3VQDA 1I3AA 2FBYA 4QOZB 1J54A 1S6QA 3DLBA 4W5QA 2XRIA 4CJWA 1W0HA 4ZTFA 1N6QA 1QSYA 4BDPA 4AHRA 4CJ4A 4OKEA 3SQ4A 2G8FA 3KTQA 1WN7A 3ZSVA 5JS1A 4CESA 4R5PA 3SCXA 3RMAA 3ULDA 3V9XA 4C8KA 1NJXA 4W5TA 1Z25A 1EP4A 3VQEA 3OS2A 3SQ2A 4J2EA 4CJ5A 2BE2A 1TAUA 2IDOA 1J9AA 1JLEA 2GV9A 2VG7A 3OY9A 4HCBA 4PY5A 3QIPA 1KLMA 1T8EA 1DTTA 4CHNA 4F3TA 3KK3A 1YTUA 1ASVA 1TVRA 1NKEA 1IKXA 1UOCA 4E7KA 2KZZA 3HT3A 2ITGA 1IKYA 4BE1A 2B4JA 1HYVA 1L3VA 2Z1GA 3LZJA 1RTDA 4CK1A 4M3WA 4M3TA 3BGRA 3VQBA 4LD0A 4KHYA 1RTIA 1TK8A 4CGIA 4N5SA 2IC3A 4CECA 2YNGA 3TAPA 1QSSA 1LW2A 1S1UA 3AVBA 4CF9A 2BGGA 1LW0A 3JYTA 2I5JA 1RCHA 4CF8A 2HVHA 1EX4A 1VSJA 1C0TA 1WSEA 2Z1IA 4CEOA 1WSGA 2XY5A 2IS3A 2FBTA 3T1AA 3ZT1A 3ZCMA 3G0ZA 2D0BA 3OYBA 3EY1A 1G15A 4CHZA 1D9DA 4I2PA 4FJNA 4N41A 2DFHA 3ZSWA 3DM2A 3IRXA 4HHTA 4CFBA 3HPHA 2PZSA 3HO1A 4FLYA 1RBRA 1VRUA 4RW4A 4DU3A 3KD1E 3L3UA 3PX0A 3P5JA 2HB5A 1Z26A 4CJVA 3NBPA 4B8CA 3V81A 4E89A 3AVAA 3K5NA 4M42A 4CEFA 4KV8A 4KAZA 1BL3A 1VSHA 3OYEA 4FW1A 4E7HA 2RF2A 1B9FA 2KQ2A 3C95A 1LWEA 2PYJA 3ISNC 3T19A 4AH9A 4DFJA 4C8MA 4UQGA 1KVAA 1REVA 1VSKA 3AV9A 1UAXA 1LV5A 1D8YA 4K8XA 2QK9A 1YT3A 1HYZA 4KHUA 4IG0A 4CHOA 3QESA 1NK9A 4NYFA 3QETA 4KTWA 1RTJA 2VWJA 4OGCA 2OPPA 4FLWA 3V9SA 1VSDA 4B9NA 4FJ7A 2O4GA 1CXUA 3HPOA 4WE1A 3LZIA 4DSIA 3AO4A 3CFRA 3VQAA 4Z4FA 1O1WA 2W42A 3PX4A 1JXEA 1GOBA 2YNFA 4PA1A 5HBMA 5KRSA 3LDSA 4FLVA 4OGEA 1TK0A 4F3OA 3LWLA 1IKWA 4CJKA 3O3GA 2DY4A 3ZT2A 3ZSXA 4EZ9A 1JLGA 2PY5A 4I9QA 3O4NA 5C24A 4DFKA 1ZYQA 5HRRA 4CGFA 4K8ZA 2HVIA 2HHWA 4JRQA 2X6NA 4H4OA 4LH5A 4OKJA 3JSMA 1KFSA 4FCYA 1T03A 1RT5A 4I7FA 1L3UA 3AVIA 3AVKA 4B3OA 1C0UA 4FJHA 4Z4CA 3KLFA 1C0MA 3KD5E 1RDCA 3B6PA 3PUFA 5KI6A 1VSLA 3K2PA 4W5RA 1NOYA 3RR7A 3L2VA 3AVHA 1RT4A 4OJRA 3S3MA 3NF7A 2EHGA 4CJSA 4CIEA 3I8DA 2ATQA 1XHZA 4ICLA 1SL2A 1XI1A 2FBXA 4YNQA 1TKDA 3CM6A 4Y1DA 5CZ1A 3VQ8A 1RT2A 1RTHA 2VG5A 3RRHA 4FK2A 5T7BA 4F2SA 5HRNA 2LSNA 4B08A 3KKRA 2Y1IA 5CYMA 4KREA 4CGHA 4CEDA 4CF0A 4DF8A 4CIFA 3TARA 3KK1A 2G8VA 4MFBA 2P5GA 2F96A 4KB0A 4DS5A 1FK9A 4KTQA 2HHVA 2DTUA 1RILA 4DSEA 3ASMA 1L3SA 3DRSA 3UIQA 3V4IA 1I39A 3QNOA 5J1EA 5KRTA 2VWKA 3AVGA 3LPUA 3K5LA 3NGZA 2YKNA 3PX6A 1K6YA 4HCCA 1CZ9A 4DLEA 5HLFA 2OZSA 4DTPA 3DLRA 3AO5A 2Q3SA 3K5OA 1TK5A 4F8RA 1CZBA 3CYMA 3IG1A 3ITHA 3WNEA 4N56A 4B9UA 2D0CA 3NH2A 1NJZA 4C8NA 1J5OA 3L2WA 3CFPA 4F4KA 2WONA 1FKOA 1VSFA 1WAJA 4HUGA 5HROA 4OKKA 4PQUA 3WNFA 1FKPA 3NAEA 2R7YA 1RT6A 3DLKA 4FLZA 1LWCA 3AVMA 4CE9A 1HNIA 3OJUA 3TR8A 4FJKA 4KHQA 3AA4A 3F9KA 4KO0A 4M41A 3HXMA 1KSPA 3VQPA 2ZE2A 5I3UA 1WNSA 2OA8A 1JL1A 1QTMA 3PO5A 4PWDA 1Q9XA 1BQMA 4DQQA 1LWFA 4EP5A 1QS4A 3LP3A 4RW7A 4CEEA 4DWIA 1VK0A 2RN2A 4OLBA 4Y1CA 3AVLA 3NF9A 3VQ6A 4JLHA 4BE0A 4FJJA 3E01A 2F8SA 4DF4A 4DS4A 1TL3A 3TAFA 1EKEA 4DTMA 3OYIA 1HPZA 4CJFA 1WSHA 4NCAA 3C6UA 3LP2A 3P1GA 3KIOA 4ID5A 2P51A 2XY8A 2OZMA 3RMCA 2HHXA 2QKBA 3HYFA 2E6MA 4B9MA 3V9UA 1RBUA 4I2QA 3CQ8A 1F21A 3IS9A 3MXJA 4AHSA 3HSTB 1TKZA 3OYJA 4HUFA 1NOZA 2EX3A 3SYZA 1ZBLA 3EZ5A 2KFNA 4IBNA 2B6AA 3HVTA 3NF6A 1EETA 3MECA 1J53A 4FJMA 5FRNA 2E6LA 4KTZA 4CEQA 2JGUA 2XHBA 2QKKA 2FBVA 3NH0A 4ELUA 4W5NA 1CXQA 1YTAA 1NK8A 2Z1JA 1JLBA 4HVJA 4DU1A 3NFAA 1KRPA 4CGGA 4CJLA 4FJLA 2F8TA 3M8RA 2OPRA 4DSKA 1ASUA 3MAQA 3NHGA 4Z4EA 1GOAA 1LAVA 1IO2A 2YHAA 3DRPA 1S1XA 1BIUA 4Q5VA 3MXMA 4FLUA 4BDYA 3CG7A 3SQ1A 1ITGA 3SUQA 4QAGA 3AO2A 4Z4GA 1Y97A 2E4LA 4M3YA 4IG3A 1QE1A 3HPGA 1DLOA 5C42A 2DFEA 4C8OA 2X74A 4CHPA 1QSLA 1JXBA 4DQRA 3PY8A 1RDAA 2HNDA 4CEBA 4CEZA 4O5BA 3AA2A 3L2RA 3QEIA 1ZBUA 4DTRA 3C6TA 3AA3A 1HMVA 1S1TA 3U3YA 5HRPA 1BQNA 3O4QA 1XC9A 2YNIA 1RNHA 4Z0UA 4CFCA 3RR8A 4CHYA 4FJIA 4KRFA 4DTNA 1A5XA 1WSFA 3HP6A 3KLHA 2RKIA 3NDKA 2HHQA 4ELVA 3H08A 5I42A 1L3TA 3K59A 3V9WA 3THVA 1BISA 2ZQBA 4CF1A 4KHWA 4DTXA 1XWLA 5J2MA 3QIOA 3RMDA 4FJ5A 1U49A 3IAYA 1JLCA 2Z1HA 1TV6A 1L5UA 4QCLA 4CF2A 3L8BA 5HRSA 5CY4A 1NK6A 1U47A 3HJFA 3I0SA 1KFDA 1IH7A 2G8HA 5FDLA 4DFPA 3AVNA 3AVJA 4FZZA 2YV0X 1WAFA 4CJEA 3SNNA 4DLGA 5J2NA 5D3GA 4B8AB 4N76A 3TI0A 2P1JA 1FXXA 2IOCA 3DMJA 2KW4A 4BDZA 1BCMA 2ETJA 2G8UA 4CJRA 4GVMA 1R0AA 3HK2A 2X6SA 3M8SA 2GUIA 2FC0A 1RBVA 3ZSRA 4J2AA 1ASWA 4M3RA 1X9MA 2QXFA 2WOMA 3QNNA 1NJWA 3RMBA 1NKBA 3KLGA 1S1VA 3NE6A 4FM1A 4JRPA 3LALA 4JS5A 4NCGA 1Q8IA 4CFDA 4CJQA 3SUPA 1MU2A 3S3NA 5DK5A 3DOLA 3I0RA 5E41A 3MEGA 4AILC 3SV4A 1JL2A 5DMRA 3AA5X 4DSLA 4RG8A 4Z4IA 3OJSA 4KHSA 3NCIA 5CZ2A 3KJVA 1A5WA 1KVCA 4FZYA 4GW6A 1VRTA 4EZ6A 3DI6A 3NGYA 5JS2A 3OS0A 1S9GA 2KFZA 4G1QA 4M3ZA 1VSMA 3LANA 4KFBA 4XIUA 1NK7A 2A1SA 1NJYA 1BI4A 3ZT3A 1D5AA 4JS4A 4DU4A 2G8KA 1DTQA 3EYZA 3PV8A 4NCBA 1ZBFA 2OYQA 2D0AA 1B92A 3ZSZA 4EP4A 1KCFA 3AVCA 1Q9YA 2IAJA 2OPQA 2G8WA 4F2RA 2D5RA 4KPYA 1JLQA 4DSJA 4AHCA 1C1AA 3TAGA 4IKFA 1UA1A 3U6FA 3L2UA 1KLNA 1KTQA 4LSLA 4LH4A 4DQPA 3OYGA 3KK2A 1U4BA 4DFMA 3QO9A 2HHSA 3ZT0A 4CK2A 2Y1JA 3WNHA 3SPYA 1RBTA 2ZD1A 3O3FA 1SL0A 3OYHA 3V1OA 3DRRA 4B9SA 4M3XA 3QINA 4FW2A 1IG9A 4E3SA 1JKHA 2KTQA 2GBZA 4CHQA 4CGDA 1BCOA 1SL1A 3U3GA 1CLQA 3KLEA 3AO3A 1RDDA 1YVUA 3SI6A 1HNVA 4O0IA 2HNYA 3SQ0A 2YHBA 1KVBA 4LY7A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1NK5A 5KPRA 3S3OA 4DG1A 3WUHA 4AM6A 5JICA 1ZC6A 3EN9A 2RE2A 3PSFA 2VQFK 1BHLA 3V9UA 3HP9A 3O6WA 3CJ7A 1EO1A 3RSEB 2E1YA 2NRVA 1HYSA 1RT7A 3V6DA 2VYPA 1K8KB 4N47A 1LCUA 4CD3A 5F2RA 3OYLA 1V4SA 3QEXA 4AHUA 2WUSA 1FJGK 4O44A 4M45A 3Q7BA 4M3UA 2W6KA 3VQ7A 2YJEA 2D0OA 5AZIA 4A2AA 4B9VA 4FJGA 4DQSA 4FZXC 3ID6A 4FPBA 5GIOA 4B9TA 1NWKA 4CIGA 1IBLK 3MWPA 4H4MA 4CJ3A 5M1NA 3SUOA 1A5VA 3QLHA 4IJAA 3B8AX 1RT1A 3TTDA 3WQTA 4LFBK 1IJJA 4YFUA 1WSIA 4CJPA 3ATUA 5CYQA 3L3VA 5MLCQ 2G8IA 3O9QA 3VQCA 3ZEUB 3VN5A 4E1NA 4DTUA 3PO4A 3O8MA 1ZBHA 5C25A 2P9SA 1LAWA 2FSJA 3AVFA 3LDLA 1QVFM 4X64K 4YOTA 4B9LA 4E1JA 3LPTA 3RWUA 5J2QA 2FF3B 4JD2A 2QWRA 3CQXA 4DTJA 1NJIO 2YNHA 3LP0A 3FFKB 4JKEA 4CD1A 4E19A 3DYAA 4E7LA 2VG6A 3D45A 2E88A 1W9HA 1MWMA 3CF5L 3A2FA 3ZSQA 3AGRA 4LSNA 3CCRN 4WFAL 2P9KA 4WCEL 4RW8A 4CJ7A 2ASOA 4DTOA 1VQNN 4E1MA 4FM2A 2BH1A 1WSJA 5BN8A 3OYKA 3VQ9A 3GG4A 4ID1A 3QICA 4BRQA 1BG3A 4Z4HA 3L2QA 3W3DA 1SUQA 2XY7A 4DV2K 2W6LA 5TKWA 4CFAA 2QTDA 1J54A 1S6QA 3Q7CA 1VQ8N 4ZTFA 3SQ4A 3EO3A 3OHRA 3PIPL 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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