4CD1A

Rnntpdase2 in complex with psb-071
Total Genus 139
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
139
sequence length
414
structure length
406
Chain Sequence
b'LKYGIVLDAGSSHTSMFVYKWPADKENDTGIVGQHSSCDVQGGGISSYANDPSKAGQSLVRCLEQALRDVPRDRHASTPLYLGATAGMRLLNLTSPEATARVLEAVTQTLTQYPFDFRGARILSGQDEGVFGWVTANYLLENFIKYGWVGRWIRPRKGTLGAMDLGGASTQITFETTSPSEDPGNEVHLRLYGQHYRVYTHSFLCYGRDQILLRLLASALQIHRFHPCWPKGYSTQVLLQEVYQSPCTMGQAIVSLSGTSNATLCRDLVSRLFNISSCPFSQCSFNGVFQPPVAGNFIAFSAFYYTVDFLTTVMGLPVGTLKQLEEATEITCNQTWTELQARVPGQKTRLADYCAVAMFIHQLLSRGYHFDERSFREVVFQKKAADTAVGWALGYMLNLTNLIPAD'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule keywords ECTONUCLEOSIDE TRIPHOSPHATE DIPHOSPHOHYDROLASE 2
publication title Crystal Structure of Ntpdase2 in Complex with the Sulfoanthraquinone Inhibitor Psb-071.
pubmed doi rcsb
source organism Rattus norvegicus
molecule tags Hydrolase
total genus 139
structure length 406
sequence length 414
ec nomenclature ec 3.6.1.-:
pdb deposition date 2013-10-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01150 GDA1_CD39 GDA1/CD39 (nucleoside phosphatase) family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4cd1A01
3.30.420.150 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Exopolyphosphatase. Domain 2 4cd1A02
4A61A 4JD2A 2A6AA 4NO7A 4BRMA 4H5VA 3A8YA 2E20A 5AQIA 3EN9A 2E1YA 4B9QA 2YJEA 4H0TB 3MN9A 1BA1A 5AQZA 4JNEA 5KPTA 1HX1A 5AQRA 4CZFA 1DGKN 3VENA 2D0PA 3CJ1A 4FPAA 1NGAA 1MWKA 4BC4A 1XC3A 3FE1A 2A42A 5AFUH 5BPMA 1KAZA 4FWQA 4IXCA 4AM6A 2FSNA 1J6ZA 2ASOA 4QS7A 1JCFA 1K8KA 2YHXA 5BRDA 2ZWHA 4XEIA 2YHYA 3FZFA 3SK3A 3C7NB 2FLOA 3H1VX 4L3QA 2D0OA 3MMVA 2E2OA 1E4GT 4BR0A 3IMXA 2P9PA 3CJBA 2E88A 4A2BA 1NGHA 4IZ9A 5EX5A 2A3ZA 3LDLA 4BRIA 1HUXA 1GLDG 4FWLA 5ELZA 3DXMB 2P9UA 2GUPA 2IVNA 5KQ8A 2P9NB 4H5RA 5AR0A 4WQ4A 1P8ZA 2I7PA 4BGBA 4FWMA 3R9PA 3LDPA 1BU6O 5F0XA 3ZX0A 3MN6A 4BGAA 3HBTA 3KVGA 1NGGA 5BRHA 2Q1NA 1R59O 2FSJA 2E1ZA 4FO0A 1QHAA 1NBWA 2KHOA 1BA0A 1U2VA 1V4TA 5AQFA 2V51B 1XQSC 1KAXA 4LC9B 4NB4A 2FF6A 4BROA 3FGUA 3W0LA 3ZEUB 2YCHA 2P9SB 1WUAA 4BG8A 4JN4A 1ATSA 1ZC6A 5AZJA 2GWJA 4QS9A 3GG4A 3B8AX 4DQ8A 1TYQB 4BR7A 2OANA 2FF3B 3VEVA 3EKSA 3OHRA 1NGBA 3CETA 3DAWA 4CBUA 5ADXH 3GDQA 3L0QA 4CZJA 4DCHA 2P9LB 3QB0A 1YAGA 2ZGZA 3EZWA 4PKIA 3DXKA 4CZHA 2P9IA 4FL9A 1SAZA 3L4IA 4BC5A 2F9TA 2J4RA 2QWOA 5EVZA 1RFQA 3VF6A 5LJVA 3FR0A 5AQKA 3D7EO 2V52B 3EL2A 1GLLO 3QDKA 2E2NA 4I6MA 3DJCA 5FPNA 1QQMA 4CD1A 1YXQA 4E1JA 4YDUA 2IVOA 3U8XA 3QBXA 3D2EB 3FZKA 1NLVA 2GTDA 2AA4A 3D2FB 3O80A 2YHWA 4H5WA 5TKYA 5BPLA 2ASPA 1H1VA 1YVNA 3H1QA 4FWRA 4IO8A 1RDWX 4CBWA 4FOIA 2V7YA 4IJAA 4C23A 2HF4A 1NGFA 4ISFA 2CGJA 3UKRB 3VEYA 1JCEA 2NLXA 2PAVA 1IG8A 2IIRA 3UKUA 1V4SA 3VF2A 2HF3A 4WQ5A 3CI5A 2NRHA 4EAHD 3GBTA 2W41A 5JICA 4CBXA 3CJ9A 3KHYA 3A5NC 2YI1A 1BDGA 5AQUA 4BC3A 4XH5A 5JLHA 1X3NA 5E84A 3ZETB 1X3MA 4CD3A 1BUPA 3VERA 3WXLA 3MK6A 3H3NO 2A5XA 1D4XA 4M7YA 2Q31A 4A62A 4BREA 5F2RA 3O6WA 3SMSA 4FWNA 3HZ6A 4RTFD 2UYTA 3WEEB 1ZXOA 3A5LC 1Z6RA 4DHYA 5AQJA 4H5TA 4JHDA 4H0XB 2IVPA 3A0IX 3U4LA 2CH6A 1HJOA 3KZBA 3LDQA 3AARA 2GELA 3ULEA 3RSEB 4H0YB 3H45C 3U9ZA 4B1UB 2CGLA 5BN9A 2HOEA 1OKJA 3WXKA 2DPNA 4B1ZA 2P9KA 1GLCG 3O08A 3AAPA 4GY2B 1Z05A 3VEZA 5AQQA 5FPMA 5AFUA 1SQKA 3WT0A 1IJJA 5AZIB 3LM9A 3O8MA 4RWTA 1ZBSA 3IUCA 4WQ4C 5E26A 3VEWA 2NZTA 4FPBA 3GL1A 3H46O 1HPMA 5KQDA 3O1BA 4GNIA 1E4FT 3VEXA 3ZX2A 2A40A 3GE1A 3MN7A 4K41A 2QWPA 1G99A 2E8AA 2BUPA 1BO5O 3AY9A 3CQYA 4BRPA 1ATRA 4BRFA 2Q97A 3QFPA 1QQOA 1S3XA 1LCUA 2FXUA 5BREA 1GLJO 3C7NA 3LDOA 5B8HA 2ASMA 3SLCA 3QMLA 3MN5A 5JMVA 3BP8A 1Q18A 3HSCA 3DXMA 2Q36A 3J8AA 3MDQA 1NGIA 2P9NA 5BRFA 3UB5A 4JD2B 3VPZA 4RCHA 4BR4A 4XH1A 5AQGA 3ENHA 2Q0UA 5FPDA 2D4WA 4YDUC 3WQUA 4DB3A 1KAYA 1KXPA 3M3ZA 5EY4A 3SJHA 2F9WA 4EIAA 1NMDA 3ZEUA 1BG3A 4CZKA 2P9SA 3VGMA 1C0GA 3UE5A 5AQHA 4BR2A 1WOQA 4BVPA 3ATUA 2QXLA 1TYQA 3H3OB 3JS6A 3O1WA 3QBWA 4ISGA 2H3GX 1XUPO 1NGCA 3ID8A 3A5MC 4MO4A 1X9JA 2CGKA 1K8KB 4BR9A 4PL8A 3FFKB 5I9EB 4BQLA 3C0BA 5AQNA 4CZLA 3JXUA 1NWKA 1NGJA 2P9LA 2P9PB 4WQ5C 3LL3A 4CZMA 4IWVA 4BRQA 4B1VA 5KPRA 3M6GA 3H6EA 3VOVA 4KBOA 2P9UB 3BF3A 4BVOA 4XH4A 5BN8A 5LJWA 1Y64A 3CJCA 5AQWA 3IDHA 3ATVA 3I33A 4JAXA 1LOTB 3LDNA 4BRKA 3FLCO 2ZF5O 4BRNA 3D2EA 3D2FA 4CI6A 1U2VB 2I7NA 3VF4A 2QWNA 4K25A 4FWOA 4HWIA 2PBDA 3VESA 3W3DA 2CH5A 4FWPA 5LY3A 5AZJB 1NGDA 4MO5A 4QS8A 4BRGA 5AQLA 3UKRA 4ISEA 1TUYA 3QICA 3SMPA 4M63C 4MLEA 4BRCA 1GLEG 3WXJA 3HTVA 3R8EA 4H5NA 4BR5A 4Z94A 1DEJA 1C0FA 4K43A 2A41A 5F1XA 3DXKB 3QFUA 3R6MA 2P9IB 2D1KA 3WXIA 5FPEA 1DKGD 4WYBA 3O5BA 3WUHA 3G25A 1RGIA 4BRHA 2EWSA 2QM1A 4BRAA 3FZHA 3ZETA 4BG9A 2YJFA 2QWLA 1NM1A 5AQMA 4H0VB 4I6MB 5KPZA 3CHWA 3LM2A 1S22A 4J8FA 5EXWA 1GLFO 4FWKA 4H0OA 5CE3A 1QZ5A 4O5FA 3MCPA 3WEEA 3FZLA 3BEXA 3VGLA 3VETA 5AQPA 3WQTA 1MA9B 1HKGA 1NGEA 4CJ7A 1GLBG 5BPNA 3P4IA 3RSEA 4B1WB 4BRLA 1QZ6A 5AQSA 2Q0RA 4MLHA 3UKUB 3CJ7A 4B1XB 1HKBA 1BWFO 4Y0WA 4CZIA 3HI0A 3M1FA 4BQZA 3ENOA 4EFHA 4BRDA 5AQOA 5BR9A 2W40A 3CJAA 1ATNA 3O4WA 2E2QA 1SZ2A 1YUWA 2VYPA 3EKUA 2QW9A 1TUUA 2QWQA 1T6CA 3EO3A 3HM8A 4O8KA 4K42A 2V7ZA 5AZIA 2ITMA 3GOIA 1ESVA 4M7XA 1HKCA 5EOYA 4FOEA 2VWBA 1U6ZA 3BF1A 4IJNA 2AP1A 3TU5A 3VGKA 5ADXA 1T6DA 4CZEA 1QQNA 2GEMA 5AQVA 3F9MA 4HTLA 4A2AA 5AQYA 4EHUA 3IFRA 4AM7A 1JCGA 3A5OC 2ZGYA 4CZGA 4FWSA 1GLAG 2Q2RA 3CIPA 3I8BA 2VCPA 2GWKA 3DWLA 1HLUA 1EQYA 3CQXA 4JHDB 5JLFA 4FSVA 3BUZB 1T44A 5AQTA 4PL7A 2WUSA 3CERA 3ULEB 2HMPA 4H03B 3ZX3A 1MWMA 1BOTO 2QWRA 1CZAN 4BC2A 3L6QA 4PKGA 3AAQA 1MDUB 5AQXA 3TPQA 3VEOA 2E2PA 4F9OA 2P9KB 2FSKA 4PKHA 2BTFA 4EHTA 3FZMA 4B1YB 3U9DA 4H0PA 2QWMA 3S41A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2A6AA 1S6PA 3MXJA 2W6KA 4BRMA 2UU9K 4O55A 1EETA 3WNGA 2UUCK 3MN9A 1BA1A 5KPTA 4JNEA 3OS0A 2XY6A 3AVHA 5J2QA 3CJ1A 3KLFA 2VGMA 1NOYA 4GKKK 1XC3A 3FE1A 3VQQA 3O9SA 5AFUH 3OTOK 1VQ7N 3RR8A 1A5VA 4IXCA 4CJTA 1J6ZA 3QNNA 4O0JA 2ASOA 3NE6A 4JI5K 3ALYA 3KLEA 1C0TA 2YHXA 3D0PA 1YT3A 3PX4A 3MEEA 5FRNA 3KTQA 4Z4IA 5CHIA 4K0KK 3SK3A 3H1VX 4CK3A 4DSJA 3MMVA 3QESA 3F73A 3IMXA 4E7HA 3L8BA 3AO4A 1LWCA 3T69A 4BRIA 1S1UA 1IBLK 3DXMB 1JLGA 2GUPA 4WFNL 5T7BA 1KFSA 3OYLA 1X1PA 2BE2A 3TANA 1BU6O 2ZQBA 4PHTX 3KK2A 3S3NA 4KKOA 3ZT2A 1OVQA 3KVGA 1NGGA 4M42A 2Q1NA 4TSXA 2E1ZA 4QOZB 1NBWA 3R3LA 2YX6A 4LY7A 2O8DB 5C25A 2FF6A 4BROA 3ZEUB 3EE8A 3VQ4A 2IC3A 3ZSVA 1BIZA 2GWJA 3GG4A 3PX6A 3SV4A 1TYQB 4BR7A 2OANA 3VEVA 4Q5VA 3EKSA 5J2PA 3NF7A 3AA4A 3ZSOA 4GW6A 3DAWA 2OZSA 3MCAB 3L0QA 2RN2A 2Z1HA 4KTQA 3QB0A 1YAGA 2ZGZA 4PKIA 4CZHA 4DU1A 2RPIA 4FL9A 1TKZA 4KI4A 4G9ZA 4BC5A 4DQPA 4CE9A 5JVGL 5EVZA 1RFQA 3VF6A 5LJVA 4BDZA 4WCEL 3ASMA 3EL2A 1GLLO 2ZJPL 1QQMA 4E1JA 1D9FA 2IVOA 3U8XA 3Q7CA 3RRGA 3RMCA 1BISA 3PO4A 1NLVA 5KRSA 5TKYA 3K58A 2HNYA 3LP0A 3ZT0A 3TSQA 2PAVA 1IG8A 2IIRA 3AO5A 4JEPA 4FK2A 5CYQA 1OH6A 4WQ5A 3OYDA 2G8VA 1JLCA 3SYZA 4DS5A 1JL1A 4CBXA 2JGUA 1TGOA 5KTQA 3CJ9A 4CGDA 4FZXC 2YI1A 3DLRA 4XH5A 1VRUA 3ZETB 4CD3A 4ELTA 1BUPA 3CM5A 5KGXA 4CEZA 3T1HK 3TAGA 4B3RK 2O8FA 4A62A 5M1QA 3B6OA 3M8RA 4J2EA 1YF5L 1J53A 1TKDA 1ZXOA 4FZYA 1VSLA 4F2RA 3NHGA 1X9WA 4JKGA 2P5GA 1HJOA 3RSEB 3I8DA 4H0YB 3H45C 3U9ZA 2FBVA 3QEPA 3SUPA 2XY5A 2VQFK 2NRWA 4C8NA 4CEBA 1U48A 1O13A 3WXKA 2DPNA 3O08A 1GLCG 2F4VK 4DV2K 4Z4HA 3AAPA 1VRTA 3SBTA 3CCLN 1T8EA 5AQQA 4FJGA 3SQ1A 4DTRA 5M1NA 1L3TA 5C2FA 3TSUA 4Y1CA 4RWTA 1VQLN 1J5OA 1VSFA 4CFAA 3J80O 3IUCA 4YORA 2NZTA 1Y97A 3H46O 5KQDA 5GAHP 3DYAA 4DU4A 1X9SA 1K6YA 1E4FT 2A40A 1M1KO 3PY8A 3GE1A 4AHTA 1LW0A 3ITHA 4K41A 1G99A 4CEDA 3KK3A 4CF9A 1BO5O 2WONA 3AY9A 1ATRA 4NLCA 3CM6A 4CJLA 1XI1A 3CFOA 1ASUA 1S3XA 4R5PA 3OYJA 1YJNN 1LCUA 2FXUA 1L3UA 4OLBA 5B8HA 4JKCA 3AVGA 3O3FA 4FZZA 3G4SN 4F3OA 3AVLA 3L2RA 1NOZA 3SI6A 3DXMA 5HRRA 1JLQA 4MDBA 3VTIA 4BR4A 4DFJA 4E19A 4JI6K 3CC4N 5AQGA 4GV9A 3ENHA 2AJQA 1YIJN 1HQUA 4CJEA 4GV6A 5FPDA 1QQCA 3KLGA 3WQUA 2QKKA 3SJHA 2O8DA 5C12A 3ZEUA 1BG3A 3CCUN 4AHCA 1S1WA 2D5RA 3O3HA 3HPHA 4MDAA 3ATUA 1TYQA 4E7KA 3LP3A 3O9RA 1XUPO 3A5MC 1W0HA 4DV0K 1K8KB 3HVRA 4KHNA 3V81A 2R7YA 3FFKB 4CZLA 3CCEN 4Z4EA 3LAKA 4WFBL 3R1XA 1NJXA 4WQ5C 4KPYA 2WC9A 1RTHA 1D8YA 3M6GA 3H6EA 1GOAA 4JI8K 2HNZA 4CW7B 1YITN 4M3UA 1WLJA 4BVOA 5BN8A 3PV8A 4K8ZA 4IDHA 4DFPA 4JAXA 1LOTB 3LDNA 4BRKA 4B8CA 4FJ7A 2ZF5O 4JKDA 3RRHA 3VF4A 1TKTA 4HTUA 3O4NA 4FWOA 4CFDA 3VESA 2G8UA 1VQKN 1NKEA 3LALA 5HROA 3RMAA 3E9LA 1D9DA 4ISEA 3I0RA 4CJUA 3PSIA 1X9MA 1GLEG 4IEEA 3S3MA 2Q3SA 3JAMO 4GKJK 4LFAK 4O8UA 1DEJA 5JS1A 2JLEA 3KKSA 1Z25A 3DXKB 4DKWA 1W2BM 2P9IB 3EYZA 4WYBA 1RGIA 5DK5A 3FZHA 1IO2A 3JYTA 3ZETA 1RCHA 4BG9A 4BE2A 5KRTA 1NM1A 1C0MA 3OY9A 5J2NA 3I55N 3ZT1A 1T7PA 2Y1IA 2DFHA 1GLFO 4FWKA 4B3OA 1QZ5A 3SUNA 3U3GA 1KCFA 1KFDA 3AVAA 3LDSA 5BPNA 3RSEA 4B1WB 3K59A 4ZTJA 4N76A 1QZ6A 2HBMA 4KO0A 4MLHA 4JK9A 4Y0WA 5FDLA 3ENOA 5BR9A 1ATNA 2VYPA 2QW9A 2QWQA 1T6CA 4KH5A 1HRHA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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