The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
19
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sequence length |
104
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structure length |
104
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Chain Sequence |
RRKLRTRRKVRTTTAASGRLRLSVYRSSKHIYAQIIDDSRGQTLAAASSAALKSGNKTDTAAAVGKALAAAAAEKGIKQVVFDRGSYKYHGRVKALADAAREGG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule keywords |
23S ribosomal RNA
|
| publication title |
Novel 3-O-carbamoyl erythromycin A derivatives (carbamolides) with activity against resistant staphylococcal and streptococcal isolates.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Ribosome/ribosome inhibitor
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| total genus |
19
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| structure length |
104
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| sequence length |
104
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2013-01-07 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| L | PF00861 | Ribosomal_L18p | Ribosomal L18 of archaea, bacteria, mitoch. and chloroplast |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Nucleotidyltransferase; domain 5 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1YJW N; 1ILY A; 3CCR N; 1K73 O; 3CCU N; 2QA4 N; 5H1S Q; 4IO9 L; 1VQ4 N; 1VQ5 N; 3J7Z O; 4WF9 L; 1Q86 O; 5JVH L; 3G71 N; 5HL7 L; 5JVG L; 3CD6 N; 4WCE L; 5GAG P; 3I56 N; 3OW2 M; 3CPW M; 1W2B M; 5GAE P; 1YJ9 N; 1KQS M; 1M90 O; 1K9M O; 3CC2 N; 2QEX N; 1YIT N; 1YJN N; 2ZJQ L; 1JJ2 M; 4WFA L; 4WFB L; 5GAH P; 1Q7Y O; 3CCJ N; 3CCL N; 3CCM N; 3G4S N; 3CC7 N; 1YHQ N; 3CCV N; 1K8A O; 1M1K O; 5DM7 L; 3CMA N; 1QVG M; 3CME N; 3CCS N; 3DLL L; 3CCQ N; 1Q82 O; 4IOC L; 1VQ6 N; 5DM6 L; 1VQM N; 4IOA L; 1KC8 O; 1VQ8 N; 1VQK N; 1OVY A; 1QVF M; 3CXC M; 3G6E N; 2OTJ N; 1VQN N; 1VQL N; 3CC4 N; 1VQ9 N; 5GAD P; 3PIO L; 2OTL N; 1YI2 N; 1Q81 O; 3CCE N; 1YIJ N; 1VQP N; 1NJI O; 4U67 L; 3CF5 L; 3I55 N; 2ZJR L; 5MLC Q; 4WFN L; 3PIP L; 1N8R O; 1KD1 O; 1VQ7 N; 4UY8 O; 1VQO N; 2ZJP L; 1S72 N; #chains in the Genus database with same CATH topology 1YJW N; 3RMC A; 3QEX A; 1BIU A; 1EWQ A; 4F2S A; 3I33 A; 1IH7 A; 3I0S A; 3F9M A; 4B9Q A; 1K8K A; 3C65 A; 1QSY A; 1LW0 A; 3HBT A; 1U2V B; 2FBT A; 4CK3 A; 3JAM O; 3MWP A; 3O9T A; 3O4Q A; 3SPY A; 1QQN A; 2YNG A; 2A6A A; 1YVN A; 3L8B A; 4LF8 K; 3KTQ A; 3DYA A; 5HRO A; 4BR5 A; 3SBT A; 2PY5 A; 3VGK A; 1IBM K; 5I9E B; 3Q7C A; 3CQY A; 1P90 A; 3EYZ A; 1EWR A; 3D2F A; 2QWQ A; 2ASP A; 4JI0 K; 3O9Q A; 1X1P A; 3OA9 A; 4DV0 K; 3TAR A; 2KZM A; 2Q31 A; 1NGE A; 1KXP A; 3NVM A; 3CCL N; 3ENH A; 5J2M A; 4JD2 B; 4EHT A; 3KJV A; 3LP1 A; 4CHO A; 2KTQ A; 3ZX0 A; 3MED A; 4DKW A; 2A1S A; 4FLZ A; 3ATV A; 3NF9 A; 4JHD B; 1ATS A; 3U9Z A; 2OPS A; 4KTZ A; 4NXN K; 3J7A P; 4KB0 A; 4MQ3 A; 1QVG M; 4RW9 A; 4DV7 K; 3LDL A; 1IO2 A; 4CFA A; 4JK8 A; 3OYF A; 4JV5 K; 4B1V A; 3D45 A; 4A5B A; 5KRT A; 5KTQ A; 3S3N A; 4LD0 A; 2NRT A; 4IDK A; 3FGU A; 1ZYQ A; 4O44 A; 3J7Y P; 1K6Y A; 5GIP A; 4YOR A; 3H1Q A; 1VQL N; 5JMV A; 4FZX C; 4H4M A; 2HHX A; 1EX4 A; 4KHN A; 3L4Q A; 2O8F B; 3ZLJ A; 3KZB A; 5AQG A; 4Q5V A; 5J2P A; 1VQP N; 1SKS A; 4KKO A; 3TR8 A; 2ZJR L; 3BZK A; 3HXM A; 4FJI A; 3QEV A; 2PYJ A; 3AVA A; 3O08 A; 5F2R A; 5JIC A; 4W5R A; 4RW6 A; 2CGL A; 2JWK A; 2YNF A; 1VQ7 N; 2WFB A; 4FJ5 A; 3L2R A; 3V81 A; 3CFP A; 2HW3 A; 4JK7 A; 1NU0 A; 1K73 O; 1LW2 A; 4B9N A; 1U45 A; 2OZM A; 4FLY A; 4FM0 A; 3DRP A; 3HOS A; 1UA0 A; 3KD1 E; 3DWL A; 2E6M A; 4FLU A; 2OPP A; 4H0T B; 4AM7 A; 3I0R A; 2VWB A; 4AIL C; 5AQZ A; 2GBZ A; 1HQE A; 1NGH A; 3OVN A; 5JVH L; 2JWL A; 1IG8 A; 3RR8 A; 1W7A A; 2ZWH A; 3B6P A; 3VQB A; 1C0G A; 5LY3 A; 2AP1 A; 3HP9 A; 2EX3 A; 1HNX K; 3L0Q A; 5BRH A; 3UB5 A; 3ULE A; 5HLF A; 3I8D A; 3TTF A; 1YJN N; 4CZI A; 2B5J A; 3QBW A; 4CEF A; 1YF5 L; 2FSN A; 2HVI A; 4CER A; 3R8E A; 3A5L C; 3CCJ N; 3RSE B; 4F9O A; 1NJY A; 1KRP A; 1T6C A; 3AVI A; 4O4G A; 3AVG A; 1OH6 A; 4E0D A; 1GOA A; 1WSH A; 2G8F A; 4J8F A; 3SBG A; 4DFJ A; 3ZSX A; 2GEL A; 3PSI A; 1EET A; 1KFS A; 4PHT X; 4JYA K; 2VG5 A; 4DUZ K; 4C8M A; 4RW8 A; 4M63 C; 3DXK B; 5TKW A; 4CK2 A; 4NLC A; 4DSL A; 4EP5 A; 4CJK A; 3SV3 A; 4BC2 A; 1Q9Y A; 3MX2 A; 1NK7 A; 3P4I A; 1DLO A; 1KVC A; 3PO5 A; 1C1B A; 4CES A; 1JXE A; 5BPM A; 2W42 A; 5IWA K; 1KAY A; 3AVH A; 3V1Q A; 4DR6 K; 1HYV A; 3LAK A; 3KLI A; 3KVG A; 3VEY A; 4LH4 A; 1CZ9 A; 3OY9 A; 3SQ4 A; 2P9P B; 5CYQ A; 3OYG A; 5EY4 A; 1XUP O; 4LSN A; 4CI6 A; 4DG1 A; 5MLC Q; 4BDP A; 3CYM A; 1JCG A; 4WQ5 C; 2BTF A; 5EU7 A; 4JI7 K; 3R6M A; 4H4O A; 2ASM A; 3V9U A; 4IOX A; 5AZI B; 4CEA A; 1T44 A; 3HPG A; 1J5E K; 4JS5 A; 1TK0 A; 1VSM A; 3GG4 A; 3HPH A; 4FWN A; 3VF4 A; 3OYM A; 3LM9 A; 3VEW A; 5AFU H; 2QA4 N; 3NFA A; 1WSJ A; 4BRO A; 2VWK A; 5KRS A; 4PL7 A; 3JXU A; 2G8I A; 2D0P A; 4IG0 A; 1SKW A; 1RDU A; 3MEE A; 3TU5 A; 3MN6 A; 1A5W A; 1HX1 A; 4E19 A; 4QS7 A; 1GLD G; 3L2V A; 5EXW A; 2F96 A; 4ISF A; 5C10 A; 4JS4 A; 2Y1I A; 4MDA A; 3ZT2 A; 2ASO A; 1RGI A; 3SAH A; 3OYN A; 4CBW A; 4QCL A; 3AV9 A; 5C2F A; 4N76 A; 1VHX A; 2E4L A; 2GV9 A; 2E88 A; 3ULE B; 2HMI A; 3M8P A; 3L2U A; 5AQU A; 3LDS A; 3IAY A; 2VQE K; 4M3W A; 1F21 A; 2I7P A; 3OJS A; 1UA1 A; 5LMU K; 2NRZ A; 1BCO A; 2O8C B; 2P5G A; 4H0X B; 3C6A A; 5KPT A; 3E01 A; 3OHR A; 2IVN A; 3N4P A; 1WBB A; 1Q8I A; 1VQ6 N; 4NCG A; 3S3O A; 3DLE A; 3VF2 A; 3EY1 A; 5DM6 L; 2YHY A; 4IOA L; 2YHX A; 3MXJ A; 4YY3 K; 5BR8 K; 4PWD A; 2HHQ A; 1VQN N; 4I6M A; 1XI1 A; 4KV8 A; 4DCH A; 1OH7 A; 3OYE A; 4IKF A; 5BRE A; 3CJ9 A; 1S3X A; 4RTF D; 3H3O B; 3C7N B; 3PUF A; 1QZ5 A; 1RBS A; 3KK3 A; 1JCF A; 4CF0 A; 4KH4 A; 1VSK A; 2O8B A; 2YNI A; 1HR0 K; 4Z4G A; 1NWK A; 5C2D A; 3LZJ A; 3E66 A; 1QSS A; 1OVQ A; 4O55 A; 1GLC G; 1HNZ K; 4NCA A; 2RF2 A; 3VTH A; 5CE3 A; 1BU6 O; 3ZSW A; 2A42 A; 3DXM A; 5H1S Q; 4JKE A; 3EEQ A; 1RBU A; 3M8R A; 4CF2 A; 1RT6 A; 3AAQ A; 3WNE A; 5M1Q A; 3K2P A; 4IBN A; 3BGR A; 1HLU A; 2FBV A; 4B9T A; 1E4G T; 3SUQ A; 3OYB A; 1GLF O; 4K0K K; 1JLC A; 3QIN A; 3OW2 M; 4ISG A; 1NGC A; 2PBD A; 1YJ9 N; 2CGK A; 3O1B A; 4B1U B; 4FJG A; 3LWL A; 4ILJ A; 1S6P A; 4BG9 A; 1HMV A; 1BGX T; 4DS4 A; 1JJ2 M; 4AHT A; 3DJC A; 1HYZ A; 1T7P A; 3I8B A; 4YOU A; 3ZX3 A; 1X9S A; 3GDQ A; 3P39 A; 3UE5 A; 4J2E A; 4V19 S; 3L6Q A; 3K58 A; 4FLV A; 3SUO A; 2BAN A; 4FJJ A; 2KW4 A; 3VQ6 A; 4F3T A; 4KHQ A; 1HJR A; 1WOQ A; 1DTT A; 4FM2 A; 5AZJ A; 3F2K A; 3LAL A; 4RW4 A; 3M3Z A; 4J2B A; 3IS9 A; 4M7Y A; 4CJS A; 3CG7 A; 1RDW X; 4LH5 A; 4LC9 B; 3BP8 A; 3UKU A; 4FOI A; 3RR7 A; 4O0I A; 4L3Q A; 3NDK A; 1X3M A; 1OVY A; 4CGH A; 4LSL A; 5A2Q O; 3A0I X; 4J2A A; 4AHC A; 2V51 B; 4DV2 K; 3HZ6 A; 4ZHR A; 4KTQ A; 4OPK A; 2GWJ A; 1WAJ A; 1XHX A; 4Z4H A; 4DU4 A; 4PKH A; 1ASV A; 3I55 N; 2YJF A; 1L3S A; 1GLA G; 4BRA A; 1ASU A; 4BR2 A; 3AO2 A; 4WFN L; 2E2N A; 1T03 A; 3SV4 A; 4JNE A; 3IFR A; 4CHQ A; 5HP1 A; 4BQZ A; 5CY4 A; 1VSI A; 1RBV A; 3LDP A; 3CCR N; 2E20 A; 1DT9 A; 2O8B B; 4DTN A; 3O9S A; 2X78 A; 3VET A; 1YUW A; 4B1X B; 1L3U A; 4N5S A; 4IO9 L; 4BRL A; 5HRN A; 5E84 A; 4OX9 K; 4PY5 A; 2FF3 B; 1JKH A; 3AO4 A; 1ZBH A; 1YXQ A; 1Q86 O; 1S1V A; 4DQI A; 3NH2 A; 3LDQ A; 1TVR A; 5HL7 L; 1W97 L; 4IEI A; 1RT5 A; 1N32 K; 1RTJ A; 4FWQ A; 1NGG A; 5HRS A; 3KK1 A; 5KPR A; 1HKG A; 1RT7 A; 2YNH A; 1U2V A; 3AA2 A; 4QS9 A; 3CC2 N; 2GWK A; 2W41 A; 2YKN A; 5AQX A; 3CM5 A; 4Z4C A; 2UUC K; 4A61 A; 3VA0 A; 3HTV A; 3VQ5 A; 4CIG A; 4DTS A; 3MXI A; 1TK5 A; 5C25 A; 2BGG A; 2IOC A; 1NK6 A; 5BR9 A; 4A59 A; 2XHB A; 1VRU A; 4CJU A; 3VF6 A; 3QIO A; 4IJN A; 2GX9 A; 2D0A A; 1M1K O; 3THW B; 2YI1 A; 3NVK A; 1TL1 A; 4FJ8 A; 3EZ5 A; 3RWU A; 4BR9 A; 1RT4 A; 4RCH A; 4CHZ A; 4OPJ A; 3S9H A; 3DLL L; 4GVE A; 5AZJ B; 4DUY K; 2HHS A; 3HM8 A; 3A8Y A; 4HUE A; 1RTD A; 1LWC A; 1QVF M; 1NKC A; 1HNI A; 4JHD A; 1LCU A; 4FVM A; 4DR3 K; 3LP2 A; 3ISN C; 3SMP A; 2PFU A; 1IG9 A; 1KVB A; 4A2A A; 2QWN A; 4B8C A; 1YI2 N; 3THV A; 4IDH A; 1NJI O; 3CJ1 A; 3FZF A; 3O9U A; 4PKI A; 4FK4 A; 1ESV A; 1MWM A; 5J1E A; 2VCP A; 2G8K A; 5C15 A; 4KPY A; 4OGE A; 5AQO A; 2G8H A; 2HST A; 3E9O A; 3RTV A; 2Q1N A; 3Q7B A; 4NO7 A; 3ZET A; 1W9H A; 4MFB A; 3TTD A; 2O8F A; 2H3G X; 3O1W A; 3V4I A; 3WXM B; 5LL6 Z; 3TSQ A; 4JKH A; 1U4B A; 1XNR K; 1LWF A; 3OYI A; 3RMA A; 3SI6 A; 1XMO K; 4H8K A; 3WNH A; 5KGW A; 1XC3 A; 4E89 A; 5AQY A; 2E2O A; 2QWM A; 3P1G A; 1U48 A; 1Y97 A; 4JI5 K; 1W2B M; 3CJC A; 4GW6 A; 5TKY A; 4BWJ A; 4FL9 A; 1C0F A; 4X62 K; 4KI6 A; 5AQS A; 1HQU A; 4IZ9 A; 4FXD A; 4CEC A; 1EP4 A; 4Y0W A; 5KI6 A; 3AA3 A; 2VG6 A; 1DEJ A; 4DS5 A; 4JEP A; 2P9L B; 2NNW A; 3OJU A; 1JLF A; 1ZBU A; 3VEN A; 4BR4 A; 3DLG A; 2FC0 A; 2FBY A; 1HYS A; 4ELV A; 4DTR A; 2IVO A; 2VG7 A; 1U49 A; 3C6H A; 4ILH A; 3TI0 A; 5J2Q A; 4NB4 A; 3CCQ N; 3RSE A; 5FRO A; 2YJE A; 5GIO A; 3LP3 A; 3A5M C; 2W6L A; 2B6A A; 4CCH A; 2Z1G A; 4IFV A; 4WQ4 A; 2DTU A; 4DU1 A; 3NGI A; 1LAW A; 5SZT A; 4BC5 A; 1S1X A; 3K0S A; 3M5R A; 3CI5 A; 1S22 A; 2OTJ N; 4IFE A; 2W40 A; 1V4T A; 3PIO L; 3DRR A; 1RFQ A; 4YOV A; 3T19 A; 1BHL A; 1DKG D; 3DXK A; 4JKF A; 3SAG A; 3DOK A; 4F3O A; 4N41 A; 1YIJ N; 4DU3 A; 4FJL A; 3V9X A; 1HPM A; 4LF4 K; 1HKC A; 2VWJ A; 3AY9 A; 1QQC A; 1Z26 A; 2D0C A; 3LZI A; 4CBX A; 3KLF A; 1U04 A; 2OYQ A; 2A40 A; 4E7K A; 3NF6 A; 1SQK A; 4DSI A; 3ZET B; 3ALY A; 2EHG A; 4CJL A; 2P9P A; 1GOB A; 4CFC A; 4E7H A; 4GKJ K; 5BPN A; 4MO4 A; 3SJJ A; 1VQ5 N; 3KK7 A; 1TUY A; 5B8H A; 2NRX A; 2NRH A; 1L5U A; 1QQO A; 5D3G A; 3FLC O; 5AQM A; 2PYL A; 1CXQ A; 5AZI A; 4B9L A; 3G71 N; 1EXQ A; 2O8E A; 2G8W A; 1MWK A; 4WCE L; 3O6W A; 1DTQ A; 3TSP A; 4IWV A; 4A57 A; 1RCH A; 3THX A; 3LP0 A; 3AO3 A; 3CJA A; 1TGO A; 3CPE A; 4H5W A; 3WNF A; 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2CGJ A; 2V52 B; 2O8E B; 3CJB A; 4LF7 K; 4CZJ A; 3THX B; 1S1T A; 3CQX A; 1J54 A; 1YTU A; 5I42 A; 2UXC K; 2ZJQ L; 4BGA A; 4DSE A; 3UKR B; 1ZC6 A; 3AVB A; 3H46 O; 3OBW A; 1NG9 A; 3QER A; 3ULD A; 4EFH A; 3EKS A; 3VQ9 A; 4EHU A; 1WSE A; 3H3N O; 1E4F T; 3OYC A; 4BC4 A; 4BRF A; 1ZBF A; 3CC7 N; 4CF8 A; 2W6K A; 4HWI A; 1VSJ A; 1K8A O; 3VEZ A; 2DY4 A; 3RMD A; 3CMA N; 2LSN A; 1NKE A; 4ID1 A; 1HUX A; 3P31 A; 4DTJ A; 4DFM A; 4HUG A; 2P9N A; 1JLQ A; 4NLB A; 2QWR A; 2P9K A; 4CZF A; 2P9S A; 3A5N C; 2ZD1 A; 3EKU A; 4ILG B; 1KC8 O; 3MN9 A; 1JXB A; 1NGJ A; 1IKY A; 5M1P A; 4BRP A; 3QFU A; 3NMU A; 5AQF A; 1BL3 A; 2FXU A; 2OA8 A; 4OLA A; 4LF6 K; 1NJZ A; 1IBK K; 4E7J A; 2QTD A; 3O4N A; 5I3U A; 4CGF A; 3SQ1 A; 1QTM A; 1D9D A; 3V9S A; 1G99 A; 4KRF A; 3VQE A; 4W5Q A; 3SUN A; 3ENB A; 4B08 A; 4FWP A; 3H45 C; 2KLA A; 2HHV A; 3K5O A; 5AQL A; 4BG8 A; 4CE9 A; 4UY8 O; 1BDG A; 2YV0 X; 3SLC A; 4OKJ A; 2QXL A; 4AHS A; 1ILY A; 1VK0 A; 1R59 O; 2RKI A; 1FXX A; 2ZF5 O; 4EAH D; 2RN2 A; 4DLE A; 1BCM A; 4KH6 A; 4BRH A; 3J7Z O; 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