1GOBA

Cooperative stabilization of escherichia coli ribonuclease hi by insertion of gly-80b and gly-77-> ala substitution
Total Genus 50
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
50
sequence length
155
structure length
155
Chain Sequence
MLKQVEIFTDGSCLGNPGPGGYGAILRYRGREKTFSAGYTRTTNNRMELMAAIVALEALKEHCEVILSTDSQYVRQAITQWIHNWKKRGWKTADKKPVKNVDLWQRLDAALGQHQIKWEWVKGHAGHPENERCDELARAAAMNPTLEDTGYQVEV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Cooperative stabilization of Escherichia coli ribonuclease HI by insertion of Gly-80b and Gly-77-->Ala substitution.
pubmed doi rcsb
molecule keywords RIBONUCLEASE H
source organism Escherichia coli
molecule tags Hydrolase(endoribonuclease)
total genus 50
structure length 155
sequence length 155
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 1993-05-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00075 RNase_H RNase H
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1gobA00
2X78A 1QTMA 3KLEA 2YNFA 1NJZA 1TK0A 4RW4A 1Q9XA 2X6SA 3AA4A 3IRXA 3V81A 1TGOA 3NFAA 4N5SA 1D9FA 1RDBA 3SV3A 1ZBHA 3HM9A 2G8WA 3SQ2A 3C6UA 1UAXA 3AO5A 3G0ZA 1HNVA 4CFAA 4Z4CA 3AA5X 4UQGA 2JGUA 3MEEA 2FC0A 4KI6A 1LWEA 1RT6A 2I5JA 4DQSA 4B9LA 3ZSZA 2BGGA 4FYDA 4DTJA 3AVCA 5HBMA 3LAMA 2VWJA 1X9SA 4E19A 4JS4A 1EKEA 3L3UA 3VQ4A 1HJRA 1X9MA 1IKXA 3O3HA 1LAWA 3WNHA 1CZ9A 2P51A 3THVA 1C0MA 2FBVA 3LP2A 2Y1JA 4I2PA 4F8RA 1C1BA 1W0HA 2X74A 2OPRA 3V9WA 1VSHA 3EY1A 4OKKA 3HJFA 4CF8A 4CE9A 3SUOA 1U45A 4DWIA 4CJ5A 4KPYA 2ETJA 2HHSA 2BE2A 4CHQA 3KK3A 2XHBA 4NYNA 4BDZA 1ASWA 1BI4B 3NF6A 2F8SA 4DQQA 4QCLA 4IG3A 3NH1A 3DOLA 3OYAA 1RDDA 3RMDA 4ZTFA 1WAFA 1C1AA 3AV9A 1EETA 1VRUA 4BDYA 2OA8A 1B92A 3LAKA 3WNEA 3NAEA 3RRHA 3JYTA 1ASVA 4C8KA 2HHQA 2F96A 4RG8A 2PY5A 2PZSA 4Q5VA 3QEPA 1FKOA 4CEAA 3OYLA 3C94A 1VSEA 3AVKA 4Z4GA 4O5BA 4M42A 4Y1CA 3CFRA 4CGDA 3V9XA 4E7IA 1SL2A 1BIZA 2LSNA 3ITHA 4AHCA 1JLEA 4YFUA 5I3UA 4EZ6A 3E01A 3L2VA 4DSKA 3L2RA 2OPPA 4CHNA 1VSKA 3ZT3A 4JS5A 1RBRA 2IOCA 4DS4A 2OYQA 2Y1IA 1EX4A 4HVJA 4KTZA 3OYNA 4CF1A 2FBXA 4CEFA 4B9VA 4NCGA 1Z26A 1TKXA 2D5RA 3M8QA 4M41A 3V1RA 4CIFA 5HROA 4IFYA 4E7KA 1JLAA 3P83D 2Z1GA 1XWLA 2JLEA 3DI6A 4MQ3A 4LSNA 1VSMA 1TKDA 3LZJA 4CEBA 3PX4A 4Y1DA 1NKBA 3SJJA 1ZBFA 3AA2A 3MXJA 1NOYA 4H8KA 1D8YA 4M3ZA 1JLBA 1XI1A 4CF9A 2KFNA 1IO2A 5HRNA 2X6NA 3QLHA 4LY7A 5T7BA 4KFBA 1ASUA 1DTQA 3OYMA 3QEIA 1NK9A 4DU1A 4DSLA 2ITGA 1HYVA 3O4NA 3ZT4A 3SYZA 4FW1A 3KK2A 3HO1A 1RBTA 1YVUA 1LW0A 2IAJA 1RT1A 3NBPA 3OYGA 2DFHA 4DTPA 3K5MA 3D45A 4HHTA 3TARA 3K5LA 2RF2A 3O4QA 2HHUA 4IG0A 3ZT0A 2IS3A 1HQEA 3VQPA 1TL3A 1TKZA 4CFDA 5KGWA 4DSFA 3G10A 1JXBA 1BHLA 3AO4A 1L3TA 3KTQA 1A5VA 1T05A 3OJSA 4F2SA 4KAZA 4FZYA 3KKSA 1NKEA 2KTQA 3DRSA 3OYIA 3V9ZA 2PYJA 3QEVA 3QNOA 3TAQA 1WSHA 1B9FA 3NF9A 4CJKA 1KSPA 3NF7A 1QSSA 4FZZA 1SL0A 4HUFA 4FK4A 4FM1A 4OGEA 3OS0A 2DFEA 2G8IA 4CHPA 4DFMA 4M3UA 3ZSVA 4Z4IA 3MXMA 3P1GA 4AHUA 3CG7A 3L3VA 1R0AA 1VSFA 1Q9YA 1KLNA 1BQMA 3IS9A 3KLGA 5FRNA 3SQ1A 4ELUA 3SV4A 4KKOA 1S6QA 2ZE2A 4CEQA 3TAEA 4GVMA 3AO2A 1JKHA 1UWBA 4ID5A 4AHRA 4O0JA 1RTDA 4B9NA 3C95A 5FRMA 3AVFA 4DQPA 4O0IA 3KLFA 1NK7A 1RTJA 4Z4EA 1TKTA 3VQEA 3NGIA 3KLIA 3BGRA 2E4LA 3ZT1A 4KV8A 3CYMA 2XY7A 3L2UA 4DS5A 1JL1A 3PO5A 3LPTA 4H4OA 4DG1A 1GOBA 3QETA 2XY5A 3TI0A 3CQ8A 1C0TA 2KZMA 4Z0UA 2OPSA 4KB0A 2D0AA 1KCFA 1LW2A 4OKJA 1HMVA 4OKEA 4KTQA 3NGZA 3UIQA 4IFVA 4O4GA 2KFZA 4E7JA 4OJRA 4JRPA 4ZTJA 3TAGA 2HNZA 1CZBA 4J2BA 1QS4A 4E89A 3QIOA 1MU2A 3AVNA 4DTSA 1S5JA 3V9UA 2GV9A 3AA3A 3A2FA 1Q8IA 4FVMA 2PYLA 3ZCMA 4KO0A 3K59A 2P5OA 2HW3A 1BL3A 2YNIA 4FLWA 4CJSA 4DTXA 1N5YA 4BDPA 3ZT2A 1KTQA 1X1PA 2B6AA 4DTNA 3V6DA 3SPZA 2D0BA 5FDLA 2Q3SA 2QXFA 4EP5A 4M3WA 4C8LA 4DSJA 3DM2A 2BANA 1G15A 4H4MA 4AHTA 3LP0A 1C6VA 4E1NA 1QSYA 1NJXA 2HMIA 3OJUA 3RMAA 4BE2A 4AHSA 1SKWA 4DLEA 4OLAA 5SWMA 4HUEA 3ZSWA 3SCXA 3ASMA 4FJXA 4KI4A 1WSJA 1RT3A 4OGCA 4CEDA 3VN5A 3AVLA 2OPQA 3MEGA 3PX6A 3S3NA 1QSLA 1CXUA 1GOAA 1RTHA 1RNHA 1WAJA 3K57A 1JLFA 4FLYA 3BDPA 3F73A 1UOCA 3DLKA 2HHWA 4FJMA 2HNYA 3M8PA 4W5TA 3QO9A 4I7FA 3JSMA 1CXQA 3OYHA 2RKIA 5CZ2A 3RMCA 4FLZA 4E1MA 3VQCA 1TK5A 4F3OA 1WSEA 4CEEA 4NCAA 2GUIA 4CESA 4B9MA 4N76A 1SKSA 5KRTA 4BWJA 2QK9A 3LWMA 3DLBA 2XRIA 1BIUA 3HXMA 3NHGA 4FLUA 4CJTA 4NCBA 3ZSQA 3HVRA 3SZ2A 3RR8A 1NK0A 4ZHRA 4CK2A 3C6TA 1O1WA 4CF0A 4LSLA 3U3YA 3MAQA 3V1QA 4FJNA 1UA1A 3KD5E 4CGJA 4G1QA 4CJPA 3VQBA 5J2PA 2FBTA 4DF4A 1FXXA 4E0DA 3L2QA 1RT7A 3NE6A 2VG6A 4B08A 1U47A 3VQDA 3DOKA 3HP9A 3D0PA 4BE0A 1N6QA 4Z4FA 2HVHA 1REVA 3K2PA 1L5UA 4KHQA 4KHWA 1BQNA 4K8XA 4RW6A 4I9LA 1A5WA 1QQCA 2D0CA 4WE1A 3PY8A 4PQUA 3SI6A 1I3AA 1Z25A 3QINA 1ZBLA 2P5GA 2HHXA 3ALYA 3ZSYA 1XHZA 3NCIA 2GBZA 4M45A 3V1OA 3AVGA 4CJ3A 3I0SA 4O44A 1CLQA 4EP4A 4F4KA 1J9AA 3K5OA 3ISNC 4HCCA 1TAUA 1ITGA 1GOCA 5J1EA 2DY4A 3OYEA 3ZSOA 1BCMA 1VSIA 4LH4A 3VQQA 2B4JA 5HRSA 1RBSA 4Z4HA 4N56A 4PUOA 2G8UA 3MECA 3SQ4A 1J53A 2YKNA 3B6PA 3LANA 5HRPA 5KI6A 3KK1A 3ULDA 1L3VA 5CYMA 1UA0A 1VSLA 3S3MA 3P5JA 1LAVA 3VQ8A 4CFCA 4JRQA 3I8DA 5HP1A 1JXEA 2Z1IA 2F8TA 1S1XA 4KREA 2W42A 4CF2A 4C8NA 3QEXA 1RBVA 2G8FA 3HT3A 4CJRA 4B9UA 4DFPA 4NYFA 3HYFA 3EZ5A 1KFDA 2KQ2A 5C42A 3CFOA 5J2QA 3QEWA 3PUFA 1F21A 2VWKA 1ZBUA 3HPHA 3RR7A 1L3UA 4B8CA 4CJVA 5E41A 3NDKA 2G8KA 3OYFA 4FJKA 5HLFA 1VRTA 5EU7A 3VQ7A 3OVNA 4KHUA 2IDOA 3SUPA 5KGXA 4BE1A 1WN7A 2G8VA 3OYJA 1FK9A 4FJ7A 3IG1A 1D9DA 3PV8A 4DTUA 4W5NA 1S6PA 4CJWA 3AVMA 3DRPA 4BWMA 3ZSRA 1NOZA 4M3YA 3DYAA 4RW8A 4CHOA 4DQIA 2YNHA 2XY6A 3MEDA 4HUGA 3M8RA 4OPKA 1HNIA 2YHBA 3DLRA 4KHSA 2P1JA 2XY8A 2YHAA 1C1CA 4OVLA 3ZSXA 1U4BA 4PWDA 1BGXT 3F9KA 3KKRA 3RRGA 4CGGA 3TAMA 4FJ8A 1JLQA 2QKKA 1KFSA 2RPIA 4JLHA 3CM6A 2DFFA 3CFPA 4IKFA 1T7PA 1WSFA 4MFBA 3VQ9A 4DTMA 5CY4A 4CGFA 4DLGA 4E3SA 2KZZA 1BI4A 4IDKA 2OZMA 1RDCA 3QNNA 4M3RA 3TWHA 2ATQA 1U49A 2HVIA 2O4IA 4HTUA 2Z1HA 4CERA 3K58A 4J2DA 4O55A 5D3GA 1FKPA 1KVCA 1TK8A 1KLMA 3RTVA 3QIPA 1X9WA 1NJWA 4OLBA 3SQ0A 1TVRA 1NK4A 4CIGA 3VA3A 1D5AA 1IG9A 1LWCA 4N41A 2BDPA 1S9EA 4ELTA 5I42A 1S9GA 5KTQA 3AO3A 4GW6A 4E7LA 3DRRA 4FJHA 1B9DA 4BACA 4FK0A 4KHNA 1QHTA 1NJYA 3T1AA 4CJFA 5J2MA 3TABA 3O3FA 3IAYA 5JS1A 1EP4A 4OPJA 1EXQA 3SUQA 4M3TA 2ZD1A 4FLTA 1YTUA 2DTUA 1IKYA 3VQ5A 3QERA 4DQRA 4DMNA 5SZTA 4DSIA 4CEOA 1HQUA 3OS2A 3NF8A 2E6MA 5FROA 4J2EA 4HCBA 4FXDA 4YNQA 4FM2A 1NK5A 4C8MA 3OY9A 3OYCA 1U48A 1VSDA 4AILC 3PX0A 4B3OA 3AO1A 1Y97A 2YNGA 1S1WA 1SV5A 3HVTA 3TR8A 1ZYQA 3LP1A 3I0RA 4LH5A 2WONA 3B6OA 3OYBA 1RDAA 4FW2A 4EZ9A 1W9HA 5DMRA 1TAQA 5JS2A 2YKMA 4DSEA 4FJGA 3U3GA 3QESA 2A1RA 4FJLA 3AVBA 1RTIA 2WOMA 4KHYA 3HSTB 2EX3A 5CYQA 4N47A 3AVAA 4PY5A 3RWUA 4CJQA 1ZBIA 3WNGA 3DLHA 2VG7A 5HRRA 2HHTA 3HPGA 2FBYA 1VSJA 5C25A 1T8EA 4FJ9A 3HL8A 3O3GA 2XO7A 4DTOA 1HRHA 4IBNA 4DU3A 1SL1A 4CK3A 2O4GA 3WNFA 4CJ4A 3H08A 4CJUA 1YT3A 1TL1A 3SUNA 4CGHA 4Q0BA 3AVHA 3LDSA 1RT2A 3S3OA 1IKVA 1K6YA 3S9HA 3KIOA 3U6FA 2Z1JA 3T19A 4FJIA 4M3XA 3VQ6A 2E6LA 3FFIA 1SUQA 1WSIA 2EHGA 4RW7A 4L8RB 3V9SA 2IC3A 4ICLA 4B9SA 3HPOA 1IH7A 2B5JA 2HNDA 3KD1E 1KRPA 4RW9A 4AHVA 1A5XA 2YV0X 4DFKA 1J54A 5J2NA 2ZQBA 1JL2A 4LD0A 4GMJB 1NKCA 3L8BA 4FZXC 4FJ5A 4W5RA 1XC9A 1DTTA 3DLGA 3LP3A 1XHXA 3T3FA 1NK8A 1VK0A 2A1SA 1HYSA 4AH9A 1S1UA 4W5OA 2QKBA 2AJQA 5KRSA 3EYZA 1RT5A 3MXIA 1RCHA 1NK6A 1HYZA 5K14A 4F2RA 3LZIA 2HHVA 3LPUA 3AVIA 4CHYA 3OYKA 4FM0A 4ELVA 4F3TA 3OS1A 4QAGA 2VG5A 3PO4A 3L2WA 4W5QA 2IGIA 4I9QA 1YTAA 3DLEA 1TV6A 1J5OA 4KB1A 1T03A 4CECA 4XIUA 3HK2A 1LWFA 4ID1A 4B8AB 3NGYA 1WLJA 4DFJA 4CIEA 3LALA 4QOZB 2RN2A 3HP6A 2OZSA 4PA1A 4B9TA 1DLOA 1WSGA 2HB5A 2G8HA 1RBUA 1JLGA 3TANA 1I39A 2KW4A 5C24A 3TAFA 2NUBA 3VA0A 4DTRA 1L3SA 3RMBA 1C0UA 1S1TA 5DK5A 3M8SA 4CFBA 1RT4A 3AVJA 1KVBA 4FLXA 4CHZA 1WNSA 4R5PA 4CGIA 4FJJA 4FCYA 3KJVA 4CJEA 3LWLA 3VQAA 3K5NA 4FK2A 3KLHA 1KVAA 3V4IA 3CM5A 1LV5A 3OYDA 1RILA 3DMJA 1BISA 4CK1A 4DU4A 1HPZA 1BCOA 4J2AA 4KRFA 1QE1A 4CJLA 3SNNA 1IKWA 4DF8A 4FLVA 1JLCA 4TSXA 4E7HA 4CEZA 4CCHA 1SKRA 4K8ZA 5CZ1A 2R7YA 3SPYA 3TAPA 1S1VA 3NH2A 4I2QA 4C8OA 4KTWA 3NH0A 1U04A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5A2QO 4RCHA 1NJZA 2X6SA 4QOZB 4K25A 2NRZA 3NFAA 1RDBA 2VYPA 1ESVA 2JGUA 3ZSZA 2ASMA 5HBMA 3LAMA 1X9SA 3FGUA 3OBWA 1EKEA 3L3UA 1HJRA 4OPHA 1X9MA 4BR9A 3O3HA 1CZ9A 2P51A 4DR6K 3HRGA 2Y1JA 4I2PA 1C1BA 2D4WA 4H0XB 3EY1A 3FE1A 4BRNA 3HJFA 3H1QA 4CF8A 4CE9A 1BA0A 3SUOA 1U45A 4DWIA 2HHSA 3CJCA 2XHBA 3KK3A 1BI4B 2CGJA 4DQQA 3THYA 4QCLA 1RDDA 4KBOA 3CCSN 1C1AA 1EETA 4BG8A 2HHQA 4U67L 2F96A 2PY5A 4A5BA 1YJ9N 4CEAA 4Y1CA 4E7IA 1XNQK 4FVUA 1JLEA 3E01A 3L2VA 2V7YA 2NRRA 2VCPA 1HKGA 1WOQA 3RSEA 1Z26A 1TKXA 3E9PA 1VQLN 3M5RA 1XWLA 2JLEA 3CCUN 1GLDG 3PX4A 1NKBA 1NOYA 1D8YA 1VQON 4JI4K 4CF9A 2O8CB 3OYMA 5BPLA 1DTQA 2QWLA 4IEIA 3ZT4A 3SYZA 3KK2A 3HO1A 3OYGA 1RT1A 4DTPA 4M63C 3D45A 4HHTA 3MWTA 3O4QA 2HHUA 3THXA 2A6AA 3M1FA 4FWNA 4CFDA 3G10A 1JXBA 1BHLA 3KTQA 4F2SA 2PBDA 4KAZA 1HKCA 3KKSA 3V9ZA 3TAQA 1B9FA 4CJKA 1KAZA 3CCRN 4FZZA 2G8IA 1J6ZA 2D1KA 4M3UA 3ZSVA 3MXMA 2IVOA 4A62A 4AHUA 1TYQB 5FRNA 2F4VK 4KKOA 1IBMK 2W6KA 4LC9B 1UWBA 2P9UB 1KXPA 4ID5A 4AHRA 3H3OB 3AVFA 2GX9A 4JKCA 4DQPA 1NK7A 4BC2A 3HOTA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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