3K2PA

Hiv-1 reverse transcriptase isolated rnaseh domain with the inhibitor beta-thujaplicinol bound at the active site
Total Genus 37
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
37
sequence length
131
structure length
131
Chain Sequence
YQLEKEPIVGAETFYVDGAANRETKLGKAGYVTNKGRQKVVPLTNTTNQKTELQAIYLALQDSGLEVNIVTDSQYALGIIQAQPDKSESELVNQIIEQLIKKEKVYLAWVPAHKGIGGNEQVDKLVSAGIR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
source organism Human immunodeficiency virus type 1
publication title Structure of HIV-1 reverse transcriptase with the inhibitor beta-Thujaplicinol bound at the RNase H active site.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Reverse Transcriptase
total genus 37
structure length 131
sequence length 131
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2009-09-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00075 RNase_H RNase H
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3k2pA00
3NGIA 2YV0X 4ID5A 3OYNA 5CYQA 5CZ1A 5JS2A 2BGGA 1HYSA 1VSHA 3V9ZA 4JRQA 1NKBA 3RR7A 4FM2A 4M3TA 4DQPA 2YNGA 4DQRA 4N56A 4ELUA 1CZBA 3QIPA 1T7PA 2R7YA 3SQ1A 1KFSA 2PYLA 4KTQA 3OYFA 1WSIA 3OVNA 4KB1A 4FJMA 3DLGA 1L5UA 1YTUA 2HW3A 3SI6A 3CM6A 3MEEA 4NYFA 3HP6A 3HJFA 1JKHA 3ZT1A 3AVAA 4O0JA 4CEBA 1EP4A 4CFDA 2HMIA 4B9NA 2FBVA 2QKKA 3SUNA 4CFCA 4RW8A 5KI6A 4DG1A 1SKSA 2EX3A 1TVRA 4XIUA 1S9EA 4MFBA 1NK0A 4DSEA 1ASWA 3NCIA 4C8KA 2WOMA 3HPGA 1D9DA 4JRPA 3TAFA 1L3SA 1UWBA 3I8DA 5JS1A 2PY5A 4DQIA 5HLFA 4FJ5A 1RBVA 4BWJA 4CJKA 4PA1A 4FJGA 1CXUA 3BDPA 4B08A 4OVLA 3VN5A 3WNEA 2G8WA 3TI0A 3NH1A 2IGIA 4C8LA 1BIUA 1VSIA 3TAQA 1WNSA 3CYMA 2OYQA 1RCHA 5CYMA 1HNVA 1REVA 4Z4GA 2DTUA 3V9UA 4KRFA 3OJUA 4F8RA 4F4KA 3IG1A 4KHYA 1X1PA 4YFUA 4Q5VA 3M8RA 1S1VA 1VK0A 3HSTB 2QKBA 4ICLA 3U6FA 2OZMA 2D0BA 4CHZA 1L3TA 3SCXA 1RDCA 4DMNA 1BHLA 2RF2A 1VSEA 4B9VA 1S1WA 3NF9A 4LH5A 3AA3A 3HPOA 1RBUA 3ZSZA 3HVRA 4DQSA 3S3NA 3RMAA 2F96A 3G0ZA 1W0HA 4IG3A 4NCAA 2IAJA 3NFAA 1KLMA 2ZD1A 3NF6A 4G1QA 4E19A 1I3AA 4N5SA 4FLZA 1DLOA 1JXEA 2GBZA 2IC3A 1FKOA 4Y1DA 4RW6A 4DFPA 4KREA 4KFBA 3TAEA 2FBTA 2X6SA 3PX6A 3UIQA 4YNQA 4O55A 3QEXA 4LSNA 3C95A 4KI4A 3NDKA 1UAXA 1S5JA 2YHBA 3B6PA 3MECA 3VQEA 3CFRA 1KTQA 2YNFA 1UOCA 1U47A 4GMJB 2X74A 2E6MA 4FZXC 1Q8IA 3KJVA 3ISNC 3WNHA 3OS2A 3DRRA 4AH9A 3LAMA 3VQAA 3O3GA 3DOKA 4FJJA 4CEDA 4E3SA 3KLFA 4CFAA 2FC0A 2GV9A 1KLNA 4EZ6A 4NCBA 4H4OA 3LDSA 4FLYA 1LWCA 1S1UA 4LY7A 3AVMA 4O0IA 1IH7A 4IKFA 4I9QA 4FK0A 4IDKA 4DTMA 1IG9A 2KFNA 4OPJA 3C6UA 2Z1JA 2W42A 1SL1A 1RTIA 4CCHA 3TAPA 4RW9A 1BISA 1IKYA 4CIGA 4CJUA 3LZIA 4DF4A 1XHZA 1NK4A 1JLBA 1UA0A 4FJKA 4FXDA 4IFVA 2O4IA 1TAUA 3CFPA 1KSPA 4FJNA 1JLFA 4FLXA 1WSHA 3TABA 1A5VA 1QSYA 4FJ7A 4FM1A 1NOYA 2ATQA 1HQUA 4OLAA 3ZCMA 4DU1A 1LWFA 4FZZA 4ZTFA 2YHAA 3CFOA 3MXIA 4FLVA 3ZT4A 3NE6A 1FXXA 4FJ9A 2RN2A 3AO5A 3HXMA 4O44A 2PYJA 4B9MA 4DSIA 3KK2A 1Z26A 4QOZB 2HHQA 4KHSA 3LP0A 1D5AA 3VQ4A 4CK1A 3QEIA 4M3YA 1QQCA 2RPIA 2HNYA 3KLHA 4LSLA 3AVFA 4FJHA 1RT7A 3L2RA 3LWMA 3KKRA 4CF2A 5HROA 2G8VA 3KTQA 2P5OA 2HHTA 5DK5A 1BCOA 3ZSWA 1U48A 4F2RA 3VQ6A 4CIEA 1K6YA 3QEPA 2ZQBA 3KD1E 2YNHA 3ASMA 2BE2A 4UQGA 4FJ8A 5J2MA 4CGGA 5FROA 2AJQA 4CEEA 3O3FA 3L3VA 2VG7A 4DFJA 2HHVA 1QS4A 1J9AA 4KHWA 3ZSVA 1RT1A 5J1EA 4E89A 3K59A 3AA2A 1ASVA 1DTTA 1C6VA 4J2AA 3AO1A 4KKOA 2QK9A 3AVLA 3BGRA 1KCFA 1RDBA 3KLIA 4GVMA 4OGEA 5HBMA 3U3GA 4AHVA 4CHQA 4BE1A 1A5WA 4NCGA 4Z4FA 4CJEA 1YTAA 4BE2A 4KB0A 5FRNA 4M45A 2D0AA 3SQ0A 1KRPA 3AVKA 4Z4HA 1ZBFA 3LAKA 4JS4A 3OYMA 1NK5A 3P5JA 1NK8A 3O4NA 1SV5A 3NH2A 2ETJA 1CLQA 3ZT0A 3I0RA 3HM9A 2BANA 5C25A 2I5JA 4QAGA 5I3UA 4F3OA 2HHWA 1TK8A 1XC9A 1EX4A 3EY1A 5DMRA 4N47A 4CF8A 1VSDA 1TAQA 2IOCA 3AV9A 1LWEA 4ELTA 3M8QA 3SZ2A 2XY5A 3PX0A 4KO0A 3ZSOA 3TAMA 1XHXA 4Y1CA 1S9GA 1YT3A 4DTPA 3CM5A 3SV4A 1HPZA 3KKSA 4ZHRA 4DTRA 3WNGA 1QSLA 4BDYA 4F3TA 5HRSA 3K5LA 1GOCA 2HNZA 4CJRA 3HL8A 4FYDA 4CHNA 4FW1A 1BL3A 4IG0A 4FZYA 3DRPA 3WNFA 1Y97A 4DSFA 1D8YA 4E7KA 2KFZA 4B9LA 3E01A 4LH4A 4O5BA 4C8MA 1SKRA 3OYKA 3QIOA 3A2FA 3ZT2A 3OYHA 4AHCA 4CJLA 1B9FA 3AVCA 4JS5A 3SQ2A 4IFYA 3KLEA 3HP9A 4HTUA 5HP1A 2G8HA 4PWDA 1WSFA 2OZSA 2Z1GA 1U49A 4K8ZA 1C1BA 2B5JA 1NK6A 3AO4A 3LZJA 1TKXA 1NOZA 2XY7A 1A5XA 3CG7A 1LAWA 3PX4A 4HUFA 4DSJA 2Y1JA 4CK2A 3SUQA 2A1RA 4PUOA 3RWUA 4BWMA 3SNNA 5HRNA 1JL1A 2KQ2A 3TANA 1RT3A 4KHUA 1RT4A 1RNHA 1NK9A 3OY9A 1VSLA 2NUBA 3LPUA 3M8SA 4M3RA 4AHUA 1J5OA 4H8KA 3TR8A 2YKMA 1NJWA 4AILC 1ZBIA 3DLHA 3IAYA 3K5NA 1RT2A 2IS3A 4DLGA 1F21A 2KW4A 3VQQA 4CGFA 3PV8A 1HNIA 4CECA 1XWLA 4CJ3A 1VSKA 4E7JA 4PY5A 3TWHA 3O4QA 3OYBA 3QERA 1R0AA 1KVAA 4DSLA 4ID1A 1RBSA 1RDAA 1RT5A 4CIFA 1Q9XA 3D45A 1IO2A 3KIOA 4KAZA 4M3WA 1UA1A 2KZZA 1T8EA 3DOLA 3TARA 4HCCA 4KTZA 3PO5A 3S9HA 1TKZA 3MEDA 4AHSA 2RKIA 4CK3A 4E1MA 4DS4A 3S3MA 3ZSXA 2OA8A 1ASUA 4E1NA 3EYZA 3NH0A 2Y1IA 3K2PA 2Z1HA 1JLGA 1SL2A 2D5RA 2HHSA 3P1GA 2KTQA 4HVJA 1J53A 3VQDA 4CHYA 4CEQA 1B92A 4CEAA 1X9SA 3SUPA 5T7BA 3RRGA 4E0DA 4Q0BA 1KFDA 4KV8A 5CY4A 3OYGA 1D9FA 1EKEA 4FLUA 3JYTA 2VG5A 1RBTA 3VQ5A 4DTNA 3VA0A 3KD5E 2EHGA 2OPQA 3NAEA 2E6LA 4EZ9A 1RBRA 2G8UA 2HVHA 1HQEA 1YVUA 5KGXA 4OPKA 4CJ5A 4HCBA 2XO7A 4BDPA 2Q3SA 1WSEA 3QINA 3JSMA 4CF0A 1VRUA 4BACA 2OPSA 4RW7A 2XY6A 3LPTA 3VQPA 3OJSA 4ELVA 1WN7A 1XI1A 4CGJA 1RTHA 5SZTA 1WSGA 4DU3A 1U45A 3PY8A 4M42A 2F8SA 2B6AA 1JL2A 5KTQA 2GUIA 2A1SA 4Z0UA 1LAVA 2OPPA 3DYAA 3G10A 3OYEA 1T05A 3QO9A 1ZBUA 1NKCA 3P83D 1IKWA 3AVHA 4J2EA 3RMDA 3PUFA 3K57A 4B8AB 4KHQA 4FK2A 4O4GA 3AO3A 1QE1A 1RILA 3DRSA 3LWLA 4HHTA 4CJSA 1LW2A 4DFMA 3TAGA 4C8NA 4R5PA 2XY8A 1EETA 3RMBA 4FJIA 4OKKA 4KPYA 3HYFA 4DTXA 1RT6A 5SWMA 1NJXA 4FM0A 1RDDA 3SV3A 2PZSA 4K8XA 1CXQA 4RW4A 3T3FA 4OKEA 3NGYA 4B9TA 1HRHA 4RG8A 1S6PA 1BQMA 3K58A 4CJFA 3AO2A 4DS5A 1C1CA 1WAFA 3OYDA 4E7IA 4KI6A 3DM2A 1NK7A 3KK1A 1BCMA 3NF8A 2G8KA 4IBNA 5C42A 3L2VA 3V9WA 5E41A 3CQ8A 2HVIA 4FJLA 1FKPA 3AA4A 4Z4EA 5C24A 3V1OA 4CGIA 4CFBA 4OLBA 4I2QA 2O4GA 3LP2A 3ZSQA 3KK3A 4FW2A 3QEVA 1C0TA 5HRRA 3O3HA 1TKDA 4CF9A 4OKJA 4DQQA 1IKVA 5KRSA 4CE9A 1LW0A 2P5GA 2P51A 4FJXA 2HB5A 4CEZA 5D3GA 2WONA 5EU7A 1JLQA 3DLRA 2VWJA 3QNOA 3MXMA 2G8FA 3V9SA 4B9SA 4DTSA 2YKNA 1ZBHA 3L3UA 3AVIA 3QEWA 3T1AA 3RTVA 4E7LA 4FLWA 1TL1A 1J54A 4ZTJA 3RR8A 4PQUA 3MEGA 4CF1A 3V1QA 1U4BA 3V1RA 3OS0A 1N5YA 2D0CA 4W5NA 4Z4CA 4C8OA 4BDZA 4I2PA 4FK4A 4EP5A 4L8RB 3SPYA 1QTMA 3OYLA 3NF7A 4B3OA 3AVNA 4M41A 1GOBA 3VQCA 1SKWA 4F2SA 3ZSRA 4KHNA 1Z25A 2IDOA 3MAQA 3DLEA 2DFEA 4J2DA 4OGCA 4TSXA 4OJRA 3PO4A 1JXBA 3DLKA 2G8IA 1HJRA 3VQBA 1HYZA 1TKTA 1FK9A 1U04A 1BGXT 2ITGA 4NYNA 3M8PA 4CJ4A 3OS1A 3L2UA 3V6DA 1C1AA 4FLTA 1I39A 2DFFA 3LP1A 4CESA 2FBXA 4EP4A 3ZT3A 4DLEA 1BI4A 4W5TA 5FRMA 4B9UA 3ULDA 3QNNA 3ITHA 3DI6A 3L2QA 1VSJA 3AA5X 3S3OA 3THVA 4CHPA 1NKEA 1BI4B 4DTUA 3VQ9A 3V81A 1SUQA 1JLAA 3K5OA 1T03A 2X6NA 3H08A 1GOAA 1EXQA 2LSNA 2Z1IA 3AVBA 4I9LA 1TK0A 3ALYA 3F9KA 4Z4IA 3FFIA 5KRTA 1BIZA 1KVBA 3DMJA 3OYIA 4MQ3A 1TL3A 1G15A 2HNDA 3L8BA 3AVGA 4M3XA 3LANA 4WE1A 4HUGA 3D0PA 2X78A 3LP3A 3QETA 3HVTA 4W5RA 1TGOA 3QESA 3V9XA 3HK2A 3IS9A 1ITGA 3U3YA 1DTQA 4CERA 3B6OA 4I7FA 1X9WA 1L3UA 2VG6A 1MU2A 4CGDA 3EZ5A 3C94A 3L2WA 5J2QA 5J2NA 1KVCA 3MXJA 4AHTA 4FCYA 4DF8A 2JGUA 2DY4A 2P1JA 4CEOA 2VWKA 1IKXA 1S1TA 1S6QA 1ZYQA 4J2BA 4B8CA 2ZE2A 4FVMA 2YNIA 1O1WA 1TV6A 2HHUA 4HUEA 1WLJA 1WSJA 4LD0A 3RMCA 3NBPA 4H4MA 4JLHA 4M3ZA 1VSMA 1VRTA 4KTWA 4W5OA 1NJYA 4DTOA 4AHRA 4BE0A 1L3VA 3NGZA 1LV5A 3SUOA 3V4IA 3C6TA 5I42A 3VQ7A 3HT3A 3OYAA 2OPRA 3SPZA 1VSFA 3SQ4A 5K14A 1C0UA 3SYZA 2KZMA 3LALA 5J2PA 3F73A 1QHTA 1RTDA 2JLEA 4CJVA 2E4LA 2XRIA 5CZ2A 3VA3A 1NJZA 4DWIA 3DLBA 1X9MA 2F8TA 1CZ9A 3NHGA 1B9DA 1S1XA 1RTJA 4CJQA 1HYVA 3QLHA 4GW6A 3OYCA 1WAJA 4M3UA 4CJTA 2QXFA 3IRXA 4CEFA 1QSSA 1BQNA 5FDLA 4CHOA 1Q9YA 5KGWA 3AVJA 3KLGA 3K5MA 4DSKA 2DFHA 4DFKA 4N76A 2BDPA 4E7HA 3OYJA 4QCLA 3HPHA 2HHXA 3RRHA 1HMVA 3ZSYA 4N41A 2FBYA 2B4JA 1TK5A 4W5QA 1JLEA 2XHBA 4DU4A 3SJJA 1SL0A 4DTJA 3HO1A 1W9HA 5HRPA 3I0SA 4CJPA 4CJWA 1JLCA 3T19A 4CGHA 1ZBLA 1C0MA 1N6QA 3VQ8A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3OYNA 4M3TA 4DQPA 4DQRA 3KZBA 1NWKA 4H0YB 2A42A 3WXIA 3OVNA 4KB1A 3SI6A 3HJFA 3QMLA 3QB0A 4YDUA 1JKHA 3AVAA 3F2KA 4CEBA 1YUWA 3G6EN 1EP4A 4CFCA 5AQLA 5KI6A 4DG1A 2O8DB 4MFBA 3VOVA 2Q97A 1ASWA 4C8KA 2WOMA 1KD1O 4JRPA 1UWBA 2PY5A 4DQIA 4FJ5A 1VQ4N 3FFKB 3IFRA 4B08A 1BG3A 4OVLA 2QXLA 3VPZA 1BIUA 3MCPA 1VSIA 2QWRA 1WNSA 5KQ8A 5CYMA 1E3MA 3FZMA 3EE8A 3O80A 3IG1A 5TKWA 4JHDB 2QKBA 4ICLA 3U6FA 5AQQA 3I8BA 1NG9A 3NF9A 3LDQA 3ZSZA 1SQKA 3G0ZA 1W0HA 4IG3A 4CD1A 1OH7A 1KLMA 3NF6A 5AQYA 1JXEA 2E2QA 4KREA 5E26A 5MLCQ 4DFPA 3TAEA 3CMEN 3EEQA 2X6SA 3QEXA 4JK7A 3C95A 1UAXA 3MECA 4NB4A 4GVEA 1U47A 3CETA 2E6MA 3QBXA 1BDGA 4AH9A 5DM7L 3LAMA 3D6RA 4E3SA 2O8CA 3KLFA 4EZ6A 3VF6A 3THXB 4NCBA 4H4OA 3LDSA 4O0IA 3OA9A 4I9QA 4IDKA 3DXKA 4DTMA 2KFNA 2CH6A 1SL1A 1KAYA 4IOAL 2NRWA 3TAPA 1HNXK 4DF4A 4CIGA 4CJUA 1XHZA 3R8EA 3CFPA 1KSPA 1JLFA 1HQUA 4JD2A 2A5XA 3CFOA 3ZT4A 4IO8A 4FJ9A 2PYJA 1Z26A 4QOZB 5AQKA 1QQCA 2RPIA 1BU6O 1GLDG 5C2DA 5HROA 3KTQA 2HHTA 1NGGA 3VQ6A 1K6YA 2UYTA 2ZQBA 3W0LA 2V7YA 2AJQA 4CEEA 3I33A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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