1RFQA

Actin crystal dynamics: structural implications for f-actin nucleation, polymerization and branching mediated by the anti-parallel dimer
Total Genus 91
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
91
sequence length
371
structure length
361
Chain Sequence
TTALVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPRHDSYVGDEAQSKRGILTLKYPIEHGIITNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPTLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNVPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVLDSGDGVTHNVPIYEGYALPHAIMRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFVTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFENEMATAASSSSLEKSYELPDGQVITIGNERFRCPETLFQPSFIGMESAGIHETTYNSIMKCDIDIRKDLYANNVMSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWITKQEYDEAGPSIVHRKCF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule keywords Actin, alpha skeletal muscle
publication title Actin crystal dynamics: structural implications for F-actin nucleation, polymerization, and branching mediated by the anti-parallel dimer.
pubmed doi rcsb
source organism Oryctolagus cuniculus
molecule tags Structural protein
total genus 91
structure length 361
sequence length 371
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2003-11-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.30.36.70 Mainly Beta Roll Actin; Chain A, domain 2 Actin; Chain A, domain 2 1rfqA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1rfqA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1rfqA03
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 1rfqA04
5AQLA 4EHTA 4FOIA 3SMSA 2E2OA 1S3XA 2J4RA 2KHOA 3H3NO 3AY9A 4ISGA 5F1XA 1QQMA 1S22A 1QZ6A 5ELZA 4IJAA 5EOYA 3UB5A 3UKUB 4AM7A 3VEVA 1E4FT 3GG4A 3ULEA 2Q31A 2YCHA 3MN6A 3C0BA 5BREA 4BG9A 3QB0A 1NWKA 3A5MC 2ZGZA 4FWNA 4BC2A 3KHYA 4BRMA 4CBXA 4E1JA 3JS6A 1T44A 3WXIA 2EWSA 3GBTA 5I9EB 5AQOA 5AQXA 4BR4A 3U8XA 1BWFO 1RFQA 2V51B 4CZGA 2CGJA 2VCPA 2YHWA 4BRLA 1HPMA 5BRFA 3HBTA 1ATRA 4BRHA 4FPBA 4EHUA 5F2RA 1GLJO 1OKJA 3EKSA 1YUWA 3ID8A 5F0XA 3FLCO 3HM8A 3R6MA 4WYBA 1NGEA 2A42A 4CZJA 3RSEA 3MCPA 3L0QA 3QMLA 4K25A 1BOTO 4FWLA 4B1ZA 3VEXA 3ZETA 2ZWHA 3ENOA 4QS7A 4JHDA 4L3QA 2FSKA 1GLBG 2HF4A 3CJAA 4CZKA 4CD1A 3HI0A 1DKGD 1ATNA 5KQ8A 4MO5A 2E1YA 3LDLA 5AZIB 2I7NA 1JCEA 3G25A 2GWKA 3AAPA 2I7PA 3FZFA 3LM9A 3WXJA 1QQNA 3VEZA 4IZ9A 1KAZA 4JD2B 3S41A 5TKYA 3VF6A 4PL7A 4H03B 5E84A 3U4LA 4PKHA 4H0XB 1KAYA 3EZWA 1NMDA 2VYPA 3EL2A 4H0YB 4BREA 5JMVA 4CBWA 4XH5A 4A62A 3LDOA 5JLFA 4BQZA 3MN9A 1T6DA 3D2FA 2ITMA 4BQLA 4Y0WA 3VETA 2CGLA 3LM2A 3KZBA 3ULEB 3KVGA 4FWQA 4DHYA 2D0OA 3VOVA 5AQKA 1HKBA 4ISEA 1GLEG 3EKUA 4FO0A 3SMPA 3UKRA 2QW9A 4BRCA 4BRPA 3DJCA 4FWSA 1IJJA 2IVPA 2OANA 2P9SA 4O8KA 5AQVA 3FGUA 3VF4A 4BRAA 2WUSA 4KBOA 1KXPA 4WQ4A 3I8BA 4H5VA 4EIAA 3FZLA 4WQ5C 2ZGYA 2UYTA 4ISFA 1BA1A 3U9ZA 4NO7A 2ZF5O 2YHXA 2ASPA 3UE5A 1Z6RA 3QICA 4WQ5A 1Z05A 2YJEA 2E2PA 2P9IA 1NGBA 2QM1A 1NGIA 5BRDA 1H1VA 4O5FA 3WEEA 5ADXA 3O8MA 4QS8A 4A61A 2E8AA 2D1KA 4BRKA 2YI1A 4RTFD 1BUPA 3RSEB 2BUPA 4FWPA 2A5XA 4BRNA 1NGAA 5BN8A 4H0TB 4QS9A 1ZXOA 4CZHA 4B1VA 1QZ5A 3ZETB 3FR0A 2P9LA 3MK6A 2A6AA 4JHDB 4BR9A 5AFUA 3CQXA 4HWIA 3O1WA 4BRFA 3O4WA 2F9TA 5AQJA 5BR9A 3H45C 3H46O 3VGLA 4XH1A 3WXLA 1NGGA 4IWVA 2QWRA 5BPLA 4I6MA 1X3NA 2FXUA 3TU5A 3DXMB 3SJHA 5AZJA 2AA4A 4IXCA 3FZKA 1Q18A 3L6QA 4K42A 3VEWA 3R9PA 3U9DA 1V4SA 4CJ7A 5AQYA 1K8KA 2W41A 3R8EA 3LDQA 2QWOA 3CJ1A 3VGKA 3A5NC 5BN9A 2AP1A 3CIPA 3JXUA 4JN4A 4EAHD 2DPNA 1DEJA 2CH5A 4RCHA 1GLAG 1U6ZA 3D2FB 3AARA 1HKCA 3BP8A 1MWMA 5EY4A 1JCFA 5AQWA 1Y64A 2IIRA 1J6ZA 4B1XB 3MN5A 3A5OC 4BRGA 3H1QA 4A2BA 3UKRB 2V7ZA 2GELA 3VENA 4XH4A 2P9SB 3MMVA 4FWRA 5FPEA 3WUHA 3CHWA 3CETA 3DXMA 1NGFA 2Q1NA 4GNIA 5B8HA 3O6WA 2ASOA 2FLOA 4CI6A 4BC5A 4BR5A 4CZLA 3O1BA 2P9IB 1HKGA 2PBDA 2E1ZA 4BVOA 3WEEB 4JNEA 3QBXA 2Q0UA 4LC9B 3VGMA 1X9JA 1NGDA 5AQHA 3C7NB 3M3ZA 1HJOA 5KPZA 5AQQA 4DB3A 5FPMA 4YDUA 4M7YA 1YVNA 1IG8A 5LJWA 3ENHA 5AQPA 2A40A 1SQKA 2P9LB 1MWKA 2FSNA 2NZTA 2ASMA 3GL1A 2A41A 1TYQA 1BDGA 3HTVA 4BG8A 4GY2B 3WT0A 4H0OA 4DQ8A 3LDPA 2QXLA 3SK3A 4I6MB 1JCGA 5E26A 4WQ4C 4RWTA 5AFUH 1R59O 1YXQA 3H3OB 5AZJB 5AQRA 1X3MA 2F9WA 3QDKA 1NLVA 4EFHA 4BVPA 4DCHA 1BG3A 3TPQA 4J8FA 3WXKA 1C0FA 1GLFO 3CI5A 2V7YA 4A2AA 3ATUA 3H6EA 1K8KB 3DWLA 4PKGA 3A8YA 4PKIA 3J8AA 4IJNA 3W3DA 2QWLA 1C0GA 4IO8A 3H1VX 4MLEA 2IVNA 4BR2A 3C7NA 5KPRA 3A5LC 4K41A 3O5BA 1ATSA 3MN7A 4FL9A 4CBUA 3BF1A 3GDQA 3AAQA 2YHYA 4PL8A 4FOEA 4AM6A 2P9NA 3ZEUA 2PAVA 4BROA 1NGJA 4CZFA 4MLHA 2FSJA 4H0PA 1EQYA 1ESVA 2Q36A 2IVOA 2Q0RA 2QWQA 5CE3A 3A0IX 2E20A 3QFPA 3ZX2A 3VEOA 3IUCA 4B1UB 2FF6A 2P9UA 1XUPO 3BUZB 2CGKA 1LCUA 4M7XA 5AQSA 3CJ9A 4JAXA 5FPDA 1YAGA 1BO5O 3D2EA 1QQOA 4FWMA 3IMXA 5EVZA 4HTLA 3M6GA 1HX1A 4K43A 2CH6A 4CZIA 2QWPA 1HLUA 3CERA 3CJCA 3EN9A 3FZMA 1G99A 2GUPA 4XEIA 3VPZA 2P9PA 3P4IA 1T6CA 4B1WB 3MDQA 2FF3B 2Q2RA 5LJVA 3OHRA 1DGKN 1TUYA 4H5WA 4FWOA 4H5NA 4H0VB 2NLXA 4FPAA 3BEXA 1SZ2A 1V4TA 2E88A 3DXKA 3I33A 3O08A 5AQZA 1U2VA 5BRHA 3VF2A 1RDWX 2P9KA 4BGAA 5KPTA 1WUAA 3IFRA 1TYQB 4M63C 5EX5A 2H3GX 1WOQA 4BR7A 4C23A 2NRHA 3EO3A 4MO4A 1MA9B 2GEMA 3WQUA 1NM1A 4H5TA 1HUXA 4F9OA 2D4WA 3QFUA 1LOTB 3CJBA 3FFKB 5AQUA 3ATVA 2QWMA 4FWKA 3UKUA 3SLCA 4CD3A 5EXWA 1KAXA 1GLLO 5AQFA 2E2QA 1TUUA 1E4GT 4YDUC 4FSVA 3QBWA 5AQTA 2QWNA 3M1FA 2GWJA 3FE1A 4CZMA 4BC4A 1P8ZA 2VWBA 3VEYA 2P9NB 3ZEUB 3B8AX 5ADXH 4BRQA 1BU6O 2BTFA 1SAZA 2HMPA 2HOEA 3D7EO 4BRIA 5KQDA 3CJ7A 4BC3A 2YJFA 1XQSC 1QHAA 4Z94A 2P9UB 3WQTA 4CZEA 4BGBA 5AQNA 3ZX0A 3DAWA 3D2EB 2V52B 5AQMA 1BA0A 5AQGA 3W0LA 1NBWA 3FZHA 3LL3A 2P9PB 3GOIA 2D0PA 3CQYA 1ZBSA 3F9MA 1MDUB 2GTDA 1D4XA 4BRDA 3IDHA 5LY3A 2W40A 1GLCG 2E2NA 4NB4A 2Q97A 1ZC6A 1NGHA 5AZIA 1CZAN 5AR0A 1GLDG 3DXKB 3LDNA 3BF3A 2HF3A 1U2VB 3L4IA 5BPMA 1XC3A 3O80A 2A3ZA 5FPNA 3GE1A 4B9QA 5JICA 4JD2A 2P9KB 3HSCA 1NGCA 5AQIA 3HZ6A 4B1YB 5JLHA 3ZX3A 3VERA 4H5RA 3VESA 4BR0A 5BPNA 1RGIA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1IKVA 4EHTA 2YNHA 1NKBA 3H3NO 1Z26A 4MFBA 1A5XA 5F1XA 3EEQA 3L3VA 1TV6A 2W6LA 4G1QA 4IJAA 3UKUB 1LW0A 5FRNA 5C2DA 3NHGA 4DSIA 4DTJA 4FYDA 3PSIA 1Y97A 3KLFA 3CCJN 4JI4K 3C0BA 1EP4A 1ZBIA 3QIPA 4FWNA 4ICLA 4CBXA 4NCGA 4E1JA 3JS6A 2EWSA 2HB5A 1VHXA 5AQOA 4BR4A 1RFQA 2CGJA 4E0DA 4BRLA 2DTUA 3VA0A 4KAZA 2IAJA 4BRHA 4FPBA 3OY9A 5F2RA 1GLJO 4CJSA 4YNQA 3QO9A 3AGRA 5F0XA 2G8UA 4JV5K 3AA4A 3N4QA 2QKKA 3ZSWA 3EE9A 3RSEA 3MCPA 3KLEA 4CIGA 2XY5A 4CHQA 2BANA 3AVBA 4FWLA 2F8SA 3C6HA 2Z1GA 1SV5A 2FSKA 1GLBG 5C10A 5J2PA 4CD1A 1ZBFA 4BE1A 1SS6A 2E1YA 4E19A 3PLAA 2YX6A 1OH8A 2GUIA 1J9AA 2ZE2A 2PYLA 3ZSVA 1HQEA 3G25A 3LAKA 3AAPA 3WXJA 1VSIA 3OW2M 3QETA 4PL7A 4H03B 5E84A 1DT9A 1KVCA 1N6QA 1ILYA 3EZWA 1LAWA 3QINA 2VYPA 3I0RA 5HRNA 2O8BA 4M3WA 2OPRA 3LDOA 4BQZA 3O9QA 3ZYYX 2BDPA 2KKZA 3L2UA 4B9UA 3V1RA 2OTJN 1TKDA 3C95A 2NRXA 4CHPA 4DR6K 4HUFA 4CJFA 1VK0A 5CHIA 1YT3A 1FKPA 2QW9A 3ENBA 3ZSOA 4BRPA 4W5TA 4FWSA 4CERA 1C1AA 4BE2A 3LWLA 3RRGA 3FGUA 3NF9A 2WUSA 4CJPA 4H5VA 3MCAB 3FZLA 1JLQA 4NO7A 2YHXA 2Y1JA 3UE5A 1Z6RA 3QICA 1U48A 4KREA 1VQ8N 3RTVA 1ZYQA 4A5BA 1NGIA 1IKYA 2VQEK 1RT6A 4EP5A 3WEEA 4FXDA 1O13A 4RTFD 2XY6A 4OKKA 3NF8A 1HJRA 4IBNA 3RSEB 4WFNL 3H08A 3HO1A 1WAFA 2A5XA 4O8UA 4CCHA 1OH7A 4DR1K 1ZXOA 4F2RA 3MAQA 3QERA 4GW6A 4BR9A 5AFUA 3O1WA 1YITN 4E7JA 5BR9A 4CGJA 4BDZA 1JJ2M 3VGLA 4XH1A 2O8DA 3MX2A 4F8RA 1NGGA 4FLXA 1RT3A 3DXMB 2HNZA 3MWPA 3SJHA 5AZJA 4JI1K 4CJKA 2Y1IA 2WFBA 3FZKA 4CFBA 1CXUA 2WC9A 3R9PA 1SL2A 3VQ9A 1YJ9N 4JKDA 1RBVA 1V4SA 3R8EA 1NK8A 2O8BB 4HHTA 2AP1A 3CIPA 3CCQN 2RKIA 4HTUA 2CH5A 4RCHA 1QS4A 4BE0A 4CJLA 4B9MA 3TAEA 1LW2A 1JCFA 3QEIA 1Y64A 5HRSA 4WCEL 2O8CA 3MN5A 4AHSA 3ASMA 1IG9A 1WSIA 1SKSA 3PX0A 1TVRA 4E7KA 2KLAA 4CGGA 1KC8O 4FWRA 3CHWA 3CETA 4DSKA 4W5NA 3NE6A 1NGFA 4OO1J 4GNIA 3OYJA 2ASOA 1NK5A 2WBNA 3VQ7A 4FM1A 2W42A 4OGCA 1VSJA 3TI0A 1RDAA 3HOSA 2E1ZA 3TSUA 4BVOA 5GAGP 3WEEB 3CFRA 2E6MA 3SQ2A 2Q0UA 3VGMA 2WTUA 4CF9A 5AQHA 3C7NB 3NCIA 3M3ZA 1HJOA 4O4GA 1IG8A 1WSEA 1RILA 1Q9XA 1SQKA 1RT4A 3E9LA 5H1SQ 4CIEA 3THYA 3VA3A 3SUNA 1N36K 2FSNA 5I42A 4Q5VA 4DQSA 3E66A 3GL1A 1GOBA 2A41A 1BDGA 3HTVA 4FK4A 3CFPA 1JLGA 2O8DB 3LDPA 2B6AA 1JCGA 5E26A 4RWTA 3AVJA 4IO9L 4RW7A 5AZJB 1X3MA 2F9WA 3QDKA 1XI1A 4EFHA 4DCHA 3FFIA 4JKGB 1VRTA 1RT1A 4J8FA 3WXKA 4OKEA 3CI5A 4E3SA 3AO2A 3VQEA 3OYHA 4DF4A 3TTFA 3A8YA 3ULDA 3RRHA 4DTRA 1I94K 2QI2A 4WE1A 3L2RA 4MLEA 3OBWA 2IVNA 4YORA 4BR2A 4FLVA 3QLHA 4K41A 3PIPL 3AVHA 3O5BA 4FL9A 1D5AA 4PL8A 4OGEA 4FOEA 1TK8A 2P9NA 4BROA 3OYCA 1NGJA 1EQYA 2O8CB 3K58A 3HVTA 2IVOA 4NLCA 1QVGM 5CE3A 3ZX2A 2E20A 4CEAA 3VEOA 1DLOA 3IAYA 4DLGA 2FF6A 1XUPO 3ZSRA 1NKEA 1LCUA 4DSEA 3I0SA 4KV8A 4ZTJA 1EX4A 4K0KK 3TTCA 2HMIA 1YAGA 3V9ZA 1QQOA 4I2QA 4K43A 3HJFA 1HLUA 3CJCA 4JKCA 3BGRA 2P9PA 4U7BA 4FJ5A 4JEPA 3NH2A 1P90A 1CLQA 2Q2RA 5LJVA 3OHRA 5C25A 2UXBK 1K9MO 4OLAA 5GIOA 3KD5E 4YOTA 1VQ7N 4H0VB 1SZ2A 4Z0UA 2DFFA 4IG0A 3THYB 3NGZA 3G4SN 2G8WA 1RDWX 5J1EA 1ASVA 4DSFA 2KQ2A 1HQUA 3K5LA 2C1GA 2H3GX 2KFZA 1KQSM 4CGIA 2NRHA 4KH6A 4IEIA 4MO4A 4H5TA 2UXCK 1HUXA 1JLFA 4CEOA 2HHIA 1HMVA 1LOTB 3ATVA 1VQ9N 2QWMA 4FWKA 3M8SA 3SLCA 3F9KA 3EE8A 5EXWA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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