1RCHA

Solution nmr structure of ribonuclease hi from escherichia coli, 8 structures
Total Genus 35
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
35
sequence length
155
structure length
155
Chain Sequence
b'MLKQVEIFTDGSCLGNPGPGGYGAILRYRGREKTFSAGYTRTTNNRMELMAAIVALEALKEHCEVILSTDSQYVRQGITQWIHNWKKRGWKTADKKPVKNVDLWQRLDAALGQHQIKWEWVKGHAGHPENERCDELARAAAMNPTLEDTGYQVEV'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Solution Structure of Ribonuclease Hi from Escherichia Coli
pubmed rcsb
molecule keywords RIBONUCLEASE HI
molecule tags Endonuclease
total genus 35
structure length 155
sequence length 155
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 1995-06-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00075 RNase_H RNase H
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1rchA00
1HQUA 2FBYA 3V1RA 3KK1A 2AJQA 1NKEA 3BGRA 3VQPA 2OPQA 4KV8A 4CGDA 1S1WA 4JRPA 1ZBLA 1L3VA 3AVIA 4OKEA 4CFAA 3HPGA 1YTAA 3ZSQA 4GW6A 1NJYA 4M3XA 4C8KA 3SI6A 3NF9A 4J2AA 2F8TA 4FLXA 5FDLA 4E0DA 3NGZA 1DTTA 1RBUA 2A1SA 3ALYA 4BWMA 1S1XA 1JLFA 2IS3A 4NYNA 2IDOA 4B8CA 1N6QA 3KLHA 4B9MA 3LP0A 2OZMA 1IKVA 3ITHA 2OZSA 1VSIA 3K57A 1KRPA 3VA3A 3B6PA 3QEVA 1IO2A 4NCGA 3VQ6A 3VN5A 5SWMA 4FXDA 3I0RA 4B9NA 4F3OA 3UIQA 1T05A 4B08A 1L3SA 3I8DA 3IG1A 4DQRA 3MAQA 4FJHA 4EP5A 5HP1A 3KLFA 2ETJA 3CQ8A 3HVRA 4CHYA 1EP4A 3P5JA 1REVA 1XHXA 2ITGA 4GVMA 3K5MA 3WNEA 3AVKA 4DFKA 1IKYA 1D9FA 4Q0BA 3DLKA 2Z1JA 4FZXC 2BANA 3DLRA 4OKKA 1I39A 1NK6A 3RRHA 4C8MA 4UQGA 1CXQA 4CHZA 1J54A 3TAFA 3RMCA 4CJLA 3IRXA 4CIEA 2IAJA 4DU1A 3B6OA 3S3OA 3EZ5A 1NK4A 1SKRA 4Z4GA 4B9TA 4PQUA 4H4OA 4HCBA 3ZSXA 3AA5X 3O4NA 3ZT1A 3QEWA 4Z4FA 3DMJA 4CEEA 2KQ2A 1ZBUA 3V9UA 3PO5A 1JLAA 2EHGA 3SCXA 5D3GA 3K5OA 4DTRA 3T1AA 4C8NA 2QKKA 3P1GA 4F3TA 4CEFA 3CG7A 5KRTA 4Z4CA 5C25A 1A5XA 5CY4A 5C24A 4CHQA 1U45A 2LSNA 4F8RA 3RR8A 2DTUA 3DYAA 2D0AA 2DY4A 2YV0X 5DK5A 2X6NA 1BIZA 3AVLA 2D0BA 2P51A 3PX6A 1RT7A 4CF8A 2OPRA 4IFYA 4FYDA 3KK3A 1RBSA 3AO5A 4B9SA 3K5LA 2YNIA 3HP9A 1QTMA 2P5GA 1RTHA 4CE9A 2R7YA 2OPSA 1VSHA 3OS2A 1T8EA 4W5NA 3SQ1A 3MEEA 4M3WA 1RDBA 1WSEA 3TI0A 3OJUA 4DFJA 4DF8A 4HCCA 2IC3A 3KLIA 3OYLA 2KFZA 4DWIA 3LP1A 1UAXA 4CJ5A 2E6MA 3AVJA 4CF1A 4I9LA 1TV6A 3TANA 1Q8IA 5KTQA 4CGFA 1SL0A 4M3YA 5J2QA 3AVHA 3ULDA 2Q3SA 3MEGA 4IDKA 3ISNC 3QINA 1W0HA 1J9AA 4DG1A 1XC9A 1NK7A 1EKEA 2Z1IA 2FBVA 4E3SA 2RKIA 1IKWA 3O3FA 3SZ2A 4I2QA 4ZTJA 1NKCA 3ZT3A 4CF9A 1NJXA 1LAVA 1LWCA 3LP3A 4FJJA 3AO2A 4FW2A 3LZJA 5JS1A 3OYBA 1G15A 1KSPA 4F2SA 4KHNA 4DFPA 4FM1A 1UOCA 2G8VA 2JLEA 3HP6A 4E1NA 3V4IA 1VSDA 2HNZA 3NFAA 3JYTA 3HPOA 2BE2A 1HYVA 4O5BA 1Z26A 2HVHA 2YKNA 1S9GA 3AVFA 3L2WA 1NJZA 4DTPA 1HYSA 4DSLA 1A5WA 2O4GA 5CZ1A 3HO1A 1BL3A 1RT5A 1ZBFA 4CJSA 1RT3A 4CHPA 4KTWA 3F9KA 3OYCA 3RR7A 5FROA 2G8UA 3V1OA 1I3AA 3EYZA 3U3YA 1CXUA 4AHVA 3TAQA 4FK0A 3OYAA 3DI6A 3AV9A 4CEBA 4ZTFA 2YHBA 3ZT4A 2Z1GA 1S9EA 4C8LA 3KD5E 2KZZA 5DMRA 2VG5A 1S5JA 4CJRA 1NK0A 5J1EA 1CZ9A 1RCHA 1S6PA 4E7IA 3T3FA 4M41A 1SKSA 1C6VA 4OVLA 3TWHA 4DLGA 4FJ9A 3AVBA 4J2DA 3VQ8A 3WNHA 1UA0A 1TL1A 3C6TA 1LW2A 2Y1IA 5CYMA 1TAQA 3CFRA 1KLNA 1WAJA 4CERA 1KVBA 4ID5A 3LAKA 1D5AA 3DRSA 1TAUA 2D5RA 3HPHA 4FVMA 1L3TA 1LWEA 2A1RA 3LANA 4DS5A 3NHGA 1XHZA 1RILA 3U6FA 2HHUA 3LWMA 3VQAA 4I7FA 3OYHA 3AVNA 2G8IA 3HVTA 4PY5A 2IOCA 3ZT0A 4AHCA 2DFHA 3IS9A 5KI6A 1YVUA 1HNVA 1FK9A 3C95A 3SJJA 1NJWA 3ZT2A 4YNQA 3H08A 5HRRA 3QLHA 4N5SA 3HM9A 2PYJA 2QKBA 3EY1A 1TK8A 1RTJA 4N76A 3DLEA 3DRPA 3VQEA 2XY5A 3QETA 1O1WA 1U4BA 4L8RB 4M3TA 4OGEA 3AVMA 3NF8A 3P83D 3JSMA 4DSIA 5SZTA 4JLHA 4QOZB 5I3UA 4I2PA 1TK5A 4OKJA 1EXQA 3I0SA 4OJRA 4JRQA 4FM0A 3L2QA 2ZE2A 4MFBA 3KK2A 3M8SA 2HHQA 1U48A 1IG9A 3QEPA 3KTQA 1VSEA 4CEZA 4EP4A 4RW9A 3OYDA 1U04A 2G8WA 5EU7A 4CECA 4DLEA 3BDPA 1Q9XA 4N41A 1VSJA 1BGXT 3NH0A 1DLOA 1ZYQA 4CFDA 1TKXA 3OY9A 3L2RA 4IFVA 2BDPA 4LH4A 5FRNA 1RBVA 1F21A 3LWLA 3VA0A 4KB1A 4DQSA 1VSLA 1B9FA 3OYMA 4O0JA 4FLYA 2X6SA 3E01A 4BE2A 5JS2A 3MECA 1LW0A 4DTNA 1JLCA 1ITGA 4RW8A 3V9XA 4DFMA 3ASMA 1NOYA 1BCOA 4DS4A 1TL3A 1C1BA 3RRGA 5K14A 4N56A 1U49A 4AILC 1WN7A 4CF2A 3OVNA 4AH9A 3AA2A 3CFPA 4DU4A 3L8BA 1ASUA 1WLJA 3KKSA 2OA8A 4ELVA 3WNGA 4CHOA 3V9SA 3K5NA 4Y1DA 4IBNA 4M3RA 1HRHA 1RNHA 1TVRA 4CEDA 3SV4A 4K8ZA 4CK2A 5J2MA 4BDPA 2I5JA 2HW3A 4DTUA 3AO1A 4CIFA 1HYZA 1WAFA 4HTUA 4DSJA 3QO9A 1WSIA 4CJWA 3ZSZA 3NH2A 4F4KA 3KLEA 4FZZA 2FBXA 1HPZA 3VQ4A 4KHSA 1RBTA 2YHAA 4FJ7A 1SV5A 5I42A 1R0AA 4AHSA 1S1UA 5FRMA 4CFBA 4IKFA 2FBTA 3OYFA 1GOAA 4LSNA 3CM6A 3HT3A 4FK4A 4M3ZA 1BIUA 4DF4A 1RT2A 1HNIA 1FKPA 3U3GA 2DFFA 3LPTA 4CF0A 3TARA 4FJMA 1Y97A 4E19A 1TKZA 1X9MA 3MXIA 4CGGA 1LAWA 4FW1A 4DSKA 1RTIA 3ZSOA 4CGHA 4CK3A 4BDYA 1Q9YA 2DFEA 2JGUA 2GV9A 1K6YA 2RN2A 1RDDA 5J2NA 1CZBA 4E89A 3AA3A 4E7KA 3RWUA 4KI4A 1BQMA 4ID1A 2HHXA 3CYMA 4W5OA 2VWJA 4KHWA 4KREA 3DM2A 4OLAA 3SQ0A 4CEAA 3KD1E 4FLTA 4G1QA 2XY6A 4HUGA 4KHUA 3TR8A 4JS4A 3OYKA 3SUNA 2B6AA 5T7BA 1RDCA 2B5JA 4KPYA 4NYFA 3SPYA 4BE1A 4FJIA 4DMNA 1L3UA 5CYQA 3ZCMA 1IH7A 2ATQA 3DLBA 1RDAA 2HNYA 4YFUA 3PY8A 2HHSA 1Z25A 3M8QA 4LH5A 4HUEA 3WNFA 1U47A 4CJVA 1QSSA 4FJGA 4ICLA 2HB5A 5HLFA 1X9SA 4BWJA 3QNNA 1KVCA 1BCMA 1QS4A 3OYIA 5J2PA 3TAPA 1KVAA 2XHBA 4Y1CA 4DTXA 2VWKA 3ZSVA 4FZYA 3QERA 3NGYA 3TAGA 4ELTA 3HK2A 1J53A 1VK0A 4AHTA 1BQNA 2ZD1A 4QAGA 3F73A 4JS5A 4WE1A 4CFCA 1VSFA 3CM5A 4ZHRA 4FLZA 3SPZA 4B9UA 2P5OA 4DSEA 4EZ6A 1QSYA 2X74A 4PUOA 4Z4EA 4CJUA 2OPPA 3TABA 4O44A 4CJ4A 1JXEA 4R5PA 1T03A 3AO4A 3K58A 4OPJA 3ZSYA 1HMVA 4PA1A 4CGJA 1X9WA 4W5TA 1JLGA 1JL2A 4KFBA 4B9LA 4LD0A 1HJRA 4HVJA 3NGIA 3KLGA 1VRUA 1BI4A 3MEDA 3QEXA 1WSJA 1WSFA 5KGWA 1RT6A 1BI4B 2F96A 2Z1HA 3VQDA 3NAEA 4KHYA 4CJTA 4CJEA 1NK8A 1BISA 1NKBA 1JLEA 4RW4A 4BACA 3O3HA 3THVA 1TK0A 2GBZA 3KKRA 3C94A 3VQ9A 1NK5A 3LPUA 1HQEA 4CK1A 4NCBA 2X78A 3OS0A 2YNFA 3SUPA 1XI1A 5CZ2A 2YNGA 1RT4A 2G8HA 3HSTB 1QE1A 1UWBA 3S3MA 1TGOA 3HL8A 1ASWA 1WNSA 3M8RA 2VG6A 3O4QA 1NK9A 4M42A 1C1AA 4FLVA 3DOLA 4CHNA 1WSHA 1C0TA 4CEOA 3SUQA 4KTQA 4CJKA 4AHRA 3ZSRA 4RW7A 4O55A 3L3UA 3V9ZA 1UA1A 1LV5A 1KFSA 3AVCA 1KTQA 4MQ3A 1CLQA 4DTMA 1C0UA 2WONA 1TKDA 4B3OA 4DQPA 3DLHA 4M3UA 4DU3A 3NH1A 1JLBA 3OYGA 4FLWA 4DSFA 1JLQA 1S1VA 3C6UA 3NDKA 5HBMA 1YT3A 2QXFA 1WSGA 3L3VA 3TAMA 3SV3A 3AVGA 3V9WA 2HHVA 1JL1A 5C42A 3HJFA 1VSMA 4BE0A 1SL1A 1VSKA 2GUIA 4FJ8A 1JKHA 4K8XA 3S9HA 2YNHA 2XRIA 4OLBA 1QQCA 1W9HA 1JXBA 3KIOA 2E6LA 4CEQA 4DTJA 3QEIA 2BGGA 3V6DA 1NOZA 3QIOA 4HUFA 1S6QA 4W5QA 4CJPA 4DQIA 4TSXA 2RPIA 4FK2A 2RF2A 4XIUA 1SUQA 3SQ2A 1J5OA 1T7PA 3VQBA 3TAEA 2VG7A 1IKXA 1RTDA 2G8FA 3K2PA 2ZQBA 3PX4A 5HROA 4B9VA 2KW4A 3LAMA 2XY7A 2PY5A 1KLMA 1EETA 2XY8A 1KCFA 1RBRA 3MXJA 2Y1JA 4DTSA 3VQQA 4H4MA 3ZSWA 3OJSA 2B4JA 3SQ4A 3LALA 1VRTA 4CGIA 1RT1A 2XO7A 3PV8A 2HHWA 1SKWA 2IGIA 3QNOA 3RMAA 3RTVA 4BDZA 4QCLA 4KTZA 1C0MA 4RG8A 2G8KA 2OYQA 4CIGA 3SYZA 5KRSA 2KZMA 4OGCA 1EX4A 3M8PA 4CJQA 4KRFA 4M45A 3O3GA 1S1TA 3SUOA 3D0PA 2KTQA 1L5UA 2HHTA 1TKTA 4KB0A 4O4GA 4J2EA 5KGXA 3LZIA 4DQQA 1ZBIA 3NF6A 3G0ZA 4O0IA 2PYLA 3V1QA 1B92A 4Z0UA 4IG3A 2D0CA 4FJKA 4FJXA 4J2BA 3CFOA 3DLGA 2WOMA 4FCYA 1LWFA 2P1JA 4E7LA 1DTQA 3VQ5A 1D8YA 4KI6A 4IG0A 3L2UA 4KAZA 4CCHA 4KHQA 4DTOA 1D9DA 4OPKA 4E7HA 4FJNA 3D45A 2FC0A 1GOCA 4CJ3A 2NUBA 4I9QA 3PO4A 3PX0A 4KO0A 4Z4HA 3NBPA 4FJLA 3RMDA 3LDSA 4CJFA 3SNNA 1C1CA 1A5VA 2EX3A 1N5YA 3MXMA 3OYEA 4ELUA 1GOBA 4E7JA 3IAYA 3HYFA 3QESA 3VQ7A 1ASVA 4LSLA 1QHTA 3PUFA 5HRSA 3L2VA 1B9DA 4HHTA 3NF7A 4FLUA 3OS1A 3S3NA 3QIPA 2PZSA 3DOKA 1FXXA 3VQCA 4W5RA 4Q5VA 4GMJB 3T19A 2W42A 3OYJA 1ZBHA 1MU2A 2HMIA 2QK9A 3G10A 1KFDA 4LY7A 3HXMA 4FJ5A 3LP2A 1YTUA 3OYNA 4H8KA 4PWDA 4Z4IA 4AHUA 4E1MA 1SL2A 4FM2A 2E4LA 1QSLA 3V81A 4F2RA 3A2FA 1BHLA 3FFIA 4KKOA 1FKOA 4RW6A 3NE6A 3AA4A 2O4IA 3DRRA 3NCIA 1XWLA 4EZ9A 2HNDA 3KJVA 5HRPA 3AO3A 2HVIA 3AVAA 3K59A 5HRNA 4CESA 4C8OA 4NCAA 2F8SA 5E41A 3RMBA 2KFNA 4N47A 4B8AB 2YKMA 1X1PA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2AJQA 3CCUN 5AQOA 3KWIA 3VQPA 2OPQA 4CGDA 3ZSQA 4XH1A 3CCEN 4J2AA 3NF9A 4FLXA 5FDLA 5B8HA 3O9RA 1RBUA 2A1SA 4NYNA 2IS3A 1N6QA 4B9MA 3J7ZO 3LP0A 3ITHA 3VEYA 5AQRA 1OH7A 3VA3A 4FWKA 3VQ6A 1YHQN 2NNWA 3SJHA 2QA4N 3OA9A 3QFPA 3MAQA 1SZ2A 2AP1A 1EP4A 1TYQA 4GVMA 3M1FA 4Q0BA 1IKYA 3KZBA 2BANA 3DLRA 4MDBA 4OKKA 2CGKA 4QS8A 3VEZA 4A5BA 4CHZA 3IRXA 4CZLA 1NK4A 4Z4GA 2NRTA 4X64K 4HCBA 2WBNA 4CZGA 3QEWA 2V51B 3W0LA 2O8FA 4CEEA 3ULEA 2BUPA 3L4QA 1JLAA 2GEMA 2JWKA 3SCXA 4DTRA 2P9SB 4JEPA 4JI4K 1OVYA 3EKSA 4Z4CA 5C25A 4GV6A 5AZIA 3J80O 3C6AA 2DTUA 1HKGA 2X6NA 3GDQA 3PX6A 4CF8A 5A2QO 1SS6A 2IIRA 3TTDA 3VEOA 2Q0UA 4AF1A 3GG4A 2YNIA 2GWJA 3WQTA 2R7YA 2OPSA 3CERA 2O8CB 5CHIA 3H3NO 2V7YA 4HCCA 3LP1A 1TV6A 1GLAG 2GWKA 4FPAA 4DV5K 5J2QA 4IEIA 3ISNC 4H03B 1XC9A 1X9JA 3E9LA 3ZETB 2Z1IA 1IKWA 3O3FA 1NKCA 4FJJA 1E4GT 1LWCA 4KHNA 1G15A 4F2SA 2G8VA 3UKUB 2HNZA 3ID8A 4DR4K 1VQ4N 1KAYA 1Z26A 3EZWA 3BF3A 1HYSA 1ESVA 4DSLA 1A5WA 3WT0A 5AFUA 3F9KA 2D4WA 3RR7A 3V1OA 4BQLA 3ENOA 3U3YA 1DEJA 3OYAA 2YHBA 4C8LA 5FPEA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2AJQ A;  3CCU N;  5AQO A;  3KWI A;  3VQP A;  2OPQ A;  4CGD A;  3ZSQ A;  4XH1 A;  3CCE N;  4J2A A;  3NF9 A;  4FLX A;  5FDL A;  5B8H A;  3O9R A;  1RBU A;  2A1S A;  4NYN A;  2IS3 A;  1N6Q A;  4B9M A;  3J7Z O;  3LP0 A;  3ITH A;  3VEY A;  5AQR A;  1OH7 A;  3VA3 A;  4FWK A;  3VQ6 A;  1YHQ N;  2NNW A;  3SJH A;  2QA4 N;  3OA9 A;  3QFP A;  3MAQ A;  1SZ2 A;  2AP1 A;  1EP4 A;  1TYQ A;  4GVM A;  3M1F A;  4Q0B A;  1IKY A;  3KZB A;  2BAN A;  3DLR A;  4MDB A;  4OKK A;  2CGK A;  4QS8 A;  3VEZ A;  4A5B A;  4CHZ A;  3IRX A;  4CZL A;  1NK4 A;  4Z4G A;  2NRT A;  4X64 K;  4HCB A;  2WBN A;  4CZG A;  3QEW A;  2V51 B;  3W0L A;  2O8F A;  4CEE A;  3ULE A;  2BUP A;  3L4Q A;  1JLA A;  2GEM A;  2JWK A;  3SCX A;  4DTR A;  2P9S B;  4JEP A;  4JI4 K;  1OVY A;  3EKS A;  4Z4C A;  5C25 A;  4GV6 A;  5AZI A;  3J80 O;  3C6A A;  2DTU A;  1HKG A;  2X6N A;  3GDQ A;  3PX6 A;  4CF8 A;  5A2Q O;  1SS6 A;  2IIR A;  3TTD A;  3VEO A;  2Q0U A;  4AF1 A;  3GG4 A;  2YNI A;  2GWJ A;  3WQT A;  2R7Y A;  2OPS A;  3CER A;  2O8C B;  5CHI A;  3H3N O; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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