1VK0A

X-ray structure of gene product from arabidopsis thaliana at5g06450
Total Genus 67
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
67
sequence length
206
structure length
200
Chain Sequence
SASFDGPKFKMTDGSYVQTKTIDVGSSTDISPYLSLIREDSILNGNRAVIFDVYWDVGFTKTSGWSLSSVKLSTRNLCLFLRLPKPFHDNLKDLYRFFASKFVTFVGVQIEEDLDLLRENHGLVIRNAINVGKLAAEARGTLVLEFLGTRELAHRVLWSDLGQLDSIEAKWEKAGPEEQLEAAAIEGWLIVNVWDQLSDE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Structural genomics, unknown function
molecule keywords hypothetical protein
publication title X-ray Structure of Gene Product from Arabidopsis Thaliana At5g06450
rcsb
source organism Arabidopsis thaliana
total genus 67
structure length 200
sequence length 206
chains with identical sequence B, C, D, E, F
ec nomenclature
pdb deposition date 2004-04-12
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1vk0A00
4CHOA 4FJMA 3RRGA 1TGOA 3I8DA 1F21A 1T03A 3VQ8A 3SQ4A 4IKFA 4PWDA 2VWJA 4QCLA 2LSNA 2QKBA 4C8LA 3K5LA 4E19A 1QE1A 3QEXA 3HPGA 4FJKA 3L3UA 1BQMA 4JS4A 3SUPA 4HTUA 4CEDA 4FM2A 4E89A 4K8XA 1NK9A 4CF8A 1EXQA 1B9FA 1U04A 2DFHA 3PX6A 4KTQA 4KRFA 3WNHA 3HYFA 5KRSA 3BDPA 4E1NA 4IFYA 1LWCA 3NF9A 3H08A 3QO9A 5J1EA 3KLFA 4PQUA 3V9XA 2HHXA 4FJHA 4W5TA 1RT4A 4KHNA 4KTWA 3SQ1A 4KB1A 1NKCA 1D9FA 4FLWA 1C1AA 3LPUA 4AH9A 2X6SA 4CHYA 1BL3A 2YNIA 3NCIA 4O0JA 5KGXA 1REVA 1FKOA 5FRMA 1A5VA 3CFRA 4FJ8A 3VQ5A 1SKSA 1RDDA 5FDLA 2HVHA 2HHUA 3TI0A 4FXDA 3L3VA 1CLQA 3LALA 3M8QA 4W5RA 4AHRA 4FZZA 3AVCA 4EP4A 3HPOA 1IKXA 5SWMA 4KI6A 1IO2A 2X74A 1BHLA 2D0AA 4NCGA 3HP9A 4E0DA 3KLHA 1KCFA 4BDZA 4CK3A 4FLUA 4YNQA 1L3VA 4DTSA 4DTNA 2G8UA 1VRUA 2HNYA 4N56A 4FK2A 3DMJA 4EZ6A 4KB0A 3O3GA 1D5AA 2ZQBA 3AA5X 3AV9A 3FFIA 1L3SA 4CGIA 3LWMA 1J54A 1JLBA 4RW6A 4PY5A 3OYBA 3ITHA 5J2QA 3TAMA 1WN7A 3V9SA 4BDPA 3PO5A 3LWLA 2G8IA 3DM2A 3PO4A 4CGGA 1A5WA 3RMBA 3SZ2A 3IRXA 2VG7A 4IG0A 1YT3A 4OGEA 2O4IA 3MXIA 5JS1A 3AVFA 1QS4A 4I7FA 1KFSA 5HLFA 2B5JA 4KFBA 4KHUA 2ETJA 3IG1A 3LZIA 1W0HA 3NFAA 4C8NA 4N41A 3C6UA 1A5XA 4DU1A 3ZSYA 3DI6A 1HPZA 3VQ9A 3TAPA 3TAGA 3MAQA 1NJYA 5HP1A 1JLGA 1RBUA 3D0PA 3HSTB 3DLGA 3V81A 3SJJA 3S3NA 1QSSA 4F8RA 1JLFA 4J2BA 4OVLA 1VSKA 3LANA 3MEGA 4CCHA 4W5NA 1Q9XA 4M41A 4Y1CA 3ZSOA 1RDAA 4FW1A 1XI1A 1KRPA 3IAYA 4KV8A 3HJFA 3WNGA 4M3TA 4DTXA 3OY9A 4LSLA 5J2MA 3HK2A 1YVUA 3ASMA 3WNFA 1LV5A 3C94A 4OJRA 2XO7A 4PUOA 1YTUA 1JLQA 4CFCA 1S5JA 3TWHA 3K59A 1VSMA 4AILC 4FJIA 1BCMA 3VQ4A 1NKEA 4DQRA 1TV6A 4H8KA 4LD0A 2HNDA 4FLTA 4CJKA 1RILA 2D0CA 1TKTA 2PYJA 5C24A 4CGHA 1UOCA 1RBVA 4DSFA 1HQUA 3NAEA 4KHYA 1BISA 2OPQA 2B4JA 1LW2A 4LH5A 4I9QA 3TR8A 1VSFA 3OYIA 1SV5A 4I2PA 2G8KA 1WAFA 2GBZA 4M3RA 3ZSRA 1HQEA 1J53A 4WE1A 3OYDA 4KO0A 4DQPA 4BWMA 2P51A 4CK2A 4GMJB 2IS3A 1S1TA 4FZXC 3VQBA 4B9TA 2FBXA 3VQDA 4NYFA 4DG1A 4DTUA 3U3GA 4FM1A 1N6QA 1RTDA 4FZYA 2KQ2A 4DQQA 2E6LA 3I0RA 4CF0A 4KTZA 1VSDA 1RDCA 2XY8A 4AHVA 5HRNA 1X1PA 4Z4HA 3OYEA 4M42A 4B9SA 1BIZA 2BANA 3HVTA 4DTOA 4E3SA 4CJ5A 4B9LA 2IAJA 3I0SA 4RW8A 3RWUA 4DSIA 4BWJA 1Z25A 4O5BA 1TKXA 1WSFA 4I2QA 4BE2A 4FJLA 2IC3A 4DFJA 4CJFA 3QNNA 1Q9YA 3CQ8A 4KPYA 4OLBA 3NGZA 2ITGA 1QSLA 1HYVA 2HB5A 5KTQA 4FJ7A 4KHWA 1C0UA 4O0IA 4KKOA 1C6VA 3SQ2A 4Z4FA 3O3HA 3L2WA 1JL1A 4DTJA 4Q0BA 2OA8A 3DLRA 4F2SA 1C0TA 1VK0A 3KK3A 3HXMA 1ZBIA 5DMRA 1VRTA 3MEDA 4CJPA 2DFFA 2O4GA 1T05A 3TANA 3P1GA 3OJUA 2XRIA 3RMDA 3RR8A 3AVNA 4DWIA 2YHBA 4CEZA 2B6AA 1GOCA 1Q8IA 4PA1A 1S6PA 3V6DA 1B92A 3KLGA 1ITGA 3O4QA 1WSEA 1VSEA 1WSJA 2RF2A 3C6TA 4QAGA 2G8WA 1GOAA 1NJXA 2ZD1A 3B6OA 3OYKA 2OZSA 3TAQA 3NF6A 1SKWA 2P1JA 2KZMA 1C1BA 4MFBA 4RW9A 4FJNA 3OYLA 1L5UA 4L8RB 3ZCMA 4OKEA 4J2EA 1ZBHA 3HPHA 4F4KA 4N76A 3AA4A 3NE6A 2HVIA 3KJVA 2YKMA 1O1WA 4Q5VA 4GVMA 4N47A 1DTQA 4HCCA 4CHQA 4DFPA 3A2FA 1JLEA 1XHZA 5SZTA 2IOCA 2I5JA 2PY5A 3M8SA 1U45A 1KSPA 4DSKA 1UA0A 1ASWA 2BGGA 4CHPA 2OPRA 4AHUA 4CJEA 2FBVA 3WNEA 4CJQA 4KHSA 3PUFA 4B3OA 3AVAA 1BI4B 2E4LA 2KFZA 3PV8A 3S3OA 1B9DA 3M8PA 2QKKA 4FCYA 2XY7A 3SCXA 3OVNA 1JLCA 4E7IA 3QEWA 4FLXA 4CJ4A 5KI6A 3ULDA 3C95A 3DRSA 4ZHRA 1ZBLA 2YKNA 4CFBA 4FJGA 1BQNA 5I3UA 3CYMA 4DTPA 3BGRA 1VSJA 3IS9A 1ZYQA 3AO3A 1D8YA 3PY8A 3DOKA 5HBMA 1RTIA 5FROA 1RTJA 1XHXA 3CFOA 4CIEA 1KTQA 4Z0UA 1BGXT 1XWLA 5KGWA 3AVIA 3K58A 4F2RA 3RMAA 3S3MA 1BI4A 1RT7A 2A1RA 1RCHA 3L2VA 3K5MA 3F73A 3AO4A 3P83D 1NK6A 2JGUA 3QETA 1HYSA 1S1VA 5HRRA 1N5YA 4JS5A 3VN5A 4CHZA 2FBTA 4BACA 4DF4A 4G1QA 2X6NA 2VWKA 1UAXA 1LWFA 1TL1A 3RR7A 4CEBA 2Z1GA 2Y1JA 1CZ9A 1TVRA 2E6MA 3VQ6A 3OYHA 3OJSA 5J2PA 3CG7A 3SNNA 1SL1A 4B9MA 1S6QA 1BCOA 4FK4A 1WAJA 4ELTA 2KW4A 1NK5A 1HNVA 1DTTA 1JL2A 5HRPA 4FJJA 3U6FA 3MECA 3NDKA 1FK9A 1X9WA 3T1AA 4LSNA 3HM9A 3LZJA 4DS4A 4DQIA 4FK0A 1ASUA 2XHBA 4CE9A 1IH7A 3QNOA 4CJ3A 1IKWA 4E7LA 1VSIA 1LW0A 1TK0A 1NOZA 1YTAA 2OPPA 3EY1A 3OYCA 1VSLA 5JS2A 4BDYA 1X9SA 3ZT1A 2FC0A 1MU2A 3QIPA 4C8MA 5T7BA 4CF9A 2VG5A 4B9NA 3OS1A 2HHVA 4Z4CA 3KTQA 5HROA 3QERA 3ZSWA 1NK7A 3DYAA 4CJWA 1RBRA 2WOMA 5HRSA 1CXQA 1C0MA 3DLKA 4M3XA 3PX4A 2FBYA 2AJQA 3ZSQA 2KZZA 4CEFA 1L3TA 3O3FA 3SPZA 2HW3A 4DLEA 1RDBA 4DSJA 3RMCA 3QINA 1U47A 4EZ9A 1RT5A 3NF7A 4RW4A 1RBTA 5K14A 4IFVA 3JYTA 4HUFA 3KD1E 1I3AA 1ASVA 3ISNC 4IDKA 3VQEA 1RT3A 3V4IA 2YHAA 1WNSA 4OLAA 3E01A 4DMNA 2Z1JA 3CM5A 1QTMA 4M3WA 1TAUA 4BE1A 3NGIA 1NK4A 3VA3A 4Z4EA 4ICLA 1NJZA 3V9ZA 4CGJA 1S1WA 3D45A 2ZE2A 4ID5A 4RW7A 3AVJA 4DS5A 2XY5A 1XC9A 3DLBA 2RN2A 3KKRA 4UQGA 4E7KA 3DLHA 3O4NA 4ELUA 4CGDA 4AHSA 2R7YA 1TKDA 2OZMA 1HMVA 4HUGA 1KFDA 1G15A 3OS0A 3OYNA 4DTRA 3QEPA 3SI6A 3NH0A 1W9HA 3M8RA 3SPYA 3G0ZA 3NGYA 4I9LA 3OYFA 4FW2A 4AHCA 3PX0A 1HJRA 4E1MA 4C8KA 1KVCA 3K57A 4E7JA 3LDSA 1IKVA 4OGCA 2Q3SA 4CEAA 5C25A 4IBNA 1KVAA 1SL0A 3L2UA 3AVBA 4FYDA 1J9AA 1JXEA 4NCAA 4IG3A 1HNIA 2RPIA 1ZBFA 3LP2A 4BE0A 1DLOA 3K5OA 2HHQA 1JXBA 2G8VA 1IG9A 1T7PA 5FRNA 3QIOA 4ZTJA 3DLEA 3DRRA 4XIUA 5CYMA 1TL3A 4Z4GA 3NH2A 1GOBA 1WSIA 1IKYA 3CM6A 2HNZA 4B8AB 2KFNA 4DU3A 3VQQA 2OYQA 1EX4A 3T19A 2DTUA 4MQ3A 4GW6A 5E41A 1WLJA 1FKPA 1WSHA 2F96A 2OPSA 3KLEA 4DQSA 3B6PA 3AO2A 4N5SA 3LP0A 4B9VA 1HYZA 1QHTA 1TKZA 3RRHA 3S9HA 3L2RA 4C8OA 2NUBA 4TSXA 4FJ5A 4R5PA 4FLVA 2HMIA 3KKSA 4CEEA 1VSHA 5I42A 2YNGA 3DOLA 1RNHA 2DFEA 4OKKA 3JSMA 3CFPA 2F8SA 4HUEA 3LPTA 4CK1A 3AA2A 4FM0A 4CEQA 3HT3A 4DU4A 3L8BA 1NK8A 4CJRA 1EP4A 4KAZA 5KRTA 1RBSA 4CJSA 1EETA 4W5QA 3T3FA 3OYJA 4FLYA 1JLAA 1HRHA 3AVGA 3VQPA 3V9UA 1Z26A 3ZT0A 4ELVA 1EKEA 2HHWA 1S9EA 5EU7A 4FJXA 1ZBUA 1X9MA 5D3GA 4DSEA 4J2AA 1I39A 3ZSXA 3QEVA 3UIQA 3OYGA 1NK0A 1TK5A 5CYQA 1NKBA 5CZ2A 1D9DA 2PYLA 1LAVA 1SKRA 4AHTA 1UWBA 4DTMA 2HHSA 1Y97A 1S1UA 3THVA 4M3ZA 2BDPA 1SUQA 2Z1IA 3AO1A 4CIGA 3NBPA 2XY6A 2YNHA 2QXFA 4CESA 4JLHA 2ATQA 5DK5A 1FXXA 4B08A 3AO5A 4ID1A 3OYMA 4M3YA 1U49A 1RTHA 4CF2A 3AVLA 3LP3A 1LAWA 2IDOA 3SQ0A 1CXUA 3LAMA 1UA1A 3AVMA 4HCBA 4F3TA 1RT6A 3KIOA 3NF8A 1J5OA 4RG8A 3RTVA 3F9KA 4F3OA 1TAQA 3SYZA 2YV0X 1SL2A 3HP6A 1R0AA 4CECA 4CJVA 2DY4A 2EHGA 4M45A 4OPJA 4JRPA 4CJLA 3KLIA 3QESA 3ALYA 4CJUA 2G8FA 4Z4IA 3NH1A 3TAEA 3KD5E 2F8TA 4KREA 2RKIA 1RT1A 1NOYA 4W5OA 4CJTA 2X78A 3SUQA 4B8CA 1U4BA 2D0BA 3VA0A 4DSLA 4QOZB 3G10A 4H4MA 2GV9A 4OKJA 4CEOA 5J2NA 2YNFA 3LP1A 3QLHA 4JRQA 1JKHA 3U3YA 4J2DA 3V9WA 4E7HA 2W42A 3MEEA 3AVHA 3NHGA 4DLGA 4DFMA 2P5OA 3HL8A 2VG6A 4EP5A 5CZ1A 2BE2A 3TARA 4NCBA 3QEIA 4CF1A 1WSGA 1T8EA 5CY4A 4B9UA 4K8ZA 1QSYA 4O4GA 1C1CA 4CFDA 3EZ5A 4O55A 1U48A 4FJ9A 3SUOA 4NYNA 2JLEA 3SV3A 2EX3A 3HO1A 3EYZA 2PZSA 4Y1DA 2D5RA 4HVJA 2IGIA 2KTQA 3ZSVA 3VQCA 4FVMA 1L3UA 3AA3A 3ZT4A 4LH4A 1S1XA 4LY7A 4KHQA 3OS2A 3OYAA 3SV4A 2Y1IA 4DF8A 3V1RA 4H4OA 3VQAA 4CERA 3ZT2A 4YFUA 3SUNA 1KVBA 1TK8A 3V1OA 3K5NA 3MXJA 4KI4A 4CFAA 3KK1A 3TABA 2WONA 1NJWA 4O44A 4CHNA 4ZTFA 2GUIA 2G8HA 2Z1HA 3P5JA 1S9GA 4HHTA 4CGFA 3HVRA 1CZBA 2P5GA 3AVKA 1BIUA 3TAFA 4M3UA 3DRPA 3ZT3A 5C42A 3ZSZA 1QQCA 3KK2A 1KLNA 3MXMA 4FLZA 3VQ7A 4DFKA 3L2QA 1KLMA 2QK9A 3V1QA 4CIFA 1LWEA 1RT2A 1K6YA 2A1SA 2HHTA 3K2PA 3LAKA 4OPKA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5HOOA 3G71N 4FJMA 4KH5A 4LF4K 3SBGA 3VTIA 4CI6A 1B9FA 4FWPA 1NMDA 3HYFA 4E1NA 3NF9A 3H08A 3QO9A 1NGDA 4FJHA 1ESVA 1RT4A 2FSKA 4IEEA 4KTWA 3VEWA 3NCIA 3SAFA 4O0JA 1REVA 1FKOA 5BRHA 5JLHA 1A5VA 3VQ5A 3H3NO 1CLQA 3L3VA 3LALA 1NWKA 3UKRA 3A8YA 3AVCA 1U2VA 4DR3K 3ZYYX 2D0AA 4BGAA 4KHPK 1OH7A 4YNQA 4A2BA 4DTNA 4N56A 4ILGB 3AA5X 3T1YK 4CGIA 1JLBA 3ITHA 3MN5A 1WN7A 3PO5A 1A5WA 3SZ2A 3HBTA 1BDGA 2VG7A 4CW7B 1YT3A 4OGEA 2VCPA 4I7FA 5AFUH 5HLFA 2CH6A 4KFBA 3IG1A 2E2OA 3OW2M 1W0HA 3LDNA 3LM2A 3SAGA 1KAZA 4DU1A 1HPZA 3TAPA 5A2QO 4F8RA 3V81A 3HSTB 5BPMA 4J2BA 3MEGA 4H0VB 4CCHA 1Q9XA 3BEXA 4M41A 4BC5A 1FJGK 4FW1A 1VHXA 5GIOA 3HJFA 5M1FA 4DTXA 5J2MA 3HK2A 1YVUA 3ASMA 5ADXH 1JLQA 5LJVA 2QTDA 3O4WA 3G25A 3CETA 2V52B 4FLTA 2FF6A 3KHYA 4CJKA 1RILA 1TKTA 5AQLA 5C24A 1RBVA 1BISA 2B4JA 1LW2A 3AGRA 3KWIA 4K43A 5AQWA 1K8KA 3ZLJA 1WAFA 2GBZA 4WE1A 4KO0A 4BWMA 3TSUA 5EVZA 2CGJA 4DTUA 2KKZA 3KK7A 3U3GA 1YF5L 2E6LA 4AHVA 1RDCA 4M42A 3OYEA 3DLLL 1W97L 1KQSM 4B9LA 4FOIA 4BWJA 3AGKA 2QWPA 4O5BA 2IC3A 1HJOA 3L6QA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 5HOO A;  3G71 N;  4FJM A;  4KH5 A;  4LF4 K;  3SBG A;  3VTI A;  4CI6 A;  1B9F A;  4FWP A;  1NMD A;  3HYF A;  4E1N A;  3NF9 A;  3H08 A;  3QO9 A;  1NGD A;  4FJH A;  1ESV A;  1RT4 A;  2FSK A;  4IEE A;  4KTW A;  3VEW A;  3NCI A;  3SAF A;  4O0J A;  1REV A;  1FKO A;  5BRH A;  5JLH A;  1A5V A;  3VQ5 A;  3H3N O;  1CLQ A;  3L3V A;  3LAL A;  1NWK A;  3UKR A;  3A8Y A;  3AVC A;  1U2V A;  4DR3 K;  3ZYY X;  2D0A A;  4BGA A;  4KHP K;  1OH7 A;  4YNQ A;  4A2B A;  4DTN A;  4N56 A;  4ILG B;  3AA5 X;  3T1Y K;  4CGI A;  1JLB A;  3ITH A;  3MN5 A;  1WN7 A;  3PO5 A;  1A5W A;  3SZ2 A;  3HBT A;  1BDG A;  2VG7 A;  4CW7 B;  1YT3 A;  4OGE A;  2VCP A;  4I7F A;  5AFU H;  5HLF A;  2CH6 A;  4KFB A;  3IG1 A;  2E2O A;  3OW2 M;  1W0H A;  3LDN A;  3LM2 A;  3SAG A;  1KAZ A;  4DU1 A;  1HPZ A;  3TAP A;  5A2Q O;  4F8R A;  3V81 A;  3HST B;  5BPM A;  4J2B A;  3MEG A;  4H0V B;  4CCH A;  1Q9X A;  3BEX A;  4M41 A;  4BC5 A;  1FJG K;  4FW1 A;  1VHX A;  5GIO A;  3HJF A;  5M1F A;  4DTX A;  5J2M A;  3HK2 A;  1YVU A;  3ASM A;  5ADX H;  1JLQ A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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