1WOQA

Crystal structure of inorganic polyphosphate/atp-glucomannokinase from arthrobacter sp. strain km at 1.8 a resolution
Total Genus 80
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
80
sequence length
253
structure length
253
Chain Sequence
b'NAPLIGIDIGGTGIKGGIVDLKKGKLLGERFRVPTPQPATPESVAEAVALVVAELSARPEAPAAGSPVGVTFPGIIQHGVVHSAANVDKSWLNTDIDALLTARLGRPVEVINDADAAGLAEARYGAGAGVKGTVLVITLGTGIGSAFIFDGKLVPNAELGHLEIDGHDAETKASAVARERDGLSWDEYSVLLQRYFSHVEFLFSPELFIVGGGISKRADEYLPNLRLRTPIVPAVLRNEAGIVGAAIEIALQH'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal Structure of Bacterial Inorganic Polyphosphate/ATP-glucomannokinase: INSIGHTS INTO KINASE EVOLUTION
pubmed doi rcsb
molecule keywords Inorganic polyphosphate/ATP-glucomannokinase
source organism Arthrobacter sp.
molecule tags Transferase
total genus 80
structure length 253
sequence length 253
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.1.63: Polyphosphate--glucose phosphotransferase.
pdb deposition date 2004-08-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00480 ROK ROK family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1woqA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1woqA01
2Q31A 3MN6A 5JMVA 2NZTA 1HX1A 1XQSC 1JCGA 2Q36A 3HM8A 5EY4A 3O8MA 1NGEA 3MN9A 2Q2RA 4BRCA 3UKUB 1J6ZA 2KHOA 4MO5A 5BN9A 3VETA 2AP1A 1ATSA 2P9UA 3I8BA 4PKGA 3J8AA 2CGKA 2QW9A 4BRDA 5BPMA 1NMDA 3CIPA 1E4GT 4CBUA 1WUAA 4BC4A 1ATRA 3U8XA 3QBXA 2CGLA 3KHYA 3D2EB 3ULEB 3M1FA 1HPMA 3O6WA 3GDQA 2NLXA 2E20A 4FL9A 5AQRA 3CJ9A 1ZXOA 3GL1A 4M7XA 2OANA 4O8KA 4EIAA 3SJHA 4H0VB 1QZ6A 3MN7A 4ISGA 2V52B 3DXKA 1DGKN 3BUZB 3O4WA 4BRGA 4NB4A 1C0FA 1GLLO 4H0OA 1GLCG 2QXLA 2A6AA 4J8FA 5AZIA 1K8KB 4A62A 5AQKA 1BU6O 4H5VA 4WQ4A 4PKHA 4CBWA 4BRAA 4YDUA 5AZJA 4FWPA 2BUPA 4I6MA 1BG3A 2YCHA 3CJAA 4XH4A 4JNEA 1U2VB 5AQXA 2D4WA 4JN4A 3FZLA 3O5BA 3CQYA 3WQTA 4B1WB 5LJVA 4H5TA 2CH5A 4FWKA 3O1WA 3MMVA 3S41A 1U6ZA 3O1BA 4FOIA 3SMPA 3QDKA 3QMLA 3FFKB 5AQTA 2E2OA 4MLHA 1T44A 1Q18A 2I7NA 4H5RA 3A5LC 1T6DA 3W3DA 2H3GX 1TUUA 3EKUA 3LDOA 2V7YA 3AAQA 5EXWA 4BG9A 4BGBA 3UKUA 4CZJA 4WQ4C 3MK6A 4A2AA 2F9WA 3VPZA 1Z6RA 2GTDA 4YDUC 4IO8A 4BR9A 3H3NO 3DAWA 4FWOA 2ASMA 3VGLA 3WXJA 3OHRA 3HSCA 3H45C 3ZEUB 3LL3A 1KAXA 1C0GA 4DCHA 5AQVA 2QWLA 3W0LA 3I33A 4CZIA 5LY3A 5B8HA 4BR2A 3LM2A 3D2EA 1Z05A 1NGJA 3ULEA 4JAXA 5KPZA 4H0PA 4BC3A 3EO3A 4FWNA 2D0PA 2VCPA 2E1YA 1P8ZA 1NGFA 3FZHA 5BRFA 2CGJA 4IJNA 4FPAA 4B1UB 3WEEB 2ZF5O 1LCUA 1ZC6A 2Q0RA 3A0IX 3U9DA 5KQ8A 5EOYA 2GELA 5AQLA 2FSNA 4DHYA 2YJFA 4CI6A 4BC5A 3GE1A 1K8KA 3VEXA 1NWKA 4E1JA 3WXKA 4CZHA 3U9ZA 5JLHA 2IVPA 2QWOA 4IJAA 3CJBA 4IZ9A 5AQHA 1BDGA 3JXUA 5AQZA 1U2VA 2P9KB 2E8AA 4EHTA 2YI1A 2P9IB 4FSVA 3FE1A 3U4LA 4FWQA 2A42A 3R8EA 3EZWA 2QWNA 3C7NB 1NBWA 1WOQA 4LC9B 2Q97A 1ESVA 2E2NA 2PAVA 3QICA 4B1ZA 4B1XB 4RTFD 2D1KA 4A2BA 3B8AX 4DB3A 4BQLA 5AFUH 5KPRA 5AQNA 5AQIA 2YHYA 4RCHA 4BVOA 3A5MC 3EKSA 4BRPA 3ZETB 5BR9A 3JS6A 3H1QA 5AQUA 4BREA 3ZEUA 4ISEA 2GEMA 4CBXA 4BRIA 4BR4A 3CI5A 3L4IA 3SK3A 3RSEB 3VF4A 4CZEA 4CZFA 3DXMB 5JLFA 3D2FB 1GLAG 1D4XA 4QS8A 4BR7A 2P9PB 2P9SB 5AQGA 1TYQB 3C0BA 3G25A 1TUYA 5EVZA 3R9PA 1ZBSA 3ZX3A 4K42A 4M63C 3WEEA 3D7EO 1MDUB 2EWSA 3L0QA 4XEIA 4CJ7A 2VYPA 3EN9A 4A61A 3CJCA 1YXQA 4AM6A 4BG8A 4GNIA 4B1YB 2F9TA 5AQSA 2P9NB 4QS7A 4H0YB 2E1ZA 2FF6A 5E84A 1R59O 2GWJA 2W40A 4BVPA 4Y0WA 5AQQA 3VEOA 3HZ6A 4IWVA 2UYTA 4CZLA 4CZGA 5ADXH 3WUHA 3ZX0A 3QB0A 3VGMA 1E4FT 4Z94A 2J4RA 4BR0A 4WQ5A 2P9KA 3A5NC 4KBOA 5AQOA 5FPEA 2P9IA 1QQOA 1G99A 5F2RA 3M3ZA 4L3QA 5JICA 1KXPA 3C7NA 1GLBG 1NGHA 2YJEA 1SQKA 4FPBA 1OKJA 3KVGA 4BRMA 4BRNA 4MLEA 2HOEA 4CZMA 1HKGA 3A5OC 2NRHA 3VOVA 2Q0UA 1Y64A 1YAGA 3ZETA 3LDPA 3H6EA 3CJ1A 4ISFA 5AQPA 3GG4A 2QWMA 1QHAA 3VESA 4K25A 3FR0A 4XH5A 4XH1A 1NM1A 4WQ5C 4JHDB 1KAZA 3ENHA 3TPQA 3RSEA 2ZGYA 3GBTA 3M6GA 3WT0A 3DXMA 4QS9A 3D2FA 1JCFA 5FPMA 2IVNA 2A41A 1MA9B 4RWTA 1X3NA 2FSJA 2P9PA 2P9SA 4H03B 4B1VA 1TYQA 3FLCO 3O08A 2W41A 4EFHA 4AM7A 2ASOA 3FGUA 2YHXA 4BC2A 3H3OB 4K41A 2CH6A 1GLJO 3ENOA 2E2PA 3AARA 1BA1A 4DQ8A 2P9NA 3CHWA 4FOEA 2YHWA 2PBDA 3BF1A 3IMXA 4EHUA 1HLUA 3WXLA 4BRLA 1V4SA 1CZAN 5FPDA 1RDWX 2GWKA 1DKGD 1RGIA 4BGAA 4BQZA 3BEXA 3VEVA 1IG8A 1HKBA 2V51B 3IDHA 4BROA 3CETA 4IXCA 2DPNA 4WYBA 3F9MA 1EQYA 5ADXA 3HBTA 3VEYA 3UKRB 3TU5A 4PL7A 3LDNA 3GOIA 3KZBA 3FZFA 4H0TB 4PKIA 1HKCA 1H1VA 4PL8A 1KAYA 5BN8A 3VEWA 2HF3A 1X9JA 1NGAA 3EL2A 3O80A 5BPNA 1QZ5A 3A8YA 3LDLA 4GY2B 3HTVA 4H0XB 4JD2B 1DEJA 1V4TA 5TKYA 3P4IA 4M7YA 5AQFA 5LJWA 3VENA 4JHDA 3H46O 4FWLA 3BP8A 5I9EB 2E88A 1QQMA 3CERA 3IUCA 3UE5A 4O5FA 5F1XA 3QBWA 2GUPA 2P9LB 2FF3B 2QWQA 1QQNA 3ATUA 5BRHA 4BR5A 2IIRA 3LDQA 3FZMA 2WUSA 4EAHD 3UB5A 3VERA 5CE3A 3R6MA 1BA0A 3CJ7A 5AQJA 1XC3A 1MWKA 1NGDA 1HUXA 2A3ZA 2QM1A 3BF3A 5KQDA 3DJCA 1X3MA 1GLDG 1HJOA 2ASPA 1BUPA 1NGBA 4NO7A 1XUPO 2ZGZA 1NGCA 5FPNA 2P9UB 2AA4A 2A40A 2ZWHA 4MO4A 1BWFO 1S22A 4H5NA 2A5XA 2IVOA 3VF2A 1MWMA 5AQMA 4K43A 1JCEA 4F9OA 2FLOA 1ATNA 1T6CA 3MCPA 3VEZA 1SZ2A 4H5WA 3SMSA 1NLVA 3H1VX 5EX5A 1YVNA 5AQWA 2V7ZA 4FWRA 3UKRA 2QWPA 3SLCA 2E2QA 5AQYA 2FXUA 1GLEG 1LOTB 5KPTA 2VWBA 5AFUA 5E26A 3FZKA 1IJJA 4HTLA 1BO5O 5F0XA 4FWMA 3QFPA 4FO0A 3AAPA 3IFRA 3AY9A 3WXIA 4CZKA 4BRHA 3DXKB 1NGIA 3QFUA 2ITMA 5ELZA 1NGGA 3VF6A 1RFQA 4B9QA 4JD2A 1YUWA 5AZIB 3ID8A 4BRKA 2Q1NA 2FSKA 5BPLA 2HMPA 5AR0A 3LM9A 1S3XA 3CQXA 5AZJB 1GLFO 4I6MB 3VGKA 4CD3A 1BOTO 2D0OA 3L6QA 4CD1A 4FWSA 3WQUA 4BRQA 2P9LA 2I7PA 3HI0A 3MN5A 4HWIA 4BRFA 2QWRA 5BRDA 4C23A 3ZX2A 2BTFA 3ATVA 5BREA 1SAZA 3MDQA 2HF4A 3DWLA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3KK1A 3MN6A 4DUZK 3CFPA 4DTRA 3A2FA 3P38A 1XQSC 1ITGA 1T03A 1KFDA 3QLHA 2VGNA 1QS4A 1LAVA 2ZQBA 1X9WA 1NGEA 1JLEA 2KHOA 5BN9A 2AP1A 3I8BA 3ZSOA 3QNNA 3F73A 4CF2A 3QEVA 4B9NA 1JL1A 4CBUA 2F7TA 2X78A 4CJTA 5C2FA 4LFBK 3MECA 4CJ5A 2FC0A 4CEFA 3ZLJA 3ZT1A 3CG7A 2O8CA 3ULEB 3O6WA 4CFCA 4FL9A 3CJ9A 3GL1A 3T7ZA 4O8KA 4FLUA 1TAUA 3SJHA 4H0VB 3OS0A 4ISGA 2V52B 3DXKA 4PA1A 4KAZA 1U45A 4NB4A 4H0OA 5AZIA 2A6AA 2QXLA 5CZ2A 1K8KB 4CW7B 3THWA 1ASWA 4WQ4A 4NLBA 4CBWA 3NE6A 4C8MA 4FLWA 4I6MA 1BG3A 3ITHA 2D4WA 1RT4A 3P31A 2RE2A 5A2QO 2FBYA 4B1WB 4H5TA 4F2SA 4J2DA 1LWCA 1KLMA 1BI4A 1IKXA 3LPTA 4FOIA 1L3SA 4FM2A 1YF5L 3QDKA 3DRPA 1QTMA 3CCUN 2HHQA 2HHSA 4IBNA 3T1HK 3VQ6A 1OH6A 3ZT4A 4QCLA 1YJWN 1Q18A 4OGEA 1UWBA 1TUUA 1VSKA 3AAQA 4BGBA 3UKUA 2F8SA 1G15A 3MK6A 2F9WA 3CCSN 1WBBA 1N32K 1VQMN 4YDUC 4IO8A 2DFHA 3H3NO 4FWOA 2EHGA 1KAXA 3L4QA 1C0GA 3ZT0A 4DR2K 5AQVA 4HCCA 5B8HA 1IBLK 3DLGA 5KPZA 1ZBHA 4BC3A 1BQMA 3TARA 5GAHP 4FJIA 2XY5A 1O1WA 4IJNA 3NF7A 3WEEB 2ZF5O 5KGXA 3A0IX 3U9DA 5KQ8A 5HROA 1C0TA 4CFBA 4DTPA 2FSNA 4HUGA 4FJLA 4DHYA 1JLQA 4YY3K 3OYKA 2OA8A 2QEXN 4A5BA 4I2QA 4C1NK 1Q81O 4NXNK 4FZXC 4CK2A 3WXKA 2Z1HA 3PIPL 1NKEA 2QWOA 1GOCA 3CJBA 4IZ9A 4LSNA 3KK7A 2DFEA 4FLYA 1U2VA 1M90O 4B9MA 1ASVA 1WSIA 1ZBFA 2B5JA 2IAJA 4IG0A 4IOAL 3T19A 4J2EA 3EZWA 3RMAA 3HOTA 3CXCM 5FROA 2Q97A 2P5OA 4B1ZA 2HHUA 5M1OA 3IS9A 4R5PA 1RDCA 1UAXA 1KSPA 4GKKK 5KPRA 4JK7A 3HPGA 1ZBUA 2KFZA 3B6OA 1LWEA 3NF9A 3K57A 4J2BA 2DY4A 3OYEA 4DSKA 4C8LA 3ZEUA 4ISEA 2GEMA 1W97L 4CBXA 3HSTB 3AO4A 3RSEB 1SL1A 4CZEA 1SL0A 4CZFA 1D4XA 3DLEA 1S1XA 1XWLA 3NDKA 4BDZA 1IKVA 1P90A 1TUYA 1CXQA 4K42A 1N5YA 4CCHA 3OA9A 2WC9A 1MDUB 2G8IA 3QIPA 3TAFA 5KI6A 3AVLA 2E1ZA 1IO2A 1RTJA 4FLTA 4CF9A 1M1KO 2W40A 4JI8K 2ATQA 4Y0WA 4B9SA 3HZ6A 1BCOA 4CZGA 3SUQA 4Z94A 2P9KA 3A5NC 5GINA 2P9IA 1S1VA 4O44A 3PSIA 2OPRA 4AF1A 3M3ZA 3LAKA 3C7NA 3TWHA 1GLBG 1VSEA 4FPBA 3J81O 1VQNN 4BRMA 3AGKA 3SQ1A 4BRNA 3PSFA 2NRXA 4CZMA 2HOEA 3SI6A 3MWTA 3WNGA 4CHZA 3HM9A 4JI0K 3AV9A 3G10A 3H6EA 5M1FA 5AQPA 1QHAA 4E7IA 4XH5A 3SV3A 4XH1A 2HMIA 2KFNA 1KAZA 2ZGYA 3GBTA 3WT0A 3DXMA 1EP4A 2P9PA 3U3YA 1WSEA 1A5XA 1TYQA 3FLCO 1TKXA 4EFHA 4CEAA 4AM7A 4B9LA 5FRNA 3AO2A 2HHXA 2CH6A 1GLJO 4GKJK 2O8EA 2RKIA 1KVAA 4DQ8A 1NJWA 1TKTA 2IOCA 1CXUA 4CGGA 4MQ3A 4EHUA 4BRLA 4HUFA 4R79A 1CZAN 1VRUA 2GWKA 1DKGD 1RGIA 1WSGA 1IG8A 3TAPA 3CCLN 1RBVA 5HRRA 4H8KA 3R3LA 5HBMA 4AHTA 2NRRA 1T05A 1RBSA 1J9AA 1K73O 4DTSA 5DK5A 2FBTA 4CFAA 4M42A 3OJUA 4PL7A 5J2QA 3GOIA 2D5RA 3FZFA 1LW0A 4PKIA 1HKCA 1REVA 3KLEA 1VQ8N 1SKWA 4W5RA 4E7HA 3J7AP 5KRSA 5BN8A 1L5UA 1X9JA 4BWJA 4CERA 2RPIA 3O80A 4DG1A 1U4BA 2OTJN 2UXDK 3I0RA 4C8KA 1JL2A 5AQFA 4KTZA 4JHDA 4Z4CA 3C94A 3BP8A 1WAJA 5I9EB 3CERA 1HNVA 5F1XA 5M1PA 1QQNA 4NXMK 3MXMA 4RW7A 3J7YP 5BRHA 3TANA 3TSPA 4DR5K 3LDQA 3LZIA 4XIUA 3KLFA 1VQLN 1JJ2M 4DR4K 4IKFA 3R6MA 1BA0A 3NF8A 3JYTA 3CJ7A 4CGFA 2DTUA 1S72N 5JVGL 1RDUA 3CM5A 2DFFA 4NO7A 3LPUA 4OPHA 3KWGA 1BWFO 4ELTA 1S22A 4JKEA 2A5XA 4K43A 2UXCK 4DV3K 1YVUA 3DLHA 1ASUA 4E89A 1T6CA 1OVYA 4AQYK 5HP1A 3T69A 5CYMA 3SMSA 1TK8A 1KVBA 4O5BA 2V7ZA 4CGHA 2O8CB 2QWPA 4KHPK 4DTJA 3JSMA 2KW4A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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