1RFQA

Actin crystal dynamics: structural implications for f-actin nucleation, polymerization and branching mediated by the anti-parallel dimer
Total Genus 91
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
91
sequence length
371
structure length
361
Chain Sequence
TTALVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPRHDSYVGDEAQSKRGILTLKYPIEHGIITNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPTLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNVPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVLDSGDGVTHNVPIYEGYALPHAIMRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFVTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFENEMATAASSSSLEKSYELPDGQVITIGNERFRCPETLFQPSFIGMESAGIHETTYNSIMKCDIDIRKDLYANNVMSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWITKQEYDEAGPSIVHRKCF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Structural protein
molecule keywords Actin, alpha skeletal muscle
publication title Actin crystal dynamics: structural implications for F-actin nucleation, polymerization, and branching mediated by the anti-parallel dimer.
pubmed doi rcsb
source organism Oryctolagus cuniculus
total genus 91
structure length 361
sequence length 371
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2003-11-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.30.36.70 Mainly Beta Roll Actin; Chain A, domain 2 Actin; Chain A, domain 2 1rfqA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1rfqA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1rfqA03
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 1rfqA04
2EWSA 5AZJB 3AAPA 4FPAA 2D0OA 3C0BA 3MN5A 2QWMA 1IJJA 2GELA 4PKHA 5KPRA 3DJCA 3CQXA 4EHUA 4DCHA 3MCPA 4MLHA 2OANA 3FLCO 4H0TB 5AQSA 5AFUH 4CD1A 5BRHA 1X3NA 2P9SA 4H5RA 4BRHA 1YVNA 1BA0A 1GLAG 3WUHA 1ATSA 3D2FB 4BRGA 1LOTB 3BUZB 2D0PA 4RWTA 1Y64A 1TUUA 1ZXOA 5E26A 4JNEA 4JN4A 2KHOA 3HSCA 3U4LA 2P9LA 3CERA 4FWSA 3UKRA 5F1XA 2E8AA 5ADXH 4RCHA 5LJWA 1NM1A 2QW9A 3AARA 3O1WA 3H3NO 4JHDB 4A2AA 2FSNA 1NGAA 2ASPA 3B8AX 1BWFO 3WEEB 4FWQA 2QWLA 3LDNA 3A5NC 1NLVA 1MDUB 3ULEB 1QHAA 2E1YA 2ASMA 4K25A 4B1XB 2YHYA 4FWRA 1GLCG 3GBTA 1BOTO 5EX5A 1NGJA 1X9JA 2P9NB 2NLXA 2V7YA 2P9KB 3TPQA 3H45C 3I8BA 2QWPA 1H1VA 1Z05A 1TUYA 2DPNA 3FZMA 3QMLA 1MWMA 4E1JA 3KZBA 2E2OA 2GTDA 1GLFO 1XC3A 1K8KA 4IZ9A 1ZBSA 2CH5A 2GEMA 3SK3A 3GE1A 1NGCA 1KAZA 3GDQA 3VETA 5AQIA 5I9EB 1SZ2A 5AZIA 5AQQA 4BR2A 3M1FA 5CE3A 3BEXA 4PL8A 5FPMA 3D2EA 3O4WA 4EFHA 4PKGA 4NO7A 5AQVA 4CBWA 3L4IA 1HKBA 3RSEB 2QXLA 4CZGA 2ITMA 2P9IB 4QS7A 3VEWA 3AY9A 1MWKA 2VWBA 3IDHA 5FPNA 1NGBA 4BQLA 4WQ5C 3DWLA 1G99A 3VGMA 4BC5A 3A5MC 3EKUA 2FXUA 2AA4A 5AQZA 4CJ7A 1U2VA 2I7PA 3J8AA 3CJ1A 5AQXA 4YDUA 5BPNA 4WQ4A 3UB5A 2IIRA 3ZEUB 4XH1A 1HPMA 1V4TA 3ZX2A 4BRPA 3U9DA 3F9MA 2PAVA 4B1VA 5AQMA 4FWKA 1RDWX 3L6QA 3R9PA 3VF2A 5BREA 4IJAA 2GWJA 4M7YA 2YJEA 3IMXA 3CETA 2CGKA 4RTFD 4L3QA 5BR9A 5LY3A 3MDQA 3VEZA 1ZC6A 1NGIA 4BRDA 3H46O 4CZIA 4BVOA 1NGDA 3SMSA 5KQDA 2A42A 1IG8A 3W0LA 4A2BA 2F9TA 3ZX0A 4KBOA 2H3GX 3SMPA 1T44A 4H5VA 4CBUA 4Y0WA 3VGLA 4XEIA 3JXUA 5JICA 3H3OB 4GY2B 5JMVA 1Z6RA 3AAQA 3LDPA 4QS9A 3CJ7A 3WQTA 4BREA 1YXQA 1S22A 2YJFA 4DHYA 2IVNA 1KAXA 4BR0A 3FE1A 1KXPA 4LC9B 2P9UA 1WOQA 3LL3A 5FPDA 1KAYA 4FOIA 4BR4A 3DXKA 1JCGA 3ID8A 1R59O 3FZFA 4ISGA 3C7NB 3UE5A 3WXIA 2P9PA 4FSVA 4JAXA 3DXMB 3FGUA 1NGEA 2Q1NA 3CJ9A 1RGIA 3MN6A 4IWVA 3WXJA 2A6AA 5AZJA 5AR0A 5AQUA 2IVPA 1DEJA 2ZGZA 5AFUA 3CHWA 5AQYA 4CD3A 3EZWA 1SQKA 2FLOA 3A5OC 4BRLA 5BRFA 2D4WA 4MO5A 5AQHA 5EY4A 3ZX3A 3VEYA 1BA1A 4BRCA 1MA9B 4BRNA 1C0GA 5KPZA 4DB3A 3D7EO 4XH4A 5TKYA 2J4RA 3CJCA 5ADXA 1HUXA 4XH5A 3D2FA 4NB4A 4I6MB 3FZHA 2PBDA 4A61A 3IFRA 4BVPA 4H0VB 2E2PA 2FF6A 2UYTA 1WUAA 2A3ZA 3EO3A 3KVGA 4WQ5A 4CZEA 4BG9A 3QDKA 4ISFA 3KHYA 5JLHA 3HM8A 3ZETB 2Q0RA 1XUPO 1E4GT 1D4XA 4CZMA 4BGAA 3VEXA 5AQNA 4BRQA 3MN9A 5AQLA 4JHDA 3UKUB 3O5BA 4BC4A 1TYQB 3WEEA 4EHTA 1OKJA 1RFQA 3WXLA 1LCUA 4AM7A 2GWKA 3HZ6A 3ULEA 5AQTA 1HJOA 1Q18A 4FO0A 3H6EA 4FWNA 4H03B 5JLFA 2GUPA 1BDGA 2BTFA 4CBXA 4BG8A 2W41A 3EKSA 3S41A 3R6MA 2P9NA 2HF4A 4H5WA 3OHRA 2P9KA 4B1UB 4BRMA 2ZF5O 4O5FA 4H0XB 3U9ZA 3U8XA 1NWKA 1YUWA 2P9SB 3LDLA 3G25A 3QB0A 3HTVA 4FWPA 3QICA 5AQGA 2NZTA 3CJBA 1CZAN 2YHWA 4H0OA 4HWIA 2HF3A 5AQKA 3VERA 3CIPA 3O6WA 3EN9A 3IUCA 3SJHA 3CQYA 3O1BA 2P9LB 4CZJA 5AQRA 3A5LC 3H1QA 3UKRB 5ELZA 4CZHA 3M3ZA 4FWOA 3CI5A 3R8EA 4FL9A 4B1WB 4CZKA 3GOIA 1DKGD 5EVZA 4DQ8A 4GNIA 1DGKN 1BUPA 2QM1A 3BP8A 3RSEA 4IXCA 1SAZA 2HMPA 5EXWA 2P9IA 3MK6A 3W3DA 2A5XA 3ATVA 3QBWA 4K43A 1BO5O 1JCFA 3LDOA 5F2RA 2Q97A 5BN9A 3SLCA 4YDUC 1NGGA 4BR7A 3JS6A 4WQ4C 1QQMA 1GLBG 1JCEA 5KPTA 1X3MA 3GG4A 4WYBA 1U6ZA 2YI1A 1ATNA 4H5NA 4PKIA 2BUPA 4O8KA 3LM9A 3ZEUA 1T6DA 3A8YA 4JD2A 2ASOA 1HKGA 4M7XA 3FFKB 2E2NA 1K8KB 3WQUA 4B9QA 5BN8A 4K42A 2E20A 2W40A 3VEOA 3FZLA 5KQ8A 2A41A 2WUSA 2IVOA 1QQNA 3LDQA 1GLDG 4HTLA 5EOYA 3CJAA 4BQZA 5AZIB 3TU5A 1ATRA 2CH6A 2V52B 4BROA 5AQFA 5AQOA 3D2EB 2ZGYA 2I7NA 3HBTA 4J8FA 4F9OA 3A0IX 4A62A 4CZLA 1HKCA 2AP1A 3VPZA 3VF6A 4C23A 5BPLA 5E84A 3VOVA 2Q0UA 4AM6A 3ATUA 4MO4A 2Q2RA 2QWNA 4BRIA 1P8ZA 1QZ6A 2CGLA 3VEVA 1J6ZA 3LM2A 4CI6A 3VESA 3WXKA 1T6CA 2FF3B 2D1KA 4QS8A 1U2VB 4K41A 2FSJA 2Q36A 3FZKA 2NRHA 2E1ZA 4H5TA 1C0FA 1S3XA 2A40A 3C7NA 3QFUA 2Q31A 4IO8A 3P4IA 3I33A 3VENA 4BR9A 5F0XA 4PL7A 4BR5A 3BF3A 2YCHA 3O80A 2QWRA 2V7ZA 3DXMA 3L0QA 1NBWA 4BRKA 4BRFA 2FSKA 2V51B 3EL2A 4BGBA 1ESVA 4IJNA 5AQPA 4EIAA 3ENOA 4ISEA 5B8HA 1E4FT 3H1VX 3WT0A 1NMDA 2ZWHA 2YHXA 1EQYA 4FWLA 3O08A 3QFPA 1QQOA 2HOEA 5FPEA 3MN7A 4H0YB 3M6GA 1XQSC 4BRAA 1NGHA 4MLEA 2E88A 4BC2A 3VF4A 4Z94A 5LJVA 1GLEG 5AQWA 2F9WA 1YAGA 3GL1A 1GLLO 4EAHD 2VCPA 3FR0A 2QWOA 4CZFA 4I6MA 5BRDA 1QZ5A 1HLUA 2E2QA 3ENHA 4B1ZA 1BG3A 2P9UB 3O8MA 4FOEA 4FPBA 1BU6O 4H0PA 3ZETA 3DXKB 1GLJO 3MMVA 3QBXA 1NGFA 2QWQA 4B1YB 4FWMA 3VGKA 5BPMA 4JD2B 3HI0A 4BC3A 1HX1A 2P9PB 3UKUA 4M63C 2VYPA 1TYQA 5AQJA 3DAWA 2CGJA 1V4SA 3BF1A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5AZJB 3AAPA 3LPTA 3CYGA 4O4GA 4F3TA 3T19A 3TAGA 3S3MA 3AVLA 4PKHA 1NJIO 2RN2A 1DTQA 3ZSWA 3TTFA 3NCIA 1Q86O 3MCPA 2P9SA 5JVGL 4OVLA 2XO7A 2QKBA 1ATSA 3D2FB 3DLHA 1Z25A 3HPOA 1LOTB 3KKRA 2D0PA 1C6VA 1RILA 1ZXOA 4DQQA 1S1UA 4JN4A 4B8AB 3MXIA 3F2KA 2XY5A 3CERA 3SQ1A 1ZBLA 4RCHA 1NM1A 3H3NO 1IG9A 1NGAA 4FLVA 1S6PA 3THXA 1BWFO 4NCAA 3RRGA 4C8OA 2QWLA 3QNNA 5IWAK 4JV5K 4ELTA 3OYLA 4CESA 5C25A 5GINA 4C8KA 4FVMA 2QTDA 2ATQA 1GLCG 4WE1A 4A5AA 1EWQA 1BOTO 1Q82O 5EU7A 2IC3A 3TPQA 3H45C 4FLTA 1Z05A 3VA0A 2A1RA 4FJNA 3NH2A 1K8KA 2ZM6K 2CH5A 3IAYA 1KAZA 3DLEA 1SZ2A 5AZIA 2E6MA 2DFHA 3O4WA 3J7ZO 3V9UA 3UIQA 4BEBA 4NO7A 4CBWA 5M1KA 1S72N 1KVBA 3L2WA 3HPHA 2ITMA 1MWKA 3IDHA 5FPNA 1NGBA 2F8SA 4KFBA 2KKZA 1HNWK 3VGMA 3LWLA 3SUPA 2AA4A 1J53A 5I3UA 3C95A 2VG6A 4H8KA 3J80O 1Q8IA 1V4TA 3SV4A 4BRPA 2KTQA 4B1VA 5AQMA 3L6QA 3OYHA 1TGOA 3VF2A 4FZZA 4C1NK 4F2RA 2YJEA 4FLYA 1IH7A 4CHQA 1NMNA 4RW7A 1ZC6A 3LP0A 4OKJA 4KB1A 4KI6A 5J2NA 4KHWA 3H46O 3SMSA 4CFBA 3JAMO 5KQDA 2E5LK 4CEBA 4FLUA 3ZX0A 3EYZA 4DFKA 4GVEA 3KK7A 1T44A 4CBUA 4Y0WA 4KTZA 3RWUA 3JXUA 3SAGA 3H3OB 1JXEA 3AAQA 3CJ7A 4LF7K 1LW2A 4DHYA 2C1GA 1KAXA 4BR0A 4FJGA 4GVMA 3V1RA 5FPDA 4GW6A 2NRRA 3P5JA 2VWJA 3RMAA 3ZCMA 1JCGA 3HYFA 4ISGA 3AVNA 2QKKA 4JAXA 4O0JA 1NGEA 3CJ9A 1RGIA 2OPPA 2ETJA 5AZJA 3EY1A 4IOXA 1L3SA 2ZGZA 5AFUA 4DV7K 3CCJN 4BRLA 2D4WA 4KHQA 5AQHA 4KTWA 1KLNA 3LAMA 3ZX3A 3O9TA 4BRNA 1ASUA 3AVJA 3NFAA 4QOZB 1WSIA 3D45A 4PY5A 3D7EO 4XH4A 4J2AA 5CZ2A 5TKYA 3TTCA 2J4RA 4A5BA 5ADXA 3D2FA 4CF2A 3FZHA 3NVMA 4BVPA 4B9LA 3F73A 2ZQBA 3V1QA 4GKKK 4CZEA 4JKCA 3V81A 4JI1K 2ITGA 1XI1A 3KHYA 3AVBA 1U48A 4BDPA 1E4GT 4AF1A 4CF1A 1KFDA 3O3HA 3CC4N 1KD1O 1RDCA 4BE0A 3O5BA 4FJ5A 1XHXA 1OKJA 1YITN 1J9AA 4FCYA 4JKEA 3HZ6A 5AQTA 5J2MA 4FO0A 4FWNA 4H03B 1HR0K 4CBXA 4CK3A 4FVUA 3S41A 4H5WA 1CZ9A 1SV5A 2HNZA 3V6DA 3P31A 1XNRK 1NWKA 4DR3K 2NRVA 3LDLA 1RT3A 3DLRA 1VSLA 3S3OA 2WTUA 1CZAN 4JRPA 2XRIA 3P1GA 3OS2A 3SPYA 3CIPA 3O6WA 3C6HA 3QEPA 5JENA 3CQYA 4E72A 2RPIA 4ICLA 1X9MA 2HNYA 1QSLA 2OTJN 2FBXA 3M3ZA 4DWIA 1N8RO 1FW6A 3GOIA 3OYAA 5EVZA 4DQ8A 1QQCA 4DTPA 3SUNA 3MEDA 1BUPA 2QM1A 4ZTJA 3SQ2A 4NXNK 3DM2A 5FDLA 3TR8A 4PUOA 1DLOA 3W3DA 2YNHA 5CYMA 3HSTB 1YJ9N 1OH7A 1BO5O 4B3RK 5F2RA 4X62K 1ASVA 2UXCK 1VQ7N 4YDUC 2VG7A 4KH5A 3OW2M 4I7FA 3ZSRA 3AVHA 1JJ2M 1RDDA 2YI1A 4CIFA 4JI4K 1TK5A 1T6DA 3A8YA 3RR8A 2W00A 3OYFA 1R0AA 2ASOA 5M1OA 2E2NA 2KLAA 3V4IA 3WQUA 4E19A 4YOWA 5M1PA 1A5WA 4K42A 2E20A 3V9XA 3QEWA 4IG0A 5C10A 1OH6A 1QTMA 3VQ4A 4DU3A 3VQ5A 3RR7A 2CH6A 2V52B 4I2PA 5AQFA 1XC9A 1WSFA 4FLZA 3D2EB 4BWMA 4RW9A 1HYVA 4HUEA 3A0IX 1VK0A 4CJFA 4C23A 2QEXN 3VOVA 3LANA 4LF5K 2Q2RA 4GV9A 1X9SA 1HNVA 2HMIA 2CGLA 5JVHL 3PV8A 4KTQA 3KK3A 2O8EB 3VESA 3VQ7A 4JEPA 1TAQA 3AO1A 3VQPA 3HPGA 2NRHA 2X6NA 1NK9A 5HRPA 3HJFA 2HHSA 3MX2A 3I33A 1NNEA 2QWRA 1B9FA 1NBWA 3HP6A 2V51B 3ZSZA 3LP3A 3NF7A 4EIAA 4ISEA 3CC7N 3E66A 2EHGA 3HP9A 3WT0A 1YT3A 5M1NA 2ZWHA 1VQKN 3VQEA 3O08A 3QFPA 1QQOA 1RBUA 3K9KA 1IKVA 5HOOA 4YOYA 1TL1A 4B3SK 5E41A 3KIOA 4NYFA 1YVUA 3KLIA 1Q7YO 5LJVA 4E7HA 2IS3A 4DR1K 1QE1A 4E7IA 1BGXT 1GLLO 3S9HA 4OPHA 1YI2N 3OYKA 1RDUA 3EE9A 4MDAA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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