The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
28
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sequence length |
119
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structure length |
119
|
Chain Sequence |
KRQVASGRAYIHASYNNTIVTITDPDGNPITWSSGGVIGYKGSRKGTPYAAQLAALDAAKKAMAYGMQSVDVIVRGTGAGREQAIRALQASGLQVKSIVDDTPVPHNGCRPKKKFRKAS
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule keywords |
16S rRNA
|
| publication title |
Crystal Structure of 30S ribosomal subunit from Thermus thermophilus
rcsb |
| molecule tags |
Ribosome
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| total genus |
28
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| structure length |
119
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| sequence length |
119
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2013-06-26 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| K | PF00411 | Ribosomal_S11 | Ribosomal protein S11 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Ribosomal protein S11 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3OTO K; 4DUY K; 1FJG K; 5FLX O; 4B3M K; 4LF6 K; 4DV1 K; 1IBL K; 5LMU K; 4NXN K; 3J7A P; 4B3S K; 4DR6 K; 2VQE K; 4JI4 K; 1N33 K; 4KHP K; 1XNQ K; 4JI1 K; 4JI0 K; 4CW7 B; 1N34 K; 2UU9 K; 1HR0 K; 2HHH K; 1N32 K; 4LF9 K; 3J7Y P; 4DV5 K; 5IT9 O; 4JI6 K; 4DR1 K; 1XNR K; 1HNX K; 1HNW K; 2VQF K; 3T1H K; 4JI7 K; 1HNZ K; 4X66 K; 4JI3 K; 4LFC K; 4YHH K; 2UUB K; 4AQY K; 4DV0 K; 2E5L K; 4DR3 K; 4X64 K; 5BR8 K; 4OX9 K; 3J80 O; 1XMQ K; 1J5E K; 4K0K K; 4B3R K; 4DV3 K; 1IBM K; 4B3T K; 4JV5 K; 5LMN K; 4GKK K; 1N36 K; 5LL6 Z; 3JAM O; 4DR5 K; 1I94 K; 4DV6 K; 1IBK K; 4DUZ K; 4LF4 K; 4DV2 K; 2UXB K; 4JI2 K; 5IWA K; 4DR2 K; 2UUA K; 4X62 K; 4LF8 K; 4GKJ K; 4JYA K; 4DV4 K; 4LFA K; 2UXD K; 4JI5 K; 4YY3 K; 4V19 S; 4NXM K; 4LF7 K; 4LFB K; 4CVN E; 3J81 O; 4JI8 K; 4DV7 K; 4DR7 K; 2ZM6 K; 5AJ3 K; 2F4V K; 4DR4 K; 4X65 K; 1XMO K; 4LF5 K; 2UUC K; 3T1Y K; 2UXC K; 5A2Q O; #chains in the Genus database with same CATH topology 3TPQ A; 1GLE G; 4DV1 K; 3T19 A; 3VMF B; 3VQD A; 2OPQ A; 3VQQ A; 4U67 L; 4O5F A; 1SAZ A; 3I0S A; 3B8A X; 2RPI A; 4IEI A; 5AQY A; 3AA2 A; 3DLG A; 2W6L A; 2IOC A; 3M6G A; 4CEB A; 4KHP K; 3CC4 N; 5EVZ A; 1FXX A; 2DFH A; 4FJH A; 3QML A; 3VEV A; 2X78 A; 2A42 A; 3A0I X; 3WXL A; 1TV6 A; 5GAD P; 1JLA A; 2GEL A; 4ID5 A; 1UA0 A; 2YCH A; 2YI1 A; 2PYL A; 4ILG B; 4CGF A; 3S9H A; 4CD1 A; 4DTJ A; 1GLC G; 1RT3 A; 1NWK A; 1S22 A; 2CGK A; 4CIF A; 4LFC K; 3LAL A; 3LP2 A; 4M41 A; 4QS8 A; 4H03 B; 3WNE A; 1SL0 A; 2P9U B; 4CF1 A; 1CXU A; 2NNW A; 3RTV A; 3OY9 A; 2ZJP L; 3E9O A; 3MK6 A; 3QET A; 4OPK A; 1TYQ B; 3KD1 E; 4DHY A; 3TAN A; 1IBK K; 1WNS A; 5AQO A; 3RMD A; 3IMX A; 1QZ6 A; 4CJQ A; 3VQC A; 1C0G A; 4F8R A; 2KZM A; 2X6N A; 4A62 A; 2FF3 B; 4FLV A; 4IFV A; 3K58 A; 3VA0 A; 4M63 C; 2NRT A; 1ZC6 A; 4CK1 A; 3DM2 A; 3ZSV A; 3SBT A; 3BP8 A; 3CJ9 A; 2GTD A; 1NNE A; 3LP3 A; 1FW6 A; 2P9L A; 4CHY A; 1ZBU A; 4FL9 A; 4YOX A; 1L3V A; 4CES A; 3ZT0 A; 3KLF A; 1HMV A; 4Q5V A; 3VTI A; 2QI2 A; 5J2M A; 1NJW A; 4DWI A; 3AGK A; 4QOZ B; 2FF6 A; 2XY6 A; 1N6Q A; 4CVN E; 3D45 A; 3ULE B; 3NH2 A; 3OYF A; 3C6T A; 1D8Y A; 3BUZ B; 5AJ3 K; 4DR4 K; 3VQE A; 4A5A A; 3TSP A; 5AQW A; 3DLH A; 1WSF A; 2E2N A; 1QS4 A; 1B9D A; 2O4I A; 4K42 A; 2NUB A; 3R9P A; 3K5L A; 4KHN A; 4FLZ A; 3MN5 A; 4CI6 A; 2NRX A; 2QM1 A; 4FWS A; 5J2Q A; 4Y0W A; 5AQP A; 3ZT1 A; 1HPM A; 3O8M A; 5J2N A; 4RW7 A; 4M3Z A; 5CE3 A; 1W2B M; 4EIA A; 1HR0 K; 1WN7 A; 3KHY A; 1NGG A; 5HRO A; 3D2F B; 1JLC A; 5SWM A; 4C8O A; 3CC2 N; 4Y1D A; 3B6P A; 4MQ3 A; 4WYB A; 4C8N A; 3K2P A; 1GLD G; 1T6C A; 3AO1 A; 5AQK A; 4RW6 A; 4AM7 A; 4BRG A; 5JLH A; 4CE9 A; 2OA8 A; 2IC3 A; 3AAP A; 4YHH K; 4NB4 A; 4CZE A; 4X64 K; 1Q82 O; 4MLE A; 2FSN A; 1ITG A; 5AFU A; 1KLN A; 1B92 A; 2D5R A; 4B3R K; 4CJW A; 5GAG P; 1U48 A; 3NCI A; 1KVB A; 2FBX A; 1IKV A; 3ZLJ A; 2DFE A; 3H6E A; 4B1Y B; 3QFP A; 4DSE A; 4ISF A; 1WSE A; 1NJY A; 2PBD A; 1EWQ A; 3LAM A; 4B9N A; 4H4M A; 4RWT A; 2V7Y A; 4K41 A; 3PY8 A; 3D2E B; 4FZY A; 3BEX A; 3EN9 A; 3SAF A; 4FM1 A; 4WFA L; 1YF5 L; 4BY9 C; 3PSI A; 4OGE A; 1R0A A; 1S3X A; 2UYT A; 3OHR A; 5I3U A; 4BR0 A; 1QTM A; 1TKZ A; 3H1V X; 3WNH A; 2QK9 A; 4YY3 K; 4V19 S; 3E66 A; 1BIS A; 4WQ4 C; 3U3Y A; 4H0V B; 3G71 N; 1NKB A; 2E20 A; 1N5Y A; 4B9M A; 5JVG L; 3RSE A; 1EET A; 3IRX A; 5JMV A; 3U8X A; 4Z4E A; 3P83 D; 4CJS A; 4W5O A; 2O8C A; 4EP4 A; 3SZ2 A; 1T7P A; 3DOL A; 4DF4 A; 1TKD A; 4PA1 A; 4GVE A; 2G8I A; 4JKD A; 1FKP A; 1TUY A; 4FWR A; 3WQT A; 2VWB A; 5LMU K; 3TAM A; 1RT2 A; 1HJR A; 4JI4 K; 4FWN A; 3VEN A; 3O3H A; 3AY9 A; 2X6S A; 4JKF A; 1CZA N; 4Z4H A; 4K25 A; 4IG0 A; 3AVA A; 1RDB A; 2I7N A; 1HRH A; 2QW9 A; 3NF9 A; 4CZF A; 5DM6 L; 4FYD A; 3DXK B; 1QHA A; 3HPG A; 1NOZ A; 3FR0 A; 1SV5 A; 3H1Q A; 4YFU A; 4LD0 A; 2A1R A; 4WCE L; 3AAQ A; 3AO3 A; 5AQG A; 4Y1C A; 2E6M A; 1U4B A; 2FSK A; 3DWL A; 5FRN A; 5BRE A; 1IO2 A; 2E2Q A; 4IOA L; 2O8B B; 1S72 N; 4RCH A; 3L3U A; 5FPE A; 4IO8 A; 1K8A O; 4K0K K; 4RW8 A; 2YHW A; 1RNH A; 4FK0 A; 3THY B; 1BOT O; 4U7B A; 4JV5 K; 1CXQ A; 4KH4 A; 2P9P A; 1U45 A; 2VGN A; 4DUZ K; 4FM2 A; 4CED A; 1L3U A; 2UXB K; 2P9N A; 4BVO A; 5BRD A; 3DLE A; 3EKS A; 4XH4 A; 2P9U A; 3C94 A; 4J2B A; 2JWL A; 3ZSX A; 4KHQ A; 3BF1 A; 5FDL A; 4LF8 K; 2NRH A; 1BA1 A; 4Z94 A; 2RHK A; 3UIQ A; 3O9U A; 4HUF A; 3Q7C A; 1TVR A; 5DK5 A; 1IJJ A; 3GDQ A; 4I2Q A; 4DSJ A; 2FXU A; 3SUQ A; 2Q31 A; 4O8U A; 4PWD A; 3R6M A; 3MCP A; 4KTQ A; 3ID6 A; 3P4I A; 4DV7 K; 3P31 A; 1JCG A; 1VQ8 N; 2ZM6 K; 1UOC A; 2YNG A; 4CHP A; 1U47 A; 5CHI A; 4Z4C A; 4FWP A; 3WNF A; 4FK4 A; 2FLO A; 5HRR A; 3U4L A; 5FLX O; 3NF7 A; 4C8K A; 4CJU A; 4NCA A; 4ELV A; 4CJV A; 1SL2 A; 1TL1 A; 4A2B A; 5FPD A; 3SUN A; 5BPN A; 4E7K A; 5M1P A; 4TSX A; 3HRG A; 3KZB A; 3IDH A; 2HHH K; 3L8B A; 1LAW A; 4XH5 A; 1GOA A; 5EX5 A; 3R1X A; 3S3N A; 4CIE A; 3L0Q A; 1QVF M; 1Q9Y A; 4JD2 A; 3VQ7 A; 3SNN A; 5E26 A; 3OBY A; 3MEC A; 4XEI A; 2B5J A; 2UUB K; 4BGB A; 3RR8 A; 1Q7Y O; 3P1G A; 4H5W A; 3U9D A; 3G0Z A; 3O1W A; 1WSI A; 4Z0U A; 4CJL A; 1YTA A; 3NHG A; 4DS4 A; 2WON A; 3RR7 A; 2ASO A; 1RGI A; 3CET A; 3L2V A; 4BG8 A; 4DLG A; 4H0O A; 3EE9 A; 5KPT A; 4DR5 K; 3KKS A; 3TWH A; 1JLB A; 4BRK A; 4DF8 A; 3V9S A; 5JS1 A; 3JXU A; 3MN6 A; 1CZ9 A; 1HKG A; 3CQY A; 4HCC A; 3FZM A; 4ICL A; 3CCM N; 2Y1J A; 4BR9 A; 4KHS A; 4AHV A; 3M1F A; 2HHT A; 5M1K A; 5KRS A; 4EHT A; 1VSJ A; 3EE8 A; 4BC2 A; 3QNN A; 1OH7 A; 1ASW A; 3M8P A; 1E4G T; 5D3G A; 4FJL A; 1SUQ A; 2OAN A; 2P9L B; 3S41 A; 1XHZ A; 4BQL A; 4FM0 A; 3DAW A; 3AVI A; 3D2E A; 3KK3 A; 4E19 A; 4O5B A; 1WUA A; 3A2F A; 2PFU A; 3SBG A; 3WXI A; 4KRE A; 3E01 A; 4DLE A; 3FZH A; 4BC4 A; 4AHT A; 1TUU A; 1VRU A; 1RIL A; 3G25 A; 3OYJ A; 5GIO A; 4N56 A; 2QXF A; 1HNI A; 1KRP A; 3RMB A; 5LJW A; 4CJ4 A; 4CEC A; 3NVK A; 1NGD A; 3DI6 A; 1RT6 A; 1EP4 A; 1SKR A; 1N34 K; 3GL1 A; 1A5X A; 4CJR A; 3SQ0 A; 3H3O B; 1XC3 A; 1TGO A; 1EWR A; 3OYL A; 1K8K A; 4BRQ A; 3E1Y A; 5CY4 A; 3T1H K; 5AQQ A; 5J1E A; 3VQP A; 4PKI A; 4CHN A; 1BHL A; 1JLG A; 3THW A; 1X1P A; 2HNZ A; 4CF0 A; 2E5L K; 2O4G A; 3VQ9 A; 3CJ1 A; 3DXK A; 1NK9 A; 1LWF A; 3K9J A; 4ISE A; 2CH5 A; 4CF8 A; 3K57 A; 2JGU A; 4KHW A; 1RDC A; 2B4J A; 1HQE A; 4NYF A; 1UA1 A; 4FWO A; 3LM9 A; 3H45 C; 3HTV A; 4IEE A; 4GKK K; 3T69 A; 1NMD A; 4HUG A; 3K5N A; 5BPL A; 4LF4 K; 4YNQ A; 1NOY A; 3ZX3 A; 4PKH A; 3K9K A; 3MEG A; 1QQN A; 4HTU A; 2HBK A; 3R3L A; 4CJ7 A; 1WSG A; 3THY A; 2E8A A; 3CJC A; 1HQU A; 1C6V A; 3ZET A; 4BWM A; 5FRM A; 4CJ5 A; 4LH4 A; 1C0T A; 1YIT N; 1J9A A; 1ILY A; 3PO4 A; 2ZGY A; 2KW4 A; 3CJA A; 4IO9 L; 3EY1 A; 2G8F A; 4FZX C; 4PY5 A; 4LC9 B; 4BE0 A; 4F2R A; 1IH7 A; 1DKG D; 1RTI A; 4FZZ A; 1IKW A; 3LDO A; 2HF4 A; 3ISN C; 4FWL A; 4DKW A; 4BRL A; 1B9F A; 3TAP A; 4OPA A; 2XY8 A; 3RSE B; 3VGM A; 2Z1I A; 4IWV A; 4CEF A; 3V6D A; 2UXC K; 3HI0 A; 4DUY K; 1FJG K; 4UY8 O; 4F4K A; 2O8C B; 1NJZ A; 1W7A A; 4B9Q A; 3CCS N; 4ZTF A; 3AVH A; 2KFN A; 1X9S A; 4XH1 A; 3MX5 A; 4RTF D; 4CHO A; 1GLF O; 3W3D A; 3F2K A; 4J8F A; 1XNQ K; 1ASV A; 1T6D A; 3B6O A; 1WAJ A; 3AVF A; 1KCF A; 3AVM A; 4KO0 A; 2G8H A; 3UKR A; 3PIP L; 3MED A; 5AQJ A; 2VWJ A; 4E7I A; 2BH1 A; 4LF9 K; 3J7Y P; 1D4X A; 4DTR A; 1VSK A; 2Q0R A; 3VEY A; 1YXQ A; 2VGM A; 5HLF A; 3EZ5 A; 2W42 A; 3THX A; 4M3X A; 4ZTJ A; 1HNW K; 3LZJ A; 3DOK A; 5M1F A; 4B3O A; 4KH6 A; 4X66 K; 4FW2 A; 3AO2 A; 1YUW A; 1E3M A; 1GLJ O; 3EL2 A; 4WQ4 A; 1YIJ N; 4E3S A; 4FJ9 A; 3I56 N; 4O0J A; 3PX6 A; 2Y1I A; 4DSF A; 3GOI A; 1J5E K; 1NGC A; 3HPO A; 2ASP A; 2FSJ A; 5C2D A; 4B3T K; 1Z05 A; 3T3F A; 4BDZ A; 3VQ6 A; 2HOE A; 1VSE A; 2HST A; 3V1R A; 2XRI A; 2P9P B; 4DG1 A; 5C15 A; 2QWN A; 4JEP A; 1Z26 A; 1GOC A; 2F8T A; 3ATU A; 2P9N B; 2PZS A; 5HRN A; 3CG7 A; 4GKJ K; 4DFK A; 3QBW A; 3V1Q A; 1L5U A; 3AA3 A; 2Z1H A; 4GW6 A; 4B1V A; 2OTL N; 4DU4 A; 1RTJ A; 3UKU B; 1I39 A; 3PO5 A; 1NK7 A; 4NXM K; 4KI6 A; 5TKW A; 4JI8 K; 1DTQ A; 3SQ4 A; 4K8X A; 4JLH A; 1VSI A; 5EY4 A; 4JKA A; 4BE2 A; 4Q0B A; 3SQ2 A; 3AO5 A; 4YOR A; 1FK9 A; 4FCY A; 4CGH A; 1T3V A; 3HJF A; 3QBX A; 1YTU A; 4WFB L; 4KI4 A; 2AA4 A; 3KK7 A; 4FLT A; 3P38 A; 4F3T A; 4E1M A; 2F9W A; 1CLQ A; 3SLC A; 3CME N; 2KFZ A; 2OTJ N; 2RF2 A; 3MDQ A; 4OKK A; 1RDU A; 3FE1 A; 2HW3 A; 5BPM A; 1VQ9 N; 2HHQ A; 4CBU A; 3ALY A; 3U3G A; 3A5O C; 1NGJ A; 3OS0 A; 1QZ5 A; 1S9G A; 3QEP A; 2QWM A; 1A5V A; 4I2P A; 3OYE A; 3VF2 A; 4CJK A; 2PAV A; 4BC3 A; 1DTT A; 2HBM A; 3NE6 A; 1HNZ K; 3TR8 A; 3HST B; 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3FZF A; 3HYF A; 3IS9 A; 1LWE A; 4W5R A; 4BR4 A; 3SK3 A; 4OLA A; 5AZI A; 3TTD A; 3SMS A; 4H0Y B; 1MWK A; 1QVG M; 1XNR K; 4DQP A; 4BQZ A; 4CZL A; 3HXM A; 1L3S A; 4HUE A; 1K8K B; 2YNF A; 4JI3 K; 4PL8 A; 4AF1 A; 4DTS A; 1XI1 A; 1TKX A; 3E9L A; 2D0C A; 3ENB A; 4AHC A; 3LZI A; 1BU6 O; 1RDD A; 3TSQ A; 3THW B; 4CEQ A; 1RTD A; 3VEX A; 4C1N K; 4E1N A; 1RFQ A; 2ZE2 A; 3THV A; 3VF4 A; 2VCP A; 3OYA A; 3FZK A; 1BIZ A; 2BAN A; 1IBM K; 3KLG A; 1BI4 A; 5GAH P; 4I7F A; 4MLH A; 3L6Q A; 2IAJ A; 4CHQ A; 3LL3 A; 2D0B A; 1MA9 B; 4L8R B; 3LDP A; 1JLF A; 3AVJ A; 3WUH A; 5IWA K; 4YOV A; 1Q9X A; 3OYK A; 1JL2 A; 2IIR A; 1DGK N; 1SQK A; 2WC9 A; 4H0T B; 3CQ8 A; 4AIL C; 3WEE A; 3RMC A; 4LFA K; 2F96 A; 4B8C A; 3LDQ A; 2KZZ A; 4M3R A; 4CK2 A; 4CJF A; 1YT3 A; 3ZET B; 4PQU A; 3T1A A; 1Z6R A; 3I8D A; 4CFB A; 4KH5 A; 3G6E N; 3C65 A; 1RT5 A; 4CGD A; 4C23 A; 2EX3 A; 3ZSR A; 3DRS A; 3LAN A; 5KGX A; 3OS1 A; 3D7E O; 3GG4 A; 3U9Z A; 2FBV A; 1XMO K; 4LF5 K; 2UUC K; 3UKU A; 4DTX A; 2ETJ A; 3ASM A; 1S1V A; 2KKZ A; 5GIP A; 3VES A; 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