3U3GA

Structure of lc11-rnase h1 isolated from compost by metagenomic approach: insight into the structural bases for unusual enzymatic properties of sto-rnase h1
Total Genus 46
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
46
sequence length
140
structure length
140
Chain Sequence
MNKIIIYTDGGARGNPGPAGIGVVITDEKGNTLHESSAYIGETTNNVAEYEALIRALEDLQMFGDKLVDMEVEVRMDSELIVRQMQGVYKVKEPTLKEKFAKIAHIKMERVPNLVFVHIPREKNARADELVNEAIDKALS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Activity, stability, and structure of metagenome-derived LC11-RNase H1, a homolog of Sulfolobus tokodaii RNase H1
pubmed doi rcsb
source organism Uncultured organism
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Ribonuclease H
total genus 46
structure length 140
sequence length 140
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2011-10-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13456 RVT_3 Reverse transcriptase-like
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3u3gA00
1ZBIA 4M3ZA 4F3OA 1EX4A 1FK9A 3DLRA 3IAYA 5CZ2A 2EX3A 4LH5A 4E1NA 4Z4GA 4DTMA 4CECA 2DFEA 4I2PA 1L3UA 4KHSA 2G8IA 4QCLA 4DWIA 4CF2A 4ID5A 3EY1A 3AVCA 3V9SA 2HHVA 5JS1A 1BQMA 3LWLA 3OYEA 1NK0A 4W5NA 3KIOA 3OYFA 3DRPA 4DTXA 4CEOA 1NJWA 1QSYA 5J1EA 4N56A 3AVKA 4NCAA 1BI4B 1SL0A 4CJTA 4CGFA 2IDOA 3VQDA 4IFVA 4DF4A 3C95A 3LPTA 3RRGA 4AH9A 1RT7A 1WSFA 4FZXC 3O3GA 1SUQA 4I9LA 5J2PA 4KREA 1JLFA 3T19A 3LALA 3TI0A 4CJLA 1TKDA 2XO7A 1ZBFA 5KTQA 4NCBA 1RBRA 3AO3A 3AVJA 1J5OA 4E7JA 3OS2A 3MECA 3ZT2A 4DTSA 1TK0A 1NJXA 3RR7A 2XRIA 1TKTA 4CFBA 3K5OA 4M3WA 3B6PA 2HNDA 4W5OA 3AVGA 3MXMA 4B9LA 1C0UA 4CJ4A 4OLAA 4BWJA 1T03A 3AA3A 1VRTA 3VQ6A 3DOKA 3K5LA 4KHUA 2FBTA 3L8BA 3QIPA 3ZSOA 4FK4A 3AV9A 4CIFA 4MQ3A 4DMNA 4KAZA 3SV4A 3AO2A 1K6YA 4AHUA 3VA3A 4DSIA 4CJVA 4CEEA 1U47A 4J2BA 3K5MA 5FROA 4AHVA 4QOZB 4DLGA 5EU7A 4CEAA 1C0MA 3ZT4A 4B8CA 2WONA 3DYAA 4WE1A 1B92A 2OZSA 3HPHA 3S3MA 1KTQA 1O1WA 3O4NA 1LWFA 4KTWA 4DTNA 3IS9A 1S1UA 4BE0A 3SCXA 4AHTA 2PY5A 2E6MA 1DTTA 4DLEA 3QEVA 1VK0A 1VSDA 2IAJA 1FKOA 1S1XA 3NF6A 1C1CA 3KJVA 3ZSVA 3CQ8A 3TARA 4UQGA 4M3YA 1A5WA 4CHNA 1T7PA 5J2NA 4DQQA 1BL3A 3S3OA 5CYQA 2FBYA 4IKFA 4F2RA 3PO5A 1C6VA 1W0HA 1KVAA 4B9NA 1L3TA 4CERA 1HNIA 1IKWA 1Z26A 4Y1DA 1QSLA 4FXDA 3KD1E 3ALYA 3AO5A 3HPGA 1B9FA 4ZTJA 4CK2A 3LAKA 1NK6A 3G0ZA 4CHPA 1HRHA 4YFUA 3K2PA 4W5RA 3KTQA 5HRSA 2ITGA 4IG3A 4FJNA 4BE1A 3AVMA 3CYMA 3NF9A 3IG1A 3SUQA 1A5XA 4HCCA 3ZT1A 4FLTA 1CXUA 3NH1A 1U4BA 1IG9A 2YNFA 3CG7A 4M3UA 2HHQA 1YTUA 1W9HA 1NK4A 2HVHA 1KRPA 3NE6A 1WSGA 2ATQA 1A5VA 3I8DA 4FLWA 2HMIA 2PZSA 1JL1A 3LP1A 4O4GA 1I3AA 3NGIA 4M3XA 2YNHA 1RILA 4NYFA 3WNHA 4KHNA 4I9QA 4GW6A 1B9DA 1XWLA 4Z0UA 2B5JA 4KTZA 3E01A 4KI6A 4ID1A 4C8NA 3DLEA 3BGRA 2X6NA 2XY7A 4DQSA 2X78A 2P5GA 1CXQA 4JRPA 1NK8A 1HYSA 1JLEA 4EZ6A 3OVNA 1IH7A 2PYJA 3VQEA 4M42A 3SJJA 4R5PA 3ASMA 3DI6A 3VQ9A 3NCIA 4Z4IA 1UAXA 4DS4A 4PY5A 4EP4A 1BISA 4OGCA 1X9MA 3BDPA 4FJXA 4O5BA 2KFNA 4CIEA 1D5AA 4AHCA 4FZZA 1YVUA 4FJGA 1EP4A 1RTIA 4NYNA 4EP5A 1XHXA 2X74A 3OJSA 4FZYA 4J2DA 3F9KA 1ZYQA 1X9WA 1TV6A 2PYLA 3HP9A 4BDYA 3SNNA 3LZJA 2D0BA 2O4GA 3AA4A 4H4OA 1Q9YA 1JLAA 4ICLA 1U45A 1GOBA 2VWKA 3WNEA 5CZ1A 4FJ5A 1LWCA 3B6OA 2BANA 3VQPA 4B9VA 4DFKA 3SV3A 3HPOA 3DLBA 3AVAA 4DSFA 1RT1A 1NJZA 2OZMA 1DTQA 1JLQA 1FKPA 3AVLA 4CF1A 1T05A 1YT3A 1GOCA 4F4KA 3JYTA 1C1BA 1NOZA 1Z25A 3DRSA 2Z1JA 1RT2A 3QEWA 3L2VA 1CZBA 4FW1A 4KO0A 3VN5A 1WAJA 3AA5X 4O0JA 3ZSYA 1UA0A 4FJLA 1UOCA 4LY7A 4CJRA 4CHQA 4H4MA 1UA1A 4DQPA 2VG6A 3U6FA 5HRPA 3ULDA 3QEPA 3M8QA 4FW2A 4DSKA 2B6AA 2HNZA 3V4IA 3KLIA 1RDBA 4E0DA 3S9HA 3ZCMA 4JRQA 3RRHA 4BDZA 3G10A 1BGXT 1S5JA 3HXMA 3SPYA 5CY4A 2OPRA 3QESA 2HNYA 1NK5A 3SQ2A 3NFAA 1G15A 1L3SA 1S1WA 3L3VA 4KTQA 2Y1JA 5C42A 2B4JA 3AA2A 2P51A 3UIQA 1KVBA 1RBTA 4M45A 4FJIA 1ITGA 1FXXA 3OYKA 2G8UA 5KGXA 5K14A 3TABA 2KQ2A 4CF9A 3NGZA 3NGYA 1F21A 2EHGA 2RPIA 4CJPA 3JSMA 4E7IA 3PV8A 4HCBA 2G8WA 3CFOA 4CIGA 3OYCA 3HSTB 4E1MA 3V6DA 1WN7A 3P1GA 4IG0A 4DU3A 3AVNA 1J54A 1J53A 3PX6A 3HO1A 2HHSA 4CGJA 4DS5A 1VSLA 1UWBA 3CFPA 4ZTFA 1VRUA 1ZBHA 3MEEA 2ZQBA 4RW8A 4CK3A 1LV5A 3H08A 3ZT3A 4DFMA 4DFJA 2E6LA 4BWMA 3PX4A 4LH4A 1QSSA 4O55A 1HYVA 3OYIA 4RG8A 1JL2A 3SUNA 4ELUA 3VQAA 3LDSA 4DSEA 4CHYA 4O44A 4PQUA 4FLVA 4CGGA 4DTRA 1WAFA 1IKXA 3OYNA 2BE2A 1RBSA 1JLGA 3ZSQA 5FDLA 4CJKA 3ZSZA 1S9GA 4YNQA 1EETA 1RNHA 3VQCA 4FLYA 3SYZA 4ELVA 1KLMA 1RBVA 3LAMA 3DLHA 5C24A 3HVTA 3TAGA 4C8MA 3LANA 4DQIA 4GMJB 3DOLA 3F73A 2KTQA 3NH2A 2DFFA 4FLZA 2RF2A 1TVRA 1WNSA 1BCMA 4RW4A 4HVJA 3K5NA 1Q9XA 4KHWA 4OKEA 3RWUA 2DY4A 1BIZA 1RT6A 4AILC 3L2RA 1KFSA 4J2AA 1HYZA 4KFBA 3DMJA 1TGOA 4KPYA 2W42A 3O3HA 4CEQA 2DTUA 3V1OA 4N47A 1QS4A 5J2MA 4OGEA 3HK2A 2XY8A 2Z1GA 4DSLA 5FRMA 2ZD1A 1SV5A 4IBNA 4ELTA 5C25A 3AO1A 4FJ7A 1WSIA 1T8EA 4CJSA 3D0PA 4F2SA 3SI6A 3OJUA 3TR8A 1VSFA 3AVIA 4DF8A 4FJMA 1IKVA 3MAQA 3NAEA 4CFAA 3V9WA 1ASWA 2GV9A 3V9ZA 1RT4A 5HROA 3I0RA 1VSKA 1SKSA 4DTOA 1XHZA 4BDPA 3V9UA 1NK7A 2QKBA 4DTPA 4KHQA 2ZE2A 3PO4A 3OS0A 4JS4A 1RBUA 2BGGA 1QQCA 3NBPA 4TSXA 5FRNA 3NF7A 4LSNA 2P1JA 3NHGA 4C8LA 3AO4A 2QK9A 3LZIA 3VQBA 5D3GA 3OY9A 5HP1A 1C1AA 3AVBA 3V1RA 2YHAA 4BACA 4FK0A 3TAPA 5KI6A 3ZSRA 1TAQA 4RW7A 3KLHA 4Z4EA 4B3OA 3NH0A 1ZBLA 4B9UA 3AVHA 3VQ4A 4B8AB 1HPZA 4DFPA 1SKRA 3RMBA 4N76A 3MEGA 3P83D 1RCHA 2YNIA 4RW9A 1RT5A 1HQEA 3ZSXA 3OS1A 2XHBA 2AJQA 1TK5A 4FJHA 1JLCA 2X6SA 1R0AA 1J9AA 3WNGA 2BDPA 2OPQA 3VQQA 1NJYA 2IGIA 3OYAA 2HVIA 1LW0A 3EZ5A 3TAQA 1VSEA 1ASVA 3RMDA 4C8OA 4CJWA 1ASUA 2HHWA 1TK8A 1VSIA 1X1PA 2XY6A 3U3GA 3RTVA 1EXQA 2G8VA 1JKHA 4FM2A 1RDCA 1TL3A 1WSHA 4PA1A 4KV8A 4CJUA 1IKYA 4CFCA 1CZ9A 1D8YA 4FCYA 3DM2A 1REVA 3L3UA 4LSLA 4OKJA 4E7LA 3IRXA 2JLEA 4CEDA 2P5OA 1EKEA 5CYMA 1RTJA 4E19A 3SZ2A 4FK2A 4NCGA 3L2WA 3L2QA 3HM9A 4JLHA 3ISNC 5HLFA 4FLUA 4K8XA 1RDDA 3HYFA 3THVA 1GOAA 4FJ8A 2GBZA 3M8RA 4MFBA 1NOYA 3QETA 3A2FA 1LAWA 3OYHA 1CLQA 1D9DA 2HHXA 4OKKA 2F8TA 2F8SA 4DTUA 4DTJA 3PX0A 4OLBA 3O3FA 4B9SA 4W5QA 1BIUA 2D0AA 5JS2A 1RT3A 2A1SA 3LP0A 4CF0A 3TAEA 3RMCA 2NUBA 3QERA 3SQ0A 4F3TA 4PUOA 1KSPA 4FM1A 5DK5A 1LW2A 3HT3A 3HJFA 3OYJA 4IFYA 1NK9A 1BCOA 4KHYA 4CJQA 4F8RA 1N5YA 3OYGA 4I7FA 4FJKA 1Y97A 5I42A 3NF8A 3M8PA 1MU2A 2ETJA 3O4QA 1VSJA 3FFIA 5HBMA 2F96A 4DQRA 3DRRA 2XY5A 3ITHA 1TL1A 2Z1IA 3ZT0A 1S1VA 4CE9A 1TAUA 4CESA 2Y1IA 1U48A 1BQNA 1VSHA 4FLXA 4CEZA 4N41A 1KCFA 1RTHA 3I0SA 4H8KA 1RTDA 2IOCA 3LP3A 4B9TA 1X9SA 5HRRA 2G8FA 3PY8A 1S6QA 4HUEA 5J2QA 3DLGA 3EYZA 1N6QA 4CGIA 1LAVA 2D0CA 4M41A 4J2EA 4FM0A 3C94A 3TANA 4CK1A 3DLKA 1HNVA 3MXIA 4KB0A 4GVMA 1S1TA 1KFDA 4N5SA 3OYDA 2VWJA 4HUFA 3LWMA 1U04A 1TKZA 1YTAA 2IC3A 3LPUA 4BE2A 3HL8A 4DG1A 1SKWA 3SQ4A 1U49A 2FC0A 3VA0A 1HMVA 2FBXA 3ZSWA 4E7KA 5DMRA 3V9XA 4I2QA 4CGDA 3QNNA 5T7BA 2KZMA 4QAGA 4E3SA 4E89A 2HW3A 4CEFA 2HHTA 3KK3A 3V1QA 3CM5A 3QLHA 1QTMA 4FYDA 4B08A 4XIUA 4DU4A 4CEBA 1VSMA 3HVRA 3KKSA 5KGWA 3QNOA 3SUPA 1D9FA 3OYMA 3M8SA 2FBVA 3CM6A 3TAMA 2YKMA 3CFRA 1JXEA 1BI4A 2JGUA 2Q3SA 3KKRA 3QINA 3VQ5A 2KFZA 5KRTA 4CJEA 1NKEA 4G1QA 3KK1A 1C0TA 2YV0X 5I3UA 4CF8A 4AHSA 4OJRA 4M3TA 2HHUA 2D5RA 1TKXA 1ZBUA 2YNGA 4OVLA 4O0IA 1SL1A 1HJRA 1XI1A 1SL2A 4KB1A 2VG7A 3OYBA 3MEDA 2KZZA 4FJJA 4CFDA 3C6TA 4CHZA 1I39A 3SQ1A 4KI4A 4HUGA 1HQUA 4CJ3A 5KRSA 2VG5A 3LP2A 5SZTA 3KD5E 3V81A 4Z4HA 4AHRA 3K58A 5HRNA 1LWEA 1WSJA 4C8KA 4CHOA 2GUIA 4OPKA 4FVMA 1QHTA 3SPZA 2QXFA 4KRFA 1DLOA 2KW4A 2IS3A 4E7HA 3P5JA 4CJ5A 3OYLA 4LD0A 3TAFA 4DSJA 2I5JA 3PUFA 3QEXA 3RMAA 3AVFA 3T3FA 1Q8IA 4DU1A 3T1AA 4JS5A 3C6UA 3VQ8A 1JLBA 2E4LA 4EZ9A 3KLEA 3L2UA 2G8KA 4Z4FA 1S9EA 3KK2A 4Y1CA 2OYQA 4K8ZA 3QIOA 3HP6A 5SWMA 3K57A 2YKNA 3TWHA 2QKKA 4Q5VA 2OA8A 3K59A 3SUOA 2OPSA 3QEIA 4Z4CA 5E41A 3KLFA 1IO2A 4HHTA 3S3NA 4KKOA 1L5UA 4B9MA 3QO9A 2WOMA 3U3YA 1XC9A 2R7YA 3D45A 1QE1A 3RR8A 4HTUA 4Q0BA 4L8RB 2DFHA 4OPJA 2HB5A 2YHBA 1RDAA 4RW6A 4CJFA 2RN2A 1KLNA 1WLJA 2Z1HA 1L3VA 3NDKA 1NKCA 4ZHRA 4IDKA 2G8HA 1S6PA 4FJ9A 4PWDA 2O4IA 3MXJA 2OPPA 2A1RA 1NKBA 1BHLA 2RKIA 3WNFA 1KVCA 4M3RA 3VQ7A 4CGHA 4W5TA 2LSNA 3KLGA 4CCHA 1WSEA 1JXBA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2VCPA 4FPAA 4F3OA 5CZ2A 4CF2A 1NK0A 4XEIA 4CEOA 1QSYA 3BF3A 4FWQA 4N56A 5GINA 3LDQA 4BR7A 1SL0A 4IFVA 4DF4A 3C95A 3HRGA 3LDNA 4JKAA 1ATNA 4FZXC 3G6EN 1HKBA 5J2PA 3TI0A 2ASOA 1NGIA 5TKYA 3AVJA 3OS2A 1QQMA 5CR4A 3CPEA 4BC2A 3DLLL 2XRIA 2GTDA 1EWQA 4W5OA 3AVGA 3MXMA 1C0UA 5AQSA 3VGKA 5KQDA 4OLAA 4LFBK 4KHUA 3JXUA 3AV9A 4CIFA 4DMNA 4J2BA 1BUPA 1NGAA 4QOZB 3I56N 1C0MA 3O6WA 4NB4A 2WONA 3DYAA 2F9WA 2F7TA 1B92A 3HPHA 3PIOL 1KTQA 3O4NA 4JAXA 4KTWA 4ISFA 4BE0A 3A8YA 3WT0A 2YCHA 1DTTA 2HMPA 1VK0A 1S1XA 3CQ8A 3O9QA 3QBXA 3T7ZA 4BRMA 4RCHA 1E4FT 4DQQA 2FBYA 4OO1J 4F2RA 3AAQA 3O9UA 1C6VA 4WQ4A 1EWRA 1KVAA 2WBNA 4BR5A 1HNIA 4CERA 1QSLA 3AO5A 4ZTJA 2I7NA 4CK2A 3EE8A 4B1XB 2OTLN 3AVMA 2QWQA 3AARA 4BR2A 4HCCA 1BWFO 2HHQA 1NK4A 2PAVA 4CD1A 1WSGA 2PZSA 1JL1A 3LP1A 3UKRA 4O4GA 3UE5A 2YNHA 4GW6A 1B9DA 1XWLA 4Z0UA 1NNEA 4KTZA 3DLEA 2QWLA 4QS9A 1HYSA 4M42A 3ASMA 2W40A 4DS4A 3EO3A 1BISA 3BDPA 4BVPA 1K9MO 3VERA 2NRRA 1RTIA 4NYNA 4FZYA 4H5WA 3F9KA 1ZYQA 4DV5K 4JNEA 4BDYA 1FJGK 3SNNA 4IEIA 1XNRK 1JLAA 5FPMA 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1VSEA 1ASVA 3OBYA 3MWPA 5HL7L 2XY6A 1JKHA 4FM2A 4X66K 4LSLA 3CF5L 3IRXA 4CEDA 1EKEA 4FK2A 4K42A 4NCGA 4BRDA 1NOYA 4JKGB 4MFBA 3A2FA 1LAWA 5EXWA 1CLQA 2HHXA 1OH7A 2F8TA 2HHHK 3TPQA 2QEXN 5LJVA 5JS2A 3LP0A 4CF0A 4FL9A 4CZIA 3SQ0A 3HT3A 4IFYA 3ZETB 1NK9A 4B1ZA 1YVNA 2E1YA 5C12A 1OKJA 4L3QA 2HSTA 5HBMA 3VETA 3FFIA 2F96A 3D7EO 2Z1IA 3E1YA 4CE9A 4BY9C 3SAHA 4ILHA 1VSHA 4FLXA 4N41A 1KCFA 1QZ5A 1RTDA 4B9TA 4GNIA 1X9SA 1S6QA 3HM8A 3VOVA 3ZYYX 4X64K 4HUEA 5I9EB 4ILJA 2NRWA 2UYTA 4BRCA 5A2QO 3CJBA 4KB0A 1NGCA 1HNVA 1NJIO 1GLFO 1S1TA 2VWJA 3OYDA 1TKZA 1YTAA 3CMAN 1HMVA 1VQ9N 1GLAG 4R79A 5DMRA 3V9XA 4I2QA 4CEFA 2FXUA 3CM5A 3HVRA 3HZ6A 3CCQN 3OYMA 1Q81O 3TAMA 3CFRA 1JXEA 1DKGD 2JGUA 2Q3SA 2D0PA 1S72N 3QINA 2P9NB 4CJEA 1NKEA 1C0TA 4CF8A 1VQNN 1NGBA 2A40A 2PFUA 2ZF5O 2D0OA 4OJRA 4M3TA 1TKXA 4O0IA 5AQMA 2QWPA 4H5NA 4FJJA 3C6TA 4CHZA 2YJFA 2VG5A 3LP2A 5AJ3K 1JCEA 4C8KA 5HRNA 1LWEA 3VEOA 3W3DA 3VTIA 1KAZA 2E2PA 4EHUA 4DV2K 2UXBK 4E7HA 2Q36A 4CJ5A 2V51B 4KH5A 3TAFA 4DSJA 3ULEA 3QEXA 1WB9A 1XQSC 4DU1A 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 3QLH A;  4B08 A;  3QNO A;  3SUP A;  5KGW A;  5AFU A;  3CI5 A;  2YKM A;  1VAZ A;  2GUP A;  3KKR A;  4J8F A;  1HX1 A;  3OBW A;  4FSV A;  3VQ5 A;  4AQY K;  3T1Y K;  3TSU A;  3BP8 A;  3WEE B;  5KRT A;  2KFZ A;  4G1Q A;  3KK1 A;  5I3U A;  2HHU A;  1ZBU A;  1XI1 A;  1SL2 A;  2P9S A;  2QI2 A;  4IEE A;  3SQ1 A;  4KI4 A;  3KD5 E;  3V81 A;  1WSJ A;  3HTV A;  3KK7 A;  2D1K A;  4RWT A;  1GLE G;  4FVM A;  3U9D A;  3SPZ A;  4KRF A;  2E2N A;  1DLO A;  3VMF B;  3E66 A;  4CZH A;  4LD0 A;  3Q7B A;  2I5J A;  4JI2 K;  4CBX A;  4IOX A;  3CME N;  3LDO A;  3KLE A;  4Z4F A;  3HP6 A;  2OA8 A;  2OPS A;  4Z4C A;  5E41 A;  2QW9 A;  3QO9 A;  5C10 A;  1JCF A;  3IMX A;  1XC9 A;  4BRO A;  4FOI A;  4JKE A;  1RDA A;  2E2Q A;  1L3V A;  1NKC A;  5AQR A;  4IDK A;  4WCE L;  1QHA A;  3CPW M;  5IT9 O;  1OH6 A;  3VEN A;  4B3R K;  2RKI A;  5AQZ A;  4M3R A;  4CCH A;  2RHK A;  1WSE A;  5KPT A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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