4AM6A

C-terminal domain of actin-related protein arp8 from s. cerevisiae
Total Genus 186
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
186
sequence length
623
structure length
623
Chain Sequence
EIDLNDPTATIVIHPGSNSIKIGFPKDDHPVVVPNCVAVPKKWLDLENSEHVENVCLQREQSEEFNNIKSEMEKNFRERMRYYKRKVPGNAHEQVVSFNENSKPEIISEKNDPSPIEWIFDDSKLYYGSDALRCVDEKFVIRKPFRGGSFNVKSPYYKSLAELISDVTKLLEHALNSETLNVKPTKFNQYKVVLVIPDIFKKSHVETFIRVLLTELQFQAVAIIQESLATCYGAGISTSTCVVNIGAAETRIACVDEGTVLEHSAITLDYGGDDITRLFALFLLQSDFPLQDWKIDSKHGWLLAERLKKNFTTFQDADVAVQLYNFMNRSPNQPTEKYEFKLFDEVMLAPLALFFPQIFKLIRTSSHKNSSLEFQLPESRDLFTNELNDWNSLSQFESKEGNLYCDLNDDLKILNRILDAHNIIDQLQDKPENYGNTLKENFAPLEKAIVQSIANASITADVTRMNSFYSNILIVGGSSKIPALDFILTDRINIWRPSLLSSASFPQFYKKLTKEIKDLEGHYVNAPDKTEDENKQILQAQIKEKIVEELEEQHQNIEHQNGNEHIFPVSIIPPPRDMNPALIIWKGASVLAQIKLVEELFITNSDWDVHGSRILQYKCIFTY
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Nuclear protein
molecule keywords ACTIN-LIKE PROTEIN ARP8
publication title Interactions between the Nucleosome Histone Core and Arp8 in the Ino80 Chromatin Remodeling Complex.
pubmed doi rcsb
source organism Saccharomyces cerevisiae
total genus 186
structure length 623
sequence length 623
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-03-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4am6A01
3.30.420.580 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4am6A03
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 4am6A02
4RTFD 1IG8A 3O80A 5AQGA 4M7XA 1QZ6A 3R9PA 3AAQA 2ZGYA 4BRGA 2QWLA 3H1QA 1NM1A 2P9PA 2P9SB 1C0FA 1X9JA 2FF6A 5ADXH 4ISGA 2HMPA 3R8EA 4FWQA 3EZWA 5AR0A 4IXCA 3MCPA 4CD1A 3CIPA 4GNIA 1G99A 2D4WA 4CD3A 3G25A 2ZGZA 3LM9A 4H5WA 4CZJA 3CJ9A 3WXIA 3UE5A 3L4IA 3CQYA 4JNEA 4BRHA 4BVOA 2QWNA 3GE1A 4FWSA 3LDNA 1GLAG 4PKGA 2J4RA 3LDLA 1QQOA 5EOYA 4H5TA 1NGJA 4BR7A 5KQDA 4FWRA 4KBOA 5AQVA 5AQFA 3EN9A 4BC2A 3DWLA 3MN9A 4B1XB 1HLUA 4BC4A 3A5OC 4JAXA 3GL1A 3O1BA 3A8YA 2AA4A 4EIAA 3M3ZA 1BO5O 2FSJA 2E1YA 5BPNA 2E8AA 4FOIA 3ID8A 1NLVA 3I33A 1NGHA 2NZTA 3B8AX 3CJCA 4Y0WA 2P9UA 1HX1A 3BP8A 1U2VA 4H0XB 4BR5A 5E26A 4CZEA 4WQ5C 3A5MC 4CZHA 1JCGA 1BDGA 3ULEB 3DAWA 5EVZA 3O6WA 4BR4A 2E88A 4DCHA 2I7NA 3GDQA 4IWVA 2P9LA 2E20A 5CE3A 4RWTA 4H0VB 1XQSC 4FPBA 4B1WB 2Q0RA 3MN6A 3VPZA 3UKUB 3J8AA 4WQ4C 3GG4A 4BGAA 3RSEB 3CERA 5AQZA 2AP1A 5AQSA 3H45C 5AQYA 2KHOA 5BRDA 1P8ZA 3EKUA 1GLLO 1BA1A 4FWMA 4BC5A 4H0OA 3BF1A 4Z94A 2YI1A 2Q2RA 1DGKN 3KVGA 5BRHA 3UB5A 4FWNA 3D2EB 3DXMB 2VWBA 4QS8A 5FPEA 3VF4A 1NWKA 1ZBSA 3KZBA 3CHWA 2W41A 4K41A 3VESA 2E2PA 3C0BA 2A40A 4EFHA 3HZ6A 5EY4A 2P9KA 4BRCA 4B1VA 4CJ7A 2IVOA 2CGKA 4CZLA 1GLDG 2V51B 2GWKA 3F9MA 4FWKA 4B9QA 2CGLA 3O08A 5KQ8A 1HKCA 2VCPA 4CZIA 1WUAA 5AQKA 5JMVA 1BU6O 3HSCA 4K43A 3IMXA 3FZHA 1HKBA 1H1VA 3ZEUA 2FXUA 4IJAA 2GUPA 5AQPA 2YHYA 2V7YA 1MA9B 4I6MA 1ESVA 2CH6A 1GLBG 2QWPA 5BRFA 3O8MA 4EHTA 2H3GX 1TUYA 1HKGA 5AZJB 4M63C 5F2RA 3FGUA 1SQKA 3VOVA 1LCUA 1MDUB 1NGGA 1RGIA 4MLHA 3LDOA 4BRQA 1ATSA 2QWOA 3SJHA 2GEMA 4IJNA 1GLJO 5KPZA 4L3QA 3ULEA 4WQ5A 4YDUC 4ISFA 1T44A 2YCHA 1JCFA 3BEXA 4ISEA 4CI6A 2P9KB 3SMPA 5AQOA 5AQUA 2IVNA 5AQWA 3UKUA 3VEWA 3RSEA 2A42A 4BRIA 2A41A 3HI0A 3LL3A 4WQ4A 3MN5A 3L0QA 2GWJA 5KPRA 1T6CA 3ZEUB 2EWSA 4EAHD 1DEJA 3MMVA 4I6MB 3D2FB 3D2EA 3DXMA 4CZGA 2E2NA 1NGAA 5AQNA 1QHAA 4BR2A 3VERA 4LC9B 4BRKA 4JD2B 4F9OA 2E2QA 5B8HA 4K25A 4B1YB 5BPLA 1MWMA 2IVPA 4H03B 1YXQA 3GBTA 1BUPA 1S22A 4HWIA 4MO5A 4PKIA 3U4LA 3VGKA 2Q1NA 4FL9A 5JICA 4B1ZA 2YHWA 1HJOA 3UKRA 1ATNA 5AQMA 3ATVA 4CZKA 1OKJA 1YAGA 4O8KA 4BROA 1Y64A 5AZJA 2ZF5O 4AM6A 1BA0A 5AQJA 3WQTA 1TYQB 2ZWHA 2WUSA 3AARA 3WXLA 4BREA 2GELA 3A5LC 3ATUA 4JHDB 4BVPA 2P9NA 1YUWA 3EL2A 3VGMA 3CJ7A 1QQMA 5AQRA 5LY3A 5FPNA 1Z6RA 1MWKA 1ATRA 3ZX0A 1KAYA 3SLCA 5F0XA 3IFRA 1JCEA 1DKGD 1ZC6A 1T6DA 2VYPA 4FOEA 3VF2A 1GLEG 2OANA 3H6EA 3ZX2A 4B1UB 4BRMA 4BRDA 1QQNA 4IO8A 2Q0UA 1KAZA 4FWLA 4DQ8A 3JXUA 3AAPA 4BC3A 3CJBA 1CZAN 5F1XA 3FZFA 1KAXA 2BTFA 2A5XA 1E4GT 3DXKB 4NO7A 5AQIA 1C0GA 1Z05A 1GLCG 1Q18A 3VGLA 5I9EB 4BRFA 3WT0A 4H5RA 2W40A 2BUPA 3UKRB 2YJEA 3D2FA 2FF3B 2PAVA 3QFPA 3BUZB 3CQXA 3H46O 1RDWX 1S3XA 5AQTA 4EHUA 1RFQA 2HOEA 2UYTA 3FE1A 4JD2A 3WEEB 1E4FT 3VEZA 1SAZA 5BREA 5BN8A 4BQZA 3FZMA 2QWQA 3JS6A 4GY2B 5EXWA 4BG9A 2P9NB 1GLFO 3W0LA 3M1FA 3QBWA 4FWPA 3HM8A 1BOTO 4PL7A 3QMLA 4FSVA 2QXLA 3VETA 2YJFA 4WYBA 3OHRA 4XH1A 3CETA 1U6ZA 3FZLA 4QS9A 3H3NO 3A0IX 3C7NB 2HF3A 3D7EO 5E84A 3S41A 3ZETB 2QM1A 3MK6A 3CJ1A 4BGBA 3L6QA 4FWOA 4IZ9A 1V4SA 1XC3A 3EKSA 3I8BA 1TYQA 4BQLA 1V4TA 3IDHA 5JLFA 3QDKA 2ITMA 2QWRA 1SZ2A 2ASPA 4JHDA 4FO0A 1QZ5A 1NGCA 2D0PA 3O5BA 4MLEA 5AQXA 3QBXA 4K42A 3LDPA 4A62A 3R6MA 2Q36A 2Q31A 1EQYA 4C23A 3VEXA 1K8KB 2DPNA 5BR9A 1X3MA 4HTLA 3QICA 1NBWA 2ASMA 2YHXA 3W3DA 3CJAA 4BRAA 1X3NA 4NB4A 2QW9A 3LM2A 3VENA 2A6AA 3IUCA 3MN7A 5JLHA 4E1JA 4A2BA 1XUPO 3DXKA 4DB3A 4XH5A 1HUXA 2NLXA 2D0OA 2IIRA 2P9IB 3HBTA 4J8FA 2E2OA 5ELZA 2FLOA 3M6GA 3GOIA 4A61A 1R59O 3CI5A 3AY9A 5LJWA 2GTDA 2P9PB 5AFUA 1KXPA 3LDQA 3FFKB 1NGIA 1NGDA 3ENHA 4PL8A 4PKHA 5FPMA 3U8XA 2Q97A 2FSNA 4BR0A 4BRNA 3O4WA 3WEEA 5AQLA 1NGBA 2PBDA 4CBXA 4M7YA 3WXKA 5LJVA 1NMDA 4QS7A 4DHYA 3EO3A 1TUUA 4CZMA 5BPMA 1HPMA 4H0TB 3H3OB 3ZX3A 1J6ZA 2A3ZA 3FZKA 3VEVA 3TPQA 5ADXA 2HF4A 2NRHA 4CBWA 5AQHA 2CH5A 1D4XA 1NGEA 2E1ZA 4YDUA 5AZIA 3C7NA 4XH4A 4A2AA 3U9DA 2F9TA 3ZETA 4RCHA 3U9ZA 4H5NA 4MO4A 1BG3A 2P9SA 1LOTB 2FSKA 4CBUA 3FLCO 2QWMA 4BRPA 4H0PA 4FPAA 4BR9A 2F9WA 5AQQA 4XEIA 3BF3A 3A5NC 3TU5A 4CZFA 3SK3A 1BWFO 2I7PA 3VEOA 3H1VX 4BRLA 3KHYA 1NGFA 4H0YB 2V52B 5KPTA 4JN4A 2D1KA 2CGJA 5TKYA 5BN9A 1IJJA 5EX5A 2ASOA 1K8KA 3WQUA 3HTVA 3SMSA 3O1WA 4H5VA 2P9UB 3VEYA 1U2VB 3P4IA 3QB0A 3QFUA 1ZXOA 4AM7A 4O5FA 3WUHA 4BG8A 5FPDA 5AFUH 3DJCA 1YVNA 3FR0A 2P9LB 3VF6A 3WXJA 2P9IA 3MDQA 1WOQA 3ENOA 5AZIB 2V7ZA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4BEBA 3O80A 3KLEA 1QZ6A 4BRGA 3C6TA 3UIQA 4Z4IA 1NK8A 2P9PA 3SUNA 1OH5A 4NCAA 2FF6A 2HNDA 3K9JA 3LP2A 1YT3A 4M3YA 3HJFA 3P1GA 1VSLA 4FWQA 5AR0A 3AO1A 1KVAA 3I55N 4CK3A 3L3VA 4CD3A 3G25A 3F2KA 3NVKA 3MWTA 3QEIA 3UE5A 4JKGB 1TKXA 4ILHA 5J2MA 2QWNA 3M8PA 4QAGA 3KLIA 1OVYA 5EOYA 3QIPA 4FWRA 3EN9A 2G8KA 4E1MA 2O4GA 4FM0A 3AO3A 4Y1DA 1Q86O 3O1BA 3A8YA 2OPSA 4YOUA 2E1YA 4FJXA 1RTIA 1VQ8N 3I33A 4YORA 3N4PA 3CJCA 4FJ8A 4H0XB 1J5EK 5E26A 3LP1A 4WQ5C 1BDGA 3FFIA 4C8MA 2VWJA 3DAWA 3RTVA 1X9MA 2I7NA 3GDQA 4CJEA 2P9LA 3L2UA 3CFRA 1CXUA 3V4IA 4IO9L 4JI4K 3SNNA 3UKUB 3J8AA 4WQ4C 4E19A 3GG4A 2UXBK 4BGAA 3V6DA 4FZZA 5AQYA 4K8ZA 3ITHA 3EKUA 1BA1A 3HOTA 4IFYA 1C0TA 4BC5A 1J5OA 4CIFA 3DOLA 5BRHA 3UB5A 1VSMA 3TAMA 3DXMB 1DTTA 4LFBK 4LH5A 3VF4A 4K41A 1KCFA 2VG7A 3CHWA 2W41A 3ZT4A 2E2PA 1N5YA 5C0YA 2A40A 4KREA 5EY4A 4DV4K 1EP4A 1NKEA 4H8KA 4BRCA 4CJ7A 3ZCMA 2CGKA 2VQFK 3R1XA 2UXCK 3ENBA 2V51B 4Y1CA 4AHSA 1YITN 3OYCA 1HJRA 2CGLA 3O08A 3QIOA 4F3TA 1XI1A 1HKCA 3IS9A 3O9QA 4BE2A 5AQKA 5JMVA 2ZJQL 4KHSA 4IKFA 1ILYA 2E5LK 4F2SA 4CF8A 3D6RA 1LW0A 2V7YA 1KVBA 3KLHA 3N4QA 4FJNA 1GLBG 3G71N 5BRFA 3O8MA 3MAQA 3HYFA 1IKVA 1HKGA 4WFNL 3HRGA 4HTUA 3L8BA 3U6FA 4GV6A 1VQPN 1NGGA 1RGIA 2HBLA 3LDOA 1IKXA 3CFOA 4B9VA 2GEMA 3EEQA 1IKWA 1A5XA 3ULEA 4FM1A 3O4QA 3V9UA 2HB5A 3C65A 3V9WA 1B92A 2P9KB 3SJJA 1RBRA 5AQOA 3C94A 4HUFA 1KLNA 3NF9A 2Z1HA 3ZLJA 3VEWA 3RSEA 4BRIA 1NK0A 2A41A 1E3MA 1U49A 2B4JA 4CEBA 5HRSA 1T6CA 4DLGA 4O0JA 3OYJA 4M42A 3MMVA 2YNHA 2DFHA 2HSTA 3DI6A 3EZ5A 1QHAA 3CMAN 1WSHA 3VERA 4LC9B 4F9OA 4GV9A 1M90O 2VGMA 5B8HA 1DLOA 4DU3A 4OLBA 4CECA 4BE0A 2VG5A 1YXQA 3GBTA 2KW4A 5D3GA 3DM2A 3ZSQA 4DQRA 1VK0A 2O8EB 3SAFA 4FM2A 2O8FB 2YHWA 5GINA 1ATNA 1IBLK 1Q8IA 4CZKA 3VQ5A 5GIPA 3AGRA 5IWAK 1YAGA 2NNWA 4O8KA 2HNYA 1YTUA 3CPEA 2P5OA 2BANA 4C8LA 3PUFA 4BVPA 1YUWA 1QHTA 3VGMA 2UUAK 3RMAA 2ZQBA 1QQMA 4NLBA 5LY3A 1Z6RA 2BGGA 1BGXT 2ZJRL 1N6QA 1VQNN 1VSKA 1NJXA 3OYFA 1DKGD 1IKYA 1WNSA 1T6DA 4AHUA 3AVHA 4BRMA 1GLEG 4CFAA 4BRDA 4B3MK 4DQ8A 4CFBA 4KH4A 3BDPA 4BC3A 3CJBA 4CHNA 4LSLA 2Z1IA 2A5XA 3AVGA 3NHGA 2B5JA 3O4NA 4DTNA 4RW9A 4BRFA 3NGYA 3NFAA 3SQ4A 4DS4A 4NXMK 3BUZB 3CQXA 3H46O 3J80O 2D0BA 2D0CA 3MXMA 1TV6A 1SAZA 1TL1A 3S9HA 5BN8A 3FZMA 4GY2B 5C25A 1BCOA 5EXWA 4FVMA 2P9NB 1T03A 1GLFO 3M1FA 3QBWA 4FWPA 4O8UA 1NJYA 1JLEA 3RMBA 3AVIA 3J81O 3OHRA 4XH1A 3T1AA 4AF1A 4NCGA 4ZHRA 3MK6A 4BGBA 3OYKA 1VQ4N 1N8RO 1V4SA 3LAMA 3TAPA 2QI2A 4BQLA 4CGIA 1HNVA 2RF2A 2ITMA 4IDHA 2B6AA 2ASPA 4ILJA 4YOYA 1NMNA 2D0PA 1NGCA 3O5BA 4MLEA 2HVHA 4HUGA 4A62A 4CW7B 4YOVA 2Q36A 1EQYA 1S1VA 5BR9A 4K0KK 3SI6A 4M3XA 2FBTA 1XHXA 3MCAB 4JKHA 4DR5K 2WFBA 4JI0K 4NB4A 2F8TA 4KTQA 1NOZA 4DQQA 2HBMA 1U4BA 4DB3A 4NXNK 1HUXA 4DF8A 2D0OA 3OS2A 4LF5K 4DSIA 2W42A 4E7JA 1TK0A 4IEIA 4WCEL 3BZCA 1KXPA 1RILA 1NGIA 3ENHA 3B6PA 1EWRA 1HYVA 4PKHA 3U3GA 3VQEA 3S5TA 3NDKA 3RMDA 5AQLA 1QS4A 1NGBA 3RWUA 4FXDA 5LJVA 4W5QA 1HNZK 5C2FA 1TUUA 4LFCK 1HPMA 4H0TB 1UA0A 3S3OA 1J6ZA 3FZKA 3VEVA 4E7LA 1TK5A 3TPQA 2HF4A 3V9XA 2CH5A 1Y97A 5AZIA 4E0DA 1GOBA 1FKPA 1U45A 1I94K 2IDOA 3AVJA 1TL3A 4BRPA 1IG9A 4MQ3A 1D8YA 3CCQN 1U48A 3HP6A 2Y1IA 3H1VX 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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