1Y64A

Bni1p formin homology 2 domain complexed with atp-actin
Total Genus 76
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
76
sequence length
369
structure length
356
Chain Sequence
ETTALVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPRSYVGDEAQSKRGILTLKYPIEGIITNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPTLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNVPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVLDSGDGVTHNVPIYEGYALPHAIMRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFVTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFENEMATAASSSSLEKSYELPDGQVITIGNERFRCPETLFQPSFIGMESAGIHETTYNSIMKCDIDIRKDLYANNVMSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWITKQEYDEAGPSIVHR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural basis of actin filament nucleation and processive capping by a formin homology 2 domain
pubmed doi rcsb
molecule keywords Actin, alpha skeletal muscle
molecule tags Structural protein
source organism Saccharomyces cerevisiae
total genus 76
structure length 356
sequence length 369
ec nomenclature
pdb deposition date 2004-12-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1y64A01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1y64A02
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 1y64A03
4PKIA 2A5XA 2WUSA 3IFRA 3VEZA 2Q36A 2P9UA 3M1FA 4K42A 3A8YA 4H0TB 1ESVA 4IJNA 2KHOA 4QS8A 5E84A 2P9SB 3RSEB 4IZ9A 3UKRA 5BPNA 3VF2A 3SMPA 5AQGA 5KQDA 5AZIA 3ULEB 3U8XA 4KBOA 4PKGA 4CBUA 5BPLA 2Q31A 3KZBA 4H0PA 4JD2A 1Y64A 3AAPA 1NGDA 3BF1A 2Q0RA 1T6CA 1NGEA 3GE1A 3VGLA 1MDUB 3FLCO 3WXJA 4BREA 3VGMA 4LC9B 3MN9A 2P9IB 2P9PB 2E2OA 4MLHA 3SJHA 4CZLA 3ENHA 2F9TA 5AQJA 4CD1A 1NM1A 4A62A 2OANA 3BP8A 3QB0A 4BR4A 4EHUA 4BQLA 1E4GT 4BR0A 4K43A 5AQRA 4WQ4C 2YHYA 2QW9A 3DWLA 3WXIA 1HKCA 4BRPA 4E1JA 5EX5A 3WUHA 1T44A 1ATRA 1YVNA 3TU5A 2ASOA 1IJJA 2E8AA 2YHXA 5KPZA 3CQYA 4ISGA 3R9PA 1GLAG 4A2BA 2CGKA 4BRCA 4CZHA 1P8ZA 4H0XB 5AZJA 1JCFA 1T6DA 2HF4A 2I7PA 1WOQA 4H5VA 3CETA 2GWKA 3CJCA 1NLVA 3ATVA 4FPAA 4AM6A 3JS6A 4CI6A 3MDQA 2BTFA 3DXKA 4FOIA 4I6MA 3CJ1A 3H6EA 4DQ8A 1YAGA 4B1WB 3H1QA 5FPDA 3VF6A 3C7NB 4JHDB 1BOTO 2CGJA 4FWNA 3IDHA 5AQNA 4ISEA 5AQOA 3U9ZA 1QZ5A 1RFQA 2YJEA 4XH1A 3JXUA 1ZXOA 4FO0A 2V51B 1GLJO 3EKSA 4B1ZA 2P9NB 1TYQA 3VEYA 3CJ9A 4MLEA 4RWTA 4CBWA 2W41A 2Q0UA 3D2EB 2E20A 3H3NO 3FGUA 3D7EO 3LM2A 5AQIA 4MO5A 2IVPA 1NBWA 2YI1A 3CJBA 5KQ8A 1E4FT 2IVNA 4BRAA 2UYTA 3VEWA 1H1VA 1LCUA 2P9LA 4EIAA 1X3MA 5JMVA 5AQWA 4IWVA 1GLDG 3FR0A 4H5WA 1NGBA 1NGFA 4CZKA 2PBDA 4BRQA 3VF4A 2D4WA 1HX1A 4B1XB 3D2FA 5LY3A 4O5FA 2ZF5O 3SMSA 5JLHA 4BC4A 5KPRA 1IG8A 1MA9B 3O5BA 3DXMA 3W3DA 3GDQA 2AP1A 3MN6A 3HI0A 2W40A 1NWKA 3HTVA 3VETA 5ADXA 3QBXA 2P9KB 2ZWHA 3AY9A 4IO8A 2ASMA 1XUPO 3A0IX 3ZX3A 3FE1A 3O80A 1RGIA 2FLOA 1BA1A 3CJ7A 1BDGA 1S22A 3G25A 1U6ZA 3CI5A 2A6AA 1MWMA 4QS9A 4RCHA 2Q1NA 2DPNA 4YDUA 5ADXH 1QZ6A 3CIPA 2P9SA 3RSEA 3LDPA 2VCPA 3EL2A 3S41A 5AZIB 4BRLA 5AQPA 4IJAA 3BF3A 3ULEA 1BWFO 5AQQA 2GEMA 3CHWA 4JD2B 5AQUA 5AQLA 1YUWA 3QFPA 3VGKA 1HPMA 4WQ5C 1NGHA 3L4IA 1JCEA 4GNIA 3VESA 1Q18A 3H3OB 3L6QA 4HWIA 4B9QA 5AQZA 1QQMA 2P9IA 2P9PA 4EFHA 3KVGA 4BRIA 1QQNA 1GLEG 2VYPA 3VEVA 2AA4A 5FPEA 1HKBA 5F2RA 4FWLA 4Z94A 3UE5A 3SK3A 3HZ6A 3AAQA 4FWQA 4A2AA 4EHTA 4B1YB 2FXUA 4XH4A 2ZGZA 4DCHA 2D1KA 3FZMA 2EWSA 3VENA 1KAYA 3FZFA 2E1ZA 4CZFA 1SZ2A 1XC3A 4BQZA 3DJCA 1GLLO 4FWMA 4CZIA 5CE3A 3LDQA 2QM1A 4K25A 3P4IA 3H1VX 1HJOA 2QWRA 2E2PA 3ATUA 3LDNA 1LOTB 3H45C 2V7ZA 3HSCA 2NZTA 1QQOA 3O08A 4I6MB 4PKHA 4CZJA 4M7XA 3ZEUB 5EVZA 3O1BA 2YJFA 5TKYA 1HUXA 2QWLA 4BRMA 2I7NA 4BRFA 2H3GX 4JHDA 1OKJA 2ASPA 2PAVA 4FSVA 4AM7A 1J6ZA 3H46O 3FZKA 1HLUA 4B1VA 5AQKA 3QBWA 2E1YA 1TYQB 2P9NA 2F9WA 5AQYA 1QHAA 3O8MA 2E2NA 3EKUA 3WXLA 4M7YA 5F1XA 1ZC6A 3AARA 3D2EA 4M63C 4WYBA 3FFKB 5AQMA 2HMPA 2QWPA 3HM8A 3WQTA 4BR5A 1U2VB 3BEXA 1Z05A 5AQSA 4ISFA 3KHYA 2ZGYA 3QFUA 3QICA 3U9DA 2P9LB 3MK6A 5LJWA 5B8HA 2A42A 3ZETA 2VWBA 2HOEA 4WQ4A 3W0LA 4JNEA 4BR9A 3QDKA 4FWOA 2E2QA 1NGCA 3DAWA 5AFUA 3WEEA 5BN9A 3IMXA 1V4SA 1JCGA 3D2FB 3LL3A 3B8AX 3IUCA 2FSJA 4C23A 3I33A 3DXMB 3U4LA 3UKUB 3VOVA 4BG8A 4BVPA 1X3NA 1K8KB 3WQUA 2FF3B 5BN8A 2P9UB 3HBTA 4GY2B 4JN4A 5AFUH 4CJ7A 2QWOA 2D0PA 2Q97A 3WT0A 3UKRB 2IVOA 2FSNA 4Y0WA 4CZEA 2GUPA 2IIRA 4FL9A 3VEXA 2YCHA 1KXPA 4NB4A 3O1WA 3C0BA 5AQFA 3MN7A 4BROA 3UB5A 5FPMA 2V52B 1Z6RA 3FZLA 5BRHA 4EAHD 3VERA 5EXWA 4BRNA 2GELA 5BR9A 2A41A 1R59O 3MN5A 4CD3A 1GLFO 3GG4A 1BUPA 3L0QA 3MCPA 3R6MA 3SLCA 2J4RA 2GTDA 4PL7A 4MO4A 1X9JA 4BC5A 3CERA 1ATNA 5JICA 1RDWX 3QMLA 2HF3A 4JAXA 4BR7A 1V4TA 3ID8A 4IXCA 4BG9A 1SAZA 4DHYA 1WUAA 3CQXA 5BRDA 3EO3A 2A40A 4K41A 2CH6A 4H0YB 3LDLA 1DGKN 1S3XA 1TUUA 3J8AA 4NO7A 3O6WA 3LM9A 1TUYA 3EN9A 5AZJB 3EZWA 2D0OA 3M3ZA 4H5TA 4RTFD 3WXKA 1CZAN 3VEOA 1DEJA 1DKGD 3BUZB 3ZX0A 5I9EB 4H0VB 1XQSC 4FPBA 5AQXA 4BRDA 3F9MA 3DXKB 3O4WA 5AQTA 4FWRA 1BG3A 4FOEA 1YXQA 1EQYA 3GOIA 4YDUC 3ENOA 5JLFA 2FSKA 4F9OA 2GWJA 5AQHA 4J8FA 1NMDA 1HKGA 3C7NA 5BRFA 2QWNA 3M6GA 1ZBSA 1KAZA 1KAXA 4BGAA 1BO5O 3ZEUA 4BC3A 4CZMA 1SQKA 2YHWA 1GLBG 1C0GA 3A5NC 3FZHA 1C0FA 1D4XA 4FWSA 4FWPA 4BRHA 3GBTA 5BREA 4A61A 1ATSA 5ELZA 5AQVA 3GL1A 2FF6A 5LJVA 1MWKA 5FPNA 2QWMA 3TPQA 5EOYA 4WQ5A 1BU6O 2E88A 3VPZA 4O8KA 3CJAA 5AR0A 4H5NA 4BGBA 4CBXA 5KPTA 2QWQA 4BVOA 3ZX2A 4CZGA 3A5MC 2CGLA 1NGGA 2A3ZA 1BA0A 4B1UB 2Q2RA 5EY4A 1U2VA 4PL8A 2NRHA 2NLXA 4QS7A 3A5LC 2ITMA 4BRGA 4DB3A 2QXLA 5E26A 1NGAA 3ZETB 3I8BA 4BR2A 5F0XA 1G99A 1NGIA 1GLCG 4H0OA 4H5RA 4BC2A 2V7YA 4HTLA 3WEEB 4XH5A 4L3QA 3MMVA 3A5OC 1NGJA 3R8EA 2BUPA 4FWKA 3LDOA 2P9KA 3OHRA 5BPMA 4BRKA 4XEIA 3UKUA 4H03B 2CH5A 1K8KA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2WBNA 2Q36A 1HYSA 2P9UA 3J7AP 3IAYA 1KVCA 5E41A 4K42A 1NJYA 1GOBA 4OJRA 4IZ9A 3KK3A 3RMAA 3VF2A 5MLCQ 3U8XA 2YNIA 1SKRA 4DR2K 5BPLA 2Q31A 2UUAK 4W5RA 4JI4K 4IBNA 3AAPA 2ATQA 2G8HA 2UXBK 4CGJA 3GE1A 1KTQA 3FLCO 3OS2A 4I7FA 1OVYA 2W6KA 3MN9A 3TAMA 2E6LA 4CZLA 4IG0A 3ENHA 4EZ9A 2OANA 3BP8A 4HTUA 3AVHA 3HRGA 3TABA 3VA0A 4FJJA 2HVHA 3WXIA 3DWLA 3KK1A 1W2BM 2F4VK 5EX5A 1Q86O 1T44A 4FM2A 2QKBA 4KREA 3G6EN 3NH0A 1RDBA 4HCBA 1RT2A 1HQUA 5DM6L 1UWBA 4ISGA 4OPHA 3R9PA 3CF5L 1GLAG 4A2BA 3TWHA 3DLEA 3TAQA 4NLBA 1JCFA 3WNFA 1T6DA 1BIZA 3NF6A 4OLAA 4H5VA 1NLVA 2YNHA 4UQGA 4AM6A 3JS6A 2GX9A 3MDQA 3OYIA 2BTFA 3RRHA 2ZJQL 3NF7A 5D3GA 1Q82O 3TTDA 3QO9A 3H6EA 4DQ8A 4B1WB 1HYZA 5M1KA 3CXCM 4RG8A 3VF6A 1SKWA 1BOTO 1KCFA 4NYNA 2UXCK 4ISEA 1VQLN 1RDCA 1QZ5A 1XI1A 5CHIA 3NVMA 4IEIA 1GLJO 4ZHRA 1IKXA 2IS3A 3SV3A 4KO0A 1CZBA 2Y1IA 2Q0UA 4FW2A 1RT1A 1YJNN 3SJJA 4MO5A 1JKHA 2XRIA 3LZJA 1TL3A 2YI1A 2IVNA 2UYTA 3VEWA 2G8VA 4CESA 2P9LA 3P38A 1X3MA 4HUGA 5LMNK 4CZKA 3DLHA 4BC4A 4DV7K 3ZSYA 4DS4A 3RR7A 3VQ6A 2AP1A 3HI0A 1NWKA 3HTVA 1L3SA 3HK2A 1XUPO 4M3RA 2OTJN 5CZ2A 3FE1A 3O80A 1RBUA 4B8AB 1RGIA 3AVGA 1L3VA 1RNHA 2FLOA 1BA1A 1S22A 1RBRA 5M1NA 3QINA 4R79A 3CI5A 5C2DA 1MWMA 4CJ5A 1K73O 3QEXA 3I8DA 3ZLJA 4V19S 2P9SA 3RSEA 3DLLL 4B9LA 4JKCA 3MX2A 3S41A 3BF3A 1FK9A 1WSFA 1N6QA 5AQUA 4FW1A 4IOXA 1ILYA 3VGKA 3T7ZA 1NGHA 3AVCA 4IDHA 2WOMA 4GNIA 5IWAK 3VESA 3LAKA 3IKMA 1JLGA 3QLHA 3S5TA 3VQ7A 4PWDA 1NK4A 1Y97A 3F73A 4B08A 1RCHA 3VEVA 1OH8A 3MEEA 5C42A 4CHPA 4A2AA 4EHTA 2FXUA 3CCSN 2FC0A 4XH4A 3HOSA 2P1JA 3VENA 4QOZB 2E1ZA 1SZ2A 4FXDA 2HHWA 3O3HA 5LMUK 4I9QA 2QM1A 4K25A 4A59A 4CHYA 1UOCA 4MDBA 2E2PA 2FBTA 3SPZA 2WONA 2RN2A 1RBSA 3KD1E 3E9LA 3C6AA 5C25A 2NZTA 4EP5A 3CC7N 4PKHA 3O1BA 1HUXA 4JKBA 2QWLA 3AVIA 5FRNA 4JHDA 2PZSA 1YJWN 3FZKA 3IS9A 4GMJB 4O4GA 3QIPA 3MCAB 1NU0A 3NH1A 1QHAA 2E2NA 3TAFA 3OA9A 4M7YA 3WXLA 4BDYA 3D2EA 3AARA 5AQMA 4M63C 3S3NA 2HB5A 3HM8A 4BR5A 4JI2K 4DFMA 4X65K 1Z05A 5AQSA 4LFAK 1OH6A 1C0UA 3PUFA 2ZGYA 3U9DA 2WTUA 2P9LB 2VG6A 5LJWA 3VQ4A 4O0JA 1LWFA 3QDKA 4CGHA 3RMBA 4PQUA 3DOKA 1XHZA 4KHQA 2XY8A 3AA5X 5BN9A 5IT9O 3ZT0A 1JCGA 4A5AA 1OH5A 1K8AO 4TSXA 3TR8A 3IUCA 1KC8O 3PLAA 2ETJA 1NK6A 4EZ6A 4LY7A 4AHVA 4BG8A 4DR5K 5KI6A 1K8KB 1G15A 4M3XA 3RR8A 3VQAA 4CJ4A 4JRPA 5AFUH 4CEOA 4KHWA 4CJ7A 2KLAA 2D0PA 2KKZA 2IVOA 2FSNA 2JWKA 4CZEA 5GINA 2NRTA 2GUPA 4E3SA 3O1WA 3MN7A 4OKEA 4ID1A 1ZBLA 1QE1A 1WAJA 2QI2A 5BRHA 3HM9A 5DK5A 5T7BA 1K9MO 2D0CA 3PX4A 1QVGM 2A41A 4LD0A 1VSDA 4WFAL 4X64K 4DV2K 3ZT1A 3V4IA 2KFZA 3HVRA 1BUPA 1S1TA 2W6LA 3R6MA 3SLCA 1JLAA 2YHAA 1ATNA 1IBKK 4DS5A 2Z1JA 4CJRA 3QMLA 1HMVA 4KI6A 3KWIA 1VSJA 4CFDA 2Z1IA 3ID8A 3KKRA 1U04A 1TAUA 1WSGA 3DM2A 4K41A 3TSQA 2CH6A 2E4LA 4H0YB 2VGNA 3LDLA 1DGKN 4NO7A 3C6TA 4B9NA 1XNRK 3OYJA 2QKKA 5AZJB 3OYDA 4IFYA 4H5TA 3M8QA 1CZAN 1DEJA 1DKGD 2HSTA 1VK0A 4CJQA 4DSEA 1FKPA 5AQXA 5FLXO 2A1RA 4PA1A 1JL2A 3F9MA 3DXKB 3K9KA 3O4WA 5AQTA 4FOEA 4DR3K 4DUYK 1YXQA 1EQYA 3ENOA 2FSKA 5CZ1A 4J8FA 1NMDA 5KGXA 1HKGA 5BRFA 3QNNA 3VQ9A 4BGAA 1GOCA 3ZEUA 4BC3A 4FLZA 2YHWA 4JYAK 1WBBA 5HL7L 3FZHA 4FWSA 4BRHA 3Q7BA 5BREA 4JK7A 4ILJA 5AQVA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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