1BI4A

Catalytic domain of hiv-1 integrase
Total Genus 42
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
42
sequence length
152
structure length
142
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEFGIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGGIGGYSAGERIVDIIATDI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Crystal structures of the catalytic domain of HIV-1 integrase free and complexed with its metal cofactor: high level of similarity of the active site with other viral integrases.
pubmed doi rcsb
molecule keywords INTEGRASE
molecule tags Dna integration
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 42
structure length 142
sequence length 152
chains with identical sequence C
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1998-06-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1bi4A00
2G8IA 2G8FA 2G8VA 4FCYA 4DF8A 3THVA 1RT7A 1WNSA 4I2PA 4DFPA 4DSJA 3AVBA 3AO5A 4LH4A 3OYAA 3HP6A 1CZBA 3QETA 3AVMA 4ZTFA 3SUNA 3VQBA 1S1VA 1ZBLA 4CGDA 3AVJA 3AVLA 4CK3A 4KFBA 3VA0A 1UA1A 4B3OA 5E41A 1WAJA 2VG7A 4H4MA 3MXMA 1GOCA 2PYJA 1I39A 1ZBUA 4LSNA 3SV3A 1L5UA 4F3OA 4CEEA 4KHUA 3NH2A 3K5OA 4M3RA 1XI1A 3OYKA 3ZT4A 1RTJA 3AA5X 1C1CA 3VQCA 4HHTA 3RMAA 2IOCA 4W5OA 4B8AB 4M45A 1Q9XA 1QSYA 4E0DA 4EZ9A 4IKFA 4B9NA 3QO9A 2X6SA 3HJFA 3K5MA 4HVJA 1QSSA 3VQEA 4H4OA 3LDSA 3RMDA 3B6PA 5KRTA 4M3UA 3TAMA 3D45A 4O0JA 4E3SA 2HHUA 3NCIA 2VG5A 1A5WA 3RTVA 4OGCA 1A5VA 5FRMA 4AHSA 4N41A 1WSJA 2RN2A 3LP2A 5C24A 4CJVA 4O0IA 1NKBA 4CK2A 2P1JA 3LWLA 1VRTA 2P51A 3SNNA 1TK5A 2IAJA 2Z1IA 1C6VA 2RPIA 3QEVA 3OS0A 3VQAA 4DS5A 4DTPA 2IDOA 1C0MA 3QEIA 4BDPA 3C6UA 3NBPA 2A1SA 1RTDA 3F9KA 1IKYA 1T7PA 3LAKA 4J2AA 4PUOA 3KK3A 4OPJA 4KTQA 1ZBHA 2B4JA 3DRRA 1EP4A 4NYNA 3PO5A 2KTQA 1RT4A 3TAFA 1HJRA 4FJHA 4KHYA 4C8NA 4Z4FA 4FXDA 1KTQA 1O1WA 3PX4A 3VQQA 1J53A 1JLFA 3SQ1A 3MEEA 3VN5A 3P83D 4FZYA 2PY5A 4B9MA 4AHTA 1ZBFA 2HMIA 4KAZA 1QQCA 3ZSVA 4CK1A 2OA8A 2B5JA 1C0UA 1VSIA 1Z25A 3DRPA 5JS1A 1VK0A 1T03A 2BDPA 4FJNA 4J2DA 4K8XA 4CGFA 4CJTA 3KLFA 3NHGA 4N5SA 1U48A 3UIQA 3LP3A 3AVIA 3QINA 4FK4A 1VSEA 4JS4A 4KB0A 4HTUA 1VSJA 1FKPA 5HRSA 4F4KA 1NK0A 1NJZA 4CFAA 1B9DA 1LAWA 1HYZA 1RT1A 4NYFA 4BWJA 3TAPA 3MXIA 4CCHA 3LWMA 4DU3A 1S1TA 1XHZA 1CLQA 4E89A 4QCLA 4CJUA 4PQUA 1U49A 2YV0X 3CQ8A 1TK0A 1RBSA 3KTQA 3DLBA 3I0SA 3QLHA 5I3UA 5I42A 2D0BA 2B6AA 4AHRA 4DTOA 1XWLA 1IKVA 1R0AA 3OS1A 1NJXA 2DTUA 3AVGA 4CHQA 3EZ5A 3AVCA 4DSEA 3SUOA 5CYMA 1WLJA 1RTIA 4BWMA 3LAMA 1J5OA 3QIPA 5JS2A 3HT3A 4QAGA 3TARA 1XC9A 1L3UA 3OYFA 5HRPA 1BQMA 4AHUA 1LWCA 4Z4CA 2KFNA 3L2QA 1RTHA 3SUQA 3K5LA 3DLEA 3VQ7A 2BANA 4DSKA 1GOAA 5FDLA 1VSLA 2E6MA 3CM5A 3WNEA 4AILC 1RCHA 3L3VA 4AHCA 1SL1A 3ZSOA 3TABA 4CECA 4RW6A 4ELUA 1HNVA 2ZQBA 2HNYA 3AV9A 4CHZA 3HSTB 1KVCA 4IBNA 4KTZA 1A5XA 4RW9A 1U04A 3HM9A 4ID1A 1X9SA 3AO4A 2ZD1A 1HYVA 3WNFA 4CJ4A 3V9WA 4CF2A 1KLNA 4K8ZA 3T1AA 4FJ9A 3V9UA 3LP0A 3VQDA 3DLKA 1RBUA 3WNHA 4DSLA 4Z4IA 5DK5A 3S3NA 1NOZA 4OKKA 3DLHA 3AA2A 2XY7A 4F2RA 4CGGA 1C1AA 4LH5A 5C42A 1BISA 3KJVA 2G8HA 1JKHA 3NF7A 2QKBA 4ID5A 3V81A 5J2QA 4M3XA 2XY5A 4AH9A 4DLEA 4ZHRA 4FW2A 4I9LA 4TSXA 1NJYA 3MXJA 4O44A 1EXQA 4E7HA 4DWIA 3OJUA 2HNDA 3CM6A 3M8QA 4DTXA 1BI4B 1TGOA 3AA4A 3U6FA 1VSMA 3L3UA 5HBMA 4Z4EA 4KREA 4PA1A 3CYMA 2DFFA 5SWMA 1X1PA 1WSFA 1RT5A 2JLEA 1Q9YA 4DQIA 3HPHA 4IFYA 1WAFA 3V1RA 3OYMA 4OGEA 3ZSWA 4FJ5A 1F21A 3OYLA 1KFSA 4DU1A 3JSMA 2ATQA 4G1QA 4W5RA 2E4LA 4DF4A 4IFVA 1BCOA 3DLGA 3TAGA 1QTMA 3OYJA 4PWDA 2HHWA 1YTAA 1S5JA 3K5NA 4Z0UA 3CG7A 4CJEA 3OYNA 2YKNA 1NJWA 3AVFA 1GOBA 3VQ5A 4NCGA 4CJRA 3QEWA 3DOLA 4FJ8A 4M41A 4CJPA 4CE9A 1RILA 1JLEA 2FBXA 1C0TA 1CZ9A 3AVAA 4KHNA 4E1MA 1UAXA 4O55A 1FXXA 4BDZA 1UWBA 4CJFA 4OPKA 4BE2A 1U47A 4CJKA 4O4GA 3U3GA 3HO1A 3OS2A 1N6QA 4CEAA 1BHLA 3K2PA 3SQ2A 4FVMA 3TAQA 4KHWA 1HYSA 4W5TA 2FBVA 3E01A 3KLEA 1UOCA 3QNNA 3ZSYA 2G8WA 2VG6A 4HUFA 3AVKA 3DYAA 1S9GA 2VWKA 4KTWA 5T7BA 3V6DA 4CF9A 1SUQA 3SPYA 4GVMA 3ZSRA 1JLQA 2IGIA 1WSHA 1IH7A 1TKXA 1REVA 2O4IA 1LV5A 3NH1A 3AO2A 4CGJA 2Y1JA 4NCAA 4ELTA 3U3YA 1B92A 2OYQA 3OYGA 4H8KA 4CERA 5J1EA 4FLZA 4DFKA 3LPTA 3DRSA 4FJ7A 3AVHA 4FJXA 1JLGA 2KZMA 3ZSXA 4CHYA 3JYTA 2IC3A 1KVAA 1EETA 2IS3A 2D5RA 2GUIA 2Z1JA 3RRHA 4CF8A 3RR8A 4CJQA 3HL8A 1BI4A 3MAQA 2DY4A 1IKWA 4DU4A 2WOMA 4DQSA 3V9SA 1ASUA 4RW7A 2HHTA 1IG9A 2AJQA 4FZZA 4Z4HA 3QEPA 4C8LA 3PX0A 4KKOA 2O4GA 3MEGA 3DM2A 4YNQA 1HMVA 3EYZA 1RT3A 2LSNA 1SL0A 1KSPA 3KD1E 4FLVA 4W5QA 1HQEA 3VQ9A 1XHXA 3V1QA 4B9UA 3OYIA 2Q3SA 3LZIA 1JXBA 4E7IA 3SJJA 4FW1A 4W5NA 2EHGA 4DTMA 1X9WA 4JLHA 1K6YA 1SKSA 3V4IA 4DLGA 1S1WA 4IDKA 2DFEA 4CJSA 4DFJA 4BDYA 5EU7A 4OKJA 3LALA 4KV8A 3TWHA 2D0AA 3HYFA 1QS4A 2GV9A 3LPUA 4WE1A 4CEOA 2A1RA 1NK9A 4M3TA 1QE1A 4FM2A 4FJMA 1L3SA 4CIEA 3B6OA 1KRPA 3KKSA 3WNGA 3S3MA 3L2RA 3ALYA 4CJ5A 4Z4GA 4N47A 3G10A 3C95A 2PYLA 4DQPA 3ISNC 4CF0A 3OY9A 3K58A 3HPOA 4DTNA 1T05A 2ITGA 2OPQA 3AO3A 1D9FA 4YFUA 4N56A 4KHSA 2HW3A 3I8DA 4NCBA 1J54A 1SL2A 1NKEA 3RMBA 3OYBA 2FBTA 3HPGA 3DLRA 4CHNA 4CJLA 2D0CA 1DTQA 1JLCA 2E6LA 3TANA 5KGWA 3HVRA 1SV5A 3NDKA 1D8YA 3O4NA 3AA3A 2OPRA 2RKIA 1ASVA 3S9HA 1LWEA 4I2QA 1LWFA 3K59A 5J2MA 1FKOA 4B08A 3SCXA 4IG3A 2DFHA 3PUFA 3G0ZA 1J9AA 3S3OA 3LZJA 2OPSA 4FJLA 2HHVA 5C25A 3MECA 1RDDA 3KK1A 1WN7A 1BL3A 4C8KA 4DG1A 4KI6A 1U4BA 1QSLA 4MQ3A 1VRUA 3LANA 3P1GA 2OZSA 2YNFA 3RWUA 1KLMA 3SQ0A 3ULDA 4RW8A 5HRNA 3IAYA 4KB1A 3VQ4A 3SYZA 5J2PA 4N76A 3M8PA 3TAEA 2F8SA 3NF8A 1D5AA 1TAQA 4FLTA 1VSDA 3ITHA 3HVTA 4GMJB 1KVBA 2GBZA 4DS4A 3QIOA 3VA3A 2KFZA 3H08A 3OVNA 3MEDA 2YNHA 3V9XA 3V9ZA 3QNOA 3NF9A 1SKRA 2OPPA 1VSFA 1NK8A 1ITGA 2G8KA 3ZSZA 3DI6A 3AVNA 1CXUA 1VSKA 4CFCA 1RBVA 3TR8A 4B8CA 3QEXA 3T19A 4GW6A 3OYCA 1S6PA 3BDPA 3KD5E 2XY6A 2X74A 2P5OA 2HB5A 5K14A 3A2FA 2Y1IA 4M42A 1HNIA 3IRXA 2KZZA 3ZSQA 5CY4A 2HHSA 4O5BA 4BACA 4E7KA 4FK0A 1C1BA 4F2SA 1WSGA 2EX3A 5CZ1A 2XO7A 1T8EA 4I7FA 2KW4A 1TKDA 3RR7A 4KI4A 3LP1A 4CHOA 4LY7A 2QXFA 1L3VA 1I3AA 4OLAA 2W42A 3DOKA 3ZT2A 4B9VA 1TVRA 1HRHA 4LSLA 1RNHA 5D3GA 5KTQA 3O4QA 4B9SA 2PZSA 4KRFA 4FLWA 3KKRA 1YTUA 1VSHA 3NF6A 3L8BA 4M3YA 1Q8IA 3M8SA 4CF1A 4J2EA 2R7YA 3VQ8A 1LAVA 3CFRA 2OZMA 2VWJA 4PY5A 3PX6A 1Y97A 4KHQA 4E19A 4JRQA 1EX4A 1JL2A 3PY8A 4CEBA 4DTSA 1JXEA 2Z1HA 1TKZA 2HNZA 1ZYQA 4FJKA 3C94A 1WSEA 2JGUA 2I5JA 4OVLA 2Z1GA 3RMCA 3KLIA 4KPYA 1L3TA 4Y1DA 1JL1A 4CFDA 5SZTA 1LW0A 1RDAA 1RDCA 3OYEA 3VQPA 1RDBA 1BIUA 4DMNA 3CFPA 2QKKA 4Y1CA 2FC0A 3IS9A 5CZ2A 4FJGA 1JLBA 4DSFA 4EP4A 2ETJA 4CESA 3KLGA 1RT2A 1W9HA 3I0RA 1HPZA 3NAEA 4CEZA 1YT3A 3K57A 1NK7A 4CIFA 1RBRA 2YNIA 1LW2A 4RW4A 3M8RA 4HUGA 2X6NA 5KGXA 4DTUA 3NGIA 1TKTA 1S1UA 4CEDA 4E1NA 4DTRA 3NGZA 4B9TA 3SUPA 4B9LA 1TAUA 2FBYA 1KCFA 4DQRA 4FJJA 1CXQA 4F8RA 4J2BA 4HUEA 2HHXA 2HHQA 1DLOA 3SQ4A 1N5YA 1HQUA 1G15A 1EKEA 4IG0A 4E7LA 3SI6A 3AO1A 5DMRA 2BE2A 4CJ3A 1NKCA 2YKMA 4C8OA 1B9FA 4JRPA 3O3HA 4Q5VA 3KLHA 2XHBA 4CGIA 3OYHA 4L8RB 3HK2A 1MU2A 1KFDA 3KIOA 4OJRA 4AHVA 1TL3A 3NH0A 4FLXA 5HROA 4QOZB 3EY1A 2NUBA 3QESA 3L2UA 2XRIA 1NK6A 5HLFA 4DSIA 3SV4A 1ASWA 4FZXC 3PV8A 1JLAA 5HP1A 3DMJA 1D9DA 3TI0A 4UQGA 3HXMA 1IO2A 3CFOA 3D0PA 2QK9A 1NK5A 3O3FA 3RRGA 2YHAA 1TL1A 1BGXT 3O3GA 4ZTJA 4CGHA 1BIZA 4CFBA 4ELVA 1QHTA 4OLBA 2HVIA 4BE0A 3C6TA 5FROA 3VQ6A 1YVUA 4FM1A 4FK2A 2X78A 4Q0BA 1S6QA 3NE6A 4E7JA 2P5GA 4EZ6A 4M3ZA 4DQQA 3IG1A 2RF2A 4I9QA 3ZT3A 4FJIA 3BGRA 3FFIA 4FM0A 1SKWA 2F8TA 3F73A 1TK8A 3HP9A 2HVHA 3NGYA 3V1OA 4HCCA 1FK9A 4KO0A 1BCMA 1IKXA 2KQ2A 3SPZA 5HRRA 4F3TA 3L2VA 3OJSA 3ASMA 1S9EA 4JS5A 4FLYA 3T3FA 2G8UA 4M3WA 1S1XA 4FYDA 4EP5A 3L2WA 1DTTA 1TV6A 4CJWA 1Z26A 5J2NA 3KK2A 5FRNA 3OYDA 3PO4A 4FLUA 2XY8A 1U45A 1BQNA 3ZCMA 4CIGA 1ZBIA 4CEFA 2F96A 1WSIA 3ZT1A 4RG8A 5CYQA 4OKEA 2WONA 1NOYA 3NFAA 3QERA 2YHBA 4DTJA 4R5PA 4XIUA 5KRSA 5KI6A 4C8MA 4CHPA 1RBTA 4LD0A 3ZT0A 1UA0A 4HCBA 2YNGA 1RT6A 1W0HA 4BE1A 1NK4A 2BGGA 4MFBA 4ICLA 4CEQA 3P5JA 2ZE2A 1X9MA 4DFMA 3SZ2A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2E88A 4DF8A 4DFPA 1CZBA 3VQBA 3GE1A 4KFBA 2VG7A 5CE3A 3MXMA 1N36K 1GOCA 1I39A 4LSNA 1L5UA 4JAXA 3K5OA 4X66K 1MA9B 4U67L 5BRDA 3H1QA 3OBYA 2IOCA 4W5OA 4K25A 4B9NA 3QO9A 2ASPA 4HVJA 3VQEA 3LDSA 2IVOA 4M3UA 3BY5A 3D45A 4IJAA 4E3SA 2O8BA 3RTVA 1A5VA 5AQIA 4AHSA 4N41A 1WSJA 2RN2A 1VQKN 3QBXA 4CK2A 3LWLA 3SNNA 1TK5A 2Z1IA 3QEVA 3VQAA 3QEIA 4BDPA 5F1XA 3PIPL 1IKYA 2B4JA 4NYNA 3TSUA 3PO5A 4DR6K 4H5NA 3TAFA 4FJHA 4KHYA 4C8NA 2YX6A 2D1KA 5ADXH 3VQQA 2YJFA 3MEEA 4JI7K 3P83D 4CZJA 1DT9A 1QQCA 3ZSVA 4CK1A 4KAZA 4C1NK 1VK0A 2BDPA 4FWPA 4CJTA 2ZJPL 3LP3A 3AVIA 4JKGA 3BF1A 4KB0A 1ZC6A 1FKPA 4F4KA 1NK0A 1NJZA 4CFAA 1B9DA 3TAPA 1HYZA 1RT1A 4NYFA 4CCHA 1NJIO 4DU3A 2Q31A 2YV0X 1C0FA 4BR4A 3DLBA 3AAPA 5I3UA 5I42A 2D0BA 3RSEB 4AHRA 1IKVA 3OS1A 3HBTA 3EZ5A 4B3MK 3AVCA 3BZKA 3O80A 2PBDA 3HT3A 4QAGA 2P9PB 1JCFA 1LWCA 2QXLA 2FLOA 3VEVA 4Z4CA 1MWKA 3WNEA 3CM5A 1RCHA 3ZSOA 1C0GA 5AQMA 3CXCM 1U2VA 3SK3A 4CHZA 2VQFK 4BVPA 1YI2N 3V9WA 4M63C 4FJ9A 3LP0A 3VQDA 3VEOA 3R3LA 3WNHA 1Z6RA 3S3NA 1NOZA 3IFRA 3AA2A 2XY7A 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 4KHP K;  3ULD A;  4PKI A;  4RW8 A;  4YOW A;  3SYZ A;  5AQW A;  5J2P A;  3NF8 A;  1VSD A;  5B8H A;  1KVB A;  5BPM A;  2KFZ A;  3VMF B;  3H08 A;  4CZH A;  1SKR A;  1HR0 K;  4JKA A;  2NRW A;  3DI6 A;  3FZK A;  4BR5 A;  3VGK A;  1V4S A;  4CFC A;  3LL3 A;  1E4G T;  4GW6 A;  4XH5 A;  1HNI A;  3W3D A;  1DEJ A;  3C0B A;  2HHS A;  4O5B A;  4BAC A;  4E7K A;  4DR2 K;  4RTF D;  3LP1 A;  4JKG B;  2KKZ A;  3K9J A;  4BRQ A;  4H5V A;  4AM7 A;  2W42 A;  3ZT2 A;  4B9V A;  3ZET A;  1KC8 O;  3HSC A;  4JHD B;  4LSL A;  2NRZ A;  3FR0 A;  4KRF A;  3KKR A;  3L8B A;  1EWR A;  1Q8I A;  5LL6 Z;  3NVK A;  3VQ8 A;  4DV6 K;  4LFC K;  4E19 A;  3OTO K;  4JRQ A;  4MDA A;  4LF8 K;  3T69 A;  4CEB A;  1TKZ A;  4A2A A;  1HKG A;  3LM9 A;  2O8D B;  3KLI A;  2P9U B;  3EKU A;  5IWA K;  4CFD A;  5SZT A;  4WQ4 A;  3VQP A;  1BIU A;  4ISE A;  4Y1C A;  3IS9 A;  5CZ2 A;  2WTU A;  3M3Z A;  2UXC K;  2ETJ A;  1W9H A;  4LF6 K;  1HPZ A;  4CEZ A;  1YT3 A;  3K57 A;  1RBR A;  3M8R A;  1VQN N;  2E2O A;  2X6N A;  5KGX A;  4DTU A;  4NB4 A;  3NGI A;  4IOC L;  4CED A;  3J7Y P;  2Q1N A;  4A5B A;  4B9T A;  3SUP A;  1CXQ A;  1DLO A;  3FZL A;  2HBK A;  4IG0 A;  3VES A;  5DMR A;  2YKM A;  4BY9 C;  1JJ2 M;  1ESV A;  3KLH A;  3H3O B;  3KIO A;  4AHV A;  3VEW A;  5HRO A;  3SMS A;  4QOZ B;  2XRI A;  3UKU B;  1NNE A;  3DMJ A;  4DV7 K;  1JCE A;  4BQZ A;  3C6A A;  3HXM A;  1IO2 A;  1P90 A;  4B3T K;  1MWM A;  3O3F A;  1Q18 A;  1BGX T;  3IKM A;  4ZTJ A;  1YJN N;  4CGH A;  1BIZ A;  1VQ4 N;  4JK7 A;  1VQ8 N;  3C6H A;  1S6Q A;  4E1J A;  4EZ6 A;  4MO4 A;  4I9Q A;  2BUP A;  5FPD A;  3BGR A;  3FFI A;  5KQD A;  4FM0 A;  3HP9 A;  3NGY A;  3V1O A;  3SPZ A;  5HRR A;  4JK8 A;  1S9E A;  4JS5 A;  5HL7 L;  3L2W A;  1TV6 A;  3Q7C A;  3KK2 A;  3VEZ A;  1I94 K;  2XY8 A;  1BQN A;  4CEF A;  5M1P A;  1NGJ A;  5CYQ A;  2WON A;  1BG3 A;  3L4I A;  2QWL A;  3MN7 A;  3VGM A;  5KI6 A;  4C8M A;  3ENO A;  2I7N A;  1W0H A;  5SWM A;  3LDL A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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