4BR7A

Legionella pneumophila ntpdase1 crystal form i, open, ampnp complex
Total Genus 116
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
116
sequence length
356
structure length
356
Chain Sequence
PCEKHSCIAVIDAGSTGSRLHIYSYDTDDTNTPIHIEEIWNKKIKPGFASIQPNSVTIDAYLTMLLADAPIHNIPVYFYATAGMRLLPQSQQKKYYDELDYWFRQQSQWQLVEAKTITGNDEALFDWLAVNYKLDTLKSVQNKSVGVMDMGGASVQIVFPMPKNAEISKHNQVELNIYGQNINLYVHSFLGLGQTEMSHQFLNSPSCFANDYPLPDGESGQGNAPSCKEEVTSLMNSVHKVNQQIQPLLALNPVNEWYSIGGISNLASSQLFHFENSELTNQSLLQQGDNQICHQQWDILNGQYPDDEYLYQYCLLSSYYYALMVDGYGINPNQTIHYIPPEQNLDWTIGVVLHRA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystallographic Snapshots Along the Reaction Pathway of Nucleoside Triphosphate Diphosphohydrolases
pubmed doi rcsb
molecule keywords ECTONUCLEOSIDE TRIPHOSPHATE DIPHOSPHOHYDROLASE I
molecule tags Hydrolase
source organism Legionella pneumophila
total genus 116
structure length 356
sequence length 356
ec nomenclature ec 3.6.1.5: Apyrase.
pdb deposition date 2013-06-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01150 GDA1_CD39 GDA1/CD39 (nucleoside phosphatase) family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4br7A01
3.30.420.150 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Exopolyphosphatase. Domain 2 4br7A02
4BC5A 4B1XB 3C7NB 1E4GT 2QXLA 3GG4A 2F9WA 2Q0UA 4BG8A 4BRKA 3C0BA 1KAZA 5AQGA 4NB4A 1ZC6A 2CGKA 3AY9A 2YI1A 2OANA 1GLJO 5AQYA 3D2FA 5CE3A 3DAWA 1HLUA 1SQKA 3R6MA 3U8XA 3VETA 3SJHA 3FFKB 3A5MC 4RWTA 2QM1A 1R59O 4FWQA 3MDQA 3MK6A 5LJVA 3QB0A 2YHXA 3JXUA 1DGKN 2Q36A 3ZX2A 3ZETA 1X3MA 4PKHA 4DQ8A 5BPNA 4CJ7A 5LJWA 2Q1NA 3WXLA 3O1WA 4CZEA 4DB3A 1GLFO 3CHWA 3ID8A 3L6QA 4BRCA 4BC2A 2V51B 3A8YA 4BG9A 2P9SA 5BN9A 3CI5A 4WQ5A 4FOEA 2A6AA 1GLBG 5AQMA 1KXPA 4O8KA 1CZAN 3FZLA 1V4SA 1QZ5A 3F9MA 1RDWX 2NRHA 2FLOA 4H5WA 4M63C 4QS9A 4BRMA 4H0OA 4M7XA 3C7NA 3TPQA 2CH5A 2GTDA 2HOEA 2IVNA 3B8AX 4JD2A 4BR2A 3MMVA 5JLHA 4BRPA 1XQSC 3JS6A 1OKJA 3LM2A 5AQQA 4EIAA 1HKGA 3CETA 4A62A 2Q97A 3CJ9A 3MN5A 3O08A 5EX5A 2D0OA 4A2BA 5AZJA 3ENHA 4YDUC 1BDGA 2VCPA 4H0VB 5AFUA 4ISEA 4FWLA 5AFUH 1S22A 4BGBA 1NMDA 3HBTA 4CZKA 4H0XB 4A2AA 4WYBA 5AQLA 4Z94A 5FPMA 4DCHA 4LC9B 5KQDA 2QWMA 4MO5A 4HWIA 3UKRA 3D2FB 4BR9A 2Q0RA 1K8KA 4Y0WA 1NGDA 2E2NA 3VPZA 2ITMA 3H3NO 5AZIA 5ADXA 1NGHA 1GLEG 1HX1A 1C0GA 2VYPA 4QS8A 3WUHA 2P9LA 2CH6A 3ZETB 5JLFA 4CZIA 5KPZA 4WQ5C 5AQFA 3FR0A 1NGEA 4I6MA 3EN9A 1RGIA 3QICA 3A5LC 3A5OC 4BVPA 3LM9A 3HSCA 3KHYA 3IMXA 3VF2A 2KHOA 2P9SB 5AQZA 5AQXA 2P9UA 1BU6O 2W40A 2QWRA 1BUPA 4BRHA 4FWOA 1QQOA 3WQTA 3CERA 1KAYA 1BOTO 2Q31A 1NLVA 1T6DA 3RSEA 3M1FA 3FLCO 3UKUA 3A5NC 4CZLA 4JN4A 1LCUA 1ZBSA 4JD2B 3I33A 2E2OA 1MWMA 4IJAA 1BG3A 3GE1A 4AM6A 4H5NA 4FPBA 4CD3A 1HPMA 2ASMA 4A61A 4YDUA 4WQ4C 1V4TA 5AQHA 4FWSA 4XH4A 5AZJB 4GNIA 4FWMA 3WT0A 3M6GA 4H0TB 2FSJA 5KPRA 3DXKA 2CGJA 3QFPA 3VGKA 3OHRA 5BRHA 2GWKA 1RFQA 3DXMA 1XUPO 3ZX3A 1QQNA 2VWBA 5AQJA 3ATVA 3UKRB 4B1WB 5JICA 1NGGA 1K8KB 1BA0A 3U9DA 1IJJA 5AQIA 4QS7A 3KZBA 1KAXA 2P9PB 2Q2RA 5AZIB 3ZEUA 3I8BA 1E4FT 5F0XA 2V7ZA 1P8ZA 3BEXA 2P9LB 3FZKA 2E88A 3H3OB 3HI0A 3W3DA 3VGMA 4I6MB 3HZ6A 4RCHA 4H03B 1Q18A 1DEJA 4AM7A 1ZXOA 1NGAA 4BR5A 3VF6A 2D0PA 3QBXA 4FOIA 2P9UB 2QWOA 1T6CA 4BR7A 5AR0A 4BROA 4MO4A 2V7YA 3BUZB 4BREA 5FPEA 2AP1A 2NLXA 2FSNA 3HTVA 2P9NA 1QHAA 3AARA 4FWNA 3IDHA 4K25A 5EVZA 4K41A 4B1VA 4CZFA 1U2VA 3FGUA 3RSEB 2DPNA 5E26A 3S41A 3UKUB 2IIRA 2PBDA 3EKSA 1EQYA 2QWLA 3VEWA 5ELZA 2IVPA 1JCEA 3LDQA 1YVNA 2A40A 1NGFA 4BRNA 4BRIA 1GLCG 4BRLA 2FF3B 4CZJA 2QWQA 2YHYA 5AQSA 4IJNA 3LDNA 4WQ4A 3EKUA 2GUPA 5AQUA 3W0LA 3BP8A 3O6WA 3VGLA 4XH5A 3SMSA 4GY2B 3U9ZA 2I7PA 5B8HA 3MN9A 4BVOA 2ZF5O 5TKYA 4H5VA 1X3NA 1NGJA 2YJEA 4DHYA 4ISGA 1TUYA 3LDLA 4H0YB 2HF3A 2P9PA 2ASOA 1TYQA 5ADXH 1C0FA 2NZTA 3DXKB 5I9EB 3O8MA 3MN6A 2D4WA 4PL7A 3DXMB 2QWPA 3DWLA 2GEMA 2ASPA 3GOIA 5AQTA 4CZMA 3LDPA 3EO3A 3VEOA 1HUXA 1HKBA 5EOYA 3BF1A 2H3GX 4JHDA 1GLDG 4IXCA 2EWSA 2P9KA 5BN8A 1SZ2A 4F9OA 1YUWA 4BR0A 1Z6RA 3ZEUB 3MN7A 3WXIA 4CBXA 4E1JA 1YXQA 4IO8A 3VERA 1MWKA 3AAQA 3FE1A 5AQRA 3VEYA 5E84A 5AQNA 1HKCA 2AA4A 3H6EA 4BR4A 3O1BA 4XEIA 3VEXA 1NGBA 3ATUA 4RTFD 2P9IA 4CI6A 4C23A 2E8AA 2BUPA 4PL8A 1S3XA 1NGCA 1LOTB 1X9JA 3WXKA 4IWVA 3FZMA 4FL9A 1ATRA 3CJ7A 3QMLA 5BPMA 3IFRA 3ULEA 4FSVA 4CBWA 2P9NB 5BRDA 3O5BA 5AQPA 4H0PA 1U2VB 3HM8A 1ATNA 1ESVA 1JCFA 3ENOA 1MA9B 2W41A 5F2RA 2I7NA 3QFUA 3CJAA 5FPNA 3LDOA 1WOQA 4NO7A 3L4IA 4EHTA 5BREA 2BTFA 1YAGA 2HMPA 3SK3A 3P4IA 3UB5A 2ZGZA 5LY3A 4IZ9A 4CZHA 2A5XA 5BR9A 3D2EA 3SMPA 1JCGA 3A0IX 5F1XA 3DJCA 1TYQB 3GDQA 3H1QA 3FZHA 1XC3A 3QDKA 2QWNA 2FXUA 3R9PA 4B1YB 3O4WA 5AQWA 2A41A 3O80A 3U4LA 2V52B 4JNEA 4BGAA 3CJCA 3CQYA 3J8AA 4JHDB 5AQVA 4B1ZA 2P9KB 4BRAA 3GL1A 1NBWA 1BO5O 2FSKA 3TU5A 1H1VA 3VOVA 4K42A 3FZFA 2GWJA 1Y64A 3EL2A 4CD1A 1QQMA 2HF4A 3EZWA 1D4XA 3H1VX 3R8EA 3GBTA 2YJFA 4BQLA 3H45C 2FF6A 2A3ZA 2D1KA 4BRQA 3WEEA 5BPLA 4PKIA 4BRDA 3IUCA 2P9IB 2IVOA 4JAXA 4O5FA 1J6ZA 3QBWA 4BRFA 2ZWHA 1GLLO 3D7EO 3WQUA 3LL3A 2E20A 3G25A 3ULEB 4CZGA 1IG8A 3VESA 3L0QA 3MCPA 4B1UB 2E2PA 1BWFO 1GLAG 2CGLA 2PAVA 2YHWA 2ZGYA 4MLEA 3UE5A 2UYTA 4BQZA 1SAZA 3VENA 1ATSA 5JMVA 3WXJA 4EHUA 4KBOA 2J4RA 4K43A 4EAHD 5EY4A 1NWKA 2GELA 3KVGA 1Z05A 1BA1A 3D2EB 3VEZA 1HJOA 4H5RA 4BRGA 4BC3A 5KQ8A 4M7YA 3H46O 4PKGA 3M3ZA 1NGIA 4XH1A 5KPTA 3VF4A 4FWRA 4L3QA 3AAPA 1QZ6A 2E2QA 3ZX0A 2WUSA 5BRFA 1DKGD 4EFHA 4MLHA 1WUAA 4B9QA 3CJ1A 3VEVA 1TUUA 4HTLA 3SLCA 1MDUB 4FPAA 4FO0A 4J8FA 4BC4A 3CQXA 4CBUA 4H5TA 5AQKA 2F9TA 3CIPA 4ISFA 1G99A 2E1YA 3BF3A 5AQOA 1NM1A 2YCHA 2QW9A 3CJBA 2A42A 3WEEB 1T44A 1U6ZA 2E1ZA 4FWPA 4FWKA 5FPDA 5EXWA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5M1PA 3KLEA 3SUOA 3C7NB 3GG4A 2QXLA 4BG8A 5C42A 2BE2A 1ZBHA 3HJFA 2CGKA 2YI1A 3OBWA 3QIPA 2OANA 1LAWA 4JK9A 4ID1A 3R6MA 3HPHA 4M3WA 2VQFK 5KGXA 3N4PA 4AILC 2YNHA 5GADP 2XY8A 1UOCA 3LAKA 2HMIA 1N33K 4I7FA 1SS6A 4OKKA 4CJ7A 1N8RO 1Q86O 3G0ZA 4FW2A 2RKIA 4CK3A 3L6QA 3OS2A 3PSFA 4IEEA 1SKWA 3BY5A 4AHTA 1VQ5N 3TAPA 3DLRA 2Z1JA 5IT9O 4BG9A 4AH9A 4FK0A 4M42A 4F2SA 4WFAL 1I39A 3SV3A 1GLBG 3AVHA 4O8KA 4X66K 5DM6L 3DLEA 4JRQA 1IO2A 1RDWX 3IS9A 4JS4A 4H5WA 4DV4K 1KLMA 2GTDA 3E9OA 4DV1K 3ZT0A 4CJ4A 2HOEA 4JD2A 4BR2A 4GV3A 1TL3A 4CJFA 4BRPA 5HBMA 2A1SA 3K2PA 3LM2A 4KHWA 3CETA 4A62A 3O08A 3RMAA 1HYZA 3BZKA 4DLEA 3CMEN 2NRWA 2VCPA 4H0VB 5AFUA 3V4IA 4R5PA 3HPGA 3HBTA 3K5OA 4CEOA 4FYDA 3K59A 4ELTA 4Z94A 1YHQN 1VRTA 1RBSA 3AV9A 4CESA 1G15A 1QS4A 2QWMA 4GV9A 4JK8A 3BGRA 4YFUA 2Q0RA 1Z26A 3DLGA 3OYIA 1GOBA 1FW6A 5C12A 4PWDA 2ITMA 3WXMB 2JLEA 1HNZK 4OLAA 4HCBA 4YOTA 3NBPA 3SBGA 3THXA 4Y1CA 3KKRA 5KI6A 5KPZA 4I6MA 4IEIA 1YVUA 3EN9A 1RGIA 3VQ7A 4CW7B 1EP4A 3A5LC 1T3VA 1S9GA 3WNGA 4C1NI 4B9VA 3AO3A 3L2VA 2OZSA 4DQPA 5AQXA 1MU2A 2W40A 4BRHA 4CK1A 1XNRK 1T7PA 1L3VA 2P5GA 1JLBA 4M3RA 1YITN 1Z25A 4CJRA 1QQCA 4KH6A 3TABA 4DG1A 4C1NK 1IKWA 1ZBSA 3QNNA 4JD2B 2FBVA 2NRTA 3I55N 5C2DA 1S6PA 3RMCA 3PY8A 1NJIO 1WSHA 4YDUA 4DV3K 4ELVA 1WSGA 1BCMA 5LMNK 4GNIA 3DM2A 1SL2A 4FM2A 4CEQA 3EYZA 3VGKA 3D0PA 3DXMA 3CFOA 4NCGA 3S9HA 1HNXK 3SYZA 3NFAA 5AQJA 3JYTA 1VAZA 5JICA 4KHQA 3K9KA 4NLBA 1FKPA 3CYMA 4ELUA 2Q2RA 3F2KA 5C10A 1RDUA 5CZ2A 1RT3A 2V7ZA 5LL6Z 3BEXA 3PUFA 4DR5K 4K8XA 3V1RA 4DR3K 3HI0A 3W3DA 3OYEA 5HROA 2HBLA 2X74A 4I6MB 3HZ6A 3MX2A 4H03B 2HHVA 1SUQA 2WONA 3KJVA 4AM7A 1HJRA 3CG7A 5C25A 3E9PA 3VF6A 2VQEK 3QBXA 4BE2A 1T6CA 2IGIA 4MO4A 2V7YA 5FPEA 3V9UA 4DR6K 3RR7A 2YHBA 4CFBA 4CGJA 3AARA 4FWNA 4B1VA 4K25A 4JS5A 1U2VA 3S41A 4EZ6A 4HVJA 5ELZA 2IVPA 2BANA 2IS3A 4BRNA 4BRIA 1GLCG 2XRIA 2O4GA 2FF3B 3NF8A 3IRXA 4W5QA 3LDNA 4WQ4A 1RT2A 4FJ9A 4CFCA 4O0IA 4CJVA 4PA1A 4BVOA 2ZF5O 2G8VA 1RDBA 1NG9A 5HRRA 4ISGA 1DLOA 1C1CA 1TUYA 3LDLA 1WLJA 3ZSVA 3NH2A 1J9AA 3DXMB 2ASPA 5AQTA 2KKZA 3BF1A 4IXCA 2EWSA 4CGFA 4DSJA 3ENBA 5BN8A 4JI8K 3SZ2A 4Z4GA 1YUWA 1Z6RA 4YOUA 2F4VK 3NE6A 4JI5K 3WXIA 4OKJA 4CBXA 4CE9A 4E1JA 4Z4IA 4IO8A 3AAQA 5AQRA 1BCOA 5AQNA 3PIOL 3O1BA 4XEIA 1NGBA 4AHRA 4DLGA 3ATUA 4JI2K 3CMAN 3THYB 3OW2M 4C23A 3QEXA 3PX0A 1UA0A 1NGCA 3OVNA 1W7AA 1X9JA 3KK2A 4OPAA 3L4QA 1X9SA 5T7BA 4FL9A 3KKSA 3HSTB 5CZ1A 3ULEA 3Q7BA 1N6QA 4JI4K 3KWIA 5SZTA 1U2VB 1ATNA 4Q0BA 3VQ8A 3SPYA 1JCFA 3VQQA 3SNNA 1QVFM 1TKZA 1MA9B 3QFUA 1GOCA 2Z1HA 5FPNA 3LDOA 1FK9A 1JLGA 4EHTA 4RW8A 1A5VA 4DSIA 2ZJQL 2ZGZA 4FJ7A 4IZ9A 1KCFA 1N32K 3A0IX 5F1XA 3DJCA 3HK2A 3QDKA 1XC3A 4U67L 4JI7K 2A1RA 2HBJA 3V9XA 2FXUA 1REVA 4J2AA 5HRPA 4DR7K 3WNHA 3O4WA 2A41A 4JNEA 3CJCA 3J8AA 2QEXN 3P38A 4BRAA 3V1QA 2FSKA 4DSEA 1RT5A 1ASUA 4CD1A 4CGGA 3D45A 1D9FA 3EZWA 2GX9A 4PHTX 3P1GA 4BQLA 4CVNE 1SL0A 2A3ZA 3VTHA 4CFAA 3MWTA 3J80O 2YX6A 3O4NA 3QBWA 4LD0A 3P5JA 3SUNA 1X1PA 3AGKA 1J5EK 3G25A 3ULEB 5HP1A 2RHKA 4Z4HA 4NYFA 3OYMA 2VWKA 3MCPA 1WSFA 5J2NA 3NH1A 1NNEA 2NRZA 3HO1A 3DYAA 4G1QA 3V6DA 1SAZA 1WAFA 5GIOA 3KIOA 4NXNK 5M1FA 4KBOA 4KRFA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 2ZGY A;  4OJR A;  3UE5 A;  2UYT A;  3MEE A;  3VEN A;  1IKX A;  5M1N A;  3SI6 A;  2NRX A;  3CPW M;  3KK7 A;  1J54 A;  4EHU A;  4BWM A;  3TTD A;  4H4M A;  2J4R A;  4K43 A;  2PZS A;  5D3G A;  4EAH D;  5EY4 A;  3NAE A;  2GEL A;  4E7K A;  1Z05 A;  2NUB A;  3D2E B;  2XY5 A;  5HRN A;  1IH7 A;  2IOC A;  4H5R A;  3K5M A;  5KQ8 A;  3CFP A;  3OYD A;  3M3Z A;  3SPZ A;  1VQ7 N;  1NGI A;  4W5T A;  4LFB K;  1JLF A;  4FWR A;  3ZX0 A;  2E2Q A;  2OPS A;  5E41 A;  2WUS A;  2R7Y A;  4K0K K;  4EFH A;  3SQ4 A;  1ZYQ A;  1VSH A;  3P83 D;  4J2D A;  4JKA A;  4NCA A;  1VRU A;  4HHT A;  4KB0 A;  5HOO A;  2ETJ A;  2YKM A;  2D0A A;  3OY9 A;  4KPY A;  1S1W A;  3CQX A;  1JLC A;  4B9L A;  1CZ9 A;  4E89 A;  3MEC A;  5AQK A;  4E7H A;  4PUO A;  3LDS A;  4Z0U A;  2E1Y A;  3BF3 A;  3C94 A;  1C1B A;  1LWE A;  1S1T A;  4O55 A;  3NF7 A;  2OCE A;  1U6Z A;  1BIU A;  5FPD A;  5EXW A;  1XHZ A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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