4PKGA

Complex of atp-actin with the n-terminal actin-binding domain of tropomodulin
Total Genus 124
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
124
sequence length
371
structure length
370
Chain Sequence
TTALVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPRHQGVMVGMGQKDSYVGDEAQSKRGILTLKYPIEGIITNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPTLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNVPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVLDSGDGVTHNVPIYEGYALPHAIMRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFVTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFENEMATAASSSSLEKSYELPDGQVITIGNERFRCPETLFQPSFIGMESAGIHETTYNSIMKCDIDIRKDLYANNVMSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWITKQEYDEAGPSIVHRKCF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Contractile protein/actin-binding protein
molecule keywords Actin, alpha skeletal muscle
publication title Actin cytoskeleton. Mechanism of actin filament pointed-end capping by tropomodulin.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 124
structure length 370
sequence length 371
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-05-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.30.36.70 Mainly Beta Roll Actin; Chain A, domain 2 Actin; Chain A, domain 2 4pkgA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4pkgA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4pkgA03
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 4pkgA04
3FZHA 1BA1A 4PKGA 5AQVA 1V4SA 1OKJA 5AQWA 4BR5A 4CZKA 4RTFD 5FPEA 2ZF5O 2P9NB 4BVOA 1NLVA 1Q18A 3H6EA 4H5TA 1NGDA 3O5BA 2A41A 5AZIA 4FWLA 4K41A 3G25A 4IJAA 3GOIA 1P8ZA 5JLFA 3VETA 4B1YB 3VERA 4H0OA 1GLEG 5AZIB 1EQYA 4O8KA 4BREA 1XUPO 3FGUA 3QDKA 1T6DA 4H5VA 4A62A 2CH6A 4F9OA 5KQ8A 2HMPA 2J4RA 4FPAA 4JHDB 1ZC6A 4IWVA 4DB3A 3VEZA 4CZMA 3EZWA 4JAXA 1BO5O 2D1KA 3KZBA 2QM1A 1H1VA 2Q0UA 2GWKA 1GLDG 3QMLA 1Y64A 3EO3A 3O80A 1NGBA 3CQXA 3CIPA 4FWOA 2Q31A 2I7NA 2QWPA 4RCHA 4WYBA 1MWMA 4H5WA 2BTFA 5EXWA 2VWBA 5FPMA 1JCGA 1HKCA 5BN8A 4XH4A 4K25A 2ZWHA 1HKGA 4BRFA 3A5MC 4BR2A 3UKRB 1R59O 3BF1A 3D2EA 1TYQA 5E26A 4PKIA 4H0PA 2Q36A 5ADXA 3U8XA 1BWFO 4M63C 1E4FT 4B9QA 3RSEA 5AQHA 2Q97A 1U2VA 3JS6A 1GLJO 2NRHA 3IFRA 4CZLA 4CZJA 3RSEB 1S22A 3VEYA 3D7EO 3SK3A 2BUPA 5LJVA 4AM6A 2DPNA 2QW9A 1RFQA 2NZTA 5B8HA 4DQ8A 2WUSA 4QS8A 1C0GA 2P9LB 3H1QA 3TU5A 2P9UB 4IXCA 3FZLA 3KHYA 5AFUH 1HUXA 4MO4A 5AQKA 3ZETB 2QWOA 3H45C 3WEEA 3DAWA 1K8KA 4WQ5A 3MN6A 1ESVA 5AQUA 3FZKA 3VEVA 4BQZA 4CZHA 3CJCA 3DXMA 2P9KA 3VENA 1YAGA 3MN7A 3WT0A 3ZX2A 3ULEA 3H46O 4Y0WA 1BDGA 3LM9A 3U4LA 3WEEB 3LM2A 5E84A 5FPNA 4YDUA 1GLLO 4IZ9A 3QB0A 4EHUA 2P9KB 3DXMB 3C7NA 5FPDA 3FFKB 3ATVA 2E1YA 2Q2RA 3ULEB 1X3NA 4BRPA 3MCPA 2P9SA 2FLOA 1CZAN 3CETA 4BVPA 2FSNA 5EX5A 1T44A 4FWNA 2HF4A 1MWKA 3WQTA 4EFHA 2PBDA 4DHYA 3VGMA 3QBXA 1XQSC 2P9IA 3VPZA 2P9SB 5LY3A 4YDUC 3ENOA 1GLCG 5EY4A 2YI1A 4BC2A 5AQFA 3QICA 2P9IB 4BR9A 2E8AA 4B1UB 4BRAA 3GBTA 5JMVA 2P9NA 2YHXA 2GUPA 4FSVA 1WUAA 1ZXOA 1KAYA 2YHWA 3DJCA 3WXJA 4BRMA 3R8EA 4B1ZA 4BRLA 3CI5A 3VF6A 5AZJA 4E1JA 5AQPA 3VF2A 2Q0RA 3CJAA 3I8BA 3VEOA 3AARA 4CZGA 2IVOA 1C0FA 5EOYA 4HTLA 2GWJA 5AZJB 2EWSA 1BUPA 3IUCA 1GLFO 4BC4A 3L4IA 4H0XB 1YXQA 3A5NC 4JHDA 4BGAA 3MN9A 2E1ZA 1YUWA 5BRHA 4H0YB 4M7YA 5ADXH 3IMXA 3JXUA 2E2QA 3H1VX 3H3OB 1BU6O 1QQMA 4JD2B 5TKYA 3O1BA 5AQYA 4PKHA 5JICA 3HZ6A 4KBOA 3IDHA 4IJNA 3EN9A 1DGKN 3WQUA 4CD1A 1GLBG 4BQLA 4RWTA 2PAVA 4FOEA 4AM7A 4H03B 1MDUB 3HTVA 3UKRA 5AQOA 3LL3A 5KPTA 3O8MA 3O08A 1WOQA 3UKUB 5KQDA 4JNEA 3MN5A 5F2RA 4CBXA 4H0TB 1IG8A 2HF3A 1TUYA 4BGBA 3ID8A 2CGLA 4CZEA 2I7PA 3LDNA 4FWPA 4K43A 3L6QA 2F9WA 3CJ7A 4H5NA 4FWMA 1JCEA 4FWRA 3UB5A 1NGCA 4FO0A 3I33A 1NMDA 4EHTA 4FOIA 4BRDA 4J8FA 1HPMA 3M1FA 2A6AA 2P9LA 3CQYA 3VESA 4A2BA 3GL1A 2P9UA 1NBWA 4BRGA 4QS7A 3FZFA 5ELZA 4ISEA 1ZBSA 3GG4A 3ZETA 4B1WB 2NLXA 3UE5A 3CERA 1X9JA 3SLCA 4O5FA 5AR0A 3ZX0A 2QWRA 5AQRA 4BC5A 4EAHD 3VGKA 2AA4A 1SAZA 4BR7A 1HLUA 1NGJA 4DCHA 3GDQA 2VCPA 3SMPA 1NWKA 4MLEA 3AAQA 4JN4A 2KHOA 3DXKA 4FWSA 1BA0A 4FWQA 2D0OA 4BRCA 3CHWA 3BUZB 1RDWX 2E2PA 1E4GT 3A8YA 1DEJA 3O1WA 3DXKB 2IVNA 2QWLA 5AQQA 2YJFA 1Z05A 4BG9A 2CH5A 3FR0A 3ZX3A 3LDQA 4PL7A 1U6ZA 2P9PB 1NGGA 3GE1A 4BRHA 4XEIA 3TPQA 3ZEUA 3VEXA 1HJOA 2D0PA 2VYPA 4GNIA 2V52B 3FLCO 3U9DA 3BP8A 5AQXA 1HKBA 3VF4A 3ZEUB 3O6WA 4FWKA 5BPMA 3VGLA 3MK6A 2ASOA 4I6MB 5EVZA 3A5OC 3ENHA 4XH5A 4EIAA 1SZ2A 2YJEA 2IIRA 2F9TA 3AY9A 3F9MA 4WQ4A 2ITMA 3VOVA 4K42A 5KPZA 1QZ6A 2QWNA 4IO8A 5AQIA 4H5RA 1NGIA 3BEXA 4BC3A 2Q1NA 3M3ZA 1LCUA 4ISFA 4CI6A 4CJ7A 1D4XA 5AQMA 3U9ZA 1J6ZA 2FF6A 3WXLA 5BN9A 5I9EB 1ATSA 4BRNA 3D2FB 1Z6RA 2W40A 1LOTB 2V7ZA 2QWQA 4JD2A 2OANA 3M6GA 2QWMA 1QZ5A 5AQSA 3QBWA 3QFUA 4WQ4C 2V51B 4H0VB 1QQNA 3CJ9A 3QFPA 1NM1A 5JLHA 2ASMA 3L0QA 5BREA 1V4TA 2A40A 4HWIA 3LDLA 2GELA 3J8AA 3UKUA 1RGIA 3EKSA 4FL9A 3AAPA 2ZGYA 1SQKA 3HM8A 2FSJA 1T6CA 4C23A 2W41A 1MA9B 5BPNA 4L3QA 5BRFA 3HI0A 3W3DA 4CBUA 1ATNA 2CGJA 5AQTA 1DKGD 4LC9B 3HSCA 2V7YA 1BG3A 5BPLA 5LJWA 4MLHA 4CZIA 3A0IX 3OHRA 1GLAG 2D4WA 5AQGA 5CE3A 2A5XA 3WXKA 2GTDA 3CJ1A 1XC3A 3DWLA 3LDOA 3EL2A 4MO5A 4XH1A 4CD3A 3EKUA 3O4WA 3P4IA 1NGHA 3BF3A 3S41A 4B1VA 3D2EB 1TYQB 1NGAA 4BROA 3MMVA 3VEWA 2ZGZA 5AQLA 2YCHA 4ISGA 2IVPA 3HBTA 1U2VB 5AQJA 3C0BA 4M7XA 3KVGA 1YVNA 5KPRA 3SMSA 1BOTO 5AQNA 3LDPA 1KAZA 4A61A 3WUHA 3SJHA 2E88A 4NB4A 2HOEA 4QS9A 4BRIA 2FSKA 2P9PA 2A3ZA 2GEMA 3R6MA 5F0XA 1IJJA 2UYTA 5AQZA 1X3MA 4NO7A 5BRDA 3MDQA 3W0LA 4CBWA 1HX1A 5BR9A 2YHYA 2CGKA 3R9PA 4GY2B 1JCFA 4BRKA 1K8KB 4I6MA 1TUUA 1KXPA 1NGEA 2A42A 1NGFA 2E2OA 3A5LC 2ASPA 4B1XB 2H3GX 2E2NA 4BR4A 1S3XA 3ATUA 2AP1A 2E20A 3WXIA 3C7NB 4WQ5C 4PL8A 3CJBA 5AFUA 3FE1A 1ATRA 3FZMA 1QQOA 4BRQA 1QHAA 3D2FA 2FXUA 1KAXA 2FF3B 4A2AA 4Z94A 3H3NO 4FPBA 4BG8A 4BR0A 5F1XA 3B8AX 1G99A 2QXLA 4CZFA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3SBGA 1JLFA 4PKGA 4CZKA 1O13A 3AVKA 5FPEA 1RTIA 1Q8IA 2P9NB 3SAHA 1NLVA 4H5TA 4DR1K 5AZIA 4CEDA 3CD6N 4RW4A 2IGIA 4BE7B 1OH8A 3GOIA 5CZ2A 3NH0A 1W2BM 1VSJA 3CPWM 3VERA 4AHRA 4DUYK 3NBPA 4B9NA 4NCBA 3DLGA 3L4QA 1XUPO 3FGUA 3QDKA 4MFBA 4F9OA 2E6MA 3WNGA 3SPYA 4DB3A 4DV2K 3LP2A 4FJJA 4JK7A 3AV9A 2D1KA 3CQ8A 1NGBA 3I56N 1QSYA 1Q9XA 3CIPA 2QWPA 4RCHA 1J9AA 3ZT1A 4H5WA 3ZT2A 4Y1DA 5FPMA 4XJXA 3DLBA 5A2QO 1ASVA 4DU3A 1K73O 3A5MC 5C24A 4JI3K 1FXXA 3D2EA 4E7KA 4CJQA 4GV3A 3UIQA 1QHTA 1OH5A 1IG9A 5ADXA 3R1XA 4B9QA 3V9SA 1LW0A 3NDKA 3C6TA 4JI8K 3HPGA 4C8MA 3KIOA 4YOYA 3V6DA 3CCJN 3HYFA 4CFDA 4AHUA 3RSEB 1S22A 3KLFA 4B3SK 3DLLL 5HOOA 1NKBA 4CHNA 1WB9A 3AO5A 2UUBK 2DPNA 2QW9A 2WUSA 4QS8A 4R5PA 3TU5A 1KSPA 1OVYA 4CEEA 1WN7A 3BY5A 2P51A 4CW7B 1T8EA 4WQ5A 4HTUA 3V9WA 3NH1A 1LV5A 5AQUA 3VEVA 4GKKK 2FBTA 3OTOK 3WT0A 3WEEB 1RT7A 4FLXA 1NJWA 3LP0A 3PSIA 4YDUA 4IZ9A 2G8KA 1B9FA 4LF5K 3C7NA 5FPDA 1W7AA 4LSLA 3ATVA 3DYAA 1BIZA 1RBUA 3S3NA 2P9SA 3CETA 2P5OA 2HF4A 1MWKA 2VG5A 2PBDA 3VGMA 3CF5L 1NNEA 1QE1A 1ILYA 1J5OA 3M8QA 4CGHA 3VA0A 2O8EA 2O8DA 4AHSA 4UY8O 3I0SA 4BR9A 2E8AA 3K57A 3GBTA 5JMVA 4FSVA 4BRLA 1DLOA 1WBDA 5D3GA 3VQ4A 4LF4K 3ZT3A 3MX5A 3CYGA 4ICLA 3HP6A 4DQSA 5HP1A 2QK9A 2O8FA 3DRSA 5AZJB 3IS9A 3P83D 4ZTJA 3IG1A 1BUPA 2EX3A 1Y97A 3IUCA 4DS5A 4E19A 4IFVA 3L4IA 1LW2A 4H0XB 4BGAA 4X65K 2ZE2A 3MN9A 4E7JA 3LAKA 1HNXK 4M7YA 5ADXH 3K59A 3HSTB 4DU4A 2Z1IA 3JXUA 3LALA 1BU6O 1IKYA 2HHVA 5KGWA 4DTJA 1ZBLA 4F4KA 1BGXT 3S5TA 4RWTA 2PAVA 1UOCA 4K0KK 3KKRA 3OY9A 3CFRA 1CZ9A 3O08A 1TAQA 1BQNA 4B9SA 3J80O 1WSEA 4JNEA 3MN5A 5F2RA 4BGBA 3ID8A 3PO5A 3O4QA 4FLWA 3PIPL 4DF4A 1KCFA 1KVBA 4YHHK 3L6QA 3ZSQA 3CJ7A 4HCBA 3O3GA 1JCEA 4FWRA 3UB5A 4DTUA 3ZSZA 1NMDA 2ZQBA 4EHTA 4BRDA 5M1FA 5J2QA 4ELVA 2VWJA 3VESA 1NBWA 4QS7A 1ZBSA 3AGRA 3D45A 3T69A 3LP1A 3C6AA 4FJ8A 3CERA 4IG0A 1VSIA 2QWRA 4JKAA 1X1PA 1BI4B 1NK8A 1NGJA 4DCHA 1QTMA 4Z4IA 2X6NA 4KHQA 2YX6A 2YKMA 4NCAA 3SMPA 4MLEA 1NK6A 2KHOA 2HHTA 1S6QA 3CHWA 2E2PA 3A8YA 2YNGA 3KLGA 1N32K 4Q0BA 1KD1O 2JLEA 2GX9A 3FR0A 4CJKA 1UA1A 3ZX3A 4I2QA 4GVMA 3OS2A 4CF1A 4CHOA 4CJSA 1NGGA 4ZHRA 3ZEUA 2NRRA 3U3GA 2RHKA 1T03A 1S9EA 3BP8A 2XHBA 2IS3A 3OJUA 4CECA 4WF9L 3ENHA 4EIAA 4FYDA 2IIRA 3AY9A 3F9MA 2ITMA 3G10A 3VQEA 1RT5A 1JLGA 3O3HA 3RR7A 1LCUA 1REVA 4CGGA 1RTJA 4DR7K 3U9ZA 4CJ5A 2FF6A 3WXLA 2G8HA 2HHIA 3MEDA 4I9QA 4CEOA 4BRNA 3D2FB 2OZMA 1Z6RA 4U67L 5SZTA 3MXMA 2V7ZA 2ATQA 2QWQA 4HCCA 4JD2A 3M6GA 2QWMA 1WBBA 5AQSA 3QBWA 4JRPA 4ILHA 3QO9A 3VN5A 1WAJA 4KREA 4KKOA 2YKNA 2ASMA 5IT9O 3SJJA 2OPRA 5CZ1A 3QERA 5CHIA 3A2FA 3PO4A 4LFBK 3HM8A 4W5OA 2OCEA 2YNFA 4CEZA 4BE0A 3CCRN 2W41A 4X62K 1RDAA 3RRGA 1SV5A 3DOLA 3TI0A 3BDPA 3KD1E 4F8RA 4PY5A 1TK5A 1Z26A 3BGRA 3CG7A 3VTHA 1ATNA 1X9SA 2HNZA 3CPEA 3PIOL 2KLAA 1BG3A 5BPLA 5C12A 3QEIA 4CZIA 3OHRA 2XO7A 1SKWA 1GLAG 5AQGA 3EZ5A 5J2NA 4JKGA 1VQ9N 2A5XA 4GMJB 3LPUA 3RTVA 4F3TA 1RDBA 2GBZA 3CJ1A 1HYSA 3EL2A 3K5LA 2W42A 1KLMA 3TTDA 4YOTA 5I3UA 1LWEA 3NVMA 5JENA 1EX4A 3ZSYA 2KQ2A 1NGAA 3AVNA 2ZGZA 3SUOA 3WXMB 3AVLA 4JLHA 4CJRA 1RDDA 3M8SA 5LMUK 4DTRA 4JKHA 3CCLN 3HXMA 1SUQA 3KVGA 4M7XA 4DR2K 5C15A 1T05A 1B9DA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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