4CD1A

Rnntpdase2 in complex with psb-071
Total Genus 139
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
139
sequence length
414
structure length
406
Chain Sequence
LKYGIVLDAGSSHTSMFVYKWPADKENDTGIVGQHSSCDVQGGGISSYANDPSKAGQSLVRCLEQALRDVPRDRHASTPLYLGATAGMRLLNLTSPEATARVLEAVTQTLTQYPFDFRGARILSGQDEGVFGWVTANYLLENFIKYGWVGRWIRPRKGTLGAMDLGGASTQITFETTSPSEDPGNEVHLRLYGQHYRVYTHSFLCYGRDQILLRLLASALQIHRFHPCWPKGYSTQVLLQEVYQSPCTMGQAIVSLSGTSNATLCRDLVSRLFNISSCPFSQCSFNGVFQPPVAGNFIAFSAFYYTVDFLTTVMGLPVGTLKQLEEATEITCNQTWTELQARVPGQKTRLADYCAVAMFIHQLLSRGYHFDERSFREVVFQKKAADTAVGWALGYMLNLTNLIPAD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
source organism Rattus norvegicus
publication title Crystal Structure of Ntpdase2 in Complex with the Sulfoanthraquinone Inhibitor Psb-071.
pubmed doi rcsb
molecule keywords ECTONUCLEOSIDE TRIPHOSPHATE DIPHOSPHOHYDROLASE 2
total genus 139
structure length 406
sequence length 414
ec nomenclature ec 3.6.1.-:
pdb deposition date 2013-10-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01150 GDA1_CD39 GDA1/CD39 (nucleoside phosphatase) family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4cd1A01
3.30.420.150 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Exopolyphosphatase. Domain 2 4cd1A02
4BR9A 5AQHA 3SJHA 2ZF5O 1BO5O 4XH5A 1BU6O 2P9UA 2V7ZA 4J8FA 4QS8A 5BPNA 5JLFA 1ATSA 4BRLA 1QZ5A 3AAPA 3FR0A 1NGFA 3FZFA 4BQZA 3EZWA 2FSNA 2E2PA 1Z6RA 2ASPA 4QS9A 3BUZB 3BF1A 1X9JA 3M1FA 3HM8A 3W3DA 3TU5A 3L6QA 3UKRB 1OKJA 4I6MB 2YJEA 5F0XA 4BRKA 2E8AA 4B1VA 4FWLA 3VEZA 4BRDA 3VEXA 1RDWX 2P9SA 2F9TA 2QWNA 3VEYA 3ZETA 1J6ZA 3U8XA 2YHYA 3IFRA 5AQOA 1BA1A 3QBXA 4WQ5A 4MLEA 3ENHA 1NGGA 3ZX3A 5LJVA 2P9PA 1C0GA 1JCGA 4A62A 1G99A 2W41A 3AAQA 3O8MA 4BRPA 3BEXA 3ZX0A 5AZIB 5AZJA 2IVNA 3BF3A 1QZ6A 5LJWA 1JCFA 3FE1A 3HBTA 3KZBA 3WXKA 4CBUA 1BA0A 2PAVA 4CZKA 3VEWA 5I9EB 5AQTA 3KVGA 1ATNA 1YXQA 3LM9A 4FWRA 1MA9B 4H5VA 3EKUA 4E1JA 1Q18A 2NZTA 2QWQA 4EHUA 3EN9A 1E4GT 2P9IB 4BRGA 4CZMA 4BGBA 2VYPA 3SK3A 3U4LA 3S41A 4JAXA 4PL8A 2ITMA 3R9PA 3W0LA 5AQUA 4WQ4C 3HTVA 4FOEA 3CJ1A 3GL1A 4B1ZA 4XH4A 4CZFA 1E4FT 1DKGD 4O8KA 4CBXA 3QICA 1LCUA 4EAHD 3L4IA 3R8EA 2YJFA 1XQSC 3VGMA 1NBWA 2P9KA 1R59O 1EQYA 1HJOA 3HSCA 3MN9A 3WXIA 3QMLA 4AM7A 5EVZA 3KHYA 4HTLA 1S3XA 2A5XA 4JHDA 3WT0A 1KAYA 2F9WA 5AFUH 4A61A 3VF6A 3C7NA 3I8BA 1NGDA 4XEIA 5EOYA 3D2EA 5E84A 5FPEA 5KPTA 1NLVA 3QBWA 5AQMA 4M7XA 3MN7A 1NGHA 4H0TB 2GELA 1X3NA 3WQTA 5KQDA 4FWSA 3UKUB 1ESVA 3QFPA 1U2VA 2FF6A 4BR0A 3A8YA 1IJJA 1CZAN 1ATRA 1MWMA 1QQMA 2CGJA 2QXLA 4PKIA 2AP1A 5KPZA 2YHWA 4ISFA 1TYQA 3SMPA 3H45C 4NO7A 4CBWA 1QQNA 3D7EO 5JICA 2Q31A 3D2FB 3G25A 4FPBA 2D1KA 4C23A 1T6CA 3ID8A 4MO4A 5AQXA 3H3OB 5JLHA 2P9UB 2QWOA 1WUAA 3FZLA 4AM6A 5F1XA 3O1BA 2FSKA 2E1ZA 4IXCA 4B1WB 2Q0UA 4QS7A 4F9OA 2A42A 3CJ7A 1GLLO 3H1QA 3WQUA 1QHAA 5EX5A 1NGCA 2HF3A 4BRIA 3LM2A 4CZJA 4LC9B 1XC3A 3O5BA 4BRAA 1QQOA 2P9LA 4CD3A 2P9SB 3ATVA 2VWBA 3ZETB 4IWVA 4BVPA 2QWRA 3VGLA 4FO0A 3WEEA 3EL2A 1BUPA 4MO5A 2ASOA 1GLEG 5AQSA 4BG8A 3TPQA 3U9DA 4M63C 5FPDA 1NGJA 4FWOA 2IIRA 2Q0RA 3O80A 3GG4A 4H5NA 5AZJB 2P9NA 3J8AA 3U9ZA 1S22A 4CZIA 5ADXA 2QWPA 4DQ8A 1RFQA 3ZEUA 3FGUA 2E88A 2NLXA 5AQQA 2CH5A 5ELZA 4BREA 4CD1A 4JNEA 2QM1A 3BP8A 2CGKA 3H6EA 4WQ4A 3B8AX 5F2RA 1HLUA 1V4SA 3P4IA 1KXPA 1YVNA 2GEMA 4CZEA 3CHWA 5AQRA 3A5NC 4FL9A 4IO8A 3VF4A 1GLAG 1KAXA 3IDHA 3CQYA 3OHRA 3JXUA 3LDPA 2AA4A 3AARA 3WXLA 4BRMA 1BDGA 1NMDA 5AQVA 4KBOA 2D0OA 2D0PA 1NGIA 3CQXA 4BR4A 2WUSA 2YHXA 4CZHA 2CGLA 3H46O 2P9KB 3IMXA 4FWMA 3DXKA 5TKYA 1BG3A 4H0YB 2GWJA 1HKBA 1SZ2A 2E20A 2Q97A 4FWPA 4BRNA 4BR5A 3IUCA 2FXUA 1NGAA 4PKHA 2GTDA 4Y0WA 2E2QA 3DAWA 5AQGA 4JHDB 4XH1A 3D2EB 4BG9A 4FWNA 2HMPA 4K43A 3SLCA 4B1YB 4BRQA 3MN6A 5AQZA 3LDNA 4NB4A 5BN9A 4BC3A 4HWIA 5CE3A 1HX1A 2NRHA 5E26A 3GOIA 4GNIA 4EIAA 4DB3A 3F9MA 2VCPA 5AQKA 1U2VB 4CI6A 5AQIA 3FZHA 4BC2A 1DEJA 4B1UB 2V7YA 4H03B 3ULEA 3HI0A 3QB0A 2BUPA 4YDUC 1TYQB 2A6AA 3UB5A 4BROA 4JN4A 2UYTA 4RCHA 5BREA 1V4TA 3A5OC 1ZC6A 2OANA 3MMVA 2FLOA 3H3NO 4H5RA 4BC5A 1H1VA 2A3ZA 4JD2A 1GLCG 1KAZA 2I7PA 2YI1A 1NWKA 3DXMA 4K41A 4BR2A 1K8KA 2I7NA 2A41A 3QDKA 3CJBA 4ISGA 4B1XB 1XUPO 3RSEA 4EHTA 4MLHA 4WYBA 3O4WA 2ZGZA 3FFKB 3VETA 4FSVA 4H5WA 2P9LB 1ZBSA 5EXWA 3DWLA 3MN5A 2IVOA 1HUXA 3L0QA 4M7YA 2FSJA 3I33A 1GLJO 1YAGA 5BPLA 3WEEB 3CETA 4BC4A 2P9PB 4IJAA 4B9QA 3M3ZA 3GDQA 2HF4A 3LL3A 4H0OA 4CJ7A 3UKRA 4I6MA 3VOVA 5AQYA 1HKCA 2Q36A 4BRCA 2P9NB 1HPMA 4H0XB 3O6WA 2ZGYA 3SMSA 3MCPA 1GLDG 2E2OA 3ZEUB 4Z94A 1LOTB 5AR0A 4L3QA 3WXJA 4GY2B 1JCEA 3ENOA 1P8ZA 3MK6A 3VPZA 2QWLA 2GUPA 3O08A 5AQPA 5AFUA 3EKSA 2HOEA 2CH6A 3VENA 2FF3B 3CIPA 5AZIA 4WQ5C 3JS6A 1D4XA 1U6ZA 2BTFA 3M6GA 5AQJA 5FPMA 4FWQA 5BRFA 3A5MC 3UE5A 2QWMA 4ISEA 5EY4A 3C0BA 2D4WA 2V51B 1YUWA 1HKGA 2PBDA 5AQNA 3O1WA 4BGAA 1X3MA 3H1VX 2IVPA 3ATUA 3DXKB 4K42A 3A0IX 3CJCA 1DGKN 1C0FA 3VESA 2P9IA 4O5FA 2Q2RA 4H5TA 1GLFO 4IJNA 2DPNA 3QFUA 5BR9A 3VERA 2ZWHA 3CI5A 3C7NB 2W40A 3WUHA 4CZLA 5KPRA 1T44A 3GBTA 3ZX2A 4BRFA 2ASMA 5ADXH 4PL7A 1SQKA 1Z05A 2YCHA 3CJAA 2V52B 1RGIA 3FZKA 4FWKA 4YDUA 4EFHA 3MDQA 2QW9A 3GE1A 4K25A 3CERA 3FZMA 4FOIA 5AQLA 4BRHA 4DCHA 4CZGA 5B8HA 2J4RA 1BOTO 3A5LC 3CJ9A 4RTFD 4A2AA 1SAZA 4H0VB 1Y64A 3VGKA 3ULEB 3FLCO 5LY3A 3R6MA 4RWTA 2A40A 2H3GX 1T6DA 3VF2A 5BRDA 1NM1A 3LDLA 3HZ6A 4FPAA 1NGBA 4BR7A 2E2NA 5BPMA 4A2BA 4JD2B 3EO3A 3UKUA 1IG8A 3VEVA 5AQFA 2EWSA 2GWKA 3DXMB 4H0PA 2KHOA 1K8KB 2Q1NA 1GLBG 1MDUB 3LDOA 4BVOA 4IZ9A 4PKGA 1TUUA 3RSEB 3AY9A 3DJCA 5JMVA 4BQLA 1BWFO 2E1YA 5BRHA 5KQ8A 5BN8A 4DHYA 3VEOA 1ZXOA 1TUYA 3LDQA 1MWKA 3D2FA 1NGEA 5AQWA 5FPNA 1WOQA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4BR9A 3C65A 3M8QA 3OYLA 4OPAA 3D6RA 4IOCL 4KO0A 4CJEA 2BANA 2VG6A 3SQ1A 1B9FA 1NGFA 3FZFA 1Z6RA 4QS9A 3W3DA 1S6QA 4CIEA 4I6MB 2YJEA 3F9KA 3VEZA 2WBNA 1RDWX 1WNSA 2F9TA 2P9SA 4FJ8A 3THYB 2YHYA 1L3SA 4WQ5A 1ZBHA 5JS2A 1VRUA 4DQIA 1WAJA 1JCGA 3FFIA 1WN7A 1G99A 3DI6A 4AQYK 4IFEA 1REVA 1KLNA 2NNWA 2O8EA 4M45A 1XHZA 5AZJA 1OH8A 3BF3A 4KTZA 1UWBA 5TKWA 3ID6A 1LAWA 5CZ1A 1HMVA 4JKFA 5M1FA 2QA4N 4LY7A 1L3VA 3DM2A 2KFNA 3AO1A 3KVGA 1TL1A 5AJ3K 1YXQA 3LM9A 1MA9B 1QQCA 4OX9K 1GOBA 1BI4B 2NZTA 3T3FA 3QETA 4Z4IA 4DU3A 3SQ0A 3E1YA 2UXBK 3C6UA 5C2DA 4CZMA 1ZBLA 3S41A 3DOKA 3E66A 4E0DA 1KFDA 1VAZA 4JAXA 2ITMA 1W7AA 4CGHA 1L3UA 3P83D 4DR1K 3T19A 4FJIA 4KRFA 2YNHA 3HT3A 4XH4A 4CZFA 1E4FT 1KCFA 5DMRA 4O8KA 1VQ8N 4M3YA 3L4IA 3K57A 2YJFA 1RT1A 2P9KA 3MCAB 4DTJA 4X62K 1HJOA 3HSCA 5C10A 1QVFM 3NVKA 4CGFA 1NU0A 3WXIA 3KLEA 1ILYA 2A5XA 2R7YA 2YNFA 4CJFA 3OYKA 1K8AO 4A61A 2O8BB 1RTJA 3C7NA 3I0SA 2KFZA 1EP4A 5HBMA 5FPEA 3KK2A 1NLVA 4IDKA 4NXMK 5AQMA 4WFBL 1VSKA 1C1AA 4DV4K 1N5YA 3QEIA 4H0TB 2GELA 1NK4A 1X3NA 1LWFA 4CF9A 4KFBA 5KQDA 1TK0A 3QFPA 2ZD1A 4WFAL 4BR0A 4CHOA 2CGJA 2OPRA 4PKIA 4C8KA 4CFBA 4O8UA 5M1KA 4E7HA 2NUBA 3SMPA 3HXMA 4FJNA 4BWJA 4DV5K 3SAGA 1T6CA 5GAGP 3ID8A 3M8SA 4MO4A 3U3GA 4WFNL 4PHTX 4Z4FA 3FZLA 4AM6A 2G8WA 3O1BA 3OVNA 2FSKA 4IXCA 4I9LA 1BIZA 2ZJRL 4JKEA 2Q0UA 1DTQA 4F9OA 2A42A 3CJ7A 3VA0A 1M1KO 4FM0A 4DTPA 4DLEA 1T8EA 1T03A 3VQ9A 4LC9B 4CJ3A 3O5BA 4BRAA 4EP5A 2P9SB 3L3UA 4JI4K 1VK0A 4JKGA 3Q7CA 5M1NA 4O0IA 3P39A 2Z1HA 1G15A 3P31A 1OVYA 2VGMA 1GLEG 5FROA 3MEEA 1RILA 3TPQA 4M63C 4GW6A 1NGJA 3O80A 3GG4A 2VQFK 2O8EB 3C6HA 5AZJB 3MXMA 2OA8A 4CZIA 4F2SA 4DQ8A 4A5AA 1RFQA 3CC7N 5C25A 1QE1A 4E89A 1RDAA 4BREA 5HL7L 3TAFA 3NFAA 3KD1E 4JNEA 2OCEA 3B8AX 1NKCA 1TKDA 4W5RA 3CCVN 1V4SA 4M3UA 3P4IA 1KXPA 4ILJA 2GEMA 3LPTA 5HOOA 4N76A 4C8LA 3A5NC 1VQ9N 2IAJA 4IO8A 3VF4A 1KAXA 5GAHP 3JXUA 3AARA 4BE1A 3BZCA 4CE9A 3KK3A 1YITN 3O3GA 4DTMA 3VMFB 2WUSA 1Q8IA 2HBMA 2YHXA 3TAGA 2P9KB 3IMXA 1BG3A 4H0YB 1HKBA 4BRNA 4LH5A 2FXUA 1NGAA 2GTDA 2A1SA 4KHSA 1TKTA 4KI6A 4BY9C 1N8RO 4KHYA 1J5OA 4CF2A 3AVGA 4ID1A 3OYHA 2VQEK 3MN6A 3OYJA 4NB4A 5BN9A 3VQDA 1P90A 3SPZA 4HWIA 1HX1A 1O1WA 2NRHA 3ZSYA 1S72N 3QIOA 3TAMA 1K9MO 3O4QA 2VCPA 1Q9YA 3KTQA 3KKRA 4KHWA 4BC2A 2QI2A 4B1UB 1EX4A 5M1OA 1T7PA 2HBKA 3UB5A 4JN4A 2UYTA 1FXXA 4CGIA 3LP0A 3T1YK 4DSIA 3TR8A 1ZC6A 3O9RA 4IG0A 3SAHA 2F8TA 4PUOA 1H1VA 2NRZA 5J2NA 1GLCG 2JWLA 1OVQA 3DXMA 3LPUA 2Z1IA 2O8FA 3PLAA 4Z4HA 3RSEA 4MLHA 1JLQA 3O4WA 2ZGZA 3LAMA 4XIUA 3WXMB 3ZLJA 2UXDK 4LSLA 1LW0A 4JKGB 2IVOA 3C94A 4NLCA 4JK8A 3NHGA 1C1CA 1XMOK 5BPLA 3CETA 1X1PA 4CFCA 2B6AA 4E1MA 3E9PA 4OPHA 3VTIA 3NE6A 1JL1A 3AO3A 2HF4A 3HK2A 3LL3A 4H0OA 2O8DA 3M8PA 4CJ7A 4QOZB 2Q36A 1HYVA 1HPMA 4H0XB 3LP3A 3E9OA 4OKEA 3V9UA 1GLDG 3AVAA 3B6PA 1LOTB 3OYDA 5GIPA 4KB1A 3UIQA 4Z4GA 4CHQA 4CJLA 4CEZA 5AQPA 4AILC 2E4LA 2HOEA 1SS6A 3K5OA 3CIPA 3EYZA 3HOSA 4DTUA 4M3ZA 4FYDA 3JS6A 4CEOA 3F73A 1U6ZA 2BTFA 4FK4A 3M6GA 5AQJA 1HJRA 3A5MC 3MAQA 5EY4A 4AHUA 1QSSA 4FLZA 4YOVA 3PX6A 1C1BA 4R79A 5AQNA 1X3MA 3AGRA 3DLGA 2IVPA 4O5BA 2E6MA 2OPSA 1M90O 4OVLA 4FJMA 1NK7A 2WC9A 1C0TA 4H5TA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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