1VQKN

The structure of ccda-phe-cap-bio bound to the a site of the ribosomal subunit of haloarcula marismortui
Total Genus 48
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
48
sequence length
186
structure length
186
Chain Sequence
ATGPRYKVPMRRRREARTDYHQRLRLLKSGKPRLVARKSNKHVRAQLVTLGPNGDDTLASAHSSDLAEYGWEAPTGNMPSAYLTGLLAGLRAQEAGVEEAVLDIGLNSPTPGSKVFAIQEGAIDAGLDIPHNDDVLADWQRTRGAHIAEYDEQLEEPLYSGDFDAADLPEHFDELRETLLDGDIEL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Ribosome
publication title Structural Insights into the Roles of Water and the 2' Hydroxyl of the P Site tRNA in the Peptidyl Transferase Reaction.
pubmed doi rcsb
molecule keywords 23S ribosomal rna
total genus 48
structure length 186
sequence length 186
ec nomenclature
pdb deposition date 2004-12-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
N PF17144 Ribosomal_L5e Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1vqkN00
1VQON 5DM6L 4IOAL 2QEXN 1S72N 5GAGP 3CXCM 1YJ9N 3CCSN 1QVFM 3PIOL 1Q7YO 4WF9L 3CMAN 3CMEN 1K8AO 5MLCQ 5GADP 3I55N 1JJ2M 3CCVN 2ZJQL 3DLLL 3OW2M 2ZJRL 1VQ5N 1VQMN 1VQ4N 3G71N 5HL7L 5DM7L 1YJWN 1VQPN 3CD6N 2OTJN 1VQ7N 4IO9L 3I56N 1YHQN 3CPWM 1VQ8N 1VQKN 1YIJN 3G4SN 3CF5L 2OTLN 1VQ9N 4WCEL 1YJNN 3J7ZO 1K73O 5GAHP 1KD1O 3CCQN 1YI2N 2QA4N 3CCMN 1OVYA 4UY8O 1Q86O 5JVHL 4IOCL 3CC2N 1W2BM 3CCEN 1VQNN 1N8RO 1K9MO 1QVGM 3PIPL 1Q81O 5H1SQ 1KQSM 3CCLN 3CC7N 4WFAL 1VQ6N 4WFNL 3CCUN 1ILYA 1M1KO 5GAEP 1KC8O 1Q82O 3CCRN 2ZJPL 4U67L 3CCJN 1VQLN 4WFBL 3CC4N 3G6EN 5JVGL 1NJIO 1YITN 1M90O
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4FXDA 1VRUA 2V51B 3R9PA 4CK2A 4DFJA 3MAQA 1OKJA 4IG0A 4N56A 1BG3A 1NWKA 3THWA 1RTJA 4CFDA 5HROA 1VSEA 4H0TB 4PKHA 1RDUA 5AR0A 4CEQA 1BUPA 4BRAA 2P9NA 4GKKK 3CQ8A 3PIOL 4FLTA 4A5AA 3SQ1A 1Q9XA 4X62K 4WF9L 2FBXA 1S6QA 2O8DB 3CMAN 3CYMA 3K0SA 4I6MA 1NG9A 4B3MK 3QEPA 2DFHA 2ZJQL 4L8RB 3V6DA 1N32K 2NRXA 5AQGA 3F5TA 1RT6A 3UKRB 2KFZA 4AM7A 2B5JA 3WXLA 2WTUA 1HKCA 3SAGA 4UQGA 2EHGA 4CW7B 4B9LA 5AFUA 3EY1A 3HSCA 1ZXOA 2J4RA 1VQ7N 4LSLA 3THYA 4CJ7A 3QBXA 4M3YA 5C42A 3K9JA 2IDOA 2QM1A 4JD2B 4JNEA 1VSLA 2G8WA 4Z4IA 4O5BA 2D0AA 4FW2A 4KH6A 1J5OA 3MWTA 3K9KA 3MDQA 2XY7A 1S1VA 1VQ9N 1IH7A 2GEMA 1IG9A 5DMRA 4EP5A 3THXA 1IKVA 3CIPA 2ASMA 3CFOA 5AQPA 1U2VA 2YNHA 4FL9A 2E2NA 5I3UA 3AAPA 4K25A 1WOQA 3LDOA 3KK1A 2Y1IA 3U9DA 4KHPK 3ISNC 1ASWA 1S1UA 1N8RO 1T7PA 4JK8A 1Z26A 3RSEA 3SNNA 2WC9A 5H1SQ 3NVMA 1WB9A 4B1XB 3CM6A 3EYZA 2D0BA 1DTTA 5AFUH 4FK0A 2F8TA 4EP4A 4DSJA 2HOEA 4ILJA 4CF1A 3OVNA 2AA4A 5AZJA 4CZFA 2UUCK 4KB0A 3I0SA 2Z1GA 4IDKA 2V52B 1KLMA 4LFBK 4NCBA 4H0YB 5C15A 4MDAA 3LZJA 2NRWA 3R3LA 4DV1K 3D2EA 1E4GT 2CGJA 4DR3K 4NXMK 3ALYA 1RILA 4CJTA 2JLEA 4Z4FA 2YJEA 1C0FA 1NGIA 4CF2A 3AO5A 3PX6A 4OKEA 4O44A 1JLEA 5AQUA 3R6MA 2KLAA 3QESA 4BY9C 4KHNA 1SAZA 3ZSOA 1SKSA 4CGJA 1N5YA 4CZGA 4W5QA 4FWRA 4BR5A 3T7ZA 1GLJO 2HBMA 1VQPN 3PX4A 3CJ1A 3ULEB 2QTDA 1T05A 5SZTA 4JS5A 4JKHA 1NJXA 3DXMB 3ATVA 3IDHA 4TSXA 5FPDA 4BVPA 4O5FA 2G8VA 4OVLA 4M3WA 4H5RA 1NU0A 4JK9A 2BGGA 4CEDA 4PHTX 4FWSA 5BRHA 5BPNA 3J7ZO 2BUPA 5IWAK 4BRCA 4M3RA 1S3XA 3AGRA 1RNHA 2Q31A 1LAVA 4JKGB 1HPMA 1KAYA 3MMVA 5DK5A 3KK2A 3SYZA 3CCEN 2QK9A 4BE2A 2OPQA 1BO5O 4BRDA 1NK0A 3EO3A 1XI1A 2ZWHA 1W0HA 4BDYA 1Q82O 4ICLA 2OCEA 3CC4N 3VETA 2P9IA 4GW6A 5AQNA 2P9SA 1YXQA 2E8AA 1RT5A 3J8AA 5AQJA 4JI2K 2F9WA 2W42A 4DLEA 3U3GA 1EKEA 1WN7A 2D0OA 3KLFA 3C7NB 3HZ6A 4CVNE 1HQEA 3VQDA 4G9ZA 3DXKA 3V9XA 3LDPA 2HHHK 2G8FA 4A57A 1JCFA 3CJBA 4H0VB 3SUNA 1NGFA 3NDKA 3NVKA 4A61A 5BR9A 3WNHA 1W9HA 1B9DA 1RBVA 3VTHA 3THVA 1RTDA 2UU9K 1Q7YO 5AQSA 4BR4A 4BRMA 1CZAN 4CEEA 1KVCA 2RPIA 4M7YA 1MWMA 1BWFO 2IVPA 3DLBA 1L3TA 2WOMA 1YVUA 2VG6A 4KHQA 4ISEA 4H0PA 1KCFA 2PYJA 3J7YP 1HRHA 4Z4HA 4W5TA 3BGRA 4FLYA 4J2BA 2ZD1A 1N36K 3MX5A 3SQ2A 1DLOA 4FPBA 2ZGZA 4JHDA 2IS3A 4JRPA 4BRLA 1WSFA 2A41A 3NGIA 3K5OA 3TTDA 3AA5X 4W5OA 5CYMA 4CZEA 1UA0A 4F4KA 1YHQN 5EOYA 1H1VA 4DU4A 3P39A 3HP9A 1S6PA 1YIJN 4DSLA 4CBXA 3ZSXA 3EKUA 5GINA 4M42A 4CFAA 3VMFB 5EX5A 3K59A 5FRNA 3EE8A 4KTQA 3CERA 4CEFA 2QI2A 4R5PA 1NGEA 4CHYA 5AZIB 1S1XA 1JXEA 3NH0A 1OVYA 1RDBA 4B1YB 5JS1A 4A59A 2OYQA 3OJSA 5SWMA 3TABA 2QWQA 4NYNA 3ULDA 3BF3A 4B08A 2XO7A 1Q81O 1DEJA 4LFAK 1QE1A 3CCUN 5ELZA 2O8DA 2UUBK 5C12A 3G0ZA 4N41A 1M90O 2RN2A 5J1EA 4AHSA 1L3SA 2P9UB 4AILC 1SL2A 2VG5A 1NJWA 3ZCMA 3VESA 4JI0K 3UE5A 5GAGP 5JS2A 4KPYA 1KSPA 1QQOA 1QVFM 1B92A 4BR9A 3HVRA 1TGOA 5F0XA 1TV6A 4N47A 2IVNA 4DV5K 1FKOA 3KTQA 4JI3K 2F96A 4BRFA 4JD2A 1NNEA 1J9AA 3SJHA 1RBRA 3R1XA 4GV6A 1QZ6A 1LAWA 4O8UA 3L8BA 5ADXH 1EXQA 1QQMA 4LD0A 5HRPA 3QERA 4BRKA 4CCHA 4BE1A 3L2WA 1B9FA 1ESVA 1BQNA 2KZMA 3O3FA 3O9SA 1VRTA 4CJWA 4CK1A 2DFFA 1NGDA 4ELTA 4E7KA 5AQVA 4IKFA 4CJFA 1NJYA 1HNZK 4BRPA 3PSIA 2YX6A 4CF8A 2YHYA 4B9SA 2O8EA 3CQYA 5AQQA 4O55A 4JK7A 2QXLA 3CF5L 4EAHD 4W5RA 1WAFA 4F3TA 3SI6A 2VQEK 2G8HA 3LL3A 2D0PA 2QWLA 3SLCA 5HRNA 4RG8A 1RT1A 4KRFA 3HM8A 3HPGA 1XC3A 4LY7A 3HBTA 3S9HA 1P90A 1GLBG 1RDWX 2E2QA 1IG8A 4KKOA 4ISGA 5HLFA 3JAMO 4U67L 5AQKA 1HNVA 1WSGA 1XWLA 1RTHA 2KKZA 3O9QA 4EIAA 3E01A 1IV0A 4CJ5A 3E66A 3AA3A 5FDLA 5KPZA 1WNSA 1BISA 1BA0A 5BN8A 1TAQA 3DOLA 3AO1A 3MCAB 4DQQA 3KLGA 5IT9O 4MFBA 4Y1CA 4CJQA 1RFQA 1T44A 4CZJA 1NLVA 3ZT0A 3NAEA 3ULEA 4CFBA 3VEOA 1NBWA 4K0KK 1G99A 4B8AB 3VEYA 1WSJA 3DRRA 3ID8A 2Z1HA 3CMEN 5C0YA 4DR5K 4FLXA 4W5NA 1JLGA 5AQYA 2P5OA 4CEBA 3KWGA 3A8YA 3WXJA 2B6AA 2GUIA 4CGFA 4E1NA 3OS1A 3T1HK 2YHAA 3V9ZA 3JXUA 1YVNA 1X9MA 3U3YA 3OA9A 1BU6O 4CBUA 1K8KB 2Q36A 3HT3A 4BRIA 3OYMA 2KHOA 4JI4K 3S41A 3I56N 3BZKA 1S9EA 5BN9A 3KLIA 1FK9A 4GY2B 4DG1A 4O8KA 1TYQB 4YHHK 2VG7A 5M1NA 3IAYA 3VPZA 4C1NI 1E4FT 1D5AA 3FZMA 4H03B 2A5XA 3NH2A 2FBTA 1OH8A 3IS9A 4H4MA 4ISFA 1T03A 4V19S 5HOOA 3AVIA 3J80O 1TK5A 4QS7A 4IOCL 3K58A 5BREA 2QWOA 3ENHA 5AQTA 1VQNN 4XH5A 1S1TA 5FROA 1SQKA 1W7AA 3IKMA 4AHUA 5BPLA 2IC3A 3LANA 1IO2A 3KIOA 2YHXA 5GAEP 1JLBA 1TL3A 2D1KA 2KW4A 4ID1A 3VOVA 4LF5K 4CJEA 4FJMA 4IFEA 4DTMA 3O4NA 3I33A 4KHYA 3HI0A 4LFCK 2HVIA 3K5LA 3O08A 2Q2RA 1IKXA 3OJUA 3KHYA 5M1OA 1QQNA 3H3NO 4CJPA 4CZHA 4DSFA 3U4LA 1BIZA 5CZ2A 4FWOA 1LV5A 1YT3A 4Z0UA 3W3DA 4DR4K 1S9GA 2YKNA 4OKKA 5KTQA 3MEDA 2QKKA 4CEAA 2VGMA 4B9VA 5HRSA 2A3ZA 3QB0A 1K8AO 4FWPA 2F8SA 3C6HA 3KZBA 3ENOA 2O8CB 3D2FB 4B3RK 4OO1J 3CCVN 3VQBA 1U47A 4C23A 3L2UA 1KXPA 3MN5A 1JL1A 1L5UA 4JAXA 1C0MA 5HBMA 5AZIA 4H4OA 3H45C 3VA3A 1NGBA 5EXWA 3FFKB 3SMSA 2UXBK 2OTJN 1Y64A 1I3AA 1U6ZA 5D3GA 1EWRA 3TANA 1WBDA 3KD5E 3P5JA 2GX9A 3WT0A 4FJ9A 5HP1A 4A2BA 3KK3A 4ILGB 1VSIA 4YOWA 4L3QA 5BR8K 3P1GA 4WCEL 4DFKA 4HUGA 1CZBA 4IJNA 3L3VA 5J2PA 1Z6RA 3NF6A 4ILHA 3HOSA 3SPZA 4QCLA 4H5VA 1D9FA 2W6KA 3KLHA 5J2NA 2KQ2A 3BP8A 4DFPA 1DTQA 2RE2A 3T69A 2HNZA 5JVHL 2GV9A 2RHKA 1G15A 4IWVA 4H8KA 1A5WA 3QMLA 4OGEA 4BR2A 4GVEA 2YNGA 4IZ9A 1GOBA 4WFAL 3MN9A 4E7JA 1ILYA 3OYBA 1VSDA 4J2EA 5C2FA 1NGGA 2EWSA 4N5SA 3CCJN 3J7AP 3FGUA 4B9NA 3DLKA 3OYKA 3OY9A 2A40A 5GIOA 2Z1JA 3RMCA 4IDHA 4FWQA 4GV9A 5TKYA 3TTFA 1C6VA 3LDLA 1TKTA 4DTPA 4BR7A 2JGUA 5M1QA 2DY4A 4Y0WA 1WSIA 1SL1A 4KHUA 1S72N 3TI0A 3C94A 1X9SA 3KJVA 1UA1A 1TKZA 4CI6A 3PY8A 4YNQA 4QAGA 3CCSN 1JLCA 3L4QA 4AQYK 5AQFA 1S5JA 3VQAA 4FZXC 3DLRA 4LSNA 2KFNA 4FOEA 1GLAG 1BHLA 4YOVA 3LDSA 4X64K 4MO5A 4DTSA 4K8XA 4I2PA 1XQSC 1HYVA 3FFIA 1A5VA 4DTRA 1NK8A 1KFDA 3HTVA 3M1FA 4Q5VA 4DS5A 1C1AA 5LMUK 3G71N 4CE9A 1BCOA 3VQ4A 1NK7A 2BH1A 2Z1IA 1YF5L 4I2QA 2NRRA 1Y97A 1T6CA 3P83D 3MXIA 4CJ3A 4KV8A 4CJ4A 1C0GA 4EZ6A 3DM2A 4AH9A 3JS6A 3DLEA 3ATUA 3PO4A 1MWKA 4OPJA 3AVMA 4AHRA 4ZHRA 5B8HA 4WE1A 4CJRA 4OX9K 3CM5A 4JI6K 4WQ5A 3H1QA 4BDPA 1HNIA 3LWMA 4F2SA 3O80A 1SV5A 4AHTA 1YTAA 3SPYA 2HW3A 3KD1E 4BC2A 3CFPA 3RRGA 4RW7A 1Q86O 4KTZA 1NK6A 3DJCA 1HLUA 1WAJA 1TL1A 2EX3A 3JYTA 4FJ7A 3NBPA 5CE3A 2HHUA 3WNFA 3RR7A 1TVRA 2HMPA 1U48A 4M3UA 4YOTA 1JKHA 4FJ8A 5JVGL 3I0RA 2YHWA 1I39A 3CJ7A 3O5BA 2VQFK 1D9DA 4B9TA 4FK2A 3OYEA 2IIRA 1NMNA 2PYLA 5T7BA 4DR7K 3SMPA 3MEEA 1VK0A 2YV0X 3DOKA 3AAQA 4AHCA 4M3TA 3BEXA 3W0LA 3TPQA 3M8QA 4F9OA 2HHVA 2FSNA 3BDPA 5J2QA 4FCYA 1VSMA 4KAZA 1ATRA 1TYQA 3KK7A 3VEWA 3SV3A 3VERA 3ZSZA 3BF1A 1TUUA 3FLCO 3VEVA 3H08A 5KPTA 4G1QA 4DV6K 4GNIA 3GBTA 2NRHA 1RT4A 2V7YA 3SQ4A 1KLNA 3TAGA 2A42A 4BR0A 1XNRK 4C8MA 1XHZA 1N33K 2F4VK 3A5MC 3K5NA 3UKUA 4IG3A 1C1BA 1JLQA 4FM0A 1C0TA 3NHGA 3G4SN 4M7XA 5KQDA 2XY5A 3CFRA 2E4LA 2FC0A 3SQ0A 1Z25A 4NCGA 3VQ7A 3LP2A 1NMDA 3CCQN 4DKWA 2ZM6K 3RRHA 1VSFA 1KAXA 3PUFA 3CCMN 4DTXA 3SK3A 4FJGA 4LF9K 1WSHA 4DQRA 1MA9B 4FO0A 1ASVA 5C2DA 3OYNA 3CPEA 3L6QA 2ITGA 5AQZA 1ZC6A 4CGIA 2IAJA 4MDBA 4JI1K 4Z4EA 3DLGA 1CXQA 5GIPA 3HK2A 4DUZK 4FJIA 1IBMK 1S22A 2O8CA 2P9KB 3D2FA 3ZEUB 4DUYK 1NJIO 1HYSA 4B3OA 1DT9A 5AQRA 2DPNA 3RTVA 2WONA 4MLEA 2NZTA 2YKMA 4I9LA 5AJ3K 3QEVA 1CZ9A 4DR6K 2FXUA 1QHAA 3MK6A 3VQ6A 3K2PA 5ADXA 4OPHA 3V81A 3ZETB 2P9NB 3S3NA 1TUYA 4K41A 3WXMB 4DV4K 4DR1K 4K42A 3QFPA 5MLCQ 4FJKA 1O13A 2BDPA 4FJ5A 4FK4A 4DR2K 2QWPA 3UKRA 3VEXA 4I6MB 1KAZA 3OBYA 4DSIA 1XHXA 3AVJA 1NKBA 3IG1A 1VQ4N 2F7TA 2HNDA 3LPUA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1VQO N;  5DM6 L;  4IOA L;  2QEX N;  1S72 N;  5GAG P;  3CXC M;  1YJ9 N;  3CCS N;  1QVF M;  3PIO L;  1Q7Y O;  4WF9 L;  3CMA N;  3CME N;  1K8A O;  5MLC Q;  5GAD P;  3I55 N;  1JJ2 M;  3CCV N;  2ZJQ L;  3DLL L;  3OW2 M;  2ZJR L;  1VQ5 N;  1VQM N;  1VQ4 N;  3G71 N;  5HL7 L;  5DM7 L;  1YJW N;  1VQP N;  3CD6 N;  2OTJ N;  1VQ7 N;  4IO9 L;  3I56 N;  1YHQ N;  3CPW M;  1VQ8 N;  1VQK N;  1YIJ N;  3G4S N;  3CF5 L;  2OTL N;  1VQ9 N;  4WCE L;  1YJN N;  3J7Z O;  1K73 O;  5GAH P;  1KD1 O;  3CCQ N;  1YI2 N;  2QA4 N;  3CCM N;  1OVY A;  4UY8 O;  1Q86 O;  5JVH L;  4IOC L;  3CC2 N;  1W2B M;  3CCE N;  1VQN N;  1N8R O;  1K9M O;  1QVG M;  3PIP L;  1Q81 O;  5H1S Q;  1KQS M;  3CCL N;  3CC7 N;  4WFA L;  1VQ6 N;  4WFN L;  3CCU N;  1ILY A;  1M1K O;  5GAE P;  1KC8 O;  1Q82 O;  3CCR N;  2ZJP L;  4U67 L;  3CCJ N;  1VQL N;  4WFB L;  3CC4 N;  3G6E N;  5JVG L;  1NJI O;  1YIT N;  1M90 O; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 4FXD A;  1VRU A;  2V51 B;  3R9P A;  4CK2 A;  4DFJ A;  3MAQ A;  1OKJ A;  4IG0 A;  4N56 A;  1BG3 A;  1NWK A;  3THW A;  1RTJ A;  4CFD A;  5HRO A;  1VSE A;  4H0T B;  4PKH A;  1RDU A;  5AR0 A;  4CEQ A;  1BUP A;  4BRA A;  2P9N A;  4GKK K;  3CQ8 A;  3PIO L;  4FLT A;  4A5A A;  3SQ1 A;  1Q9X A;  4X62 K;  4WF9 L;  2FBX A;  1S6Q A;  2O8D B;  3CMA N;  3CYM A;  3K0S A;  4I6M A;  1NG9 A;  4B3M K;  3QEP A;  2DFH A;  2ZJQ L;  4L8R B;  3V6D A;  1N32 K;  2NRX A;  5AQG A;  3F5T A;  1RT6 A;  3UKR B;  2KFZ A;  4AM7 A;  2B5J A;  3WXL A;  2WTU A;  1HKC A;  3SAG A;  4UQG A;  2EHG A;  4CW7 B;  4B9L A;  5AFU A;  3EY1 A;  3HSC A;  1ZXO A;  2J4R A;  1VQ7 N;  4LSL A;  3THY A;  4CJ7 A;  3QBX A;  4M3Y A;  5C42 A;  3K9J A;  2IDO A;  2QM1 A;  4JD2 B;  4JNE A;  1VSL A;  2G8W A;  4Z4I A;  4O5B A;  2D0A A;  4FW2 A;  4KH6 A;  1J5O A;  3MWT A;  3K9K A;  3MDQ A;  2XY7 A;  1S1V A;  1VQ9 N;  1IH7 A;  2GEM A;  1IG9 A;  5DMR A;  4EP5 A;  3THX A;  1IKV A;  3CIP A;  2ASM A;  3CFO A;  5AQP A;  1U2V A;  2YNH A;  4FL9 A;  2E2N A;  5I3U A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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