1MA9B

Crystal structure of the complex of human vitamin d binding protein and rabbit muscle actin
Total Genus 114
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
114
sequence length
367
structure length
356
Chain Sequence
TTALVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPRHDSYVGDEAQSKRGILTLKYPIEGIITNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPTLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNVPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVLDSGDGVTHNVPIYEGYALPHAIMRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFVTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFENEMATAASSSSLEKSYELPDGQVITIGNERFRCPETLFQPSFIGMESAGIHETTYNSIMKCDIDIRKDLYANNVMSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWITKQEYDEAGPSIVH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transport protein/contractile protein
molecule keywords Vitamin D-binding protein
publication title Actin-DBP: the perfect structural fit?
pubmed doi rcsb
total genus 114
structure length 356
sequence length 367
ec nomenclature
pdb deposition date 2002-08-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.30.36.70 Mainly Beta Roll Actin; Chain A, domain 2 Actin; Chain A, domain 2 1ma9B02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1ma9B01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1ma9B03
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 1ma9B04
3CJAA 3EL2A 5AQRA 3HZ6A 3MN7A 5BREA 4FWRA 5FPNA 5KPRA 2IVNA 3QB0A 4CZIA 2BTFA 4BR4A 5FPDA 3UE5A 1ATRA 3DXKA 5AQVA 3D2FB 1LCUA 4A61A 3VESA 2HF3A 3L0QA 4FWKA 4GY2B 5AQSA 2HMPA 4CD3A 4IXCA 4KBOA 3DJCA 1NGEA 2D0OA 3VGKA 4JHDA 2CH6A 3GBTA 3TPQA 2V7YA 2E2QA 2GTDA 3GE1A 3WQUA 5F0XA 3U9ZA 1QHAA 1ZC6A 2QWOA 3D7EO 5F2RA 4BQZA 3DXMB 3HBTA 3M1FA 1SZ2A 1JCGA 1U6ZA 1T6CA 4H0OA 5EY4A 4BR5A 4K42A 2P9PA 3FR0A 5FPEA 4HWIA 4YDUC 3R9PA 3W3DA 4H0YB 1IG8A 2H3GX 1S3XA 4DQ8A 3QFUA 4FOIA 2ASOA 2NRHA 1D4XA 3CJ7A 4FWLA 3JXUA 1EQYA 4EHUA 3A5NC 4B1UB 2E88A 4BRDA 4WYBA 3ULEA 3OHRA 4BRLA 3VF6A 4BRAA 4H5RA 4BGAA 5I9EB 5AQXA 3A5LC 1R59O 3MDQA 3HM8A 1X3NA 5AQUA 3SMPA 3ZEUA 1G99A 1TUUA 2IIRA 2FSKA 3DXKB 3CETA 3CJCA 2VCPA 2Q0RA 3GG4A 1DGKN 3AAPA 1T6DA 4CD1A 3VEVA 2ZWHA 2CGKA 2ZGZA 2QM1A 2QWRA 4IZ9A 4JHDB 3BF3A 2YHYA 4CZLA 1NGHA 1JCFA 2IVPA 1TUYA 3WXLA 1IJJA 2YHWA 4CBWA 1HKCA 3CJBA 2FSNA 1RGIA 1BOTO 1NM1A 5BN8A 2W40A 3IUCA 4LC9B 2YJFA 1KAYA 4XEIA 1S22A 2E1ZA 2P9PB 4I6MA 2HOEA 3UB5A 3WUHA 1ATSA 1GLFO 1P8ZA 3AARA 3G25A 4EHTA 2VWBA 4BGBA 4BC5A 3ATVA 4DCHA 4ISEA 1ATNA 1QQMA 2EWSA 1BWFO 3ID8A 3CI5A 1GLEG 4BR0A 4JN4A 3MMVA 4CZMA 2A3ZA 5AQNA 3CJ1A 4QS9A 2F9WA 2FXUA 4H5NA 4BRFA 1NBWA 3ULEB 4ISFA 3O80A 4BG9A 2P9UA 3CHWA 2FSJA 2GELA 3ZEUB 3GOIA 1NWKA 4FWMA 2GWKA 5BN9A 1HX1A 2PAVA 5ELZA 3AAQA 4FWOA 1NGDA 3R8EA 4JNEA 3DAWA 1YXQA 4IWVA 1QQNA 3KVGA 4RWTA 5AQHA 2ASMA 1BUPA 1BDGA 3TU5A 4FWPA 4FWSA 1KAXA 5CE3A 3A5OC 5AZIA 5EXWA 1C0FA 1NGGA 3H3NO 1Q18A 3VF2A 1V4TA 2A40A 3H45C 3F9MA 3O1BA 3EKUA 4I6MB 2I7NA 5BR9A 5LJWA 2NZTA 2Q36A 5AZJA 4XH5A 2E20A 2P9IA 3HTVA 2Q0UA 4FWQA 2E2PA 3VF4A 2D0PA 2E2OA 2KHOA 3O5BA 4FPAA 4C23A 3FZKA 5AR0A 3UKUB 4H0TB 4BRKA 2OANA 4Z94A 3VETA 3A0IX 3ZX2A 3C0BA 4CZFA 4F9OA 1NGFA 3C7NA 2QWLA 3EO3A 3QBXA 4M63C 3U4LA 3S41A 3WXJA 2QWMA 1K8KA 1NMDA 1GLAG 3O08A 2A41A 2P9LA 2Q31A 3GL1A 4BC2A 1XUPO 1WUAA 3O1WA 1C0GA 4IJAA 3LDOA 1MWKA 1BA0A 4QS8A 3WT0A 4H0XB 2AP1A 1YAGA 1SAZA 2Q2RA 3O4WA 2YCHA 1HUXA 4XH1A 3BP8A 3VOVA 2V7ZA 2P9SA 3VEZA 3M6GA 4FL9A 1BG3A 4K41A 3J8AA 3LDQA 4BROA 3ZETA 1X3MA 1E4GT 2P9NA 4BVPA 2D4WA 4CJ7A 1HJOA 4PKHA 3CQYA 4BVOA 3ENOA 3CJ9A 4CZEA 2UYTA 5JMVA 1HKGA 5AQKA 4WQ4A 4CZGA 4JAXA 5E84A 5AQGA 4J8FA 4PKIA 5BRFA 5LY3A 5AZJB 1HPMA 5AQPA 1LOTB 2IVOA 3O6WA 4WQ5A 1NGBA 4ISGA 3SMSA 1Y64A 3WQTA 5BRHA 5E26A 2W41A 3FGUA 5AQFA 2CGLA 4NO7A 3AY9A 3CERA 4IO8A 4BRQA 4BR7A 3H3OB 5EOYA 4A2BA 3C7NB 3BF1A 4B1YB 3LDPA 3UKRA 3R6MA 2V52B 3GDQA 3MK6A 5KPTA 3LM9A 1K8KB 4EFHA 1V4SA 5AQJA 5AFUA 3IFRA 3EKSA 2P9LB 3FFKB 1GLJO 4RCHA 4BRGA 3IMXA 2V51B 1Z05A 4M7YA 4BRHA 4MO5A 4B1ZA 3O8MA 2YJEA 1JCEA 3H6EA 1MA9B 3SK3A 4CBXA 1BO5O 3FZHA 2P9SB 3QICA 5AFUH 4DB3A 3B8AX 4FPBA 2GWJA 4DHYA 3ZETB 2F9TA 4B1VA 2P9NB 3FZFA 4H5TA 4MLHA 5AQMA 3VGMA 1XQSC 4IJNA 5KQDA 3HI0A 2HF4A 5EX5A 2WUSA 4H0PA 1NGAA 3H1VX 4YDUA 2I7PA 1ZXOA 3MCPA 4XH4A 3SLCA 1RDWX 2QWPA 1BA1A 2D1KA 2FF3B 3VENA 1U2VA 2NLXA 5BPLA 3UKRB 3W0LA 1MDUB 1YUWA 2Q97A 4AM7A 3A5MC 1HKBA 3VGLA 3VEOA 3DWLA 2VYPA 3LDNA 1WOQA 4NB4A 2BUPA 4HTLA 2P9KA 4CBUA 1YVNA 5AQTA 3H1QA 1GLCG 2J4RA 3HSCA 1QZ6A 2P9UB 1GLLO 1H1VA 3QFPA 2A42A 3I8BA 3RSEA 3U8XA 3EZWA 3JS6A 2GEMA 4B1XB 4CI6A 4RTFD 4M7XA 1OKJA 2ZF5O 4GNIA 1KXPA 2FF6A 3MN6A 3IDHA 4BC3A 1RFQA 1ZBSA 3ENHA 4H5VA 4MO4A 3A8YA 5F1XA 1T44A 1GLDG 1NGJA 4K25A 4BRNA 5AQLA 5AZIB 3U9DA 4BRMA 5BPMA 1U2VB 4CZJA 4MLEA 5AQQA 4E1JA 3LM2A 2FLOA 1X9JA 2ZGYA 2QW9A 3LL3A 4H03B 4BRIA 5ADXA 4PL8A 4CZHA 1QQOA 4BR2A 5BRDA 5AQZA 2E8AA 2P9IB 1MWMA 4BQLA 4QS7A 2PBDA 4FWNA 3FE1A 3I33A 2ITMA 4CZKA 1TYQA 4JD2A 3WEEA 2E2NA 4A2AA 3QBWA 3BUZB 3QDKA 5FPMA 2YI1A 3VEXA 2P9KB 3MN9A 3ZX3A 5EVZA 5BPNA 5ADXH 1HLUA 5AQWA 3LDLA 3BEXA 1ESVA 4BG8A 4EIAA 3MN5A 1GLBG 3D2EA 3VPZA 3QMLA 2CH5A 3RSEB 2CGJA 3ATUA 4EAHD 3L6QA 5KQ8A 4AM6A 1J6ZA 4BC4A 5AQYA 2A5XA 2QXLA 3WXIA 2A6AA 4BREA 5JLFA 4H5WA 4Y0WA 3D2FA 3H46O 2GUPA 4FOEA 4B1WB 4O5FA 5B8HA 3KHYA 5JLHA 1E4FT 1DEJA 1NGCA 5AQOA 5KPZA 3VEWA 4FO0A 4FSVA 3FZMA 1Z6RA 2Q1NA 3UKUA 1QZ5A 1DKGD 3L4IA 5AQIA 2E1YA 4PL7A 3VEYA 3DXMA 2DPNA 3FZLA 4WQ4C 5TKYA 3WXKA 3KZBA 4BRPA 3FLCO 3P4IA 4L3QA 2ASPA 1TYQB 4WQ5C 4JD2B 3WEEB 3EN9A 5JICA 4A62A 1NGIA 1NLVA 4BRCA 5LJVA 3ZX0A 1SQKA 3CQXA 4B9QA 1KAZA 3VERA 2QWNA 4O8KA 1CZAN 1XC3A 3SJHA 2AA4A 4PKGA 3CIPA 3M3ZA 1BU6O 4BR9A 2QWQA 2YHXA 4K43A 3D2EB 4H0VB
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3HZ6A 4OGEA 4DR7K 3MN7A 1NOYA 4FWRA 5FPNA 2F8TA 2W6KA 1Q8IA 1UAXA 4OVLA 3TTDA 4BR4A 4CZIA 3UE5A 5FPDA 3ALYA 4AF1A 2OPPA 4CD3A 4IXCA 1JLGA 3AVMA 1GOBA 3DJCA 2D0OA 3I0RA 2O4GA 1RT5A 1FJGK 3GE1A 1ZC6A 1LW2A 2IDOA 4BQZA 1DT9A 1SZ2A 1JCGA 3PX6A 5A2QO 4R5PA 4M3YA 3DLGA 1LW0A 4H0OA 2ZJQL 3P1GA 1J53A 4BR5A 2P9PA 5FPEA 1XHZA 3G0ZA 5J2NA 4HWIA 4YDUC 2NRTA 3L8BA 3RR8A 2VGNA 5LL6Z 3V1RA 4H0YB 2NRXA 4AHRA 4XIUA 3B6OA 4CGDA 3ULDA 1Q9XA 4FWLA 4JKGA 4C8KA 4WE1A 3KLGA 3HOSA 4CEZA 2WTUA 3RRGA 1RT2A 3AVBA 4B1UB 2P5OA 2B4JA 3HXMA 3QEWA 3OHRA 1NKCA 3E1YA 5I9EB 4YOWA 3A5LC 1R59O 5AQUA 3SMPA 3NH0A 2NRZA 1FKPA 1S72N 3HPGA 3GG4A 5HRPA 4GVMA 4BY9C 1DGKN 1T6DA 1BISA 1IV0A 4DR4K 2QM1A 4JI5K 1NGHA 3T19A 3VTIA 5KGWA 1IJJA 2HNDA 4BE7B 3CCMN 4C8OA 4B3MK 2FSNA 1RGIA 4J2EA 4B8AB 1BOTO 2KTQA 1NM1A 2FBVA 3C6HA 2HHQA 1I3AA 4XEIA 3UB5A 2P9PB 2HOEA 4JKEA 1GLFO 1P8ZA 3G25A 4PQUA 3PSFA 4BGBA 1NG9A 2O8CA 2VWKA 2ZM6K 4AH9A 4BR0A 1GLEG 3QEVA 4AQYK 3KWGA 4CESA 3OYEA 4CZMA 1WN7A 5AQNA 3CJ1A 1W9HA 4F3OA 2OTJN 4H5NA 4BRFA 2F7TA 4ISFA 3KK1A 4BG9A 5HL7L 4KV8A 1E3MA 2FSJA 1D8YA 4CEEA 4FWMA 3VQ8A 4W5QA 1UA0A 4LSNA 4FWOA 4B8CA 3DLLL 3ZLJA 5GIPA 4KTQA 3UIQA 3DAWA 3CC2N 3KVGA 4CK3A 2AJQA 4W5TA 4B9VA 2ASMA 4DTJA 2HHXA 1BDGA 3TU5A 4FWPA 4FWSA 3KD1E 3LP1A 1VRTA 1VQ6N 5AZIA 4KI6A 4KAZA 4Z4FA 5DK5A 1NGGA 1V4TA 4DFMA 1RT3A 2A40A 1W97L 3Q7CA 4YOUA 2XY7A 3EKUA 3J7AP 5LJWA 5AZJA 4MDBA 3WXMB 2P9IA 2D0PA 1WB9A 3O5BA 3UKUB 2O8CB 3V4IA 2OANA 4DR1K 3A0IX 3ZX2A 4F9OA 4WFBL 3TAEA 1D5AA 3O4QA 4PHTX 4TSXA 2DY4A 3QBXA 4GKJK 1K8KA 3MX5A 3CQ8A 1GLAG 2G8UA 3AVCA 2C1GA 1NK9A 3LP2A 4E1MA 3LDOA 1MWKA 1BA0A 4X64K 4H0XB 1YAGA 4B9UA 4G9ZA 5IWAK 4IG3A 2V7ZA 2P9SA 3VEZA 4FL9A 4K41A 4CGJA 3LDQA 2O4IA 4OKKA 3ZETA 3OYFA 3VQCA 3NH1A 3QEIA 1YTAA 1HJOA 4DUYK 1Q81O 1HKGA 3AVJA 1HR0K 4DTNA 4AHCA 5AZJB 1HPMA 5AQPA 2Q3SA 3OYAA 1KLNA 2RKIA 3VQQA 1NGBA 4WQ5A 2OPRA 4ISGA 1TVRA 1Y64A 5BRHA 1YI2N 4B9SA 5AQFA 4U67L 4NO7A 3CERA 4IO8A 1VRUA 4BR7A 5EOYA 4A2BA 3CG7A 3TAGA 1YVUA 3GDQA 1K8KB 3C6UA 1KLMA 1V4SA 5AFUA 4R79A 3FFKB 4JI1K 1GOCA 4B9TA 1CLQA 3O9RA 2X6NA 1S6QA 3H6EA 3F5TA 3P31A 1TK0A 2P9SB 1SL0A 3OYMA 3RRHA 3ZETB 2PYJA 3RMDA 2R7YA 4UQGA 3AV9A 4O55A 2EHGA 1D9DA 5AQMA 4CGIA 4AHTA 5KQDA 2HNYA 3DRSA 5DM6L 3SQ0A 4E3SA 4I9QA 1L5UA 1OH5A 2FF3B 3VENA 4O5BA 1BQMA 3C94A 3K5OA 3OYKA 4O4GA 1MDUB 3VQAA 1EWQA 1YUWA 2Q97A 4AM7A 1Z26A 1RILA 2IS3A 3A5MC 3VGLA 1KSPA 5LMNK 3NF6A 4NB4A 2BUPA 1HPZA 2P9KA 3QERA 1RT7A 1YVNA 4DV4K 3DI6A 4EP5A 1GLCG 1QZ6A 2P9UB 1GLLO 1HNWK 2HSTA 1RTIA 1WLJA 3JS6A 3VQ9A 3AGKA 5D3GA 2GEMA 2HMIA 3TI0A 3RMAA 1OKJA 4FW2A 3KLEA 4ZTJA 1KXPA 2FF6A 4GKKK 3ZSYA 5CYQA 3ZSXA 3TTFA 3ZT1A 1RFQA 1EETA 1EXQA 4MO4A 1KVAA 2F8SA 4K8XA 1GLDG 4JK9A 4K25A 4CIFA 4Z4HA 4H8KA 4BRMA 4CF8A 5BPMA 1JXBA 5GAGP 1SKRA 3T7ZA 1WBBA 5AQQA 3LM2A 2QTDA 1MU2A 3ASMA 5ADXA 3CCEN 4PL8A 4B3SK 2UXDK 1S1WA 1BQNA 3E66A 2WBNA 5BRDA 3TAPA 4QS7A 2ITMA 4OO1J 1J5EK 3E9OA 3OA9A 5FLXO 2P9KB 1NKEA 4DTXA 2D0BA 2FBXA 1NK4A 1GOAA 4X62K 1HNVA 3NF8A 1U45A 4LH5A 4Z4EA 5DMRA 5AQWA 4IBNA 4B9MA 4OKJA 3VPZA 4I2QA 2CGJA 3BY5A 3PIOL 4BE0A 3CPWM 2G8HA 2QXLA 1K9MO 4DV1K 2W00A 3CCUN 2FC0A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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