4IO9L

Crystal structure of compound 4d bound to large ribosomal subunit (50s) from deinococcus radiodurans
Total Genus 19
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
19
sequence length
104
structure length
104
Chain Sequence
RRKLRTRRKVRTTTAASGRLRLSVYRSSKHIYAQIIDDSRGQTLAAASSAALKSGNKTDTAAAVGKALAAAAAEKGIKQVVFDRGSYKYHGRVKALADAAREGG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Novel 3-O-carbamoyl erythromycin A derivatives (carbamolides) with activity against resistant staphylococcal and streptococcal isolates.
pubmed doi rcsb
molecule keywords 23S ribosomal RNA
molecule tags Ribosome/ribosome inhibitor
total genus 19
structure length 104
sequence length 104
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-01-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
L PF00861 Ribosomal_L18p Ribosomal L18 of archaea, bacteria, mitoch. and chloroplast
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4io9L01
5DM6L 1ILYA 4U67L 1KC8O 1N8RO 1VQPN 3CMEN 3CCJN 3CCSN 1YHQN 3J7ZO 1NJIO 3CC4N 1VQ4N 3PIPL 2OTLN 1YI2N 1YJ9N 1Q86O 2ZJPL 1VQ7N 1YJNN 1QVFM 1VQ9N 5HL7L 3CD6N 1K8AO 5GAGP 1VQNN 1S72N 1JJ2M 1OVYA 1Q81O 3CCMN 4WCEL 3G4SN 1VQ8N 4WFBL 1W2BM 3CCQN 1Q7YO 5MLCQ 3PIOL 3CC7N 4IOAL 1YIJN 5GAEP 2ZJRL 3CCLN 3DLLL 3CCEN 5JVGL 5GADP 3CPWM 1K9MO 1YITN 1M90O 3CMAN 1QVGM 5JVHL 4UY8O 3G71N 4IOCL 1KQSM 3CCVN 2QA4N 2ZJQL 1KD1O 3I55N 1VQKN 1VQLN 1VQON 2QEXN 5H1SQ 1VQ6N 1YJWN 4WFAL 3OW2M 4IO9L 3CCRN 4WF9L 3G6EN 3CC2N 1Q82O 2OTJN 3I56N 3CCUN 1K73O 1M1KO 1VQMN 5DM7L 1VQ5N 5GAHP 3CXCM 4WFNL 3CF5L
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3M5RA 1JLGA 3ZSQA 5BPMA 3TPQA 3VF2A 1SKSA 4O8UA 1DTTA 4DSFA 4C8OA 1RBTA 3HPOA 1D9DA 4GNIA 3ZT2A 3WQUA 5JS1A 2CGKA 3SPYA 2P5GA 2RPIA 4Y1DA 5DMRA 5BREA 1QVFM 2F8TA 3DLKA 4W5NA 1XUPO 3EL2A 4FWQA 2Z1JA 1D8YA 1E4FT 3DLHA 4J2EA 2HNYA 4LFAK 2P9PA 3O80A 2HF3A 3EY1A 3SV4A 2O8DB 4DTJA 3AVJA 3O3HA 4JNEA 1S6QA 1ESVA 3M1FA 3CYMA 5SZTA 3VOVA 2G8UA 1QZ6A 1G99A 3J8AA 3NGIA 3CCEN 4IDHA 3OYAA 1NK7A 1NMDA 4FVUA 3VQPA 4CJTA 1TGOA 5C2DA 3THYB 5AFUA 4CEAA 2PY5A 4YDUC 4CJ3A 3LZJA 1KAXA 1X9JA 1OH6A 2VQFK 3NVKA 5HROA 1SS6A 2NRHA 1U04A 1HPMA 4FJ8A 2UXBK 1W97L 3R3LA 4Z94A 1CZBA 1BGXT 4EAHD 3NGYA 1OVQA 1WAFA 1VSHA 3ATUA 2UU9K 4FK4A 1NJXA 3DAWA 1RDAA 4MLEA 4YFUA 1W7AA 4RW7A 1WBBA 3VA3A 2YX6A 5AR0A 3UE5A 5AZIA 3WQTA 1KVAA 3D45A 4HCCA 5HRSA 3KK1A 4M3XA 4JI8K 1I94K 1E3MA 3DLRA 3TAMA 1WOQA 4FJMA 4FM2A 2IVOA 1BQMA 3CCJN 3SAGA 3HRGA 1XMQK 1DKGD 4ISEA 1YHQN 3JSMA 1NJIO 1TAUA 1BG3A 1YJ9N 3U6FA 5BRHA 2IVPA 4QCLA 3S3OA 4F3OA 4CZFA 3VQAA 2CGLA 1U49A 1UWBA 3U3GA 4O44A 3PX4A 4K41A 3JXUA 4BE1A 1ASWA 2D0OA 5C12A 4E7LA 2R7YA 4WQ5C 3BF3A 3E01A 1V4SA 2Q3SA 5FPEA 2KTQA 3K5OA 1NGEA 3OBWA 4BWJA 3TR8A 2KKZA 2NNWA 4DTXA 5GIOA 1JLBA 4B1ZA 4FW1A 4BC4A 3U9ZA 4M3RA 3FZKA 5SWMA 1A5WA 1QHAA 1YAGA 4HVJA 3KWGA 2DFFA 4FJXA 1HQEA 1J6ZA 3MK6A 3J7YP 4IKFA 4KTQA 3NHGA 4QS7A 3FGUA 2PZSA 3VEXA 2XY6A 4KTWA 3ZLJA 2QI2A 3GDQA 3ZETA 3QERA 4IJNA 4Z4GA 2OPRA 4RWTA 1N36K 1RCHA 4FSVA 5AQKA 4ZTFA 3C6UA 1UAXA 4IO8A 1R0AA 1MA9B 3SV3A 4ICLA 3GL1A 1UA1A 1JXBA 4FWOA 3F9MA 2J4RA 1Q8IA 4DU3A 3M8SA 1P90A 3AVGA 4F3TA 2P9PB 1BI4A 4EHUA 1TYQB 1VQ5N 1REVA 2HHUA 4KPYA 2P9NA 3CXCM 1HX1A 4IFYA 3ZSOA 2Q2RA 4IBNA 4CHQA 3MXJA 3GOIA 1DGKN 3QIOA 5J1EA 3NDKA 1BL3A 3H1QA 3ZEUA 1IG9A 3OYLA 1VQPN 4BRPA 3MCAB 4JI6K 3CCSN 2E8AA 2JWLA 2G8KA 3B8AX 4ILHA 1TKDA 4BR0A 2O8CA 4M63C 2HOEA 2W42A 2NRWA 1EQYA 5GIPA 3ZX2A 4BRDA 3K57A 5AZJB 3DLGA 1ZBFA 5E41A 1KSPA 5GAGP 3FFKB 2FBVA 1C0FA 4CEOA 5I42A 3NFAA 2DTUA 3SBTA 1JJ2M 3OJSA 4LD0A 4CZMA 3CCMN 1S5JA 1VSEA 3ALYA 3G4SN 3T1YK 3Q7CA 4YHHK 4KI4A 3VEVA 4KHYA 3U9DA 1XNQK 4CZHA 3CQYA 3G10A 3CQXA 4BRCA 1GOCA 4CHOA 2EHGA 3KKSA 1BOTO 2NZTA 4GV6A 1NGBA 5AQZA 2YJFA 3OYHA 3RRHA 1HPZA 1TUYA 5CYMA 4HTLA 1QVGM 1YF5L 4E0DA 4B9NA 3RMCA 2KHOA 1NWKA 1HJRA 3ID8A 3L2VA 1KTQA 1TUUA 1IG8A 1TKZA 2F4VK 4W5TA 4OKJA 3L8BA 1VSLA 5AQSA 3OHRA 3I8BA 3U8XA 4GY2B 3SZ2A 4H5TA 4J2AA 3A2FA 1EETA 1T05A 3IRXA 1BCMA 2ZWHA 5EVZA 3CM5A 3RRGA 3CCUN 4CHPA 1KAZA 3AO1A 3CJCA 4Q5VA 3AVMA 4DSIA 3MEEA 2V7YA 4QS9A 2W41A 3ID6A 5LJVA 3QNNA 4JS5A 3HPGA 3NH0A 4KRFA 2I7NA 2YKNA 4CHZA 1KVBA 4BC2A 2HBJA 3SJJA 4FLWA 4AHVA 1MU2A 1XC3A 5C15A 4FJ5A 1HNVA 4BE2A 4CESA 1QSLA 2P9SA 4OGCA 3K59A 2OPQA 5AQYA 4AHRA 3JYTA 2OTLN 2CH6A 1S9GA 1HYZA 1ATSA 4B8CA 4Z4FA 4IEIA 4DFKA 3TAQA 4CZGA 2I5JA 4DSKA 1SZ2A 3ZX0A 3T3FA 2ATQA 4B1UB 3O4QA 3NMUA 4QS8A 2HVIA 2OZSA 1FW6A 4KH6A 1S1UA 5AQUA 1QQNA 3ZETB 3R6MA 1JKHA 4KHNA 5KRSA 5HP1A 2ZGYA 1F21A 4CBXA 4XH5A 1KRPA 1BA1A 4M7XA 1B9FA 3B6OA 4JS4A 1YVNA 4WE1A 3E9OA 4EP4A 3VA0A 1VRTA 4CD3A 3QESA 1VK0A 4EHTA 3V81A 4CVNE 3C94A 1C1BA 1NKEA 1BI4B 1TKXA 1TVRA 4XIUA 1Z6RA 4G9ZA 3SUPA 4FYDA 1IH7A 3DMJA 3OYDA 4FWNA 4LFBK 4MDAA 4A5AA 3H3OB 3PSIA 5KGWA 3BEXA 2HW3A 2VG7A 5AQWA 1JXEA 4IXCA 2Z1IA 4OVLA 3ZT3A 1EX4A 3I55N 4DR3K 4M3TA 4AHUA 3M3ZA 1HNXK 1U48A 5D3GA 3VF6A 3D7EO 3O4WA 4B1YB 3SUNA 4KKOA 4BRGA 5AQJA 4JI1K 3LM9A 3HL8A 1SL1A 4CIEA 1VQ6N 3HT3A 2VGMA 1GOAA 2FXUA 5ADXH 1XC9A 4FLVA 2OTJN 2CH5A 2Q31A 4YOUA 1LV5A 5TKWA 1U47A 1ASUA 2QWQA 3P5JA 5ELZA 4AHTA 5BPLA 1XQSC 1OH8A 1HR0K 4DV4K 5AQFA 3UKUB 4BRAA 2DY4A 5E84A 1LCUA 1NLVA 2RE2A 5M1FA 1NGGA 1B92A 4OO1J 2O8DA 5AQIA 2NRTA 1WSHA 4DF4A 1YXQA 4V19S 3NVMA 1VSIA 3MN5A 3HSCA 1QE1A 3CHWA 3DOLA 3SYZA 3IG1A 4E89A 4H4MA 2IC3A 4CJLA 4XH4A 5EOYA 1ITGA 1NKCA 1VQ9N 4JD2A 1T3VA 1BIUA 2OANA 3O5BA 3ZSVA 1NOZA 5J2NA 4YOVA 2FF3B 3NF8A 3K5NA 4DQQA 5J2MA 3WXIA 4E7JA 1NK6A 4OGEA 3QEIA 2F8SA 1BCOA 4Z4HA 1W2BM 3FZFA 4JKHA 3OYGA 1L3VA 1SL0A 3BGRA 4M3WA 3K9JA 3V1QA 4AF1A 4F2SA 2PYLA 3RTVA 1C0GA 2P5OA 4CGHA 3LALA 5KTQA 2YNFA 4ZHRA 3TANA 5EU7A 1NK0A 3OYMA 5AQNA 2NRVA 2E2NA 2UXDK 1I39A 2AP1A 4FLZA 1WAJA 1FKPA 1EP4A 4CFDA 1GLJO 3HM9A 1HRHA 3SUOA 4F2RA 1S3XA 2DPNA 3OS2A 3W3DA 3LP2A 3SQ2A 1XHZA 5BN8A 3QBWA 4A57A 1WLJA 3AVHA 3FLCO 4CFCA 3QEVA 2UYTA 1ZC6A 3DYAA 3LDQA 1Q18A 2A3ZA 4YORA 3I0RA 2V7ZA 2D0BA 5B8HA 3GBTA 4CK3A 4IO9L 1KXPA 2Y1IA 3F73A 4LF8K 3QB0A 4WQ5A 5JS2A 5IT9O 4KHSA 5IWAK 3SJHA 5KPRA 3O3FA 3WNGA 3HP6A 4LF6K 3MEGA 2HMIA 4ELTA 3E1YA 1KFDA 2UXCK 2LSNA 2BANA 4DTPA 3VQ5A 3O8MA 2OPSA 3LAKA 4DU4A 4OLBA 1GLEG 4CGDA 3WXJA 3M8QA 1T03A 4HCBA 3EKUA 4NYNA 1UOCA 1J5EK 2D0PA 3S3NA 2E20A 4O5FA 2OCEA 4FJGA 2WTUA 4E1NA 2VWKA 4RTFD 4DTRA 2ZJPL 5JMVA 3DLBA 3PSFA 3T69A 4YY3K 2YHBA 3K2PA 5KPTA 2O4IA 3CJBA 4HTUA 4E3SA 2QM1A 1GLBG 1TV6A 4X64K 4CD1A 1EWQA 4FZZA 4NO7A 4RW9A 3P83D 1X1PA 1RT1A 4DU1A 5C2FA 4R79A 4IFVA 1WSJA 3M6GA 2YHWA 3H3NO 4JRPA 3E9LA 5EX5A 3AO2A 4CEFA 1T8EA 1BO5O 3A5NC 3EYZA 1FK9A 3MXIA 1CLQA 1EKEA 3VQEA 4KO0A 5C25A 3SQ4A 2KW4A 4C8KA 1HJOA 4M3UA 2V52B 4DV1K 4FOEA 3AVCA 5JVHL 2E6LA 4M42A 4IOCL 1LAVA 3EEQA 1TYQA 3QLHA 4CIFA 5HOOA 4LF5K 2A1RA 4CF8A 1R59O 1NGIA 3OS1A 4BGAA 2F9TA 4PKIA 5TKYA 3F5TA 4G1QA 3NF6A 2A5XA 3CERA 3VEOA 4JD2B 4K25A 4DQIA 3VPZA 4E19A 3CCRN 3KIOA 3T1AA 2Q97A 4C1NI 5AZJA 3O08A 4JI3K 4RW8A 3K0SA 4FPBA 4CJ5A 4PQUA 3OS0A 5HLFA 4PA1A 2WC9A 1KFSA 2XY8A 1QSYA 4BRIA 4B9SA 4CZIA 4YNQA 4B3MK 1ILYA 1RT4A 1X3NA 3D2EA 4E7HA 2ZM6K 4Z0UA 3CETA 4I2PA 1JLQA 3R1XA 4XEIA 4BC3A 3WEEB 1NMNA 4CEDA 1YUWA 1QQCA 1RTHA 3HOSA 3TSUA 1XNRK 4O0JA 4DSJA 4BRKA 4O0IA 1K8KB 3VESA 1Q86O 3L3VA 3SMPA 4M45A 3L6QA 3OYIA 3RMDA 4JV5K 1QZ5A 4B9QA 3PV8A 3VEYA 4MFBA 3ZCMA 4CJ7A 1S72N 3THVA 3SMSA 1BISA 1Q9XA 4K8XA 3RR7A 4U7BA 1S9EA 1GLAG 3THWA 4JHDA 2HNDA 1NK8A 3LDSA 4Z4CA 4EZ9A 4B3SK 3BP8A 3TSQA 2ZE2A 1GLFO 3K5MA 4AQYK 4DTUA 4JEPA 4DR2K 3PX0A 4K42A 3SQ1A 3KLEA 1HNIA 4AHCA 3KK3A 3DWLA 3TAGA 2KFZA 4OJRA 3S3MA 4JN4A 3LL3A 3V9XA 4IG3A 3CQ8A 1ZBHA 1NK5A 4KREA 3AA4A 2AJQA 3CCVN 3UKRA 4JKEA 5KQDA 4HUEA 2ASPA 1VSFA 5C10A 3QICA 1VQLN 3MWTA 4CZEA 3L3UA 5KRTA 3U3YA 3GG4A 3EN9A 3L4IA 2G8WA 3SCXA 2G8HA 3F9KA 3MN7A 4CHYA 4DWIA 4BROA 3AA2A 4HWIA 3A8YA 3ASMA 3WNFA 4DR6K 4BG9A 4OPHA 3DOKA 3ZT1A 5J2QA 1T6CA 2OYQA 5AQLA 3ZSRA 3AY9A 1Z26A 3MXMA 3W0LA 1JLEA 2P51A 1WSEA 3V9WA 2ASMA 4NCGA 3IMXA 4WFNL 3WXLA 4LF9K 4K8ZA 5BPNA 4ID1A 4KH5A 2E88A 3O4NA 3G0ZA 3AO4A 4JRQA 3MX2A 1ZXOA 3KD1E 2GUPA 4FWMA 2QWOA 2QXLA 1LWFA 3AVAA 4DQSA 4OPKA 2QKKA 4H0TB 4A2BA 1RGIA 3MAQA 2UUCK 2KLAA 4F8RA 5HL7L 4C8MA 4CJSA 4FLYA 4DLEA 1RT2A 4ELUA 5FPDA 1LW0A 5J2PA 4WCEL 4H0VB 5M1KA 1ZBUA 3NH2A 3EZ5A 4X65K 2P9IA 4RW4A 3VENA 3PIOL 1NJZA 2JGUA 4DFPA 2G8FA 4CJ4A 1MWKA 2ZJRL 4KB1A 2D0CA 4DR1K 4N41A 4DV5K 2G8IA 4CBUA 5K14A 2VQEK 3WNHA 2XY5A 1J5OA 4OLAA 3O9QA 3A0IX 4LSLA 1IBMK 2X6SA 3LM2A 4CF9A 5ADXA 5JLHA 5AFUH 1JCEA 1TK5A 1KQSM 4FWRA 3RSEA 2GUIA 4DLGA 3D2EB 3UKUA 3OYKA 3QMLA 1NNEA 3SUQA 1MDUB 4A61A 2UUBK 3DRSA 3ULDA 4DV2K 4WQ4A 5DK5A 4CECA 3HYFA 3ITHA 4M41A 1VQON 1L3SA 3MN9A 2HHTA 4ISGA 2YV0X 3EE9A 3AA5X 4CK2A 3KKRA 5I3UA 2WONA 1ATNA 3AVLA 4Z4IA 4FLUA 3O1WA 4CF2A 4IOXA 5LY3A 4JHDB 3THWB 3SBGA 4GVMA 3DXMA 5CR4A 3HK2A 2RHKA 2HF4A 4JYAK 2FLOA 1N6QA 3ULEB 4DV0K 1CZ9A 1TK0A 5M1OA 4JKGA 4LH4A 3KZBA 3U4LA 4BR9A 2UUAK 2Q1NA 3CFOA 2GX9A 5AQOA 2A1SA 3OTOK 4FL9A 1NJWA 5CYQA 4EP5A 3UKRB 1UA0A 4DSEA 3RMBA 4JI7K 2YNHA 4OPAA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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