1VQKN

The structure of ccda-phe-cap-bio bound to the a site of the ribosomal subunit of haloarcula marismortui
Total Genus 48
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
48
sequence length
186
structure length
186
Chain Sequence
ATGPRYKVPMRRRREARTDYHQRLRLLKSGKPRLVARKSNKHVRAQLVTLGPNGDDTLASAHSSDLAEYGWEAPTGNMPSAYLTGLLAGLRAQEAGVEEAVLDIGLNSPTPGSKVFAIQEGAIDAGLDIPHNDDVLADWQRTRGAHIAEYDEQLEEPLYSGDFDAADLPEHFDELRETLLDGDIEL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords 23S ribosomal rna
publication title Structural Insights into the Roles of Water and the 2' Hydroxyl of the P Site tRNA in the Peptidyl Transferase Reaction.
pubmed doi rcsb
molecule tags Ribosome
total genus 48
structure length 186
sequence length 186
ec nomenclature
pdb deposition date 2004-12-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
N PF17144 Ribosomal_L5e Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1vqkN00
5GAGP 3CXCM 3OW2M 3PIOL 3CCUN 1M90O 5GAHP 3CCEN 1VQ8N 5JVHL 1K73O 1QVFM 2ZJRL 2QEXN 2ZJQL 1YJNN 1KC8O 1KD1O 3G4SN 1VQNN 3J7ZO 1VQ9N 1Q7YO 1YI2N 5H1SQ 4WCEL 1YHQN 3I56N 3CC7N 3CD6N 1VQ5N 3G6EN 3CCQN 5HL7L 5GADP 2QA4N 5MLCQ 1VQON 4IOAL 5GAEP 3CC2N 1YJ9N 1M1KO 4IO9L 3CCVN 3CCSN 1YITN 3CF5L 3G71N 1VQ7N 3CCRN 5DM7L 4WFNL 3CMEN 1NJIO 1ILYA 2OTLN 4IOCL 1OVYA 1Q82O 1N8RO 4WFAL 1VQ4N 2ZJPL 4UY8O 3PIPL 1JJ2M 5JVGL 1VQKN 1W2BM 1KQSM 3CCLN 4U67L 1K9MO 3I55N 1Q86O 3CPWM 1YIJN 1VQMN 1VQPN 1VQLN 4WFBL 1QVGM 1YJWN 3CCJN 3CMAN 4WF9L 1VQ6N 1K8AO 3CCMN 1Q81O 1S72N 3DLLL 3CC4N 2OTJN 5DM6L
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4O8UA 3VQAA 3TSQA 2HF3A 1HNWK 3O9TA 3HJFA 2HNYA 5F1XA 1JXBA 2FF3B 3CCEN 4B3TK 4DV4K 1UAXA 3WXIA 5M1FA 3ZSYA 1VQ9N 2NNWA 4PY5A 2QXFA 3NF8A 1IKWA 3OA9A 1RBTA 1IG8A 2IDOA 3S9HA 3L8BA 3VGMA 3BEXA 2NRZA 3DXMA 3OS1A 1X3NA 3KVGA 4F8RA 3FZFA 4IOAL 4CZEA 3ULEA 1U04A 2HBLA 4Z0UA 4OX9K 3HYFA 1S6QA 3GL1A 2HBKA 5AQJA 4KHNA 1Z26A 3SAHA 4F3OA 4Y1DA 3EKSA 5FDLA 4DCHA 3J7YP 1EETA 3O9QA 1B92A 3OYGA 3HBTA 4JEPA 3UIQA 4CD1A 2IVNA 5BR9A 1NJIO 3SK3A 4CF1A 1C0FA 2NRTA 4IOCL 4BC5A 4CJRA 3H46O 5J1EA 1VK0A 4MQ3A 1RT3A 1TK0A 2G8UA 3VQCA 4BRGA 1X9MA 2Z1HA 3IMXA 4BE1A 4YOWA 1NK0A 3P39A 4N5SA 4LFCK 3AVCA 3SI6A 4DU1A 1A5XA 4M3RA 2CGLA 3SUPA 1TV6A 3SUNA 3O08A 3VQ5A 5I3UA 3MWTA 3VENA 3ZT0A 4J2DA 3N4QA 5C25A 2LSNA 5AQTA 2CH5A 5AZIA 3VMFB 1GLJO 1HKBA 3QINA 3CG7A 3OBWA 4H03B 3RVCA 4KH5A 2A5XA 3I8DA 1HUXA 4KHPK 2Y1IA 4F2RA 4JKCA 4DHYA 3ENHA 4IXCA 3QB0A 1UA0A 3NF6A 3FZKA 1BWFO 1N36K 4IKFA 3MAQA 3IFRA 3AO1A 3H1VX 1QZ6A 4BR5A 4NO7A 3M8PA 5DM6L 3O9RA 3HO1A 5AQIA 1JKHA 1WSJA 4KPYA 3J81O 4BWJA 4JD2B 1YAGA 1XQSC 3ITHA 5FPEA 2O8CA 3QEVA 3LM2A 4H0XB 4JNEA 3M6GA 4BQLA 1K73O 1XWLA 4GV9A 2P9UB 3A5MC 3DLBA 2QWLA 1ATSA 1J5OA 1KC8O 3HXMA 3IG1A 1C1AA 3F5TA 4B1YB 1L3SA 4NCAA 4FSVA 4FWLA 3R9PA 1RBRA 1J53A 5AQPA 3VN5A 4C8MA 4I2PA 4BC4A 3HT3A 1T7PA 4GVEA 5FRMA 2KFNA 3RTVA 3TAGA 5BPNA 1MA9B 3QEPA 1JL2A 1LWFA 5MLCQ 1HR0K 3SV3A 2VCPA 1GLEG 3K9JA 1FKOA 4LY7A 3TABA 4ZTFA 3AVNA 1EKEA 4KBOA 4BRIA 3CCSN 2O8EB 4CHOA 4BRPA 2E1ZA 3MXJA 2HOEA 3OYMA 4M63C 1WN7A 3ZSRA 4F9OA 3CJ1A 3ZCMA 5AZJA 4ISGA 2O8DA 1SKWA 3U6FA 3QDKA 2GTDA 3ENBA 1WBDA 3K5OA 4F4KA 4CJWA 5FLXO 3LDNA 3AV9A 5M1OA 4AHVA 4KB0A 5AQXA 4FPAA 3OVNA 4C8LA 3BF3A 4MO4A 2G8WA 4EFHA 4O0IA 2RKIA 4DTXA 2F4VK 2AP1A 3NHGA 1K8KA 1VSHA 5M1NA 4DV2K 5KPTA 1ZBLA 3CCMN 4PHTX 4DV5K 4B9SA 4PUOA 3LDLA 3SLCA 1NKEA 3DLLL 3GBTA 4YY3K 1J5EK 2XY8A 4RTFD 2GX9A 3OYBA 1YXQA 4UQGA 4FVMA 1UOCA 3O9UA 5FRNA 5EY4A 3HL8A 3VTHA 4CGGA 5GAHP 3C0BA 5LL6Z 3QO9A 3O3FA 3DYAA 4B08A 5EVZA 5KPZA 2W6KA 3PX4A 3V9SA 4YOTA 3V6DA 2OPRA 1YJNN 4CHPA 4W5NA 3C6AA 3M8RA 4CF0A 1GLFO 3G4SN 5AQRA 3THYB 3O5BA 5C0YA 4H0VB 1SL2A 1BL3A 3HVRA 3RMDA 2DTUA 4AM6A 5CY4A 2HW3A 3I33A 4XH1A 3T1AA 5C42A 4FCYA 3ZX0A 3Q7CA 4WE1A 3D2EA 3TU5A 4KB1A 4CGIA 4F3TA 1T3VA 2PY5A 4RW4A 2VWJA 3ATUA 1XI1A 4DFJA 4CK2A 2NRVA 3ALYA 2HMPA 4H4MA 4QAGA 5TKYA 3MXMA 3ID6A 3P4IA 4WFAL 1NK4A 1QSLA 4CZLA 4AF1A 1IBLK 1RDUA 5KQDA 2E4LA 5HBMA 3H45C 2A42A 1IH7A 3MCAB 1EX4A 1D8YA 2VG5A 4E1JA 4AHRA 3PSIA 3JXUA 4MDBA 5DK5A 4RW8A 1VQPN 3D45A 3KKSA 4NLCA 3VQ9A 2O8FA 5LMNK 3NH1A 4OPJA 3S3MA 1SV5A 3NE6A 4BREA 3S3OA 1NGFA 4DQQA 2QKBA 1LWEA 2QTDA 5C10A 1SQKA 2NZTA 1CLQA 3SCXA 1W9HA 3AGRA 2NRWA 3DLRA 4B8CA 4FLYA 4BGBA 3HTVA 4JK7A 2UUBK 2Z1JA 3L6QA 1RT4A 4Z4HA 1ZBFA 2IVOA 5J2QA 4GNIA 4CJKA 4NXMK 5JVHL 1T6DA 2F9WA 1XUPO 2F9TA 4H5TA 4DQPA 1TK8A 3O8MA 4C23A 2J4RA 4CESA 4YNQA 1XMQK 1HMVA 4BGAA 1Q7YO 1TL1A 1BDGA 3B8AX 5H1SQ 3F9KA 3MN7A 1BI4B 2QW9A 1C1CA 4A2BA 3RR7A 1TYQB 2KFZA 2XY5A 5T7BA 4CEEA 3ZETB 3WXJA 3THXA 4JN4A 5BPLA 4DTRA 4IJNA 2HMIA 2FXUA 1L3UA 3F2KA 1QQNA 2QKKA 4FW2A 1KVAA 3D7EO 1VSEA 3AVLA 3AVMA 1U4BA 3RRGA 4NXNK 4RW6A 3KJVA 4JHDB 4J2EA 2P9SB 3L4IA 1YF5L 1YTUA 4N76A 4CZMA 3CJ9A 2W6LA 1NGHA 2AJQA 2YHBA 3IKMA 3OYEA 4CEBA 3VF4A 1C0GA 5FROA 2NRXA 4B3MK 3O4WA 4B9UA 2HF4A 3LAMA 3RMCA 2D0OA 1CXUA 3VQPA 4CHNA 3P38A 4CF9A 1JLEA 5JLHA 2HVHA 2E5LK 5J2NA 2HSTA 1OH5A 3R1XA 3LPTA 3W3DA 2P9KB 1GOCA 3HK2A 5GIOA 3NH0A 2WBNA 4G1QA 4Z4EA 1C0TA 4BRKA 5C2FA 4FWKA 4N56A 2HNZA 5EOYA 3SUOA 2YKNA 4KTZA 1V4SA 3CC4N 3WEEB 1Y64A 4CF2A 3M3ZA 1BQNA 4CFBA 3L2WA 3AO2A 3ID8A 2QWQA 4E3SA 1NJYA 1HX1A 1QVFM 4CHZA 4CJ4A 4DFMA 2DFHA 3B6OA 5AQZA 1HPMA 4DUZK 1B9DA 3WQTA 2FF6A 4JKGA 2VWKA 4XEIA 3OJSA 3DMJA 4MLHA 3DLHA 4LF7K 3ZLJA 3VQBA 4BR7A 4CK3A 3QEXA 3VERA 2BTFA 2Q0RA 1Z6RA 4ELVA 4R5PA 4HCCA 3G6EN 3OYKA 3KKRA 4I6MA 3WQUA 3KK3A 1RTHA 2KZMA 5TKWA 1WOQA 3FFKB 5HRRA 1Q18A 4E7IA 3OYLA 3HP6A 1T03A 2KKZA 3TAFA 4FWPA 4WQ4A 3BUZB 3DXKA 2IS3A 2BGGA 4DU3A 3HPGA 3OYIA 4WQ5C 4JS4A 4XH5A 3ZEUB 4FZYA 3E66A 2G8VA 4DS4A 3NGZA 5BRFA 4CVNE 4IEEA 4QOZB 2Q31A 3SQ0A 3QIOA 1D9FA 1DEJA 1BO5O 4E7KA 1X9SA 2DFFA 1ASUA 1NKCA 2OCEA 5JS1A 4AH9A 4EAHD 2HHXA 2Q36A 3KWIA 1BA1A 3HOSA 3ZSOA 4RCHA 1VQLN 2OPPA 5AR0A 3SMPA 5KI6A 4KHUA 1TUUA 3V1RA 3OY9A 4JRQA 3RSEB 3H3OB 2JGUA 4YORA 1W0HA 3T69A 4A59A 4CHYA 1RTDA 3SV4A 3SUQA 3AO5A 1VHXA 3CCJN 4W5RA 3A5NC 3KZBA 3JYTA 1MU2A 3J8AA 1EWQA 3CI5A 4DV0K 1S9GA 3FZLA 1SL1A 2OANA 5ELZA 2P5GA 5FPMA 5M1KA 4BRCA 3CXCM 1KRPA 4BRMA 4L3QA 3C7NB 4YHHK 1S6PA 3UB5A 1MWMA 3DWLA 5AQGA 2ZD1A 1HLUA 3VQ4A 3P31A 4BDYA 3NH2A 2IOCA 4CZKA 1Z25A 4PL7A 2O8CB 4ISEA 4C1NI 3VTIA 3OTOK 2YKMA 1S1XA 4H5RA 1RDCA 4BY9C 2HNDA 4O55A 4DTMA 4KH6A 1DTTA 1GLAG 2YX6A 3CETA 1KTQA 2E8AA 3KHYA 2QWPA 1T8EA 3C65A 4N41A 4DR2K 4B9TA 1N32K 3D2FB 5AQSA 4A5BA 1GOBA 1QSYA 3MECA 3HVTA 3KK1A 2BUPA 1M1KO 4KAZA 3WT0A 1HQUA 1WSEA 2ITGA 3FGUA 1WAFA 4E19A 3MXIA 4DSIA 3CF5L 4EZ9A 2P9LB 2O8BB 1XHZA 3CMEN 1SAZA 4BRLA 2E1YA 1NJXA 1J54A 4B8AB 3PV8A 1U2VA 4GY2B 2A41A 2Z1IA 2RPIA 3M8SA 1OVYA 5IWAK 3NF7A 4XH4A 4X62K 4JI6K 1HKCA 1GLCG 3CFRA 1JLQA 4NYNA 4LSLA 2H3GX 1NM1A 5IT9O 5AQNA 1OH7A 4RW9A 2QK9A 3RWUA 3MN5A 5DMRA 3KLHA 5CR4A 3KIOA 3I55N 3JS6A 4PKHA 2ZQBA 2A1RA 2KHOA 1QS4A 4DTOA 2YJFA 4NCGA 5B8HA 3AA4A 3OYHA 1WBBA 2YHXA 4HCBA 4IFEA 5AQMA 3CQ8A 3PO4A 3VEZA 5GINA 3O3GA 4IEIA 4RG8A 3K5MA 1Q9XA 4JLHA 1X9WA 5EU7A 2DY4A 4CJVA 4IFVA 5AQFA 1K8KB 5KRSA 1IKYA 2OTJN 5ADXH 4CZJA 3LDQA 1LCUA 3UKUB 3OW2M 3PIOL 1ESVA 4J2AA 4BRAA 4BRHA 3MDQA 4BRDA 1ATNA 4DV3K 4EHTA 1NWKA 4DTUA 5I9EB 4K0KK 2IAJA 1XHXA 3N4PA 4WQ4C 4AHTA 5KGWA 3RMBA 1VSDA 5HRNA 2XHBA 2E6MA 3CC7N 4LF8K 3CQYA 3V4IA 1ZBIA 4WYBA 3ZT1A 3CCQN 2ASOA 5GADP 4DTJA 4CZGA 4B3SK 2EHGA 2YNGA 5AQWA 3ATVA 4YOVA 1U48A 4FOIA 3IAYA 1VSFA 3KK7A 4FJKA 3DRRA 3Q7BA 2VQFK 5E84A 4BR0A 3QICA 2FBVA 1A5WA 3M8QA 3EY1A 4KFBA 3L2UA 4FVUA 3C95A 1UA1A 1RNHA 4DQRA 3QLHA 4CBWA 2G8KA 3NF9A 4WFNL 5DM7L 1NNEA 3V9UA 1MDUB 3P83D 2VQEK 4DR5K 1SZ2A 3MEEA 3QBXA 3CERA 2OPSA 2E6LA 4BR9A 1S22A 4OKKA 4GV3A 4H0TB 5KPRA 4FJ8A 2FLOA 5J2MA 1VQKN 4FWOA 4FYDA 3T1YK 4FJIA 4FJJA 3V9XA 4BRQA 3DJCA 4JYAK 2HHUA 1UWBA 2NRHA 2OA8A 4FW1A 4E7HA 1NGAA 4LD0A 1GOAA 5M1PA 1SL0A 1VQMN 5E41A 2BDPA 1DT9A 2ITMA 2HBJA 2FSNA 1RDDA 1HNIA 2QXLA 4E89A 4MDAA 4Y0WA 1QQCA 3E01A 4KHSA 3V1QA 2VGNA 3KD1E 1ZYQA 2FC0A 3K2PA 1E4GT 3VF6A 4QS8A 3NFAA 4JI2K 2RF2A 4GKKK 1JLAA 2A40A 2AA4A 3LP1A 1M90O 1QE1A 4JI1K 4CEQA 3O4NA 1IV0A 4MFBA 4CF8A 1C1BA 4EZ6A 3TAEA 4IZ9A 2CGKA 4OGCA 5AQQA 1F21A 2YNIA 3MMVA 3VQEA 4ILGB 1WSGA 4LH4A 4KO0A 3HP9A 3UE5A 1J6ZA 3U9DA 4DV6K 3VEVA 3PX0A 4K8XA 2P9PB 3FE1A 4NCBA 4CI6A 1NGGA 4C8NA 1RILA 3SJJA 1IJJA 1VQ5N 2UU9K 2DFEA 3VEXA 3ZT4A 1NGIA 2GUPA 2E20A 2QA4N 5GAEP 4FM2A 3MX2A 3AVBA 4CEOA 3K5NA 1YJ9N 3THXB 3PUFA 2BANA 4B9QA 4OO1J 1JLBA 1NK9A 1LAVA 2F8TA 3NBPA 3WNFA 1BIZA 1RTJA 3WNEA 2PZSA 2Q3SA 2UUCK 1RBUA 3G10A 5EX5A 4CJLA 3SYZA 4M7YA 2OTLN 2PBDA 1EWRA 3F73A 5SWMA 3TAMA 3U9ZA 1CXQA 1K6YA 1VQ4N 4CJ3A 4W5OA 4AILC 3U4LA 3VA3A 3R3LA 5AFUH 3QMLA 2UXBK 3O4QA 2KW4A 2OZSA 3ZYYX 1BCOA 3FZHA 3O80A 4O5BA 4HTLA 4H4OA 3RRHA 3OYCA 3G0ZA 4CIGA 2P9UA 1NGDA 5C2DA 3FR0A 1QVGM 3SBTA 1LOTB 4DUYK 1HNZK 5HRPA 1VSJA 1RDAA 4B1WB 3SAFA 4H0YB 1BIUA 1NMDA 2W42A 3VGKA 1QTMA 4A5AA 1VAZA 4WQ5A 1Q9YA 4X64K 4CJUA 4CZIA 1TK5A 4CFDA 1SKRA 4Z4GA 1VQ8N 2O8EA 4E7JA 1VRUA 4JKHA 4I2QA 4CGHA 4DQIA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5GAG P;  3CXC M;  3OW2 M;  3PIO L;  3CCU N;  1M90 O;  5GAH P;  3CCE N;  1VQ8 N;  5JVH L;  1K73 O;  1QVF M;  2ZJR L;  2QEX N;  2ZJQ L;  1YJN N;  1KC8 O;  1KD1 O;  3G4S N;  1VQN N;  3J7Z O;  1VQ9 N;  1Q7Y O;  1YI2 N;  5H1S Q;  4WCE L;  1YHQ N;  3I56 N;  3CC7 N;  3CD6 N;  1VQ5 N;  3G6E N;  3CCQ N;  5HL7 L;  5GAD P;  2QA4 N;  5MLC Q;  1VQO N;  4IOA L;  5GAE P;  3CC2 N;  1YJ9 N;  1M1K O;  4IO9 L;  3CCV N;  3CCS N;  1YIT N;  3CF5 L;  3G71 N;  1VQ7 N;  3CCR N;  5DM7 L;  4WFN L;  3CME N;  1NJI O;  1ILY A;  2OTL N;  4IOC L;  1OVY A;  1Q82 O;  1N8R O;  4WFA L;  1VQ4 N;  2ZJP L;  4UY8 O;  3PIP L;  1JJ2 M;  5JVG L;  1VQK N;  1W2B M;  1KQS M;  3CCL N;  4U67 L;  1K9M O;  3I55 N;  1Q86 O;  3CPW M;  1YIJ N;  1VQM N;  1VQP N;  1VQL N;  4WFB L;  1QVG M;  1YJW N;  3CCJ N;  3CMA N;  4WF9 L;  1VQ6 N;  1K8A O;  3CCM N;  1Q81 O;  1S72 N;  3DLL L;  3CC4 N;  2OTJ N;  5DM6 L; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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