4O55A

Hiv-1 integrase catalytic core domain complexed with allosteric inhibitor (2s)-tert-butoxy[6-(5-chloro-1h-benzimidazol-2-yl)-2,5-dimethyl-4-phenylpyridin-3-yl]ethanoic acid
Total Genus 45
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
45
sequence length
154
structure length
139
Chain Sequence
CSPGIWQLDTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAAWWAGIKQEFGESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNKKRKGGGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Viral protein/inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus type 1
publication title A New Class of Multimerization Selective Inhibitors of HIV-1 Integrase.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Integrase
total genus 45
structure length 139
sequence length 154
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-12-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4o55A00
4I2QA 1TKTA 3DLKA 3AVMA 4CEEA 3K5LA 1Q8IA 2P5OA 3WNGA 1UAXA 4DU3A 2JLEA 4IFYA 3A2FA 3ZSZA 3OYDA 4LSNA 3EYZA 1MU2A 1RBTA 4MQ3A 5KTQA 4H8KA 4FLYA 1VRUA 3LZIA 4FZZA 1S9GA 4DFKA 2YNGA 4KI6A 3OJSA 2HVIA 4CE9A 1TGOA 3K57A 1B9FA 4CGJA 2A1SA 3OYAA 3TABA 3RR7A 3T3FA 1VSFA 2RN2A 2WONA 1JLBA 3LANA 4DF4A 2E4LA 3RRHA 3TI0A 2G8UA 3DLEA 4FJXA 1HQEA 1YVUA 1BGXT 3OYEA 2X74A 3CFPA 3VQAA 4E89A 3V9ZA 1S1WA 4AHUA 1NK7A 3DLGA 1BI4B 4GVMA 3G0ZA 4HUGA 5HROA 1LAVA 3IG1A 3AVAA 3VQ7A 2R7YA 1GOCA 4XIUA 1VSHA 1RBRA 4CEQA 2IDOA 3NHGA 1IKWA 3RMAA 1SKWA 3HP9A 2W42A 1RILA 4DTNA 4LD0A 1T03A 4E7KA 1BQNA 3AO3A 4CGFA 4CJ4A 3PX6A 4AHRA 3OYLA 1XHXA 1LV5A 2BDPA 4FJHA 3LP1A 1J5OA 1J9AA 2ZQBA 4Y1DA 2D5RA 1JL2A 3BGRA 5I3UA 4KPYA 1U47A 2OZMA 2X78A 4FJGA 3I8DA 4C8LA 2D0AA 5FDLA 4Z4GA 1TAQA 2EHGA 1JKHA 4CHYA 3CQ8A 4KHQA 1TAUA 3SUPA 2DY4A 3DRSA 3HSTB 1VSMA 1TK0A 1RTHA 3KD5E 4H4OA 3V9SA 4H4MA 2KFZA 3RR8A 4FVMA 4PA1A 3ZT2A 3ZSQA 3NF6A 4CFAA 4FZXC 4W5QA 4TSXA 4DU4A 1KRPA 3KLEA 1VK0A 2ATQA 1K6YA 2D0CA 4JS5A 1L3TA 5DMRA 1UOCA 4C8MA 1GOAA 4M45A 4OKEA 3NAEA 3AA4A 1Q9XA 4K8XA 1JLAA 3NH2A 3P5JA 1C0TA 1JLGA 4G1QA 4JLHA 4CIEA 4KO0A 1G15A 3VQDA 4FZYA 2PYLA 2P5GA 4DSJA 3MEGA 2Z1IA 4HTUA 3TAPA 3KTQA 4M3WA 4B8CA 2ETJA 3K5OA 2VG7A 3KKSA 2IAJA 1GOBA 4B8AB 3NGZA 4F2RA 3RWUA 4KHUA 5FRNA 3PV8A 1ITGA 3VQEA 3QNNA 4KHNA 1J53A 2AJQA 1BCMA 4IDKA 5EU7A 4B9TA 1FK9A 2QKBA 3VQ9A 1BI4A 1KFSA 3F73A 1BHLA 1RT6A 3VN5A 4RW9A 4CFDA 3OYBA 3PUFA 4RW8A 2PZSA 4K8ZA 5CY4A 1S1TA 4DS5A 3F9KA 1S1VA 3OY9A 3SYZA 4CEDA 1CZBA 3DI6A 3DOLA 3ALYA 4C8OA 1U4BA 1U04A 5KRTA 3CM6A 1QHTA 4IBNA 4J2BA 3S9HA 4RG8A 3RMDA 2KTQA 5C42A 4OGCA 2WOMA 4E0DA 2XY6A 3DRRA 4KTWA 4DFMA 4CF8A 1QQCA 2KZMA 3L3VA 3OS2A 1JLEA 5KGXA 3SUQA 2VWKA 3L3UA 3JSMA 1NK0A 1C1AA 1F21A 1BIZA 3U3YA 4Z4EA 3VQQA 5CZ1A 4QOZB 2YHAA 2YV0X 5HBMA 5HLFA 3OJUA 4FJLA 4FM0A 5J2PA 1FKOA 4LY7A 4EZ6A 4CK2A 1HMVA 5K14A 4B9VA 3ZSYA 3HPHA 4DFJA 1C6VA 3S3NA 4OLBA 2VG5A 4EZ9A 1KVBA 3ZT4A 3V4IA 4AHCA 4Z4FA 3O4NA 4CJUA 4DSEA 3WNEA 5E41A 2PY5A 1C0UA 4AHVA 1T8EA 4DQPA 3HT3A 1JLCA 1NK8A 3VQPA 3SUOA 3V6DA 4FLXA 1S5JA 3KIOA 3CYMA 4CJTA 5SWMA 1R0AA 3RMBA 4E1MA 2F8TA 1VSDA 3QINA 1WAFA 4L8RB 3KK1A 2ITGA 2RKIA 4CHZA 5CYQA 5HP1A 4O5BA 3TR8A 2G8HA 5FROA 1RT5A 4ZTJA 4CJVA 4KTQA 3AA5X 1XC9A 4C8KA 1ZBIA 1KFDA 4FM1A 4IG0A 4DF8A 3K59A 3KLIA 2Z1HA 4CJ5A 3KJVA 3AVNA 3SNNA 1HNVA 3I0SA 3G10A 3BDPA 4CEBA 3O3FA 1X9WA 1I39A 1TL3A 1LWCA 4I2PA 3RRGA 3LWMA 3CFOA 3EZ5A 3SZ2A 1ZBUA 3ISNC 4DTUA 4CFCA 3QEVA 4FJIA 1EKEA 3NF8A 3AA2A 1IO2A 1EXQA 1JLFA 4BWJA 4DS4A 4OGEA 4CEFA 1L3UA 1LWFA 4OLAA 4FJ9A 3LWLA 1NOZA 4LH4A 3O3HA 3PX4A 1DTQA 3L8BA 1A5WA 2YKMA 4KB0A 5CYMA 5CZ2A 4CIFA 1X9SA 4E7JA 1JL1A 2GUIA 4CJWA 3QESA 2KZZA 5JS1A 1RCHA 3EY1A 1LW0A 3KLHA 2O4IA 1S6PA 1KVCA 3C94A 4IKFA 1NOYA 4I9QA 1NJZA 2BE2A 3KLGA 2FC0A 3KK3A 4AILC 4B08A 4CJPA 3LP3A 2YHBA 4NCAA 1RT3A 1WSHA 2YNIA 1IKVA 1EP4A 3C6UA 4GW6A 4I7FA 3S3MA 1YTUA 1ASVA 4AHTA 2B4JA 1O1WA 4DQRA 3V81A 4CJRA 1ZYQA 3LPTA 1T7PA 2G8IA 1QS4A 2GBZA 3ASMA 3UIQA 1KVAA 4W5RA 3AA3A 4Z0UA 3OYJA 1C0MA 1NKEA 3S3OA 4N5SA 4IFVA 3L2RA 1TK5A 3IRXA 4KAZA 4E3SA 3DM2A 3PX0A 1B9DA 3MXJA 4KB1A 1BL3A 2HNYA 4MFBA 4RW4A 4CFBA 3PY8A 1T05A 4CJFA 3O3GA 1NK6A 1D9FA 3OYFA 3VQ4A 4CK1A 4CJSA 1IKXA 1WN7A 1X9MA 4CEZA 3AV9A 3AVBA 4DTJA 2XRIA 2OPSA 3V9WA 4CF1A 3FFIA 3TAFA 3LAKA 4JRQA 1ASUA 1S1XA 1L3SA 1QSYA 4NYFA 1J54A 3U3GA 1S6QA 3OYCA 1BQMA 1NJXA 4F2SA 4J2DA 2F96A 4CJ3A 1NKBA 1TKXA 1SL1A 1FXXA 2OZSA 3OS0A 3LAMA 3NE6A 3RTVA 3AO5A 5KI6A 4LH5A 5D3GA 1RDDA 4AHSA 3MAQA 1NKCA 4FLUA 4FLVA 3ZT0A 3H08A 4CCHA 4ELVA 2VG6A 3OYKA 3DOKA 3AO1A 1JLQA 1CLQA 4OPKA 1N6QA 2B5JA 4Q5VA 3OYMA 2HHVA 1HNIA 5FRMA 4ICLA 2LSNA 4CEAA 4FK0A 3ZSWA 1L5UA 4RW6A 3HPGA 2FBVA 1CZ9A 4BE1A 1RT7A 3KK2A 1NK4A 2BGGA 1BCOA 3THVA 4E7IA 2OPPA 4FLTA 1NK9A 5JS2A 2D0BA 2VWJA 1C1CA 5J2QA 3VQBA 3U6FA 4CESA 3PO5A 1VSKA 3TAQA 3KD1E 1NK5A 4Z4HA 1Z25A 2OA8A 4O4GA 1TV6A 1RT2A 4KV8A 4OJRA 3SPYA 4FJKA 3DLHA 4FW1A 4EP5A 4DQSA 3QEWA 1KLMA 1QE1A 4KKOA 3SCXA 3K2PA 1VSIA 3SUNA 3M8SA 4KFBA 1U45A 3V1OA 3ZSRA 4CERA 4CF2A 1REVA 1NJWA 2FBXA 4FLZA 1CXQA 2OPQA 3AVHA 3L2UA 4JS4A 3VA0A 4DSIA 1EETA 1TL1A 4W5NA 4YNQA 4CHQA 2XY5A 2IOCA 3JYTA 3HJFA 1SKRA 3AO4A 3RMCA 2YNFA 4DLGA 1A5XA 1D9DA 2JGUA 2X6NA 4BACA 1SKSA 4B9UA 1RDCA 3M8QA 1RT4A 2E6MA 1WSEA 5HRRA 3E01A 3ZSOA 4DLEA 1B92A 4DWIA 3NF9A 2HHUA 4YFUA 2RF2A 4KHYA 4O0IA 4HHTA 2Y1IA 4NCBA 1N5YA 4CJLA 3IAYA 1I3AA 4W5OA 4FXDA 2BANA 4QAGA 3OYNA 1WSFA 4CEOA 3CG7A 1HRHA 2DFFA 2I5JA 3IS9A 4LSLA 4CGHA 3L2WA 1HYSA 4FW2A 3MEEA 1UA0A 3LZJA 1RTJA 3OVNA 2B6AA 2HNDA 3TAGA 5DK5A 2E6LA 1TVRA 3ZT3A 4E7LA 1KSPA 3QLHA 1XI1A 3PO4A 2HB5A 4F4KA 2DFEA 4KHWA 4HVJA 4DU1A 4Q0BA 3AVFA 4OKJA 4FJ5A 3P1GA 5KGWA 4AH9A 5HRNA 1RBUA 3SQ1A 1RTDA 1LAWA 3AVJA 1HYVA 1EX4A 3B6PA 1NJYA 2HHSA 4O0JA 1IG9A 4DTOA 5SZTA 4UQGA 2IGIA 4CGDA 4R5PA 4NCGA 4E1NA 3HM9A 3VA3A 1TK8A 4PY5A 2O4GA 3OYHA 3K5NA 2QKKA 4CECA 1SL2A 1RTIA 1W0HA 1DTTA 4ID1A 3SQ4A 3TAEA 4QCLA 3HVRA 4M3XA 3QERA 1ZBHA 4OPJA 2OPRA 1JXBA 3ITHA 3SPZA 3B6OA 4FK4A 4PQUA 3K5MA 1X1PA 1VSJA 1FKPA 4JRPA 2KQ2A 1SUQA 3T1AA 4HCCA 3AVLA 3MXIA 3NBPA 5C25A 3L2QA 3VQ5A 1IH7A 4F8RA 1SL0A 4DTSA 1IKYA 4ID5A 4ZTFA 1ZBLA 1S1UA 3ZT1A 3DLBA 1KCFA 3QEXA 3NF7A 1WNSA 4CK3A 3HXMA 2FBTA 3V9UA 1BISA 3P83D 4J2EA 3KKRA 2GV9A 3QEIA 5I42A 3AVIA 2Y1JA 1VRTA 3QNOA 3ZSVA 4DTMA 4KHSA 2IC3A 1TKZA 4W5TA 3WNFA 4CGIA 4KRFA 4KI4A 4CIGA 4CJQA 3C95A 3ULDA 2XY7A 4PWDA 2XY8A 1A5VA 2Z1GA 3D0PA 4F3OA 2P51A 4DTPA 1SV5A 3SI6A 4DSKA 4CHPA 2HHQA 3SJJA 3HL8A 5J2MA 3VQ8A 1WSGA 4FCYA 2G8WA 3DYAA 5KRSA 1RBVA 3V1RA 3AVGA 4CGGA 2X6SA 3HK2A 3QO9A 3MEDA 1CXUA 3ZCMA 2P1JA 4Y1CA 4RW7A 4EP4A 1HYZA 2A1RA 1RBSA 1UA1A 4WE1A 4FJ7A 1UWBA 5J2NA 3CFRA 4OKKA 3NGIA 1XHZA 1LW2A 2HHXA 3WNHA 4DG1A 2XHBA 3D45A 4BE2A 4M3UA 1ZBFA 1WAJA 4NYNA 1VSLA 1XWLA 4O44A 1YTAA 3VQCA 3TANA 2F8SA 4FJJA 1YT3A 3SQ0A 4N47A 2YKNA 3LALA 3NGYA 2Q3SA 3AVCA 2PYJA 4M3TA 4BDZA 4Z4IA 1W9HA 1JXEA 2KW4A 3KLFA 2HMIA 1DLOA 1HJRA 2Z1JA 4B3OA 4N41A 3K58A 2HHTA 4CF0A 3VQ6A 1C1BA 1LWEA 4PUOA 3DMJA 2YNHA 5HRSA 4OVLA 4FJMA 4BWMA 1BIUA 1RNHA 4KTZA 1WSJA 1WSIA 3QEPA 1RDAA 3OS1A 2G8KA 1WLJA 3M8PA 3HO1A 3HVTA 2KFNA 3CM5A 3QIOA 2XO7A 4J2AA 2RPIA 1HQUA 4DMNA 2QXFA 4BDYA 3DRPA 3NDKA 4B9MA 4CHOA 4DSLA 4M3YA 4BE0A 4I9LA 4M42A 2DTUA 3QIPA 4N76A 2IS3A 4ZHRA 3HPOA 2OYQA 1RT1A 4DQIA 3LP0A 2ZE2A 3T19A 4IG3A 4HUEA 4HUFA 3SQ2A 3I0RA 1TKDA 4E7HA 4ELTA 4M3RA 1RDBA 2ZD1A 4CHNA 4GMJB 2HVHA 2DFHA 2HNZA 4FJ8A 4FK2A 2EX3A 3V9XA 3HP6A 3NCIA 2NUBA 4M3ZA 1HPZA 1KTQA 3HYFA 3TARA 3LPUA 3AO2A 3MECA 3ZSXA 4CF9A 4O55A 3LP2A 4FLWA 1D5AA 1ASWA 3C6TA 3TAMA 4FYDA 4Z4CA 4N56A 1VSEA 1S9EA 4C8NA 4DTRA 4CJKA 1Y97A 4HCBA 4CJEA 3L2VA 4ELUA 1L3VA 1Z26A 4E19A 2G8VA 4DTXA 4KREA 3NH1A 5J1EA 5C24A 4FJNA 4B9NA 1D8YA 1Q9YA 3SV3A 3DLRA 1QSLA 2G8FA 3V1QA 3TWHA 4DSFA 4DQQA 4B9SA 4F3TA 3O4QA 3NFAA 2QK9A 3MXMA 4BDPA 5T7BA 2FBYA 4M41A 3OYGA 4DFPA 2HHWA 1KLNA 1QSSA 2HW3A 3OYIA 3QETA 3LDSA 3M8RA 5HRPA 1U48A 4B9LA 1U49A 1QTMA 3NH0A 3SV4A 3AVKA 4FM2A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1X3MA 4I2QA 1TKTA 3DLKA 3AVMA 3ID8A 1Q8IA 4I6MA 3O1BA 1NGEA 3OYDA 3MDQA 4LSNA 3ZX3A 1RBTA 3AAPA 3LZIA 4M63C 2ASMA 3P39A 1TGOA 2E20A 2WUSA 4YORA 4CZIA 3TABA 3RR7A 1NWKA 1VSFA 2E4LA 1YVUA 3OYEA 2QXLA 5LJWA 4O5FA 3G0ZA 4HUGA 5HROA 1W7AA 3VQ7A 2YHXA 2DPNA 1SKWA 3C6HA 3AO3A 5M1OA 2O8FB 2QEXN 3O4WA 4Y1DA 3SLCA 3BGRA 5I3UA 4FJGA 2Q2RA 2YX6A 2D0AA 2EHGA 4KHQA 1TAUA 4BR2A 3E9PA 2DY4A 1VSMA 5B8HA 4NLCA 3I33A 4PA1A 4H0VB 3RVCA 1K6YA 4JS5A 4M45A 3CMAN 3WEEA 1NG9A 3AA4A 4BRPA 4H0OA 3NH2A 4IFEA 3H45C 1NGHA 4DSJA 1QQMA 4FWLA 3TAPA 1VQ5N 2P9KA 2VG7A 3KKSA 3NGZA 3VQEA 3D6RA 3CC7N 2PFUA 1BI4A 1RDUA 1EO1A 4RW9A 3PUFA 1S1VA 4C8OA 4JHDA 1U4BA 5KPZA 1ZC6A 2HSTA 2P9UA 4IBNA 4C23A 3DXMB 2OTLN 2CGJA 5C42A 3I56N 3A5NC 5AQKA 5C0YA 2KZMA 3O8MA 3BEXA 1R59O 3TSQA 1T6DA 5KGXA 3G71N 4LF9K 2UXDK 1NK0A 1C1AA 1F21A 3VQQA 3OJUA 3R8EA 4LY7A 4CK2A 1HMVA 4B9VA 1C6VA 3ZT4A 3LM9A 3V4IA 3CCLN 2YJEA 1V4SA 3G4SN 3QFPA 1BUPA 4H5NA 4DSEA 2QWLA 1C0UA 4AHVA 5AQMA 1JLCA 3VQPA 3A8YA 5ADXA 4GVEA 4A61A 3RMBA 2O8BA 1RGIA 1WAFA 5CE3A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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