3U3GA

Structure of lc11-rnase h1 isolated from compost by metagenomic approach: insight into the structural bases for unusual enzymatic properties of sto-rnase h1
Total Genus 46
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
46
sequence length
140
structure length
140
Chain Sequence
MNKIIIYTDGGARGNPGPAGIGVVITDEKGNTLHESSAYIGETTNNVAEYEALIRALEDLQMFGDKLVDMEVEVRMDSELIVRQMQGVYKVKEPTLKEKFAKIAHIKMERVPNLVFVHIPREKNARADELVNEAIDKALS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords Ribonuclease H
publication title Activity, stability, and structure of metagenome-derived LC11-RNase H1, a homolog of Sulfolobus tokodaii RNase H1
pubmed doi rcsb
source organism Uncultured organism
molecule tags Hydrolase
total genus 46
structure length 140
sequence length 140
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2011-10-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13456 RVT_3 Reverse transcriptase-like
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3u3gA00
4PY5A 4Z4CA 4F3OA 1T03A 2DFFA 1VSJA 2G8HA 3NF8A 3P1GA 4DTPA 3U6FA 3KKSA 1L3VA 4FK0A 4PA1A 4F3TA 3O4QA 1RT5A 3ZSVA 3NHGA 4CFAA 3VQ5A 4OPKA 4N56A 4KO0A 1RDBA 4BE0A 2PY5A 4M3WA 1JLCA 1NK5A 1BCOA 3TR8A 5HROA 3QNNA 1NJWA 3RWUA 4KTQA 2KZMA 1RT4A 3AA2A 4F2RA 4CF9A 4R5PA 3VN5A 2HW3A 3VQEA 4CE9A 3LALA 4CEDA 4DQIA 4HCBA 3KTQA 4M3XA 2RN2A 3E01A 4FJJA 3IS9A 4PWDA 1C1AA 4F8RA 2G8KA 4CIGA 2OA8A 1NK4A 3RR8A 3ZT3A 1LV5A 5FRMA 1C0MA 2EX3A 5SWMA 3D0PA 5KRSA 3OYDA 4M42A 4W5NA 3QEIA 1FKOA 3QEVA 2A1RA 1CLQA 1SKRA 1HPZA 3HVRA 3P83D 3NCIA 4FLXA 1KSPA 4Q0BA 4C8MA 4YFUA 4FJHA 3LPUA 2VWJA 4DLGA 2JLEA 3DLGA 1JL2A 2OZSA 3OS0A 4M3UA 1HYVA 1IKYA 4DLEA 2YKMA 5DK5A 4FLTA 4F4KA 2Z1JA 2XRIA 4OGEA 4ICLA 2QK9A 3VQDA 4OLAA 4BDPA 2EHGA 1LAWA 4DTMA 3PX4A 1B92A 2HNZA 1NK0A 1VSDA 4DFKA 1ASWA 1J53A 1ASUA 3HL8A 3ULDA 2VG6A 4LSLA 4CFCA 4CJEA 3OYKA 1QE1A 3BDPA 4FCYA 2PZSA 4EP5A 3OYIA 1XHXA 3ZSWA 3QINA 3KKRA 4HVJA 1QS4A 4W5QA 3HXMA 4DQQA 3SUQA 4OPJA 3KK3A 2BE2A 1EP4A 2I5JA 4CJTA 3V9SA 3L2WA 1C1BA 1J54A 1YVUA 3DLRA 5J2NA 3NH2A 4E0DA 3HPHA 1UWBA 3OVNA 5CY4A 3V9WA 4B9TA 4CECA 1WAJA 1C0TA 3O3FA 4AILC 1L3TA 3RMCA 4O44A 1BIZA 2VWKA 4FK2A 1RCHA 4CJVA 1UAXA 3L8BA 1RDAA 1HMVA 4KHNA 4AHRA 1TGOA 3OYAA 4CJQA 1FKPA 2D0AA 4M3RA 2Y1JA 3V9XA 2D5RA 2E4LA 3OJUA 3CM6A 3DRSA 3AA5X 4E1MA 2HVHA 1IKWA 1TKDA 4Z4HA 3PO5A 3H08A 4CJSA 2Q3SA 3RRHA 3TAEA 4DWIA 3HYFA 1B9FA 2JGUA 3CYMA 4NYNA 4KI6A 2KFNA 4CEEA 2F96A 4H4MA 2FBVA 3L2VA 2E6LA 1RDCA 4CGDA 4IDKA 3LZJA 5E41A 3VQCA 4DS5A 1TV6A 4DTSA 1T05A 4ELVA 3TWHA 3AVBA 4AHTA 3LWMA 4CHQA 4B8CA 1A5WA 1CZBA 3NF6A 3O3HA 4BDZA 2YNHA 1X9MA 3F9KA 2G8VA 4WE1A 1NJZA 3L2RA 4L8RB 2B4JA 3THVA 3K57A 4H4OA 4B3OA 4FK4A 4TSXA 2RKIA 2RPIA 3M8SA 1TL1A 3KLHA 2VG7A 1XWLA 2XY5A 1X9SA 2XY7A 3DM2A 1DLOA 4E7KA 3OYCA 3U3YA 1L5UA 3AO2A 1QSSA 1ZBLA 4FW1A 4JS5A 2ATQA 3B6OA 3DLBA 4M45A 4LSNA 1YTAA 4Z0UA 4E19A 4E7JA 1U4BA 4K8XA 3VQ7A 2KTQA 4GMJB 4B9SA 2HVIA 4BE2A 1VSEA 4KI4A 4I9LA 3AVMA 4FZYA 3SQ4A 2VG5A 4FJNA 5KRTA 3RRGA 4IFVA 4N47A 3RTVA 3SQ2A 2KFZA 2OPQA 4M3YA 5T7BA 1KCFA 3KK1A 4E7LA 3QIPA 4CJ3A 3SPZA 1U45A 1ZYQA 2HHTA 1TL3A 1RT3A 4CGGA 4EZ9A 1KLMA 1RDDA 1WN7A 5KGXA 5CYMA 3AA4A 3T1AA 4DFMA 3PX0A 4BE1A 3V4IA 4N41A 1RTDA 3CG7A 4CEAA 1VSMA 1WSGA 2IC3A 3QETA 2O4IA 3RR7A 3M8QA 2IDOA 5DMRA 2HNYA 3AO3A 4BWMA 3SV4A 3RMBA 2YV0X 4E3SA 2P5GA 3MEDA 1LWEA 3QEXA 3FFIA 3DRRA 4HCCA 2QKBA 3AVKA 3RMAA 1HYSA 1NOZA 1RBTA 3KLFA 1HJRA 4CEQA 4FJXA 3VA0A 4J2DA 1S1WA 3ZSQA 4CHNA 3WNHA 2GV9A 3AV9A 2R7YA 1CXUA 4FLZA 3QEWA 1GOAA 1JKHA 3ZSZA 2HHWA 2DTUA 4DMNA 4KTZA 3V1OA 5HRRA 3AO1A 4I7FA 1SKSA 2ITGA 3NFAA 3KD5E 1Y97A 1SKWA 3ZSRA 4OKEA 1KLNA 5C24A 4PUOA 2F8TA 4CF2A 3LAKA 3V1RA 1NK6A 4KB1A 2DY4A 4Z4IA 3M8PA 4DU4A 3AA3A 3PY8A 4N76A 4DFJA 1NK9A 3LP2A 3TAPA 3OJSA 1CXQA 1Z25A 4CJRA 4DF8A 2HHQA 3AVNA 1JLFA 3AVHA 4C8NA 4E1NA 2XO7A 3QLHA 1SV5A 3QO9A 2ZD1A 1RTIA 4MFBA 4C8OA 3HO1A 1RT6A 4DQRA 1DTTA 4FM1A 3EYZA 2D0BA 1TK0A 3C6UA 4B8AB 2HHXA 4FZZA 2HB5A 4OJRA 2E6MA 1LW2A 3ZT4A 1S1XA 4CK1A 3TI0A 1N5YA 2Z1HA 3VQPA 4DU3A 3SUNA 1KRPA 5HP1A 3L2UA 3HT3A 1SL2A 4NCAA 2IGIA 4FJKA 2ZQBA 5FDLA 4DF4A 1D9FA 2Z1IA 1EX4A 4CEBA 3OYJA 4Y1DA 3VQAA 1HYZA 2OPRA 3DOLA 1BCMA 3G10A 4N5SA 1NKEA 1RBUA 1WNSA 4NYFA 4FLWA 1WSHA 2O4GA 3I8DA 1S1UA 2P51A 3K5NA 1JL1A 1SL1A 3O4NA 4CGJA 5HRSA 1ITGA 1TKXA 4W5TA 3P5JA 1Q9XA 4RW4A 3T19A 1VSFA 3V81A 4FJIA 4K8ZA 4OLBA 5HRNA 3I0SA 1NKBA 1EKEA 3LPTA 3NH1A 3K5MA 4B9MA 4GW6A 1I39A 3SQ1A 1VSHA 1WSFA 1XI1A 1UOCA 2AJQA 2WONA 4KREA 3OYFA 3LDSA 3VQBA 3KD1E 2IS3A 3SJJA 1A5XA 4CGHA 1S6PA 1VRUA 4AHUA 4FM0A 1QQCA 1RNHA 4F2SA 3SCXA 3DLHA 3AVLA 3OYEA 3MAQA 4FJ9A 1U49A 1RTHA 3SQ0A 1EXQA 4QCLA 4RG8A 3OYNA 3EY1A 3JSMA 2FBYA 1MU2A 1RILA 1NK8A 3L3UA 4EZ6A 4KB0A 1W0HA 3TAFA 4CJUA 2YNFA 1TK8A 3NF9A 1BISA 1JLQA 5K14A 2OPSA 1KTQA 1R0AA 1CZ9A 5CZ2A 3VQ4A 2FBXA 4NCGA 4DTOA 4FLVA 2G8FA 4C8KA 3AVJA 3AO5A 3LAMA 1Z26A 3KLIA 4FJLA 4G1QA 3NGZA 3TABA 1BI4B 1S1VA 4CEZA 1IKVA 4HUGA 4IFYA 3OYMA 3NAEA 1GOBA 3OYLA 1X1PA 4I2PA 1J5OA 3NE6A 1FK9A 2HHSA 4M3ZA 4FJMA 3QERA 4HUFA 3CFOA 4RW6A 4LY7A 1ZBFA 1C6VA 1LW0A 3MECA 3K5OA 5SZTA 3VA3A 1KVBA 3HP9A 2Z1GA 4EP4A 4B9VA 2ZE2A 3ITHA 3L2QA 4ELTA 3HM9A 4DSLA 4B08A 1QHTA 1NKCA 3MXMA 1QSYA 4DFPA 4CHZA 3KK2A 5KI6A 5C42A 1NJXA 4DSIA 1W9HA 3DLEA 2XY6A 3HVTA 1DTQA 1RT7A 3C95A 4AH9A 3C6TA 3CFPA 1IKXA 3AVGA 3I0RA 2NUBA 2ETJA 3DYAA 3ISNC 1C0UA 1TK5A 1KFDA 2BANA 1IO2A 4J2BA 2OPPA 4CHPA 3LZIA 1U04A 3LWLA 4QOZB 3V9UA 3OS2A 2QXFA 3NGYA 1RT1A 4DG1A 4AHCA 4DSEA 1SL0A 1L3UA 1ZBUA 3ZSOA 4I9QA 4CGIA 3SV3A 1T7PA 4CFBA 4DQPA 3NDKA 2B5JA 4I2QA 3ZSXA 3WNEA 4CEOA 4DTRA 1WLJA 2WOMA 4CHOA 2YNIA 4M41A 3QESA 1BIUA 2HNDA 4KHQA 3L3VA 1TKTA 4O4GA 3AVFA 3WNFA 1U47A 1HQEA 3K5LA 2G8WA 3HK2A 4ID5A 3PV8A 1VRTA 3D45A 4FLUA 1ZBHA 1TKZA 3NBPA 2X6SA 3VQ6A 4CF8A 4FM2A 1TAQA 1XC9A 3EZ5A 4DTXA 4DSJA 2GBZA 3ZSYA 3DLKA 3PX6A 3MXIA 3RMDA 1J9AA 4AHVA 4RW9A 3F73A 3IAYA 4M3TA 3NGIA 4MQ3A 1TVRA 3AVCA 4Q5VA 4FJ7A 3PO4A 4CJLA 4KHWA 1I3AA 2OZMA 1WSIA 5J2MA 2HHUA 1O1WA 3LP0A 1RBVA 2RF2A 3SUOA 4O55A 1KVAA 3QEPA 4FZXC 5JS1A 4HHTA 1X9WA 1HQUA 1WSEA 3SPYA 5I3UA 3OS1A 3M8RA 1T8EA 2PYLA 1C1CA 4O0JA 5KTQA 2PYJA 3AVIA 4J2EA 1WAFA 2KQ2A 4BDYA 1HNIA 1BL3A 1VSKA 1JLGA 4J2AA 3DMJA 3IRXA 4E89A 1REVA 5HRPA 4FJGA 3G0ZA 3UIQA 4JLHA 4PQUA 4GVMA 1S1TA 3S9HA 2W42A 1FXXA 4Z4GA 3WNGA 4O0IA 3HJFA 3MXJA 1RBSA 2YKNA 4B9LA 2KW4A 2F8SA 2B6AA 3DOKA 3IG1A 4Y1CA 1LWCA 3A2FA 4UQGA 4CFDA 3ASMA 2P1JA 4DU1A 3VQ9A 4LD0A 4XIUA 4DTJA 4KPYA 4LH4A 1BI4A 4FLYA 3S3OA 1S5JA 3OYGA 3TAQA 1HNVA 1BHLA 1L3SA 3B6PA 2GUIA 2X78A 4OGCA 3HSTB 1WSJA 5HBMA 4CIFA 2D0CA 3S3MA 4NCBA 4JRQA 1ZBIA 1B9DA 5I42A 3ZT1A 3HPOA 3TAGA 3QIOA 3HP6A 1Q8IA 2QKKA 4ELUA 3S3NA 1JLBA 4ZTJA 3U3GA 4IKFA 4CF0A 4ZHRA 3NF7A 3CM5A 4CJ5A 1S9GA 3K58A 3TARA 4OKJA 3DI6A 4OKKA 1UA0A 2KZZA 4KFBA 4CEFA 4W5RA 3ZCMA 1RTJA 2IAJA 4DSFA 3TANA 3PUFA 5EU7A 1SUQA 3TAMA 1S6QA 4CJ4A 3V9ZA 1YTUA 1ASVA 3KLGA 4FW2A 1IG9A 2FC0A 1D9DA 4CK3A 3VQ8A 4Z4FA 5D3GA 3MEEA 4KHSA 4CIEA 4KHYA 2HHVA 1QTMA 1Q9YA 4HTUA 4BACA 4KAZA 1JLEA 2XY8A 1JXEA 3HPGA 4KHUA 3OYBA 1YT3A 4DTNA 4FXDA 1NOYA 4FJ8A 1HRHA 1N6QA 5CYQA 4FJ5A 1RBRA 3MEGA 4KV8A 1KVCA 4ZTFA 4FVMA 4O5BA 4Z4EA 4LH5A 3ZT2A 4DTUA 4IBNA 5FRNA 1RT2A 5FROA 4E7IA 4CHYA 4CJKA 3AVAA 4DS4A 3V6DA 3SZ2A 2X74A 3ZT0A 4CF1A 4CJPA 5J2QA 3C94A 1UA1A 3KIOA 1NK7A 1VK0A 5KGWA 5C25A 4H8KA 2HMIA 4KRFA 2X6NA 4QAGA 4B9NA 4W5OA 2P5OA 1XHZA 4CJWA 2DFHA 1TAUA 4AHSA 4CGFA 3NH0A 3KJVA 4E7HA 4ID1A 2IOCA 4IG3A 3T3FA 2BGGA 1D5AA 4JRPA 4FYDA 1BQMA 4C8LA 3CQ8A 3O3GA 2DFEA 3AO4A 4CJFA 2BDPA 2LSNA 3DRPA 2XHBA 4CESA 4CK2A 3K59A 4DQSA 1GOCA 4B9UA 3LP3A 1A5VA 4KTWA 3ALYA 3SUPA 2YNGA 1KFSA 2YHAA 4RW7A 5J1EA 1BGXT 4CERA 1LAVA 1U48A 1G15A 3K2PA 2OYQA 4OVLA 3SYZA 5HLFA 3LANA 1LWFA 4DSKA 1JXBA 3OY9A 3V1QA 3SI6A 1F21A 1BQNA 3KLEA 3JYTA 2YHBA 5JS2A 4HUEA 3CFRA 2Y1IA 3QNOA 4BWJA 1EETA 5J2PA 1K6YA 3SNNA 2FBTA 1QSLA 1S9EA 2A1SA 4JS4A 3OYHA 3BGRA 5CZ1A 2G8IA 1VSLA 4RW8A 2G8UA 3LP1A 1NJYA 4CCHA 4YNQA 4IG0A 1IH7A 1D8YA 1VSIA 4KKOA 3VQQA 1JLAA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4PY5A 4Z4CA 1EWRA 1ZC6A 4BC2A 2G8HA 4DTPA 1BG3A 1OVQA 3HZ6A 1L3VA 2A41A 4PA1A 4F3TA 1RT5A 3VQ5A 2PY5A 2YHXA 4KO0A 4M3WA 1JLCA 5HROA 3PSIA 2D0OA 4CBXA 2F7TA 3VN5A 2OTJN 4FL9A 4FJJA 4CIGA 2P9IA 1Y64A 5C2DA 3ZT3A 1LV5A 2EX3A 5SWMA 1XQSC 4W5NA 3AGRA 3RSEB 1SKRA 1HPZA 3HVRA 5AZIB 2JLEA 2Q1NA 3ZX3A 5GAHP 5DK5A 2Z1JA 1IBKK 4KBOA 5F2RA 3WEEA 1W7AA 4BDPA 1B92A 1NK0A 4DFKA 1ASWA 3BY5A 1ASUA 3HL8A 3ULDA 3TTFA 1QE1A 4BRPA 2PZSA 5LL6Z 1VQ4N 5FPMA 3QINA 3VTHA 4CZFA 1QS4A 4W5QA 3HXMA 3SUQA 4CZKA 4BRKA 2I5JA 3L2WA 2O8CB 1C1BA 3J8AA 3BZKA 1IJJA 3D2FA 5J2NA 5GIOA 2YHYA 1UWBA 3OVNA 5CY4A 1QQMA 4BG9A 1JCFA 1WAJA 4BRQA 4CECA 5BR9A 2VQEK 3O3FA 2VWKA 3P31A 3LDNA 2FSJA 1FKPA 4M3RA 2ASOA 5AQVA 2Y1JA 3AA5X 3A5NC 2HVHA 3CCSN 3PO5A 3ULEA 4CEEA 4IJAA 4WF9L 3FZFA 2QWOA 1C0FA 1T6DA 2A5XA 5KPZA 3LZJA 4ELVA 4JHDA 1TV6A 3AVBA 1N34K 4CHQA 3MCPA 1BA1A 3F9KA 3THXA 3L2RA 4L8RB 2B4JA 4H4OA 4FWLA 1K73O 4WYBA 1TL1A 3KLHA 2GEMA 3DM2A 4DV2K 4JS5A 2ATQA 4JI8K 1YTAA 3MX5A 4NXNK 5M1FA 4K8XA 3VQ7A 2KTQA 2HVIA 5JVHL 4KI4A 4A61A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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