3K2PA

Hiv-1 reverse transcriptase isolated rnaseh domain with the inhibitor beta-thujaplicinol bound at the active site
Total Genus 37
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
37
sequence length
131
structure length
131
Chain Sequence
b'YQLEKEPIVGAETFYVDGAANRETKLGKAGYVTNKGRQKVVPLTNTTNQKTELQAIYLALQDSGLEVNIVTDSQYALGIIQAQPDKSESELVNQIIEQLIKKEKVYLAWVPAHKGIGGNEQVDKLVSAGIR'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Structure of HIV-1 reverse transcriptase with the inhibitor beta-Thujaplicinol bound at the RNase H active site.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Reverse Transcriptase
source organism Human immunodeficiency virus type 1
molecule tags Hydrolase
total genus 37
structure length 131
sequence length 131
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2009-09-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00075 RNase_H RNase H
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3k2pA00
3DLKA 1Q9YA 3NH0A 2KZMA 4CJEA 3PUFA 2KFZA 1KVBA 3TAPA 4DQPA 4OLBA 4KB0A 3HYFA 3OS1A 2F96A 4DSJA 3DM2A 2E6MA 3AA4A 4WE1A 5C24A 4I9QA 4J2BA 2KTQA 1JLGA 1TK0A 4ZTJA 4KTZA 5HP1A 2OZMA 2RPIA 4GVMA 3MECA 4B8AB 1KVCA 1O1WA 1TAQA 2B6AA 4AHSA 4E7LA 3V4IA 1QSYA 4E0DA 4M3RA 3AVNA 4ICLA 3DRRA 4KRFA 3RWUA 1RTHA 1JL2A 3C95A 4KV8A 1TK8A 1VK0A 3BDPA 4AHVA 1LWEA 3L3VA 4LSLA 2A1RA 3G10A 3QIOA 3K5NA 2YHBA 3AO1A 1SL1A 3AA5X 4I2PA 1QQCA 4FK0A 3DRPA 4B9VA 3SPZA 3AVBA 1RBRA 3VQ6A 4CGGA 4M3XA 2BGGA 4DSLA 4RW6A 5SZTA 4I2QA 1L3VA 1L3UA 4GW6A 4AILC 1EP4A 3SPYA 3CYMA 3D45A 1C1BA 4RG8A 3MXJA 3LZIA 2KW4A 3PX6A 4FJ5A 1CXQA 1NKEA 3RR8A 1FK9A 4HUGA 4DF8A 1VSLA 4F3OA 1D5AA 4HUEA 1D9DA 1GOCA 4FJXA 4H4MA 4FZYA 1RBUA 1WSFA 2HNYA 2X74A 3RMBA 3MXIA 1Q9XA 4DFJA 1RNHA 4HCCA 4CEAA 4FJ8A 1YTUA 4E3SA 4DSKA 3AVMA 3VQ5A 3AO2A 4DLGA 4E7KA 4DSEA 3AVFA 4M45A 1WNSA 4CHNA 2O4IA 1BCMA 2ITGA 3KK2A 3PO4A 4E89A 4DU1A 5KTQA 3C6TA 2IGIA 4CESA 4CJPA 3RMDA 3KK3A 2G8WA 4KHYA 1C6VA 1LWFA 3WNGA 3DLRA 4KHWA 1EXQA 1J9AA 1CZ9A 3M8PA 4CEFA 4CF9A 3V1QA 5SWMA 5J1EA 3V9ZA 2HMIA 4K8ZA 4CJVA 1S6QA 3F9KA 4M3UA 2F8TA 4MQ3A 4CF0A 1JLAA 4FXDA 4MFBA 1BI4A 3AV9A 3DRSA 3TR8A 3AO3A 3SQ1A 4J2DA 2XY8A 3D0PA 5DK5A 3V81A 2G8HA 3DYAA 3QEPA 2D5RA 2G8VA 4CE9A 3A2FA 1TK5A 3ITHA 3ZSOA 1ASVA 4KHNA 3HXMA 3DOLA 1HNIA 2HVHA 1UOCA 3OYJA 4FM0A 4F3TA 2ZD1A 1Q8IA 2HNZA 1ZBFA 3LALA 4IDKA 1QHTA 3O4NA 1UA0A 1NOYA 2HHSA 4M41A 1U47A 1NJZA 3QESA 5KRTA 1NK7A 4CK1A 3OS2A 4CHPA 3KLEA 2XY7A 3U3YA 3IAYA 1VSEA 1JKHA 2HW3A 4ID5A 1LWCA 3SJJA 2Y1JA 4Z4HA 1RILA 3NFAA 5C25A 1TL3A 1JLEA 4Z4GA 1BHLA 4IFVA 2HHVA 4CFBA 1W9HA 1SL0A 2FBVA 1RTJA 4CFCA 1ZBIA 4CJ3A 4FW1A 1RT7A 1CXUA 2JGUA 1IG9A 3V9SA 3IS9A 3NF7A 3VQQA 2QKKA 1RBVA 1S5JA 4BE0A 4KHSA 4BDPA 3L2WA 5FROA 1WAFA 3V9WA 4B9MA 1A5XA 3OYAA 4Q0BA 4QCLA 2PYJA 1EKEA 3OYCA 3SYZA 3SQ2A 2BE2A 4ELUA 4IKFA 2GUIA 2YKMA 4E7HA 4PUOA 1QE1A 3JYTA 4FJIA 3M8SA 2YNFA 1BISA 2DFHA 3LPUA 3AA3A 1VRUA 3QEVA 2ZE2A 3LDSA 1SKSA 4EZ9A 4ELTA 5EU7A 4UQGA 5T7BA 4OPKA 4W5OA 1WSHA 1LW0A 4C8OA 1D9FA 4C8LA 4DTUA 4CJWA 1WSIA 3ZT4A 1LAWA 4DQIA 3KJVA 3I0RA 5K14A 4BWMA 5HRNA 4JRQA 5J2QA 3S3OA 4RW9A 3ZSVA 4FJMA 1I3AA 3KLIA 4W5NA 4NCAA 4B8CA 2HHWA 3FFIA 3HO1A 4CF2A 3OYHA 3V9UA 3OYIA 5JS1A 1VSJA 3QIPA 5D3GA 2HHUA 4NCGA 5FRMA 4FK2A 2KZZA 2KFNA 4PWDA 2P51A 3HVTA 5JS2A 4DTOA 4CCHA 2WOMA 3ZT0A 2DFEA 1JLCA 4TSXA 2X6SA 4BE1A 1SUQA 4CEDA 3OYFA 4K8XA 4W5TA 3ZCMA 1RT5A 3PO5A 3DLEA 3LP3A 4FZXC 4KREA 4CF8A 1HQEA 4NYNA 2O4GA 3DLBA 2HNDA 5FRNA 1QSSA 1KRPA 4RW8A 4RW7A 1S9GA 3KLFA 4C8NA 3DOKA 1HNVA 3L2QA 4DG1A 2B4JA 2YKNA 3QEIA 4CJSA 3MEEA 4KKOA 4LSNA 4AHRA 2VG5A 3KKRA 4ZTFA 3U3GA 4I7FA 1Y97A 4IG0A 3ZSQA 4HUFA 1JLFA 4O55A 3TAGA 3AO4A 3UIQA 4NCBA 4PQUA 3B6PA 5CZ1A 3K58A 3OYEA 2EX3A 1ASWA 3LP1A 1NK0A 4W5RA 1VSHA 4F8RA 4CEEA 1DLOA 3L3UA 1KFDA 1K6YA 3SZ2A 3EY1A 3SNNA 4CHZA 3NHGA 3AVHA 3AA2A 5C42A 3AVLA 1TKTA 3HL8A 4BE2A 4FM2A 5HLFA 2AJQA 3V1RA 3T3FA 3NGYA 4F2RA 3OYBA 2BANA 3NH2A 1XHZA 3RRGA 3TAMA 1TKXA 2YNIA 4DFKA 2YHAA 1J54A 3DI6A 4OKKA 3SQ4A 3RR7A 3KK1A 4DTSA 2E6LA 3RMAA 4CJLA 1HRHA 1XWLA 5I42A 1C0MA 1VSKA 3C6UA 3VQ7A 4DSFA 2Z1IA 1TAUA 3QLHA 3OYKA 3SQ0A 1UWBA 3AVKA 1HQUA 3K5OA 1ITGA 1IKYA 3LAMA 2IAJA 2ZQBA 2G8UA 1NKCA 3WNHA 4KO0A 3HVRA 3L2RA 4FJ7A 1JLQA 1WSEA 1WLJA 3P1GA 1TGOA 3NF6A 1BQMA 3AVJA 4C8MA 1LW2A 4OVLA 3WNEA 2I5JA 4GMJB 4CK2A 4CJ4A 5HRSA 3V9XA 1NJXA 3HP6A 1S9EA 5CY4A 2P5OA 3NF8A 2P5GA 4FLWA 1S1UA 2HHTA 3ZT1A 1REVA 1I39A 1C1CA 3PV8A 4PY5A 3ZT2A 1VRTA 4JS5A 3TWHA 2Z1HA 3KLGA 3LWMA 3RMCA 3HP9A 2IDOA 3NDKA 1BQNA 2X6NA 4E1MA 3QO9A 2PY5A 3CG7A 4J2AA 4DS4A 3G0ZA 2F8SA 5I3UA 4PA1A 3NF9A 2DTUA 4DTNA 3VQCA 1NK4A 4FYDA 1G15A 3KTQA 5CZ2A 3EZ5A 3CM5A 4KTQA 2KQ2A 4KB1A 1ZYQA 1Z25A 4E1NA 4FLYA 3M8QA 4DTPA 4M3WA 3PX0A 3S3NA 3SUPA 1S1VA 3ASMA 4CIEA 4CJQA 2FBYA 4CEBA 2IS3A 2ETJA 4BWJA 4JRPA 4KTWA 3TAFA 2D0CA 4OGEA 3LWLA 3QEXA 2Z1JA 3ZSWA 3VQ8A 4Y1DA 4DF4A 4FJKA 3KKSA 1GOBA 4FVMA 3VQDA 4CGHA 3KIOA 3L2VA 3NCIA 3K59A 1NJWA 1KTQA 1SKWA 4OKJA 4CIFA 4CF1A 2G8IA 3P5JA 2P1JA 3LP0A 1LAVA 5CYMA 4Z4FA 1RT3A 1T03A 4KFBA 3H08A 2E4LA 3C94A 2YNHA 2DY4A 1U48A 4QAGA 4O0IA 3LANA 3ISNC 4Q5VA 1LV5A 1RDDA 4W5QA 4HTUA 3HPHA 1Z26A 1RT2A 3TI0A 3NGIA 1NK6A 3BGRA 4CIGA 1L3TA 4FK4A 2FBTA 4CJFA 3QEWA 4Z4CA 4CJKA 1UAXA 1JLBA 3DMJA 4RW4A 4Y1CA 1SL2A 4FJ9A 1X9MA 4Z4IA 2HHQA 3OJUA 1QS4A 5KRSA 4N5SA 1J53A 3O3GA 1B9DA 1TV6A 2FC0A 1C0UA 4DQSA 4DMNA 1NKBA 1J5OA 3OVNA 2HHXA 3TAQA 4KHQA 3LP2A 2OYQA 4CGIA 3IG1A 3ZSRA 2RF2A 1FKPA 3HJFA 1W0HA 4CJRA 5E41A 3JSMA 1TL1A 4FJLA 2VWKA 3T19A 4OLAA 3AO5A 3SCXA 3NAEA 3ZSZA 1NK8A 5CYQA 3I0SA 1BCOA 2BDPA 4H4OA 4F2SA 1A5WA 3OY9A 3HPOA 4N41A 2D0AA 1UA1A 3SV3A 3HK2A 4O0JA 4H8KA 3RTVA 4B08A 1C0TA 4CHOA 4CJUA 4DTRA 1ZBLA 4B9LA 4J2EA 4EZ6A 5J2PA 2QK9A 1NJYA 4EP4A 3MEDA 4FLZA 1TVRA 3OYGA 1CZBA 4AHTA 5J2NA 1QTMA 1XHXA 2XY5A 1T7PA 2DFFA 1MU2A 2HB5A 4BACA 1HYZA 4DU4A 3TAEA 4FJGA 1WN7A 1S6PA 2QKBA 3AVAA 4CEOA 3HT3A 1XC9A 1NK5A 4F4KA 1XI1A 1IKVA 5DMRA 1RDCA 1U04A 3E01A 3KD5E 4LD0A 1ZBUA 4OGCA 3KD1E 3CFRA 3VQBA 5KGXA 3TABA 2OA8A 4OPJA 1JXEA 4BDZA 4DQRA 2LSNA 3OJSA 1L3SA 3OYDA 4FLUA 4HHTA 1YT3A 3M8RA 4EP5A 4N56A 3NGZA 1BL3A 3NE6A 4DSIA 4LH4A 4FM1A 1CLQA 4CK3A 3I8DA 3L8BA 1DTTA 1BIZA 4LY7A 1HMVA 1U45A 1KFSA 4OJRA 2YV0X 4FW2A 4R5PA 4I9LA 4IBNA 4JS4A 3CM6A 1BIUA 4CJ5A 2B5JA 4ELVA 1EX4A 4ZHRA 2OPRA 3QETA 4AHCA 3OYLA 1T05A 3HPGA 2OPQA 1RBTA 3EYZA 4FZZA 3OYNA 3ZT3A 2RN2A 4DTXA 1GOAA 3CQ8A 1S1XA 4FCYA 3HSTB 4QOZB 2XHBA 5HROA 4DS5A 1NOZA 4CGDA 1SV5A 3LAKA 1KSPA 1TKDA 3K5MA 4M42A 3QNNA 2HVIA 4CGJA 3K2PA 3V1OA 1L5UA 1N6QA 4Z0UA 1IKXA 1C1AA 1RT1A 3O4QA 4B9NA 4KI6A 4O5BA 4DU3A 3OS0A 4LH5A 1TKZA 5HBMA 3B6OA 2JLEA 2QXFA 3PX4A 3ALYA 4IFYA 4CJTA 1FKOA 1ASUA 4YFUA 1JXBA 2Y1IA 5J2MA 4HCBA 5KGWA 1JL1A 3MAQA 5FDLA 4KHUA 4KI4A 1VSFA 3T1AA 4B9UA 4Z4EA 1EETA 2OPPA 4DTJA 2IOCA 4CFDA 2GBZA 4DLEA 3S3MA 1VSDA 4B9TA 4M3ZA 4FLTA 3PY8A 1KVAA 4DFMA 5KI6A 4CERA 2A1SA 3DLHA 3F73A 1RTDA 4C8KA 1R0AA 1U49A 4BDYA 2OPSA 1WAJA 4OKEA 1IH7A 4IG3A 2Z1GA 3THVA 3K5LA 1IKWA 3NH1A 3RRHA 1NK9A 2G8KA 1S1WA 1RT6A 3VQ4A 4KPYA 1HJRA 1B92A 3LPTA 1HYVA 3DLGA 4E7IA 3WNFA 3VA0A 1B9FA 4CHYA 3O3HA 4CHQA 3O3FA 3VQ9A 3HM9A 3MXMA 1KLMA 4L8RB 3ZSXA 1X9WA 4G1QA 4DFPA 3VQEA 4M3TA 4B3OA 4O44A 3P83D 3K57A 4N47A 4CFAA 3AVIA 1RDBA 2XY6A 3SUOA 4N76A 1QSLA 4HVJA 1YVUA 2OZSA 2W42A 4M3YA 1F21A 1RDAA 1VSMA 3IRXA 4XIUA 1HPZA 2VG7A 2ATQA 4CGFA 3VA3A 3SV4A 4KAZA 5HRRA 4AHUA 2GV9A 1N5YA 3SI6A 2FBXA 1IO2A 3VQAA 3TARA 3QINA 2X78A 3QNOA 4FLVA 4ID1A 2WONA 1A5VA 4FLXA 1DTQA 2VWJA 1ZBHA 3CFOA 4DWIA 4FJHA 4CECA 1S1TA 1WSGA 2NUBA 3VQPA 4CEZA 3OYMA 4FJNA 1HYSA 3AVGA 1WSJA 2IC3A 1RCHA 2PYLA 3ZSYA 3LZJA 3S9HA 2G8FA 1RTIA 4NYFA 2XO7A 4O4GA 3MEGA 3QERA 3SUNA 3V6DA 2RKIA 3CFPA 4JLHA 1KLNA 1FXXA 3NBPA 4E19A 4DTMA 1BI4B 2XRIA 2VG6A 1YTAA 4E7JA 3KLHA 4AH9A 1VSIA 4DQQA 2D0BA 1U4BA 3SUQA 1SKRA 4CEQA 2Q3SA 4B9SA 3ULDA 1D8YA 1RT4A 2R7YA 1RBSA 5HRPA 3U6FA 1BGXT 1X9SA 4FJJA 3AVCA 1T8EA 1KCFA 2YNGA 2EHGA 1X1PA 4YNQA 3L2UA 3TANA 2PZSA 3VN5A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1C0FA 3DLKA 3M3ZA 1Q9YA 2NRXA 4DV5K 2O8BB 3ZEUB 4F9OA 2PBDA 4DB3A 3KHYA 3OS1A 3DM2A 2E6MA 3AA4A 1W7AA 1ZXOA 4BR0A 3P38A 1RGIA 4KTZA 1KVCA 1O1WA 1WUAA 4AHSA 4JI7K 4M3RA 4OPHA 4KBOA 3DRRA 1YJNN 4A61A 1TK8A 4BRHA 4AHVA 5DM7L 4YOTA 5GADP 2NZTA 3AO1A 4EHTA 1SL1A 2JWLA 1QQCA 3O80A 3AVBA 4M3XA 1L3VA 3VGMA 4AILC 1EP4A 3SPYA 1KAYA 3CYMA 3D45A 1C1BA 2AA4A 4F3OA 1FK9A 3A5NC 1BUPA 3ZETB 4NXNK 4FZYA 1Q9XA 1RNHA 4FJ8A 4E3SA 3VQ5A 4E7KA 4CHNA 4JEPA 4DR5K 4LF7K 1BDGA 5AJ3K 3PO4A 4DU1A 3CF5L 1T6DA 4CJPA 2G8WA 1LWFA 3DLRA 1EXQA 1J9AA 1CZ9A 3M8PA 4CF9A 4JK7A 4M3UA 1S6QA 3F9KA 4CF0A 2GTDA 2W40A 4B1WB 1GLDG 3CJAA 3V81A 4DQ8A 5BR9A 2D5RA 3HXMA 2HVHA 4H03B 2ZD1A 1ZBFA 3NMUA 3ATUA 2D1KA 1U47A 3C6AA 1NNEA 3OS2A 5AQSA 1VSEA 4BR2A 2QWPA 2Y1JA 1JCGA 3NFAA 4IFVA 3SJHA 4CFBA 1W9HA 1YXQA 1RT7A 2Q31A 3NVKA 1NMDA 4QCLA 2UUAK 3ID8A 3K9KA 4CJ7A 3CC2N 2OCEA 3SYZA 4IKFA 1IBKK 4E7HA 4FJIA 2HF4A 1YJ9N 4PL7A 2VGMA 3AA3A 2ZE2A 2NRVA 5EU7A 5T7BA 3IUCA 1VQMN 3TSPA 1WSHA 3K0SA 1D9FA 3MN7A 1WSIA 2E1YA 3ZT4A 1LAWA 4DQIA 4BC4A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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