4RTFD

Crystal structure of molecular chaperone dnak from mycobacterium tuberculosis h37rv
Total Genus 99
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
99
sequence length
355
structure length
349
Chain Sequence
b'RAVGIDLGTTNSVVSVLEGGDPVVVANSEGSRTTPSIVAFARNGEVLVGQPAKNQAVTNVDRTVRSVKRHMGSDWSIEIDGKKYTAPEISARILMKLKRDAEAYLGEDITDAVITTPAYFNDAQRQATKDAGQIAGLNVLRIVNEPTAAALAYGLDKKEQRILVFDLGGGTFDVSLLEIGGVVEVRATSGDNHLGGDDWDQRVVDWLVDKFKGTSGIDLTKDKMAMQRLREAAEKAKIELSSSQSTSINLPYITVDNPLFLDEQLTRAEFQRITQDLLDRTRKPFQSVIADTGISVSEIDHVVLVGGSTRMPAVTDLVKELTGGKEPNKGVNPDEVVAVGAALQAGVLK'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule keywords Chaperone protein DnaK
publication title Crystal structure of molecular chaperone DnaK from Mycobacterium tuberculosis H37Rv
rcsb
source organism Mycobacterium tuberculosis h37rv
molecule tags Chaperone
total genus 99
structure length 349
sequence length 355
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-11-14
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4rtfD01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4rtfD02
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 4rtfD03
5AZIB 3UKUA 4BR9A 3UB5A 1BOTO 1RGIA 2BTFA 1NMDA 3VGKA 3QFPA 4H5TA 4BRQA 4LC9B 1HX1A 3VF6A 1S3XA 3LM9A 1JCEA 4BR4A 4C23A 2QW9A 1NGDA 1OKJA 2UYTA 3CJ7A 1ATSA 3J8AA 4QS8A 3D7EO 5AQGA 1DEJA 2FXUA 3WUHA 3D2FA 5AZJA 5LY3A 5FPNA 3BP8A 1R59O 2E2QA 3VEVA 2A42A 2V7YA 3VOVA 5F2RA 3MN5A 2Q2RA 3DWLA 3FGUA 3FZKA 4JD2B 2QWMA 2P9IA 5AQFA 4DQ8A 1NLVA 3VGLA 3WEEA 1NGBA 4H03B 3U8XA 3CQYA 1GLJO 4BC3A 4JN4A 3QMLA 5AQIA 3A5MC 1QHAA 4BROA 3I8BA 1GLLO 3VPZA 1GLAG 3O8MA 2DPNA 4BGAA 5AQHA 5TKYA 3CETA 2E8AA 5AQVA 4BQZA 1TYQA 4CI6A 4H0TB 4PL8A 2VWBA 1MWKA 2A6AA 1NGCA 5F1XA 1ZBSA 1S22A 3EKUA 3EKSA 4IXCA 4EAHD 4EIAA 2E2OA 2KHOA 1KXPA 3HTVA 1E4FT 3ZETA 1HPMA 1QQMA 1ATRA 4FWLA 1GLFO 2A41A 3R8EA 2E2PA 2IVPA 2VCPA 5LJWA 4CZHA 2Q0RA 3SLCA 4GY2B 4JNEA 1DGKN 3CJ1A 4Y0WA 5AQMA 4BR7A 1C0GA 3VESA 1SAZA 4BC2A 3DXMB 1YUWA 3FZFA 1YAGA 5KQDA 2W40A 1HKGA 3MDQA 2CGLA 5FPMA 3SMSA 3EZWA 3IUCA 4B1ZA 4O5FA 3CJCA 4RWTA 4CBUA 3FZMA 4CBXA 5BR9A 3D2EA 2PAVA 4B1YB 3CI5A 4A61A 2QWRA 2Q97A 4BRNA 4FOEA 5BN9A 3RSEB 3ATVA 2HF3A 1X9JA 1KAZA 5AQJA 2Q31A 3BUZB 5AQSA 3ZEUA 4ISFA 2D0PA 2QWPA 3LDLA 5CE3A 3A5OC 3QBWA 3R9PA 3P4IA 3SMPA 4MO4A 3QDKA 4BG9A 3CQXA 4A2AA 3WXKA 2Q0UA 1SZ2A 5F0XA 5AQQA 1HKBA 1K8KA 3DAWA 4DCHA 1BWFO 2Q36A 1BU6O 2E1YA 1JCGA 4BRDA 2GWJA 5AQRA 4FL9A 1QQOA 2ITMA 5BPNA 3A0IX 3GG4A 4GNIA 4IJAA 3HZ6A 3BF1A 4BC5A 2P9SB 4BRKA 3U9ZA 3LDPA 2P9KB 3HBTA 3TPQA 3VF4A 4FPBA 2WUSA 5JICA 4FO0A 2IVOA 4BR5A 1WOQA 2FSKA 1BG3A 4WQ4A 3MMVA 3FZHA 4CZEA 1ATNA 2F9WA 2YCHA 2D0OA 4FWNA 2A40A 4H0XB 4BRAA 3ULEA 1QQNA 1TUUA 1BUPA 2FSNA 4NO7A 3DXKB 1C0FA 4H5WA 4NB4A 3VEWA 5BPMA 4FWSA 3HM8A 4I6MA 2V7ZA 3MN7A 5KPRA 1HLUA 3SK3A 4BRMA 4H0PA 4O8KA 3HSCA 4CZIA 5JLHA 3F9MA 3H45C 3VEXA 2P9UA 1ZXOA 3OHRA 3WXIA 3VEYA 1TUYA 3GDQA 1MWMA 5AQLA 3WQTA 4L3QA 2P9LA 2ZF5O 4FPAA 1KAXA 5E26A 3L6QA 4BVPA 5AQUA 5KQ8A 3KHYA 3M1FA 4EFHA 1G99A 4BRLA 3O5BA 3O6WA 5AZIA 1GLCG 1H1VA 2D4WA 4BG8A 2EWSA 3LDOA 3W0LA 3I33A 3GE1A 2QXLA 3LDQA 5JMVA 4H0VB 4IO8A 1U2VB 2GELA 3WXLA 2HF4A 4PKHA 2D1KA 3C0BA 4CZLA 2E2NA 2E20A 3R6MA 1XQSC 1NGGA 2P9KA 4B9QA 3AY9A 4IJNA 1V4TA 4BR2A 4CZFA 5AQTA 3ZX3A 1SQKA 3UKUB 1KAYA 3MN9A 4BRFA 4KBOA 4H0YB 2FF6A 4A2BA 5I9EB 4H0OA 4JD2A 3DXKA 3FLCO 4BRHA 1Q18A 4YDUA 3KVGA 1Z6RA 5LJVA 2Q1NA 1NGHA 4HWIA 1LOTB 3D2FB 3WXJA 4DHYA 3C7NB 3BEXA 1GLBG 3GBTA 2A5XA 2I7PA 5B8HA 5EX5A 2P9NB 3EL2A 2VYPA 1BA1A 4CZGA 4QS9A 4M63C 2GTDA 1GLEG 3WEEB 4J8FA 4MLEA 3FZLA 3LM2A 5KPZA 1XUPO 4ISEA 4K41A 2FSJA 4WQ5A 3A8YA 5BRHA 3WT0A 4CD3A 4B1XB 3L0QA 4IWVA 4BRCA 2YJFA 1IG8A 5ADXA 4EHTA 1TYQB 3ATUA 4PKGA 3VERA 4CZKA 1HUXA 2PBDA 2W41A 3U9DA 1BA0A 4AM7A 4BREA 4BQLA 5AFUA 2YHXA 4XEIA 3QBXA 3VF2A 3O1WA 1NGFA 1T6CA 4AM6A 3DXMA 2I7NA 4BC4A 3O08A 4CZMA 2A3ZA 4CD1A 1QZ6A 1Z05A 3GL1A 4WQ4C 2AP1A 3O80A 5E84A 4H5RA 1J6ZA 3ZETB 4F9OA 3L4IA 2CGJA 3FFKB 1P8ZA 4A62A 4XH1A 4BRGA 4ISGA 2YHWA 3O4WA 5EY4A 4CJ7A 3MN6A 2NLXA 1HJOA 3ZX0A 5EXWA 1ESVA 1RDWX 1EQYA 3RSEA 3QICA 1T44A 5AQPA 4FWQA 1HKCA 2CH6A 5AQZA 1E4GT 3FE1A 4K25A 3B8AX 3A5LC 4JHDB 3ENHA 4FWMA 1WUAA 3U4LA 3CHWA 3C7NA 1NBWA 1V4SA 3IDHA 2ASOA 2YI1A 4FWPA 4DB3A 4RTFD 2P9NA 4K43A 5KPTA 3D2EB 1XC3A 1ZC6A 2ZGYA 4BRIA 2FF3B 1NWKA 2J4RA 2OANA 3ZEUB 4CZJA 2CH5A 2P9PB 2QWNA 2IIRA 3CJAA 3EO3A 1GLDG 2ASMA 3AARA 4H5NA 1IJJA 4M7YA 1RFQA 3MCPA 5AR0A 3UKRB 3UE5A 5ELZA 2AA4A 3AAPA 3H46O 3JXUA 3KZBA 4IZ9A 4H5VA 3VEZA 3QFUA 3W3DA 1NGEA 3LDNA 3FR0A 3H1QA 1U6ZA 3VENA 4PKIA 2CGKA 2YHYA 1YVNA 2P9SA 1JCFA 4XH4A 1YXQA 2YJEA 3ID8A 1T6DA 2QWQA 4QS7A 2NZTA 3A5NC 3AAQA 1X3NA 2V52B 4EHUA 2HOEA 1K8KB 2GWKA 3H3OB 3MK6A 4FOIA 1MA9B 5AQKA 4FWOA 4BVOA 3H6EA 5FPDA 4FSVA 1X3MA 2ZGZA 4CBWA 2V51B 3HI0A 4BGBA 4B1VA 2QM1A 3QB0A 4B1UB 5BRDA 5EVZA 3H3NO 4HTLA 5AQNA 1DKGD 2QWLA 1D4XA 5BPLA 4YDUC 4B1WB 5ADXH 4FWKA 5BN8A 3SJHA 2E88A 2ZWHA 3CERA 2H3GX 2F9TA 3M3ZA 4JHDA 4RCHA 4E1JA 4FWRA 5AFUH 5FPEA 5AZJB 5AQWA 1BDGA 3GOIA 4BRPA 5JLFA 3IMXA 4BR0A 5AQYA 2NRHA 3H1VX 1Y64A 3TU5A 3ULEB 3JS6A 1NGJA 2P9IB 1NGAA 4MLHA 1BO5O 3VEOA 4WYBA 4I6MB 2P9PA 3VETA 5BRFA 4WQ5C 1MDUB 2FLOA 4MO5A 3WQUA 4XH5A 5BREA 4K42A 3LL3A 3UKRA 3CJBA 2GUPA 2P9UB 5AQOA 3BF3A 2E1ZA 3VGMA 2QWOA 2GEMA 3S41A 2BUPA 1NM1A 1U2VA 3DJCA 4JAXA 4PL7A 1QZ5A 5AQXA 2P9LB 4M7XA 2HMPA 1NGIA 3ZX2A 3EN9A 3G25A 3M6GA 3IFRA 3CIPA 4Z94A 3CJ9A 2IVNA 3O1BA 1LCUA 2ASPA 5EOYA 3ENOA 1CZAN
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3NCIA 5AZIB 4A5BA 4Z4EA 3S3OA 2EX3A 3QFPA 3Q7CA 2O8EA 4LC9B 5SWMA 1S3XA 5C2DA 4DFKA 4CGDA 3MCAB 3N4PA 3THWB 2NRRA 2QW9A 1NGDA 4B9SA 2UYTA 3DLEA 3CJ7A 3TSQA 4ID1A 4QS8A 1DEJA 2FXUA 3D2FA 1FKPA 5FPNA 5LY3A 1NJWA 1R59O 1QQCA 5KRSA 4O4GA 4Z4HA 1TAQA 3FZKA 5HP1A 5AQFA 5M1QA 4DQ8A 1NLVA 3VGLA 4H03B 4JN4A 5AQIA 3A5MC 4C8NA 1BIUA 4BROA 4C1NI 3I0SA 3RWUA 2RN2A 5TKYA 1OH6A 2Y1JA 1RTIA 1KD1O 1XHZA 4CJLA 1BQNA 3SPYA 5KGWA 3ZT0A 4AILC 3QLHA 2O8FB 2RPIA 1Q9YA 4CFDA 4E89A 4CEQA 3SQ0A 4DSLA 3V9ZA 3L2QA 3HTVA 1X1PA 3ZETA 1QQMA 3O4QA 1I94K 1RTHA 4CK2A 3K2PA 1VSIA 4F2RA 5J2MA 3AO3A 3CJ1A 4BR7A 2BDPA 2PZSA 3OYEA 3VESA 1SAZA 4B9MA 5FPMA 4CBUA 1RDBA 4HTUA 5J1EA 1TK5A 1A5VA 5FLXO 4B1YB 1ZBUA 1JL2A 2QWRA 3SI6A 4ZTFA 4IKFA 2Q97A 3LAKA 4BECA 5AQSA 4ILHA 3F9KA 4PHTX 1XWLA 4DV0K 2HHXA 4OKJA 1YJWN 4JI8K 4LF7K 4QAGA 3PO4A 1T05A 5FDLA 3ALYA 4CIGA 3SAFA 1W0HA 4C8MA 5LMNK 1TKXA 4YOTA 4M3XA 3R9PA 1OH5A 1RT3A 3CFOA 4BG9A 3D6RA 4A2AA 4CEDA 1LW2A 4KHUA 5IWAK 2Q0UA 1SZ2A 2HVIA 5AQQA 2ITGA 3BY5A 2O8BA 3L3VA 2D0BA 1D5AA 1TKZA 1BU6O 2E1YA 4LH5A 1E3MA 3GG4A 3HZ6A 3O9TA 4JRQA 3NH1A 2P9KB 2FBXA 4FPBA 3K5NA 4V19S 3OYBA 2IVOA 4BR5A 1WOQA 4EP4A 1BG3A 4IG3A 3KLGA 1C6VA 2O4IA 4CZEA 2C1GA 1JJ2M 1DT9A 3LZIA 4DR4K 2D0OA 4BRAA 1T8EA 1TUUA 1ILYA 2FSNA 3M8PA 2KTQA 4CK1A 1NJIO 1HNZK 2HSTA 3AVFA 3DOLA 3HT3A 5E41A 2OPRA 3QINA 5BPMA 4K8XA 5C25A 1TL3A 5KPRA 3QERA 1HLUA 3SK3A 3P1GA 4CZIA 3LPTA 5J2NA 3CCMN 3F9MA 3VEXA 3ZT3A 3WXMB 2A1SA 4E1MA 1MWMA 4KTWA 3EY1A 4KI4A 4OPJA 1UOCA 2BANA 1RDDA 5C2FA 3T1YK 1KAXA 3MEDA 5E26A 3SYZA 1NNEA 2KFNA 2KQ2A 3KLHA 5KQ8A 3KHYA 4FLVA 4H4OA 2O8DB 3OYMA 4NXMK 3BZKA 3O5BA 3SAHA 4BG8A 4DU4A 3W0LA 4CJFA 1QSYA 1KRPA 5JMVA 5TKWA 2RHKA 4IO8A 2GELA 4FVUA 2HF4A 3C0BA 1HRHA 4FVMA 4X65K 3VQ7A 3QEWA 3ZSWA 3R6MA 4B9QA 3KD1E 4JI7K 4QCLA 4AHVA 1HYSA 4LH4A 5I3UA 1EXQA 4Z4CA 3ZX3A 1Q82O 5JS1A 3K9KA 4XIUA 3OYFA 3OBWA 3CMEN 4J2BA 1Q9XA 3DLHA 1QVGM 4I2PA 3MXIA 5I9EB 2W00A 4OJRA 3TSUA 2OPQA 1RT2A 3K58A 3VQBA 4K0KK 4YDUA 2Q1NA 4M3RA 1FW6A 1LOTB 4DU3A 1X9MA 3C7NB 3GBTA 4LF4K 1VSDA 2A5XA 3LALA 3TSPA 4DV3K 2IDOA 1HNXK 4DSJA 3EL2A 3KK3A 4CFAA 2YV0X 3DRPA 3J7AP 2WONA 2GTDA 4PWDA 4FW2A 3L3UA 4K41A 2FSJA 4JKGA 4BE1A 3A8YA 4JKAA 5BRHA 3HO1A 4B1XB 4CIFA 4CJ3A 1WAFA 1NJYA 3ATUA 3CFRA 4CZKA 4M3YA 2UXBK 4XEIA 2DFEA 1IBMK 2WBNA 3O1WA 3VTIA 1NGFA 4YOWA 2ZD1A 3V1RA 4E72A 5JENA 2XY7A 1I3AA 2W6KA 3S3MA 4FZYA 4BC4A 2HHIA 2A3ZA 1Z05A 4RW4A 5BR8K 4KB0A 2AP1A 1J6ZA 4F9OA 1DTQA 1BGXT 4IDKA 4HHTA 3HK2A 3FFKB 1NU0A 1TV6A 1IV0A 4A62A 2P5OA 3NF8A 4ISGA 4DR3K 4CJ7A 3LZJA 1VSHA 3TANA 1ESVA 4B9LA 1EQYA 4ID5A 1T44A 5AQPA 4YOXA 3CCQN 3TAQA 1U48A 3B8AX 4YOUA 3IDHA 3NFAA 5HROA 3EE9A 1NK9A 2P9NA 3C65A 4K43A 2VGNA 3PSFA 1SKSA 1ZC6A 2HHVA 2FF3B 2J4RA 3NF9A 1IKYA 5HRSA 3ZEUB 2CH5A 2P9PB 1S1TA 3LP0A 3AARA 3SZ2A 3K5OA 5C0YA 1KFDA 4EZ9A 3AVIA 4M7YA 3MCPA 1G15A 5AR0A 4DLGA 5DK5A 3THYB 1W9HA 3KZBA 3OVNA 4BE2A 3L8BA 5KGXA 3H1QA 3VENA 2CGKA 2YHYA 1YVNA 2P9SA 4E1NA 3SJJA 4N76A 1JCFA 4XH4A 3VQCA 1JLQA 1T6DA 2UUBK 3D45A 1HQEA 4GKKK 3AAQA 4EHUA 5GADP 4HUGA 1LWEA 3O4NA 4J2DA 4NYNA 4FLXA 4FWOA 3PV8A 3QEVA 2ZGZA 2V51B 3MX5A 4ZTJA 4WFAL 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5AQMA 3PX0A 4ELTA 1RTJA 3F73A 1QVFM 4BC2A 4CJQA 1YUWA 5KQDA 3THWA 4X66K 4C8LA 4DTMA 1ASWA 3SMSA 3CJCA 2NRTA 1W2BM 3O9SA 2I5JA 3D0PA 2WTUA 3D2EA 3CI5A 4A61A 1QS4A 1NK4A 4FCYA 1X9JA 3WNHA 3I0RA 5AQJA 4BDPA 4J2AA 1EWQA 3ENBA 4ISFA 3E01A 4DTUA 1S1VA 1WN7A 2BGGA 4Z4IA 2HHHK 4CFCA 3C94A 2XY6A 3HXMA 3A5OC 4LFAK 4F8RA 4OGEA 3P4IA 1Q7YO 1I39A 2B6AA 4MO4A 2VG6A 3J7YP 3G71N 5F0XA 4CGIA 1JL1A 1HKBA 3ISNC 1KC8O 4RW6A 1KVCA 4BRDA 1JCGA 2ZE2A 5AQRA 4FL9A 2ITMA 3Q7BA 1CXQA 2BE2A 2JGUA 1L3UA 2X74A 3BF1A 4GKJK 4BRKA 4G9ZA 4FJKA 3LDPA 3TPQA 1XHXA 3VF4A 4NCBA 2QEXN 2VG7A 4WQ4A 4OO1J 3TAPA 2ZJRL 4DR2K 4N56A 4MFBA 3G0ZA 1X9WA 4KPYA 4NO7A 2AJQA 1HYVA 1K9MO 1VAZA 3VEWA 4B3OA 3HSTB 4I6MA 1T7PA 2V7ZA 2OPSA 1VRUA 4M45A 1ZBHA 3OJSA 4Q5VA 3HYFA 4AHSA 1K6YA 2P9UA 1SUQA 3TTCA 1ZXOA 1TUYA 3HOTA 1HNWK 3WQTA 1S9EA 4GMJB 4L3QA 3P5JA 3KTQA 3AVCA 2E6MA 1LWFA 1GOAA 3P83D 4ILJA 1H1VA 4BE0A 3LDOA 2QXLA 3LDQA 4JK9A 3ZSOA 2HNZA 1U2VB 4DTJA 3AO4A 1JLGA 4CGFA 1KLNA 1NGGA 2P9KA 3SUOA 3CCRN 3NH0A 4BR2A 3M8RA 3L4QA 2KKZA 2QKBA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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