4RTFD

Crystal structure of molecular chaperone dnak from mycobacterium tuberculosis h37rv
Total Genus 99
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
99
sequence length
355
structure length
349
Chain Sequence
RAVGIDLGTTNSVVSVLEGGDPVVVANSEGSRTTPSIVAFARNGEVLVGQPAKNQAVTNVDRTVRSVKRHMGSDWSIEIDGKKYTAPEISARILMKLKRDAEAYLGEDITDAVITTPAYFNDAQRQATKDAGQIAGLNVLRIVNEPTAAALAYGLDKKEQRILVFDLGGGTFDVSLLEIGGVVEVRATSGDNHLGGDDWDQRVVDWLVDKFKGTSGIDLTKDKMAMQRLREAAEKAKIELSSSQSTSINLPYITVDNPLFLDEQLTRAEFQRITQDLLDRTRKPFQSVIADTGISVSEIDHVVLVGGSTRMPAVTDLVKELTGGKEPNKGVNPDEVVAVGAALQAGVLK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structure of molecular chaperone DnaK from Mycobacterium tuberculosis H37Rv
rcsb
source organism Mycobacterium tuberculosis h37rv
molecule tags Chaperone
molecule keywords Chaperone protein DnaK
total genus 99
structure length 349
sequence length 355
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-11-14
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4rtfD01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4rtfD02
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 4rtfD03
4EHTA 4QS8A 1BU6O 3SLCA 2A42A 5AQNA 3CJ1A 4FPBA 4BRPA 2V51B 1IJJA 4ISGA 1ESVA 3FZLA 1C0GA 4CZGA 4FL9A 4JD2B 4M63C 4I6MB 3CJ9A 2P9NA 4B9QA 4BRLA 2Q2RA 2BTFA 1BG3A 2FLOA 2P9IB 3O80A 2ZGZA 5AQUA 5BPMA 2HF4A 1NGCA 3FR0A 2H3GX 3MK6A 3ZEUA 5TKYA 4CZKA 4CBWA 4BC4A 5AQZA 2E88A 2I7NA 3CQXA 4BRFA 2P9UB 3VF2A 2HF3A 4BR5A 2ITMA 3QMLA 4YDUA 4JAXA 4BGAA 3M6GA 5CE3A 3ZEUB 3EN9A 3O1BA 2GUPA 3L0QA 5AQOA 4FWRA 3TPQA 2EWSA 4M7YA 4CZLA 4I6MA 2I7PA 3VOVA 3FFKB 2AP1A 4FWNA 2V7ZA 3GBTA 1U2VB 3AY9A 2PAVA 4XH4A 2IVOA 4WYBA 2OANA 4F9OA 4FWOA 2P9PA 3DXKB 1NGHA 2E2QA 2HMPA 5AR0A 2GEMA 3FE1A 5ELZA 4B1ZA 3KZBA 2Q36A 4BROA 5KQDA 4BRDA 3AARA 2QWPA 4PL7A 3M1FA 4EHUA 3WEEA 2IVNA 3WXJA 2D1KA 5JICA 1BA1A 4RWTA 3UKUA 4BR0A 3IDHA 2UYTA 3WXIA 5AZJA 4FWPA 2NLXA 3R9PA 3U9ZA 5BRDA 5BRFA 1K8KB 3H46O 3HSCA 2QWLA 4AM6A 3LDQA 2CH6A 5AQVA 4BR7A 4A61A 3D7EO 3DJCA 1HJOA 2CH5A 1C0FA 1BA0A 3H3OB 4DCHA 5AQXA 4QS7A 4NB4A 4BR4A 1NM1A 3KVGA 3A8YA 5AQGA 2E2PA 3ZX2A 2A5XA 3D2FA 4PL8A 4CD1A 5JLFA 2GTDA 5ADXA 5KQ8A 4A2AA 4AM7A 2YJEA 4GY2B 4BRAA 1RFQA 3DXMB 4FWQA 3CJBA 2E2OA 5AQHA 2DPNA 2E1YA 2FF6A 2ASOA 3LDOA 4H5VA 3UKRA 3MDQA 4K41A 4BC5A 4H5RA 3M3ZA 4MO5A 4FOEA 4CZJA 4CZHA 2QWRA 4B1UB 5F1XA 2FSKA 3VERA 1T6DA 1XUPO 3ATVA 3BF3A 3VGKA 2P9LA 5AZIA 2FXUA 2P9PB 2HOEA 3DXKA 3I33A 1ATRA 3A5OC 1KXPA 1QQOA 3L4IA 4K43A 3MN9A 5LJVA 4BVOA 3JXUA 4CZMA 5BPNA 3FZKA 5KPRA 3HM8A 1MWKA 5JLHA 4BR2A 2BUPA 4Y0WA 2Q1NA 3A0IX 1QZ6A 1LOTB 3BF1A 1SQKA 3KHYA 1V4TA 1NMDA 3BP8A 3AAQA 1NGDA 2GWJA 3ULEB 3CETA 4KBOA 4IZ9A 3VEZA 3C7NA 3FZMA 3SMSA 4XEIA 1QQNA 3O8MA 1WUAA 4CZEA 2V7YA 1ZXOA 4M7XA 1E4FT 4BQZA 1BWFO 1MWMA 1V4SA 4BQLA 2GELA 2IIRA 1HLUA 4B1YB 2F9TA 4MLHA 4JN4A 3UKRB 3ZX3A 5AQFA 3H1VX 3LDPA 3U8XA 1YVNA 3GDQA 1BO5O 4EIAA 3MN6A 4IJAA 3VEYA 3C7NB 1T44A 2GWKA 1YXQA 4H0OA 4BRCA 1X3NA 2QXLA 3CJAA 3ENHA 4H5WA 1NLVA 1WOQA 4O8KA 4BRGA 3H1QA 4H03B 4O5FA 3B8AX 3VGMA 5BR9A 4QS9A 2NRHA 4FWSA 5B8HA 4WQ5A 1TUYA 1Y64A 1XC3A 1RDWX 3J8AA 5EVZA 2CGLA 1LCUA 3LM2A 3W3DA 1IG8A 3LL3A 1E4GT 5BN9A 2P9SB 5AQSA 4C23A 3CJCA 5KPTA 1ATSA 4CI6A 5AQJA 1BUPA 1KAXA 2YHXA 3TU5A 2ZF5O 5AQMA 4NO7A 3GG4A 1GLEG 2FSJA 3WT0A 3GE1A 1XQSC 1HKGA 2D4WA 5AQWA 3MMVA 3WEEB 4H0TB 5E26A 4BC3A 3H3NO 3LM9A 4A62A 1BOTO 4PKIA 3FZFA 4FWLA 1Z05A 3R6MA 1U6ZA 4H0VB 2YJFA 3DAWA 4H0YB 5KPZA 2VYPA 4RTFD 1JCEA 2ASPA 3UE5A 1MA9B 3RSEA 2CGJA 4BVPA 4RCHA 2QWMA 4BRKA 4CBXA 3FGUA 2QW9A 3D2FB 3DWLA 2YHYA 5BPLA 2E2NA 3BUZB 4PKHA 5LY3A 1D4XA 1Z6RA 4FPAA 4K42A 3DXMA 4BC2A 5AFUA 4EAHD 3SMPA 4CZIA 3ATUA 5AFUH 4LC9B 3FZHA 4JHDB 4B1WB 5EOYA 5JMVA 3EL2A 1CZAN 2KHOA 1NGAA 2ZWHA 3AAPA 3WQUA 3D2EB 1NGBA 5AQQA 3QICA 1RGIA 2Q97A 1GLLO 3HBTA 4L3QA 2W40A 3A5LC 2WUSA 3VEWA 1QHAA 3D2EA 1NBWA 3CQYA 4ISEA 2A6AA 3VGLA 2W41A 3O1WA 3MCPA 4H5NA 2D0OA 3WXLA 2VWBA 5FPEA 3WQTA 3SK3A 1NGEA 3H45C 4BRMA 3GL1A 3FLCO 2P9LB 4J8FA 3VEXA 1DKGD 3QFUA 2J4RA 3UKUB 1S3XA 5LJWA 4GNIA 3P4IA 5ADXH 3ENOA 1GLBG 2E1ZA 2QWOA 3LDNA 4H0PA 1G99A 1ZBSA 3G25A 2Q31A 1HUXA 1JCFA 4H0XB 3UB5A 1HX1A 3W0LA 4JNEA 3HTVA 2A3ZA 4YDUC 1YAGA 5F0XA 3VENA 2FF3B 4B1VA 3CJ7A 3ZETA 5FPDA 1T6CA 1TYQA 1NGGA 4DHYA 3QFPA 5AQKA 1GLDG 1HKCA 5AQTA 1P8ZA 4FSVA 4FWMA 5AQYA 2ASMA 2IVPA 4BGBA 5EXWA 3ZETB 2QWQA 3IUCA 1EQYA 1OKJA 4H5TA 3WUHA 1DGKN 4CZFA 4BREA 3OHRA 3VF4A 3JS6A 3CIPA 1JCGA 4DQ8A 3CERA 1J6ZA 1QQMA 4HWIA 4XH5A 3VESA 4FO0A 4ISFA 1KAYA 4PKGA 3ULEA 1H1VA 3F9MA 2AA4A 3LDLA 1K8KA 5F2RA 2D0PA 4E1JA 2P9KB 5AZJB 1NGIA 1TUUA 4Z94A 1X3MA 4BRNA 1Q18A 2Q0RA 3L6QA 4CJ7A 4IWVA 3R8EA 3EKSA 5I9EB 2P9SA 2E20A 4MLEA 3ID8A 4IO8A 2P9IA 4JHDA 2A41A 1MDUB 1QZ5A 2VCPA 4BG8A 4B1XB 1NGJA 1NGFA 1SAZA 3U4LA 2YI1A 5AQIA 1KAZA 2YHWA 4WQ5C 1ATNA 3S41A 3CHWA 4CD3A 1HKBA 5AQLA 4FOIA 3U9DA 4HTLA 5FPMA 4DB3A 3A5MC 3CI5A 3O5BA 1GLFO 3VETA 4EFHA 1GLAG 2E8AA 2V52B 3A5NC 4IJNA 3WXKA 3HI0A 1TYQB 2QM1A 4BRQA 3RSEB 4WQ4A 3VPZA 3VF6A 2CGKA 2A40A 3MN7A 3O6WA 1YUWA 1X9JA 4BRHA 3QB0A 5BN8A 1U2VA 3EO3A 3IMXA 3ZX0A 3EKUA 4XH1A 3QDKA 4A2BA 3MN5A 4CBUA 1BDGA 5FPNA 5BRHA 2ZGYA 1GLCG 4WQ4C 4BRIA 3SJHA 1NWKA 5BREA 1GLJO 4BR9A 3HZ6A 1S22A 3C0BA 3H6EA 3O08A 4FWKA 5AQRA 2F9WA 3VEOA 2PBDA 2P9UA 1ZC6A 2QWNA 4JD2A 2Q0UA 3I8BA 1DEJA 2FSNA 4MO4A 4BG9A 3QBXA 2NZTA 5EX5A 3EZWA 4K25A 5EY4A 1HPMA 3GOIA 2YCHA 3IFRA 3O4WA 5E84A 3QBWA 1R59O 1SZ2A 2P9NB 4IXCA 5AQPA 5AZIB 3BEXA 3VEVA 2P9KA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4DU4A 3CD6N 1RTHA 4BE1A 1S6PA 3VQ5A 2A42A 5AQNA 3Q7CA 3AVIA 3CJ1A 5EU7A 2UUCK 4Z4HA 2F8TA 4KB1A 3OYIA 4CIEA 5HRSA 1YJWN 3KK1A 4ISGA 3NFAA 3FZLA 1C0GA 4CZGA 4FL9A 3TAEA 1L3SA 1LAWA 3OVNA 3BY5A 1A5VA 3PSFA 4FYDA 1ILYA 2ZGZA 4KHQA 2G8KA 2HF4A 4CHPA 1E3MA 1TL3A 3O3GA 3PUFA 4CJUA 3MK6A 3ZEUA 3O3FA 1I94K 4DSJA 3CPWM 3KTQA 4LF6K 5AQZA 3CYMA 4HUFA 1TL1A 3J7AP 2X78A 1N32K 4BDYA 2WFBA 5LMNK 3QMLA 3AA2A 4YDUA 3OJSA 2YNHA 3TWHA 3CCJN 4GVEA 3O1BA 2O8BB 3AA5X 3TPQA 4IG0A 3MWTA 4CERA 3F2KA 4KB0A 2NRVA 3VOVA 4FLUA 4E7IA 1QHTA 4X62K 4DLEA 3GBTA 2I5JA 4IDKA 4C8NA 4W5NA 4XH4A 4IKFA 2IVOA 4WYBA 4IOCL 4F9OA 4FWOA 1DLOA 4M3WA 2E2QA 3OS1A 3G71N 1QSYA 1ASUA 4BROA 3E9LA 4DV5K 4CHZA 1U47A 3AARA 4EHUA 3SQ1A 1S1WA 5HOOA 2W00A 3WNHA 5JICA 4CIFA 5E41A 4OPKA 4AHVA 5HRRA 2HVHA 3IDHA 2UYTA 5BRFA 5AZJA 3U9ZA 2HBKA 4EP5A 3HP6A 1UA1A 1K8KB 4HTUA 1RNHA 1C6VA 3F9KA 1VRTA 1NK8A 2ZQBA 4A61A 4Q5VA 2Y1JA 4CFDA 3MXIA 4CEFA 4W5TA 2O8BA 2A5XA 1NKBA 3D2FA 2ZM6K 4CK2A 3KKSA 1WSFA 3HL8A 4FJIA 4U7BA 4AM7A 2YJEA 4GY2B 3HXMA 4BE7B 4AHCA 3CJBA 3CG7A 4O5BA 2E2OA 5AQHA 3AA3A 3SBGA 1S5JA 2DPNA 2FF6A 4B3SK 4H5VA 1LWEA 3UKRA 3MDQA 2DFEA 4CJFA 3QERA 4JRPA 2QWRA 4B1UB 1VSFA 1XUPO 2F96A 3ATVA 1O13A 3BF3A 4RW9A 4WCEL 3KD5E 2FXUA 5FRMA 4CIGA 3U6FA 1TVRA 1YHQN 2PZSA 3S3MA 3MX5A 2VWJA 1NKCA 4GVMA 3O9UA 4BVOA 4ELUA 4FCYA 3LANA 3JXUA 4CZMA 4BWMA 1BCMA 1RCHA 3VA3A 4PY5A 3HM8A 3AA4A 4BR2A 3KLEA 1TV6A 3TR8A 4BECA 5GIOA 2BUPA 1EP4A 4C1NK 2O8EA 1JJ2M 1VRUA 4OX9K 1TAQA 3BF1A 1SQKA 3KHYA 1V4TA 4CF0A 4ZTJA 2O8CA 4FZXC 3S3NA 4KBOA 2F8SA 4IZ9A 2D0CA 4DR2K 3KLGA 1NK0A 2IGIA 4B9UA 4IEEA 4CCHA 1WLJA 3V1OA 1WUAA 3JAMO 2V7YA 1C0MA 1E4FT 3K2PA 3VQ4A 4BQZA 1D9FA 2GELA 3CCRN 4KTWA 3DLKA 4JN4A 1NG9A 4LF8K 5AQFA 3H1VX 3OYHA 3GDQA 4F4KA 3C7NB 3HVRA 1T44A 1YXQA 4LF5K 3LDSA 4DV1K 3M8QA 3DOKA 1X3NA 3THXB 4DSFA 2HNYA 3VQBA 4E7LA 3EYZA 1TK0A 4O5FA 3B8AX 3VGMA 3NGIA 1VQPN 2NRHA 4O0JA 3S5TA 2O8DB 1XWLA 3LM2A 5BR8K 4W5QA 4B3MK 1IG8A 4IFEA 4RG8A 4DV4K 4C23A 3HP9A 1ATSA 4JI2K 5K14A 2FC0A 2KQ2A 3TU5A 4CECA 3HOTA 3WT0A 2NRZA 3GE1A 1XQSC 1KSPA 3VQ7A 4H0TB 5E26A 1O1WA 1NK5A 3IKMA 4CF2A 3LPTA 3D45A 5JENA 1BOTO 4KHNA 4LY7A 1S1XA 3IRXA 3LP3A 2YJFA 1LWFA 2ATQA 3AO5A 3I0SA 4F2RA 2CGJA 2OTLN 4BVPA 3K5NA 4RCHA 2C1IA 3DYAA 4DFJA 5HLFA 4UY8O 3DWLA 3THWA 3T3FA 3BUZB 5LY3A 3QIOA 1ZBFA 3QEPA 1D4XA 3BZCA 4B9MA 1YF5L 1IKVA 4GV9A 4B9LA 2F4VK 1HMVA 1M90O 4DTPA 4CZIA 4LC9B 4B1WB 2ZD1A 2KHOA 3TTCA 4W5RA 3K57A 4DU1A 1NGAA 1SKWA 3D2EB 2OPSA 4Y1CA 3KJVA 3S3OA 3QICA 1RGIA 4F2SA 2WUSA 3VEWA 3I55N 3MCAB 1WN7A 1TKTA 3FFIA 3L4QA 3N4QA 2Z1IA 4WFNL 2QKBA 4BRMA 3MXJA 1RBRA 3ZSOA 2ZJRL 3SAFA 2JLEA 4O55A 5GAEP 4A5BA 1DKGD 3AVAA 2J4RA 2OPPA 3QETA 4GNIA 3OW2M 1GLBG 3AVBA 4M3UA 4RW6A 1JCFA 1QE1A 1QQCA 2G8HA 3HTVA 1VQKN 2RN2A 2A3ZA 4I2QA 2A1SA 5FPDA 3PLAA 1SKSA 4OKEA 4KHPK 1GLDG 3L2QA 3SJJA 1HKCA 1RT3A 4FSVA 5AQYA 4ZTFA 4JKCA 4XJXA 3DLLL 5C2DA 3WUHA 1DGKN 1QSSA 2QA4N 5JS1A 5FDLA 3T1YK 1JCGA 2IS3A 4M3YA 3G10A 1KAYA 3CCSN 1H1VA 1W7AA 2AA4A 1K8KA 5F2RA 2P9KB 5AZJB 1NGIA 4Z94A 3M8RA 3L6QA 3KLHA 5SZTA 3R8EA 4MDBA 2P9SA 2E20A 3HO1A 4FJ5A 4YOUA 1HJRA 1MDUB 1ZBHA 3NF6A 4BG8A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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