3QMLA

The structural analysis of sil1-bip complex reveals the mechanism for sil1 to function as a novel nucleotide exchange factor
Total Genus 114
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
114
sequence length
377
structure length
377
Chain Sequence
b'NYGTVIGIDLGTTYSCVAVMKNGKTEILANEQGNRITPSYVAFTDDERLIGDAAKNQVAANPQNTIFDIKRLIGLKYNDRSVQKDIKHLPFNVVNKDGKPAVEVSVKGEKKVFTPEEISGMILGKMKQIAEDYLGTKVTHAVVTVPAYFNDAQRQATKDAGTIAGLNVLRIVNEPTAAAIAYGLDKSDKEHQIIVYDLGGGTFDVSLLSIENGVFEVQATSGDTHLGGEDFDYKIVRQLIKAFKKKHGIDVSDNNKALAKLKREAEKAKRALSSQMSTRIEIDSFVDGIDLSETLTRAKFEELNLDLFKKTLKPVEKVLQDSGLEKKDVDDIVLVGGSTRIPKVQQLLESYFDGKKASKGINPDEAVAYGAAVQAGV'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule keywords 78 kDa glucose-regulated protein homolog
publication title Structural analysis of the Sil1-Bip complex reveals the mechanism for Sil1 to function as a nucleotide-exchange factor.
pubmed doi rcsb
source organism Saccharomyces cerevisiae
molecule tags Chaperone/protein transport
total genus 114
structure length 377
sequence length 377
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.6.4.10: Non-chaperonin molecular chaperone ATPase.
pdb deposition date 2011-02-04
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.30.30 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Defensin A-like Defensin A-like 3qmlA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3qmlA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3qmlA03
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 3qmlA04
4CZKA 4BQZA 1GLLO 3H6EA 2A5XA 2QW9A 4I6MB 4CZIA 4K25A 2Q2RA 1NM1A 2E2PA 2VCPA 5LY3A 3O6WA 2FXUA 4RCHA 3LM2A 2P9PB 5B8HA 3W3DA 5ELZA 2P9NB 1MA9B 5E26A 2E1YA 2QWOA 4H0VB 3VERA 3VOVA 3VETA 3R6MA 3VEWA 4CZHA 1KAZA 5AQZA 1SQKA 3CJBA 3KZBA 1RFQA 2A6AA 4AM7A 2ASPA 3UKRB 3QFUA 2QWPA 2F9TA 3EN9A 2HF4A 1BA1A 2YJFA 4B9QA 2WUSA 3A5MC 1QQOA 1HKGA 2HF3A 3H45C 2E88A 3MN6A 5AFUH 3FZMA 3JXUA 3DWLA 3MN5A 3QDKA 2VWBA 2GEMA 4BRNA 1TUYA 4FO0A 4FOIA 5AQVA 2QWQA 5AQOA 3GG4A 4KBOA 2DPNA 4Y0WA 5KPTA 5BPLA 1Z05A 3LL3A 3MN9A 3FLCO 2EWSA 2V52B 4EFHA 3HTVA 3MCPA 4H5VA 5AQHA 4H0TB 1Q18A 4BC5A 1U2VA 1KAYA 1DGKN 5JMVA 1WOQA 3UKUB 2ZGZA 3FZLA 3S41A 3M1FA 4WQ5C 4XH1A 2QXLA 5AQPA 2V7ZA 3ENOA 5BRHA 2Q1NA 4PKHA 3CIPA 4EHUA 2BTFA 2YJEA 2P9SB 1NMDA 4FPBA 1NGCA 3ULEA 3VEZA 3VEOA 2PBDA 4H5NA 3C7NB 1JCFA 3MK6A 3ZETA 3O08A 1U2VB 1SZ2A 1BUPA 3WEEA 3VGMA 2CGJA 5AQYA 1DKGD 2CH5A 4JN4A 4BC4A 4YDUC 5LJVA 2HMPA 1WUAA 3FR0A 3RSEA 5EOYA 3BUZB 1BOTO 4B1ZA 4BROA 3MMVA 3VF2A 3CI5A 1QQNA 4FWKA 4H0XB 3VGKA 3ULEB 1ZXOA 5F1XA 2FSNA 2YHXA 1K8KA 3U9DA 3DXKA 3ZETB 4B1XB 4PKGA 3ATVA 5BREA 3CQXA 5FPEA 3LM9A 2D0PA 4WYBA 1HX1A 1G99A 1GLJO 4BRKA 4I6MA 1SAZA 3U9ZA 1RGIA 4BVPA 3RSEB 3BF1A 4WQ4A 4K41A 4IWVA 5BPMA 3UE5A 4BGAA 4BR9A 5AQQA 4J8FA 3VF4A 2P9PA 4IO8A 2P9NA 4A61A 4XH4A 3FE1A 4GNIA 1YUWA 5BN8A 2YHWA 2IVNA 4CZLA 1BG3A 3I33A 4B1YB 1YAGA 3DXKB 4BC3A 4M63C 1KXPA 3EO3A 1XUPO 4BRGA 1R59O 3UKRA 1GLDG 3WXLA 4F9OA 2NZTA 4BREA 1ZC6A 3DXMA 3SMSA 5LJWA 2IVOA 4FWRA 5FPMA 1X9JA 3M3ZA 4BRLA 4BG8A 4M7YA 1Y64A 5BRFA 4WQ5A 4CBXA 3IMXA 1D4XA 2Q97A 4K43A 4BR5A 3HM8A 3A0IX 1KAXA 3DAWA 5ADXH 2GELA 4MLHA 3CERA 1GLFO 3WXJA 4FPAA 1NGDA 1HLUA 2FSJA 3WQUA 1JCGA 4LC9B 2ASOA 3UKUA 1C0GA 3QMLA 1S3XA 3H1QA 4BRMA 2A40A 4PL8A 3DXMB 4FWMA 3EZWA 2QWRA 2V7YA 1BO5O 5JICA 3L6QA 3QBWA 1ESVA 1H1VA 4BRPA 3O5BA 1CZAN 4B1WB 3A8YA 3J8AA 3U4LA 2P9SA 2Q0UA 3MDQA 3SMPA 4CD1A 1NGGA 3A5OC 2I7PA 1U6ZA 4BGBA 3C7NA 2FSKA 3VPZA 4CZJA 5E84A 4H5RA 2YHYA 4BC2A 4FL9A 3D7EO 3O1WA 3KHYA 1YXQA 3VEXA 3ZX0A 2P9KA 4FWNA 4FWSA 1ATSA 3D2FB 2GWJA 3VEYA 3LDQA 3WT0A 3CHWA 4CZGA 2BUPA 3CJ7A 4BR4A 4EIAA 2AP1A 1XQSC 4BRHA 3WUHA 3EKSA 3SK3A 5BR9A 3O1BA 4MO5A 4ISGA 3MN7A 2NRHA 1E4GT 4NB4A 4GY2B 3ZX3A 4QS8A 2PAVA 5EY4A 5AR0A 5FPDA 4JHDB 2QWLA 3CETA 5ADXA 3OHRA 1GLCG 1HKCA 3FZKA 3LDLA 3LDPA 1NGJA 1T6DA 1JCEA 2AA4A 2CH6A 2P9KB 3GBTA 3AAPA 3H3OB 4EHTA 3HI0A 2P9IB 3HZ6A 2KHOA 2V51B 1NGAA 2ZGYA 1X3NA 4ISFA 3WQTA 1DEJA 1LCUA 1T6CA 2W40A 4FWOA 4BRIA 4BRAA 3LDOA 1NWKA 3CQYA 1TYQB 1NGHA 4CZEA 2GUPA 1QZ6A 1HUXA 2CGLA 3CJAA 5TKYA 5KPZA 4HWIA 2P9LB 1EQYA 3QFPA 4B1UB 4CJ7A 3TU5A 4ISEA 3H3NO 1QHAA 1ZBSA 1T44A 2E2QA 1X3MA 4RTFD 1HKBA 5JLHA 4XH5A 4HTLA 3IUCA 3H1VX 4H03B 4BRDA 4PKIA 4A62A 2D0OA 3BF3A 5AQUA 3O8MA 1E4FT 1V4TA 3EKUA 3VENA 3CJCA 3F9MA 3FZFA 2FLOA 2GTDA 5AZIA 4BG9A 3HBTA 4A2BA 4DCHA 3H46O 3A5LC 1C0FA 1QQMA 2GWKA 4FWPA 4BR2A 4AM6A 3DJCA 4H5WA 2P9UA 4CZMA 3HSCA 2OANA 3ZEUB 2E20A 1BU6O 1YVNA 3IDHA 3B8AX 5EVZA 4MLEA 4BRFA 4E1JA 4MO4A 1NBWA 1J6ZA 5AQJA 4FOEA 4CBUA 4IJNA 3BP8A 5AQWA 3C0BA 3IFRA 2A42A 2Q36A 4DHYA 5AZIB 1ATRA 2YI1A 3ATUA 3I8BA 4O5FA 3R9PA 3W0LA 1GLAG 4O8KA 3FZHA 3D2FA 5AQFA 3FGUA 5KQ8A 5AQGA 2P9UB 4YDUA 5BRDA 1QZ5A 3EL2A 4H0OA 1BDGA 3CJ1A 5AQRA 2YCHA 3O80A 4JD2A 4WQ4C 1TUUA 5F2RA 4M7XA 3G25A 4CZFA 4JHDA 4NO7A 3VF6A 1IG8A 1HPMA 2Q0RA 1IJJA 1Z6RA 5FPNA 2ASMA 2D1KA 2P9IA 5EX5A 3WXKA 2E2NA 2FF3B 3QBXA 4CI6A 3JS6A 3GL1A 2UYTA 1S22A 4K42A 1GLBG 2CGKA 5AQXA 4JNEA 4JD2B 1LOTB 4JAXA 1TYQA 2I7NA 3ID8A 4PL7A 2J4RA 5EXWA 4CD3A 1NGBA 3AARA 4A2AA 3D2EA 2P9LA 4BRQA 2A3ZA 1NGEA 1BA0A 2D4WA 5AQMA 3TPQA 4BVOA 4QS9A 5BPNA 4FWLA 3SLCA 3L0QA 3FFKB 3ZX2A 3CJ9A 4Z94A 3QICA 4H0PA 5I9EB 3LDNA 4BQLA 5AQTA 3O4WA 3SJHA 3VESA 3R8EA 5AQKA 1MDUB 3AY9A 4XEIA 4IXCA 4BRCA 2E8AA 2QWMA 2A41A 2E2OA 2IIRA 4H0YB 2F9WA 1NLVA 3KVGA 3D2EB 1MWKA 5CE3A 2E1ZA 5F0XA 3VGLA 2ZWHA 2VYPA 3WXIA 1P8ZA 1NGIA 4DB3A 1NGFA 5AQSA 3L4IA 5AQNA 5AFUA 2QWNA 1HJOA 3BEXA 1OKJA 2FF6A 3A5NC 4IZ9A 5KQDA 2NLXA 2ZF5O 4FWQA 2IVPA 3U8XA 3ZEUA 3GDQA 3M6GA 4BR0A 4FSVA 3WEEB 5AZJA 1RDWX 5KPRA 1MWMA 3VEVA 5BN9A 4C23A 3QB0A 3P4IA 3ENHA 1GLEG 4QS7A 5JLFA 2HOEA 4DQ8A 4RWTA 4BR7A 2Q31A 4CBWA 2W41A 4IJAA 3UB5A 4EAHD 5AQLA 1V4SA 3GE1A 2H3GX 3AAQA 2QM1A 1BWFO 5AQIA 3GOIA 1ATNA 1K8KB 1XC3A 4L3QA 5AZJB 4H5TA 4B1VA 2ITMA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4CZKA 3H6EA 2LJ7A 4CZIA 4ZHRA 4K25A 3TAGA 1IO2A 4QOZB 1ZBHA 1NM1A 5LY3A 2FXUA 4RCHA 5B8HA 2P9PB 4N47A 1NJZA 4B3RK 3PSMA 1MA9B 3HPOA 4CZHA 1KAZA 4I9LA 4IEEA 1SQKA 3KZBA 1DTQA 4WF9L 2C1IA 5M1QA 3TI0A 2A6AA 3UKRB 2P5GA 2QWPA 4NYFA 2HF4A 1BA1A 2YJFA 1D5AA 4CHZA 3A5MC 4CEAA 1HKGA 1R0AA 1RCHA 3VQ9A 5AFUH 2BE2A 3DWLA 1VQ4N 3QDKA 4BRNA 2XRIA 1TUYA 2UUCK 2DPNA 5DM6L 4ICLA 1Z05A 4CF1A 3OYEA 3VQCA 4EFHA 3HTVA 3MCPA 4H5VA 3T3FA 3O9UA 3V1RA 4RW4A 1SS6A 2LN8A 4HCBA 1SEGA 1DGKN 3UKUB 2ZGZA 3FZLA 5J1EA 1NK5A 4DR7K 2QXLA 1RTDA 3MEDA 2B4JA 4HTUA 2GV9A 4PKHA 4EHUA 4BECA 3NGZA 4CJ3A 1VHXA 5I42A 4Q0BA 2UUBK 1NMDA 3VEOA 4JKBA 1NJWA 4O55A 3WEEA 4H4MA 4NXNK 4JKGB 1S9GA 4E19A 3OYJA 5AQYA 2CH5A 3AA2A 4YDUC 3L2QA 1YITN 1ZYWA 1CXQA 3L2WA 3QEIA 1C0UA 3BUZB 4B1ZA 4HCCA 4A59A 3QNOA 3SV4A 4LH4A 4FWKA 3OYKA 3ZSYA 4CFAA 2KBJA 3ULEB 4GKKK 4K8ZA 2OCEA 3MXIA 1K8KA 3U9DA 4FJJA 3MXMA 3CQXA 1J5OA 2NRVA 1ZBLA 4FJLA 2B3CA 3U9ZA 1M90O 3OYLA 4FJGA 3BF1A 1ZFUA 4WQ4A 4K41A 4OX9K 2KQ2A 4IWVA 3MEEA 1CZBA 2P9PA 4AAZA 4A61A 3QO9A 4X62K 1YI2N 3OYAA 4IBNA 3HP6A 4RW8A 4DFPA 4DS4A 4B1YB 3KJVA 3DXKB 3L3VA 3TSQA 1KXPA 3AA5X 4R79A 2O8FB 3EO3A 3ZT1A 3VQ8A 1NOYA 3UKRA 3CCLN 1GLDG 3WXLA 4U67L 2JDQD 5IT9O 1YHQN 2JLEA 5FPMA 4YORA 1Y64A 1JLCA 4WQ5A 4CBXA 2QEXN 1D4XA 1IH7A 4BR5A 4C8OA 4LF6K 3LWMA 3CERA 3WXJA 3HSTB 4NLBA 1NNEA 2FSJA 4CEOA 3WQUA 4LC9B 4KHYA 5JENA 2QKKA 2ASOA 3UKUA 3BZKA 2OPSA 3L6QA 1MU2A 2VQEK 4F4KA 4JK7A 4DTUA 4BRPA 3HOTA 1CZAN 3SBTA 3SAHA 3HJFA 1J54A 4K8XA 2Q0UA 4A57A 1NGGA 1RNHA 4JK8A 3VQPA 3V9UA 3IS9A 1JXEA 4FLWA 3VPZA 3CCVN 4KTZA 2YHYA 1VSIA 4CJ5A 2NRZA 4UQGA 1ZBFA 4CW7B 4LSNA 2E6MA 3OS0A 5KI6A 3RMAA 4I7FA 2GWJA 3VEYA 5CY0A 4CZGA 4G1QA 4DF8A 4B9VA 2IDOA 2AP1A 1C56A 2LSNA 3WUHA 4O44A 4ELTA 4C8NA 1GPSA 3SK3A 3QEPA 4MO5A 2JWKA 3CG7A 4PY5A 1I2UA 1XI1A 1JXCA 4NB4A 4CJWA 3ZX3A 3KTQA 2PAVA 5EY4A 5FPDA 4C8MA 4ZTJA 1HJRA 1E3MA 4LD0A 4KH6A 1JCEA 2N69A 4EHTA 4EZ9A 3HZ6A 2YV0X 2KHOA 4CQKA 4DMNA 4C8KA 3ZT4A 1YJ9N 2ZGYA 1KSPA 3S3OA 4NLCA 4FLXA 4FWOA 2XY5A 1TAUA 3LDOA 4G9ZA 4RW6A 2D56A 1NGHA 3T1YK 4J2BA 3IG1A 3P38A 2CGLA 5KPZA 3QEXA 3CXCM 2P9LB 5HRPA 3PO4A 1W7AA 5HRSA 1KVAA 1KFDA 4ISEA 4N5SA 4B3MK 1QHAA 1SUQA 2E2QA 4X64K 4RTFD 1HKBA 1OH7A 4HTLA 3NH1A 3HO1A 1BI4B 3F73A 4BRDA 1EETA 3MEGA 3E66A 4CK2A 2D0OA 1RT3A 3BF3A 3O8MA 4M45A 4WFAL 1E4FT 5SZTA 4DTSA 4KHSA 4AH9A 2GTDA 1VSJA 4A2BA 1T7PA 3E9OA 4DCHA 2N2QA 3H46O 1C0FA 1QQMA 2BRZA 3DJCA 3QIPA 4V19S 4H5WA 4DSKA 2P9UA 1JJ2M 3ZEUB 2E20A 4ILGB 5HL7L 4DQPA 3AVGA 3B8AX 4MLEA 2YBRC 4E1JA 4FXDA 1J6ZA 5AQJA 1TGOA 1RDAA 3BP8A 2HHWA 4DHYA 4M3TA 3Q7BA 1OZZA 2YX6A 4O8KA 3FZHA 2W42A 1TK5A 5AQFA 3THXA 1JKHA 4YDUA 4L8RB 1ZUTA 1QQCA 2IAJA 1C0MA 2YCHA 1YJWN 3CC2N 3O4NA 1YIJN 4M7XA 5FDLA 4DKWA 3LZJA 4CZFA 3DMJA 2P51A 1C1AA 5FRMA 1T7EA 1EX4A 4JKAA 2O8BB 1WLJA 4NXMK 2WTUA 5CZ1A 1NE5A 4E89A 4W5NA 4DR4K 2ASMA 1O1WA 3L2RA 3SPZA 4LF8K 2D1KA 5EX5A 3CC7N 2E2NA 1ILYA 5KTQA 4DSFA 3G6EN 3AO4A 3GL1A 1VRTA 3OYGA 5GADP 4FZXC 1BL3A 2E0HA 4M3XA 2HMIA 4LF9K 2F8SA 4JD2B 4JAXA 2F7TA 4N56A 3ID8A 4PL7A 3HPHA 1BHLA 1NGBA 3AVAA 1N34K 3SUNA 2P9LA 4CVNE 4BDPA 1NGEA 1BA0A 3TPQA 1SV5A 4QS9A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4CZK A;  3H6E A;  2LJ7 A;  4CZI A;  4ZHR A;  4K25 A;  3TAG A;  1IO2 A;  4QOZ B;  1ZBH A;  1NM1 A;  5LY3 A;  2FXU A;  4RCH A;  5B8H A;  2P9P B;  4N47 A;  1NJZ A;  4B3R K;  3PSM A;  1MA9 B;  3HPO A;  4CZH A;  1KAZ A;  4I9L A;  4IEE A;  1SQK A;  3KZB A;  1DTQ A;  4WF9 L;  2C1I A;  5M1Q A;  3TI0 A;  2A6A A;  3UKR B;  2P5G A;  2QWP A;  4NYF A;  2HF4 A;  1BA1 A;  2YJF A;  1D5A A;  4CHZ A;  3A5M C;  4CEA A;  1HKG A;  1R0A A;  1RCH A;  3VQ9 A;  5AFU H;  2BE2 A;  3DWL A;  1VQ4 N;  3QDK A;  4BRN A;  2XRI A;  1TUY A;  2UUC K;  2DPN A;  5DM6 L;  4ICL A;  1Z05 A;  4CF1 A;  3OYE A;  3VQC A;  4EFH A;  3HTV A;  3MCP A;  4H5V A;  3T3F A;  3O9U A;  3V1R A;  4RW4 A;  1SS6 A;  2LN8 A;  4HCB A;  1SEG A;  1DGK N;  3UKU B;  2ZGZ A;  3FZL A;  5J1E A;  1NK5 A;  4DR7 K;  2QXL A;  1RTD A;  3MED A;  2B4J A;  4HTU A;  2GV9 A;  4PKH A;  4EHU A;  4BEC A;  3NGZ A;  4CJ3 A;  1VHX A;  5I42 A;  4Q0B A;  2UUB K;  1NMD A;  3VEO A;  4JKB A;  1NJW A;  4O55 A;  3WEE A;  4H4M A;  4NXN K;  4JKG B;  1S9G A;  4E19 A;  3OYJ A;  5AQY A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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