1MA9B

Crystal structure of the complex of human vitamin d binding protein and rabbit muscle actin
Total Genus 114
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
114
sequence length
367
structure length
356
Chain Sequence
b'TTALVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPRHDSYVGDEAQSKRGILTLKYPIEGIITNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPTLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNVPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVLDSGDGVTHNVPIYEGYALPHAIMRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFVTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFENEMATAASSSSLEKSYELPDGQVITIGNERFRCPETLFQPSFIGMESAGIHETTYNSIMKCDIDIRKDLYANNVMSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWITKQEYDEAGPSIVH'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule keywords Vitamin D-binding protein
publication title Actin-DBP: the perfect structural fit?
pubmed doi rcsb
molecule tags Transport protein/contractile protein
total genus 114
structure length 356
sequence length 367
ec nomenclature
pdb deposition date 2002-08-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.30.36.70 Mainly Beta Roll Actin; Chain A, domain 2 Actin; Chain A, domain 2 1ma9B02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1ma9B01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1ma9B03
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 1ma9B04
3I33A 2QWRA 3H1VX 5AQTA 4M63C 1QQNA 2FLOA 1WUAA 4BRFA 1KXPA 4H0TB 3BEXA 1CZAN 3WT0A 3LM9A 3JXUA 4IO8A 4Y0WA 2HOEA 5FPMA 3ZETB 5BR9A 3P4IA 4B1YB 1HKBA 1OKJA 2CGJA 2OANA 4K43A 3VOVA 4BGAA 3GG4A 2CH5A 4H0PA 2CGLA 4A61A 3CJ1A 1Z05A 4B1ZA 2A41A 1NBWA 4CZGA 4JHDB 1BA1A 3IDHA 1X3MA 3H46O 1IG8A 2P9KB 4BVPA 2VYPA 3VENA 3UE5A 5AQHA 1NLVA 1GLAG 1E4GT 3MDQA 2P9LB 4K25A 4H5NA 4BC4A 1ESVA 3H3OB 3CQYA 3IUCA 2FF3B 3CIPA 3M6GA 5AQPA 4BR9A 3FZFA 5EY4A 4EHUA 1BUPA 3JS6A 3HTVA 3GE1A 3M1FA 1U2VB 3LL3A 4QS9A 4BRHA 2E20A 3WXKA 3AARA 4H0VB 2AA4A 4H5VA 1MWKA 1LOTB 2P9LA 2VCPA 3AAQA 2QW9A 3TPQA 4H03B 3GL1A 4RTFD 3SJHA 4RCHA 3SK3A 2QXLA 2F9WA 1X9JA 4DHYA 3GBTA 2P9PB 2H3GX 1DEJA 5FPEA 1YUWA 4H5RA 4RWTA 3CETA 1ZC6A 1TUUA 4DQ8A 4CZKA 5ADXA 1BA0A 1MDUB 3ZX3A 3ULEA 2GWJA 1QQOA 4FOEA 4PKHA 4CBWA 4BRQA 4E1JA 1ZXOA 3TU5A 1HJOA 4H0XB 1H1VA 4BR4A 3A5LC 1GLBG 3VETA 2P9IB 3ZEUA 2GEMA 2QM1A 3GOIA 2Q2RA 5AZIB 1NGBA 3KVGA 5AQMA 5LJVA 4FO0A 4BRGA 4BRPA 4LC9B 5CE3A 1MA9B 5AQQA 4I6MA 3ENOA 1HLUA 3FZMA 2E2QA 4BG9A 2A6AA 4H5WA 4ISGA 2GTDA 4AM6A 3CJ9A 2ZGZA 4FWQA 2QWQA 3VGMA 1ZBSA 3W3DA 2IIRA 3HBTA 3QB0A 5ADXH 5AZIA 3VEOA 3UKUA 5BREA 1NGEA 3LDQA 2DPNA 3C7NA 1SAZA 3C0BA 2GUPA 1KAZA 5E84A 1T6CA 1GLEG 3FZLA 4FWPA 1NGIA 2CH6A 4QS8A 3U8XA 1JCFA 2P9SB 3SMPA 2FSNA 4M7XA 4IXCA 3LDNA 1NMDA 2P9UB 3VEZA 4CJ7A 4XH1A 4PL8A 5AQRA 1NGHA 4FWOA 2P9NA 3FZKA 2GELA 4MO5A 3U9ZA 4MO4A 5BPLA 2HF4A 4B1UB 2E1YA 2I7PA 2P9SA 3H1QA 1K8KA 4A62A 3O1WA 2IVNA 2ASOA 5JICA 3ID8A 2VWBA 2HMPA 1ATSA 2Q36A 3LM2A 5F2RA 3QICA 3ZX0A 2FXUA 3A8YA 3VESA 3OHRA 4J8FA 2F9TA 2IVOA 2UYTA 2YCHA 3ZETA 3D2EB 1BWFO 4IJNA 3WQTA 1GLLO 1V4SA 3BP8A 1NM1A 3L4IA 5I9EB 4JHDA 1XQSC 3MCPA 3MN5A 5AQZA 3VF4A 3MK6A 3M3ZA 5AQVA 4BG8A 4BR5A 5FPNA 2P9KA 1NGAA 3MN9A 2NZTA 1RDWX 3FR0A 3VGLA 3CJAA 3RSEB 2FF6A 4FOIA 2GWKA 4CD1A 3U9DA 3WEEB 3H45C 3QFUA 4H0YB 5JMVA 5AQSA 3B8AX 4B1WB 5FPDA 2PBDA 5BN9A 3LDOA 1YVNA 3DAWA 1U2VA 4JD2B 1R59O 4GNIA 5BRDA 2V52B 1S22A 1J6ZA 3HM8A 1C0GA 3R9PA 1QZ6A 2E2PA 4L3QA 2A5XA 1BO5O 2Q31A 3CJ7A 2YHWA 3LDPA 3RSEA 3DXKB 2E2OA 1Q18A 4ISFA 4DCHA 3D7EO 2NRHA 1SQKA 1NWKA 4IZ9A 1NGJA 3G25A 3EZWA 3O80A 2P9PA 3WQUA 4FWSA 5EOYA 3L6QA 4PKIA 3HSCA 4CZFA 4M7YA 1MWMA 5AQWA 5AQKA 5EVZA 1D4XA 2V51B 3CJCA 1E4FT 1ATNA 3ATUA 4PL7A 4WQ4A 2YHYA 3ZX2A 3BF1A 4IWVA 1KAYA 4BQLA 5BRHA 2D4WA 3BF3A 4BREA 5BRFA 2W41A 5JLFA 3FFKB 3MMVA 2FSJA 4CZJA 4CI6A 4YDUA 1GLJO 4FL9A 4BRIA 2J4RA 2WUSA 4HWIA 3UKRB 2W40A 1HKGA 3EKUA 4FWNA 2P9IA 4BRMA 1T6DA 3EKSA 4B9QA 4JN4A 5AQFA 4CZIA 1HX1A 3CJBA 3AAPA 3O6WA 3HZ6A 2D1KA 1S3XA 3QBXA 3SLCA 3W0LA 1QZ5A 4FSVA 4FPAA 2ITMA 3DXMB 5AQYA 2YJFA 5AQGA 4B1VA 4Z94A 3VPZA 5BN8A 4WQ5A 3I8BA 2A40A 1Z6RA 5AQIA 3A5NC 3O1BA 3VF6A 3WXJA 3VF2A 4FPBA 3EL2A 3J8AA 1BOTO 1NGDA 2Q97A 4B1XB 4BR2A 3DXMA 3O8MA 2I7NA 2QWOA 4MLEA 2BTFA 2ASPA 5AZJB 4CZLA 3U4LA 3MN6A 1HUXA 4IJAA 3QMLA 1XUPO 2ZF5O 5KPRA 2PAVA 2E1ZA 2P9UA 4BGBA 4PKGA 2V7ZA 5TKYA 2BUPA 2D0OA 1NGGA 4BQZA 2ZWHA 1TYQB 5AZJA 4BRNA 1YXQA 3A5MC 4BRKA 1HKCA 3QDKA 1DGKN 3LDLA 1GLDG 4EHTA 5AFUA 1Y64A 3WXIA 3KZBA 3O4WA 4EIAA 5JLHA 5AQXA 3VGKA 3QBWA 5BPNA 4NO7A 3R6MA 1RGIA 1TYQA 2A42A 2IVPA 3ENHA 4BR7A 1KAXA 4BRCA 4C23A 3KHYA 4CBXA 5AQUA 3D2EA 3L0QA 2KHOA 3DJCA 2ZGYA 1U6ZA 1BU6O 4GY2B 4QS7A 1WOQA 3DWLA 2YJEA 4EFHA 3S41A 2D0PA 1TUYA 3F9MA 4K41A 1T44A 4ISEA 1P8ZA 4DB3A 1XC3A 2V7YA 4BR0A 1YAGA 4H5TA 4JNEA 3IMXA 3FGUA 2Q0UA 5AFUH 3WEEA 3FZHA 1GLFO 5AQNA 3SMSA 1C0FA 5LY3A 3ULEB 3D2FB 4NB4A 4BC2A 4F9OA 4JD2A 3VEXA 2QWNA 3CQXA 3MN7A 3VEYA 5AQJA 5KPTA 5ELZA 2Q1NA 3BUZB 3WUHA 1BG3A 3DXKA 4O5FA 1DKGD 3A5OC 4FWKA 3FE1A 5AQOA 3R8EA 1QHAA 3EO3A 3AY9A 2NLXA 4WYBA 4H0OA 3ZEUB 4CD3A 3CERA 4HTLA 3D2FA 4WQ4C 4BRAA 1NGCA 3ATVA 5KQDA 2HF3A 3O5BA 5BPMA 4AM7A 5F0XA 1G99A 3QFPA 2QWMA 4YDUC 5AQLA 3IFRA 5EX5A 2ASMA 4I6MB 3O08A 4KBOA 1NGFA 1GLCG 2FSKA 4JAXA 4MLHA 4BC3A 4FWLA 4BROA 4A2AA 1JCGA 3CI5A 3VEVA 3H3NO 2YHXA 2QWLA 2CGKA 3UKUB 3C7NB 4CZMA 3GDQA 3UB5A 2E2NA 5AR0A 5EXWA 3UKRA 1JCEA 1RFQA 2AP1A 2Q0RA 2E8AA 4WQ5C 1LCUA 4EAHD 1V4TA 1X3NA 4A2BA 4CZHA 1SZ2A 4XH4A 4BRDA 4CZEA 1ATRA 5B8HA 3A0IX 5KPZA 3VEWA 5F1XA 4BRLA 3FLCO 5E26A 3H6EA 3VERA 4XEIA 1EQYA 1IJJA 2P9NB 4K42A 3CHWA 2E88A 3EN9A 4BC5A 1HPMA 2YI1A 4FWMA 4CBUA 3HI0A 1QQMA 5LJWA 3WXLA 2A3ZA 4O8KA 5KQ8A 4FWRA 1BDGA 2EWSA 1K8KB 2QWPA 4BVOA 4XH5A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4I2QA 3ZYYX 1U49A 3HOSA 1QQNA 4BRFA 2IGIA 4H0TB 2OTLN 3BEXA 2WFBA 3VMFB 4L8RB 2HOEA 5BR9A 1I94K 2IAJA 1OKJA 4IO9L 2CGJA 3V6DA 3V1OA 1S6QA 4LF4K 1SUQA 2CH5A 1S9GA 4CHQA 4DV7K 4A61A 5C42A 1Z05A 3I56N 4B1ZA 1I39A 1NBWA 4CZGA 3IDHA 1X3MA 4RW6A 3H46O 5KGWA 3AGRA 4RW7A 5K14A 4OGEA 2O4IA 5SZTA 3BZKA 4Z0UA 2W42A 1GLAG 5LMUK 1WNSA 4K25A 1J9AA 3HVTA 1WB9A 1JLQA 3CCLN 1VAZA 1CXUA 1BUPA 3JYTA 3LALA 1U2VB 3LL3A 4DV1K 4PUOA 5SWMA 4BEBA 4QS9A 2QEXN 1OVYA 4FLXA 1YJWN 3AARA 5JENA 4C1NK 2AA4A 1MWKA 2P9LA 2WONA 1N6QA 5GIOA 3TPQA 4O55A 4LH5A 3WNFA 4CEFA 3GL1A 4RTFD 3CD6N 1QVGM 4DHYA 3GBTA 2P9PB 3OYNA 2H3GX 3S3OA 1YUWA 4RWTA 1ZC6A 1Q82O 5ADXA 3AO5A 5J2QA 4B9LA 1C1BA 3DRRA 4FJMA 4DSLA 3ULEA 4FOEA 3SAFA 3CC4N 3AA2A 2VG5A 4CBWA 3NFAA 4IOCL 4R79A 2VQEK 1ITGA 1C6VA 3LP0A 1HJOA 1BIZA 1GLBG 3QINA 4A57A 4CJFA 2XY7A 2QM1A 4EP5A 4FLWA 3KVGA 2RHKA 4FO0A 4LC9B 1VQNN 4IFYA 4MFBA 2B6AA 4KV8A 1D8YA 1MA9B 2IS3A 3T19A 4X65K 4ISGA 2GTDA 3VGMA 4JKHA 3W3DA 1OH6A 4JI4K 3ZSQA 3NF6A 1WN7A 5JVHL 1A5VA 4B3MK 5E84A 1C0UA 4CJLA 3FZLA 1S1TA 3VQDA 3L2UA 3OYIA 3DLHA 1K6YA 4WFAL 3RR7A 4O4GA 3M8SA 4IXCA 1FJGK 1NMDA 3DLBA 4Q0BA 2QXFA 1QSSA 1K9MO 4K8ZA 4PL8A 3OYJA 3PX6A 4FJNA 4KHUA 1B9DA 1VSEA 4F2RA 5BPLA 3KJVA 2HHHK 2HF4A 4E0DA 1VQKN 3HPHA 5J2PA 2P9SA 3H1QA 2ASOA 4CK3A 3CFOA 3ID8A 2VWBA 1YITN 2HMPA 4E7IA 1VSKA 2Q36A 3LM2A 5F2RA 3A8YA 3CCUN 1CZ9A 2FBXA 3C6TA 3OHRA 3TSPA 4DG1A 5CYMA 3HP6A 3PX4A 3O9QA 4FVMA 2UYTA 4JKDA 3ZETA 4CVNE 3AVLA 3OY9A 2P5OA 1GOCA 4JKCA 4LFAK 5I9EB 4U67L 3E1YA 3SQ4A 4DQIA 3M3ZA 5AQVA 4BR5A 1S5JA 3ZCMA 1RDBA 3J80O 4B9TA 1RDWX 3CG7A 3OBYA 4KKOA 3VGLA 3CJAA 2FF6A 1S6PA 5HROA 2RN2A 1JLBA 4OLBA 1YTAA 4JK7A 1KTQA 4CD1A 3QFUA 3C65A 5JMVA 4MQ3A 3CPEA 2HHXA 1XMOK 1SKSA 3HP9A 2NRXA 5BRDA 4M42A 1Q86O 1J6ZA 4KAZA 2A5XA 2Q31A 4CF1A 3O3GA 3OW2M 3AGKA 1VQ7N 5C0YA 4DCHA 1YT3A 2X6SA 3BGRA 3T1YK 4JI6K 1KRPA 5LMNK 2HHWA 3G25A 3G4SN 1MWMA 3THWB 4F4KA 3QIOA 3ATUA 1RDUA 4PL7A 2HB5A 2YHYA 1RBUA 4BQLA 1TL3A 3B6PA 2D4WA 2P51A 4BREA 1QSYA 5JLFA 3FFKB 3MMVA 2FSJA 1TV6A 4F8RA 4CZJA 5GAGP 4LF5K 3DLGA 4B9MA 2XRIA 1HNVA 4ZHRA 4OPJA 4CGJA 1ASWA 4OKEA 3C95A 2WUSA 3AA4A 3OA9A 4JKGA 4DTNA 4ILHA 1HKGA 4DFPA 4BRMA 3C94A 3EKSA 1IKWA 3ZT4A 1YIJN 3CJBA 3QBXA 5HRRA 1QZ5A 4FSVA 1FXXA 4FPAA 4YOTA 5AQYA 2YJFA 5AQGA 4B1VA 3O4QA 3VPZA 5C25A 1U04A 2A40A 1Z6RA 3N4QA 4XIUA 3VF6A 2O8FA 1FK9A 2FBYA 4CF9A 4FPBA 5M1PA 3J8AA 3RRGA 2Q97A 3I0SA 4BR2A 3DXMA 4DQRA 4RG8A 5HRNA 2O8BA 2UU9K 2XO7A 2ASPA 4KTQA 3AO2A 1X9MA 2DFEA 4N47A 4IFEA 3VQ9A 5C12A 3LP3A 4HUFA 2E1ZA 1QS4A 2Z1HA 3MEEA 2V7ZA 5A2QO 5TKYA 4DQPA 1LWCA 1NGGA 2ZWHA 3MX2A 2W00A 3LZJA 5HOOA 1RTDA 1L3UA 4FJKA 1HKCA 4BWMA 3V4IA 4OJRA 2PYLA 5AFUA 3KZBA 1EX4A 3OYBA 4PHTX 2OPPA 3VGKA 1JJ2M 2KW4A 4O44A 1W9HA 4NO7A 4CHPA 1RGIA 2A42A 1ZYQA 1TAQA 3KLIA 4BR7A 1KAXA 3F2KA 4BRCA 4DR6K 1GOAA 1C0TA 2YX6A 1VK0A 3D2EA 1EETA 4NYNA 2KHOA 2KKZA 1BU6O 1RBRA 4J2DA 1RT5A 1TL1A 2YJEA 3RMCA 3S41A 2D0PA 2AJQA 1HMVA 1TUYA 3F9MA 1RCHA 4MDAA 1WSGA 1WAFA 4DB3A 1WSFA 4E7HA 4F3OA 3ZSOA 3NH2A 1YF5L 3I8DA 5CY4A 1J5OA 4DV2K 2Q0UA 3WEEA 3FZHA 2G8WA 3K57A 1RT3A 4FK4A 1C0FA 3D2FB 4CEZA 3MXIA 4O0JA 4CK1A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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