4BR5A

Rat ntpdase2 in complex with zn amppnp
Total Genus 140
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
140
sequence length
426
structure length
422
Chain Sequence
PALKYGIVLDAGSSHTSMFVYKWPADKENDTGIVGQHSSCDVQGGGISSYANDPSKAGQSLVRCLEQALRDVPRDRHASTPLYLGATAGMRLLNLTSPEATARVLEAVTQTLTQYPFDFRGARILSGQDEGVFGWVTANYLLENFIKYGWVGRWIRPRKGTLGAMDLGGASTQITFETTSPSEDPGNEVHLRLYGQHYRVYTHSFLCYGRDQILLRLLASALQIHRFHPCWPKGYSTQVLLQEVYQSPCTMGQRPGSAIVSLSGTSNATLCRDLVSRLFNISSCPFSQCSFNGVFQPPVAGNFIAFSAFYYTVDFLTTVMGLPVGTLKQLEEATEITCNQTWTELQARVPGQKTRLADYCAVAMFIHQLLSRGYHFDERSFREVVFQKKAADTAVGWALGYMLNLTNLIPADLPGLRKGTHF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule keywords ECTONUCLEOSIDE TRIPHOSPHATE DIPHOSPHOHYDROLASE 2
publication title Crystallographic Snapshots Along the Reaction Pathway of Nucleoside Triphosphate Diphosphohydrolases
pubmed doi rcsb
source organism Rattus norvegicus
molecule tags Hydrolase
total genus 140
structure length 422
sequence length 426
ec nomenclature ec 3.6.1.5: Apyrase.
pdb deposition date 2013-06-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01150 GDA1_CD39 GDA1/CD39 (nucleoside phosphatase) family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4br5A01
3.30.420.150 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Exopolyphosphatase. Domain 2 4br5A02
2A42A 4CZFA 3IDHA 1HUXA 3CJ9A 4BGAA 2ASMA 2E2NA 3HTVA 2A41A 1U2VA 4M7XA 4WQ4C 4JAXA 5BRHA 3EO3A 4XH1A 1LOTB 2P9NA 5EY4A 3QMLA 2AA4A 3UKRA 3TU5A 3A5LC 2QWLA 3DJCA 1G99A 2E1YA 4CZKA 1IJJA 5B8HA 4H0VB 2GWKA 3TPQA 2GUPA 3IFRA 2DPNA 1V4SA 1TUYA 4K41A 5KQDA 3ID8A 3SMPA 3CERA 3GOIA 4BRLA 3LM9A 3QDKA 2ITMA 4BR9A 5AQUA 2H3GX 4H0PA 1ATNA 1NGCA 3KZBA 4DCHA 2E2PA 4BVOA 4WQ5A 3O1BA 1BUPA 4JD2A 3QICA 5JLHA 3D2FA 4BR2A 3MDQA 3ZX0A 5LY3A 3WXIA 1BA1A 5AQQA 5EOYA 3FLCO 3VEVA 3EKSA 4MLHA 4FOIA 3GE1A 3UB5A 5KPTA 3A0IX 1DKGD 3QB0A 1Y64A 2QM1A 3CETA 4M7YA 2ZGYA 4FWQA 4IZ9A 4Y0WA 3WQUA 4CJ7A 5ADXH 1D4XA 5JMVA 1NMDA 5F2RA 1JCFA 3MN7A 3VF6A 2YHWA 4EFHA 3FFKB 1LCUA 3I33A 1HKGA 3AAPA 1SAZA 3M1FA 2HOEA 5BR9A 4GNIA 1BG3A 2YHXA 1QHAA 1XUPO 1NBWA 3IUCA 3BF1A 3LL3A 2ASPA 3ULEA 3CJAA 4BRNA 2E2QA 4H5VA 3A5OC 2Q97A 1TYQB 1DGKN 3CJ7A 3HBTA 4FWPA 1NGGA 1BA0A 2P9IB 3JS6A 4FWOA 3A5NC 4CBWA 5AZIA 4K43A 3MK6A 3SLCA 4FPAA 1HKBA 3BUZB 3VF4A 1NGBA 4B1ZA 1U2VB 5AQNA 3HZ6A 1NGEA 2P9NB 4CZLA 3VGLA 3VEZA 3D7EO 4BC4A 3C0BA 1NGAA 3VETA 3BP8A 3SJHA 3UKRB 4B1YB 2P9SA 1GLAG 1GLEG 3VEYA 5AQHA 2KHOA 2CGJA 3P4IA 3ATVA 4YDUC 2P9KA 3FZKA 4BC2A 2ZF5O 1R59O 1YVNA 3RSEB 2E88A 3O1WA 4DQ8A 2Q1NA 5AQMA 5TKYA 2A5XA 3A5MC 4JD2B 3VEOA 4DB3A 1BDGA 2ASOA 3EN9A 3GL1A 4BR0A 4BR4A 4FOEA 2F9TA 5I9EB 4MO5A 2P9UA 2E1ZA 3R9PA 4O5FA 3VGMA 3WQTA 3H6EA 1RFQA 4BRIA 3CJ1A 4IO8A 1T44A 3ZETA 4MLEA 2P9LA 1MDUB 4H03B 3MMVA 1SQKA 1C0FA 1GLLO 3VERA 2FXUA 3J8AA 3U9ZA 1OKJA 4BR5A 4QS9A 1SZ2A 5AQYA 4BQLA 4NB4A 3S41A 2YI1A 2GWJA 1TUUA 3CQYA 3WT0A 3WXLA 5AQOA 1KAXA 2YJFA 4I6MB 4BVPA 3H1QA 2QWNA 5F0XA 3ZEUB 3QFPA 3O8MA 2I7PA 1NM1A 4H5TA 4HWIA 2A40A 3HSCA 1XQSC 2V52B 5BN9A 5AZIB 4CBUA 4C23A 2Q31A 1GLDG 3DXMA 1GLFO 1HKCA 4FWLA 1RDWX 3HM8A 2FLOA 3FZHA 4K42A 5BPNA 3FE1A 4JHDA 4B1UB 5AQRA 5EVZA 5AFUA 2D1KA 3M3ZA 1KAYA 5KQ8A 1BO5O 3MN9A 2NZTA 1EQYA 4BRHA 5LJWA 4HTLA 3HI0A 1ATSA 4B1VA 1GLCG 2P9KB 3ZX3A 4CZMA 1S3XA 4JNEA 5AQZA 1K8KA 4M63C 3UKUA 3B8AX 5AQVA 1QZ6A 3DXKA 3H1VX 2D0PA 1YUWA 3C7NA 1JCEA 5FPEA 2P9UB 3SK3A 3W3DA 5FPMA 5JICA 4WQ4A 5LJVA 2Q0RA 2FF6A 3DWLA 3ZETB 5AQIA 2W40A 1ZBSA 3G25A 3R6MA 1IG8A 1CZAN 2F9WA 2GTDA 2YJEA 3UE5A 3CJBA 4EHTA 1WOQA 2Q0UA 3FR0A 4BRCA 2D0OA 3O4WA 4BRMA 1ESVA 5AZJA 1ZC6A 3WEEA 2QWPA 5E84A 5FPNA 4BRKA 3BEXA 4FWKA 1MWMA 2I7NA 3ENHA 2BUPA 1NGDA 3VPZA 2UYTA 4H5WA 2WUSA 5AQJA 1RGIA 3FZMA 3QFUA 3AARA 2V51B 4PKGA 4L3QA 2VWBA 2CGKA 3DXMB 5EXWA 4PL8A 2FSJA 3D2EA 4EHUA 4JHDB 3U9DA 1T6DA 1BWFO 1DEJA 3D2FB 2J4RA 3VEWA 3WXKA 5AFUH 2CGLA 2P9PA 5KPZA 4FO0A 4ISGA 3VGKA 3FZFA 3DAWA 3VESA 5AQTA 1MWKA 2HF3A 5AQXA 2HMPA 4WQ5C 3IMXA 4CZHA 4A61A 1BU6O 1HPMA 4B1XB 1K8KB 3H3NO 4DHYA 3CQXA 3UKUB 1NGJA 3VOVA 1T6CA 2V7ZA 5AQFA 4BRQA 3VF2A 2AP1A 4H0YB 3ENOA 1WUAA 3C7NB 3W0LA 4BG8A 4KBOA 5CE3A 4BR7A 4BRGA 1QZ5A 1NLVA 2IVNA 2CH5A 3H46O 3ULEB 3ATUA 2QW9A 4PKIA 4CBXA 2IVPA 4CD1A 3CI5A 3GG4A 1QQMA 5BPMA 5KPRA 1TYQA 4H0XB 4J8FA 5AQWA 3LDPA 4FWMA 1Z6RA 2P9IA 3LDLA 3VENA 4JN4A 5AZJB 3WEEB 2CH6A 2QWMA 5ELZA 4BGBA 4AM6A 3L0QA 5F1XA 2IVOA 3EL2A 4GY2B 3R8EA 5BREA 4CD3A 2E20A 4YDUA 5AQLA 2P9SB 5AQSA 1ATRA 4H5NA 5BN8A 3U4LA 1Q18A 1JCGA 4BQZA 4WYBA 2GEMA 1NGFA 4K25A 2YHYA 2E8AA 3MN6A 4MO4A 2BTFA 4EAHD 3AY9A 1J6ZA 2A6AA 1NWKA 1NGHA 2PBDA 1QQNA 4A2BA 1X3MA 2ZGZA 4IJNA 5FPDA 4A2AA 4XH5A 3RSEA 3D2EB 4CZJA 5BRDA 5BPLA 1XC3A 4BROA 1HX1A 4O8KA 3BF3A 3O5BA 5BRFA 1C0GA 3L6QA 1QQOA 3ZX2A 2P9PB 4BRAA 5AR0A 3LM2A 4B9QA 3WUHA 3KVGA 1P8ZA 4BREA 1HLUA 1H1VA 2A3ZA 3I8BA 4ISFA 2P9LB 3MN5A 1U6ZA 2FSNA 2QWOA 3EKUA 4CZIA 4B1WB 3O80A 2VCPA 3VEXA 4BC5A 1X9JA 4A62A 4BC3A 4H0OA 2Q36A 1BOTO 4CZEA 2OANA 3O08A 3H3OB 2NLXA 3QBWA 3L4IA 2FSKA 1ZXOA 4I6MA 1GLBG 4EIAA 1GLJO 3KHYA 4ISEA 3F9MA 3LDNA 4H5RA 3ZEUA 3AAQA 4CI6A 2Q2RA 3JXUA 2NRHA 3H45C 2E2OA 4XEIA 2VYPA 4H0TB 4PL7A 3GDQA 1YAGA 2FF3B 5AQKA 4FPBA 4LC9B 2V7YA 2W41A 4RWTA 4QS8A 2HF4A 3M6GA 2IIRA 2PAVA 1E4FT 4BRPA 1E4GT 4E1JA 3LDQA 3EZWA 1S22A 3CIPA 4IWVA 3GBTA 4AM7A 1V4TA 4BG9A 4FWRA 5AQGA 4F9OA 4PKHA 4IXCA 1YXQA 3U8XA 5ADXA 5EX5A 1HJOA 4BRFA 2GELA 1X3NA 4FL9A 3O6WA 3SMSA 4IJAA 4FWSA 5AQPA 3WXJA 3MCPA 4RCHA 3DXKB 4QS7A 1KAZA 2QWRA 4FSVA 2EWSA 4CZGA 4XH4A 4BRDA 1NGIA 4NO7A 1KXPA 5JLFA 3QBXA 3OHRA 4FWNA 2YCHA 1Z05A 1MA9B 3LDOA 3FZLA 2D4WA 4RTFD 5E26A 3A8YA 2QWQA 3CHWA 2ZWHA 3FGUA 2QXLA 4Z94A 3CJCA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4FM2A 3P39A 4BGAA 3F73A 2E2NA 1U2VA 4XH1A 1JL1A 1TK5A 3QEIA 1J5EK 2P9NA 3QMLA 3ZSVA 3TU5A 4I9LA 4O0JA 1CXQA 2PZSA 1RT6A 2GWKA 3TPQA 3TSUA 3IFRA 4K41A 3AO1A 3NF9A 5JVGL 3SMPA 1KLNA 3SQ4A 3K2PA 4DR3K 3QDKA 1TAUA 5FRMA 2HW3A 4DTXA 1ATNA 3KZBA 4BVOA 2KZMA 3OYKA 3K9JA 5FDLA 1LWEA 3D2FA 1C0MA 4YNQA 3ZX0A 3VQ4A 3K5OA 3HSTB 3NHGA 3FLCO 3OA9A 4MLHA 4FOIA 3UB5A 3B6OA 2D0BA 1HNIA 1JL2A 2UUAK 4FWQA 4LF9K 1SUQA 1NMDA 2B4JA 4JI6K 3SQ0A 2YHWA 3EZ5A 3CCVN 3CQ8A 3I33A 1FKOA 1HKGA 3AAPA 3PX4A 1HNXK 4CHZA 3VMFB 1K73O 2ZE2A 1QHAA 4W5RA 5HP1A 1XUPO 1NBWA 1HPZA 3AVBA 5KTQA 3BF1A 3LL3A 1QVFM 4BE2A 3TANA 4FK4A 4CW7B 2Q97A 3VQ6A 4G9ZA 4CVNE 1Q9XA 1K9MO 4CF2A 2YKNA 4B3MK 3P5JA 3JS6A 5AZIA 3MK6A 3BUZB 3VF4A 1WN7A 2NRXA 2O8DB 1NGEA 2RKIA 2G8VA 4CZLA 4RW8A 3DRPA 1XWLA 2X78A 2BANA 3OYBA 4W5TA 4LD0A 3BP8A 3OYEA 4M3YA 2UXBK 4FM1A 4LSLA 3NVMA 4M3RA 3L2QA 3PUFA 3JAMO 1QE1A 3RSEB 5M1PA 2EX3A 4ID5A 5CHIA 4OKKA 3CXCM 3EN9A 3GL1A 4YFUA 3I8DA 4FOEA 2F9TA 5I9EB 3NVKA 1Q7YO 2E1ZA 4JYAK 4Y1CA 2KTQA 3WQTA 5LMUK 4GV3A 4BRIA 3CJ1A 5GAGP 1WBDA 4MLEA 2O4GA 3PIOL 3MMVA 4F8RA 1SL1A 1GLLO 4NYFA 3U9ZA 3SQ2A 4QS9A 2PFUA 1QSYA 1SZ2A 4NB4A 3I55N 2HBKA 4DR6K 5AQOA 1KAXA 3H1QA 3C95A 4JK9A 4C8NA 5F0XA 3ZEUB 3O8MA 1NM1A 4H5TA 1T8EA 3HSCA 1XQSC 4O44A 5BN9A 3IAYA 2QTDA 3K58A 1Q9YA 3AVIA 4B9UA 2VGNA 5AQRA 4AQYK 3B6PA 3OVNA 3HXMA 2FBXA 1KAYA 3VQ8A 4AH9A 2DTUA 1SKWA 1BO5O 1T3VA 3MN9A 1EQYA 1S1UA 2GX9A 5LJWA 1N5YA 1BL3A 3HI0A 1ATSA 2HBLA 4B1VA 3F2KA 2HHWA 1S3XA 1IBKK 4M63C 1S9EA 1LW2A 4MDAA 3LPTA 1ZBFA 1NK0A 3K57A 2QEXN 2NRWA 4WFNL 5FPMA 2E5LK 5JICA 4WQ4A 1HYZA 5LJVA 2PY5A 3E9OA 2W40A 4FJXA 3CFRA 1CZAN 1O13A 2F9WA 2GTDA 3QESA 3UE5A 3LPUA 1N34K 3CJBA 5C10A 1E3MA 1DTQA 3CM5A 1WOQA 4ILJA 2D0OA 1IKYA 1ESVA 4DUYK 5AZJA 1KVCA 4HUFA 1NKCA 5C12A 3KWIA 3ZSQA 3ENHA 4QOZB 3ZSXA 2NRVA 4FW2A 3A2FA 4QCLA 3AVLA 4CJLA 4Z4FA 4YOTA 1C0UA 4L3QA 1TL1A 4KREA 2CGKA 3ZT2A 4DG1A 4PL8A 4JKBA 3NDKA 1YTUA 3D2EA 3VQPA 5FROA 3D2FB 4ELVA 3KJVA 3VEWA 3V81A 3U3YA 1YF5L 5KPZA 3T3FA 4WF9L 1TL3A 2O4IA 3AVHA 4WQ5C 4DQPA 1BU6O 1B9FA 3DLGA 4O55A 2D0CA 1HPMA 2UXCK 4KHQA 3VOVA 2V7ZA 4DV6K 2VG5A 4DV0K 3V6DA 2AP1A 3DLEA 4DFPA 4CJQA 4KHYA 4KBOA 5CE3A 4BRGA 4OPAA 3LP1A 1NLVA 3H46O 2CH5A 4IFVA 4DR7K 4YHHK 3SJJA 3HRGA 5KPRA 1TYQA 4JI7K 4J8FA 5AQWA 4FWMA 3VENA 5DM6L 4JI1K 3T7ZA 1K6YA 1VQ8N 2O8EA 2IAJA 3WEEB 1ZBIA 2QWMA 5ELZA 1HQUA 3L0QA 3AO4A 4GY2B 3KK1A 3EYZA 1IG9A 1WAJA 1RBTA 4YDUA 4FK2A 4GKKK 3ID6A 5LMNK 1Q86O 3AO2A 4H5NA 5BN8A 4JI4K 2YHYA 1U47A 1JLBA 2BTFA 3AY9A 3PX6A 1NWKA 1YTAA 4A2BA 4IJNA 3MX2A 3NBPA 2VG7A 1U49A 4JRPA 4PA1A 1HRHA 4RW7A 1SKRA 5BPLA 3LWMA 4BROA 3THXB 4O8KA 4F2RA 1U4BA 1C0GA 4DFKA 1QQOA 4CEZA 1ASWA 3ZX2A 2P9PB 3OYLA 2HBJA 3J7AP 3LM2A 3WUHA 1HNWK 1W97L 1P8ZA 5GADP 4CGDA 2A3ZA 1I3AA 4ISFA 2QWOA 4B1WB 4M45A 4K8XA 2Q36A 3VQEA 3C6AA 4RG8A 2OANA 3CCLN 5TKWA 3R3LA 3H3OB 1TK0A 2NLXA 3VQ9A 2FSKA 3J81O 3ZT1A 2KFZA 2VQEK 3RR8A 1TKTA 3NF8A 3ZSYA 1BI4B 1J9AA 2Q2RA 3JXUA 1UA1A 3H45C 4Q5VA 2JWLA 4E89A 1NOYA 3K5LA 4KO0A 4IKFA 3GDQA 2FF3B 5AQKA 1JJ2M 1XMOK 4M3UA 4B8CA 2V7YA 5KGXA 4RWTA 4QS8A 3M6GA 1QSLA 4IDHA 4CJVA 1OH6A 3LDQA 4HHTA 1C6VA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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