1GOBA

Cooperative stabilization of escherichia coli ribonuclease hi by insertion of gly-80b and gly-77-> ala substitution
Total Genus 50
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
50
sequence length
155
structure length
155
Chain Sequence
MLKQVEIFTDGSCLGNPGPGGYGAILRYRGREKTFSAGYTRTTNNRMELMAAIVALEALKEHCEVILSTDSQYVRQAITQWIHNWKKRGWKTADKKPVKNVDLWQRLDAALGQHQIKWEWVKGHAGHPENERCDELARAAAMNPTLEDTGYQVEV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase(endoribonuclease)
molecule keywords RIBONUCLEASE H
publication title Cooperative stabilization of Escherichia coli ribonuclease HI by insertion of Gly-80b and Gly-77-->Ala substitution.
pubmed doi rcsb
source organism Escherichia coli
total genus 50
structure length 155
sequence length 155
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 1993-05-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00075 RNase_H RNase H
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1gobA00
1RT3A 3L2WA 3IRXA 3U3GA 3KLHA 1VK0A 4CFAA 1NK9A 3RRGA 3QEXA 4IFVA 4AHSA 4CIFA 4E3SA 3OYBA 4FZXC 1TKZA 3HP6A 3I0RA 1SV5A 4CESA 3U6FA 4M42A 2QKBA 4KRFA 4CFBA 5J2PA 1TVRA 4KKOA 2HHUA 4LY7A 4E1NA 1CZBA 3O3FA 1N6QA 3LAKA 1RDCA 1KLMA 3EY1A 4KHSA 3L2RA 4MFBA 3QESA 3DOLA 3V9UA 2DFFA 5FRMA 2OPSA 4FJGA 1KVBA 4CEEA 4G1QA 5HRPA 1ZBLA 3VQBA 3O4QA 1YVUA 1DTQA 2D0CA 1RDDA 2A1SA 4CEFA 1NK4A 4FW1A 1TK5A 4Z4EA 2KQ2A 4N47A 4FVMA 4CIEA 1ITGA 3WNFA 4ZHRA 3TR8A 4EZ6A 4KTZA 1F21A 3AVNA 3AVFA 4TSXA 1L5UA 3OS2A 3NHGA 5HRSA 4DSKA 2GV9A 3OYMA 1JLCA 1JLEA 4AHRA 4CF8A 3RMDA 1HYZA 1JLQA 3AO4A 3BGRA 1WAFA 4CF9A 4B9UA 4F3TA 3ITHA 3ASMA 4H4OA 1NOYA 1LWCA 2HHTA 4I7FA 4CJVA 1S1XA 3DLBA 4Z4HA 5KTQA 3OYFA 4R5PA 2O4IA 2OZMA 4C8MA 4DU4A 3G10A 3TABA 2HW3A 1JLFA 1NOZA 3IS9A 4CEBA 4CJ3A 4CF0A 3LWMA 4DQIA 4FJIA 1DTTA 3DLKA 4DTMA 4FJLA 3NFAA 5FROA 3HT3A 2F8TA 1EKEA 2YV0X 1VRTA 2E6MA 3LP0A 4KO0A 5CZ1A 5KGWA 5C24A 3K5MA 4FCYA 3KD1E 5KRTA 1VSLA 4I2QA 4OGCA 4C8KA 4OLAA 2DTUA 3VQQA 5JS1A 1WSEA 3WNGA 3SQ0A 4LH5A 3PX4A 4AHCA 4CGGA 4CJWA 3SQ1A 4GMJB 5KI6A 3QEIA 3M8SA 4E7KA 1IO2A 2HHQA 3EYZA 3S3MA 5HLFA 3L8BA 4CGFA 4DG1A 1QHTA 4EP5A 4QCLA 2QXFA 3SUNA 4KTQA 1HJRA 2YNHA 2BDPA 1G15A 1RILA 3QLHA 4BWJA 4FK4A 1HRHA 2D0BA 3AO1A 1S6PA 3DRRA 3P1GA 4YNQA 4BDZA 1WNSA 5CZ2A 3OYAA 4FLYA 4DTSA 3RRHA 2D5RA 3TANA 3PV8A 4O0IA 4DTOA 1CXUA 3V81A 4JRQA 1YTUA 1HNVA 4IG0A 3AVKA 3BDPA 5KGXA 3U3YA 2RPIA 3C94A 2FBTA 1NJZA 3NF6A 5EU7A 3TAMA 4M3WA 4KHQA 4KV8A 3K59A 1RT4A 3JYTA 1ZYQA 3VQ5A 1L3SA 2G8WA 2PYLA 4Y1DA 1RDAA 1S1TA 4KREA 3CYMA 3VQEA 1IKXA 1D9DA 2Z1HA 3MEDA 3L2QA 3OYGA 3SNNA 5HRRA 1FKPA 4CJLA 4CFCA 4FLWA 1LWFA 3AVBA 3TAPA 5J2NA 1IKYA 3LALA 3MEGA 4FW2A 3VQ9A 4PWDA 4M45A 4CJPA 4ZTJA 3KK3A 1ZBIA 4OPKA 2HNZA 1KSPA 1D5AA 1RT1A 4GW6A 3MECA 4LSLA 4FM2A 3OYEA 3S3NA 4F3OA 4LD0A 3NAEA 2ETJA 4O0JA 2XY5A 1BISA 4KB0A 3HSTB 4CJEA 3SQ4A 5SWMA 4N76A 4CF1A 4GVMA 3HJFA 1IG9A 1QS4A 5CYMA 2AJQA 5J1EA 4O5BA 4FLUA 3FFIA 3QETA 2IAJA 3ISNC 4ELTA 4K8ZA 4CJSA 1S9GA 3DRSA 2YNGA 4KAZA 3K5NA 4FZYA 2W42A 3A2FA 3QNOA 4CGJA 3K2PA 4PY5A 1J53A 3DLEA 2Z1JA 4KHNA 2XY7A 1RT5A 4ZTFA 3NE6A 3SUQA 3LWLA 3C6TA 4OKJA 1EXQA 2FBVA 1TKXA 4JLHA 1JXBA 3AA5X 1S1VA 3D0PA 4M3UA 3OYIA 2XRIA 1VSFA 1NJYA 3TARA 4KPYA 3LZJA 1UAXA 1RTHA 3C6UA 2P5GA 4H4MA 1UA0A 1A5XA 3AVJA 3T19A 1HQUA 1YT3A 2FC0A 3EZ5A 3V9XA 3IAYA 1Y97A 4B3OA 2YKMA 1NJWA 2XO7A 1JL1A 1O1WA 4FLTA 1CXQA 3K58A 4QAGA 1KLNA 3CQ8A 1D9FA 3CM5A 1R0AA 4CJTA 2IGIA 1T03A 4DQQA 4AHTA 3NF9A 1WSGA 1A5WA 5HRNA 1JLAA 2VG7A 3ZT4A 3KLIA 4FM0A 3AVIA 4H8KA 3KK1A 3V4IA 3RR7A 1KVAA 1RTIA 1NK6A 2HB5A 5C42A 4DSFA 3SV4A 1XHXA 3JSMA 5SZTA 4CHQA 3HO1A 1WAJA 1RT6A 3SPYA 4W5RA 3OYDA 3S3OA 4OKEA 3HVRA 3OY9A 4RW4A 3QNNA 5HP1A 3V1OA 2KFZA 3AA4A 2VG6A 4CE9A 2ZD1A 4PUOA 3TWHA 3CFOA 1LAVA 3T1AA 1KCFA 1RBUA 3TI0A 3PO4A 2P1JA 4DFPA 2PY5A 3LPTA 2XY6A 1NK7A 3L2UA 3THVA 3ZSVA 2G8IA 4FJ5A 3CFPA 2HHVA 2E6LA 3VQ6A 2XHBA 4Y1CA 1QTMA 3L3UA 3SJJA 4W5NA 1U45A 1T05A 3AVMA 4B8CA 3B6PA 4CF2A 1S9EA 1BHLA 4CJKA 4DU3A 4F4KA 1SKSA 3V6DA 4DF8A 3NH1A 1LV5A 4J2DA 4LSNA 4LH4A 2HMIA 1BL3A 2IOCA 3AVCA 1RDBA 4AH9A 1X9MA 3NGZA 1I3AA 4JS4A 2WONA 1B9FA 4NCGA 4B9LA 1VSJA 4N41A 4NCAA 2VWJA 1CLQA 3OYLA 1QE1A 4W5QA 2G8KA 4OLBA 2HHWA 4CHPA 4CK1A 3NGIA 3OJSA 2Y1JA 1IKWA 1X9SA 4CHNA 2BGGA 4W5OA 1TKDA 3AVAA 4CJ5A 1GOCA 3KTQA 2X74A 1QSSA 3ALYA 2D0AA 3P5JA 4IG3A 4KB1A 3E01A 1WSHA 1NK5A 4JRPA 4CEZA 3NH0A 4RG8A 4M41A 3OYCA 1WSFA 2G8FA 4HCCA 4KTWA 4XIUA 3QEPA 2KZMA 3ZSWA 3SUPA 1TAQA 4FYDA 3WNEA 4Q0BA 1GOBA 1DLOA 1I39A 1TK8A 2HVHA 1X1PA 2ZE2A 4FJHA 5CY4A 1NKEA 5J2MA 1REVA 4FJ9A 1FXXA 4B9MA 1LW0A 4F2SA 3KKRA 3ZSZA 5I3UA 2X6NA 4FJXA 4DFKA 4J2AA 3TAEA 3S9HA 2YHBA 3SZ2A 4B9TA 3RR8A 4CCHA 3HPOA 4W5TA 2ZQBA 2JLEA 4NYNA 4OPJA 3K5LA 4E19A 2OZSA 4BE0A 4NYFA 4L8RB 1JL2A 2Y1IA 1BIUA 3PUFA 3SV3A 4DTUA 4CK3A 1VSKA 1RT7A 3ZSQA 4Z4FA 4M3XA 4DSEA 1BCMA 1VSIA 4CJQA 1JXEA 4OKKA 2Z1GA 2G8HA 4B8AB 3OYHA 1C6VA 1JLBA 1FK9A 3V1QA 4FJKA 1TKTA 4OJRA 5DK5A 3T3FA 3VQAA 4DQRA 2B4JA 3DI6A 4BDPA 5JS2A 1B9DA 4I2PA 1JKHA 1UWBA 2B5JA 4E7IA 3PO5A 1CZ9A 3SQ2A 3TAFA 3VN5A 1QSYA 1NJXA 4CEAA 4UQGA 5KRSA 3HYFA 4HUGA 3LANA 1VSDA 1ZBUA 1L3UA 3OYNA 2QKKA 4E7HA 2PZSA 1XI1A 3ZT1A 2BANA 3OYJA 4HVJA 4DSJA 2KW4A 2YHAA 4IDKA 4DSLA 3KK2A 4RW6A 3PX0A 1TL1A 2E4LA 2GUIA 4Q5VA 3V9SA 4B9SA 3QIPA 3G0ZA 3KLFA 2QK9A 3KIOA 4CECA 3RMCA 4FJ8A 3M8PA 4O55A 2O4GA 4CGHA 4J2EA 1IH7A 1C1AA 2B6AA 3AVGA 3HXMA 2KFNA 1RTDA 3MXJA 4DQPA 4JS5A 1BI4B 3OS1A 1T8EA 1HQEA 1RCHA 4C8OA 4CEQA 3VQCA 1KRPA 4DWIA 1MU2A 4CJ4A 1GOAA 1T7PA 2IDOA 4DMNA 4HUEA 2OPQA 4KHUA 3ULDA 1UA1A 3QINA 1WSJA 3AO3A 2RKIA 4AHUA 1C0UA 3LPUA 1B92A 3ZT3A 2G8VA 4BACA 3ZT2A 1HMVA 3ZSYA 1RBSA 3LP3A 4B9VA 4N5SA 4CFDA 4MQ3A 1S6QA 2F8SA 3CFRA 1HYVA 2XY8A 4BWMA 3DM2A 2ATQA 4KI6A 4E1MA 4E89A 1KFDA 4WE1A 2OPPA 1TV6A 2HHSA 4CERA 4DTRA 1WLJA 3AVLA 1N5YA 5FDLA 1RTJA 3DMJA 3TAQA 2X78A 3IG1A 1J54A 3NBPA 4KFBA 1QQCA 3VA3A 2JGUA 3MEEA 1SUQA 5HBMA 4HHTA 4FLXA 3V9ZA 2OYQA 3NF7A 4RW7A 1HNIA 1LAWA 4FM1A 4FLVA 4DTNA 4F8RA 4CK2A 3ZSRA 3QERA 3V1RA 1RBTA 3NGYA 3RTVA 2GBZA 2Z1IA 1ASVA 4RW8A 4HUFA 1VSEA 3VA0A 1TK0A 3VQ4A 3VQDA 2HNDA 3KKSA 4O44A 3VQPA 3SUOA 3VQ7A 3OYKA 3SCXA 4BE1A 3AV9A 1Z26A 5C25A 4B9NA 1ASUA 4FJMA 4K8XA 1EETA 4KI4A 4DFMA 2A1RA 2RF2A 3NH2A 1YTAA 1IKVA 3ZCMA 2I5JA 1KTQA 5DMRA 3I8DA 5HROA 1SKWA 4ID5A 4C8LA 3UIQA 4M3ZA 3DLRA 4IKFA 4HCBA 4M3TA 4PQUA 2WOMA 3AO2A 1RT2A 3CM6A 1C1BA 2LSNA 1TGOA 3I0SA 3QO9A 3ZSXA 3RMBA 1RBVA 1HPZA 1C0TA 3AO5A 3L3VA 4I9LA 3ZT0A 1S5JA 3HM9A 3SYZA 3HP9A 3LAMA 1ASWA 2VG5A 1TAUA 4DTJA 5D3GA 1TL3A 2G8UA 2KTQA 4DTXA 1L3TA 1U04A 3LP1A 3SPZA 3L2VA 3AVHA 3RWUA 4M3RA 3HL8A 4IBNA 3B6OA 1J9AA 4ICLA 4DU1A 4FXDA 4IFYA 2Q3SA 1S1UA 4AILC 1BIZA 1EP4A 3P83D 3KLGA 4C8NA 1X9WA 2ITGA 1SKRA 2HNYA 4CIGA 4ID1A 4O4GA 4DLGA 1BQNA 1SL2A 3HPHA 2R7YA 3VQ8A 2IS3A 3QEWA 3MXIA 4CJFA 5E41A 2OPRA 3KJVA 2VWKA 1ZBFA 1W0HA 4YFUA 1FKOA 2DFEA 4OVLA 2NUBA 1Q9YA 3M8RA 1Z25A 3HVTA 1J5OA 4FK0A 3PX6A 3NDKA 1RNHA 3D45A 1C1CA 5K14A 3LP2A 3M8QA 1WSIA 3TAGA 1D8YA 4EZ9A 1XWLA 4FJNA 2IC3A 1NKCA 1Q9XA 3ZSOA 4ELVA 1EX4A 3O4NA 4DS4A 4FJ7A 3NCIA 3V9WA 4F2RA 2HVIA 1VSMA 4Z4GA 4E7LA 2DY4A 2RN2A 2YNIA 3O3GA 3QEVA 1QSLA 4BDYA 4DS5A 1NKBA 4I9QA 1JLGA 3CG7A 3OVNA 1BGXT 1LWEA 1RBRA 3NF8A 1U48A 1KFSA 3LDSA 4DQSA 4KHYA 4DSIA 3HPGA 1U49A 1BCOA 1UOCA 4KHWA 4BE2A 4DFJA 3K5OA 4FZZA 3OS0A 5CYQA 3HK2A 1A5VA 4CJUA 3C95A 4CGIA 2HHXA 2YKNA 4CGDA 2FBYA 4DLEA 3H08A 2OA8A 4OGEA 5I42A 4ELUA 3DLHA 1SL1A 4NCBA 2P51A 4Z4CA 1XHZA 4CJRA 4Z4IA 1HYSA 4QOZB 5FRNA 4CHYA 3RMAA 2EHGA 4B08A 4RW9A 2KZZA 3LZIA 1XC9A 3QIOA 4HTUA 1U4BA 2X6SA 4AHVA 2YNFA 1K6YA 4DF4A 1U47A 1WN7A 4E0DA 4PA1A 4J2BA 1VRUA 1BQMA 1W9HA 4EP4A 2PYJA 2FBXA 3KLEA 1KVCA 4CEOA 3K57A 2EX3A 2F96A 3MXMA 4FLZA 4Z0UA 4CEDA 3MAQA 1LW2A 3AA2A 3KD5E 1VSHA 3DOKA 4CHOA 1SL0A 3AA3A 1NK8A 1ZBHA 3DYAA 2DFHA 3DRPA 5T7BA 3F9KA 4FK2A 4FJJA 3O3HA 4M3YA 1C0MA 3PY8A 4E7JA 4N56A 3OJUA 1L3VA 2BE2A 4CHZA 3DLGA 4DTPA 1S1WA 3F73A 2P5OA 1NK0A 1Q8IA 3WNHA 3SI6A 1BI4A 5J2QA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2OTJN 4A5AA 3IRXA 2IVOA 3U3GA 3RRGA 4IFVA 3UB5A 2IVPA 4BR9A 2E5LK 2O8EB 5J2PA 4WQ4A 4LY7A 4E1NA 1CZBA 3O3FA 1N6QA 4BROA 4B3MK 1NMDA 1NMNA 1KLMA 3L2RA 2DFFA 2ZGYA 3L4IA 4AF1A 3O4QA 1DTQA 1RDDA 3MN6A 2KQ2A 3VF4A 2VGMA 4KTZA 1NBWA 3OYMA 1JLCA 1JLEA 1NGBA 1OVYA 3CJAA 4JEPA 4F3TA 1R59O 5AJ3K 5AQLA 3TTFA 3OYFA 2O4IA 2OZMA 4CD1A 3CQYA 3LWMA 4CF0A 4FJIA 3F9MA 4FJLA 5FROA 2F8TA 4IFEA 3M3ZA 3KD1E 5KRTA 4OGCA 4YORA 1M90O 4BRQA 2O8CA 4R79A 4LH5A 3PX4A 4AHCA 2P9LA 3QEIA 4E7KA 1QZ6A 2FSKA 4DG1A 3ZX0A 1T6CA 1QVGM 4YY3K 2YNHA 1G15A 1RILA 3O1WA 5JICA 3CPWM 3P1GA 5CZ2A 3PV8A 4DTOA 4PKHA 4IG0A 5KGXA 4BR7A 5GIOA 4JI7K 2RPIA 1VQMN 4BR0A 4QS7A 1NNEA 4M3WA 3N4QA 4KV8A 3JYTA 1L3SA 2G8WA 3VQ5A 2PYLA 1RDAA 1S1TA 1KXPA 4LC9B 2BUPA 3KVGA 1NGAA 3MEDA 3L2QA 3BY5A 5LMNK 5F0XA 2QWNA 3SNNA 4DHYA 4H5RA 2A42A 4CJLA 5LY3A 3IUCA 4CFCA 4FLWA 1LWFA 3O80A 3TAPA 1LCUA 1S3XA 4FW2A 4ILGB 4FWKA 4ZTJA 1ZBIA 4OPKA 1WBBA 4YOYA 5BN9A 1NWKA 3LM9A 4JI1K 2Q2RA 3C0BA 3QETA 2IAJA 2GWKA 4CJSA 3CCQN 3P4IA 4KAZA 3SBTA 4FPAA 3K5NA 2W42A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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