4RTFD

Crystal structure of molecular chaperone dnak from mycobacterium tuberculosis h37rv
Total Genus 99
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
99
sequence length
355
structure length
349
Chain Sequence
RAVGIDLGTTNSVVSVLEGGDPVVVANSEGSRTTPSIVAFARNGEVLVGQPAKNQAVTNVDRTVRSVKRHMGSDWSIEIDGKKYTAPEISARILMKLKRDAEAYLGEDITDAVITTPAYFNDAQRQATKDAGQIAGLNVLRIVNEPTAAALAYGLDKKEQRILVFDLGGGTFDVSLLEIGGVVEVRATSGDNHLGGDDWDQRVVDWLVDKFKGTSGIDLTKDKMAMQRLREAAEKAKIELSSSQSTSINLPYITVDNPLFLDEQLTRAEFQRITQDLLDRTRKPFQSVIADTGISVSEIDHVVLVGGSTRMPAVTDLVKELTGGKEPNKGVNPDEVVAVGAALQAGVLK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structure of molecular chaperone DnaK from Mycobacterium tuberculosis H37Rv
rcsb
source organism Mycobacterium tuberculosis h37rv
molecule tags Chaperone
molecule keywords Chaperone protein DnaK
total genus 99
structure length 349
sequence length 355
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-11-14
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4rtfD01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4rtfD02
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 4rtfD03
3O08A 4QS7A 2D1KA 2P9PB 3ZX3A 3HM8A 2F9TA 1ZXOA 1XQSC 2Q2RA 1DEJA 4BRIA 2IVPA 4FWSA 1LOTB 4BR9A 2PAVA 3H1QA 1BUPA 2P9UB 1KXPA 3CQYA 1NGHA 4QS9A 1XC3A 4Y0WA 2E20A 3D7EO 4BVPA 3DXMB 3VGLA 5KQDA 1TYQB 5EOYA 1LCUA 3O4WA 3L4IA 2CGKA 4DCHA 1NM1A 1Z05A 3FGUA 4B1VA 1NMDA 1YAGA 3VESA 3JS6A 3ATUA 2CGLA 3R6MA 5AQWA 4BR4A 2Q36A 2CH6A 3P4IA 2GELA 4CBWA 3VERA 2P9KA 1E4GT 4LC9B 4CD3A 2E8AA 3SLCA 3SK3A 4AM6A 3ZETA 3UB5A 1WOQA 3CIPA 1CZAN 4BQLA 1E4FT 3VEOA 3H46O 5AQIA 3AARA 1D4XA 3DXMA 3VGKA 4JAXA 4WYBA 1ZC6A 3GE1A 5LJWA 4KBOA 3R9PA 2PBDA 5AQZA 2ZGYA 2P9PA 2UYTA 4JNEA 4MLEA 3UKRA 4BRMA 1DGKN 2FLOA 3EKSA 2VWBA 4FO0A 2YJFA 4H0XB 4A2BA 4BRPA 4IXCA 1HJOA 3MDQA 4XEIA 1T6DA 4FWPA 5AQXA 3LM9A 5KQ8A 4JD2B 4RTFD 4CBUA 3IUCA 3I33A 4XH1A 2GWJA 3AAPA 3H45C 4H0PA 5JLFA 2Q1NA 1NGCA 3BF3A 3VEXA 3O80A 1G99A 3CHWA 5EVZA 3M6GA 2V7YA 2QWOA 1YUWA 4BRGA 2E1YA 4BC2A 5AZJA 3A5OC 2Q97A 3SJHA 1BA1A 3TU5A 5F0XA 1NGDA 3VEZA 4BG9A 3EO3A 5AQMA 4WQ5A 5KPZA 1J6ZA 2YCHA 3GDQA 2HF4A 4CZEA 3VPZA 4B1UB 4A61A 4CZKA 1ATRA 2A41A 3DJCA 3M3ZA 2AP1A 4I6MA 4ISGA 2GEMA 4WQ5C 1K8KA 4QS8A 1NGJA 2IVOA 1BWFO 1JCGA 3CJAA 4FWKA 4JD2A 4K43A 2ASOA 1NWKA 2VCPA 3CI5A 3W3DA 2A42A 4FWLA 2YHWA 3D2FA 2QWLA 5AQQA 1MWKA 1YVNA 3WXJA 1IG8A 5BRDA 2BUPA 2Q0RA 1C0FA 3S41A 5KPTA 1GLDG 3QFPA 4FL9A 3MN5A 5AQJA 2NZTA 2CH5A 4H0VB 1BOTO 1ZBSA 3GOIA 4BVOA 4PL8A 3BP8A 3VEVA 1QQMA 4BRNA 1R59O 2P9KB 3EZWA 5BRFA 3M1FA 5JLHA 3CJBA 5AQNA 4I6MB 4IJAA 3DWLA 4IWVA 3RSEB 3FZHA 4IZ9A 4FSVA 2ITMA 3FZFA 3A0IX 2A5XA 3VOVA 3QDKA 2QWQA 2YJEA 1HX1A 4BRDA 3D2FB 3TPQA 5ADXA 4BRHA 5AZJB 4DHYA 5AFUH 4NO7A 2VYPA 4B1XB 2Q0UA 1NGEA 3G25A 4EHUA 1T44A 4CZLA 5EX5A 1QQOA 3FFKB 1NGIA 4FWNA 4H0TB 3UE5A 4FPBA 4PKHA 3BEXA 3LDOA 1K8KB 5AZIA 2P9IB 4BREA 4MO4A 4FOIA 1HLUA 4HWIA 4NB4A 3D2EB 3FZMA 4HTLA 4L3QA 3O1BA 4Z94A 3D2EA 4BRAA 3HTVA 3QFUA 3A5LC 3QBWA 1RGIA 1YXQA 3FZKA 3C0BA 1KAZA 1X3MA 4J8FA 3F9MA 2YHYA 5BPMA 1BDGA 3ATVA 1QZ6A 5AQPA 1NGFA 3WXIA 4DB3A 3GL1A 5FPMA 4BR5A 4WQ4C 4FOEA 3O6WA 3VF6A 4BC3A 3EL2A 2ZGZA 5BN9A 3L0QA 3AY9A 3H3OB 3A8YA 5AZIB 3RSEA 1NLVA 1V4TA 1XUPO 3VETA 5AQSA 4FWRA 5ADXH 2BTFA 4ISEA 4BRLA 1GLEG 2ZF5O 1KAXA 4E1JA 4FWOA 3UKUB 3C7NA 5AQRA 3QMLA 1NBWA 3W0LA 1BG3A 2V52B 2P9SA 3MCPA 1HPMA 3QBXA 4B1ZA 2A3ZA 5I9EB 3ZEUA 4O5FA 4YDUC 5AQTA 3LDPA 2FXUA 2HF3A 2P9IA 4BG8A 2QWPA 4BGAA 4EFHA 3BUZB 4M7XA 3B8AX 2GUPA 5EXWA 3VGMA 4ISFA 3WQTA 1NGBA 5AQGA 5E84A 5AQUA 2QWNA 3H1VX 3LL3A 4XH4A 3O8MA 1QHAA 5BPNA 5B8HA 3LDNA 4IO8A 3C7NB 3KZBA 3JXUA 3MN7A 5FPDA 4BR2A 4BC5A 2P9SB 3EKUA 1GLLO 3CJ1A 3WT0A 3CJ7A 4AM7A 2FF6A 3CQXA 3CJ9A 3LDLA 2E2NA 1SZ2A 5AQOA 1S22A 2ASMA 5JMVA 1HKCA 4PL7A 3FZLA 3VF2A 1H1VA 4H5WA 4BGBA 4CD1A 2IVNA 4FPAA 2D0OA 1X9JA 4O8KA 5BR9A 3WEEB 1DKGD 1MDUB 1OKJA 4CZGA 4B1WB 5FPNA 2FSJA 2E88A 1P8ZA 3U9DA 1TUYA 4BROA 4H5VA 2AA4A 1GLJO 4A2AA 4FWMA 1HUXA 4BRFA 4RWTA 3U4LA 4B9QA 2CGJA 1MA9B 2QW9A 3IFRA 4H0YB 5LY3A 4CZFA 4EHTA 4BC4A 3ID8A 3FE1A 2E2PA 4CZHA 1RFQA 3BF1A 3I8BA 4CZMA 1Y64A 4H5NA 4EAHD 1S3XA 3WUHA 4A62A 1QZ5A 5KPRA 3FR0A 5F1XA 3SMPA 3U9ZA 1ATNA 3HI0A 3WXLA 3IMXA 1RDWX 5AQYA 3WEEA 1V4SA 4FWQA 3FLCO 2P9LB 1JCFA 4BQZA 2EWSA 4B1YB 1WUAA 3UKUA 2QM1A 4BR0A 1KAYA 3ENHA 5BPLA 1Q18A 2J4RA 2QWRA 4GNIA 3KVGA 3GG4A 5FPEA 2GWKA 3SMSA 3VF4A 3QB0A 1BU6O 1ESVA 2HMPA 3CERA 3MMVA 3H6EA 4XH5A 3ZX2A 2FF3B 3CETA 2E2OA 3DAWA 1X3NA 4JHDA 3ZEUB 1EQYA 5BRHA 2ZWHA 4H5RA 3ULEA 3AAQA 3VEYA 5LJVA 1BO5O 4RCHA 4BR7A 3ULEB 2P9UA 3HZ6A 2HOEA 5AQFA 2QWMA 5BN8A 2D4WA 3GBTA 4WQ4A 4CI6A 3ZX0A 1BA0A 2FSNA 1NGAA 3A5NC 2D0PA 3KHYA 4K42A 3IDHA 3J8AA 5TKYA 4GY2B 4BRCA 1TUUA 3ENOA 1NGGA 2OANA 2P9NA 2IIRA 1Z6RA 1GLBG 4M7YA 2E1ZA 1GLCG 3CJCA 3WQUA 3MN9A 2GTDA 4PKIA 3VENA 4C23A 5AFUA 1T6CA 4PKGA 4JHDB 4JN4A 3HBTA 5E26A 3ZETB 1IJJA 2A40A 4MLHA 3U8XA 5AR0A 1QQNA 1SQKA 4H5TA 3L6QA 5BREA 1C0GA 2I7NA 3R8EA 3MK6A 1HKGA 1U6ZA 4CJ7A 1JCEA 2P9LA 2F9WA 5AQKA 4IJNA 2Q31A 3LDQA 2V51B 5F2RA 3H3NO 1U2VB 3QICA 4F9OA 1TYQA 4H03B 1U2VA 2NRHA 3UKRB 1HKBA 2E2QA 4M63C 4BRKA 2FSKA 4CZIA 2ASPA 1SAZA 3O5BA 4YDUA 3MN6A 5EY4A 3LM2A 1MWMA 2QXLA 1GLAG 5AQVA 1ATSA 3A5MC 4CZJA 4EIAA 3HSCA 3WXKA 3EN9A 2W41A 2H3GX 2I7PA 5AQHA 4CBXA 2W40A 3OHRA 2KHOA 5AQLA 2A6AA 1GLFO 4K25A 3O1WA 4BRQA 2NLXA 2V7ZA 2WUSA 3DXKA 4H0OA 4K41A 5ELZA 4DQ8A 5JICA 2P9NB 3VEWA 2DPNA 3DXKB 5CE3A 2YHXA 4MO5A 2YI1A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3O08A 3ZX3A 3K0SA 3T1HK 1RT6A 4HHTA 2VG6A 4FWSA 3AVLA 4M3WA 4N5SA 4GVEA 4DTMA 5LMNK 1VSDA 4B3TK 1BUPA 2YNHA 4DR6K 3M8PA 1KXPA 1NGHA 3MWPA 4OKJA 3NH0A 2HNDA 4BVPA 3NCIA 1K8AO 3DXMB 2O8DA 4C8NA 4DF8A 4N41A 2CGKA 4DCHA 3FGUA 5SZTA 3JS6A 3ATUA 2CGLA 5CZ1A 2Q36A 3P4IA 2GELA 3KKSA 4CEQA 3MXIA 4YOWA 1HPZA 2RN2A 4LC9B 3HPHA 1VQLN 4DV0K 1XNRK 2G8KA 1WOQA 3MECA 2PFUA 1CZAN 4BQLA 3H46O 1EWQA 3B6PA 3AARA 3AVJA 1NG9A 4GKJK 2HBLA 4JAXA 1EO1A 3AO4A 1K73O 4RG8A 4KBOA 2PBDA 3HPOA 4O8UA 2ZGYA 2UYTA 4JNEA 4MLEA 3ULDA 1YJNN 5M1QA 2QXFA 2JGUA 4BRMA 2VWBA 5LMUK 3CCLN 1YITN 4JLHA 4A2BA 4BRPA 4IXCA 1VRTA 1HJOA 4XEIA 1T6DA 4ZTFA 4DR5K 3OYGA 4JKHA 3OYCA 1X9MA 3SV3A 4CBUA 3NGYA 3IUCA 3V9WA 3RWUA 1WSJA 3I55N 3CPWM 3AAPA 2GX9A 1D9FA 5C25A 4CIGA 2W00A 4AHUA 3LP3A 1N34K 3HL8A 5EVZA 4NLCA 4Y1CA 2IOCA 3P5JA 1LAWA 4DSIA 3A5OC 2DFFA 3TU5A 3C94A 1NGDA 3V81A 1TL3A 3EO3A 5KPZA 2HVIA 3GDQA 3DM2A 4CZEA 4H4MA 1YF5L 4CZKA 4YY3K 2A41A 3DJCA 2HB5A 2AP1A 1RT2A 1Q9YA 2IVOA 4B08A 3OYJA 4OX9K 1VSIA 4OPJA 2UUBK 2ASOA 3CI5A 4O44A 4FWLA 3I8DA 2YHWA 3D2FA 4WE1A 5AQQA 4E7KA 1MWKA 3H08A 5BRDA 2BUPA 3MEGA 3S3NA 3TR8A 1GLDG 3QFPA 4GV6A 4RW9A 4BECA 3MN5A 5AQJA 2NRRA 4CIEA 2YHBA 3HPGA 3TTDA 2P9KB 4R79A 1FKPA 1VQ8N 4W5NA 5J2PA 1HQEA 1VQ5N 1ASWA 3THYA 4J2DA 3ZT2A 3C65A 3T69A 5FDLA 4JK9A 4IFEA 4CJ3A 4K8XA 4IZ9A 3OS1A 3L4QA 2HHXA 4WFBL 3TAPA 2YJEA 4BRDA 4DUYK 2XY5A 3HVTA 1U4BA 4OO1J 2Q0UA 2G8UA 1NGEA 3G25A 4EHUA 3ZSZA 1J5EK 3FFKB 1NGIA 1REVA 1JKHA 3WNEA 3UE5A 3NE6A 1JL2A 4BDZA 3ID6A 3RMAA 4B3SK 2P9IB 5HRSA 3KLFA 1HLUA 4PA1A 4CHYA 1DTTA 3ZLJA 3FZMA 4JI2K 3G71N 3O1BA 4F2SA 5HRNA 2FBYA 4BRAA 3QBWA 4CHPA 3C0BA 3LZIA 1KAZA 3N4QA 3MX5A 1SS6A 4PQUA 3L2UA 2O8FB 3F9MA 5DM7L 1D9DA 4ZTJA 1OH6A 5AQPA 3QINA 3WXIA 3GL1A 4BR5A 1S1XA 4LF9K 3VF6A 4BC3A 2ZGZA 3OJUA 4CESA 4DV2K 3ZSOA 5BN9A 3AY9A 4DMNA 3VQ4A 3A8YA 3ASMA 1IKYA 1V4TA 5AQSA 3OYIA 3K2PA 4E7LA 1NKBA 4ISEA 4GV9A 4W5QA 1LW2A 3QLHA 1GLEG 5JS2A 4E1JA 5CY4A 2JWLA 3FFIA 4FWOA 2KTQA 2QTDA 1S1VA 4CFBA 1BIUA 4FJIA 4CIFA 3CCRN 4CK1A 4YOVA 3HXMA 4KHPK 4BG8A 4YDUC 2HF3A 2P9IA 3AVAA 3SQ1A 4CEFA 3BUZB 3B8AX 2GUPA 2UXCK 3VQ7A 4CGDA 4ISFA 4C8OA 2B5JA 4LY7A 1YTAA 5AQGA 5AQUA 3QETA 2QWNA 3ZSYA 4DTXA 4FVUA 2F8TA 4C1NK 1RTJA 1TGOA 1W7AA 3MN7A 1S6QA 3EE8A 1T8EA 3EKUA 1U04A 3DYAA 3LDLA 1Q82O 1C1AA 5AQOA 2ASMA 4ZHRA 4FXDA 4PL7A 3NVMA 1WB9A 3LPTA 4OGEA 3D0PA 4FPAA 1BIZA 2D0OA 1X9JA 4O8KA 2OA8A 2C1GA 1DKGD 3OYDA 4FK2A 1MDUB 3O4NA 4ID5A 3ISNC 4FK4A 3VQCA 4FJ5A 1D5AA 4CJKA 3TAFA 1P8ZA 3U9DA 4E7IA 4KV8A 5C24A 3V9UA 4H5VA 1GLJO 1ZBUA 4CGFA 4BRFA 1I39A 1TVRA 5LY3A 4E0DA 4CEBA 3FE1A 3KK7A 5SWMA 2E2PA 3AVMA 4MDAA 2OPQA 1S5JA 5AJ3K 2HBKA 2KZZA 3DLRA 5T7BA 3SAHA 3LANA 4EAHD 2HBMA 1JXBA 3CMAN 1QZ5A 3SUQA 1ASUA 4LSLA 4DF4A 4Z0UA 3HI0A 3IMXA 1B9FA 4E89A 2W42A 4BQZA 1LV5A 2EWSA 1GOBA 1SL2A 4HCCA 2ZD1A 4BACA 5BPLA 1Q18A 2J4RA 2QWRA 4GNIA 3QB0A 3SBTA 4DS4A 3CERA 4Z4GA 2E2OA 4DR7K 3T1AA 3I56N 5K14A 4DTSA 3C6HA 4BE0A 2A1SA 4DTPA 4BR7A 3ULEB 3J81O 4GMJB 3CCSN 4CF2A 1WLJA 4DTUA 2YNFA 4H4OA 4WQ4A 3E9PA 3O9TA 1VQMN 3RTVA 1NK9A 2D0PA 1BI4A 1VQ9N 3E01A 4FJMA 2E4LA 5TKYA 4GY2B 3HJFA 3VQEA 4F3TA 1NGGA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 1MU2 A;  3OJS A;  4K0K K;  3LDN A;  4IO8 A;  3C7N B;  1VQ4 N;  4NXM K;  1JLF A;  4A5A A;  4BC5 A;  2PYJ A;  1KFS A;  3BDP A;  1OVQ A;  2BE2 A;  3CQX A;  3V9X A;  3SBG A;  3AGR A;  1SZ2 A;  4FK0 A;  2ZJQ L;  1W2B M;  1HKC A;  3ZT3 A;  3QEV A;  5JEN A;  4BE2 A;  4JKB A;  4KTZ A;  3TTC A;  3QIO A;  1OKJ A;  4CZG A;  4B1W B;  3E66 A;  2FSJ A;  3EE9 A;  5FPN A;  5FRM A;  4EP4 A;  4A2A A;  1YI2 N;  5DK5 A;  4H0Y B;  1MA9 B;  3KLI A;  2VWJ A;  4FLW A;  4CZF A;  4EHT A;  4KRE A;  1BCM A;  2W6L A;  1XMQ K;  3I8B A;  3PUF A;  4JI7 K;  5GAG P;  1SUQ A;  2GV9 A;  3VQ6 A;  1KCF A;  5FRO A;  3SQ0 A;  4A62 A;  2R7Y A;  4CEZ A;  5AQY A;  3WEE A;  2HHT A;  2KFZ A;  3FLC O;  1JCF A;  4CEO A;  1XNQ K;  1TK0 A;  4OKK A;  3K5O A;  4BR0 A;  3RRG A;  4Z4H A;  4QOZ B;  1LWC A;  1QQC A;  2GWK A;  3OS0 A;  1ESV A;  2YHA A;  2FF3 B;  3CET A;  4DWI A;  3L3U A;  3E9O A;  3OYE A;  4DFM A;  5M1F A;  1EQY A;  3DLB A;  4CJE A;  5BRH A;  4H5R A;  3TSU A;  3I0S A;  4C1N I;  2O8E A;  1T3V A;  3T7Z A;  5HL7 L;  3T1Y K;  2P9U A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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