3LDOA

Crystal structure of human grp78 (70kda heat shock protein 5 / bip) atpase domain in complex with amppnp
Total Genus 113
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
113
sequence length
382
structure length
382
Chain Sequence
DVGTVVGIDLGTTYSCVGVFKNGRVEIIANDQGNRITPSYVAFTPEGERLIGDAAKNQLTSNPENTVFDAKRLIGRTWNDPSVQQDIKFLPFKVVEKKTKPYIQVDIGGGQTKTFAPEEISAMVLTKMKETAEAYLGKKVTHAVVTVPAYFNDAQRQATKDAGTIAGLNVMRIINEPTAAAIAYGLDKREGEKNILVFDLGGGTFDVSLLTIDNGVFEVVATNGDTHLGGEDFDQRVMEHFIKLYKKKTGKDVRKDNRAVQKLRREVEKAKRALSSQHQARIEIESFYEGEDFSETLTRAKFEELNMDLFRSTMKPVQKVLEDSDLKKSDIDEIVLVGGSTRIPKIQQLVKEFFNGKEPSRGINPDEAVAYGAAVQAGVLSG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule keywords 78 kDa glucose-regulated protein
publication title Adenosine-Derived Inhibitors of 78 kDa Glucose Regulated Protein (Grp78) ATPase: Insights into Isoform Selectivity.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
molecule tags Chaperone
total genus 113
structure length 382
sequence length 382
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.6.4.10: Non-chaperonin molecular chaperone ATPase.
pdb deposition date 2010-01-13
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.30.30 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Defensin A-like Defensin A-like 3ldoA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3ldoA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3ldoA03
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 3ldoA04
3VGKA 4ISGA 3A5NC 1HKGA 1JCGA 1Z05A 3WXIA 2HMPA 3MCPA 4BREA 1YVNA 1IJJA 1U2VA 1D4XA 4MLHA 1NLVA 1WOQA 2CGLA 2P9SA 4CZMA 3VF2A 5E84A 2IVNA 4PKIA 3VESA 1BU6O 1LCUA 5AQLA 1T6DA 2QWRA 3KHYA 4NB4A 3DJCA 3WUHA 3L4IA 3FGUA 3KVGA 3M3ZA 5AQTA 1DGKN 3KZBA 4L3QA 3VOVA 5CE3A 2W40A 5JLFA 5AQJA 2E1ZA 3VF4A 1GLJO 3HTVA 5AZIB 3U9ZA 5B8HA 5BN8A 4RTFD 3EO3A 4K41A 3DXMB 3ATVA 1BG3A 3EL2A 4I6MB 3I8BA 1GLFO 1H1VA 3O1WA 3P4IA 3BF3A 4H0VB 4JHDB 1SZ2A 4BR0A 4A61A 1QZ5A 4ISFA 2FSNA 4BG9A 3HSCA 1HX1A 3VEXA 4PKGA 3ZETA 3D2EA 2GELA 2Q1NA 1IG8A 2E2OA 5AZJB 5KPTA 3ULEB 5KQDA 3HZ6A 2A42A 4CD3A 4BR9A 5KPRA 2YJFA 1MWMA 2P9IA 4Y0WA 3G25A 2E2QA 1NGCA 5AQZA 3GG4A 4RCHA 4CZGA 1HUXA 1K8KA 2QWNA 3GL1A 4JD2A 3BP8A 1GLLO 5BR9A 2A3ZA 2Q36A 1NGDA 3L6QA 4IXCA 3TU5A 1NMDA 1EQYA 4JNEA 3LDNA 2A5XA 3O1BA 2QXLA 3A8YA 4GNIA 1ATSA 2P9PA 3D7EO 4CZKA 3WQUA 3VEOA 2D1KA 4H0PA 5EOYA 2QM1A 3F9MA 2Q31A 3H46O 3MN6A 4BROA 2FLOA 2PAVA 3VEWA 2YHWA 4F9OA 1GLEG 3O5BA 5BRFA 2P9UA 3H6EA 2J4RA 1HKBA 4BRMA 2P9KA 4XEIA 4BR4A 2CGJA 4H0YB 5EY4A 4H5NA 1ESVA 1XUPO 5AFUA 4BR5A 4YDUC 1ZC6A 3U9DA 1G99A 3H1QA 5BRHA 4CZLA 4J8FA 3QFUA 1S22A 1C0GA 2HF4A 1V4TA 2HOEA 1ZXOA 3O08A 2A40A 3CI5A 3C7NB 2YHXA 3AAPA 4M7XA 3HBTA 3S41A 3ZETB 3D2EB 4XH5A 5BPNA 1XC3A 1SAZA 3AY9A 3EKSA 1BO5O 3QB0A 2QW9A 3R8EA 2E1YA 3LM9A 3UB5A 2P9IB 2NZTA 3FR0A 4FWSA 2F9TA 4NO7A 2F9WA 1OKJA 5AQSA 2GWJA 2NLXA 5KQ8A 3LL3A 1QZ6A 3BEXA 1K8KB 4BR7A 5AQRA 4JD2B 4O5FA 2QWLA 4CBXA 3VEYA 3ATUA 1QQMA 4WQ5C 3QBXA 5TKYA 3MN7A 3CJAA 2WUSA 3WT0A 2QWOA 5AQVA 4CJ7A 3SMSA 1NGFA 1YXQA 1GLBG 4PKHA 1C0FA 2V7ZA 1Q18A 1ZBSA 4BG8A 4B1UB 4XH4A 3QICA 4BRLA 2VYPA 2ASPA 2GEMA 4QS9A 5FPNA 4CZEA 4PL8A 3FZFA 1X3MA 2PBDA 5AQIA 5FPMA 1KAYA 1BUPA 2P9KB 3IUCA 5EXWA 1T6CA 2A41A 1NGJA 3DAWA 3H45C 2VWBA 1LOTB 3VERA 2EWSA 2I7NA 4BC3A 5BPLA 3VETA 2YHYA 2KHOA 3B8AX 3VENA 1TUYA 3LDPA 5AQUA 3LM2A 3TPQA 4IJNA 3A0IX 1YUWA 4FL9A 4DQ8A 3A5MC 1X9JA 4FWNA 3WQTA 5ELZA 2P9LA 2YI1A 3H1VX 5AQFA 5E26A 3CHWA 5AQQA 3MDQA 4K42A 4YDUA 2E2NA 2P9NA 4B1VA 4EIAA 3JS6A 3WEEA 3FLCO 4FWQA 3LDOA 1GLDG 1MDUB 1ATNA 2IVOA 4H5RA 1S3XA 1DKGD 4FWMA 5BN9A 1KXPA 1MA9B 1U2VB 2GTDA 3H3OB 1JCFA 2P9SB 1NGHA 1TYQA 1HKCA 3CQXA 2FXUA 4BC5A 4EHTA 1U6ZA 1J6ZA 3O8MA 4E1JA 3CJCA 4BC4A 3VPZA 3FE1A 2A6AA 3EZWA 4FWPA 3ENOA 5JMVA 3WXJA 4H0XB 3MMVA 4WQ5A 5AQWA 5ADXA 4H5VA 3IFRA 1BWFO 2FF3B 4ISEA 1CZAN 4CZFA 1HPMA 2CH6A 5I9EB 3CJ1A 4A62A 3W0LA 2ZF5O 3JXUA 2VCPA 4FWOA 4EFHA 2QWQA 2ZGZA 1T44A 5JLHA 3GDQA 1P8ZA 4BGBA 2W41A 3GBTA 4B1WB 1GLCG 2FSJA 3L0QA 4FOEA 5AQHA 3D2FA 3R9PA 3FZMA 4EAHD 2GUPA 3FZLA 5AQOA 2P9LB 3UE5A 3EKUA 1NGBA 4GY2B 1E4GT 3CERA 4FWLA 3WXKA 1BA0A 3CETA 4BRFA 2IIRA 5F0XA 3ZEUA 3IDHA 1KAZA 5AZIA 4MO5A 2IVPA 5LJWA 4BRPA 4WQ4C 5KPZA 2BTFA 4FPBA 4QS7A 5F2RA 1NGAA 4I6MA 4B1ZA 4CBUA 3LDQA 3UKRA 4BQZA 4H5TA 2Q0RA 2V51B 1TYQB 2E2PA 4CBWA 2Q2RA 1ATRA 2FSKA 5BRDA 4K25A 1NBWA 4BR2A 1QQOA 3A5LC 3EN9A 2P9PB 5AZJA 3ULEA 3O6WA 4MLEA 3O80A 1NGGA 2BUPA 4FSVA 4XH1A 4HWIA 5BPMA 2YCHA 3ZX0A 4BRCA 2DPNA 4BRGA 1QHAA 3LDLA 2P9UB 3R6MA 4RWTA 1HJOA 4BVOA 5AFUH 1R59O 4FOIA 3OHRA 4BGAA 4AM7A 4M7YA 5BREA 2HF3A 2E20A 3I33A 3W3DA 3FZKA 3GE1A 3BF1A 3MN5A 4CZJA 3M1FA 2V7YA 2I7PA 4IJAA 3D2FB 1MWKA 3WXLA 4PL7A 2OANA 1HLUA 3SMPA 5EVZA 1BDGA 3VF6A 1V4SA 3SK3A 2D0PA 4FPAA 1NGIA 4WYBA 3ZEUB 4FWRA 1E4FT 4HTLA 1QQNA 3DXKA 4BQLA 5FPEA 5LJVA 5AQXA 3U4LA 5AQMA 3RSEA 4B1YB 4B1XB 1RGIA 4BRKA 1GLAG 3A5OC 3UKRB 3VEVA 3CQYA 3J8AA 1YAGA 5AR0A 1NWKA 3QFPA 4FWKA 4H0TB 2QWMA 4DCHA 3C7NA 1XQSC 3IMXA 3CJ9A 1TUUA 4CD1A 2ZGYA 3QDKA 4WQ4A 4CI6A 1NGEA 1BA1A 4BRDA 4C23A 4KBOA 1WUAA 3QBWA 4BRAA 3UKUA 4FO0A 3ENHA 2FF6A 3U8XA 2NRHA 4AM6A 3QMLA 1NM1A 2D0OA 4H03B 1Z6RA 2ASOA 3SJHA 4B9QA 3MK6A 3CJBA 2ZWHA 3H3NO 2UYTA 1JCEA 2D4WA 4DHYA 5FPDA 3FZHA 3ZX3A 1Y64A 4BRHA 4H5WA 1SQKA 4IO8A 4BVPA 1KAXA 2V52B 3M6GA 5AQYA 2ITMA 2AP1A 4QS8A 3VGLA 4EHUA 1BOTO 2CGKA 4JAXA 3AAQA 3ZX2A 4Z94A 4CZHA 5AQNA 4BRIA 4O8KA 3C0BA 1X3NA 3DXKB 4BC2A 2CH5A 4JN4A 2ASMA 3BUZB 2Q0UA 4DB3A 2P9NB 3CJ7A 3RSEB 3MN9A 3GOIA 3VGMA 3WEEB 5EX5A 5AQPA 1RFQA 4IWVA 4MO4A 4K43A 3VEZA 3AARA 3SLCA 4CZIA 1RDWX 3DXMA 4IZ9A 4BRQA 2YJEA 2QWPA 2E8AA 3CIPA 3FFKB 4JHDA 5LY3A 4A2AA 3HM8A 4H0OA 4M63C 5JICA 1DEJA 5F1XA 2Q97A 3DWLA 2E88A 4A2BA 2GWKA 3O4WA 3ID8A 5ADXH 4LC9B 3HI0A 5AQGA 3UKUB 5AQKA 2AA4A 2H3GX 4BRNA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3VGKA 4ISGA 4G1QA 2KZZA 4DTJA 1HKGA 4DV1K 3WXIA 5BR8K 3MCPA 3R3LA 3CC4N 1U2VA 3I0SA 1NLVA 4CJEA 1I2VA 1WOQA 2P9SA 4CJ5A 4FJJA 4NXNK 2IVNA 2BGGA 1SKRA 1L5UA 1HYSA 2IS3A 2XO7A 2QWRA 4BECA 3KOYA 4C8OA 2HHIA 2ZJPL 4PA1A 2KBJA 3M3ZA 4JI6K 1W7AA 1DGKN 2VG5A 1UGLA 3CYMA 5C10A 2W40A 5JLFA 3CMAN 5AQJA 1HMVA 1GLJO 1WMTA 4B9SA 3I55N 3U9ZA 2E3FA 5B8HA 1L3SA 5BN8A 3EO3A 3SZ2A 2YIPA 3SJJA 5FROA 4LF5K 5JS2A 1H1VA 4FJKA 4H0VB 4JHDB 4ILHA 1S1TA 3RMDA 4DFKA 2FSNA 4CF2A 4BG9A 4QOZB 4OLAA 3KK1A 2GELA 1VQON 3NGIA 1C56A 3ULEB 3CPWM 5KPRA 4X65K 3V1QA 4HCBA 3TWHA 2GX9A 2Y1JA 5HLFA 4HUFA 1VRUA 4FM0A 4C8MA 5A2QO 2G8IA 4DSEA 1C55A 4DQQA 3AVNA 3MEGA 3VQ4A 1HNZK 3QETA 1LW0A 5M1FA 3TU5A 2ATQA 1NMNA 4TSXA 3OJUA 4DLEA 3SUPA 4JNEA 3LDNA 4V1DC 3O1BA 3A8YA 4GNIA 1ATSA 3D7EO 3B6PA 3WQUA 1B9FA 1BIZA 4DSJA 4O0IA 5T7BA 1LW2A 1B7DA 1HYZA 3V9XA 1TKZA 3HL8A 4WE1A 2PZSA 3VEWA 4ELUA 3KLHA 1HPZA 3AVCA 3G71N 4HHTA 1HNIA 2KW4A 3AVJA 5LMNK 4J2EA 3MXIA 3DOLA 2P9KA 4BE2A 4F2SA 1ESVA 1S9GA 4ID1A 2O8CB 4AEIA 3SQ1A 4CEFA 1IKXA 3KP0A 5GINA 1NRAA 5DMRA 3LZJA 3OYEA 2HF4A 4DV0K 1ZXOA 3LPUA 2UXCK 2A40A 5CY4A 2B5JA 3OYIA 3CFRA 4QCLA 1GOBA 3D2EB 4XH5A 1GOAA 3V4IA 4CEAA 1SAZA 2FBVA 3EKSA 5IWAK 1JL1A 1UOCA 2QW9A 3TABA 2E1YA 3LM9A 3PY8A 3UB5A 1TV6A 2B68A 2NZTA 3V6DA 4I7FA 1TVRA 2KSKA 2NLXA 5KQ8A 3CF5L 4OX9K 3LL3A 2O8BB 1QZ6A 1K8KB 1RCHA 5M1PA 1RT1A 4BR7A 1TK0A 3G6EN 2HMIA 3ZSWA 2E0HA 2QWLA 4CBXA 3TAQA 1QQMA 3D0PA 5TKYA 3OW2M 3V9SA 3NF6A 1T7BA 5J2MA 1VSJA 3I8DA 3L2VA 4CJ7A 1T1TA 2D56A 3T1AA 3I56N 2V7ZA 3CC2N 3DYAA 4DG1A 1RDDA 3J81O 4CGGA 3KTQA 3I0RA 2NRXA 3OVNA 2O4GA 4CZEA 3THXB 1VHXA 4UQGA 1KV0A 4PL8A 1NOZA 3CCEN 5AQIA 4BE0A 4RG8A 1KAYA 3IUCA 2IDOA 5EXWA 1T6CA 2A41A 3AO1A 4DFPA 3VERA 4DR5K 1OH6A 4JKAA 4BC3A 1MU2A 2YHYA 1FXXA 2KHOA 1Q9XA 3VENA 1TUYA 3LDPA 3VTIA 3N4PA 1BHLA 1X9JA 4FWNA 1XHZA 1U4BA 1B3CA 5ELZA 2YI1A 3H1VX 1CZ9A 3PLAA 2N66A 3MDQA 3VQQA 4K42A 2HHQA 3OA9A 4B1VA 1X9MA 4FM2A 3QNOA 3JS6A 3WEEA 1MDUB 1NH5A 3KC6A 4LFAK 3NH1A 5KTQA 1S3XA 3TSQA 4ILGB 1KCFA 1VAZA 2D0BA 1DT9A 1VSMA 2FBYA 1TGOA 3H3OB 3LZIA 1JCFA 3SI6A 3CQXA 4DTRA 3P39A 5J2QA 4BC5A 3T1HK 1NG9A 3RRHA 1K8AO 4OVLA 1ZFUA 4DF4A 4CIFA 3CJCA 3HP9A 4FJMA 3EZWA 2A6AA 4FJIA 5JMVA 1S1WA 3WXJA 2UU9K 3DLEA 2M8BB 2SN3A 3MMVA 3O4NA 4H0XB 4DQRA 4H5VA 1KSPA 4CZFA 2YEOA 3U3GA 3NBPA 1I39A 4A62A 1OVYA 1W2BM 1U48A 3K59A 2KBHA 2XRIA 5KK4A 4GV3A 1P8ZA 3KHWA 4BGBA 5J2PA 4B1WB 2FSJA 3L0QA 1TAUA 5AQHA 3R9PA 3NF8A 4AHSA 5KRTA 3C6AA 4G9ZA 1WLJA 4FLWA 4F4KA 2HHUA 3MECA 4YHHK 5SWMA 4BRFA 4CJ3A 1KAZA 4MO5A 2HHTA 4BRPA 3OBYA 5KPZA 3PIOL 2N2QA 5F2RA 4KTQA 1K8BA 4O44A 4NCBA 3OYMA 3LDQA 3SBGA 4EZ9A 3UKRA 4BQZA 1TYQB 3HJFA 2E2PA 3MX5A 3M8RA 4AQYK 5DK5A 4KREA 3KWGA 1VQNN 3A5LC 3KWIA 1U47A 4JKBA 3ULEA 4MLEA 1XI1A 2BUPA 4KTZA 3EYZA 1WNSA 4XH1A 1QTMA 1Y97A 3L8BA 2A7TA 4JKFA 2DFHA 2DPNA 2W6LA 3AO4A 4QAGA 1QHAA 5GAHP 4W5QA 1KC8O 3MCAB 3P5JA 1CXUA 2I61A 1HJOA 3ASMA 4BVOA 4FOIA 4LH5A 4CJFA 4M7YA 3M5RA 2IC3A 4WFAL 3W3DA 3LWLA 3GE1A 3MN5A 4HCCA 1T3VA 3M1FA 1PE4A 4FLUA 4ID5A 4LFBK 4DFJA 3SMPA 1BDGA 4DMNA 1RT3A 4ICLA 3S5TA 3AA2A 3HOTA 1E4FT 4M3XA 3DXKA 4LF8K 3NAEA 5AQMA 4B1XB 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3VGK A;  4ISG A;  4G1Q A;  2KZZ A;  4DTJ A;  1HKG A;  4DV1 K;  3WXI A;  5BR8 K;  3MCP A;  3R3L A;  3CC4 N;  1U2V A;  3I0S A;  1NLV A;  4CJE A;  1I2V A;  1WOQ A;  2P9S A;  4CJ5 A;  4FJJ A;  4NXN K;  2IVN A;  2BGG A;  1SKR A;  1L5U A;  1HYS A;  2IS3 A;  2XO7 A;  2QWR A;  4BEC A;  3KOY A;  4C8O A;  2HHI A;  2ZJP L;  4PA1 A;  2KBJ A;  3M3Z A;  4JI6 K;  1W7A A;  1DGK N;  2VG5 A;  1UGL A;  3CYM A;  5C10 A;  2W40 A;  5JLF A;  3CMA N;  5AQJ A;  1HMV A;  1GLJ O;  1WMT A;  4B9S A;  3I55 N;  3U9Z A;  2E3F A;  5B8H A;  1L3S A;  5BN8 A;  3EO3 A;  3SZ2 A;  2YIP A;  3SJJ A;  5FRO A;  4LF5 K;  5JS2 A;  1H1V A;  4FJK A;  4H0V B;  4JHD B;  4ILH A;  1S1T A;  3RMD A;  4DFK A;  2FSN A;  4CF2 A;  4BG9 A;  4QOZ B;  4OLA A;  3KK1 A;  2GEL A;  1VQO N;  3NGI A;  1C56 A;  3ULE B;  3CPW M;  5KPR A;  4X65 K;  3V1Q A;  4HCB A;  3TWH A;  2GX9 A;  2Y1J A;  5HLF A;  4HUF A;  1VRU A;  4FM0 A;  4C8M A;  5A2Q O;  2G8I A;  4DSE A;  1C55 A;  4DQQ A;  3AVN A;  3MEG A;  3VQ4 A;  1HNZ K;  3QET A;  1LW0 A;  5M1F A;  3TU5 A;  2ATQ A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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