3U3GA

Structure of lc11-rnase h1 isolated from compost by metagenomic approach: insight into the structural bases for unusual enzymatic properties of sto-rnase h1
Total Genus 46
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
46
sequence length
140
structure length
140
Chain Sequence
MNKIIIYTDGGARGNPGPAGIGVVITDEKGNTLHESSAYIGETTNNVAEYEALIRALEDLQMFGDKLVDMEVEVRMDSELIVRQMQGVYKVKEPTLKEKFAKIAHIKMERVPNLVFVHIPREKNARADELVNEAIDKALS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
source organism Uncultured organism
publication title Activity, stability, and structure of metagenome-derived LC11-RNase H1, a homolog of Sulfolobus tokodaii RNase H1
pubmed doi rcsb
molecule keywords Ribonuclease H
total genus 46
structure length 140
sequence length 140
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2011-10-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13456 RVT_3 Reverse transcriptase-like
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3u3gA00
3KJVA 3L2RA 3HP9A 3O4QA 2F8TA 4FZZA 4CK1A 3QNOA 1QQCA 3C95A 1JL1A 1QS4A 3ZT0A 1B9FA 2E6MA 4YFUA 3NF8A 5C24A 4CJ5A 4CJPA 4KHWA 2IOCA 4NYFA 2OYQA 1TKXA 4DTMA 1BQMA 3AVKA 5T7BA 1A5VA 1YTAA 4M41A 1L3VA 4AHUA 3LDSA 4CJLA 1SL0A 3CQ8A 1NK0A 1KFSA 4FCYA 3D45A 4W5OA 3D0PA 4BE1A 4B9LA 3HO1A 4G1QA 5J2MA 2HHTA 4AHCA 2Z1IA 1S1VA 2FC0A 3CM6A 4CFCA 1KVBA 2YNFA 3P5JA 4FJHA 4CEFA 3QESA 2WONA 3NBPA 3DLBA 4RW4A 5HRPA 1RT7A 4CJUA 2RF2A 3AO4A 2W42A 1RT4A 4O4GA 2KQ2A 3ZSOA 1XI1A 4CHZA 3SUPA 4WE1A 3WNGA 5KRSA 3TWHA 3SUQA 1VSIA 3F73A 3HM9A 3LZJA 4L8RB 1LAWA 1JLQA 2HB5A 3G10A 3OYLA 3QIPA 1X9WA 4DFKA 2XY6A 1KTQA 4OKJA 1Q8IA 3LP0A 2QKBA 1WSJA 1C6VA 1NOYA 1U45A 4I7FA 3EY1A 3AA4A 4CEOA 3KLEA 1UA0A 3AVFA 4H4OA 3P83D 4Z4CA 3JYTA 4FM2A 3V1OA 4I2QA 2F8SA 4C8KA 4DQQA 3VQ7A 1VK0A 3PX0A 5I42A 5SZTA 3AVGA 3OYGA 3QEPA 2YHBA 3I0SA 4AILC 3KLGA 4N56A 4E3SA 1RT2A 4FJ9A 1UOCA 4B9VA 3CG7A 1FKPA 3KLHA 2E4LA 1BQNA 4B9NA 3NGZA 4CJWA 1TK5A 3MEDA 4DSJA 4J2AA 4XIUA 3LALA 4IFYA 4CECA 1ZYQA 1CZ9A 1RBRA 3HPOA 5J2PA 1TL3A 1RBTA 3KLIA 4Y1CA 4LH5A 1QE1A 3AA3A 4CIFA 3L8BA 3LWMA 2FBXA 3SUOA 1D9DA 4GMJB 4FK0A 4DSIA 4KPYA 4ELUA 3OYKA 3CFRA 4ZTFA 4N76A 1TKDA 2YKMA 4DFPA 3VQBA 4FJ7A 5HLFA 1TVRA 1TK0A 2OPSA 4FW1A 4CFBA 2I5JA 4Z4HA 4W5TA 4Q0BA 2KW4A 2IS3A 3SPYA 1U47A 4DTUA 1RT3A 4KHNA 1U4BA 4FZYA 1EP4A 4O0IA 1WSFA 4B3OA 4J2EA 4CF1A 1SUQA 3ZSWA 1X9MA 1FK9A 4E0DA 4DTSA 1ITGA 5EU7A 4C8NA 4CGHA 1BHLA 1HQEA 3QEVA 3THVA 4OKEA 3K2PA 4OJRA 4FXDA 3TANA 2KTQA 3V9SA 4DSEA 1C0TA 3T1AA 1S6QA 3KK1A 4DSFA 1RTJA 4DU3A 1C0MA 2XY7A 2HHQA 2FBYA 3RR7A 3ZSVA 4B9UA 4FVMA 2RPIA 1VSLA 4OKKA 4CEZA 5CY4A 4IDKA 3LPTA 4DU4A 4AHSA 4ID1A 3VQ9A 1B92A 1WAJA 3RMCA 4KTQA 2ITGA 4W5NA 3SQ0A 4CF8A 4HCBA 3IRXA 4RG8A 4CEQA 3AVIA 2ATQA 2X6NA 1NJXA 4PUOA 3L2QA 4NCAA 3RTVA 3AVJA 4F3TA 1EETA 3RRGA 2DY4A 4FJ8A 1ZBHA 3DLRA 1UWBA 4BWJA 4Z4EA 1XHZA 5J2QA 3RR8A 3OYEA 1S1UA 2KZMA 5CZ2A 4F2RA 1NK5A 2YNHA 4DSKA 4KHUA 3L3VA 3ZT2A 4E7HA 2G8VA 2F96A 4FJMA 3LPUA 1WSGA 3MAQA 4CF2A 4FJJA 3SCXA 3NFAA 2O4GA 4RW8A 3SPZA 1ZBFA 4FJIA 4QOZB 3T19A 2B5JA 4OLAA 2G8KA 4CGDA 3SQ1A 4CHNA 5HRRA 2FBTA 2FBVA 3KIOA 3P1GA 1W9HA 3AA2A 3FFIA 4KV8A 3C94A 3QEWA 4R5PA 4K8XA 2HVHA 2DFHA 3HSTB 2P5OA 4CJVA 2X78A 3LWLA 3AVCA 4BWMA 4M3WA 5D3GA 3WNFA 1DTQA 1CLQA 3KD5E 4DQSA 2XY5A 4FLVA 1L3SA 1RCHA 2XO7A 1RTIA 1NKEA 3ALYA 1U04A 4KTZA 3TAMA 1KLMA 1W0HA 1X9SA 2JLEA 4CIGA 1KLNA 1HPZA 3AVHA 3KK2A 3MEGA 1NK7A 3OYAA 3I8DA 4DSLA 4OPKA 2A1SA 4DQRA 3RMAA 1XHXA 1KFDA 1RDAA 2PY5A 3ZT3A 3S3OA 3QLHA 4IFVA 3RRHA 2BE2A 3H08A 3NH1A 5KTQA 2P51A 3TAQA 1NKCA 4ID5A 4CGGA 4HUGA 5C25A 4DS5A 4CCHA 3KKSA 3O3FA 2JGUA 1IG9A 4M3ZA 4QCLA 4ZHRA 3K58A 5DK5A 1LWCA 1VRUA 3V1RA 1VSFA 4DTOA 4JRQA 4CJKA 3QEXA 4E1MA 1JLCA 2XRIA 5J2NA 1RTDA 1HNVA 4EZ9A 1KVCA 4JS4A 2Z1JA 2G8IA 4LD0A 2R7YA 1J5OA 2QKKA 4B9TA 4BACA 4C8LA 4EZ6A 3EZ5A 4B8CA 1BCMA 4FJXA 1X1PA 5HROA 3AO2A 4IBNA 2HMIA 4HCCA 4AH9A 3OS0A 1HJRA 3LP3A 1IKYA 1QSSA 1Z25A 2ETJA 3VQEA 4FLTA 1N6QA 4BDPA 4DMNA 4Q5VA 1LWEA 4KHYA 3AO5A 1CZBA 3PX6A 1JXEA 3DLEA 5J1EA 1SV5A 3NH0A 4DG1A 1GOAA 2ZQBA 3LZIA 4FM0A 3B6PA 1RDBA 1T05A 2IDOA 4PQUA 4FJ5A 5K14A 3L2UA 1NJZA 3TAPA 1C1AA 1I3AA 3F9KA 4LY7A 3PO4A 2VG5A 3DLHA 1J53A 4CF0A 3MECA 1TKTA 3ZT1A 2XY8A 3C6UA 3ITHA 4UQGA 3V9UA 4F2SA 3OJUA 1BI4B 3VA3A 1FXXA 2KZZA 2HHVA 3OVNA 2BDPA 4PWDA 4CJTA 3M8PA 1RNHA 4BDZA 4OGCA 4HUEA 1S5JA 4DWIA 4FJLA 3TAFA 4OGEA 5FROA 2OZMA 4DS4A 3HPHA 1WNSA 3NAEA 4DF4A 4Y1DA 4CHOA 1D9FA 1LW2A 2OA8A 4M3XA 2HHSA 3CYMA 4M3YA 3ZCMA 4B08A 5HRSA 1ZBLA 4EP4A 1WN7A 3KTQA 3VN5A 1WLJA 3L2VA 1QHTA 3TARA 4I9QA 3OYBA 2G8UA 3V9WA 3HK2A 4DTPA 1N5YA 4GW6A 4CIEA 1CXUA 1U49A 4ELVA 1TGOA 4KB1A 4NCGA 4DTJA 5KI6A 5KRTA 4IKFA 1RT6A 4CK3A 4IG0A 4CFAA 3MXMA 3S9HA 1FKOA 3SJJA 3HVTA 2X74A 2QXFA 3NGYA 4O5BA 2HHWA 3SYZA 3DRRA 4BDYA 2YKNA 1S1WA 1QTMA 2PYLA 3AO1A 1B9DA 2RKIA 1VRTA 3ZT4A 4M45A 3V4IA 1K6YA 3M8RA 1NK4A 1L3UA 3IS9A 5FRNA 2HW3A 4CJ3A 3K5LA 4H4MA 3AA5X 4F4KA 5DMRA 1QSLA 2G8WA 4CHYA 1RDCA 3DI6A 3LANA 4E19A 3OYIA 1WSIA 4CJSA 3OJSA 1TV6A 4JS5A 4DTXA 3V81A 1U48A 3G0ZA 4B9MA 4DFMA 4KAZA 3VQQA 2IGIA 1UAXA 3OYMA 4J2DA 1Y97A 3VA0A 3QETA 1VSMA 3HP6A 1J54A 1Q9YA 2LSNA 3HPGA 1LWFA 1ASUA 3HL8A 3EYZA 4ELTA 4KHQA 1WSEA 5KGWA 3PUFA 2Y1JA 4DF8A 1KSPA 4AHTA 2HHUA 2YHAA 4E7KA 1YTUA 3T3FA 3NF6A 2EHGA 3K5NA 4FJGA 3DMJA 4CHQA 2B4JA 4CEBA 3KK3A 3LAMA 1JXBA 4HTUA 4JLHA 1S9GA 3SV4A 2D5RA 2GBZA 5I3UA 1NJWA 1RT1A 2ZE2A 5CZ1A 2Z1HA 2VG6A 3PX4A 3OY9A 3QERA 4LH4A 4CERA 1IH7A 4DQPA 3A2FA 2YNGA 1SKWA 4FK4A 2QK9A 4LSNA 1JLAA 4W5RA 4IG3A 3VQPA 1J9AA 2P5GA 3ZSQA 2D0BA 3RMBA 3ZSYA 3HT3A 4YNQA 2GV9A 2E6LA 3L3UA 3I0RA 4CHPA 3RWUA 3HVRA 4HHTA 4CJQA 3NHGA 3NGIA 4Z4IA 2HHXA 4RW7A 3HYFA 4FLUA 3PV8A 3V6DA 3KD1E 4B8AB 4CJFA 3ISNC 2A1RA 1RBUA 2VG7A 1IKXA 4E89A 3VQCA 4HUFA 4LSLA 4FJKA 4DTRA 2OPQA 4PY5A 4C8MA 1GOBA 4F8RA 2ZD1A 3SUNA 4FLZA 3QNNA 4N47A 4BE0A 1SKRA 1C1CA 4GVMA 1EKEA 3S3NA 2D0CA 1DTTA 4J2BA 4CEAA 1KVAA 1SL1A 1HNIA 1JLGA 3SI6A 4FK2A 3AVMA 3TI0A 4HVJA 2DFEA 3B6OA 3TAGA 3KLFA 4K8ZA 4NYNA 4M42A 1GOCA 3BGRA 1SL2A 2EX3A 2VWKA 1C1BA 4I2PA 1ASVA 1VSKA 1LV5A 1RT5A 1EXQA 3WNEA 2G8HA 3M8QA 4N41A 4OLBA 4CF9A 3QINA 3ZSZA 4CFDA 3OYHA 3NE6A 3IAYA 1IO2A 2P1JA 4KREA 3DOLA 1DLOA 3NF7A 1EX4A 5HBMA 2X6SA 2XHBA 3UIQA 4ZTJA 1NK6A 4I9LA 4OPJA 3M8SA 5FRMA 3L2WA 3VQAA 4DLEA 3NCIA 5CYMA 1XC9A 3TR8A 2WOMA 2HNYA 3OYCA 4OVLA 2Q3SA 3OYNA 3K57A 3AVBA 3DLGA 4ICLA 3AVNA 1RTHA 3AO3A 3SQ4A 1HQUA 4O44A 1Z26A 1T03A 1BGXT 1VSHA 3LP2A 3VQ5A 4AHRA 3SNNA 1F21A 4FZXC 1D5AA 5JS2A 2RN2A 2YNIA 1NKBA 3CFPA 3KKRA 3DRSA 3RMDA 1JLFA 4KFBA 1L3TA 2HNZA 3DLKA 1UA1A 5FDLA 1YVUA 1I39A 1YT3A 1VSEA 1RDDA 3ULDA 4QAGA 1WAFA 5CYQA 3K5OA 3WNHA 4Z0UA 5C42A 1R0AA 1T8EA 4Z4GA 2HNDA 1CXQA 1LAVA 3ZSXA 3MXIA 2VWJA 3PO5A 1NOZA 4CEEA 3MXJA 1KRPA 3QEIA 1BISA 4JRPA 4FYDA 1HMVA 3TAEA 1D8YA 4TSXA 4PA1A 3S3MA 3NDKA 4M3RA 3ZSRA 3HJFA 1TAUA 3CM5A 3OYDA 4KRFA 3OS1A 3NH2A 4FJNA 3PY8A 3ASMA 3VQDA 1BI4A 4EP5A 5HP1A 4KI4A 5KGXA 4BE2A 3U3GA 4KO0A 1REVA 4MFBA 4E7LA 1HRHA 2IAJA 4DFJA 3CFOA 1Q9XA 4RW9A 4E7JA 1O1WA 1XWLA 3QIOA 1JKHA 4CE9A 1BL3A 3OYFA 1LW0A 2HVIA 1JLEA 2Z1GA 3VQ4A 3O3GA 3BDPA 4O0JA 2D0AA 1NJYA 4CGJA 5JS1A 4KTWA 3K59A 1KCFA 3TABA 3O3HA 3U3YA 4DU1A 2OPPA 1JLBA 2PZSA 3SQ2A 4CESA 4B9SA 1IKWA 1S9EA 3OYJA 4E7IA 3DOKA 1TKZA 4KHSA 4DTNA 4AHVA 4E1NA 3E01A 1A5XA 1ZBIA 3IG1A 3AVAA 3OS2A 1QSYA 1ZBUA 1RBVA 4FW2A 1TAQA 4Z4FA 4CGIA 4FLWA 4CJEA 5SWMA 1VSJA 1TL1A 3VQ8A 1HYSA 1MU2A 4FM1A 2G8FA 3K5MA 1NK8A 1S1XA 4FLXA 3U6FA 1RBSA 2AJQA 4DQIA 3VQ6A 1JL2A 1L5UA 3NF9A 3MEEA 1BCOA 4CJ4A 3HXMA 4KKOA 2PYJA 1T7PA 2DFFA 3DRPA 1WSHA 2IC3A 1TK8A 3AVLA 4M3TA 3LAKA 3V9ZA 1HYVA 1VSDA 4CEDA 4N5SA 3DM2A 1S1TA 2BANA 3DYAA 1IKVA 2GUIA 4C8OA 2NUBA 1SKSA 1HYZA 3O4NA 4DLGA 1BIUA 1G15A 3C6TA 4KB0A 1RILA 2Y1IA 4KI6A 3JSMA 2BGGA 4MQ3A 4NCBA 1BIZA 4CGFA 1C0UA 4O55A 4CJRA 2OZSA 2YV0X 3LP1A 2O4IA 1ASWA 3QO9A 1NK9A 5HRNA 1S6PA 5E41A 4W5QA 3SV3A 3AV9A 4H8KA 2B6AA 3SZ2A 2KFZA 4CK2A 3V9XA 1A5WA 4M3UA 2OPRA 4FLYA 2KFNA 2DTUA 4F3OA 4RW6A 3V1QA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2F8TA 4FZZA 3AAPA 3QNOA 1B9FA 3ENOA 4NYFA 1A5VA 4M41A 5DM6L 1T6CA 1ZC6A 2YJEA 3CMEN 2O8CB 3D0PA 3HO1A 4G1QA 5J2MA 1BA0A 4AHCA 2BH1A 2Z1IA 3CM6A 3VTIA 1NMNA 3T69A 4CEFA 3QESA 3DXMB 3WXLA 3HRGA 3C0BA 2RF2A 4H5WA 2KQ2A 3ZSOA 3SUPA 4WE1A 4CI6A 3O08A 1YVNA 4L8RB 1LAWA 3OYLA 4DFKA 5BRDA 4BR7A 4IJAA 4B3MK 1Q8IA 1C6VA 1U45A 3EY1A 1GLEG 1S3XA 4BC2A 3P83D 4I2QA 4C8KA 4DQQA 3VQ7A 1VK0A 3THXA 3PX0A 3AVGA 3OYGA 3QEPA 3WEEA 2YHBA 4X62K 3KLGA 4FJ9A 1UOCA 3HSCA 2E2OA 4K41A 3VGMA 3ZETB 1FKPA 4H0PA 3NGZA 3LDOA 5FPEA 1NMDA 1BDGA 3ZLJA 4IFYA 2V7ZA 3FR0A 5C10A 1RBTA 2GWKA 3KLIA 4Y1CA 3SUOA 3DLLL 4KPYA 3OYKA 1TKDA 2YKMA 2ZF5O 4FJ7A 1TVRA 3VEZA 4FW1A 2I5JA 4DHYA 5GINA 5BPLA 4W5TA 3ZETA 1E4FT 4H5RA 1EP4A 4BR5A 5JLFA 3E9OA 1X9MA 1QQOA 4KBOA 5AQPA 5EU7A 2Q1NA 4CGHA 1BHLA 1JCFA 3O1BA 4GV6A 4FWNA 3K2PA 4H0VB 1JCGA 2KTQA 1C0TA 3T1AA 3KK1A 1C0MA 2XY7A 2HHQA 3ZSVA 1VQON 4FVMA 2RPIA 2IIRA 5CY4A 3LPTA 3H1QA 4H03B 2F7TA 2QWNA 3VQ9A 1E4GT 1Q18A 3QICA 4KTQA 3IRXA 4RG8A 1XUPO 4PUOA 3AVJA 4F3TA 4I6MB 4WFAL 4Z4EA 2QW9A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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