3QMLA

The structural analysis of sil1-bip complex reveals the mechanism for sil1 to function as a novel nucleotide exchange factor
Total Genus 114
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
114
sequence length
377
structure length
377
Chain Sequence
NYGTVIGIDLGTTYSCVAVMKNGKTEILANEQGNRITPSYVAFTDDERLIGDAAKNQVAANPQNTIFDIKRLIGLKYNDRSVQKDIKHLPFNVVNKDGKPAVEVSVKGEKKVFTPEEISGMILGKMKQIAEDYLGTKVTHAVVTVPAYFNDAQRQATKDAGTIAGLNVLRIVNEPTAAAIAYGLDKSDKEHQIIVYDLGGGTFDVSLLSIENGVFEVQATSGDTHLGGEDFDYKIVRQLIKAFKKKHGIDVSDNNKALAKLKREAEKAKRALSSQMSTRIEIDSFVDGIDLSETLTRAKFEELNLDLFKKTLKPVEKVLQDSGLEKKDVDDIVLVGGSTRIPKVQQLLESYFDGKKASKGINPDEAVAYGAAVQAGV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule keywords 78 kDa glucose-regulated protein homolog
publication title Structural analysis of the Sil1-Bip complex reveals the mechanism for Sil1 to function as a nucleotide-exchange factor.
pubmed doi rcsb
source organism Saccharomyces cerevisiae
molecule tags Chaperone/protein transport
total genus 114
structure length 377
sequence length 377
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.6.4.10: Non-chaperonin molecular chaperone ATPase.
pdb deposition date 2011-02-04
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.30.30 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Defensin A-like Defensin A-like 3qmlA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3qmlA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3qmlA03
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 3qmlA04
2D0PA 5KPTA 1ESVA 4MLEA 4JAXA 4CJ7A 1BUPA 2A41A 4H0XB 3VPZA 1HUXA 3UKUB 2E2PA 3VGLA 4M63C 5AZJA 1RGIA 3MK6A 3O1WA 4QS9A 4CZIA 4DHYA 2P9UA 3VF2A 3GDQA 2A40A 4H0YB 5AQMA 4IO8A 4EHTA 1HKBA 1HPMA 1C0FA 2P9NA 3GBTA 4WQ4C 4GY2B 4BC4A 1HX1A 5EVZA 3EN9A 5AQJA 3BF3A 3W3DA 5AQQA 5BPLA 3KZBA 4GNIA 4BQZA 1BWFO 4EAHD 1BDGA 5JMVA 4BRHA 2CH6A 2E20A 4B1ZA 5F0XA 1XQSC 2QWNA 5AR0A 2QWLA 4WYBA 4BVPA 4AM7A 3EZWA 2H3GX 3CETA 3WXLA 4H0OA 4CZJA 2GTDA 2CGKA 4FWLA 3CJ9A 4FWPA 3GOIA 3WXIA 4NB4A 3CJ1A 4FSVA 4BRAA 4BRKA 4EHUA 1RFQA 2ASOA 2E1YA 1GLBG 3O6WA 3VF4A 2QWRA 2W40A 3ZX0A 3C7NA 5AQTA 5KQDA 1GLCG 4DCHA 1GLAG 4E1JA 3DXMA 3CJBA 3HM8A 1G99A 5CE3A 1Z6RA 3ZEUA 1SZ2A 4EIAA 3CI5A 3MDQA 2I7NA 4H5TA 1V4SA 3CJCA 2BTFA 3A0IX 3VGMA 1KAZA 3H6EA 3WUHA 4I6MB 3ZX3A 4BRDA 1BA1A 1MWKA 5BPMA 1QHAA 3H3NO 4CD1A 4BC3A 5AQUA 3LM2A 5AQHA 1ATNA 3FR0A 4YDUA 4BRPA 3ATUA 3IUCA 2WUSA 1NGFA 2HMPA 3DAWA 2P9KA 5AQNA 2P9SB 1GLFO 3GG4A 1ZXOA 1ATSA 1S3XA 2ZF5O 3ZETB 3MN5A 5E84A 3LM9A 1TYQB 4BR0A 4BC5A 3VEOA 4CBUA 5JICA 1DGKN 2AP1A 3LDQA 5ADXH 4CBWA 2QWQA 3O1BA 5BR9A 2P9LA 4BR5A 3D2FA 4FWNA 1IG8A 1GLEG 5F2RA 5BN9A 4BRQA 3A8YA 2Q97A 2GUPA 3M3ZA 3QB0A 4RCHA 1NGHA 4BROA 1JCGA 3ENHA 3LDNA 4WQ4A 2GWJA 3MN9A 5AQKA 3WT0A 2IIRA 4LC9B 4ISFA 4L3QA 2FF3B 4XH5A 4CBXA 3ZX2A 5AQGA 1R59O 2FXUA 4BQLA 3O08A 2YHXA 4FOIA 3UKUA 1E4GT 2E2NA 4EFHA 5BRFA 2A5XA 2ZGZA 3G25A 3IDHA 3U8XA 4H03B 4CZMA 1EQYA 3MN6A 2Q0UA 2VYPA 5AQFA 1TUUA 4B1WB 2HF3A 3L0QA 3VERA 2PBDA 2YCHA 4PKIA 4HWIA 2E2QA 5TKYA 5AQVA 1YAGA 2UYTA 4JNEA 3R9PA 3LDOA 3DJCA 2CGLA 3VEYA 2AA4A 4FWKA 4BREA 4H5WA 2P9PB 3MMVA 3BUZB 3VENA 3O80A 5AQPA 4FO0A 4BGAA 5AQOA 2VCPA 3VEXA 5BRDA 4FL9A 4FWOA 1NGIA 1GLDG 1NLVA 2J4RA 4B1YB 3AARA 3ENOA 3M6GA 3TU5A 4HTLA 4Y0WA 4A2AA 3FZLA 4M7YA 4CZHA 3U4LA 2QWPA 1ATRA 4QS8A 5ELZA 2E1ZA 3QMLA 1RDWX 2A42A 4FPBA 3L6QA 4FWQA 1NGBA 3EL2A 2OANA 2GELA 2FLOA 2YJFA 3SMSA 2HOEA 3FZMA 4CZKA 2YI1A 3ID8A 3I8BA 3VF6A 5JLFA 2E88A 4RTFD 4CI6A 3MN7A 5BRHA 5ADXA 3A5MC 4I6MA 3DXKB 5AQSA 3H46O 1HKGA 1NGJA 4ISEA 3QBXA 3VGKA 5AQZA 3VETA 5LY3A 1GLLO 2CH5A 4MLHA 3ULEB 5FPEA 3UKRA 2V51B 3FGUA 1X9JA 1BO5O 3BEXA 2P9SA 4FPAA 4BR7A 3ATVA 3CJAA 5LJVA 1X3MA 4JN4A 3ZETA 2YHYA 4CZFA 1YXQA 3GL1A 2NRHA 4WQ5C 5AZIA 3AY9A 4CZLA 2QXLA 5AQLA 1V4TA 2VWBA 1TYQA 3F9MA 3HZ6A 3UKRB 5I9EB 1QQMA 5JLHA 3SLCA 1U2VB 4BRMA 3WEEB 2P9IB 3FFKB 3QICA 2YHWA 4H5RA 3WQUA 2GEMA 3D7EO 4XEIA 4BRGA 4PKGA 5AZIB 3VESA 3A5LC 3EKUA 3AAQA 3HTVA 1JCEA 3VEZA 5EY4A 4JHDA 2GWKA 2ZGYA 3IMXA 3FE1A 3BP8A 1QZ6A 2BUPA 2ASPA 1HKCA 1MWMA 2A6AA 4FWMA 3U9DA 2F9TA 4AM6A 3EKSA 4K25A 4B1XB 3AAPA 4JHDB 3VOVA 3SMPA 4IZ9A 1OKJA 3HI0A 3CQXA 3L4IA 4M7XA 4IWVA 1KAYA 3KHYA 5FPMA 3DWLA 4K42A 3SJHA 2Q31A 2Q0RA 4IJNA 3CHWA 1Y64A 4BG8A 2D0OA 3JXUA 5EX5A 1P8ZA 4KBOA 1XC3A 3OHRA 2EWSA 1Z05A 2FSNA 2D4WA 3QBWA 4O8KA 3A5NC 4B1VA 1KAXA 2W41A 4IJAA 3SK3A 5AQIA 1E4FT 2P9PA 2IVPA 1NMDA 5FPNA 1BA0A 1K8KB 4XH4A 4A2BA 3QFUA 2Q2RA 3D2EB 3H1VX 4FWSA 3VEWA 1KXPA 3RSEB 5AFUH 1QZ5A 2QW9A 3HSCA 1BU6O 2I7PA 1C0GA 2PAVA 1J6ZA 4CZGA 2V7ZA 5EXWA 3S41A 2ZWHA 4CZEA 2QM1A 1DKGD 4K41A 4WQ5A 3P4IA 1T6CA 2NZTA 3C0BA 3FZHA 4ISGA 2QWOA 1LOTB 1Q18A 2KHOA 4PL8A 3DXKA 5AZJB 4BR9A 5BN8A 3J8AA 4J8FA 3U9ZA 4FOEA 2P9UB 3CERA 4FWRA 1TUYA 4PKHA 1WUAA 3LDPA 1NGAA 3ULEA 4BRCA 1ZC6A 5E26A 1NWKA 4BVOA 3B8AX 3EO3A 3MCPA 2P9NB 1WOQA 3H1QA 5AQYA 3O8MA 5AQWA 4BRLA 3CIPA 3WXKA 4CD3A 5F1XA 4BR4A 2V52B 4C23A 5KPZA 4MO4A 3WQTA 1U2VA 1HLUA 3WEEA 1MA9B 2P9IA 4A61A 5BPNA 2QWMA 1S22A 2DPNA 2FSJA 1SQKA 1YVNA 2V7YA 1BOTO 3KVGA 4NO7A 1H1VA 2IVNA 4H0TB 4JD2A 3UE5A 3R6MA 4XH1A 4Z94A 3H3OB 3WXJA 5LJWA 3IFRA 3GE1A 1DEJA 5EOYA 4BG9A 1NM1A 2ASMA 4PL7A 2A3ZA 5B8HA 3C7NB 4H0PA 4JD2B 1QQNA 1U6ZA 3BF1A 3A5OC 3DXMB 3O4WA 4A62A 4O5FA 3ZEUB 1NGCA 1JCFA 5BREA 4H5VA 4B9QA 4BRFA 4QS7A 3I33A 5AQXA 5KQ8A 4BGBA 2F9WA 2FSKA 4BRIA 3FZFA 3VEVA 3LDLA 1NGEA 3CQYA 5AQRA 1LCUA 3R8EA 2NLXA 5AFUA 1CZAN 4H5NA 4BR2A 2YJEA 2IVOA 4DQ8A 1NGGA 1NBWA 2P9KB 1T44A 1IJJA 3FLCO 2CGJA 2ITMA 2E2OA 1T6DA 3O5BA 4K43A 1QQOA 4BRNA 1SAZA 4F9OA 1ZBSA 4RWTA 1K8KA 4B1UB 3H45C 4H0VB 1MDUB 3D2EA 1X3NA 3QFPA 1YUWA 1HJOA 2P9LB 5FPDA 3W0LA 3D2FB 2Q1NA 3TPQA 3RSEA 3LL3A 4BC2A 3HBTA 1NGDA 3M1FA 4IXCA 5KPRA 1XUPO 3QDKA 2D1KA 4YDUC 2FF6A 3FZKA 1BG3A 3UB5A 3JS6A 4DB3A 2Q36A 2E8AA 2HF4A 4MO5A 3CJ7A 1GLJO 1D4XA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3SQ0A 3HJFA 4JAXA 1BUPA 3NF9A 1HUXA 2O8BA 1C6VA 1ITGA 3O1WA 3KTQA 5J2MA 1W9HA 1KV0A 1YVUA 1S9EA 4DV3K 1LW2A 4IFEA 4EHTA 4PUOA 4BECA 1C0FA 3GBTA 2QA4N 4BC4A 1HX1A 4Z0UA 4BE1A 3BF3A 4FJKA 1PTXA 1RT1A 1NMNA 2KLAA 2CH6A 4B1ZA 4MQ3A 4LF9K 4JS5A 3HRGA 4M42A 4UAEF 1XQSC 4M3WA 5FDLA 3CETA 4KRFA 1BCMA 1C0MA 3LP2A 4KHUA 3WXIA 4CJ5A 3CFPA 1MR4A 1NRAA 4TSXA 1SL1A 1RFQA 3ZCMA 3OYKA 2OZMA 3CW4A 3OS0A 1P0AA 3SPYA 4E7LA 4KFBA 1FH3A 1UA1A 3SAHA 1HYVA 3BY5A 5GAHP 3S3NA 1S6QA 3ZX0A 1OH5A 3C7NA 2G8UA 5AQTA 5KQDA 1EP4A 3K2PA 4DCHA 4E1JA 3TAEA 3LZJA 5KI6A 3NGZA 4JI3K 4NLBA 1Z6RA 3F9KA 3ZEUA 3CI5A 1VQON 1BI4A 3SAGA 1V4SA 5LL6Z 2BTFA 4NYFA 1TL3A 1XNQK 3H6EA 4CESA 4BRDA 1XC9A 3ID6A 3SI6A 1R0AA 3F2KA 4H8KA 1E3MA 2D0AA 4BC3A 1W0HA 5AQUA 3FR0A 3IUCA 2WUSA 4J2EA 2Z1JA 2P9SB 4KH4A 1GLFO 3GG4A 4CHZA 1CN2A 1D8YA 3RRHA 1ZXOA 1S3XA 1WLJA 4OVLA 5H1SQ 1RT5A 3MN5A 5E84A 2YEOA 1TYQB 4CBUA 5CHIA 3DLGA 2AP1A 3LDQA 2FC0A 4CBWA 2QWQA 5IT9O 1I2VA 1Z26A 1S9GA 5C10A 4BR5A 5J2QA 1GLEG 3KLGA 5F2RA 3T7ZA 2O8DA 3C94A 1A5WA 4YOUA 3V1QA 4B3MK 3KOWA 3MN9A 4UJ0A 3P1GA 3PUFA 3WT0A 2IIRA 4JI7K 2Y1JA 3DYAA 4CBXA 4ZTFA 4F3TA 2FXUA 3CF5L 4B8CA 2YHXA 1VRTA 1NOZA 4DTSA 4FOIA 1RDDA 3PY8A 3UKUA 4OGCA 2E2NA 4KH5A 3LDSA 2KTQA 1KTQA 3OA9A 4A59A 4JYAK 1JXCA 3OYCA 4LF5K 2Q0UA 5AQFA 1FKOA 1TUUA 2LT8A 1VSMA 3ITHA 4KTZA 4KHNA 3D45A 1I94K 3VERA 3KK3A 2VWJA 4BWMA 3DLRA 2PZSA 2YCHA 4HWIA 5AQVA 4DV0K 1UGLA 2LR3A 4NXMK 1JLGA 3DJCA 3VEYA 4FWKA 1JLQA 4X64K 3AGKA 3BUZB 1KFSA 4FW2A 5DK5A 4Z4HA 1L4VA 4FO0A 3K5MA 4FZXC 5AQOA 1WNSA 4F2RA 1NGIA 4ILHA 1NG9A 4B1YB 3M6GA 4FLXA 1JXBA 2YNIA 3U4LA 1KVCA 1ZFUA 1ATRA 3AVJA 4QS8A 4ILGB 1YJ9N 5I42A 3L6QA 2OTLN 5AJ3K 4KYPA 3EL2A 2OANA 4OJRA 2GMOA 3AO2A 2Z1HA 2HOEA 2XO7A 3VF6A 3I8BA 5JLFA 1C1AA 1ICAA 1YT3A 4EP5A 5JENA 3S3OA 1NGJA 2N69A 3QBXA 3AVKA 3VGKA 2UXDK 2DTUA 5AQZA 1B7DA 5LY3A 1GLLO 2CH5A 4ZTJA 3ULEB 4CJ4A 3UKRA 4QOZB 2VQFK 2IOCA 3SQ2A 3TAPA 2G8WA 1WSGA 3SYZA 4DFMA 3EEQA 5A2QO 4BR7A 1KQSM 1O13A 5LJVA 4JN4A 4FM2A 1K8AO 3GL1A 3NH2A 1D5AA 2QXLA 1HQUA 1IO2A 2K35A 5I9EB 1QQMA 5FRMA 3MXJA 1U2VB 1SKRA 2P9IB 2YHWA 3AO3A 2B5JA 2GEMA 5J1EA 5KK4A 1LWFA 4XEIA 4CIFA 3KOXA 4B8AB 2DY4A 4FJJA 5AZIB 4DTPA 3AAQA 2Y1IA 2JWKA 4JHDA 2O8CA 3HP9A 4FM1A 5K14A 5M1OA 1TAQA 1WAJA 3IAYA 3BP8A 4ELVA 3KKSA 1S1VA 5CZ1A 1MWMA 4M41A 2GX9A 1RCHA 3PIOL 1NK0A 1EXQA 4DS5A 4K25A 3THWA 1GOCA 3E9LA 2NY9X 2D56A 4AEIA 2WTUA 1OKJA 3OJUA 1CZ9A 3QESA 4DFPA 3SF4D 3L2UA 5FRNA 5HOOA 3NH1A 2KPYA 5FPMA 3CCEN 4K42A 4E3SA 4YY3K 3SJHA 3MX2A 3AVBA 2D0BA 4KTWA 1Y64A 3I8DA 4GW6A 3JXUA 2ZD1A 1REVA 1XC3A 1VQ7N 4A57A 4ILJA 4YOVA 1Z05A 4DV1K 3QBWA 1A5VA 3SBGA 1HNIA 4LY7A 4N47A 3TAQA 1IKWA 3DLEA 3EE9A 5FPNA 3HPGA 1BGXT 1BA0A 4A2BA 3GKUA 3LWLA 2HBJA 3JSMA 3RR7A 4B9MA 3LP1A 3M8SA 3C6UA 1SN1A 5DM6L 2F4VK 2QW9A 3HSCA 4CJEA 1C0GA 3OBWA 1NRBA 1OVQA 2W00A 1WB9A 2V7ZA 3S41A 2ZWHA 4KB1A 3C0BA 4ISGA 4W5TA 2N2RA 4DF4A 4Q5VA 1Q18A 1IKXA 4YOXA 3VN5A 5C42A 4OKKA 4PL8A 1VSHA 4J8FA 2BANA 1IG9A 1ZBFA 2N66A 1VNAA 5SZTA 4DTJA 1WUAA 3LDPA 4BRCA 1ZC6A 4RW4A 2BE2A 3THYA 3RMDA 3EO3A 2LY6A 1WOQA 2PY5A 3BZCA 5AQYA 3O8MA 1YI2N 5AQWA 4IBNA 4BRLA 1NE5A 4CW7B 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3SQ0 A;  3HJF A;  4JAX A;  1BUP A;  3NF9 A;  1HUX A;  2O8B A;  1C6V A;  1ITG A;  3O1W A;  3KTQ A;  5J2M A;  1W9H A;  1KV0 A;  1YVU A;  1S9E A;  4DV3 K;  1LW2 A;  4IFE A;  4EHT A;  4PUO A;  4BEC A;  1C0F A;  3GBT A;  2QA4 N;  4BC4 A;  1HX1 A;  4Z0U A;  4BE1 A;  3BF3 A;  4FJK A;  1PTX A;  1RT1 A;  1NMN A;  2KLA A;  2CH6 A;  4B1Z A;  4MQ3 A;  4LF9 K;  4JS5 A;  3HRG A;  4M42 A;  4UAE F;  1XQS C;  4M3W A;  5FDL A;  3CET A;  4KRF A;  1BCM A;  1C0M A;  3LP2 A;  4KHU A;  3WXI A;  4CJ5 A;  3CFP A;  1MR4 A;  1NRA A;  4TSX A;  1SL1 A;  1RFQ A;  3ZCM A;  3OYK A;  2OZM A;  3CW4 A;  3OS0 A;  1P0A A;  3SPY A;  4E7L A;  4KFB A;  1FH3 A;  1UA1 A;  3SAH A;  1HYV A;  3BY5 A;  5GAH P;  3S3N A;  1S6Q A;  3ZX0 A;  1OH5 A;  3C7N A;  2G8U A;  5AQT A;  5KQD A;  1EP4 A;  3K2P A;  4DCH A;  4E1J A;  3TAE A;  3LZJ A;  5KI6 A;  3NGZ A;  4JI3 K;  4NLB A;  1Z6R A;  3F9K A;  3ZEU A;  3CI5 A;  1VQO N;  1BI4 A;  3SAG A;  1V4S A;  5LL6 Z;  2BTF A;  4NYF A;  1TL3 A;  1XNQ K;  3H6E A;  4CES A;  4BRD A;  1XC9 A;  3ID6 A;  3SI6 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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