4AM6A

C-terminal domain of actin-related protein arp8 from s. cerevisiae
Total Genus 186
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
186
sequence length
623
structure length
623
Chain Sequence
EIDLNDPTATIVIHPGSNSIKIGFPKDDHPVVVPNCVAVPKKWLDLENSEHVENVCLQREQSEEFNNIKSEMEKNFRERMRYYKRKVPGNAHEQVVSFNENSKPEIISEKNDPSPIEWIFDDSKLYYGSDALRCVDEKFVIRKPFRGGSFNVKSPYYKSLAELISDVTKLLEHALNSETLNVKPTKFNQYKVVLVIPDIFKKSHVETFIRVLLTELQFQAVAIIQESLATCYGAGISTSTCVVNIGAAETRIACVDEGTVLEHSAITLDYGGDDITRLFALFLLQSDFPLQDWKIDSKHGWLLAERLKKNFTTFQDADVAVQLYNFMNRSPNQPTEKYEFKLFDEVMLAPLALFFPQIFKLIRTSSHKNSSLEFQLPESRDLFTNELNDWNSLSQFESKEGNLYCDLNDDLKILNRILDAHNIIDQLQDKPENYGNTLKENFAPLEKAIVQSIANASITADVTRMNSFYSNILIVGGSSKIPALDFILTDRINIWRPSLLSSASFPQFYKKLTKEIKDLEGHYVNAPDKTEDENKQILQAQIKEKIVEELEEQHQNIEHQNGNEHIFPVSIIPPPRDMNPALIIWKGASVLAQIKLVEELFITNSDWDVHGSRILQYKCIFTY
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Interactions between the Nucleosome Histone Core and Arp8 in the Ino80 Chromatin Remodeling Complex.
pubmed doi rcsb
source organism Saccharomyces cerevisiae
molecule tags Nuclear protein
molecule keywords ACTIN-LIKE PROTEIN ARP8
total genus 186
structure length 623
sequence length 623
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-03-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4am6A01
3.30.420.580 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4am6A03
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 4am6A02
1U6ZA 4JN4A 3HM8A 4A2BA 1E4GT 2W40A 2YCHA 2WUSA 1ATNA 2Q31A 4CJ7A 3R8EA 5BRDA 4I6MA 4J8FA 2P9KB 3VEYA 1S22A 4B9QA 4XH1A 1K8KA 2GTDA 4CZJA 1T6CA 1TYQA 1ZBSA 4I6MB 3WUHA 3BF1A 4CZKA 4MO5A 4BC4A 3U9DA 3MN6A 3CETA 1QQMA 2V7YA 4CZFA 5LY3A 2UYTA 4FPAA 3UKUB 4M7XA 2P9LB 3VF4A 4BG8A 3D2FB 3DJCA 3LL3A 5AQJA 1WOQA 4DCHA 4MO4A 2P9PA 3DXKB 2H3GX 4FWPA 5FPEA 4BRFA 3CJAA 5AQGA 2ZWHA 1MWMA 3LM9A 2VWBA 3KZBA 3MCPA 3O1BA 4GY2B 3O8MA 4FWNA 1Z6RA 2VCPA 3HZ6A 2QWRA 4FWRA 1ESVA 2YI1A 4CBXA 2ASPA 3WXJA 1NLVA 3GE1A 5CE3A 3M6GA 5AFUA 5ADXA 1KAXA 4E1JA 1LCUA 5F1XA 4IXCA 2E2OA 2QWLA 1QZ5A 4JHDB 5AQIA 4BRMA 3B8AX 4O5FA 1TYQB 2GUPA 2PBDA 4FPBA 1R59O 4EHTA 1C0GA 5F0XA 3JS6A 4CZMA 4EFHA 3WEEB 2Q2RA 3BUZB 3ZX3A 3QBWA 4AM7A 5AQKA 3D2EA 3BF3A 3FE1A 5EXWA 3P4IA 2CH6A 1GLEG 3ENOA 4YDUA 4BG9A 3QBXA 1V4SA 1X9JA 1H1VA 1YXQA 2QWQA 4BR7A 5JICA 1X3NA 2Q97A 3HBTA 3FZHA 5AQYA 4FWKA 3SLCA 5AQPA 3L0QA 2GWJA 2D1KA 3DXMB 5KQ8A 2HOEA 1HKBA 3AY9A 3FLCO 4BVOA 2AA4A 3ZETA 1JCEA 2IIRA 1MWKA 4CBUA 1LOTB 2J4RA 4BR4A 1DGKN 3MDQA 5AQVA 3I8BA 3FZMA 2A41A 4JD2A 1IJJA 1GLLO 5FPMA 1U2VB 2Q1NA 1GLAG 1Z05A 1HX1A 1CZAN 2P9UA 5LJVA 1Q18A 4H5NA 2F9WA 3C0BA 1SZ2A 3VEZA 1BWFO 1DEJA 2ZF5O 5AQZA 4PL7A 2D4WA 2Q0UA 3QDKA 4H0XB 5AZIB 1HLUA 1YVNA 2Q0RA 3FZKA 4F9OA 2A3ZA 2PAVA 1MDUB 5EVZA 1RFQA 4FWOA 2E2PA 3AAQA 4BR9A 4CD3A 5AZJA 1EQYA 2A6AA 3H1VX 4Y0WA 3BEXA 5AQNA 4XH5A 4BRPA 3LDOA 4IJAA 3O4WA 3FZLA 3DXMA 4HWIA 2W41A 2HF3A 4IJNA 2FXUA 3ZEUB 3CJ9A 2P9SB 4M7YA 1BUPA 3EO3A 4H0OA 4K41A 4HTLA 4CBWA 5BN9A 5AQMA 4ISFA 4WQ4C 4XEIA 3ZEUA 2CH5A 3GDQA 4H5TA 3O08A 2IVPA 2NRHA 4BQLA 3DXKA 3ZX0A 5EOYA 3WEEA 2QWPA 1MA9B 2BTFA 1E4FT 5BRHA 3VEWA 3RSEB 2IVOA 4BQZA 2QW9A 4M63C 4BRIA 1T6DA 3QICA 4H5VA 2FSJA 3WT0A 4B1UB 3EZWA 3RSEA 2CGLA 3A8YA 4ISGA 5AQRA 4BRNA 2FLOA 1NGCA 3GBTA 4K25A 3VEXA 4BRKA 2ITMA 3QFUA 4H0VB 3C7NB 1NGBA 1RDWX 2BUPA 3W0LA 3MK6A 3ID8A 2CGJA 3EN9A 4RTFD 1NGAA 3R9PA 3KHYA 4BC5A 2ASOA 4EHUA 1TUUA 4FWQA 3MN5A 1WUAA 4CZHA 1NBWA 1ZXOA 3CJCA 3EL2A 3L4IA 1J6ZA 4BVPA 2P9LA 1HJOA 2E2QA 4BRCA 2FF3B 4EAHD 1Y64A 3BP8A 3CIPA 2P9SA 3VGKA 4CZEA 1HUXA 2P9PB 1YUWA 2HF4A 2KHOA 4A2AA 4A61A 1QZ6A 3D2EB 1NGHA 2YHWA 4FWMA 1HPMA 3ULEA 3WQUA 4BR2A 1BA0A 1V4TA 3A0IX 4K42A 1X3MA 1YAGA 4B1VA 4BR5A 1XC3A 5ADXH 3UKRB 5E84A 5AFUH 5TKYA 4BC3A 5JLHA 2OANA 2IVNA 4CI6A 2GEMA 3TPQA 4FL9A 4BROA 4EIAA 2A5XA 1SQKA 4FO0A 1NM1A 2E8AA 2FF6A 3VGMA 3VF6A 3UB5A 4WQ4A 1BG3A 2FSNA 5I9EB 1NGDA 2A42A 3FR0A 4MLHA 2P9NA 2HMPA 3C7NA 1ZC6A 1KAZA 3UE5A 2GWKA 3MN9A 3WXLA 4BGAA 4BRHA 4JD2B 4IZ9A 4JAXA 2P9KA 1IG8A 1U2VA 5AQLA 2AP1A 1QQOA 4NO7A 5E26A 2V52B 4WQ5A 4B1ZA 3DWLA 5JMVA 3CJ7A 2VYPA 2NLXA 5EY4A 5BREA 1TUYA 3WXIA 3VETA 3IDHA 3S41A 5KQDA 3HTVA 3EKSA 4CZGA 3A5OC 4FOEA 3CJ1A 3CJBA 1P8ZA 3MN7A 4C23A 3IFRA 4PKGA 3SJHA 1BO5O 2V51B 4AM6A 3WQTA 3UKUA 4CD1A 1D4XA 4DB3A 1C0FA 2E2NA 3H1QA 4JNEA 4Z94A 3D7EO 4BRGA 2QWOA 4L3QA 4BR0A 4MLEA 2I7PA 3CERA 3CHWA 2V7ZA 4BREA 1SAZA 4FOIA 2YHYA 1JCGA 2EWSA 5AQFA 3KVGA 1RGIA 3AAPA 4KBOA 4ISEA 3ZX2A 2QM1A 4CZIA 3H6EA 1QHAA 4NB4A 3H46O 5BPNA 4B1YB 1BOTO 5BR9A 1GLBG 2E20A 4PL8A 3CI5A 5FPDA 4BRDA 5LJWA 3M1FA 4H03B 3QB0A 4WYBA 3VGLA 4XH4A 1T44A 2E88A 3WXKA 2P9IA 3VPZA 3FZFA 1BDGA 3EKUA 4IWVA 4FWLA 5KPZA 4B1XB 3LM2A 4JHDA 3U9ZA 3O80A 4H0YB 3JXUA 5BRFA 1GLCG 1NGGA 4FSVA 3GL1A 3GOIA 3M3ZA 4BC2A 5B8HA 3J8AA 5AZIA 2GELA 5BPLA 5KPRA 4DQ8A 3IUCA 5AQHA 5AZJB 1NGFA 4H5WA 2ZGZA 1NGJA 1BU6O 2I7NA 3CQXA 3LDQA 3U4LA 3VEVA 1ATRA 2Q36A 4PKHA 5AQXA 2FSKA 3VEOA 1GLDG 3SK3A 1DKGD 3LDLA 2QWMA 5EX5A 3VF2A 4LC9B 4K43A 1KAYA 5AQWA 2F9TA 3HSCA 1S3XA 4WQ5C 4BRQA 2E1ZA 1JCFA 2D0OA 5AQSA 3A5LC 1NGIA 2QXLA 4IO8A 4O8KA 1ATSA 3DAWA 1HKGA 5FPNA 1QQNA 4YDUC 3O6WA 4B1WB 4CZLA 2YJFA 3W3DA 4QS8A 3AARA 3LDPA 2NZTA 3SMSA 1XQSC 2DPNA 3A5NC 1BA1A 2P9IB 2E1YA 4H5RA 2YJEA 4H0TB 3O5BA 3ATUA 3FFKB 4QS7A 3A5MC 2QWNA 3R6MA 3F9MA 3GG4A 4A62A 2P9UB 1XUPO 1GLFO 3QMLA 1NMDA 2ASMA 1K8KB 2CGKA 1HKCA 3ATVA 4BRLA 3SMPA 3D2FA 3QFPA 2P9NB 1KXPA 3IMXA 4PKIA 2A40A 1G99A 3G25A 3CQYA 4BGBA 3I33A 3L6QA 3ZETB 5AR0A 2D0PA 3H3NO 3U8XA 3H3OB 3H45C 3HI0A 1OKJA 3ULEB 3LDNA 4DHYA 3VESA 3OHRA 1NGEA 5F2RA 2YHXA 5ELZA 3O1WA 4H0PA 3UKRA 4RCHA 4GNIA 3TU5A 4BRAA 1GLJO 5AQUA 5BPMA 5KPTA 5AQTA 3MMVA 5BN8A 4QS9A 1NWKA 3VOVA 2ZGYA 5AQOA 5AQQA 3ENHA 3FGUA 3VENA 4FWSA 3VERA 4RWTA 5JLFA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3CCRN 2IC3A 4E89A 1EX4A 2W40A 2YCHA 2IDOA 1S6PA 5BRDA 4NXMK 2DFHA 1S22A 4JLHA 3AVKA 4CHPA 1VSEA 1T6CA 3NFAA 3P83D 3BY5A 3HOSA 4I6MB 3NAEA 4MO5A 4BC4A 3THYB 2VWJA 2V7YA 1VQ8N 4FPAA 3UKUB 2P9LB 3VQ7A 3ID6A 4BG8A 4B9UA 1RT4A 1VQ9N 5AQJA 4NLBA 4DCHA 4MO4A 2IAJA 2GX9A 3LWLA 2DFEA 4FWPA 5FPEA 1JKHA 3SZ2A 1VQKN 3CJAA 1XMOK 3LM9A 4O0IA 2VWBA 1Q8IA 3MCPA 4CHZA 3VQ9A 3CFOA 4FVUA 4KI4A 1Z6RA 4DSFA 4AHRA 1ESVA 2YI1A 4X65K 3T69A 4CBXA 3NGZA 3WXJA 5HRRA 3GE1A 1KVAA 1LWCA 2O8BB 5CE3A 3M5RA 5AFUA 2YHAA 4E1JA 3ZT0A 3U6FA 3VQ4A 1T05A 2OA8A 4DMNA 4OPHA 2DTUA 3U3YA 3U3GA 2QWLA 2YKMA 4LF4K 1LW2A 2HHUA 1ASUA 4WCEL 2OPRA 3AVNA 4IG3A 1SKSA 4DV5K 4CZMA 1RTDA 3WEEB 2Q2RA 1YT3A 3BUZB 4ELTA 3E1YA 3CPWM 2NRZA 1EKEA 3BF3A 2O8CB 1QS4A 2QWQA 5JICA 5AQPA 3CFRA 1K8AO 4JKAA 3DXMB 2HOEA 2ZJQL 3K59A 3AY9A 2KLAA 3K58A 2AA4A 3ZETA 2VQEK 1JCEA 5BR8K 3CC4N 2ATQA 3O3GA 4R79A 3PY8A 3NVKA 3MECA 3ISNC 3I8BA 1WSEA 3OJSA 5HP1A 1S9EA 5FPMA 1C6VA 1S1WA 4CE9A 1C0UA 3NDKA 4DV0K 3AO2A 4JKHA 2WFBA 1IBLK 1KVBA 3AVJA 5AQZA 4JYAK 1CZ9A 4I7FA 3QDKA 5AZIB 1VAZA 1YVNA 2Q0RA 3OYLA 4F9OA 4AQYK 5EVZA 1X9SA 1U49A 2JWKA 3AAQA 4M41A 3MEEA 2JLEA 2NRVA 4C8NA 4JK7A 1RTIA 3RMBA 4IJAA 4F4KA 4ILJA 2HMIA 1N8RO 5FRMA 3CF5L 3AA5X 2P9SB 3CM6A 3G4SN 4H0OA 2ETJA 4CEZA 5BN9A 4X62K 3O3FA 5DM6L 4WQ4C 4GMJB 3ZEUA 4B3OA 2IVPA 4CERA 3SUPA 1UWBA 4DR2K 5C2DA 2QKKA 1O1WA 1KLMA 3WEEA 5BRHA 1MA9B 3AO5A 2KZZA 1OVQA 1TKTA 1ZBIA 2IVOA 4B9TA 3V9WA 4AHCA 1T6DA 1WBBA 4H5VA 1YHQN 3MX2A 3A8YA 1NGCA 3VEXA 2F4VK 1NMNA 4KHYA 4CJQA 5JENA 1LAVA 4JK9A 4FJJA 2BUPA 2VGMA 3MK6A 4FJLA 3ID8A 3HJFA 4YOTA 3O4NA 2ASOA 2O8FB 1NJIO 3PSIA 4LSNA 4CZHA 1NBWA 1ZXOA 4HUFA 3L4IA 2P9LA 2E2QA 4DV3K 2JGUA 3T19A 1Y64A 5M1KA 2W6KA 4MQ3A 3VTHA 3D2EB 3TAMA 1JLAA 1HPMA 3TSPA 1N34K 3ULEA 1NJYA 4IOCL 4DF4A 1D5AA 3KLIA 1V4TA 3NH0A 1DTTA 1RT3A 2YNHA 4K42A 1X3MA 1YAGA 4CW7B 4HCCA 2X78A 1XC3A 2HHVA 4RW6A 2OZSA 3T7ZA 5E84A 5AFUH 3R3LA 5TKYA 5JLHA 1SKWA 3AVAA 3TPQA 4BROA 2E8AA 2I5JA 2O8BA 4DSEA 3VF6A 3C6AA 4JI8K 1BG3A 4MFBA 3D45A 3V1OA 4CJVA 2A42A 2QKBA 3DI6A 5J2MA 1BHLA 4CEOA 4BRHA 4IDHA 3C95A 4JI6K 3AV9A 3T1AA 1QQOA 3QINA 2Z1JA 4C8OA 1X1PA 3RRGA 4E0DA 5KQDA 3EKSA 3VQBA 5DM7L 4CGFA 2WOMA 3CJBA 5J1EA 4PKGA 3SJHA 4N47A 3NE6A 1K73O 3H1QA 4JNEA 3ZSWA 5C2FA 4CF2A 3CFPA 4AHSA 4GV3A 4BR0A 4DTXA 1RT5A 4CJTA 4M42A 3UIQA 4BREA 1SAZA 4AHVA 3VN5A 5I42A 1L3SA 4RW4A 2HBJA 4M3UA 3CCSN 3ZX2A 3I56N 2UXBK 4CZIA 1QHAA 4B9LA 3VTIA 3ZSXA 2B5JA 1IBKK 5BR9A 3RMCA 1GLBG 2O8DA 4LF8K 1S6QA 3M1FA 1ZBHA 3VGLA 4DV7K 2C1GA 4YOYA 2P9IA 3OYJA 5SWMA 4Z4IA 3CCLN 2EX3A 4HHTA 3V9SA 1GLCG 3AGKA 3GL1A 3J8AA 3MXMA 3KLEA 3SAHA 3E01A 1T3VA 3AVIA 4DV1K 3V81A 4Z0UA 1ZYQA 1JLEA 4C8KA 4H5WA 3U4LA 1I94K 1YTAA 1NK5A 1OVYA 1DKGD 3LDLA 2QWMA 3VF2A 1VHXA 3KK7A 4K43A 3TI0A 1KAYA 2F9TA 1HMVA 3I55N 4BRQA 2D0OA 3AA2A 4X64K 4OGCA 1L5UA 3A5LC 4IO8A 3M8PA 4EP5A 4O8KA 3AVLA 3DAWA 1QQNA 4FJ7A 4LH5A 4BDYA 2HHSA 2IS3A 3AARA 1VSLA 1RT6A 3SMSA 1XQSC 2RKIA 4JI1K 1BA1A 3S3OA 1QVGM 1NKCA 4KFBA 5HL7L 4KHQA 4A59A 4QS7A 2YHBA 1J54A 3ALYA 4N5SA 3R6MA 3F5TA 4BWJA 1LWEA 3MXIA 4I9QA 4FJKA 1GLFO 2QI2A 3QEXA 1C0MA 2CGKA 4UY8O 3QFPA 1VRUA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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