4CD1A

Rnntpdase2 in complex with psb-071
Total Genus 139
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
139
sequence length
414
structure length
406
Chain Sequence
LKYGIVLDAGSSHTSMFVYKWPADKENDTGIVGQHSSCDVQGGGISSYANDPSKAGQSLVRCLEQALRDVPRDRHASTPLYLGATAGMRLLNLTSPEATARVLEAVTQTLTQYPFDFRGARILSGQDEGVFGWVTANYLLENFIKYGWVGRWIRPRKGTLGAMDLGGASTQITFETTSPSEDPGNEVHLRLYGQHYRVYTHSFLCYGRDQILLRLLASALQIHRFHPCWPKGYSTQVLLQEVYQSPCTMGQAIVSLSGTSNATLCRDLVSRLFNISSCPFSQCSFNGVFQPPVAGNFIAFSAFYYTVDFLTTVMGLPVGTLKQLEEATEITCNQTWTELQARVPGQKTRLADYCAVAMFIHQLLSRGYHFDERSFREVVFQKKAADTAVGWALGYMLNLTNLIPAD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule keywords ECTONUCLEOSIDE TRIPHOSPHATE DIPHOSPHOHYDROLASE 2
publication title Crystal Structure of Ntpdase2 in Complex with the Sulfoanthraquinone Inhibitor Psb-071.
pubmed doi rcsb
source organism Rattus norvegicus
molecule tags Hydrolase
total genus 139
structure length 406
sequence length 414
ec nomenclature ec 3.6.1.-:
pdb deposition date 2013-10-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01150 GDA1_CD39 GDA1/CD39 (nucleoside phosphatase) family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4cd1A01
3.30.420.150 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Exopolyphosphatase. Domain 2 4cd1A02
1BU6O 4IJNA 2GELA 5E84A 5BRHA 3SJHA 4A2AA 4EAHD 3LDPA 4MO5A 5ELZA 4ISGA 2ASMA 3ENHA 3WT0A 5AFUH 4XH4A 4CZJA 1ZBSA 3O5BA 4AM7A 3ATUA 3L6QA 3LL3A 5AQHA 3JXUA 3W3DA 1WOQA 5AQXA 2QWOA 1X3MA 1GLLO 2FSNA 1DGKN 1Y64A 1T44A 3MN5A 2ITMA 3H46O 2NZTA 5LY3A 5AQGA 1T6CA 1NGCA 5BN9A 4JNEA 5F0XA 3WEEA 1GLDG 1XC3A 1Z05A 4BVPA 3SK3A 4H5VA 3I33A 2P9PB 1HUXA 3U8XA 4FWNA 4A61A 4FOEA 3C7NA 3RSEA 3SMSA 3BEXA 2CH5A 3H45C 2DPNA 3CJ1A 1BA0A 4IO8A 1NMDA 3FZKA 2A40A 2A41A 1K8KB 1BDGA 2HOEA 4WYBA 1E4FT 4XH5A 2P9KB 3LM9A 4L3QA 1WUAA 3VESA 1LOTB 2IVPA 2CH6A 4BRGA 4CZGA 1TYQA 1NLVA 3LDQA 4FWRA 3QBXA 3IMXA 4BRMA 3WQUA 3O4WA 4BRHA 1YVNA 3O8MA 2BUPA 3KZBA 1HKBA 4JHDA 2VYPA 4BR4A 3EN9A 4H5RA 2P9SA 3QMLA 1U2VB 1ZXOA 4BRIA 4YDUC 4CI6A 3O1WA 1ATRA 3HSCA 3JS6A 3FZLA 1QQOA 4CBUA 5AQVA 4QS8A 3A0IX 4CD3A 3F9MA 4K43A 3HM8A 5BREA 4FWPA 2GTDA 4CZFA 4BC5A 3AARA 1RFQA 4BRNA 4ISEA 2A6AA 3D2EA 4BR9A 3DXMA 2I7PA 2ZWHA 3ID8A 4GY2B 3VPZA 3WXIA 3SLCA 3VETA 3FE1A 3VEYA 4M7YA 4IJAA 1K8KA 1OKJA 2Q2RA 3U4LA 3A5LC 3QICA 2Q0RA 2E20A 1C0GA 3CJBA 3CHWA 4H0TB 2QWQA 4BGAA 1DKGD 1KAZA 4BG9A 1QZ6A 1S3XA 4MO4A 4H03B 2P9LA 1CZAN 2Q1NA 5AZIA 2D0PA 3WEEB 4H0YB 3CJAA 4QS7A 4JD2A 4C23A 2VCPA 2VWBA 1ATNA 3GOIA 3H3NO 4BRCA 3A5MC 1MDUB 3UB5A 1HLUA 4EHTA 2E8AA 3BP8A 2E88A 3C7NB 3ENOA 2PAVA 3RSEB 2D4WA 1BUPA 5AQUA 3J8AA 4MLHA 3MN6A 3HBTA 3QB0A 3A5NC 3CQYA 2I7NA 4BRLA 4KBOA 5AQMA 3QDKA 3WXJA 3ZEUA 1Z6RA 3VEZA 4BR2A 4DHYA 2IIRA 3AY9A 1TYQB 1NGHA 3R8EA 5AQQA 4JHDB 1GLFO 1NGBA 2QW9A 1NBWA 4JAXA 3HTVA 4PKHA 1X9JA 1HX1A 2H3GX 1NGJA 2P9SB 3ULEA 3WXLA 3R6MA 4CZLA 3LDOA 4DCHA 2Q31A 2IVNA 4RWTA 1NGFA 4FWQA 4BRDA 3QFUA 4RCHA 5CE3A 1BA1A 1D4XA 3FLCO 3GG4A 3ZETA 4BGBA 3FGUA 4MLEA 5KPZA 2W41A 1QHAA 5AQWA 4EFHA 2ASPA 3BF3A 3VGLA 1MWMA 3D2EB 4I6MA 5ADXA 3DXMB 1NGEA 5KQ8A 2UYTA 1GLJO 3DAWA 5JICA 3CI5A 3KHYA 1E4GT 4YDUA 4B1XB 5EXWA 2P9UA 5BPNA 1J6ZA 4K42A 4JN4A 2J4RA 2F9WA 2AP1A 4H5NA 2V52B 3VEVA 3FZFA 1BWFO 3CQXA 4FOIA 5AQZA 2P9LB 4CD1A 3FFKB 3H3OB 5AQIA 1GLEG 4FPAA 5AZIB 4BR7A 4FL9A 4CZEA 4JD2B 5FPEA 4WQ5C 3IDHA 3ZX3A 5KPTA 1GLBG 2YJFA 2GWJA 1DEJA 4BR0A 4PKGA 3MDQA 4A62A 4XH1A 1GLAG 4H5TA 2QWNA 5TKYA 4GNIA 4WQ4C 4CZMA 3VGKA 2E1YA 5JLFA 3LM2A 3UE5A 4E1JA 2CGJA 3GL1A 4B1VA 5AR0A 3ZEUB 3CETA 2FSJA 3TU5A 3L0QA 2E2OA 5F2RA 3ZX0A 3MMVA 5EVZA 2YHWA 4K25A 4FWSA 2PBDA 3GE1A 3FZHA 3GDQA 4DQ8A 4IXCA 2QWMA 3M3ZA 3DJCA 4ISFA 5ADXH 5AZJA 2GEMA 4Y0WA 3UKRA 4Z94A 5KQDA 4BC2A 3CIPA 4F9OA 1ZC6A 3ULEB 3H1VX 1JCEA 2KHOA 3H6EA 2ZGYA 3A5OC 3VF6A 2CGKA 2YI1A 4H0PA 3ZETB 1BO5O 5KPRA 3VENA 2CGLA 4B9QA 1SAZA 2OANA 2HF4A 2NLXA 5AQPA 2FLOA 1T6DA 3KVGA 4I6MB 3UKUA 1R59O 3R9PA 3EKUA 2W40A 2HF3A 4BROA 2GWKA 2YJEA 5BRFA 2ZGZA 3MN9A 2P9UB 4QS9A 3VEXA 4CZIA 3VERA 2P9NA 1TUYA 3MCPA 4AM6A 3P4IA 2NRHA 4HTLA 1C0FA 3BF1A 4H5WA 3OHRA 3SMPA 2QXLA 3A8YA 2AA4A 1HKGA 3EO3A 4M7XA 4BRPA 4PL8A 3H1QA 3B8AX 4EIAA 1NWKA 3FR0A 2FSKA 3W0LA 3U9DA 1S22A 5F1XA 4BC4A 1SZ2A 1U6ZA 1MWKA 1QQMA 4BRQA 5EX5A 1NM1A 4K41A 1NGAA 2E1ZA 5I9EB 4IZ9A 1QZ5A 3VGMA 2P9IA 1Q18A 5AQFA 4FPBA 2Q36A 4B1WB 5BPLA 2YHXA 5AQOA 3VEWA 1ATSA 2WUSA 3EZWA 4O5FA 5FPNA 2QWLA 5LJWA 1HKCA 4DB3A 4WQ5A 3GBTA 3VOVA 1BG3A 2Q97A 1G99A 2GUPA 4NO7A 3O08A 5BN8A 1RDWX 4BRFA 1QQNA 3WUHA 3DXKA 3D2FA 3CERA 5AZJB 4WQ4A 3UKRB 3CJ9A 2ASOA 3AAQA 4BREA 3HI0A 4FWKA 2BTFA 1ESVA 2EWSA 5LJVA 4CJ7A 2V51B 3QBWA 5AQKA 1YUWA 3O1BA 3EKSA 3D7EO 3L4IA 4B1UB 4BRKA 3AAPA 5FPMA 4CBWA 1NGIA 1IG8A 4RTFD 4IWVA 3S41A 3WXKA 1KAXA 2V7ZA 3QFPA 3WQTA 3UKUB 5EY4A 4B1YB 2IVOA 1HPMA 2D1KA 2FF6A 2QWRA 4H0OA 4PL7A 2YHYA 4BVOA 1P8ZA 3M1FA 1KAYA 1XUPO 2P9NB 3ZX2A 4BRAA 1KXPA 5AQRA 3U9ZA 2V7YA 3VF4A 3M6GA 4H0XB 1X3NA 3LDLA 3CJCA 5BRDA 4BG8A 3HZ6A 1TUUA 4FWMA 2FF3B 4B1ZA 5EOYA 1V4TA 1XQSC 2A5XA 3C0BA 5B8HA 1GLCG 2QWPA 4CZKA 4BR5A 2Q0UA 5AFUA 5BPMA 2A42A 1NGDA 3ATVA 3IFRA 2P9IB 5JMVA 1NGGA 2P9PA 3DWLA 3EL2A 1H1VA 3IUCA 4FWOA 4XEIA 5E26A 2A3ZA 4CZHA 5FPDA 1HJOA 1IJJA 2YCHA 4BQZA 4HWIA 5JLHA 5AQTA 2HMPA 3MK6A 1SQKA 4BQLA 1JCGA 4EHUA 2P9KA 1RGIA 1LCUA 4O8KA 3VF2A 2E2PA 2E2QA 1YXQA 5BR9A 4FWLA 3DXKB 3D2FB 4J8FA 4H0VB 1V4SA 3FZMA 2ZF5O 3CJ7A 3LDNA 4CBXA 5AQSA 5AQJA 3I8BA 3O6WA 3VEOA 1YAGA 3TPQA 1MA9B 1EQYA 2E2NA 4PKIA 4FSVA 4LC9B 4M63C 4A2BA 4FO0A 1U2VA 5AQNA 3O80A 2D0OA 4BC3A 3G25A 5AQYA 1BOTO 1JCFA 3MN7A 5AQLA 2F9TA 4NB4A 3BUZB 2FXUA 2QM1A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2GELA 5E84A 4A2AA 4MO5A 1RDAA 4M3UA 3HPHA 5C2FA 4GMJB 1EXQA 3JAMO 3MX5A 4DR5K 4AM7A 4BE2A 3JYTA 4B3TK 1HNVA 4FVUA 4DQIA 4DSKA 2FSNA 3LP0A 3TAGA 1Y64A 3HVTA 2ITMA 3H46O 4DF8A 1NOYA 1T6CA 5BN9A 4X62K 3WEEA 3KLIA 1JKHA 2EHGA 4NCBA 3HPGA 3B6OA 4FOEA 3WNGA 3UIQA 2VG7A 3RSEA 3ITHA 3BEXA 3LWLA 4LH5A 3H45C 4AF1A 1M1KO 1RTHA 2A40A 1VQ9N 1K8KB 1BDGA 4O55A 5C42A 4XH5A 1S5JA 2KZMA 4ZHRA 1QSLA 1BHLA 1WUAA 1XI1A 1VQMN 2D0AA 3KK7A 4E7LA 4BRGA 1X9WA 1SL1A 3LDQA 3E9LA 4E1NA 3O4WA 3V6DA 3O8MA 4DFKA 3SUNA 1QSSA 1NU0A 4JI0K 4H5RA 4BRIA 1RCHA 5K14A 4DV5K 3QO9A 5HLFA 1WSEA 3HSCA 3JS6A 3E9PA 4CIGA 4QS8A 4CD3A 3V9XA 1U49A 2NRWA 3HM8A 3TAMA 4FWPA 4CZFA 5GAEP 4YOVA 4BRNA 3AVKA 3HK2A 4ISEA 2X78A 3D2EA 4A5AA 4BR9A 2RF2A 2KFNA 1KC8O 2ZWHA 1RDCA 4FJNA 3VETA 4CJVA 3VEYA 4YORA 2G8FA 3THVA 1D8YA 4F8RA 2Q2RA 3A5LC 1XNRK 3QICA 2Q0RA 1YJNN 1DKGD 4G1QA 3F73A 4MO4A 5HROA 4WFBL 3E01A 4H0YB 3CJAA 4M45A 2ZD1A 4QS7A 3IKMA 4C23A 2EX3A 4KKOA 4DUYK 2VWBA 3GOIA 4BRCA 3A5MC 1MDUB 4DSLA 3M8RA 4F2SA 4JKHA 2E88A 2PAVA 3LPTA 3ULDA 1KSPA 4DTUA 3V9ZA 3MN6A 3QB0A 4LFBK 3TSPA 1C0TA 3PV8A 3BDPA 3OY9A 4GV9A 4R5PA 1TYQB 4FJ7A 3NF9A 4FLXA 1TV6A 4Q0BA 2QW9A 5M1KA 3ULEA 2H3GX 4LD0A 3VN5A 1HPZA 3LDOA 2UUAK 2IVNA 4RWTA 4OKJA 1NGFA 3ZSYA 3FLCO 3GG4A 3PIOL 1KTQA 1QHAA 1XMQK 3VQ8A 4KHSA 4ILHA 1NJXA 4QCLA 3VQDA 1LW0A 1NGEA 5KQ8A 2UYTA 2W6LA 1E4GT 4YDUA 2P9UA 2E4LA 3IRXA 5KGXA 2QKKA 2F9WA 5JVGL 3FZFA 1BWFO 1C1BA 1HJRA 3CQXA 4IG3A 3P5JA 3AVAA 4CHZA 3VA3A 3PO5A 4F2RA 4AHRA 4CD1A 4CFAA 5AQIA 4FPAA 1S72N 4BR7A 3MEDA 4JD2B 4OLAA 4FVMA 4WQ5C 3MXJA 1N34K 1YT3A 3EZ5A 2GWJA 1KFSA 4BR0A 1YTAA 4E7HA 3L2RA 2PYJA 1GLAG 3V1RA 3AA5X 3R3LA 3CFOA 4CJ5A 4CZMA 2E1YA 3CMEN 1T05A 5AR0A 2E2OA 1T03A 2IAJA 3U3GA 4LF6K 1FJGK 3MMVA 5EVZA 2BANA 2YHWA 2PBDA 3KLEA 4CJ4A 2AJQA 3M3ZA 2OCEA 3DJCA 1NK5A 4ISFA 1ZYQA 4F9OA 1TK5A 5FLXO 4B9UA 4OJRA 3FFIA 3HPOA 1VSFA 3A5OC 3VF6A 1B92A 1VQLN 3TAQA 3IS9A 4OPJA 3NF6A 1JL1A 2CGLA 4B9QA 1SAZA 2NLXA 4FJKA 1KCFA 3ZYYX 1BI4A 4CJUA 4NLCA 2G8IA 4JI4K 1EX4A 2YJEA 3T19A 2ZGZA 5H1SQ 1Q7YO 3MN9A 3EYZA 4QS9A 1T3VA 3BZKA 1KVBA 3VQ9A 4AM6A 3LP1A 3N4QA 1RT4A 4H5WA 5KGWA 2FBTA 3ZSZA 1TKXA 1VSLA 3BY5A 3H1QA 2P5OA 1NWKA 5A2QO 2OTJN 4FXDA 4NYFA 1HNIA 3W0LA 3IAYA 3CCVN 1MWKA 4DTPA 3SUOA 1NM1A 1NGAA 2ATQA 4JS4A 2P9IA 3M8SA 5AQFA 4FPBA 1TK0A 5AQOA 3VEWA 1D9DA 1TVRA 2X6NA 1ATSA 2A1SA 2IGIA 2O8FA 2QWLA 5JS1A 2OPRA 3VOVA 3THYB 2O4GA 2G8HA 3HP9A 1VQPN 5BN8A 4FLZA 4FJ5A 3CJ9A 2D0CA 4BREA 4FWKA 4DMNA 1ESVA 5LJVA 2QEXN 1W97L 3OYBA 5FRNA 1YUWA 3EKSA 4CGIA 1SV5A 1QVGM 1VQ7N 1VK0A 4FJJA 1NGIA 5T7BA 3S41A 5DM7L 2RE2A 2V7ZA 3OJUA 4AILC 3ZT0A 3UKUB 1U4BA 5EY4A 1BL3A 2O8CB 2G8KA 4M3RA 1W9HA 2FF6A 2IVOA 4H0OA 4OKEA 3ZT2A 1EWRA 2YHYA 4BVOA 1JL2A 3KJVA 3M1FA 1WAFA 4M3WA 1KXPA 4CEQA 1JLBA 4J2EA 3H08A 4JI6K 4BY9C 2YKMA 3CJCA 4BG8A 3HZ6A 1TUUA 1RDDA 1X9SA 3NAEA 2FF3B 3M5RA 4DWIA 1XQSC 4DFPA 2QWPA 3OA9A 3SV4A 4BR5A 5AFUA 4DSEA 1NGDA 3ZT1A 1L5UA 5JMVA 1NGGA 4XEIA 1K9MO 5E26A 5FPDA 3CCJN 4AHTA 2NRXA 5DMRA 3TARA 2OA8A 3OS0A 2YCHA 3ZT4A 4BQZA 3CF5L 2KZZA 5AQTA 2GX9A 3WXMB 1RBSA 4DSJA 1YXQA 4JK9A 3DXKB 3D2FB 5M1OA 4DFMA 2F4VK 1RT7A 3TI0A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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