1Y64A

Bni1p formin homology 2 domain complexed with atp-actin
Total Genus 76
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
76
sequence length
369
structure length
356
Chain Sequence
ETTALVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPRSYVGDEAQSKRGILTLKYPIEGIITNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPTLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNVPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVLDSGDGVTHNVPIYEGYALPHAIMRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFVTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFENEMATAASSSSLEKSYELPDGQVITIGNERFRCPETLFQPSFIGMESAGIHETTYNSIMKCDIDIRKDLYANNVMSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWITKQEYDEAGPSIVHR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule keywords Actin, alpha skeletal muscle
publication title Structural basis of actin filament nucleation and processive capping by a formin homology 2 domain
pubmed doi rcsb
source organism Saccharomyces cerevisiae
molecule tags Structural protein
total genus 76
structure length 356
sequence length 369
ec nomenclature
pdb deposition date 2004-12-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1y64A01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1y64A02
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 1y64A03
1BU6O 4B1XB 3LM2A 4A61A 1LOTB 3QFUA 2D0OA 4A2AA 3VGKA 5KQ8A 2YHWA 3CI5A 3P4IA 3RSEA 3H3OB 4BR4A 2P9SA 4B1UB 4BC2A 5AQWA 2E8AA 2HMPA 5KQDA 1MDUB 1YXQA 3O1BA 1HKBA 4IJAA 4KBOA 4J8FA 3FZLA 3UB5A 1KAYA 1NGJA 1KAZA 3IDHA 5AQLA 4BG9A 4B9QA 5FPDA 5BPNA 3CJ1A 1GLJO 2A40A 2Q31A 4CZMA 4JNEA 3ENOA 3FZKA 1RFQA 2Q0UA 5I9EB 3FGUA 3QBXA 3M3ZA 3A8YA 4BRMA 5F2RA 4H5TA 5FPMA 3VF4A 3MMVA 1MA9B 4CBWA 3D7EO 1ZC6A 2FF6A 2CGJA 5BN8A 2BTFA 4JN4A 3QDKA 4NO7A 5BPMA 3EN9A 2PAVA 3KZBA 1NGIA 4BC4A 3C7NB 4CBXA 3KVGA 3HSCA 3FZHA 4AM7A 5AQYA 2W40A 3CETA 3A5LC 4H03B 1GLDG 4BR7A 1TYQB 3H3NO 3VEVA 3MN7A 2NLXA 3C7NA 2QWMA 1ZXOA 2E20A 1C0GA 3GG4A 1DGKN 2E2OA 2GELA 2QWLA 3BF1A 3D2EB 4BRGA 2V7YA 5TKYA 3F9MA 2V52B 3C0BA 2YI1A 4JAXA 4CZKA 3SLCA 1TYQA 2IVPA 1GLLO 5AZJB 1NBWA 3FLCO 4CZHA 4PL7A 3D2EA 3OHRA 4M7YA 4B1YB 4FWRA 1XUPO 1YVNA 1G99A 2HOEA 3WXJA 5BRFA 5FPEA 5AQHA 1S22A 1YAGA 2E88A 3I8BA 3LDNA 3R6MA 1XQSC 1QHAA 2OANA 5AZJA 5AQMA 3O08A 4H0VB 3S41A 3GE1A 3VENA 2E2QA 4DQ8A 4EHUA 2Q0RA 3BEXA 2IVNA 1X9JA 3LDOA 3VF2A 2KHOA 4XH5A 3HZ6A 2D0PA 2ASPA 2CH6A 4FL9A 4A2BA 1HKCA 3VPZA 3D2FB 4IO8A 5JICA 3CHWA 3QB0A 3FZFA 3L4IA 2HF4A 2QWRA 5JMVA 1NM1A 4BRIA 5JLFA 1BWFO 2YHYA 1V4TA 2ZGZA 3TPQA 3O1WA 4FWNA 4DHYA 5E26A 3TU5A 5BREA 5EOYA 3D2FA 1C0FA 3WXLA 2NRHA 3GBTA 4DCHA 3H46O 2P9IB 2ITMA 3QICA 3MCPA 2QW9A 5E84A 3O80A 5BN9A 4EIAA 3ATVA 4BRDA 1ATRA 3CJ9A 4BVOA 1V4SA 5AZIB 1NGDA 4MO5A 1ZBSA 2AA4A 4EHTA 2P9IA 4M7XA 5AQQA 4H0XB 1GLAG 4YDUC 3EZWA 1JCFA 2QWOA 1BA0A 2V51B 3R9PA 4BC5A 2FLOA 5AZIA 4BR0A 2IVOA 2YCHA 3HI0A 4JD2B 4BGBA 3VEOA 3ZETB 4CZJA 1NGEA 2FSJA 1BG3A 4FSVA 1CZAN 1QZ5A 5AQVA 3LL3A 5LY3A 2IIRA 4XH4A 5AQJA 4ISGA 3WXKA 4BG8A 1LCUA 4FO0A 4JD2A 3VOVA 3QMLA 5AQIA 3ZETA 3JS6A 4K41A 3ZX2A 3VESA 4BRFA 4BRPA 3U9ZA 4CZLA 2FSKA 4FOEA 1BDGA 2YJEA 1NGBA 3QBWA 2F9TA 2I7PA 4BRHA 3L6QA 4K25A 1T6DA 2QWNA 4CJ7A 3ULEB 2GWJA 4BQZA 4K43A 5AQOA 1E4GT 1K8KB 2FXUA 5BRHA 2A41A 2QM1A 3MDQA 4FWLA 3BUZB 4IXCA 1Y64A 3M6GA 3MK6A 3LDQA 3CJAA 3AARA 1E4FT 2QWQA 4H0PA 3GL1A 3G25A 3MN5A 4BGAA 1YUWA 3L0QA 3ULEA 1QQOA 5AQTA 1Q18A 1K8KA 2ZGYA 3QFPA 1BA1A 4MLHA 2Q97A 2FSNA 2GUPA 1SQKA 5EXWA 2F9WA 5AQGA 2EWSA 5EVZA 3A0IX 5AFUA 2V7ZA 4FPBA 4YDUA 4GY2B 1GLFO 1RDWX 4B1WB 4CZGA 4MLEA 2P9NB 4Z94A 3IUCA 4PKIA 5AQPA 4BR5A 4H5NA 3W0LA 4FWMA 3WQTA 1ATSA 3CIPA 1NGAA 1X3NA 1D4XA 1NGHA 2CGLA 2P9NA 3LDPA 3UE5A 3ATUA 1MWMA 2BUPA 4PKGA 5AQZA 3MN9A 3VEYA 2E2NA 1OKJA 1NGGA 2A5XA 3I33A 1ATNA 1BOTO 1TUYA 1GLEG 3BF3A 4ISFA 3ENHA 3EKUA 3CJBA 1IG8A 3UKUA 3DXKB 1S3XA 4CZFA 2D1KA 3IMXA 4PL8A 5AQKA 4HWIA 1J6ZA 4H0YB 3W3DA 1TUUA 3ZX0A 4CI6A 4XH1A 2E1ZA 1HJOA 3H1VX 1MWKA 1WOQA 2P9UB 4BC3A 3DXKA 2AP1A 3FZMA 1NMDA 3WXIA 3JXUA 3R8EA 3FE1A 3DXMB 3A5NC 3CQXA 4EAHD 1T6CA 3WT0A 2YHXA 4PKHA 1U2VB 3KHYA 2P9UA 4BRAA 3FR0A 1P8ZA 4CBUA 3VERA 4F9OA 1Z6RA 5AR0A 5AQUA 3DXMA 3U8XA 4O5FA 3H1QA 3HTVA 5AFUH 2P9PB 1U2VA 3VEWA 4Y0WA 2VWBA 5KPZA 3VEZA 4B1ZA 3WQUA 3GDQA 1T44A 1X3MA 4IZ9A 2WUSA 1JCEA 1GLBG 1NLVA 2QXLA 3ZX3A 3A5OC 4M63C 4BROA 2P9PA 2CGKA 4CZEA 5LJVA 1QQMA 4CD3A 2GWKA 2DPNA 4H5VA 5ADXA 3ZEUB 5AQXA 2VYPA 3M1FA 4BRLA 4K42A 4WQ4C 4XEIA 4BVPA 4I6MB 1R59O 1NWKA 4BRKA 5KPTA 5BRDA 3CJCA 3ID8A 4FOIA 4NB4A 5AQFA 1H1VA 4B1VA 3MN6A 3ZEUA 4RWTA 1IJJA 4RTFD 4WYBA 3IFRA 2Q2RA 3AAPA 2E1YA 1GLCG 4QS8A 5KPRA 4I6MA 1NGCA 5ELZA 2ZWHA 1Z05A 2Q1NA 2PBDA 3U4LA 4MO4A 4QS7A 5EX5A 2VCPA 4E1JA 2A6AA 1KAXA 4HTLA 5FPNA 3UKRB 1BO5O 3VGLA 2I7NA 1RGIA 4GNIA 2ZF5O 1KXPA 2D4WA 2QWPA 2ASMA 3DAWA 3SMSA 4A62A 4FWSA 2GTDA 1HKGA 2E2PA 1QQNA 4H5RA 4WQ5C 4QS9A 2CH5A 4JHDB 3VGMA 2P9LB 4LC9B 2W41A 3BP8A 3SMPA 3UKRA 4BR2A 3FFKB 1WUAA 4IJNA 4ISEA 5BR9A 1U6ZA 3CERA 4FWQA 4EFHA 3H6EA 3H45C 2GEMA 2YJFA 4JHDA 5BPLA 3A5MC 1HLUA 2P9LA 3LM9A 3O6WA 3O8MA 3WEEB 3AAQA 3SJHA 4FPAA 4BRNA 3EKSA 1HPMA 3AY9A 5EY4A 4BR9A 4BQLA 4BRCA 1HX1A 3UKUB 4IWVA 2FF3B 3HBTA 5B8HA 5JLHA 1EQYA 4CZIA 3EL2A 3GOIA 3CJ7A 1JCGA 1SZ2A 3DJCA 3WEEA 3DWLA 5F1XA 4RCHA 4WQ4A 1ESVA 3B8AX 3J8AA 1DKGD 1HUXA 3WUHA 5AQRA 3U9DA 5F0XA 3O4WA 2HF3A 5ADXH 4AM6A 3CQYA 2UYTA 2P9KB 1SAZA 4C23A 2NZTA 4H0TB 4BREA 2Q36A 5CE3A 4FWPA 3HM8A 5AQSA 3SK3A 4DB3A 3VETA 1QZ6A 2A3ZA 2P9KA 5AQNA 2J4RA 3LDLA 3VEXA 4BRQA 4H5WA 4H0OA 1NGFA 2A42A 1DEJA 4WQ5A 1XC3A 4FWKA 2ASOA 2H3GX 4CD1A 1BUPA 3O5BA 3VF6A 4FWOA 4O8KA 4L3QA 3RSEB 3EO3A 2P9SB 5LJWA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1BU6O 3NFAA 4BE0A 2VWKA 3LM2A 4E0DA 1YTUA 1YF5L 3O4QA 1LOTB 3V1QA 2D0OA 1CZBA 4FLXA 3QEPA 3SAFA 3CI5A 4CF0A 4JRQA 3RSEA 1HQUA 2KTQA 3ZLJA 3OYJA 2P9SA 3ZT0A 4B1UB 1LWCA 4BC2A 1NMNA 1MDUB 3V1RA 1HKBA 4IJAA 4KBOA 4J8FA 4CIGA 3AO2A 4NLCA 3UB5A 5AQLA 1KAZA 1XI1A 4CCHA 4LF5K 4FVMA 3AVJA 2UXBK 4AHRA 3CJ1A 4O4GA 2A40A 4CZMA 5CZ2A 3ENOA 4KFBA 3FZKA 1RFQA 1A5VA 1OVYA 1BQMA 4CFDA 4FLTA 3PSIA 3FGUA 5F2RA 3VF4A 3MMVA 1SUQA 4CK3A 1MA9B 1IG9A 2ETJA 2CGJA 5K14A 3KK1A 1NKBA 3J7YP 2O8FB 2RN2A 3SNNA 4CGGA 3EN9A 4DQSA 3KZBA 1NGIA 4BC4A 4JKCA 3ZSWA 4JK8A 4WE1A 5J2QA 3KWIA 1XMQK 3OYNA 3A5LC 3OYGA 3ZSVA 2WOMA 4BWJA 3SYZA 1GLDG 4LF6K 3ITHA 3MN7A 2B5JA 2HVHA 3C7NA 1C0GA 3GG4A 3MX2A 3HPOA 1DGKN 4FW2A 3BF1A 3F2KA 4IEIA 2E5LK 2YI1A 1BGXT 4DV1K 4A5BA 1QE1A 1ASWA 1D9DA 3T69A 5FDLA 3SLCA 5AZJB 5M1QA 3VQAA 4CJEA 1RT4A 4B1YB 1XUPO 2HOEA 2D0AA 3P1GA 4QAGA 4H0VB 3S41A 1VRUA 1YI2N 3P31A 3R3LA 2HHVA 1QS4A 2VGMA 2G8UA 2FC0A 4EHUA 4KHQA 2IVNA 3VF2A 1KC8O 1VAZA 5MLCQ 3CCSN 3D6RA 2CH6A 4FL9A 4OPHA 1KCFA 4OKEA 3NVMA 4CEOA 4KHPK 4MFBA 1ILYA 3QB0A 1D9FA 2BGGA 1NM1A 4DTNA 4OJRA 3U6FA 2YHYA 1RDDA 3D2FA 4DCHA 1HNZK 4LSLA 1SKRA 3NHGA 4EIAA 3WNGA 3ATVA 3CCUN 3O4NA 1KVAA 1ASUA 1V4SA 4GVMA 2VWJA 4MO5A 3K5LA 5AQQA 4DV6K 3K9KA 1YHQN 3SJJA 3ZSOA 4C8LA 4N5SA 4BEBA 5DM6L 4JS5A 2Y1IA 3VQ6A 4FJJA 1S1TA 3L8BA 4BGBA 2NRTA 4DUYK 1SKSA 3ZETB 3VQEA 4CGDA 4LFCK 1Q81O 4FJ7A 3WXMB 2Z1IA 2IIRA 4XH4A 4BG8A 3NMUA 3E1YA 4FO0A 3QEWA 1RDUA 3VQ7A 1S1VA 3QMLA 3SPZA 2X6SA 3L2UA 2XY7A 3JS6A 4K41A 4DSFA 4CZLA 1NKEA 4FOEA 1TKZA 1NGBA 4BRHA 1VSHA 3E9PA 3OYLA 3HP6A 2VG5A 2QWNA 4ICLA 3VQDA 1C6VA 2JWLA 4LFAK 2NNWA 5AQOA 2FXUA 3MDQA 2QM1A 3TR8A 3SUPA 3LALA 1Y64A 3M6GA 3MK6A 2FBYA 2F96A 3CJAA 2DFEA 2QWQA 4M45A 3K59A 3AVBA 1RBVA 1JLEA 1K8KA 4CEQA 2GV9A 2A1SA 2BE2A 4CW7B 2GUPA 5AQGA 5EVZA 2YNIA 5AFUA 4KB1A 4B1WB 4CZGA 4F3TA 4BDYA 4IOAL 3PX4A 2YX6A 3LP1A 4FWMA 5C15A 3OS1A 3CIPA 3U3YA 1QVGM 1NGAA 1D4XA 3MWPA 1NGHA 3T1HK 2DTUA 3MN9A 1J9AA 3VEYA 2E2NA 3Q7CA 3K0SA 3OS2A 1LW2A 3QO9A 1WNSA 4ELVA 4I2PA 4ISFA 3ENHA 4KB0A 1IG8A 1NK7A 4CZFA 1JL2A 4B3TK 4CJUA 4FZZA 4PL8A 3HVTA 4JKDA 1C1AA 4O44A 1J6ZA 2E6LA 3W3DA 1VQNN 3QNNA 4CI6A 1BI4A 1HJOA 5SZTA 4A5AA 3HPGA 4FK0A 3QEIA 2O8BA 5CY4A 1NMDA 3K2PA 4N47A 4EAHD 2XO7A 1T6CA 3S3NA 4PKHA 1N36K 4CK1A 3TANA 1U2VB 2BH1A 1P8ZA 1WSIA 4CGHA 3PY8A 4DQQA 3VERA 3DXMA 4CJVA 2W00A 3TAMA 3F73A 4GKKK 4ZTJA 1HYZA 4UQGA 4AF1A 3E9OA 3VEWA 3THXA 4L8RB 2O8DA 3GDQA 3RR7A 4N41A 5FROA 1UA1A 3DLKA 1GLBG 2HNZA 3ZX3A 2P9PA 2CGKA 3ZT2A 2DPNA 5ADXA 5KTQA 2UUBK 4K0KK 1OH5A 2KZMA 4Q0BA 2IC3A 4O55A 4O5BA 4R79A 1RDBA 4N76A 4PQUA 1S6PA 3ID8A 4NB4A 1H1VA 3ZEUA 3CCEN 4RW7A 3O9SA 3AVAA 4FJGA 1HJRA 1IO2A 1NGCA 3AA5X 4I6MA 2F7TA 3NCIA 3C6TA 3DOKA 1RTJA 3U4LA 4WCEL 4MO4A 4QS7A 1RBRA 5EX5A 1YJ9N 1WSHA 2IDOA 3HSTB 2E6MA 4HTLA 5FPNA 1BO5O 2Z1HA 3VMFB 3RWUA 2ZF5O 3KK3A 4JRPA 4C1NI 2GTDA 2VGNA 1HKGA 2E2PA 3E66A 1QQNA 2NRXA 2CH5A 4LC9B 4FCYA 4CJKA 3BP8A 3K9JA 4DFPA 5BR9A 3TAGA 4CK2A 1NJXA 1NNEA 1Z26A 5EU7A 5FRMA 2Z1JA 4BDZA 2X6NA 2HBJA 4JHDA 5BPLA 1S1WA 3LM9A 3I8DA 3SJHA 4FPAA 2VQEK 4BRNA 4FLYA 4HUGA 5GAEP 5C42A 3OJUA 4BR9A 2KZZA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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