1VK0A

X-ray structure of gene product from arabidopsis thaliana at5g06450
Total Genus 67
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
67
sequence length
206
structure length
200
Chain Sequence
b'SASFDGPKFKMTDGSYVQTKTIDVGSSTDISPYLSLIREDSILNGNRAVIFDVYWDVGFTKTSGWSLSSVKLSTRNLCLFLRLPKPFHDNLKDLYRFFASKFVTFVGVQIEEDLDLLRENHGLVIRNAINVGKLAAEARGTLVLEFLGTRELAHRVLWSDLGQLDSIEAKWEKAGPEEQLEAAAIEGWLIVNVWDQLSDE'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords hypothetical protein
molecule tags Structural genomics, unknown function
source organism Arabidopsis thaliana
publication title X-ray Structure of Gene Product from Arabidopsis Thaliana At5g06450
rcsb
total genus 67
structure length 200
sequence length 206
chains with identical sequence B, C, D, E, F
ec nomenclature
pdb deposition date 2004-04-12
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1vk0A00
1KCFA 3CFRA 5CYQA 4KAZA 3TAGA 2HW3A 3P1GA 1SKSA 2HHXA 3OS0A 2Y1JA 4AHRA 2OPRA 4KB0A 4FW1A 3TABA 2HHSA 4DTUA 1XWLA 4FLUA 3P5JA 4BWJA 3KK2A 1B9FA 3QEXA 1RILA 3A2FA 4CF2A 4W5RA 1IO2A 3LPUA 1U04A 2KW4A 4B9LA 4FK4A 3L3VA 1TK5A 4CFDA 4W5QA 2HHTA 1BGXT 3HPHA 3T19A 3DOKA 1J53A 2ITGA 3NFAA 4KO0A 5SZTA 5HROA 4QOZB 4HTUA 4DTNA 4J2EA 3QNNA 5SWMA 4QAGA 4I2QA 3DLRA 4HCBA 2YHBA 3VQDA 4KPYA 4KB1A 4DG1A 1ASUA 2DY4A 4OKJA 3KLHA 4O0JA 3V81A 3AV9A 4CHPA 3HVRA 3SQ4A 2YV0X 3E01A 4GMJB 4OJRA 2G8IA 4UQGA 1T03A 2OA8A 4CIFA 4FZZA 3ZSYA 2OPQA 3ZT0A 2D0BA 3AVGA 4C8MA 4I9QA 3HXMA 2YNFA 1JLAA 4I7FA 3KLIA 4FLTA 1DLOA 3WNHA 3AVFA 4KTQA 2IDOA 4BDYA 3K2PA 4JS5A 2RPIA 1VSKA 3O3HA 1IH7A 4CCHA 1YVUA 1GOBA 2B4JA 1TKDA 3O4NA 3P83D 4FM0A 4FZXC 4FJ9A 2Z1GA 1LV5A 1QSLA 1D8YA 1EX4A 1TKTA 4NCAA 2YNGA 1XHZA 2FBTA 1C1AA 1C6VA 4DU1A 3RRGA 2KTQA 2X78A 3K5MA 4OGEA 1BQMA 1RBSA 5EU7A 4O5BA 3VQPA 3NHGA 3U3YA 5I42A 4F4KA 4F8RA 4W5NA 1LW0A 1TK0A 5T7BA 4HHTA 1U48A 1S6PA 1D9FA 1WSGA 1D5AA 3NF7A 3IAYA 3DOLA 1FK9A 2BGGA 3K58A 5FROA 1WNSA 1RT4A 4E7HA 3V1OA 3KKSA 4B9UA 2HNYA 4G1QA 3SQ2A 1C0UA 3TAFA 2Z1HA 1O1WA 3ZSOA 4CF9A 4DTPA 1SL0A 3V9ZA 3KTQA 4Q0BA 3AO4A 1REVA 1TAQA 2F96A 4LSNA 3PUFA 4RW8A 4F2SA 3OS1A 4HUGA 4BACA 4BE1A 4ELTA 2KQ2A 3AO5A 2X6SA 4B08A 3ULDA 3VQ8A 4WE1A 1A5XA 3HVTA 4EP4A 4DTMA 3KJVA 4ELVA 1L5UA 1NK8A 4PWDA 2GBZA 1HNVA 4CJKA 3G10A 3NDKA 4FZYA 3HSTB 4M3UA 3PX4A 1Q9XA 4N47A 4JRPA 1WN7A 2WONA 1U45A 4HVJA 3HYFA 1TK8A 4LSLA 1S5JA 3LWMA 3NH1A 3OYIA 3RR8A 3AA3A 1YTAA 3DRPA 2P1JA 2ATQA 3AVLA 4FLZA 1WSEA 3TARA 2DFFA 5HP1A 4ELUA 4E19A 3L3UA 3G0ZA 4E89A 3OYFA 1VRUA 1WSFA 3LPTA 3EYZA 1RT1A 3V9SA 4CK1A 2ZQBA 3I0RA 3OYBA 2QXFA 1W0HA 3KLGA 3L2WA 2DFEA 3SYZA 2G8WA 4FK2A 2ZE2A 1S1UA 4KI4A 4C8NA 1WLJA 1KFDA 1NK9A 4B9TA 1KRPA 1S6QA 1BISA 1QQCA 2Z1IA 3LP1A 4ID1A 3THVA 4J2AA 3WNGA 5E41A 2G8HA 3VQ4A 2JGUA 1NK0A 4FJ8A 4CJFA 3C95A 4M3RA 1HRHA 4O55A 5HRSA 5HRRA 3V9XA 1IKXA 2G8UA 1CLQA 1A5VA 4CGHA 3K57A 5C42A 2XRIA 3RMDA 2FBYA 3MEDA 1BL3A 1HYVA 4CJEA 3ZSWA 1TKZA 4AHVA 1J5OA 1EETA 3SUQA 4J2DA 2KFZA 1TAUA 4RW9A 5KTQA 1KVAA 2XY8A 1XI1A 4KHNA 3VQ5A 3F73A 2OZSA 3ZT2A 1GOCA 5FDLA 1C0TA 3TAPA 1T7PA 4AHTA 4JRQA 4M3XA 1C1BA 4AHUA 4AHSA 1HQEA 4B8CA 4DSKA 4CJQA 1XHXA 4JLHA 4B8AB 3LWLA 3OYCA 1Z26A 3RMBA 4CF8A 4IG3A 4DFJA 1ZBHA 3KLFA 4CERA 1ASWA 3OS2A 3S3MA 3S3OA 2EHGA 4CJPA 1UA1A 1NOYA 4M3ZA 4C8LA 3NF9A 2HHQA 2P5OA 4DMNA 3KKRA 1SUQA 5CZ2A 2OPSA 1L3TA 5J2QA 5K14A 4FLVA 3MXIA 4M42A 3CG7A 3DYAA 1JKHA 5CY4A 4FLWA 3QLHA 1G15A 3CM6A 3AA2A 4CGDA 4CHQA 1U49A 3DRRA 4CEAA 4DQQA 2BANA 4M41A 3SNNA 1S9EA 4E0DA 1TVRA 3AVJA 4M45A 3AO1A 3SQ1A 3TI0A 5HLFA 4CJWA 3U3GA 1I39A 3SUPA 3RMAA 2YKNA 3SJJA 3PO5A 4Z4GA 4CJVA 3LZIA 4EZ6A 1JXBA 3NH0A 1NKEA 3M8PA 1VSEA 1VRTA 4IFYA 3VQ6A 3QINA 4FJXA 1DTQA 1ASVA 1JLGA 4DF8A 3KK3A 3L2VA 3OVNA 4CHOA 2HVIA 3DMJA 3PX0A 3HJFA 5KGWA 2BDPA 4YFUA 1TL1A 3HT3A 5D3GA 1J54A 4FJLA 2E4LA 1BIZA 3VQEA 3OY9A 3KLEA 4DTRA 1FKPA 1L3SA 3HL8A 3F9KA 3AVMA 4M3YA 2O4GA 1RT6A 3ZSQA 4GVMA 1RT3A 3IG1A 4Z4IA 3K5LA 1WSJA 3QERA 3VQAA 3LANA 4GW6A 3PY8A 2YNHA 1C1CA 3V1QA 1JLEA 1LAWA 4FJHA 3QIOA 4DSIA 3OJUA 1NK7A 4PUOA 3CFOA 3OYDA 4IDKA 4NYFA 3O4QA 4FM2A 1WSIA 1ZBFA 3V9WA 2OPPA 5J2MA 4CJLA 3ZSVA 4FLXA 1XC9A 3LAKA 3ALYA 3HPOA 4B9SA 3HM9A 4Q5VA 1JLFA 3L2UA 4EP5A 1NKCA 4KI6A 3V6DA 4RW7A 1WAFA 5HRNA 4FLYA 5FRMA 1YTUA 1S1TA 1C0MA 3S3NA 3S9HA 1VSFA 2PYJA 2ZD1A 1A5WA 4XIUA 1RTDA 3PX6A 4N76A 4F3TA 1NK6A 4DFPA 1HQUA 4B9MA 4RW4A 1LW2A 3VQQA 2F8SA 5DMRA 3WNEA 2PYLA 4IBNA 1RDDA 4IG0A 3D45A 1VSHA 1IKVA 5J1EA 3NGIA 4E7IA 2XY6A 1RNHA 2DTUA 3EY1A 1NOZA 1HMVA 1HPZA 3TAQA 4FVMA 4DSLA 4DTXA 3NF8A 2Y1IA 3TAMA 3QESA 4L8RB 1KVCA 4KHWA 2KZZA 1VSDA 4DQSA 1BQNA 3DLHA 4OGCA 3OYJA 4E7JA 4Z4EA 4DSFA 1TV6A 1U47A 1IKYA 3VQ7A 5C24A 2KFNA 4BE0A 2GUIA 3MAQA 3QO9A 2VWJA 4PQUA 3QEPA 1SV5A 4DWIA 1TGOA 3HP6A 3KD1E 4KHUA 1KLNA 1EKEA 4O44A 4O0IA 1FXXA 3LP3A 3OYHA 4DQRA 5I3UA 3OYKA 4K8ZA 2HHVA 3ISNC 5DK5A 5HRPA 3C6TA 4NCBA 3QIPA 1NJXA 1SL1A 2HNDA 2HNZA 4FJJA 4KTWA 4I2PA 3CQ8A 5FRNA 1UOCA 3K59A 3KD5E 1Z25A 2B6AA 1Y97A 3LP0A 4CESA 3IS9A 5C25A 1S9GA 4DQIA 4IKFA 4KHQA 4B9VA 4CEBA 4E1NA 4DLEA 4HUEA 3L2QA 1B9DA 2A1SA 3M8RA 4FYDA 2IS3A 4CJSA 1HYZA 3AA5X 4ID5A 1S1WA 2YNIA 3NGYA 4H4OA 4CK2A 1VSLA 2EX3A 2E6MA 1I3AA 2RF2A 3KK1A 3AO3A 3QEWA 4FJ7A 1QTMA 3BDPA 3ASMA 4FJNA 4AH9A 3HPGA 1U4BA 2E6LA 3DRSA 4Z4HA 3RRHA 3EZ5A 3SQ0A 4FK0A 3HK2A 1YT3A 2BE2A 1RDCA 2PY5A 4TSXA 4FJ5A 3C94A 4E7KA 4CEQA 2HHUA 3SI6A 1JL2A 3M8QA 4F2RA 4I9LA 4NCGA 1LWFA 3NBPA 3OYGA 1HNIA 3LDSA 1RTIA 2VG6A 1WSHA 4DFMA 3H08A 1QHTA 3SUOA 4C8KA 1QE1A 5JS1A 5KRTA 4N56A 4CGGA 3SPZA 1BI4A 4FJMA 3TANA 1CXUA 4Z4CA 1UWBA 4CIEA 4KTZA 1FKOA 5CYMA 4K8XA 4N5SA 3MXJA 3NE6A 1LAVA 2IC3A 4CIGA 1IG9A 4DSEA 2P5GA 2HVHA 1EP4A 3DLKA 2A1RA 1HYSA 4B9NA 1S1XA 1TKXA 4Y1CA 4OPKA 1HJRA 1DTTA 3U6FA 4ZTJA 1RBVA 2IAJA 4J2BA 4OLBA 2NUBA 1ZBUA 3TWHA 3D0PA 4FXDA 4M3WA 3RMCA 4KRFA 2PZSA 1JXEA 3MEGA 3PO4A 4CF0A 4LH4A 1N6QA 2QK9A 1SL2A 3V1RA 3NAEA 4KFBA 2YKMA 4F3OA 1Q8IA 2QKKA 3ZSRA 2B5JA 3ZSZA 5KRSA 2HMIA 3RR7A 4CFBA 4ZHRA 2IGIA 1JLCA 4FJKA 4KREA 4R5PA 3M8SA 3AVAA 2RN2A 2XY5A 1SKRA 4DTOA 4KHSA 3L8BA 1J9AA 4CHZA 1NK4A 1CZBA 2P51A 2VG5A 1ZYQA 2HHWA 2WOMA 4CE9A 3JSMA 3SV4A 1K6YA 3RTVA 3TR8A 4LY7A 3QNOA 3B6OA 2RKIA 3DLGA 1RCHA 3SV3A 2X74A 3VA0A 5JS2A 2X6NA 3WNFA 2FBVA 1RDAA 4CJUA 1WAJA 3OYLA 4MFBA 4RG8A 2XO7A 1R0AA 3OYMA 3I8DA 2O4IA 3NGZA 3ZT1A 4YNQA 3VQBA 2HB5A 3SZ2A 1D9DA 3SUNA 2ETJA 3OYEA 4CEEA 5J2NA 4NYNA 4CHYA 2OYQA 4OLAA 3T1AA 4DS4A 2QKBA 4LH5A 3DLEA 5HBMA 4CGJA 4HUFA 4CF1A 3HP9A 3V9UA 2JLEA 3SCXA 4FJGA 1L3VA 5CZ1A 2Q3SA 3IRXA 2D0CA 4CECA 4KV8A 1T05A 4FJIA 3ZT4A 3KIOA 2I5JA 3AVKA 3I0SA 4W5TA 3MEEA 1RDBA 2G8KA 4Z4FA 4BDZA 1NK5A 3BGRA 2G8VA 3AVBA 4LD0A 3ZT3A 4CFAA 4PA1A 4CJ5A 1NJWA 1NJZA 1X9MA 3L2RA 4KKOA 4DQPA 1KVBA 2IOCA 1QSSA 4DFKA 3QEVA 3K5OA 4OKEA 2W42A 1BHLA 1ITGA 2D0AA 3QEIA 3UIQA 2VWKA 4B3OA 1RBTA 3O3FA 4JS4A 4H8KA 4DSJA 1S1VA 3VQCA 4EZ9A 3HO1A 4CK3A 5J2PA 1LWEA 3AVIA 4CEOA 4W5OA 4HCCA 1KFSA 1ZBIA 4BWMA 4QCLA 3DI6A 1BI4B 3MECA 4FW2A 1UA0A 3QETA 4DU3A 3CYMA 4OVLA 4AHCA 1VK0A 2FBXA 1UAXA 3CFPA 1RBUA 3NH2A 1QSYA 1IKWA 2DFHA 1BIUA 3PV8A 4C8OA 3VN5A 1RBRA 3K5NA 1Q9YA 1RT7A 4CFCA 1SKWA 4N41A 3OJSA 4CGFA 2XY7A 4CJRA 3OYAA 4CEDA 2F8TA 3DM2A 3NCIA 4CGIA 5KGXA 4CJ3A 2GV9A 4DTSA 2VG7A 5KI6A 3T3FA 4BDPA 1GOAA 1B92A 1VSMA 2D5RA 4ICLA 4CEFA 2OZMA 1TL3A 1W9HA 4H4MA 3LZJA 1RT5A 1VSIA 1KLMA 1RT2A 3LP2A 4DF4A 4PY5A 4IFVA 2LSNA 3MXMA 4MQ3A 4O4GA 4AILC 3DLBA 4CHNA 1JL1A 3B6PA 1KTQA 4CJTA 1X9SA 1F21A 3ITHA 4DS5A 1MU2A 1ZBLA 4CEZA 4FM1A 3C6UA 4ZTFA 1JLBA 1RTJA 4DTJA 4E7LA 3ZSXA 1JLQA 3FFIA 1N5YA 1KSPA 3AVHA 3TAEA 4CJ4A 2KZMA 4E1MA 4DLGA 3AA4A 3OYNA 3NF6A 3JYTA 3SPYA 2R7YA 1NJYA 1T8EA 1RTHA 4BE2A 4M3TA 2YHAA 3VQ9A 1CXQA 2FC0A 4FCYA 3VA3A 1EXQA 3CM5A 2XHBA 2G8FA 3O3GA 1BCMA 3RWUA 4E3SA 4KHYA 3V4IA 1X9WA 3ZCMA 4OPJA 4OKKA 1NKBA 1VSJA 4DU4A 3AO2A 3LAMA 4Z0UA 1BCOA 3AVNA 1L3UA 2AJQA 1CZ9A 1QS4A 3AVCA 1X1PA 4RW6A 4Y1DA 1LWCA 2Z1JA 3LALA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2Y1JA 2W6KA 2OPRA 3TABA 4BWJA 3KK2A 1B9FA 1BDGA 4NXNK 2KW4A 2HBLA 4B9LA 2H3GX 1NGGA 4ISEA 1BGXT 3MN5A 4KO0A 5SZTA 3GG4A 4DTNA 3QNNA 1D4XA 3TTDA 3DLRA 4HCBA 2DY4A 1ATSA 3KLHA 4O0JA 3FZLA 1U2VB 4CHPA 4OJRA 2G8IA 1T03A 5AQNA 5GAEP 4H0TB 2FXUA 3J7AP 3AVGA 5DM7L 3HXMA 3GOIA 4I7FA 3CHWA 3AVFA 4BDYA 3K2PA 4NXMK 1NLVA 1E4FT 1VSKA 4CCHA 5GAGP 3W3DA 5M1KA 4PKHA 1QSLA 4WQ4A 5LJWA 3H3NO 1C6VA 4DU1A 2X78A 3HJFA 3CXCM 1TK0A 4WFBL 4IOCL 1ESVA 1D5AA 4DCHA 2BGGA 4M63C 2O8CB 1WNSA 1RT4A 4BRCA 4EFHA 1O1WA 1SL0A 4BG8A 3AO4A 2F96A 4EAHD 3PUFA 4F2SA 2ITMA 3OS1A 2KQ2A 3AO5A 4BVPA 2JWLA 3HVTA 4WE1A 4ELVA 3VMFB 1NK8A 1U2VA 1HNVA 3G10A 3U8XA 5AZIA 5KPTA 4JRPA 4DR7K 3Q7BA 2HBMA 3HYFA 2V7ZA 1FJGK 1NG9A 3CC2N 1VQLN 3D2EB 3CCVN 4DR5K 3FFKB 3LDLA 3NH1A 3OYIA 3AA3A 1KQSM 2P1JA 3AVLA 3UB5A 1WSEA 3TARA 2DFFA 4JD2A 4ELUA 2KLAA 3LPTA 1W0HA 3KLGA 2G8WA 5A2QO 1BISA 2O8DA 3GL1A 3VF4A 5E41A 4FJ8A 4FWRA 1OH5A 1HRHA 5HRSA 1IKXA 4ILHA 3K57A 5C42A 5CE3A 4GV9A 4B9QA 1BWFO 3KZBA 4B1UB 3GE1A 1E3MA 3ZSWA 1TKZA 4AHVA 1EETA 1TAUA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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