1HJRA

Atomic structure of the ruvc resolvase: a holliday junction-specific endonuclease from e. coli
Total Genus 38
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
38
sequence length
158
structure length
158
Chain Sequence
AIILGIDPGSRVTGYGVIRQVGRQLSYLGSGCIRTKVDDLPSRLKLIYAGVTEIITQFQPDYFAIEQVFMAKNADSALKLGQARGVAIVAAVNQELPVFEYAARQVKQTVVGIGSAEKSQVQHMVRTLLKLPANPQADAADALAIAITHCHVSQNAMQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords HOLLIDAY JUNCTION RESOLVASE (RUVC)
publication title Atomic structure of the RuvC resolvase: a holliday junction-specific endonuclease from E. coli.
pubmed doi rcsb
source organism Escherichia coli
molecule tags Site-specific recombinase
total genus 38
structure length 158
sequence length 158
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 3.1.22.4: Crossover junction endodeoxyribonuclease.
pdb deposition date 1994-12-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02075 RuvC Crossover junction endodeoxyribonuclease RuvC
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1hjrA00
3KK1A 4N5SA 3LP1A 3KK2A 3L8BA 2KZZA 3SUPA 2HVHA 3TR8A 1B9FA 4AHTA 1WSJA 2YKNA 3QO9A 1XI1A 1NK4A 1WAJA 3HO1A 1ZBUA 3HXMA 4CGIA 3AVMA 4DLGA 4BDYA 3TAFA 3TARA 2VG5A 3KLEA 2DFHA 1BI4B 3TAQA 4CHYA 4E7IA 1REVA 4JS4A 4F2SA 5KGXA 4CGJA 2XY7A 1BI4A 3VQQA 1DTTA 3ZSYA 4FLYA 4CERA 2VWKA 5HRSA 4CFCA 3NBPA 1LW0A 2YNFA 1RT3A 3LANA 1RT5A 5HRRA 3IS9A 4KREA 2G8IA 4HUEA 3QEWA 3C6TA 2OZMA 4CECA 1T05A 1RBVA 4DU3A 4CJ3A 4NYNA 3OS0A 3MXMA 3ZSXA 3OYCA 1Q9YA 2XY5A 3QEVA 1TKDA 2IDOA 4FZYA 4M45A 4DQSA 3V9SA 4H4MA 4CIGA 4EZ9A 1SKSA 4OLBA 1RT1A 3LP3A 3S9HA 4FLVA 2Z1GA 1KSPA 4C8OA 4KHUA 4PUOA 1U4BA 4ZTFA 3SQ4A 5KRSA 5CZ1A 3AVJA 3RWUA 4KPYA 4DTRA 4DG1A 1J9AA 1RDCA 2ETJA 4O5BA 3LDSA 3AA2A 1CLQA 3OVNA 4BWJA 4WE1A 3VQBA 3ZSQA 2KFNA 3SUOA 4FW1A 3L2QA 3U3YA 3HK2A 4KB0A 4E1NA 2IS3A 2GV9A 1TL1A 4FVMA 4KHSA 4F8RA 1HYZA 1VSKA 4OLAA 3H08A 3P1GA 1A5XA 4CF2A 4KB1A 3M8QA 2HHTA 4KI4A 2FBTA 1ASWA 2P51A 4RW9A 4CF8A 1JLFA 1WSIA 4FW2A 4CK3A 3SQ2A 1BQNA 4NYFA 1X1PA 4GMJB 4CK2A 4YNQA 3DI6A 3OY9A 4DQIA 1BHLA 4YFUA 1RTDA 1S9GA 3VQ9A 3QINA 4F4KA 2D5RA 3CYMA 3OYEA 1WSEA 3DMJA 4Z4EA 1IH7A 3VQPA 4M41A 4DU4A 3L3VA 4DSFA 1HMVA 3OYJA 4CGHA 4DS5A 3SNNA 5FRNA 1C1BA 4M3UA 3OYBA 2G8UA 1NK9A 3SUNA 4B9UA 2ATQA 2E4LA 1IKYA 4N76A 1KVAA 4FJ7A 4RG8A 4H8KA 4K8XA 4BDZA 4HTUA 3SJJA 1LV5A 4Q0BA 1S9EA 1VSIA 2HNDA 2YNGA 3V6DA 3OYMA 5DK5A 3C6UA 3LZIA 3ISNC 4DTNA 1TL3A 4ID1A 2R7YA 1MU2A 4KHYA 5CYQA 1RT2A 3NFAA 1D8YA 1HYSA 2BDPA 1A5WA 3DM2A 1JXBA 1K6YA 5KTQA 1HNVA 2Z1JA 1RDDA 4RW6A 1S1TA 3L2VA 4BE1A 4PY5A 4CK1A 1RDAA 3QNNA 3ZSOA 4FK2A 4OPKA 4BDPA 3CQ8A 2QKBA 2OPSA 4JRPA 3JSMA 3VQ4A 4J2AA 4PQUA 1NJXA 4C8KA 2X74A 3CFPA 1LAVA 4FJLA 3OYLA 3NHGA 3QIPA 2HVIA 4DSIA 4OKEA 1LAWA 4CGFA 1QQCA 1NOZA 1X9MA 3THVA 4PA1A 4NCGA 4BWMA 3AVFA 1SUQA 3AVNA 4I2QA 2P1JA 2QXFA 2FC0A 3HL8A 3AO2A 1C6VA 1GOAA 3AA3A 3V1OA 4M3YA 4E1MA 1SV5A 2YV0X 3KK3A 1S6PA 2E6LA 3AVKA 3UIQA 4E89A 4N41A 3VQ6A 1BCOA 3HP6A 5JS2A 3NH0A 3JYTA 4FK4A 2OYQA 3EYZA 3V9WA 3PX0A 1WN7A 3NGIA 3LZJA 4DQRA 1JLEA 3AA5X 4CJ4A 3KLFA 3RRHA 3TAPA 3HPOA 3S3NA 4B9VA 3OYHA 3RTVA 1Q8IA 3AO4A 3DLRA 3K58A 3SV3A 4DU1A 3VA0A 3OYIA 4CEEA 1NJYA 4K8ZA 1ZBIA 2F8SA 3MXIA 3NGYA 1U04A 4CHPA 5J1EA 4BACA 3RMDA 4ICLA 4J2EA 4CEQA 1YTAA 2X78A 4W5NA 3VQAA 3L2RA 3LWLA 1UWBA 3KLIA 1ASVA 3V9XA 3L2WA 4DFKA 1RT7A 2I5JA 3ZSVA 4CFDA 4FZZA 4F3TA 4XIUA 4CGDA 4CFAA 4W5QA 4FLUA 2GBZA 3RMBA 3L3UA 3DOLA 1BQMA 1J54A 4CJEA 3C95A 4KTZA 3VA3A 3PO4A 1ITGA 5HLFA 4I9QA 1ZBFA 2ZQBA 1ASUA 2HHUA 4ELTA 2DY4A 1X9SA 1TKZA 4ZTJA 4ELVA 4E7LA 1BIZA 1W0HA 2JGUA 3NF8A 4HVJA 2WONA 3OYKA 4Y1CA 3K57A 3KD5E 2KTQA 1J53A 5CYMA 3C94A 3QLHA 1C1CA 3NF6A 4DWIA 4N47A 3RR8A 2FBXA 3VQ5A 5SZTA 3L2UA 4IBNA 3QETA 1C0UA 4B8AB 1S1UA 4AHUA 3KTQA 3AVLA 4LD0A 3O3FA 3PV8A 5HRNA 4B08A 4CEOA 4B9TA 3NF7A 4LSLA 2G8VA 4B9MA 1KFSA 4IG3A 4IFVA 1L3VA 4FXDA 1EXQA 3TAGA 1U45A 3SCXA 1KRPA 4PWDA 3HVRA 4AILC 2DTUA 3AO5A 4HHTA 4I2PA 3K5MA 4DFMA 4KFBA 4DF8A 3CM6A 4C8NA 4LY7A 4Z0UA 4FJNA 3TAMA 2A1RA 1NK6A 5I3UA 1XHZA 3SV4A 1HYVA 4FJJA 4J2BA 2HW3A 4OKKA 2RF2A 1ZBLA 4CJUA 1FKPA 1Z25A 5I42A 2HHXA 3DLGA 2XY6A 4DSKA 3D45A 3BGRA 4JLHA 3T3FA 4FJHA 4CJRA 4DS4A 4DSEA 1EP4A 2YHAA 2F8TA 2YNIA 1JLBA 1JKHA 2HB5A 3VQDA 1WSFA 1TK0A 4FYDA 2OPQA 4DFPA 4DMNA 2EX3A 2PZSA 4Z4GA 3HP9A 4OJRA 2IAJA 1RBUA 5CZ2A 4C8MA 5JS1A 3O4QA 1NOYA 3KD1E 3V9ZA 2QKKA 4DTUA 5J2MA 1C1AA 1TKTA 1HQEA 4M42A 3K5NA 3PY8A 4CE9A 4DTJA 1LWCA 4Z4HA 2XO7A 1TAQA 3K2PA 4DTOA 4G1QA 1X9WA 1Y97A 2OA8A 2B4JA 5C42A 3RMAA 4KRFA 3IRXA 2BGGA 3IAYA 4AHSA 1VRTA 1HJRA 4R5PA 1TK5A 3AV9A 1BGXT 4RW4A 5SWMA 4CJPA 4DTMA 1HRHA 4FCYA 3TI0A 4EZ6A 3KIOA 3HJFA 1D9FA 4CJ5A 3T19A 1B92A 3AO3A 3WNEA 3HT3A 3QEIA 2E6MA 1WAFA 3HPGA 4B3OA 3ALYA 3V1QA 3HSTB 3T1AA 4H4OA 2Z1IA 4AHVA 3NDKA 5C24A 3AVGA 3ZT2A 2HNYA 1NK0A 4IFYA 1IG9A 3OJSA 3NF9A 3OYDA 1TVRA 2G8HA 3ZT4A 4CF9A 2D0BA 1WSHA 4E19A 1RDBA 3ZSZA 4L8RB 2ZD1A 3DRRA 4EP5A 1TK8A 4M3ZA 2RKIA 3MEDA 4FM2A 4CFBA 3NGZA 1R0AA 3NAEA 1KLNA 1QSSA 2O4GA 4Z4IA 1LWFA 1VSEA 1L3TA 4RW7A 4CHQA 5DMRA 4UQGA 1RILA 4GVMA 4DTSA 2IGIA 4M3WA 3DRPA 1QHTA 1S1VA 1VSDA 1IO2A 1NJZA 1SL2A 1WSGA 2Z1HA 1QS4A 3OJUA 2YKMA 5J2PA 2XHBA 3U6FA 4JS5A 4B9LA 4DTPA 4CJFA 1F21A 4QAGA 1RT6A 3AVBA 4E3SA 1FXXA 5C25A 4CEFA 2RPIA 3PX4A 1N6QA 3SUQA 5J2NA 1JLQA 1UOCA 3OS1A 1LW2A 2W42A 3SYZA 3QERA 2OZSA 1S1XA 1QTMA 2KFZA 3HVTA 4FJXA 3M8SA 2DFEA 1T8EA 2D0AA 1I3AA 2WOMA 2O4IA 5E41A 3SPYA 4CF1A 4FJMA 5KI6A 3I0SA 1RNHA 5K14A 3ZSWA 3V81A 3OYFA 1RCHA 2FBVA 4CEBA 4W5OA 1LWEA 3TANA 1QE1A 4HUGA 4LH4A 1J5OA 4CF0A 4KHNA 4I7FA 3AVCA 1XWLA 1JXEA 2YHBA 4ID5A 1L5UA 3F9KA 4E7HA 3O4NA 4N56A 3KLGA 3OYAA 3K5LA 3RR7A 2P5GA 2G8FA 2NUBA 3U3GA 4CIFA 3O3GA 4CIEA 4DQQA 1NK8A 3M8PA 4DFJA 4OGEA 3A2FA 1XC9A 1D9DA 4CJSA 1KTQA 1EKEA 1FK9A 4CJKA 4KHWA 3MAQA 4ZHRA 1RTHA 3MXJA 5D3GA 1S5JA 1DLOA 1GOBA 1VSLA 3I8DA 1UA0A 1VK0A 2HNZA 2IC3A 1CZBA 4OVLA 2OPRA 3V1RA 3M8RA 3VN5A 4O4GA 4IKFA 1YVUA 1KFDA 1HQUA 4O0JA 4QCLA 1Z26A 4C8LA 4BE0A 1IKVA 2QK9A 4B8CA 3SQ1A 1FKOA 3QEPA 1JL2A 1UAXA 4LSNA 3VQCA 2VG6A 3AVHA 5HP1A 4B9SA 1NK7A 1N5YA 4DQPA 3ASMA 3KJVA 4RW8A 4CEZA 1JLCA 2HHQA 5J2QA 2D0CA 1T7PA 3MEGA 3DLHA 2B6AA 1S1WA 3G0ZA 2PYJA 2GUIA 2PYLA 4O55A 4CJQA 3SQ0A 1SL0A 3SZ2A 3S3MA 2F96A 2Y1JA 1NK5A 1HPZA 4HUFA 4FZXC 4FLTA 1NJWA 1CXUA 2XRIA 3WNFA 1TGOA 4FM1A 4E7KA 1NKBA 2HMIA 3QIOA 1WNSA 3D0PA 1NKCA 4FJ5A 5T7BA 1G15A 1EETA 1RBSA 2A1SA 4CCHA 3NCIA 1I39A 2IOCA 2AJQA 5FRMA 3EY1A 1YTUA 3LAKA 1HNIA 4DSLA 3LP2A 3CFOA 3DLBA 1C0MA 1D5AA 2Q3SA 3DRSA 4OPJA 4FLWA 5HROA 4ELUA 1U49A 4M3TA 3ZT1A 4KO0A 2G8WA 4OKJA 2KZMA 4FJKA 3NE6A 4HCCA 3KLHA 2DFFA 1Q9XA 3HPHA 4F2RA 4CEDA 4CJWA 4KHQA 4FJIA 4M3RA 3LPTA 1JLGA 1KVCA 3EZ5A 1IKWA 1O1WA 1TV6A 4Y1DA 4CJLA 2KQ2A 5FDLA 4CJTA 1A5VA 4TSXA 2G8KA 1W9HA 4CGGA 2P5OA 4M3XA 4GW6A 4QOZB 3OS2A 1UA1A 3K5OA 4MQ3A 5KRTA 1NKEA 1YT3A 3VQEA 1BISA 4DTXA 5HBMA 4FLZA 1SKRA 2PY5A 2ZE2A 4E7JA 4HCBA 4KV8A 1JL1A 4W5TA 4FJ9A 4KI6A 3KKRA 1RTIA 1SKWA 2VG7A 3AVAA 1DTQA 1S6QA 1RTJA 3KKSA 4DF4A 1RBRA 4O44A 2YNHA 3LPUA 3V4IA 2LSNA 4NCAA 4KKOA 4AH9A 4KTWA 4CEAA 5FROA 4CHZA 3SPZA 3MEEA 4DSJA 4Z4FA 3CG7A 4KTQA 2FBYA 1KLMA 3B6OA 4O0IA 2Y1IA 3LP0A 3TWHA 1U48A 4DLEA 4JRQA 3TABA 2BANA 4LH5A 3RRGA 3DYAA 1TAUA 4OGCA 4FJ8A 3TAEA 3V9UA 2RN2A 3NH1A 2X6SA 1IKXA 1SL1A 3ZSRA 4NCBA 2HHVA 3ZT3A 3HYFA 1EX4A 3E01A 3QESA 3B6PA 5KGWA 1RBTA 2XY8A 3BDPA 4EP4A 2EHGA 3ZT0A 4B9NA 3WNHA 3ULDA 1BIUA 3G10A 3OYNA 4FJGA 4E0DA 5CY4A 1KCFA 3AA4A 3VQ8A 4FM0A 1BCMA 1VSHA 3LALA 3AO1A 1XHXA 2B5JA 1C0TA 3ZCMA 3HM9A 3QEXA 1QSLA 1TKXA 1VRUA 3SI6A 1JLAA 3CM5A 3I0RA 3LAMA 4IG0A 3PUFA 3LWMA 2KW4A 4AHCA 3IG1A 4CESA 3O3HA 1L3SA 4AHRA 3CFRA 4F3OA 3P5JA 1QSYA 4CHNA 3K59A 3PO5A 1VSMA 2X6NA 3PX6A 4W5RA 4J2DA 2HHSA 4Z4CA 4I9LA 4FLXA 3RMCA 4BE2A 1U47A 1T03A 3OYGA 4Q5VA 3DLEA 4KAZA 3NH2A 3FFIA 2BE2A 3DOKA 1L3UA 1RT4A 1KVBA 3DLKA 3VQ7A 2HHWA 1BL3A 1B9DA 1VSJA 4CHOA 3ITHA 3P83D 1VSFA 2OPPA 1CXQA 4MFBA 1ZYQA 4FK0A 3MECA 2ITGA 1WLJA 3WNGA 3S3OA 2VWJA 5HRPA 4CJVA 2JLEA 1CZ9A 1GOCA 1ZBHA 3QNOA 4IDKA 3F73A 3AVIA 5EU7A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4N5SA 3LP1A 3KK2A 2KZZA 1IBKK 4AHTA 2KHOA 2O8CA 2AA4A 3CCMN 3GBTA 2Q2RA 4CGIA 4BDYA 3TARA 2VG5A 2UXBK 1BI4B 4BRCA 4AM6A 4CHYA 4QS7A 5BN9A 1W97L 3QFPA 3O9RA 4FLYA 4CERA 4CFCA 2FSNA 1GLJO 1RT5A 3QFUA 2G8IA 4HUEA 3QEWA 3OS0A 2ZGZA 3QEVA 1TKDA 4A61A 3C6AA 4H4MA 3LP3A 4FLVA 4C8OA 3THYB 4JKCA 4FWMA 2O8DA 5KRSA 3LDSA 1RDCA 2D0PA 3AA2A 4ILJA 3G71N 2KFNA 4IOXA 3SUOA 4FOIA 3RSEB 1ILYA 3L2QA 3HK2A 4YORA 3HBTA 1TL1A 2NLXA 4K25A 1N36K 1ASWA 2P51A 3VEXA 3SQ2A 1OVQA 4GMJB 4YNQA 1E4FT 3DI6A 3SBTA 4ISEA 3M3ZA 1BHLA 1RTDA 2P9SB 3CYMA 1DT9A 1HMVA 4DS5A 3SNNA 4QS8A 3SUNA 2ATQA 1IKYA 4N76A 1KVAA 2Q97A 4K8XA 2NRVA 4BG9A 4C1NK 1J6ZA 1LV5A 4Q0BA 1GLAG 3V6DA 2W41A 3OYMA 5DK5A 5F1XA 1VHXA 3C6UA 3H3OB 3LZIA 3SLCA 1TL3A 4ID1A 2R7YA 4KHYA 5EY4A 3E9OA 2QWLA 1HKGA 1JXBA 5KTQA 1HNVA 1QQOA 2YHXA 1RDDA 1LCUA 2P9KA 5GAEP 1BUPA 4YOYA 4BRLA 1RDAA 4JKBA 3B8AX 4IDHA 3CQ8A 3F9MA 5GADP 2OPSA 4JRPA 2NRTA 3VQ4A 3I56N 4B1ZA 2F7TA 4PQUA 4YY3K 1NJXA 2F9WA 4I6MA 4FJLA 3NHGA 2HVIA 1TUYA 1QQCA 3K9JA 4JI2K 4NLCA 4BWMA 3AVFA 4I2QA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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