4AM6A

C-terminal domain of actin-related protein arp8 from s. cerevisiae
Total Genus 186
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
186
sequence length
623
structure length
623
Chain Sequence
EIDLNDPTATIVIHPGSNSIKIGFPKDDHPVVVPNCVAVPKKWLDLENSEHVENVCLQREQSEEFNNIKSEMEKNFRERMRYYKRKVPGNAHEQVVSFNENSKPEIISEKNDPSPIEWIFDDSKLYYGSDALRCVDEKFVIRKPFRGGSFNVKSPYYKSLAELISDVTKLLEHALNSETLNVKPTKFNQYKVVLVIPDIFKKSHVETFIRVLLTELQFQAVAIIQESLATCYGAGISTSTCVVNIGAAETRIACVDEGTVLEHSAITLDYGGDDITRLFALFLLQSDFPLQDWKIDSKHGWLLAERLKKNFTTFQDADVAVQLYNFMNRSPNQPTEKYEFKLFDEVMLAPLALFFPQIFKLIRTSSHKNSSLEFQLPESRDLFTNELNDWNSLSQFESKEGNLYCDLNDDLKILNRILDAHNIIDQLQDKPENYGNTLKENFAPLEKAIVQSIANASITADVTRMNSFYSNILIVGGSSKIPALDFILTDRINIWRPSLLSSASFPQFYKKLTKEIKDLEGHYVNAPDKTEDENKQILQAQIKEKIVEELEEQHQNIEHQNGNEHIFPVSIIPPPRDMNPALIIWKGASVLAQIKLVEELFITNSDWDVHGSRILQYKCIFTY
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule keywords ACTIN-LIKE PROTEIN ARP8
publication title Interactions between the Nucleosome Histone Core and Arp8 in the Ino80 Chromatin Remodeling Complex.
pubmed doi rcsb
source organism Saccharomyces cerevisiae
molecule tags Nuclear protein
total genus 186
structure length 623
sequence length 623
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-03-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4am6A01
3.30.420.580 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4am6A03
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 4am6A02
4H5RA 3CQXA 4BRPA 2HF4A 2ZGZA 4FWPA 4BRNA 4PL8A 4H0TB 3SMPA 4MO5A 3U4LA 2QWLA 3UB5A 4J8FA 2CH6A 2P9IB 2P9LA 3OHRA 3VEWA 3M3ZA 2FSJA 2E88A 5AQHA 4BQLA 3IMXA 1SZ2A 2V7ZA 4I6MA 4BVPA 4BR5A 2FSNA 4FOIA 4FWMA 4WYBA 1D4XA 5F1XA 4JHDA 3ZEUB 3BEXA 4FWSA 1BG3A 3L0QA 3HBTA 4PKHA 3O5BA 1TUUA 2GWKA 4FOEA 1BU6O 3QICA 2QWNA 1TUYA 3UKUB 4A62A 1NMDA 4RCHA 3IDHA 4CZGA 3U8XA 3O1BA 5KQ8A 1NGCA 3CJAA 3KVGA 2PAVA 3GG4A 5AQTA 1U2VB 3H45C 1K8KB 3R9PA 2ZGYA 2Q97A 3KZBA 3H1VX 4XEIA 4PKGA 2BUPA 4MO4A 4ISEA 4WQ5A 1X9JA 3P4IA 2UYTA 5BPMA 3VGMA 1KAXA 1E4GT 1YUWA 3QDKA 1H1VA 5AQOA 4HTLA 3H6EA 4FSVA 4B1UB 4WQ4A 2ASOA 2HOEA 3VERA 5B8HA 1LOTB 4F9OA 3A5NC 3WEEA 2KHOA 5BN9A 3JXUA 2E8AA 2CGLA 3H46O 4A2AA 3LM9A 2P9UB 4DB3A 4CZMA 3QFUA 3L4IA 3MN7A 4JNEA 2P9NB 5ELZA 3VEVA 2QWOA 4BRAA 1BA0A 1C0GA 2HF3A 5AQWA 3LDQA 4WQ4C 1RGIA 1DGKN 4BG9A 3U9DA 4CJ7A 1ATRA 5KQDA 1NGIA 3L6QA 1OKJA 3O08A 4C23A 3FZHA 3O4WA 3D2FB 4BR0A 4XH4A 1QZ6A 3CJ1A 1Z6RA 2FF3B 3MN6A 1NGDA 4K43A 3BUZB 2Q36A 5AQYA 4BR7A 4FWQA 1GLCG 4CBXA 1NGAA 4H0XB 2ZF5O 3LDNA 3UKRA 4PL7A 3MN9A 3CERA 3H3NO 3VEYA 4K41A 1T44A 2AA4A 2V52B 3I33A 2P9PB 5CE3A 2Q2RA 2I7NA 3AAPA 4GNIA 3ZX0A 3A8YA 4BR4A 2I7PA 4EFHA 2AP1A 3WUHA 2H3GX 4IO8A 3ULEB 3FZKA 3FLCO 4XH1A 5JICA 4M7YA 3ZX2A 1XUPO 2A40A 3ZETB 4BRQA 3I8BA 3S41A 1SQKA 1MWMA 3LDLA 4QS8A 1J6ZA 4A2BA 5BREA 3EL2A 3DXMA 1NGFA 2GELA 1NGJA 4CZHA 1MDUB 5AZIB 4CZKA 5LJWA 3D2EA 3LDPA 3LM2A 5EVZA 2Q1NA 5ADXH 2P9SA 3RSEB 4CZEA 3W0LA 2DPNA 1V4TA 3AARA 1GLJO 3AY9A 2QW9A 2A6AA 3ZX3A 1CZAN 4FPAA 1ESVA 4H0OA 2VYPA 1NLVA 1BDGA 3CHWA 3DAWA 5LJVA 2HMPA 2ASPA 2WUSA 3QBXA 5AQGA 3DXKB 3O1WA 3QB0A 3G25A 1RDWX 2P9LB 1BUPA 2D0OA 3B8AX 3LL3A 2NZTA 3HSCA 4I6MB 4CZJA 4BC2A 4YDUA 5BN8A 3BF3A 2YHYA 2QWRA 4H0PA 2IVPA 3UKUA 3FE1A 2E20A 4CD1A 4BC3A 3SMSA 4H5TA 3KHYA 5JMVA 4H0YB 4FWRA 1KAYA 1Q18A 3FZMA 5EX5A 2ZWHA 3EN9A 2E2PA 4WQ5C 1U6ZA 5AQXA 3VPZA 4BRCA 1KXPA 1JCEA 3QMLA 3VEXA 4Z94A 3R6MA 1QHAA 4B1YB 5AR0A 4CD3A 2P9UA 4NO7A 5AQFA 1S3XA 5AQZA 5E26A 2ITMA 3H3OB 4ISFA 3ID8A 3O8MA 1HLUA 1WUAA 2P9KB 3HTVA 2FF6A 5BR9A 5FPDA 1JCFA 1TYQA 4M7XA 5LY3A 3CIPA 4BREA 2F9TA 3D7EO 2FXUA 3VETA 1NGGA 4FWLA 3QFPA 4JN4A 4RWTA 3FZLA 1GLDG 1YAGA 2QWQA 4LC9B 3HI0A 4A61A 3JS6A 4E1JA 4BRFA 4CI6A 5AQPA 5FPEA 4B1WB 4IWVA 3VEZA 4PKIA 5AFUA 5I9EB 4B9QA 3LDOA 1Y64A 4JD2A 2QM1A 4H5VA 1X3MA 2YHXA 3WQUA 3EKUA 2ASMA 5AQKA 3CI5A 4BROA 4NB4A 1EQYA 1T6DA 3VEOA 3J8AA 3CJ9A 2OANA 4EAHD 4IZ9A 3WXIA 2CH5A 2VWBA 2D1KA 1HX1A 3A5MC 4AM7A 3A5OC 3ENOA 2QWMA 1R59O 4IJNA 5FPNA 5AQRA 1E4FT 2E2OA 4BRDA 2E1ZA 3CETA 4BVOA 4ISGA 3ULEA 2F9WA 4BRKA 3ENHA 5ADXA 1XC3A 3C0BA 3FZFA 1Z05A 1QQNA 5AQJA 2IIRA 4GY2B 3EZWA 3M1FA 3AAQA 4EHUA 1QQMA 1KAZA 3GL1A 4QS9A 3BF1A 2YJFA 5EOYA 3SK3A 5AZIA 3O6WA 4KBOA 2A41A 2Q31A 4MLEA 4BC4A 2EWSA 3WXKA 5AZJA 3O80A 3GDQA 3RSEA 4BRIA 3C7NA 2YHWA 5F0XA 3VGLA 1YVNA 3A5LC 1NWKA 5AQIA 2NRHA 2P9SB 2P9IA 3WXJA 2E2NA 3H1QA 5EY4A 4FL9A 3VENA 2E2QA 4FWOA 4DQ8A 4CBWA 5JLHA 3MN5A 1QQOA 2YJEA 1DEJA 4AM6A 1JCGA 1S22A 3DXKA 3ZEUA 4BG8A 2Q0RA 3A0IX 4H5WA 4FWKA 4BRGA 5JLFA 1X3NA 3EKSA 1NGEA 4DHYA 1NGBA 1QZ5A 2A5XA 4O5FA 4JHDB 1RFQA 1SAZA 2A42A 2W41A 2W40A 3CJBA 4HWIA 1C0FA 1ATSA 1BO5O 4L3QA 4BGAA 3MMVA 4MLHA 2FSKA 1U2VA 3BP8A 1K8KA 1ZC6A 1BA1A 5TKYA 3MK6A 3W3DA 4YDUC 1DKGD 2D0PA 3CJ7A 4BRHA 2E1YA 2IVOA 5BPLA 2GUPA 5E84A 1NM1A 4H5NA 1T6CA 4M63C 2QXLA 5F2RA 3IUCA 1YXQA 2GTDA 3F9MA 4QS7A 1ZXOA 3QBWA 4FPBA 4B1VA 4IXCA 4EIAA 5AQLA 3FR0A 1HPMA 1LCUA 1V4SA 3MCPA 3M6GA 3GOIA 3CJCA 4CZIA 3ATVA 2P9NA 5AQMA 3DWLA 3WEEB 3GE1A 3VF4A 4IJAA 3R8EA 2YI1A 3FGUA 3GBTA 4BR9A 3MDQA 1HJOA 5EXWA 1HUXA 5BRHA 1NGHA 5BRFA 2P9KA 3VF2A 3D2FA 2CGJA 4DCHA 3U9ZA 3VF6A 1WOQA 1HKBA 5AQUA 2BTFA 1TYQB 2J4RA 2Q0UA 2NLXA 3VESA 4CZLA 4BRLA 5AQVA 2PBDA 5AQNA 1MA9B 3TU5A 2GWJA 1GLBG 1HKGA 5KPZA 4BRMA 3HZ6A 3WT0A 1BWFO 1P8ZA 3IFRA 5BPNA 3WXLA 3SJHA 3WQTA 2D4WA 5AQSA 1NBWA 1IG8A 3UKRB 4JD2B 4XH5A 4O8KA 4B1XB 2P9PA 3HM8A 5FPMA 1GLAG 1GLEG 3SLCA 3VGKA 4CZFA 3CQYA 5KPTA 2QWPA 2V7YA 3UE5A 3EO3A 2YCHA 3ZETA 4BC5A 2CGKA 5AFUH 2FLOA 4H0VB 4JAXA 4BR2A 4B1ZA 1XQSC 1G99A 1ZBSA 4FO0A 4EHTA 2A3ZA 4FWNA 1GLFO 4BQZA 4RTFD 4K25A 3VOVA 3DXMB 4CBUA 2VCPA 2GEMA 3ATUA 1MWKA 3FFKB 2IVNA 3D2EB 1IJJA 1HKCA 3TPQA 4BGBA 5AQQA 5BRDA 3DJCA 4K42A 1ATNA 5KPRA 4H03B 1BOTO 2V51B 5AZJB 4Y0WA 1GLLO 3C7NB
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2Z1HA 3CQXA 4H0TB 4LD0A 3O4NA 3CCQN 3VQ4A 3SMPA 1W0HA 4B08A 4FVUA 4LY7A 3UB5A 4J8FA 2CH6A 2BH1A 3CCEN 3VTHA 1J9AA 3M3ZA 2DTUA 2FSJA 3FFIA 4C8LA 4I6MA 4BVPA 4LH4A 1EP4A 4FOIA 4Y1CA 4R79A 4B3MK 1P90A 1OH6A 4JHDA 4CJ4A 3ZEUB 3KK2A 2W00A 3R3LA 4I2QA 1TVRA 4DTUA 1XNQK 1YJNN 3HBTA 3LALA 4PKHA 2GWKA 3SQ0A 1EO1A 4CJLA 2YKNA 2VWJA 1TUYA 2ATQA 3JAMO 4PY5A 1LAWA 3L3UA 4KRFA 3O1BA 5KQ8A 4E7IA 4AHTA 3GG4A 3SUNA 1U2VB 2ZGYA 1YVUA 2Q97A 3KWGA 4DV0K 1ASVA 3O3FA 1WSGA 1X9JA 1KAXA 2XHBA 5AQOA 4K8XA 3EY1A 3VQ8A 4JS5A 4LH5A 2XO7A 2QKBA 3J81O 2ASOA 1YJ9N 2HOEA 4CEAA 1LOTB 3VQ6A 4DFKA 3NGZA 4JI3K 2KW4A 3OYFA 2E8AA 4A2AA 3L2QA 1KSPA 4CFCA 3QFUA 3L4IA 5CZ2A 5M1NA 4BRAA 3SQ4A 1K73O 2HW3A 4CHQA 4JKBA 3AVGA 3U9DA 4CEZA 2X6NA 4R5PA 1IKVA 3OTOK 4GKKK 5KQDA 1NGIA 3L6QA 4FJNA 4C23A 1ZYQA 1QE1A 1J54A 4YHHK 2DFFA 4XH4A 3ZSXA 3O9RA 1Z6RA 1RDBA 1NK4A 1RTHA 5MLCQ 3ZT0A 1X9WA 4K43A 5AQYA 4BR7A 4FWQA 4AH9A 4F4KA 4CBXA 3PIPL 5GIPA 1NGAA 4DTMA 4DFMA 3DLHA 2BGGA 2ZF5O 4LFCK 3HVRA 4MDAA 5C10A 3QEWA 3J7YP 3CPEA 3MN9A 2VGNA 1YTAA 1IKYA 4LFBK 2AA4A 1N34K 4JI4K 4CEFA 5C12A 3KK1A 3A8YA 2ZM6K 2H3GX 1JLAA 3ULEB 3EEQA 3FLCO 1XC9A 5JICA 4NYNA 4DS5A 4O44A 3V9UA 3ZETB 2A40A 3QO9A 1VSMA 4E19A 3NF9A 1L3SA 1TKXA 3EL2A 3DXMA 1NGFA 1NJWA 4J2BA 3OYHA 1IBMK 1MDUB 4AHUA 1TKDA 2VG5A 4W5NA 3VQEA 1BI4A 1TK8A 2Q1NA 2P9SA 4CZEA 4DU1A 5GAEP 2DPNA 3I0RA 4N47A 5CZ1A 1V4TA 1GLJO 4AQYK 4ILGB 3K5LA 4CGFA 2QW9A 1U4BA 1SKSA 4LF6K 2KFNA 4G9ZA 1ESVA 4CGGA 4H0OA 3QIPA 4I7FA 4DG1A 3NMUA 4FLXA 3CHWA 2ZJPL 5E41A 3DAWA 2ASPA 3QBXA 3ZLJA 1RT3A 4C1NI 1WN7A 4L8RB 1RDWX 1BUPA 2D0OA 2O8FB 3ZSYA 1RNHA 3OYMA 4KI6A 2YHYA 2QWRA 4H0PA 2JWKA 3UKUA 4WFNL 2E20A 3QEIA 4JV5K 2F96A 4DR3K 2O4IA 3OJUA 4M3XA 4F2RA 3NE6A 1A5VA 1JLCA 1KAYA 2G8VA 3EN9A 2FBTA 4WQ5C 1BIZA 5AQXA 4BRCA 3QMLA 4GV6A 1RDDA 2LSNA 3R6MA 4ICLA 4B1YB 3TSUA 3DLBA 3O8MA 1YTUA 1HLUA 1BL3A 2P9KB 1BHLA 3Q7CA 3CIPA 5LY3A 3A2FA 4AILC 3ZSQA 1WBBA 3CCUN 1Q86O 1YF5L 1KLNA 2Y1IA 3S3NA 3D6RA 4A61A 4BRFA 4CI6A 1TGOA 5AQPA 5FPEA 1Y64A 3LP1A 3VA0A 4CJSA 2ZQBA 1VSEA 4EP5A 2ASMA 4O0IA 4AM7A 1DT9A 3C6UA 1KRPA 4CEQA 2QWMA 1WSIA 1X1PA 3CETA 5K14A 4E72A 2F9WA 3THYB 4BRKA 1RT7A 1RBSA 3OYBA 3OYKA 5HRRA 3FZFA 3HO1A 2IIRA 1ASUA 3CFRA 1FKPA 3EZWA 3V9WA 1YITN 3TTFA 4DQPA 1KAZA 3GL1A 3LDSA 4E7LA 2WFBA 3O6WA 4B8CA 4KBOA 3QETA 3GDQA 3RSEA 3S9HA 4JI5K 1W2BM 5F0XA 4CEEA 1YVNA 3AA4A 2ITGA 4HCBA 3QNOA 4OGCA 2W6KA 4IOCL 4IDKA 2E2NA 1NNEA 1IKXA 4FL9A 3NH1A 1LV5A 1NK6A 3VENA 4FWOA 3DRPA 5JLHA 3MN5A 3V6DA 3OYJA 1S1TA 1DEJA 1S6QA 3L8BA 3DXKA 3K0SA 3NH0A 4BRGA 2YX6A 1QSSA 5HLFA 2AJQA 1NGEA 4ELTA 1NG9A 1NK7A 1ZBIA 4O5FA 1RFQA 4O55A 4HWIA 3E9PA 3OYCA 3IKMA 4BGAA 2YNHA 3SAHA 3AVNA 1ZC6A 3W3DA 1BA1A 4AHVA 3CJ7A 4OVLA 1KFDA 1TAQA 1U49A 2KKZA 5HL7L 3NF8A 2QXLA 3DRRA 5F2RA 4W5OA 4HVJA 1FW6A 4QCLA 5IT9O 1JLQA 3F9MA 4B9NA 1CXQA 1ZXOA 3QBWA 4B1VA 3CC7N 2PZSA 4KHQA 4CGDA 3TTDA 4NCGA 1LCUA 1V4SA 3MCPA 2P9NA 1FK9A 2YV0X 1J5EK 2NRXA 4MDBA 4ZTJA 4IJAA 2YI1A 3FGUA 2QI2A 5CYQA 5EXWA 3THXA 2IDOA 4AHRA 4FJ8A 2HHSA 1HKBA 4CIFA 3ALYA 1TYQB 2J4RA 2Q0UA 3TTCA 3J7AP 3VESA 1HNVA 4B9TA 3OA9A 1KLMA 4DR5K 4IKFA 2Z1GA 4FJMA 3IFRA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 4H4M A;  3ENH A;  4DV2 K;  1XC3 A;  3AA2 A;  3C0B A;  2X74 A;  2VWK A;  5SZT A;  4FM1 A;  2IGI A;  2GBZ A;  3AAQ A;  4EHU A;  3Q7B A;  3BF1 A;  4OGE A;  4AHC A;  4CF0 A;  2YJF A;  2PY5 A;  1NOZ A;  1S9E A;  1L5U A;  4I9L A;  4MLE A;  4NLC A;  3WXK A;  4OKK A;  3O80 A;  4BRI A;  3C7N A;  4HCC A;  1HR0 K;  2YHW A;  4KHS A;  4PHT X;  5AQI A;  1VQN N;  2P9I A;  1VHX A;  5EY4 A;  2DFH A;  4JS4 A;  4CBW A;  4FLT A;  4F2S A;  4OPK A;  3MXJ A;  4BE7 B;  3K57 A;  3K5N A;  4BG8 A;  1DTQ A;  2Q0R A;  4DF8 A;  4LF4 K;  1X3N A;  3EKS A;  3CFP A;  3K2P A;  1QZ5 A;  2A5X A;  3H08 A;  2R7Y A;  4OO1 J;  1SAZ A;  2W41 A;  4B8A B;  1ATS A;  4CJF A;  2UUB K;  4Z0U A;  1IBK K;  1K8K A;  3MK6 A;  3HOT A;  3G10 A;  4BRH A;  4CER A;  1RTJ A;  3K9J A;  2D5R A;  1NM1 A;  3C65 A;  4LSN A;  3IUC A;  1YXQ A;  4FW1 A;  1M90 O;  5FRM A;  4C8O A;  4DQR A;  5AQL A;  3FR0 A;  4YOW A;  1HPM A;  3AV9 A;  3M6G A;  4AF1 A;  3OY9 A;  4CZI A;  1WBD A;  4DQS A;  3ATV A;  4O5B A;  5AQM A;  3VF4 A;  3MED A;  3GBT A;  3OYD A;  1NK9 A;  3MXI A;  4OPJ A;  5LL6 Z;  1RDA A;  1HUX A;  1NGH A;  1QTM A;  3VF2 A;  1GOA A;  4IG3 A;  1O1W A;  3D2F A;  3LZI A;  4KB0 A;  2CGJ A;  4CJE A;  4DCH A;  1HJR A;  1SV5 A;  5AQU A;  2QA4 N;  2NRT A;  4BE2 A;  3OBW A;  3KKS A;  5AQV A;  5AQN A;  3TWH A;  4KHU A;  3HPH A;  2JWL A;  1GLB G;  1HKG A;  4M3Z A;  1BWF O;  1P8Z A;  3JYT A;  5FLX O;  3AO5 A;  4JRP A;  4CJ3 A;  2VQF K;  2O8D A;  2KQ2 A;  4I9Q A;  1K9M O;  1IG8 A;  5J2Q A;  3VQC A;  4JD2 B;  3I56 N;  4O8K A;  2P9P A;  3HM8 A;  4OLB A;  1GLA G;  1VQK N;  1R0A A;  3CC2 N;  4E7J A;  3BZK A;  1KCF A;  3KK3 A;  2ZE2 A;  3UE5 A;  3SPZ A;  1VQ7 N;  4Q0B A;  2CGK A;  1W9H A;  1BCO A;  5HRN A;  3L2W A;  1HNX K;  3V81 A;  4C8N A;  1ZBS A;  3OYA A;  2OPQ A;  1WNS A;  2GV9 A;  1KC8 O;  4B3R K;  4JI1 K;  4BQZ A;  5KGW A;  1T7P A;  1NJX A;  4JK8 A;  1MWK A;  4CFA A;  3DOK A;  4OLA A;  3AO2 A;  1HKC A;  4BGB A;  5AQQ A;  3RRH A;  3DJC A;  2NNW A;  1EXQ A;  4N76 A;  1HQU A;  3EZ5 A;  1BOT O;  5AZJ B;  1GLL O;  3DLG A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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