4RTFD

Crystal structure of molecular chaperone dnak from mycobacterium tuberculosis h37rv
Total Genus 99
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
99
sequence length
355
structure length
349
Chain Sequence
RAVGIDLGTTNSVVSVLEGGDPVVVANSEGSRTTPSIVAFARNGEVLVGQPAKNQAVTNVDRTVRSVKRHMGSDWSIEIDGKKYTAPEISARILMKLKRDAEAYLGEDITDAVITTPAYFNDAQRQATKDAGQIAGLNVLRIVNEPTAAALAYGLDKKEQRILVFDLGGGTFDVSLLEIGGVVEVRATSGDNHLGGDDWDQRVVDWLVDKFKGTSGIDLTKDKMAMQRLREAAEKAKIELSSSQSTSINLPYITVDNPLFLDEQLTRAEFQRITQDLLDRTRKPFQSVIADTGISVSEIDHVVLVGGSTRMPAVTDLVKELTGGKEPNKGVNPDEVVAVGAALQAGVLK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule keywords Chaperone protein DnaK
publication title Crystal structure of molecular chaperone DnaK from Mycobacterium tuberculosis H37Rv
rcsb
source organism Mycobacterium tuberculosis h37rv
molecule tags Chaperone
total genus 99
structure length 349
sequence length 355
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-11-14
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4rtfD01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4rtfD02
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 4rtfD03
3A5OC 2GEMA 2E2OA 3FZKA 1P8ZA 4ISFA 4E1JA 5ELZA 4K43A 5B8HA 3MCPA 4BQZA 3P4IA 4H0XB 4PKHA 3EKUA 4AM6A 1JCFA 5AQOA 3ENHA 1BUPA 2YHWA 3VEYA 1BOTO 2P9NB 3RSEB 3VENA 4BQLA 4I6MA 2QWRA 2ASPA 3S41A 3O08A 2P9UB 4QS7A 3I8BA 1RGIA 3O80A 4M63C 3ENOA 5JMVA 4FWMA 5BRDA 5I9EB 4BRFA 2CH5A 1E4FT 4QS9A 3MN9A 3J8AA 3VESA 3VGMA 3H1VX 3WQTA 2FSNA 3CIPA 2Q31A 1TUYA 3AARA 4B1XB 5AFUH 3VGLA 3BP8A 1GLLO 3SMSA 4BRGA 4GY2B 2HF4A 1NGCA 3WXJA 4J8FA 1HKCA 5E84A 1OKJA 2FSKA 3O6WA 3FFKB 1U6ZA 3LDQA 5BN9A 3CI5A 2CGJA 1NWKA 1U2VB 3CERA 3TPQA 2Q0UA 4BVOA 5BN8A 2UYTA 4BROA 3VETA 4BRAA 3MMVA 5AQQA 4Z94A 3IMXA 1XC3A 3AAQA 3BUZB 4FWOA 1NMDA 4CZGA 4A62A 2P9SA 4BRMA 4K25A 2GTDA 1BWFO 1V4TA 3VEXA 2WUSA 3DXMA 5AQXA 4BR9A 5BRHA 3EN9A 3EKSA 4DCHA 1HKBA 4O8KA 3CJCA 1NGFA 4O5FA 1NGGA 2NLXA 1GLDG 2A6AA 2F9TA 2P9IA 5AQLA 1MWMA 3IDHA 2Q1NA 2P9LA 3VEZA 4B1VA 4MLHA 4IJAA 3H1QA 4BRPA 4CJ7A 2CGKA 1HUXA 1ATRA 4H0TB 2ZF5O 2I7NA 2P9NA 2E20A 1ATSA 4CZHA 2E88A 3A5MC 3A8YA 5AQKA 3VF6A 5BPLA 3CJ7A 4BRKA 2IVPA 4JAXA 1CZAN 4MO5A 4EHUA 1ZC6A 4IXCA 1S22A 4RWTA 1BDGA 3F9MA 5JICA 1IG8A 3L0QA 2AP1A 3A5LC 1MDUB 2V51B 3GOIA 1HJOA 4FWLA 2A41A 5BPNA 2CH6A 3GL1A 2H3GX 2V52B 2YHXA 3CJ1A 4XH4A 4IZ9A 1XUPO 4H5TA 3ZX2A 3JS6A 5BR9A 4MLEA 4K42A 4BG9A 4EFHA 5FPNA 1QZ5A 3H3NO 2YJFA 3HBTA 3WT0A 4CZIA 2BUPA 3H45C 4BRIA 1X9JA 1BA0A 1Z05A 3JXUA 3VEOA 3WUHA 2DPNA 3DXMB 3L4IA 4B1YB 4QS8A 2E1YA 3LM2A 3CJBA 3WQUA 4BGBA 4CZKA 3ZETB 1TUUA 2ZWHA 4JHDB 2E2PA 2P9IB 3ATUA 1JCEA 4FWKA 3M6GA 4IO8A 1MA9B 2P9LB 1NGIA 2YHYA 4A61A 2ITMA 5AQPA 5KPZA 5TKYA 3FZLA 1GLCG 1TYQA 3IUCA 1S3XA 3C0BA 5EXWA 3LDLA 1NGHA 3LDPA 4CZMA 4FWQA 3QBWA 1BO5O 4EIAA 3QDKA 1RFQA 3HI0A 5AQIA 4BGAA 1KAYA 4PKIA 3HM8A 4XH1A 1YVNA 2Q0RA 4H0VB 1QQMA 3VF2A 3UKUA 2AA4A 3CQYA 3GG4A 5KPRA 5E26A 4BRCA 4Y0WA 1LCUA 4XH5A 3LL3A 3ZEUA 3IFRA 3BF3A 1KAZA 3OHRA 2HF3A 3LM9A 3EZWA 1NGEA 1LOTB 3MN6A 2F9WA 2YJEA 4H5RA 3UB5A 5AQFA 3TU5A 1YXQA 4FWSA 3VERA 4HWIA 2ASOA 4NO7A 2E1ZA 5AQMA 3D2FB 3O5BA 1GLEG 4EAHD 4WYBA 1QZ6A 4PKGA 4ISGA 4CI6A 3CETA 2A3ZA 1NBWA 2FXUA 4H5VA 3DWLA 2Q97A 3WXLA 2OANA 1T6DA 5AR0A 4BRQA 2P9KA 1T44A 3VOVA 3R8EA 3HZ6A 4CZLA 3A0IX 3BEXA 3MN5A 2D0PA 2HOEA 3ZETA 1TYQB 3FR0A 3MDQA 3WXKA 5KQDA 4BR0A 4JHDA 5ADXA 1G99A 1NM1A 5AQHA 4YDUA 4CBWA 5AZJA 2QWOA 1SAZA 3A5NC 5BRFA 4JN4A 2NRHA 1SQKA 3DAWA 3VGKA 1V4SA 1NGAA 3UKUB 4M7XA 2PBDA 3GDQA 3H46O 1NLVA 5EY4A 2E2NA 3ZEUB 3R9PA 3QBXA 3AY9A 3M3ZA 5AQNA 4B1WB 1T6CA 3MN7A 1DEJA 4PL8A 4JD2A 4BR7A 2W41A 3ID8A 4F9OA 2IIRA 3VPZA 2HMPA 3CHWA 5EX5A 2YCHA 5LY3A 1Q18A 4FPAA 1ESVA 3G25A 3FE1A 3KHYA 4WQ5A 2CGLA 5F0XA 4EHTA 3U8XA 1WOQA 3FZHA 1R59O 3GE1A 3HSCA 4H0PA 3L6QA 5AQWA 1HKGA 2ZGYA 4FOIA 4B9QA 3CJAA 2QXLA 1J6ZA 3QB0A 4FWPA 3ZX3A 4BRNA 1HX1A 1X3MA 3D2FA 2P9KB 3B8AX 5LJVA 2A42A 4WQ4A 2IVOA 5AQTA 1QQOA 2P9PB 3O1BA 1JCGA 5LJWA 3U9ZA 5BREA 4AM7A 2NZTA 5AZIA 2IVNA 4CBUA 2ASMA 2FF6A 5AQUA 1EQYA 5AZJB 3SK3A 1BA1A 5AQVA 1GLFO 3O4WA 4DQ8A 1RDWX 4CD3A 2V7YA 4A2AA 4IJNA 1HPMA 4MO4A 5CE3A 2GUPA 1GLBG 1SZ2A 2FLOA 3C7NB 1NGJA 4HTLA 2I7PA 5AQSA 4CD1A 1XQSC 3UKRA 5F1XA 5ADXH 1HLUA 3CQXA 4JD2B 2FF3B 1GLJO 5AQRA 4KBOA 4IWVA 4BR2A 3EO3A 2J4RA 3I33A 3W0LA 1C0FA 5EOYA 3QICA 1C0GA 3FLCO 2D0OA 3SJHA 1K8KB 1YUWA 1ZXOA 1BG3A 4FO0A 4ISEA 5BPMA 3LDOA 2QWNA 4YDUC 2GWJA 2GWKA 3BF1A 1DKGD 3D2EA 3DJCA 4BRDA 4LC9B 4BR5A 3ATVA 4BG8A 4CZJA 3SMPA 1E4GT 4BREA 4CZEA 1KAXA 5JLHA 2W40A 4L3QA 2QWQA 3O1WA 3CJ9A 4BRHA 1YAGA 5AQZA 5FPMA 5AZIB 2FSJA 5EVZA 3O8MA 2A40A 3VF4A 2VYPA 1DGKN 2BTFA 3QFUA 3VEVA 1Y64A 3WXIA 1QQNA 1WUAA 2P9PA 5AQGA 3H3OB 3WEEA 2QWPA 1IJJA 5F2RA 4WQ5C 4B1UB 2D1KA 3FZFA 3LDNA 4FSVA 4FWNA 3EL2A 1GLAG 1H1VA 3ULEA 3W3DA 3UKRB 2ZGZA 2QWLA 4BC3A 4BVPA 2VCPA 3MK6A 4RTFD 4BR4A 3DXKA 5FPEA 4BC4A 4C23A 3KVGA 4GNIA 4CZFA 3C7NA 3R6MA 4H0YB 2Q2RA 4I6MB 4WQ4C 2E2QA 4H5NA 3U4LA 1KXPA 2YI1A 3FGUA 3GBTA 3U9DA 3M1FA 4H0OA 4BC5A 4H03B 2VWBA 4NB4A 4PL7A 3QFPA 4JNEA 4FL9A 3RSEA 3QMLA 2QW9A 5AFUA 1ATNA 3FZMA 4FPBA 1NGDA 3ZX0A 2P9UA 3AAPA 1K8KA 3D2EB 1NGBA 2PAVA 3SLCA 4CBXA 4RCHA 5FPDA 5KPTA 4FOEA 1Z6RA 5KQ8A 3UE5A 2QM1A 2D4WA 4B1ZA 5AQJA 4A2BA 3D7EO 2A5XA 4FWRA 4K41A 1MWKA 5AQYA 4BC2A 4M7YA 1QHAA 5JLFA 2V7ZA 3VEWA 3WEEB 4H5WA 4XEIA 3KZBA 1ZBSA 4DB3A 3ULEB 2EWSA 1BU6O 1D4XA 1U2VA 3H6EA 3HTVA 4DHYA 2KHOA 2P9SB 2GELA 2QWMA 4BRLA 2E8AA 1X3NA 2Q36A 3DXKB
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2GEMA 1EP4A 3FZKA 2G8FA 3TAFA 1RILA 3KWIA 4BWJA 1S1TA 1XMOK 2ETJA 3QNNA 2KKZA 4FVMA 1JCFA 3MEDA 2G8VA 4OKJA 4QS7A 3AO3A 2FBYA 4B9VA 5JMVA 3HL8A 1YTAA 3H1VX 3LP3A 3WQTA 3IKMA 4W5QA 4CJQA 2FSNA 1N32K 4B3SK 3RRGA 2Q31A 2O8EA 3DOLA 4CHYA 3CCEN 1HNZK 3VGLA 4BRGA 5HP1A 3PIOL 1LV5A 3PX6A 2HF4A 1NGCA 3WXJA 1HKCA 1L3UA 5CYMA 1I3AA 2O8FA 3AVLA 3E9PA 4LD0A 3M5RA 1NWKA 2A1SA 3TPQA 2YNHA 4WFNL 3VQDA 4KTQA 5KGWA 2R7YA 4BROA 4BRAA 1W2BM 3MMVA 2F8SA 5AQQA 4OJRA 2HBMA 3ZT2A 3IMXA 1CZ9A 3AAQA 4CJ4A 3BUZB 3HXMA 3CFPA 4ZHRA 4ICLA 2ZJRL 5D3GA 1BWFO 3T3FA 4EP4A 4DCHA 4O8KA 1NGFA 1N6QA 1NGGA 4DQQA 1GLDG 3NH0A 4FLWA 1VSFA 1SS6A 3IDHA 4LSLA 4B1VA 3VEZA 1HYVA 4CE9A 3THVA 3VQ8A 4IJAA 3OYLA 3AO1A 3PO4A 2CGKA 1HUXA 1ATRA 3P39A 3LPTA 5IT9O 4CCHA 4CJUA 1C0MA 3NGYA 1ATSA 3A5MC 5AQKA 2X6SA 3VQ9A 5BPLA 4CJEA 1HJRA 4JAXA 2E6MA 3TAPA 3C6AA 4IXCA 4RWTA 4C8LA 3MWTA 3L0QA 3NBPA 3A5LC 4NCBA 3OYNA 4DF4A 2IAJA 1I94K 2NUBA 4LY7A 2CH6A 2H3GX 4DF8A 4NLCA 4E1MA 3JAMO 4FK0A 1XUPO 4AHCA 2ZJQL 5BR9A 4K42A 2WTUA 1LWCA 4BG9A 4EFHA 5FPNA 1YI2N 5CY4A 3SPYA 2BUPA 2AJQA 1X9JA 3JXUA 4DV0K 2E1YA 1JXEA 4Z4HA 4QOZB 2HHIA 3ZETB 3F9KA 2ZWHA 3HP6A 1NJWA 1JCEA 2HSTA 1MA9B 2NRWA 2P9LB 4FCYA 4O55A 3KD1E 3HP9A 4DWIA 2YHYA 1C6VA 4M3WA 2KFZA 1WBDA 4C1NI 2HNYA 3A2FA 1TYQA 3ZSYA 1VQ9N 1S3XA 3H08A 4FWQA 4CF1A 3HI0A 4PKIA 4HHTA 2Z1JA 1YVNA 4JKEA 3VF2A 3NF7A 4H0VB 3CQYA 2QA4N 1LCUA 3EEQA 3IFRA 1OH6A 1VQ7N 5C42A 1M90O 4DR1K 1LWFA 1N34K 3LM9A 4I2QA 1T03A 1RT4A 3QEVA 3MN6A 4NXNK 2YJEA 1RTIA 1F21A 2F7TA 3E1YA 2YX6A 3UB5A 3HPGA 2OA8A 5AQFA 4KAZA 3C94A 1VRUA 4HWIA 2ASOA 4TSXA 3V1OA 3VTIA 1VQ4N 3D2FB 3PO5A 4EAHD 1EETA 2P51A 1QZ6A 4JKGB 4WYBA 1EKEA 4ISGA 4CI6A 3CETA 2FXUA 3THWA 4H5VA 2Q97A 3DLKA 2OYQA 1T6DA 3RR7A 1CXUA 2VG7A 3HZ6A 3KIOA 3ZETA 4CFDA 3CM6A 4CF8A 1IKWA 3WXKA 5KQDA 4BR0A 4W5TA 1KC8O 2NRVA 4FJ7A 5ADXA 1G99A 1BCOA 4GV6A 5AQHA 1C1CA 4F4KA 3A5NC 1B92A 3V81A 4JN4A 3ITHA 2WOMA 1SQKA 4CGJA 2DTUA 4E89A 1WSHA 4NYFA 1REVA 3GDQA 1IKVA 1NLVA 5EY4A 3ZEUB 4IKFA 4FJKA 5GADP 4PWDA 2O8BB 3OBWA 5AQNA 1Z26A 4E1NA 2HW3A 4BACA 4PL8A 2IIRA 3CHWA 5EX5A 4CJWA 4CJKA 5LY3A 1Q18A 4FPAA 1N36K 4M3RA 1YJWN 4WQ5A 4DR5K 4AHRA 5F0XA 4EHTA 4E0DA 3LAKA 1WOQA 4CEOA 3ZT4A 3T1YK 3L6QA 1W97L 4DTPA 4CIEA 4KI6A 2P5OA 4IO9L 3NDKA 2QXLA 1J6ZA 2UUCK 4FWPA 4KI4A 2WONA 3CFRA 3D2FA 1IKYA 5LJVA 3IS9A 4CGGA 2A42A 3K9JA 4CEDA 4CJ5A 3F73A 3RMCA 1TK0A 4CBUA 3J81O 3K2PA 2A1RA 4IOAL 1HNWK 4PHTX 1JXBA 2RHKA 1RDWX 4CD3A 4A2AA 1X9MA 2KZZA 1UAXA 4IJNA 3KLFA 5CE3A 1NGJA 4AQYK 3O9RA 4CW7B 1XQSC 5F1XA 1QE1A 3WNFA 4KKOA 5ADXH 5KGXA 3CQXA 3OYAA 2FF3B 5AQRA 3EO3A 3I33A 3OJSA 1TKTA 4C8OA 3FLCO 4DSFA 2G8IA 1RDAA 2HHQA 2D0OA 4CFBA 5DMRA 3QIOA 3TTCA 4JEPA 1IH7A 4GKJK 4ISEA 2XY8A 3LDOA 4GV9A 1OVQA 4YDUC 2GWJA 3MX5A 1DKGD 3DJCA 1YT3A 3I0RA 3SUOA 1XMQK 5C0YA 2E6LA 3OS2A 3LAMA 1EO1A 1YHQN 2QWQA 3LPUA 4KTZA 4CESA 4FM1A 1K73O 3VF4A 4E7JA 2VYPA 2HB5A 2Q3SA 1XNRK 1DGKN 3OYGA 1RDDA 3NH1A 4DQSA 4ZTFA 1NOZA 3WXIA 1QQNA 2OTLN 3H3OB 1WBBA 3OJUA 1BIZA 4B1UB 3LDNA 4FJXA 3HVTA 4FWNA 3ZSZA 1C1AA 3UKRB 3S3OA 4FLVA 3AVMA 4BVPA 1SKWA 3VTHA 4FJ5A 1BQMA 4LF8K 4H0YB 4DTJA 5GAHP 3U4LA 1KXPA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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