1WOQA

Crystal structure of inorganic polyphosphate/atp-glucomannokinase from arthrobacter sp. strain km at 1.8 a resolution
Total Genus 80
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
80
sequence length
253
structure length
253
Chain Sequence
NAPLIGIDIGGTGIKGGIVDLKKGKLLGERFRVPTPQPATPESVAEAVALVVAELSARPEAPAAGSPVGVTFPGIIQHGVVHSAANVDKSWLNTDIDALLTARLGRPVEVINDADAAGLAEARYGAGAGVKGTVLVITLGTGIGSAFIFDGKLVPNAELGHLEIDGHDAETKASAVARERDGLSWDEYSVLLQRYFSHVEFLFSPELFIVGGGISKRADEYLPNLRLRTPIVPAVLRNEAGIVGAAIEIALQH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule keywords Inorganic polyphosphate/ATP-glucomannokinase
publication title Crystal Structure of Bacterial Inorganic Polyphosphate/ATP-glucomannokinase: INSIGHTS INTO KINASE EVOLUTION
pubmed doi rcsb
source organism Arthrobacter sp.
molecule tags Transferase
total genus 80
structure length 253
sequence length 253
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.1.63: Polyphosphate--glucose phosphotransferase.
pdb deposition date 2004-08-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00480 ROK ROK family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1woqA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1woqA01
1XUPO 1P8ZA 3HTVA 4A62A 1XQSC 1BOTO 4K41A 1U6ZA 2QWNA 1SZ2A 3U4LA 4PKGA 5BREA 3JXUA 2A3ZA 3FLCO 3R9PA 2E20A 3WXKA 2NZTA 1C0GA 1OKJA 3W0LA 2YHXA 5BPNA 1RFQA 2A5XA 1V4TA 1BG3A 3H1VX 5AQGA 4FO0A 1K8KA 2YJFA 3TPQA 1SAZA 3CETA 5AQFA 1RDWX 5AQNA 4BGBA 3CJ1A 3U8XA 4EHTA 4K25A 4BRQA 3I33A 3H3NO 1TUUA 1U2VA 1HKCA 3WQTA 1JCFA 1HUXA 3EKSA 1GLJO 3KHYA 3FFKB 1DKGD 2FF3B 5AQUA 4FWSA 3BUZB 1BUPA 1NGDA 2ZWHA 3UKRA 4BRMA 3QDKA 3BP8A 4B1ZA 4CZEA 2IVPA 4BGAA 2E1YA 3D7EO 4RWTA 2A40A 4Z94A 2QWMA 4E1JA 1NBWA 1BA1A 3JS6A 5E84A 2CGJA 3EL2A 1CZAN 1E4GT 2D4WA 3EZWA 4H0VB 1ZC6A 5FPNA 3VEVA 4ISEA 5B8HA 4PKHA 3IDHA 1QZ6A 1DGKN 1LCUA 3HM8A 4GNIA 3U9DA 3BF3A 3C7NB 3UKUA 3D2FB 4BC5A 4CZHA 4F9OA 2P9IB 1NGHA 4BC2A 3AY9A 3FR0A 4FWOA 1YAGA 4B1VA 3GG4A 4O8KA 4B1WB 2V51B 4WYBA 1Q18A 1G99A 1GLLO 2J4RA 3BF1A 2I7NA 1GLBG 5AQIA 5AQTA 1GLCG 3AAQA 3CJAA 4RTFD 5F1XA 2ZGZA 4MO5A 3DJCA 1MDUB 1D4XA 5BRHA 2A6AA 1NGBA 2EWSA 4JD2A 5FPDA 3M3ZA 1T6CA 3P4IA 3AAPA 1S3XA 3ULEB 2V7ZA 4BR4A 3D2EA 5ADXA 3DXMB 4CZKA 4AM6A 3IUCA 5JMVA 4IXCA 1X3NA 4B1UB 3C0BA 1X9JA 3WT0A 2E8AA 4IZ9A 1YVNA 3H3OB 4KBOA 2GTDA 4CI6A 1TYQB 1KAZA 3KZBA 4BRGA 3MN6A 1NLVA 5JLFA 4CD3A 3WEEB 1ESVA 2BTFA 4CZLA 5EXWA 4BVPA 5KPTA 1T6DA 2FSNA 5TKYA 4CBXA 5AZJB 3VERA 1NGIA 2V52B 1NGAA 3MN9A 2ZF5O 3VF6A 3DXKB 3GBTA 3ZETB 3SMPA 4QS9A 4BR0A 3VGMA 1YXQA 4FOEA 4FOIA 2P9NB 2E88A 2AA4A 4J8FA 3O5BA 3QBXA 5AQHA 2BUPA 2CGLA 1NGFA 1NGEA 2P9IA 5KPZA 3CIPA 3M6GA 3R6MA 3R8EA 1E4FT 4H0XB 2KHOA 3MDQA 2V7YA 3AARA 2D0PA 3CQXA 2P9SB 5AQLA 2QWOA 4IWVA 2W41A 4GY2B 4RCHA 5LJWA 2HF3A 3A5LC 3G25A 2QXLA 5LY3A 2GEMA 1S22A 4H5WA 2IVNA 4JHDA 2IVOA 2QWPA 4Y0WA 4NO7A 1WOQA 2P9PB 2GUPA 4BR7A 2ASPA 3UE5A 1NWKA 3A5OC 1GLDG 4BR5A 2CH6A 5KPRA 1RGIA 3HBTA 3A5NC 2FF6A 4BG9A 2FSKA 5AQWA 3B8AX 1NGCA 3DWLA 5F2RA 3I8BA 3WEEA 2Q2RA 3O6WA 4XH1A 1ATSA 1ZXOA 3FZKA 4BRDA 2NLXA 3O1WA 3O4WA 1BDGA 3ZX3A 5ADXH 4FWPA 4FWLA 2FXUA 3HI0A 1X3MA 2A42A 3MN5A 3UB5A 3ZEUA 3ENHA 4I6MB 3SJHA 2UYTA 4QS7A 2P9KB 3FGUA 5AZIA 2ZGYA 3LDOA 4BR2A 3VEYA 4FWNA 4A61A 2P9UA 3EO3A 2YI1A 4DQ8A 1R59O 3RSEA 4BRIA 1MWMA 2OANA 3ID8A 4H0PA 3H46O 3VOVA 5AQOA 3CJBA 3O8MA 4QS8A 4BR9A 4CZIA 3QB0A 4BRNA 1Z05A 5EX5A 3L4IA 5FPMA 4JNEA 1NGJA 5BN9A 3QICA 4H5TA 5AQZA 1QQNA 1HLUA 2E1ZA 4EAHD 3VF4A 3W3DA 2HOEA 3M1FA 3FZFA 2GWJA 1BU6O 4DHYA 5FPEA 3L0QA 3VEXA 4BQLA 4BC4A 2Q31A 3VENA 3LDQA 1JCGA 5KQDA 4IJAA 1K8KB 1KAXA 5AR0A 1ATRA 3ZX0A 3TU5A 4CJ7A 3ATVA 4NB4A 1TUYA 4FWRA 3DAWA 3O80A 3LDPA 2Q0RA 1U2VB 2Q97A 4H5NA 3QBWA 1QQMA 3IMXA 2D0OA 2YJEA 4BRKA 4M7XA 4BROA 4A2AA 2W40A 1NGGA 5BRFA 3UKRB 4B9QA 3LM2A 1BWFO 5E26A 4H5VA 3MCPA 3FZLA 1J6ZA 3A5MC 2F9WA 4H0YB 3BEXA 5JLHA 1GLAG 4BC3A 3ATUA 5EVZA 1V4SA 4JN4A 2E2NA 3C7NA 3QFPA 3D2FA 3GDQA 2E2QA 5JICA 4MLHA 2QM1A 2VYPA 4BQZA 2GWKA 2QWLA 4BVOA 4FWMA 3VPZA 4BRPA 3WXLA 1JCEA 5BN8A 5BPMA 4CZMA 5ELZA 4ISGA 5AFUA 4BRCA 2I7PA 3SK3A 5EY4A 3VEOA 1MA9B 3MMVA 1GLFO 2IIRA 4HTLA 5AQPA 3WXIA 1XC3A 3ULEA 3WXJA 4FWQA 5AQRA 1GLEG 4FPAA 4ISFA 3DXMA 4JD2B 3MK6A 2F9TA 1Y64A 1ATNA 3H1QA 5AQSA 5KQ8A 4WQ4C 3D2EB 4CBUA 5BR9A 1H1VA 4C23A 2E2PA 5CE3A 5F0XA 5AQVA 3U9ZA 3OHRA 4EFHA 4YDUC 4BRFA 1TYQA 3FZHA 2FLOA 4H03B 2HF4A 2VWBA 2WUSA 4B1XB 5BPLA 3VESA 4WQ4A 4M7YA 2YCHA 1NMDA 3LDNA 5EOYA 4CBWA 5AZJA 4H0TB 4YDUA 3H6EA 1T44A 3KVGA 4PL8A 5AQJA 4LC9B 2HMPA 4WQ5C 2H3GX 1MWKA 2DPNA 3F9MA 3O1BA 2YHWA 4M63C 5BRDA 3VGKA 3VEZA 4EIAA 2P9LB 1IG8A 4FL9A 4FPBA 3DXKA 4L3QA 3ZETA 3CJ9A 2P9NA 3L6QA 4WQ5A 5AQXA 4HWIA 1HKBA 1QZ5A 3CJ7A 1BA0A 2QW9A 3CERA 4XEIA 4IJNA 4IO8A 4CD1A 1HJOA 3GOIA 4CZFA 1HPMA 3J8AA 4H0OA 1ZBSA 5LJVA 3WQUA 3CQYA 2P9SA 3HSCA 1Z6RA 1EQYA 3SLCA 1NM1A 3ENOA 3VEWA 4DB3A 4BRHA 3S41A 1DEJA 3GE1A 2CH5A 2ASOA 5I9EB 4BG8A 3MN7A 3QFUA 2AP1A 3CHWA 2PAVA 3HZ6A 2GELA 3LDLA 4PL7A 1BO5O 1HX1A 2P9PA 3EKUA 2Q0UA 3VGLA 4AM7A 3O08A 4DCHA 2Q36A 4JHDB 2QWRA 3EN9A 4BREA 3CI5A 5AFUH 3CJCA 2ITMA 3VETA 4CZJA 1KXPA 3WUHA 5AQMA 4MO4A 3A8YA 2QWQA 1QQOA 3QMLA 4H5RA 3A0IX 5AQYA 1LOTB 3IFRA 3ZX2A 4FWKA 3LM9A 5AQQA 3FE1A 3SMSA 3LL3A 4K43A 2Q1NA 2ASMA 2D1KA 1SQKA 4EHUA 4CZGA 1QHAA 4XH5A 4I6MA 1C0FA 1WUAA 4BRAA 2A41A 2VCPA 4FSVA 2NRHA 2P9LA 3GL1A 4XH4A 4B1YB 2PBDA 2P9KA 4O5FA 4A2BA 2YHYA 1IJJA 3ZEUB 1HKGA 4MLEA 1YUWA 3UKUB 2CGKA 3FZMA 3H45C 4K42A 2FSJA 5AZIB 2E2OA 4BRLA 3VF2A 5AQKA 2P9UB 1KAYA 4JAXA 3RSEB 4PKIA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3M8RA 3KLFA 2NRWA 4A62A 1XQSC 3J80O 4K41A 3CCEN 2QEXN 1NJIO 3A2FA 3U4LA 4PKGA 3JXUA 3MX5A 3CF5L 4O44A 2OPPA 3KTQA 1X9WA 2NZTA 1QS4A 1CXQA 5BPNA 2A5XA 2BANA 1U49A 4KH4A 1BG3A 3C6HA 3T7ZA 5AQGA 2YJFA 2QK9A 1HQEA 3PUFA 3SAGA 4CF8A 1RDWX 4BGBA 3TAFA 2FC0A 5JS1A 1L3VA 3QIOA 3QERA 4ILHA 1TK5A 1JLCA 1JL2A 4BRQA 1QSSA 4LF5K 4K0KK 5KRTA 1U2VA 1HKCA 3OYDA 5H1SQ 3WQTA 1JCFA 4KFBA 4I9LA 3EKSA 3KK7A 3FFKB 4JKCA 4FM0A 4DV6K 1NGDA 2ZWHA 1D9DA 4JKFA 4HTUA 2NRTA 3EE9A 3TTCA 4LSLA 3V1QA 3QIPA 1BI4B 1J53A 3JS6A 4B08A 1WSEA 2VG5A 4H0VB 2VGMA 4ISEA 1JLFA 3CC4N 1QZ6A 1ZBUA 1XMOK 1QE1A 3HM8A 3U9DA 1K9MO 3HRGA 4E1NA 3C7NB 4CZHA 2P9IB 4HVJA 1QSLA 4FM2A 1EETA 3FR0A 1YAGA 3PX0A 3V1OA 4WYBA 3EYZA 4FLUA 4KAZA 3PLAA 4AQYK 3C95A 5AQTA 2YNGA 3CJAA 5C42A 1VSMA 3DJCA 3ID6A 1T6CA 1CZ9A 2WONA 5HRPA 1VQON 2PY5A 1IH7A 3D2EA 3OYGA 5ADXA 3BZKA 1B9FA 3DXMB 3AVFA 3IS9A 1E3MA 4IXCA 4B1UB 1XNQK 5FRMA 4YNQA 4B9UA 1JL1A 3MEDA 1L3SA 5SZTA 1NLVA 4RW4A 1KLNA 2KTQA 2BTFA 4CHPA 5LMNK 4H4OA 1T6DA 5TKYA 3K5MA 4CBXA 2YHBA 2FBXA 1T05A 3K9JA 4O55A 3HVRA 5AJ3K 3KK2A 1KLMA 1M1KO 1U48A 3G71N 4BR0A 2HVHA 1YXQA 4FOEA 1S9GA 3EE8A 4BDPA 3NF6A 1KFDA 1NGEA 2B4JA 5KPZA 3M6GA 3R8EA 1OH6A 3OJSA 3NDKA 3THXB 2VG7A 3MDQA 3AARA 2UU9K 5AQLA 1ILYA 1HQUA 2QWOA 4C8KA 3ITHA 2WBNA 4E19A 5LJWA 5KTQA 3JSMA 4YOTA 4DSEA 2BDPA 1SL0A 2W6KA 1NOYA 3HP6A 1S22A 1RBUA 3OYFA 2O8BB 4DR7K 4Y0WA 1ITGA 4NO7A 2P9PB 3UE5A 3PSIA 4F3OA 1KD1O 1T3VA 4BR5A 5KPRA 4LY7A 1RGIA 4O0JA 1DTQA 3SAFA 4BG9A 4CEQA 4KB1A 4J2EA 1WAFA 3I8BA 3ENBA 4LD0A 3WEEA 4NCBA 4FJHA 3FZKA 4BRDA 3QINA 3O4WA 1KVBA 2XY7A 4FWPA 4FWLA 2XY6A 4F2SA 1NU0A 3QESA 4DR3K 3L2QA 4J2BA 2UYTA 4QS7A 2P9KB 3FGUA 3K5OA 5AZIA 4BR2A 3QEXA 4FWNA 4A61A 4WFBL 2HHQA 1FXXA 4CEAA 4H0PA 2QTDA 3CJBA 3O8MA 1OH8A 4B9VA 3RR8A 1KQSM 1BCOA 4BRNA 5FPMA 4H5TA 3OYJA 1QQNA 3B6PA 3THWA 1VSLA 2HVIA 1BU6O 1S1VA 3WNEA 3AGRA 4BE0A 1L3UA 3CCJN 2Q31A 3CFRA 5KQDA 4KRFA 1K73O 3C6TA 3KIOA 1JXBA 4O4GA 2AJQA 3RMBA 4N5SA 4ID1A 3ZX0A 3TU5A 3VQ9A 1D9FA 4KTWA 2QA4N 3NMUA 1RNHA 1W0HA 4H5NA 3QBWA 3M5RA 4EP5A 5C0YA 4M7XA 4BROA 4A2AA 3UKRB 4IG3A 3LWLA 1RT6A 1J54A 3LM2A 1BWFO 3ZSZA 1TK8A 2XY8A 5DK5A 3FZLA 1C0TA 3O4QA 4BC3A 4IDHA 5EVZA 1V4SA 3IRXA 4CFCA 3QFPA 2PYLA 3D2FA 1EO1A 1UWBA 3KD1E 2HNZA 1Q82O 2QM1A 2VYPA 4BVOA 4RW8A 2HNYA 4DTRA 5TKWA 1JLEA 4GV9A 1NOZA 4FYDA 4ISGA 3J81O 4DTSA 2P51A 4BRCA 5AFUA 1G15A 3VQ7A 3CMEN 3V9WA 3SJJA 4CJKA 5AQPA 3IG1A 1ASWA 3DLHA 3ULEA 4ELTA 4FWQA 4FJKA 5AQRA 2Z1HA 4IEEA 1GLEG 1OH5A 4JD2B 1S1UA 2F9TA 1SS6A 3Q7CA 1TKXA 5KQ8A 1NMNA 4WQ4C 2P5OA 4BWMA 4KI6A 5BR9A 2E2PA 2HMIA 5AQVA 1J5OA 1UAXA 3K9KA 2O4GA 4YDUC 3KJVA 3FZHA 4CEOA 2FLOA 3RWUA 1QVGM 3MECA 2WUSA 1NK5A 4CHOA 4DUYK 1UA1A 2OZMA 4JEPA 1IV0A 5CY4A 5AQJA 3S3MA 3UIQA 1VQPN 2BGGA 3EY1A 5CZ2A 3F9MA 3MEEA 3O1BA 3G10A 4M63C 4R79A 1QQCA 1IBLK 2G8UA 1I39A 3DI6A 2P9LB 1XHZA 3OS2A 4B3SK 3SCXA 4CFDA 3VQPA 3ZETA 4KHWA 3CJ9A 3LP1A 4I7FA 3L6QA 4WQ5A 3E9OA 4HWIA 3CFPA 2NRZA 3CJ7A 2X78A 4IO8A 1CZBA 3OS0A 4H0OA 3QLHA 3K59A 3CQYA 3CPWM 4HHTA 4M3WA 3HSCA 1SKSA 3SLCA 4CJRA 4DFKA 1BGXT 4BRHA 3SUNA 2ASOA 3V9ZA 4BG8A 3P1GA 4IEIA 4JI6K 4DFMA 2PAVA 4FZYA 4OGEA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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