3LP3A

P15 hiv rnaseh domain with inhibitor mk3
Total Genus 37
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
37
sequence length
131
structure length
131
Chain Sequence
SYQLEKEPIVGAETFYVDGAANRETKLGKAGYVTNKGRQKVVPLTNTTNQKTELQAIYLALQDSGLEVNIVTDSQYALGIIQAQPDKSESELVNQIIEQLIKKEKVYLAWVPAHKGIGGNEQVDKLVSAGI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Structural basis for the inhibition of RNase H activity of HIV-1 reverse transcriptase by RNase H active site-directed inhibitors.
pubmed doi rcsb
molecule tags Viral protein
source organism Human immunodeficiency virus type 1
molecule keywords p15
total genus 37
structure length 131
sequence length 131
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2010-02-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00075 RNase_H RNase H
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3lp3A00
1O1WA 3U3YA 2P1JA 4E19A 3ZT4A 1ZBLA 4NYFA 4ELUA 1S9EA 1DTQA 1C0UA 2I5JA 4W5QA 2G8HA 3UIQA 5HRRA 1FXXA 1S1VA 4IDKA 3PX0A 1UOCA 4K8XA 1KLNA 4GMJB 4RG8A 4FLVA 1WAFA 4Y1CA 1B9DA 3AVLA 4DTNA 3ITHA 1ZBUA 1Z26A 3CQ8A 1RT6A 1C1CA 4CJFA 4FLUA 4DTPA 4HUEA 4KTQA 4O0JA 4CJUA 3OYGA 1J54A 3E01A 4AHVA 4FJIA 2GV9A 2BDPA 4KI6A 3S3MA 2W42A 4CJKA 1BISA 1LWCA 3NH0A 3EZ5A 4C8MA 3NHGA 1ZBHA 4KB0A 1VSJA 1SKRA 4CEQA 4JS5A 2E4LA 5HRPA 3IG1A 4B9NA 4AHCA 1FKPA 2F8TA 1NJZA 1TAQA 3AVFA 1NKEA 1TKZA 2B4JA 1QHTA 3OYLA 4CF1A 1JLFA 3MXIA 4CGDA 4FK4A 4NCBA 3TR8A 2FBVA 1Q8IA 4FCYA 3L2WA 4CJEA 2HB5A 1FK9A 1ITGA 4F2SA 4FJHA 3L3UA 3DRPA 4BE2A 4I9QA 5J2MA 1NK6A 1KRPA 4LD0A 5C24A 4DLGA 3CYMA 4G1QA 3TARA 3ZSOA 4KHYA 4NCAA 1ASUA 3DI6A 4OGEA 1XWLA 3K58A 1WSEA 2YNIA 4LH4A 3NF7A 4LSLA 4N5SA 5J2QA 5JS1A 3QEXA 5KGXA 3I0RA 1RTHA 3TAGA 1NK5A 4FJGA 5I3UA 1W9HA 1LW2A 4PUOA 1RNHA 3SJJA 4C8KA 2KTQA 1TL3A 3SQ1A 3VQAA 4CE9A 4CHOA 1X9MA 4EZ9A 2BE2A 3AO2A 1D5AA 4E0DA 4CF2A 1B92A 2XO7A 5CZ2A 1VSHA 5DMRA 2HHVA 3CFOA 4Z0UA 3OYAA 1TKTA 3U6FA 1RBSA 4KRFA 3AVGA 1KVCA 5KRSA 3RTVA 3O3HA 4DS4A 1TKXA 2HNZA 2HHUA 3IS9A 3KIOA 3SUQA 4B08A 2OPPA 4DTOA 1SL0A 4N41A 4FM0A 3NFAA 5J2PA 2HHQA 2HHSA 4FJKA 3ZSYA 3PV8A 4CCHA 4FJMA 1YVUA 2D0CA 5J1EA 1GOAA 1RTDA 1YT3A 1KLMA 4Z4IA 3QO9A 3KD1E 3K59A 4CJSA 3L8BA 4MQ3A 4QOZB 1CLQA 1C0TA 2HNYA 2OZSA 1LWEA 2ZD1A 4W5NA 1VRTA 3AVNA 3C6TA 4CEDA 2OZMA 3AVMA 3DYAA 4RW9A 4FJ8A 3PUFA 3TANA 4CHYA 1HNIA 4CEZA 3TAQA 2X6NA 3NBPA 4I2QA 5HROA 1I3AA 3A2FA 3B6OA 1T03A 4DSLA 2VG7A 3ZSZA 3AVBA 2X74A 5KI6A 3ZSVA 2PZSA 1RT3A 3OYHA 1TL1A 3M8RA 4FLZA 1L3VA 4PWDA 4Z4CA 4JRQA 4DFPA 1WSGA 1HNVA 3OJUA 3WNFA 2QK9A 3VQ8A 1N5YA 3OYDA 4DWIA 3LWMA 4E3SA 2KW4A 3PX4A 4KKOA 4E7IA 3KTQA 3PO5A 2ATQA 3VQBA 3RRHA 4KPYA 5CZ1A 5C42A 3HM9A 2EHGA 2HVIA 3JSMA 4YNQA 4WE1A 3HT3A 1KFDA 4CF8A 1VK0A 1SKSA 3I0SA 3TAMA 3QNNA 4DSKA 4PY5A 2OPQA 5FDLA 1JL2A 3OS2A 2KFZA 1IKVA 3CM6A 1RBRA 1BQMA 4I9LA 1BCMA 4GW6A 3QNOA 4B8CA 1RTJA 2P51A 2Z1JA 4BDZA 5HP1A 3S9HA 2GUIA 1R0AA 2HNDA 1RDDA 4CJ5A 1XHXA 1NKBA 1Q9XA 2R7YA 3CFPA 4LH5A 2E6MA 2RN2A 3SQ4A 3WNEA 1UWBA 5KTQA 3V9WA 3KLFA 1RBTA 1TK8A 1JXBA 2IC3A 4LY7A 3ZSXA 3QEPA 1FKOA 1WNSA 1KTQA 3ASMA 1VSFA 1ASVA 4B9MA 3AA5X 3TAFA 2VWKA 2RF2A 3ZSQA 3ZSWA 4J2BA 2NUBA 2D0BA 4OJRA 4CJ4A 1QSYA 4N47A 1JLAA 2FBYA 3AV9A 1S1TA 2G8WA 2FC0A 4CGHA 4KAZA 3AVIA 3VQPA 4O55A 1VSMA 4ICLA 4CF0A 1IG9A 3G0ZA 1XHZA 1KCFA 3ZT0A 4IG3A 4E7JA 3SQ0A 3HVTA 3KKSA 4KHQA 3L2VA 4IFYA 1HMVA 3VQ4A 4DU1A 3TAPA 3VQCA 3SCXA 5DK5A 2OPRA 1SL1A 4DFKA 1YTAA 1G15A 2BGGA 3DM2A 1BCOA 2O4GA 3DOLA 3C95A 4BE1A 3V6DA 3RR8A 4ELTA 4DQPA 3ZT2A 1ASWA 3KLGA 2JGUA 4FLYA 2WONA 3CM5A 4KREA 1RT5A 1WSFA 1EP4A 3QESA 1JXEA 2JLEA 4DQSA 4FLWA 3DLHA 2FBTA 4CK2A 2O4IA 3LZIA 3AVAA 3RWUA 1RCHA 2PYLA 3AA2A 1EX4A 4CJWA 3OYNA 2Y1IA 3LANA 1F21A 2X6SA 3SV3A 3VQEA 1J5OA 3CFRA 3PO4A 4F3OA 4HCBA 4L8RB 2QKBA 3U3GA 4OLBA 4CJPA 2VG5A 4KHUA 4AHRA 4CK3A 1U4BA 2ZE2A 4O44A 3KLHA 4HTUA 4QAGA 2Z1GA 3L2UA 1WSJA 5D3GA 4E1NA 3SYZA 4LSNA 3HXMA 4C8OA 4FM1A 3HPGA 2WOMA 1L3SA 1GOBA 4E7HA 1NOYA 3LPUA 5JS2A 3NF8A 2G8UA 4FJLA 3AA4A 2YNHA 5J2NA 4IKFA 1VSLA 1U47A 4ZHRA 1T05A 2LSNA 3ZT1A 3K5NA 3KLIA 1SV5A 4K8ZA 1C0MA 4CJ3A 3K57A 1QQCA 1HQUA 4NYNA 3SUOA 1Y97A 4FXDA 4OLAA 1WSIA 2DY4A 4M3RA 2YHAA 4CECA 3I8DA 3LP3A 2XY7A 4YFUA 2KZMA 3LPTA 1L5UA 1KSPA 2XHBA 4M41A 3VA0A 1EXQA 1RILA 3P5JA 3V9UA 4CESA 4B3OA 3AVCA 4KHNA 3NGYA 3TABA 3LZJA 3MEGA 1QE1A 3AO5A 5EU7A 2OA8A 3M8SA 4XIUA 3KK1A 1U48A 4FK0A 3LAKA 3O4NA 3OS1A 4DMNA 1CZBA 3QINA 3ZSRA 2XY5A 2YNFA 4Q5VA 3P1GA 3P83D 3OYMA 5KRTA 1U04A 1S1UA 1REVA 1S6QA 4AH9A 4W5TA 3VN5A 4CJRA 3DRRA 4BACA 3LALA 4I7FA 3L2RA 3SV4A 4KHWA 1HQEA 1TVRA 1YTUA 1DTTA 4DTSA 2DFEA 4RW8A 3KK3A 3HVRA 5SWMA 1J9AA 2IGIA 4ZTJA 3V9XA 5HLFA 4M3XA 1NOZA 1VSKA 3V4IA 3L3VA 4CFDA 3SZ2A 4EZ6A 1NKCA 3LDSA 4FJNA 2ITGA 2P5OA 1TK0A 2B5JA 4DTUA 3ZCMA 4DSEA 4PQUA 4AHUA 2IS3A 1IKWA 1L3TA 3LP2A 1A5VA 1IH7A 1IKYA 1RDCA 1S9GA 4FZZA 3VQ5A 3NF6A 1IO2A 1RDAA 4DQQA 4DLEA 4RW4A 3VQ7A 3NCIA 2IAJA 4GVMA 4MFBA 3MAQA 2YNGA 4DG1A 4F3TA 3S3NA 4Z4GA 4KTWA 3OYJA 1QSLA 5HRSA 3SPZA 4B9TA 3V9ZA 1JLCA 3ZT3A 3TI0A 4F4KA 4M3TA 4F8RA 2OYQA 3NGIA 2BANA 1B9FA 2XY8A 3DLGA 1BQNA 4NCGA 4E89A 4HUGA 5CYMA 1NK9A 1SUQA 2YHBA 4E7LA 2EX3A 2YV0X 3EYZA 4OKJA 4H8KA 3K5OA 1J53A 2OPSA 4JS4A 4OVLA 4ELVA 4J2DA 4CFAA 4CJTA 4O0IA 3RMAA 3NF9A 1A5XA 4CHQA 4O4GA 5E41A 4CGJA 1UA0A 3QERA 1NK7A 4H4MA 4CEBA 1C1AA 3O4QA 1C6VA 4DFJA 1S1XA 1RT4A 4O5BA 4FZYA 3T3FA 5C25A 1Q9YA 3AVJA 3IAYA 1BHLA 3OVNA 3AVHA 3VQDA 3O3FA 4J2EA 4QCLA 3CG7A 1KVBA 3HO1A 3MEDA 3H08A 4CEEA 1WAJA 3ULDA 4FLXA 1JLBA 3DLBA 1X1PA 1NJWA 3NE6A 1WLJA 3DLRA 2A1RA 3F9KA 4E7KA 4JRPA 2VG6A 4DS5A 3LWLA 2XRIA 4CGGA 1TKDA 2PY5A 3V9SA 1NJXA 1Z25A 3LAMA 3OYBA 3HP9A 1LAWA 4CHPA 3AVKA 1QS4A 3T19A 1QTMA 1LWFA 3ISNC 4M45A 1HYSA 1NK0A 4CIEA 5FRNA 2HHWA 4FK2A 3RMBA 4ID5A 4KO0A 3DLKA 4CEOA 3T1AA 4W5RA 3OJSA 4BDYA 4DQIA 3SUNA 4B9VA 4FJ7A 1L3UA 3EY1A 4F2RA 1RBVA 2RKIA 4CEAA 4DF4A 3TAEA 4FJXA 1CXUA 2HMIA 3RR7A 1CZ9A 1VSDA 4FZXC 4Z4HA 4BWMA 4I2PA 4RW6A 4DSFA 1BL3A 4DTRA 1EKEA 1RDBA 2F96A 3QEIA 1KVAA 5CYQA 1A5WA 1X9SA 1BIZA 5SZTA 3OS0A 3LP0A 4KB1A 4M3YA 2DTUA 3HP6A 4FW2A 2E6LA 4FJ5A 4DSIA 1ZYQA 4FW1A 2D5RA 5I42A 2KQ2A 2FBXA 3HL8A 3QEVA 1RT7A 3LP1A 1NK4A 1LW0A 1SKWA 3OYCA 2F8SA 1JLEA 2G8FA 2PYJA 1JKHA 3AO1A 4B8AB 3PX6A 1K6YA 1WN7A 1JLQA 2KFNA 1X9WA 2G8KA 5K14A 3MXMA 3QETA 4UQGA 4OKKA 3KK2A 4DQRA 1QSSA 4HUFA 2Y1JA 3OYIA 3C94A 4B9SA 2D0AA 3F73A 4B9UA 4CF9A 4HHTA 1D8YA 1U49A 2Z1HA 3AA3A 3SQ2A 3RRGA 1TAUA 2IOCA 4FJ9A 2Q3SA 4CJVA 4B9LA 4BE0A 3VQ9A 1TV6A 3AO3A 3RMDA 1D9DA 3G10A 3HYFA 4J2AA 1NJYA 4BWJA 1HRHA 1S6PA 4OPJA 3OY9A 2DFFA 5CY4A 1BI4B 1HPZA 4CK1A 4AILC 3MXJA 4DSJA 1S1WA 3D45A 4C8LA 1LV5A 1IKXA 3DMJA 3K2PA 4CHNA 3NAEA 4FYDA 1I39A 2KZZA 3NH2A 4Z4EA 3QIPA 3NDKA 3HK2A 1CXQA 2XY6A 3TWHA 2IDOA 4M42A 4OKEA 4M3WA 3K5MA 1MU2A 2B6AA 4DU3A 2AJQA 2ETJA 1HYZA 1RTIA 1HYVA 3M8QA 4PA1A 3KJVA 1N6QA 3C6UA 4AHTA 1VSIA 2YKNA 4Y1DA 2QXFA 4FVMA 4CFBA 2VWJA 3NGZA 4KFBA 1UA1A 1VSEA 5T7BA 4OGCA 5FRMA 1JL1A 3K5LA 4AHSA 1BI4A 4W5OA 4CJLA 3SPYA 2P5GA 1RBUA 1JLGA 3WNGA 3V1OA 4CJQA 3V1QA 3VQQA 3OYKA 3HPOA 1XC9A 4HCCA 3HSTB 2Z1IA 1D9FA 4KI4A 3SI6A 3DRSA 4CGIA 4DFMA 4CHZA 2HHTA 3B6PA 1UAXA 5KGWA 5HBMA 4M3UA 2G8IA 3BGRA 1BGXT 2HHXA 5FROA 1LAVA 1ZBIA 1KFSA 1ZBFA 4IFVA 2QKKA 3KD5E 4HVJA 3HJFA 4CIFA 4DTMA 4E1MA 1S5JA 3QLHA 3WNHA 3VA3A 3OYFA 4OPKA 1GOCA 3PY8A 4C8NA 3D0PA 2HW3A 1W0HA 4KHSA 1NK8A 1RT1A 1HJRA 4CGFA 3DOKA 3MECA 4FM2A 3SUPA 3JYTA 3OYEA 4IBNA 4R5PA 1T8EA 3QEWA 3ALYA 4ID1A 3O3GA 4M3ZA 3IRXA 1EETA 3FFIA 1RT2A 3THVA 1TK5A 2YKMA 2DFHA 4TSXA 1XI1A 3SNNA 3QIOA 3BDPA 4FLTA 5HRNA 3S3OA 3KKRA 4IG0A 2RPIA 1BIUA 4Z4FA 2G8VA 3V1RA 1DLOA 4DU4A 1SL2A 4Q0BA 1WSHA 3MEEA 1T7PA 4BDPA 2A1SA 3HPHA 4N76A 4CERA 4CFCA 4DTJA 3KLEA 4H4OA 3NH1A 4CEFA 1U45A 3M8PA 3DLEA 4DF8A 1TGOA 2ZQBA 3AO4A 4CIGA 4KV8A 4ZTFA 2HVHA 1C1BA 4JLHA 1VRUA 4KTZA 3VQ6A 4RW7A 4EP5A 4N56A 4DTXA 4EP4A 3RMCA 2X78A 2GBZA 3V81A 3L2QA 4FJJA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1ZBLA 4ELUA 2P1JA 4E19A 2CGLA 4F3OA 1K8KA 4W5QA 1OVYA 4IDKA 4C23A 2WTUA 2KHOA 4FLVA 1B9DA 4DTNA 3ITHA 1ZBUA 4L3QA 3GOIA 1XQSC 2Q0UA 1C1CA 5F1XA 4DTPA 3OYGA 2O8FA 3K0SA 1Q7YO 4B3MK 4H5RA 4CJKA 1EWQA 2HSTA 4C8MA 1ZBHA 1VSJA 4CEQA 2E4LA 1E4FT 3QDKA 1NJZA 1TAQA 1TKZA 4CF1A 3L0QA 4FCYA 3L2WA 1YF5L 4FJHA 5B8HA 1NK6A 4LD0A 2E1ZA 3C7NB 2NZTA 4NCAA 4OGEA 1XWLA 1WSEA 4LH4A 3KK7A 4H5VA 3TAGA 1IV0A 5I3UA 2O8BA 1LW2A 4PUOA 1OH5A 4LF5K 1XMQK 3SJJA 4K0KK 1TL3A 2D0PA 2P9LA 3VQAA 4EZ9A 3AO2A 4H0XB 1B92A 2P9KA 4NLBA 3U6FA 1TKTA 1RBSA 1KVCA 5KRSA 1TKXA 3IS9A 4B08A 1SL0A 3J8AA 1N34K 4N41A 3NFAA 4AF1A 4CCHA 2D0CA 1YT3A 3L8BA 4MQ3A 1CLQA 1T6DA 3DXMB 3CJBA 1HKGA 4RW9A 4FJ8A 3TANA 4CHYA 1NGJA 2X6NA 4IXCA 1T03A 1I3AA 2VG7A 2FF3B 3AVBA 3SK3A 2X74A 1TL1A 4Z4CA 4JRQA 2P9PB 3WNFA 2VQEK 4E3SA 3CMAN 2QWRA 2UUBK 3PX4A 4E7IA 3KTQA 5BPMA 5C42A 4O5FA 3VEVA 2HVIA 3HOTA 4WE1A 1VK0A 4YOXA 3QNNA 4PY5A 2FF6A 4CJ7A 2YCHA 2F7TA 1IKVA 1KAXA 1BCMA 4GW6A 3CCJN 1RTJA 2P51A 4YOVA 5HP1A 2HNDA 3LL3A 2RN2A 1HLUA 1UWBA 5A2QO 1RBTA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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