4BR5A

Rat ntpdase2 in complex with zn amppnp
Total Genus 140
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
140
sequence length
426
structure length
422
Chain Sequence
PALKYGIVLDAGSSHTSMFVYKWPADKENDTGIVGQHSSCDVQGGGISSYANDPSKAGQSLVRCLEQALRDVPRDRHASTPLYLGATAGMRLLNLTSPEATARVLEAVTQTLTQYPFDFRGARILSGQDEGVFGWVTANYLLENFIKYGWVGRWIRPRKGTLGAMDLGGASTQITFETTSPSEDPGNEVHLRLYGQHYRVYTHSFLCYGRDQILLRLLASALQIHRFHPCWPKGYSTQVLLQEVYQSPCTMGQRPGSAIVSLSGTSNATLCRDLVSRLFNISSCPFSQCSFNGVFQPPVAGNFIAFSAFYYTVDFLTTVMGLPVGTLKQLEEATEITCNQTWTELQARVPGQKTRLADYCAVAMFIHQLLSRGYHFDERSFREVVFQKKAADTAVGWALGYMLNLTNLIPADLPGLRKGTHF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords ECTONUCLEOSIDE TRIPHOSPHATE DIPHOSPHOHYDROLASE 2
publication title Crystallographic Snapshots Along the Reaction Pathway of Nucleoside Triphosphate Diphosphohydrolases
pubmed doi rcsb
source organism Rattus norvegicus
total genus 140
structure length 422
sequence length 426
ec nomenclature ec 3.6.1.5: Apyrase.
pdb deposition date 2013-06-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01150 GDA1_CD39 GDA1/CD39 (nucleoside phosphatase) family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4br5A01
3.30.420.150 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Exopolyphosphatase. Domain 2 4br5A02
2A41A 4BRKA 2D0PA 3SK3A 1TUUA 4IZ9A 1ESVA 1YAGA 2CGLA 4JD2A 1KAXA 3QBWA 1NGJA 1NGCA 4IJNA 4BQZA 5BR9A 3SJHA 3G25A 5KQDA 1MA9B 4B9QA 1Z6RA 3FZFA 4BROA 3O1BA 2HMPA 3P4IA 2EWSA 1RGIA 2IVNA 4AM7A 3VETA 4RTFD 4H5RA 3SMSA 4BR7A 1E4GT 4JD2B 3CQYA 3VENA 1X3MA 2YJFA 4FWMA 5EXWA 3WEEA 4CD3A 3GG4A 2QWNA 4BG9A 1LCUA 3VEWA 4BGBA 4XH4A 5F0XA 4B1ZA 5JMVA 1SQKA 5CE3A 3BF3A 4ISGA 3VOVA 2NRHA 1ZBSA 2ASMA 3WEEB 3ZX2A 1C0FA 4B1WB 1Z05A 4BGAA 1WOQA 4PKGA 3CIPA 5ELZA 1DKGD 3SLCA 2AA4A 1QZ5A 3H3NO 2CGJA 4I6MA 4DCHA 2A5XA 4PKHA 3FGUA 3VF2A 2GTDA 1X3NA 2FF3B 3IMXA 5AZJA 2V51B 4BR4A 2AP1A 1GLBG 3CHWA 5FPEA 1HUXA 2ZF5O 3H1QA 1QHAA 1U2VA 1KAZA 2V52B 1TUYA 4FL9A 2V7ZA 5AZJB 4CBUA 2NLXA 3ATUA 3QFUA 1K8KA 2QWMA 4BR2A 1RFQA 2P9LA 1U2VB 1ATRA 4B1YB 4F9OA 4H03B 3GOIA 2YHYA 2ZGYA 4ISFA 1K8KB 1S22A 5AFUA 1D4XA 2P9LB 1GLJO 4WQ4A 3C0BA 1V4TA 3IFRA 4BC3A 1GLFO 3WT0A 2FSNA 4O8KA 2YI1A 1QQNA 4CZEA 3A0IX 4H0VB 4FOEA 5BN8A 2YJEA 4XH1A 3O1WA 1MDUB 4A62A 2QW9A 3A8YA 1SAZA 3O08A 1KXPA 2QWPA 3MN6A 3DXMA 3CJ9A 2IVPA 3FZMA 4BREA 3WXIA 1GLEG 1NGFA 3HI0A 2GWKA 3GE1A 5AFUH 3DXMB 5LY3A 1BOTO 3HSCA 3KZBA 3VESA 2P9UA 3M1FA 5AQGA 4IO8A 2QWRA 2NZTA 5BPMA 3FZKA 3O8MA 1NGGA 4MO5A 3LDPA 2DPNA 2P9IA 3LDQA 2P9UB 1Y64A 4FO0A 5AQUA 2CGKA 5KPZA 5AQKA 4M7YA 5FPNA 3VEYA 1YXQA 4PL8A 5AQSA 2Q2RA 3VEVA 1H1VA 2BUPA 2P9IB 4WQ5A 1BO5O 4L3QA 4M63C 2P9PA 3VGKA 3ATVA 1BWFO 3D2EB 3BF1A 1XQSC 4BR5A 1XC3A 4BRDA 3OHRA 2P9PB 3MMVA 4H5VA 4PL7A 2E8AA 3CJBA 2CH5A 1NGHA 3MK6A 3L6QA 5TKYA 4K41A 4M7XA 4YDUA 4CI6A 4FWNA 3EO3A 3WXJA 1QZ6A 3EN9A 3C7NA 2J4RA 4H5WA 2GELA 3FZLA 3H1VX 1YUWA 3FR0A 4H0PA 4EFHA 2VCPA 4BRMA 4CZLA 3U8XA 2GEMA 2OANA 5EVZA 2PAVA 3WQUA 4J8FA 3CJ1A 1NGAA 4O5FA 2ITMA 3VGLA 3EZWA 2QM1A 3MCPA 4FWRA 3VEXA 4FWOA 1P8ZA 3KVGA 4XH5A 2P9NA 4QS7A 2F9WA 3LM2A 4FWSA 5LJWA 3UE5A 3LDOA 3EL2A 2VWBA 4I6MB 5KPRA 1T6CA 5AQNA 4EHTA 3HBTA 4H0YB 4BQLA 2P9NB 2FLOA 3HZ6A 1OKJA 3AARA 2P9SA 1HKGA 5EY4A 3W3DA 1S3XA 3A5OC 3UKRA 2KHOA 4CZJA 2PBDA 1HKCA 3FZHA 3LDNA 5AQLA 2P9SB 2I7NA 4RCHA 1G99A 5F1XA 5JICA 5AZIA 4AM6A 4BC2A 3U9ZA 3UKRB 3O6WA 5BRDA 4EAHD 4H0TB 3O5BA 4A2AA 4CJ7A 5BN9A 3BEXA 4FWKA 1ZC6A 5AQWA 3MDQA 5AZIB 2E1YA 5BRFA 1U6ZA 5KQ8A 4CZIA 1NBWA 4H5NA 3D7EO 3ZX3A 4B1XB 3AY9A 3O80A 5AQOA 3TPQA 3M3ZA 4MLEA 5AQRA 3VERA 1JCFA 1MWMA 1NGBA 3I33A 3R8EA 4BRFA 4H0XB 1HPMA 3HTVA 5AQMA 2FF6A 2E2QA 1XUPO 2P9KA 5AQFA 4A2BA 4FOIA 3O4WA 2ZGZA 3ULEA 3DAWA 4BG8A 1HLUA 3EKSA 4A61A 4WQ4C 3GDQA 4CBXA 5AQXA 4BRNA 1QQOA 3TU5A 4LC9B 5ADXH 2D0OA 2P9KB 4IXCA 3S41A 3ENHA 1T44A 4FWQA 1TYQA 3ULEB 2WUSA 1HKBA 5AQQA 4H5TA 3CETA 4KBOA 1JCGA 3VGMA 3I8BA 2E2OA 5EX5A 3HM8A 3M6GA 5JLHA 1KAYA 2GWJA 3ID8A 5I9EB 2E88A 2YCHA 2W41A 3WUHA 5B8HA 2A40A 2ASPA 5AQTA 2Q0RA 5BPLA 4JNEA 2YHXA 1DEJA 3EKUA 4E1JA 1NGDA 2UYTA 4GNIA 4QS9A 3A5NC 4CBWA 3QICA 2QWLA 4BRAA 4K25A 2E2NA 2E2PA 3L4IA 4K42A 4PKIA 1BUPA 4C23A 3ZX0A 3R6MA 5FPDA 3LL3A 3VPZA 4BRQA 2A6AA 3WXLA 2E20A 5F2RA 1NM1A 2QXLA 1ATNA 5BRHA 3RSEA 4BRHA 4WQ5C 4Z94A 3ZEUA 3CJ7A 3C7NB 3LM9A 4JHDA 1R59O 4BRCA 4CZKA 2IVOA 1HJOA 1LOTB 1ZXOA 1JCEA 3IUCA 2Q0UA 3AAQA 3RSEB 5KPTA 2HF3A 1X9JA 4CZHA 3H45C 4CD1A 3ZEUB 4Y0WA 1BG3A 4IWVA 3VF6A 4BVOA 4JHDB 4JN4A 4BR0A 1IG8A 3UB5A 4BRPA 4WYBA 3AAPA 3JS6A 4K43A 5E84A 2HOEA 1CZAN 3IDHA 2FXUA 4YDUC 3UKUA 3MN9A 2ZWHA 3VF4A 5LJVA 1BU6O 2F9TA 3LDLA 2A42A 3DWLA 4MO4A 3L0QA 3QDKA 4BRGA 5AQJA 3DXKA 3FFKB 3BP8A 1ATSA 3SMPA 3FLCO 3UKUB 1BA0A 2YHWA 3W0LA 3ZETA 3JXUA 3MN7A 4NB4A 2IIRA 2W40A 5BPNA 4JAXA 3H46O 5AQZA 1C0GA 3H6EA 4FSVA 3DXKB 3ZETB 5JLFA 1Q18A 1SZ2A 2V7YA 1J6ZA 1NMDA 1MWKA 2Q97A 4HTLA 3CI5A 4HWIA 1NGIA 4B1UB 4GY2B 5ADXA 4RWTA 1T6DA 3D2FA 4CZFA 3CJAA 2BTFA 4H0OA 5FPMA 1YVNA 2HF4A 2FSKA 1NLVA 3H3OB 4FPBA 3GL1A 1WUAA 4DHYA 2Q1NA 1E4FT 4BR9A 4NO7A 3D2FB 3R9PA 1BA1A 4ISEA 2QWOA 3GBTA 2GUPA 2FSJA 4EHUA 1V4SA 4BRIA 2I7PA 4FWLA 3KHYA 1NWKA 5E26A 1IJJA 5AQVA 1GLLO 2D1KA 4EIAA 4DQ8A 2E1ZA 2H3GX 4BC5A 3J8AA 4CZGA 3WQTA 1QQMA 3U4LA 2A3ZA 3QMLA 1GLDG 5AQHA 2QWQA 3A5MC 4FWPA 1GLAG 4BVPA 4B1VA 1HX1A 1NGEA 3QBXA 3VEZA 3ENOA 4FPAA 3QB0A 3BUZB 5BREA 1TYQB 4QS8A 3F9MA 3VEOA 3A5LC 2Q31A 2VYPA 2Q36A 2CH6A 4MLHA 2D4WA 4BC4A 3CQXA 4BRLA 5AQYA 3WXKA 4IJAA 5AR0A 4CZMA 1RDWX 3DJCA 5EOYA 3CERA 2ASOA 3FE1A 3U9DA 3B8AX 3QFPA 1DGKN 5AQPA 1EQYA 3D2EA 3CJCA 1BDGA 1GLCG 3MN5A 4XEIA 4DB3A 5AQIA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4BRKA 1ZYQA 4IZ9A 1YAGA 4FM0A 4JD2A 4B9MA 3K58A 3QBWA 3OYJA 4LF7K 3G25A 3CC4N 3F2KA 4CHOA 3O1BA 3VQDA 2EWSA 4BR7A 3SMSA 4FLWA 3CYMA 4JD2B 3CQYA 3VENA 4FWMA 3WEEA 4IEIA 4BG9A 1Q9YA 4IO9L 3VEWA 4FYDA 4FLYA 1IKXA 4XH4A 4O8UA 1SQKA 2W6KA 3CM6A 3D6RA 3BF3A 5CE3A 4CFBA 4CIEA 2NRHA 1ZBSA 3WEEB 1C0FA 1U4BA 4M3RA 4BGAA 2IGIA 4KH4A 2OTLN 4A59A 3K5NA 4M3TA 1W7AA 2A5XA 4CJ4A 5CZ1A 4M45A 2GTDA 4R79A 1U45A 3NH0A 5M1FA 4N47A 2AP1A 4BR4A 1GLBG 3EE8A 4CF9A 3CMEN 3TAEA 3H1QA 4KREA 3CC7N 4JKGA 4CF8A 3UIQA 1CZ9A 3LAMA 2RHKA 2NLXA 4AHCA 4B8CA 4JKAA 2QWMA 1KD1O 1QE1A 1NOYA 4NLBA 4OKKA 3GOIA 4JEPA 3OJUA 1J5OA 2BGGA 5IWAK 2ZGYA 1S1WA 3SQ0A 4B3SK 4M42A 4BE0A 1GLJO 5HRSA 1GLFO 1WN7A 4O44A 4O8KA 1L3TA 5KTQA 4DSJA 2RPIA 4PA1A 4H0VB 3O3HA 1NK8A 1RBRA 3KD5E 1T8EA 4G9ZA 4KRFA 4B9UA 1SAZA 1HMVA 1QVGM 3LAKA 3PIPL 4CJKA 3I56N 2IVPA 2WOMA 2DTUA 4CJFA 4OO1J 3WXIA 3CFRA 1VSJA 3V9XA 4HVJA 2VQFK 1FJGK 3QIOA 3D45A 2HBKA 3HSCA 3KZBA 2PZSA 4LFCK 3SQ4A 4DFJA 3FZKA 1NGGA 1N32K 2HNZA 3LDQA 1Y64A 1NJIO 3TAFA 2P5OA 4J2DA 3LALA 5HP1A 5AQKA 3VEYA 1YXQA 4PL8A 5AQSA 2GV9A 4WQ5A 1QS4A 2RF2A 2P9PA 3O9RA 4IG0A 3DLBA 2O8BA 4DV4K 1EO1A 1BWFO 3BGRA 2DFEA 4OPJA 3D2EB 3BF1A 5HRNA 1TKZA 4X65K 1VSDA 2P9PB 1JXEA 2XY5A 4H5VA 2JLEA 2XY8A 1ASUA 1NGHA 3AA4A 3WXJA 3EN9A 1XWLA 4YY3K 3OYGA 3OJSA 3FR0A 4H0PA 3CG7A 2NUBA 4EFHA 1RTDA 1NK7A 4CZLA 3S3NA 4H8KA 2PAVA 5KRTA 5KGXA 1JLQA 1X1PA 4J8FA 1NGAA 4OPKA 3VGLA 3EZWA 4FJMA 3VEXA 4XH5A 3SAHA 1VQ7N 3RR8A 4OGEA 3QLHA 1C0UA 5LJWA 1Q82O 4QAGA 3V9ZA 3VQPA 2XO7A 2RE2A 2ETJA 1DT9A 1U49A 2FLOA 2OTJN 5E41A 4DU4A 4DFPA 5EY4A 4JI2K 4OKEA 1BI4A 4YNQA 3SAFA 5C12A 1W0HA 1VQKN 4ELUA 2R7YA 3K57A 3CM5A 4CGJA 1OH5A 3HYFA 2Y1IA 2PFUA 1HKCA 3FZHA 5AQLA 1G99A 1SKSA 1BI4B 1SKRA 1SL0A 1U04A 5DM7L 4JK7A 4FJGA 3O6WA 1YTAA 1NJZA 1S1TA 4CFAA 1ITGA 4CHQA 4A2AA 5BN9A 4FWKA 5AQWA 3HM9A 1S9EA 2RKIA 2BE2A 3KLIA 2I5JA 3VQBA 4A5BA 1RTHA 3D7EO 3AY9A 1RBVA 3HPOA 3TPQA 4MLEA 5AQRA 4H0XB 1HPMA 3M8QA 3OVNA 5AQMA 4B08A 1NJYA 4JKBA 3CCMN 5AQFA 3O4WA 3G4SN 2ZGZA 4BG8A 4LH4A 5HRPA 2YNFA 3MX5A 1TV6A 4CBXA 2ZD1A 3HPHA 1KC8O 3OY9A 4NXNK 2O4GA 1T44A 2WUSA 1I94K 2YNHA 1W9HA 3L2WA 3THXA 1QHTA 1KVAA 3MWTA 3PO5A 1TKDA 1C0MA 3T1AA 3HVTA 3EZ5A 2QEXN 4FXDA 5MLCQ 3TTCA 5AQTA 5BPLA 5JVGL 1YI2N 4JNEA 4E1JA 3DLLL 4WCEL 1K9MO 3A5NC 3VQCA 4K25A 2KZMA 1XHXA 4FLTA 3L3VA 3L4IA 4K42A 4NCAA 3K9JA 4C23A 4JKEA 3OYHA 3I8DA 4IFEA 5F2RA 4YOUA 5LMNK 1ATNA 3RMBA 2IS3A 2Z1HA 4OVLA 2HBLA 1S6QA 4BRHA 4DR4K 4YFUA 1TL3A 1C0TA 4J2EA 4WQ5C 4Z94A 3HOTA 1QSSA 1HNZK 1JLGA 1WSGA 1T7PA 3CJ7A 4CF1A 3C7NB 4J2AA 2IVOA 1F21A 5LL6Z 2QKKA 1MU2A 2Q0UA 3AAQA 5KPTA 2HF3A 4KB1A 1X9JA 1NKEA 2BDPA 2YNIA 4B3RK 4BE1A 4IWVA 3VF6A 3KK2A 4AHSA 2LSNA 4K43A 3NF8A 3UKUA 1CZAN 3T19A 2FXUA 1VAZA 2ZWHA 3LP0A 2F9TA 1SL2A 3QDKA 3Q7CA 4BRGA 3WNEA 4JK8A 3MXMA 3FFKB 2NRRA 1ATSA 3UKUB 3ZETA 4R5PA 4CHZA 4OX9K 1N36K 4NB4A 4M3UA 2YX6A 4PY5A 3QINA 4KKOA 4JAXA 1RT4A 3H46O 3CCQN 2ZQBA 1HPZA 1Q9XA 2P51A 3AVKA 4ILJA 2UXDK 2VWJA 3ZETB 2NRTA 1Q18A 3OYDA 3QO9A 1J6ZA 2WFBA 4LF9K 2Q97A 2JWKA 1QQCA 4FJ9A 2FBVA 4CK2A 3BZCA 2HHVA 4FJ8A 1T6DA 2JGUA 3RMCA 2HB5A 3VA0A 1NLVA 4CJVA 1WUAA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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