3LDOA

Crystal structure of human grp78 (70kda heat shock protein 5 / bip) atpase domain in complex with amppnp
Total Genus 113
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
113
sequence length
382
structure length
382
Chain Sequence
DVGTVVGIDLGTTYSCVGVFKNGRVEIIANDQGNRITPSYVAFTPEGERLIGDAAKNQLTSNPENTVFDAKRLIGRTWNDPSVQQDIKFLPFKVVEKKTKPYIQVDIGGGQTKTFAPEEISAMVLTKMKETAEAYLGKKVTHAVVTVPAYFNDAQRQATKDAGTIAGLNVMRIINEPTAAAIAYGLDKREGEKNILVFDLGGGTFDVSLLTIDNGVFEVVATNGDTHLGGEDFDQRVMEHFIKLYKKKTGKDVRKDNRAVQKLRREVEKAKRALSSQHQARIEIESFYEGEDFSETLTRAKFEELNMDLFRSTMKPVQKVLEDSDLKKSDIDEIVLVGGSTRIPKIQQLVKEFFNGKEPSRGINPDEAVAYGAAVQAGVLSG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Chaperone
molecule keywords 78 kDa glucose-regulated protein
publication title Adenosine-Derived Inhibitors of 78 kDa Glucose Regulated Protein (Grp78) ATPase: Insights into Isoform Selectivity.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 113
structure length 382
sequence length 382
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.6.4.10: Non-chaperonin molecular chaperone ATPase.
pdb deposition date 2010-01-13
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.30.30 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Defensin A-like Defensin A-like 3ldoA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3ldoA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3ldoA03
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 3ldoA04
1BUPA 2QWNA 2DPNA 4IZ9A 3LM2A 2HOEA 1NBWA 1RFQA 4FWOA 4YDUA 3GE1A 2YI1A 4QS9A 4DHYA 4XH4A 1BO5O 3ULEA 4DB3A 1HUXA 3O08A 2NLXA 2Q36A 1KAZA 4BRCA 2CGKA 1TYQA 4H5VA 4E1JA 4A61A 5AQTA 4BG8A 3EKSA 2HMPA 3VF6A 3BF3A 4B1VA 2P9NB 4O8KA 4IWVA 3C7NA 4B1UB 3D2EB 3H6EA 1GLBG 4BC3A 2CGLA 3AARA 1G99A 1BA0A 2VCPA 4QS8A 3VF4A 4CZEA 4LC9B 3CQXA 4H5WA 2H3GX 4HTLA 3M6GA 4MLHA 5AQJA 5EVZA 4BR9A 2QWLA 2P9SB 3VGKA 1NGGA 1D4XA 2FF6A 3M1FA 3UKRB 4BR2A 3A5MC 2ASOA 5LJVA 2P9UA 4JHDA 1XQSC 4CZGA 3IDHA 5ELZA 4EAHD 2AA4A 1X3MA 3TU5A 3LDPA 3SJHA 3O5BA 4BVOA 3QMLA 3HTVA 5EOYA 3GOIA 2D0PA 5KPTA 2QWQA 2GWJA 3VENA 4BQZA 3F9MA 1GLFO 2ZGYA 5AQPA 4BG9A 1H1VA 3U9ZA 4B1XB 2QWOA 3ATVA 1NGAA 1HKBA 1Y64A 1NGBA 4CI6A 1HX1A 4PKGA 4BRAA 2W40A 3FZKA 4RTFD 3FLCO 3DXMA 1JCEA 5AR0A 3I8BA 1R59O 5EX5A 4A2AA 4CBXA 4BRGA 4CBWA 3KZBA 4H5TA 4L3QA 3ULEB 3WXLA 1QZ6A 4BRHA 3SMPA 1EQYA 2ZGZA 2QWMA 4FOIA 1TYQB 2W41A 3WUHA 4DCHA 3LDLA 3J8AA 1C0FA 1HPMA 3H46O 1ZBSA 2OANA 1NGFA 3C7NB 3ATUA 2P9LA 4FWPA 2GEMA 3MN9A 3FZLA 3U4LA 4RCHA 2A41A 4H0XB 4MO4A 4WQ5C 4MO5A 5CE3A 3EKUA 1ATSA 5BPMA 4BRFA 5AZJA 1X9JA 2Q0UA 4ISEA 2V7ZA 4BRIA 5F2RA 4K25A 3SLCA 2E20A 4WQ5A 2GWKA 3VEVA 3QB0A 4CZMA 2FSKA 3HM8A 3FZFA 1NM1A 3VETA 2FSNA 5F0XA 2P9UB 4JNEA 2NZTA 1OKJA 3BP8A 5AFUA 4JHDB 3VEWA 3O80A 3WT0A 1HKCA 1MA9B 4BR0A 1ZXOA 3R9PA 2D1KA 4K42A 4HWIA 5BREA 5KPZA 2Q2RA 2GELA 4GY2B 4FOEA 4H03B 2KHOA 4A2BA 3LL3A 4NO7A 1S22A 4WQ4A 2V51B 4PKIA 3VF2A 4FWNA 2QM1A 2YJEA 2CH5A 1GLCG 2Q31A 5BPLA 1E4GT 4BRMA 3DXMB 4O5FA 2Q97A 2VYPA 3G25A 1U2VA 3MCPA 2ZF5O 3L4IA 3SK3A 2E1YA 5B8HA 4IJAA 4FWLA 5ADXA 2A3ZA 3UB5A 1RDWX 3CERA 1NGJA 3A5NC 3QFPA 5AQFA 1V4SA 3CI5A 3W0LA 3GDQA 2BTFA 4B1YB 2BUPA 5AQSA 4IXCA 4FSVA 1V4TA 2UYTA 3JS6A 3EO3A 5E26A 3WEEB 1NGIA 4M7XA 2HF4A 4BROA 3UKUA 4QS7A 1J6ZA 1KAXA 1ESVA 3VEYA 3VEXA 4NB4A 3FR0A 2J4RA 4BGBA 2P9LB 1TUUA 4PKHA 1ATRA 3QDKA 1NGHA 4JN4A 1TUYA 3ZEUA 1ATNA 5FPEA 5AZJB 3ZX2A 1CZAN 5AQWA 2FXUA 4J8FA 2AP1A 3HZ6A 1U6ZA 1BOTO 3EN9A 3GL1A 3ZETA 3DAWA 4BC4A 3LDNA 1DEJA 5AFUH 2PAVA 2ASMA 3MN6A 2FLOA 5TKYA 2D4WA 3TPQA 4IJNA 1YAGA 3BUZB 4PL7A 1SAZA 1MWKA 4BC5A 1C0GA 3EL2A 3U9DA 1SQKA 3UE5A 1T6DA 4GNIA 3BEXA 4CZHA 4CZIA 3O1WA 4XH1A 3CHWA 2YJFA 3ZX0A 4BGAA 4CD3A 4F9OA 2QWRA 1Q18A 4FWQA 4H5NA 5EY4A 3P4IA 4BRNA 1E4FT 4AM7A 2WUSA 2E1ZA 3WXJA 4RWTA 2QWPA 3MK6A 3VESA 2GTDA 4DQ8A 3IFRA 2E2PA 1XUPO 2P9NA 1U2VB 3QBWA 3WQUA 4CBUA 5AQHA 2P9IA 3MDQA 3D2EA 1ZC6A 3DJCA 5KQ8A 5JLHA 1X3NA 1DKGD 5BPNA 3ENOA 4H0YB 4FWMA 5AQQA 2A5XA 2YHXA 3O6WA 4B1ZA 3R6MA 3KHYA 5BRDA 5FPDA 4CZKA 1KXPA 4M7YA 1HLUA 3ID8A 3UKUB 5F1XA 2D0OA 3FZMA 2YHWA 1NGCA 1GLDG 5KQDA 5AZIA 3ZEUB 3B8AX 3IMXA 1QQNA 4FWSA 4BRDA 5AQYA 1BU6O 1QHAA 2E2NA 3WXKA 4PL8A 2E2OA 4WQ4C 4H0TB 2HF3A 2IVOA 2CGJA 3DWLA 4B1WB 4EHUA 1JCFA 4B9QA 5BRFA 1GLLO 3CETA 4EFHA 2IVPA 1Z6RA 4JD2A 4BC2A 4I6MA 4H0PA 1GLJO 1YVNA 4C23A 3AAQA 5KPRA 3A8YA 1NGDA 4CZFA 4BVPA 3CIPA 1BWFO 5AQKA 4FPAA 2E2QA 2NRHA 3O8MA 5EXWA 3D2FA 5AQUA 2V52B 5FPMA 4FO0A 5AQXA 2I7NA 3FZHA 5AQIA 2EWSA 4BRLA 2E88A 2P9KA 1YUWA 1K8KA 2GUPA 3FGUA 1P8ZA 2YCHA 3GG4A 4CJ7A 4BREA 5AQMA 2F9WA 2VWBA 5AQNA 4BR7A 2CH6A 3IUCA 4K41A 3HSCA 4FWKA 4Y0WA 4CZJA 3H1QA 3QICA 1GLAG 1MWMA 3VGLA 2P9IB 3VEZA 5E84A 3GBTA 1S3XA 4XEIA 4BRKA 3BF1A 3FFKB 4BR4A 3HBTA 3ZX3A 1KAYA 3SMSA 3LM9A 4FWRA 2IIRA 2YHYA 1Z05A 4H0VB 1BDGA 5LY3A 3MN5A 4ISFA 2ZWHA 3CQYA 3EZWA 2Q1NA 3DXKA 1JCGA 3VERA 5BN9A 2P9PA 2FF3B 1WOQA 3H3OB 4JAXA 5AZIB 3CJ9A 3O1BA 3S41A 3HI0A 3MN7A 3WXIA 3RSEA 5AQLA 1BG3A 1WUAA 3O4WA 3CJ1A 4BRPA 3H45C 5BR9A 3C0BA 4EHTA 5AQZA 1BA1A 3QBXA 1NMDA 5AQOA 1NWKA 4WYBA 1XC3A 2QW9A 4FPBA 3D7EO 4JD2B 4CZLA 4I6MB 2Q0RA 5LJWA 3CJ7A 3FE1A 1T6CA 1SZ2A 1QQOA 1QQMA 3H3NO 4XH5A 3KVGA 5ADXH 1HKGA 1QZ5A 4CD1A 3D2FB 3R8EA 5JMVA 3LDQA 5BN8A 3CJBA 2QXLA 1DGKN 3QFUA 1T44A 3CJAA 4EIAA 2P9KB 1GLEG 1NGEA 1LCUA 3L6QA 5FPNA 1K8KB 2A40A 2E8AA 4KBOA 5AQRA 2P9SA 4M63C 3JXUA 3OHRA 3WEEA 4BQLA 1IJJA 3UKRA 3AAPA 2IVNA 3WQTA 4BR5A 2F9TA 4AM6A 3A5LC 3A0IX 2PBDA 1YXQA 3W3DA 5JICA 5I9EB 3LDOA 5AQVA 4K43A 3MMVA 2A6AA 5BRHA 2ASPA 3U8XA 4H0OA 2ITMA 3CJCA 4A62A 3ZETB 4Z94A 1IG8A 4ISGA 4MLEA 3H1VX 4BRQA 3A5OC 2A42A 3DXKB 2V7YA 4IO8A 2FSJA 3M3ZA 5AQGA 1LOTB 2P9PB 1HJOA 1NLVA 3AY9A 5JLFA 3RSEB 3I33A 2I7PA 3VGMA 4YDUC 3VPZA 1MDUB 3ENHA 4H5RA 3VOVA 3L0QA 1RGIA 3VEOA 4FL9A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3IKMA 1NBWA 1KFSA 3ZSRA 3ULDA 3TAPA 3DLKA 3UIQA 1U49A 4DB3A 2YHBA 2Q36A 4WF9L 1FH3A 3T1YK 1JL2A 4DF4A 4FVMA 3BF3A 2YNIA 1RDDA 1KVAA 2RN2A 2Z1HA 3NBPA 4JI4K 4IWVA 3ZT3A 3WNGA 4ID5A 4ELTA 1HR0K 1K73O 4NCGA 3RMAA 2QTDA 3CC7N 3EYZA 4QS8A 4F3TA 2NRVA 2GBZA 1PX9A 3CQXA 4H5WA 2ATBA 3ZSXA 2UUCK 2B68A 3M6GA 5AQJA 4CEFA 2B3CA 5KGWA 4FJNA 3UKRB 3DMJA 1ITGA 1N8RO 2ASOA 3RRHA 5LJVA 2P9UA 3VQ6A 4M3RA 2PZSA 4BEBA 1HNVA 1XQSC 3KWGA 3IDHA 4EAHD 1ZVGA 3LDPA 3HT3A 1XMQK 3ISNC 3LP2A 3VQ8A 4BVOA 3QMLA 4DR5K 5IWAK 2QWQA 1BIZA 4JKDA 5FLXO 1X9WA 1AHOA 5LL6Z 4CFDA 3ZSZA 4BQZA 1DQ7A 1GLFO 2ZGYA 2F4VK 2KTQA 3HO1A 3DRRA 4DV5K 5J2NA 1Y64A 4DTPA 1YITN 4DFJA 4TSXA 4OLAA 1EWRA 4JI6K 4FJIA 3FZKA 1NJWA 3OS0A 4HUGA 3VTIA 5AR0A 4J2EA 1R59O 4R5PA 4DR7K 4K0KK 4BRGA 4FJMA 5M1OA 1ZBUA 3V9WA 3AGRA 4L3QA 4MDAA 1QZ6A 4BRHA 3K9JA 4OPJA 1KTQA 3AA5X 4AHCA 1VQ9N 3J8AA 3VQ4A 3C6UA 3I0SA 4Z4IA 4PUOA 1DT9A 1RTJA 2XRIA 4B3RK 1HPMA 2JWKA 4FWPA 3OYGA 4YOXA 3FZLA 3U4LA 1VAZA 2XY8A 2A41A 4DV7K 3HJFA 1KVCA 5CE3A 3KLFA 1RT3A 2V7ZA 4BRIA 4Z4EA 5F2RA 4GMJB 4JRQA 3L56A 2E20A 3VEVA 1Y97A 2YC1C 1SEGA 3HM8A 1C0UA 3AVFA 2FSNA 2P9UB 3ZSQA 1VSMA 5AFUA 3VQ5A 2HNYA 3VQAA 4FM1A 4F3OA 1NK0A 4NYNA 2E6LA 3OYJA 4FJ8A 2D1KA 1XI1A 3CFOA 2Q2RA 3HRGA 3HXMA 4JV5K 3BZCA 4FOEA 3CC2N 5HRPA 2W00A 1S22A 1LQIA 2D5RA 1DTQA 1RT6A 4CF8A 3MEDA 5KGXA 1E4GT 4BRMA 4JI0K 4O0JA 3PX0A 2VYPA 2YNFA 1NK5A 1NG9A 2E1YA 4DG1A 1S9GA 4IJAA 4E72A 4DS5A 4OO1J 3PSIA 5AQFA 1QE1A 1HNWK 3W0LA 3DRPA 1POIA 2BUPA 1YTAA 1ICAA 2UYTA 3NF6A 3EO3A 4BE1A 1SKRA 4M7XA 2HF4A 3BK3C 3UKUA 4QS7A 1VSJA 3AVNA 1O13A 1NRBA 3OYFA 1WNSA 4M41A 1TUUA 2IOCA 3MXJA 1NGHA 2E0HA 2OTLN 3D0PA 2KPYA 1ATNA 2FXUA 2AP1A 1S1XA 3SQ4A 4A5BA 3EN9A 3ZETA 1XC9A 3PV8A 4WFBL 4CJ5A 3LPUA 1DEJA 2Z1GA 3R1XA 1IBKK 2XY5A 1RT5A 3C95A 4OKJA 2G8UA 2ZM6K 5DM6L 4B8CA 1K8BA 1VSHA 4CESA 3BUZB 4PL7A 4GV6A 1RT7A 3N4PA 2D0CA 4DQSA 3KLHA 4DV2K 3CD6N 4LF4K 2QXFA 1JLAA 1T6DA 3SUNA 1VSIA 5J2PA 4CZHA 3KD5E 4XH1A 1S6QA 2YJFA 4ZTJA 3SAGA 2ATQA 4F9OA 1NMNA 2QWRA 4FWQA 2HHVA 5EY4A 1IKYA 3OYAA 1X9SA 3P4IA 3V9ZA 2EHGA 4C8MA 3I8DA 1LWCA 2QWPA 3TSQA 4LH4A 5GAEP 1XNRK 3IFRA 2E2PA 1XUPO 4QOZB 4B9NA 2GL1A 1ZUTA 4OX9K 1KVBA 2UXCK 1DKGD 3ENOA 2BDPA 5HP1A 2B4JA 3O6WA 4CHPA 3KHYA 3OYBA 3KTQA 1NJIO 1X1PA 3DI6A 4CQKA 3ID8A 3UKUB 3CM5A 4F2SA 2HVIA 4FLTA 3O9QA 4OGEA 2HHIA 4KRFA 4LF9K 3G0ZA 4DUYK 1C1CA 3WXKA 4GW6A 1UOCA 4FJ9A 1T7AA 1A5WA 1PE4A 2CGJA 3PO4A 2YKNA 1JCFA 1NU0A 2IVPA 3J80O 3PY8A 4NXNK 1NE5A 3NFAA 4FYDA 4JI2K 4H0PA 1ZYWA 4C23A 5KPRA 1DLOA 3U3GA 4BVPA 3CIPA 4AHVA 2VWKA 2E2QA 2NRHA 3RWUA 3O8MA 1S1VA 1SN1A 4B9LA 3CCRN 5FPMA 3K9KA 4DV4K 2G8WA 3E7RL 2O4GA 1S1TA 3KOWA 5HRSA 1YT3A 1R0AA 1N5YA 4DU1A 2ZQBA 1A5VA 2EWSA 4CGGA 4YNQA 2DFEA 4DR2K 1P8ZA 2YCHA 3GG4A 4CJ7A 2OZSA 2F9WA 4CFCA 4C1NI 4E1MA 3PSMA 2CH6A 3IUCA 4K41A 4B3SK 2N69A 3H1QA 1T7EA 1MWMA 3O9RA 1XWLA 5HRNA 4B9UA 3VEZA 1ZU3A 4XEIA 5GAHP 4CEEA 4BR4A 1BMRA 3HBTA 2HW3A 3SMSA 5J2QA 4X64K 4CJPA 1RT1A 4M3ZA 3MN5A 5C2FA 4O55A 4ISFA 2ZWHA 3KOYA 4DR3K 3CXCM 2E3GA 3V1QA 3THYB 4CJQA 4FJJA 4IKFA 1BIUA 4CVNE 1RT4A 1WUAA 4E3SA 1WAJA 1NK9A 5BR9A 3C0BA 4EP4A 1MR4A 2YILA 5AQOA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1BUP A;  2QWN A;  2DPN A;  4IZ9 A;  3LM2 A;  2HOE A;  1NBW A;  1RFQ A;  4FWO A;  4YDU A;  3GE1 A;  2YI1 A;  4QS9 A;  4DHY A;  4XH4 A;  1BO5 O;  3ULE A;  4DB3 A;  1HUX A;  3O08 A;  2NLX A;  2Q36 A;  1KAZ A;  4BRC A;  2CGK A;  1TYQ A;  4H5V A;  4E1J A;  4A61 A;  5AQT A;  4BG8 A;  3EKS A;  2HMP A;  3VF6 A;  3BF3 A;  4B1V A;  2P9N B;  4O8K A;  4IWV A;  3C7N A;  4B1U B;  3D2E B;  3H6E A;  1GLB G;  4BC3 A;  2CGL A;  3AAR A;  1G99 A;  1BA0 A;  2VCP A;  4QS8 A;  3VF4 A;  4CZE A;  4LC9 B;  3CQX A;  4H5W A;  2H3G X;  4HTL A;  3M6G A;  4MLH A;  5AQJ A;  5EVZ A;  4BR9 A;  2QWL A;  2P9S B;  3VGK A;  1NGG A;  1D4X A;  2FF6 A;  3M1F A;  3UKR B;  4BR2 A;  3A5M C;  2ASO A;  5LJV A;  2P9U A;  4JHD A;  1XQS C;  4CZG A;  3IDH A;  5ELZ A;  4EAH D;  2AA4 A;  1X3M A;  3TU5 A;  3LDP A;  3SJH A;  3O5B A;  4BVO A;  3QML A;  3HTV A;  5EOY A;  3GOI A;  2D0P A;  5KPT A;  2QWQ A;  2GWJ A;  3VEN A;  4BQZ A;  3F9M A;  1GLF O;  2ZGY A;  5AQP A;  4BG9 A;  1H1V A;  3U9Z A;  4B1X B;  2QWO A;  3ATV A;  1NGA A;  1HKB A;  1Y64 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3IKM A;  1NBW A;  1KFS A;  3ZSR A;  3ULD A;  3TAP A;  3DLK A;  3UIQ A;  1U49 A;  4DB3 A;  2YHB A;  2Q36 A;  4WF9 L;  1FH3 A;  3T1Y K;  1JL2 A;  4DF4 A;  4FVM A;  3BF3 A;  2YNI A;  1RDD A;  1KVA A;  2RN2 A;  2Z1H A;  3NBP A;  4JI4 K;  4IWV A;  3ZT3 A;  3WNG A;  4ID5 A;  4ELT A;  1HR0 K;  1K73 O;  4NCG A;  3RMA A;  2QTD A;  3CC7 N;  3EYZ A;  4QS8 A;  4F3T A;  2NRV A;  2GBZ A;  1PX9 A;  3CQX A;  4H5W A;  2ATB A;  3ZSX A;  2UUC K;  2B68 A;  3M6G A;  5AQJ A;  4CEF A;  2B3C A;  5KGW A;  4FJN A;  3UKR B;  3DMJ A;  1ITG A;  1N8R O;  2ASO A;  3RRH A;  5LJV A;  2P9U A;  3VQ6 A;  4M3R A;  2PZS A;  4BEB A;  1HNV A;  1XQS C;  3KWG A;  3IDH A;  4EAH D;  1ZVG A;  3LDP A;  3HT3 A;  1XMQ K;  3ISN C;  3LP2 A;  3VQ8 A;  4BVO A;  3QML A;  4DR5 K;  5IWA K;  2QWQ A;  1BIZ A;  4JKD A;  5FLX O;  1X9W A;  1AHO A;  5LL6 Z;  4CFD A;  3ZSZ A;  4BQZ A;  1DQ7 A;  1GLF O;  2ZGY A;  2F4V K;  2KTQ A;  3HO1 A;  3DRR A;  4DV5 K;  5J2N A;  1Y64 A;  4DTP A;  1YIT N;  4DFJ A;  4TSX A;  4OLA A;  1EWR A;  4JI6 K;  4FJI A;  3FZK A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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