1Y64A

Bni1p formin homology 2 domain complexed with atp-actin
Total Genus 76
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
76
sequence length
369
structure length
356
Chain Sequence
ETTALVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPRSYVGDEAQSKRGILTLKYPIEGIITNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPTLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNVPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVLDSGDGVTHNVPIYEGYALPHAIMRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFVTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFENEMATAASSSSLEKSYELPDGQVITIGNERFRCPETLFQPSFIGMESAGIHETTYNSIMKCDIDIRKDLYANNVMSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWITKQEYDEAGPSIVHR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule keywords Actin, alpha skeletal muscle
publication title Structural basis of actin filament nucleation and processive capping by a formin homology 2 domain
pubmed doi rcsb
source organism Saccharomyces cerevisiae
molecule tags Structural protein
total genus 76
structure length 356
sequence length 369
ec nomenclature
pdb deposition date 2004-12-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1y64A01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1y64A02
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 1y64A03
4CZHA 3O6WA 4IJNA 4BG9A 4IXCA 2FSKA 3L6QA 5ELZA 2FSJA 3A5OC 2PBDA 2YJEA 1Z05A 2D0OA 3QFUA 4CBWA 3IMXA 5BR9A 3FZLA 4A61A 4DQ8A 4B9QA 4BR4A 1J6ZA 3RSEB 4KBOA 3O4WA 1TUYA 3L0QA 1WUAA 4RTFD 2A5XA 4K42A 1NGCA 3SK3A 4BG8A 1MA9B 1RGIA 1HJOA 5AQLA 3ATUA 2CGKA 3MMVA 4CBUA 5AZJA 3VETA 1NGGA 4CBXA 1E4GT 4QS7A 3A5LC 3A5MC 2YJFA 3MN5A 2ZWHA 4HTLA 4M63C 4MLHA 4PKIA 2W40A 1GLFO 1Q18A 2DPNA 2P9KB 2HF3A 1C0FA 3FZMA 1YAGA 3DXMB 4GNIA 3VEWA 3FZHA 4BVPA 1NGJA 3H6EA 3UKUB 1XQSC 4J8FA 3FGUA 5TKYA 2HOEA 5FPEA 2J4RA 3EZWA 4BQLA 3VENA 4IZ9A 5E84A 4PL7A 2QWNA 2E2PA 5ADXA 2CGJA 5KQDA 3QBXA 4FOEA 3ZEUB 3LDPA 3O80A 3P4IA 4O5FA 2ZF5O 4A2AA 4CZGA 2A3ZA 1XC3A 3ATVA 2A40A 2E20A 3IUCA 5AZIB 3CQXA 3EKSA 3MN9A 1T6DA 3C0BA 4BGBA 3FLCO 1KAZA 2NRHA 3EL2A 4FWSA 3D2FA 5BPLA 2NZTA 4JAXA 4E1JA 2ASPA 2E2QA 1GLAG 4BROA 3IDHA 1ATSA 2AA4A 1T44A 1WOQA 3GE1A 2I7NA 3MN6A 5BPNA 3CJ1A 2Q31A 3O1WA 4JNEA 3VEYA 4AM7A 4B1XB 3H46O 5KPTA 4K43A 2P9SB 2FLOA 3VGKA 3R9PA 2NLXA 2ASOA 1Z6RA 5BPMA 4BRAA 1X3NA 3CHWA 5AQMA 1GLDG 3JXUA 5F2RA 1EQYA 4WYBA 3U8XA 3WQTA 4B1UB 3DXMA 4EFHA 4FWPA 3LDLA 1S3XA 4CZKA 4FPAA 3H1VX 2ZGZA 3VESA 3C7NA 5B8HA 3VF2A 3UKUA 3UKRB 1MWKA 2ASMA 2I7PA 2VCPA 5AQZA 4FWQA 3UE5A 4BGAA 2P9LA 4M7XA 1YXQA 4C23A 3DJCA 2IVPA 3ZX3A 3MN7A 3VF4A 3LL3A 1HUXA 1XUPO 5AQHA 3ZEUA 1DKGD 3D2EB 4BRKA 3QB0A 2E88A 4WQ5C 2QWLA 2YI1A 1IG8A 4ISGA 1BDGA 4RCHA 5AZIA 2W41A 4BRMA 4L3QA 3WXLA 4CI6A 3ZX0A 5AQYA 1E4FT 3S41A 3DWLA 3M3ZA 4H5TA 4H0OA 1QQMA 4B1ZA 5BRDA 2GUPA 4BREA 4QS9A 5AQVA 1HX1A 3H1QA 4FWKA 4K25A 1D4XA 1NMDA 3FZFA 2GTDA 2P9UB 4CZFA 1KAXA 3QDKA 5AQWA 5AQTA 5BN9A 1V4SA 3HM8A 3O5BA 2P9SA 5AQQA 2EWSA 3A0IX 3DXKB 3AARA 4BR0A 3CETA 4WQ5A 1MDUB 4A62A 3LDQA 3D7EO 4H0YB 4WQ4A 3WEEB 1P8ZA 2VYPA 3UKRA 2QM1A 1ZC6A 3HTVA 4H5NA 2FF3B 1KXPA 4JD2B 3HSCA 3GG4A 3CERA 5AQXA 3SMPA 4A2BA 3WXJA 3KZBA 4XH4A 5EY4A 3CJ7A 4CD1A 4FWNA 3D2EA 3HZ6A 2AP1A 4JHDB 1GLJO 2BTFA 5AFUH 4CZMA 1GLBG 2V7ZA 4NO7A 2P9NB 3O1BA 3VERA 1SQKA 4H03B 4H5WA 2CH6A 2IVNA 3B8AX 5KPRA 4K41A 2P9PB 2A6AA 2V7YA 2P9UA 3SLCA 4CD3A 3I8BA 4FOIA 3ZX2A 4BRNA 3AY9A 3FFKB 3FE1A 3A8YA 3RSEA 4MLEA 3W3DA 4PKHA 1DEJA 1OKJA 4FO0A 3DXKA 3SJHA 2QXLA 4BVOA 3CIPA 3L4IA 3LDNA 4B1VA 5AQSA 1NGIA 4H0TB 5AQNA 1BA0A 4O8KA 4BRGA 4PKGA 2QWOA 5KPZA 4Y0WA 1NGFA 2A41A 3EN9A 2Q0UA 4IJAA 2BUPA 2VWBA 4BRIA 3M1FA 4FWMA 2P9IB 2P9KA 3I33A 3M6GA 1YVNA 1JCGA 3VEVA 2YCHA 4JD2A 3VF6A 3H3OB 4CZEA 4BRPA 3MCPA 4FWRA 1NBWA 1NM1A 1NGAA 4JHDA 4H5RA 3U9DA 1HKGA 4GY2B 2E1YA 3WT0A 1G99A 1T6CA 3CJBA 1RFQA 1C0GA 3OHRA 2IVOA 3VEXA 4FL9A 4YDUC 2YHWA 5AQFA 3R6MA 3BEXA 5F1XA 1YUWA 2FSNA 3CQYA 3EKUA 5JLFA 1R59O 1BUPA 1JCEA 1H1VA 1U6ZA 3BF3A 4BC2A 4EHTA 1LOTB 3SMSA 1NGBA 4WQ4C 1TYQB 2GELA 3BF1A 3O8MA 1GLCG 3ZETB 1BG3A 3ENOA 3AAQA 2ITMA 3HBTA 2Q2RA 3MDQA 5FPNA 3QFPA 4BR5A 2FF6A 4YDUA 4FPBA 1V4TA 2QWPA 3AAPA 3WUHA 4Z94A 3EO3A 3GDQA 3QBWA 5FPMA 1JCFA 3UB5A 5FPDA 2F9TA 1QHAA 1NLVA 1ATNA 4IO8A 4XEIA 3O08A 5KQ8A 3TU5A 5ADXH 4MO4A 2CGLA 1NWKA 1CZAN 2QWRA 5BRFA 4BC3A 5AQOA 4BRLA 4I6MB 3FR0A 4FSVA 2YHYA 5AQIA 1U2VB 2E1ZA 4H0PA 4EIAA 1ESVA 3D2FB 1IJJA 5EVZA 4CJ7A 4H5VA 4EAHD 4BRCA 4ISEA 3VEZA 4H0VB 4F9OA 1NGEA 4IWVA 1SZ2A 5AQPA 4FWOA 3LM2A 3QMLA 2OANA 1BU6O 3H3NO 1NGHA 5BN8A 1TYQA 1QZ6A 4MO5A 5LJWA 4BRQA 3ZETA 1ATRA 3CI5A 2YHXA 4BR2A 1BO5O 3WXIA 3FZKA 5LY3A 3KHYA 5EX5A 4BQZA 3C7NB 3U9ZA 2CH5A 1X3MA 2D1KA 4BRDA 1QQOA 5EOYA 2GWJA 2V52B 1GLLO 1HPMA 1ZXOA 2P9LB 3CJ9A 1QZ5A 1S22A 2HMPA 1BWFO 1K8KB 1BOTO 3ID8A 5JLHA 3GL1A 3R8EA 4XH5A 4PL8A 3ULEB 4BC4A 1BA1A 4FWLA 4NB4A 4DHYA 3WEEA 2QWQA 2QWMA 5LJVA 4I6MA 2F9WA 3H45C 5AQRA 5JICA 2KHOA 4LC9B 1U2VA 2D4WA 5AQKA 3BUZB 4BR9A 2WUSA 3BP8A 3U4LA 4QS8A 3VPZA 4BRFA 2GWKA 4CZLA 1HKBA 5BRHA 3LM9A 4BR7A 5I9EB 1NGDA 1TUUA 1DGKN 2FXUA 4XH1A 3MK6A 4DB3A 2ZGYA 2V51B 5AFUA 4B1YB 3IFRA 3VGLA 2QW9A 3F9MA 4CZJA 4DCHA 2UYTA 3LDOA 2A42A 3GOIA 1SAZA 1X9JA 1Y64A 3HI0A 5EXWA 2E2NA 2P9NA 3G25A 1QQNA 5CE3A 2HF4A 5AQJA 2IIRA 2Q97A 3A5NC 3W0LA 2P9PA 5AZJB 1HKCA 4HWIA 1RDWX 4JN4A 4BC5A 5JMVA 3JS6A 2H3GX 4B1WB 3WQUA 2E2OA 4H0XB 2GEMA 3CJAA 5F0XA 5AR0A 5AQUA 3TPQA 3VEOA 2D0PA 3ENHA 3J8AA 3VOVA 5BREA 1K8KA 4AM6A 1KAYA 3VGMA 5AQGA 3KVGA 1LCUA 2PAVA 2Q0RA 1GLEG 3ULEA 4ISFA 3WXKA 4M7YA 2Q1NA 4BRHA 1ZBSA 2Q36A 2E8AA 1MWMA 3QICA 2P9IA 4CZIA 4RWTA 3CJCA 1HLUA 4EHUA 3GBTA 3DAWA 5E26A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1BGXT 2HNDA 3HVTA 4DU3A 4AHSA 3A5OC 2PBDA 1GOAA 1HMVA 2YJEA 1Z05A 4CBWA 1T7PA 4B8CA 3IMXA 5BR9A 4A61A 4KHWA 4B9QA 3TABA 5AJ3K 4CESA 1TAUA 1TUYA 5KRTA 4WFBL 2A5XA 4K42A 4W5NA 4BG8A 1MA9B 3CMEN 2E6LA 1IKWA 4CBUA 5HRPA 1E4GT 4QCLA 3A5LC 3A5MC 2ZWHA 4M63C 3MXJA 2P9KB 3T1AA 4JK9A 2HF3A 1RT3A 1K9MO 3DOLA 4DV5K 4EP5A 4BDYA 1S1XA 1LAVA 5TKWA 4CF8A 2ZJRL 4BVPA 3LWMA 3H6EA 4FJMA 1ASVA 2ZD1A 2E4LA 5FPEA 2HSTA 3J81O 3VENA 1Q81O 1TK0A 3KD1E 1Q9YA 5CYQA 4BY9C 3AVNA 3ZEUB 4CHYA 1IV0A 2E20A 3K58A 3CQXA 4IOXA 5DK5A 4FM1A 3EYZA 3EKSA 1W9HA 3C0BA 4UQGA 1JLQA 1IKXA 2X6SA 4B9LA 1S72N 1QQCA 3EL2A 4JAXA 5DM7L 3IDHA 1HQEA 2HBKA 4XIUA 1T44A 3GE1A 1VRTA 3N4QA 3CF5L 5KPTA 5J2NA 4IDKA 1EX4A 4O5BA 4DG1A 3CHWA 4O44A 3TAGA 3JXUA 5F2RA 4B1UB 3DXMA 4E7HA 2VG5A 1RBRA 3E66A 5CZ1A 4DQQA 3LDLA 2KKZA 4FPAA 2NNWA 3Q7BA 3VESA 3UKUA 3UKRB 3DLKA 2RHKA 3ZSXA 3ID6A 4DF8A 3K9KA 4J2EA 1N34K 1JL1A 3TI0A 4KKOA 3VQBA 1DKGD 3KLHA 5LL6Z 3QB0A 1OH5A 2NRXA 3CC4N 2YI1A 1BDGA 4L3QA 1NG9A 4JI1K 3SAHA 1K73O 1C1CA 4O55A 3M3ZA 5GAHP 1QQMA 4TSXA 3AA4A 4JI7K 4CJ5A 3DI6A 4PHTX 1NMDA 3WNHA 4MQ3A 3QDKA 3VQ8A 5AQWA 3NGZA 1RCHA 5I3UA 1FKOA 2Z1IA 3ZYYX 4LY7A 2EWSA 2YNFA 3A0IX 3DXKB 3O4NA 3HOSA 3OBWA 1NK8A 3L4QA 5SZTA 4H0YB 2QXFA 3WEEB 3AVJA 1O13A 2VYPA 3CFRA 4CEAA 2C1GA 4H5NA 3PIPL 1W97L 3OYBA 4FJXA 4DSLA 4FLWA 4X65K 2F4VK 4KREA 3SMPA 1ZBUA 1FW6A 4DTMA 3NAEA 3KZBA 4HUEA 4CD1A 4B3OA 1GLJO 4FYDA 1J9AA 2Q3SA 2O8CB 3R1XA 1C1AA 4KTZA 1J5OA 4JRQA 5C42A 2OZMA 1SQKA 4H5WA 4JKCA 3B8AX 4CFDA 2V7YA 4WFNL 3K59A 2F8SA 1T3VA 2RKIA 2KZMA 4CD3A 3C95A 1KRPA 3I8BA 3ULDA 1F21A 3V9ZA 4BEBA 2HBJA 5J2QA 4F8RA 2QEXN 3DOKA 4C8KA 1OH7A 4B9VA 3OS1A 4B1VA 5AQSA 1WB9A 3VA3A 2QWOA 5HL7L 2W00A 1NGFA 2A41A 3EN9A 2Q0UA 2BUPA 1N36K 4BRIA 3NVMA 3G71N 2HHXA 1YVNA 3G6EN 1VSIA 2WC9A 1VQ4N 4KI4A 3NBPA 4M3ZA 3CCQN 3CG7A 1J5EK 2DTUA 5J2PA 1ZBLA 4GMJB 4JHDA 1NK6A 3ZSRA 3T69A 1UOCA 1X9SA 3OYJA 1T6CA 2IVOA 3VEXA 4CHNA 1LW2A 2YHWA 3R6MA 3M8SA 3NCIA 5F1XA 4GVEA 1YUWA 2FSNA 3NE6A 1BISA 1JCEA 3AA5X 5KGXA 1LAWA 1LOTB 3LDSA 2G8IA 5LMNK 1CZ9A 1NJZA 3ZCMA 4Q5VA 4CGFA 1BG3A 5IT9O 2Q2RA 1TAQA 2VQEK 3CXCM 1LWCA 1R0AA 4O4GA 3AAPA 3M8RA 4J2AA 4KO0A 1Q86O 3QBWA 1T8EA 5FPDA 5T7BA 4OGEA 1Q82O 4XEIA 3O08A 3TU5A 5ADXH 4JI5K 5CZ2A 1FK9A 1TK8A 2OA8A 1A5VA 3T19A 1TKXA 4PUOA 3L2QA 1WSIA 3PX6A 3QETA 5AQIA 1YHQN 1U2VB 2OPQA 3V6DA 1B9FA 1ESVA 3HPGA 4H5VA 4IDHA 4EAHD 3LZIA 2KTQA 1D5AA 3CCMN 1IBKK 2HHTA 3T7ZA 4FJKA 1NGEA 3KKSA 2WBNA 3LP3A 5AQPA 1MU2A 4FWOA 4CJTA 4YNQA 3LM2A 2VG6A 1BU6O 3ZLJA 1JLGA 2NRTA 3PIOL 4CHPA 1ZBFA 1SL2A 4BRQA 1WAFA 3O3GA 5DMRA 2R7YA 3KTQA 1NKEA 4KFBA 4KB0A 2XY8A 4CEFA 4B8AB 3V1QA 4MDBA 4BQZA 4ELTA 4KHQA 1NOZA 5EOYA 2GWJA 2V52B 2O8FA 5D3GA 3ALYA 3OYKA 4X62K 3TAFA 4OLBA 1VQ9N 3GL1A 3R8EA 3ULEB 1RT4A 3CC7N 3G10A 4E7IA 2QWQA 3LAMA 4PY5A 5LJVA 1C6VA 3J7YP 4OPKA 4BE7B 5AQRA 4LC9B 1B92A 2WUSA 5KGWA 1QVFM 3VPZA 4BRFA 3CCEN 4CZLA 3OY9A 3AVHA 3HT3A 4XH1A 4DB3A 4FJGA 2FBYA 4OGCA 2ZGYA 4FLTA 3QO9A 3IFRA 1IKVA 2QW9A 3F9MA 3OJUA 1DT9A 2UYTA 4YOXA 3E9PA 2JLEA 4FZXC 1QSLA 3MWPA 2E2NA 2O4GA 2P9NA 3G25A 4FK0A 5CYMA 2HF4A 1S6PA 4CGJA 3JSMA 1RDWX 4JN4A 3CYGA 1XMOK 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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