4CD1A

Rnntpdase2 in complex with psb-071
Total Genus 139
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
139
sequence length
414
structure length
406
Chain Sequence
LKYGIVLDAGSSHTSMFVYKWPADKENDTGIVGQHSSCDVQGGGISSYANDPSKAGQSLVRCLEQALRDVPRDRHASTPLYLGATAGMRLLNLTSPEATARVLEAVTQTLTQYPFDFRGARILSGQDEGVFGWVTANYLLENFIKYGWVGRWIRPRKGTLGAMDLGGASTQITFETTSPSEDPGNEVHLRLYGQHYRVYTHSFLCYGRDQILLRLLASALQIHRFHPCWPKGYSTQVLLQEVYQSPCTMGQAIVSLSGTSNATLCRDLVSRLFNISSCPFSQCSFNGVFQPPVAGNFIAFSAFYYTVDFLTTVMGLPVGTLKQLEEATEITCNQTWTELQARVPGQKTRLADYCAVAMFIHQLLSRGYHFDERSFREVVFQKKAADTAVGWALGYMLNLTNLIPAD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Crystal Structure of Ntpdase2 in Complex with the Sulfoanthraquinone Inhibitor Psb-071.
pubmed doi rcsb
source organism Rattus norvegicus
molecule tags Hydrolase
molecule keywords ECTONUCLEOSIDE TRIPHOSPHATE DIPHOSPHOHYDROLASE 2
total genus 139
structure length 406
sequence length 414
ec nomenclature ec 3.6.1.-:
pdb deposition date 2013-10-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01150 GDA1_CD39 GDA1/CD39 (nucleoside phosphatase) family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4cd1A01
3.30.420.150 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Exopolyphosphatase. Domain 2 4cd1A02
3H1VX 5AZIB 1XQSC 3DXKB 3JS6A 3U9DA 2YJEA 4CZKA 3U9ZA 2V7ZA 5KQDA 3A5OC 5JMVA 1E4FT 3QMLA 4KBOA 2W40A 3RSEB 1DEJA 3R8EA 2D0PA 1ZC6A 2IIRA 4CZIA 3FZKA 2VCPA 4PL7A 4IJNA 4JN4A 2P9LB 1NGGA 4L3QA 5AQFA 2E8AA 2ZWHA 2A41A 4CD3A 5LY3A 1GLBG 4H0PA 1Y64A 2FF6A 1GLFO 4LC9B 3LDOA 1T44A 3LDPA 3VF6A 1YXQA 4MO4A 1RGIA 2P9IA 5AQNA 2V52B 4BREA 3H45C 1JCFA 3AAQA 2F9TA 1QZ6A 5E26A 5AQLA 2P9NA 3HI0A 5ADXH 3UKRB 3CQYA 2QXLA 3D7EO 4BR7A 5BPNA 5F1XA 4CBUA 4BRDA 1TUYA 1BG3A 3BP8A 4NB4A 4XH5A 3H6EA 2QWPA 1NBWA 2Q0UA 4DB3A 4FWOA 4A2BA 4BVOA 1X9JA 4HTLA 3R9PA 1GLEG 2ZF5O 5AZJB 4E1JA 4BR9A 3HBTA 3MDQA 4H0YB 3CI5A 4H0TB 1LCUA 3QB0A 4BRFA 1TYQB 1WOQA 3S41A 3O08A 3ULEA 3QBXA 1HKCA 4BRMA 3I8BA 1OKJA 5AQTA 1K8KB 3HSCA 2Q97A 3VEXA 5JLHA 2GWKA 5ELZA 3GDQA 4I6MB 3IDHA 4ISFA 3O4WA 4A62A 4IXCA 5AQXA 3IFRA 4FWRA 2W41A 4Z94A 2DPNA 3EZWA 3EKUA 3VGLA 3WEEB 1DGKN 4CZJA 1BDGA 1GLAG 5TKYA 1S3XA 3D2FB 1WUAA 4B1WB 4RCHA 3VGKA 4BR4A 2IVOA 5BREA 2VWBA 4MO5A 3VF2A 1NGIA 4EFHA 3KHYA 4FL9A 4IJAA 3GOIA 1R59O 2J4RA 1GLCG 1MWMA 1HKBA 4BRPA 3ZX3A 3VETA 1U2VA 3F9MA 1SAZA 2I7PA 3VENA 4RTFD 4PL8A 4K43A 5AQJA 5KPZA 1C0GA 5JICA 2P9PB 4H5WA 3ZEUA 4MLEA 2A6AA 1NGDA 4M7XA 4BRIA 1QHAA 3FZMA 3D2EA 2HF4A 1V4SA 3HZ6A 4CZFA 3HM8A 2FLOA 2FSJA 5KPTA 4BC3A 3C0BA 4QS8A 2E2PA 3FZHA 1K8KA 5ADXA 2D1KA 3VEVA 3G25A 4BQLA 1JCGA 1U2VB 4BRCA 1NGEA 2V7YA 1V4TA 4AM7A 3UE5A 4BG9A 3QFUA 2I7NA 4FWKA 4F9OA 2NLXA 5AQRA 1GLLO 2HOEA 3SJHA 4CZHA 3O6WA 5AZJA 1HX1A 1TUUA 4B1XB 4BRHA 4IZ9A 4H03B 3L0QA 5BRHA 3I33A 3ZETA 1BOTO 1KAXA 1HJOA 3O1BA 2WUSA 3GG4A 2CGLA 3MMVA 4YDUA 3MCPA 4BRQA 4H0VB 4BR0A 5F0XA 1Q18A 1XUPO 3FFKB 3WUHA 5JLFA 4B9QA 5FPMA 2A42A 3MN6A 3L4IA 2P9PA 4CZLA 1MA9B 1NGCA 3LDQA 5AQKA 4FWQA 2CH5A 3EL2A 4JNEA 4PKIA 4BROA 3UKRA 1NGHA 3CJ1A 1HKGA 3J8AA 1KAYA 2A5XA 3AY9A 4B1UB 5FPNA 3DJCA 4PKGA 1Z05A 2YHWA 4BR2A 3BF3A 3GL1A 2CGJA 4GNIA 1P8ZA 3DXMA 5AQHA 1BU6O 1LOTB 3O80A 3A5MC 3D2FA 1GLDG 3TPQA 4M63C 5EX5A 4ISGA 2F9WA 3RSEA 1YAGA 4XH4A 3MN9A 3ZX0A 1EQYA 3VGMA 3P4IA 2H3GX 2ITMA 4FO0A 3VEWA 1NGAA 1JCEA 4O5FA 4WQ5A 4MLHA 4H0OA 1ATRA 3ZX2A 5AQQA 3LM9A 1QZ5A 5EOYA 4CBXA 3W0LA 4FOIA 5AQVA 1X3NA 3LL3A 3VF4A 4AM6A 4DCHA 3WXLA 3WQUA 1ATSA 3AARA 2EWSA 3ENHA 3R6MA 2ASMA 3FGUA 2D4WA 3D2EB 2PBDA 4CBWA 4GY2B 2A3ZA 5LJVA 1QQNA 1IG8A 5AFUH 2E2QA 3CJ9A 4XH1A 2AA4A 4ISEA 4M7YA 3MK6A 3WEEA 4CI6A 3ZETB 4QS9A 3DXMB 5KQ8A 3VEOA 2GUPA 4QS7A 5AQMA 3FZLA 3M6GA 3UB5A 3A5NC 5EXWA 3TU5A 4WQ5C 4O8KA 5AQYA 5BR9A 1IJJA 4C23A 1X3MA 3IUCA 2YCHA 3B8AX 1CZAN 5AQUA 1XC3A 1NLVA 1YUWA 1NGJA 1H1VA 5BPLA 3CERA 3SLCA 3H3NO 5FPEA 2QWQA 4JHDA 1RFQA 4RWTA 1ATNA 4H5NA 3GE1A 4BC4A 4BGAA 1NMDA 4K42A 2Q31A 3FZFA 1MDUB 1S22A 1DKGD 3QBWA 3ZEUB 3C7NA 3M3ZA 3VEZA 1HUXA 2QWMA 5BRFA 2QM1A 5AQOA 3ATVA 3HTVA 3O5BA 3WT0A 4FWNA 1D4XA 2KHOA 4BRKA 4BRGA 1KAZA 3LM2A 1Z6RA 2OANA 4CZGA 1TYQA 3ENOA 4JAXA 2ZGZA 4CZMA 1ZBSA 3CIPA 4FPAA 1E4GT 2FSKA 3VESA 2D0OA 5EY4A 3BUZB 3LDNA 3H46O 3O8MA 3SMPA 3W3DA 5BN8A 4DQ8A 2UYTA 2ZGYA 4FPBA 1RDWX 3JXUA 4H5RA 1QQMA 1MWKA 3CJBA 2GTDA 5F2RA 4BGBA 1ESVA 2VYPA 4JD2A 4PKHA 4BC2A 5B8HA 4XEIA 1SZ2A 3FR0A 3CQXA 2IVNA 2Q2RA 5E84A 2P9LA 2ASPA 3A5LC 3O1WA 2E2NA 1BWFO 3WXJA 4BVPA 5AQGA 1GLJO 5BPMA 4I6MA 1HPMA 3DAWA 1T6DA 3BEXA 2E88A 1YVNA 2GWJA 3M1FA 2HF3A 1U6ZA 2PAVA 1BO5O 4WYBA 1BA0A 2YHXA 3U8XA 3ULEB 4FOEA 5BRDA 3IMXA 2YHYA 2QWNA 5EVZA 5BN9A 3C7NB 3FLCO 2ASOA 2Q1NA 4H5VA 3WQTA 3VEYA 2P9SB 1J6ZA 3SK3A 5AQSA 2P9UA 2FSNA 3UKUB 3QFPA 2P9KB 4EHUA 4BC5A 4JHDB 4WQ4A 2CGKA 2BTFA 3H3OB 3A0IX 2GELA 3UKUA 2GEMA 5AQIA 2E1YA 3VERA 5AZIA 3GBTA 3CJ7A 3QDKA 4A2AA 4CJ7A 1NGBA 3H1QA 1NM1A 1QQOA 2P9IB 2BUPA 1NWKA 3EN9A 4FSVA 4HWIA 3CJCA 3MN5A 1C0FA 4H5TA 4BR5A 2CH6A 3FE1A 4FWSA 3L6QA 2QWRA 4IO8A 3BF1A 3QICA 2IVPA 4K41A 4B1VA 2QW9A 3A8YA 5AFUA 3CETA 4EHTA 3SMSA 4J8FA 1NGFA 3OHRA 4JD2B 3VOVA 2FF3B 3KZBA 4EAHD 4A61A 3AAPA 4BG8A 3EO3A 2P9UB 3U4LA 4BRLA 5I9EB 5LJWA 1BUPA 2QWOA 1KXPA 5AR0A 2E2OA 2P9SA 1BA1A 2E20A 2NRHA 2AP1A 4DHYA 3ATUA 4FWLA 2YJFA 3WXIA 4FWMA 1ZXOA 2NZTA 3DXKA 2P9NB 2Q0RA 2A40A 3DWLA 4B1YB 5FPDA 4EIAA 3ID8A 2HMPA 4CZEA 4BQZA 1T6CA 2V51B 2QWLA 3LDLA 3MN7A 5AQPA 4BRNA 4BRAA 5KPRA 3CHWA 4YDUC 4CD1A 2FXUA 1SQKA 4WQ4C 3WXKA 4NO7A 2E1ZA 2P9KA 5AQWA 4B1ZA 3KVGA 2YI1A 2Q36A 1HLUA 5AQZA 1G99A 3VPZA 4IWVA 4K25A 3CJAA 4FWPA 4Y0WA 5CE3A 4H0XB 3EKSA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1RT1A 4AHCA 2YV0X 4CZKA 3T69A 3CFPA 3U9ZA 3RR8A 3A5OC 3VTIA 5JMVA 3KIOA 4JKEA 1DEJA 4ILJA 1S6PA 2D0PA 1VSIA 4CZIA 4UY8O 4W5TA 4FJHA 4IJNA 4DS4A 3N4PA 4JN4A 3F9KA 4V19S 4B9NA 1JLCA 3HRGA 4L3QA 5AQFA 3V9SA 4AQYK 2OZMA 4HUEA 2A41A 1NK5A 4HVJA 4H0PA 1VQ5N 4JI7K 4OKKA 3EE9A 1YI2N 3K59A 1SUQA 2XHBA 4DFMA 4AF1A 4DSJA 2YKNA 1QTMA 1RGIA 3THXB 2O4GA 1W0HA 5AQLA 1QZ6A 3QESA 1ZYQA 2HBMA 3CQYA 2YHAA 3AVIA 4CIGA 1HNZK 4BRDA 2O8EB 1CXUA 3H6EA 5M1PA 2Q0UA 4DB3A 4FWOA 2XO7A 4JKGA 2VG6A 3R9PA 2ZF5O 4YOXA 3JSMA 5AZJB 4E1JA 4BR9A 2VGNA 3HBTA 3MDQA 3QB0A 2WBNA 3T3FA 3O08A 2G8FA 4YHHK 1X9WA 4Z4EA 4HHTA 1WAJA 4OLAA 2QTDA 2EX3A 4ELUA 3PUFA 3G10A 3MEGA 1S9EA 2AJQA 4CJUA 5AQXA 4CERA 3ENBA 4KHSA 1OVYA 2DPNA 3WEEB 3EKUA 1LV5A 1J5EK 1HNXK 2DFEA 3TTDA 3OYAA 1S3XA 3D2FB 4DSLA 1VSKA 3LAKA 3I0SA 3VGKA 4DF4A 1WSJA 1O13A 4MO5A 4OPHA 2HHQA 1VRTA 1EWQA 4IJAA 4NYNA 3GOIA 4F3OA 2YNIA 1GLCG 1MWMA 3DLHA 3SPZA 2ZJQL 3VQBA 4BRPA 4CGIA 3QEPA 4B9SA 1U2VA 1Q9YA 3E9LA 3CCUN 1C6VA 3NGYA 1YIJN 5JICA 2OPPA 4YOWA 4B3OA 4B9VA 3OTOK 2OA8A 1RT5A 3C6TA 2HF4A 4B8AB 4QAGA 4CZFA 3DRPA 3VQ8A 3AGKA 1S1VA 3MXMA 4RW7A 4IEEA 2KKZA 3PIPL 3VEVA 2V7YA 3QLHA 1QE1A 3SQ0A 3ALYA 4F9OA 1W7AA 5I3UA 3VMFB 1IKYA 1A5VA 2F8SA 5AZJA 3NGZA 1HX1A 3LZIA 3CCLN 4C8LA 5BRHA 3I33A 4ID5A 3ZETA 3OYGA 4I9LA 2CGLA 3MMVA 3MCPA 3SCXA 4H0VB 3DLGA 1XUPO 4CEDA 1RDAA 2OTLN 2A42A 3K2PA 3CG7A 1IH7A 3MN6A 4GVEA 5CY4A 4JI5K 2P9PA 3NCIA 1MA9B 4FWQA 3LALA 4JNEA 4OKEA 3UKRA 3CJ1A 1D9FA 4DUYK 4M3RA 2QXFA 4U7BA 1NK7A 3ZT0A 5FPNA 3DMJA 4DTSA 3GL1A 5HP1A 1Q82O 2Z1GA 1UA1A 1P8ZA 5AQHA 1BU6O 1LOTB 3AVKA 1GLDG 2RF2A 3TPQA 4M63C 1GOBA 3VQPA 2W6LA 2F9WA 3RSEA 1YAGA 3ZX0A 4CF8A 1KFSA 3U3GA 2QKKA 4O8UA 3ZT4A 3QNOA 3VEWA 1NOYA 5FRMA 3PIOL 3C6HA 4XIUA 4G1QA 3PLAA 1Q7YO 1JLFA 1U47A 1JXEA 5AQQA 3LM9A 1QZ5A 4M3WA 4N41A 4JI2K 1RT2A 2XRIA 1M1KO 1QSSA 3HO1A 3W0LA 1X3NA 2IOCA 1HRHA 4DCHA 1QVFM 3ITHA 3AARA 2EWSA 1J53A 4CHZA 4DV4K 3I55N 2PBDA 4WFAL 5LJVA 1QQNA 4FVUA 5AFUH 2E2QA 4E1MA 2AA4A 4ISEA 3KWGA 4FK4A 5JVGL 1REVA 2F7TA 2HMIA 3DXMB 4GKJK 4FW2A 4EZ9A 4QS7A 3PX0A 3RWUA 4JRQA 4OLBA 3V9WA 2O8BB 3A5NC 5EXWA 4M3UA 3TU5A 4CK3A 2O8DA 3OYKA 5BR9A 4DG1A 1IJJA 5A2QO 1X3MA 1YUWA 1Z25A 3HOTA 5CZ1A 4JHDA 3L2RA 3E66A 1B9FA 4BE2A 1X9SA 2Q31A 3ZT3A 1MDUB 3K5OA 4KREA 4CJKA 3ZEUB 4DTMA 3M3ZA 3THXA 2QM1A 2X78A 4NXMK 4FWNA 3WXMB 1D4XA 2KHOA 3CF5L 1NK4A 1KAZA 1Z6RA 1OH5A 4DTUA 4MFBA 3TARA 1GOCA 4AHSA 1J9AA 4FPAA 3VESA 3OYCA 4C8KA 2VWJA 3SMPA 5C24A 3TSPA 3G71N 1JLBA 4I2QA 4FJIA 4LF7K 3JXUA 4H5RA 1N6QA 3AO1A 2DFFA 4ILHA 4E1NA 4CGFA 3OYFA 4BC2A 5B8HA 2X6SA 1P90A 3FR0A 1EKEA 3K9JA 1IKVA 1TL1A 3O1WA 3TR8A 2RE2A 3T1HK 3S9HA 5M1OA 1TK8A 2BDPA 1HPMA 5DK5A 3AVFA 4PWDA 1YVNA 4KO0A 1U6ZA 1M90O 1BO5O 1J54A 3VTHA 4FOEA 1QQCA 4DFJA 2UU9K 3CCMN 3C7NB 3WQTA 1Y97A 2Q1NA 3OYNA 3LWLA 3O9RA 3VEYA 5AQSA 4ILGB 3UKUB 2P9KB 2JWKA 4KTWA 1OH7A 3J7ZO 2BTFA 4JKCA 3A0IX 3HSTB 4DS5A 3EY1A 4FLUA 4PA1A 3QDKA 3CM6A 4CJ7A 3L2VA 2P9IB 2P51A 4HWIA 4IBNA 3CJCA 4KTQA 3C6AA 4RW8A 3PSFA 3TI0A 1RT4A 4FZYA 5HRSA 3L6QA 5J2PA 4E7KA 4IO8A 1LAWA 3EYZA 3SMSA 4J8FA 4JD2B 3HVRA 3G4SN 4EAHD 3AAPA 3QEVA 3EO3A 3S3NA 5I9EB 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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