3U3GA

Structure of lc11-rnase h1 isolated from compost by metagenomic approach: insight into the structural bases for unusual enzymatic properties of sto-rnase h1
Total Genus 46
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
46
sequence length
140
structure length
140
Chain Sequence
b'MNKIIIYTDGGARGNPGPAGIGVVITDEKGNTLHESSAYIGETTNNVAEYEALIRALEDLQMFGDKLVDMEVEVRMDSELIVRQMQGVYKVKEPTLKEKFAKIAHIKMERVPNLVFVHIPREKNARADELVNEAIDKALS'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords Ribonuclease H
publication title Activity, stability, and structure of metagenome-derived LC11-RNase H1, a homolog of Sulfolobus tokodaii RNase H1
pubmed doi rcsb
source organism Uncultured organism
molecule tags Hydrolase
total genus 46
structure length 140
sequence length 140
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2011-10-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13456 RVT_3 Reverse transcriptase-like
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3u3gA00
5C25A 3C6TA 2HNZA 2IC3A 4DTPA 5FDLA 4B9TA 4CF2A 5J2MA 2G8IA 4B9UA 1REVA 1XWLA 5KGXA 2YKMA 3M8PA 4CEZA 3SV4A 3OYCA 1IKXA 3TARA 3D0PA 2OPQA 3QLHA 1GOBA 3CG7A 4DTXA 3NGZA 4KREA 4XIUA 3AA5X 2OA8A 3SPZA 4PWDA 5KRSA 3L2WA 4FLZA 1RDDA 4DF4A 3THVA 1N5YA 3SPYA 5HRSA 5T7BA 4N41A 1CZBA 1B9FA 4DTRA 3I0SA 3ZSZA 1T05A 3SQ4A 4OGCA 4AHSA 3MXIA 4W5NA 1WSJA 5D3GA 5KRTA 3AO2A 3KIOA 3NFAA 1S1WA 3OYFA 3M8SA 1MU2A 5JS2A 3S9HA 3AO3A 3IAYA 1R0AA 3QO9A 4CF1A 4CFCA 4CHOA 1CXQA 4M3WA 4FVMA 3TAPA 4C8NA 4G1QA 4ZTJA 3LPTA 4KV8A 4CECA 1ASUA 4CJUA 1WSEA 1B9DA 1LAVA 2Z1HA 4CFDA 3AVHA 3QEWA 1BCOA 4M42A 3DLRA 5KGWA 1N6QA 3AO5A 2QKBA 3WNEA 1O1WA 3NGIA 4FLUA 3KD5E 4FJMA 4CEDA 4CHNA 2P5OA 4EZ9A 4BWJA 3SI6A 1JL2A 4OKKA 4BACA 3MAQA 1NK5A 4E7KA 1T03A 2XHBA 2YNIA 1NJXA 4L8RB 1LAWA 1WSIA 1NK6A 4RW4A 4B9LA 3NH0A 5EU7A 4NCBA 4UQGA 1HRHA 1D5AA 4I9LA 3ZCMA 3VQ9A 4OPJA 4HUFA 2XY5A 3NE6A 3KLEA 4LH4A 2D0AA 2OZMA 4AHTA 1RT2A 2DFFA 3K5LA 4B3OA 3O3HA 2LSNA 1RILA 2A1SA 3M8QA 4BWMA 4JRQA 3TAGA 1QS4A 4FK0A 2OYQA 1IO2A 3LWLA 3ZSQA 4N56A 4CIEA 1BIZA 5J1EA 3OYIA 3MEEA 4KTWA 4PQUA 4CHQA 4I2QA 1JLGA 3HP9A 1QE1A 5FROA 2XY8A 2Q3SA 2HNYA 1TVRA 3VQDA 2KW4A 4YNQA 4FYDA 4Y1CA 2F96A 1GOAA 3LDSA 3U3YA 4IG0A 3OYLA 1KVAA 4O0JA 1U45A 1A5XA 1A5WA 4ID5A 1D9FA 2B4JA 2QXFA 3KK2A 5SZTA 1ZBLA 3AO4A 1EETA 3AO1A 4CEAA 4DSFA 4DU1A 4DU3A 4DTSA 3T3FA 4DLEA 3SV3A 2PZSA 2F8TA 3HVRA 4FLYA 4EZ6A 1XHZA 4CJEA 3LP2A 4FJKA 3H08A 5HRNA 4FCYA 2F8SA 4E1NA 1RT5A 1WN7A 5KTQA 3L2UA 4KFBA 4CJ4A 2RF2A 4CJKA 1RNHA 3AA3A 1BI4B 3RMBA 3CFRA 2HHQA 4LD0A 2YNHA 4CE9A 3UIQA 1VSLA 4F3OA 3K5MA 1TAUA 3V81A 1KLMA 1RBTA 3KLHA 3D45A 3DM2A 5HBMA 3AVIA 3QEIA 3NF6A 4CFBA 4DLGA 4BDPA 3S3OA 4DSKA 1IH7A 2HHUA 3QINA 3LP1A 4CF8A 3BGRA 3OYBA 1U48A 2VG6A 3NH1A 4HVJA 4CF0A 4Z0UA 4H4MA 4OLAA 1X9MA 4DTNA 2WONA 1IKVA 4KHWA 4IG3A 4BE1A 3SCXA 4CJVA 3M8RA 1C0MA 2D0CA 1KFSA 1FK9A 2RPIA 3RRGA 3SQ1A 4PUOA 1EXQA 4DQRA 5J2QA 3L3VA 3EZ5A 3PV8A 3SQ0A 4E7JA 1TKDA 3BDPA 4HCCA 3CFOA 3OYHA 4E7LA 1HJRA 1QQCA 4E19A 3DLHA 1WLJA 1NK4A 5HRRA 2R7YA 3SNNA 1HYVA 4CJQA 1SL1A 3KTQA 3OJUA 3MEDA 4MQ3A 3PX4A 4EP4A 1RBRA 4DWIA 2E6LA 1C0TA 2QKKA 3DLBA 4QCLA 3OYEA 2KTQA 4Z4FA 3JSMA 4CGDA 4HUEA 1QSLA 1KVCA 1JLCA 4O44A 2BGGA 1JXEA 2YNGA 4W5RA 3V1RA 1VK0A 4J2AA 3TANA 3VQBA 4FZZA 2ZD1A 4DQPA 1LV5A 1NOZA 3QERA 4DQSA 4K8ZA 2HHXA 4M3RA 4E7HA 3S3NA 3KKRA 4CIGA 3O4NA 2HW3A 3AVMA 3EY1A 3L8BA 4FLXA 4Y1DA 3TAQA 1J53A 4CGGA 3OYJA 1IKYA 4FLTA 3DOLA 1Q9YA 1D9DA 4DTMA 2D0BA 1LWEA 2Z1IA 4FK4A 2ETJA 4HHTA 4GW6A 1BI4A 4FW1A 3ZSRA 1S6QA 4DSLA 1BQNA 3KJVA 3K5OA 4FW2A 3V1OA 3PX6A 3KKSA 2X6NA 1NKEA 5I3UA 3JYTA 1TL1A 3ZSXA 5J2NA 1RT6A 4F3TA 1DTTA 3MXJA 3HP6A 1L3SA 3QEVA 3AVGA 3LAMA 3HYFA 3HJFA 3T1AA 4FM2A 1DLOA 1Z25A 4YFUA 1TL3A 4FJJA 3L3UA 3OS0A 4PY5A 3V1QA 3NHGA 4OLBA 3ZT1A 4QOZB 4GMJB 4KPYA 1HNVA 1C6VA 3NCIA 3AVAA 2BDPA 3HPOA 4Q0BA 1X1PA 2A1RA 3VN5A 4AHUA 4BE0A 3VQAA 4LH5A 4RG8A 1F21A 4DSEA 2PYJA 2P5GA 4KHSA 5K14A 4DS5A 5HRPA 3QETA 2EHGA 4CJRA 4CIFA 3AVNA 3KLGA 3AVFA 4NYNA 2NUBA 3LAKA 1QSSA 1VRUA 2PY5A 4DF8A 2O4GA 4PA1A 4J2EA 4FJHA 2HHWA 4NYFA 3RMCA 1A5VA 4CJTA 1VRTA 3WNHA 1NK8A 4AHRA 4O55A 4F4KA 1ZBIA 4M3XA 1WSGA 4M41A 3HM9A 1RTDA 4FJ8A 2KFNA 3DLGA 1B92A 3OYDA 4M3UA 1ASWA 3K57A 3QNNA 2QK9A 1TKZA 1S9EA 3ASMA 3T19A 2BE2A 1S1UA 4JLHA 4E0DA 3HPGA 2DFEA 1SV5A 1K6YA 2OPSA 1LW2A 3OS1A 1LWFA 2XRIA 3SYZA 1RT4A 1TK8A 4CJPA 4CGHA 4KRFA 2GV9A 2OZSA 5CZ2A 1IG9A 2BANA 1YVUA 1J5OA 3SZ2A 5FRNA 2VG7A 1DTQA 4Z4HA 2HMIA 4M3ZA 4TSXA 2KQ2A 1SKRA 2G8KA 4J2BA 3OYGA 2HHVA 3L2RA 4OJRA 3SUPA 3VA0A 4CEFA 1TV6A 4CJ5A 3OVNA 4FJGA 3ALYA 2XY7A 3SUNA 3VQ5A 4KHNA 2G8WA 3K59A 3DYAA 2G8VA 4M3TA 3E01A 3DLEA 4ID1A 1HYZA 2GBZA 4FJIA 2X78A 3G10A 4CEQA 3V9ZA 3QEXA 2KZMA 1C1AA 1JLEA 3B6PA 4C8OA 2FBYA 4QAGA 1NJWA 3V9UA 2Z1JA 3C94A 4JS4A 3B6OA 3VQCA 3CM6A 1FKOA 1TKTA 2OPPA 4CJ3A 4OPKA 3S3MA 3RWUA 3HO1A 4CK3A 1NKBA 4W5OA 3ULDA 3IS9A 1W9HA 2FBVA 2Y1IA 5CYQA 1LWCA 1EKEA 3DRRA 4CHZA 5E41A 1ZBHA 4EP5A 3O3GA 4N5SA 1KCFA 1RTIA 4H8KA 3K5NA 1UAXA 4ZHRA 2VG5A 2ZQBA 3VQ8A 3P1GA 3ZSVA 3LP3A 4CCHA 1XHXA 4CFAA 4NCGA 1JLFA 1TAQA 1JKHA 5HROA 1QTMA 2AJQA 3AA2A 1I39A 1KLNA 4KHUA 4I2PA 2YV0X 4DTOA 3CYMA 1W0HA 3DRPA 3RMAA 4BDYA 4AHCA 1SL2A 3P5JA 4DQQA 4AILC 2X74A 2ZE2A 4FM0A 1U47A 4CHPA 3K58A 2HHTA 2DTUA 4DMNA 1S1XA 3NF9A 3V4IA 4KHYA 1HQEA 1CXUA 3L2QA 3EYZA 4JS5A 5HP1A 3LP0A 3CQ8A 4KB1A 1RBUA 3DOKA 3VQ7A 1NOYA 1BHLA 3ZSWA 5I42A 1TKXA 1L3TA 2HB5A 5C42A 3HSTB 3LPUA 4DSJA 1XI1A 1RT1A 1HMVA 4DG1A 1QHTA 2WOMA 3QEPA 1WNSA 2VWJA 1YTAA 3DI6A 4DFJA 2KZZA 3QIPA 1RCHA 3KK1A 3G0ZA 4KI6A 3AVBA 1HPZA 2RN2A 4B8AB 4CGFA 4FLVA 3TABA 1U49A 1SKSA 3TWHA 3F73A 3SQ2A 3MECA 2IGIA 4RW8A 4BDZA 2YHBA 4HUGA 1S1VA 3RR7A 3I0RA 3OS2A 4O5BA 1KSPA 2B5JA 1SL0A 1RBVA 2E4LA 3KK3A 1HQUA 5KI6A 3MXMA 1BL3A 1G15A 2FBTA 1ZBUA 3DRSA 4CEEA 4ZTFA 1FKPA 2DFHA 5SWMA 1Q9XA 4FK2A 1J9AA 4B8CA 3SUOA 4CK1A 4N76A 1U04A 3HVTA 1ITGA 4GVMA 4W5TA 1SKWA 2RKIA 1CLQA 2P1JA 2FC0A 1U4BA 1VSFA 4DS4A 3LWMA 4C8LA 2ITGA 4KKOA 3C6UA 1RT7A 1SUQA 2IOCA 3NF8A 3VQ4A 4Z4CA 1WSHA 3DLKA 2Y1JA 1QSYA 4CJSA 2G8FA 3PO4A 3WNFA 4DTJA 4O0IA 4FJ5A 1TK0A 4CERA 4KTQA 2FBXA 1KVBA 1C1BA 1JXBA 1ZBFA 4CGJA 1I3AA 1XC9A 1EP4A 3WNGA 3OYMA 2W42A 4CGIA 3OYAA 1WSFA 1BIUA 3AVKA 3IG1A 4KTZA 4IDKA 3A2FA 4CEOA 4F8RA 3LZJA 1BQMA 3AA4A 3P83D 4Z4IA 4RW9A 1T8EA 3ZT3A 4DFMA 4B9NA 1YTUA 2EX3A 1LW0A 3O3FA 4M3YA 4E89A 4Z4EA 2IDOA 1ASVA 3ITHA 5CYMA 3V9WA 1S1TA 4BE2A 3V9SA 1X9SA 4B08A 4CJFA 3SJJA 1CZ9A 3AVJA 1RDCA 2I5JA 4R5PA 1RBSA 2JGUA 3TAEA 1S9GA 4O4GA 1GOCA 1UA0A 4F2RA 3RRHA 3F9KA 1JL1A 1HNIA 4CJLA 5CY4A 5DK5A 1UA1A 4KB0A 4DSIA 3V9XA 4FZYA 3HPHA 3LALA 1UOCA 2YNFA 3NF7A 1Z26A 4AHVA 1JLQA 3QIOA 3ZSOA 4KAZA 4DU4A 1EX4A 3RMDA 1Y97A 2X6SA 3NH2A 4E7IA 4IFVA 3QNOA 3KLIA 1BGXT 3DMJA 3VA3A 1RDBA 4HCBA 2XY6A 1NK7A 1NJYA 3PO5A 4FJ9A 4OGEA 4FM1A 5FRMA 2HVIA 2YKNA 4KI4A 1UWBA 4M45A 3TAMA 2DY4A 4H4OA 3PY8A 4Q5VA 3PUFA 4FJXA 2P51A 1VSEA 4OKJA 1L3VA 4LY7A 4DTUA 1D8YA 3KLFA 4IFYA 2G8HA 1VSJA 1Q8IA 4RW7A 3K2PA 4N47A 3V6DA 2XO7A 4FJ7A 3NGYA 1L3UA 1YT3A 3VQQA 5J2PA 4ELTA 1RTHA 4FJNA 4Z4GA 4JRPA 3MEGA 3TAFA 4I9QA 4B9MA 4E1MA 4B9SA 4C8KA 2HHSA 4ICLA 2ATQA 2OPRA 4I7FA 4RW6A 3ZT2A 4CEBA 4DFPA 4ELUA 4J2DA 4KHQA 3ISNC 1HYSA 2HVHA 4LSLA 1NKCA 3ZSYA 1BCMA 3CM5A 3VQEA 3SUQA 2E6MA 4FZXC 1ZYQA 1IKWA 1VSMA 2YHAA 1NK0A 3OYNA 4FLWA 4WE1A 4MFBA 5DMRA 1X9WA 4FJLA 3IRXA 1RTJA 1VSDA 3TR8A 3ZT0A 3NBPA 3OJSA 2JLEA 3U6FA 2HNDA 3L2VA 3PX0A 1VSHA 3AVCA 3AVLA 1TGOA 4CJWA 1C1CA 3RR8A 4FXDA 1L5UA 1KRPA 4B9VA 3HT3A 1JLBA 4KO0A 3VQPA 4IBNA 4OVLA 4LSNA 3RTVA 4DQIA 4DFKA 2IS3A 4CESA 1C0UA 2KFZA 4E3SA 4K8XA 1VSKA 3LZIA 3AV9A 1JLAA 2GUIA 1WAJA 4C8MA 1RT3A 5JS1A 3C95A 3O4QA 4OKEA 5CZ1A 3NDKA 5C24A 3I8DA 2PYLA 2VWKA 1BISA 1NK9A 3HK2A 2B6AA 1KFDA 2O4IA 4AH9A 1S6PA 3VQ6A 1J54A 1RDAA 1S5JA 1WAFA 4CF9A 4F2SA 3NAEA 4CK2A 1KTQA 3LANA 4IKFA 4NCAA 1VSIA 4HTUA 2IAJA 2G8UA 2Z1GA 3HL8A 1FXXA 2D5RA 3ZT4A 3FFIA 4W5QA 5HLFA 4ELVA 3OYKA 3QESA 1TK5A 3U3GA 4CHYA 1T7PA 3HXMA 3KD1E 3TI0A 3OY9A 3CFPA 1NJZA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4H0XB 5J2MA 3QMLA 4DR7K 1IKXA 3TARA 1YJNN 3EZWA 2OPQA 4DR5K 3CG7A 4XIUA 5KRSA 3WXMB 4FLZA 1RDDA 1SQKA 3WQTA 5F1XA 1JCFA 4W5NA 4KH4A 4YOVA 5D3GA 4DHYA 3S9HA 3AO3A 1CXQA 1K8KA 4FVMA 4JAXA 3LPTA 1QZ5A 1B9DA 1LAVA 1VQ5N 3VEYA 4CFDA 3QEWA 3AO5A 3NGIA 4FJMA 4BWJA 5C12A 3SI6A 2P9KB 2QEXN 4E7KA 4L8RB 5LMNK 4O8KA 4NCBA 1MWKA 3H3NO 2XY5A 3KVGA 4H03B 4AHTA 2DFFA 3CCEN 5BN9A 4B3OA 1XQSC 1RILA 4BREA 4BWMA 1IO2A 5LJWA 3OYIA 3G6EN 1NGHA 3L6QA 1MWMA 5LJVA 3HP9A 2ASPA 5FROA 3VENA 1TVRA 4FYDA 4Y1CA 3J8AA 3RSEA 3CJ7A 4KH5A 2B4JA 2CGLA 2QXFA 3AGKA 1EETA 3AO4A 4DU3A 3T3FA 4DLEA 3SV3A 1TUUA 1XHZA 3LP2A 2F8SA 4FCYA 3L2UA 4CJKA 3OW2M 2HBLA 2E1YA 3V81A 1KLMA 3D45A 1IJJA 3AVIA 4BDPA 4BGAA 2UXBK 3QINA 4CF8A 4H0TB 4ISGA 3NH1A 4HVJA 2P9PB 3U9DA 3THYA 4FVUA 2YJEA 1K8AO 3ATVA 4KHWA 4BE1A 4K43A 4LFCK 5AR0A 4JI5K 5BPMA 3EO3A 4DQRA 5J2QA 3PV8A 3CC4N 1NWKA 4L3QA 4CBWA 3HOSA 2I7PA 5HRRA 3SNNA 3L4IA 4JKGB 1T6CA 2E6LA 3P38A 4JKAA 5CHIA 1C0TA 2KTQA 1VHXA 3JSMA 1RGIA 1QSLA 1JLCA 4GVEA 2YNGA 3ZETB 4BROA 4YHHK 1LOTB 3V1RA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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