3ZSYA

Small molecule inhibitors of the ledgf site of hiv type 1 integrase identified by fragment screening and structure based drug design
Total Genus 54
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
54
sequence length
153
structure length
149
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase
molecule keywords INTEGRASE
publication title Small Molecule Inhibitors of the Ledgf Site of Human Immunodeficiency Virus Integrase Identified by Fragment Screening and Structure Based Design.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus
total genus 54
structure length 149
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.-:
pdb deposition date 2011-07-01
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3zsyA00
1VK0A 2VWKA 3NF6A 4B9NA 1RT3A 1EP4A 5DMRA 3VQDA 4F3OA 1KTQA 1C1BA 1EETA 4RG8A 3CFPA 4BDYA 5DK5A 2RN2A 1UAXA 1NKBA 2OZMA 1BQMA 3L2RA 2GV9A 3L8BA 1W0HA 1S1UA 3OYDA 3AVNA 3OYKA 2OZSA 2IOCA 1ASWA 4UQGA 3ALYA 3QEPA 3OY9A 1U45A 2OA8A 2OPSA 1TKDA 5FRNA 3TR8A 1KCFA 3SQ4A 1F21A 3PX6A 3KKRA 2XY6A 4CF8A 4CJSA 3TARA 1KLMA 1RT1A 4KB1A 4OGCA 4KHQA 5D3GA 3E01A 4CF2A 2DFEA 2VWJA 4DTXA 1VSIA 3CM5A 3VQ9A 3TWHA 3ITHA 4B8CA 2VG7A 2HHVA 3WNEA 4IDKA 3HYFA 1K6YA 2HW3A 3P1GA 2P1JA 4FCYA 3F9KA 3CM6A 3LWLA 2A1RA 2BDPA 2NUBA 4LH5A 1J54A 3SZ2A 3I0RA 3AA3A 3ZSRA 3NAEA 1LW0A 2BE2A 1VSLA 4F3TA 1RDBA 4CEEA 1RT5A 1UOCA 4Q5VA 4CEAA 2WONA 3ZSXA 2KW4A 3O3FA 5KRSA 4HUEA 4C8KA 4FJNA 2HVHA 4H8KA 3NH2A 3VQCA 4KKOA 4E1MA 4DG1A 4NCBA 3LZIA 1JLEA 3DLBA 2Z1GA 2DFHA 4RW7A 1FXXA 1DTTA 5CYMA 1RBVA 2FBYA 1YTAA 4CF0A 3OYIA 3V9ZA 3P5JA 5J2QA 3QETA 3NH0A 4OKKA 2G8FA 4C8OA 4FW1A 1RDCA 3TAQA 4K8ZA 3L3VA 2O4IA 1QE1A 3CFOA 4CHOA 1QSLA 1RTDA 4AHSA 4CGFA 4F8RA 1CXUA 3NF8A 3LANA 5C24A 1X1PA 4PA1A 2P51A 3KLHA 2BANA 4DTNA 2E6MA 4IG3A 3ZSWA 5I42A 2PZSA 4M3UA 4M3TA 2JLEA 3CYMA 4CCHA 3TAEA 1LWFA 1S1VA 3L2UA 3NHGA 1X9MA 2X6NA 4C8MA 3SUNA 4FLZA 1QSYA 4M3XA 1UWBA 1EX4A 3AO5A 4FJ8A 4DQPA 2QKBA 1TK0A 1JL1A 3TANA 2KFZA 2B4JA 4M45A 3OJUA 4DQIA 3S3NA 1WSHA 3B6PA 3OYCA 3ULDA 4KTQA 4LSLA 1KVCA 3LP3A 3OYLA 3VQAA 4KB0A 1RTJA 3QIPA 2RKIA 1TKZA 4BACA 4E7JA 2OPRA 3DRRA 3LZJA 4CE9A 4FLVA 3BDPA 4CJVA 3HM9A 3PX0A 5JS1A 3P83D 4CFAA 4JRQA 1EKEA 3QNOA 4CEOA 5HP1A 4M3RA 3IAYA 3U3GA 3SI6A 4YFUA 1S6PA 4DS4A 4B8AB 4PY5A 1S1TA 3C6TA 3AO2A 3HSTB 4DTSA 4KFBA 4NYNA 4QOZB 4J2EA 1S6QA 2GBZA 1DTQA 5HRPA 3SV4A 1X9SA 3HP9A 1SL0A 3AVAA 1LV5A 1HYSA 3L2QA 1KFDA 1RNHA 1KVBA 3RTVA 1B9DA 1VSEA 1LWCA 4RW9A 4GMJB 2E6LA 1TK5A 1NOYA 2KTQA 5K14A 3HL8A 1L3UA 4HHTA 1Q9XA 4O0IA 3RMDA 2HNZA 3PV8A 1FKPA 2G8WA 5FRMA 4Z4IA 3SV3A 4B9VA 3K5NA 3VQ5A 3VQQA 3AV9A 1QTMA 4OLAA 3WNFA 4W5RA 1HMVA 5KGWA 2F8TA 4FJIA 5E41A 1WSEA 1JL2A 3WNGA 4CJUA 5J2PA 1KSPA 1RBSA 4CIFA 4LY7A 3RR7A 1WSFA 1LAVA 4FW2A 2XY5A 4Z4CA 4H4OA 1L5UA 4K8XA 4DSKA 2IS3A 1BCMA 3KIOA 1SL1A 4OKJA 4M41A 3TAMA 2HMIA 2YHAA 3ZSYA 3QEIA 2HHSA 1VSKA 3KLEA 1NJYA 1I39A 4GW6A 2RF2A 2YKMA 4F2SA 4FZZA 4FJLA 4FJGA 2ATQA 4J2DA 4W5NA 1HNIA 2B6AA 4KHYA 1BHLA 1LW2A 4RW6A 4CECA 5KGXA 3AVMA 4CHNA 4JS5A 4KHWA 4DTUA 3NBPA 1J53A 4CJTA 2G8KA 3SUPA 1KFSA 3AA5X 1VRTA 2P5GA 4NCAA 4CEDA 3AVKA 3QINA 5I3UA 2Y1JA 3ZT3A 4B9LA 1BISA 3DLEA 5CY4A 2Y1IA 4N76A 1NJWA 5FROA 3L2VA 4CGJA 3K57A 3SYZA 2KZZA 4F4KA 1TAUA 1RDAA 3DMJA 4R5PA 4ELTA 4B3OA 1JLBA 4BWMA 3MEEA 3NGYA 4N56A 1EXQA 4DWIA 4IFYA 3MXJA 3NCIA 1NK9A 1NK0A 4IG0A 3DOLA 4CGHA 4AHRA 3SPZA 5KTQA 2G8UA 3OS2A 1Q8IA 1QSSA 3V1RA 1IO2A 3AVLA 4AHCA 2DFFA 1O1WA 1VSMA 1TV6A 2ZQBA 2ZE2A 4CJKA 3HT3A 4FJJA 4OPJA 3LP1A 1D8YA 2D0AA 4EZ6A 1CLQA 3AA4A 3RMBA 4FLYA 4E7IA 2W42A 5HROA 3EY1A 4HUGA 1HYZA 1U04A 1BQNA 1SUQA 5HBMA 1GOCA 2GUIA 2IGIA 3HPGA 2IDOA 3G10A 1LWEA 3V9XA 3K5MA 3RRHA 1XI1A 1NK8A 4IKFA 1ZBIA 4CJRA 1NK4A 3OYNA 4DFPA 4C8LA 3I8DA 4FM1A 2XRIA 4CJ3A 1RT4A 1Z26A 3JSMA 3ZT2A 2IAJA 1Z25A 3VA0A 4W5TA 2X78A 2I5JA 2FBTA 3S3MA 4IBNA 1FKOA 3EYZA 3L2WA 3ZCMA 1JLCA 4B9MA 4DSLA 3DRPA 3RRGA 4CFBA 2LSNA 4LD0A 3OYAA 1S1XA 4CF1A 2G8HA 4CEZA 1YTUA 3ZSQA 3ZT0A 1HQEA 1CXQA 1A5VA 4PUOA 2IC3A 3AVIA 1NOZA 2YV0X 3DM2A 1RT6A 4KV8A 2OPPA 1U4BA 1BIUA 1KRPA 1MU2A 1JLAA 3D0PA 4M3WA 3CQ8A 2ZD1A 1U47A 1QHTA 1NK5A 4CERA 4Z4GA 3ZT1A 4E0DA 4E7KA 3TAPA 3QEWA 4XIUA 1SV5A 4CHZA 4TSXA 4B9UA 3DLKA 4B9TA 4FJHA 2HHUA 4NCGA 4C8NA 1LAWA 3K59A 2XO7A 1G15A 3DLRA 3O3GA 4DSJA 2Q3SA 4DTJA 3NDKA 3C95A 3H08A 4ZHRA 4O5BA 3QESA 3V81A 1T7PA 4DTOA 4DQSA 4DU1A 4OLBA 4FLWA 3KD5E 3T3FA 4MQ3A 2OPQA 4JRPA 3O4QA 1C6VA 3SQ1A 3O4NA 3THVA 2D0BA 3AO3A 1WSJA 4FM0A 3KKSA 4FK2A 4KI4A 1C0TA 3BGRA 4CJQA 2EHGA 3L3UA 2Z1IA 3LWMA 1N5YA 4CJ4A 1IKWA 2EX3A 2VG5A 1IKYA 1HJRA 5HRNA 4DFMA 2PYJA 1HNVA 1CZBA 1WLJA 3AVJA 1WSGA 4KHUA 4CFDA 4FJ7A 4NYFA 3PY8A 3M8RA 1XHXA 1TL3A 4AHVA 3DOKA 3SUQA 1RDDA 2X74A 4CGIA 3RMCA 4HCBA 4H4MA 4BWJA 4DSEA 2HNDA 3OYFA 3O3HA 3PO5A 3KJVA 3SQ0A 1TGOA 1TAQA 1NK6A 3K2PA 2PY5A 2YNFA 4MFBA 4E1NA 2OYQA 3OYGA 1BCOA 4O44A 2G8IA 1S5JA 3VQPA 1WSIA 3OYBA 1RBTA 3SCXA 2VG6A 3ZSZA 1BL3A 3DYAA 1R0AA 4FZYA 1HQUA 3AVFA 4DMNA 2BGGA 3VQ8A 3M8QA 4DFKA 4ZTFA 3QEXA 3SJJA 1BI4B 4Z4EA 4E3SA 1JKHA 5J1EA 3OJSA 1T03A 5J2MA 1ASUA 4CK1A 4CK3A 2KQ2A 1RTIA 4CEQA 3TAGA 4YNQA 1S9EA 1RCHA 5CZ2A 3LPUA 4DF4A 4FJMA 4PWDA 3MXMA 2QKKA 1B92A 1WAFA 2XY8A 3K58A 3SQ2A 3VQ7A 3TI0A 1TK8A 4CHQA 3DI6A 4FJ9A 3MXIA 3QNNA 4CJLA 3HVRA 4I2PA 1RT7A 4BE2A 2X6SA 3LAKA 3HXMA 1U49A 4HCCA 1JLQA 3AO4A 3AVGA 3VQBA 4ID5A 3V9WA 2RPIA 2YNHA 3DRSA 3RR8A 3DLGA 5CZ1A 3V1OA 1J5OA 3V9UA 1L3VA 4RW4A 4AILC 2O4GA 2ETJA 3K5OA 4J2BA 1I3AA 3K5LA 1YT3A 1WN7A 3AVHA 4CJEA 4FM2A 4KTZA 4DSFA 4DTPA 4IFVA 3WNHA 3C6UA 4Y1CA 4BDZA 4I2QA 3MEGA 1D9FA 3OYEA 5KRTA 4DFJA 1A5WA 4L8RB 4DTRA 4N47A 1ZBFA 4HTUA 1VSDA 2WOMA 3NGIA 3NGZA 1IG9A 2KFNA 4WE1A 1FK9A 4B08A 4ELUA 4I9QA 3HPHA 2E4LA 3OS1A 3LALA 2YNGA 4I9LA 1ASVA 4FZXC 4DF8A 4FK4A 4BDPA 3QERA 1C0UA 1VSFA 1NJXA 3NFAA 3PO4A 2DTUA 3CFRA 1NKEA 1NKCA 4KI6A 3HPOA 3V6DA 2ITGA 3VQ6A 3OYMA 1IKXA 4LSNA 3V4IA 4JS4A 3KTQA 1D9DA 4N41A 2F8SA 4RW8A 1ITGA 4CFCA 2FC0A 4OGEA 2XHBA 1BI4A 4O0JA 1SL2A 1JXBA 5JS2A 4FYDA 4CHYA 4J2AA 3V1QA 1UA0A 1C0MA 4N5SA 4KHSA 5SZTA 1RT2A 1D5AA 3UIQA 4KHNA 1S1WA 4DQRA 1C1AA 5FDLA 4ICLA 3S9HA 3ASMA 1RBRA 2HNYA 2HB5A 2FBXA 5HRRA 3IS9A 4Y1DA 4KO0A 5C25A 3QLHA 4CEFA 4DU3A 2P5OA 4HUFA 4CJ5A 4M42A 3OS0A 3ZT4A 4OPKA 3LP0A 4W5OA 4EP4A 1T8EA 1XC9A 3HVTA 1ZBUA 5EU7A 4G1QA 3AA2A 4JLHA 4QAGA 2XY7A 1YVUA 1SKRA 1SKSA 3TABA 4CJWA 4DSIA 3SUOA 4CGGA 4CJFA 3VN5A 3B6OA 3LP2A 4E19A 5C42A 4KPYA 4KRFA 4HVJA 3SPYA 3C94A 4M3ZA 5CYQA 1B9FA 4M3YA 3LAMA 3S3OA 2D5RA 4FVMA 1RBUA 5SWMA 3FFIA 4OKEA 3V9SA 1N6QA 4FK0A 2JGUA 3MEDA 3ZSVA 5KI6A 1ZBHA 1REVA 3IRXA 3RWUA 2HHXA 4E89A 4PQUA 4OVLA 3NE6A 3MAQA 4Z4HA 2HHWA 3IG1A 1RILA 1TKXA 4GVMA 1BIZA 4KAZA 2Z1HA 5T7BA 4DU4A 1GOAA 3AO1A 1JLFA 3VQ4A 4EZ9A 3QO9A 4E7LA 3OYHA 1WAJA 1Y97A 4CEBA 3NH1A 3U3YA 2YNIA 1JXEA 1BGXT 2D0CA 4FLTA 3HO1A 3HJFA 3AVCA 3T19A 4O55A 3OYJA 3QEVA 3KK2A 4FXDA 4CHPA 3KK1A 3F73A 3M8PA 3U6FA 3ISNC 4AH9A 4CF9A 2A1SA 1J9AA 3AVBA 1TL1A 4KTWA 1KVAA 1CZ9A 3LDSA 1Q9YA 1NK7A 1JLGA 3I0SA 2DY4A 4OJRA 4W5QA 3KLIA 1SKWA 1HRHA 3A2FA 4FJXA 2F96A 3KK3A 1IKVA 4ID1A 4LH4A 4QCLA 3MECA 4EP5A 4DTMA 1T05A 2R7YA 1L3SA 5J2NA 1NJZA 3RMAA 5HLFA 1GOBA 4FLUA 4E7HA 1L3TA 2KZMA 1DLOA 2PYLA 1TVRA 3G0ZA 1C1CA 3PX4A 1W9HA 4DQQA 3TAFA 3VQEA 1WNSA 2B5JA 1U48A 4F2RA 1RTHA 3JYTA 2Z1JA 1QS4A 1A5XA 1HPZA 1VSJA 4FJKA 3HP6A 3CG7A 1X9WA 4CIEA 3KLFA 3NF7A 4AHTA 4Z4FA 1XHZA 4DS5A 1UA1A 3EZ5A 4KREA 4FLXA 1VRUA 1TKTA 4ELVA 1IH7A 3VA3A 3SNNA 1VSHA 3KD1E 4BE1A 3KLGA 2HVIA 2YKNA 3NF9A 4AHUA 4Z0UA 3DLHA 4FJ5A 2HHTA 2AJQA 1KLNA 4CJPA 4ZTJA 4BE0A 3T1AA 1ZYQA 4O4GA 3D45A 4CK2A 3PUFA 4DLGA 4CESA 3OVNA 4Q0BA 4B9SA 3QIOA 2QXFA 3M8SA 5HRSA 2QK9A 3LPTA 1ZBLA 4I7FA 2G8VA 3ZSOA 4CGDA 1S9GA 2FBVA 2HHQA 1XWLA 3HK2A 2YHBA 4CIGA 1HYVA 4DLEA 1QQCA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1ESVA 3NF6A 4B9NA 1EP4A 1KTQA 1C1BA 1EETA 2RN2A 1NKBA 2IVPA 2GV9A 1Q86O 2PAVA 3OYDA 3BZCA 2OZSA 4GKKK 2IOCA 3MK6A 4UQGA 3QEPA 1U45A 3ZETA 1TKDA 3TR8A 4KHPK 4CF8A 4KB1A 1RT1A 4BRMA 2A6AA 4X64K 3K9KA 4DTXA 1Q7YO 4IDKA 2E2PA 2HW3A 2Q31A 4YOWA 4FCYA 3LDOA 3F9KA 2BDPA 4EAHD 3D7EO 4LH5A 5AQVA 3I0RA 3I56N 3ZSRA 5HL7L 1VSLA 3G4SN 2DPNA 4RTFD 1TUUA 1RT5A 3I8BA 4CEAA 3ZSXA 3O3FA 2KW4A 4FJNA 1K9MO 4H8KA 4A2BA 4QS8A 4KKOA 5C10A 1JLEA 3PIOL 4RW7A 4B3RK 3V9ZA 4M7YA 2W40A 4K8ZA 3CFOA 4AHSA 4CGFA 3ATVA 4DTNA 4BR9A 2UU9K 2P51A 2BANA 2JLEA 5AQYA 4CCHA 4BRFA 3NHGA 4FLZA 3EKSA 1XMQK 1TK0A 3CC2N 3OJUA 3B6PA 1ZC6A 4KB0A 1RTJA 2ZJQL 2RKIA 3LZJA 1Y64A 3C7NA 3P83D 5HP1A 1V4TA 1VQMN 3IAYA 4X65K 4B3MK 1ZBSA 1W7AA 3UKRA 1S1TA 3C6HA 4PY5A 3HSTB 3P4IA 1DTQA 3ZETB 3SV4A 3RTVA 1B9DA 1ILYA 1LWCA 5KPZA 4GVEA 1TK5A 2Q36A 1NOYA 1L3UA 4HHTA 4H03B 2HBJA 4O0IA 5MLCQ 1IBLK 1ZXOA 3SV3A 4B9VA 2NRXA 5KGWA 3OBWA 1KAZA 2IIRA 3A0IX 4DV5K 3FR0A 1KAYA 2YHYA 3ULEA 1DKGD 4JKCA 3O4WA 3TAMA 3H3NO 1NGHA 1NGBA 3QEIA 1VSKA 1I39A 3KZBA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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