1VK0A

X-ray structure of gene product from arabidopsis thaliana at5g06450
Total Genus 67
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
67
sequence length
206
structure length
200
Chain Sequence
SASFDGPKFKMTDGSYVQTKTIDVGSSTDISPYLSLIREDSILNGNRAVIFDVYWDVGFTKTSGWSLSSVKLSTRNLCLFLRLPKPFHDNLKDLYRFFASKFVTFVGVQIEEDLDLLRENHGLVIRNAINVGKLAAEARGTLVLEFLGTRELAHRVLWSDLGQLDSIEAKWEKAGPEEQLEAAAIEGWLIVNVWDQLSDE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title X-ray Structure of Gene Product from Arabidopsis Thaliana At5g06450
rcsb
source organism Arabidopsis thaliana
molecule tags Structural genomics, unknown function
molecule keywords hypothetical protein
total genus 67
structure length 200
sequence length 206
chains with identical sequence B, C, D, E, F
ec nomenclature
pdb deposition date 2004-04-12
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1vk0A00
4HCBA 3C6TA 3KD1E 4ICLA 4E1MA 3MXJA 2OZMA 4DTXA 4ID5A 4I9LA 1S1WA 3LALA 4AH9A 2HVIA 3D0PA 1RTHA 1WSHA 3C94A 3LZJA 4IFYA 1TKXA 3E01A 1LAVA 3V9UA 4DSKA 3V6DA 3IS9A 1YTUA 1J53A 3AO2A 1UAXA 4KTZA 4CJTA 1TK5A 3QNOA 4FJLA 4E7JA 1LAWA 1JLBA 1VSJA 4HTUA 1O1WA 3OYEA 4GW6A 1TVRA 4B9NA 3AO1A 5J1EA 2YNIA 1IKVA 1U45A 1G15A 3VQDA 4CF0A 3KKRA 3LPUA 3P5JA 1BHLA 3RR7A 4RW8A 4CJUA 2OA8A 2OYQA 1WAJA 3M8QA 3CQ8A 3MEGA 4FLUA 1U47A 4O55A 1UA1A 1UA0A 2XO7A 3EZ5A 2VWJA 2YNFA 2KFZA 4Y1CA 3OS1A 3LP1A 5J2PA 3SV4A 3DM2A 3VA3A 4CJEA 5KI6A 1A5WA 3NF6A 3IRXA 2A1SA 3SYZA 4FK2A 3KKSA 4N5SA 2YNGA 4IBNA 3U3YA 1S1UA 4QOZB 2G8WA 1B9FA 1IKXA 3L2UA 3QO9A 4FLWA 3TAPA 3SPYA 3OYGA 3QERA 3CG7A 1FK9A 4G1QA 1RT3A 3P1GA 4HHTA 4DLGA 4OJRA 1SKWA 2HNDA 1L3SA 2F96A 2QKBA 4PQUA 3K58A 3K5LA 2Y1IA 3SJJA 4YNQA 4NCGA 4DFPA 4CGHA 2HMIA 1RT4A 1TKTA 1QSLA 2X74A 1KCFA 4LSLA 4CJRA 2P51A 3NH0A 4CCHA 4RW6A 4B9VA 3NF8A 1HRHA 4M45A 3L8BA 1RDDA 3HVRA 1TKZA 4AILC 4CHOA 2QKKA 3CFRA 1ZBFA 2OZSA 5HRRA 3RMAA 2VWKA 5C24A 4BWMA 3MXMA 4E7LA 3DOLA 4E0DA 4F2RA 3LANA 1VK0A 3AA3A 3AVMA 5C42A 2ZE2A 1L3TA 4CJKA 4B9MA 2DY4A 4O44A 2IAJA 3V1OA 1C0MA 4OVLA 4H4OA 4B9TA 3VQBA 3LAMA 4TSXA 1REVA 3AV9A 1HNIA 3TABA 4FW2A 4AHCA 4M3TA 1NK4A 2PYJA 4FJJA 1XHXA 1ZBLA 4DWIA 4EP4A 4KKOA 3DI6A 3TAMA 1NKCA 2DTUA 3DRRA 3OJUA 3KK1A 4DQRA 2FC0A 1ASVA 3V1RA 3SZ2A 4B9SA 4B3OA 4C8LA 3LWLA 4CEZA 5I3UA 3PO4A 4HUFA 3OS2A 4OLAA 3QEIA 3AVIA 3HP6A 3VQQA 4KHUA 3VQ9A 4QAGA 1QSYA 4K8ZA 1HMVA 3KJVA 3OS0A 1FXXA 3ALYA 4DTSA 3HJFA 1HYZA 2DFEA 1WSEA 3ZT4A 3TAGA 1Q9XA 3AA2A 4XIUA 3MXIA 2G8UA 3ISNC 1W9HA 3HPGA 3RMCA 4DU4A 2IOCA 4MFBA 2Z1GA 4OGCA 4CGGA 1L5UA 1S9GA 2XRIA 4KHSA 2G8IA 1YT3A 3JYTA 2D0BA 3NAEA 1IKWA 5EU7A 2HVHA 4OKEA 1S1TA 3AVKA 3O3HA 4E7HA 3VQCA 3ZT1A 1EP4A 4R5PA 3OYCA 3LWMA 1TV6A 4CHYA 3TAFA 4KREA 4W5NA 1A5XA 1JXBA 3ZSRA 1EX4A 3AVAA 4EZ6A 4M3XA 1ZYQA 2Q3SA 4OGEA 2QXFA 2I5JA 3QINA 4F8RA 1HQUA 1VSEA 1JL1A 1WSJA 1LW0A 1CXUA 3NF9A 3SUOA 1ZBUA 4NCAA 4CK2A 4M3YA 4CIGA 1VSFA 4DSJA 4KO0A 4H8KA 1CZBA 3OYFA 1T05A 4M3WA 3KK2A 3ZSVA 3PX4A 4FJIA 1Y97A 5DK5A 4LH5A 3OYLA 4JS5A 1FKOA 2AJQA 1RCHA 1TK8A 4DSEA 4Z4IA 4I7FA 4N41A 2EX3A 1BQNA 2XHBA 4DS4A 4OLBA 3SUNA 1VRUA 1HJRA 3I0SA 3KLFA 3K5NA 3SQ0A 4BE0A 4DU3A 4W5TA 3M8SA 3VQ4A 2JGUA 1NK8A 1JLEA 1XHZA 3ZCMA 2R7YA 3VN5A 3OJSA 5T7BA 1BL3A 3L3UA 2E6LA 4ID1A 4RW9A 3TAEA 3PV8A 2HHWA 2ZD1A 4W5QA 3SI6A 1NK0A 3NH1A 1Z26A 1SV5A 1TL1A 2HNYA 3HSTB 3SQ4A 4KPYA 1IKYA 1GOAA 3ZSWA 5HLFA 4F3OA 2IS3A 3T1AA 3O3GA 4M42A 4DTNA 4KTQA 3LP2A 2PY5A 4AHVA 3T19A 1RTDA 3KK3A 3F73A 4CK1A 1K6YA 1T7PA 1SL1A 3EY1A 2RKIA 4DFMA 4DF4A 4DSIA 5FROA 3U6FA 3OYKA 4IKFA 4J2AA 1NKEA 4CF9A 1RTJA 3AVJA 4KFBA 4F4KA 3F9KA 4KV8A 2KFNA 3RWUA 3OYIA 3A2FA 4IG3A 3HPOA 1BQMA 3NDKA 3VQPA 2EHGA 3ZT3A 4CEEA 3TR8A 4HCCA 3RRGA 2BANA 1TK0A 2KQ2A 4KI6A 2G8HA 1I39A 4DTMA 3ZSZA 3L3VA 2E6MA 4DTJA 4FZZA 5D3GA 3VQ8A 2ETJA 2YKMA 4BDYA 3WNEA 1J54A 1S6QA 2D0CA 3OY9A 3RTVA 1S1VA 1C0TA 4O5BA 1HYSA 2ITGA 2X78A 1DTQA 1RBTA 3AVGA 3M8PA 3NH2A 3QLHA 3S3MA 4DQPA 1LWEA 3QNNA 1TAUA 3O3FA 5JS2A 1IG9A 1B92A 4RW4A 1KVCA 3AO4A 2VG5A 3AA5X 1NK6A 2JLEA 1EETA 1D8YA 4GMJB 4KHWA 4M3ZA 1YVUA 3DRSA 4MQ3A 4CFDA 3O4NA 1Z25A 2HB5A 3RMBA 5E41A 4FW1A 1C0UA 4B8CA 4NYNA 3MEEA 4OKJA 3K5MA 1C1CA 4QCLA 1GOBA 1RBVA 3ASMA 1NJXA 3V1QA 1J5OA 4CIFA 4DF8A 1RDBA 1SL2A 4CEOA 5HRPA 2FBTA 4CJQA 3B6OA 3CYMA 2XY7A 1N5YA 3HP9A 3WNHA 1S9EA 3THVA 1B9DA 3DLBA 4C8OA 1WSFA 4B9LA 4ZTJA 1NJWA 4CERA 4CJ5A 4Y1DA 2G8FA 1RT5A 1C1AA 3OYAA 4Z4CA 4FJHA 4OPKA 1HQEA 3SQ2A 1D9FA 3QETA 3HL8A 3NGIA 3S9HA 4ELVA 2HHSA 2ZQBA 4CF8A 4CJWA 1JXEA 3VA0A 2VG7A 2OPPA 4DTPA 1ASUA 3LPTA 4E89A 1D9DA 4CFCA 1RT7A 3VQAA 1QTMA 4EP5A 3CFOA 4J2EA 4Z4FA 1HYVA 1VSKA 3DOKA 5CYMA 3ZT0A 4CGIA 4AHSA 3VQ6A 3KLGA 3HVTA 3LDSA 4ZTFA 1RT1A 1BCMA 4FVMA 3P83D 2HHXA 2GBZA 5HRSA 3PO5A 4DTUA 4NCBA 1LWCA 4Z0UA 5J2NA 2YV0X 1X1PA 4UQGA 4AHUA 2P1JA 5CZ1A 3OYHA 3PX0A 4CEAA 2BE2A 3K59A 3QEWA 4FJ5A 2HHQA 5DMRA 1SL0A 3NGYA 1HNVA 3L2RA 5SWMA 4M3UA 1VSLA 5FDLA 3LAKA 2BGGA 4CK3A 4E7IA 1RBUA 4I2PA 2HHVA 3OYDA 3NHGA 3K5OA 3QESA 4CHZA 2KTQA 3AA4A 1BISA 4JRQA 4JRPA 3BDPA 1KVAA 1X9WA 5CY4A 3OVNA 4J2BA 4KI4A 4CJ3A 4I9QA 1T03A 3U3GA 4CEQA 4CGFA 5SZTA 2G8VA 1JLAA 2PYLA 4FM2A 4FZXC 2OPSA 3KD5E 1QQCA 2B5JA 3V9XA 4JLHA 4CE9A 3L2WA 4FJ7A 1KLNA 1WAFA 2G8KA 1MU2A 1NJYA 3RR8A 5FRNA 1EKEA 1ITGA 3DYAA 4DG1A 4E1NA 3DLHA 2OPRA 2Z1JA 4CJPA 3SPZA 3AVCA 4FJMA 1S5JA 3S3OA 4FJNA 3MEDA 2FBVA 2YKNA 4CJLA 2FBYA 1RILA 4IG0A 3ZSYA 2GUIA 1QE1A 2GV9A 1JLQA 1KVBA 1D5AA 1RBSA 4DFJA 2RF2A 4CFAA 3SV3A 3ZT2A 2RPIA 4O0JA 3SNNA 4FZYA 5J2MA 2W42A 1LV5A 4KB1A 3LZIA 2QK9A 3SUQA 3QEPA 1S1XA 3NBPA 3ZSXA 4L8RB 4KTWA 5J2QA 4KHQA 5I42A 2NUBA 4B08A 4FK4A 1QHTA 4M41A 1EXQA 1BGXT 1RDCA 3M8RA 3CM5A 3AVHA 3RRHA 3HYFA 4CGDA 4ELUA 4FLZA 3KLIA 3D45A 3QIPA 1BIUA 1RDAA 3NCIA 3DLRA 1IH7A 2X6NA 2XY8A 2A1RA 1RBRA 4HUEA 3C95A 4LD0A 3TANA 2FBXA 4BE1A 4F2SA 3HO1A 3K57A 3V9WA 3NF7A 2D5RA 4CF2A 3VQ5A 4CIEA 3DMJA 4H4MA 4KHYA 1J9AA 3O4QA 4DFKA 3KIOA 4M3RA 4FM0A 2DFHA 4O4GA 2RN2A 3AVFA 3TI0A 4E19A 2BDPA 1TGOA 1RNHA 3AVBA 1SKSA 4O0IA 4DSLA 4BACA 3IG1A 1U4BA 3CFPA 2HW3A 1WN7A 1C1BA 1JLFA 1L3VA 3TAQA 3VQ7A 1NK5A 1KFDA 3V4IA 2F8TA 1Q8IA 4PY5A 1WLJA 3HXMA 4K8XA 3JSMA 3NE6A 5KRSA 4N76A 4CEDA 3SCXA 1XWLA 4W5RA 2WOMA 1HPZA 3LP0A 3G10A 1GOCA 4CJSA 2OPQA 4HUGA 3PUFA 1BIZA 1LW2A 4GVMA 1ZBHA 4BWJA 2B6AA 1RTIA 3WNFA 3QIOA 5KTQA 4RG8A 3RMDA 3AVNA 1X9SA 4C8KA 4J2DA 1NK7A 2HHUA 2KZZA 4KAZA 5KGWA 3HK2A 3MECA 3CM6A 1IO2A 4DQQA 4DTOA 4FYDA 4DQSA 1UWBA 5KRTA 4PUOA 3QEXA 4KHNA 2Z1HA 1VSDA 3LP3A 1DTTA 2XY6A 4CHPA 2Y1JA 2D0AA 4HVJA 4RW7A 3SUPA 1NJZA 3PX6A 4CECA 3QEVA 3ULDA 1JL2A 4DU1A 4DSFA 2KZMA 4IDKA 4FCYA 3V9ZA 4DQIA 1CLQA 3DLKA 1ZBIA 1JLGA 3C6UA 3EYZA 2XY5A 1TKDA 3L2QA 4FJ8A 1U48A 4Z4EA 5K14A 4AHRA 3T3FA 3WNGA 1JLCA 3KLHA 3MAQA 4FM1A 1VSMA 4FLXA 4LH4A 4NYFA 2HHTA 4LSNA 1ASWA 2VG6A 3KLEA 4LY7A 1W0HA 1F21A 2E4LA 4EZ9A 5FRMA 4CHQA 3KTQA 4DS5A 4FLVA 1QS4A 5HBMA 4WE1A 3I0RA 5HROA 1DLOA 3TARA 1CZ9A 1VSIA 2O4GA 2YNHA 2ATQA 3K2PA 4ZHRA 3I8DA 4FJXA 1RT2A 2P5GA 2Z1IA 4N47A 4DLEA 1LWFA 1WNSA 2YHBA 1XI1A 4CJVA 4B8AB 2F8SA 1L3UA 4CEBA 3V81A 3DLEA 3HT3A 1S6PA 1NK9A 3HPHA 1RT6A 4C8MA 4Z4GA 4OKKA 1KSPA 1A5VA 3B6PA 4I2QA 5CZ2A 1TL3A 2IGIA 2IC3A 4OPJA 3SQ1A 1NOYA 2O4IA 3FFIA 1KLMA 3TWHA 4CEFA 1WSIA 3ZSOA 3OYJA 4KB0A 2YHAA 1NKBA 3OYBA 1SKRA 4FLTA 1C6VA 1BI4A 1YTAA 3AVLA 4AHTA 4W5OA 1N6QA 4BDZA 4FJ9A 1T8EA 3NGZA 3UIQA 4CJFA 4JS4A 3OYNA 4B9UA 2X6SA 1JKHA 1U04A 4CFBA 5C25A 1U49A 4BE2A 4FK0A 1I3AA 2WONA 4PA1A 4YFUA 4Z4HA 1XC9A 2HNZA 3L2VA 4DTRA 1KFSA 1NOZA 4E3SA 3PY8A 2P5OA 3DRPA 3AO3A 5HP1A 2IDOA 3H08A 4CGJA 4FJKA 1KTQA 1WSGA 3IAYA 4CF1A 3S3NA 4E7KA 3BGRA 3NFAA 3ZSQA 1Q9YA 3ITHA 3VQEA 1VRTA 1FKPA 4KRFA 1BCOA 4DMNA 5KGXA 4N56A 5CYQA 4Q5VA 4BDPA 4FJGA 3G0ZA 1BI4B 5HRNA 1VSHA 2DFFA 1KRPA 4FLYA 3V9SA 3DLGA 3OYMA 2KW4A 4FXDA 5JS1A 1R0AA 4CESA 4ELTA 2LSNA 4IFVA 4PWDA 4Q0BA 4C8NA 1TAQA 4CHNA 4CJ4A 4F3TA 1X9MA 1QSSA 2B4JA 1CXQA 3HM9A 3AO5A 2PZSA 1SUQA 1UOCA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3C6TA 3KD1E 3I55N 3C0BA 3CXCM 2A40A 2E1YA 3LZJA 5FLXO 3HI0A 2QEXN 5BRDA 1BA1A 3VF4A 4KTZA 1HJOA 4FJLA 4E7JA 2HBJA 4CD1A 3AGKA 1VQPN 4DR7K 3MN7A 4B9NA 1S22A 5J1EA 5H1SQ 1IKVA 1G15A 4DCHA 3P5JA 4RW8A 4CJUA 1WAJA 3M8QA 4WQ4A 3MEGA 2QTDA 2KFZA 3EZ5A 2VWJA 2YNFA 4QS7A 4Y1CA 3OS1A 1GLLO 4CVNE 3VA3A 5KI6A 3G71N 4JKEA 3TTCA 3SYZA 3KKSA 4IBNA 4PKHA 1NM1A 2NRHA 4QOZB 3MX5A 3L2UA 4FLWA 3TAPA 3SPYA 4G1QA 1L3SA 2O8DB 4PQUA 4F9OA 3K58A 3TTFA 4ISEA 2E8AA 1RT4A 1TKTA 2X74A 4CCHA 4LSLA 3NH0A 1MDUB 3G25A 1HRHA 3HOTA 3O4WA 3L8BA 4FWLA 3M1FA 2OZSA 5HRRA 5C24A 1H1VA 3CF5L 3MXMA 3FZMA 4H5VA 3AVMA 1ATNA 4O44A 3MWPA 4FPBA 3VETA 3LAMA 4TSXA 1REVA 3AV9A 2KTQA 4AHCA 4M3TA 3QFUA 4OX9K 4FJJA 4R79A 3OJUA 2FC0A 2HHHK 4B9SA 2WFBA 2BTFA 4CEZA 3TU5A 3VGMA 3EEQA 1OVYA 3QFPA 4LF8K 1YF5L 4BRQA 3TAGA 1WSEA 3ZT4A 3MXIA 4OGCA 4XH1A 1NGCA 2D4WA 1L5UA 3CPEA 4KHSA 1YT3A 3GBTA 5EU7A 4OKEA 1S1TA 1EP4A 3ID6A 3OTOK 4KREA 3DWLA 1IBMK 1JXBA 1A5XA 4IOCL 1EX4A 4JKGB 4EZ6A 3CPWM 4BR5A 1WSJA 4O8KA 4C23A 2VCPA 1ZBUA 4CK2A 4CIGA 1VSFA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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