4BR5A

Rat ntpdase2 in complex with zn amppnp
Total Genus 140
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
140
sequence length
426
structure length
422
Chain Sequence
PALKYGIVLDAGSSHTSMFVYKWPADKENDTGIVGQHSSCDVQGGGISSYANDPSKAGQSLVRCLEQALRDVPRDRHASTPLYLGATAGMRLLNLTSPEATARVLEAVTQTLTQYPFDFRGARILSGQDEGVFGWVTANYLLENFIKYGWVGRWIRPRKGTLGAMDLGGASTQITFETTSPSEDPGNEVHLRLYGQHYRVYTHSFLCYGRDQILLRLLASALQIHRFHPCWPKGYSTQVLLQEVYQSPCTMGQRPGSAIVSLSGTSNATLCRDLVSRLFNISSCPFSQCSFNGVFQPPVAGNFIAFSAFYYTVDFLTTVMGLPVGTLKQLEEATEITCNQTWTELQARVPGQKTRLADYCAVAMFIHQLLSRGYHFDERSFREVVFQKKAADTAVGWALGYMLNLTNLIPADLPGLRKGTHF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Crystallographic Snapshots Along the Reaction Pathway of Nucleoside Triphosphate Diphosphohydrolases
pubmed doi rcsb
source organism Rattus norvegicus
molecule tags Hydrolase
molecule keywords ECTONUCLEOSIDE TRIPHOSPHATE DIPHOSPHOHYDROLASE 2
total genus 140
structure length 422
sequence length 426
ec nomenclature ec 3.6.1.5: Apyrase.
pdb deposition date 2013-06-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01150 GDA1_CD39 GDA1/CD39 (nucleoside phosphatase) family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4br5A01
3.30.420.150 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Exopolyphosphatase. Domain 2 4br5A02
1DGKN 1H1VA 5JMVA 1U6ZA 4BR5A 3I33A 2E2QA 2IVPA 3WXJA 3ID8A 4CZFA 2FF6A 4IJAA 4CZLA 4IO8A 4BVPA 3F9MA 5FPNA 3VERA 4BGBA 5AZJA 3DWLA 5AQQA 4CBXA 2YJFA 2KHOA 4CZEA 3CJBA 3CJAA 4IWVA 4B1VA 4BC5A 3VEZA 3M6GA 2NZTA 4H0XB 1Q18A 1NM1A 3GBTA 3D2EB 4FWKA 1TYQA 5AQLA 3VENA 1GLLO 1NGIA 1BU6O 3QBXA 1DEJA 4EHTA 3SLCA 2VCPA 2FXUA 1U2VA 4FPAA 3FE1A 2EWSA 3QDKA 5JICA 5AQGA 2DPNA 5BPMA 2ZWHA 3GOIA 2GWJA 3MCPA 1T6DA 1HKCA 1KAXA 2P9UA 3CIPA 3R9PA 4FSVA 4FWMA 2QWPA 5AQYA 4XEIA 3LDLA 5AR0A 3VEOA 4CI6A 1HJOA 4B1WB 1XQSC 1Y64A 2E2PA 3ATUA 5AQOA 2V7ZA 3R6MA 2Q2RA 2Q36A 3W0LA 2CH5A 4H0PA 3VEWA 3J8AA 2QWRA 4JN4A 2HMPA 4J8FA 4KBOA 1QHAA 2Q1NA 2YI1A 4AM7A 1X3NA 3RSEA 4MLEA 2IVOA 3MK6A 3MDQA 2E2NA 2YHYA 3A0IX 1YXQA 2HF3A 4H5TA 4CZKA 1IG8A 3DXKA 3O80A 2PAVA 1T44A 1BUPA 4FWPA 4JAXA 4CZJA 5ADXA 3O08A 3C7NA 4CZGA 4EFHA 3AAQA 2BUPA 1RFQA 2F9TA 4M7XA 2I7NA 4CD1A 3H1QA 4M63C 2WUSA 4B1ZA 3FZMA 4PL7A 4FWNA 4IZ9A 4XH5A 1HX1A 2A41A 4BRQA 4MO5A 5TKYA 4BRKA 3HM8A 2GTDA 4A2AA 1X9JA 3DXMA 3UKUA 3C0BA 1E4GT 2E1YA 3U4LA 2FSNA 4QS8A 2P9SA 3AY9A 2OANA 3H46O 3WXKA 4QS7A 1ESVA 3FGUA 2P9PA 4WYBA 4BR4A 4O5FA 2QW9A 3BP8A 4ISGA 3HBTA 2QWMA 3QFUA 4H0OA 2CGKA 4F9OA 5EXWA 1NGBA 1GLFO 3O1BA 5AQPA 5EX5A 3CJ9A 5AQVA 4WQ4A 2ZGYA 4PKIA 5AQZA 2QM1A 4PKHA 2F9WA 1YUWA 3O6WA 3VF4A 4BRPA 3GE1A 4YDUC 1TUUA 4K42A 5AQRA 4M7YA 5BN8A 5AQTA 5F2RA 1U2VB 5KPRA 2D0PA 2YJEA 1SQKA 2GUPA 3O8MA 3H6EA 3L0QA 3BF3A 2P9NB 3SMSA 2GWKA 4EAHD 1MWMA 5AQIA 3EO3A 4B1YB 3GG4A 5EOYA 4DCHA 1KAZA 3QFPA 3MN5A 1ZXOA 3O1WA 1YAGA 2A3ZA 2A5XA 1V4TA 4BC2A 1S22A 1D4XA 3FZHA 3A8YA 1QZ6A 3IUCA 3L4IA 3EN9A 4JD2A 5EY4A 3HI0A 3CJ7A 3C7NB 4BQZA 1NGHA 5FPMA 1NGAA 2ASOA 2Q31A 3CJCA 3MMVA 3ZEUA 1YVNA 3IFRA 2Q0UA 4Y0WA 3ULEA 3FFKB 3O4WA 2E20A 4QS9A 1HLUA 3HZ6A 2V7YA 3DXKB 1ZC6A 4K25A 3AAPA 1XUPO 4PKGA 2E2OA 3ZETB 5AQNA 1R59O 3EKUA 3MN7A 2Q0RA 2ITMA 3UKRA 4I6MB 5BPLA 3QBWA 3SK3A 2A6AA 3LM9A 3VF6A 3OHRA 1Z6RA 4BRHA 3SMPA 2H3GX 1NBWA 1S3XA 1T6CA 2VYPA 3H3NO 1IJJA 2D0OA 3VF2A 5E84A 3ZETA 4MO4A 4FWOA 1P8ZA 4FOEA 3ENOA 4A62A 1NGCA 2P9IA 1LOTB 4DB3A 5LY3A 4ISEA 4BRDA 4AM6A 1QQNA 1BDGA 2NLXA 1BG3A 3A5NC 2D1KA 3VGKA 2Q97A 3LL3A 4JD2B 1QQOA 1BA1A 4NO7A 1RGIA 3LDPA 1BA0A 4H5VA 4FWQA 4CD3A 3CQYA 3JXUA 1C0GA 4EIAA 1MDUB 4H0YB 1HKGA 3GL1A 4BQLA 5AQKA 3L6QA 3ZEUB 2FSKA 3GDQA 5B8HA 1E4FT 3H45C 4HTLA 1GLEG 3M1FA 2J4RA 4K41A 4DQ8A 2ZF5O 3JS6A 3FZKA 1OKJA 4BRNA 4GNIA 4BG8A 4BRIA 4BC4A 5AQMA 2E88A 3VESA 4PL8A 3VEXA 1KAYA 3VETA 3MN6A 4BR0A 2AA4A 5KPZA 4CZMA 3WQTA 1CZAN 1MWKA 4NB4A 1C0FA 3WXIA 2P9LB 1K8KA 1GLCG 3EL2A 4BR9A 4RWTA 4BVOA 2CGJA 3BEXA 2BTFA 2P9LA 3BF1A 4FWSA 4FPBA 1NGDA 1BOTO 4IJNA 1J6ZA 5AQSA 4BR7A 3RSEB 4CZHA 3U9ZA 3U8XA 3ZX0A 4CZIA 4DHYA 3WT0A 1QQMA 3HTVA 3VOVA 3WXLA 3IMXA 3W3DA 3O5BA 4WQ5A 3EZWA 3UKRB 1TUYA 1XC3A 3FZFA 1NGEA 2P9SB 3TU5A 3D2EA 1V4SA 4A2BA 1LCUA 3LM2A 2I7PA 3UE5A 2V52B 2QWNA 4RTFD 5FPEA 3CQXA 3P4IA 1NMDA 5E26A 2P9PB 2ASPA 2A42A 4JHDA 4B1UB 4HWIA 3H3OB 4BG9A 3G25A 1JCEA 3ATVA 3HSCA 4MLHA 4FWRA 5KQ8A 2A40A 2FF3B 5KPTA 3EKSA 4JHDB 2UYTA 3U9DA 1KXPA 3DXMB 3UKUB 5I9EB 4B1XB 5ELZA 2E8AA 3AARA 2ASMA 3ZX2A 3LDNA 5BR9A 2E1ZA 4C23A 3KVGA 3B8AX 2YCHA 3KHYA 3TPQA 1MA9B 1Z05A 1GLBG 5AQUA 3D2FB 3KZBA 5EVZA 4CJ7A 4BC3A 5BRDA 4H5WA 4BRAA 4BRCA 2GEMA 1HKBA 5JLFA 4BROA 2W41A 3CETA 4JNEA 1RDWX 4WQ4C 4B9QA 3DAWA 1BO5O 2GELA 1GLJO 5AZIB 3UB5A 2IVNA 4EHUA 4FO0A 5BRFA 4BREA 2QWOA 1NGJA 2YHWA 3H1VX 3I8BA 2P9KA 4L3QA 4YDUA 1NLVA 4K43A 3ULEB 1HPMA 3VEVA 5BPNA 1DKGD 4FL9A 1X3MA 4BGAA 2VWBA 3QICA 2P9KB 2V51B 4H0VB 5LJVA 2P9UB 1NGGA 2CH6A 4BRMA 5AQHA 5AZIA 4FOIA 2QWLA 3QB0A 1WOQA 4A61A 3QMLA 3WUHA 4ISFA 1TYQB 3FR0A 5ADXH 1NGFA 3D2FA 4LC9B 5AQFA 4BRGA 3FLCO 5LJWA 1K8KB 3WQUA 2P9NA 3A5MC 4IXCA 1JCGA 3MN9A 4RCHA 3LDQA 2PBDA 1GLDG 2FSJA 3A5LC 3CJ1A 2IIRA 5BRHA 2W40A 4Z94A 1G99A 5BN9A 5AZJB 3A5OC 1GLAG 5BREA 2HOEA 4O8KA 5AQWA 3D7EO 5KQDA 1QZ5A 1HUXA 3BUZB 2AP1A 3VEYA 4FWLA 3CHWA 3ZX3A 4XH4A 3M3ZA 1NWKA 5CE3A 5FPDA 1SZ2A 4WQ5C 4H5NA 5AFUA 2QWQA 1ATRA 4XH1A 5AQJA 5JLHA 4BRFA 3VGLA 3S41A 5AFUH 3FZLA 3IDHA 1WUAA 3WEEB 3VGMA 2FLOA 4CBWA 1ATSA 1ZBSA 1SAZA 3CI5A 4GY2B 2HF4A 4I6MA 2ZGZA 3R8EA 4BRLA 3WEEA 2P9IB 3VPZA 2QXLA 1BWFO 1EQYA 4H03B 3LDOA 2NRHA 1ATNA 3CERA 4H0TB 1JCFA 2CGLA 4E1JA 2D4WA 3DJCA 4H5RA 5F0XA 4CBUA 3ENHA 4BR2A 2YHXA 5F1XA 3SJHA 5AQXA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3I33A 2E2QA 4GMJB 3VQ8A 2FF6A 4CZLA 2XRIA 1HNVA 5FPNA 4BGBA 4L8RB 4F3TA 4CBXA 2KHOA 2ZJRL 1L3UA 4B1VA 2QK9A 3I0RA 4UQGA 2HNZA 1ZYQA 1QTMA 3G10A 4DR4K 4DFPA 4H0XB 4DSJA 4X64K 3DRPA 3QEPA 1RDAA 5AQLA 1NK0A 4DSLA 1L5UA 4EHTA 3EE9A 4CGIA 2F7TA 4FZYA 2VCPA 3S3MA 2FXUA 3FE1A 4FJMA 3SJJA 1X9WA 2DPNA 4DQQA 5I3UA 3I56N 2GWJA 4DV2K 3M8SA 1T6DA 2HBMA 2YNGA 1HKCA 1KAXA 4DF8A 3MX5A 4FSVA 1YITN 2QWPA 5AQYA 4B3OA 4XEIA 3LDLA 4CI6A 1HJOA 2OA8A 3TARA 2Q2RA 3D0PA 3DLHA 3VEWA 3NVMA 4PUOA 4JN4A 3OYBA 4Y1CA 3E01A 2PFUA 1X3NA 1TKDA 2IVOA 3TABA 4CECA 3AVHA 4DU4A 4OVLA 4B9UA 3OBWA 3FFIA 3L3UA 4I9LA 1TKZA 1BUPA 3U3YA 3AA5X 4HUFA 4JAXA 4DTOA 3RR7A 3M8QA 3F9KA 2VGNA 3OYGA 3ZSRA 4OKKA 4B1ZA 2YNFA 3KK3A 1HNWK 3CD6N 3J7YP 3TAGA 4BRKA 5TKYA 1Q86O 3KK1A 3PSFA 3IG1A 3JYTA 3HM8A 2R7YA 1CLQA 1X9JA 3E9OA 4ILJA 4FZXC 3SV3A 3UKUA 4G9ZA 3SQ0A 1T03A 4QS8A 1K73O 3MX2A 4BE1A 2OANA 1C0MA 5HROA 3SNNA 2KZZA 1ESVA 3RMCA 2P9PA 1NOYA 4BR4A 4O5FA 3HBTA 3QFUA 3EYZA 4H0OA 3H08A 4CHQA 3DLGA 3V1QA 4CESA 1ZBUA 4F9OA 3AVLA 4CHOA 1VQON 4LF4K 4J2AA 4CIFA 5AQPA 3MXJA 1WAFA 2ZGYA 1SL0A 2QM1A 3CPEA 4BRPA 2F9WA 3O6WA 4E7JA 1S1XA 4IEEA 3K5OA 4YDUC 4M7YA 3HT3A 4FK4A 3AO3A 1U2VB 4FJ8A 5HRPA 1RBUA 1SQKA 1L3TA 4FLYA 4YOUA 4BE2A 1X9SA 2NRZA 3DMJA 4JKAA 3DLEA 5AQIA 5GAHP 1QVGM 3QO9A 3GG4A 4CHPA 1W97L 1N5YA 1KTQA 1VQPN 3QFPA 1ZXOA 1HR0K 3NH1A 1D9DA 5M1KA 1QZ6A 4GW6A 3QEXA 2XY7A 3JSMA 2ITGA 4CJ5A 4JD2A 4DFKA 4AHTA 3ENBA 4BQZA 3KKSA 3L3VA 1LV5A 3CJCA 3MMVA 1B9FA 4I7FA 1WB9A 4QS9A 2E20A 3OYLA 1JL1A 3D45A 1I3AA 4IBNA 5MLCQ 3TWHA 4IG3A 2E2OA 3AO2A 3PX0A 1BQNA 1R59O 3MN7A 2Q0RA 3KWIA 1JKHA 3VF6A 1Z6RA 4DV1K 4CEDA 4CK3A 2H3GX 1NBWA 1S3XA 1T6CA 2VYPA 3E66A 2D0OA 5E84A 1TAUA 1P8ZA 3L2QA 3ENOA 1FJGK 1LOTB 3G71N 1VQ9N 4AM6A 1QQNA 1WN7A 4JKDA 2O4GA 1BG3A 2D1KA 4HVJA 4JD2B 4EZ6A 4NO7A 3IKMA 4GVMA 1BIZA 3L2UA 4H5VA 4YY3K 2KTQA 4EIAA 4H0YB 1QSSA 3PV8A 3LP2A 1YJWN 1VK0A 3K59A 4ICLA 1GLEG 3M1FA 3HPGA 2GUIA 4RW6A 5KGXA 1RDCA 3MWTA 4BRIA 4Y1DA 1WSHA 4BC4A 1TK5A 1LWCA 3MN6A 3MEGA 2UU9K 3HVRA 1NJWA 4B9MA 1MWKA 4NB4A 4DQSA 4ID1A 1HQUA 4NXMK 3WXIA 1K8AO 4BR9A 3PY8A 4M3UA 4BVOA 4PA1A 3P39A 3BF1A 4FWSA 1BOTO 1J6ZA 4BR7A 4B9NA 4CZHA 1HYSA 3ZX0A 1LAWA 4DHYA 1EWQA 2NRVA 4OO1J 3WT0A 3HTVA 3VOVA 4OJRA 4YFUA 1TUYA 2I5JA 3V9WA 3TU5A 1TGOA 3VA0A 1ZBFA 1V4SA 4CJFA 4KTWA 3CC7N 5FPEA 1TK8A 1Q8IA 2HBJA 3ZCMA 1ZBIA 1VSHA 3OYHA 1RDUA 4BE0A 4HWIA 1SKWA 3ATVA 5KQ8A 2NRWA 4HHTA 2A40A 5KPTA 1Q82O 1WLJA 3EKSA 3CCQN 3OYFA 3NF7A 3AARA 3DLRA 4H4MA 3ZX2A 3LDNA 3V1OA 2E1ZA 4C23A 3B8AX 3KHYA 1S1VA 3VQEA 3THVA 4WF9L 4FVUA 3KZBA 4CJ7A 4BC3A 1NKBA 5A2QO 1IO2A 4H5WA 3AVNA 4BRCA 2GEMA 2XY6A 3P83D 4IDHA 4AH9A 3T1HK 4FJHA 1BO5O 2FBTA 3THYB 4KPYA 5AZIB 4AHUA 3UB5A 2IVNA 4Z4FA 4FO0A 3CXCM 4DUZK 2YV0X 3KLFA 3I8BA 1N32K 3F73A 1NLVA 3ULEB 1HPMA 2E5LK 3HK2A 2WC9A 4KV8A 4C8NA 1X3MA 4E89A 3VQ7A 3DLKA 4YNQA 1KFSA 4H0VB 1Q9YA 4AILC 4OLBA 1NGGA 5M1NA 1VQNN 1RILA 4CGDA 3DOLA 1RT2A 3KK2A 1NK9A 1SV5A 4DV3K 4A61A 3WUHA 3QESA 1SL2A 3AO4A 1TYQB 1NGFA 4JI3K 3D2FA 1VSMA 4LC9B 4OGCA 4DLGA 3FLCO 5LJWA 3VQAA 4F2SA 4M3YA 4ELVA 4IXCA 1JCGA 5T7BA 4HUEA 1JLGA 2FSJA 2IIRA 5BRHA 2W40A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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