4CD1A

Rnntpdase2 in complex with psb-071
Total Genus 139
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
139
sequence length
414
structure length
406
Chain Sequence
LKYGIVLDAGSSHTSMFVYKWPADKENDTGIVGQHSSCDVQGGGISSYANDPSKAGQSLVRCLEQALRDVPRDRHASTPLYLGATAGMRLLNLTSPEATARVLEAVTQTLTQYPFDFRGARILSGQDEGVFGWVTANYLLENFIKYGWVGRWIRPRKGTLGAMDLGGASTQITFETTSPSEDPGNEVHLRLYGQHYRVYTHSFLCYGRDQILLRLLASALQIHRFHPCWPKGYSTQVLLQEVYQSPCTMGQAIVSLSGTSNATLCRDLVSRLFNISSCPFSQCSFNGVFQPPVAGNFIAFSAFYYTVDFLTTVMGLPVGTLKQLEEATEITCNQTWTELQARVPGQKTRLADYCAVAMFIHQLLSRGYHFDERSFREVVFQKKAADTAVGWALGYMLNLTNLIPAD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule keywords ECTONUCLEOSIDE TRIPHOSPHATE DIPHOSPHOHYDROLASE 2
publication title Crystal Structure of Ntpdase2 in Complex with the Sulfoanthraquinone Inhibitor Psb-071.
pubmed doi rcsb
source organism Rattus norvegicus
molecule tags Hydrolase
total genus 139
structure length 406
sequence length 414
ec nomenclature ec 3.6.1.-:
pdb deposition date 2013-10-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01150 GDA1_CD39 GDA1/CD39 (nucleoside phosphatase) family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4cd1A01
3.30.420.150 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Exopolyphosphatase. Domain 2 4cd1A02
4KBOA 3GE1A 2EWSA 3ZEUA 4BVOA 4IXCA 2D0PA 4FWNA 3EZWA 4HWIA 2ASOA 4FPBA 1ATNA 3VEYA 3H1VX 3LM9A 4O5FA 1S22A 3BEXA 1Y64A 1E4FT 1OKJA 4FPAA 1BG3A 1NGHA 2V7YA 3WEEA 3HI0A 1IG8A 3MDQA 2P9IA 2ZGYA 3QDKA 3MCPA 4BR9A 5TKYA 3FLCO 3SK3A 5AFUH 1JCGA 3FR0A 4B1WB 4JD2B 5BREA 2HF4A 4FSVA 3IFRA 3O1BA 4H5RA 1NLVA 4BG9A 4BR2A 3M1FA 3UKUA 1NWKA 1TYQA 4FWPA 3B8AX 1X3MA 3JS6A 3CJAA 4MLEA 5EX5A 3UB5A 3H3NO 4I6MB 5ADXA 3U9ZA 4BRIA 4A2AA 2W41A 3D7EO 4XH1A 2FLOA 5KQDA 5BRHA 4PL8A 4CD1A 3VEWA 3IDHA 3HM8A 4DCHA 4C23A 2QW9A 4A61A 3AAQA 5F2RA 4JHDB 4NB4A 3DXKB 1T6DA 1K8KA 3KZBA 2FSJA 4IZ9A 4WQ4C 5BN8A 1C0FA 2HMPA 5AZIB 5LJVA 5LY3A 3VPZA 4AM7A 4K41A 2QWRA 4FO0A 3A5LC 3VEVA 1BOTO 2P9SA 5EVZA 3VF2A 2QWMA 3DJCA 4GY2B 4PKIA 2P9UA 3CJ7A 1RDWX 1HKGA 1XC3A 2Q2RA 3R8EA 1DKGD 3VGLA 3VOVA 2P9NA 2YHYA 1ATSA 3U4LA 4BGBA 3A0IX 4FWQA 3WQUA 2ASPA 1RFQA 5FPMA 3LDPA 5E84A 1QQNA 3MN9A 3A8YA 1MDUB 3F9MA 2WUSA 4PKHA 1MWMA 3RSEA 2VCPA 3HZ6A 2IVOA 5AQGA 3VESA 2FSKA 3P4IA 3KVGA 1JCEA 3TU5A 1LCUA 1TUYA 2BUPA 4FWRA 2YJEA 2FF6A 3VGMA 4BG8A 1XQSC 4BGAA 2OANA 4BC4A 1YUWA 3ZX2A 1BWFO 5AQQA 1GLDG 3ULEA 3J8AA 3L0QA 3U9DA 4CBWA 4EFHA 1T6CA 1NM1A 1SAZA 3R9PA 2Q36A 2NLXA 1NGGA 4XH4A 4RWTA 3O8MA 1ZBSA 3WUHA 2DPNA 2QWNA 3EL2A 4WQ4A 2Q1NA 5F0XA 5BN9A 1G99A 1GLLO 2P9LB 3FE1A 4EHUA 2IIRA 3CJ9A 3O08A 4B1VA 1RGIA 4K25A 5KPZA 5AQKA 4M7XA 1Q18A 4BC5A 4CZEA 2I7PA 4A62A 3H45C 3W0LA 1QHAA 1MA9B 3C7NB 4RTFD 4BRFA 1SZ2A 3A5MC 3W3DA 2ASMA 4MO4A 3WXJA 4BRKA 3VENA 4EAHD 4H5VA 1NGFA 2QWLA 2Q0UA 3BUZB 3CIPA 5I9EB 3CJBA 3ENHA 2CH6A 1YAGA 3OHRA 1HPMA 1BA1A 5AZJB 5AQUA 4E1JA 3FGUA 2NRHA 4QS8A 2P9PB 4CZKA 3FZHA 3C0BA 2PAVA 3FZKA 3VEXA 5BPLA 2P9IB 4BRAA 5AQTA 3UKRB 2YI1A 1R59O 3QFUA 3GOIA 1QQMA 4DQ8A 1BUPA 2D4WA 3ZX3A 2AP1A 1BDGA 3IMXA 4ISFA 4ISGA 4Z94A 3ATVA 1YXQA 1Z05A 1TYQB 2QWQA 4A2BA 5FPNA 4DB3A 3EKSA 2A40A 1D4XA 4LC9B 2E1ZA 4BVPA 2P9KB 2HOEA 3IUCA 4K43A 4JHDA 5AQZA 3DXKA 5EXWA 4BRHA 2E2PA 3WT0A 3D2EB 2Q97A 3BF1A 4IJNA 4O8KA 1KXPA 1E4GT 3H3OB 5BRFA 5AZIA 1MWKA 4IWVA 4BC3A 5AR0A 3VF4A 2E2QA 5BR9A 5AQMA 1YVNA 1BA0A 2F9WA 3H1QA 5JLFA 1NGDA 3SMPA 5KPRA 3JXUA 4B1ZA 4JNEA 1K8KB 3AAPA 3LDLA 4MLHA 4BREA 3SMSA 1QZ6A 1J6ZA 3H6EA 5AQWA 4YDUC 3ZETB 3WXLA 3S41A 4CD3A 5AQSA 5AQNA 4CZMA 1NGBA 1V4SA 3QMLA 1H1VA 4XH5A 1NMDA 3L6QA 3QB0A 5AQPA 4BRQA 1X3NA 1NGAA 2D1KA 2UYTA 4QS7A 3ID8A 1XUPO 3EKUA 4J8FA 3GBTA 4CZIA 4BROA 4BR4A 2V51B 3MN6A 4F9OA 5ADXH 5EY4A 2KHOA 3FFKB 4PKGA 3AY9A 4H03B 4JAXA 2CGJA 2A41A 1T44A 2QWOA 3M3ZA 4B9QA 2HF3A 3CETA 4H5NA 4QS9A 4BC2A 3CQYA 3DXMB 4WYBA 5AQYA 4CZFA 2YHWA 1V4TA 3CJ1A 2GWJA 2A42A 5AQOA 4B1UB 3D2FB 1U2VA 4H0YB 1KAZA 2GEMA 5AFUA 4BRMA 1IJJA 2Q0RA 4M7YA 3ZX0A 4GNIA 2E88A 1GLEG 1P8ZA 2E2NA 1GLCG 5AQJA 4AM6A 4RCHA 2ZF5O 3FZFA 2VWBA 4HTLA 5BRDA 1DGKN 1GLBG 1JCFA 3FZMA 3ENOA 3CQXA 1HJOA 3ATUA 4Y0WA 3UE5A 1TUUA 1ATRA 4CZHA 3CHWA 3MMVA 4BRCA 1NBWA 3C7NA 4BRGA 3WQTA 2V7ZA 3ZEUB 3H46O 3SJHA 2A3ZA 2ZWHA 4H0XB 4YDUA 5F1XA 1NGEA 1X9JA 3LL3A 1ZC6A 3L4IA 3FZLA 1SQKA 2PBDA 3G25A 3QFPA 5AZJA 4CJ7A 5KQ8A 2E20A 4JD2A 4IJAA 1GLFO 1CZAN 3LDNA 3I33A 3VGKA 3U8XA 2P9PA 5E26A 3WXIA 2GTDA 3WEEB 4CZGA 2GWKA 4CBXA 4WQ5C 2FSNA 2FXUA 3HSCA 1ZXOA 4H0OA 5ELZA 4H0PA 3O5BA 1GLJO 4XEIA 4I6MA 1KAXA 1NGCA 3UKRA 3VEZA 4FL9A 3UKUB 2E2OA 1HLUA 3DWLA 5KPTA 1DEJA 2Q31A 1LOTB 2CGLA 1C0GA 1S3XA 2I7NA 3M6GA 2P9KA 3O6WA 3TPQA 3I8BA 3HTVA 1QZ5A 1HUXA 3D2EA 2IVNA 3EN9A 1KAYA 3MN7A 5BPMA 2IVPA 4CI6A 5AQLA 2YHXA 4EHTA 4BRNA 3VEOA 4H0VB 5AQVA 3BP8A 5EOYA 4H5WA 5AQRA 3VERA 3KHYA 4BRLA 5JICA 2YJFA 1NGIA 4K42A 2QM1A 3R6MA 3ZETA 2ITMA 4CZLA 3GG4A 3A5NC 2F9TA 4CBUA 1HX1A 1EQYA 2E8AA 3LDOA 2P9SB 2ZGZA 1HKBA 4BRPA 4ISEA 1WOQA 4PL7A 4B1XB 3MK6A 2P9UB 2E1YA 2QWPA 3LDQA 3SLCA 3O1WA 2GUPA 3CERA 5FPDA 1U6ZA 4FWSA 4BQZA 2P9NB 2CGKA 3VETA 5LJWA 4WQ5A 3MN5A 3WXKA 1NGJA 4B1YB 1GLAG 2NZTA 2AA4A 2D0OA 3EO3A 3O80A 2VYPA 4DHYA 4CZJA 3DXMA 4FWKA 4H5TA 4M63C 2BTFA 2YCHA 5JMVA 4FWLA 3GL1A 3RSEB 2A6AA 2H3GX 5CE3A 1Z6RA 3D2FA 4BR5A 2QXLA 1WUAA 3AARA 4BRDA 5B8HA 4FOEA 4IO8A 3DAWA 3CI5A 4MO5A 1BU6O 3QICA 5AQXA 4L3QA 3A5OC 1HKCA 4H0TB 3GDQA 3HBTA 4FOIA 4JN4A 5AQHA 2CH5A 3O4WA 3QBWA 3BF3A 4FWOA 5JLHA 2P9LA 2W40A 2FF3B 4FWMA 1U2VB 5AQIA 2V52B 3ULEB 3LM2A 1ESVA 2A5XA 3VF6A 1BO5O 2J4RA 5FPEA 5AQFA 1QQOA 4BR0A 4EIAA 4BR7A 5BPNA 3QBXA 4BQLA 2GELA 4NO7A 3CJCA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1KLMA 3ZEUA 1WAJA 2RN2A 3E9OA 1EO1A 4FWNA 4HWIA 4CGHA 2RF2A 3VEYA 3J7ZO 3VTIA 3BEXA 1KQSM 2BANA 3RTVA 4FK4A 1BG3A 2V7YA 4DTUA 1DTTA 3HI0A 1IG8A 3K0SA 2YKNA 1VSDA 2DTUA 4B1WB 3OYHA 3AO4A 4DF4A 1WLJA 3IFRA 4Z4IA 4BR2A 1QSSA 4CFDA 1N34K 1TAUA 5DM6L 4WFNL 4FWPA 3OY9A 3K5NA 3B8AX 1N5YA 4ELTA 1YJ9N 3UB5A 1NJIO 3U9ZA 2O8EA 4BRIA 3VEWA 1LAWA 3AVJA 2P1JA 1EX4A 3CM5A 3IG1A 2QW9A 4HCBA 3NF8A 3J7YP 1T6DA 3T19A 1K8KA 4IZ9A 3B6PA 1VQPN 3MWPA 3T1YK 1NK8A 5LY3A 4K41A 1JKHA 1WBBA 1ZBHA 1ASUA 3VEVA 1I3AA 5HL7L 1S9EA 2P9SA 5EVZA 2O8BA 4C1NI 1GOAA 5JVHL 4PKIA 3L8BA 2YX6A 1RTDA 2OA8A 1DKGD 5KI6A 3VN5A 3VOVA 2P9NA 3U4LA 2A1RA 3LP0A 3L2UA 1YJNN 3QIPA 3LDPA 4W5QA 1LWCA 1FJGK 4A5BA 3S9HA 5AJ3K 1N32K 2WBNA 3RSEA 2IC3A 2IVOA 5C42A 5LMNK 1U4BA 3TU5A 1D5AA 2FF6A 4BG8A 4CJRA 2D5RA 3E9LA 4BC4A 3J80O 5AQQA 1GLDG 3E9PA 4X64K 1B9FA 3O8MA 2DPNA 4B9LA 2Q1NA 5BN9A 1G99A 1N36K 4EHUA 4E1MA 2QKKA 4JI5K 4KHWA 2KFZA 2G8FA 3NHGA 4A62A 4KHQA 2NNWA 4JI6K 1T7PA 4J2DA 5EU7A 4BE1A 1RDCA 3W3DA 4MO4A 3WXJA 4FJHA 4KHPK 3Q7CA 1OVQA 2WOMA 3TAGA 1O13A 4JI8K 3V9ZA 5M1KA 3OHRA 4CJWA 4WFBL 1BA1A 4FLUA 4B9TA 3MXJA 4ZTFA 1BCOA 2G8HA 1IKVA 4OLAA 3E1YA 3C0BA 4RW4A 4Z4EA 2PAVA 4FK2A 4AHUA 5BPLA 4BRAA 1N33K 4CESA 3OJSA 3GOIA 3ZSOA 1QQMA 3C94A 3ZX3A 2AP1A 4ISFA 1YXQA 1Z05A 5A2QO 4DB3A 4KHYA 1U48A 2A40A 3VMFB 4BVPA 3K9JA 4O5BA 4DSFA 3ID6A 2GUIA 3D2EB 4FXDA 2YHAA 3ZT2A 4O8KA 1E4GT 3H3OB 1TL1A 3TARA 3CCMN 5JLFA 2OYQA 4ID5A 3SMPA 5KPRA 1RBSA 3LDLA 3AAPA 4CK3A 2W42A 3SMSA 1MU2A 1J6ZA 3C6HA 3L2RA 3D0PA 3QEPA 4CD3A 4CZMA 4XH5A 3QB0A 4KH6A 5AQPA 1WN7A 4B8AB 4FJKA 1NGAA 2VG7A 4LF9K 4CF8A 2XY8A 3ID8A 2VQEK 4DFJA 2XY6A 3MWTA 4DR7K 1VAZA 3AVMA 5GINA 3AY9A 3B6OA 3V81A 4JAXA 3OYBA 2QWOA 4CF1A 2HF3A 3CETA 2KLAA 3CQYA 4OJRA 4BC2A 3DXMB 4IFVA 4WYBA 1DLOA 4CZFA 3QIOA 4QCLA 1V4TA 3NFAA 2GWJA 2JGUA 2GEMA 1IJJA 2Q0RA 2HHUA 1JL2A 4IOXA 3SBTA 4HTLA 4FM1A 3U6FA 2UUBK 2Z1HA 2HVIA 4FK0A 1HJOA 3MEDA 3SNNA 4Y0WA 3NBPA 1TUUA 4W5RA 3MMVA 3SV4A 3C7NA 4DV6K 1KSPA 1KVAA 1A5VA 2V7ZA 3ZEUB 3SJHA 4HVJA 2A3ZA 4H0XB 3WNEA 1VQKN 1NGEA 4O44A 1RT3A 5HROA 1ZC6A 2FBXA 2ZJRL 4DQRA 3THWA 1RBRA 2QKBA 2GV9A 4HUEA 4FLTA 3OS2A 5AZJA 2E20A 3AV9A 4IKFA 1Q9YA 4NCBA 2P9PA 3WXIA 2VQFK 2QI2A 2WONA 4N47A 3M5RA 3NF7A 4E89A 4C8NA 3ZT4A 4DQPA 1WBDA 3O5BA 3C65A 2G8VA 5LMUK 3VQ8A 3S3MA 4O8UA 1KFDA 2KW4A 2A1SA 4YFUA 3K5OA 2O8EB 3M6GA 3TPQA 2P9KA 1VSFA 2B5JA 3HOSA 4CHPA 2VWJA 1F21A 1E3MA 2NRVA 2IVPA 4CI6A 1C0MA 1L3VA 3TABA 4DFKA 4BRNA 1VSKA 1QS4A 1HQEA 3VQ7A 4CFAA 3P31A 1S72N 1NK9A 1WAFA 1S6PA 2RHKA 4FW1A 1LAVA 3O4QA 1BIZA 4LD0A 3R6MA 3DRPA 4RW9A 4RW7A 3KK7A 2ZJPL 1LW2A 1HX1A 1ZBFA 2P9SB 2ZGZA 4FJNA 4BRPA 3KKRA 2O8BB 3QETA 1VSHA 4J2AA 4DU4A 3PSFA 1HR0K 1VQLN 1IH7A 3AA4A 1TK5A 4CEDA 3HOTA 3SQ4A 2P9NB 4GMJB 2KQ2A 1SKSA 1YF5L 3T1HK 5LJWA 1VQ8N 3PX0A 4JK9A 2HBKA 3D6RA 2VYPA 4DHYA 3TSQA 4AHRA 2YCHA 3P38A 1WSHA 3RSEB 2X78A 3A2FA 1SUQA 3HK2A 3CCVN 5CE3A 3D2FA 5FDLA 1M1KO 4BR5A 4BRDA 5B8HA 4IO8A 1X9WA 1SL1A 4KI4A 3I0SA 1HPZA 3O9SA 1NKBA 3D45A 5AQXA 3KK2A 1NU0A 4L3QA 3NAEA 4H0TB 3QBWA 3BF3A 4FWOA 2W40A 2ITGA 3PO4A 1U2VB 2LSNA 4WFAL 3VQ5A 4CJ3A 1BO5O 1VK0A 4BR0A 4EIAA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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