3QMLA

The structural analysis of sil1-bip complex reveals the mechanism for sil1 to function as a novel nucleotide exchange factor
Total Genus 114
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
114
sequence length
377
structure length
377
Chain Sequence
NYGTVIGIDLGTTYSCVAVMKNGKTEILANEQGNRITPSYVAFTDDERLIGDAAKNQVAANPQNTIFDIKRLIGLKYNDRSVQKDIKHLPFNVVNKDGKPAVEVSVKGEKKVFTPEEISGMILGKMKQIAEDYLGTKVTHAVVTVPAYFNDAQRQATKDAGTIAGLNVLRIVNEPTAAAIAYGLDKSDKEHQIIVYDLGGGTFDVSLLSIENGVFEVQATSGDTHLGGEDFDYKIVRQLIKAFKKKHGIDVSDNNKALAKLKREAEKAKRALSSQMSTRIEIDSFVDGIDLSETLTRAKFEELNLDLFKKTLKPVEKVLQDSGLEKKDVDDIVLVGGSTRIPKVQQLLESYFDGKKASKGINPDEAVAYGAAVQAGV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Chaperone/protein transport
molecule keywords 78 kDa glucose-regulated protein homolog
publication title Structural analysis of the Sil1-Bip complex reveals the mechanism for Sil1 to function as a nucleotide-exchange factor.
pubmed doi rcsb
source organism Saccharomyces cerevisiae
total genus 114
structure length 377
sequence length 377
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.6.4.10: Non-chaperonin molecular chaperone ATPase.
pdb deposition date 2011-02-04
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.30.30 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Defensin A-like Defensin A-like 3qmlA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3qmlA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3qmlA03
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 3qmlA04
4PKGA 5KPZA 1E4GT 1X9JA 3QMLA 3JS6A 5F2RA 1TYQB 1GLCG 5KQ8A 5AFUA 3ULEB 3GE1A 3M6GA 3LDOA 1IJJA 1NWKA 5AQPA 4E1JA 1GLDG 5EXWA 1QQMA 3MMVA 5JLFA 1Z6RA 1WOQA 2VYPA 1NGEA 3HSCA 2E2QA 5AFUH 4CD1A 2Q0RA 3U4LA 5KQDA 2YHWA 4A62A 3VGKA 3TPQA 4O8KA 2ZWHA 4A61A 3H3OB 1BWFO 3ZETB 4CZEA 2V7ZA 4BROA 4H5TA 1T44A 4EAHD 3DXKB 3A0IX 4LC9B 4MLHA 4Z94A 5AQNA 2Q36A 2E8AA 4RWTA 3VGLA 3CJ9A 4XH4A 3D2EA 3C7NA 3BUZB 2A40A 2A5XA 3I8BA 5E84A 4YDUC 4JAXA 2IIRA 4FWNA 2I7NA 4JN4A 1SAZA 3R9PA 4FOEA 4EHTA 1HX1A 3QDKA 2YHXA 3A5MC 5TKYA 5F1XA 1JCEA 2CH6A 3O1WA 4BR9A 4H5VA 2VWBA 4FWSA 1TYQA 3BF1A 4CBUA 3LM9A 4C23A 3UE5A 3ULEA 2GTDA 1BA1A 5AQHA 3DWLA 4IZ9A 5AQMA 1Q18A 3EN9A 4DCHA 2A41A 2I7PA 5AZIB 3DXMB 2FXUA 5JLHA 1J6ZA 2V51B 2YCHA 2V52B 1ZXOA 4CZIA 5EY4A 3HZ6A 2A3ZA 4BR5A 4HTLA 2E20A 2W40A 4WQ5A 2BUPA 5BRFA 4FWLA 3SK3A 1ATNA 4BRCA 1SQKA 2P9UB 4BC3A 3CQYA 3VEOA 3O5BA 3L0QA 3VEXA 2HF3A 3VGMA 1GLLO 4H5RA 3VETA 1RFQA 4FWQA 4IJNA 4FO0A 1KAZA 3VERA 2QXLA 2QWQA 2NZTA 3DXKA 4EFHA 2P9PA 1NGAA 3FR0A 3OHRA 3DAWA 3VEZA 1GLJO 1XC3A 5AQOA 4RTFD 5AQQA 1QQOA 1BUPA 2GELA 1NGFA 4WQ4A 2ZF5O 1ESVA 2VCPA 2YI1A 5FPEA 2Q31A 3EKSA 2AP1A 3HBTA 4K42A 4BG8A 3MCPA 1Z05A 1XUPO 1YXQA 4MO5A 2FSKA 2KHOA 3IUCA 3GBTA 5KPRA 2P9KB 4H0TB 1H1VA 5BREA 4H0PA 4PKHA 4AM6A 4CZLA 3HTVA 4H03B 1XQSC 4ISFA 1DEJA 1HJOA 3FZFA 3AY9A 3WXLA 1LCUA 4NO7A 3O8MA 5BRDA 3U9ZA 3FFKB 3CI5A 5JMVA 2D0PA 3ENHA 1KAXA 3FZMA 3UKUB 5AZIA 5FPMA 3WQTA 5B8HA 3DXMA 1BOTO 4J8FA 4H5NA 2AA4A 1E4FT 3FZLA 4FWPA 3MN5A 1QQNA 5FPNA 2BTFA 1NGDA 1Y64A 2P9UA 5AR0A 1ATRA 2D0OA 2F9TA 4MO4A 4I6MB 3VEYA 5AQIA 1K8KA 4BRKA 1YAGA 4IWVA 4DHYA 5AQTA 1KXPA 3A8YA 4ISGA 2P9PB 1OKJA 3J8AA 3ID8A 4BQLA 4M7XA 3VESA 2FF6A 3CJCA 4PL8A 3FGUA 4BRGA 4B1YB 3TU5A 2QW9A 5I9EB 2GWKA 5BPLA 4QS9A 3GL1A 4BQZA 4BVOA 2HMPA 1NGIA 1ZBSA 5CE3A 2CGJA 2ZGYA 3ZEUB 2P9KA 1T6DA 4BRNA 3B8AX 1LOTB 2QWRA 1NGGA 5BN8A 3FZHA 3H6EA 3D2FA 3AAQA 4BR4A 3MDQA 1NGCA 3W0LA 1IG8A 3I33A 2W41A 4CBXA 5LJWA 3GG4A 1BU6O 4JD2B 4M63C 3CJBA 2YHYA 1GLFO 3M1FA 3A5NC 2E2OA 2GWJA 3QBXA 3U8XA 4FPAA 1HKBA 3WXIA 5FPDA 3UKUA 1S22A 1U6ZA 2FSNA 4JHDB 3H1VX 1X3NA 3CETA 4FWOA 5AQRA 2E1YA 4XH5A 5AQGA 4B1ZA 3H1QA 3VEWA 1JCGA 2J4RA 5AQZA 3SMSA 3DJCA 3ATVA 2YJEA 1MWKA 3SJHA 4BC4A 4CD3A 2IVPA 2ASMA 4H0VB 4IXCA 3ZX3A 4WYBA 1K8KB 4I6MA 4IO8A 4BVPA 4B1XB 3F9MA 3LDNA 3CJ7A 1NGBA 3H45C 4CZMA 3EKUA 4H0OA 3CJAA 4BRMA 4BR0A 5BRHA 4EIAA 5AQVA 3GOIA 2Q97A 2F9WA 3C0BA 3CIPA 4XEIA 3LM2A 3WT0A 3GDQA 1SZ2A 3EL2A 1MA9B 2QWMA 3G25A 3L6QA 4GNIA 2ZGZA 4FSVA 3ATUA 4QS8A 3O4WA 4BR7A 3CERA 1S3XA 1TUYA 1KAYA 2NRHA 5AQSA 3VF4A 4WQ5C 2DPNA 4B1UB 3P4IA 5E26A 4BRIA 2CH5A 3EZWA 3HI0A 1BO5O 1T6CA 1QZ6A 1QZ5A 3ZEUA 1C0GA 4XH1A 5AQLA 4FWKA 3EO3A 2PAVA 3D2FB 5AQKA 2H3GX 3ZX2A 2GUPA 4RCHA 3WXKA 5BPNA 3L4IA 4FWRA 3FE1A 1HPMA 3W3DA 4CZHA 2PBDA 1GLAG 4K41A 4JD2A 1JCFA 1NGHA 4WQ4C 3VOVA 5KPTA 3U9DA 3SMPA 4CJ7A 4BG9A 1R59O 5LJVA 3MN9A 4BRQA 2D1KA 2A42A 3O08A 4L3QA 1BDGA 3AAPA 4JHDA 5AQUA 3QFUA 4FOIA 3VPZA 2ASPA 4BRFA 4KBOA 3RSEA 4QS7A 2E2NA 2WUSA 5AQXA 1QHAA 3VF2A 4B9QA 2P9SB 4BGBA 1YVNA 2Q2RA 4H0XB 1HUXA 2HOEA 3FZKA 4CI6A 1DKGD 1G99A 4BREA 4F9OA 5BR9A 5AZJA 4NB4A 3LDQA 4YDUA 3ZX0A 3H46O 5AQJA 5JICA 5AQYA 3MN6A 4BRHA 3A5LC 4BC5A 4PL7A 3IDHA 3D7EO 4CBWA 2ASOA 2Q1NA 1MWMA 2QWOA 3A5OC 4BRLA 1RGIA 4K25A 1V4TA 1X3MA 3UKRB 3LL3A 4CZFA 4HWIA 1HLUA 2P9NB 3SLCA 2D4WA 4MLEA 3KZBA 3WEEA 2NLXA 1U2VB 2CGLA 1P8ZA 4M7YA 2P9LB 5F0XA 1ZC6A 1HKCA 3FLCO 3MK6A 1WUAA 2EWSA 3QBWA 4EHUA 4BR2A 4A2AA 2FF3B 3WXJA 1NMDA 3H3NO 4BRAA 3O6WA 3JXUA 1BA0A 2P9IB 2ITMA 4A2BA 1MDUB 2QM1A 3BF3A 3RSEB 5EOYA 3VEVA 5EVZA 1HKGA 3HM8A 4DB3A 2E1ZA 3KVGA 4PKIA 2P9SA 5ADXA 4BRPA 3ENOA 3QFPA 3CQXA 5ELZA 2IVNA 2QWLA 3WQUA 1GLEG 5AZJB 4BGAA 4IJAA 3BEXA 3IMXA 4K43A 4O5FA 1NM1A 1BG3A 1V4SA 5ADXH 2HF4A 1YUWA 5BPMA 4FL9A 2QWNA 3R6MA 4CZJA 4JNEA 1EQYA 4CZKA 2FSJA 2IVOA 4H5WA 4B1WB 4B1VA 4BRDA 3VF6A 4BC2A 3ZETA 3MN7A 1C0FA 2Q0UA 3M3ZA 3UKRA 1NLVA 1ATSA 4ISEA 1NBWA 1CZAN 2A6AA 2GEMA 2CGKA 2P9NA 1DGKN 3O80A 2E88A 3D2EB 4Y0WA 3WUHA 2QWPA 4CZGA 2OANA 3WEEB 2V7YA 4FPBA 3CHWA 1D4XA 1U2VA 3BP8A 3CJ1A 3S41A 1RDWX 3C7NB 2P9LA 3AARA 3O1BA 1TUUA 5LY3A 2YJFA 3QB0A 3LDPA 4DQ8A 3LDLA 3UB5A 5AQWA 4GY2B 1GLBG 3IFRA 3KHYA 1NGJA 5BN9A 5AQFA 3QICA 4H0YB 4FWMA 3VENA 2UYTA 4AM7A 2E2PA 2P9IA 5EX5A 3R8EA 2FLOA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4PKGA 2RE2A 3PX6A 3QMLA 1BI4A 5F2RA 1TYQB 3EYZA 1KFSA 1BCOA 3J7AP 3PLAA 3THXA 4Z4FA 1FKOA 1CZBA 5AFUA 3GE1A 3EEQA 3M6GA 1NWKA 4E1JA 2N66A 2YNGA 4DTXA 1ZVGA 3JAMO 1NK9A 1YTUA 4O0IA 1JZAA 2E2QA 4CD1A 3U4LA 2YHWA 4R5PA 4IEIA 2E5LK 4FJGA 4CFBA 2JDQD 4O8KA 1U49A 3ULDA 4IO9L 3VTIA 4BROA 4JK7A 1TKXA 3VA3A 3A0IX 4NYFA 3V1OA 1RDAA 4CJVA 3KWIA 4IDHA 4LC9B 3TSPA 1YT3A 4Z94A 2Q36A 3SQ0A 4ILGB 4NCBA 1S6PA 1FH3A 2XY7A 2UXBK 4DQRA 4PHTX 3CCJN 1RT5A 2A40A 1QQCA 4A59A 1MR4A 1SN1A 2I7NA 3CCLN 1RTHA 1SAZA 4FOEA 3HYFA 2KZMA 4KHSA 1HX1A 2QTDA 3BK3C 3QETA 5HL7L 3H08A 3A5MC 4KAZA 5TKYA 3O1WA 3P5JA 3T3FA 4DR6K 3LANA 2RKIA 2O8DB 5JS2A 4AQYK 1QE1A 3ULEA 3MEGA 3NHGA 3TR8A 5J2QA 4DCHA 5C2DA 1ZBFA 3DXMB 5J2NA 3CPEA 2FXUA 3T1HK 1J6ZA 2V52B 1ZXOA 3N4QA 1BISA 5HLFA 3HZ6A 3L2VA 2DFFA 4WQ5A 5BRFA 1OVYA 4LSNA 1TK5A 1E3MA 1AYJA 3P1GA 4JEPA 4G1QA 4YORA 3QESA 2HF3A 3VGMA 2UU9K 1WB9A 2F4VK 4CHQA 3TSUA 4FWQA 4IJNA 1RDBA 4I9LA 3QNNA 2NZTA 3DXKA 4EFHA 2P9PA 4WF9L 5HRPA 3KD5E 3VEZA 3ZT2A 3DRRA 4CCHA 1NGFA 4CERA 1ESVA 3AO3A 4HUGA 2VCPA 1K9MO 1I6FA 3ITHA 1VQKN 1BCGA 2KBKA 2P1JA 3QERA 3SCXA 2YHBA 1VSMA 3EKSA 1XMQK 4BG8A 1Z05A 1XUPO 1DT9A 4EP4A 4YY3K 1JXCA 3DLHA 3CM5A 2YNHA 5CYQA 3AVGA 4H0TB 3VQBA 1RBRA 2F96A 1U48A 3AVNA 4DQIA 5M1PA 4CZLA 2D5RA 2OPRA 4CJTA 4DU3A 1JLCA 2EHGA 3AA4A 1ZBLA 3AO1A 4W5NA 2MN5A 4KHPK 4LF9K 3WXLA 3O8MA 1LQQA 5CYMA 1JL1A 3KLIA 3U9ZA 1KLMA 1AHOA 2VG5A 1KAXA 5JMVA 4BDZA 4B9MA 3FZMA 5AZIA 2UUAK 1HR0K 1YJWN 3K5OA 4DV1K 1BOTO 1RDCA 4CVNE 2O8BA 3CG7A 1D9DA 3MN5A 2A7TA 1C6VA 4FJ9A 5FPNA 1YF5L 1LQHA 1NGDA 3JSMA 2OPPA 4BE2A 1ASVA 3HM9A 1P00A 3C6HA 2LT8A 4JK9A 2OCEA 5DK5A 4ELVA 2LY6A 1KXPA 4ISGA 3A8YA 2P9PB 1IBKK 1X9WA 4PWDA 4KREA 1VNBA 3ZSYA 1VQLN 4NXNK 3FGUA 3TARA 3KLHA 2HNYA 4BQZA 1K8BA 1ZBSA 3S3NA 1HYVA 4DSKA 1NKBA 2O8EB 2YKNA 3SYZA 3B8AX 1N5YA 2QWRA 2ZM6K 2RPIA 2NY8X 4RW6A 2HBLA 3ZLJA 3W0LA 3D0PA 3I33A 4CBXA 4JI0K 3TTFA 2VWJA 1S1VA 4K0KK 1RT6A 1GLFO 4J2EA 5KGWA 5LL6Z 4Z4CA 4JI5K 2GWJA 4FPAA 5FPDA 1S22A 3N4PA 4JHDB 3M8PA 1HYZA 4UAFE 4CK3A 5AQRA 1A5VA 4IOCL 3VEWA 5AQZA 3ZSRA 4CD3A 3SJHA 1B3CA 1FKPA 2IVPA 3QLHA 4CHOA 5JVGL 3HVRA 3PIOL 3IRXA 3NBPA 4KO0A 1U4BA 3LDNA 4B9LA 2VY6A 4CZMA 1RBTA 4A5AA 4BRMA 5TKWA 3BZKA 2O8FA 4DTUA 3GOIA 3ZSVA 3VQEA 4Q5VA 4XEIA 4FJ7A 2KJAA 3KD1E 1OZZA 1MA9B 3PIPL 3UIQA 4FSVA 2QXFA 4CJ5A 4CGGA 1NNEA 3VF4A 5GINA 4CW7B 3QI7A 3J7YP 4AH9A 2ATBA 4AB0A 3MEDA 1NPIA 4KB0A 3SZ2A 3ZEUA 4AF1A 2X6NA 2PAVA 4UAEF 2GV9A 4DF8A 4FK4A 2GUPA 3V1RA 3L4IA 3RR8A 3W3DA 1HPMA 3OYIA 4JD2A 3ZSXA 5M1QA 3DLGA 3THVA 4CJ7A 1R59O 3L56A 2KTQA 3SJJA 5LMUK 3AAPA 1N33K 4CFCA 3CXCM 1TKZA 2GBZA 2G8HA 4I2QA 1JXBA 4DR1K 3RSEA 4DSJA 2HHVA 3VF2A 3HK2A 2P9SB 3E9OA 3D6RA 1HUXA 1EXQA 2GL1A 2PFUA 4AHVA 4O8UA 1DKGD 3KLFA 4PA1A 3AVHA 4OPKA 4N56A 5C0YA 5JICA 1HRHA 1RTJA 2F8TA 4CJKA 1NMNA 1JLQA 4IFVA 4C8MA 1LW2A 1N8RO 3A5OC 3KOXA 1X3MA 1HNVA 3UKRB 2KGQA 4CZFA 1HPZA 4JKGB 3LZIA 3TAPA 2P51A 1EWRA 3HT3A 2W6KA 1WNSA 4KH4A 3KZBA 1B9DA 3V4IA 3FLCO 2FF3B 3ZT3A 5FRMA 4JKFA 3K0SA 4Y1CA 1YJ9N 3DLEA 2HBMA 3RSEB 5EOYA 3VEVA 3SAFA 3KVGA 4PKIA 3CYMA 4BECA 2GUIA 3ENOA 3QFPA 4Y1DA 3CQXA 3OA9A 3T69A 2LKBA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 4PKG A;  2RE2 A;  3PX6 A;  3QML A;  1BI4 A;  5F2R A;  1TYQ B;  3EYZ A;  1KFS A;  1BCO A;  3J7A P;  3PLA A;  3THX A;  4Z4F A;  1FKO A;  1CZB A;  5AFU A;  3GE1 A;  3EEQ A;  3M6G A;  1NWK A;  4E1J A;  2N66 A;  2YNG A;  4DTX A;  1ZVG A;  3JAM O;  1NK9 A;  1YTU A;  4O0I A;  1JZA A;  2E2Q A;  4CD1 A;  3U4L A;  2YHW A;  4R5P A;  4IEI A;  2E5L K;  4FJG A;  4CFB A;  2JDQ D;  4O8K A;  1U49 A;  3ULD A;  4IO9 L;  3VTI A;  4BRO A;  4JK7 A;  1TKX A;  3VA3 A;  3A0I X;  4NYF A;  3V1O A;  1RDA A;  4CJV A;  3KWI A;  4IDH A;  4LC9 B;  3TSP A;  1YT3 A;  4Z94 A;  2Q36 A;  3SQ0 A;  4ILG B;  4NCB A;  1S6P A;  1FH3 A;  2XY7 A;  2UXB K;  4DQR A;  4PHT X;  3CCJ N;  1RT5 A;  2A40 A;  1QQC A;  4A59 A;  1MR4 A;  1SN1 A;  2I7N A;  3CCL N;  1RTH A;  1SAZ A;  4FOE A;  3HYF A;  2KZM A;  4KHS A;  1HX1 A;  2QTD A;  3BK3 C;  3QET A;  5HL7 L;  3H08 A;  3A5M C;  4KAZ A;  5TKY A;  3O1W A;  3P5J A;  3T3F A;  4DR6 K;  3LAN A;  2RKI A;  2O8D B;  5JS2 A;  4AQY K;  1QE1 A;  3ULE A;  3MEG A;  3NHG A;  3TR8 A;  5J2Q A;  4DCH A;  5C2D A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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