4PKGA

Complex of atp-actin with the n-terminal actin-binding domain of tropomodulin
Total Genus 124
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
124
sequence length
371
structure length
370
Chain Sequence
b'TTALVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPRHQGVMVGMGQKDSYVGDEAQSKRGILTLKYPIEGIITNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPTLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNVPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVLDSGDGVTHNVPIYEGYALPHAIMRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFVTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFENEMATAASSSSLEKSYELPDGQVITIGNERFRCPETLFQPSFIGMESAGIHETTYNSIMKCDIDIRKDLYANNVMSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWITKQEYDEAGPSIVHRKCF'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule keywords Actin, alpha skeletal muscle
publication title Actin cytoskeleton. Mechanism of actin filament pointed-end capping by tropomodulin.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
molecule tags Contractile protein/actin-binding protein
total genus 124
structure length 370
sequence length 371
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-05-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.30.36.70 Mainly Beta Roll Actin; Chain A, domain 2 Actin; Chain A, domain 2 4pkgA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4pkgA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4pkgA03
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 4pkgA04
4K41A 1K8KA 5AQLA 5AQZA 4BR5A 1KAZA 5AQHA 3H3NO 2F9TA 3WXLA 4B1WB 3GBTA 4WYBA 4FWNA 1BA1A 3GG4A 5ADXA 3O1BA 2YI1A 2P9UA 3VESA 1TUUA 5EX5A 3EN9A 4A2AA 5AQVA 5LJWA 4C23A 3FE1A 4ISGA 5BN8A 3VF2A 5AQSA 2A5XA 2IVOA 4H0YB 3FR0A 5AZIB 1E4GT 1QQOA 4BG9A 3H1VX 1CZAN 5AQJA 1ATNA 3EKSA 4BG8A 3AAPA 4PKGA 4HTLA 4JHDB 4FWRA 1ESVA 3VGKA 3VERA 4EFHA 3W3DA 2BTFA 3UKUA 2ZF5O 4Y0WA 5E26A 1J6ZA 1YAGA 2D1KA 2PAVA 2Q31A 4MO4A 2IVNA 3SMPA 1NGIA 3SK3A 3U9ZA 2ZGZA 1MDUB 1GLJO 5BRDA 1WUAA 1GLFO 2AA4A 1QZ6A 4BC5A 2V7YA 3U8XA 2QW9A 4LC9B 3O08A 3ID8A 4O8KA 4CZLA 5ADXH 2P9PA 3BEXA 3AARA 1BDGA 3O80A 5EVZA 3QBWA 1GLBG 3CETA 4M63C 1KAYA 4FSVA 3QICA 3JXUA 3UE5A 2NZTA 2VYPA 5KPRA 3BF3A 4EIAA 2W40A 1NGHA 5AQPA 3VGLA 4A62A 4AM7A 4FOIA 4XH1A 5AQUA 1R59O 2FSKA 4DCHA 3S41A 4CZKA 3D2EA 4Z94A 3WUHA 1MA9B 1WOQA 4NO7A 4BR9A 3R6MA 5EXWA 2QWPA 5LJVA 4CD1A 5KPZA 4JNEA 1T6DA 2CH6A 4CBWA 4RWTA 2E8AA 4EHTA 3BUZB 3A0IX 4BRHA 2GELA 5EY4A 1QZ5A 3LDQA 3RSEB 2P9IB 3TPQA 4IXCA 3MN9A 2HF3A 1QQNA 4FWKA 2P9KA 3FZHA 3FGUA 3ULEB 2P9NA 4BRGA 1NBWA 3IDHA 2I7PA 2YHXA 5AQGA 1G99A 2CGLA 3BF1A 2E2NA 1T6CA 3H45C 1XQSC 3FFKB 2QWLA 3EO3A 3ZETA 3KZBA 1OKJA 3VEWA 1JCGA 1NGBA 3DXMB 4BRFA 1HKCA 2QWOA 4FL9A 2E2QA 3DXKB 3OHRA 3FLCO 5F2RA 3D2FA 2A3ZA 2Q97A 2QWQA 4MO5A 3O1WA 2D0OA 3FZMA 5AZJA 3GE1A 2A40A 3D7EO 4H5TA 4BRPA 4B1XB 5KQDA 5FPDA 3HZ6A 1NGEA 2FSJA 4ISFA 2ZWHA 3ZX0A 4BVOA 5BRFA 5FPEA 2VWBA 1BU6O 3O8MA 4NB4A 3TU5A 5F0XA 4I6MA 3SMSA 4QS9A 5JICA 1V4SA 1RFQA 4PL7A 3SLCA 3VEVA 3VETA 4A61A 5LY3A 4H5VA 3M3ZA 1NGCA 4BQLA 1U2VA 3WEEB 4YDUA 3LM2A 5AFUH 4DQ8A 2IIRA 3KHYA 1JCFA 3D2FB 2DPNA 4WQ4C 3CHWA 3EZWA 3CI5A 3ZX3A 4CD3A 3VOVA 1ATRA 2IVPA 1K8KB 3EKUA 3ZEUA 3AAQA 2NLXA 2FSNA 3LDNA 4PKIA 4FWSA 1X3NA 2V7ZA 3EL2A 3VEZA 3C0BA 1MWKA 4GNIA 3ATUA 5BPMA 2PBDA 5F1XA 4BVPA 4EAHD 2P9UB 4E1JA 3CIPA 4WQ5C 3DWLA 2QXLA 3CJ9A 1ATSA 3L6QA 2P9SA 3VEXA 1BOTO 1KAXA 5AQFA 4IO8A 4BRMA 4AM6A 3M1FA 4CZFA 4HWIA 1P8ZA 1U2VB 3FZFA 2FLOA 1LOTB 2UYTA 3GOIA 3A5NC 1Q18A 4L3QA 3QB0A 3ENOA 4GY2B 4EHUA 1BA0A 3MN6A 1HPMA 3UKUB 2P9LA 1IJJA 1GLDG 2ASPA 4BRQA 2HF4A 1LCUA 4CJ7A 2WUSA 4JD2A 4BRIA 5JMVA 3I33A 3H3OB 4KBOA 2ASOA 2YHYA 1T44A 4CI6A 5AQRA 1NGFA 1SAZA 3FZKA 1U6ZA 1X3MA 3CJ7A 5B8HA 2HMPA 2OANA 3H46O 5CE3A 2FXUA 3IMXA 2GWKA 1NGJA 4FWQA 2P9PB 3QDKA 4DHYA 2CGJA 4A2BA 1YUWA 3CQYA 2FF6A 1GLEG 2P9LB 3C7NA 4FOEA 5AQQA 5FPNA 2ASMA 5BN9A 3LM9A 5TKYA 4XEIA 4J8FA 1C0GA 2Q1NA 1NWKA 5BPLA 4B9QA 4K42A 1YXQA 3HM8A 3MK6A 4BRCA 2E88A 4BC4A 5AQYA 5EOYA 4WQ4A 2I7NA 4B1UB 4QS7A 4BR2A 2E2PA 1TUYA 3MMVA 3D2EB 3F9MA 4PKHA 3A5LC 3HI0A 3HTVA 3UKRA 4MLHA 4O5FA 3MN5A 2F9WA 1DEJA 3W0LA 2Q0UA 1BUPA 1NM1A 1YVNA 3P4IA 4K43A 4IJAA 4K25A 5AQMA 3HSCA 1IG8A 2Q0RA 2QWRA 3L0QA 1S22A 3IFRA 4H5RA 5AR0A 1XUPO 1JCEA 1BO5O 3A5OC 1TYQA 1DGKN 3HBTA 2BUPA 2P9KB 3G25A 4B1VA 3A5MC 1EQYA 1GLCG 4ISEA 5BR9A 1V4TA 2EWSA 2E1ZA 5AZIA 2P9NB 1XC3A 4CBXA 1GLAG 3QBXA 3B8AX 1RDWX 4BROA 4PL8A 4JHDA 4BREA 2W41A 1NMDA 2AP1A 2NRHA 3ZETB 1D4XA 3WT0A 2GWJA 1HLUA 3JS6A 3ATVA 3O4WA 5JLFA 1SZ2A 4XH5A 3KVGA 2E2OA 3GDQA 1QQMA 5AQIA 4QS8A 2YHWA 3H1QA 3O6WA 1NGDA 5AZJB 3MCPA 4BR7A 1NGGA 4H5NA 4B1YB 4FWOA 1TYQB 4BR0A 3CJAA 1E4FT 2GTDA 4IJNA 4H03B 3VEOA 3WXJA 3H6EA 4H5WA 5KPTA 4BRAA 1HKBA 5BPNA 4I6MB 3IUCA 3BP8A 3QFUA 4FO0A 4BQZA 4M7XA 2Q2RA 1HX1A 4IWVA 1ZC6A 5JLHA 3U9DA 5KQ8A 1NLVA 4CBUA 4JN4A 2FF3B 5AQKA 1HKGA 2CGKA 2VCPA 4BRKA 3WQUA 3LDPA 4BGAA 2YCHA 4H0XB 1MWMA 2GUPA 2V52B 4DB3A 3SJHA 4BRDA 1DKGD 4BRLA 3ZEUB 4FPAA 4CZEA 3A8YA 2GEMA 2HOEA 1X9JA 3AY9A 3ENHA 3U4LA 4XH4A 1ZXOA 4JAXA 1Y64A 4CZGA 2P9SB 2J4RA 3R8EA 1QHAA 5AQTA 3VF4A 4MLEA 3DJCA 2YJFA 2A42A 4CZHA 4BGBA 4CZJA 2QWMA 2D4WA 2H3GX 4RTFD 4FWMA 3RSEA 2P9IA 5E84A 5AQXA 5AQNA 3QMLA 1SQKA 4RCHA 3VENA 3LDLA 4BC3A 5ELZA 5I9EB 3MDQA 3GL1A 3ULEA 2Q36A 1H1VA 1NGAA 4JD2B 4YDUC 5BREA 3MN7A 4CZIA 1BWFO 1S3XA 2QWNA 2E1YA 4IZ9A 4BR4A 3CJ1A 2D0PA 2ZGYA 4FWLA 3J8AA 1ZBSA 4FPBA 2A6AA 1KXPA 3DXMA 3CERA 4F9OA 3VF6A 3VPZA 3DXKA 3DAWA 3ZX2A 3LL3A 3CJCA 1C0FA 5BRHA 4BRNA 5AQWA 2CH5A 5AQOA 4H0PA 4WQ5A 3R9PA 2E20A 3C7NB 4M7YA 3UB5A 4B1ZA 2YJEA 2QM1A 5FPMA 5AFUA 4H0VB 3LDOA 3CJBA 1Z05A 4H0OA 2A41A 3VGMA 3QFPA 1HJOA 4H0TB 2KHOA 3VEYA 3CQXA 2ITMA 3O5BA 1GLLO 1RGIA 1Z6RA 3M6GA 3WEEA 3WXKA 1BG3A 1HUXA 3I8BA 3WQTA 4BC2A 4FWPA 3WXIA 3L4IA 4CZMA 3FZLA 3UKRB 2V51B
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1RDAA 5M1QA 2DY4A 2HVHA 1BHLA 3OJUA 1KAZA 5JVHL 5AQHA 3VQCA 3WXLA 3ENBA 4ELVA 2BDPA 3SQ4A 4O5BA 4PY5A 2DFEA 4B9UA 5EX5A 4F8RA 1DT9A 4E0DA 5AQVA 4DR5K 4CFAA 4DU3A 2RPIA 3TTFA 4YORA 5AZIB 1QQOA 3H1VX 1CZAN 5AQJA 4FLYA 4BG8A 4YHHK 2AJQA 1Q81O 2ETJA 3ID6A 4FWRA 1N5YA 1ZBIA 3VGKA 4EFHA 3A2FA 3UKUA 3VQ6A 1FW6A 2HNDA 3TSPA 4N76A 4FXDA 3SMPA 5HRPA 4WFBL 3IS9A 2O8EA 1I3AA 3LPUA 4GVMA 2ZGZA 1MDUB 2UUAK 1WUAA 3ZT2A 1GLFO 2AA4A 3KKSA 2G8UA 2G8IA 3TAPA 2Y1JA 3ALYA 4GV6A 4KHQA 4JK7A 5ADXH 2JWKA 5CY4A 4JI4K 1BDGA 5EVZA 3AVJA 2KZMA 3SBTA 1RT2A 3F2KA 4DQRA 1N32K 4DUYK 2VYPA 5FLXO 4B9NA 1KCFA 3ZT4A 3SUOA 2W40A 4FZZA 1IV0A 5AQUA 1S9GA 2E6LA 2FSKA 3N4QA 3VQDA 3OS1A 3V81A 3D2EA 4Z94A 5FDLA 4HHTA 1WOQA 2KKZA 3QETA 3QEWA 2QWPA 1KTQA 4H4MA 4CD1A 4JNEA 2F96A 2CH6A 3BDPA 4EHTA 2HHSA 4F2SA 1X1PA 3A0IX 3PX4A 4DFPA 4BRHA 4OKKA 2UUBK 4BDZA 2B4JA 1S1TA 3TPQA 3VQEA 3G0ZA 3MN9A 1WSIA 1JLQA 1LAWA 1QQNA 5H1SQ 1NJIO 2P9KA 3FZHA 2VG5A 3ULEB 4YOYA 4ILGB 3AO3A 5M1KA 3J7ZO 1IKWA 1G99A 2VGNA 4E72A 1RNHA 1T6CA 4KO0A 4CEQA 1XQSC 4J2BA 2WTUA 5HLFA 3SPYA 1JCGA 5HP1A 3DXMB 3O9QA 5C42A 2E2QA 3OY9A 4JRPA 3L8BA 1X9SA 4KHPK 3GE1A 3TTCA 5C25A 4BRPA 1VQ8N 5KQDA 3AO5A 4FJGA 4ISFA 1VRTA 2VWBA 3R3LA 4NB4A 3C6HA 3TU5A 1QHTA 4CK2A 5F0XA 4I6MA 3CCLN 5JICA 3CQ8A 1QSLA 3SAHA 1EXQA 3NF7A 1NGCA 3WEEB 1HQUA 3LM2A 5AFUH 3VQBA 4HVJA 1JCFA 4DF8A 4JKEA 1NU0A 3VQPA 3G6EN 3IRXA 4O0IA 2IVPA 2RE2A 4X62K 1Q8IA 1ILYA 2DFHA 5A2QO 3VEZA 1GOAA 1WAFA 3C0BA 1VRUA 1TK8A 1P90A 3CIPA 4LH4A 5KGXA 2QXLA 4CHYA 4DTRA 4CJKA 5GIOA 2ZD1A 1O13A 4IO8A 4AM6A 1BI4B 4CZFA 4DUZK 2WONA 3AVLA 3GOIA 1Q18A 5HROA 3QB0A 1K6YA 2OCEA 4GY2B 2NRWA 4LF6K 3OYDA 3VN5A 1HPMA 1QSSA 4H8KA 2ASPA 4C8MA 3CMAN 1NG9A 2WUSA 4JD2A 4BRIA 1M90O 2YV0X 1SL1A 3K5LA 4FJHA 1TAQA 1HJRA 3LWMA 3SPZA 3HP9A 3RMDA 3FZKA 4CJRA 4C1NK 1B92A 2YHAA 4RG8A 3KLFA 4CEBA 1ITGA 4FWQA 4J2DA 2NNWA 4A2BA 4C8KA 3PIOL 2HHWA 2ZJQL 1SKWA 2P9LB 4N47A 3AVGA 4J8FA 4JI0K 1C0GA 1XC9A 4B9QA 1BISA 1YXQA 4CHQA 1L3VA 2W00A 2E88A 4KREA 5AQYA 5EOYA 3L4QA 3TAQA 2O8BA 3V4IA 4G1QA 4BR2A 5GINA 3I55N 1TUYA 2O8DB 3OYJA 3HI0A 2KFZA 3AVMA 3UKRA 2F9WA 2VG6A 1DEJA 1ZBLA 4NCAA 5HRRA 2E4LA 5T7BA 1YHQN 1YVNA 1ZBUA 4E7KA 3QEPA 5AQMA 3CC7N 1IG8A 3HT3A 4JYAK 2P5OA 2X74A 1S22A 3IFRA 4H5RA 4M3RA 1LAVA 4JKCA 3I8DA 2BH1A 3A5OC 1SS6A 1TYQA 1NJXA 4CEEA 5FROA 4B1VA 5J1EA 3QNOA 3VTHA 3HPHA 1EQYA 4ISEA 4AILC 4FJ7A 2W6KA 2EWSA 5AZIA 4CBXA 2P9NB 3MXMA 1VAZA 3L2UA 1S72N 1HPZA 3ZYYX 1NK8A 1NOYA 3TSQA 1XHXA 3AVHA 2ZJRL 3O4WA 5JLFA 5HRSA 1C0UA 2YHWA 3H1QA 4DFKA 1WSGA 1S6PA 3DYAA 4CVNE 3O6WA 5JVGL 1NGDA 2JLEA 3K5OA 4BEBA 4H5NA 4B1YB 1DTTA 1BL3A 3CJAA 2GTDA 3CG7A 4IJNA 1GOBA 4K8ZA 4GVEA 3KLGA 5KPTA 4BRAA 1HKBA 1TL1A 1J5OA 3U3YA 3IUCA 1RTHA 3QFUA 3TWHA 4FO0A 3K59A 1Y97A 4YOVA 3QEVA 1ZYQA 3U6FA 5JLHA 3U9DA 5KQ8A 1KC8O 3WQUA 3LDPA 3C6TA 5CZ2A 5I3UA 3L2QA 1IBLK 4CZEA 4CHNA 4ZHRA 3G4SN 3TAFA 3SAGA 1W2BM 4FVMA 4CJUA 2WBNA 1T8EA 3VF4A 4UY8O 3E1YA 4BGBA 4CZJA 2QWMA 3CCMN 2F8TA 2H3GX 4RTFD 4KI4A 4KKOA 4CECA 3T19A 3Q7CA 3QMLA 1HRHA 2HMIA 3NHGA 4ELTA 3VENA 3MWTA 3OVNA 4BC3A 3ZSXA 3NAEA 3ULEA 4YDUC 1H1VA 4KV8A 3LP3A 1ZBFA 4JKAA 1S3XA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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