4BR5A

Rat ntpdase2 in complex with zn amppnp
Total Genus 140
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
140
sequence length
426
structure length
422
Chain Sequence
b'PALKYGIVLDAGSSHTSMFVYKWPADKENDTGIVGQHSSCDVQGGGISSYANDPSKAGQSLVRCLEQALRDVPRDRHASTPLYLGATAGMRLLNLTSPEATARVLEAVTQTLTQYPFDFRGARILSGQDEGVFGWVTANYLLENFIKYGWVGRWIRPRKGTLGAMDLGGASTQITFETTSPSEDPGNEVHLRLYGQHYRVYTHSFLCYGRDQILLRLLASALQIHRFHPCWPKGYSTQVLLQEVYQSPCTMGQRPGSAIVSLSGTSNATLCRDLVSRLFNISSCPFSQCSFNGVFQPPVAGNFIAFSAFYYTVDFLTTVMGLPVGTLKQLEEATEITCNQTWTELQARVPGQKTRLADYCAVAMFIHQLLSRGYHFDERSFREVVFQKKAADTAVGWALGYMLNLTNLIPADLPGLRKGTHF'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule keywords ECTONUCLEOSIDE TRIPHOSPHATE DIPHOSPHOHYDROLASE 2
publication title Crystallographic Snapshots Along the Reaction Pathway of Nucleoside Triphosphate Diphosphohydrolases
pubmed doi rcsb
source organism Rattus norvegicus
molecule tags Hydrolase
total genus 140
structure length 422
sequence length 426
ec nomenclature ec 3.6.1.5: Apyrase.
pdb deposition date 2013-06-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01150 GDA1_CD39 GDA1/CD39 (nucleoside phosphatase) family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4br5A01
3.30.420.150 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Exopolyphosphatase. Domain 2 4br5A02
1NGCA 3SK3A 3ENHA 4CZIA 5FPEA 2EWSA 1HPMA 4MO4A 2UYTA 3MN5A 3CJ1A 4JHDB 4BQLA 3O5BA 3CJ9A 4PL7A 2YJFA 2YI1A 2YJEA 2AA4A 5AQTA 3LDPA 3M3ZA 2A5XA 2A40A 1MDUB 3FZMA 4B9QA 2E20A 4DB3A 2Q36A 2NLXA 2QWNA 4WQ5C 1GLDG 3L6QA 1KAXA 2HOEA 4FOEA 4PKHA 1Z05A 3H45C 3R6MA 3H1QA 4RTFD 5FPMA 4BG9A 1QQOA 3VEZA 1BUPA 4ISEA 2QWRA 4WQ4A 4EHUA 3LM2A 3FE1A 5F1XA 3CJAA 1BA1A 2QXLA 4JAXA 4FWRA 3DXKB 1K8KA 4CZEA 4CZFA 2QWPA 5KPTA 4I6MA 4H5VA 2KHOA 5LJVA 5AQOA 2AP1A 1SQKA 3DXKA 4FWQA 4WQ4C 2VYPA 4JNEA 3A5MC 1YXQA 1GLFO 2E2NA 5AQQA 3MN7A 4BR7A 4H0VB 1NGEA 3MMVA 2PAVA 2E2PA 3OHRA 4J8FA 4BC4A 1P8ZA 1BA0A 5AQRA 1MA9B 2NRHA 4JD2B 5BRFA 1ATRA 2GEMA 5EOYA 5B8HA 2QWOA 1MWKA 3W0LA 4PL8A 3RSEA 3QICA 4M7YA 2IVPA 4JD2A 1GLAG 4FPBA 3SLCA 3GG4A 1JCEA 3G25A 3VEOA 3H1VX 4O8KA 3CJBA 5ADXH 2E8AA 1NMDA 1IJJA 3ATVA 3VGMA 1NGBA 4DCHA 4ISFA 2I7NA 2V7YA 1NBWA 3KVGA 3VEVA 4DQ8A 4H5WA 2V52B 2GUPA 4FWNA 2V51B 2QM1A 1LCUA 2WUSA 3JS6A 2P9NB 2FF3B 2J4RA 1T6CA 3O6WA 4PKGA 1V4TA 4L3QA 3A5NC 4CZHA 2P9NA 3VETA 1QHAA 2IVNA 3CERA 4H0TB 1Q18A 2P9KB 3J8AA 3FLCO 3WUHA 2A6AA 1XUPO 3LDQA 1U2VB 4B1ZA 1DEJA 5LJWA 2P9KA 1TYQB 4MLEA 1C0FA 1CZAN 1Z6RA 1RFQA 2D4WA 1TYQA 4QS7A 2P9LB 1GLBG 5I9EB 3VEYA 3QBXA 5BPMA 5BREA 4IJNA 5AQIA 1NLVA 2QWLA 3LL3A 3VF6A 3CQYA 1RGIA 3M1FA 2D0PA 4B1UB 4KBOA 1QZ5A 4RWTA 3IDHA 3LM9A 3FZHA 5E26A 2E1ZA 3EKUA 4FWMA 4K41A 5FPNA 1KXPA 1HKGA 3A5LC 3WT0A 4BQZA 4BRIA 4BC5A 4ISGA 3VEXA 3GE1A 3HSCA 2GELA 3WXLA 2BUPA 5AR0A 4WQ5A 3QFUA 4M63C 3WQTA 2HMPA 3ID8A 3UKRB 4MO5A 4AM6A 1JCGA 1E4FT 4H5TA 5BRDA 1TUUA 2OANA 2ASOA 1GLLO 5E84A 3UKRA 3ATUA 3WQUA 3VF2A 4A62A 2GTDA 5AQVA 1XQSC 3BF3A 3VERA 1V4SA 4BRGA 1K8KB 5AQKA 4I6MB 3VPZA 2V7ZA 2Q0UA 3GL1A 3JXUA 4K42A 5EX5A 2YHXA 2FSKA 1T44A 4BRAA 1YVNA 1HUXA 4O5FA 4LC9B 3ZETB 5JLHA 1TUYA 1BWFO 4CZJA 3VOVA 3CJ7A 4CZGA 5KPRA 3ZETA 3KHYA 4FSVA 4BG8A 3RSEB 4K43A 3C0BA 1DGKN 4FWOA 1YUWA 3L4IA 3VENA 4FL9A 1S22A 3QBWA 1WUAA 4BREA 3H3NO 4CZKA 2FSJA 1XC3A 3MDQA 4YDUC 3UKUB 1BG3A 4HTLA 4CZMA 3MCPA 1GLCG 3EN9A 3FGUA 3UKUA 2VCPA 2YCHA 4FO0A 2YHYA 4IWVA 5AZJB 5AQNA 3EKSA 1JCFA 4H0YB 4FWSA 3WXIA 4EFHA 2A3ZA 3ULEB 1T6DA 2DPNA 3D2EA 3LDOA 3EO3A 1MWMA 3SJHA 5JLFA 3CETA 5AZJA 5JMVA 5AQYA 3O8MA 2YHWA 3TU5A 5CE3A 2PBDA 2W40A 3ULEA 3A5OC 2E2OA 4F9OA 2GWKA 3CIPA 3IMXA 2W41A 2P9SB 2CH5A 2E1YA 4CI6A 5AFUA 3QDKA 3UB5A 1BO5O 3IUCA 3FZFA 2ZGYA 1ZBSA 3HM8A 5BR9A 4BC3A 4BC2A 2P9SA 1ZC6A 3H3OB 4FWKA 1BOTO 2ASMA 1NGAA 1NGHA 3QFPA 4XH5A 3U9DA 4B1VA 5JICA 1YAGA 4Z94A 2CGLA 3LDNA 2FLOA 1NGIA 1HX1A 1LOTB 3HI0A 3BF1A 3L0QA 2D0OA 4EAHD 4CBXA 4IZ9A 3I8BA 3IFRA 1GLEG 3WXJA 4BRFA 5AZIB 4DHYA 5AQMA 3AAQA 3W3DA 4FWLA 2FF6A 1NWKA 3FZLA 3MK6A 5AZIA 5EVZA 3BP8A 2FXUA 3CJCA 4XEIA 5ELZA 4BVOA 4GY2B 4B1WB 4XH4A 5AQFA 3DXMB 3KZBA 4EHTA 2ZGZA 1BU6O 4H5NA 2Q1NA 1X9JA 1IG8A 2BTFA 4H0PA 3DXMA 3ZX0A 4E1JA 1QZ6A 4H0XB 3UE5A 2Q2RA 3EZWA 2P9UB 3F9MA 3C7NB 3HTVA 4JN4A 4A2BA 5AQGA 3A8YA 3U9ZA 3U4LA 3FFKB 4IXCA 5F2RA 2P9UA 4QS9A 3WXKA 3C7NA 1HJOA 3M6GA 5F0XA 2A42A 3ENOA 1KAZA 3VEWA 4BROA 3VESA 4BR9A 1Y64A 4CJ7A 1X3NA 4BR2A 3P4IA 4FOIA 4EIAA 2H3GX 4CD3A 1HKBA 4RCHA 1ATNA 3FR0A 2VWBA 4JHDA 2ZWHA 4NB4A 1SZ2A 3ZEUB 3HZ6A 2ZF5O 3O1WA 3VGLA 1D4XA 2D1KA 2IIRA 5KPZA 5LY3A 1QQMA 2ASPA 3ZEUA 2F9TA 1ZXOA 3O1BA 3QB0A 4YDUA 3BUZB 1C0GA 4BR0A 2F9WA 4BRQA 5BRHA 3D7EO 2Q31A 5BPLA 5AFUH 1E4GT 4IO8A 1X3MA 3H46O 3AARA 3VGKA 4A61A 4PKIA 2P9IB 2P9PB 3D2EB 4CBWA 3LDLA 4BRKA 3CQXA 3VF4A 3D2FB 4BRDA 4BGAA 4K25A 4A2AA 2P9IA 2P9PA 3HBTA 3MN6A 5AQJA 1ATSA 5AQUA 3ZX2A 3EL2A 3D2FA 3AY9A 2HF3A 1G99A 3CI5A 3H6EA 5TKYA 4BRCA 4BVPA 4C23A 2A41A 1OKJA 4H0OA 4AM7A 1QQNA 3WEEB 4QS8A 5AQPA 4M7XA 3FZKA 1NM1A 3GDQA 1H1VA 3MN9A 4NO7A 3O80A 5FPDA 1EQYA 5AQXA 2FSNA 3SMPA 4MLHA 3WEEA 1ESVA 2GWJA 2Q0RA 3CHWA 4IJAA 3SMSA 4HWIA 3U8XA 3O4WA 1J6ZA 2HF4A 1NGGA 2Q97A 5AQHA 4FWPA 4CBUA 4GNIA 1R59O 5KQ8A 5BN8A 4CD1A 5AQLA 2I7PA 1NGFA 1SAZA 4FPAA 5EY4A 4BRLA 1NGJA 3S41A 2E2QA 5BPNA 2NZTA 5EXWA 1S3XA 4H5RA 3R9PA 1KAYA 1DKGD 1WOQA 2IVOA 1RDWX 5ADXA 4BRPA 2E88A 3R8EA 4BR5A 4B1YB 4CZLA 1NGDA 2QWQA 3QMLA 1U2VA 2CH6A 3ZX3A 3TPQA 1U6ZA 4WYBA 4BRMA 4XH1A 1HKCA 5KQDA 3AAPA 3O08A 5BN9A 5AQSA 2QW9A 3GOIA 3BEXA 3I33A 5AQWA 4BRNA 2ITMA 4B1XB 1GLJO 2P9LA 4BRHA 4BR4A 5AQZA 3DAWA 2CGKA 3GBTA 2CGJA 2QWMA 3A0IX 4Y0WA 4H03B 4BGBA 3B8AX 1HLUA 3DJCA 1BDGA 3DWLA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1NGCA 4CZIA 5FPEA 4FLXA 3SAHA 4FLTA 4M41A 3QETA 2DFEA 4C1NK 4JHDB 4KAZA 4KKOA 4KTQA 3O5BA 4IG3A 2YI1A 2KFZA 1EETA 3QLHA 3B6OA 1TAUA 3FZMA 3ZT3A 4B9QA 4DB3A 4PA1A 5C25A 2HOEA 3LP3A 3B6PA 4DTXA 5FPMA 3BZCA 1QQOA 4K0KK 4ISEA 1ASWA 3CJAA 4WFAL 1BA1A 2QXLA 3QEVA 1L3TA 2YNFA 3KLHA 2KHOA 1N8RO 2AP1A 2F4VK 3VQ4A 4CGJA 1LAWA 4M3ZA 4JNEA 4AHUA 4CJUA 2E2NA 3G6EN 2OZMA 3MN7A 4BR7A 3MMVA 4J8FA 4BC4A 1P8ZA 1BA0A 3ZSWA 1WAJA 2QWOA 4BWMA 5C2DA 2JWKA 4KTZA 2WONA 2IVPA 5J2NA 5M1OA 1GLAG 5FROA 1JCEA 3SUOA 3H1VX 1JLBA 3QINA 5ADXH 1KD1O 5FDLA 5GINA 4Z4HA 4DCHA 3RMDA 4DR3K 3LPUA 1KCFA 3AVLA 2V52B 2ZJRL 2QM1A 1LCUA 2WUSA 3EE9A 3VQAA 2P9NB 2FF3B 2J4RA 2KLAA 3AA4A 3TANA 1KSPA 4WFBL 4UQGA 1VQKN 3A5NC 3DLHA 5E41A 4E7LA 1TK0A 3CERA 2Z1IA 2XRIA 4O44A 3JSMA 3UIQA 4B1ZA 2QEXN 1BGXT 1QSSA 1VSIA 1WSFA 2P9KA 3NCIA 1C0FA 3N4QA 1YJWN 1RCHA 4M42A 1R0AA 1N6QA 3KD5E 4DR4K 2D4WA 3K59A 3CC4N 1K8AO 1TYQA 4DTNA 4RW6A 3K57A 3AVKA 2VQFK 5M1KA 4QS7A 4DQPA 2NRVA 1VQPN 5BPMA 3QIOA 1ASVA 3LL3A 3CQYA 5KGXA 1EKEA 1S9GA 4B1UB 1NJIO 1QZ5A 2P1JA 3LM9A 3L2RA 5E26A 2FBXA 4K41A 1NK4A 1QSLA 1RT1A 3CFPA 3CFOA 4E0DA 3F9KA 4BQZA 1EWQA 5FRMA 4IOCL 3U3GA 4AH9A 1HNVA 4M63C 4HUGA 5I3UA 3WQTA 1X1PA 3ID8A 3UKRB 4MO5A 3L3VA 1E4FT 2AJQA 4IBNA 2OANA 3NAEA 1NK7A 3ATUA 5HOOA 4KO0A 5AQVA 4CCHA 4CIEA 2GUIA 3THXA 4BRGA 4FW2A 4DUYK 1I94K 1KVCA 2RKIA 5MLCQ 2E5LK 2D0BA 2YHBA 3KTQA 1SV5A 4BDYA 4DQQA 2HHSA 4G1QA 5EX5A 2FSKA 1T44A 3DM2A 4M45A 1VQ8N 1HUXA 4JKAA 4DTMA 4FLVA 1DTQA 2D0AA 1J5EK 3CC7N 3QEXA 1TKDA 1N33K 3ZYYX 4DQIA 4ID5A 3E9PA 3VQPA 3I56N 1YUWA 2F8TA 1IG9A 1S22A 1ILYA 4YOWA 4M3TA 3MDQA 2PY5A 4NLBA 3MCPA 1GLCG 3T3FA 2O8BA 4FJXA 3FGUA 1BCMA 2NRXA 5HL7L 4BACA 1A5XA 1C1AA 4FO0A 1JKHA 4JKDA 3G10A 5GAEP 3LP1A 4FWSA 1WB9A 4KI6A 3AV9A 3CETA 1CLQA 3DLKA 3O8MA 2YHWA 3TU5A 5CE3A 3A5OC 1VQMN 2UXDK 2KKZA 4F9OA 1M90O 2VGMA 2G8UA 3CIPA 4DSFA 2W41A 1TV6A 2E1YA 1UA0A 5M1FA 3UB5A 2ZJPL 1IH7A 3SNNA 5BR9A 1ZBSA 4CJRA 2OA8A 1U4BA 1SL2A 1YVUA 2P9SA 4IKFA 4ILJA 4KB1A 1HYVA 3RVCA 2ZM6K 3U9DA 4Z94A 3M8RA 2P5GA 3L3UA 4CHYA 3O9SA 4CBXA 4IZ9A 1WSJA 2ZJQL 3WXJA 5AZIB 4AF1A 4GKKK 3CQ8A 4B9SA 1EXQA 3BDPA 1NWKA 4DLEA 3BP8A 1RT6A 4AHTA 3HXMA 4GY2B 4CK1A 4FZYA 3CCJN 3V9ZA 1UWBA 4XH4A 1D5AA 4KV8A 4HUFA 2BGGA 3KZBA 4HCBA 2ZGZA 3KJVA 1SL0A 3C6TA 1K9MO 4JS4A 4H0PA 4U67L 4E1JA 4IDKA 2Q2RA 1RT5A 3FFIA 3F9MA 3TSUA 4F2RA 5AQGA 4KPYA 3U9ZA 4IXCA 4R5PA 4QS9A 4B3OA 3M6GA 3O3HA 1SL1A 5F0XA 2A42A 4NLCA 5C24A 4JI3K 3PX4A 5IT9O 4YOTA 4CD3A 3SJJA 4LF6K 1HKBA 4RCHA 4FW1A 2WOMA 3OYLA 2BH1A 3D45A 3HZ6A 4LD0A 1Q7YO 2OPRA 3CXCM 1HNXK 3MECA 2BDPA 5LY3A 5DMRA 3ZEUA 1ZXOA 3THWA 3J7AP 4BR0A 1BHLA 4I7FA 5BRHA 2RHKA 4AILC 1G15A 3NH1A 2RN2A 4HHTA 1C0TA 1XNQK 1X3MA 2O8CA 1KLNA 3VGKA 3DLRA 3QERA 4A61A 4NCBA 2P9IB 3TSPA 4CBWA 2HBKA 3E9OA 4J2EA 3QNOA 3D2FB 1M1KO 3RMCA 4LY7A 3ID6A 1ATSA 1JXBA 3OYHA 2NRWA 3DLGA 3H6EA 3NVMA 4DU1A 4BRCA 3CPWM 5H1SQ 3OYMA 2A41A 3ZLJA 4H0OA 4IOXA 3WEEB 4BE2A 3FZKA 4NO7A 4M3XA 1EQYA 1EWRA 4CHPA 1ESVA 3CHWA 3L4QA 4LF5K 3HK2A 3THVA 5K14A 2Q97A 4JKBA 4FWPA 2B5JA 4YOVA 4GNIA 1REVA 3SI6A 4FPAA 3PIPL 3SV3A 4B9NA 5TKWA 2NZTA 3QEPA 3R9PA 1RBTA 5HRNA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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