2G8IA

B. halodurans rnase h catalytic domain d192n mutant in complex with mn2+ and rna/dna hybrid (non-p nick at the active site)
Total Genus 39
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
39
sequence length
134
structure length
134
Chain Sequence
EIIWESLSVDVGSQGNPGIVEYKGVDTKTGEVLFEREPIPIGTNNMGEFLAIVHGLRYLKERNSRKPIYSDSQTAIKWVKDKKAKSTLVRNEETALIWKLVDEAEEWLNTHTYETPILKWQTDKWGEIKANYGR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Stepwise analyses of metal ions in RNase H catalysis from substrate destabilization to product release.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase/rna/dna
source organism Bacillus halodurans
molecule keywords 5'-R(*UP*CP*GP*AP*CP*A)-3'
total genus 39
structure length 134
sequence length 134
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2006-03-02
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2g8iA00
3OYGA 1TV6A 2GBZA 3HL8A 1B9FA 3AVJA 4Z0UA 4DF4A 2JLEA 3AVFA 3RR8A 4E7LA 1D9FA 3RR7A 4J2AA 3WNGA 3OYBA 3HYFA 4FJ8A 3PV8A 4Z4IA 1VSEA 3DLHA 3G0ZA 2VWKA 1RTJA 4IKFA 1D9DA 3CFOA 3L2QA 3VQ6A 2HHTA 3C94A 4O5BA 2HHUA 1FXXA 3AA4A 5HLFA 3T1AA 4RW8A 3H08A 1TKXA 5SZTA 2XHBA 3MECA 4AHUA 3QEVA 4FW2A 3SUNA 1S9GA 1BQNA 4N56A 3QEWA 3SNNA 3M8QA 3L2WA 4KHSA 3ISNC 4GW6A 4KHNA 3RRGA 1LV5A 4DFJA 1ZBUA 2B6AA 3ZT0A 4N76A 4LY7A 3AVBA 4M3TA 5HBMA 1ITGA 1ZYQA 2YNGA 3DLKA 1DLOA 3DM2A 1A5XA 3LWMA 3NCIA 5EU7A 4H8KA 3NH2A 1KVAA 5D3GA 3JYTA 3BDPA 3VA3A 4FJXA 3ALYA 3DOLA 4OGCA 2Z1JA 3NAEA 2G8WA 4E7JA 4E7IA 4CFCA 1JLBA 1RCHA 3U6FA 2G8UA 3KD1E 1HQUA 1HYVA 1RT1A 2F8SA 4BDZA 4N5SA 4B9VA 2RN2A 1SL0A 2F8TA 3NFAA 5SWMA 1UWBA 3HVRA 1RBUA 4M45A 3NE6A 2ZQBA 3ASMA 1C1AA 4E7KA 1X9MA 1NKCA 1L3VA 3KLFA 2RPIA 4FJHA 4FJNA 2DY4A 3L2UA 1WSHA 1I39A 1TL1A 2P5OA 3HO1A 3HPGA 3TABA 4FZXC 4EP5A 4EP4A 3TANA 1KTQA 4CJ5A 3K57A 3HJFA 4FLUA 4CGFA 3PO5A 2HHVA 4E0DA 2I5JA 1SUQA 1UA1A 3DLBA 1VSLA 4CECA 3OYCA 2KZZA 1VSIA 4FJLA 3OY9A 4ZTFA 3PX0A 4I2PA 2Q3SA 1ASVA 1HYSA 4C8LA 3C95A 4B9LA 4C8MA 1NOZA 1RT7A 4RG8A 4CJRA 1TAQA 1BCOA 3F9KA 1S1UA 1XWLA 2YHBA 3LZIA 2IS3A 4BE0A 3SJJA 1T03A 4PA1A 5DMRA 4BWMA 1ZBHA 2NUBA 4NCGA 4CJFA 4YFUA 3NDKA 4E7HA 4CJSA 2ETJA 1QTMA 3PX6A 4DFKA 4B9UA 5KRSA 1IKVA 1RDBA 4CEAA 3TAEA 4W5OA 3SQ2A 4GVMA 3V9ZA 1NK6A 1VRTA 1NKBA 2DTUA 3AA5X 1RTIA 3AO4A 3ZT4A 4DLEA 1C0UA 1VSJA 2KW4A 3C6TA 3LP1A 1RDDA 3VQ9A 4B08A 3TARA 4OJRA 1ASWA 4CE9A 2E6LA 3UIQA 4IDKA 5CY4A 3F73A 4F3OA 3T19A 4L8RB 3S3MA 2HHQA 3OYAA 1YTAA 4DQIA 1BI4A 1L3UA 3MEGA 3RWUA 3ZSVA 4NCAA 5J2PA 2Y1JA 3ZSXA 4CJTA 1CZ9A 3L3UA 1NJZA 2X78A 4BWJA 2OPPA 3OYIA 2HW3A 3LWLA 3P5JA 2VG6A 4E89A 4KTWA 1BI4B 5CZ1A 3SPYA 2W42A 4KV8A 1KCFA 1DTTA 2OPSA 4KTZA 4CJEA 2G8IA 2QKKA 3KK3A 4DU3A 2XY5A 2QKBA 3V1QA 4J2DA 1TGOA 4I7FA 4CIEA 4DU4A 3LP2A 4Z4HA 3QLHA 2BANA 3TI0A 3QETA 2OZSA 3AVIA 2QXFA 5J1EA 4YNQA 3SQ0A 1XI1A 1KVCA 1J9AA 1EP4A 3K5LA 1U45A 4FYDA 3DRRA 4OKEA 5HRPA 1D8YA 2XO7A 3CM6A 2PY5A 4HUEA 3PY8A 4RW4A 3KLEA 1VSFA 4KI6A 1R0AA 3VQDA 4OVLA 1RNHA 3DRSA 3SUQA 3HSTB 3MEEA 3TWHA 1CZBA 4AILC 4FM1A 1WSFA 2HMIA 2HHSA 4FJ5A 2RF2A 1X1PA 1F21A 3S3NA 2EHGA 4N47A 1HRHA 4FK0A 4KREA 3S9HA 4JRPA 3MEDA 3K2PA 4FZYA 4O0IA 1S6PA 1NK8A 2OYQA 4OLAA 4E1MA 4O0JA 1JXBA 3E01A 4QCLA 2YV0X 2XY6A 1IH7A 4W5NA 4CJKA 2YNHA 1I3AA 1FKPA 3RMCA 1U48A 1NK7A 4IFYA 4HCCA 3TAPA 4FZZA 2P1JA 4RW6A 1K6YA 1RT3A 1WAFA 4FM0A 4DFMA 3AA2A 4Z4CA 2ZD1A 3SCXA 1QSYA 2YNIA 5JS1A 1JLQA 4CJPA 1RT2A 3K5NA 5CYQA 4M3XA 4FJIA 4FJ7A 3D0PA 3AVCA 1S5JA 2D0BA 4FW1A 2HNDA 4CF1A 4CGIA 3AVMA 2HHXA 4H4OA 1YT3A 3CFPA 1JKHA 1D5AA 1A5VA 4DU1A 1JL2A 4FJJA 4DWIA 1VSHA 2VWJA 3S3OA 1KRPA 3U3YA 2FC0A 1Q9YA 2FBXA 4MQ3A 1W9HA 3M8SA 4B8CA 3WNFA 3SI6A 1X9WA 4JS5A 4KB1A 3O4NA 3VQBA 1ZBFA 2B4JA 4FLXA 1TL3A 4Q5VA 4R5PA 3AV9A 1EKEA 4LH4A 1T7PA 1KLMA 2WONA 4RW9A 3VA0A 5FDLA 2O4GA 1LWFA 1EETA 3KIOA 1RT6A 3KK2A 3OYNA 4DSEA 4HCBA 1NK0A 5KRTA 1BCMA 3LANA 3ULDA 3RRHA 3AO2A 1BQMA 4Y1CA 3CQ8A 4JS4A 1FK9A 4Z4GA 1JLCA 2OZMA 4DS4A 1EX4A 4PQUA 1WN7A 4DSLA 3QO9A 4QAGA 3NH0A 3PX4A 1VSKA 2HB5A 2Z1IA 2G8FA 4B9TA 4C8OA 1BGXT 1KLNA 3FFIA 3KK1A 4O55A 3HXMA 3MAQA 3AVKA 4M3YA 1WNSA 2KZMA 1RTDA 4BACA 4KHUA 4DTNA 3O3GA 3K5OA 4CGGA 4E1NA 1A5WA 3AO3A 3KTQA 4H4MA 1RBVA 3I8DA 4BE2A 3SPZA 4FJGA 3OYLA 4HVJA 4HTUA 4E19A 5J2QA 1C6VA 3OS1A 2BE2A 1C1CA 2ATQA 4IG3A 3KLHA 3ZSWA 1NJWA 1N5YA 1XHZA 4DQSA 2QK9A 4ICLA 3U3GA 4KFBA 1BIZA 2WOMA 4DLGA 3LALA 4CHNA 4ELUA 3SQ4A 4W5TA 3L2RA 1CXQA 3ZSRA 4XIUA 4ID1A 1TK5A 2KTQA 4FM2A 1S1VA 3RMAA 3SUOA 3V1OA 1SV5A 2EX3A 2OPRA 2PZSA 4KTQA 4Z4EA 1SL1A 1C0MA 5C24A 3AVGA 3SV4A 3V4IA 1GOBA 2DFEA 3HVTA 5KGXA 3KLIA 5C42A 3K59A 4DQRA 3DMJA 3IS9A 1QQCA 3NGYA 4CK2A 1RBRA 4CJVA 3AVLA 2HNYA 4FK2A 2B5JA 1QHTA 3NGZA 4CHOA 4C8NA 3OYFA 3QNOA 1EXQA 5HRSA 1QS4A 5J2MA 4W5QA 1NK5A 1N6QA 3AVNA 4DSKA 1S1TA 4KKOA 4B8AB 1JLEA 4RW7A 2IGIA 5K14A 3LZJA 1U49A 2PYLA 4CF2A 4KPYA 4AHCA 2P5GA 3DYAA 5C25A 3TAFA 2OPQA 1DTQA 2X74A 4LSNA 3WNEA 4G1QA 5KTQA 3OYEA 3EZ5A 3NF7A 4FLZA 4E3SA 1YVUA 2DFFA 4CFDA 2AJQA 3ZT1A 1WSGA 1G15A 1NJXA 1L3SA 4ELVA 4HUGA 4ZTJA 2OA8A 1RTHA 3K5MA 2X6SA 2GUIA 2VG5A 1BIUA 1TAUA 4M3WA 4LH5A 3VQ7A 1O1WA 4F2RA 4I2QA 1LW2A 4CJWA 4F4KA 4KHQA 3OYHA 4Q0BA 3VQEA 1WSEA 3L2VA 2KFNA 1XHXA 1TK0A 4K8XA 1YTUA 3NH1A 1QSSA 5DK5A 4CK3A 4F8RA 4JRQA 4BDYA 4DTOA 4FJKA 3ZCMA 1TKZA 3CG7A 1J5OA 4CEEA 4CFAA 1B9DA 2G8VA 4CF0A 5HRNA 3M8PA 4CHPA 4QOZB 2F96A 1HMVA 3HK2A 3V9XA 1HJRA 3DI6A 4FLWA 1RDAA 3AO1A 3HP9A 4CJ4A 3I0RA 3B6PA 4IBNA 5CYMA 3ZT2A 4B9NA 2XY8A 3IG1A 2E4LA 3NBPA 1LWCA 2JGUA 5J2NA 2HVHA 4NYNA 2YKNA 3KJVA 2IOCA 4LD0A 3ZSZA 2D0CA 4FJMA 4N41A 3TAMA 1CXUA 3OYKA 3RMDA 1RBTA 3QEXA 3K58A 4IG0A 3QIOA 4DQPA 1REVA 2BDPA 4KHWA 3V1RA 3OS0A 1J53A 4F3TA 4C8KA 2KQ2A 3DLEA 4CCHA 3IRXA 3LPTA 4CIFA 3RTVA 4J2BA 2P51A 2GV9A 3AA3A 2E6MA 3DLGA 2ZE2A 1QE1A 4PUOA 4I9QA 1J54A 1IKWA 3L3VA 2FBVA 4CGHA 3M8RA 3EY1A 1MU2A 2G8HA 2HVIA 1LAWA 4KO0A 1RILA 5T7BA 3G10A 4DTMA 3ZSYA 3CYMA 4ELTA 4CF8A 1Y97A 3D45A 3VQ8A 3SZ2A 2Y1IA 4CHQA 1L3TA 1FKOA 4DTSA 4AHTA 1SL2A 1SKRA 4AHRA 3OJSA 3VQ4A 4OLBA 3O4QA 1GOAA 4TSXA 4NYFA 3B6OA 2XRIA 3LP0A 4BE1A 1NJYA 4O44A 3V9WA 3NF6A 4FLTA 3VQPA 1LWEA 2FBYA 1TKDA 4B9SA 5HRRA 5KI6A 4CEQA 4KRFA 1U4BA 4CHYA 2KFZA 3OYDA 1T05A 3SYZA 1L5UA 4DS5A 4HHTA 1ZBLA 4FLVA 2D5RA 1TK8A 3O3FA 3QNNA 3IAYA 3HT3A 3PO4A 4OPJA 3LAKA 3OS2A 2IAJA 4M3ZA 2DFHA 2Z1HA 4OKKA 3NHGA 4PY5A 4M3RA 2VG7A 4KB0A 4B9MA 4M42A 4EZ9A 1Q8IA 1Z26A 4O4GA 1KFSA 4FCYA 3EYZA 1WAJA 2YNFA 4CESA 2YKMA 3AVAA 3TAGA 4AH9A 4KHYA 1S9EA 1JL1A 3NF8A 4CEDA 4OPKA 2XY7A 3QEPA 3I0SA 4CJ3A 4MFBA 4CFBA 2LSNA 5KGWA 4DTUA 5FRNA 2D0AA 4IFVA 3HPOA 3LP3A 1Z25A 2HHWA 2YHAA 4CF9A 1KFDA 1JLGA 1U04A 3P1GA 5I42A 4K8ZA 1ASUA 1LAVA 2A1RA 3C6UA 4DSIA 4FXDA 1TVRA 3QERA 1IKYA 3WNHA 3TR8A 1LW0A 4ID5A 3QESA 4CEBA 1X9SA 1BL3A 4HUFA 3LAMA 3MXJA 1UAXA 1IO2A 1NK4A 4EZ6A 3P83D 4DFPA 1JXEA 3QINA 3DOKA 3L8BA 1W0HA 2IC3A 3PUFA 4CGDA 2R7YA 3ZSQA 2ITGA 4KAZA 3OYMA 1HQEA 2X6NA 3NF9A 4I9LA 1KVBA 2FBTA 5CZ2A 3VQAA 3VN5A 3KLGA 4DTJA 5HP1A 1Q9XA 3V6DA 1TKTA 4W5RA 4WE1A 2O4IA 1VSMA 5I3UA 4Z4FA 3HP6A 4CK1A 4NCBA 4FK4A 1UA0A 3QIPA 3QEIA 3ZT3A 1B92A 4PWDA 4CIGA 3VQCA 3AO5A 1NK9A 3OYJA 1HNVA 1S1WA 4CEFA 1HPZA 4FJ9A 4JLHA 3CM5A 3LDSA 4CJLA 3ITHA 4DTRA 2HNZA 3V9UA 1S1XA 4DSFA 3HPHA 4AHSA 1RDCA 4DG1A 3T3FA 4BDPA 1UOCA 5FRMA 2RKIA 1SKWA 3OVNA 1VRUA 4OKJA 1SKSA 5HROA 1JLAA 3KKSA 1IG9A 1HNIA 3OJUA 3RMBA 3A2FA 1XC9A 1BISA 4B3OA 1NOYA 2Z1GA 1S6QA 4M3UA 3VQQA 3BGRA 2BGGA 3V81A 1WLJA 3O3HA 4M41A 4DF8A 1RBSA 4KI4A 1C1BA 3HM9A 3CFRA 1KSPA 3SQ1A 1CLQA 4CHZA 3SUPA 3VQ5A 1JLFA 4CGJA 3JSMA 1VSDA 3KKRA 4CJQA 3DRPA 1RT5A 2A1SA 1T8EA 4F2SA 1C0TA 4DSJA 2G8KA 4CEOA 1U47A 1IKXA 2IDOA 3LPUA 3SV3A 4Y1DA 3KD5E 3MXMA 4OGEA 1QSLA 4UQGA 4FLYA 4CEZA 3TAQA 4FVMA 1GOCA 3ZSOA 4ZHRA 3DLRA 3MXIA 4DQQA 1BHLA 4LSLA 3NGIA 3AVHA 1NKEA 4DTXA 3THVA 4GMJB 3V9SA 1ZBIA 1HYZA 1RT4A 1VK0A 4AHVA 4DTPA 4DMNA 2PYJA 4CERA 4CJUA 5JS2A 4J2EA 5FROA 5E41A 1WSIA 1WSJA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3M3ZA 3OYGA 3HL8A 3CC4N 3AVJA 3RR8A 3PSFA 3RR7A 1JCFA 1EO1A 3OYBA 3CMAN 4Z4IA 3K0SA 1RTJA 4IKFA 1D9DA 1QVGM 2HHUA 4O5BA 4XEIA 3H08A 5SZTA 3QEVA 1S22A 4FW2A 4DV5K 4N56A 3QEWA 3L2WA 4CZKA 3RRGA 2W41A 2O8BB 3ZT0A 4N76A 1QQNA 3DLKA 5AZJB 5EU7A 3VGLA 3NH2A 1VQ6N 3JYTA 3BDPA 4FJXA 5KPTA 4DV7K 4PL7A 2Z1JA 2QWLA 2G8WA 4E7IA 3C65A 1JLBA 3U6FA 1VQ7N 1HYVA 2F8SA 3E1YA 1Q18A 1LOTB 4E1JA 5B8HA 4N5SA 2OTLN 4B9VA 2F8TA 3KWGA 3KHYA 1RBUA 5BN9A 4MO4A 4M45A 3ASMA 1NKCA 1L3VA 4FJHA 3KLFA 3UKRA 3L2UA 1I39A 1TL1A 3TABA 3K57A 3TTFA 3ZEUA 2KZZA 3EO3A 3OYCA 2E2PA 4ZTFA 4FWKA 4I2PA 1NOZA 1VQKN 1XWLA 2YHBA 3LZIA 4PA1A 4KH4A 1ZBHA 4CJFA 3PIOL 2ETJA 1QTMA 3PX6A 5KRSA 3SQ2A 1RDBA 3V9ZA 4CZGA 2DTUA 2HMPA 1RTIA 3AO4A 4DLEA 1VSJA 4WYBA 1N8RO 1VQLN 4OJRA 2NNWA 1HKBA 3OYAA 4DQIA 1L3UA 2F4VK 4B1YB 4NCAA 3ZSXA 5FLXO 4BWJA 3H6EA 3OYIA 3P5JA 2VG6A 4H03B 1NU0A 2OPSA 3M1FA 3KK3A 5AQJA 4J2DA 1TGOA 4I7FA 4DU4A 4DKWA 3LP2A 4HWIA 4YHHK 1W97L 4YNQA 3CCJN 1J9AA 1BO5O 1U45A 3SAHA 4LFCK 2ASOA 4JKGB 2UXCK 1NMDA 4RW4A 1WBBA 1VSFA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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