1Y64A

Bni1p formin homology 2 domain complexed with atp-actin
Total Genus 76
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
76
sequence length
369
structure length
356
Chain Sequence
ETTALVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPRSYVGDEAQSKRGILTLKYPIEGIITNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPTLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNVPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVLDSGDGVTHNVPIYEGYALPHAIMRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFVTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFENEMATAASSSSLEKSYELPDGQVITIGNERFRCPETLFQPSFIGMESAGIHETTYNSIMKCDIDIRKDLYANNVMSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWITKQEYDEAGPSIVHR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Structural protein
molecule keywords Actin, alpha skeletal muscle
publication title Structural basis of actin filament nucleation and processive capping by a formin homology 2 domain
pubmed doi rcsb
source organism Saccharomyces cerevisiae
total genus 76
structure length 356
sequence length 369
ec nomenclature
pdb deposition date 2004-12-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1y64A01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1y64A02
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 1y64A03
3AAPA 4FO0A 3J8AA 5AQZA 4IXCA 3H6EA 1RDWX 1S3XA 4FL9A 1ZXOA 3ZX3A 4CZKA 1Z6RA 2E2PA 4C23A 5BPLA 5KPZA 5F2RA 2GUPA 1K8KB 2QM1A 4CZFA 3G25A 4CZGA 1BDGA 2ASMA 4BRHA 1ZBSA 1NGHA 1GLJO 3DXMA 4K41A 3UKUB 4BG9A 3SMPA 3AY9A 4EFHA 5F0XA 2YI1A 4BC3A 2YCHA 2CGLA 3VETA 4K42A 3GDQA 4HWIA 2F9TA 3L6QA 4CZIA 3A5MC 1KAYA 4AM7A 1HUXA 4CZMA 5AQUA 4M7XA 5KPTA 3QB0A 3ATVA 3FLCO 3MN7A 3IMXA 5AZJA 2P9UB 3CJCA 1WUAA 3O6WA 5AZIB 3IDHA 3VF6A 4O8KA 4BRFA 4FWSA 2A3ZA 2D4WA 2CGKA 3VEVA 3WEEB 1U6ZA 3IUCA 4XH5A 4FPAA 5ADXH 3DXKA 3D2FA 1NMDA 4H0TB 3VF2A 3C7NA 4JHDA 3SLCA 3WQUA 4BROA 1QZ5A 1NGBA 2IVPA 3FZMA 2Q36A 2ZGYA 4BVPA 1RFQA 2CGJA 1ATSA 1E4FT 5EOYA 1KAZA 4WQ5A 4CZHA 4WYBA 3RSEA 4CI6A 4IWVA 4GY2B 2BUPA 1BU6O 2QWQA 3AAQA 5AQLA 3A5LC 4BQLA 2CH6A 2FSJA 4FPBA 5AQFA 5AFUA 5E26A 1DKGD 4B1ZA 5JLHA 1BO5O 1ATNA 4BR7A 3TU5A 2YJEA 2NLXA 1XUPO 3ULEA 3SJHA 3HI0A 5EXWA 3S41A 5AQQA 4BRPA 4H5RA 3CJBA 2P9NA 4BG8A 1CZAN 1NGFA 1NGAA 4FWPA 4BGBA 2P9PA 3MMVA 4FWMA 1U2VB 4XH4A 1NGCA 3H45C 5EX5A 1T44A 4BR5A 3MN6A 1GLDG 5KPRA 5FPEA 2YHYA 3VEXA 4GNIA 3M3ZA 1HLUA 3LDLA 2P9IA 3A0IX 2FLOA 1X9JA 3O1BA 4PKGA 4PKHA 3UE5A 1KXPA 1SZ2A 3F9MA 1YVNA 3I33A 3P4IA 4H03B 2PBDA 4BRKA 3GOIA 3VGLA 2V51B 4DB3A 1S22A 4NB4A 1QZ6A 3LL3A 3U9DA 3HSCA 1YXQA 1Q18A 2FF3B 2GWKA 3ZEUA 5FPDA 4I6MA 5AQTA 2FSKA 2IVOA 3QBWA 3R6MA 3JXUA 3R8EA 3TPQA 3ZX0A 4JNEA 1MWKA 4FOIA 3O1WA 2QWPA 2Q0UA 5AQRA 4JAXA 3O5BA 3DXMB 4WQ5C 5AQGA 1T6CA 4FSVA 3ENHA 3QFPA 4BR9A 5KQDA 2DPNA 4KBOA 4H5TA 1MWMA 4M63C 2Q97A 1HKBA 3UB5A 2A5XA 1H1VA 2ASPA 3H1VX 4YDUA 4Z94A 5LJVA 3BP8A 5BREA 2QW9A 5AZJB 3OHRA 4EHUA 1GLBG 3H3OB 3ZETA 1LOTB 2QXLA 1NGEA 3A5NC 4BVOA 1NGJA 3EZWA 3H46O 3KHYA 5BPMA 1BA0A 4MO4A 5BRHA 3DXKB 1NM1A 3D2FB 4IJNA 1V4TA 1GLAG 2HMPA 3BF1A 5AQWA 2E2NA 4IZ9A 4CBXA 2P9SA 1HX1A 4BRAA 4A2AA 2V7ZA 5FPMA 3W0LA 2D1KA 4K25A 3RSEB 2AP1A 3CI5A 4B1VA 3VERA 3O4WA 2E20A 3UKRA 1C0GA 5AR0A 1BG3A 1P8ZA 4BRIA 1XQSC 3U8XA 1NWKA 1TYQA 2D0OA 3ID8A 3GE1A 1HJOA 3FZFA 3ENOA 3DAWA 3ULEB 1Y64A 3VOVA 3WQTA 3BUZB 3VF4A 3D7EO 3I8BA 2A40A 2IVNA 1KAXA 4H0YB 2P9NB 3VENA 1K8KA 1QQMA 2E1ZA 1GLLO 1NBWA 2P9PB 3LM2A 4WQ4A 4BRGA 3QDKA 2F9WA 3CQYA 3FE1A 4H0OA 2I7NA 2BTFA 3O08A 4YDUC 4A62A 4BRQA 5F1XA 5I9EB 4FWKA 2QWRA 2QWMA 2W41A 1DGKN 4H5VA 2ZF5O 3WT0A 2OANA 4E1JA 4DHYA 4BRLA 4K43A 1QQNA 1HKCA 4BRMA 5FPNA 3WXKA 1TUYA 2YHXA 5CE3A 4JD2A 3ZEUB 2FSNA 4FWLA 4I6MB 2V52B 4Y0WA 4AM6A 1X3NA 2NRHA 3FGUA 2GTDA 1G99A 3WXIA 3FZHA 3VEOA 3KZBA 4EIAA 1MDUB 3O8MA 5TKYA 5AFUH 5BRFA 4L3QA 2AA4A 2EWSA 4LC9B 5AQOA 1BWFO 3HM8A 3M6GA 3FR0A 1RGIA 3D2EA 2E2QA 2ZWHA 2P9LA 4BC4A 4BC2A 1IJJA 5BPNA 3C0BA 3CETA 5BN9A 4RCHA 1BUPA 3MN9A 3B8AX 3U9ZA 3LDQA 2GELA 4CZJA 2GEMA 4BGAA 2ASOA 4PL8A 3WUHA 3W3DA 3EN9A 2W40A 3JS6A 3ZETB 4BRDA 3HBTA 4H0VB 3VGMA 3LDNA 3CJ1A 4H0PA 3GG4A 5AQIA 2P9KA 5LJWA 5AQYA 3H1QA 4WQ4C 1NGGA 5BN8A 2FXUA 1SAZA 4ISFA 2P9SB 1NGDA 2VCPA 1SQKA 2A41A 2QWNA 3HTVA 1JCGA 3QICA 3FFKB 3U4LA 3M1FA 5AQSA 3VESA 4CBUA 2Q1NA 3UKRB 3CIPA 1QQOA 5AQVA 1J6ZA 1T6DA 2E88A 5JLFA 2E2OA 1BOTO 1TYQB 4NO7A 5BR9A 2D0PA 2Q0RA 3ZX2A 4CZEA 3C7NB 4JHDB 2HF4A 4EHTA 1YUWA 1V4SA 3CHWA 1ATRA 3H3NO 3QFUA 4JN4A 4F9OA 5JICA 3CJ7A 1Z05A 1X3MA 4BQZA 2VWBA 4B1UB 1OKJA 1NLVA 3WXLA 3VPZA 3SMSA 1GLFO 2UYTA 3BF3A 4O5FA 4XEIA 3MN5A 3EO3A 3GL1A 1XC3A 5ADXA 2YHWA 3VEZA 4IJAA 1C0FA 2E1YA 3LDOA 5EVZA 2FF6A 3ATUA 3QMLA 5EY4A 3MK6A 1EQYA 3O80A 1D4XA 2GWJA 4RTFD 4MLEA 2PAVA 4XH1A 1QHAA 4JD2B 4FOEA 2YJFA 5AQHA 5AQPA 3CQXA 4CD1A 3L4IA 4QS7A 4ISGA 3UKUA 2ZGZA 3VEWA 2A42A 2P9IB 1WOQA 5AQXA 3R9PA 4A2BA 4B1XB 3DJCA 2ITMA 5ELZA 4MO5A 1GLCG 3DWLA 2NZTA 4BRCA 1ESVA 2Q31A 1JCFA 2H3GX 3D2EB 2Q2RA 2P9LB 3KVGA 3CJAA 4CD3A 3A5OC 5BRDA 2P9UA 3MDQA 4PL7A 5KQ8A 1DEJA 3CJ9A 5AZIA 2CH5A 2A6AA 3MCPA 4ISEA 4MLHA 1E4GT 1HKGA 3WEEA 3WXJA 3LDPA 2P9KB 4BRNA 2IIRA 4H5WA 4QS9A 4H0XB 4BREA 3EKSA 4B1WB 3GBTA 3L0QA 4BR0A 3QBXA 5AQMA 3IFRA 3EL2A 5AQJA 4FWRA 3EKUA 3SK3A 1TUUA 4EAHD 5AQKA 5AQNA 4BR2A 4FWNA 3BEXA 2HOEA 4CZLA 4DCHA 3CERA 1NGIA 4FWQA 3VGKA 4J8FA 1R59O 4FWOA 1MA9B 2E8AA 1LCUA 2KHOA 2HF3A 4CJ7A 2J4RA 2QWOA 3FZLA 3FZKA 4PKIA 3LM9A 1GLEG 3AARA 5E84A 2I7PA 5LY3A 4DQ8A 5JMVA 1U2VA 4RWTA 3HZ6A 4A61A 4H5NA 3VEYA 1IG8A 4BC5A 4IO8A 2V7YA 1BA1A 1JCEA 2QWLA 4HTLA 4BR4A 4M7YA 4B1YB 4QS8A 3A8YA 2WUSA 4CBWA 4B9QA 1ZC6A 1HPMA 2VYPA 5B8HA 1YAGA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4E7JA 5AQZA 4IXCA 1ZXOA 3I8DA 2WONA 4CZKA 2E2PA 4C23A 2JLEA 5BPLA 4JI3K 2GUPA 5C2DA 2W6LA 5JVGL 3CCLN 1BDGA 1RNHA 5HROA 2PYJA 4BRHA 1U47A 4K41A 1JLQA 5C24A 5HP1A 4BG9A 4F4KA 4MQ3A 4DU4A 2OA8A 2YI1A 1HYZA 3VETA 4U7BA 1TV6A 4JI2K 4HWIA 4AM7A 4A57A 5AQUA 2QXFA 1FJGK 2KTQA 3ASMA 3CJCA 4EZ6A 1WUAA 3O6WA 3VF6A 3OYIA 1U45A 4DSLA 2D4WA 3AO5A 4FW2A 3VTHA 3BZCA 1XMOK 1NMDA 2UUCK 3VF2A 3EE9A 4KV8A 2Z1HA 3DLHA 2QA4N 1JL1A 2ITGA 2Q36A 4GVEA 2ZGYA 2CGJA 5D3GA 3CMAN 1VQ5N 2O8EA 1ATSA 2UXDK 4WYBA 1UA0A 3RSEA 4CJVA 4CEEA 4IWVA 1EWQA 1VRTA 2B5JA 2BUPA 1NJXA 1VQKN 2OTJN 4DFKA 3RR7A 3AVCA 2HNDA 3OYGA 1ATNA 4MDBA 3TU5A 1CLQA 2NLXA 3ULEA 5H1SQ 4NXNK 4C1NK 4BEBA 2O8BB 5KTQA 3S41A 1NG9A 2VWJA 4LF9K 4BG8A 1CZAN 1NGFA 2EX3A 3EE8A 3V4IA 1KRPA 3DYAA 3ZSXA 4BECA 2HHUA 3K58A 2YX6A 3NDKA 2P9PA 3AVFA 3QEIA 4DTJA 2EHGA 4KPYA 1GLDG 2YHYA 4DR1K 3VEXA 4GNIA 3A0IX 1SKWA 3O1BA 4BE7B 4NYFA 1KXPA 3ALYA 1NK8A 3F9MA 3PX0A 4OLAA 3E66A 2PBDA 4BRKA 3VGLA 4ICLA 4BY9C 4NB4A 1BISA 3LL3A 4CF8A 3HSCA 5K14A 3ZEUA 1YIJN 1JLGA 3G0ZA 3HYFA 3O9RA 1YT3A 4I6MA 4YOXA 4KHSA 3RRHA 5AQTA 1JL2A 1N36K 1FKOA 1KCFA 4FJNA 3ZX0A 4JNEA 3K59A 1MWKA 2IAJA 4FOIA 1YJWN 4LSLA 4E89A 4YOVA 2WFBA 3HL8A 2Q0UA 4DR3K 1NJYA 1UA1A 4CF0A 4JAXA 4BDZA 4CECA 5AQGA 1UWBA 4OKJA 3ENHA 3T3FA 5KQDA 5HRNA 1MWMA 1WSFA 3DLRA 4JKBA 4GW6A 1JXBA 1LWEA 1I94K 2A5XA 1S6PA 1RT4A 1M1KO 4OPHA 4CIFA 4B9MA 4CEQA 3CFRA 3OHRA 2ZJRL 2A1RA 1GLBG 4KB0A 3H3OB 3ZETA 1LOTB 4FJLA 2P51A 2FC0A 4PY5A 4QAGA 4NXMK 4FM1A 1BA0A 1VQ6N 1V4TA 4B9LA 1SL0A 1SL2A 4HUGA 1XHZA 3V1OA 4CBXA 5FPMA 3AA5X 1LWFA 2D1KA 4IFYA 1YJ9N 3O3FA 2AP1A 3WNFA 1BG3A 4BRIA 1C1BA 2ZE2A 3SAGA 2D0OA 4JI1K 3VQPA 2HHWA 1HJOA 1BI4B 3DAWA 3WNHA 3DLEA 3VOVA 4NCGA 3G6EN 1J5EK 4HCCA 3VF4A 1K73O 2D0AA 3AA3A 4ILHA 1DTQA 1D8YA 1KAXA 3V9ZA 2KZMA 1K8KA 3NGIA 4FXDA 1NBWA 4WQ4A 4BRGA 4ELUA 3QDKA 1SL1A 2QI2A 5KGWA 3VQ7A 3OS1A 3O08A 4YDUC 3LP1A 2QWMA 3MWTA 3CG7A 4IOCL 5KI6A 2E6LA 4DHYA 4K43A 2NNWA 4BRMA 1TUYA 4CJUA 1NOYA 4YNQA 1J53A 2NRTA 4FWLA 4CIEA 2GTDA 3VTIA 4JKHA 3NH1A 2HB5A 5AFUH 4DR2K 4FJ8A 4LC9B 1BIUA 3CCEN 3HM8A 1RGIA 1UOCA 4ZTJA 3ITHA 2ZWHA 4N76A 3OTOK 4KB1A 5BPNA 3RMAA 5HRPA 3C0BA 3T1AA 4M3UA 1WN7A 5KRTA 4RCHA 4M3YA 3I0SA 4BGAA 1HNVA 3WUHA 4FLUA 1Q9YA 3W3DA 2DTUA 3EEQA 4CJPA 4H0PA 3GG4A 4BE0A 4CHQA 3QEPA 5AQYA 1KFDA 1M90O 2FXUA 1SAZA 1T05A 3TR8A 1VSKA 1HMVA 3S3NA 3RR8A 3LP3A 3FFKB 1LAWA 5CZ1A 4CW7B 3V9XA 5JLFA 4YHHK 2DY4A 1A5WA 3TI0A 4PQUA 5FRNA 4CFBA 4JHDB 2HF4A 4JK8A 4EHTA 3C6HA 3MEEA 3ZSYA 1RDDA 1VSMA 3CHWA 1ATRA 3H3NO 4JN4A 4DSKA 5C25A 4GVMA 1Y97A 4AHSA 1TK8A 1RBSA 5HL7L 3VQ4A 1OKJA 3L2QA 1UAXA 3SMSA 4B3OA 3AGKA 4KTZA 4AH9A 3EO3A 4CGIA 4Z4HA 3K0SA 2YHWA 2O8FA 4E7IA 1ILYA 5CR4A 1RT1A 4B9VA 2E1YA 3HRGA 4IDHA 2FF6A 5EY4A 3SAHA 3BZKA 3LANA 1BQNA 3CYGA 2PAVA 3U3GA 4LSNA 4IFVA 5AQHA 4N56A 2XY6A 1O1WA 2JWKA 3VN5A 1TAUA 2OTLN 2HHIA 4ISGA 4GKKK 3LPTA 1WOQA 2YNGA 3ZSRA 1JLFA 4AILC 3HO1A 1RTIA 4BRCA 1ESVA 2Q2RA 3HPOA 2P9LB 3I56N 3F2KA 1SV5A 5KQ8A 4PL7A 1DEJA 1BGXT 2IC3A 2C1GA 2BE2A 4B3RK 3SQ2A 2XRIA 3S9HA 3EY1A 3TSPA 1EKEA 4W5OA 1WSGA 2P9KB 3SI6A 3CM6A 2IIRA 3EKSA 5DM7L 3T1HK 4CJQA 4BR0A 5AQMA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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