4PKGA

Complex of atp-actin with the n-terminal actin-binding domain of tropomodulin
Total Genus 124
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
124
sequence length
371
structure length
370
Chain Sequence
TTALVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPRHQGVMVGMGQKDSYVGDEAQSKRGILTLKYPIEGIITNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPTLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNVPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVLDSGDGVTHNVPIYEGYALPHAIMRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFVTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFENEMATAASSSSLEKSYELPDGQVITIGNERFRCPETLFQPSFIGMESAGIHETTYNSIMKCDIDIRKDLYANNVMSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWITKQEYDEAGPSIVHRKCF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule keywords Actin, alpha skeletal muscle
publication title Actin cytoskeleton. Mechanism of actin filament pointed-end capping by tropomodulin.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
molecule tags Contractile protein/actin-binding protein
total genus 124
structure length 370
sequence length 371
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-05-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.30.36.70 Mainly Beta Roll Actin; Chain A, domain 2 Actin; Chain A, domain 2 4pkgA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4pkgA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4pkgA03
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 4pkgA04
1HJOA 3MCPA 3DXKB 3R6MA 4K41A 3CJ7A 5AQFA 4GY2B 4XH4A 4CZIA 3O1BA 1BG3A 3MN6A 4BVOA 4CZHA 1HKGA 4H0OA 1NMDA 1NLVA 2YJFA 3H6EA 4A61A 3D2FB 1GLCG 2GEMA 5AZIA 3EZWA 3QMLA 4M63C 3JXUA 4BR7A 4EHTA 1R59O 5AQXA 2ASMA 1K8KB 4ISEA 4Z94A 1S22A 2HOEA 3DWLA 1BWFO 4H0XB 3QICA 4RCHA 4ISFA 1TUYA 1V4TA 5AQHA 3VETA 1RGIA 3O1WA 3MK6A 3AAPA 1QZ5A 1RDWX 3WQUA 5LJWA 5BRFA 1NGFA 1ATNA 2FLOA 1IG8A 5BR9A 2A6AA 1BO5O 5E26A 5FPNA 3WEEA 1EQYA 4FWMA 4I6MA 3AY9A 2ZF5O 2A5XA 3WXLA 2V7YA 3G25A 5ADXH 1DKGD 2FSNA 3TPQA 1QQOA 4CZKA 1NGHA 4CD3A 4RWTA 3O6WA 5AZJA 4H0VB 1KXPA 1NWKA 2FF3B 4O5FA 1T6CA 2YI1A 3HZ6A 4DB3A 3U9ZA 5AQSA 2I7PA 5F0XA 3MN9A 4JHDA 1NGEA 1GLEG 3F9MA 5AQQA 4BC3A 3QDKA 1QQNA 5TKYA 2P9UA 1JCGA 1KAYA 3ENHA 3GG4A 4BR9A 3CQYA 4B1WB 4EFHA 1NGAA 2P9PA 3ULEA 1X3NA 3ATVA 3FZKA 4XH5A 4H0TB 4CBWA 1ATRA 4A2BA 4BG9A 4BR5A 1E4GT 3TU5A 1LCUA 2P9SA 2QWQA 2E1ZA 3LM2A 3UKUB 2P9IA 1GLLO 1QZ6A 3VENA 5JLFA 1GLDG 4CI6A 3A5LC 3ZX3A 2E88A 3LDOA 5EVZA 1BOTO 1T6DA 5EY4A 2E2PA 3ZETB 3FGUA 4DQ8A 2E1YA 3VEOA 2GUPA 3GOIA 2E20A 3A5OC 3MN5A 3KHYA 3GL1A 3RSEA 1H1VA 1BU6O 2P9LB 2Q1NA 2VWBA 3UKRA 3BF1A 3EN9A 3QFPA 4BRAA 4DHYA 1SZ2A 3DXKA 5B8HA 4M7XA 4BROA 3I33A 2HF3A 2V7ZA 2QWRA 3ZEUB 3ATUA 2UYTA 5AFUH 5KQDA 5AFUA 4B1XB 2AA4A 1HUXA 4XEIA 4IXCA 1GLBG 4FOIA 2V51B 4XH1A 1NGBA 4BR0A 4CBXA 1QHAA 2PAVA 2GELA 2KHOA 3H3OB 3M3ZA 4H5NA 1TYQB 3C7NA 4IWVA 2QWMA 3EL2A 4L3QA 4B1UB 2VYPA 4H0YB 3HBTA 2W41A 1HLUA 2CH5A 2Q0UA 2ZGYA 4FO0A 3ZX0A 3VPZA 3VESA 1U2VB 4QS8A 2A42A 1MDUB 1NGJA 3DJCA 4MLEA 4FWOA 3U4LA 1ZC6A 3JS6A 3MN7A 2A41A 4PL8A 2GTDA 4FWQA 4JD2B 3LDPA 3J8AA 4BGAA 1C0GA 2P9NB 2FXUA 3VEWA 4BRGA 2QWPA 1CZAN 4BRCA 3H3NO 4BC5A 4MO4A 3W0LA 4BRMA 1D4XA 3R8EA 1GLAG 4BR2A 5LJVA 3O80A 4EIAA 2CH6A 2NZTA 3WT0A 5KPRA 3CJ9A 3EKSA 1YUWA 1Z6RA 1HKBA 3SMPA 3D2EB 3FZMA 3H45C 5BREA 1NBWA 3VF2A 1MA9B 4QS7A 4IO8A 1J6ZA 3U9DA 4BC2A 3EO3A 5FPEA 3KZBA 5AQWA 4BRFA 2FF6A 5AQMA 3A5MC 3H1QA 3VF4A 4BRIA 2V52B 1G99A 3BUZB 3CJBA 3IUCA 2QW9A 3LL3A 2IVOA 4IJAA 4WQ4A 5AQIA 5BPLA 5LY3A 3CIPA 3ENOA 1YAGA 4IZ9A 2P9KB 2D0PA 3WXKA 3FZFA 3IFRA 1C0FA 4WQ4C 5BPMA 3P4IA 2E2QA 4WYBA 5BRDA 3UKUA 3H1VX 3CERA 3CJCA 3LDNA 4BRDA 5AQNA 3SK3A 3L0QA 5ELZA 2CGKA 3IMXA 1JCFA 4H5WA 3CJAA 1V4SA 2Q0RA 5AQPA 4WQ5A 1X9JA 1U6ZA 2ZGZA 4BG8A 5BN8A 5JMVA 4BRHA 4WQ5C 5AR0A 5AZJB 2BUPA 5AQRA 2FSKA 4K25A 5KPZA 4FWPA 5FPMA 1YXQA 3VEXA 4CZJA 3WQTA 1YVNA 2GWKA 2CGJA 2AP1A 3BF3A 2D1KA 5AQLA 3U8XA 2FSJA 1GLFO 2P9UB 1XQSC 2BTFA 3UB5A 5AQZA 2Q97A 2F9TA 1BA0A 2IIRA 4FWSA 1LOTB 4H5RA 3QFUA 4B1ZA 4CZEA 5KPTA 3SMSA 3O5BA 1X3MA 3HM8A 5F2RA 4DCHA 4B9QA 3FR0A 1TYQA 1RFQA 5JLHA 3VGLA 1BA1A 5I9EB 3LDQA 3A5NC 2IVPA 4EAHD 1T44A 3D2FA 2GWJA 1MWKA 1WUAA 2ITMA 4CD1A 5E84A 2YCHA 3SJHA 1NGCA 2P9IB 5AQTA 4PKIA 2HF4A 3IDHA 2J4RA 1K8KA 4JNEA 4K42A 4O8KA 3HSCA 4JD2A 2P9NA 3VERA 1QQMA 3BEXA 4MLHA 1ZXOA 1Q18A 2YHXA 1BUPA 1MWMA 4BRNA 3VGMA 2H3GX 3A8YA 3L6QA 4QS9A 2ASPA 4PL7A 4CZGA 2ASOA 3O8MA 4CJ7A 4BR4A 3B8AX 4CZFA 4ISGA 2HMPA 2Q36A 5F1XA 4GNIA 5AQJA 4AM6A 1ZBSA 1ATSA 5AQVA 3DXMB 2E2OA 3CJ1A 2IVNA 3FZHA 3I8BA 4J8FA 4H5TA 2QXLA 4H0PA 5AQKA 4B1VA 4PKGA 2OANA 2CGLA 4HWIA 3VEZA 3S41A 3C7NB 2P9KA 1SAZA 2A40A 1XC3A 5AZIB 2I7NA 4CZMA 4AM7A 2D0OA 1OKJA 4M7YA 1ESVA 3LM9A 2QWNA 3CQXA 4H5VA 4MO5A 4BRPA 5JICA 4LC9B 3FZLA 4FWRA 2Q31A 3GBTA 3M6GA 3CI5A 5FPDA 4FWKA 4F9OA 5AQYA 4KBOA 4FWLA 2Q2RA 4H03B 5EXWA 5BRHA 2ZWHA 4FSVA 1JCEA 4A2AA 4PKHA 5BN9A 4CBUA 5ADXA 4FWNA 4IJNA 3VEVA 4BRKA 2QM1A 3QB0A 4BREA 3L4IA 3WXJA 3CHWA 4K43A 1SQKA 3VEYA 5EX5A 1NGDA 5KQ8A 3OHRA 3WEEB 4E1JA 1KAZA 2EWSA 4I6MB 1KAXA 3MDQA 3ZETA 2QWLA 3FE1A 4BRLA 1P8ZA 4BC4A 2YHWA 3BP8A 3O08A 3WUHA 3QBWA 2W40A 2P9LA 4EHUA 1S3XA 4B1YB 4BGBA 2DPNA 5EOYA 3HTVA 1DEJA 3AARA 4C23A 2NRHA 4NO7A 3C0BA 3EKUA 1NGGA 1BDGA 3VF6A 3ZEUA 5CE3A 4BQLA 3DAWA 4JHDB 3MMVA 4CZLA 1NM1A 1HKCA 1HPMA 3D7EO 3GE1A 4NB4A 3FLCO 3QBXA 2VCPA 4FPAA 2E2NA 3HI0A 5AQUA 2P9PB 4HTLA 3ULEB 1E4FT 4RTFD 2E8AA 4JAXA 3O4WA 4YDUA 3W3DA 1TUUA 2F9WA 1XUPO 3H46O 3UE5A 2P9SB 4BRQA 4YDUC 1U2VA 1IJJA 3SLCA 3VGKA 5BPNA 2A3ZA 3VOVA 2PBDA 1Y64A 3ID8A 3LDLA 2D4WA 3M1FA 2WUSA 1NGIA 2YHYA 1Z05A 3AAQA 3A0IX 3WXIA 4JN4A 2QWOA 5AQOA 3KVGA 4Y0WA 2NLXA 1WOQA 1DGKN 3R9PA 4FOEA 3DXMA 5AQGA 4A62A 4BVPA 3CETA 4BQZA 3RSEB 1HX1A 3FFKB 3GDQA 1GLJO 3UKRB 3D2EA 4FL9A 3ZX2A 4FPBA 2YJEA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4ICLA 2YNIA 5HBMA 1X1PA 3MCPA 2RF2A 3LP3A 2RN2A 3R6MA 4CJFA 1C0MA 4GY2B 4KH4A 3VQQA 4M42A 1WB9A 4CZHA 3O3HA 3CCJN 4FJGA 4A61A 1S6QA 4BDZA 3P31A 4M63C 1EP4A 2QTDA 5I42A 4EHTA 1IO2A 1R59O 4J2DA 1IKVA 3MEGA 2ASMA 3AO3A 3NBPA 4Z4CA 3VQPA 4Z94A 1S22A 3RMCA 4OPAA 3QINA 4N56A 4CVNE 1RGIA 4HCBA 3E66A 1NGFA 3SV3A 3KJVA 3QEIA 1IG8A 1KVBA 1TKDA 4YFUA 4BE2A 4F3TA 5E26A 3HXMA 3T1HK 4I6MA 4AHCA 3WXLA 3NGZA 5KI6A 1L3UA 1DKGD 2HSTA 4JV5K 1D5AA 5D3GA 1KXPA 1VSHA 3LWMA 3VQ4A 4CJPA 4O5FA 3G4SN 3OYKA 3CM6A 1KRPA 4DB3A 3AO4A 5AQSA 4A5AA 1QSLA 3MN9A 1KQSM 1Q8IA 3CCVN 1NK5A 2P9UA 1JCGA 3V6DA 5KGXA 4BR9A 4GV6A 4EFHA 4KB0A 1DTTA 3ULEA 4W5QA 3BY5A 1ATRA 1ZBHA 1YJ9N 5C2FA 3SZ2A 1LAVA 2D5RA 3RMAA 4FLXA 2P9SA 4M3YA 5HRPA 1HYZA 3KWGA 4KHYA 2NRZA 4UY8O 4CI6A 3DM2A 3A2FA 2E88A 2P51A 1NJZA 2WC9A 5EVZA 4R79A 4JK9A 5EY4A 4LFCK 1U47A 3CMAN 4JRQA 1W0HA 3FGUA 1ZBFA 2GUPA 4O5BA 3A5OC 3KHYA 3RSEA 2HHVA 3ZSVA 4DU1A 3DYAA 4BRAA 2Z1GA 3DLEA 4BROA 2V7ZA 5I3UA 3ATUA 1T03A 3RTVA 3HVTA 2WBNA 1HUXA 4F3OA 4FOIA 2IGIA 1TK5A 4BR0A 3V1QA 4CBXA 1RT5A 1QHAA 2PAVA 3HOTA 3TI0A 1IG9A 2WOMA 1TYQB 4FJKA 3C7NA 4IWVA 4KV8A 3FFIA 3HBTA 1ASWA 2X6NA 1HLUA 2Q0UA 3KLGA 3VPZA 1L3SA 1MDUB 3NE6A 5GIPA 3MN7A 4PL8A 3D0PA 3J7ZO 4KI4A 1BHLA 2FXUA 2QWPA 3H3NO 4BC5A 1RT1A 4BR2A 1GLAG 2E5LK 1O13A 3WT0A 3J80O 4CGGA 3L3VA 1RDCA 1YUWA 1Z6RA 1S1VA 3SMPA 1QVFM 5BREA 1NBWA 3QNNA 1MA9B 3AA2A 3U9DA 1HPZA 4N41A 1I39A 3J81O 3KZBA 4IEIA 3K2PA 4E0DA 2QKKA 3HO1A 2FF6A 3H1QA 1VQON 1HMVA 4OKEA 3CMEN 3BUZB 1RT2A 3S5TA 4FXDA 3IUCA 3LL3A 2KTQA 2IVOA 4IJAA 4WQ4A 5BPLA 5LY3A 4YOUA 4X65K 4OGCA 4DSIA 3G71N 4U7BA 4B9MA 1A5XA 4NXNK 4LH4A 1P90A 3O9TA 3UKUA 1QHTA 2OZSA 4GV3A 2P5GA 4Z4FA 4HUGA 4KAZA 3Q7CA 2G8FA 3DLRA 4ILGB 3AGKA 3E9LA 1I3AA 1NJWA 4KKOA 2HBLA 4C8OA 2ZGZA 3V9XA 4OLBA 5BN8A 4WQ5C 2OPRA 1YTAA 2BUPA 4CK3A 4YY3K 1VQ5N 4K25A 5KPZA 1RBRA 3WQTA 4OO1J 3SPZA 1IV0A 2GWKA 3ZSOA 3BF3A 1RTDA 3VQCA 4BDYA 4B9LA 3OVNA 3HPOA 4LSLA 1BIZA 1ZBUA 3MX2A 2PFUA 1XQSC 2BTFA 3QEPA 1RT4A 5AQZA 2F9TA 2HW3A 4B1ZA 3DLGA 3O5BA 4DTOA 1X3MA 4E89A 3CCEN 3FR0A 3KD1E 2Z1JA 3CFOA 3F2KA 3AVNA 4CERA 4CJSA 4W5TA 3LDQA 4R5PA 3M8SA 1T44A 2ITMA 2YCHA 1S6PA 5AQTA 3AVKA 5DM7L 3ZT3A 1SV5A 3QIOA 2J4RA 1K8KA 4K42A 1NK4A 4JD2A 3AVMA 3P39A 4DSEA 1ZXOA 1OVQA 3N4PA 4GW6A 1TV6A 1RDBA 3DLKA 3VGMA 3SQ1A 1QVGM 1KC8O 4MFBA 3THXA 2VQEK 3K9KA 3R1XA 1HNIA 4CZGA 2HHUA 5E41A 4CZFA 4ISGA 3NGYA 3ENBA 1NK6A 4OPKA 1RBVA 5F1XA 1IBLK 4IG3A 3PLAA 4EZ6A 4E7IA 2D0AA 4NCAA 2ZE2A 3CXCM 3DXMB 3CJ1A 5EU7A 1VK0A 3I8BA 2GX9A 3KKRA 4DWIA 4IBNA 4B1VA 2CGLA 4E7KA 4NYFA 1SAZA 5FROA 1U4BA 3J7AP 1W2BM 4DSLA 4YOWA 2A40A 1XC3A 3TSPA 5KRTA 1VHXA 4CZMA 2W42A 4YOTA 4M7YA 4PA1A 4CECA 1ESVA 2QWNA 4H5VA 4MO5A 3SUPA 4LC9B 1RT6A 3FZLA 3C65A 4CGFA 4DLEA 5FPDA 4B3TK 4ILJA 4FWLA 4H03B 4DKWA 1VQLN 5EXWA 3O3FA 4LH5A 3F73A 4PKHA 2RKIA 3OYMA 4CBUA 4IJNA 2UUBK 4FLVA 4J2AA 2QM1A 4B8AB 3CF5L 5H1SQ 3CHWA 1HNVA 1HJRA 4BE1A 1NGDA 1O1WA 4DSKA 3OHRA 4PY5A 3TABA 4JKAA 4DTNA 1KAXA 3MDQA 1YT3A 3T69A 2C1GA 3ZT2A 4A57A 4GKJK 4FZYA 3OYIA 5J1EA 1SKWA 1VSDA 3KD5E 5M1NA 3I55N 5JS1A 3AARA 4JI8K 2P5OA 1NGGA 1BDGA 3VF6A 3VQ7A 3DAWA 4E72A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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