The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
25
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sequence length |
115
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structure length |
115
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Chain Sequence |
b'KRQVASGRAYIHASYNNTIVTITDPDGNPITWSSGGVIGYKGSRKGTPYAAQLAALDAAKKAMAYGMQSVDVIVRGTGAGREQAIRALQASGLQVKSIVDDTPVPHNGCRPKKKF'
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Inhibition of translation initiation complex formation by GE81112 unravels a 16S rRNA structural switch involved in P-site decoding.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
30S ribosomal protein S2
|
| molecule tags |
Translation
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| total genus |
25
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| structure length |
115
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| sequence length |
115
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2016-03-22 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Ribosomal protein S11 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2E5L K; 5IT9 O; 1HNX K; 4DV1 K; 4DV3 K; 1HR0 K; 5LL6 Z; 1J5E K; 4DR5 K; 1XNR K; 4DUY K; 4LF9 K; 4DR4 K; 5AJ3 K; 3J80 O; 1I94 K; 4JI4 K; 2UXD K; 4K0K K; 5FLX O; 4X64 K; 4B3T K; 4AQY K; 4DR2 K; 4JI2 K; 4DR3 K; 4KHP K; 1HNW K; 1XMQ K; 1HNZ K; 2VQE K; 4DV7 K; 2UUB K; 1N33 K; 3J7A P; 3JAM O; 4X65 K; 4DR1 K; 1XNQ K; 2UUA K; 1IBK K; 4LF7 K; 4DR7 K; 4YY3 K; 1N36 K; 4GKJ K; 4X66 K; 5BR8 K; 4NXM K; 4JI5 K; 4JI8 K; 4B3M K; 4X62 K; 5A2Q O; 5LMN K; 4DR6 K; 4CW7 B; 3T1Y K; 4LF4 K; 4NXN K; 2UUC K; 4JI6 K; 1IBL K; 2ZM6 K; 3T1H K; 4YHH K; 4JI0 K; 1N32 K; 4DV0 K; 4DV5 K; 2VQF K; 5LMU K; 3OTO K; 4B3R K; 4CVN E; 4DV2 K; 1IBM K; 4LFC K; 4V19 S; 5IWA K; 2F4V K; 2UU9 K; 1XMO K; 4DV4 K; 4JI1 K; 3J81 O; 3J7Y P; 4OX9 K; 4GKK K; 4JV5 K; 4LFA K; 4DV6 K; 1N34 K; 1FJG K; 2UXC K; 4LF8 K; 4JYA K; 4LFB K; 4LF6 K; 4DUZ K; 4JI3 K; 4LF5 K; 2UXB K; 4JI7 K; 4B3S K; 2HHH K; #chains in the Genus database with same CATH topology 1DEJ A; 4BR4 A; 3UKR B; 3CIP A; 3H3O B; 3RMB A; 5LL6 Z; 4DLE A; 3KLF A; 1H1V A; 4FJL A; 3NVK A; 1RDB A; 4BG9 A; 1X1P A; 3NF9 A; 3AVH A; 3M8S A; 3NH1 A; 1TUY A; 1KRP A; 2KQ2 A; 2P9P A; 4XH5 A; 4W5R A; 2FBY A; 5SWM A; 2F96 A; 1SL0 A; 3QIP A; 3ZSX A; 5E41 A; 3SK3 A; 3UB5 A; 4FVM A; 4LF7 K; 1KAY A; 2A6A A; 3C6U A; 2GV9 A; 4F9O A; 3MXJ A; 4O8K A; 3O3H A; 3ASM A; 1ZBI A; 3AVL A; 3HP6 A; 3W3D A; 5EY4 A; 1JL2 A; 4FJ7 A; 1S22 A; 5AQS A; 2O8C B; 3CER A; 3A0I X; 2VCP A; 4IEI A; 3OYA A; 1QSS A; 2O8F B; 1KSP A; 4JK9 A; 5EU7 A; 2OA8 A; 1JL1 A; 4C8K A; 1GLC G; 1RBT A; 4PA1 A; 2QXL A; 4G1Q A; 2Y1J A; 4M42 A; 4XEI A; 4KO0 A; 2A41 A; 3KKR A; 4IDH A; 2QXF A; 1WAF A; 1NGD A; 5AQM A; 3ZEU B; 1K6Y A; 1TGO A; 3VEZ A; 5AFU H; 1NK7 A; 2D0C A; 4N76 A; 2QWN A; 3HOS A; 4KPY A; 3KVG A; 3TSU A; 3TTD A; 3T3F A; 1UOC A; 1Q7Y O; 2O8C A; 5AFU A; 2O8F A; 2KLA A; 4B9S A; 3T69 A; 2OTJ N; 3DLR A; 3DRP A; 1OH7 A; 4CER A; 4CHZ A; 3FZM A; 4FWO A; 4BRH A; 3OY9 A; 4DUZ K; 1J9A A; 4BWM A; 1YF5 L; 3O80 A; 1QHT A; 3F9M A; 2HF4 A; 2HBK A; 5HRN A; 4BC3 A; 3ZEU A; 1Q82 O; 1KFS A; 1HNX K; 2P9I A; 3AAQ A; 3L2U A; 5K14 A; 3GDQ A; 3DWL A; 3A5O C; 4E7H A; 4K8Z A; 3K5O A; 4BRP A; 3S3O A; 1HRH A; 2P51 A; 4QS9 A; 4KHS A; 3LP0 A; 3QEP A; 1X9S A; 4DV7 K; 2OZM A; 1VSM A; 2HST A; 3JAM O; 4DR1 K; 3L8B A; 4QS8 A; 3MAQ A; 1IBK K; 4B9V A; 2D0B A; 1N36 K; 3VQ4 A; 4JRQ A; 1Q81 O; 5JS1 A; 2QWR A; 3QIN A; 1KVB A; 3FFK B; 1TYQ B; 3GL1 A; 1YXQ A; 4PY5 A; 4FPB A; 1RGI A; 4CEC A; 1QQO A; 4DSI A; 4RW4 A; 2Q31 A; 1QVG M; 3NGI A; 4ISG A; 2O4G A; 4RW6 A; 3SUN A; 4JK7 A; 3CCQ N; 5AQF A; 3VQA A; 4A57 A; 1F21 A; 4BVO A; 3AGR A; 4H0T B; 3AVB A; 4C1N I; 3CQ8 A; 2G8W A; 5HBM A; 3SAG A; 3HVR A; 4HCC A; 1E4G T; 4YOT A; 3PIP L; 4DSJ A; 4FWL A; 2OPS A; 1IH7 A; 1RTD A; 4NCB A; 3L3V A; 5DMR A; 1EQY A; 4CFD A; 3VQ8 A; 1OVQ A; 1W97 L; 1MWM A; 2EX3 A; 4KV8 A; 1SKS A; 2VG7 A; 3DLG A; 2NRX A; 3ZSQ A; 1D8Y A; 2PYJ A; 2HHQ A; 3RSE A; 4A2B A; 1ASV A; 4DQI A; 4OPK A; 3V9X A; 4FWP A; 3SMP A; 4CHY A; 5HRR A; 3VA0 A; 3K0S A; 4ZTJ A; 2UXC K; 3V1Q A; 3K2P A; 3H3N O; 4FLW A; 3CCR N; 3VQD A; 4H0X B; 2IAJ A; 4N5S A; 5GIO A; 1NLV A; 1C0U A; 1TKT A; 1GLL O; 4O44 A; 4FLX A; 1NOZ A; 3DAW A; 2Q36 A; 4MFB A; 1L3U A; 3KLI A; 3BP8 A; 2D0O A; 2FBX A; 5J1E A; 1BHL A; 2HB5 A; 1L3V A; 3OYG A; 4O55 A; 3KK3 A; 3CC7 N; 1NGE A; 3NFA A; 4BQL A; 4BGA A; 2HVH A; 4BRQ A; 4H5R A; 4LH5 A; 4B1Y B; 3NAE A; 3FGU A; 2KZM A; 4JI4 K; 3S41 A; 4IBN A; 2DTU A; 1RDA A; 3CXC M; 3CCJ N; 3WNF A; 4LY7 A; 2QEX N; 1B9F A; 3RRG A; 3QEV A; 4B1U B; 2QI2 A; 4WFN L; 1NK6 A; 5CY4 A; 3FE1 A; 3ZSW A; 4FK0 A; 4JI5 K; 4K41 A; 4DTS A; 3SCX A; 4FJM A; 3IKM A; 5A2Q O; 1J54 A; 4CJP A; 1RDU A; 3O9R A; 4EIA A; 3LDL A; 5BRF A; 2IDO A; 2YV0 X; 3ZT4 A; 4JS4 A; 5AQH A; 1VSK A; 3C94 A; 4MO5 A; 5DK5 A; 5T7B A; 1FK9 A; 1IBL K; 4CGH A; 4WQ4 C; 3CFO A; 2Z1G A; 3BY5 A; 1NGF A; 1GLD G; 3ATV A; 2RKI A; 5AQJ A; 4BRE A; 2A42 A; 2GBZ A; 4DV0 K; 1NKE A; 1KXP A; 2E1Z A; 5J2Q A; 1ZBL A; 4FWQ A; 2VQF K; 4BR7 A; 1RDW X; 2B4J A; 3TWH A; 1LOT B; 1ASU A; 1VHX A; 4CHP A; 5JMV A; 4OGC A; 4DTM A; 1YHQ N; 1M1K O; 4B9U A; 1QVF M; 4E7L A; 3ZYY X; 4BQZ A; 3K5M A; 3PUF A; 4JKA A; 1JLF A; 4RCH A; 1QS4 A; 4LC9 B; 4IFE A; 1J6Z A; 1EXQ A; 2BDP A; 1XC3 A; 1N34 K; 3TAE A; 4C8L A; 4F2S A; 3AVA A; 3HBT A; 3UKU A; 2BH1 A; 5JIC A; 4JI3 K; 2HNY A; 4MLH A; 2W6L A; 4HTL A; 3QET A; 4WYB A; 1OH8 A; 2ITG A; 2YJE A; 3V9S A; 4EP5 A; 1LW2 A; 1NJW A; 3ENH A; 4M3Y A; 5CHI A; 3O6W A; 3FLC O; 4CIE A; 2F8S A; 1MWK A; 3RRH A; 4FJJ A; 4DUY K; 2IVN A; 3NF6 A; 1RBV A; 4CGI A; 3KWI A; 3R1X A; 5JVH L; 2B6A A; 1T05 A; 5CYM A; 1B9D A; 1WOQ A; 3H45 C; 3QML A; 1TK8 A; 3LDP A; 3L2V A; 2O8B A; 5BPM A; 1S1X A; 4ILJ A; 1NBW A; 3O8M A; 1KAX A; 3VEY A; 3ZT3 A; 2G8H A; 4DQP A; 4OLB A; 3M3Z A; 4X66 K; 4DTP A; 1K8A O; 2DPN A; 1VRT A; 3AAR A; 3D2E A; 3F2K A; 1WBD A; 5LMN K; 4B1X B; 4C1N K; 4BC5 A; 3NMU A; 1YIJ N; 2YKN A; 4KRF A; 4YOW A; 1BIU A; 3WNH A; 1S9G A; 5BPL A; 3CCE N; 4KHQ A; 3NBP A; 1RDC A; 3TAP A; 1R59 O; 5AZI A; 2D0A A; 2O8D A; 1DKG D; 1A5V A; 2PAV A; 4GV6 A; 4EFH A; 1WN7 A; 4FW1 A; 1SKR A; 1DGK N; 1YVN A; 3OTO K; 3OYL A; 4FWK A; 4IKF A; 2E1Y A; 4FZZ A; 3PX4 A; 3K57 A; 4LFC K; 1E4F T; 3CJ9 A; 4KKO A; 1XC9 A; 3A2F A; 1JCG A; 1S72 N; 2KKZ A; 3CM6 A; 4FVU A; 4CEF A; 1KAZ A; 1VQO N; 4C23 A; 1JLB A; 1UA0 A; 1C0G A; 3DM2 A; 2YNF A; 3NE6 A; 2W40 A; 2PY5 A; 3A8Y A; 1C1C A; 2DFF A; 1VSI A; 4DV6 K; 5DM7 L; 4E1N A; 3WUH A; 1YJN N; 1DLO A; 2ZJP L; 5KPZ A; 2NRZ A; 3QER A; 1NGI A; 4H0P A; 2CH6 A; 3LWL A; 4JI7 K; 1VSJ A; 4CEE A; 1X3N A; 3U4L A; 4DTR A; 3I0S A; 5FDL A; 2OTL N; 3E1Y A; 3SBG A; 3KD5 E; 4CIF A; 1Q86 O; 3O9U A; 1LV5 A; 4DR4 K; 5AQX A; 3O3G A; 3SUQ A; 1NG9 A; 4BY9 C; 4JNE A; 1VQP N; 2FBV A; 4OLA A; 4PKG A; 4CEQ A; 4A62 A; 4ILG B; 3OYB A; 4E7K A; 1N6Q A; 5BRD A; 3MEE A; 4BR5 A; 1JKH A; 1KVC A; 4UY8 O; 4FWR A; 4M3W A; 4YFU A; 1SUQ A; 1BDG A; 3MXM A; 3VQ5 A; 1IV0 A; 1GOB A; 5FPM A; 4DR6 K; 5C12 A; 1HPZ A; 3EL2 A; 4JK8 A; 4WCE L; 4M3U A; 1VSE A; 1YI2 N; 3OS1 A; 4IOA L; 2EWS A; 3T1H K; 3LL3 A; 4I6M A; 5ADX H; 5BPN A; 3AO4 A; 3TAB A; 3OBY A; 3DOL A; 3L2R A; 2Z1I A; 3OYE A; 5GAD P; 3THW B; 3WEE A; 3AVF A; 2YHW A; 4DF4 A; 1ATR A; 5ADX A; 4B3R K; 4BRC A; 3U8X A; 2BTF A; 1ZYQ A; 5HL7 L; 1TUU A; 3S3M A; 1ZBH A; 3O1B A; 1REV A; 4OKJ A; 4AHR A; 3U3G A; 4CBW A; 5C42 A; 5IWA K; 1RT4 A; 4JN4 A; 1SKW A; 3DJC A; 3HM8 A; 3THY A; 4B1Z A; 2LSN A; 2ZJR L; 4ELV A; 4TSX A; 3J7Y P; 3CYM A; 1RTH A; 4GKK K; 3MX5 A; 1RT5 A; 1X9W A; 4DTX A; 1ZBF A; 1EKE A; 3UIQ A; 1U2V A; 4PKI A; 3QEI A; 1L3S A; 1LAW A; 4E3S A; 3EE8 A; 1TK5 A; 2YNG A; 1T7P A; 1QSY A; 4K8X A; 2G8K A; 4AHU A; 2PZS A; 3MDQ A; 2QKK A; 2P9P B; 2F8T A; 4BR0 A; 4LF9 K; 5AQI A; 1QQN A; 4PKH A; 4YOU A; 2HBL A; 1UWB A; 5CZ2 A; 2ZF5 O; 4O5F A; 4QAG A; 2GTD A; 1K8K A; 3EKS A; 3V6D A; 1BWF O; 2XHB A; 3ZT1 A; 1S6P A; 3L2W A; 2UUA K; 3HK2 A; 2OCE A; 3HST B; 4YY3 K; 4AHS A; 3OYH A; 4NXM K; 1VSF A; 4Z4H A; 1XWL A; 4QOZ B; 4JKG B; 1TK0 A; 1WBB A; 1HX1 A; 3L2Q A; 1ITG A; 4DU1 A; 3C65 A; 1IO2 A; 3O1W A; 3S3N A; 3VQP A; 4FJI A; 3C95 A; 1NJZ A; 3PO4 A; 4EHT A; 3PV8 A; 1ZBU A; 3KWG A; 4WQ4 A; 4YHH K; 3TAN A; 1KQS M; 3HVT A; 2XRI A; 3M1F A; 4CJT A; 5KPT A; 2XY5 A; 1HLU A; 2G8V A; 4BE2 A; 1IKX A; 3QNN A; 1HQU A; 4CVN E; 4E89 A; 3O5B A; 3ZT0 A; 3LZI A; 1IBM K; 4LH4 A; 4CGJ A; 4JKG A; 3G71 N; 4LSN A; 4B9T A; 3M8Q A; 3WNE A; 1T6D A; 3HO1 A; 2Z1J A; 4KTW A; 4OGE A; 1BGX T; 3M6G A; 5F1X A; 5JS2 A; 4WF9 L; 3CHW A; 4EP4 A; 4JV5 K; 4FL9 A; 4CD1 A; 3OYJ A; 1BA1 A; 3KTQ A; 4KHY A; 3PO5 A; 4RTF D; 4HUF A; 3PIO L; 2P9I B; 3LDO A; 3WXJ A; 4CBX A; 1VSL A; 1NGA A; 3HRG A; 4B08 A; 3VF2 A; 4CZF A; 1SV5 A; 3ID8 A; 1J5O A; 3CG7 A; 4E1J A; 3I8D A; 4F8R A; 3MCA B; 3HYF A; 1SL2 A; 1HQE A; 4DR5 K; 3DRR A; 3HZ6 A; 3TTC A; 3OS0 A; 3HT3 A; 5HLF A; 4DMN A; 5C25 A; 2UXD K; 5AQY A; 3CPE A; 1LWC A; 2F7T A; 4PHT X; 3VQ6 A; 4AQY K; 1NK0 A; 4DHY A; 3BF3 A; 2X74 A; 2YHB A; 4DR3 K; 2E2N A; 4B9Q A; 2XY8 A; 5KRS A; 4JD2 A; 3DLE A; 2RF2 A; 2R7Y A; 4DR7 K; 1YTA A; 3FZL A; 3Q7C A; 3O3F A; 1WSG A; 5AQN A; 5FPN A; 1VSD A; 4KH4 A; 1GLF O; 4AM6 A; 1LW0 A; 1EX4 A; 5KTQ A; 5AQR A; 3I56 N; 5MLC Q; 4BGB A; 2Q0U A; 1Z6R A; 3O4N A; 2OZS A; 3SYZ A; 1D5A A; 2NRT A; 4JEP A; 1VQL N; 1XHZ A; 3CJ7 A; 4OPJ A; 3SMS A; 4IWV A; 4AM7 A; 2HMI A; 5AQQ A; 5M1K A; 1NK4 A; 3VF4 A; 5TKY A; 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1JJ2 M; 4KB1 A; 3E9L A; 1Z26 A; 3WXL A; 1NGB A; 3SPZ A; 2A3Z A; 3VEN A; 1U47 A; 3R6M A; 3SAF A; 4DQS A; 4KFB A; 4KRE A; 5M1F A; 3TAR A; 1JLG A; 3IRX A; 1WUA A; 5AQL A; 4FLU A; 1S3X A; 4CI6 A; 4DV2 K; 4B8C A; 4CJ3 A; 4NCG A; 4MDB A; 3QB0 A; 3MN6 A; 1TV6 A; 2Q0R A; 3LAN A; 3AVJ A; 2WBN A; 3WNG A; 3MEC A; 3V81 A; 3C7N A; 3AA3 A; 3UKU B; 3SQ4 A; 3P39 A; 3VQC A; 3ISN C; 3VTI A; 5EX5 A; 4FJG A; 3KLG A; 4FJX A; 4Z4C A; 3O9T A; 1BCM A; 1HJO A; 4JKD A; 4B9N A; 2RPI A; 1NMN A; 1NGG A; 4CJV A; 3AA4 A; 2UXB K; 3SI6 A; 3LAM A; 3SUO A; 4AF1 A; 4RW9 A; 4CF0 A; 1VQ6 N; 2P9N A; 4F3O A; 3QEX A; 4FK4 A; 3ATU A; 1BI4 B; 4PWD A; 3GBT A; 5FRN A; 2FF3 B; 3VF6 A; 5I3U A; 4OVL A; 3THX A; 4DS5 A; 1S5J A; 1RT6 A; 2O8B B; 5KQD A; 1S1T A; 1WSJ A; 5KGW A; 4CZI A; 3MED A; 4WQ5 A; 2FSK A; 4HUE A; 2BUP A; 3DOK A; 3FZK A; 4FJK A; 1NWK A; 4EHU A; 1OH6 A; 3QBX A; 3S9H A; 3DYA A; 3DXK B; 2VQE K; 1X9M A; 3D2E B; 4FOI A; 2OAN A; 3J7Z O; 4BAC A; 2X78 A; 3TAM A; 1ZC6 A; 4BRK A; 3PLA A; 1EWR A; 2XO7 A; 1NJX A; 2O4I A; 4KH6 A; 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