1QS4A

Core domain of hiv-1 integrase complexed with mg++ and 1-(5-chloroindol-3-yl)-3-hydroxy-3-(2h-tetrazol-5-yl)-propenone
Total Genus 47
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
47
sequence length
154
structure length
150
Chain Sequence
CSPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACEWGGIKQEFGPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNKKRKGGIGGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structure of the HIV-1 integrase catalytic domain complexed with an inhibitor: a platform for antiviral drug design.
pubmed doi rcsb
molecule keywords PROTEIN (HIV-1 INTEGRASE (E.C.2.7.7.49))
molecule tags Transferase
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 47
structure length 150
sequence length 154
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1999-06-25
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1qs4A00
4PA1A 1G15A 4FZZA 2YNGA 3V9UA 2KQ2A 3V9XA 2GV9A 1TKZA 1WSFA 4CF0A 2IOCA 2Z1IA 4CEFA 3HO1A 2XO7A 3C95A 4OPJA 2I5JA 4RW4A 4K8XA 3OS2A 3ZT1A 4FCYA 2HW3A 1Z26A 1UOCA 4J2EA 3PX6A 1I39A 2OZSA 4CJSA 1IO2A 3IRXA 4CJTA 1CZBA 4IBNA 4W5OA 1SKSA 1L3TA 2D5RA 4FLTA 2IAJA 2F96A 1C0TA 1CXUA 4O4GA 3P1GA 2HNZA 4B8AB 1WAFA 1J5OA 1B9FA 3QLHA 4E89A 3SQ4A 1SL2A 1HRHA 1LV5A 1XHXA 4Z4EA 1EP4A 1TK0A 4CIGA 3TANA 1TL1A 3DRSA 4W5RA 4DFJA 2A1RA 4KTQA 4QOZB 4Q0BA 1O1WA 1WAJA 3HP6A 1JKHA 4Z4GA 4R5PA 1MU2A 1VK0A 1RDDA 1NK0A 3V4IA 4FJGA 4C8LA 4E7IA 3ZCMA 1U48A 4DQPA 4Y1DA 1BQNA 3KLFA 3V81A 3ASMA 1NJWA 1KRPA 3WNFA 3NF9A 5HLFA 4E0DA 4LSNA 1RTJA 4M3TA 2DFFA 4KHUA 2YKNA 1A5WA 4CEBA 2KFZA 4E3SA 3O3HA 3OY9A 3RWUA 2P1JA 1S6QA 3H08A 2NUBA 1C1CA 3AA4A 4LH4A 4DSEA 1JLFA 4Z4IA 5KGWA 4M41A 3RRHA 4FK0A 4CJ4A 3WNGA 2X78A 4UQGA 2RPIA 4KHYA 2YHAA 4FW2A 4CJPA 4DTRA 3DOLA 3IAYA 1HYSA 5CYQA 2HHWA 2D0AA 3CM6A 1KSPA 4M3YA 4NCBA 2HMIA 3SUOA 1RT4A 4AHRA 3TI0A 4HHTA 1NJYA 4FJJA 2OPSA 5HBMA 3K5OA 3LWLA 4B08A 1VSLA 3K2PA 3NAEA 3VQ5A 4RW8A 4OLBA 1RBTA 1RDBA 1X9SA 4DG1A 2E4LA 3HT3A 4FLUA 3TAEA 1VSFA 1REVA 2OPRA 1S6PA 3AA5X 3NF7A 5KRSA 4DU4A 4ZTFA 2FBTA 3NCIA 1HPZA 1HMVA 1L5UA 4CGFA 1U47A 4GVMA 4CJRA 3PUFA 3AA2A 3OVNA 3SZ2A 3K59A 1CLQA 2F8TA 3RRGA 3LDSA 4HTUA 4PY5A 1IKVA 4N5SA 3LPUA 2PYLA 1C6VA 2ZQBA 1WSEA 5C24A 4EP4A 1YTUA 1EKEA 1XC9A 3ALYA 1Q9XA 4ID5A 3AVJA 4DTUA 3QIPA 4KPYA 4BDPA 3MXMA 4RG8A 3KD5E 3DLRA 3RMBA 1IG9A 4B9LA 3NHGA 4CEEA 4DTPA 4KB1A 5J2PA 3DLKA 4BE0A 3HL8A 1U45A 1KTQA 2FBVA 3C6UA 3KKRA 4CEAA 3QIOA 3DI6A 3ZSWA 4ICLA 1TKDA 2BE2A 3TAMA 1LAWA 3O3GA 1VSIA 4M45A 1LWCA 5KGXA 3L2UA 3LP2A 4EZ9A 3NDKA 1WSIA 3PX0A 1LW2A 2X6NA 2G8IA 4C8NA 4YFUA 1QTMA 2F8SA 1SKWA 3O3FA 4FK2A 3LZJA 1U04A 3TAFA 4FLVA 4DQSA 1TGOA 4H4MA 1TL3A 1BI4A 3L2WA 4CJWA 4J2AA 4JRQA 1C0UA 4C8KA 4XIUA 1RCHA 1S5JA 4CGIA 4AH9A 2WOMA 4FXDA 1BCOA 3L3UA 3SQ0A 3OYHA 3T19A 3MXIA 5HRNA 3NH0A 3KIOA 4W5NA 1VSJA 1B9DA 1D9FA 3M8PA 3F73A 4B9NA 5FDLA 1LAVA 1FK9A 3OYIA 4B3OA 4RW7A 3VQAA 3V9SA 3IG1A 4DF8A 4CE9A 1ASWA 1BI4B 1BQMA 3OYFA 2HHXA 3NH1A 3OYDA 5CYMA 5J2NA 3NGYA 4IG0A 4CGGA 1UAXA 1LWEA 4KO0A 3RMDA 1YT3A 3AVNA 3L3VA 4I2QA 3RTVA 1TAQA 1JL1A 3SPYA 1UA0A 1KLNA 1IH7A 1T8EA 3SUQA 4HCCA 5JS2A 3NF6A 1KVCA 1RT7A 4DQIA 4ID1A 3NE6A 3KLIA 4CJLA 2AJQA 4DF4A 1RILA 1BL3A 3DYAA 3TAGA 1RBRA 4FJ9A 3CFRA 1NKCA 1RBSA 3VQ6A 1ZBFA 3OYCA 3I0RA 3PV8A 1EETA 4FW1A 2XHBA 4FM1A 4KTWA 4LD0A 4IFVA 3V1RA 3P83D 1K6YA 1IKWA 3A2FA 4OGCA 4KI4A 1RTIA 2B5JA 3ZSVA 3OYMA 1S9EA 4FLWA 5CZ2A 1RT2A 1RBVA 1J9AA 3VQ9A 3B6PA 1B92A 2BANA 2RF2A 3G10A 5CZ1A 1NJZA 3SYZA 5HRRA 1X9MA 2GBZA 3LALA 1WSJA 3U3GA 1KFSA 4AHTA 3KJVA 3AVAA 5KTQA 1SL0A 3AO5A 4K8ZA 4CHZA 2DTUA 2VG6A 4FJHA 1NKBA 3HPHA 4GMJB 3TABA 5SZTA 4F3TA 4OPKA 3AVLA 1W0HA 2XY6A 2VG7A 1JLCA 2JLEA 4DSLA 2BGGA 4PWDA 4N41A 4WE1A 3V1OA 1NKEA 2WONA 4Y1CA 3K58A 3NGIA 3AVGA 1CZ9A 3DRRA 3CG7A 4IG3A 2IGIA 2QK9A 1TK5A 2YNFA 5T7BA 3CFPA 1QHTA 3PO4A 3BDPA 4I7FA 3OS1A 4NCAA 3L8BA 4OKJA 3G0ZA 4ZTJA 3AVIA 1RBUA 4KV8A 1T7PA 1TAUA 3S3OA 4CJVA 4FVMA 1C0MA 3CFOA 1BHLA 2RKIA 3QEXA 1BIUA 3RMCA 2KZZA 1DTTA 4DSIA 1YVUA 1S1UA 3ZT0A 3S3MA 4W5TA 2EX3A 2XY8A 1GOAA 3AO1A 3NBPA 4HVJA 4FJ7A 5KI6A 4B9TA 2LSNA 3RMAA 3ZT3A 4DTSA 1W9HA 3THVA 3V6DA 3PY8A 3QNOA 3HXMA 4BDZA 1NK5A 3AVBA 3LAKA 3MAQA 3SCXA 3RR8A 1JLEA 4JS5A 1S1VA 3AVCA 3ZSXA 3QETA 1NJXA 1ZBHA 3KTQA 3KLEA 1KLMA 4Z4CA 4DLGA 3SQ2A 1SKRA 1ZBIA 1NK6A 1FKOA 1BCMA 4IFYA 1VSEA 4CFAA 3DLHA 2HHUA 1DTQA 2B4JA 4E7HA 4F2SA 1ZBUA 3V9ZA 4Z4FA 2KZMA 4NYNA 4CHYA 4DTOA 4DFKA 3T1AA 3VQPA 3VQCA 4LH5A 4N76A 3S9HA 3LP3A 4BDYA 2ITGA 1NK4A 1X9WA 2HVHA 3HVRA 3VQDA 1F21A 1S9GA 4PUOA 4CFCA 3ZSZA 3S3NA 3HSTB 4FM2A 5K14A 3VQ4A 1Q9YA 3OYNA 3OYGA 4AHVA 5HP1A 2B6AA 2FC0A 3AO4A 4FJ5A 3TR8A 3AVKA 3F9KA 3OYKA 1CXQA 3K5MA 2D0CA 1FXXA 3JYTA 3MXJA 4CK1A 2ETJA 3VN5A 2YV0X 1R0AA 3LZIA 4CJ5A 3SQ1A 1Z25A 4CGHA 3WNHA 5J2QA 3OYLA 2YKMA 4M3RA 4FLXA 3CYMA 4QAGA 4CJUA 4E19A 4C8OA 4M42A 3KKSA 4HUEA 1XWLA 4EP5A 4B9MA 4CGJA 4I9LA 4M3XA 2PYJA 1VSDA 1C1AA 4F4KA 3PO5A 2HHVA 2QKKA 4M3UA 2RN2A 2G8VA 3ZSOA 4DU3A 3UIQA 5KRTA 3HM9A 1J54A 4CEOA 2G8WA 2A1SA 1RT1A 1EXQA 3OYJA 4FZXC 2HVIA 4DSKA 3TAPA 2Z1GA 4DS4A 3QEIA 1T03A 4ELTA 5J1EA 4IKFA 3HJFA 3BGRA 4RW9A 4NYFA 1BISA 4FLZA 1S1TA 2FBXA 4CECA 4CERA 3TWHA 4DQQA 3NFAA 4DWIA 5D3GA 1X1PA 4RW6A 3VQEA 3VQ8A 4CF9A 4AILC 3SV4A 5I3UA 4FZYA 3SUNA 1LW0A 3ZSQA 1GOBA 1JLQA 2P51A 4CESA 3K5NA 3AVFA 3EYZA 1XI1A 1ASVA 4J2BA 3O4QA 1QE1A 1S1WA 4LY7A 3C94A 1UA1A 4B9VA 2VG5A 2ZE2A 4KTZA 4O0JA 2G8KA 1SUQA 1A5VA 5FROA 1WN7A 4DTNA 4O55A 1WLJA 4FM0A 2YHBA 3TARA 1D9DA 1HYVA 3SI6A 4DFPA 4AHUA 4CHPA 4ZHRA 4DSFA 4JRPA 4CFBA 4CK2A 2OYQA 4JS4A 4OKEA 1L3SA 3DM2A 2KFNA 4DLEA 1RT5A 4EZ6A 4E7KA 4FK4A 2QXFA 3U3YA 1L3VA 4Q5VA 1U4BA 3DMJA 3AA3A 4Z4HA 2Y1JA 2Y1IA 4F3OA 1HJRA 3KD1E 4GW6A 4FJKA 4AHSA 2Z1HA 2XY5A 3P5JA 4CHOA 2ATQA 2QKBA 2OPQA 4BWMA 3M8RA 4LSLA 3VQQA 1D8YA 2VWKA 1WSGA 3MEGA 1TKTA 3ULDA 1QSSA 2KTQA 5FRMA 3M8QA 4CEZA 2YNIA 3EZ5A 1NK9A 1HQUA 3V1QA 2O4GA 4Z0UA 5HRPA 3LP1A 2ZD1A 3AO2A 4CGDA 4F8RA 1J53A 1IKYA 3O4NA 5DK5A 4PQUA 4FJLA 1RNHA 3QEPA 1C1BA 3ZSYA 1NK8A 4CF2A 3DOKA 4HUFA 2HHQA 4DMNA 3QEWA 4ELVA 2Q3SA 3EY1A 3ITHA 4CHQA 2HNYA 4KAZA 3RR7A 2IC3A 2PZSA 4E1MA 3HP9A 4C8MA 3LPTA 1RT3A 2EHGA 1JLBA 4G1QA 3VQ7A 1XHZA 1Q8IA 3QINA 3AVMA 4DS5A 4BACA 2G8HA 4CCHA 1S1XA 2HB5A 4E7LA 4MFBA 3SUPA 4TSXA 4KI6A 1VSHA 4BE2A 4CEQA 4FJXA 4I2PA 3AVHA 2VWJA 4FJ8A 4CIEA 2FBYA 1IKXA 4KHNA 1EX4A 1VRUA 4NCGA 2HHTA 1JL2A 4CF1A 2W42A 3HVTA 1D5AA 2X74A 3TAQA 4N56A 1ZBLA 2BDPA 2E6LA 4M3WA 3LANA 2DFHA 1JXEA 2OPPA 5EU7A 4BWJA 2IS3A 4CJFA 3L2QA 4O5BA 4DQRA 3B6OA 3OS0A 3I0SA 4OGEA 4DTMA 4B8CA 3KLGA 5HRSA 3I8DA 3E01A 1TK8A 4W5QA 4J2DA 5JS1A 4CJ3A 3MECA 4CIFA 3JSMA 4AHCA 3HPOA 4OLAA 1KVBA 3M8SA 4KRFA 1TVRA 3ISNC 4I9QA 2OZMA 3AV9A 2YNHA 2D0BA 3HK2A 4KKOA 4ELUA 5FRNA 2O4IA 1T05A 4IDKA 4H4OA 4CF8A 1RDCA 2X6SA 3D0PA 3SV3A 4DFMA 3SJJA 1ZYQA 1U49A 1NOYA 1JLGA 1HQEA 3QNNA 3NH2A 1SL1A 1WSHA 2KW4A 4KHSA 1ASUA 3KLHA 3OYAA 4E1NA 1Y97A 3DLGA 4DTXA 5C25A 1BGXT 1BIZA 4KHQA 3OJSA 4QCLA 1RTHA 1QSLA 4KFBA 3KK2A 1VSMA 2P5GA 2OA8A 4KREA 3V9WA 3K5LA 4MQ3A 4DTJA 1ITGA 3CQ8A 3SNNA 2DY4A 3WNEA 2JGUA 3LWMA 1KVAA 4F2RA 4FJIA 3OYBA 1RT6A 3T3FA 3U6FA 4KHWA 3DRPA 4CEDA 3OYEA 4B9UA 1VRTA 3ZT4A 3D45A 3ZT2A 2Z1JA 2G8FA 3QESA 3LAMA 1YTAA 3VQBA 3HPGA 4YNQA 1LWFA 2E6MA 1RDAA 4FLYA 4CFDA 4JLHA 4M3ZA 2HNDA 1HNVA 3VA3A 1GOCA 3IS9A 1L3UA 4CHNA 2G8UA 4FJMA 1JXBA 3NF8A 2PY5A 4OVLA 3ZSRA 4HUGA 1DLOA 1VSKA 5J2MA 2DFEA 3LP0A 2HHSA 5E41A 3NGZA 3MEEA 4B9SA 1N5YA 3OJUA 3QEVA 4KB0A 4O0IA 5C42A 3L2RA 1JLAA 1WNSA 3KK3A 1TKXA 4CK3A 4E7JA 4N47A 1SV5A 1QQCA 1NOZA 3L2VA 4O44A 3VA0A 2P5OA 4BE1A 3HYFA 4OKKA 4CJQA 4OJRA 2R7YA 1I3AA 4H8KA 5HROA 3DLBA 3AO3A 1FKPA 3QO9A 4CJKA 3KK1A 1N6QA 1QS4A 2GUIA 3MEDA 4FYDA 2IDOA 5SWMA 5I42A 1HNIA 1KCFA 3PX4A 3QERA 1TV6A 1A5XA 1QSYA 3DLEA 2XY7A 5DMRA 4DU1A 4L8RB 2XRIA 3SPZA 4FJNA 1KFDA 3FFIA 4DSJA 3C6TA 3K57A 1HYZA 4CJEA 1NK7A 4HCBA 3CM5A 1UWBA 1RTDA 5CY4A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4LFBK 4PA1A 1G15A 3V9UA 5M1OA 1W2BM 4CF0A 3T69A 1NBWA 1EO1A 4K8XA 4BR7A 3OS2A 3ZT1A 4FCYA 2HW3A 1UOCA 2OZSA 4CJSA 3IRXA 4IEIA 4FLTA 2IAJA 2V7YA 2F96A 3P1GA 2DPNA 1N34K 1SL2A 1HRHA 1TL1A 3DRSA 4QOZB 2O8EA 2BH1A 3HP6A 2IVOA 4NXMK 1RDDA 3V4IA 1U48A 1T6CA 4JKHA 3BF1A 3ASMA 4E0DA 2W6LA 1RTJA 3F5TA 4BRMA 4H5VA 1KD1O 4CEBA 3ULEB 1S6QA 3H08A 2NUBA 3RRHA 3C6AA 2X78A 1J5EK 2RPIA 4KHYA 2YHAA 2HHWA 4CJPA 5AQJA 4R79A 1X3NA 3K0SA 1KSPA 4AHRA 4B1ZA 4BGBA 2QXLA 3D2EB 3M5RA 4FVUA 4IDHA 4DG1A 1REVA 1S6PA 4KH6A 2FBTA 4YOTA 1HPZA 3NCIA 2VQEK 1HMVA 5F2RA 4GVMA 4IJNA 3K59A 1KAXA 2F8TA 1GLLO 4PY5A 1WBDA 3D6RA 2E2QA 1HKGA 3IMXA 5C24A 2WFBA 4FO0A 4EP4A 4FL9A 1Q9XA 4A59A 5BN8A 2JWKA 3LDLA 4BDPA 4CJ7A 1IG9A 4K43A 4B9LA 3DLKA 4KBOA 5M1NA 1VQKN 2GEMA 4GNIA 4ICLA 2BE2A 1LAWA 5B8HA 4A2AA 5KGXA 3NDKA 3PX0A 2F8SA 4FPAA 4C8NA 1QTMA 2ASPA 1SKWA 2ASOA 4FLVA 1ZXOA 1TGOA 3RSEB 1TL3A 3L2WA 2GTDA 1OH8A 2OTJN 4XIUA 3THWA 4FXDA 3H3OB 2P9NB 4H0TB 1VSJA 1D9FA 1X3MA 5JVGL 2QM1A 1LAVA 4B3OA 4RW7A 3VQAA 5JICA 4JN4A 3DXMA 5LY3A 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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