1MA9B

Crystal structure of the complex of human vitamin d binding protein and rabbit muscle actin
Total Genus 114
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
114
sequence length
367
structure length
356
Chain Sequence
TTALVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPRHDSYVGDEAQSKRGILTLKYPIEGIITNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPTLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNVPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVLDSGDGVTHNVPIYEGYALPHAIMRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFVTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFENEMATAASSSSLEKSYELPDGQVITIGNERFRCPETLFQPSFIGMESAGIHETTYNSIMKCDIDIRKDLYANNVMSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWITKQEYDEAGPSIVH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule keywords Vitamin D-binding protein
publication title Actin-DBP: the perfect structural fit?
pubmed doi rcsb
molecule tags Transport protein/contractile protein
total genus 114
structure length 356
sequence length 367
ec nomenclature
pdb deposition date 2002-08-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.30.36.70 Mainly Beta Roll Actin; Chain A, domain 2 Actin; Chain A, domain 2 1ma9B02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1ma9B01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1ma9B03
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 1ma9B04
1BDGA 4BREA 1NGDA 5AQFA 3UKRB 3O80A 4RWTA 1BA0A 2DPNA 2CGLA 3CERA 3VENA 3KZBA 4JAXA 3GDQA 1K8KB 3VEOA 1WOQA 1TYQB 4CZJA 5BPMA 4BRLA 1Z6RA 1QQOA 1ZBSA 3VESA 1X3NA 1E4FT 5AZJA 2QXLA 4PKHA 4BG8A 1XC3A 3MK6A 5LY3A 3CJAA 2P9LB 3WEEA 1X3MA 2ASMA 2E88A 4NO7A 3EKSA 2ZGZA 4DCHA 5F1XA 3EZWA 2J4RA 3MN7A 1LCUA 5F0XA 4H5RA 2Q97A 5BRHA 1NWKA 2FLOA 2CH5A 4BC3A 1NGEA 4J8FA 3VETA 3F9MA 2NRHA 3C7NB 4LC9B 4YDUA 5AQNA 1CZAN 3WXIA 2UYTA 2GWJA 3I33A 3QFUA 3D2FB 3H46O 3H3NO 1HJOA 2YJEA 2E2OA 3DAWA 3O5BA 2FSJA 4RCHA 3QICA 5E84A 2GUPA 2PAVA 4ISGA 3SK3A 4BRNA 2NLXA 4CBWA 4M7XA 4CD1A 3QBXA 5BN9A 2ITMA 1X9JA 1RDWX 1DEJA 2E8AA 2E2PA 2W41A 3VEVA 1QQMA 5AQPA 3OHRA 4NB4A 4BRHA 4BGBA 4BRGA 5JLHA 3LDNA 4FL9A 1GLJO 1BUPA 3AARA 3C0BA 1MA9B 3ZETB 1JCGA 3D2EA 4GY2B 4CZIA 5AQWA 4CZGA 3VEXA 4H5VA 1C0GA 3ZEUB 3DXMB 2FXUA 5AZIA 4AM7A 3CJBA 1GLDG 3VF4A 4BROA 3FZMA 3D7EO 4IJAA 3WEEB 1S3XA 1YXQA 4O8KA 1QQNA 4BR9A 3GG4A 3WXLA 1KAXA 4H5WA 4F9OA 4YDUC 3J8AA 2P9SA 3BF1A 1YVNA 2P9IA 2E1ZA 1KAZA 3QFPA 3MN6A 4Y0WA 5BPLA 2VYPA 4BRAA 4HWIA 3A5LC 4WQ4C 5EXWA 3SMSA 5KPTA 5KPZA 1Z05A 2QM1A 5FPEA 1IJJA 1ATSA 1BO5O 1NGCA 5E26A 4CZFA 3GE1A 3IDHA 4FPAA 1T44A 1NM1A 3B8AX 4B1UB 3VEYA 3A8YA 2A40A 1RGIA 1DGKN 3GBTA 1NGGA 3L0QA 4BRQA 3WQTA 5BRFA 4A61A 4EHTA 4K43A 4PL7A 4FSVA 4I6MA 3BUZB 3CJ1A 3QBWA 2AP1A 2GEMA 3R9PA 1U6ZA 3O8MA 2HOEA 2P9KB 1T6DA 3WT0A 5AQQA 5KQ8A 4B1XB 5EVZA 3ULEA 4EAHD 1GLAG 3ENHA 4BQZA 4JN4A 3D2EB 2QWOA 1NGIA 3CI5A 2W40A 4WQ5A 1ESVA 2E2QA 3U9ZA 1IG8A 4JHDA 3VF6A 2FF3B 2V51B 2P9PB 3VGLA 4IJNA 1J6ZA 4EFHA 3HZ6A 4DQ8A 4IXCA 4FWOA 2YI1A 1LOTB 4FWMA 1HPMA 1P8ZA 4A62A 2BTFA 2I7NA 1U2VA 3EN9A 3IUCA 1NLVA 5KPRA 2Q2RA 5AQUA 1H1VA 1WUAA 1BOTO 2HMPA 4ISFA 3FR0A 4BR2A 1HKBA 4L3QA 3O08A 3UKUA 4FPBA 4CZKA 4H0XB 4AM6A 5AQYA 4B9QA 4XH1A 3GOIA 4A2BA 2IIRA 2EWSA 3UE5A 3GL1A 4FOIA 4QS9A 3FLCO 4WQ4A 2F9TA 3KHYA 5ADXH 2I7PA 2QWMA 4BC5A 1ATNA 4I6MB 4CBUA 5FPDA 4FWKA 3AAPA 1NGHA 3CQYA 5EX5A 3A5NC 4CZLA 3VPZA 2QWRA 3M6GA 4FWLA 4FOEA 2HF3A 4WQ5C 3BF3A 4Z94A 4K42A 2ZF5O 1QZ5A 3WUHA 1SQKA 4FO0A 1QHAA 5EY4A 5LJVA 2IVOA 3VEWA 2A41A 4B1WB 1T6CA 3SJHA 1TUYA 4QS7A 1NMDA 4BRPA 5KQDA 2CH6A 2F9WA 5AZJB 5F2RA 5AQLA 1C0FA 2D0OA 5AQRA 2QWLA 4FWSA 5TKYA 3DXKA 1GLBG 3MCPA 3O6WA 4FWNA 4MO4A 2P9NA 3ATVA 4BRKA 2VWBA 2ASPA 4H5TA 1NGAA 3VF2A 1Y64A 3MMVA 3EKUA 2AA4A 3ZX3A 3WXKA 5BRDA 2Q1NA 3WXJA 2A3ZA 2Q0RA 3WQUA 2CGJA 3QB0A 1K8KA 4BRIA 4BRFA 3EO3A 3LL3A 4EHUA 5AQOA 1TYQA 3LM9A 4RTFD 4JD2A 3H45C 1Q18A 4B1YB 2FSNA 4BRCA 3S41A 1NBWA 3TPQA 3VGKA 5AFUH 2P9LA 4BG9A 1OKJA 1KAYA 3ZX2A 1HLUA 3FZFA 5JMVA 3CHWA 3IMXA 4XH5A 3AY9A 4H0YB 1BG3A 1R59O 3W0LA 2PBDA 4BRDA 1GLFO 3SMPA 2KHOA 3CQXA 3SLCA 3VERA 4PKGA 1XUPO 2QWNA 3CJ9A 2GTDA 3A5OC 3D2FA 3H6EA 3A0IX 1BA1A 2YHYA 3VOVA 4CI6A 3LM2A 4CZMA 1QZ6A 1GLCG 3KVGA 1S22A 5AZIB 3U8XA 3W3DA 4FWRA 4H5NA 3DXKB 4MLEA 3QDKA 2P9NB 2Q31A 3L4IA 2A5XA 3FZHA 2P9SB 1ATRA 5JICA 3A5MC 2P9IB 1SAZA 4E1JA 4H0OA 1BU6O 4BRMA 3HSCA 1E4GT 2E20A 4PL8A 2YHWA 4B1VA 4IO8A 3ZETA 4XH4A 1TUUA 3FFKB 2H3GX 3O1WA 4JD2B 4GNIA 3RSEA 5EOYA 1V4TA 4KBOA 5AQJA 2NZTA 3R6MA 3ZEUA 3ZX0A 3DXMA 5AQMA 4IWVA 4DB3A 3U9DA 4BC2A 1MDUB 4BGAA 1D4XA 5AQKA 2FSKA 2V7ZA 1NGFA 3FE1A 1GLEG 2V7YA 3MDQA 3TU5A 5AQXA 4H0TB 4BC4A 4ISEA 1NGJA 1YAGA 3UB5A 4JNEA 4CJ7A 4A2AA 5AFUA 1YUWA 2Q0UA 1V4SA 4MO5A 5AQGA 5BN8A 5CE3A 2D1KA 2GWKA 3FZKA 3I8BA 5LJWA 2HF4A 3JXUA 4QS8A 3ULEB 1ZXOA 4M63C 5FPNA 2QW9A 5AR0A 3LDOA 1HUXA 3LDLA 5AQHA 2FF6A 3LDPA 2P9UA 1HX1A 3U4LA 2BUPA 2WUSA 3L6QA 4CD3A 2QWQA 2D4WA 4BQLA 1DKGD 4JHDB 4C23A 5JLFA 5B8HA 3P4IA 2VCPA 4CZEA 2OANA 3QMLA 4K25A 3MN5A 3HI0A 2YCHA 4H0PA 3HM8A 2A42A 3ATUA 4FWQA 2P9KA 4CBXA 1GLLO 2IVPA 2IVNA 1U2VB 3UKRA 3BEXA 2ZGYA 3M1FA 5AQIA 3JS6A 3O4WA 2E2NA 3ID8A 3O1BA 5AQZA 3RSEB 3UKUB 3CIPA 1RFQA 4BR7A 3M3ZA 3FZLA 4FWPA 1SZ2A 4MLHA 1EQYA 4K41A 5AQTA 4BR5A 3H1VX 3BP8A 1MWMA 2P9PA 1ZC6A 4BVPA 3ENOA 2ZWHA 2GELA 4O5FA 4PKIA 3HBTA 1BWFO 3VGMA 4B1ZA 4WYBA 2QWPA 1JCFA 4H03B 5AQSA 5BPNA 4EIAA 3CJCA 1XQSC 2YHXA 3G25A 3CJ7A 3HTVA 1HKGA 1G99A 3DJCA 5ADXA 4BR0A 5BR9A 4M7YA 2A6AA 3C7NA 3LDQA 2YJFA 3R8EA 3IFRA 3MN9A 4XEIA 3CETA 5I9EB 3VEZA 4HTLA 2P9UB 4BVOA 2Q36A 3AAQA 4H0VB 4CZHA 3EL2A 3H3OB 2ASOA 3DWLA 2D0PA 1KXPA 4BR4A 2CGKA 1MWKA 2E1YA 1HKCA 3H1QA 1NGBA 5FPMA 3FGUA 2V52B 1JCEA 5BREA 4IZ9A 4DHYA 5ELZA 5AQVA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4CIEA 1NGDA 5AQFA 4JKDA 4ILJA 4I2QA 2FC0A 1NK9A 5HROA 4CEBA 1BA0A 4CHQA 4OKKA 3CQ8A 3KZBA 4JAXA 1EWRA 3VEOA 2KFZA 1VRTA 1NOZA 1RDCA 3CC4N 3ZYYX 1E4FT 2HNYA 4FLWA 4HUGA 1OH6A 1XC3A 3CJAA 2P9LB 2ASMA 2D0BA 5C2FA 4W5OA 4JKAA 3DOLA 3OYFA 3PO5A 4DCHA 3QETA 2G8IA 2X6NA 3MN7A 5F0XA 2W6KA 4H5RA 2FBTA 1JLBA 1YI2N 3BY5A 3QESA 1NWKA 4OKEA 1A5XA 1FKPA 4HTUA 3F9MA 3C7NB 4AQYK 4BWMA 1HJOA 1O13A 2O4IA 3PSIA 1U47A 4ILHA 4YFUA 4X64K 1QS4A 3T1YK 4ISGA 2O4GA 3SK3A 3TWHA 4DV5K 4M7XA 3DYAA 3PX4A 1LV5A 4K8ZA 3TTCA 3QBXA 3AA5X 2G8VA 3ZSVA 1QE1A 3EY1A 3S3NA 2E8AA 3VEVA 3JAMO 4NB4A 3J7ZO 5JLHA 3LDNA 1BHLA 1GLJO 1VQMN 3HM9A 1WN7A 3ZETB 4K8XA 1VSMA 4GY2B 3DLEA 4E7IA 2HHTA 4CZIA 4E19A 2YKMA 3AVCA 4B3OA 3DXMB 4QAGA 5T7BA 2O8EB 2ATQA 3VF4A 4BROA 2A1RA 4M3YA 4E7HA 4IJAA 3WNGA 4F2RA 4H5WA 4YDUC 3EE8A 3SPZA 1X9WA 1YVNA 4DV4K 1FKOA 3MN6A 4Y0WA 2GX9A 4DFPA 2RPIA 2VYPA 4FJGA 4WQ4C 5KPZA 3HP6A 4DV3K 2VG6A 3OYNA 1ATSA 3K9KA 4C1NI 1D9FA 1VQNN 2B4JA 5E26A 1TK8A 4RW6A 1ASVA 4KO0A 4OKJA 2G8UA 2YHBA 3L0QA 1YTAA 4C1NK 2P5OA 4O0JA 4PL7A 1LWCA 2AP1A 2GEMA 1LW2A 3R9PA 1U6ZA 3S9HA 3P83D 3DLLL 2ZJRL 3O8MA 4ID1A 4E89A 1NK0A 5EVZA 4Z4CA 1W97L 1HPZA 5CY4A 2KQ2A 3V1OA 1NK7A 3KD1E 3LZIA 3D2EB 3VQ8A 1TKTA 4C8OA 2XY7A 5CZ2A 1ESVA 4FZZA 4LD0A 3VF6A 2OPRA 4DTPA 4BDYA 2V51B 2P9PB 3I56N 3MX5A 1ZBHA 1J6ZA 2NRRA 3C95A 4EFHA 3KTQA 4FJ5A 4Y1DA 1OH8A 4IXCA 2NRXA 1P8ZA 3AA3A 4LF4K 1GOCA 1K6YA 4NXNK 1NLVA 1BOTO 4EZ9A 4ISFA 3DLHA 4ZTFA 4L3QA 2WONA 3O08A 5C24A 3UKUA 4CZKA 1K8AO 3B6OA 1KQSM 2UXCK 5AQYA 3ZSRA 2IIRA 3VQ5A 4NLBA 4NYFA 4HVJA 2VG5A 1UA1A 3QEXA 2I7PA 1RT1A 4ID5A 3VQQA 1EXQA 2QWMA 3C6HA 3AVLA 5FPDA 4FWKA 2HMIA 3S5TA 4CHOA 4C8LA 3THYA 2B6AA 4JRQA 2QWRA 3M6GA 3J7YP 4WQ5C 3DLGA 3G6EN 3CCSN 4FM1A 2ZF5O 1DT9A 3KD5E 4DSEA 5GAGP 4CF8A 5CR4A 3CCLN 2A41A 2R7YA 4JI4K 4IFEA 3SJHA 4GVEA 1EETA 1KC8O 3S3OA 1XMOK 2F9WA 3VQ6A 3T69A 3MXMA 1Y97A 4IOXA 5AQLA 3Q7CA 1C0FA 3L2RA 4CF0A 3NBPA 5TKYA 3LALA 4AHUA 4CVNE 3CFRA 3O6WA 4CJLA 2ASPA 2F4VK 3MMVA 3EKUA 2AA4A 4RG8A 4IBNA 4DUYK 4JK9A 3D45A 4EHUA 5AQOA 4JD2A 4CJUA 1S72N 1NBWA 2YKNA 5DMRA 5AFUH 5SZTA 4BEBA 2P9LA 3DRPA 4BG9A 2F8SA 2E6MA 3F2KA 1LAVA 2RKIA 3V9ZA 4JS5A 4FJMA 2PBDA 2DTUA 1L5UA 1CXUA 4KTWA 3CYMA 4N76A 3NF7A 3SLCA 1X9SA 3VERA 3SPYA 1XUPO 2QWNA 1XNRK 4E0DA 1B92A 2GTDA 3H6EA 1GOAA 3Q7BA 1BA1A 2YHYA 4LF7K 1C1BA 4CGIA 4M3WA 4OGCA 4DR7K 3VA0A 1YJWN 1J53A 1BISA 4DR4K 4MLEA 1EO1A 2P9NB 2BANA 4F4KA 2A5XA 3FZHA 2P9SB 5JICA 3L4QA 3V1QA 1VSLA 3SJJA 4IKFA 4BRMA 3HSCA 1E4GT 4JKFA 3PUFA 3E66A 1RTDA 2RF2A 4B1VA 4FVUA 4M41A 3TI0A 3ZETA 4XH4A 1TUUA 4JI3K 1Q8IA 3NCIA 4DSJA 4GNIA 1TKZA 3KK2A 3ZX0A 4DKWA 3DXMA 5AQMA 3VQCA 4E1NA 4FLTA 2O8EA 1MDUB 3VQEA 3RTVA 4IOAL 4WCEL 2DFHA 2V7ZA 3AVMA 1NGFA 1LWFA 2W42A 3S3MA 3TU5A 1U49A 1BCMA 2XY8A 1YAGA 5GADP 2Q0UA 5BN8A 2D1KA 3FZKA 5FROA 5J2PA 2HF4A 4JV5K 2W00A 4ILGB 1S1UA 3CF5L 4Q5VA 2Z1GA 3E9PA 3LDLA 3MXIA 1HX1A 1JKHA 2BUPA 4EP5A 4FVMA 2D4WA 3CCEN 4JK8A 2G8FA 2WBNA 3LP0A 5JLFA 4JI0K 2YV0X 3QMLA 3ID6A 3HI0A 4I2PA 2A42A 2NUBA 4FWQA 4CBXA 2IVPA 1U2VB 3UKRA 3DI6A 2ZGYA 3M1FA 3JS6A 2VQFK 5JS2A 3U3YA 1IKVA 3UIQA 5IWAK 3ID8A 1VAZA 2WOMA 4Z4GA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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