1ZBUA

Crystal structure of full-length 3'-exonuclease
Total Genus 62
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
62
sequence length
225
structure length
225
Chain Sequence
SYYDYICIIDFEATCEEGNPPEFVHEIIEFPVVLLNTHTLEIEDTFQQYVRPEINTQLSDFCISLTGITQDQVDRADTFPQVLKKVIDLMKLKELGTKYKYSLLTDGSWDMSKFLNIQCQLSRLKYPPFAKKWINIRKSYGNFYKVPRSQTKLTIMLEKLGMDYDGRPHCGLDDSKNIARIAVRMLQDGCELRINEKMHAGQLMSVSSSLPIEGTPPPQMPHFRK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords 3'-5' exonuclease ERI1
publication title Structural basis for 3'-end specific recognition of histone mRNA stem-loop by 3'-exonuclease, a human nuclease that also targets siRNA
rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 62
structure length 225
sequence length 225
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 3.1.-.-:
pdb deposition date 2005-04-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00929 RNase_T Exonuclease
A PF02037 SAP SAP domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1zbuA01
1F21A 3AVJA 3RMDA 1WAJA 1HYVA 3L8BA 1HNVA 3D0PA 3NHGA 4LH4A 3NAEA 3KKRA 3AVKA 4HTUA 1SL2A 2G8FA 1VSDA 1ASUA 3HYFA 4OKKA 5CYMA 4BDPA 3VQ4A 1TKXA 5FRMA 3LWLA 3HO1A 4BDYA 2E6LA 4E89A 5KRSA 3DOLA 3KLFA 2FC0A 1ZBIA 3LP2A 3CQ8A 4DTPA 3ULDA 3ZCMA 1CZ9A 4OJRA 2IGIA 3QESA 3RMBA 2QXFA 3VQQA 4I2PA 4M3ZA 3TAQA 3KD5E 1X9WA 3DLBA 4DQRA 4DS5A 3IAYA 1D9DA 4CJ3A 4J2BA 2IAJA 3TI0A 3FFIA 1SUQA 4FLTA 3VA3A 2D0BA 4DS4A 4N41A 3NGZA 1ZYQA 2GV9A 2PYJA 2HHXA 1LWFA 3SCXA 4KRFA 1VSMA 4DQIA 1RT4A 4FLUA 3K57A 4DTOA 4RG8A 1KSPA 4LH5A 3TANA 3DLHA 1HPZA 3WNGA 3IG1A 1I39A 3OYKA 3KLEA 2X6SA 3MAQA 4RW8A 3CFOA 4FW2A 4FJ5A 2YHAA 2PYLA 4Z4IA 1FK9A 3AVHA 1RBRA 1TKDA 3V1QA 1BIUA 3CYMA 3JSMA 4LD0A 1R0AA 4CEQA 2F8SA 3AVNA 4FLZA 3ZSWA 3V9SA 3OYGA 4B9NA 3RWUA 2YNGA 4QOZB 4KB1A 4F8RA 1TK0A 4CJFA 4KKOA 1BL3A 1KVAA 1ZBFA 4CJSA 3OYLA 3I8DA 3LWMA 4CEAA 5CZ1A 1JLAA 1YVUA 4B08A 4EP4A 5HROA 5HLFA 1KLNA 1U45A 2P5OA 1JKHA 2VG5A 1BISA 4I2QA 1SKWA 2P1JA 3OS2A 3CM6A 2DY4A 3A2FA 2GUIA 4C8NA 2KQ2A 4HHTA 1U48A 4IG0A 1A5WA 3LZJA 4OPJA 3K2PA 3L3VA 3DMJA 3CG7A 4HUGA 3LPUA 1DLOA 2LSNA 5J2PA 1D8YA 1QQCA 1RT6A 1IKWA 4M3UA 2D5RA 4FJ8A 4O4GA 1JLBA 3U3GA 4CFBA 3KK3A 3NBPA 4CHYA 2DFFA 3SV4A 3VN5A 4Z0UA 3WNHA 2RN2A 4G1QA 4CFDA 3ZT1A 3C6UA 2RKIA 3V6DA 5FDLA 4DTXA 3F73A 1X9MA 2YNHA 3DM2A 1NKCA 2HHQA 1TK8A 3OS1A 4PUOA 4E19A 3HVTA 4PQUA 2ZD1A 4RW7A 1T8EA 1CXUA 1LWCA 2HNZA 4MQ3A 2XY8A 4M45A 3RTVA 1VSKA 4E7KA 4FJ9A 1JXBA 2RF2A 1HYZA 3VQCA 1RTDA 1RDCA 4KHWA 4CJVA 1RDDA 1NKBA 2HB5A 1DTTA 3C6TA 5T7BA 1EP4A 3DLKA 4CEBA 2QKKA 1VSIA 5KI6A 4AHTA 4NCAA 3QEPA 4CEDA 4B9LA 4FJJA 4DQQA 4HCCA 3QIPA 1VRUA 2OPRA 3VQDA 4B9TA 4NYNA 5E41A 3NH2A 4HVJA 1BHLA 2VWJA 2IDOA 3ZSYA 2YNIA 1T05A 2HHUA 2YNFA 1KFSA 1JL1A 1HQUA 4ID1A 4OPKA 3ZSVA 3TABA 1L5UA 3VQEA 3VQ7A 4DG1A 1GOAA 1I3AA 1NJZA 3KD1E 4FM0A 4DF4A 3U6FA 2Q3SA 1RBUA 3AO1A 2Y1IA 3LAKA 4Z4CA 4N76A 3V81A 1A5VA 1C0UA 3NCIA 1RTJA 3AVBA 3QINA 4AHSA 3SZ2A 1S5JA 4HCBA 3L2UA 3JYTA 1XHXA 4ELTA 3LAMA 4CF8A 4YFUA 2IS3A 1B92A 2PZSA 5DMRA 1LAWA 3QNOA 4FJ7A 4Z4EA 2HVIA 1L3VA 4EZ9A 4CIGA 4KB0A 3OYAA 4CF2A 1VK0A 4PY5A 1TGOA 2PY5A 3V1OA 3NH1A 4FM2A 2KZMA 4DMNA 4IBNA 1WSEA 1Q8IA 1S9GA 2DFHA 2ITGA 2YHBA 3MECA 5KGXA 3AO2A 5CYQA 1X1PA 3ZT0A 4YNQA 1WSFA 3KJVA 4DSKA 4DLGA 3KTQA 3ALYA 1WLJA 4Z4HA 4KV8A 3HXMA 2P51A 4CIFA 3K5MA 2HHWA 1JLQA 3O4QA 4NCBA 4FJIA 4AILC 4F2RA 1YTAA 1Q9YA 4E1MA 1SKRA 1L3SA 2JGUA 4TSXA 3HSTB 1KTQA 2KTQA 4CGDA 3NF6A 4DTRA 2OA8A 3C94A 4OKEA 1QS4A 3TR8A 3OYIA 1QTMA 4F2SA 1J54A 3DRSA 3NF8A 4RW9A 1S1VA 1IKXA 2OPSA 3THVA 2HMIA 3UIQA 5HRPA 4FVMA 3OJSA 3SV3A 4GMJB 1NJWA 1MU2A 2VG6A 5C24A 1KVBA 4CFAA 3RR8A 3ZT4A 2OPQA 4CJRA 4KREA 3DLEA 4W5OA 2ATQA 2KFZA 4JS5A 4KFBA 4FJKA 4KAZA 4I7FA 4CHQA 3O3FA 4FCYA 3RRHA 4BACA 3QETA 4DTSA 1NK7A 4M3WA 1EX4A 4B8AB 5FROA 4NYFA 4HUFA 3SPZA 3WNEA 1TKTA 1NJXA 2XRIA 2VG7A 2B4JA 1U4BA 3O4NA 4B9SA 4KI4A 1RBTA 2XO7A 3AVGA 4FXDA 1RBVA 2E6MA 1T03A 4CHOA 4DFMA 4CF0A 4DSFA 4DU3A 2YV0X 2Z1IA 4OVLA 4ZHRA 2HHSA 5D3GA 4F3TA 1Y97A 3SQ1A 4O5BA 3OYEA 4FJHA 3TAFA 2QK9A 3P83D 4O55A 1QE1A 1REVA 4K8XA 4IG3A 3ZSOA 3AVLA 3U3YA 4C8KA 3ISNC 4C8MA 4Z4FA 4FYDA 3PX6A 3TWHA 3DYAA 2O4GA 4FJMA 1IKVA 3QLHA 4W5NA 5SZTA 4PWDA 4CHPA 3PX0A 3AO4A 2EHGA 1RTIA 1IH7A 1WSJA 3KLIA 2FBTA 3LPTA 3OS0A 2HNDA 3OYBA 2F8TA 1C6VA 2KFNA 1VSJA 3LALA 4IFVA 3QERA 3S3NA 1B9DA 2OPPA 1Z26A 1BGXT 5HRNA 1TL3A 5I3UA 4N5SA 1JLFA 3QO9A 1C1CA 4ELUA 1TK5A 3PUFA 4BDZA 1W0HA 2HNYA 1C0MA 3ASMA 1JL2A 3HPOA 4ICLA 4E7LA 4K8ZA 1HRHA 4KI6A 1ZBHA 3M8SA 2XY5A 3DLGA 4W5RA 2BDPA 2FBVA 3K5LA 4CHNA 1KVCA 2QKBA 3LANA 1ASVA 3V1RA 3MXMA 1LWEA 3VQ9A 4OLAA 4LSNA 1LW0A 1WN7A 4LSLA 3SUQA 3TARA 2G8WA 4DSLA 4R5PA 4FJLA 3HVRA 1TVRA 3HPGA 4DQSA 3M8RA 4GVMA 4CK1A 1G15A 3SI6A 1ZBUA 3DRPA 4CEZA 5I42A 1BQMA 4MFBA 2HHVA 3D45A 4CESA 2KZZA 3SJJA 4Q5VA 4FK4A 3P1GA 1U04A 1UOCA 2FBXA 3KK2A 3AA3A 3VQBA 3EZ5A 1NK5A 5CZ2A 1IKYA 2JLEA 3ZSRA 3MXJA 4CF1A 3IS9A 4CIEA 1RT1A 1S1UA 3H08A 3M8QA 3L2QA 2HW3A 2Y1JA 3NF9A 3V9ZA 3PX4A 3SQ2A 4WE1A 3RR7A 4KHNA 4B9MA 3TAGA 1SL0A 1S9EA 1BIZA 2IOCA 1QSLA 5FRNA 1LAVA 2ZQBA 4CJQA 4FZZA 4AHVA 1X9SA 1VSFA 3SUPA 3HJFA 5J2MA 5J2QA 4KTQA 3ZSZA 2P5GA 2OYQA 4I9QA 1S1XA 1HJRA 3C95A 1NK9A 2X74A 4CE9A 3VQ5A 3SQ4A 3QEIA 4KTWA 4E0DA 1RBSA 1S1WA 2WOMA 4OLBA 1GOCA 2R7YA 3NF7A 4CJWA 1VSLA 4J2DA 3RMAA 1NK8A 4B8CA 3AVIA 1NOZA 1D9FA 1CZBA 5HRRA 2XY7A 4M3TA 5CY4A 1VSEA 1RT5A 4CJ5A 1YTUA 1D5AA 1U49A 5K14A 3RRGA 1WSGA 1VRTA 4QAGA 1U47A 5HBMA 3DI6A 1LV5A 1S1TA 3L2VA 1EETA 3KLHA 2DFEA 4OGEA 4CK2A 4UQGA 3AV9A 3OY9A 4E3SA 4FK2A 2Z1JA 4N56A 4FK0A 2I5JA 1QHTA 2OZSA 3KKSA 3NGYA 1Q9XA 4B3OA 4BE0A 4I9LA 4FJGA 1GOBA 4DLEA 2D0AA 4Q0BA 4DTUA 2O4IA 3AVAA 1C0TA 1RT7A 4CEFA 1BCOA 4GW6A 1CXQA 4CJKA 2EX3A 1KCFA 3M8PA 4BE1A 4JS4A 1TAUA 3ZT2A 1S6PA 2Z1GA 3AO3A 4IFYA 2A1SA 3KLGA 4FLVA 1YT3A 4FW1A 4B9VA 2BANA 3PV8A 2AJQA 3I0SA 4DWIA 1S6QA 1RDAA 3VQ6A 1A5XA 4H4MA 4M3RA 4N47A 2HVHA 3DLRA 3VQ8A 3L2WA 1JLEA 2G8HA 5EU7A 3S9HA 4CECA 4XIUA 3PO4A 5DK5A 5KTQA 2B6AA 1L3UA 4ZTFA 3OYDA 1ZBLA 1KFDA 2ZE2A 4E7IA 3RMCA 5J2NA 4DTJA 3TAMA 4CJLA 4W5QA 3NH0A 3NGIA 1JXEA 1WSHA 3B6OA 3LP3A 1HNIA 4C8LA 1ASWA 2E4LA 3TAEA 4JLHA 3MEDA 2XHBA 1ITGA 3T19A 4EP5A 5C42A 3HP6A 4EZ6A 4M42A 3L2RA 3QEXA 1TV6A 3OYHA 1NOYA 1SKSA 3HT3A 2G8VA 3T1AA 3CFRA 4OGCA 1Z25A 1RT3A 3CM5A 3CFPA 2W42A 4AHRA 3VA0A 1IG9A 4Y1DA 1FKOA 2YKNA 4JRQA 2DTUA 3DRRA 3LP1A 4KO0A 4CGHA 4CJUA 4AHUA 3QNNA 4J2AA 1UAXA 1NJYA 4LY7A 1VSHA 2RPIA 2X6NA 5HP1A 1BI4A 4BE2A 2IC3A 1UA0A 3AA5X 1QSYA 3SPYA 3SYZA 1RNHA 1EXQA 4CGFA 3S3MA 3EY1A 3ITHA 4DU4A 3OVNA 4IDKA 4ZTJA 4CF9A 3SUOA 4E7HA 2F96A 4E7JA 1HMVA 1JLCA 4DSJA 4CGIA 3K5OA 3VQAA 3LZIA 3BDPA 4BWJA 5JS1A 4CJ4A 2VWKA 3V9XA 1HYSA 1RT2A 4FLWA 3DOKA 1IO2A 1UA1A 3OYCA 4KHUA 4OKJA 4O0IA 4DFKA 4ELVA 3MEEA 3HL8A 1O1WA 2G8KA 4CEEA 1SL1A 5HRSA 1T7PA 1BCMA 4RW4A 4CJEA 3E01A 3QEVA 3AVCA 1B9FA 4KHYA 4JRPA 2Z1HA 3K5NA 1C1AA 1NK6A 3AVFA 5C25A 4CK3A 1N5YA 3AVMA 3F9KA 3ZSXA 3I0RA 1XC9A 1NKEA 4CJTA 2D0CA 4DFPA 4Y1CA 3B6PA 2BE2A 1WAFA 1RCHA 2FBYA 3HP9A 4AHCA 3V9WA 2XY6A 2OZMA 4IKFA 1RDBA 1W9HA 4B9UA 3OYJA 1XWLA 4BWMA 4KTZA 4NCGA 3ZSQA 3HM9A 4DTNA 3QEWA 3V9UA 3T3FA 3SUNA 3SQ0A 1BQNA 3MXIA 3AA2A 3TAPA 1L3TA 1KLMA 1RILA 3BGRA 3WNFA 3K59A 4F3OA 4QCLA 4M41A 1J5OA 1TKZA 2A1RA 1FKPA 1CLQA 4KPYA 4CEOA 1NK4A 4M3YA 4L8RB 4AH9A 1KRPA 5J1EA 1WNSA 2G8IA 4FM1A 1NK0A 4CGJA 2KW4A 4DF8A 3S3OA 4FZYA 2NUBA 3EYZA 1TL1A 1HQEA 1J53A 4F4KA 3P5JA 1XI1A 4CJPA 1RTHA 3OYMA 3V4IA 3QIOA 4J2EA 4FLXA 1N6QA 4DTMA 2BGGA 1WSIA 2X78A 3MEGA 2YKMA 4ID5A 5KGWA 3NE6A 4W5TA 1DTQA 3AO5A 4H8KA 4RW6A 3IRXA 4DSEA 4O44A 1XHZA 4KHQA 3SNNA 3L3UA 4CCHA 1TAQA 3LP0A 4FJNA 3KIOA 3NDKA 3AA4A 4Z4GA 1UWBA 3ZT3A 4CERA 1J9AA 4HUEA 4FJXA 5SWMA 4E1NA 3OJUA 3KK1A 2B5JA 4FLYA 4DFJA 5KRTA 1LW2A 1JLGA 3VQPA 4CGGA 4C8OA 2HHTA 3G0ZA 4CFCA 2G8UA 4DQPA 1QSSA 2ETJA 5JS2A 1K6YA 3O3GA 4CHZA 2WONA 2GBZA 1EKEA 1FXXA 1SV5A 3OYNA 3HK2A 1BI4B 3O3HA 3OYFA 3NFAA 3LDSA 1C1BA 4FZXC 4PA1A 3G10A 4DU1A 3PY8A 3HPHA 4DSIA 4M3XA 3PO5A 3K58A 4KHSA 4O0JA 4H4OA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1K8KA 2Q1NA 2NRRA 5EXWA 1F21A 3AVJA 1Z05A 3VEYA 4LH4A 3KKRA 3L0QA 1VSDA 5M1OA 4OKKA 1NBWA 1U6ZA 2PBDA 3EKUA 4Y0WA 5CYMA 3VQ4A 4BDPA 3DOLA 3KLFA 1WOQA 3MK6A 4DTPA 3FZLA 1U2VA 3RMBA 4I2PA 4M3ZA 1BUPA 3KD5E 4GKJK 3IAYA 3K9JA 2YI1A 2D0BA 3LDLA 3EEQA 4MDBA 2PYJA 1JCFA 4JKBA 1NGFA 3U9DA 4BRMA 4DV3K 2QWQA 3SMSA 1KSPA 3TANA 1HPZA 3OYKA 1BA1A 4E1JA 4FW2A 4FL9A 4EAHD 4DV0K 2PYLA 4Z4IA 3AVHA 3WEEB 5AQMA 3V1QA 3CYMA 2F8SA 3ZSWA 5GAHP 3RWUA 2YNGA 4KB1A 3D2FA 3VENA 4F8RA 4CJSA 1BL3A 4BC4A 1ZBFA 4CW7B 1OVYA 5BPMA 3OYLA 4CEAA 1KRPA 4QOZB 2IVOA 1HX1A 4PKIA 2DY4A 4PKGA 2BUPA 2KQ2A 3CJCA 4EFHA 5H1SQ 1U48A 4OPJA 4QS7A 3L3VA 4MLEA 2Q31A 5J2PA 1RT6A 1IKWA 2OZMA 4CZEA 3V9SA 4CFDA 3WNHA 4G1QA 2HMPA 3ZT1A 4CJ7A 3ZLJA 5FDLA 3F73A 3ZYYX 3DM2A 1YJWN 2O8EB 2QXLA 5AQWA 3BEXA 1OH6A 1S72N 3HVTA 4YOWA 4RW7A 1VQ9N 3RTVA 1K8AO 2QW9A 2RF2A 3VQCA 2J4RA 1RTDA 1RDCA 1K8KB 5JVHL 1OH7A 4AHTA 2F4VK 2OPRA 1GLBG 4NYNA 3NH2A 2VWJA 4U7BA 1U2VB 4OPKA 3TABA 3VQEA 1HNXK 4BVOA 3CCMN 1I3AA 4FM0A 3TSPA 5KPZA 3AO1A 1SS6A 5BRDA 2YCHA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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