4RTFD

Crystal structure of molecular chaperone dnak from mycobacterium tuberculosis h37rv
Total Genus 99
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
99
sequence length
355
structure length
349
Chain Sequence
RAVGIDLGTTNSVVSVLEGGDPVVVANSEGSRTTPSIVAFARNGEVLVGQPAKNQAVTNVDRTVRSVKRHMGSDWSIEIDGKKYTAPEISARILMKLKRDAEAYLGEDITDAVITTPAYFNDAQRQATKDAGQIAGLNVLRIVNEPTAAALAYGLDKKEQRILVFDLGGGTFDVSLLEIGGVVEVRATSGDNHLGGDDWDQRVVDWLVDKFKGTSGIDLTKDKMAMQRLREAAEKAKIELSSSQSTSINLPYITVDNPLFLDEQLTRAEFQRITQDLLDRTRKPFQSVIADTGISVSEIDHVVLVGGSTRMPAVTDLVKELTGGKEPNKGVNPDEVVAVGAALQAGVLK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Chaperone
source organism Mycobacterium tuberculosis h37rv
publication title Crystal structure of molecular chaperone DnaK from Mycobacterium tuberculosis H37Rv
rcsb
molecule keywords Chaperone protein DnaK
total genus 99
structure length 349
sequence length 355
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-11-14
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4rtfD01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4rtfD02
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 4rtfD03
1C0GA 1MWKA 3U9ZA 3VOVA 5AZJB 3LDOA 3VETA 2FF6A 1DEJA 4DCHA 3A5NC 2D0OA 4BG8A 1YVNA 5AQLA 5BN8A 3LDNA 5AQJA 3ULEB 4EHTA 1HKGA 4FOEA 5AFUH 3O8MA 4BG9A 5BR9A 4BRIA 3WEEB 4QS7A 2P9IA 3A8YA 1E4GT 3MN9A 1ZXOA 1NGCA 4A2BA 3O6WA 4FWRA 3MDQA 3VF6A 5EXWA 4H0OA 2YHYA 1R59O 2E2NA 3AAPA 2CGKA 3VPZA 5AQHA 3H45C 4JN4A 2QWOA 4BR4A 1RGIA 3FR0A 4I6MA 2P9IB 2A3ZA 3H6EA 2P9NB 4FPBA 3L4IA 4WQ5C 4CZLA 4WQ4C 2P9SB 4RTFD 1GLFO 5KQ8A 4ISFA 1HKBA 2YHXA 4MLEA 3CJ1A 3GDQA 4FPAA 4CZKA 3VESA 4EHUA 3A5OC 3UB5A 3BF3A 3CJBA 1TYQA 1ESVA 2A40A 3KZBA 3D7EO 3DXKA 3EO3A 3BP8A 5BRDA 2DPNA 1CZAN 2P9UA 3WXIA 3LL3A 3JS6A 3D2EA 2P9LB 3FZLA 2FF3B 2HOEA 4J8FA 4B1XB 5AQTA 5F0XA 2CH5A 3LDPA 1TYQB 1TUYA 3QDKA 4QS9A 3WXJA 3H3NO 2QM1A 3FZKA 3R6MA 2VYPA 5ADXA 4H5RA 4B1YB 4JAXA 1BU6O 5AQXA 1Z05A 5BREA 4QS8A 1ZC6A 2AA4A 2GWJA 3VGKA 1SQKA 4BC5A 2EWSA 5KQDA 4HWIA 5AQKA 4BGAA 1YUWA 4FSVA 1HJOA 5BRHA 3IUCA 2W41A 5TKYA 3W3DA 1NGBA 1BO5O 3KVGA 4ISGA 5AQQA 4BRQA 4BRAA 3DWLA 1HX1A 3MN5A 4H5WA 4A2AA 4CZFA 1NGIA 3U4LA 3ZETB 1Y64A 2GEMA 2GUPA 4IO8A 3M1FA 1NBWA 3GOIA 3O4WA 1HUXA 1QQMA 2E2OA 1QQOA 2AP1A 4Z94A 5AQOA 4FWPA 4JD2A 3FZFA 2YJFA 4M63C 4EAHD 4B1UB 4MO5A 3L0QA 3R9PA 4H0PA 1BG3A 1T44A 5AZIA 1ATNA 2FSJA 2ASMA 4E1JA 1JCGA 2BUPA 2WUSA 1TUUA 3TU5A 2FLOA 3CJ7A 4CZIA 1X9JA 1U2VA 3HSCA 3O1WA 2GWKA 1DKGD 1WOQA 3QB0A 3LDLA 1BA1A 4L3QA 3GL1A 1QZ5A 5AZIB 3SJHA 1T6CA 3WUHA 1KAYA 2W40A 3A5MC 3UKRB 4PKHA 3A0IX 1BDGA 1QHAA 3QFUA 4BVOA 4H5TA 3VF2A 2P9PB 4H0YB 4BROA 1YXQA 1ATRA 4GNIA 1NM1A 5AQSA 1MWMA 1C0FA 2J4RA 3EKUA 2A6AA 1G99A 1NGGA 3FLCO 5AR0A 4K43A 3EZWA 2HF3A 4BC3A 4BRCA 2Q1NA 3CQXA 3JXUA 2Q0UA 3HI0A 4CZMA 5BN9A 2QWPA 1GLAG 4Y0WA 2A42A 3HBTA 1QZ6A 4H03B 2D1KA 3DXMA 5B8HA 2OANA 5I9EB 2V7YA 3VEWA 3U8XA 4YDUA 3H3OB 4IJNA 2A5XA 2VCPA 1H1VA 3IMXA 4FWOA 4BRMA 4BQZA 5KPRA 3DAWA 3WXKA 4PL8A 2IVNA 4I6MB 4K25A 3IDHA 2P9KA 3B8AX 3WXLA 3W0LA 1NGEA 2E1YA 3M6GA 4BRDA 3CJ9A 5BRFA 2QWLA 3GG4A 1NGDA 4H0XB 4H5VA 4FO0A 2PAVA 3HTVA 5FPDA 4CZJA 2CGJA 1S3XA 4K41A 3WQTA 3DXKB 1RDWX 1HKCA 5JMVA 4CD1A 2P9UB 4IJAA 3I8BA 1LCUA 1NLVA 3D2EB 2I7NA 2IVOA 5AQNA 3ZX2A 2E2QA 3VEXA 1RFQA 1MA9B 3J8AA 5BPLA 2ITMA 5ELZA 1HLUA 3H46O 1GLBG 4EFHA 1IG8A 3O5BA 4FWNA 2NRHA 2I7PA 2FSKA 3SLCA 3P4IA 4FWKA 1GLJO 2QWMA 2IIRA 1JCFA 3CERA 4M7XA 3HZ6A 4BR0A 2QW9A 3RSEA 1KAXA 3ENHA 3EKSA 1U6ZA 3DJCA 3VGMA 1QQNA 4CI6A 4BRLA 2NLXA 2HF4A 2F9WA 2E1ZA 3BUZB 3WT0A 5JLHA 3ZX3A 1GLLO 4XH4A 3CETA 5AFUA 4H0TB 3MCPA 4MO4A 2BTFA 4O5FA 3M3ZA 1BA0A 2YCHA 3FE1A 4B1WB 3O08A 3SMPA 2CGLA 2A41A 4BR7A 3VEOA 4BREA 5FPEA 4MLHA 5FPNA 1WUAA 5ADXH 4JHDA 4B1ZA 4A61A 4ISEA 3U9DA 4JD2B 3LM9A 4CZEA 3ZEUA 1OKJA 2ZWHA 1Q18A 2V51B 5E26A 5BPMA 3C0BA 3A5LC 1YAGA 2FSNA 3R8EA 3ATVA 4CBUA 5AQIA 4PKGA 1GLDG 2Q97A 1U2VB 4EIAA 5AQZA 1K8KA 3MK6A 4FL9A 4WQ5A 2GTDA 1GLCG 5AQMA 3ULEA 2V7ZA 2ZGZA 3WEEA 1NGFA 3O1BA 5AQYA 5EVZA 3ZX0A 4RCHA 2IVPA 1E4FT 5EOYA 2KHOA 4NB4A 4B1VA 2GELA 1V4TA 3VEZA 1BOTO 1D4XA 4CZGA 4NO7A 2ZGYA 4HTLA 5JICA 1XUPO 1GLEG 3S41A 3CJAA 1KXPA 1BWFO 4FOIA 2P9NA 2NZTA 4IXCA 5AQRA 1JCEA 5AQGA 4O8KA 2P9SA 3CIPA 2V52B 2QWRA 4KBOA 2QXLA 2YI1A 4XH5A 3GBTA 5LY3A 4LC9B 1NMDA 2UYTA 3VERA 2F9TA 2Q36A 3DXMB 4BRKA 1IJJA 1XC3A 3OHRA 4XEIA 2ASOA 5EX5A 3CQYA 3FZMA 3VENA 4BVPA 4JNEA 3MN6A 2P9LA 1NWKA 2P9KB 2ZF5O 5AQFA 2Q31A 3SMSA 3EN9A 4K42A 3UKUA 4BC4A 2E2PA 3AY9A 4GY2B 2D4WA 2VWBA 3EL2A 4FWLA 3CI5A 3UE5A 5F2RA 1BUPA 4AM7A 3AAQA 1HPMA 5JLFA 1LOTB 2E20A 2FXUA 2H3GX 3VEYA 4YDUC 3QBXA 3VEVA 3WQUA 4DB3A 3UKUB 4F9OA 3SK3A 2HMPA 1Z6RA 5AQUA 4CBXA 2Q2RA 4PKIA 3VF4A 4CZHA 3FZHA 3QFPA 5AQVA 1P8ZA 1ZBSA 3LM2A 3TPQA 2ASPA 5EY4A 3CHWA 1S22A 3QICA 3FFKB 4FWSA 4A62A 4BR9A 4BRPA 1DGKN 3D2FA 3F9MA 1NGHA 1SZ2A 3IFRA 4CD3A 3ATUA 3AARA 4FWMA 5KPTA 1NGAA 3QMLA 4BRFA 2E88A 4H0VB 4C23A 3ZETA 4BGBA 3D2FB 3G25A 5CE3A 3L6QA 1ATSA 3RSEB 3FGUA 3KHYA 3MN7A 3CJCA 4B9QA 5F1XA 1X3NA 4CJ7A 4BR5A 4PL7A 1NGJA 2E8AA 3H1QA 5FPMA 5LJWA 1MDUB 3H1VX 4H5NA 3MMVA 4CBWA 3GE1A 4BRHA 1XQSC 1SAZA 5LJVA 1KAZA 2Q0RA 3VGLA 2YJEA 2QWQA 1EQYA 3BEXA 4IZ9A 4DQ8A 1J6ZA 2YHWA 1T6DA 4FWQA 1V4SA 3C7NA 4JHDB 2D0PA 3ENOA 4M7YA 4BQLA 2QWNA 5BPNA 4BC2A 4BRNA 3BF1A 4BRGA 3I33A 5AZJA 3UKRA 3ZEUB 4AM6A 4BR2A 4DHYA 1X3MA 4WQ4A 4XH1A 2P9PA 4WYBA 2PBDA 5E84A 3LDQA 3C7NB 3O80A 5KPZA 5AQWA 2CH6A 3ID8A 4IWVA 5AQPA 4RWTA 3QBWA 3HM8A 1K8KB
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3C65A 4ELTA 1C0GA 1VHXA 1EWQA 3ISNC 2KZMA 3VOVA 4OPHA 1BQMA 2FF6A 4W5OA 1YVNA 3K9JA 1QHTA 3LDNA 5AQLA 5BN8A 3HP9A 3V1RA 4ICLA 4CJEA 4BRIA 5BR9A 1SV5A 2P9IA 1TGOA 4C8KA 2NRWA 1E4GT 4Y1CA 1NGCA 4RW9A 4CEAA 3MWPA 3AO4A 4B3OA 4FZYA 3VF6A 4WFBL 1R59O 4M42A 1ASVA 4FJ5A 3VPZA 4BR4A 1D9FA 2FBYA 5HRPA 4AILC 3PO4A 2P9SB 5KQ8A 3V9UA 2XY8A 1RBRA 2IAJA 2YHXA 2ZQBA 3O4NA 2JGUA 3ZSQA 3T19A 4FPAA 5JENA 3DRPA 1ZBIA 1ASUA 4EP4A 3KZBA 4C8OA 3R1XA 4I7FA 2ZE2A 5BRDA 3CC2N 4CJQA 3LL3A 3JS6A 1VSFA 2FF3B 2HOEA 3BZKA 4B1XB 3ZT0A 2EHGA 3THXA 2VGNA 1KVBA 1L3TA 4O5BA 4IOAL 3R6MA 5HBMA 2VYPA 3ZSYA 4HHTA 4JAXA 4CJFA 1UAXA 4FJMA 1JLAA 2FC0A 1Z05A 3HVTA 5BREA 2HBMA 2AA4A 5HRSA 4DF8A 4FLZA 1W2BM 4CK3A 3KJVA 1YF5L 4HWIA 2HHHK 2GV9A 4FSVA 4JKHA 5TKYA 1RILA 3PLAA 3ENBA 3CMAN 2OPQA 1J9AA 1KD1O 4BRAA 2W00A 5M1FA 2HW3A 4YOWA 1TAUA 5IT9O 3VQCA 1L5UA 4B9NA 2OTJN 3ZETB 2GUPA 3LP1A 2YKNA 4IO8A 4KTZA 1NBWA 3O4WA 1QQOA 4CJ5A 2G8HA 3KK7A 4JI0K 2JWKA 4FK0A 1U48A 4B1UB 3SAFA 4H0PA 3OW2M 2ASMA 3HSTB 4CIGA 4X66K 2BUPA 3VQ5A 2B4JA 4JI6K 2FLOA 3TAPA 3PSFA 4JS4A 3EE8A 3OJUA 1X9JA 1U2VA 1NJIO 1EP4A 4CJPA 1DKGD 1Q86O 1RBUA 4JI2K 1VQNN 1QZ5A 1IBMK 4CEOA 1T6CA 3NE6A 1NK6A 1HYSA 3K5OA 1KAYA 2W40A 3A5MC 3L2WA 1QVFM 3A0IX 4PHTX 1YXQA 1ATRA 3HL8A 2W6KA 5AQSA 1MWMA 1RT5A 3EKUA 3OBYA 4CJ3A 3CQ8A 1RT1A 2A6AA 3QIPA 3ZSRA 2Z1IA 1BISA 2OCEA 4CF9A 3CFPA 3ULDA 3ZSZA 1Y97A 4N47A 2ZJQL 5BN9A 1GLAG 1GOCA 2A42A 4B3TK 3L3UA 1QZ6A 2JWLA 3CM5A 5B8HA 2OANA 4XJXA 3O4QA 4X62K 4ILJA 1KFDA 4YDUA 3H3OB 4IJNA 2VCPA 1H1VA 4FWOA 2B5JA 5KPRA 1YTAA 1DTTA 2DFEA 1BCOA 3WXKA 3VQAA 2WFBA 2X6NA 3VQ6A 3SUPA 1TL1A 4DFJA 5SWMA 2E1YA 4BRDA 1W0HA 4MDAA 3DRRA 2QKBA 3E9OA 3QEWA 4V19S 4BE1A 5GAGP 1XWLA 3NF7A 3WQTA 2XY7A 1RDWX 1YVUA 2EX3A 1HNVA 3LP3A 3VA3A 1I39A 3VEXA 3I55N 3MXIA 4CJKA 5BPLA 4LSLA 2ITMA 1KLNA 4DSLA 1HLUA 4W5TA 1GLBG 3J7AP 2O8EA 1IG8A 3MCAB 1L3SA 3L2UA 4B9SA 1FKPA 3AVAA 3VA0A 4JKGA 1U49A 4CGFA 3HZ6A 4R5PA 4AHUA 1NK5A 2NRZA 4FK2A 1C1AA 1KTQA 5FRNA 1UA0A 4CF1A 5FRMA 1Z26A 1HNWK 4YFUA 3VMFB 3VGMA 1QQNA 2O4IA 4BRLA 4NLCA 3S5TA 4B3RK 3CETA 5C12A 5C0YA 4O5FA 3EE9A 3M3ZA 3FE1A 4YORA 4GV6A 4RG8A 2CGLA 2OPSA 1C0UA 4E3SA 5FPNA 3DLHA 3U6FA 3TTCA 2WC9A 5GAEP 3AO1A 4ISEA 2FBVA 4JD2B 2X74A 3AVNA 3P5JA 3UIQA 1BL3A 1SKWA 1EO1A 1E3MA 3OYBA 2V51B 5BPMA 3HPHA 2FSNA 2PY5A 4CJVA 5J2PA 4DR7K 4OPKA 1GLDG 4EIAA 4LH5A 3F73A 3O9RA 2GTDA 3ZSOA 2UXCK 3SUQA 4DTXA 3VQ9A 1NGFA 2E6MA 3O1BA 5AQYA 3ZX0A 1NU0A 3KD1E 4DR3K 4NB4A 3VQPA 1TKDA 2A1RA 3VEZA 1BOTO 4JKFA 1J5OA 1XUPO 1KXPA 1FK9A 5J2MA 3HJFA 3DLEA 3LAKA 3KLEA 2P9SA 2HNZA 4LF4K 4E89A 2QXLA 4DTOA 4FCYA 4DU3A 4LC9B 1TKZA 1VQKN 1NKCA 4HVJA 4HUGA 4CW7B 2OTLN 1S5JA 4AHSA 1SUQA 2FBXA 4C8MA 3TABA 3CCVN 3CC7N 1D5AA 3IS9A 3MN6A 2IGIA 1NWKA 2P9KB 2Q31A 4TSXA 3UKUA 3AY9A 4GY2B 4OPAA 1CLQA 2YNIA 3DLGA 2NRVA 3UE5A 4M45A 3TWHA 4AM7A 1XNQK 5JLFA 1LOTB 3J80O 4IG3A 3QBXA 1JL2A 3VEVA 1WSJA 3S3MA 5C15A 2BH1A 4F9OA 1VRTA 1Z6RA 4CBXA 4NCBA 3I0RA 3CF5L 1UA1A 4IDHA 4R79A 1ZBSA 4AF1A 3ZT2A 3AA5X 1C1CA 2QKKA 1IKXA 1S9GA 3FFKB 4E72A 4A62A 4DSJA 5DM6L 1ITGA 3SV4A 4ILGB 1SL2A 4LF6K 3NGIA 4CD3A 4CF8A 5HLFA 4CK2A 4FWMA 4O8UA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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