4RTFD

Crystal structure of molecular chaperone dnak from mycobacterium tuberculosis h37rv
Total Genus 99
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
99
sequence length
355
structure length
349
Chain Sequence
RAVGIDLGTTNSVVSVLEGGDPVVVANSEGSRTTPSIVAFARNGEVLVGQPAKNQAVTNVDRTVRSVKRHMGSDWSIEIDGKKYTAPEISARILMKLKRDAEAYLGEDITDAVITTPAYFNDAQRQATKDAGQIAGLNVLRIVNEPTAAALAYGLDKKEQRILVFDLGGGTFDVSLLEIGGVVEVRATSGDNHLGGDDWDQRVVDWLVDKFKGTSGIDLTKDKMAMQRLREAAEKAKIELSSSQSTSINLPYITVDNPLFLDEQLTRAEFQRITQDLLDRTRKPFQSVIADTGISVSEIDHVVLVGGSTRMPAVTDLVKELTGGKEPNKGVNPDEVVAVGAALQAGVLK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Chaperone
molecule keywords Chaperone protein DnaK
publication title Crystal structure of molecular chaperone DnaK from Mycobacterium tuberculosis H37Rv
rcsb
source organism Mycobacterium tuberculosis h37rv
total genus 99
structure length 349
sequence length 355
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-11-14
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4rtfD01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4rtfD02
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 4rtfD03
3IMXA 4DB3A 5ADXA 3FGUA 3R6MA 1CZAN 3FZKA 1KXPA 3MN6A 2GTDA 2V51B 4MO4A 5EY4A 3MDQA 4DCHA 2YHXA 5ADXH 1DKGD 1NLVA 2QWNA 2QWLA 3FZFA 2P9IB 5KPTA 3DXKA 1R59O 3DXMB 1IG8A 4BVPA 4BRKA 3SJHA 2ASOA 5AQPA 4B1VA 2W40A 1KAXA 3GG4A 5AZJB 4K42A 4BRCA 4BRPA 5AQVA 3VPZA 1J6ZA 3O08A 3WUHA 5AQOA 4CZIA 3ID8A 5AQZA 4CZLA 1BDGA 1V4TA 5AQXA 4FPBA 1GLCG 5AQTA 5F0XA 1TUYA 2BUPA 2HF3A 4CZGA 3LM9A 3QFUA 4H5TA 4RTFD 1P8ZA 2CH5A 3HZ6A 4BG9A 1GLJO 4JAXA 5JLHA 4M7YA 3QMLA 5FPNA 2A5XA 1SQKA 3VEXA 3R9PA 3LDPA 2Q0RA 4BRMA 4FWQA 3MN7A 4JD2A 1RFQA 2FF3B 3AAQA 4ISGA 2FXUA 4FWMA 2ZF5O 5FPEA 3M6GA 2GUPA 2FF6A 4AM6A 3C7NA 2H3GX 4HWIA 4F9OA 2QM1A 3LL3A 3MMVA 3ULEA 5LY3A 2CGJA 3I8BA 4WQ5C 3ENHA 5AQMA 1KAYA 1GLBG 2ZGZA 3MN5A 4BR5A 2E88A 3O5BA 5BRFA 3WXJA 2P9KB 3EN9A 1NGJA 1RDWX 1ZBSA 4PKIA 2HOEA 3L6QA 1YXQA 5CE3A 1HKGA 3U4LA 4B1UB 4M63C 5AFUH 2VWBA 3D2FA 2Q97A 3D2EB 3CQYA 3U9ZA 4DHYA 3ATUA 3EZWA 3C0BA 1T44A 2QWPA 3HSCA 3W3DA 1GLEG 1E4GT 1RGIA 4IXCA 2GEMA 3O1WA 1NGFA 2Q2RA 2E8AA 3A8YA 3H46O 1JCFA 1NGEA 2AA4A 3IUCA 4IWVA 3DXKB 2E2QA 2V52B 2PAVA 1ZXOA 4WQ4C 5E84A 3VOVA 2J4RA 4BRNA 2QXLA 4JHDA 1KAZA 1IJJA 1T6DA 5AQQA 2Q31A 3H6EA 4CJ7A 2QWOA 1QQOA 3IFRA 2YI1A 1X9JA 5JLFA 3WEEA 5EX5A 4Y0WA 1X3MA 3QFPA 2ZWHA 3VETA 5TKYA 3RSEA 4CBXA 3SK3A 1NMDA 2QW9A 4BR0A 2AP1A 4A62A 1ATSA 3VENA 2NLXA 1JCEA 4MO5A 3CETA 1SZ2A 3GBTA 3GL1A 4CI6A 3MN9A 4K41A 1XQSC 4FWLA 4I6MA 4EFHA 3KVGA 3IDHA 4H0PA 1H1VA 3SMSA 4BRLA 1MA9B 3WT0A 2Q1NA 1DGKN 2FSKA 2YHWA 5LJVA 4JD2B 1Z05A 4RCHA 2Q0UA 1GLDG 1U2VA 2YJFA 3B8AX 3HTVA 5BPLA 4QS9A 1Y64A 5E26A 4FOEA 3C7NB 2GELA 3A5MC 3CJCA 3FZHA 4FWPA 4YDUA 3VEOA 4BC3A 4C23A 5AQJA 3ULEB 3BF1A 3CERA 5F1XA 3DAWA 3G25A 4O5FA 3A5LC 4CBWA 3R8EA 2P9NA 4JN4A 3KHYA 4CD3A 3HBTA 3VF4A 2FLOA 3ATVA 1BA0A 2VYPA 1MDUB 1YAGA 5EOYA 1NWKA 1QZ6A 3H45C 3VEWA 4H5VA 4BC2A 1LOTB 3VF2A 1GLAG 3ZX3A 3H1VX 4K43A 3GE1A 2E2PA 3CIPA 3VGKA 1NGIA 2P9LA 3D2FB 3JS6A 3AARA 4BG8A 4KBOA 3M3ZA 2V7ZA 1QQMA 1TUUA 3J8AA 2P9PA 4O8KA 4BR7A 3U9DA 4AM7A 3ZX0A 2CGLA 3BF3A 3CJ1A 1BOTO 2YHYA 3AY9A 4BVOA 5BRDA 3HI0A 4FO0A 3UE5A 5AQIA 3WQTA 4BQLA 5BR9A 2A40A 4BC4A 1BU6O 1X3NA 1E4FT 5BPMA 3W0LA 5AQKA 3M1FA 3L0QA 4A2BA 1NGDA 3SLCA 2A41A 4JHDB 5AFUA 4BRAA 4L3QA 2EWSA 5B8HA 4BRQA 1GLFO 1OKJA 1ATNA 4ISFA 5AQSA 3WEEB 3H3OB 1NBWA 2QWRA 5AQLA 4H0YB 4BRGA 3L4IA 4CBUA 1HUXA 3U8XA 4XH5A 3RSEB 1HKCA 3UKRA 2PBDA 3TPQA 5EXWA 5BN8A 3O1BA 5BRHA 5AQYA 2KHOA 3O6WA 1WUAA 2D4WA 3QBWA 3GOIA 3FZLA 3FR0A 2HMPA 4I6MB 3FE1A 1NGAA 3QDKA 4B9QA 5KPRA 4EHUA 3EO3A 2GWKA 2NRHA 3VF6A 4BC5A 2V7YA 3BUZB 3UKUA 1NGCA 4BR9A 5I9EB 1ATRA 2P9UA 5AR0A 3S41A 1U2VB 3SMPA 1G99A 3QBXA 1NM1A 2IIRA 3P4IA 4EIAA 4EHTA 4BRIA 4BGAA 2I7NA 5LJWA 3LDLA 1C0GA 1MWMA 5F2RA 3CJ9A 4RWTA 1BUPA 2P9NB 1BG3A 3CHWA 3H3NO 4BRFA 5JMVA 1YVNA 3H1QA 4H0VB 5AQNA 3ZEUA 4MLHA 1LCUA 4CZMA 4B1ZA 4YDUC 4XH1A 2ZGYA 2E1ZA 4FL9A 4GY2B 1BWFO 4A2AA 2VCPA 4BRDA 4FWNA 2I7PA 3O4WA 2Q36A 1Z6RA 2P9LB 3LDQA 3DWLA 3WXLA 5AQUA 3EKSA 4JNEA 3GDQA 1K8KA 3O80A 3VEYA 4H0TB 2P9PB 3A5OC 3BP8A 5BREA 1EQYA 4B1YB 4NO7A 3VEVA 5AQGA 3EKUA 3A5NC 4ISEA 4DQ8A 3ZETA 1HKBA 1NGBA 2IVOA 4FOIA 3OHRA 4FWRA 2D0OA 5FPDA 4H5NA 2HF4A 5BN9A 2YCHA 3DJCA 4H0XB 5KQDA 1NGHA 5AZIA 2ASMA 1C0FA 2P9SA 4XEIA 5EVZA 4PL8A 2A3ZA 1TYQA 5AQHA 2IVPA 4B1WB 2F9TA 3FFKB 4E1JA 1JCGA 2GWJA 2ITMA 4QS8A 2BTFA 3ENOA 1NGGA 4H03B 5BPNA 1U6ZA 1V4SA 1MWKA 3LDOA 3FZMA 3BEXA 1DEJA 3CI5A 3UKRB 4EAHD 2P9IA 2QWQA 5KQ8A 4CD1A 2W41A 3DXMA 4PKHA 3EL2A 2FSJA 4NB4A 3VESA 1ZC6A 2A6AA 3CJBA 5AQFA 5AZJA 4FSVA 4BRHA 2E2OA 4H5RA 4IO8A 4LC9B 2D0PA 5KPZA 4H5WA 3QB0A 4A61A 4BQZA 4IJNA 3TU5A 4J8FA 1HJOA 3UKUB 2CGKA 4HTLA 3QICA 1QHAA 4GNIA 4XH4A 2P9UB 1HLUA 3D7EO 1SAZA 2DPNA 3F9MA 4CZEA 3LM2A 4BGBA 4IJAA 4WYBA 3O8MA 4FWSA 4FWKA 4H0OA 5AQWA 3LDNA 4CZHA 2CH6A 3CJAA 4BR2A 3MCPA 2FSNA 4CZKA 1HX1A 2ASPA 1QZ5A 1XUPO 2D1KA 3ZEUB 3WQUA 4WQ5A 4BR4A 3VEZA 2E1YA 1S3XA 3VGMA 1GLLO 3MK6A 4CZJA 3VERA 4BREA 3I33A 4MLEA 1YUWA 3ZX2A 4B1XB 1WOQA 1D4XA 4FPAA 2IVNA 5FPMA 1K8KB 2A42A 3HM8A 2UYTA 3CQXA 1HPMA 2P9KA 1T6CA 2NZTA 5JICA 3UB5A 1Q18A 2YJEA 3AAPA 4Z94A 4PL7A 5ELZA 4IZ9A 3ZETB 3JXUA 2E20A 1S22A 2E2NA 4K25A 1QQNA 3A0IX 3WXIA 1BA1A 3D2EA 1ESVA 4BROA 2OANA 5AQRA 5AZIB 2P9SB 3FLCO 2WUSA 4FWOA 1TYQB 3KZBA 4CZFA 3WXKA 3CJ7A 3VGLA 4QS7A 4PKGA 4M7XA 4WQ4A 1XC3A 2F9WA 2QWMA 1BO5O
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1VQ5N 1KXPA 3QIOA 3QNNA 1X9MA 2UXCK 2HVHA 1NU0A 5EY4A 4DCHA 3FZFA 5KPTA 3L3UA 3DXMB 5C2DA 3CFRA 5AQPA 4B1VA 3PUFA 3O9TA 3VPZA 4YOUA 4N47A 4LSNA 1OVYA 3VTHA 3ID8A 4B8CA 2HHHK 2OTLN 4IOCL 5FRMA 4DV0K 3ZSVA 4YNQA 3HOTA 1WBBA 4JAXA 1Q86O 1YJ9N 4CHZA 2G8HA 3CCVN 3QMLA 3S3OA 5FPNA 4HUEA 3TAMA 3O9QA 4U67L 4BEBA 3R9PA 3LDPA 4H8KA 4DV3K 3ISNC 4AHUA 1VSHA 4YOYA 4JD2A 1JXBA 2Y1IA 3SPZA 4OPKA 3LP2A 2FF6A 1CXQA 4AF1A 4AM6A 1SKRA 5C15A 2LSNA 3AVCA 2QM1A 3VQEA 5LY3A 4WQ5C 5HRNA 3ENHA 1ZBUA 1SL2A 1GLBG 2OPSA 2ZGZA 1OH6A 4C8OA 5BRFA 3WXJA 2QKBA 1YTUA 3AO1A 1RDUA 3Q7BA 4FJ5A 2HW3A 4CIFA 1RDWX 4MDBA 3HM9A 4NXMK 2W6LA 1HKGA 3OA9A 3CPWM 4OLBA 3SQ4A 4CJEA 3BZKA 1JL1A 4O0IA 2Q97A 3D2EB 3CFOA 3CC7N 4JRQA 1E4GT 3AVIA 1RGIA 4JKBA 3DLHA 4JRPA 1NGFA 4FZXC 1S6QA 3LP0A 3ZT3A 3SNNA 2HBJA 1TK8A 3MWTA 4F8RA 1JCFA 2AA4A 3ZSZA 3K5MA 3TAQA 2PFUA 2J4RA 1RTIA 5LL6Z 1T6DA 3V1OA 1RT7A 3H6EA 4CJ7A 2QWOA 1HNVA 4FXDA 5AJ3K 2FBVA 4N76A 1W97L 1X9JA 5JLFA 1HNXK 3THXA 1FJGK 3WEEA 5EX5A 5HLFA 4Y0WA 1HQEA 4C8LA 4O5BA 4DLGA 2ZWHA 1D9FA 3RSEA 3SK3A 2O8CB 3HP9A 3SBTA 2KQ2A 2QA4N 1SZ2A 4NCAA 3MN9A 4I6MA 2VWKA 5J1EA 2G8WA 4H0PA 3SMSA 2Q1NA 2FBTA 3V9ZA 1YTAA 5LJVA 1S1VA 1Z05A 2X78A 3D6RA 2Y1JA 2Q0UA 3KLHA 4HCBA 1U2VA 3B8AX 5E41A 1Y64A 4CHYA 3VEOA 1GOAA 3BF1A 2UU9K 4CBWA 2P9NA 3B6OA 2B5JA 2E6LA 4CFDA 3DM2A 4M41A 1WSHA 1BIUA 3KLGA 3TABA 3ZCMA 3VF4A 3K2PA 3CXCM 1MDUB 1NK9A 1SUQA 1QZ6A 1NJZA 4N41A 1GLAG 3DRRA 2E2PA 3CCJN 4O44A 3AARA 4BG8A 2V7ZA 1OVQA 3LWMA 4O8KA 4JK8A 3ZX0A 4KPYA 2UUCK 3OYAA 4FLZA 5K14A 4BVOA 3HI0A 1LAVA 4CGGA 2F8SA 4FVUA 2NRTA 3O4QA 1E4FT 1TVRA 4NLCA 2BH1A 5HOOA 4A2BA 3QETA 4JHDB 5AFUA 4CEAA 5GAGP 3QLHA 3CCMN 1ZYQA 1BI4B 3ZYYX 3SCXA 2EWSA 5B8HA 5GADP 2Z1HA 1GLFO 1OKJA 1NBWA 1OH7A 2IS3A 1QTMA 2XY8A 3O9SA 4H0YB 4BRGA 4HHTA 1T3VA 3SQ2A 3E01A 4NLBA 2PBDA 4NYNA 5AQYA 4CJKA 2KHOA 3O6WA 1A5WA 4Q0BA 4BDYA 4ID1A 3F2KA 4JLHA 1U48A 3AO4A 3MX5A 3PSFA 5KPRA 4EHUA 3JYTA 2GWKA 1L3VA 1ASUA 2WC9A 3SJJA 3UKUA 2QXFA 4WCEL 4B08A 4FZZA 3SMPA 4PA1A 4LF9K 5H1SQ 4JI2K 1XMOK 3OS2A 2GV9A 4JKFA 4CEBA 4EHTA 3CG7A 5LJWA 3LDLA 1C0GA 1RT4A 1WSJA 3RR7A 1RCHA 3CJ9A 4W5TA 1BUPA 2O8DA 4WE1A 4C1NK 3CHWA 4RW7A 3H3NO 4FJHA 5JMVA 4H0VB 2DFFA 3AA4A 2YHBA 4XH1A 2ZGYA 4FM0A 4CK2A 3L3VA 4GY2B 5FRNA 1BWFO 4A2AA 3PIOL 1ZBLA 3LP1A 3ZT4A 3O4WA 3N4QA 1RNHA 4GV6A 3GDQA 3I56N 4IOAL 4QAGA 3TAEA 1Q9XA 1X1PA 4E7KA 3RMCA 3NBPA 3V1QA 2RF2A 4BWJA 4B1YB 3ZLJA 1YJNN 1VK0A 2X6NA 1RTJA 4DQ8A 3KK2A 1UWBA 4DV4K 1B92A 4CJWA 2O8FB 5HRSA 4FOIA 2DFHA 4AHSA 3OHRA 4CERA 2D0OA 1NOYA 3ZSXA 4EZ9A 2HF4A 5BN9A 2YCHA 1C0FA 5EVZA 2EHGA 2YV0X 3OJUA 2A3ZA 4I2PA 1TYQA 3FFIA 2IVPA 2F9TA 1C1AA 1LWCA 5D3GA 4IDKA 2ITMA 2ATQA 4QS8A 1IBLK 4QOZB 1X9SA 2HBLA 3ENOA 3LPUA 4CGFA 3S3MA 1U6ZA 3L2RA 3FZMA 3BEXA 2HVIA 1B9DA 4J2AA 4DR1K 4PKHA 3OBWA 3ZT1A 4DTXA 3EE8A 2HHVA 4CF0A 1BQNA 3R1XA 1TL3A 3G10A 3DOLA 4H5WA 1VQ4N 4KH5A 1QVFM 2O8BA 4HVJA 1HJOA 3V9SA 2WFBA 4GNIA 4XH4A 1HLUA 2DPNA 3DLLL 3DLBA 4CGIA 3SV4A 1VAZA 3O8MA 4FWSA 3OY9A 4CFCA 4YOVA 2CH6A 3HPGA 2FSNA 4CZKA 3SYZA 2A1RA 4DU1A 3UIQA 4BR4A 4X66K 2E1YA 3RMBA 4H4OA 1S3XA 3AGRA 4CZJA 4KHPK 4JI8K 3T1YK 4AHVA 1HYVA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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