4IO9L

Crystal structure of compound 4d bound to large ribosomal subunit (50s) from deinococcus radiodurans
Total Genus 19
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
19
sequence length
104
structure length
104
Chain Sequence
RRKLRTRRKVRTTTAASGRLRLSVYRSSKHIYAQIIDDSRGQTLAAASSAALKSGNKTDTAAAVGKALAAAAAEKGIKQVVFDRGSYKYHGRVKALADAAREGG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Novel 3-O-carbamoyl erythromycin A derivatives (carbamolides) with activity against resistant staphylococcal and streptococcal isolates.
pubmed doi rcsb
molecule keywords 23S ribosomal RNA
molecule tags Ribosome/ribosome inhibitor
total genus 19
structure length 104
sequence length 104
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-01-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
L PF00861 Ribosomal_L18p Ribosomal L18 of archaea, bacteria, mitoch. and chloroplast
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4io9L01
1KD1O 5JVGL 2ZJRL 1K73O 1N8RO 1VQ4N 1K8AO 1VQLN 3G71N 1JJ2M 1VQ7N 3CMAN 3PIPL 3CCQN 3CC7N 1YITN 4WFAL 4WFBL 3CC2N 4UY8O 2QEXN 3CCVN 1KQSM 2QA4N 4WCEL 1YI2N 1YIJN 1YJWN 4WF9L 2ZJPL 3CCUN 3CCLN 1Q81O 5JVHL 3OW2M 1NJIO 5GAEP 1VQ5N 5GAHP 1ILYA 3CCJN 1Q86O 3DLLL 4IOAL 3CCRN 1YJ9N 1VQ9N 3CMEN 1VQKN 3G4SN 2ZJQL 1VQ6N 4IOCL 3CXCM 1M90O 4U67L 1VQON 3PIOL 4IO9L 5MLCQ 3I55N 3CC4N 1Q82O 3CCEN 1S72N 1VQMN 5H1SQ 1YJNN 2OTJN 1QVGM 4WFNL 1K9MO 1YHQN 3CCSN 1KC8O 1W2BM 2OTLN 1VQ8N 5DM6L 3G6EN 3J7ZO 5DM7L 3CF5L 5HL7L 1OVYA 3CD6N 5GADP 1Q7YO 3I56N 3CCMN 3CPWM 1QVFM 1M1KO 5GAGP 1VQNN 1VQPN
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4ILHA 3AVKA 3M1FA 3BP8A 3JS6A 1RT1A 2OZSA 3VQAA 3TAEA 2ZM6K 4KHPK 3CQ8A 4QS9A 4LFAK 5I3UA 4MO4A 2P9PB 4NLBA 4LY7A 1NWKA 4JLHA 1IV0A 5AZJA 4W5QA 3OYHA 3DM2A 2KFZA 1OH6A 3QEXA 1WSHA 3NF9A 1YAGA 1UA0A 1GLCG 4LSNA 2JWKA 2RF2A 3CCLN 1XC9A 2FSKA 4CF9A 2EX3A 5C42A 1Q81O 1CZ9A 5FROA 5GAHP 3VENA 1HNIA 4PL7A 3H3OB 3DXKA 1NBWA 2O4IA 1OVQA 2IAJA 2AP1A 5J2QA 2A42A 3RTVA 3WQTA 4NYNA 3A5LC 2RE2A 3MK6A 2P9IB 5ELZA 1P8ZA 1OH8A 3J7YP 1DLOA 3ITHA 3PX4A 1KFDA 4IO9L 4BC2A 2Z1IA 2HHSA 3DLKA 4B9NA 3DRSA 3QINA 5HROA 4RW8A 3UKUA 4BR0A 1NKCA 4YFUA 4F9OA 1L3VA 4CJ4A 1NK5A 4B9SA 4H03B 4DKWA 1NGGA 2UXCK 1C0TA 1TK5A 3DI6A 4M45A 3WT0A 3FFKB 3J7ZO 3CF5L 4BREA 3CD6N 1Z05A 4IO8A 4H0VB 5AQUA 2D1KA 4RW9A 1E4GT 1EWRA 3MEDA 3CCMN 3M8PA 4EAHD 1BHLA 3VQ4A 4FCYA 5KQ8A 1BA1A 2KW4A 2HHTA 3UKRB 1VSDA 4FWOA 4DV6K 1BUPA 3PX6A 4CJ3A 2F9TA 4LFCK 4YOXA 3A5OC 3O4WA 4BDPA 5AQPA 1QHAA 4B9UA 3K57A 3SAGA 3TI0A 2E6MA 2P9KA 4FM1A 5AQZA 3DLBA 4ID1A 2O8EA 1QSYA 3ATVA 5BR8K 5AQTA 5LY3A 2W41A 2OPQA 1IKYA 3S3NA 1D9DA 5EY4A 3O1WA 2P9PA 3ZSRA 1RDCA 4O5BA 3E01A 3CETA 4Y1CA 3WUHA 3HOSA 3IUCA 3U8XA 4E7LA 3HYFA 3A5MC 4OGEA 3M3ZA 4DR7K 3C65A 4ISGA 3L2RA 2BTFA 3HSCA 1WB9A 4Z4CA 3OYGA 3AGRA 4CJQA 1JLCA 3ZSWA 3CCRN 4FJMA 2QKKA 4XH4A 2F8SA 4WYBA 5GINA 4ZTFA 4IWVA 3CXCM 1BOTO 1ATNA 2P9SA 3F9KA 1OH5A 3VGLA 3OYEA 2RKIA 5FPEA 2DPNA 2DTUA 2PFUA 3CM6A 1NK8A 1XQSC 4DSLA 4YOUA 3GG4A 4CF8A 4B9QA 1TK8A 4BC4A 1I94K 4JI5K 1UAXA 4ILGB 4CZGA 3LDLA 2OANA 1RBUA 3V1QA 1U2VB 4EZ9A 3LANA 1JXBA 5FPNA 4B3RK 5DM6L 3FZFA 4F3TA 1ATRA 3RR8A 4FLZA 2YNGA 2P9LB 3LAKA 3I0SA 4B3TK 3NFAA 1Z26A 4BRAA 2GWKA 3ENHA 3O6WA 1A5XA 4K41A 4MLHA 4H0XB 3NMUA 3ZX0A 1BG3A 3TAFA 4Q5VA 3TABA 1TVRA 3D2FA 1EX4A 3V1RA 3FR0A 3UKRA 3KD5E 3UIQA 4OLAA 3O9UA 2IC3A 3OJSA 3DRPA 1BO5O 4DTUA 4N76A 2YHBA 4KHQA 3AO1A 2ZD1A 1KVBA 3HI0A 3RMCA 1OKJA 3NE6A 3WXIA 2FXUA 1X9JA 3V81A 2VWBA 2NRXA 4ELVA 1S1VA 3E66A 1NOYA 4CGJA 4YHHK 1RTIA 4JI3K 4HUFA 4DMNA 3LAMA 5DK5A 1BU6O 3CJBA 3L2QA 2GBZA 3TPQA 3A0IX 4AHCA 2IDOA 2E6LA 1A5WA 4K42A 1HYVA 4CJSA 4B3SK 1G15A 3VESA 3SMPA 4OVLA 2O4GA 3OS0A 2CGJA 1L3UA 3U6FA 4K0KK 1ZBFA 4KHUA 4KKOA 3FZKA 3K59A 1ASVA 3FGUA 1DKGD 5J2PA 1QQCA 2B5JA 3VQBA 4BRFA 4U67L 1IO2A 3O9SA 3AV9A 2YNHA 4X66K 2P9NA 3S3MA 3H46O 3CCEN 4DU3A 4CHYA 3KZBA 2KFNA 1D4XA 2A1SA 2HBLA 3HJFA 1XWLA 4CZFA 5AFUH 1TKZA 3JXUA 1TL3A 3G6EN 4BRMA 4HVJA 4KI4A 1XHZA 3S9HA 4QAGA 1YT3A 4IKFA 5AQOA 2P9LA 4KREA 4ELTA 4YOYA 3DRRA 4DV1K 4BDYA 5HRNA 3OBYA 3MAQA 4DS5A 1NGCA 5HBMA 4FK0A 3OS1A 1QZ5A 1MWKA 4I2QA 1S1WA 2YHWA 3NCIA 1WUAA 4RWTA 3SV3A 3O4QA 3THYA 4E7KA 1WBBA 3AA2A 4KAZA 3T1HK 3S41A 1K73O 1VSEA 4Z4EA 3QEVA 1VQLN 3ATUA 4BRKA 3ULDA 3H3NO 3BF1A 5EXWA 3ENBA 1RFQA 2QTDA 2O8FB 4H5VA 3CC7N 4IEIA 3TAMA 1HNXK 4B9VA 3QICA 1VHXA 2VGMA 1LCUA 3WQUA 3AA4A 3CCVN 3VQ5A 5LMUK 3LP0A 4CK2A 4KH6A 4O0JA 2XHBA 4ID5A 2VQEK 3OYMA 5HRPA 4L3QA 4OKEA 4C23A 2IIRA 3CCUN 1NGEA 3RRHA 1T7PA 4BRHA 1EETA 4CHOA 3AVFA 4MDBA 2D4WA 4CGIA 1YJ9N 4DV7K 3MDQA 2OCEA 5FLXO 3EY1A 1KCFA 3OVNA 4JS5A 3AVGA 1VQ6N 1BISA 1VAZA 1TGOA 2IOCA 2D0OA 3C6AA 2X74A 4WE1A 3K0SA 1TYQB 5MLCQ 2D0BA 4MLEA 3VPZA 4CZKA 3DXMB 3AVAA 3V9XA 2O8CB 4YDUA 4DCHA 2HHQA 3KKSA 1YHQN 1RT7A 3U3YA 3PLAA 4KHNA 5IT9O 1HNZK 5DMRA 2E88A 4B9LA 3NVMA 4DR1K 3LM9A 4BY9C 3P38A 3P31A 1RDBA 3OYLA 4CZLA 2JLEA 4CIEA 1JCGA 1J5EK 5AQKA 2BDPA 3RMAA 1ZBLA 2NRVA 3MWTA 4KRFA 1DTTA 2Y1IA 3O9TA 4PL8A 4BRNA 3LWLA 1BI4B 4M3UA 1NGHA 3MN6A 3SUPA 3IAYA 4Z4FA 4ISEA 3OYNA 4CJFA 4JKFA 2HNZA 5C2DA 3VQPA 2QK9A 3OYFA 1Q8IA 3R1XA 1FKOA 4RCHA 1ZBHA 4GV9A 4OKJA 3OBWA 3CMAN 3VA3A 2YHYA 5AFUA 3M5RA 3TAGA 4BROA 1RT3A 1I39A 4FK2A 2O8FA 1V4TA 3AA5X 4DTSA 4DU1A 3B6OA 2I5JA 1VSKA 2XY7A 1HKCA 1KQSM 4AHSA 4WCEL 1YI2N 5AQJA 4KTZA 3ZETB 5CYMA 3CPEA 2YJFA 1JLEA 3AO2A 4RTFD 2G8KA 1T3VA 3I33A 3U4LA 3VMFB 2F7TA 2E2PA 2QXFA 2DFFA 5M1FA 4O0IA 1A5VA 1RBRA 2O8BA 2E4LA 3F73A 3CFOA 4Y0WA 4CFCA 4AILC 3WNHA 3ZSOA 3KIOA 2KKZA 4JK8A 4W5OA 2YNFA 4FWQA 4DTMA 4F2RA 2CGKA 5FPDA 4C8LA 1S1UA 3AVCA 4M3TA 5F2RA 3O80A 4U7BA 2H3GX 3GBTA 4Q0BA 3SPZA 4WQ5A 2X6NA 2YHAA 2HMIA 3LZJA 3U9ZA 3DXMA 3O3FA 2O8CA 3O3HA 2HNYA 1RBVA 4FL9A 4DTNA 3L4QA 4IG0A 3ZSYA 1NGAA 1RGIA 3GE1A 2QWMA 5E41A 5HL7L 1OVYA 4K8ZA 3P1GA 3BY5A 1CLQA 4CGFA 3LL3A 3NGZA 2KTQA 2P51A 3CJCA 1IBMK 3ULEA 4CFAA 2A41A 3H1QA 3BGRA 5GAGP 4BRGA 1YTAA 3R3LA 2G8IA 4CZEA 4E0DA 4JI2K 2PY5A 3SNNA 1SKSA 3MWPA 4CEOA 4XIUA 4CW7B 3CFRA 4OPKA 4CGDA 3VQ8A 4LD0A 3WXJA 2XY6A 1NJZA 4CF0A 2EWSA 4OJRA 3E1YA 1KSPA 1ATSA 4JKGB 1WSFA 3TR8A 1LW2A 3P83D 3O5BA 3EE9A 1SL2A 4KB0A 1YVUA 1BQNA 1KTQA 2ASOA 5GIPA 1JL2A 1SL1A 3HSTB 3OW2M 3QESA 4E1MA 1BIZA 3OA9A 4DB3A 4IEEA 3CCJN 2HF3A 1LWEA 1X9WA 1Q86O 2YKNA 4IOAL 1HPMA 4J2AA 2HHHK 2GUIA 5BRDA 4AH9A 4CEQA 4IXCA 3JAMO 1HLUA 4ILJA 2IS3A 2IVNA 1T03A 4AHTA 2NRHA 2P1JA 4AQYK 4JI0K 4KHYA 3RR7A 4DQRA 1NK0A 4FK4A 1XNQK 5HLFA 3AAPA 2UXDK 2G8HA 4FOEA 4JNEA 2BGGA 1UOCA 4R5PA 4OO1J 1S72N 5AQVA 2XRIA 3ZYYX 1YJNN 4B9TA 2OTJN 2A1RA 3HM9A 4AM6A 4CEAA 4B9MA 3D2EB 1FXXA 1RNHA 4DR2K 3TAQA 4HTLA 1LWFA 1TUUA 3AVNA 1WBDA 4CJEA 1GOAA 2YI1A 1FK9A 3OTOK 2O8DB 1SUQA 1IKXA 4H5WA 4JK7A 4DV5K 4AM7A 5BREA 3AY9A 2JGUA 4Z4IA 3VEZA 4IFEA 2Q36A 1SKRA 1K8KA 4FXDA 1WSGA 5AZIB 3SZ2A 4H0OA 5CR4A 1T6DA 4NCGA 5LJWA 3NH1A 4DSIA 2Z1JA 3J8AA 3THXB 3ZT2A 4I9QA 3VF4A 1JKHA 4BWMA 2QEXN 3S3OA 4DHYA 2LSNA 1HNWK 4Z4GA 5F1XA 3EEQA 4DWIA 2X6SA 3K5LA 3VA0A 4JAXA 3KK7A 2Q1NA 3LWMA 3WXLA 4FLWA 1LAWA 4B3MK 4F2SA 4DU4A 3L6QA 2A6AA 3OYDA 1ZBUA 2Q0RA 2XY8A 4CK1A 3O9RA 3KLGA 2HHVA 4DUYK 4BRPA 4CHPA 4DF8A 4M3WA 1S6QA 3H1VX 3G4SN 3SI6A 1HUXA 1BWFO 1YUWA 3HP6A 3ID6A 1M90O 3EE8A 3G0ZA 3V6DA 1J6ZA 3CFPA 1WLJA 3HTVA 1C0GA 1GLBG 3P5JA 4JYAK 1IBLK 5KPRA 4FZZA 4JHDB 4YY3K 3NH0A 3J80O 4CGGA 1KC8O 3HZ6A 5HP1A 2PAVA 1C6VA 3FE1A 1MWMA 5FRMA 4CZJA 4O55A 4B1UB 4IJAA 4A5AA 3EZ5A 2E2OA 5AQSA 3RSEB 2PBDA 1YTUA 3LALA 2P9IA 1SS6A 5GADP 1NOZA 4LFBK 2I7PA 1TKTA 5C24A 1BIUA 1JXEA 4FJ5A 4KTQA 1ZBSA 1L3SA 5AR0A 5CZ1A 3OJUA 4FWSA 3NGIA 5E26A 1U49A 3HL8A 3LM2A 3TSPA 3ENOA 2KLAA 2WUSA 4DV4K 1QS4A 2Z1GA 4EZ6A 3DOLA 4CFDA 4O44A 4DFPA 2KQ2A 4DLGA 3UB5A 3OYKA 3HVRA 3PY8A 4JI8K 3CC2N 1VSHA 3LDPA 4KH5A 2FBYA 4DQPA 2D0AA 2GX9A 5HRSA 2V7YA 4BRDA 1LAVA 3OHRA 1N33K 4CHQA 1L3TA 4FJHA 2PYLA 1J53A 5C15A 4B8AB 3VQEA 4GKKK 1XI1A 5AJ3K 1KLMA 2HOEA 4B8CA 3NF8A 1NGBA 1WSEA 3H6EA 1I3AA 2HW3A 3ZSQA 1ILYA 2Q2RA 2VWJA 1B9FA 3OYIA 1O13A 1EKEA 4N41A 1P90A 2NRRA 4KBOA 3D45A 3PX0A 1IG9A 3AO4A 4FWLA 1XNRK 3G25A 2UUAK 4GV6A 3ZT0A 1U6ZA 4DSFA 3TU5A 1IKWA 3RRGA 4GMJB 5FDLA 3LPUA 4CGHA 4K25A 4IDKA 1VRUA 5KRTA 2BE2A 2G8VA 1GLJO 4A62A 3MXIA 4F8RA 1K6YA 3C95A 4WFNL 4DSKA 1HMVA 4H0PA 4E7IA 4GVEA 5C12A 3LDQA 5JS2A 4ZTJA 4IJNA 4HTUA 4DTJA 4FLUA 4ICLA 1KXPA 3SUOA 4GVMA 4C1NI 3LDNA 4CHNA 2ASPA 3NF6A 4A61A 5KGXA 3JYTA 2GEMA 3TSUA 1VSFA 3WNFA 4M41A 1KAYA 1MU2A 1GLFO 2BH1A 3QLHA 4CZHA 4HWIA 1G99A 3DLEA 2G8UA 4DR3K 3THVA 4GY2B 3QIPA 1U2VA 3ZT1A 4DTRA 2P9UB 2OPPA 2HSTA 3B6PA 3CM5A 5CHIA 3NHGA 3SBGA 5CE3A 1W9HA 1KAZA 4OGCA 3P4IA 1JL1A 1S1TA 5FPMA 5M1PA 3NAEA 1DT9A 2IVOA 1RT2A 4BG9A 4IFYA 4H4OA 5T7BA 2Y1JA 3RMDA 1RBSA 4RW6A 3T19A 3QB0A 3AVMA 5J1EA 3HO1A 1HJOA 3BUZB 3AVBA 3TANA 3LP3A 4J2DA 1NJYA 2A5XA 3U3GA 4WF9L 4K8XA 3C6TA 2ZJPL 3VQ9A 2VWKA 4CZIA 2VG5A 3SQ4A 2I7NA 5GAEP 2VG7A 3QFPA 4CK3A 3CQYA 2CH5A 4GW6A 4GKJK 1VQKN 3QBXA 4FWPA 2UYTA 4FJ9A 4F4KA 1IKVA 3QEIA 2VQFK 4RG8A 3KWGA 3OS2A 4BGBA 4IZ9A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1KD1 O;  5JVG L;  2ZJR L;  1K73 O;  1N8R O;  1VQ4 N;  1K8A O;  1VQL N;  3G71 N;  1JJ2 M;  1VQ7 N;  3CMA N;  3PIP L;  3CCQ N;  3CC7 N;  1YIT N;  4WFA L;  4WFB L;  3CC2 N;  4UY8 O;  2QEX N;  3CCV N;  1KQS M;  2QA4 N;  4WCE L;  1YI2 N;  1YIJ N;  1YJW N;  4WF9 L;  2ZJP L;  3CCU N;  3CCL N;  1Q81 O;  5JVH L;  3OW2 M;  1NJI O;  5GAE P;  1VQ5 N;  5GAH P;  1ILY A;  3CCJ N;  1Q86 O;  3DLL L;  4IOA L;  3CCR N;  1YJ9 N;  1VQ9 N;  3CME N;  1VQK N;  3G4S N;  2ZJQ L;  1VQ6 N;  4IOC L;  3CXC M;  1M90 O;  4U67 L;  1VQO N;  3PIO L;  4IO9 L;  5MLC Q;  3I55 N;  3CC4 N;  1Q82 O;  3CCE N;  1S72 N;  1VQM N;  5H1S Q;  1YJN N;  2OTJ N;  1QVG M;  4WFN L;  1K9M O;  1YHQ N;  3CCS N;  1KC8 O;  1W2B M;  2OTL N;  1VQ8 N;  5DM6 L;  3G6E N;  3J7Z O;  5DM7 L;  3CF5 L;  5HL7 L;  1OVY A;  3CD6 N;  5GAD P;  1Q7Y O;  3I56 N;  3CCM N;  3CPW M;  1QVF M;  1M1K O;  5GAG P;  1VQN N;  1VQP N; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 4ILH A;  3AVK A;  3M1F A;  3BP8 A;  3JS6 A;  1RT1 A;  2OZS A;  3VQA A;  3TAE A;  2ZM6 K;  4KHP K;  3CQ8 A;  4QS9 A;  4LFA K;  5I3U A;  4MO4 A;  2P9P B;  4NLB A;  4LY7 A;  1NWK A;  4JLH A;  1IV0 A;  5AZJ A;  4W5Q A;  3OYH A;  3DM2 A;  2KFZ A;  1OH6 A;  3QEX A;  1WSH A;  3NF9 A;  1YAG A;  1UA0 A;  1GLC G;  4LSN A;  2JWK A;  2RF2 A;  3CCL N;  1XC9 A;  2FSK A;  4CF9 A;  2EX3 A;  5C42 A;  1Q81 O;  1CZ9 A;  5FRO A;  5GAH P;  3VEN A;  1HNI A;  4PL7 A;  3H3O B;  3DXK A;  1NBW A;  2O4I A;  1OVQ A;  2IAJ A;  2AP1 A;  5J2Q A;  2A42 A;  3RTV A;  3WQT A;  4NYN A;  3A5L C;  2RE2 A;  3MK6 A;  2P9I B;  5ELZ A;  1P8Z A;  1OH8 A;  3J7Y P;  1DLO A;  3ITH A;  3PX4 A;  1KFD A;  4IO9 L;  4BC2 A;  2Z1I A;  2HHS A;  3DLK A;  4B9N A;  3DRS A;  3QIN A;  5HRO A;  4RW8 A;  3UKU A;  4BR0 A;  1NKC A;  4YFU A;  4F9O A;  1L3V A;  4CJ4 A;  1NK5 A;  4B9S A;  4H03 B;  4DKW A;  1NGG A;  2UXC K;  1C0T A;  1TK5 A;  3DI6 A;  4M45 A;  3WT0 A;  3FFK B;  3J7Z O;  3CF5 L;  4BRE A;  3CD6 N;  1Z05 A;  4IO8 A;  4H0V B;  5AQU A;  2D1K A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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