4AM6A

C-terminal domain of actin-related protein arp8 from s. cerevisiae
Total Genus 186
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
186
sequence length
623
structure length
623
Chain Sequence
b'EIDLNDPTATIVIHPGSNSIKIGFPKDDHPVVVPNCVAVPKKWLDLENSEHVENVCLQREQSEEFNNIKSEMEKNFRERMRYYKRKVPGNAHEQVVSFNENSKPEIISEKNDPSPIEWIFDDSKLYYGSDALRCVDEKFVIRKPFRGGSFNVKSPYYKSLAELISDVTKLLEHALNSETLNVKPTKFNQYKVVLVIPDIFKKSHVETFIRVLLTELQFQAVAIIQESLATCYGAGISTSTCVVNIGAAETRIACVDEGTVLEHSAITLDYGGDDITRLFALFLLQSDFPLQDWKIDSKHGWLLAERLKKNFTTFQDADVAVQLYNFMNRSPNQPTEKYEFKLFDEVMLAPLALFFPQIFKLIRTSSHKNSSLEFQLPESRDLFTNELNDWNSLSQFESKEGNLYCDLNDDLKILNRILDAHNIIDQLQDKPENYGNTLKENFAPLEKAIVQSIANASITADVTRMNSFYSNILIVGGSSKIPALDFILTDRINIWRPSLLSSASFPQFYKKLTKEIKDLEGHYVNAPDKTEDENKQILQAQIKEKIVEELEEQHQNIEHQNGNEHIFPVSIIPPPRDMNPALIIWKGASVLAQIKLVEELFITNSDWDVHGSRILQYKCIFTY'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule keywords ACTIN-LIKE PROTEIN ARP8
publication title Interactions between the Nucleosome Histone Core and Arp8 in the Ino80 Chromatin Remodeling Complex.
pubmed doi rcsb
source organism Saccharomyces cerevisiae
molecule tags Nuclear protein
total genus 186
structure length 623
sequence length 623
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-03-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4am6A01
3.30.420.580 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4am6A03
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 4am6A02
1IG8A 4B1UB 3EO3A 3WXIA 3M1FA 1GLCG 4JHDB 4CZFA 3HBTA 2P9UA 3ZX2A 5AQXA 1KAZA 1KXPA 2ZWHA 1SQKA 3VF4A 3SMPA 3VEXA 1YXQA 5KPTA 4IO8A 5KPZA 2DPNA 1R59O 3MCPA 3D2EA 3FZHA 4H0YB 1V4SA 4FWMA 1RFQA 4FWPA 4PKIA 2AA4A 4YDUC 2ASPA 3CJBA 4AM7A 2BUPA 3GL1A 1GLAG 5AFUA 4EFHA 5AQNA 4FWRA 2VCPA 2Q2RA 4FPBA 4BR2A 2V7ZA 3H45C 2P9NB 1E4GT 1C0FA 1GLDG 2VYPA 1TYQA 2QWPA 3ENOA 2QWLA 5EY4A 1DGKN 3DJCA 3LDLA 2FSJA 4H0OA 4B1YB 5AQVA 1YUWA 3DXMB 4BG8A 4IXCA 1HKBA 5F1XA 2HF4A 1BO5O 3F9MA 1GLEG 3CERA 1QZ5A 4WQ5C 3R6MA 1GLJO 2I7PA 5AQOA 5AQUA 4A61A 3MN7A 4PL7A 2D1KA 4JHDA 3UB5A 4BC2A 1HLUA 3IUCA 3L4IA 2E2PA 2FSNA 2Q97A 3TPQA 1S3XA 4MO5A 3UKRA 3WQTA 5FPMA 3UE5A 1RGIA 1BU6O 2WUSA 2ZF5O 1HX1A 3H3NO 3U9ZA 3WT0A 2QWRA 3O08A 5F0XA 1QQNA 2D4WA 4JN4A 3H1QA 5AQGA 3LDPA 4BG9A 5JICA 1GLLO 1QQMA 4BRCA 2CGKA 4XEIA 3A5OC 2P9SB 2V52B 4RCHA 5BREA 4L3QA 1JCEA 4CZIA 4JAXA 4PKGA 1XC3A 5AQQA 1NGCA 3ZX3A 3CHWA 2FLOA 2YHWA 2E20A 4CD3A 4CZKA 3B8AX 3FZKA 3MN6A 1NLVA 3O1WA 4IJAA 4BRAA 5BRHA 3CJ1A 3GBTA 1HPMA 2PBDA 3M6GA 3FE1A 2YI1A 4O5FA 1T6CA 4K43A 3S41A 1NGJA 3DXKB 2E1YA 4XH4A 3O80A 4EAHD 5AZIB 3WQUA 3H6EA 4BC5A 2V51B 2HF3A 2CGJA 4BC3A 2QXLA 3D2FB 4BROA 4CBUA 3CJCA 1BOTO 2IVNA 3LDOA 5AQFA 3BUZB 4BRQA 1ZXOA 5JLFA 3ZX0A 5AQYA 1Z6RA 4WYBA 4RWTA 1YAGA 1ZBSA 3UKUA 1D4XA 3CJAA 3LDNA 1ATRA 2E2QA 1NWKA 5F2RA 3GG4A 3LM2A 3WEEB 4B1XB 4HWIA 3WUHA 3R8EA 1NBWA 3O5BA 3I8BA 5JMVA 4H5WA 5BRDA 4BRMA 1DEJA 4DQ8A 3BP8A 5AQMA 1ESVA 5EOYA 5AQIA 3P4IA 1Z05A 4K42A 4BRNA 4ISFA 3GE1A 2QWMA 4MO4A 1HJOA 4H5NA 3VF2A 3CJ7A 5BN8A 3U9DA 1HKCA 4QS9A 2EWSA 4FWQA 5AQLA 2E2OA 4B1WB 1RDWX 5BPMA 2P9LA 4WQ4A 5AFUH 3DXKA 3W3DA 1X3NA 2QW9A 3VF6A 4XH5A 5AZIA 4LC9B 3D2FA 2ASOA 3QB0A 2GELA 4Z94A 1ATNA 4CI6A 2ASMA 3G25A 5KQDA 1JCGA 3WXKA 4JD2B 2P9IA 1T6DA 2OANA 3RSEB 3KZBA 1K8KA 3VGKA 3JS6A 4KBOA 1GLFO 4K41A 4GNIA 2KHOA 3DAWA 1MDUB 3WEEA 5E26A 4BR7A 1ATSA 1NGEA 1G99A 1NGHA 3O6WA 4H0PA 4BRKA 4A2BA 1YVNA 3SK3A 3L0QA 4BR9A 2GTDA 4ISGA 1BG3A 4BQZA 5BR9A 4BVOA 5LJVA 3VEYA 3ULEB 4H5RA 2E2NA 4FL9A 2A3ZA 1C0GA 2A40A 2P9PB 5TKYA 4O8KA 1U2VB 3J8AA 3FZMA 3QFUA 2F9WA 3U8XA 4H0VB 2CGLA 3A5NC 4BGAA 5AQSA 5CE3A 2P9NA 3CETA 2Q0UA 1X3MA 3QICA 2W41A 4CBXA 4CZMA 3BEXA 2A41A 3AAPA 1LOTB 4BR5A 3RSEA 2NRHA 3DXMA 3SLCA 1QZ6A 3D7EO 4B9QA 3CQXA 5BN9A 3LDQA 2H3GX 3C7NB 4CZEA 3H46O 4FWKA 1ZC6A 2GWKA 1NGGA 3H1VX 2A5XA 4FWOA 5AQJA 3MK6A 1QHAA 2F9TA 1WOQA 3QFPA 4CJ7A 2GUPA 3CQYA 4PKHA 3CIPA 4BRLA 3C0BA 4IJNA 3FFKB 4JNEA 4BC4A 4K25A 4WQ4C 5AQKA 3ULEA 4IWVA 2D0PA 3ATUA 3O1BA 4CZGA 4NO7A 3ZETB 5JLHA 2P9PA 4M63C 1NGDA 1P8ZA 3HM8A 2P9SA 5FPNA 2YHXA 3KHYA 4I6MB 5BRFA 1NGBA 2J4RA 1TUUA 1V4TA 4FOIA 3WXJA 5AQWA 3AAQA 4Y0WA 4BGBA 4A2AA 3EN9A 2PAVA 1BA0A 3ENHA 4H5VA 3EL2A 3WXLA 4BRIA 2YHYA 3LM9A 5ADXH 5ADXA 5FPEA 4B1VA 1J6ZA 3ID8A 1NGIA 2Q1NA 3A5MC 3IMXA 2IIRA 2W40A 2FF6A 5E84A 1BUPA 4FWSA 3FLCO 4DHYA 1BA1A 3QBWA 5BPLA 5ELZA 3C7NA 3MMVA 4MLHA 3SMSA 3VGLA 4DB3A 3MDQA 3VEVA 3AY9A 1MWKA 3VETA 3HTVA 3VPZA 1HUXA 3VOVA 1DKGD 2A6AA 3L6QA 2ITMA 3EZWA 1KAXA 2CH6A 1S22A 4H0XB 4BQLA 1U6ZA 3UKRB 4GY2B 4XH1A 4M7YA 1OKJA 3U4LA 4B1ZA 4F9OA 3FR0A 1Q18A 4QS8A 3ZETA 4QS7A 5AQHA 4EHUA 4BRHA 4EIAA 1EQYA 4BRGA 2ZGZA 1MA9B 4NB4A 1BDGA 3R9PA 2GWJA 3BF1A 4RTFD 2P9KB 2E8AA 4FO0A 1NGFA 4I6MA 3VEOA 2A42A 3DWLA 2AP1A 2FF3B 3VESA 1NMDA 1JCFA 1WUAA 3EKSA 3VEWA 4CZLA 4H0TB 1Y64A 5LY3A 1QQOA 3HSCA 4FPAA 5EXWA 1LCUA 3A8YA 3HZ6A 2BTFA 2D0OA 4BRPA 3CJ9A 3MN9A 3A0IX 4MLEA 3VGMA 5AR0A 1NGAA 2YCHA 3HI0A 2CH5A 4C23A 3VEZA 3JXUA 3FZFA 4FOEA 4AM6A 2QWOA 4IZ9A 4H5TA 4CD1A 4ISEA 1HKGA 3FZLA 5EVZA 3QDKA 3VERA 4E1JA 3TU5A 4FSVA 2QWQA 5AQRA 4J8FA 4M7XA 4YDUA 5AZJB 3A5LC 1TUYA 3O4WA 2NLXA 1GLBG 4CBWA 4BR4A 3GDQA 5FPDA 1XQSC 2VWBA 4JD2A 1H1VA 3UKUB 4FWNA 3BF3A 4HTLA 2V7YA 3LL3A 5LJWA 3ZEUB 1IJJA 2E88A 3KVGA 5KQ8A 3OHRA 5I9EB 1KAYA 2IVPA 5AQPA 4BRDA 1T44A 3ATVA 1E4FT 2UYTA 2P9KA 4FWLA 4BVPA 1NM1A 2P9UB 4DCHA 2YJEA 3CI5A 3M3ZA 2IVOA 1X9JA 1CZAN 2FXUA 3IDHA 4CZJA 1SAZA 4WQ5A 3QBXA 5BPNA 3EKUA 2YJFA 2QM1A 3O8MA 3VENA 2QWNA 3H3OB 3D2EB 3FGUA 1MWMA 4BREA 3W0LA 4PL8A 5B8HA 2FSKA 1BWFO 3QMLA 2I7NA 5KPRA 4CZHA 3I33A 5AQTA 2P9LB 1U2VA 2Q31A 5EX5A 1SZ2A 2HMPA 2E1ZA 5AZJA 4A62A 3SJHA 1TYQB 4EHTA 5AQZA 3GOIA 2NZTA 2HOEA 2P9IB 4BR0A 3IFRA 3AARA 1XUPO 1K8KB 4BRFA 2GEMA 2Q36A 4H03B 3ZEUA 3MN5A 2Q0RA 2ZGYA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4JLHA 1UA1A 4CIEA 2NRVA 3OBYA 5LMNK 3HBTA 3NVMA 5AQXA 1J5EK 4EP4A 2YKMA 2QTDA 4GVEA 4FJXA 1S1UA 3VEXA 4IO9L 2G8HA 3ZSWA 2HHUA 4AHVA 3M8RA 3SQ4A 4W5NA 3MCPA 1RCHA 4H0YB 4KB0A 2HHHK 1QE1A 4DU1A 4M41A 2HSTA 4CJKA 1BISA 4JI3K 2V7ZA 1E4GT 1C0FA 1GLDG 1K6YA 2QWPA 3ENOA 4Z4CA 4B9SA 1O13A 3LDLA 4Z4FA 3LWMA 2FSJA 4H0OA 3UIQA 1XMQK 3P38A 2F4VK 3MWPA 5GAGP 4BG8A 4B08A 4DR2K 3TARA 4W5QA 2EHGA 1D8YA 4CHOA 1QZ5A 1W2BM 1WLJA 4B3RK 2I7PA 5AQUA 3MN7A 4PL7A 1SKRA 3OJSA 1KLNA 3OYFA 3ZT0A 3T69A 4CEDA 3Q7BA 1QSSA 2FSNA 2IOCA 4OJRA 4MO5A 3KK1A 4GW6A 2D5RA 4C1NI 4E7HA 1L5UA 1RT2A 5FPMA 4DTRA 3SCXA 5M1PA 2YHBA 2QWRA 5F0XA 1Q8IA 3LDPA 4BG9A 2Q3SA 5M1FA 1GLLO 1TGOA 2CGKA 4N47A 3A5OC 1VSIA 3OYCA 4DTXA 4GMJB 1C1CA 2VGNA 3AA5X 1XC3A 3CXCM 1RILA 2HNYA 4JKAA 4UY8O 2YKNA 4BE1A 2IC3A 3TSUA 4CZKA 1J54A 3B8AX 3KWGA 3JYTA 1VQON 1YTUA 1YHQN 4C8KA 4IJAA 4BRAA 3CJ1A 1N34K 1KQSM 4O5FA 1T6CA 4YY3K 3I8DA 1NGJA 1BQMA 3WNEA 1IBMK 1VQMN 2EX3A 2W42A 3KD5E 4BC5A 3CCQN 2V51B 2HF3A 4H8KA 4BROA 1D9DA 5C0YA 3CJCA 4H4MA 3IG1A 1BOTO 3LDOA 1HQEA 2FBTA 3NF7A 3NDKA 3RMAA 4WYBA 4CEOA 1YAGA 4M45A 1D4XA 1N6QA 1RBUA 3LDNA 1XHZA 2E2QA 5F2RA 4B1XB 4HWIA 3WUHA 1NK5A 1X9MA 3O5BA 5BRDA 3TSQA 3J7YP 1VSLA 5LL6Z 2ZJQL 4F3TA 1ESVA 2C1IA 1ZBLA 4M3RA 4BRNA 4IDHA 2QWMA 1RDCA 2BE2A 3G0ZA 3MXIA 2WC9A 3U9DA 4FWQA 1KVAA 4B1WB 3C6HA 1FJGK 2O4IA 3OYKA 5AZIA 2O8EB 4CHYA 1BL3A 3MXMA 3S3MA 3DLGA 3AO2A 3ZT1A 3QB0A 5HROA 1L3UA 1ATNA 3K5OA 4JEPA 3G25A 5KQDA 4KHWA 4DR1K 3ISNC 4CGJA 1OH7A 3WXKA 4JD2B 3PLAA 2P9IA 1T6DA 1VAZA 3KZBA 1X9SA 3VQQA 1J9AA 4DV1K 5HOOA 1P90A 5HP1A 4X66K 4WCEL 3RMDA 3WEEA 1C0UA 4KHSA 4OLBA 2G8KA 4IOXA 3RMBA 1Z26A 4DR5K 2RKIA 3L0QA 4CEQA 2GTDA 3VQDA 4LD0A 4DV7K 3THXB 3ULEB 2X78A 4M42A 4CJWA 3EYZA 1ZBIA 1UWBA 3VQEA 1UOCA 4LF5K 4A59A 2F8TA 4FJ5A 4O8KA 1HNWK 1WAJA 3QFUA 1JLGA 3U8XA 3M8QA 3NBPA 3CCMN 1RTIA 4DMNA 5AQSA 3TTDA 4JI0K 2Q0UA 4YORA 1FKPA 4CFDA 4CEBA 5JS2A 4FJ8A 3O3HA 3AO1A 1VQNN 4FM1A 4O44A 4JI6K 1LWEA 4HVJA 1ZYQA 3M8PA 4Z4EA 3C7NB 3NH2A 4CHZA 1TKTA 3H46O 1NGGA 3OYBA 3VQPA 3OBWA 2F9TA 5DMRA 1CLQA 3I55N 4BC4A 4ZTJA 2X74A 4IWVA 1KVCA 3D0PA 4CZGA 4JKFA 4NO7A 4IOCL 4GKJK 3ZETB 3HP6A 5JLHA 4CIGA 2P9PA 4WFBL 1Y97A 1P8ZA 1VQLN 3F9KA 3KHYA 1LWCA 4I6MB 1NGBA 1SUQA 4A5AA 2FBYA 1YIJN 2HNZA 5AQWA 4B3SK 2PFUA 3QERA 1HNXK 1I39A 2PAVA 3ENHA 4H5VA 3EL2A 2YHYA 4FJIA 1J6ZA 3ID8A 4CEZA 1KFSA 1ITGA 3ITHA 4N76A 4FWSA 4KH5A 3HRGA 3AVMA 4DSIA 4KTZA 3QBWA 3SAGA 3MMVA 3NE6A 2VG7A 3MDQA 4DTJA 1B9FA 2KW4A 1HUXA 4E72A 3T1AA 1VQPN 1XI1A 2D0BA 1O1WA 1KRPA 4FXDA 3EZWA 2O8CB 1KAXA 4H0XB 1NKBA 2O8DB 1WBDA 3FR0A 1WSFA 1Q18A 4QS8A 4Z4GA 4QS7A 4M3TA 4ICLA 4Z4HA 4EHUA 4BRHA 4FJMA 1EQYA 4RW8A 3R9PA 3VEOA 2O8BB 4RG8A 2E8AA 1HR0K 2AP1A 3P31A 3DLEA 3ASMA 2HVHA 3MCAB 5M1NA 4FLYA 5EXWA 1LCUA 4FLTA 1Q81O 3A0IX 3B6PA 4MLEA 3HSTB 3ULDA 1CXUA 4C23A 4JKBA 3RVCA 3JXUA 1VQ6N 3THVA 4CD1A 3DMJA 4EZ6A 1A5VA 1HKGA 1YT3A 2XY7A 2KZZA 1SV5A 3TU5A 1NG9A 2F8SA 3AVBA 4QCLA 3A5LC 1TUYA 3KLGA 3PO5A 3HO1A 4CBWA 3GDQA 5FPDA 4KTQA 2XRIA 3PIOL 3KK2A 4FJGA 4GVMA 2V7YA 3LL3A 5KQ8A 1JL2A 2E88A 1WN7A 4BRDA 3ATVA 2UYTA 2P9UB 3CI5A 2B5JA 5CZ2A 4C8OA 3QEWA 3SBGA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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