1VQKN

The structure of ccda-phe-cap-bio bound to the a site of the ribosomal subunit of haloarcula marismortui
Total Genus 48
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
48
sequence length
186
structure length
186
Chain Sequence
ATGPRYKVPMRRRREARTDYHQRLRLLKSGKPRLVARKSNKHVRAQLVTLGPNGDDTLASAHSSDLAEYGWEAPTGNMPSAYLTGLLAGLRAQEAGVEEAVLDIGLNSPTPGSKVFAIQEGAIDAGLDIPHNDDVLADWQRTRGAHIAEYDEQLEEPLYSGDFDAADLPEHFDELRETLLDGDIEL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structural Insights into the Roles of Water and the 2' Hydroxyl of the P Site tRNA in the Peptidyl Transferase Reaction.
pubmed doi rcsb
molecule tags Ribosome
molecule keywords 23S ribosomal rna
total genus 48
structure length 186
sequence length 186
ec nomenclature
pdb deposition date 2004-12-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
N PF17144 Ribosomal_L5e Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1vqkN00
4WFAL 1VQ7N 4U67L 1S72N 3CMEN 5HL7L 3CMAN 2ZJQL 1VQNN 1VQKN 1YJWN 1VQMN 1YHQN 5DM6L 3I56N 5GAEP 5H1SQ 3DLLL 1YJNN 1Q86O 3CC2N 5GAGP 1YIJN 1JJ2M 4WFNL 1YITN 1QVGM 3CCEN 5MLCQ 5JVHL 1K73O 3CCQN 1VQ6N 1QVFM 2OTJN 1M90O 4WCEL 3CCUN 2QA4N 3PIOL 2ZJRL 3G6EN 3CCVN 4IOAL 3CCSN 2QEXN 1Q7YO 1ILYA 1VQPN 3J7ZO 3CC4N 1VQ5N 5GAHP 3CXCM 1KQSM 4IOCL 1OVYA 3CPWM 4IO9L 1VQLN 1W2BM 1KD1O 1M1KO 1N8RO 3CCLN 1VQON 3I55N 3CCMN 3CF5L 1YI2N 4WF9L 5GADP 3CC7N 1VQ4N 3CCJN 1Q82O 2ZJPL 1YJ9N 3CD6N 3G71N 3CCRN 1NJIO 1VQ9N 1VQ8N 3PIPL 1K9MO 1KC8O 4UY8O 5JVGL 1Q81O 2OTLN 5DM7L 1K8AO 3OW2M 4WFBL 3G4SN
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1EP4A 4NYNA 3D45A 2ASPA 4DG1A 5AQRA 1Z26A 1WSGA 4JK9A 4TSXA 4FPAA 3AVAA 4DV2K 1LWFA 3SBTA 5KQ8A 2QW9A 4CZJA 1QTMA 3C65A 2QWMA 3OYDA 4CJPA 1UOCA 4BACA 4HTUA 1T7PA 2YNIA 4PA1A 3CJ7A 5E84A 5J2NA 1LCUA 4YNQA 1NJZA 4O44A 4CD1A 2CGJA 3FZMA 4K25A 3THXB 2P9KA 2DY4A 3VGMA 3V9WA 5KPZA 5AZIB 1XQSC 2IC3A 3F9KA 2GBZA 4EFHA 1YIJN 2A40A 1NK6A 4ID1A 3CCEN 1ATNA 1KAYA 4IXCA 3ATVA 4M3RA 3O08A 4CHPA 1VQ6N 4MLEA 3HSTB 5IT9O 3WQUA 2YI1A 4BQLA 1YVNA 1NNEA 1JLFA 4ISGA 4M3TA 1MDUB 5AFUA 4JS5A 3DRRA 3G25A 4BR4A 4KO0A 5GAHP 2E6MA 3H3NO 5AQGA 3LWMA 1Q8IA 4DTSA 3KWIA 4CZKA 2XY7A 2HBJA 3K0SA 4KTQA 4BRKA 2YNHA 3K57A 2OYQA 3VQPA 2YJFA 5BRFA 3EZ5A 4PUOA 4JKDA 2JWLA 1IKYA 3G10A 3IDHA 3OBWA 3CF5L 4JV5K 2D1KA 3NBPA 4JKAA 3OYKA 5SWMA 5GADP 3S3MA 3NGIA 2OCEA 3O4WA 3WXMB 1W97L 4U7BA 3O3FA 2FSKA 4F2SA 5CR4A 2FXUA 3C94A 4NB4A 5KPTA 5FPNA 1H1VA 2NRTA 1KC8O 4H5TA 3D0PA 3ZT2A 2YKMA 5KRTA 2PAVA 1UWBA 4DSJA 3K59A 1K8AO 3WXKA 1UA1A 1MU2A 2BDPA 4XEIA 4LF9K 4WFAL 1ZC6A 1JL1A 1BI4B 3FR0A 4KV8A 3QO9A 4DTUA 3KJVA 3LZIA 2UUAK 4JI7K 2A5XA 2E5LK 4CJTA 5M1NA 3KLIA 3OYNA 4ZHRA 1YJWN 1VSFA 3LPUA 1JLGA 3TSQA 3S3OA 1QZ5A 1IBLK 3J80O 4RW6A 3ULEA 4FWOA 2O8BA 3E9LA 5AQUA 3QFUA 4M3ZA 3CI5A 3CC2N 4FWPA 5E26A 3NH0A 3NMUA 4H5WA 4B3MK 1NOYA 4BRPA 3THXA 3KK3A 2HMPA 2IGIA 1VSJA 5M1OA 2V52B 1ZYQA 2YNFA 3AO2A 3DLKA 1HLUA 1DTQA 3WNEA 1M90O 4BG9A 1TKDA 3C0BA 2VGNA 3GE1A 3RR8A 1I39A 3QFPA 2RKIA 4OKJA 2P9IB 3LDSA 1YUWA 1W9HA 3V9SA 3A0IX 3SK3A 1VSMA 5DK5A 2P9LB 5HROA 3H46O 1FW6A 4NXMK 3HM8A 3HVRA 2QEXN 1TAQA 2FBXA 4DR3K 3ISNC 1SAZA 5K14A 1NG9A 3KHYA 4DR7K 1DLOA 4FJ5A 2E1ZA 1HQUA 4IOXA 1C0TA 2CH6A 3ZLJA 3RWUA 1VQLN 4CGFA 4FLZA 4F3OA 3CCMN 2E88A 1SL2A 4YFUA 2RPIA 4YDUA 4CJ7A 1VQ4N 2Y1IA 4BRLA 3J81O 3W0LA 2VYPA 3C6HA 1RDUA 2GX9A 3OYMA 4W5QA 4BRMA 4CECA 3PO4A 1EQYA 1HPZA 2NRHA 4MDBA 4DUZK 1QS4A 4H8KA 5LJVA 3OS0A 2W42A 4FK4A 1DT9A 2G8KA 2O8FB 1J5EK 4BE0A 4GMJB 4CGDA 3TU5A 3ZSRA 4AF1A 1BU6O 3VQ9A 1DTTA 4Z4IA 2E20A 1QSYA 4CJ4A 3NF9A 1S72N 1S1XA 3DRSA 5KPRA 2HHVA 2O8EA 2V51B 3EKUA 4AH9A 4FLYA 2O8CB 1HYVA 3MX5A 3ULEB 1R0AA 2O8BB 2ITGA 4OLBA 4CEAA 2NRRA 4DS5A 4E7IA 5HRSA 4FLTA 5DM6L 1EX4A 5J2PA 5J2QA 3C6UA 4CIGA 3SZ2A 5GAEP 2KQ2A 1XWLA 1G15A 1O13A 5H1SQ 3QESA 2AJQA 2DTUA 2RN2A 4I6MA 4Q5VA 3SMPA 4I9LA 4FVUA 3T1HK 4B9NA 2JWKA 2QKKA 3SI6A 2A1SA 3DJCA 2PYLA 4B9TA 5EOYA 4FLWA 1NJWA 3SQ2A 3ALYA 1WSEA 2X78A 2E2QA 3O80A 4PKHA 1SL1A 3MWTA 3J7AP 1N34K 4DQ8A 3QIOA 1DKGD 4Z4GA 3D2EB 5JS1A 5HLFA 3MECA 1KVAA 4M3XA 1Q9YA 1JCEA 4CFCA 4A5AA 3ASMA 4FLUA 4JD2A 4J2BA 5BPNA 3P5JA 3ATUA 4K8ZA 1VRTA 3ZX3A 5AQJA 1D9DA 1CLQA 4DSIA 1SUQA 3NH2A 1G99A 4ID5A 3VF4A 1NGBA 3UKUA 2DFHA 1SL0A 3EY1A 1YI2N 1NKCA 2GWJA 2Q2RA 4PKIA 1VSIA 3DAWA 1BA0A 3LAMA 4JKBA 3OYEA 3VEVA 1B9FA 3MXIA 5CZ1A 1DGKN 3NGZA 1TK8A 1B9DA 1J54A 2UYTA 4NLBA 4BRQA 2XY8A 3RSEA 5JVGL 4B9VA 1RT5A 1T8EA 4CFAA 2QWQA 2BTFA 4CJ5A 3VF6A 2KHOA 3FZLA 1BISA 4B3SK 3OW2M 4KBOA 2O8FA 3P39A 3PY8A 4HVJA 4NCBA 4DUYK 1KTQA 2HBMA 2I7PA 1JL2A 5HL7L 4I9QA 2P5OA 2PZSA 3EZWA 2IDOA 3F9MA 1TYQB 4B8CA 3J7YP 4H0TB 3PUFA 2HHWA 3JS6A 2HBLA 3LP3A 2YNGA 3VQEA 2BE2A 1ASUA 4CJSA 4EZ9A 4DU4A 1VSKA 2ETJA 1IBKK 2YHBA 3OS1A 1TUYA 2BUPA 1B92A 3VEWA 1YITN 3E1YA 4CHNA 3AVNA 5KQDA 2ZWHA 5KRSA 3JSMA 2OTJN 4AHSA 4X62K 3HXMA 1IG8A 2ZD1A 3G6EN 3ZSQA 2HNYA 2QWOA 4CGGA 2QM1A 1X9WA 5HP1A 3DOLA 4B1ZA 5HRPA 1KFSA 1WAJA 3P1GA 4IWVA 1T03A 3Q7BA 1P90A 3ZT4A 3LL3A 3T1AA 2H3GX 2F8TA 4GKKK 1GLCG 5F0XA 3UIQA 4CW7B 4B3TK 3DMJA 5LMNK 5B8HA 4DTNA 3CCLN 1XNQK 1VQON 1SKSA 3MXMA 4KPYA 3VQQA 4ZTFA 1A5XA 3CC7N 1A5WA 1N33K 4FW2A 2F7TA 3T69A 3BZKA 4CHOA 4CJUA 1XHZA 4WE1A 3SBGA 1K9MO 1NLVA 1KRPA 1N5YA 3QETA 4JHDB 3I8DA 3AA5X 1XNRK 4WQ5C 4DLGA 5EY4A 4DHYA 1VSLA 3RSEB 5JICA 4HUGA 5AQTA 1SS6A 3GDQA 3KVGA 4FJHA 1ASVA 4FZXC 5HOOA 1U2VA 3DLGA 1QHTA 3RVCA 1KVBA 1IG9A 2ZE2A 3KLHA 4O8KA 4GV6A 1V4SA 1LAVA 3LM9A 3LM2A 4OPKA 1KVCA 4BWMA 4DR4K 1NMDA 2FLOA 4DV5K 4DV1K 5A2QO 4FM2A 4IO8A 1BOTO 3VA0A 1X3MA 2P51A 1BQNA 3OY9A 4CHZA 1J6ZA 1MWMA 3SJJA 5FRNA 2F9TA 5AQNA 2FSNA 3CCUN 3FGUA 4I2PA 1F21A 2W40A 3L2VA 3C7NA 4KHYA 3SYZA 4BRDA 4PWDA 2HHSA 4H0PA 3AO5A 1HYSA 2KW4A 5C12A 3K9KA 2O8CA 3C6TA 2DPNA 3O9RA 5AQMA 3TTFA 4FM0A 3BEXA 4AHRA 1NK9A 1BL3A 4IO9L 4PHTX 4CHYA 2HVHA 3CETA 3MAQA 3KZBA 3OJSA 1W2BM 1S5JA 2ASOA 4LSLA 5ADXH 1IV0A 3EE8A 4NYFA 3O9TA 3P38A 1RBSA 3QNNA 4FOIA 2ZQBA 3FFKB 3SAGA 1NGAA 3OBYA 3PIPL 4KRFA 1HPMA 3OVNA 3ID6A 1Q81O 5F2RA 1LWCA 4JRPA 3L3VA 1Z05A 2XO7A 1ZBFA 3L2UA 4OPJA 2E6LA 5AQSA 2RF2A 3CG7A 1CZAN 4A59A 4BE2A 1XC9A 2UXBK 4M41A 3DXKB 4LD0A 1BGXT 5AR0A 2VWBA 3JXUA 4CK3A 1GLDG 3KKSA 2YHXA 4N47A 1KAXA 3AVGA 1VQMN 3KD1E 1U47A 2NRZA 1OH6A 4OGCA 3I56N 4DFPA 1KLMA 1REVA 4MO4A 1QQCA 1BCOA 1GOBA 3WEEA 3HK2A 3PSIA 4DKWA 1E3MA 2O8DB 2VG7A 4KREA 2VCPA 4H0OA 4JI1K 1BG3A 4Z0UA 1C0GA 3BP8A 2WUSA 1JLBA 3L4QA 4FWSA 2JLEA 4GVMA 4FOEA 3HP6A 3EL2A 4LY7A 1N6QA 3EEQA 4AHCA 3QEXA 4BGBA 4E1MA 4BROA 3OYHA 1RFQA 3OYLA 1I94K 3HTVA 1HNVA 4KTZA 2YV0X 5FROA 4X66K 4BR0A 1NK0A 3AVCA 1U2VB 2OPRA 1P8ZA 4OPAA 1CZBA 5C2DA 4K8XA 4ILGB 1Y97A 2O4GA 3I55N 1RTHA 4M7YA 4OO1J 4IFVA 3T1YK 4BDYA 4WF9L 3R9PA 4H5VA 2FF3B 4Y1CA 3JYTA 4KB1A 4O5BA 3M8RA 1S1WA 3U9ZA 2P9SA 4FCYA 3SCXA 3CD6N 3VEXA 5FLXO 2ASMA 1VQ8N 3V81A 4GKJK 4MO5A 3HBTA 4JYAK 4B9QA 2IVOA 4IFEA 2NLXA 4JLHA 3A8YA 1D8YA 2VWKA 4O8UA 5AQHA 3A5OC 2XRIA 1NGFA 4CZIA 4HUFA 5AZJB 1KAZA 2X74A 3R1XA 1WOQA 3QLHA 4N41A 4CZLA 4WQ4C 2GELA 4WFBL 4ISFA 3HZ6A 3G4SN 1BHLA 1QQOA 4ZTJA 3CYMA 3TAEA 3KKRA 4B3RK 4CESA 3DLHA 1YTAA 5E41A 1LAWA 5EX5A 4KKOA 4JAXA 3UB5A 1SKWA 3WUHA 4PY5A 3H3OB 4I7FA 3QNOA 2DFFA 3L2QA 4BGAA 1RT2A 3H1QA 2YHWA 1Q18A 3MCAB 3MMVA 1Q86O 5GAGP 3HOTA 1DEJA 5AQZA 4CF0A 1K73O 3O9SA 1WAFA 1NGGA 3I0SA 2ITMA 5AZIA 4KTWA 2QWPA 4OVLA 4NLCA 4DSFA 1OH8A 4CFDA 3OYFA 4DR6K 4E7KA 1SZ2A 2E2OA 4XH4A 3DXKA 4CJ3A 2HMIA 1ATSA 3CPWM 4DTOA 3U3YA 4FK0A 4B9UA 5IWAK 3NVMA 3DXMA 4DV4K 1JLCA 4K41A 4OKEA 1EWRA 3KIOA 1FJGK 3H08A 3M1FA 3L2WA 1BI4A 4A57A 3AVKA 2KKZA 3MXJA 1YJ9N 3DI6A 4DB3A 4KHQA 3RMAA 2FBVA 3QIPA 1Y64A 4OGEA 3SPYA 3SQ1A 3FZHA 3S41A 3QICA 4JK8A 3IKMA 3ZT0A 4V19S 4CF8A 4W5OA 1D5AA 3AA2A 4IDHA 4EAHD 1X9JA 3TI0A 1KLNA 1NKEA 3LALA 3MK6A 1C1BA 1D4XA 5AZJA 4ELVA 3VETA 3AVMA 4GW6A 1QSLA 4Z4FA 1N36K 3GL1A 3O3GA 2GUIA 3ZYYX 5M1KA 5FRMA 2Z1IA 4H5NA 3SNNA 5ADXA 2D0PA 3OA9A 3O8MA 3CM6A 3LDQA 2KLAA 4M42A 1RBRA 4UQGA 2O8EB 3L0QA 3B6PA 5AQFA 2E2NA 4CJQA 3A2FA 1TKTA 2IAJA 3L2RA 3M6GA 1RDAA 4LF4K 1JXBA 3NAEA 4DSKA 3C6AA 2CGKA 4IG0A 3THVA 4DTXA 4B8AB 3JAMO 3C95A 3ENOA 4JI2K 3VESA 1U48A 1XMOK 1SKRA 2QA4N 2O8DA 2YHAA 1N32K 3D2EA 3ZX2A 4YOTA 1NGDA 2P9NA 5BN9A 4OKKA 3P31A 2HF3A 4RCHA 1KCFA 4JI4K 5C42A 1L3VA 4DQPA 4IJAA 4O4GA 2KTQA 3MDQA 1GLAG 1MWKA 4DSLA 1XMQK 4FZZA 3L8BA 4NCGA 2D5RA 4RG8A 3PLAA 5AQKA 3PX6A 2IVNA 3V4IA 5JLFA 3H6EA 4QS9A 3E01A 1NWKA 5KTQA 3HP9A 3O5BA 3WEEB 4QOZB 4DF4A 2QWRA 5BR9A 3N4QA 3K58A 1JLEA 4FO0A 3ZETA 3RRGA 1VSDA 4A61A 4KB0A 1ZBHA 4E7JA 1NU0A 3WXIA 2PY5A 3P83D 1ZXOA 1S9GA 3MN9A 3A5NC 3CERA 2PFUA 5TKWA 3D7EO 4CK2A 2BANA 4BRIA 4BR9A 4YOUA 4WQ4A 3NDKA 2ATQA 3MEDA 3HPGA 1BA1A 2QWLA 2WC9A 1VHXA 4C1NI 4FLXA 4CCHA 1X3NA 4O0JA 1S3XA 3A5MC 3EE9A 3LWLA 4JKCA 2ZJQL 3UKRA 4YHHK 1HMVA 4MQ3A 1NK5A 1NK4A 4CJKA 1YT3A 2YCHA 3HSCA 3EN9A 1WSIA 4M45A 4N5SA 1VSEA 1U4BA 4JKEA 3VMFB 4C8KA 3ID8A 4KI4A 4E7HA 4FWNA 4DLEA 1YJNN 2VQFK 3RMCA 4FJMA 4FJ9A 1HNWK 2KFZA 1HX1A 1HKGA 4JKGB 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4WFA L;  1VQ7 N;  4U67 L;  1S72 N;  3CME N;  5HL7 L;  3CMA N;  2ZJQ L;  1VQN N;  1VQK N;  1YJW N;  1VQM N;  1YHQ N;  5DM6 L;  3I56 N;  5GAE P;  5H1S Q;  3DLL L;  1YJN N;  1Q86 O;  3CC2 N;  5GAG P;  1YIJ N;  1JJ2 M;  4WFN L;  1YIT N;  1QVG M;  3CCE N;  5MLC Q;  5JVH L;  1K73 O;  3CCQ N;  1VQ6 N;  1QVF M;  2OTJ N;  1M90 O;  4WCE L;  3CCU N;  2QA4 N;  3PIO L;  2ZJR L;  3G6E N;  3CCV N;  4IOA L;  3CCS N;  2QEX N;  1Q7Y O;  1ILY A;  1VQP N;  3J7Z O;  3CC4 N;  1VQ5 N;  5GAH P;  3CXC M;  1KQS M;  4IOC L;  1OVY A;  3CPW M;  4IO9 L;  1VQL N;  1W2B M;  1KD1 O;  1M1K O;  1N8R O;  3CCL N;  1VQO N;  3I55 N;  3CCM N;  3CF5 L;  1YI2 N;  4WF9 L;  5GAD P;  3CC7 N;  1VQ4 N;  3CCJ N;  1Q82 O;  2ZJP L;  1YJ9 N;  3CD6 N;  3G71 N;  3CCR N;  1NJI O;  1VQ9 N;  1VQ8 N;  3PIP L;  1K9M O;  1KC8 O;  4UY8 O;  5JVG L;  1Q81 O;  2OTL N;  5DM7 L;  1K8A O;  3OW2 M;  4WFB L;  3G4S N; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 1EP4 A;  4NYN A;  3D45 A;  2ASP A;  4DG1 A;  5AQR A;  1Z26 A;  1WSG A;  4JK9 A;  4TSX A;  4FPA A;  3AVA A;  4DV2 K;  1LWF A;  3SBT A;  5KQ8 A;  2QW9 A;  4CZJ A;  1QTM A;  3C65 A;  2QWM A;  3OYD A;  4CJP A;  1UOC A;  4BAC A;  4HTU A;  1T7P A;  2YNI A;  4PA1 A;  3CJ7 A;  5E84 A;  5J2N A;  1LCU A;  4YNQ A;  1NJZ A;  4O44 A;  4CD1 A;  2CGJ A;  3FZM A;  4K25 A;  3THX B;  2P9K A;  2DY4 A;  3VGM A;  3V9W A;  5KPZ A;  5AZI B;  1XQS C;  2IC3 A;  3F9K A;  2GBZ A;  4EFH A;  1YIJ N;  2A40 A;  1NK6 A;  4ID1 A;  3CCE N;  1ATN A;  1KAY A;  4IXC A;  3ATV A;  4M3R A;  3O08 A;  4CHP A;  1VQ6 N;  4MLE A;  3HST B;  5IT9 O;  3WQU A;  2YI1 A;  4BQL A;  1YVN A;  1NNE A;  1JLF A;  4ISG A;  4M3T A;  1MDU B;  5AFU A;  4JS5 A;  3DRR A;  3G25 A;  4BR4 A;  4KO0 A;  5GAH P;  2E6M A;  3H3N O;  5AQG A;  3LWM A;  1Q8I A;  4DTS A;  3KWI A;  4CZK A;  2XY7 A;  2HBJ A;  3K0S A;  4KTQ A;  4BRK A;  2YNH A;  3K57 A;  2OYQ A;  3VQP A;  2YJF A;  5BRF A;  3EZ5 A;  4PUO A;  4JKD A;  2JWL A;  1IKY A;  3G10 A;  3IDH A;  3OBW A;  3CF5 L; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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