3QMLA

The structural analysis of sil1-bip complex reveals the mechanism for sil1 to function as a novel nucleotide exchange factor
Total Genus 114
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
114
sequence length
377
structure length
377
Chain Sequence
NYGTVIGIDLGTTYSCVAVMKNGKTEILANEQGNRITPSYVAFTDDERLIGDAAKNQVAANPQNTIFDIKRLIGLKYNDRSVQKDIKHLPFNVVNKDGKPAVEVSVKGEKKVFTPEEISGMILGKMKQIAEDYLGTKVTHAVVTVPAYFNDAQRQATKDAGTIAGLNVLRIVNEPTAAAIAYGLDKSDKEHQIIVYDLGGGTFDVSLLSIENGVFEVQATSGDTHLGGEDFDYKIVRQLIKAFKKKHGIDVSDNNKALAKLKREAEKAKRALSSQMSTRIEIDSFVDGIDLSETLTRAKFEELNLDLFKKTLKPVEKVLQDSGLEKKDVDDIVLVGGSTRIPKVQQLLESYFDGKKASKGINPDEAVAYGAAVQAGV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural analysis of the Sil1-Bip complex reveals the mechanism for Sil1 to function as a nucleotide-exchange factor.
pubmed doi rcsb
molecule keywords 78 kDa glucose-regulated protein homolog
molecule tags Chaperone/protein transport
source organism Saccharomyces cerevisiae
total genus 114
structure length 377
sequence length 377
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.6.4.10: Non-chaperonin molecular chaperone ATPase.
pdb deposition date 2011-02-04
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.30.30 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Defensin A-like Defensin A-like 3qmlA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3qmlA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3qmlA03
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 3qmlA04
4JD2B 4PKIA 1GLAG 4DCHA 2E1YA 2PAVA 5BN9A 4PL8A 4PL7A 3QBWA 5AQXA 5EY4A 2QWQA 5AQSA 4BRNA 3CERA 3FZFA 2ZWHA 4JD2A 5AQRA 3FZHA 3C7NB 1BU6O 3SMSA 3WQUA 4B9QA 2YHWA 5TKYA 3VENA 1TYQB 2A41A 1HKBA 1E4FT 4K41A 1GLFO 4B1UB 2P9PB 4NO7A 4M7YA 2HMPA 3F9MA 2I7NA 3I8BA 3C7NA 2E1ZA 1DGKN 4H0OA 3SLCA 1TYQA 4CZHA 1Q18A 2E8AA 2P9PA 2QM1A 1NGAA 1ZC6A 2P9SB 3ENOA 2QXLA 4XH1A 4BR5A 2YJFA 3ZEUA 3M6GA 3DXMA 3AAQA 3D2FB 4E1JA 1C0FA 1MDUB 1R59O 4BR4A 1BA1A 2P9SA 1HJOA 3D2EB 4ISGA 3D2FA 4ISEA 3WQTA 4H5RA 5EVZA 3EL2A 1QQNA 3U4LA 3VEXA 3LDOA 5BPLA 1HPMA 3GOIA 4BQLA 3QFUA 3CJ7A 1JCEA 4BRAA 3FFKB 4BRLA 4MLHA 3O08A 5AFUH 4GY2B 3W3DA 3ATUA 3D2EA 5AQVA 3ID8A 4FOEA 5AQHA 3H1QA 5AQJA 2CH6A 1ATRA 1X3MA 2A42A 4HWIA 3FZLA 5BPNA 3U8XA 3QMLA 1Z6RA 2P9LB 5KQDA 4FSVA 4H5WA 1GLLO 4XEIA 1NMDA 3VGMA 3VEVA 2CGJA 1J6ZA 4WQ4A 4FWOA 1BO5O 3DXKB 2FSJA 2P9IB 4A2BA 1DKGD 2Q31A 1U2VB 4IZ9A 2QWMA 3BUZB 1LOTB 2ZF5O 2A6AA 1BUPA 3P4IA 5BPMA 2ASMA 2P9LA 4BC5A 3GG4A 2HF4A 1NBWA 1SAZA 5JICA 4H03B 4QS9A 5ADXH 4FWLA 2P9IA 3A0IX 5EOYA 1U2VA 4YDUC 4H0TB 2QWRA 5AQWA 3VETA 3HTVA 3HZ6A 3QFPA 2Q0UA 1QZ6A 2E2OA 3O5BA 4BG9A 1MWKA 1QQOA 2BUPA 3VEZA 4A62A 2GWKA 1BA0A 2ZGYA 4MLEA 4BQZA 3VEYA 3JXUA 1HUXA 5AQIA 3ZX3A 5F0XA 3FGUA 3ZX2A 5BRFA 4BR2A 1NGDA 3MN9A 2YHYA 1SZ2A 2GTDA 4BG8A 4MO4A 1TUYA 1BOTO 2V7YA 2A40A 1T6CA 3U9ZA 4FO0A 3MDQA 3ZX0A 2VYPA 3QB0A 2QWOA 3IUCA 2E88A 4EHTA 2Q97A 4H0YB 1NWKA 5AQOA 4EAHD 2ITMA 1CZAN 3CQXA 4FWSA 3FLCO 5E84A 3A5NC 4K25A 4AM7A 4CBXA 2W41A 4ISFA 3DAWA 4BVPA 1KXPA 3VOVA 4BR9A 3EZWA 1RDWX 5AQUA 2ASPA 3FZKA 5AR0A 4JNEA 3VERA 3GL1A 2D0OA 3GBTA 3BF3A 4DB3A 1KAYA 3L4IA 2FF3B 4PKHA 4RCHA 4PKGA 5EXWA 2A3ZA 3HSCA 2YJEA 4BREA 3LM2A 5AQMA 3ULEB 1NLVA 3QDKA 3WEEB 3LDPA 1WOQA 1HKCA 3RSEB 5FPMA 3VEOA 4BRDA 3C0BA 1T44A 5LJVA 3L0QA 2D4WA 3G25A 3J8AA 3JS6A 1V4SA 3HI0A 4FPAA 1QHAA 4CZJA 3ULEA 3VESA 3WEEA 4Z94A 3RSEA 1NGBA 2QWNA 3UE5A 4BRGA 1C0GA 3DJCA 2GELA 4CJ7A 3IDHA 3UKRB 4H0XB 5AQYA 4K42A 4CZFA 3H3OB 3CIPA 1GLEG 1IG8A 5JLFA 2D0PA 5I9EB 4MO5A 3UKRA 1LCUA 2AP1A 1NGJA 2QWLA 2ZGZA 1ATSA 2P9NB 1XC3A 3W0LA 4IO8A 5AQNA 5KPRA 5BN8A 1E4GT 5EX5A 2FLOA 3A5MC 1YXQA 4YDUA 5BREA 2VWBA 1HX1A 4WYBA 5AQZA 4CZMA 4GNIA 3IMXA 1NGHA 1NGCA 5AQFA 2D1KA 2HOEA 4BRMA 2P9NA 1GLJO 3DXKA 3QBXA 1HKGA 3EN9A 4A2AA 1NGEA 4CZLA 4I6MB 4FL9A 4CI6A 5JLHA 3A5LC 1NM1A 5AQTA 4DQ8A 2PBDA 2GWJA 3BP8A 3MK6A 4B1ZA 4DHYA 3BF1A 3O4WA 3VF2A 3WXKA 2CH5A 2IIRA 3H46O 4I6MA 4M63C 1G99A 4FWNA 2F9TA 2ASOA 3H45C 4L3QA 2P9KB 4BC4A 5ELZA 1GLBG 4H5NA 3HBTA 3LM9A 4H5VA 1K8KB 3R6MA 2HF3A 1XQSC 1NGGA 1KAZA 2CGKA 2E2NA 3H6EA 1P8ZA 4M7XA 3O1BA 3EKSA 2I7PA 3ZETB 3CJAA 2DPNA 3SJHA 4B1WB 4BRPA 5AQLA 2E20A 4RWTA 2FSKA 2P9KA 5BRDA 3U9DA 2NRHA 4AM6A 2Q2RA 1K8KA 4RTFD 1XUPO 1S22A 4NB4A 3UB5A 5FPDA 4O5FA 2FSNA 1BWFO 3AY9A 3EKUA 1QQMA 5LY3A 3ZETA 1MA9B 2A5XA 3S41A 5AFUA 4JHDB 4BR7A 1ATNA 3O1WA 1YUWA 1IJJA 1Z05A 3LDLA 2V52B 1S3XA 2P9UB 4FOIA 4WQ5C 3TU5A 1ZBSA 1ZXOA 2Q0RA 4A61A 3BEXA 3B8AX 2GEMA 4CBWA 4JHDA 4BROA 1RFQA 2FXUA 3CQYA 2NLXA 3CJ9A 3AAPA 3ENHA 3VEWA 3CI5A 2P9UA 3OHRA 4CD3A 4BRHA 5CE3A 4C23A 5F1XA 1NGFA 1QZ5A 3R9PA 5KPZA 2J4RA 3VF6A 3WXLA 3R8EA 5LJWA 2E2QA 2CGLA 4KBOA 3ZEUB 4BRIA 3DXMB 3M3ZA 4H5TA 5AZIB 3LDNA 2VCPA 1BDGA 2Q36A 4O8KA 4BRCA 1JCFA 5ADXA 4LC9B 3MN7A 4XH4A 2E2PA 1D4XA 4EFHA 1V4TA 4BRKA 4EHUA 5FPEA 4FPBA 3EO3A 1YVNA 5AZIA 4H0PA 4B1YB 1WUAA 2V7ZA 4FWMA 5AQGA 3SMPA 3MMVA 1NGIA 2OANA 4IJAA 2F9WA 3CJCA 3WUHA 5E26A 4CBUA 1TUUA 3H3NO 3VF4A 3FZMA 5KPTA 2IVNA 3LDQA 3CETA 2YHXA 5BRHA 4XH5A 3WXIA 4BC3A 3SK3A 4JN4A 4B1XB 3A8YA 1MWMA 1ESVA 1HLUA 2AA4A 3VGLA 4BC2A 5AQQA 3WT0A 3WXJA 3VGKA 4BR0A 3IFRA 2H3GX 3KZBA 5KQ8A 4Y0WA 3VPZA 2KHOA 1GLDG 4B1VA 1YAGA 1T6DA 5FPNA 2YCHA 4H0VB 4BGBA 3KVGA 2IVOA 3MCPA 3FE1A 4CZIA 1Y64A 4FWRA 3L6QA 5AZJB 4CZGA 1EQYA 4JAXA 3MN5A 2EWSA 5BR9A 3O80A 3ATVA 4IJNA 4FWKA 2IVPA 2NZTA 1SQKA 3GE1A 3A5OC 4K43A 4CZKA 3HM8A 1U6ZA 4WQ4C 4BRQA 3M1FA 4FWQA 5AZJA 2FF6A 3UKUB 3LL3A 2Q1NA 4F9OA 1JCGA 3O8MA 5AQKA 2YI1A 4IXCA 1KAXA 4BRFA 5JMVA 3KHYA 3O6WA 2BTFA 1DEJA 3DWLA 3FR0A 4FWPA 3QICA 3CJ1A 3GDQA 2UYTA 4CZEA 2QW9A 1X9JA 4BGAA 4J8FA 4IWVA 4CD1A 1X3NA 2W40A 3UKUA 4BVOA 5B8HA 4HTLA 2WUSA 4QS7A 3AARA 1RGIA 2GUPA 3I33A 2QWPA 1H1VA 3H1VX 3MN6A 3D7EO 1BG3A 3CHWA 3TPQA 4QS8A 5AQPA 4WQ5A 1OKJA 3CJBA 2V51B 1GLCG 4EIAA 5F2RA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1J5EK 4CJEA 5KI6A 2PAVA 2FBXA 2KBKA 3SQ2A 3QBWA 3DOLA 4Z4HA 4I9QA 4YOVA 2AJQA 3N4QA 4B8AB 2ZWHA 3QO9A 3TTFA 1BU6O 4B9MA 3SMSA 3PSMA 4B3SK 1YTUA 2DFFA 3VENA 2A41A 1E4FT 4K41A 3JSMA 3SUPA 1GLFO 3RTVA 4B1UB 4DSFA 1K6YA 3OYKA 1U04A 4M7YA 1PX9A 4AHRA 3F9MA 4JI7K 3VQDA 3I8BA 3MEGA 4NXMK 1VSKA 1IKVA 4PQUA 4H0OA 3SLCA 4CZHA 1HMVA 3DRRA 2E8AA 4O0IA 4B3TK 3THXA 1RDDA 4XIUA 4DFJA 2QXLA 4FJGA 3ZEUA 3M6GA 3DLHA 2D0CA 1WWNA 3PUFA 3NF9A 2N66A 4NCAA 4WF9L 1XMQK 3CCMN 3LAMA 4CGHA 3S3NA 4ISEA 3WQTA 5SWMA 4H5RA 1QQNA 2YKNA 1C55A 2Y1JA 1VK0A 3QFUA 1JLQA 3VQEA 1S9EA 3HOSA 3NDKA 4BRLA 4H8KA 4MLHA 3K5MA 3NGZA 4DR2K 3ATUA 1NK6A 4CJFA 1NOYA 4IOCL 2O8DA 2O8FB 3VA0A 3SAFA 3MXMA 1WN7A 4LFCK 3FZLA 3RMBA 4JI2K 4BDZA 3THYB 5HRSA 4FSVA 1X1PA 1GLLO 2CGJA 4DU3A 4WQ4A 4O55A 4FWOA 4DV0K 1EWRA 1Q9XA 4F4KA 3P5JA 1R0AA 2FSJA 3FFIA 1DKGD 2QWMA 2BH1A 5BPMA 4CQKA 1P90A 2BGGA 1ICAA 1NK4A 5CY0A 4DSJA 1NU0A 4CFAA 1SAZA 2KYQA 1N33K 4H03B 4FWLA 4FCYA 3C94A 4YDUC 1TV6A 2I5JA 2HSTA 4H0TB 3AVNA 1RNHA 5FDLA 3QFPA 2KJAA 2O8CB 3C6HA 1P00A 2QXFA 1QQOA 2BUPA 1OH8A 4FW1A 3VEYA 4MFBA 1YT3A 1RBTA 5F0XA 1SL0A 3VQPA 3ZX2A 1IBLK 2FBYA 4MO4A 2Z1JA 3VQ4A 3MDQA 3C95A 1OMYA 1EX4A 2QWOA 3IUCA 3OYHA 3OBYA 4H0YB 5AQOA 4MDAA 4EAHD 4EZ6A 3LP1A 4OLBA 4FWSA 5M1QA 3AVCA 2UXBK 4CBXA 1XMOK 2ZJPL 1SKSA 1BCMA 3EZWA 4JNEA 1SN4A 4CGIA 1HYVA 4BDYA 3NGIA 4PUOA 2Z1GA 4CW7B 4RCHA 1OVQA 2UXCK 2VGMA 2A3ZA 3RMAA 3CCRN 1T05A 4FM0A 1NJZA 3G6EN 1NLVA 3EE8A 4FYDA 5FPMA 3VEOA 3LZJA 5DM7L 5J1EA 3G25A 3E9OA 1T7AA 3J8AA 1U45A 3ASMA 1JLBA 1I94K 4W5QA 4BE0A 3ULEA 3ZSYA 4Z94A 4C1NI 1NKEA 4M3XA 2P5OA 4RW9A 3TSQA 3CPEA 3O9RA 4BRGA 1C0GA 1ZBFA 2GELA 3CCLN 4CEOA 4ELUA 4W5OA 4CZFA 1J5OA 3CIPA 3RMCA 2VGNA 4JI8K 2D0PA 4A5BA 3L4QA 4FVUA 1DQ7A 2G8VA 4JKBA 1K8BA 2AP1A 1S1WA 4F2RA 3U3GA 3KTQA 2QWLA 2ZGZA 2IOCA 1N5YA 4AF1A 2HBLA 4YDUA 3QI7A 1LW2A 1WT7A 1KCFA 1BGXT 4GNIA 3CXCM 2XHBA 3K59A 3EEQA 1Z26A 2A7TA 4DSEA 1KVCA 1GLJO 3DXKA 3E01A 4FLYA 1HKGA 4QOZB 4CZLA 4I6MB 3TSUA 4DQ8A 4U7BA 3HO1A 2PBDA 1K9MO 4KKOA 1RT3A 4DHYA 3KOYA 1TAQA 3VF2A 2IIRA 1L3SA 3NFAA 4JRQA 4FWNA 5T7BA 2F9TA 5IT9O 1XNQK 5ELZA 3HBTA 1AHOA 4N76A 4HE7A 4K0KK 1XQSC 3AA3A 2CGKA 1P8ZA 3C6TA 4M7XA 3RR7A 4FJNA 3EKSA 1L3UA 3ZETB 3SJHA 2FSKA 2ZQBA 2NRHA 2Q2RA 1JLCA 4DS4A 4RTFD 1S22A 3AVFA 1VQPN 1QVFM 2LJ7A 4CJUA 2FSNA 1S6PA 2A1RA 4DR5K 1QQMA 2E0HA 4RG8A 3OJUA 3OBWA 3KLFA 3S41A 2VWJA 2BDPA 1N4NA 1Z05A 3QEIA 4IO9L 4UY8O 1KLNA 4WQ5C 2IDOA 1ZBSA 2Q0RA 2ZJQL 2QA4N 3K0SA 4CIGA 2G8WA 5C2DA 4QAGA 4CBWA 3E66A 4LF7K 2PY5A 4Z4CA 4CHQA 2YHAA 4F3TA 5C12A 4RW6A 1RFQA 4LH5A 2F7TA 3VEWA 2P9UA 4CD3A 4BRHA 1KFDA 4CHZA 4J2EA 2OPPA 5J2NA 5KPZA 3VF6A 3WXLA 5KRTA 3DXMB 4ILJA 3BK3C 4CECA 3G10A 1BDGA 1P0AA 3AA4A 3T3FA 4I2QA 4RW4A 2X6NA 1WSFA 3CW4A 1V4TA 1ZFUA 1JLAA 3KIOA 4J2BA 1VNAA 2WONA 1RBUA 3EO3A 4ZHRA 3QLHA 4CGFA 2P5GA 4F3OA 4DLGA 3MMVA 4N56A 4IJAA 1I6GA 3CJCA 2B5JA 3H3NO 3LDQA 3WXIA 4CFDA 5LL6Z 2ZM6K 2YILA 2NRXA 4BC2A 3WT0A 5LMNK 3PIOL 2OZMA 2H3GX 4DTUA 2RPIA 3B6PA 1NRBA 1IKYA 4B1VA 1YAGA 5FPNA 4H0VB 4FK0A 3R2VA 4OGCA 3V9SA 3KWGA 2IVOA 4Q0BA 4Y1DA 4JK8A 2YHBA 4E3SA 1Y64A 3L6QA 3SJJA 4KHWA 4YOTA 5HRNA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 1J5E K;  4CJE A;  5KI6 A;  2PAV A;  2FBX A;  2KBK A;  3SQ2 A;  3QBW A;  3DOL A;  4Z4H A;  4I9Q A;  4YOV A;  2AJQ A;  3N4Q A;  4B8A B;  2ZWH A;  3QO9 A;  3TTF A;  1BU6 O;  4B9M A;  3SMS A;  3PSM A;  4B3S K;  1YTU A;  2DFF A;  3VEN A;  2A41 A;  1E4F T;  4K41 A;  3JSM A;  3SUP A;  1GLF O;  3RTV A;  4B1U B;  4DSF A;  1K6Y A;  3OYK A;  1U04 A;  4M7Y A;  1PX9 A;  4AHR A;  3F9M A;  4JI7 K;  3VQD A;  3I8B A;  3MEG A;  4NXM K;  1VSK A;  1IKV A;  4PQU A;  4H0O A;  3SLC A;  4CZH A;  1HMV A;  3DRR A;  2E8A A;  4O0I A;  4B3T K;  3THX A;  1RDD A;  4XIU A;  4DFJ A;  2QXL A;  4FJG A;  3ZEU A;  3M6G A;  3DLH A;  2D0C A;  1WWN A;  3PUF A;  3NF9 A;  2N66 A;  4NCA A;  4WF9 L;  1XMQ K;  3CCM N;  3LAM A;  4CGH A;  3S3N A;  4ISE A;  3WQT A;  5SWM A;  4H5R A;  1QQN A;  2YKN A;  1C55 A;  2Y1J A;  1VK0 A;  3QFU A;  1JLQ A;  3VQE A;  1S9E A;  3HOS A;  3NDK A;  4BRL A;  4H8K A;  4MLH A;  3K5M A;  3NGZ A;  4DR2 K;  3ATU A;  1NK6 A;  4CJF A;  1NOY A;  4IOC L;  2O8D A;  2O8F B;  3VA0 A;  3SAF A;  3MXM A;  1WN7 A;  4LFC K; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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