1VQKN

The structure of ccda-phe-cap-bio bound to the a site of the ribosomal subunit of haloarcula marismortui
Total Genus 48
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
48
sequence length
186
structure length
186
Chain Sequence
ATGPRYKVPMRRRREARTDYHQRLRLLKSGKPRLVARKSNKHVRAQLVTLGPNGDDTLASAHSSDLAEYGWEAPTGNMPSAYLTGLLAGLRAQEAGVEEAVLDIGLNSPTPGSKVFAIQEGAIDAGLDIPHNDDVLADWQRTRGAHIAEYDEQLEEPLYSGDFDAADLPEHFDELRETLLDGDIEL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords 23S ribosomal rna
publication title Structural Insights into the Roles of Water and the 2' Hydroxyl of the P Site tRNA in the Peptidyl Transferase Reaction.
pubmed doi rcsb
molecule tags Ribosome
total genus 48
structure length 186
sequence length 186
ec nomenclature
pdb deposition date 2004-12-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
N PF17144 Ribosomal_L5e Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1vqkN00
1VQ8N 1VQMN 1K9MO 3OW2M 2OTJN 3G71N 5JVGL 4U67L 1VQLN 1QVFM 1Q86O 1S72N 1VQ6N 1K73O 3G6EN 3CCQN 5GAHP 4IOAL 1W2BM 1JJ2M 3CC2N 4WFAL 5GADP 1VQ9N 5H1SQ 1M1KO 5MLCQ 1KC8O 3CC4N 4IO9L 2ZJRL 3CCMN 1Q7YO 3CF5L 3I56N 3DLLL 1N8RO 5DM6L 1VQPN 3CCUN 5GAGP 1Q81O 3CCVN 1YJWN 1VQKN 2QA4N 3CCJN 1ILYA 1YIJN 3PIPL 5JVHL 4WFBL 4IOCL 1VQ5N 3CMEN 3CC7N 1KD1O 2ZJPL 3PIOL 1VQ7N 1QVGM 3CXCM 3CPWM 4WF9L 3CD6N 5DM7L 1KQSM 3CMAN 3CCLN 1M90O 1YHQN 4WFNL 1VQ4N 1YJNN 2OTLN 1VQON 1Q82O 3CCRN 3J7ZO 1YI2N 1NJIO 3CCEN 1YJ9N 4WCEL 1VQNN 3G4SN 5HL7L 5GAEP 1OVYA 1K8AO 2ZJQL 3I55N 2QEXN 1YITN 3CCSN 4UY8O
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4KH4A 2NNWA 4H0XB 4FJGA 3DXMB 5KRSA 4LF9K 3QBXA 3AVBA 4CJRA 5AZJB 3LPUA 3FFIA 3MEGA 3T1HK 3ZSRA 1YAGA 1S72N 3LAMA 2Z1IA 3KLFA 1D5AA 3UKUB 4Y1DA 1CLQA 4CCHA 1J6ZA 1BCMA 2W41A 2GWKA 3W0LA 1ATRA 1FKOA 4DR3K 1XNRK 3O1WA 4N47A 2NZTA 3ZETB 4CGGA 4CJ4A 1Y97A 4DTRA 3CQXA 3LANA 4KI6A 4CJEA 4PA1A 1DEJA 4M63C 1XHZA 3M8QA 2YJFA 3BF1A 4FLVA 3FZKA 3D7EO 1NJYA 4E7JA 4O0JA 1HYSA 2ZGZA 4FLYA 4CGDA 1TL3A 4OGCA 4Q0BA 2NRTA 3M8RA 4RCHA 4A57A 4IOCL 2QWOA 3QIOA 4ILJA 1ZBUA 2OZSA 4O0IA 3MX2A 4A62A 3J81O 3O4WA 3OS2A 3I8DA 3CFRA 1SUQA 2RKIA 4J2BA 4CJFA 5KPTA 4FO0A 5FPEA 4FW1A 4PY5A 1S1VA 3OYFA 4WFNL 3AA5X 4FJ5A 4N56A 1CXQA 4B3OA 1NJXA 3ZSVA 1P90A 2IC3A 4BC5A 2QWMA 3IKMA 4WQ5C 3TAGA 3CYMA 4RTFD 3FZFA 5JS1A 4X62K 3ZSQA 3H08A 1D9DA 3HL8A 1DKGD 2QKKA 2Q1NA 1KVCA 1TKTA 5BRFA 3U8XA 5EOYA 1GLLO 1K6YA 3ZT1A 4H0OA 1VSJA 2F9TA 4X65K 1LV5A 2VGMA 2QK9A 1SKWA 2QI2A 1T03A 2I7PA 2PBDA 1VQ6N 4CHQA 3NE6A 4H5TA 1RDAA 4FWRA 5GINA 4YOYA 1UWBA 3HPHA 4JKAA 3P39A 3PX6A 3Q7BA 2IGIA 3L6QA 2GEMA 3SPZA 3NH2A 2P9IB 1JCGA 3CF5L 3N4QA 3RTVA 3DLLL 3HBTA 1DT9A 4KB0A 1EXQA 1K8KA 3SQ4A 1QSLA 4DSJA 2VQEK 3ALYA 4B1YB 3CCJN 3H45C 3KD5E 4FZZA 4CERA 3D2FB 3IUCA 5LJWA 4F2SA 1J5EK 3OBYA 2YJEA 5M1NA 1C1CA 1OVQA 3V9UA 3ULEA 3VEXA 4AM7A 1KFSA 4QS8A 1RT6A 4BE2A 2P9KA 3K5OA 4A59A 1NK7A 5BR9A 4H5WA 4CECA 3SLCA 3KD1E 3VF2A 3EY1A 1C1AA 1S6PA 1SQKA 4DS4A 1HNXK 1QHAA 1JL1A 3D2EB 3LZIA 3CMAN 5HRNA 2P9PB 3QFUA 4I2QA 1NMNA 3AVHA 3EE9A 1B9FA 4IEIA 2O8DB 4KO0A 4MO5A 2NLXA 2D0BA 4H5RA 3THXB 4F8RA 2BANA 2FBYA 3LDSA 4FWNA 4IG3A 4HUGA 3B8AX 1RBVA 1NJIO 3F5TA 1YJ9N 3RRGA 4YOWA 3G4SN 5HL7L 4KKOA 1JCEA 1YVUA 3C7NB 3GL1A 2OYQA 4IFEA 1A5WA 3LDLA 4I2PA 4DR5K 5KPRA 2Q36A 5CR4A 3G71N 1LWFA 2YKNA 4KV8A 4RW9A 4IDHA 4Q5VA 3MCPA 2GWJA 2GX9A 3KWIA 4F2RA 1T6CA 2JLEA 4U7BA 4NLCA 1MDUB 3SMSA 4DTXA 5AQTA 3LALA 3ZSOA 3PX4A 1M1KO 3VQEA 3ZX2A 4DTMA 3L3VA 1W7AA 3C6HA 5MLCQ 1HNZK 4CJ7A 1X9SA 4ZHRA 3QICA 3DLBA 5AJ3K 4F4KA 1TKXA 3RMAA 5DM6L 3ITHA 3U6FA 5KQDA 1QTMA 1SAZA 5F1XA 3QB0A 4FVMA 4JS5A 4FJMA 4FWKA 2A5XA 4HHTA 3A5OC 3VENA 4BY9C 1RILA 1NOZA 3V9WA 4CF0A 5C12A 3NBPA 3K5MA 3S3OA 1YUWA 3L0QA 3VEWA 1SS6A 3GBTA 3SYZA 3SUOA 1LCUA 2AJQA 4DQPA 3CPWM 3NCIA 3SBTA 4DR2K 3UKRB 3ZCMA 4Z4FA 5AQJA 3T1YK 5AQQA 2VWJA 3CCLN 3ENBA 1BOTO 5KGXA 4DR6K 2YKMA 3SUNA 2HNDA 1NGJA 4B9LA 3SV4A 1W97L 2BE2A 2HVIA 3FZMA 4CHNA 5I42A 4LF5K 3QERA 1RT3A 3O9QA 4M7YA 4FLUA 1E3MA 2WBNA 2B5JA 1IO2A 3MEDA 2XY5A 3P31A 2FSJA 4H0PA 4CESA 2QEXN 2D4WA 3T69A 1OKJA 1Z26A 3WQUA 3HP6A 2QKBA 1RTHA 3DOLA 5AQKA 2E88A 3S9HA 4B3TK 2HVHA 2DTUA 3D6RA 1BG3A 3IRXA 1VHXA 1KAYA 3AVFA 4RG8A 5C24A 1R0AA 4E19A 4E7HA 3FLCO 5FDLA 4LF7K 1WAJA 1WBDA 4IJAA 1BQMA 1JLQA 4JD2A 4EHUA 2HHVA 2A41A 3VPZA 4H5NA 4HVJA 4IBNA 3V9XA 1A5XA 2E2QA 2E8AA 5FRMA 4E7IA 4FJJA 4AQYK 4FOEA 3NVKA 3QFPA 3OYHA 5LJVA 3HOTA 3OJSA 1WLJA 1TVRA 5GAGP 5SWMA 3OY9A 1YJWN 4NB4A 2YNIA 2O8EA 3CIPA 4IJNA 2IS3A 4PKIA 5E84A 5BN8A 4K0KK 3QIPA 4CZKA 3GOIA 1SL1A 2OCEA 4W5OA 1YF5L 4LSNA 1HKCA 4C8KA 4BQZA 4DV2K 5C0YA 1QSYA 1RBUA 1BGXT 5EY4A 3OVNA 1U6ZA 3ATUA 2CGLA 3MN9A 3R3LA 1CZBA 3DRRA 1NK6A 4JKCA 1QQNA 1TYQA 5BPNA 4DG1A 4DSFA 1MWKA 4LFBK 4B8CA 4BE1A 3QEXA 4DSKA 4B1ZA 3BZCA 2OA8A 1ESVA 4DF4A 2OTLN 3HOSA 3V6DA 1SV5A 4DTSA 3MWTA 1IG9A 3QETA 5JMVA 3HM9A 3O9RA 4ISGA 3F9KA 3AVJA 1OVYA 1ZXOA 2W6LA 3NVMA 3O5BA 4FM0A 3SUQA 4YNQA 3OTOK 2HHWA 3RR7A 4DR1K 3DXKA 4DFMA 1VQMN 2XY8A 1GOBA 4CJPA 1IH7A 4DTUA 3ENOA 4KH6A 4GKKK 4CJWA 1K8KB 2YHXA 1RBTA 1CZ9A 1TKDA 3CJAA 1G15A 3G6EN 2D0CA 3LDQA 4RWTA 3VQ6A 3D2EA 4DV0K 3JS6A 3ZT2A 4YDUA 3DRSA 1ZBSA 1W9HA 1DGKN 3L3UA 4PL7A 1OH5A 2D0PA 4JV5K 4DV3K 4FL9A 3ULEB 1Q7YO 4CFBA 3MAQA 1QQCA 1OH6A 1JL2A 2P9KB 4FJHA 1LAWA 1N6QA 1RGIA 5C10A 5FRNA 3V4IA 2CH6A 3CCUN 4FK2A 4E3SA 1VQKN 4OKKA 2CGKA 2EX3A 3AO5A 4JLHA 4DQIA 4AHTA 3DI6A 3WUHA 3HTVA 3O3FA 3R1XA 3D0PA 4LFAK 3ID8A 1N33K 4C8LA 2QWLA 5CY4A 5J2QA 1WSFA 3KKRA 2XY6A 1RT7A 3TTDA 2GUPA 4NYFA 3P83D 4FW2A 1J53A 3PSIA 2VWKA 4Z4GA 4LF8K 2F9WA 4JRPA 1KQSM 1WB9A 1C1BA 2A1RA 4W5RA 2RPIA 4BVPA 1EKEA 5EVZA 2UXDK 1I94K 3EE8A 1KLNA 3L2WA 3ZT3A 3F9MA 1V4SA 3SNNA 1Q82O 4JI6K 4CK2A 4CIGA 2P1JA 1YI2N 4DKWA 3ZSWA 5FPDA 4LF6K 1N34K 2Z1JA 4FLXA 4A61A 1QE1A 1KAXA 1UAXA 1ZBHA 3WT0A 3TARA 3MK6A 1IV0A 4CEAA 5AQRA 1JXEA 3OYMA 5KTQA 3AVMA 3NGIA 3OYLA 3C0BA 3WNGA 3E9LA 4C1NK 4JK9A 4FK4A 5FLXO 2KFNA 2HBMA 2HBKA 2FBTA 4J2AA 3R9PA 1U45A 1T7PA 2YNGA 3O1BA 5BRDA 4DQSA 3QINA 2G8IA 2XY7A 1RTJA 2EHGA 3TAFA 1NLVA 2P9UB 3VF4A 1RFQA 3O80A 1HYVA 1VQ9N 3KLEA 3VEOA 3S41A 5KI6A 1BI4B 1LWCA 3CM5A 2OPSA 3WEEA 1VSEA 3RSEA 1H1VA 1JXBA 2DFEA 5LMNK 3PV8A 2HSTA 4KHNA 5F0XA 2E1YA 1X3MA 3M1FA 3LP1A 4QCLA 1L3SA 4CK3A 1HLUA 4JI2K 5CZ1A 4OPJA 1IBKK 4IG0A 4XH5A 3QESA 2V51B 2YHAA 5ELZA 5AQIA 1XNQK 3H1QA 3CETA 5CE3A 1EWRA 1ZBIA 4JEPA 3QNNA 1ZBFA 3WXIA 4GV9A 2FXUA 1LAVA 2E4LA 3W3DA 4WQ4A 3S3MA 2BTFA 2VG5A 3SV3A 3I0RA 4C8NA 1HNVA 1RT1A 3VEZA 3THVA 2XRIA 1M90O 2Z1HA 3NF6A 1ASVA 4CEDA 3ASMA 4BRNA 4DTOA 3RR8A 4BC2A 3EZ5A 3EKUA 1HMVA 1KXPA 4PQUA 2E6MA 4OO1J 4JK7A 2DFFA 4OPKA 4DB3A 1C0MA 1T05A 4K8ZA 2W40A 4JD2B 4MLEA 4AHSA 2KQ2A 4BR2A 1HRHA 4FYDA 3P38A 2DY4A 1K8AO 2KKZA 3E9PA 1Q9XA 4YY3K 3AV9A 3CERA 2ASPA 3T1AA 4YOXA 2A1SA 1BUPA 3DJCA 4E89A 1WAFA 4CJ3A 4L8RB 3CI5A 3SK3A 3MEEA 3NGYA 3SAFA 4HTUA 4L3QA 4BGBA 1TGOA 1N5YA 1HKBA 2F96A 4IOAL 3EO3A 2OZMA 1C0FA 4CZIA 3AVAA 2O8EB 1FK9A 2IVPA 3MDQA 2HHHK 4JI5K 3ISNC 5LY3A 3OHRA 4O44A 4OLBA 1IKVA 1BL3A 3I56N 3C94A 1BHLA 3MXJA 4DFJA 1VSIA 2WFBA 3L2UA 4HCBA 1LOTB 3TSUA 1J54A 4M42A 3RRHA 4M3ZA 1WSIA 3P1GA 5M1OA 3THWA 3O4NA 1TYQB 2A40A 3DOKA 3ZSYA 3LM2A 4DV5K 3SI6A 1KRPA 1U04A 5HRRA 5BREA 3Q7CA 4MDAA 1NK4A 3BUZB 1HNIA 3FE1A 4DTNA 1BA1A 4N5SA 5I3UA 4QAGA 2A6AA 1F21A 3AGKA 2Y1JA 4CD1A 4PWDA 1N32K 4A5BA 4CGJA 1NNEA 3VQDA 3QMLA 3A8YA 3KLGA 4DU3A 3DXKB 2F7TA 2UU9K 2H3GX 4EAHD 4BRAA 4B1VA 3CCRN 4FJ9A 1S3XA 3OYGA 5C2FA 4DUYK 3SPYA 1ZYQA 4GW6A 5AQHA 4FWMA 5IWAK 1RT5A 3I8BA 4JKGB 4BRGA 3VQBA 3HVRA 2KFZA 1NM1A 3O08A 5AQMA 1A5VA 3T3FA 3AO1A 4W5TA 3OW2M 3K57A 3AA4A 3HJFA 1NGIA 4E7KA 1JKHA 4FVUA 3TU5A 2KTQA 1BWFO 4QS7A 2FBVA 3MN7A 3CCQN 2D1KA 5AZIB 1NGHA 3A0IX 2E2PA 4WFAL 3RMBA 3VEVA 3N4PA 4Z4EA 4CZJA 1RT2A 4OKEA 4BRHA 3B6PA 3CG7A 4EP4A 3HO1A 1NGEA 4DSLA 4CZFA 4DF8A 1HKGA 5FPNA 3AA3A 4ILGB 3DLRA 1YTAA 1Z6RA 1I3AA 1EQYA 3NGZA 1V4TA 2CGJA 2Q97A 4CJ5A 3LAKA 2KHOA 3WXJA 1D8YA 5JLHA 1TV6A 1JLGA 1B92A 3PY8A 3L8BA 4CF2A 3NF8A 3H3NO 4ISEA 3CM6A 4DSIA 1NGDA 4CK1A 4ZTJA 1U48A 5AQVA 3F2KA 1S1XA 3SBGA 3NH0A 3DRPA 1Q9YA 1HNWK 4K42A 1BO5O 1MU2A 5IT9O 1SKSA 4IWVA 4CHOA 4Z4IA 4CD3A 4ELVA 1RDUA 2P9UA 3CJCA 3L2RA 3V81A 1T8EA 2O8CA 2RE2A 4JKHA 4HCCA 2NRVA 3K9JA 1Q8IA 2KLAA 3WXLA 1EWQA 4MFBA 1BI4A 5J2MA 3OBWA 5BN9A 4GVMA 3R6MA 3AVIA 4Y1CA 4E1NA 1XWLA 5AR0A 3ZYYX 4JRQA 4JI8K 4H4OA 1BU6O 4O5FA 3JSMA 1BISA 3SZ2A 4FLTA 4FPAA 2O8BA 5AFUA 1JLFA 3S3NA 3KK3A 4GY2B 4CJUA 1X3NA 3VGLA 4BVOA 3WEEB 1LW2A 4GKJK 4JI1K 4B9UA 3RSEB 4AILC 2QXLA 4FZYA 1X9WA 2NRWA 3KKSA 2ZGYA 3J80O 1Q86O 2HHSA 4IKFA 3CFPA 3SQ2A 1SL2A 1K73O 2GBZA 2B6AA 2PZSA 1U4BA 1TUYA 4I9LA 1WUAA 1VSMA 3AVKA 3TSQA 3IG1A 4CBWA 1TAUA 4OVLA 2QWQA 1QHTA 3VQCA 2X6SA 3SCXA 1FW6A 1DLOA 1RTIA 3HSTB 1GLDG 1IG8A 3F73A 2YCHA 2FSKA 4JK8A 5CYMA 3VEYA 2P5GA 4EZ9A 3K9KA 4FXDA 2A3ZA 4DFPA 3TSPA 2ITGA 4HWIA 3L4QA 3M8SA 4DS5A 4R5PA 2QWRA 2V52B 4IFYA 3HYFA 1C0UA 3FZLA 4DWIA 3MCAB 3PIPL 4C23A 3LPTA 1HJOA 3AO3A 5KGWA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1VQ8 N;  1VQM N;  1K9M O;  3OW2 M;  2OTJ N;  3G71 N;  5JVG L;  4U67 L;  1VQL N;  1QVF M;  1Q86 O;  1S72 N;  1VQ6 N;  1K73 O;  3G6E N;  3CCQ N;  5GAH P;  4IOA L;  1W2B M;  1JJ2 M;  3CC2 N;  4WFA L;  5GAD P;  1VQ9 N;  5H1S Q;  1M1K O;  5MLC Q;  1KC8 O;  3CC4 N;  4IO9 L;  2ZJR L;  3CCM N;  1Q7Y O;  3CF5 L;  3I56 N;  3DLL L;  1N8R O;  5DM6 L;  1VQP N;  3CCU N;  5GAG P;  1Q81 O;  3CCV N;  1YJW N;  1VQK N;  2QA4 N;  3CCJ N;  1ILY A;  1YIJ N;  3PIP L;  5JVH L;  4WFB L;  4IOC L;  1VQ5 N;  3CME N;  3CC7 N;  1KD1 O;  2ZJP L;  3PIO L;  1VQ7 N;  1QVG M;  3CXC M;  3CPW M;  4WF9 L;  3CD6 N;  5DM7 L;  1KQS M;  3CMA N;  3CCL N;  1M90 O;  1YHQ N;  4WFN L;  1VQ4 N;  1YJN N;  2OTL N;  1VQO N;  1Q82 O;  3CCR N;  3J7Z O;  1YI2 N;  1NJI O;  3CCE N;  1YJ9 N;  4WCE L;  1VQN N;  3G4S N;  5HL7 L;  5GAE P;  1OVY A;  1K8A O;  2ZJQ L;  3I55 N;  2QEX N;  1YIT N;  3CCS N;  4UY8 O; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 4KH4 A;  2NNW A;  4H0X B;  4FJG A;  3DXM B;  5KRS A;  4LF9 K;  3QBX A;  3AVB A;  4CJR A;  5AZJ B;  3LPU A;  3FFI A;  3MEG A;  3T1H K;  3ZSR A;  1YAG A;  1S72 N;  3LAM A;  2Z1I A;  3KLF A;  1D5A A;  3UKU B;  4Y1D A;  1CLQ A;  4CCH A;  1J6Z A;  1BCM A;  2W41 A;  2GWK A;  3W0L A;  1ATR A;  1FKO A;  4DR3 K;  1XNR K;  3O1W A;  4N47 A;  2NZT A;  3ZET B;  4CGG A;  4CJ4 A;  1Y97 A;  4DTR A;  3CQX A;  3LAN A;  4KI6 A;  4CJE A;  4PA1 A;  1DEJ A;  4M63 C;  1XHZ A;  3M8Q A;  2YJF A;  3BF1 A;  4FLV A;  3FZK A;  3D7E O;  1NJY A;  4E7J A;  4O0J A;  1HYS A;  2ZGZ A;  4FLY A;  4CGD A;  1TL3 A;  4OGC A;  4Q0B A;  2NRT A;  3M8R A;  4RCH A;  4A57 A;  4IOC L;  2QWO A;  3QIO A;  4ILJ A;  1ZBU A;  2OZS A;  4O0I A;  3MX2 A;  4A62 A;  3J81 O;  3O4W A;  3OS2 A;  3I8D A;  3CFR A;  1SUQ A;  2RKI A;  4J2B A;  4CJF A;  5KPT A;  4FO0 A;  5FPE A;  4FW1 A;  4PY5 A;  1S1V A;  3OYF A;  4WFN L;  3AA5 X;  4FJ5 A;  4N56 A;  1CXQ A;  4B3O A;  1NJX A;  3ZSV A;  1P90 A;  2IC3 A;  4BC5 A;  2QWM A;  3IKM A;  4WQ5 C;  3TAG A;  3CYM A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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