3LDOA

Crystal structure of human grp78 (70kda heat shock protein 5 / bip) atpase domain in complex with amppnp
Total Genus 113
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
113
sequence length
382
structure length
382
Chain Sequence
DVGTVVGIDLGTTYSCVGVFKNGRVEIIANDQGNRITPSYVAFTPEGERLIGDAAKNQLTSNPENTVFDAKRLIGRTWNDPSVQQDIKFLPFKVVEKKTKPYIQVDIGGGQTKTFAPEEISAMVLTKMKETAEAYLGKKVTHAVVTVPAYFNDAQRQATKDAGTIAGLNVMRIINEPTAAAIAYGLDKREGEKNILVFDLGGGTFDVSLLTIDNGVFEVVATNGDTHLGGEDFDQRVMEHFIKLYKKKTGKDVRKDNRAVQKLRREVEKAKRALSSQHQARIEIESFYEGEDFSETLTRAKFEELNMDLFRSTMKPVQKVLEDSDLKKSDIDEIVLVGGSTRIPKIQQLVKEFFNGKEPSRGINPDEAVAYGAAVQAGVLSG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Adenosine-Derived Inhibitors of 78 kDa Glucose Regulated Protein (Grp78) ATPase: Insights into Isoform Selectivity.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
molecule tags Chaperone
molecule keywords 78 kDa glucose-regulated protein
total genus 113
structure length 382
sequence length 382
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.6.4.10: Non-chaperonin molecular chaperone ATPase.
pdb deposition date 2010-01-13
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.30.30 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Defensin A-like Defensin A-like 3ldoA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3ldoA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3ldoA03
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 3ldoA04
1HJOA 3B8AX 3LM2A 3H3OB 4CZKA 2FXUA 4FL9A 3CQXA 4XH5A 3F9MA 3RSEB 3I33A 5ADXH 3H1VX 4WYBA 5AQQA 4YDUC 2V51B 3AAPA 3U4LA 5BN9A 2FSJA 4H0TB 2QWMA 3C7NB 3AY9A 2FLOA 1JCEA 2ZGZA 2BUPA 4RTFD 4B9QA 4CZIA 1BWFO 3LDOA 3J8AA 2A40A 1HUXA 2YCHA 2Q2RA 1NGIA 2FSKA 3CJAA 5BRHA 2E20A 2Q36A 5F2RA 5AQHA 3O08A 3U9ZA 3WEEA 3VGMA 3DXKA 1NGEA 1E4GT 2VCPA 1YAGA 2NRHA 2UYTA 5JICA 2YI1A 4BRKA 1WUAA 4IJNA 1NGFA 4DQ8A 2I7PA 4EHTA 3A5NC 5AQJA 4PKIA 4FOIA 4A62A 5E26A 1MWKA 3VGKA 4BRAA 2GWJA 2DPNA 2CGKA 4AM6A 2ZGYA 4BC5A 3G25A 2IVNA 4JHDA 3VEWA 5EVZA 2H3GX 3CETA 2AA4A 4WQ5A 3H45C 3VEOA 3CQYA 4YDUA 2ASMA 3LM9A 5AQWA 1Q18A 5FPMA 3EKSA 4H0VB 1E4FT 1IG8A 2OANA 2Q0UA 4BC3A 3MMVA 4BGBA 4A2BA 4DB3A 3P4IA 1DEJA 3VEXA 4LC9B 2QWRA 1QQMA 4H5WA 2ZWHA 3I8BA 3VERA 3IDHA 1ATRA 3GOIA 4BRHA 3VEYA 3HTVA 3LDNA 2FF3B 1HLUA 2ITMA 2E8AA 1HPMA 3VEZA 4BRDA 5BPNA 3VENA 5E84A 3L0QA 3OHRA 2QWPA 5BPMA 1P8ZA 3ULEA 4I6MB 1JCFA 1ZXOA 4ISFA 2E88A 2IVOA 2P9UB 3ENOA 4JD2B 4CBUA 5KPZA 1NLVA 3WT0A 4FWKA 1XQSC 3LDPA 4BRLA 4CI6A 3BP8A 3RSEA 5BN8A 3KVGA 5AQPA 5AQOA 3UKUB 4BRQA 4EIAA 1Y64A 4AM7A 4H5RA 3GBTA 3L4IA 4QS7A 4H5VA 5KPRA 3CJ1A 2PAVA 5AZJB 1C0FA 3TPQA 1TYQB 2YJEA 4RCHA 4FWPA 5ADXA 5KPTA 4FWQA 3HM8A 5BR9A 1T6CA 2E2PA 4MLEA 1RFQA 2IIRA 1BO5O 1HX1A 3HSCA 3H6EA 3KZBA 4ISEA 3W0LA 4BRGA 1JCGA 1NGJA 1X3NA 4B1VA 3ZETA 3D2FB 1BDGA 1T6DA 3CI5A 1D4XA 5AQNA 3GDQA 1T44A 4IJAA 3ZEUB 3DJCA 3FGUA 4PL8A 2Q97A 4CZFA 3UKRB 3VOVA 1QZ6A 3MDQA 4NB4A 4CZGA 2E2OA 4IXCA 4HTLA 4QS9A 3M6GA 3ZX2A 1WOQA 5AQTA 4L3QA 3KHYA 4GY2B 1ATSA 3O6WA 4A61A 1GLFO 3UKUA 3L6QA 2D4WA 4CZJA 2E2NA 2W41A 5LY3A 5AQGA 4JNEA 3M3ZA 2I7NA 1QQNA 4IO8A 2A42A 4BR9A 2D0OA 1BG3A 3QMLA 4WQ5C 4CD3A 4DHYA 4H0PA 1NGCA 4BRIA 5AQFA 1CZAN 3ULEB 5TKYA 4WQ4C 4FO0A 3WQUA 4EAHD 1KAXA 5KQ8A 5FPEA 3WUHA 5EX5A 1G99A 4GNIA 1K8KA 3JXUA 5AZIA 2EWSA 2P9SB 2V52B 4B1UB 2D1KA 4IWVA 1Z05A 3VF6A 3IMXA 4B1ZA 1ESVA 2D0PA 5LJVA 3CIPA 3AAQA 5AQSA 4K42A 3VF2A 3WQTA 1TUYA 4H5TA 1ZC6A 1BA1A 1SQKA 2BTFA 4H03B 3SK3A 5F0XA 3DXMA 2ASPA 2P9IB 4FOEA 5JLHA 4BR4A 4H0XB 3EKUA 4H0OA 4CZHA 1H1VA 5AZIB 4BROA 3QFUA 2GWKA 3H3NO 3SJHA 2P9PA 4BQZA 1MWMA 5AQUA 3R8EA 2FF6A 2GELA 3MN5A 5JMVA 3ATVA 1U2VB 3FE1A 4K25A 4FPBA 4BRNA 3WEEB 3VF4A 1V4SA 1QHAA 1XUPO 2QWQA 4BRCA 3A0IX 3A8YA 5EOYA 3VETA 3EN9A 3HZ6A 2HF3A 3GG4A 2GTDA 1EQYA 3AARA 3H1QA 5AQYA 1MA9B 2A3ZA 3MN9A 2Q1NA 4MLHA 3UB5A 2VYPA 4BC4A 3C7NA 4RWTA 1S22A 2Q31A 5CE3A 4MO4A 1YVNA 4BVPA 3ZX0A 4BRFA 3CHWA 2P9IA 4CD1A 1MDUB 4B1XB 4K41A 3D7EO 1GLJO 2HF4A 3GE1A 3VEVA 3FZMA 5LJWA 4FPAA 1XC3A 4NO7A 3O80A 3ZETB 1U6ZA 3CERA 3U8XA 1RDWX 1GLAG 2NZTA 4HWIA 2HOEA 2P9UA 1BU6O 2FSNA 2CGJA 5BRFA 1HKCA 2QWLA 2E1ZA 1TUUA 1U2VA 1KAZA 3DWLA 3MN7A 4ISGA 2W40A 3EO3A 4BR5A 3DAWA 1K8KB 5AQKA 3ZX3A 5AQVA 4QS8A 5AFUA 3SLCA 1R59O 4BR7A 2ASOA 3LDQA 4BR2A 1KAYA 4C23A 2A5XA 5I9EB 1NGAA 1SAZA 3ID8A 2E2QA 3HBTA 4JHDB 3GL1A 4FWRA 4BRPA 4PL7A 2CGLA 3BF1A 5AQXA 2VWBA 2P9KA 4BC2A 1QZ5A 2E1YA 2HMPA 3R6MA 5BREA 5AQRA 2A41A 1NGHA 2CH6A 2YHWA 1BOTO 4JD2A 4BG9A 3W3DA 3IUCA 3CJCA 2P9NA 4FWOA 4A2AA 4XH4A 2IVPA 3JS6A 3UKRA 1S3XA 3LDLA 3MK6A 4PKHA 5F1XA 3BUZB 4F9OA 4H5NA 1GLBG 1YUWA 3O1BA 1J6ZA 3IFRA 3D2FA 5EXWA 1KXPA 1Z6RA 2YJFA 1NWKA 1ZBSA 1OKJA 3O1WA 4PKGA 5FPDA 4WQ4A 2P9LB 3ENHA 3WXIA 5JLFA 3D2EA 1X9JA 3O4WA 1LOTB 1GLCG 3O8MA 3QICA 4JAXA 1HKGA 4CZLA 2V7YA 4M7XA 5B8HA 3FZHA 2F9WA 2YHXA 1NGDA 3C0BA 3CJ7A 4BGAA 1GLEG 1QQOA 4JN4A 4EFHA 3WXJA 3WXLA 4BG8A 3WXKA 5AQMA 2P9SA 4BREA 1NM1A 4CZMA 2F9TA 1NGBA 5FPNA 4FWSA 2J4RA 2QXLA 2Q0RA 3H46O 2V7ZA 4BVOA 4CZEA 3VPZA 3BEXA 2GEMA 2KHOA 2GUPA 4IZ9A 3R9PA 3TU5A 2WUSA 1RGIA 4FSVA 1DKGD 3D2EB 3QB0A 1GLLO 4CBWA 4KBOA 2NLXA 3QBWA 2CH5A 3DXKB 5BPLA 4O5FA 3FLCO 1TYQA 3CJBA 3MN6A 5AR0A 2AP1A 1DGKN 2QW9A 3SMSA 3VESA 3FZLA 3LL3A 4XH1A 3O5BA 1C0GA 4FWMA 4H0YB 2QWNA 3FFKB 3BF3A 1IJJA 3EZWA 4K43A 1SZ2A 4BRMA 5ELZA 5AZJA 5AQZA 2YHYA 2P9PB 2P9KB 3DXMB 4XEIA 1NGGA 3FZKA 3HI0A 5BRDA 3FZFA 1LCUA 4O8KA 3ZEUA 2QWOA 3EL2A 4Z94A 3ATUA 1GLDG 1YXQA 2P9LA 2PBDA 3U9DA 3QBXA 3FR0A 3QFPA 5AQLA 3MCPA 4BR0A 4M63C 3UE5A 4EHUA 1NMDA 3SMPA 5KQDA 1X3MA 4I6MA 4MO5A 4DCHA 5AFUH 1BUPA 4B1WB 2A6AA 4J8FA 4E1JA 1NBWA 4FWNA 1HKBA 2QM1A 1V4TA 3CJ9A 4BQLA 4CJ7A 2P9NB 4CBXA 3M1FA 1ATNA 2ZF5O 3QDKA 1BA0A 3A5OC 4FWLA 4B1YB 3VGLA 5AQIA 3S41A 3A5LC 4Y0WA 3A5MC 5EY4A 4M7YA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1HJOA 3VQ5A 3B8AX 4CEDA 3QEXA 3LM2A 3H3OB 4OKKA 4XH5A 3RSEB 3F9MA 4NXNK 1O1WA 1VSLA 1HNZK 1WMTA 4I2QA 4M3YA 2FSJA 1RCHA 1SKSA 4N41A 4DFPA 1W7AA 1BK8A 1JLCA 3NDKA 4DTXA 1JCEA 2WFBA 3QERA 4M3WA 2BUPA 1FK9A 4B9QA 4CZIA 4WFNL 3L2VA 3MXMA 4GVMA 3E01A 1ASUA 4BDPA 2I61A 2LN8A 4J2AA 3CPWM 4KO0A 5KGWA 2YCHA 4F8RA 1NGIA 2FSKA 1G15A 3OYAA 4HHFA 2UXDK 3AVNA 3VQQA 1MU2A 5FRMA 1L5UA 2KZMA 5F2RA 4CFDA 2KPYA 4OGEA 3CXCM 3RRGA 3O08A 1LQIA 1NKCA 4DF8A 1YAGA 2HHQA 4DR1K 2HHSA 1WUAA 1NGFA 4EHTA 3A5NC 2G8HA 5E26A 1MWKA 2GWJA 2DPNA 4F2SA 1TI5A 4FJIA 3K5OA 2H3GX 3H45C 1FJGK 1BCMA 1LWEA 3CQYA 2VG6A 1RBVA 1RT1A 3N4QA 1XHXA 4FXDA 4BC3A 3MMVA 1TK5A 2G8VA 4O4GA 3CG7A 3P4IA 1DEJA 1VQ4N 1J54A 4IG0A 4UJ0A 1KSPA 1ATRA 1B9FA 4TSXA 4EP4A 2G2KA 1NKEA 2E8AA 1HPMA 3K5MA 4C8MA 2G8WA 3L0QA 4BWMA 3ULEA 2IGIA 3QEVA 3DRPA 4ISFA 3NH2A 3LALA 4RG8A 4DU3A 1CLQA 4PQUA 5DM7L 1CXQA 4JI0K 4V1DC 4FWKA 3G6EN 1XQSC 4DU1A 1OH7A 1U4BA 4CI6A 4DSFA 1NK4A 4HHTA 5BN8A 3BGRA 4E7JA 4DTMA 1AHOA 3RTVA 3DLKA 3UKUB 4C8OA 4BRQA 4DV1K 4C8NA 3L4IA 1ZBHA 4FYDA 1BQNA 1P0AA 1EP4A 3CJ1A 5KPRA 4JRQA 4JI2K 2YJEA 1LAWA 4CJRA 2DFFA 2YILA 1C1AA 1NK5A 3BDPA 2E2PA 1C1BA 4ICLA 5HL7L 2NRRA 1RDCA 2Q3SA 1YT3A 4ISEA 1VQNN 1JCGA 4FM0A 3M8RA 2HB5A 1NG9A 3ZETA 4MDBA 3C6TA 1D4XA 3NGIA 3GDQA 3ASMA 1VRUA 3ZEUB 2JGUA 3VOVA 1NK7A 1WBDA 4CZGA 2E2OA 4DV2K 4QS9A 3ZX2A 3CCSN 4BE0A 1LWCA 3KHYA 4GY2B 4A61A 3B6OA 4OPKA 2W41A 2OTLN 3ZT0A 1BRZA 4CESA 1IKXA 3IG1A 3TANA 4IO8A 4KHQA 2D0OA 4FLZA 2Z1IA 4DHYA 1DTTA 3RMDA 1TAUA 3KKRA 2P51A 4Z4CA 1UA0A 5FPEA 3SCXA 1JJ2M 2YX6A 4CJ3A 1K8KA 4OO1J 5AZIA 2R7YA 2P9SB 4XJXA 4IFEA 3AA4A 2VG7A 2D1KA 3CFPA 4KHUA 2ZE2A 2OPPA 2OYQA 3ZT2A 3QEIA 5CR4A 1HJRA 4YFUA 1W97L 4F4KA 1ZC6A 2BTFA 4JI6K 3JSMA 5LMNK 4OLBA 1U49A 1ZVEA 5CY4A 3DXMA 1HNXK 4DFMA 4YY3K 3VTIA 4C1NI 2QKKA 1SV5A 1J5EK 3MX5A 4A5BA 4GV6A 3C6AA 3QFUA 2LJMA 4DV5K 4BDYA 1K73O 3NBPA 1I2UA 1XC9A 2BDPA 3P39A 5AQUA 3R8EA 4B9VA 4M41A 3ATVA 1XNQK 5FRNA 1SL1A 4CJPA 3LP1A 3SAGA 1N6QA 4OVLA 4DR2K 3A0IX 4OJRA 5EOYA 3LP2A 3HZ6A 3GG4A 1EQYA 3F73A 3CCRN 2VGNA 3QIPA 4AHSA 3MN9A 2KTQA 4FLXA 2VYPA 4CW7B 5GAGP 4IG3A 5I3UA 1RILA 3B6PA 4B3SK 3DRRA 2C1GA 1VQLN 5CE3A 4NXMK 4KI4A 1YF5L 4GVEA 2KBHA 4HUEA 3O9SA 1YVNA 2WTUA 3ZX0A 4DSEA 1CHZA 1DT9A 2P9IA 3CCJN 1SL0A 4Z4GA 2XY7A 4K41A 2NNWA 3PY8A 3CD6N 3VEVA 1JLGA 3OYNA 4FJ5A 1T0ZA 1VSDA 1JXCA 1RTIA 1U6ZA 3CERA 2YV0X 2HOEA 1BU6O 4RW6A 2FSNA 3CC4N 1QSLA 3LAKA 3M8SA 4JKGB 2E1ZA 4UY8O 4AHTA 1TUUA 1U2VA 1KAZA 1D9DA 4DR3K 3AO2A 3OYFA 4B9UA 3DAWA 4RW7A 3HVTA 4CE9A 2D56A 1BCOA 1C0MA 1R59O 1B7DA 1I6GA 4CIGA 1NJWA 3LDQA 2HHWA 4LSNA 3OTOK 1Q82O 4E19A 4JHDB 4BRPA 3GL1A 3QEWA 3TAMA 2CGLA 4JKFA 5CYMA 3HJFA 4E0DA 4ZTJA 2OPRA 3E1YA 4O5BA 4X65K 5K14A 1HQUA 1ZBIA 2CH6A 4FK0A 3L2WA 3DLEA 3T69A 2P9NA 4FWOA 3PUFA 5CHIA 3UKRA 4UAFE 3BUZB 3E7UX 5C15A 4DR6K 1T7BA 1YUWA 3IFRA 5EXWA 1Z6RA 4B9SA 3KWGA 5FPDA 3ISNC 3IKMA 3O4WA 1LOTB 2E3FA 1HKGA 4CZLA 1IBMK 2ETJA 2DY4A 3T19A 3ZYYX 5B8HA 1ZYQA 1NGDA 2VQEK 3VQ9A 1J9AA 3PO4A 4M3ZA 4Z4FA 4B3OA 1AYJA 1QQOA 2HNZA 4JN4A 1WT7A 4EFHA 2HBJA 5J2PA 2PFUA 4CZMA 4M3RA 1KFSA 3OYHA 3O9UA 3KD5E 2KLAA 1JLAA 3H46O 2F8TA 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5EY4A 2HBMA
chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1HJO A;  3VQ5 A;  3B8A X;  4CED A;  3QEX A;  3LM2 A;  3H3O B;  4OKK A;  4XH5 A;  3RSE B;  3F9M A;  4NXN K;  1O1W A;  1VSL A;  1HNZ K;  1WMT A;  4I2Q A;  4M3Y A;  2FSJ A;  1RCH A;  1SKS A;  4N41 A;  4DFP A;  1W7A A;  1BK8 A;  1JLC A;  3NDK A;  4DTX A;  1JCE A;  2WFB A;  3QER A;  4M3W A;  2BUP A;  1FK9 A;  4B9Q A;  4CZI A;  4WFN L;  3L2V A;  3MXM A;  4GVM A;  3E01 A;  1ASU A;  4BDP A;  2I61 A;  2LN8 A;  4J2A A;  3CPW M;  4KO0 A;  5KGW A;  2YCH A;  4F8R A;  1NGI A;  2FSK A;  1G15 A;  3OYA A;  4HHF A;  2UXD K;  3AVN A;  3VQQ A;  1MU2 A;  5FRM A;  1L5U A;  2KZM A;  5F2R A;  4CFD A;  2KPY A;  4OGE A;  3CXC M;  3RRG A;  3O08 A;  1LQI A;  1NKC A;  4DF8 A;  1YAG A;  2HHQ A;  4DR1 K;  2HHS A;  1WUA A;  1NGF A;  4EHT A;  3A5N C;  2G8H A;  5E26 A;  1MWK A;  2GWJ A;  2DPN A;  4F2S A;  1TI5 A;  4FJI A;  3K5O A;  2H3G X;  3H45 C;  1FJG K;  1BCM A;  1LWE A;  3CQY A;  2VG6 A;  1RBV A;  1RT1 A;  3N4Q A;  1XHX A;  4FXD A;  4BC3 A;  3MMV A;  1TK5 A;  2G8V A;  4O4G A;  3CG7 A;  3P4I A;  1DEJ A;  1VQ4 N;  1J54 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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