4BR5A

Rat ntpdase2 in complex with zn amppnp
Total Genus 140
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
140
sequence length
426
structure length
422
Chain Sequence
PALKYGIVLDAGSSHTSMFVYKWPADKENDTGIVGQHSSCDVQGGGISSYANDPSKAGQSLVRCLEQALRDVPRDRHASTPLYLGATAGMRLLNLTSPEATARVLEAVTQTLTQYPFDFRGARILSGQDEGVFGWVTANYLLENFIKYGWVGRWIRPRKGTLGAMDLGGASTQITFETTSPSEDPGNEVHLRLYGQHYRVYTHSFLCYGRDQILLRLLASALQIHRFHPCWPKGYSTQVLLQEVYQSPCTMGQRPGSAIVSLSGTSNATLCRDLVSRLFNISSCPFSQCSFNGVFQPPVAGNFIAFSAFYYTVDFLTTVMGLPVGTLKQLEEATEITCNQTWTELQARVPGQKTRLADYCAVAMFIHQLLSRGYHFDERSFREVVFQKKAADTAVGWALGYMLNLTNLIPADLPGLRKGTHF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystallographic Snapshots Along the Reaction Pathway of Nucleoside Triphosphate Diphosphohydrolases
pubmed doi rcsb
molecule keywords ECTONUCLEOSIDE TRIPHOSPHATE DIPHOSPHOHYDROLASE 2
molecule tags Hydrolase
source organism Rattus norvegicus
total genus 140
structure length 422
sequence length 426
ec nomenclature ec 3.6.1.5: Apyrase.
pdb deposition date 2013-06-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01150 GDA1_CD39 GDA1/CD39 (nucleoside phosphatase) family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4br5A01
3.30.420.150 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Exopolyphosphatase. Domain 2 4br5A02
3QBXA 4BRPA 4L3QA 3SK3A 1G99A 4JNEA 3FE1A 3BF3A 3WXIA 4M7YA 4Y0WA 1BDGA 5AQYA 3VGKA 1LCUA 3UKRB 2E2PA 5AQOA 2VCPA 4WYBA 2CGLA 4IWVA 4FL9A 3TU5A 2Q2RA 3VGMA 1TYQA 3LDOA 4PKIA 3EO3A 4YDUC 3ID8A 3EZWA 3VGLA 3SLCA 4GNIA 4BRGA 5AQVA 3O08A 5AR0A 1NGIA 1T6DA 2P9SB 1NGCA 3VEXA 4FOIA 3MK6A 4K25A 1KAZA 3D2EA 3R9PA 1J6ZA 5EXWA 4BC3A 3CETA 1RFQA 3JXUA 2QWNA 3BUZB 2ZF5O 3MMVA 1Y64A 3DAWA 4XEIA 2KHOA 2IIRA 5AQIA 2FSJA 4I6MB 1NWKA 4BVPA 1GLCG 4CD3A 3D2FA 1RDWX 4WQ4A 4BRHA 2QWRA 5AZIB 4BRKA 4FWPA 4BRIA 3QBWA 1YXQA 4BRDA 4H0XB 4BRFA 2I7NA 3C7NA 3FZKA 2IVPA 4BC2A 4K41A 1GLBG 3DXKB 4K43A 4BC5A 4CD1A 4A2BA 5CE3A 2Q0UA 2P9KA 1SZ2A 4B1ZA 1C0GA 3WXJA 4M63C 2YHXA 2E2NA 3UKUA 1JCFA 5F0XA 3HI0A 1NGFA 3QMLA 4HWIA 3VETA 3IUCA 3UB5A 3WEEA 2V7ZA 3C0BA 5ADXH 3MN9A 3VEVA 3KHYA 4XH5A 2FSKA 4JD2A 2PBDA 3QDKA 3CQXA 2VYPA 4E1JA 1ZBSA 3L0QA 3OHRA 5LY3A 5JMVA 3BF1A 3HZ6A 4H5VA 2E20A 3VF4A 1Q18A 3GOIA 3ZEUB 2GTDA 4BG8A 2WUSA 5AQQA 2NRHA 3L6QA 3ENOA 4CBXA 4BR5A 1NGGA 1NGDA 1U6ZA 4DHYA 4FWOA 3I8BA 3VEWA 1TUUA 3U9ZA 4Z94A 3UE5A 2P9PA 1MWKA 3O6WA 4MO5A 5AQNA 1NGBA 3P4IA 1P8ZA 3LDLA 3WT0A 3ATVA 4BR7A 1GLLO 4FWKA 4BGAA 5KPRA 4MO4A 1BUPA 4M7XA 1K8KA 3WUHA 4IO8A 5I9EB 3LM9A 1XUPO 1C0FA 4JAXA 3CJBA 3MDQA 3EKUA 2QW9A 4NO7A 4H5WA 4DCHA 1MA9B 4FO0A 4FPAA 4B1XB 4CBWA 2D4WA 4QS9A 2P9LA 3WQTA 2P9IB 5BN9A 2DPNA 1WUAA 1T6CA 5AQFA 3A5OC 5KQDA 1RGIA 4BR4A 2PAVA 1ATRA 4ISEA 1Z05A 5EOYA 3FGUA 3RSEA 3GBTA 2ASPA 1U2VA 3ZETA 5BPLA 4B1UB 3AAPA 3A5NC 5KQ8A 2W40A 5AQKA 2E88A 1IG8A 1SAZA 2HOEA 5AFUA 2CH6A 3QFUA 4B1YB 5B8HA 2E1YA 2ZGZA 2V51B 1JCGA 3FZHA 3CQYA 2V52B 4EIAA 1BWFO 3H1VX 3KZBA 1OKJA 3LDQA 3ZX2A 2CGKA 4WQ5A 3SMPA 4B1VA 2QWLA 5E26A 2GEMA 3UKRA 1E4GT 3QICA 4FWSA 5TKYA 3EN9A 3HTVA 2I7PA 4FWQA 3IMXA 3AY9A 2YHYA 1X9JA 3H6EA 1X3MA 2A41A 4CJ7A 4DQ8A 1WOQA 2Q31A 5FPNA 1DEJA 4O5FA 1NLVA 4LC9B 3VESA 4BVOA 2Q97A 4IJAA 4H0PA 1QHAA 2P9SA 2P9UA 2YJFA 2HMPA 5LJWA 3VERA 5BRFA 4H5NA 4CZHA 1DKGD 4H03B 5ADXA 3R6MA 3R8EA 3CJ7A 4CZKA 4CZFA 4BR0A 3HM8A 3H3NO 4C23A 4XH1A 4AM7A 3FR0A 4EHUA 4QS8A 4K42A 1S3XA 1KAYA 3ATUA 1EQYA 5F1XA 4H0VB 4GY2B 2GWJA 5AQUA 1SQKA 1Z6RA 4BG9A 4I6MA 4MLEA 2A6AA 2FLOA 2A3ZA 2QWOA 5AZIA 4H0TB 1T44A 4CZLA 3D7EO 5F2RA 3F9MA 1GLEG 2YCHA 1BA1A 4FWNA 5AQWA 3G25A 2AP1A 1LOTB 2YJEA 1GLJO 2J4RA 3ENHA 2Q0RA 3IDHA 3QFPA 2A40A 5FPDA 3DXKA 4IZ9A 2HF4A 3O4WA 1GLFO 3LDNA 4IJNA 4BQZA 4PKHA 5AQJA 3ULEB 2W41A 3DXMB 3H3OB 1MDUB 1NGAA 3O1WA 2Q1NA 3AARA 2E2OA 5AQGA 1YUWA 1QZ6A 2E1ZA 2OANA 5AZJB 3CJAA 5AQSA 4FWLA 4RTFD 4B9QA 1NGJA 5AQLA 3MN7A 2QXLA 4BR9A 2ZGYA 1BOTO 5AQPA 5BPNA 3TPQA 4EFHA 1H1VA 4RWTA 1R59O 4EHTA 3DJCA 4CZIA 2HF3A 5EX5A 3GE1A 2ASOA 1S22A 3O5BA 4WQ4C 2H3GX 5JLHA 1BU6O 3B8AX 4FPBA 3U4LA 2P9NB 4BRAA 1XQSC 3MN6A 4MLHA 5BRHA 2QWQA 3H1QA 3CJCA 1BA0A 3DWLA 4JHDB 5LJVA 5FPEA 5BRDA 5EY4A 1K8KB 3A8YA 3MN5A 4H0OA 2FSNA 1HX1A 5AQXA 2GUPA 3ZX3A 4YDUA 3I33A 1E4FT 1HLUA 4A62A 5BPMA 2V7YA 2ASMA 1KAXA 3FZMA 4AM6A 3VEYA 3CERA 1GLDG 4PL8A 3LL3A 1GLAG 4CZGA 3O8MA 1V4SA 4KBOA 3VENA 3A0IX 3H45C 1HJOA 1ZXOA 2D0PA 4BRLA 5AQZA 2AA4A 1KXPA 3SMSA 4CZJA 1XC3A 2CGJA 2BUPA 2GWKA 3IFRA 1QQNA 2YHWA 3CJ9A 4BRQA 2IVOA 2A42A 1JCEA 1DGKN 1TYQB 3M3ZA 1TUYA 5BREA 3HBTA 4NB4A 3O1BA 3FZLA 2F9TA 4J8FA 1HKBA 3H46O 4PKGA 4H5TA 1ESVA 2E8AA 1V4TA 2NLXA 4F9OA 5FPMA 3WQUA 3D2EB 4BC4A 4FWMA 3CHWA 4BRCA 3VEZA 1ZC6A 3VF2A 3CJ1A 2P9UB 1X3NA 1NBWA 3GDQA 4A61A 1NGHA 1IJJA 1CZAN 2VWBA 5AFUH 1BO5O 4BROA 4QS7A 3D2FB 3SJHA 3WXLA 2ZWHA 5JLFA 4O8KA 3JS6A 1MWMA 5AQTA 4WQ5C 1NM1A 4BREA 3U9DA 3M1FA 3C7NB 2QWPA 4H5RA 2P9KB 4ISFA 4FOEA 3FZFA 3GG4A 3VEOA 5JICA 3BEXA 3QB0A 3GL1A 4A2AA 3J8AA 3UKUB 4IXCA 3WEEB 2ITMA 5EVZA 2QM1A 1QQOA 3FLCO 4XH4A 3VOVA 2EWSA 4JD2B 3LDPA 5AQHA 3ULEA 3DXMA 3W0LA 3EL2A 1QZ5A 2QWMA 5AQRA 3ZX0A 4FWRA 3ZEUA 4BGBA 4CBUA 5AZJA 2CH5A 4CI6A 2E2QA 4HTLA 4EAHD 3KVGA 1YAGA 1NMDA 4JN4A 4BQLA 1BG3A 3CI5A 2P9PB 5BN8A 5AQMA 3M6GA 5E84A 3BP8A 3VPZA 1HUXA 2P9NA 3AAQA 4BR2A 4BRMA 1HKGA 2FF6A 2Q36A 4PL7A 3EKSA 2UYTA 4JHDA 3A5LC 2D1KA 4BRNA 3MCPA 4RCHA 4CZMA 5KPTA 2P9IA 2P9LB 5BR9A 2IVNA 1YVNA 3S41A 1ATSA 2FF3B 4B1WB 2YI1A 2FXUA 2BTFA 3WXKA 2A5XA 1NGEA 4DB3A 2NZTA 1D4XA 3FFKB 4CZEA 3HSCA 3U8XA 4ISGA 2D0OA 5KPZA 3RSEB 3O80A 3CIPA 3VF6A 1U2VB 2F9WA 2GELA 3ZETB 3LM2A 4FSVA 5ELZA 3A5MC 3L4IA 4H0YB 1HKCA 1HPMA 1QQMA 3W3DA 1ATNA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4Q5VA 4FVUA 1G99A 2IGIA 4JNEA 3V4IA 2P5OA 3BF3A 3WXIA 3HOSA 1BDGA 1LCUA 3UKRB 1IV0A 3JAMO 4NYFA 4Z4GA 1LWCA 1Q86O 2VGMA 4IWVA 3I8DA 2Q2RA 3ZCMA 3SCXA 2B5JA 4GNIA 1VQLN 3O08A 3M8QA 3AVNA 2JWKA 3SBGA 3CFPA 3SV4A 3VEXA 4FOIA 1KAZA 4HHTA 4JK7A 5CZ2A 3R9PA 1J6ZA 1FKOA 4FZXC 3CETA 4GKKK 1S72N 1DTQA 3J80O 3DLBA 3BUZB 2ZF5O 3MMVA 4GV6A 5AQIA 4DR7K 4OPAA 4BVPA 3OS2A 3ZSRA 4WQ4A 5AZIB 3VQ8A 4BRKA 1A5VA 2A1RA 4IFEA 5M1OA 3L4QA 1D5AA 4BRFA 3I55N 4K41A 1X9SA 5C10A 4E0DA 4OX9K 5CE3A 1X9WA 2P9KA 1SZ2A 4B1ZA 2Z1GA 1C0GA 4CK3A 4AHSA 3LWLA 3WXJA 1SS6A 2E2NA 2W6LA 4CF8A 4FW2A 5F0XA 4HWIA 2V7ZA 3C0BA 3KHYA 2FSKA 1K8AO 1OVQA 3OHRA 4H5VA 1IKWA 2E20A 3VF4A 1YJNN 1QTMA 2PYJA 3GOIA 4BG8A 2WUSA 1XMOK 1S9GA 2NRHA 4CBXA 1NGDA 5M1KA 1RDDA 3I0SA 1TUUA 3U9ZA 1U04A 4FK4A 4Y1DA 1NGBA 3P4IA 1C1BA 3ATVA 3O3HA 1LAVA 2R7YA 1VQ5N 4B9SA 4FK2A 3KK3A 1NKEA 4CEBA 1BCMA 3PO5A 1K8KA 3WUHA 3TTFA 4FJ5A 4IO8A 1XUPO 3VQ5A 3G6EN 3CJBA 3MDQA 3T7ZA 4FJ8A 4DV1K 3TSUA 2UUAK 4DCHA 1NNEA 4FPAA 4B1XB 4MDAA 3LP3A 1J53A 2D4WA 3ZSZA 1YI2N 2P9IB 5BN9A 4BACA 4NLCA 3A5OC 1K6YA 5KQDA 1RGIA 1EXQA 2X6SA 1Z05A 2UXCK 3RSEA 4N56A 1XNQK 5BPLA 3KLFA 4IO9L 4B1UB 3AAPA 5KQ8A 3THWB 2E88A 1M90O 3KK1A 2HNDA 3L2VA 2CH6A 3NCIA 3SBTA 4YY3K 1QSYA 2ZGZA 2O8DB 3H1VX 3KZBA 1TAUA 2CGKA 4B1VA 1E4GT 1DLOA 4FWSA 1RT3A 2I7PA 4FWQA 5SZTA 3IMXA 4FJNA 3NF9A 3P38A 2IOCA 1JLBA 4DQ8A 4IEEA 1NJWA 2VQEK 4O5FA 3K58A 2HHTA 2OTLN 3KK7A 4BVOA 4CJWA 3AA2A 2P9SA 2YJFA 5CZ1A 2O8BB 4H8KA 5LJWA 2O4IA 3QO9A 4DTXA 4H03B 1CLQA 3AA4A 5C15A 4M3UA 4RW4A 4XH1A 4CEEA 3FR0A 1KAYA 1Z26A 3VQBA 4H0VB 1XMQK 4KH4A 1Z6RA 4BG9A 3V9UA 4HUGA 4JK8A 4DSKA 1TK8A 5F2RA 1YJ9N 3KIOA 1S1XA 3QNOA 1O1WA 3SYZA 4UQGA 5CY4A 3QFPA 3ENHA 2Q0RA 2AJQA 1EETA 1HQEA 2A40A 3AVMA 4IJNA 3LDNA 3RMCA 4PKHA 2W41A 1YT3A 5HOOA 5AQGA 4J2EA 3V81A 4ELVA 1QSSA 1TL1A 5AQSA 4Y1CA 1RT5A 1KFSA 1BOTO 4NLBA 5AQPA 4KFBA 1IH7A 3F2KA 2UU9K 3J7AP 1RT1A 3ZT2A 4EHTA 3DJCA 2HF3A 5EX5A 4WF9L 1J54A 1S22A 3O5BA 4WQ4C 1BU6O 1KCFA 2P9NB 4GVEA 5BR8K 3KD5E 3DLLL 1WN7A 1XQSC 4MLHA 5BRHA 1ZBIA 1NU0A 3M8RA 3H1QA 3F9KA 3DWLA 1N36K 4JKGB 4DSEA 4W5RA 2FSNA 4OKJA 3EY1A 2GUPA 4OJRA 4YDUA 2RF2A 1X9MA 3I33A 4DR1K 3DLRA 3E9OA 1J5OA 1EP4A 4LF7K 3AVKA 3CC7N 3VEYA 3CERA 4PL8A 4M3ZA 2OYQA 2OPRA 5HBMA 4CZGA 3O8MA 4C8MA 1V4SA 3P31A 3I56N 1U45A 5AQZA 1JLQA 3TI0A 1K9MO 4DR6K 1RDUA 3V9ZA 4DFMA 4IDKA 3LAKA 4O8UA 2YHWA 4CHNA 4BRQA 1XHZA 3M3ZA 4NCGA 1ASVA 5BREA 3AVAA 3O1BA 5D3GA 4FZZA 3IKMA 4M3RA 3OYCA 3PO4A 1HKBA 3KWIA 4PKGA 4H5TA 3CCRN 1IKXA 1ESVA 4IBNA 1V4TA 2NLXA 3THXA 1WSHA 1L3UA 4BRCA 4CF0A 3RMDA 3VQPA 3PUFA 2P9UB 3KLEA 3DOKA 4KHQA 4GW6A 4HCCA 4FLVA 4E3SA 1CZAN 2VWBA 2XRIA 4CJRA 4BROA 4W5OA 2O8FA 4QS7A 3V1RA 2A1SA 2VG6A 3JS6A 3VQCA 5HRSA 3U9DA 2YNFA 3SI6A 1NOYA 4EP5A 3VQEA 4H4OA 3DRRA 5M1NA 3THVA 2P9KB 4YNQA 3FFIA 1VSFA 3QEVA 2HVIA 1NKBA 3QB0A 2F4VK 3GL1A 5HRNA 1QSLA 3TAEA 3C94A 2HHUA 2ITMA 1U47A 5EVZA 3MAQA 4XH4A 4IFYA 4LH5A 3KLIA 1WNSA 3OYAA 3NH0A 1RTHA 3L2QA 2IS3A 1RBTA 4CIFA 2CH5A 2E2QA 2KQ2A 4AHCA 3J7ZO 1NK4A 2RKIA 3V1QA 3V1OA 4O5BA 1Q9YA 4QCLA 3Q7CA 4B3TK 2Y1IA 3TARA 5MLCQ 3O3GA 2FF6A 3DOLA 3CCMN 2GV9A 5C2DA 2UYTA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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