4CD1A

Rnntpdase2 in complex with psb-071
Total Genus 139
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
139
sequence length
414
structure length
406
Chain Sequence
LKYGIVLDAGSSHTSMFVYKWPADKENDTGIVGQHSSCDVQGGGISSYANDPSKAGQSLVRCLEQALRDVPRDRHASTPLYLGATAGMRLLNLTSPEATARVLEAVTQTLTQYPFDFRGARILSGQDEGVFGWVTANYLLENFIKYGWVGRWIRPRKGTLGAMDLGGASTQITFETTSPSEDPGNEVHLRLYGQHYRVYTHSFLCYGRDQILLRLLASALQIHRFHPCWPKGYSTQVLLQEVYQSPCTMGQAIVSLSGTSNATLCRDLVSRLFNISSCPFSQCSFNGVFQPPVAGNFIAFSAFYYTVDFLTTVMGLPVGTLKQLEEATEITCNQTWTELQARVPGQKTRLADYCAVAMFIHQLLSRGYHFDERSFREVVFQKKAADTAVGWALGYMLNLTNLIPAD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal Structure of Ntpdase2 in Complex with the Sulfoanthraquinone Inhibitor Psb-071.
pubmed doi rcsb
molecule keywords ECTONUCLEOSIDE TRIPHOSPHATE DIPHOSPHOHYDROLASE 2
molecule tags Hydrolase
source organism Rattus norvegicus
total genus 139
structure length 406
sequence length 414
ec nomenclature ec 3.6.1.-:
pdb deposition date 2013-10-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01150 GDA1_CD39 GDA1/CD39 (nucleoside phosphatase) family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4cd1A01
3.30.420.150 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Exopolyphosphatase. Domain 2 4cd1A02
5BREA 5KPZA 1P8ZA 3QMLA 3TPQA 4BRAA 2KHOA 4PKIA 5EVZA 5TKYA 4FWOA 3BEXA 4I6MB 4KBOA 4H0YB 3GOIA 1RFQA 3ATVA 3A5OC 2DPNA 3VEYA 3CI5A 3VGKA 3UKUB 3UB5A 3IDHA 1CZAN 2NRHA 2YHWA 1C0FA 2GWKA 4A62A 4K42A 1JCGA 1Z6RA 4EAHD 3KHYA 3HI0A 3JS6A 4BR5A 5JMVA 3ENOA 1C0GA 3U9ZA 1SQKA 4RTFD 1JCFA 3EKUA 4DCHA 2FXUA 3M6GA 2P9NB 1X3MA 2HF4A 2QM1A 4H5WA 3WXKA 3CJ7A 2A41A 1QZ6A 1R59O 5AQKA 5AQNA 2ASMA 1RGIA 4DB3A 5AZJA 2CH6A 3A5LC 4B9QA 2HMPA 4K25A 3LDQA 1SAZA 1ZBSA 3A5NC 2BUPA 2YHXA 3CJAA 1GLBG 3VF4A 3BP8A 4K43A 3C7NA 3GBTA 3QICA 2FF6A 4IO8A 3SLCA 3ZX2A 4BRIA 3MMVA 1Q18A 3W3DA 3HZ6A 4BVPA 5AQSA 3ID8A 2F9WA 3OHRA 1ATSA 1QZ5A 5AQTA 1BOTO 3FFKB 2A42A 3WXIA 3L0QA 4IJAA 5BN8A 4BC5A 3TU5A 5E84A 4GNIA 3DXMB 2W40A 2VCPA 2V7YA 2QWPA 3A5MC 4JNEA 4QS9A 3CJ9A 4WQ4A 4FSVA 2FSKA 4FOIA 4JHDB 4BRQA 1GLEG 4FWSA 3ENHA 4BRPA 3IFRA 2P9KB 3J8AA 1QQMA 1ATRA 2QXLA 5AFUH 5F0XA 4F9OA 2Q1NA 3CIPA 3FLCO 4XH4A 4BC2A 3EL2A 5F2RA 3ZX0A 3VF6A 3O4WA 2QWRA 3AARA 3LDNA 1J6ZA 3M1FA 3LM2A 4WQ5C 4H03B 5CE3A 3BUZB 3ULEB 3GL1A 1K8KB 3O8MA 3VENA 3WEEA 4B1YB 1GLDG 2ZGZA 3SMSA 1HPMA 2P9LB 1BUPA 1D4XA 3L4IA 1TYQA 3CJBA 2D0PA 1XQSC 4FWPA 5AQWA 3VOVA 4CZKA 4CJ7A 2CGLA 3B8AX 3C7NB 4BRNA 1NGHA 3DXKB 4H0PA 2IVOA 2P9PB 4EIAA 1H1VA 4BR9A 4H5VA 3R6MA 1NGGA 3DAWA 5AQLA 3HSCA 4ISGA 2QWNA 2E2QA 4CZHA 4MO4A 3O1WA 3ZEUA 3R8EA 4H0VB 4M7YA 4CZMA 4O8KA 5FPEA 5KPTA 4CZGA 4H5RA 1QQNA 2ZGYA 5BRDA 3IMXA 5BRHA 2Q0UA 5FPDA 1WUAA 4BC4A 3BF3A 4H0OA 3O6WA 1BDGA 1XC3A 2GEMA 3VERA 3RSEB 4BR2A 3QFPA 2D0OA 5BPMA 3VESA 2QWQA 4IJNA 2YJFA 3VEVA 5JICA 4PL7A 2NLXA 2IVNA 4BRHA 1E4FT 3VPZA 1GLFO 3QFUA 2A40A 3WQUA 1TUYA 3AY9A 4BGBA 4BR4A 3H1VX 3QBXA 1NGAA 1NGDA 4HTLA 3U8XA 4BROA 1U2VA 2P9IB 2P9SB 3LDLA 2VYPA 1U6ZA 3GDQA 1GLJO 2V52B 4BRDA 3AAPA 4FWQA 3DJCA 4XH5A 4BQLA 5AFUA 1Z05A 3HM8A 5AQQA 3O1BA 2AP1A 3ZETA 3MDQA 4BRLA 4JN4A 2CH5A 4BQZA 2YCHA 3HTVA 4CZFA 4FWNA 2I7NA 2QWOA 3WQTA 4E1JA 1ZC6A 3CERA 4FPBA 3D2EA 4BRFA 1HKCA 5KPRA 3FZKA 4MLHA 3VF2A 1MDUB 1EQYA 1MWMA 2P9UA 3H6EA 1HKGA 3H3OB 5AR0A 2FLOA 3BF1A 1HLUA 2E20A 3O80A 2ITMA 4BG9A 4BRCA 3CJCA 3FGUA 4IXCA 3GE1A 3D2FB 3G25A 1TUUA 3UKRB 3WUHA 3VETA 1DKGD 1V4SA 5BN9A 3H45C 4RCHA 2H3GX 5BRFA 3VEXA 4MLEA 4MO5A 3WXLA 4O5FA 2ASPA 3O5BA 2QW9A 2E2OA 1NGBA 2FSNA 4I6MA 3QDKA 1E4GT 1DEJA 5ELZA 5EXWA 4AM7A 2A5XA 3GG4A 5E26A 3UE5A 4YDUC 5EY4A 3SMPA 3F9MA 3FZLA 1S3XA 3AAQA 3MCPA 5AQIA 5FPNA 1ESVA 2AA4A 2ZF5O 4NB4A 5AQOA 3MN7A 1KAXA 5B8HA 5ADXH 2GTDA 3LDOA 4DHYA 4EHUA 1IJJA 1YAGA 2D4WA 3LM9A 2GWJA 5BR9A 1T44A 3QB0A 5AQGA 3S41A 4B1WB 4CZIA 1IG8A 5AZJB 1GLLO 1X9JA 1BA0A 4BR7A 4EHTA 1NGEA 3D7EO 5FPMA 2QWLA 4XEIA 4J8FA 4BC3A 3VEZA 2VWBA 2Q36A 4BRKA 1NGJA 2FF3B 4B1UB 2BTFA 3FE1A 2NZTA 3VEOA 4A2BA 2PBDA 4ISFA 3VEWA 3W0LA 1NMDA 4C23A 1BU6O 1YVNA 3MN9A 5AQXA 5AQFA 1HKBA 4GY2B 3CQXA 5JLFA 3DWLA 3DXMA 4HWIA 5KQ8A 3MN5A 4ISEA 4WQ5A 4QS7A 5AZIA 4CBWA 5BPNA 2YJEA 1BWFO 4CZJA 2EWSA 4JD2A 4JHDA 3R9PA 4A2AA 5EX5A 4FO0A 4BRGA 2P9KA 5I9EB 2Q2RA 3VGMA 2UYTA 3IUCA 4FWMA 5AQYA 1NBWA 3O08A 1NGIA 2Q0RA 3VGLA 2HOEA 3CHWA 3FR0A 3MN6A 4BVOA 2E1ZA 3FZHA 1BA1A 4H5NA 4Y0WA 4BG8A 4WQ4C 4FL9A 3A0IX 4LC9B 3ATUA 3WEEB 2J4RA 3ULEA 4A61A 1K8KA 3EO3A 2YHYA 3H1QA 5AQJA 4XH1A 1TYQB 2IIRA 4H0XB 3LL3A 1YXQA 2P9LA 1HJOA 1G99A 2YI1A 4IZ9A 4AM6A 3H3NO 4Z94A 5JLHA 1BG3A 3SK3A 4B1XB 3FZFA 4FWLA 4NO7A 1YUWA 5KQDA 5ADXA 4FWRA 5LJVA 4K41A 5AQPA 2E8AA 1LOTB 2E2NA 2F9TA 4H0TB 4M7XA 5F1XA 3LDPA 2W41A 3DXKA 2V51B 4B1VA 1MWKA 4FOEA 2P9PA 4RWTA 1KAYA 3WXJA 4CD3A 2A6AA 3I33A 2QWMA 4IWVA 1SZ2A 3ZEUB 4PL8A 1HX1A 4L3QA 2HF3A 4PKGA 3H46O 1GLCG 3M3ZA 1KAZA 3KVGA 2GELA 1QQOA 1T6DA 1LCUA 4FWKA 5LJWA 4H5TA 5AZIB 4B1ZA 4WYBA 3UKUA 3HBTA 3I8BA 4JD2B 1WOQA 2ZWHA 4JAXA 1ZXOA 3RSEA 3WT0A 3CETA 3EZWA 3JXUA 5AQMA 1NWKA 1HUXA 1QHAA 3CQYA 3EKSA 4CBXA 5AQUA 2E88A 3KZBA 2WUSA 4CI6A 1X3NA 4BGAA 4BREA 5EOYA 1KXPA 1MA9B 1NLVA 1T6CA 1U2VB 1OKJA 2P9NA 2Q31A 3CJ1A 4CBUA 2PAVA 2Q97A 2E1YA 2P9IA 3SJHA 1V4TA 2GUPA 1XUPO 2CGJA 2P9SA 4BRMA 4CZLA 4M63C 3A8YA 1ATNA 3U4LA 3ZETB 2IVPA 2ASOA 1BO5O 2I7PA 1RDWX 4CZEA 1JCEA 3D2EB 1NM1A 4EFHA 4QS8A 5AQRA 2P9UB 5LY3A 3ZX3A 4BR0A 5AQZA 3MK6A 1S22A 3U9DA 2OANA 3P4IA 4PKHA 1GLAG 2CGKA 1DGKN 3QBWA 2A3ZA 4YDUA 2FSJA 2E2PA 1Y64A 4CD1A 1NGFA 1NGCA 2D1KA 3D2FA 4FPAA 2V7ZA 3FZMA 4DQ8A 5AQVA 3UKRA 3EN9A 5AQHA 5BPLA 3C0BA 3L6QA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5KPZA 3VN5A 1RT5A 3V81A 1JLBA 4CK1A 3TPQA 4NCGA 4CVNE 2P51A 4JKGB 4YOXA 3BEXA 2UXBK 3RVCA 3GOIA 3ATVA 1KLNA 5HRSA 3NVMA 3IDHA 1CZAN 4A62A 1JCGA 4U7BA 4EAHD 3KHYA 4I9LA 1C0GA 4IBNA 4K8XA 3OYLA 4JKFA 2W6LA 4Y1DA 2YV0X 4H4OA 2WTUA 1IKVA 1YI2N 1QZ6A 1R59O 5IWAK 1NJXA 1K6YA 1RGIA 4DB3A 3S3OA 5AZJA 4B9QA 3A5LC 4B3OA 3TSUA 3DOLA 4OO1J 3SAGA 2O8BA 2YHXA 4IOXA 1Q82O 2G8UA 3GBTA 3SLCA 5J2NA 1Q18A 3LP3A 2NUBA 2X6SA 4DV1K 4DTJA 3ID8A 3OHRA 4J2EA 1QZ5A 3RRHA 1D8YA 2WONA 1VQ9N 1G15A 5BN8A 4GNIA 3SNNA 1RT2A 2VCPA 2V7YA 4FK0A 4LF9K 3AVLA 5CZ1A 5JVHL 1P90A 3D45A 3CJ9A 2NRWA 2FSKA 4JHDB 5D3GA 3OYEA 1TKZA 1GLEG 5KTQA 4FWSA 1TK8A 3PV8A 3IFRA 1JLAA 2P9KB 3OJUA 1LAWA 4JRQA 1J5EK 3BGRA 3PO5A 4PY5A 1QQMA 3J7YP 5AFUH 3DLEA 5KGWA 1TL3A 3FLCO 2IOCA 4GKJK 3VF6A 2BE2A 1HNWK 1VSFA 5M1OA 5MLCQ 3GL1A 3SQ1A 4DV2K 1I94K 3O8MA 3THWA 3ZT4A 4Y1CA 3TI0A 2KFNA 5M1KA 1NKBA 2ZGZA 4HTUA 1HPMA 3EYZA 2DTUA 4ID5A 2IC3A 3K5OA 1XQSC 4JKHA 4FWPA 4QCLA 1IBMK 1HYVA 1CZBA 3KKRA 5J1EA 4CJ7A 4A57A 3C7NB 1R0AA 3TTCA 4JK9A 1NGHA 3DXKB 1EWRA 1U45A 2VGMA 2IVOA 3NGZA 2P9PB 3QO9A 4H5VA 3G71N 1NGGA 3DAWA 3OYHA 1B92A 3HSCA 4FJKA 1WAFA 1O1WA 4CESA 4MO4A 3O1WA 3R8EA 4DSIA 4M7YA 4CZMA 3TTDA 4BDYA 1WSFA 3IMXA 1S1UA 2O8CB 4DR6K 3L2QA 3TAPA 1WUAA 4H0OA 3O6WA 3VERA 3RSEB 4CERA 3P1GA 4BR2A 1QSSA 1KFSA 4JI6K 4IJNA 2G8WA 4PL7A 3TAMA 2RE2A 4CFCA 5JVGL 4N41A 3SZ2A 1C0TA 1K73O 2A40A 4F4KA 4DSFA 4WE1A 1TUYA 4DKWA 4BGBA 3HOSA 3QBXA 1NGDA 5C2DA 3E9OA 2VYPA 3VQ6A 3THYB 1XMQK 3UIQA 3OTOK 3KD1E 4DFPA 4XH5A 4HVJA 3A2FA 5AQQA 2E6LA 2AP1A 3VQEA 1JL1A 4JN4A 2CH5A 3K5LA 5CYQA 2I7NA 4DQRA 2QWOA 3QLHA 4MDAA 1QQCA 3O4QA 1HKCA 5KPRA 3TAFA 1EQYA 4O8UA 4CCHA 3H6EA 1HKGA 1VSLA 1QE1A 5AR0A 2E20A 2RKIA 3O80A 4BG9A 4B3SK 3KKSA 2PY5A 3GE1A 3ENBA 3LZJA 4YHHK 3NVKA 1TV6A 5KI6A 1TUUA 3VETA 2RF2A 1V4SA 1FXXA 2DFFA 3DLRA 3CCEN 2H3GX 1ZBFA 4TSXA 3DLHA 1FW6A 3EE8A 4DG1A 5C25A 3CC7N 2ASPA 1VSMA 3O5BA 2QW9A 2HNZA 5FLXO 4UQGA 4JKGA 3CFPA 4NYFA 1E4GT 4AM7A 3GG4A 3C94A 1KQSM 3AVNA 3AAQA 4JKCA 3ZSXA 5GINA 4KTWA 3BY5A 1ESVA 2AA4A 2JLEA 2ZF5O 3PSFA 4DU3A 3HK2A 3LDSA 1KAXA 5B8HA 2GTDA 3DOKA 2ZD1A 3LDOA 4DHYA 4BE0A 4EHUA 1IJJA 4NXNK 4CEFA 4Q0BA 3JSMA 1OH5A 4LF6K 4CJLA 2O8DB 4LH5A 5M1FA 4FZXC 1C1BA 4NCAA 5HL7L 4M3ZA 1WNSA 1N6QA 3VQBA 1NGEA 2KKZA 5FPMA 2D0CA 5FRNA 2KZZA 3DLKA 2VWBA 2W42A 2HHTA 2FF3B 4CJEA 1A5VA 4FZYA 3VEOA 2LSNA 5FROA 3VEWA 2Y1IA 1VQ8N 5AQFA 1XHXA 1YJNN 4B9UA 1XWLA 4HWIA 3SUQA 3DRRA 3HPOA 1O13A 4CZJA 3K0SA 2F8SA 4JHDA 3R9PA 2OPRA 3LWLA 3HRGA 4DTOA 2P9KA 1W97L 4CHYA 5I9EB 3LP1A 4DR7K 3HP6A 2UYTA 1NK5A 2NRZA 4CECA 3KK1A 3O3HA 3IAYA 2KFZA 3ZSWA 5J2QA 2JWLA 2YKNA 3VGLA 4CF2A 3MN6A 2E1ZA 3R3LA 4E1MA 1BA1A 3NCIA 2YKMA 4GVMA 1JJ2M 3OBWA 2PYLA 4Z4FA 1IKXA 4FL9A 4M3WA 3QESA 4AHVA 2VG5A 3CC4N 4IOAL 3LAKA 5GAEP 2J4RA 4KHNA 3OYFA 4CF9A 2HHUA 3CF5L 4A61A 4KKOA 5TKWA 4X66K 3VQ5A 3H1QA 4CJFA 1J53A 1OVYA 1YXQA 4CJVA 4CGFA 3SQ4A 1G99A 4CHPA 4KTQA 2BGGA 4DMNA 4B1XB 3FZFA 3Q7BA 5ADXA 4RW4A 5AQPA 4Z4IA 2QKKA 3AO1A 3LP2A 4H0TB 3LDPA 3DXKA 2V51B 5KRTA 2P9PA 2YHBA 4OLAA 1DT9A 3I33A 4FJ7A 4PKGA 1T6DA 3OYIA 1LCUA 2XY7A 1FKPA 1IG9A 5AZIB 3B6PA 2O8CA 1EP4A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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