3LP3A

P15 hiv rnaseh domain with inhibitor mk3
Total Genus 37
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
37
sequence length
131
structure length
131
Chain Sequence
SYQLEKEPIVGAETFYVDGAANRETKLGKAGYVTNKGRQKVVPLTNTTNQKTELQAIYLALQDSGLEVNIVTDSQYALGIIQAQPDKSESELVNQIIEQLIKKEKVYLAWVPAHKGIGGNEQVDKLVSAGI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule keywords p15
publication title Structural basis for the inhibition of RNase H activity of HIV-1 reverse transcriptase by RNase H active site-directed inhibitors.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus type 1
molecule tags Viral protein
total genus 37
structure length 131
sequence length 131
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2010-02-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00075 RNase_H RNase H
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3lp3A00
3C95A 3KLFA 4I7FA 4CJ4A 3DOLA 1QQCA 3ITHA 3LPUA 2FBYA 2HHTA 3SQ2A 3ZSYA 4LY7A 1EXQA 4CGDA 3CQ8A 4ZTJA 1S1UA 3DYAA 3BDPA 3VQ7A 1U47A 4FJXA 4H8KA 4GVMA 4Z4HA 4MQ3A 2X6SA 1EP4A 3QETA 4M3UA 3NH0A 1RTJA 2IAJA 3AVKA 4E89A 3WNHA 1U48A 2KZZA 1VSIA 5T7BA 3AO3A 3HJFA 2Y1JA 1VSDA 4BDYA 1JLGA 3MXIA 3QINA 1KSPA 2I5JA 2IC3A 3C94A 3S3OA 4XIUA 1ZBLA 4FK2A 1NJXA 1I39A 2O4GA 1L3TA 4KV8A 1G15A 4E19A 4CJQA 1RBTA 4CJWA 4MFBA 4B9UA 3ZSOA 3O3FA 2XRIA 4FJLA 4KHYA 1C1AA 3RRGA 4Z4EA 1I3AA 1S1WA 2O4IA 1BI4A 3OYNA 2PYJA 4KHNA 4DF4A 2B6AA 4CJFA 3DI6A 3OYHA 3OS0A 3AVLA 4AHSA 3D0PA 4O44A 4DTPA 4PUOA 2FBXA 2KFNA 3TAGA 1VSMA 4FYDA 3DMJA 1HYVA 1FKPA 3FFIA 4KKOA 4ID1A 2OYQA 2B4JA 4KI4A 2NUBA 3TR8A 3L2VA 2IDOA 3SV3A 3LWLA 1RILA 2A1SA 1N5YA 4DSFA 4M41A 4DU4A 3WNGA 3PO5A 2GV9A 3IG1A 1HMVA 2YKMA 3IRXA 3NF9A 1T05A 4Y1DA 3MECA 1NK6A 3IAYA 4FJ7A 2HHVA 3KJVA 3L3UA 4M3WA 4FVMA 1WSHA 4DSLA 4RW8A 1TKZA 5CZ1A 4JLHA 4CF9A 4W5QA 1ZYQA 1FKOA 4QCLA 3G10A 1HNIA 4B3OA 1NK9A 1QSYA 5FDLA 3KIOA 5SZTA 4KHQA 3K2PA 4NCAA 2OPSA 4HHTA 2P5GA 3OYIA 3G0ZA 3LANA 3PUFA 4EP4A 4CJ3A 4OPJA 3THVA 2KW4A 3MXJA 2X78A 4CHPA 4FLXA 3RWUA 3LDSA 1RDDA 3HL8A 4BWMA 5JS2A 1VSLA 4KFBA 4W5OA 4CGIA 4IFVA 4CEQA 3P83D 3KK3A 5I42A 1ASVA 4PQUA 3OYJA 3AO1A 1S1TA 3CG7A 4AHVA 3QEXA 4DSJA 1HPZA 1U49A 2IS3A 1XHXA 3ZSXA 5FRNA 2ZD1A 3OYCA 3SV4A 3HK2A 3KLHA 4Q5VA 1LV5A 4GMJB 1MU2A 4ELTA 4AH9A 4M3TA 2G8IA 2WOMA 4CEZA 4K8ZA 2OPRA 4I9LA 4BDZA 3U6FA 3CYMA 4DSIA 3DRPA 2HB5A 1JLBA 4E1NA 4J2AA 2HHUA 3TAPA 2HHQA 4DTJA 4CF8A 4FK0A 1Q9XA 1JKHA 1VSKA 1RCHA 3AA2A 3V9UA 4CJ5A 1S9GA 1BIZA 2Z1HA 4CJSA 1KFSA 4KTWA 3AVFA 1KVBA 2ITGA 3C6TA 4YFUA 4DLGA 1JLEA 3TABA 3I0SA 2PZSA 2JGUA 4I2PA 1NOYA 3RR7A 4FW2A 3S3MA 1T8EA 2YNFA 3P1GA 3DOKA 3DLKA 3H08A 4CEOA 2ZE2A 3AV9A 3DRSA 1L3SA 1XWLA 1HNVA 4WE1A 3SQ0A 2KQ2A 3L8BA 1JLFA 4KAZA 4W5RA 4N76A 3K5OA 5FRMA 4FJJA 1XHZA 5C25A 3O3GA 1SKSA 4FJNA 2ZQBA 4OKJA 2HW3A 3A2FA 5HLFA 1NKCA 2OZSA 1J53A 5E41A 1QSSA 3LZIA 3VQEA 1LWFA 4DTOA 1NKEA 4IFYA 5CZ2A 3SJJA 1D9FA 4HCCA 4CGGA 4BDPA 4M3YA 4K8XA 1VK0A 4CFCA 2RF2A 5CYQA 1JL1A 1RT5A 3M8PA 4FJMA 4C8KA 1FK9A 3CM6A 3I0RA 2OA8A 2G8KA 3VQCA 1KCFA 3L2WA 4CEBA 2XY6A 3QESA 2ETJA 3VQDA 1NK5A 2IGIA 1WSGA 3L2RA 3ALYA 1VRTA 4LH5A 3RMDA 4E3SA 1RT4A 5KGWA 3DLBA 1LWCA 3HP6A 2HHSA 1TGOA 1VSFA 4LSNA 4CK3A 1NJZA 3ZT1A 3ZSVA 2XY5A 4M3RA 4OVLA 3JYTA 1C0MA 2G8HA 1HJRA 3AO5A 3O4QA 3HPOA 1RNHA 3VQAA 3LAMA 4FK4A 1R0AA 1SUQA 3K5MA 4CK2A 4FZXC 4N56A 3OS1A 4EZ9A 4KTQA 2VG5A 4CHQA 4ZHRA 5HROA 2YHBA 3LPTA 5J2PA 1HQEA 3TANA 3TAQA 2D0CA 3NGZA 1BCOA 4I2QA 3KK2A 1HRHA 1WLJA 1BISA 1CXQA 5FROA 4LH4A 3OYDA 4FJ5A 4FJ8A 2F96A 1BGXT 4KHUA 3VQ8A 4DQPA 2YNIA 1RBUA 1Y97A 4CFBA 3KLEA 3IS9A 5CYMA 4Z4CA 1JL2A 3V1QA 3TAFA 3JSMA 1WSFA 4FJIA 5I3UA 3LAKA 3SZ2A 2G8WA 4CEEA 2Z1GA 1UWBA 3D45A 1D5AA 5CY4A 1O1WA 4CGFA 3F9KA 3OYKA 4N41A 4FJGA 1C1CA 4Z4FA 4DFMA 3E01A 4F4KA 1BQMA 2KFZA 3MXMA 4OLBA 5KTQA 3NDKA 3QEPA 2PY5A 4M3ZA 3OS2A 4KHWA 3AVCA 4CEDA 4CESA 1S1VA 3ZCMA 4CJUA 4CF2A 4HUEA 4ZTFA 1TKDA 1RDAA 5KGXA 4DFJA 4PY5A 4ID5A 2P51A 4AHRA 1C6VA 3AO4A 3NAEA 3QEIA 3L3VA 4QOZB 4F2SA 4FLTA 3P5JA 4BE1A 2DTUA 1NJWA 2XO7A 4CECA 4B8CA 4DFPA 3OYMA 3NH2A 2GUIA 3OY9A 4FJ9A 1GOBA 4IKFA 4J2BA 1EETA 5K14A 4AHTA 1UAXA 4AILC 3VQPA 4FLUA 4CHNA 4DS5A 3SI6A 1NK8A 4CIFA 3ASMA 1K6YA 1B9DA 5JS1A 3AVHA 1TK0A 3TWHA 1RT6A 4DQIA 3B6OA 4B08A 1UA1A 2RPIA 3LZJA 3LP1A 1WSIA 3QNNA 1KVCA 3KD5E 1TKTA 1TVRA 3L2UA 1WNSA 3T1AA 1XC9A 3SQ4A 4RG8A 1REVA 2HNDA 4DTUA 1RTHA 2F8SA 2ATQA 4KTZA 1F21A 1QE1A 3C6UA 3HPHA 3SQ1A 4EP5A 4KB1A 2RN2A 4M3XA 1A5XA 4E7JA 2YHAA 1RDBA 3B6PA 5DMRA 3VQBA 4CGHA 1LWEA 3WNFA 3DLRA 3NCIA 4DTXA 3EY1A 4HUGA 3T19A 4CF1A 1DTQA 2VG7A 3DLGA 4HUFA 4F3TA 2G8VA 3OYGA 1RT7A 3S3NA 1NK0A 3BGRA 3HVRA 3V6DA 4N5SA 1C0UA 1BHLA 5HBMA 4KI6A 3MEGA 1JXEA 1KTQA 4FCYA 4FXDA 3LP0A 3SPZA 1CZBA 2VWKA 4Y1CA 4BACA 1IG9A 4DTMA 1X9SA 4DFKA 1TV6A 3K58A 4HCBA 4NYFA 3VQQA 5C42A 1JXBA 3KKSA 3M8QA 2A1RA 2KZMA 4FW1A 4DF8A 1L5UA 4H4OA 2E6MA 3AVAA 3SCXA 1NK4A 5HRRA 4KHSA 5C24A 4JRQA 1W0HA 4Q0BA 1RBSA 1KLNA 4B9MA 3TAEA 1EX4A 3K57A 3OYLA 1IH7A 3HSTB 2XHBA 3SYZA 1IKWA 5EU7A 4HTUA 3SUPA 3K5NA 4E0DA 1SKWA 4YNQA 4FLZA 4CF0A 4RW4A 4CCHA 4Z4IA 3UIQA 1S9EA 3NF7A 4ELVA 2HVIA 3S9HA 1LW0A 1RDCA 1TAQA 2PYLA 3NHGA 1QSLA 2G8UA 2KTQA 3QNOA 1ASWA 3SNNA 3NF6A 3WNEA 1JLCA 2D0BA 3HYFA 3QIOA 2G8FA 1Z26A 3LP2A 4FM2A 4M45A 4IG0A 2DY4A 4LD0A 1YTUA 2X74A 2OPPA 2QXFA 4Z4GA 3MEEA 2QKKA 3KK1A 1ITGA 1BL3A 2HHWA 3DLHA 2OZMA 4QAGA 4TSXA 2D5RA 4DTRA 1CLQA 4DSEA 2HHXA 1WSEA 3VQ6A 4F8RA 1DTTA 4B8AB 1QHTA 4CK1A 4E7HA 3TAMA 1JLAA 3AVGA 3ZT3A 1IKVA 3QERA 2BANA 2RKIA 1VRUA 4FLWA 1T7PA 2DFEA 1DLOA 4CJEA 1GOAA 1B92A 1BIUA 2Z1IA 3ZSQA 4CJVA 4PWDA 1VSHA 3CFRA 1Q8IA 4C8OA 4AHUA 2EHGA 1D8YA 1W9HA 4L8RB 2HVHA 3RRHA 2OPQA 1LAVA 3AA5X 2DFHA 4RW9A 3HO1A 1NOZA 1KFDA 4DS4A 4AHCA 1A5VA 1X1PA 2QK9A 4KREA 4FM1A 4C8NA 1WSJA 3QEWA 5HRNA 1BI4B 4C8LA 5KRTA 4CJRA 3LALA 1U04A 4OJRA 4W5TA 3EYZA 5D3GA 2VWJA 4CJTA 1KRPA 3DLEA 3QIPA 2JLEA 4RW6A 4B9NA 3NE6A 2YNHA 4J2EA 4CFAA 1KVAA 1S5JA 1IO2A 1U45A 4O0JA 3V9SA 3V1OA 4DWIA 5SWMA 5J1EA 1ZBIA 1WAFA 1N6QA 3OYBA 4CGJA 2GBZA 3OYFA 1HQUA 1JLQA 3V9WA 5J2QA 4M42A 3T3FA 3VQ9A 4JRPA 5HP1A 4CJPA 2VG6A 2LSNA 1WAJA 3VQ5A 4HVJA 1TK5A 3DRRA 1SL1A 3OJSA 1LW2A 4CERA 1TL1A 3AVBA 3OYEA 4J2DA 4FZZA 1QS4A 2YNGA 3SUNA 3ULDA 1CZ9A 3EZ5A 2E4LA 4N47A 4CFDA 4CHYA 3NH1A 3K5LA 3PY8A 4BE0A 1YTAA 1J54A 3LP3A 4PA1A 4CIGA 1LAWA 3QO9A 4DQQA 4DU3A 4FM0A 2Q3SA 2E6LA 4F2RA 3V4IA 3KLIA 2R7YA 1X9MA 4KPYA 3AVMA 3RMCA 3KTQA 3PX6A 3KD1E 1TK8A 3ZT2A 3NGYA 4CEFA 1GOCA 3ZT0A 4DMNA 3PX0A 1L3UA 1QTMA 3RMBA 1BCMA 4CJKA 3HT3A 4ELUA 4NYNA 4RW7A 1RT2A 3OYAA 1SV5A 1SL0A 3CFOA 1Q9YA 4IBNA 4CE9A 4DQSA 4EZ6A 3HPGA 4KO0A 3V9ZA 4CEAA 3CM5A 4JS4A 4I9QA 2YV0X 2B5JA 1UOCA 2AJQA 1NK7A 3HM9A 1YVUA 4B9SA 3M8RA 2F8TA 4DG1A 4W5NA 3SUQA 1SL2A 4OLAA 3VA3A 2BE2A 4LSLA 1B9FA 3ZSZA 3ZT4A 3U3YA 1ZBFA 3HVTA 4G1QA 5J2NA 1S6PA 3KLGA 2BDPA 2DFFA 2WONA 2P1JA 3NBPA 3OJUA 3QEVA 1A5WA 1IKXA 3AO2A 4OKKA 3V9XA 4DQRA 4O55A 4OGCA 4E7LA 4GW6A 2Y1IA 5HRPA 2P5OA 2YKNA 4CIEA 2XY8A 1J5OA 4C8MA 3F73A 3AVIA 4BE2A 1RTIA 3QLHA 2BGGA 2FBVA 4E1MA 3ZSRA 4B9LA 2QKBA 3AVNA 4DTNA 1L3VA 1TL3A 4UQGA 3KKRA 5J2MA 4DU1A 3K59A 4CHZA 5KRSA 3O3HA 3MAQA 2HMIA 4E7KA 2W42A 4F3OA 1ZBHA 3HP9A 3CFPA 2Z1JA 4O5BA 3AVJA 4O0IA 1VSJA 2XY7A 1ASUA 3NGIA 1X9WA 1EKEA 2EX3A 4NCGA 1RBVA 4KRFA 4B9TA 1FXXA 3ISNC 3NF8A 1RBRA 4OKEA 4Z0UA 1NJYA 3PO4A 4B9VA 3V1RA 1U4BA 1S1XA 1RTDA 3HXMA 1VSEA 3DM2A 4IDKA 3I8DA 1NKBA 1J9AA 1TKXA 4DTSA 3PV8A 3TI0A 1BQNA 4DSKA 3AA3A 4CJLA 4OPKA 1YT3A 1RT1A 3TARA 3L2QA 2IOCA 4FLVA 1HYSA 2HNZA 4FLYA 4DLEA 3VQ4A 1ZBUA 4KB0A 2HNYA 4IG3A 3RR8A 3U3GA 3MEDA 4FJKA 1HYZA 3O4NA 3NFAA 3V81A 1C0TA 2FBTA 4NCBA 4JS5A 4ICLA 2X6NA 3PX4A 3AA4A 4CHOA 1T03A 1S6QA 1Z25A 1KLMA 1D9DA 1WN7A 2FC0A 5KI6A 4R5PA 3LWMA 3M8SA 4O4GA 3OVNA 4BWJA 3SUOA 3SPYA 4OGEA 1UA0A 4FJHA 4E7IA 1IKYA 1CXUA 3VA0A 3RMAA 5HRSA 1XI1A 5DK5A 3ZSWA 4H4MA 3RTVA 4FZYA 1RT3A 2D0AA 1SKRA 3VN5A 1TAUA 1C1BA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4I7FA 3HSCA 4CJ4A 1P90A 1QQCA 4A5AA 2HHTA 2YX6A 3VOVA 5M1PA 4X62K 3HI0A 4EHTA 4ZTJA 4B3RK 4H8KA 5C2FA 2UUAK 4OX9K 4Z4HA 5BPMA 1EP4A 4FPBA 4JI5K 2IAJA 3WNHA 2FF3B 4DUZK 5T7BA 5BN8A 3FZMA 2PFUA 3C94A 4I6MB 5ADXA 1G15A 4E19A 4FJLA 3LDOA 4KHYA 3ZSOA 3O3FA 3RRGA 1S1WA 2O4IA 2HBLA 2KKZA 4CJFA 3DI6A 3C7NA 2I7PA 3D0PA 4PUOA 2KFNA 2FSNA 1KXPA 4DV4K 4KKOA 3VGMA 4MDBA 2OYQA 5AQOA 3TR8A 1RILA 3UKRA 3CCMN 4DU4A 2GV9A 3IG1A 1XUPO 1NK6A 3M5RA 2ZGZA 4M3WA 4FVMA 4FWNA 2D1KA 3AGRA 1TKZA 4W5QA 4JLHA 1Q82O 4QCLA 4QS7A 3AAPA 2IVPA 4IWVA 4KHQA 5AR0A 4GKKK 2OPSA 5GIPA 2P5GA 3BP8A 4OPJA 2KW4A 2D0PA 3RWUA 4U67L 4ISFA 3BZCA 4CEQA 3AO1A 4MO5A 4AHVA 3QEXA 4DSJA 2W6KA 1XNRK 1HUXA 3ZSXA 2ZD1A 2HF3A 1T44A 3FZFA 2OPRA 4I9LA 3CYMA 3CCVN 3DRPA 1QVFM 1D4XA 4E1NA 4FK0A 4CF8A 1RCHA 3AA2A 3NMUA 1YJWN 4F9OA 1BIZA 3DXMB 1X3NA 1VAZA 3AVFA 3THYA 3O9QA 1HKGA 1NMDA 1S72N 4BQZA 2JGUA 4I2PA 3RR7A 2GUPA 5GAHP 1ZXOA 4C1NK 3DOKA 2ZE2A 3DRSA 1XWLA 4WE1A 1QQNA 2QWQA 3EZWA 1Y64A 1KAXA 3TTCA 3MX2A 3FZKA 3J7AP 2ZQBA 4OKJA 5E26A 3HZ6A 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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