1MA9B

Crystal structure of the complex of human vitamin d binding protein and rabbit muscle actin
Total Genus 114
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
114
sequence length
367
structure length
356
Chain Sequence
TTALVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPRHDSYVGDEAQSKRGILTLKYPIEGIITNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPTLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNVPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVLDSGDGVTHNVPIYEGYALPHAIMRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFVTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFENEMATAASSSSLEKSYELPDGQVITIGNERFRCPETLFQPSFIGMESAGIHETTYNSIMKCDIDIRKDLYANNVMSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWITKQEYDEAGPSIVH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Actin-DBP: the perfect structural fit?
pubmed doi rcsb
molecule tags Transport protein/contractile protein
molecule keywords Vitamin D-binding protein
total genus 114
structure length 356
sequence length 367
ec nomenclature
pdb deposition date 2002-08-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.30.36.70 Mainly Beta Roll Actin; Chain A, domain 2 Actin; Chain A, domain 2 1ma9B02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1ma9B01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1ma9B03
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 1ma9B04
5BPLA 2NZTA 3DXMA 4IO8A 2QM1A 4DCHA 4AM7A 1Q18A 3FLCO 3A5MC 1NGJA 2QWRA 5E26A 4KBOA 4CJ7A 3M6GA 1DEJA 3O6WA 3KHYA 4WYBA 5F2RA 1XQSC 3VEVA 3FFKB 2P9NB 4BR5A 2V7YA 2FSNA 2ZGZA 2E2PA 2ZF5O 3VF4A 3H45C 3MMVA 2CGLA 2V51B 2P9LB 4NO7A 4WQ4C 1X3MA 4JAXA 3O4WA 1QQOA 4FPBA 3U9DA 4BC4A 5KPZA 1CZAN 4H0OA 3SMPA 1WUAA 3OHRA 5BRHA 4XH5A 5E84A 2NRHA 4K42A 2FF6A 2IIRA 3J8AA 1E4GT 3CJAA 3C7NA 1NGCA 3KVGA 4JD2A 4WQ4A 3CERA 4GY2B 2E1ZA 3EL2A 4BGBA 2H3GX 3D2EB 3WT0A 5AZJA 4H5RA 3A5NC 5LY3A 2EWSA 3L0QA 2KHOA 1BOTO 3VPZA 5LJWA 1NGAA 2E20A 4IJNA 2Q97A 3GDQA 4FWQA 3ZETA 3QFPA 2CH6A 2IVNA 5AQHA 1QZ5A 1NBWA 3L6QA 3TU5A 1ATSA 2GELA 2UYTA 4MLEA 2Q31A 2PBDA 1NGGA 3MN9A 3A5LC 4FWSA 2P9KA 3IFRA 5FPDA 3CETA 3WEEA 1TYQB 2BUPA 5AQZA 4H0PA 2F9TA 3VOVA 2CGJA 3UKRB 3A8YA 3VEWA 5BRDA 3HZ6A 1ATRA 5AZIB 2AA4A 4EHUA 4IZ9A 3QDKA 4EAHD 4BRFA 4H5NA 2YJFA 2QWLA 1DKGD 5JMVA 4CZFA 2QWQA 4MO5A 4FWOA 3IUCA 4IXCA 4H5VA 2E1YA 4H0VB 3ZEUB 2F9WA 2FLOA 4CZKA 4FWRA 3GE1A 4FPAA 1K8KA 2FSJA 1SQKA 3QMLA 5AQPA 2E8AA 2A3ZA 3CQYA 3CJBA 4H0YB 5ELZA 3FR0A 3CJ7A 3GBTA 5AQTA 1GLAG 1NGDA 1YAGA 3FZFA 1X3NA 1DGKN 4FWNA 4LC9B 1IG8A 4DB3A 1TUYA 2P9SB 3RSEA 2A41A 1QQNA 2YCHA 5AQGA 3ULEA 4FO0A 5AQKA 4EIAA 3FZHA 3GG4A 4H0TB 3VEOA 4CBXA 4O5FA 4CZEA 3LDQA 3CJCA 4CZIA 2P9IA 3MN6A 2P9PB 4XH1A 5AQWA 2VWBA 2YHYA 2V7ZA 1E4FT 4CD1A 2CGKA 1S3XA 3WXLA 3IMXA 3BP8A 3UKUB 2Q0UA 4PKIA 4YDUC 1X9JA 1KXPA 1HKCA 1NLVA 2FF3B 1JCEA 3VGMA 4PKGA 3LM2A 3HSCA 5BPMA 1NWKA 3QBXA 4I6MA 1S22A 3DXMB 4CZLA 2A42A 3AAPA 4BRCA 4CZMA 4YDUA 3QICA 4JNEA 4O8KA 5F0XA 2QW9A 2IVPA 4K25A 3CJ1A 5LJVA 1U2VA 1MA9B 1TUUA 4CZHA 5BPNA 1LCUA 3SJHA 1V4TA 4BGAA 4PKHA 3I33A 2VCPA 2YJEA 3R8EA 3SLCA 4B1XB 4BR2A 4HWIA 3U4LA 1RFQA 4CI6A 4BRQA 5I9EB 5AQMA 2GTDA 1HKGA 5BRFA 5AQFA 4FWPA 2AP1A 3ZX3A 2GWKA 5TKYA 4FWKA 4CD3A 3JS6A 1T44A 1GLCG 1V4SA 3VESA 5B8HA 4A62A 3M1FA 2HMPA 3C0BA 4A2AA 1BG3A 3CIPA 2IVOA 3CJ9A 4NB4A 1HJOA 4ISEA 2YHWA 5AQLA 1C0FA 2P9UA 3MN5A 5EXWA 3FZKA 1NGIA 1ATNA 2OANA 2FXUA 3QFUA 3C7NB 1BA1A 4JD2B 4M7XA 4FWLA 2QXLA 5AZJB 4BVPA 3CI5A 3B8AX 2FSKA 4A61A 3EKSA 2E2NA 3JXUA 1H1VA 5ADXH 3FE1A 1EQYA 5JICA 3D2FA 4FWMA 1BU6O 2CH5A 3P4IA 3LDOA 3ZETB 2QWNA 1NM1A 3DJCA 3DXKA 3IDHA 3R6MA 4B1WB 3VETA 2Q2RA 3R9PA 3QB0A 3U8XA 2ASPA 1LOTB 3U9ZA 4A2BA 3WXJA 3O80A 3MK6A 4BROA 4FSVA 4BRKA 1MDUB 1Z6RA 2P9KB 4JN4A 4BQLA 3WEEB 1RGIA 3O5BA 1ZXOA 1GLLO 5AQQA 3AAQA 5ADXA 4B1ZA 1U6ZA 4MLHA 1WOQA 5EOYA 4WQ5C 3VF2A 2ZGYA 5BR9A 3DAWA 4QS7A 2ASMA 4K41A 1T6CA 5AQXA 2V52B 5AQRA 1P8ZA 2PAVA 4GNIA 4DHYA 1ZC6A 3LL3A 3HBTA 5KQ8A 4Z94A 4WQ5A 5AQYA 5AQVA 1Y64A 1BO5O 3VENA 4BG8A 1K8KB 2I7PA 3BEXA 3KZBA 3LDPA 3AY9A 4QS8A 2W41A 4EHTA 2QWMA 5JLFA 4BRMA 5FPEA 3ZX2A 1MWMA 1ZBSA 3W3DA 3I8BA 2VYPA 3RSEB 3ZX0A 4CBWA 3ULEB 1R59O 4L3QA 1YUWA 1KAYA 4JHDA 3VEZA 5BN8A 4DQ8A 1JCGA 2E88A 4BC2A 2P9IB 3CQXA 1BA0A 3HTVA 2Q1NA 3VEXA 3CHWA 3WXIA 3L4IA 4CBUA 3A5OC 3WUHA 3WXKA 3LDLA 4PL8A 1QHAA 5FPNA 2HOEA 3A0IX 4BRDA 4H03B 4J8FA 4BREA 2DPNA 3H6EA 5BREA 5AQSA 4ISFA 3EO3A 4AM6A 2P9NA 1SAZA 4BC3A 1BWFO 4I6MB 4BRIA 3H1VX 4CZGA 2I7NA 3DWLA 1D4XA 2Q0RA 4PL7A 2Q36A 3ATVA 2E2QA 5AQUA 4FOIA 5JLHA 1GLJO 4XEIA 2P9LA 5AQOA 4F9OA 1KAZA 4BR7A 3O1BA 1QZ6A 1U2VB 4H0XB 2BTFA 1GLBG 2QWOA 5F1XA 3W0LA 2W40A 1C0GA 3O1WA 4BRHA 5AR0A 1HUXA 5EX5A 3H3NO 1IJJA 2QWPA 1HKBA 2ITMA 3D2EA 4Y0WA 3VEYA 2A6AA 3VERA 3UE5A 1QQMA 2A40A 3F9MA 1NGHA 4IWVA 2D0PA 4B1VA 4BRPA 1KAXA 1OKJA 2P9UB 3SK3A 4FL9A 3FZLA 4BRGA 3SMSA 4M7YA 3G25A 5KPRA 1HLUA 2J4RA 4E1JA 2D1KA 2A5XA 3ENOA 4H5WA 3MN7A 2NLXA 2ZWHA 1JCFA 2WUSA 1SZ2A 4C23A 4IJAA 3FZMA 3QBWA 3M3ZA 4HTLA 4M63C 5EY4A 3S41A 3VF6A 1TYQA 3EKUA 1G99A 3VGKA 3ATUA 1XUPO 3LDNA 3TPQA 2HF3A 3D2FB 3UKRA 3MDQA 3O08A 3DXKB 5BN9A 1T6DA 1GLDG 4RCHA 3H46O 1GLFO 5AZIA 3FGUA 1HX1A 1BUPA 3ENHA 3D7EO 1XC3A 1MWKA 3ID8A 4ISGA 1NGEA 3BF3A 4FOEA 3ZEUA 4MO4A 3H1QA 3UB5A 2HF4A 2D4WA 5AQIA 1RDWX 1Z05A 4CZJA 2GWJA 3O8MA 4B1YB 3AARA 1BDGA 4RTFD 1YVNA 2D0OA 5AFUH 3WQUA 4BR4A 3BUZB 4BC5A 2E2OA 3VGLA 5CE3A 4BVOA 2P9SA 3EZWA 4RWTA 5AQNA 4B9QA 3MCPA 1J6ZA 1HPMA 2YHXA 1YXQA 3HI0A 1ESVA 4BRNA 4BQZA 1NMDA 1NGBA 4XH4A 4B1UB 2GUPA 2P9PA 4BR9A 4BR0A 3HM8A 5AFUA 4QS9A 5FPMA 4BRLA 3GOIA 3UKUA 1GLEG 3LM9A 3H3OB 3EN9A 4K43A 4JHDB 4H5TA 4BRAA 1NGFA 3BF1A 5EVZA 2GEMA 4EFHA 5KQDA 3GL1A 4BG9A 2ASOA 2YI1A 5AQJA 5KPTA 3WQTA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4LF4K 3OYLA 4DCHA 4AM7A 3CFOA 3H08A 3U3YA 1S6PA 2G8IA 3FLCO 1NGJA 2RKIA 2Z1IA 1S1WA 2QWRA 5E26A 4B9LA 2HHQA 1ITGA 4KBOA 3M6GA 1YJ9N 3OJUA 4JRQA 1XQSC 3VEVA 3VQQA 4E7JA 4R79A 4PWDA 4FJIA 3B6OA 2ZGZA 2V51B 4NO7A 1X3MA 4JI5K 5LL6Z 3KLHA 4YORA 4BC4A 4H0OA 3HP6A 2OPRA 4O0IA 4CE9A 1WUAA 4JS4A 3PY8A 1T03A 3NGIA 2GX9A 4B8CA 3C7NA 4BWJA 4H4MA 4IEIA 2RN2A 3D2EB 3WT0A 1Q81O 4H5RA 2EWSA 2HHUA 3P5JA 3MCAB 4JKAA 1BOTO 2IDOA 1OH5A 4GV6A 3NMUA 4CJSA 4FJKA 3AA4A 1VSLA 4IJNA 3S5TA 4QOZB 1R0AA 2NRVA 3QFPA 2CH6A 3HYFA 3L6QA 1NBWA 2GELA 3I0SA 3LZIA 1HNXK 2Q31A 2D0BA 3KIOA 4W5TA 4B3OA 3ITHA 4X65K 4CGDA 2OZMA 3CFRA 2Q3SA 3VOVA 2O8EB 2CGJA 1QTMA 3DRSA 3NFAA 2KZMA 2NRWA 3HZ6A 2AA4A 2HNZA 5JMVA 3AVLA 3V9SA 4MO5A 1N33K 3OYKA 4DTMA 4H5VA 4N5SA 3ZEUB 2F9WA 2FLOA 4TSXA 3Q7CA 2PYJA 3ZYYX 5TKWA 3GE1A 4FPAA 1K8KA 1WBBA 4FM0A 2E8AA 3DOLA 2A3ZA 4FJGA 3CQYA 3CJBA 3PX4A 1WSIA 4JI7K 3HVRA 4XJXA 3CJ7A 1C0MA 3VQ4A 3E9LA 5AQTA 3QO9A 2G8FA 3EZ5A 1YAGA 4YOXA 4FWNA 4LC9B 1RTIA 3RVCA 4JKFA 4C8MA 1IO2A 3LWLA 4KTQA 4PQUA 4JI1K 3NE6A 4EIAA 3C6TA 3RRGA 3AVMA 1JLEA 3GG4A 4H0TB 4CZEA 3O4NA 1S1UA 3OY9A 3SUPA 4ZTJA 3OYAA 4FJ5A 2YHYA 4CJ3A 3M8SA 1S3XA 5FRNA 3BP8A 3UKUB 2Q0UA 4YDUC 1LW2A 3EY1A 3VGMA 5JVHL 3WXMB 1VQ6N 1UA0A 3LM2A 3HSCA 3FFIA 1NMNA 1BIZA 4I6MA 1S22A 3DXMB 5GAGP 2A42A 5CHIA 2VGMA 4AHSA 4CJWA 4LF9K 3F2KA 4I7FA 3OTOK 2QW9A 4FJJA 3CJ1A 4FJ9A 3V6DA 3LALA 1TK0A 4CHYA 1ZBHA 3MX2A 4BGAA 1IKYA 2XRIA 3EE8A 4BRQA 1KCFA 2GTDA 5BRFA 5AQFA 4A59A 4DSIA 3QNNA 4CD3A 1GLCG 4A62A 4GKJK 4OJRA 4NB4A 2YHWA 4KHNA 1VQ9N 2P9UA 3MN5A 5EXWA 1CXQA 2C1IA 1NGIA 4M3WA 1ATNA 2OANA 4JD2B 3HSTB 4YFUA 2OTJN 2A1SA 3VA3A 1NOYA 1SL1A 3B8AX 4CEOA 3EKSA 2G8VA 3JXUA 1JJ2M 2EX3A 4I2QA 3S3NA 1EQYA 1VRUA 3MEEA 4DV5K 1J53A 4B1WB 3SUOA 4L8RB 2P5OA 3NDKA 4NYFA 2ASPA 1S9GA 4LF5K 3WXJA 3O80A 3P1GA 1J54A 4RG8A 1JL1A 5E41A 4U7BA 5M1OA 4W5NA 3LP2A 3WEEB 1U47A 2O8DB 3O5BA 3L8BA 1GLLO 4Z4FA 1C0TA 3ZSZA 3BDPA 2Z1GA 2VG6A 3VF2A 5BR9A 1HR0K 2ASMA 4K41A 4NXMK 4RW6A 3RMDA 4ILGB 2FBYA 4CW7B 1YF5L 3LWMA 2PAVA 4DHYA 4IDHA 3HBTA 1KC8O 1Y64A 3KKSA 4CK1A 2HBJA 3BEXA 3KZBA 2PY5A 4BWMA 1YI2N 3AVFA 4KHUA 2UUBK 3I56N 5HOOA 4BDPA 3V9WA 5FPEA 1EO1A 2E6MA 2G8HA 1MWMA 4Y1CA 2F7TA 3ZSXA 4DU1A 2VYPA 3ZX0A 4N47A 3C6UA 1KAYA 5KTQA 2C1GA 2ZJQL 4H8KA 3N4PA 4NCBA 4BC2A 1U4BA 3CHWA 5I42A 1BISA 4DTJA 2HBMA 2KFZA 4FYDA 4BRDA 4DFPA 4J8FA 1S5JA 1RTJA 1X1PA 3KLIA 2YNIA 1M1KO 4ISFA 4E7LA 4WF9L 4BRIA 3DMJA 2I7NA 4BE7B 4OO1J 3DWLA 3L2RA 4FM2A 2WTUA 3OYHA 2Q36A 5AQUA 4BACA 4JI4K 4FOIA 5JLHA 1RDCA 3THYB 4FLXA 2IS3A 3HPGA 3QNOA 1IBKK 4OKEA 1UWBA 3SPZA 1KAZA 4I2PA 1X9SA 1X9WA 1B92A 4CIFA 2UXBK 3C6AA 1O13A 4Y1DA 3SAFA 1IKWA 2W40A 1C0GA 3KLFA 3O3HA 3CCSN 5AR0A 3RR7A 3H3NO 2VWKA 1RCHA 1HKBA 3MEGA 1D9FA 3D2EA 4DLGA 5J2MA 2A6AA 1SKWA 3G6EN 4FZXC 1NKBA 4B1VA 1KAXA 1XHXA 4FM1A 4FJ7A 4F2RA 1F21A 2ZJPL 3E1YA 1NNEA 3SK3A 4KAZA 4OGCA 4DTXA 3SMSA 3VQ9A 5KPRA 4CIGA 2D1KA 3PIPL 2ZWHA 1C6VA 5FRMA 4C23A 3PX0A 1U49A 5GAEP 3HO1A 2WC9A 2X74A 5JS1A 3VF6A 4DSKA 1G99A 1C1CA 3VGKA 1XUPO 3TPQA 2HF3A 2O8EA 3LZJA 3QEXA 3MDQA 3DXKB 1EXQA 4FK2A 4RCHA 4JLHA 5C42A 4A5BA 4ID1A 3P38A 2RPIA 4YY3K 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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