1MA9B

Crystal structure of the complex of human vitamin d binding protein and rabbit muscle actin
Total Genus 114
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
114
sequence length
367
structure length
356
Chain Sequence
TTALVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPRHDSYVGDEAQSKRGILTLKYPIEGIITNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPTLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNVPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVLDSGDGVTHNVPIYEGYALPHAIMRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFVTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFENEMATAASSSSLEKSYELPDGQVITIGNERFRCPETLFQPSFIGMESAGIHETTYNSIMKCDIDIRKDLYANNVMSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWITKQEYDEAGPSIVH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule keywords Vitamin D-binding protein
publication title Actin-DBP: the perfect structural fit?
pubmed doi rcsb
molecule tags Transport protein/contractile protein
total genus 114
structure length 356
sequence length 367
ec nomenclature
pdb deposition date 2002-08-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.30.36.70 Mainly Beta Roll Actin; Chain A, domain 2 Actin; Chain A, domain 2 1ma9B02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1ma9B01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1ma9B03
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 1ma9B04
4H0YB 3BUZB 1QZ6A 5AQTA 3HM8A 4BQLA 1ZBSA 1XQSC 3HBTA 5E84A 4H0OA 3LDQA 2YJEA 4DCHA 3LDOA 4PL7A 2E2NA 4FWQA 2FSNA 3D2EA 3ID8A 3SLCA 3I33A 4QS7A 3KZBA 5JMVA 5KPZA 5AR0A 1NGEA 3FZKA 2EWSA 4EFHA 1EQYA 3HZ6A 1NGDA 1NMDA 4K41A 2A41A 3AARA 3UE5A 1GLBG 5AZJB 1X3MA 2VCPA 3VEVA 2D0OA 3H3OB 3VGLA 2I7NA 5ADXH 1V4SA 1BOTO 4ISGA 1QZ5A 5LY3A 2H3GX 1K8KB 4B9QA 3D7EO 1GLAG 1YXQA 2A3ZA 3CJAA 1ATRA 5AQSA 2YHYA 3M1FA 1MWKA 5EY4A 5F2RA 3FE1A 1WUAA 3R9PA 3HI0A 3IUCA 2W41A 3DXKB 3QBXA 2D4WA 4NB4A 3WXJA 4BC5A 4CBXA 3MN6A 4MO5A 3LL3A 3MN5A 2P9SB 4BVPA 1TYQA 2E2PA 2Q31A 4JD2A 3A5NC 4FWRA 3H1QA 5KQ8A 5AQUA 3UKUB 3FLCO 1U2VB 1NGJA 1RGIA 1WOQA 4IJAA 4LC9B 3LM9A 2YI1A 2P9IB 3MK6A 3H1VX 1HJOA 4A61A 3WEEA 3VPZA 4JNEA 4NO7A 1QHAA 4QS9A 1HKBA 2AA4A 3FR0A 1HKGA 4WQ4A 4CZFA 5LJWA 3A5OC 1HUXA 3U9ZA 4BC2A 4CZGA 4PKHA 3CERA 3EZWA 1HKCA 1X9JA 5AQFA 3ZX3A 2CGKA 3ULEB 2QWOA 3WXKA 2FSKA 2HF4A 3CJBA 3FZMA 2IVNA 4YDUC 3BF1A 4BRKA 1NGGA 3TPQA 3VETA 3ZEUA 2P9LB 1ATSA 4CI6A 3GL1A 1SAZA 2FLOA 3WXLA 1HX1A 5AZJA 4FOIA 3CQXA 4PL8A 4EHTA 4BR0A 5TKYA 1H1VA 1KAXA 3JS6A 4FWMA 3H3NO 1XC3A 3A5LC 5FPDA 1HPMA 4BC4A 2P9UB 3MMVA 4H5NA 4K42A 5AZIB 2WUSA 3QDKA 3CJ7A 3QICA 1TYQB 2QW9A 3GOIA 2QWQA 4JD2B 3CHWA 5LJVA 3CJCA 5AQQA 3MDQA 2QXLA 4FWKA 4FO0A 2E1YA 1TUUA 1CZAN 4FPAA 1ZC6A 1DEJA 1D4XA 4ISFA 3VF6A 2BTFA 4H5WA 3O1BA 4M63C 5AQZA 4BRHA 3VERA 3WEEB 2V7ZA 3WT0A 3L6QA 1BA0A 2Q2RA 5F0XA 1GLCG 3DXKA 5AQRA 3SK3A 3VEYA 4PKGA 3M6GA 1JCFA 4GY2B 1HLUA 2P9NB 3C7NB 3UKUA 1KXPA 1U2VA 3ATVA 4M7YA 4I6MB 3VF4A 5EVZA 4F9OA 1NGHA 2CH5A 4A2AA 2P9IA 2Q97A 2YCHA 3MN9A 3ZX2A 4H03B 3ZEUB 3M3ZA 4BRCA 4H0XB 3QFPA 3B8AX 5BRDA 2A5XA 5FPMA 4BR4A 1TUYA 5AQNA 4H5RA 2IIRA 3ULEA 2F9WA 4BRMA 2E2QA 1S22A 4IZ9A 4K43A 2ITMA 3GBTA 3CQYA 4HTLA 4JHDB 3H45C 2V7YA 2NZTA 2YHWA 5BPLA 1NM1A 2GEMA 3ENOA 2FXUA 3O08A 3UKRB 4CJ7A 4WYBA 2P9LA 4BRAA 4H0VB 3SJHA 2IVOA 5AFUA 3KHYA 3O6WA 4BRQA 4CZHA 4B1YB 2Q1NA 3VGMA 1NGAA 2ASPA 4DQ8A 2P9UA 4CBWA 4CD1A 5AZIA 2VWBA 4Z94A 2GWJA 1Y64A 2Q0UA 2I7PA 1T44A 5FPEA 5B8HA 2HF3A 2CH6A 4CBUA 4RTFD 2Q36A 4XH4A 1NGFA 4XH5A 4CZKA 3C0BA 1U6ZA 4FOEA 1C0GA 5AQLA 4BC3A 2DPNA 3DXMB 1KAZA 3A8YA 4FSVA 4FWSA 3AAQA 4FWOA 2AP1A 4WQ5A 1GLDG 2GUPA 2P9NA 3C7NA 4H0PA 2PAVA 1BG3A 5EOYA 4I6MA 5BPMA 3LDPA 3AAPA 3I8BA 4MO4A 2KHOA 3OHRA 3WXIA 1SQKA 3EKSA 4Y0WA 3ZX0A 2E2OA 4BRIA 1X3NA 3P4IA 2HMPA 3VEXA 5I9EB 4IO8A 4B1WB 5KPRA 5AQVA 5AQIA 3EO3A 3VESA 4E1JA 1BDGA 1GLJO 3WUHA 2V52B 3H46O 3BEXA 4A2BA 4JHDA 3U4LA 1NWKA 4BR5A 4O5FA 1GLEG 3UKRA 2ZF5O 2P9KB 1KAYA 1ESVA 2QWMA 3R6MA 5AQOA 4BVOA 4XH1A 3ATUA 3EL2A 1GLLO 3EN9A 4DHYA 3MCPA 3J8AA 4M7XA 3R8EA 3TU5A 1YUWA 5JLFA 2V51B 2NRHA 3O4WA 4J8FA 4BRGA 5ELZA 1RFQA 2QWRA 4WQ4C 1BUPA 5AQGA 2A6AA 3KVGA 1XUPO 4BRLA 5ADXA 4GNIA 5FPNA 3VEZA 3RSEA 1T6CA 3L0QA 2Q0RA 2GELA 3VF2A 3JXUA 3A5MC 4A62A 2UYTA 3CIPA 4BGBA 5BN8A 3DXMA 3FGUA 4CZLA 4XEIA 3FZHA 5BRFA 3MN7A 1IJJA 3ZETB 5AQXA 5JLHA 4H5VA 4FPBA 2W40A 3DJCA 3HTVA 2CGLA 4CD3A 2D1KA 1OKJA 2CGJA 4AM7A 2NLXA 4BR2A 4RWTA 1DGKN 3L4IA 3S41A 3HSCA 4H5TA 4O8KA 4BRFA 3U8XA 2QM1A 2D0PA 2HOEA 4BGAA 4QS8A 2ZGYA 4EIAA 1BO5O 3A0IX 3WQTA 3VOVA 5AQHA 1LOTB 4CZJA 2FF3B 1Z05A 4KBOA 3O1WA 2IVPA 1T6DA 4YDUA 1BA1A 1P8ZA 4BREA 1NGCA 1Q18A 1V4TA 2FF6A 1QQOA 1DKGD 3LM2A 4FWNA 2ASMA 2P9KA 4BR9A 3RSEB 4CZIA 2F9TA 1G99A 3LDNA 3H6EA 4B1UB 3WQUA 3UB5A 1BU6O 1ATNA 1SZ2A 1GLFO 4FWPA 4BROA 5EX5A 4MLHA 5AQJA 5KQDA 1E4GT 5BRHA 3O8MA 5AQKA 2YJFA 3VEWA 4IXCA 5JICA 2PBDA 2P9PB 2E8AA 3GE1A 5AQMA 2E88A 4C23A 3GDQA 5AQWA 1BWFO 5AQYA 3CJ9A 3DAWA 1C0FA 2YHXA 1J6ZA 5E26A 3BP8A 3VENA 1YVNA 3QFUA 1RDWX 1MDUB 4BRPA 3D2EB 5BN9A 5AFUH 3FFKB 4EHUA 3QMLA 3F9MA 3QBWA 1JCEA 2ASOA 4JAXA 4FL9A 4B1VA 5BPNA 1MA9B 4ISEA 4H0TB 3CJ1A 3D2FA 3ZETA 3AY9A 2BUPA 3DWLA 3SMPA 3SMSA 2A42A 4JN4A 3FZLA 1NGIA 4B1XB 5EXWA 2VYPA 4B1ZA 3GG4A 3CETA 2A40A 4BQZA 1IG8A 3IDHA 4IJNA 4RCHA 2ZWHA 1NLVA 4HWIA 5BREA 4BG9A 4CZMA 3CI5A 3ENHA 3FZFA 1Z6RA 4DB3A 4MLEA 2GTDA 3IMXA 1NBWA 1QQMA 3IFRA 3EKUA 3QB0A 4BR7A 1S3XA 4PKIA 2OANA 3G25A 3O5BA 2ZGZA 3VGKA 4EAHD 5BR9A 4AM6A 2E20A 1R59O 1ZXOA 1NGBA 3O80A 3VEOA 1K8KA 2QWNA 1E4FT 3W3DA 2QWLA 4IWVA 2E1ZA 3BF3A 4WQ5C 4BG8A 4L3QA 1QQNA 1YAGA 2FSJA 2J4RA 3W0LA 1JCGA 2GWKA 5AQPA 4CZEA 1LCUA 5CE3A 3LDLA 5KPTA 3U9DA 2QWPA 3D2FB 4FWLA 4BRDA 5F1XA 2P9PA 1MWMA 4K25A 2P9SA 4BRNA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3AVMA 5J2PA 1SL1A 1JLGA 3IKMA 3LALA 3HOTA 1KD1O 1HYZA 4H0OA 2GBZA 4CFBA 2VQEK 1U48A 1RDBA 4DFKA 3Q7BA 3ID8A 3AVGA 5GIPA 4QS7A 3KZBA 5KPZA 1WB9A 1NGEA 2AJQA 3HZ6A 3OYLA 1NMDA 1OH5A 2X6SA 3UE5A 4CJVA 3PX6A 4CJ3A 4JI3K 2VCPA 1SKWA 3VEVA 1NKEA 2D0OA 3F2KA 3QIOA 5ADXH 1V4SA 4K8ZA 3I55N 3THWA 1K8KB 4FJGA 1HQEA 1VSFA 1XMQK 4B9QA 4FCYA 1GLAG 1YXQA 4FW1A 2A3ZA 2HNZA 5AQSA 3AO3A 3M1FA 1W7AA 1UWBA 3WNHA 3NH0A 3RR8A 4CBXA 1TAUA 4X64K 4DV0K 3MN6A 4BVPA 1TYQA 3A5NC 4NCGA 3ZSWA 1U2VB 2D0AA 1RGIA 3THVA 3TSPA 3J81O 4DF8A 3LM9A 3MK6A 4FK0A 3OYNA 3VPZA 3TI0A 4FJNA 5K14A 3L8BA 1NKBA 4QS9A 1HKBA 4X62K 4ICLA 3FR0A 1HKGA 4CZFA 3A5OC 1J5EK 1B9FA 4LY7A 3RWUA 5AQFA 1HKCA 1X9JA 1VSDA 1VQLN 4CEFA 1A5WA 3AO5A 3CJBA 5M1FA 3BF1A 4LF8K 3EEQA 3TPQA 3G6EN 1KLMA 2O8FB 1SAZA 2FLOA 1HX1A 3RRGA 1FKPA 2DTUA 3QINA 4EHTA 3THYB 3IG1A 3U3GA 4V19S 1XC3A 1QSYA 4AHTA 1N5YA 1LWFA 3MMVA 3SQ1A 4CJ4A 2Z1HA 3ZSQA 3GOIA 4RW6A 4JD2B 1XHZA 5LJVA 5HRPA 1CZAN 3S3MA 3L2RA 4DTXA 4B3SK 2BTFA 3SBTA 4M63C 5AQZA 4BRHA 2HHWA 3S5TA 3AVFA 1ASUA 2IGIA 2OZMA 3NF9A 1YI2N 4CEDA 3DXKA 4CF9A 5AQRA 1HMVA 3QNNA 3LPTA 3VEYA 4PKGA 2BE2A 1JCFA 1EXQA 2XRIA 4BECA 3C7NB 1ZBLA 4B3MK 1KXPA 4FZXC 1S1TA 3R3LA 3CCSN 1ITGA 4FJJA 5C25A 4YHHK 2P9IA 1CXUA 4PHTX 1EX4A 1U49A 3ZEUB 1KLNA 5C12A 3M3ZA 4A5BA 2WOMA 4LSNA 1SV5A 4DTRA 3CF5L 2A5XA 4QAGA 5AQNA 2IIRA 2YKNA 2F9WA 4E1MA 3RMAA 1S22A 4IZ9A 4JHDB 4NXNK 3AO1A 4CJSA 4CJ7A 3UKRB 4WYBA 2P9LA 3NDKA 3CCUN 4GW6A 1RBRA 1RT6A 3ZSXA 3JSMA 5AFUA 4KHYA 4DS5A 3E1YA 4CJWA 3EZ5A 2KZMA 1BCOA 3K5MA 1VHXA 1S9GA 4OPAA 4FK2A 4CD1A 5AZIA 4NLCA 3NF6A 1Y64A 4Z4IA 4Z4HA 2F7TA 5FPEA 2CH6A 1O1WA 4N56A 1QHTA 4MDBA 3RMCA 2YNIA 1CXQA 2G8VA 1C0GA 4DTPA 4FWSA 3AAQA 4ZTFA 3VTIA 1GLDG 4E0DA 2GUPA 2P9NA 1L5UA 2PAVA 1M1KO 4M3ZA 4FXDA 4YOTA 2ZE2A 3VQAA 3ZX0A 4I9QA 5GAEP 2X6NA 1QQCA 4IOXA 2E2OA 1LWCA 3AGKA 5HOOA 4IFEA 4CGHA 1D5AA 5KPRA 3SPYA 3VESA 1C1BA 2BH1A 4OKEA 3WUHA 2B6AA 3NGYA 1A5XA 3CCEN 3BEXA 3U4LA 1TK0A 4OVLA 3EY1A 3LAKA 1O13A 1SL2A 4JI5K 4FJXA 4GV6A 3OYCA 4K0KK 2QWMA 1KAYA 3AVKA 4QCLA 1Q86O 1NNEA 3HO1A 3ATUA 3NGZA 1GLLO 4DHYA 4B9LA 1IH7A 4KTZA 3J8AA 2YHAA 4I2PA 3G4SN 4DV7K 4DSKA 4DU3A 2W00A 5CY4A 4ELTA 2DY4A 1RFQA 1NK4A 3MEDA 2QWRA 3ZT4A 4WQ4C 1VQ9N 3T1YK 3RMDA 4JK9A 3ZT3A 3DYAA 4E3SA 1T6CA 3L0QA 4CJKA 4J2BA 4KREA 1TKXA 4UY8O 3JXUA 4OPHA 4E7IA 3ZLJA 2NRVA 3THXA 1EWQA 4KH4A 4IG3A 4BGBA 1IO2A 3DXMA 3FGUA 3IRXA 4XEIA 3FZHA 5JLHA 2WFBA 5I3UA 4FPBA 3PLAA 5M1PA 2W40A 4KB1A 4CD3A 4F3OA 1TL3A 3CM5A 4BR2A 3NFAA 5CR4A 4RWTA 3L4IA 3S41A 3HSTB 4O8KA 1CLQA 2IDOA 3D45A 3U8XA 4A59A 1M90O 3JYTA 2ZGYA 3VOVA 3P31A 4ELUA 5DM6L 3K5LA 4KI6A 2FF3B 1Z05A 4RW7A 1TK8A 3DRSA 2IVPA 1T6DA 2VG6A 4DR2K 1P8ZA 4BREA 3NGIA 2PZSA 4DU4A 1Q18A 3SI6A 3KWIA 3TSQA 1DKGD 3KIOA 4FWNA 1S6QA 1SKRA 2P9KA 1JL2A 4BR9A 5I42A 2Z1GA 3J7ZO 2F9TA 3LDNA 4B1UB 3V9XA 4DV5K 3OS1A 4LFAK 5KQDA 3KK1A 5BRHA 5AQKA 2YJFA 5JICA 3OYFA 5AQMA 1JL1A 3KKRA 4WCEL 5FRNA 2YHXA 1J6ZA 4YOVA 3HK2A 3ZCMA 1YVNA 3QFUA 1MDUB 5M1OA 3CD6N 5BN9A 1U4BA 5AFUH 3FFKB 3CG7A 3F9MA 1TVRA 3VQ7A 3AVAA 4B1VA 4KHUA 3LAMA 2BGGA 3KLEA 4B8CA 4CEOA 5C24A 4I9LA 2BUPA 4JKHA 4LD0A 1SS6A 3SMPA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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