1HJRA

Atomic structure of the ruvc resolvase: a holliday junction-specific endonuclease from e. coli
Total Genus 38
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
38
sequence length
158
structure length
158
Chain Sequence
AIILGIDPGSRVTGYGVIRQVGRQLSYLGSGCIRTKVDDLPSRLKLIYAGVTEIITQFQPDYFAIEQVFMAKNADSALKLGQARGVAIVAAVNQELPVFEYAARQVKQTVVGIGSAEKSQVQHMVRTLLKLPANPQADAADALAIAITHCHVSQNAMQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords HOLLIDAY JUNCTION RESOLVASE (RUVC)
publication title Atomic structure of the RuvC resolvase: a holliday junction-specific endonuclease from E. coli.
pubmed doi rcsb
source organism Escherichia coli
molecule tags Site-specific recombinase
total genus 38
structure length 158
sequence length 158
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 3.1.22.4: Crossover junction endodeoxyribonuclease.
pdb deposition date 1994-12-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02075 RuvC Crossover junction endodeoxyribonuclease RuvC
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1hjrA00
4DQIA 3CQ8A 3AO4A 3RMCA 4LY7A 4CJVA 3RMBA 4F4KA 4NYNA 4FJ8A 4BACA 4HCCA 1CXQA 4M3RA 4CEEA 1T7PA 2VG5A 3L2UA 4DMNA 2YKNA 3PX4A 3VQ9A 5KRSA 1T8EA 1IKYA 1EP4A 4JS5A 1NKBA 2OPSA 5FRNA 1KVCA 3B6OA 4BWJA 2B4JA 3OYIA 4HUFA 1JLBA 4FM2A 4J2BA 4N41A 1J9AA 4I9LA 2R7YA 3ZT0A 4BE2A 4OLBA 2PYJA 3HPGA 3PX0A 1KLNA 4AHTA 3QEXA 4ZTJA 3V9ZA 2IOCA 4FCYA 3L3UA 4CIFA 1WSGA 3G10A 3K57A 4F2RA 3AO5A 1LWCA 4AH9A 4I2QA 1IO2A 1IKVA 3IG1A 1C1AA 4OKJA 5KRTA 4HCBA 1VSFA 4FXDA 2X6NA 2ATQA 1RT1A 1NK4A 3DRRA 4DU4A 1LWEA 1NKCA 1LV5A 2HNZA 1D9FA 4FK2A 2VG6A 3PX6A 1UA0A 1BQMA 1YVUA 3VQQA 4CJRA 4FJ7A 4CGIA 2P5GA 3VQAA 3NDKA 1X9WA 3T1AA 2YNIA 4CERA 3OYAA 1VRUA 3TAFA 4KTWA 3S3OA 1U48A 3TAEA 2HHQA 4FZZA 4O4GA 2QXFA 4YFUA 4PA1A 2PZSA 1JLFA 5FROA 3OYFA 3JSMA 3HXMA 4DSKA 1HMVA 4AHVA 1TKDA 1JLAA 2ETJA 3DYAA 4OGEA 4C8KA 4CCHA 4M3TA 4Z4IA 2XY8A 1RDCA 3OS1A 3CG7A 4RW4A 3V4IA 1XI1A 2Y1JA 4DTXA 3T3FA 2OYQA 1QSLA 3RWUA 5C42A 1S5JA 4FJKA 4Q5VA 4AILC 4NCAA 4KHSA 2HNDA 3EZ5A 4DQRA 1U4BA 3NH0A 1N5YA 1GOAA 1W9HA 4FLYA 4FW2A 4CJQA 2YNFA 3TAGA 4EP5A 4O44A 3DLBA 1YTAA 5EU7A 1NKEA 1HYSA 3SUPA 4IDKA 4Y1CA 3ISNC 3ZSYA 4ZTFA 3WNHA 3VQ4A 3ZSVA 4KHQA 2P1JA 3LZIA 4B9MA 2YNHA 1XHZA 4DSLA 5HRNA 2Z1JA 2X74A 4KHNA 3FFIA 1RDDA 4CEDA 2RKIA 2NUBA 1RT6A 1ASVA 1RDBA 4FJIA 1TL1A 5HP1A 4FYDA 3O4NA 4FW1A 3PY8A 4AHSA 1VSJA 3IAYA 3OYMA 5KTQA 4KPYA 2OZSA 2YNGA 2OPRA 1ITGA 2G8KA 3AO1A 1A5VA 2HNYA 2D0AA 3VA3A 3SJJA 1X9SA 1TK8A 2O4IA 4H4OA 4M3ZA 3DRPA 4FLWA 3ZSRA 1XHXA 4DTJA 4CJPA 1Q8IA 2X78A 4CGDA 2IGIA 5HRPA 5HROA 1WSHA 4FJ5A 3F9KA 5I3UA 1WNSA 3NH2A 4FJ9A 5J2NA 4CHOA 1NJZA 4H4MA 2LSNA 4OLAA 4E7LA 4AHUA 1NJWA 5C25A 2I5JA 1WAJA 3VQ5A 1T03A 3LANA 3C6UA 3TAMA 4M3YA 4EZ6A 4KHYA 1CXUA 4KAZA 1EX4A 1SUQA 5KGWA 1VSHA 4DU1A 3AO2A 4M42A 1J5OA 3CFPA 1S1XA 4NCBA 3WNGA 4CJEA 3DLGA 1KFDA 1KSPA 4Z4EA 1SKRA 3MXJA 4W5NA 5FDLA 4C8LA 2GBZA 3QERA 3LPTA 4FZXC 3PO4A 3HJFA 4RG8A 3RR7A 1RT4A 2JLEA 1SL1A 3LZJA 3AV9A 1Z25A 2KFNA 1RCHA 2KZMA 3ZSZA 2G8IA 1XWLA 1L3VA 4K8XA 3MEEA 1LW2A 1QQCA 3VQEA 4W5RA 4BE1A 3ULDA 1C0UA 1I39A 2KTQA 4CF9A 3PV8A 2G8HA 3F73A 4XIUA 4IFVA 3ZT2A 2QKKA 4CJWA 1U47A 4FJMA 1VSDA 5SZTA 4CK3A 1NOYA 2EHGA 3MEGA 4CEOA 3AA2A 4CJFA 2EX3A 4JRPA 4E1NA 1TL3A 1K6YA 3HL8A 4I7FA 3SNNA 4MQ3A 5CZ1A 4B9TA 4CHQA 1TKTA 3OYDA 3ZSOA 3CFRA 3TANA 4M45A 4KB1A 1S6QA 1L3SA 5JS1A 3U6FA 2VWKA 3UIQA 2O4GA 3LP3A 1Q9XA 1TGOA 1KLMA 2RF2A 3HSTB 4CF0A 3TAQA 2HHVA 1RBSA 3O3HA 4M3XA 3ZSWA 1ZYQA 3IRXA 4M3WA 2A1SA 4OVLA 1C1CA 3C6TA 3S3MA 1A5XA 4M3UA 1JL2A 3O3GA 1REVA 1R0AA 4F8RA 3EY1A 4GVMA 4FK4A 3ASMA 4ELUA 1CZBA 5JS2A 3KKSA 4LD0A 4W5OA 3HK2A 1EXQA 4B9VA 1EETA 1HYZA 1MU2A 3LWMA 4DF4A 2E4LA 1LAWA 2WOMA 3V1RA 1YTUA 2HW3A 3BGRA 3RRGA 4FZYA 2DFEA 1RBTA 4CGJA 1WSJA 4E7KA 4B9UA 1TK5A 4K8ZA 4J2DA 3OYCA 3AVKA 4RW8A 4DTMA 1NK7A 3OYKA 1I3AA 4F2SA 1SL2A 3KLGA 1T05A 4E3SA 1UOCA 2HB5A 3U3GA 3OYBA 4FJJA 1TVRA 4BDPA 4KB0A 1TKZA 1U49A 1WN7A 3AVJA 1FKPA 4BDZA 3RMAA 3AVNA 1ZBFA 4KFBA 4B9NA 1JLGA 4FJHA 1LAVA 3OJSA 1RT5A 1NJXA 3QETA 3S3NA 4B8AB 4CFBA 4PWDA 4R5PA 1W0HA 3LP1A 4CIGA 2F8TA 4FJNA 2XY6A 2ZE2A 4CJKA 3HVRA 4GW6A 3MAQA 3NBPA 3NF8A 3QO9A 4RW7A 5CYQA 1ASUA 1BISA 1BGXT 3OYNA 3L2WA 3SQ0A 4RW9A 4DFJA 3SV4A 4ZHRA 3LPUA 3HYFA 3AVCA 1C0TA 1KTQA 3LAKA 3MEDA 1QTMA 4IKFA 2FBTA 1JXBA 4B8CA 5J2MA 1QHTA 2AJQA 4I2PA 1B92A 1S9EA 4O55A 3SPZA 3TI0A 4IFYA 4FM1A 2FBVA 3V1QA 3B6PA 4E7HA 1RNHA 4WE1A 4FM0A 1J53A 1NK9A 3CM5A 4AHRA 4F3OA 2PYLA 3HO1A 4Z4GA 1NK0A 4G1QA 4CK2A 1TAUA 3DLHA 4N47A 3DOKA 2VWJA 3QESA 1ASWA 4FVMA 4KI6A 5KGXA 4O0IA 4CHPA 1ZBIA 3NGZA 3NCIA 4CGFA 3HPHA 4HVJA 4PY5A 1HNIA 2YHBA 3L2QA 2XY5A 4E1MA 1SKWA 4F3TA 2XRIA 1G15A 1VSMA 3SUNA 3IS9A 2KW4A 4CHYA 1NK5A 3KTQA 5K14A 2DY4A 4AHCA 4Y1DA 1D5AA 3V9XA 4CEZA 1RBUA 4CE9A 3QEPA 2IC3A 3C95A 3VA0A 2G8FA 4HUEA 1KFSA 3U3YA 3HT3A 1RDAA 3AVMA 3O4QA 1RT2A 3KLHA 3L2VA 1VRTA 3NAEA 1IKWA 4CHNA 1BIUA 2HHXA 1TAQA 2HVIA 3ZT4A 4N56A 3MECA 4E0DA 4KREA 4IG3A 2FBYA 3KLIA 2Y1IA 3M8SA 1JXEA 4N76A 3DRSA 4HHTA 3RR8A 1QE1A 3KKRA 4CFAA 3DOLA 3OY9A 2IDOA 1GOBA 1RTIA 5CZ2A 4OKEA 3H08A 5D3GA 4Z4CA 4KV8A 4DSJA 2HVHA 3K5LA 3NF9A 1Z26A 1RT7A 4KKOA 4H8KA 2G8UA 1SKSA 4FLXA 1N6QA 1RBRA 3BDPA 3KK3A 1X9MA 4C8MA 3P1GA 4CK1A 4FLVA 3L2RA 3VN5A 4PQUA 4DTSA 3MXIA 1L5UA 4BDYA 1WLJA 4B08A 4B9LA 4C8OA 3TWHA 3OYJA 2A1RA 1VSLA 4JLHA 3TAPA 4FLUA 3KJVA 4RW6A 3OYEA 3DLKA 3NHGA 1VK0A 2ITGA 4DG1A 1QSSA 3AA3A 4DTNA 5FRMA 3VQ7A 1Y97A 4IG0A 4CECA 1D8YA 3K2PA 1WSFA 2XO7A 3KD5E 3ZSXA 1UAXA 4OGCA 2D0CA 3SCXA 2JGUA 3NH1A 1JLEA 3VQPA 3V81A 1NK8A 3NFAA 3V6DA 4CJUA 4CJLA 1JKHA 3ZSQA 4DFPA 3VQ6A 4FLTA 3AVFA 4OJRA 1SV5A 4CIEA 5HRSA 3VQ8A 3K5OA 3M8QA 4B3OA 1D9DA 2OPQA 2HHUA 3AVAA 3QEVA 4QAGA 1DTQA 1EKEA 4DQSA 1UA1A 1TK0A 5HRRA 3P5JA 5T7BA 1RILA 4ELVA 2G8WA 1RTJA 3HP9A 3NE6A 1QSYA 2DTUA 4OKKA 1GOCA 1BL3A 2HHWA 4UQGA 5J2PA 4BWMA 3D45A 1HYVA 1TKXA 4CJTA 4DS4A 1VSEA 2P5OA 2HHSA 1HPZA 4CEBA 1JLCA 3QLHA 4CEQA 4W5QA 3KD1E 2YV0X 4DSFA 3RMDA 4CESA 4NCGA 4CF2A 3I0SA 3DM2A 4OPKA 1ZBUA 3OS2A 4GMJB 2HHTA 5DMRA 5E41A 3L8BA 2B5JA 3HVTA 4CF8A 4CHZA 1KRPA 3ALYA 1WAFA 4Z0UA 1HNVA 1S9GA 3OS0A 1SL0A 3P83D 3AVHA 4DTRA 3HM9A 3OYLA 3AVBA 4DQQA 2PY5A 4DQPA 5CYMA 1DTTA 2W42A 4ELTA 2RN2A 1RTDA 2VG7A 1FK9A 2Z1GA 3LDSA 4I9QA 4CGHA 4DSIA 4QCLA 3DLEA 2OPPA 1NJYA 1L3UA 4KHWA 3TARA 3NF6A 1VSKA 1HRHA 4JS4A 3HP6A 5CY4A 1O1WA 2X6SA 3SI6A 3PUFA 4DTPA 4PUOA 4O5BA 4CEAA 4CJSA 3TR8A 4TSXA 3K59A 1S1WA 3KLEA 4HUGA 3RTVA 4KO0A 2IAJA 3V1OA 3AVLA 1ZBLA 5SWMA 4E7IA 3SV3A 4DFKA 4LH5A 2BGGA 5KI6A 2E6MA 4FJGA 4KHUA 3K58A 2Q3SA 3DI6A 4DLGA 4LH4A 4B9SA 1BQNA 3HPOA 4E19A 3SQ2A 4FK0A 3LALA 2ZQBA 3QEWA 1S1TA 5C24A 2WONA 1NK6A 1CLQA 3SZ2A 2YKMA 1C6VA 1IH7A 4BE0A 3SPYA 1HQEA 3MXMA 4OPJA 3D0PA 2QKBA 2FC0A 4Z4HA 1WSEA 1LWFA 3AVGA 1U04A 3ZT1A 3A2FA 3G0ZA 1BIZA 1BCMA 3PO5A 4EZ9A 4N5SA 1CZ9A 4DTUA 2BANA 3I0RA 3I8DA 1BI4A 1RT3A 4CJ4A 1U45A 4QOZB 2GUIA 1FXXA 4DFMA 3QNNA 3O3FA 2DFFA 1BCOA 2D5RA 5HLFA 4YNQA 3CM6A 4CJ5A 1TV6A 3OYHA 1HQUA 2IS3A 4E89A 3SUQA 2BDPA 3TABA 3LP0A 3CYMA 1HJRA 3SYZA 4Q0BA 3K5MA 4ICLA 3QNOA 4DSEA 1BHLA 4W5TA 3AA4A 3QINA 3LWLA 3DMJA 3SQ4A 4Z4FA 3ZCMA 3KK1A 1KVBA 3LAMA 2B6AA 4DWIA 1DLOA 4E7JA 1C0MA 3RRHA 4NYFA 3QEIA 3OJUA 1L3TA 1A5WA 2OA8A 4CGGA 2RPIA 4C8NA 1RBVA 2D0BA 3KLFA 4DU3A 1S6PA 1KVAA 1J54A 1NOZA 2ZD1A 3C94A 4MFBA 4CJ3A 4ID1A 3AA5X 3NF7A 1IG9A 3QIOA 3S9HA 3OVNA 2E6LA 3WNFA 3CFOA 3L3VA 3V9WA 4FJLA 2KFZA 1X1PA 4O0JA 3DLRA 4KTZA 3WNEA 4L8RB 3AVIA 4KI4A 5J2QA 3M8RA 2XHBA 4DTOA 3NGYA 2XY7A 1ZBHA 1S1UA 4J2AA 2QK9A 2F96A 1Q9YA 4KRFA 4LSLA 3SQ1A 4ID5A 3JYTA 4FJXA 1B9FA 1KCFA 2KQ2A 2BE2A 2FBXA 3LP2A 3T19A 3SUOA 4LSNA 2G8VA 3ITHA 1YT3A 4M41A 3OYGA 1XC9A 1JLQA 4IBNA 2Z1IA 2YHAA 3AO3A 2HMIA 4CFDA 4J2EA 3M8PA 3KIOA 1FKOA 5J1EA 1S1VA 4CFCA 3NGIA 5I42A 2GV9A 1F21A 1IKXA 3ZT3A 4FLZA 5HBMA 4JRQA 4DLEA 4DF8A 3QIPA 5DK5A 4HTUA 3V9UA 4DS5A 1LW0A 4CEFA 1RTHA 2OZMA 3VQDA 1QS4A 1UWBA 3K5NA 3VQCA 1WSIA 3V9SA 3E01A 3EYZA 3THVA 1B9DA 3VQBA 2KZZA 1VSIA 3KK2A 1BI4B 1JL1A 4EP4A 1C1BA 2F8SA 2DFHA 4KTQA 4CF1A 2Z1HA 2P51A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3CQ8A 1ILYA 4LY7A 4F4KA 4BRLA 4BACA 2E2PA 2E8AA 2YKNA 3PX4A 3ENBA 3VQ9A 3ATUA 5LMUK 3T7ZA 1IKYA 1EP4A 1Q82O 3DXKB 3T69A 3L4IA 1KVCA 3B6OA 4H5RA 2B4JA 4FM2A 4N41A 2KFZA 4J2BA 1J9AA 2R7YA 4BE2A 2NNWA 3HPGA 2GWJA 3V9ZA 1VQ9N 1HNWK 3AO5A 1LWCA 4AH9A 3G4SN 4K25A 1IO2A 1XC3A 4DV1K 5FPMA 4ILJA 1BG3A 1RT1A 3DRRA 4DU4A 3UB5A 1NKCA 1LV5A 1IJJA 5C2DA 1BQMA 1LCUA 4QS7A 4FJ7A 1IBKK 3F9MA 3T1AA 5FPDA 1JLFA 3QDKA 1O13A 5FROA 4DV3K 1HMVA 4FWRA 2E1YA 1C0FA 1TKDA 4OGEA 2UUBK 2UXDK 1ZC6A 3CG7A 2D0OA 5ADXA 3H3NO 1QSLA 2ZWHA 2NRRA 2QWMA 2ZGYA 4AILC 2HNDA 4DQRA 3NH0A 1GOAA 3M1FA 2KKZA 2YNFA 3TAGA 4EP5A 3UKUB 4O44A 4BRNA 3SUPA 4Y1CA 3ISNC 1W7AA 3BZCA 4NB4A 3WNHA 4BQZA 1BDGA 3LZIA 4B9MA 5DM6L 4DSLA 4B3RK 4BC4A 4CEDA 1Y64A 5HP1A 5KTQA 2OZSA 2YNGA 5AQLA 1Z05A 1A5VA 2HNYA 2D0AA 4WQ4C 3VA3A 3NMUA 3J80O 2I7PA 1K8KB 3DRPA 4FLWA 4CJPA 2FXUA 1WSHA 3F9KA 5I3UA 5EX5A 4H4MA 2LSNA 4I6MB 4V19S 2I5JA 3VQ5A 1NGEA 4M3YA 5AR0A 4KAZA 1SUQA 4XH1A 1T44A 3AO2A 4JKGA 4M42A 1D4XA 3CPWM 1KSPA 4W5NA 4JI3K 1JCFA 5C10A 3H3OB 2GBZA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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