1HJRA

Atomic structure of the ruvc resolvase: a holliday junction-specific endonuclease from e. coli
Total Genus 38
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
38
sequence length
158
structure length
158
Chain Sequence
AIILGIDPGSRVTGYGVIRQVGRQLSYLGSGCIRTKVDDLPSRLKLIYAGVTEIITQFQPDYFAIEQVFMAKNADSALKLGQARGVAIVAAVNQELPVFEYAARQVKQTVVGIGSAEKSQVQHMVRTLLKLPANPQADAADALAIAITHCHVSQNAMQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Site-specific recombinase
source organism Escherichia coli
publication title Atomic structure of the RuvC resolvase: a holliday junction-specific endonuclease from E. coli.
pubmed doi rcsb
molecule keywords HOLLIDAY JUNCTION RESOLVASE (RUVC)
total genus 38
structure length 158
sequence length 158
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 3.1.22.4: Crossover junction endodeoxyribonuclease.
pdb deposition date 1994-12-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02075 RuvC Crossover junction endodeoxyribonuclease RuvC
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1hjrA00
4CJSA 3VQ5A 3HPGA 4FJGA 4DU4A 1HQUA 2O4GA 4HTUA 4CF0A 1TV6A 3SV3A 1D8YA 4DU3A 3HXMA 1GOAA 5J2NA 1NK7A 4CHYA 4DF4A 3SUQA 4DQPA 3S9HA 4F4KA 4CFDA 1KVBA 4OGCA 3OJUA 1RBRA 4XIUA 1JL2A 3CQ8A 2KQ2A 1I39A 3DLEA 4CGHA 1TK8A 1NK4A 4NYFA 3I0RA 1UA0A 1RT5A 3TARA 4E1MA 3MEEA 2BANA 4HHTA 3QEIA 2IC3A 3QETA 4PWDA 2HHSA 3K5LA 2A1SA 4CEEA 4CECA 4DQSA 3LPTA 3O3GA 1QSLA 1VK0A 3LP1A 1KTQA 1JLBA 3BDPA 3ZSZA 3KKRA 3AVJA 4CF9A 3C6TA 4E89A 4IFVA 3RMDA 4FM2A 3LAKA 2KZZA 2I5JA 2YNHA 1DLOA 1BL3A 2JGUA 2P51A 2X6SA 4FCYA 4DFJA 2OZSA 1BCMA 3LAMA 5HRNA 2HMIA 3ZSVA 1WSFA 4JRQA 4BE0A 3RTVA 3SPYA 2ZQBA 1DTTA 2B4JA 4ZTJA 4FJ9A 1NJYA 3PUFA 4FJ5A 1QSSA 1N5YA 1JL1A 4M3RA 3U6FA 2YV0X 1BGXT 1ZBHA 3TI0A 4DSKA 3AA5X 4G1QA 4ICLA 3KK2A 3T1AA 3AVGA 3OYEA 1N6QA 4FLTA 3V9WA 1XI1A 4FJHA 3I0SA 3KJVA 4DSFA 4E1NA 1NJZA 2YKMA 1VSJA 4CK2A 4DQQA 5CZ2A 3OYHA 3VQ9A 2YHBA 3OYJA 4CFAA 3T3FA 1NK5A 1O1WA 2OPSA 2RPIA 4DTUA 3S3NA 4HCCA 2P5OA 5SWMA 1ASWA 1WLJA 3KIOA 3ITHA 4LSLA 1YVUA 2BDPA 1FK9A 4Z4GA 1KFSA 1ASVA 1U49A 1VSEA 2E6MA 3U3GA 3EY1A 1LAVA 3VQ6A 3TAPA 4BDYA 1T03A 3O3HA 4DU1A 1NJWA 3LZJA 2D5RA 1TGOA 5C42A 2BGGA 3NHGA 1ASUA 3DYAA 3RMAA 3MXMA 3AA3A 4RG8A 5C25A 2PYLA 1CXQA 2GBZA 3NE6A 4CGDA 4KB1A 4O55A 2PZSA 4RW9A 2G8UA 3MXIA 4E0DA 4AILC 2Y1IA 5K14A 1S5JA 3K5OA 3LANA 4JRPA 3TAQA 1T7PA 3LP0A 3ZSXA 3CFRA 1J9AA 2X6NA 3SJJA 3NGYA 1IO2A 4H4OA 1XC9A 1JLCA 2XO7A 1WSEA 3AO1A 1HRHA 1EKEA 1LAWA 4B08A 4CJFA 4AH9A 4CEAA 2IGIA 1UWBA 4IG3A 3S3MA 2E4LA 2ZE2A 1L3VA 3VQCA 2G8IA 4OKEA 3MEDA 3DRSA 1NKEA 1U45A 4NYNA 1Z26A 3KD1E 2P1JA 3L3VA 3TAEA 3AVKA 2XHBA 1JLFA 3NGIA 3AO3A 3ALYA 1S1VA 4C8OA 2FC0A 3M8PA 4BACA 3IAYA 3I8DA 3V1RA 3K57A 2O4IA 1CZ9A 4N47A 1C0TA 1S9EA 4AHVA 4DTXA 1XHZA 2NUBA 4ID5A 2Q3SA 4Z0UA 3SQ0A 1BQMA 1VSMA 4EP4A 1NJXA 4FJLA 3ZSQA 1WAJA 1NK8A 2YNFA 1RCHA 4CEQA 3C6UA 1FKOA 5JS2A 4W5RA 3MAQA 3NDKA 4NCBA 4EZ9A 4AHCA 4W5TA 3ZT4A 4BDPA 4QOZB 1VRTA 1GOBA 2D0BA 4GVMA 1S9GA 1RDCA 2Z1HA 3OYMA 3TWHA 3E01A 2WONA 2VWKA 2OZMA 1L3UA 3DLRA 2HHVA 1TAUA 4KB0A 3MEGA 1RTHA 3HSTB 1J53A 3QLHA 3LWMA 4FJXA 1L3SA 4FK2A 1BQNA 1KFDA 1WSIA 2D0CA 1WNSA 2HNZA 3OS0A 3OYGA 2PY5A 1K6YA 4CJ5A 3U3YA 5HROA 5C24A 4HCBA 4FK4A 4E7KA 2XY8A 1NK6A 1XWLA 3NFAA 4RW7A 4CJEA 1RDDA 3OS1A 1BIUA 1IKYA 1B9DA 4BE1A 4CGGA 4M41A 1EETA 4CESA 4WE1A 1A5WA 1KSPA 4KAZA 2BE2A 4IKFA 3ZSWA 4BWJA 5KGWA 4AHRA 1RNHA 3QIOA 3AVCA 4ID1A 4IFYA 5E41A 4DTSA 4KPYA 1W0HA 1BHLA 3HL8A 1L5UA 2VWJA 4B8CA 4CJ4A 3O4QA 4AHUA 3L3UA 2XRIA 1HYSA 1CXUA 4KRFA 4GW6A 4CEBA 1QQCA 1RDAA 1KRPA 2IAJA 4FYDA 1HJRA 2LSNA 2KTQA 2ATQA 4L8RB 4KREA 2RN2A 1JLAA 4YNQA 3HK2A 2HVHA 3OYNA 4NCGA 4RW6A 3HP6A 1NOZA 3AVNA 3V1QA 1KCFA 5KGXA 1BCOA 1VSDA 3OJSA 4J2AA 3NBPA 3LZIA 4FJIA 4CIGA 3EYZA 3QERA 4RW8A 2XY7A 5KI6A 3PX6A 1NK0A 4K8XA 1S1TA 5J1EA 2G8HA 4B9NA 1G15A 3P1GA 1VSIA 2YHAA 4FJ8A 3HP9A 2YNGA 2KFZA 4M3WA 3SQ1A 2X74A 4DS5A 1L3TA 1Q9YA 1VRUA 2A1RA 4CHZA 3DOLA 4N76A 5HLFA 1EXQA 3NH1A 1YT3A 1UOCA 4O44A 3HVTA 5T7BA 1C0UA 4DQRA 4CJUA 3KLHA 4FZXC 3AVIA 4FLZA 1QSYA 1WAFA 2QKBA 4CJVA 1BISA 3B6PA 4KHNA 3OYCA 3A2FA 1S1XA 1U04A 1QS4A 1CLQA 3PY8A 1IH7A 3M8SA 1X9SA 1UAXA 1TKZA 1TVRA 3PX4A 4DWIA 1JLEA 4LY7A 3KLGA 1X9MA 4E7HA 4W5NA 1RTDA 1A5VA 4EP5A 3D45A 4DLEA 4FZYA 3V9UA 3DRRA 3LPUA 5KRSA 2JLEA 4HVJA 1Q9XA 2IDOA 2QKKA 4C8MA 1S1WA 3AO2A 3CG7A 4F2SA 3VQ4A 3PX0A 3ZT2A 4I2QA 5FRMA 3VQBA 1QTMA 2ITGA 1ZBUA 5DMRA 3RRGA 3VN5A 4FZZA 4OKJA 3AV9A 3VQPA 4CHPA 2KW4A 4DF8A 4E7JA 1RBVA 1RDBA 3HPOA 2OPQA 1NKCA 3V9XA 4DFMA 5FRNA 3LALA 4FM1A 3NH2A 4B8AB 3NF7A 1TKTA 4O0JA 1MU2A 5CYQA 1J54A 4B3OA 4OPKA 4DTNA 1YTAA 2WOMA 4AHSA 2EHGA 4ZTFA 3SYZA 1HQEA 4O4GA 4BDZA 1ZYQA 1IKXA 4CCHA 1KLMA 4R5PA 3HM9A 5HRSA 1NKBA 2DFHA 1LV5A 3C94A 2G8FA 3SUNA 2HHTA 4I7FA 3K2PA 4CEDA 1RBTA 4CGFA 1S6PA 3TAMA 4CJWA 3L2VA 3V9SA 1SKSA 1ZBFA 1LWEA 4M45A 4FK0A 4CJKA 4CJQA 3DMJA 4DSLA 2OPPA 2IS3A 3IRXA 1FXXA 4BE2A 4LSNA 4Z4CA 4F8RA 3SQ2A 4KHWA 4PUOA 4FJJA 4KHYA 1C6VA 3DOKA 1S6QA 3AVAA 5CZ1A 3C95A 1SV5A 1Y97A 4CJPA 4OLBA 3QIPA 4C8KA 4Y1DA 3KK1A 3HPHA 3PV8A 1TKDA 3LWLA 3P5JA 4W5OA 3D0PA 3QNNA 2QXFA 1HYZA 1IKWA 3OYLA 4OJRA 3HT3A 4CIEA 1HYVA 3NF8A 2GV9A 4F3OA 1F21A 1WSJA 4YFUA 1C1AA 4B9VA 4FW1A 4CEOA 3K58A 3V9ZA 3H08A 4CFBA 3KTQA 4DLGA 4Z4IA 3VA3A 3K5NA 1J5OA 4CE9A 2G8WA 3M8QA 4FW2A 4HUFA 3HYFA 1TL3A 4E3SA 3VQDA 3SQ4A 3VQQA 2HB5A 3LP2A 3AVMA 3MECA 3SUPA 1VSHA 1QE1A 2DFFA 3QNOA 4C8NA 2AJQA 5SZTA 4OVLA 4ZHRA 3QEXA 3TAFA 4Z4EA 1TKXA 3ISNC 1RTJA 4KKOA 3KLEA 1SL0A 3PO4A 3P83D 2YKNA 1SUQA 1U4BA 2Z1GA 4KTWA 1LW2A 4DTJA 3V81A 1NK9A 3RMCA 1X1PA 1W9HA 3AO4A 3KLIA 3DLHA 4RW4A 4CF8A 1EX4A 4H8KA 3SNNA 1ZBLA 2FBVA 4DSJA 4OLAA 3VQ8A 4B9SA 4DMNA 4OPJA 2HW3A 4PA1A 3JYTA 1RILA 3CM6A 3PO5A 4ELTA 3HJFA 4F3TA 3DLKA 4CJRA 3DM2A 4DTMA 4FVMA 3QEWA 1CZBA 3OY9A 3AVFA 1HPZA 4FLVA 4Z4FA 1YTUA 5J2PA 4FM0A 2YNIA 2HNDA 3L2UA 1D5AA 4HUEA 4DG1A 1R0AA 3ZCMA 4H4MA 1IKVA 4KI4A 1A5XA 5FROA 4M3ZA 1HMVA 4CEFA 3SV4A 1WSGA 2P5GA 4N41A 3ZSRA 1HNVA 1ZBIA 1JXBA 2FBYA 4CEZA 1S1UA 3NF9A 3WNHA 4IG0A 3NH0A 4W5QA 1VSKA 3L8BA 3SPZA 4KHUA 2DFEA 3RMBA 4DTOA 2KZMA 4CK3A 2VG7A 4M3YA 1X9WA 3OYAA 1REVA 3DLBA 3ZSYA 1HNIA 3WNFA 1DTQA 4KV8A 1RT6A 4EZ6A 4K8ZA 4J2DA 4DS4A 3L2WA 3NCIA 2HHQA 3IG1A 3TAGA 3SI6A 4O0IA 3ZT3A 4Z4HA 3G0ZA 4CJLA 1BI4A 5J2MA 1RT7A 4CF1A 3G10A 3QEPA 4F2RA 4Q0BA 1LW0A 4I9LA 3ZT1A 5I3UA 3AVHA 1TAQA 1C0MA 2Y1JA 3O3FA 3NGZA 4FLUA 1VSLA 3RR7A 4CFCA 2DY4A 3UIQA 2IOCA 4IBNA 3L2QA 4QAGA 2XY5A 1SL2A 3AO5A 4CERA 3AA4A 4DTPA 3VQ7A 4I9QA 2W42A 3SCXA 2B6AA 3NF6A 4DTRA 4CGIA 2ZD1A 4IDKA 5CY4A 2XY6A 3OYIA 4HUGA 4UQGA 1B9FA 1NOYA 4OKKA 3AVLA 2EX3A 3EZ5A 4MQ3A 1SL1A 3THVA 1KVAA 3DLGA 3K59A 2RKIA 1JXEA 3ZT0A 1C1CA 4JS4A 5KRTA 1U47A 2VG6A 2FBXA 4TSXA 5HBMA 4B9LA 1JLGA 1KVCA 5HRPA 4J2EA 2HHWA 1GOCA 2FBTA 4DSEA 4CGJA 4E7LA 2B5JA 2ETJA 4FLWA 3RWUA 4JS5A 4PQUA 2DTUA 1JKHA 4CHQA 3CYMA 3T19A 3TR8A 5KTQA 1RBSA 5CYMA 3QESA 4FJNA 4DFKA 3VA0A 3DRPA 3CM5A 4LD0A 3VQEA 3OS2A 4CIFA 4N56A 4MFBA 5HRRA 3V6DA 4FJ7A 3ZSOA 4FLYA 3V4IA 4KI6A 2GUIA 3ASMA 3NAEA 4FXDA 3FFIA 1U48A 1D9DA 4PY5A 1B92A 4ELVA 4FJMA 3RRHA 4CHOA 3QEVA 3VQAA 3L2RA 4ELUA 3KK3A 1RT3A 4LH4A 4CJ3A 4KHQA 4FLXA 3KKSA 3HO1A 2OA8A 2X78A 2E6LA 4KTZA 4E19A 4E7IA 3F9KA 4J2BA 4CJTA 5EU7A 1TK0A 3AA2A 4B9UA 3JSMA 1UA1A 3KD5E 1FKPA 1XHXA 3CFPA 3K5MA 4B9MA 1VSFA 1BI4B 3WNGA 3F73A 4KHSA 2PYJA 2Z1IA 4OGEA 3OYDA 2RF2A 4KFBA 4KO0A 4C8LA 4I2PA 2HHXA 4JLHA 5I42A 2OPRA 1TL1A 2OYQA 1RT2A 2F8SA 2D0AA 3M8RA 3V1OA 3SZ2A 3DI6A 4M3XA 3WNEA 4M42A 3LDSA 2G8VA 5HP1A 4O5BA 1I3AA 4BWMA 3O4NA 2G8KA 2HVIA 5JS1A 4Q5VA 4KTQA 2QK9A 2F8TA 4M3UA 4AHTA 4M3TA 5D3GA 4GMJB 4Y1CA 1SKWA 3BGRA 1JLQA 3OVNA 1C1BA 1QHTA 3LP3A 3MXJA 3OYKA 1WSHA 2F96A 4N5SA 1SKRA 4CK1A 1WN7A 1IG9A 4CF2A 3IS9A 3AVBA 1Q8IA 2HNYA 1EP4A 3B6OA 5FDLA 1T05A 3SUOA 1ITGA 1T8EA 2Z1JA 3OYBA 4DQIA 4FJKA 1LWFA 1KLNA 1RT4A 4B9TA 4NCAA 3HVRA 3S3OA 4QCLA 1BIZA 2R7YA 3TANA 3CFOA 3ULDA 1RBUA 1RTIA 3QO9A 1Z25A 1LWCA 4LH5A 2HHUA 2KFNA 1RT1A 4DFPA 3TABA 4CHNA 1TK5A 4DSIA 5J2QA 2VG5A 3OYFA 5DK5A 1D9FA 3QINA 3RR8A 3KLFA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3WQTA 3H45C 3CQXA 3ZETB 3VQ5A 4FJGA 4K43A 4CF0A 1TV6A 1GOAA 3S9HA 3W0LA 3OJUA 5M1NA 5LJVA 1I39A 3EZWA 4FPBA 3I0RA 4YOVA 2E2OA 3QETA 4CEEA 4BRDA 1JLBA 3ZSZA 4E89A 3RMDA 4ILHA 2P51A 2YNHA 2X6SA 4DFJA 2OZSA 2F4VK 3EN9A 5HRNA 1U45A 1WSFA 4BE0A 5F0XA 2B4JA 4WFAL 4FJ5A 3PUFA 2P9SB 3FZKA 3VF4A 4DSKA 1X3NA 3QICA 1HLUA 2O8CA 3AVGA 4FJHA 4GVEA 4DSFA 1VQ7N 3SBGA 4DQQA 3PLAA 3OYJA 4WQ4A 4YOYA 4DTUA 3S3NA 2ITMA 3KIOA 3C0BA 5AQPA 2ZJQL 4H0YB 5E26A 2CGKA 3R8EA 1U49A 2E6MA 3CXCM 3VQ6A 4BDYA 1T03A 2V7ZA 3C7NB 1XMOK 3BF3A 3LZJA 3DXMA 2ZWHA 4LC9B 4YDUA 2QWPA 4RG8A 1WUAA 4IWVA 5AZIA 3VOVA 3NE6A 5AQVA 3J8AA 3SAGA 2PZSA 2G8UA 4HWIA 4IFEA 5C0YA 5AQOA 3DLLL 3AGKA 3ZETA 2HHHK 1T7PA 3LP0A 4BG9A 3THYB 4ILGB 3CFRA 3W3DA 1J9AA 4WCEL 2HBKA 4H4OA 3M3ZA 2FF6A 4IOAL 4B08A 1XC3A 1LAWA 4CJFA 3FGUA 2E4LA 4CZGA 2G8IA 1RGIA 3MEDA 1LOTB 1T6CA 3KD1E 2E1ZA 2YI1A 2P9KB 3GE1A 3AO3A 2Q1NA 3U9ZA 3V1RA 3K57A 4IEIA 2P9SA 1XHZA 1GLEG 4KB1A 4LF6K 4ID5A 4A5AA 1BQMA 3JS6A 1GLDG 4K42A 1WAJA 3AAQA 2YNFA 3LL3A 4CEQA 3MWPA 3ZT4A 4QOZB 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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