1BI4A

Catalytic domain of hiv-1 integrase
Total Genus 42
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
42
sequence length
152
structure length
142
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEFGIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGGIGGYSAGERIVDIIATDI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Crystal structures of the catalytic domain of HIV-1 integrase free and complexed with its metal cofactor: high level of similarity of the active site with other viral integrases.
pubmed doi rcsb
molecule tags Dna integration
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule keywords INTEGRASE
total genus 42
structure length 142
sequence length 152
chains with identical sequence C
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1998-06-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1bi4A00
3LPTA 1NK4A 4FJ9A 1C6VA 1J53A 1B92A 4CF2A 1T03A 3TABA 1C0MA 4I2PA 1SUQA 4CJUA 3KLHA 2VWKA 4GMJB 4OKEA 1ZBLA 1DLOA 3QIPA 4CECA 4EZ9A 1UA0A 3LZIA 4CJVA 2X74A 5I3UA 3P1GA 3IAYA 4AHTA 1C1CA 1EX4A 2D5RA 4IBNA 1TGOA 1NJZA 2A1RA 4HUFA 5SWMA 4CEDA 3SV4A 1HNVA 4HUEA 2XY5A 4C8LA 4HTUA 1RBTA 4CJQA 3L2VA 1ZBHA 4FJGA 1UA1A 1VSEA 1KTQA 4DQQA 1KVCA 3P5JA 5HBMA 4CGIA 1REVA 3B6OA 3TAMA 3MECA 1J5OA 4MFBA 1U48A 1TK0A 4KHNA 1GOBA 1A5WA 3HSTB 3O3GA 4BWJA 4OKKA 4FJLA 3VA3A 3V1RA 4CJSA 3ZSVA 2F96A 2HB5A 1RT4A 3CM6A 4DS4A 4B8AB 3E01A 1VSJA 1KVAA 4CJPA 5DK5A 1KFDA 4CEAA 2B4JA 1EP4A 2WONA 4H4MA 5KTQA 2XO7A 3QETA 1NOZA 3T3FA 3K58A 4KB1A 1B9DA 4FVMA 3OYEA 3V4IA 3ZCMA 1JKHA 3HO1A 3P83D 2OPRA 3TAQA 2I5JA 1NJWA 4C8KA 4L8RB 1GOAA 4OVLA 4RW8A 2VWJA 2P5OA 4CK1A 3ZT1A 4KHYA 1TAUA 2VG7A 1BCMA 1T05A 4ELUA 4B9TA 3DM2A 4E1MA 1J54A 4IG0A 4E89A 3KLFA 3RMAA 4JRQA 1WSEA 1RBUA 1CXQA 1U04A 1XHXA 3G0ZA 4DF8A 3KD5E 3OS2A 4KHWA 2FBYA 1C1AA 1JLAA 1RT1A 3B6PA 2HNYA 3V1QA 4CJKA 4E1NA 4N56A 4AILC 2G8HA 1KFSA 1HYVA 4LH4A 4M3RA 3TR8A 3SNNA 1SL2A 5KI6A 1WSHA 1IKYA 3NDKA 2ETJA 4OJRA 2KW4A 4O0IA 4I9QA 1CLQA 1EETA 4FK4A 1JXBA 4PA1A 4FZYA 2OPPA 3AVIA 4XIUA 1C0UA 4AHSA 1Z26A 2P51A 1JXEA 3OYFA 4FJHA 4FLWA 3HPOA 1NKBA 2WOMA 4FXDA 1BIUA 1RT3A 2DFEA 3K5LA 3RWUA 3JYTA 3PX0A 3D45A 3H08A 3HXMA 3NGZA 3QNOA 1RTIA 4ELTA 1BISA 3KKRA 2HHQA 3NCIA 3PY8A 4Z4IA 1VRUA 1LWCA 1RCHA 3OJSA 3NGIA 5HROA 1KLNA 4KO0A 4FJKA 4LH5A 4CK2A 3NH2A 2F8SA 4C8OA 4M3UA 4FJ5A 1WN7A 3U6FA 3C6TA 3RRGA 3L8BA 1ASUA 3VQ7A 3AO5A 3SZ2A 1KCFA 1FXXA 1WNSA 4LSNA 4RW7A 4FJNA 1BQMA 2ZQBA 4FCYA 3SJJA 3QERA 3DLHA 5CZ2A 5CYQA 4F2RA 1BL3A 3THVA 4KHQA 4E7HA 2A1SA 4I9LA 3L3VA 4DU1A 3PV8A 3T19A 3OYNA 4DF4A 4H8KA 1A5VA 3TAPA 1NK8A 3SV3A 1TKDA 3L2WA 3HJFA 1D8YA 3KLEA 3QEPA 3HVTA 1W0HA 4KTQA 3AVNA 1IKWA 3V81A 1UAXA 2O4GA 4ICLA 1WSGA 3QESA 4BWMA 2HVIA 3NF7A 3MXIA 4F2SA 1W9HA 1C1BA 3ASMA 4F3TA 3AA4A 3TWHA 3V6DA 1LWEA 2Z1GA 1QQCA 4CEOA 1HYZA 3VQEA 2QXFA 2HW3A 1VSIA 4FLUA 1BCOA 3KK2A 1S1TA 3TAEA 4Q5VA 1CXUA 3KIOA 1T8EA 2G8WA 1XI1A 1TV6A 4Y1CA 4O4GA 3OY9A 3OYKA 1NKCA 4M3ZA 3I0SA 4Z4CA 2X6NA 4O55A 4DSLA 4B08A 4DLEA 2HVHA 2OPSA 4ID1A 1VSDA 3LZJA 1LW2A 3MXJA 2B6AA 4AHUA 4CJ5A 2BANA 3KLGA 1X9SA 4W5NA 1UOCA 4OLBA 4KREA 1JLCA 2OA8A 4B8CA 1NK0A 3AVKA 5JS1A 1NK9A 4F3OA 1YTUA 2BGGA 1RT5A 3L2QA 3HVRA 3QO9A 4DTMA 1ITGA 2YKNA 4EZ6A 1LW0A 4DQIA 1YVUA 5FRNA 4CGFA 2QKKA 2X6SA 5HP1A 1DTTA 4NCGA 4F4KA 3DLBA 3ZSRA 4DSEA 1FK9A 1Q9YA 3K2PA 3EYZA 4DFMA 3SCXA 1EKEA 4Z4EA 1NJYA 4DS5A 1RTDA 3C94A 3DLKA 3ZT2A 2YV0X 4CGGA 5J1EA 3KKSA 3ITHA 4DLGA 3OYMA 2OZSA 4FJMA 4M3TA 1S9GA 1ZBFA 1B9FA 3BGRA 4HVJA 1CZ9A 3IG1A 4DQRA 2XY6A 4M3YA 1JLEA 1VSLA 3AVAA 3QINA 4BDZA 2LSNA 1LAWA 4OPJA 3AO2A 4E7IA 3SQ1A 2E6LA 2G8VA 3AVFA 4J2EA 1EXQA 1JL2A 3K5NA 1SKRA 1SKWA 3ZSQA 3NFAA 4CESA 4E7LA 4CCHA 3LP0A 2YNFA 3WNHA 3AV9A 2KQ2A 1YT3A 3VQ8A 3ZT0A 1I39A 3AO1A 4GW6A 1N6QA 1TKTA 4BE2A 3VQ5A 3U3YA 3QEXA 4CF8A 3HYFA 3RMBA 2PY5A 4BE1A 1Q9XA 3VQAA 1SL0A 3VQ6A 4CGDA 2GV9A 1DTQA 4CEEA 4J2AA 1I3AA 4JS5A 3VQQA 3RTVA 3I8DA 4FJJA 3VA0A 1WLJA 1IKXA 3MXMA 2ZD1A 2HNDA 2YNGA 5C25A 4DU4A 4AHCA 4DQPA 1D9DA 3SUPA 4N47A 2QK9A 2NUBA 4FW2A 1X9WA 4FW1A 4IKFA 1ZBUA 3DLGA 2AJQA 4DTUA 4CF9A 5E41A 4EP4A 3PO4A 4FJ8A 3KJVA 3AVBA 3KLIA 4O5BA 4CFCA 4BDYA 4FM1A 1BQNA 3SPZA 2OPQA 4PWDA 2YNHA 4OPKA 3RMCA 2G8FA 1K6YA 3AVJA 4AH9A 3V9ZA 2BDPA 5KGWA 3K5MA 4FM0A 1BGXT 2HHXA 2RF2A 4ZTFA 1TK5A 3ZSYA 2FBVA 2XHBA 2G8IA 4JRPA 2DFHA 4B9NA 1VSHA 3ZSZA 4YFUA 4LY7A 2HMIA 2YNIA 3OYDA 3SQ0A 1Y97A 1RDDA 1WSIA 5HLFA 2IC3A 1JLFA 3RRHA 4IFYA 3QEIA 1Z25A 4BE0A 4IFVA 3AVHA 5C42A 4UQGA 4PUOA 4KI6A 1C0TA 5HRPA 4DTOA 3CFOA 3IS9A 4FK0A 5CYMA 1HQEA 5KRSA 4ZTJA 4KTWA 4Z0UA 4FZXC 1QE1A 5JS2A 1NOYA 3VN5A 2O4IA 4ZHRA 4CK3A 4DTJA 5C24A 3LWMA 3K59A 3SPYA 2PYLA 3DLEA 3DMJA 1XHZA 1TKXA 4AHVA 3MEGA 1RBSA 3FFIA 5J2PA 4KFBA 3RMDA 1L3SA 1HRHA 4KV8A 4DFKA 4YNQA 3MAQA 3KK3A 3MEEA 3ZSOA 1RDCA 1O1WA 1A5XA 4FLTA 4CEQA 4KHSA 3DRSA 5HRRA 2YHBA 1S5JA 3S3NA 1G15A 1S6QA 4FK2A 1WSJA 3QLHA 4CIFA 3CFRA 3ZSXA 3WNFA 4FM2A 2Z1IA 3VQBA 4K8ZA 4N5SA 1RBRA 4CF1A 4C8NA 4BDPA 2VG5A 3M8PA 4C8MA 2G8KA 4KRFA 4IDKA 4OKJA 4AHRA 5J2QA 1RBVA 1RILA 1TVRA 1RT2A 2E6MA 3OYHA 3DRPA 3HP6A 1QTMA 1IG9A 3NGYA 5D3GA 4PQUA 1D9FA 2DFFA 1U47A 4F8RA 1KRPA 3SUNA 4CEFA 1RDBA 4B9UA 1RNHA 4DU3A 4FJIA 3AA2A 3ULDA 1HJRA 3SUOA 2DTUA 3OS0A 4LSLA 3NH1A 4B9SA 2HHSA 2B5JA 1NK6A 4K8XA 2KFZA 4CEZA 4NCBA 1S9EA 3O4QA 4ID5A 3ZT4A 3HK2A 4Q0BA 3KD1E 4M3XA 3PX6A 3LDSA 1Q8IA 4CHPA 1GOCA 4CHNA 3LWLA 3EZ5A 2KZMA 3NAEA 2DY4A 1S1VA 3PX4A 3AA5X 4I7FA 2BE2A 3V9WA 4CJ3A 2KFNA 1IO2A 1RT7A 3NF6A 4CJEA 3DOLA 4CHQA 4CJRA 1TAQA 3U3GA 1JLQA 4DWIA 1HQUA 3VQ4A 1QSSA 1HYSA 4M41A 1KSPA 4WE1A 1LWFA 5T7BA 1XWLA 2EX3A 4DG1A 4DTNA 1R0AA 1U45A 2QKBA 1JLBA 3OS1A 4NYNA 3NHGA 4HCBA 4FJ7A 2PZSA 4DTSA 1WSFA 4JS4A 3CG7A 3TAGA 2KZZA 2HHTA 1RTHA 5KRTA 1VRTA 1VSMA 2IS3A 1RTJA 4E3SA 1XC9A 3V1OA 4CJFA 1X1PA 1UWBA 3RR8A 2IOCA 4R5PA 3ISNC 1BHLA 3D0PA 5EU7A 3SQ4A 4QCLA 3M8QA 2RKIA 4KAZA 1F21A 1BI4B 2D0BA 4BACA 4M42A 1TL3A 4CJTA 1HMVA 3DI6A 3OYIA 3QEVA 1VSFA 4N41A 3TARA 2X78A 2OZMA 4B9VA 4HUGA 4I2QA 2F8TA 4Z4GA 2P1JA 4NCAA 3CM5A 3OYBA 2RN2A 4MQ3A 3O4NA 4CGHA 2P5GA 4FJXA 3SI6A 3BDPA 1TK8A 3TI0A 1ASVA 1NK7A 3I0RA 4LD0A 5FDLA 4GVMA 3V9UA 1RDAA 2ATQA 3VQPA 2D0AA 2XRIA 5K14A 3OVNA 4CGJA 1NK5A 1FKOA 2HHWA 2D0CA 3AO4A 4KTZA 3OYGA 4KKOA 3SQ2A 2FBXA 3C6UA 4QAGA 3DRRA 4CERA 3QEWA 3K57A 5J2MA 3MEDA 1JLGA 4O44A 3LP3A 1KVBA 4Z4FA 3WNEA 5KGXA 4KI4A 2PYJA 1TL1A 3LANA 3OYLA 1IKVA 4FLYA 4EP5A 1YTAA 3KK1A 3L2RA 1WAFA 3NH0A 3AVGA 2FC0A 1X9MA 2G8UA 1FKPA 4DMNA 2ZE2A 1ZYQA 3S3MA 4J2DA 4QOZB 1JL1A 2XY8A 4CJ4A 4ELVA 4Y1DA 4RW4A 3VQ9A 4Z4HA 4HHTA 1LV5A 4O0JA 4FLXA 3LAMA 4OGEA 1RT6A 3EY1A 4DTXA 4B9LA 4M3WA 2KTQA 2JLEA 4W5OA 5CY4A 2Z1HA 3DYAA 1N5YA 2Y1IA 4FYDA 4FLZA 3OYJA 4DTRA 1SL1A 2Y1JA 5I42A 2OYQA 4CEBA 5SZTA 3S9HA 3LAKA 1SKSA 3KTQA 3C95A 4KPYA 3S3OA 4E7JA 2RPIA 3O3HA 5HRNA 3DLRA 3G10A 3AVCA 4JLHA 1VK0A 3K5OA 4CFBA 4J2BA 3LP2A 4CIEA 3HPGA 3F73A 4B3OA 4HCCA 3SYZA 3RR7A 4IG3A 4CHOA 4PY5A 4RW6A 3LALA 4FZZA 1VSKA 2JGUA 3AVMA 4CFDA 3CQ8A 2E4LA 2W42A 2VG6A 1L3TA 3HL8A 2GUIA 3M8SA 4B9MA 4N76A 4OLAA 1QS4A 3AA3A 3VQDA 3UIQA 4W5TA 3QNNA 3LPUA 4H4OA 1T7PA 2IDOA 4CJLA 2Q3SA 1BI4A 1WAJA 1NKEA 2IAJA 3OYAA 3A2FA 4W5RA 1J9AA 3HM9A 4E7KA 3ALYA 1S6PA 3ZT3A 3O3FA 5CZ1A 2HNZA 2YHAA 3NE6A 3AVLA 3TANA 3QIOA 4OGCA 3NF8A 2ITGA 3V9SA 2HHVA 4DTPA 3M8RA 2GBZA 1U49A 3AO3A 4RW9A 4DQSA 3TAFA 1ZBIA 4DSFA 1HNIA 2IGIA 5FROA 4W5QA 5HRSA 3F9KA 4CF0A 4DFJA 1SV5A 4KHUA 5FRMA 4CE9A 3L3UA 2FBTA 3PUFA 1L5UA 4DFPA 4E0DA 4G1QA 3NF9A 3LP1A 3IRXA 3ZSWA 4CIGA 3JSMA 1U4BA 1LAVA 2YKMA 1S1XA 4DSIA 3HT3A 3V9XA 4CJWA 5DMRA 3DOKA 1D5AA 4NYFA 4CFAA 4E19A 3L2UA 1ASWA 1MU2A 4RG8A 3HPHA 3SUQA 1QSYA 3NBPA 3T1AA 1HPZA 3HP9A 4TSXA 4CHYA 3WNGA 4DSJA 1L3VA 2R7YA 1IH7A 1BIZA 2XY7A 1S1UA 1KLMA 4FLVA 3OJUA 3CYMA 1L3UA 3PO5A 4M45A 1QSLA 1NJXA 3VQCA 2HHUA 1S1WA 1QHTA 3OYCA 5J2NA 3CFPA 1CZBA 2EHGA 4CHZA 4KB0A 1TKZA 4DSKA 2Z1JA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3LPTA 1NK4A 1B92A 3TABA 1SUQA 5LY3A 1DLOA 4CECA 3H1QA 1UA0A 4LF6K 1WBBA 3NMUA 2E1YA 3FR0A 4CEDA 4HUEA 2XY5A 4HTUA 2VGMA 1SZ2A 3L2VA 4B1ZA 1ZXOA 3CF5L 1UA1A 1VSEA 5HBMA 4CGIA 4ISEA 1REVA 2UYTA 3B6OA 3TAMA 1U48A 1GLDG 4KHNA 1BDGA 2NRXA 1GOBA 3HSTB 3UKUB 4BWJA 3THXB 3T7ZA 5JVHL 3V1RA 2D4WA 4H5TA 3ZSVA 1YVNA 3E01A 5DK5A 4CEAA 5KTQA 2B4JA 3QETA 4UY8O 2OTLN 3THWA 4KB1A 3OYEA 3ZCMA 3P83D 4L8RB 1HR0K 1GOAA 1NGFA 3AY9A 2P5OA 3L0QA 4KHYA 3FFKB 1T05A 1BCMA 2F9WA 4CI6A 4ELUA 4E1MA 3O9QA 3TSUA 3KLFA 1WSEA 1RBUA 5GIOA 5AQJA 4A2AA 4YHHK 4EHUA 4LFAK 3ID6A 4KHWA 1S22A 4WFAL 1C1AA 3C6AA 4CW7B 1OH7A 4E1NA 4LF4K 1HYVA 4M3RA 1SL2A 1WSHA 1IKYA 4BC4A 4O0IA 4FK4A 4PA1A 3NVMA 4AHSA 4ILGB 3HPOA 4DV3K 1NKBA 2O8EB 3D2FB 3K5LA 1ATNA 1HJOA 3D45A 3QNOA 1RTIA 2JWLA 1BISA 1VRUA 1RCHA 2A40A 3VESA 3HOTA 4FJKA 4MDAA 2Q0UA 3GBTA 3NH2A 2F8SA 4M3UA 1WUAA 1BU6O 4FJ5A 3E9PA 1WN7A 3L8BA 4BR4A 3AO5A 4DR5K 3SZ2A 1FXXA 4LSNA 4FJNA 4DUYK 4FCYA 4JKCA 5CYQA 4F2RA 4GV3A 1ATSA 1BL3A 4KHQA 2A1SA 4DU1A 3L3VA 3VEOA 3T19A 4H8KA 1OVYA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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