4CK2A

Interrogating hiv integrase for compounds that bind- a sampl challenge
Total Genus 56
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
56
sequence length
154
structure length
150
Chain Sequence
SSPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords INTEGRASE
publication title Interrogating HIV Integrase for Compounds that Bind- a Sampl Challenge.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule tags Transferase
total genus 56
structure length 150
sequence length 154
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-12-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4ck2A00
3HXMA 1NJXA 4L8RB 1SL2A 4FYDA 3PX0A 2EX3A 1CXQA 4OLBA 2HHWA 3NH0A 4J2DA 4FVMA 2YNGA 3B6OA 1FXXA 4F2RA 3D0PA 4J2BA 1VSIA 3RMBA 4FJ9A 3EY1A 4DTRA 3ZSRA 4CFAA 3DRRA 2Z1JA 4OPJA 3L2QA 4Z4EA 2RPIA 4RG8A 1RTDA 3VQ5A 3OJSA 3V9SA 1S6QA 3QERA 3V9ZA 3SUOA 3KK1A 3TAMA 3DLHA 4B9UA 1D9FA 1HPZA 5HROA 4DTXA 4NCBA 4FJ8A 2XY7A 4FJ7A 4YNQA 4N56A 3HJFA 4DTUA 3RR7A 4N41A 4M41A 1NK5A 3TAEA 4DTJA 4IG3A 1T05A 1IKXA 4Q0BA 1W0HA 3AV9A 1NOYA 4FZXC 3TR8A 2B5JA 1BGXT 1QQCA 1JXEA 5KI6A 3VQ7A 4HCCA 1IH7A 4BWJA 3AA5X 3TWHA 1X9WA 4CEOA 4CGHA 3TANA 2Z1IA 3KLHA 1ZBHA 1U48A 4KFBA 4B8AB 4FJJA 3PX4A 3K5LA 4YFUA 3KD5E 1QHTA 3AVCA 4MFBA 1GOCA 5KRSA 1YVUA 1B9FA 1A5VA 1JLEA 3KK3A 4DQQA 2FBYA 4FJMA 4FCYA 4B9TA 2NUBA 3FFIA 1LAWA 2G8HA 4BDZA 2ITGA 1ZYQA 3OY9A 1KVAA 4H8KA 3AO1A 3DOLA 2X78A 3V81A 2OA8A 2WONA 3WNHA 4OLAA 1JLAA 1XHXA 3QINA 3QETA 5HRPA 4B3OA 4DS5A 2P5GA 4KB1A 4FZZA 1SKRA 3HPGA 1ASUA 4BE1A 3ZT4A 4CJVA 4IBNA 3VQ6A 4B9MA 3LAMA 4FK2A 3QNNA 1L3UA 4CJLA 1VK0A 1WSHA 1J54A 1SV5A 2KW4A 3AVKA 3O3GA 2R7YA 4DFJA 1U47A 1FKPA 2YHBA 4CHZA 3KLGA 3P83D 3OYBA 3KKRA 4DSFA 4CF8A 3KK2A 1NOZA 3AVMA 1A5WA 3DLGA 4I9LA 4B9LA 4F8RA 1TKTA 2XHBA 3OVNA 1U49A 3PO5A 4M3XA 1CXUA 4CJTA 1C1CA 4KKOA 1Y97A 4DQIA 3LP3A 4KB0A 3HSTB 1VSEA 3ZT0A 5DMRA 2VWKA 1VSMA 4HCBA 4HUEA 1RBVA 4KTZA 3SQ1A 1N5YA 2GUIA 3G0ZA 5EU7A 4CJ4A 4HVJA 3NF7A 3MEDA 2OPSA 3MEGA 4OKEA 2HNDA 1KFDA 3V9XA 1TK5A 4EZ9A 3HYFA 1NK0A 4RW8A 4KHNA 1DTQA 3LAKA 1BIUA 4ID5A 4CHNA 3OYCA 2HNYA 4NYFA 4W5RA 4ELVA 1T03A 2HHQA 1S9EA 1RT5A 2YV0X 1EKEA 3DMJA 4B9NA 1UWBA 3LP0A 3LZJA 4EZ6A 1WSIA 3MXMA 4AHSA 3E01A 5J2MA 4N76A 1S1VA 5J1EA 2D5RA 5CZ2A 1BQMA 1S1TA 4CGGA 1QTMA 4CECA 3F73A 1S5JA 2JLEA 1F21A 1RDAA 4KHWA 3OYIA 4ICLA 4N5SA 1TL1A 3ASMA 4ZTJA 2KFZA 4IDKA 4AH9A 4AHTA 4KHQA 2BE2A 4F3OA 4I2PA 4FZYA 3KIOA 1U45A 3KJVA 3L8BA 2G8WA 4F4KA 2EHGA 2IS3A 4QAGA 1LWEA 3ZT1A 1TKXA 1VSFA 1TL3A 3RR8A 1W9HA 4W5TA 4I9QA 4LD0A 1KRPA 3V1OA 4R5PA 1KLNA 4E7LA 4FLZA 1J9AA 1LW0A 4B8CA 1LWFA 1EP4A 4XIUA 3SQ4A 3MEEA 1RTHA 4FM2A 3RMCA 1DTTA 3DM2A 1BCMA 4CF1A 3L2VA 4JS4A 3THVA 5T7BA 4E89A 4ID1A 2OZMA 3V4IA 2I5JA 4FJGA 3L3VA 4CJUA 1QSLA 4CGFA 1RBUA 1IO2A 4CHPA 1X9MA 1GOAA 2VWJA 3CFOA 3LANA 2ZE2A 1QSSA 2Y1IA 5SZTA 3T3FA 3RWUA 4M3TA 3MECA 3OS2A 4DQSA 4BE0A 2D0BA 4KI6A 4KTWA 2XRIA 2GV9A 3OS0A 4EP5A 4Z4HA 1Q9XA 3IG1A 4F3TA 5KGWA 4DU3A 3U6FA 3KTQA 2OZSA 3DLEA 2E6LA 1HNVA 1JLCA 5HRNA 2BANA 3OS1A 4FJNA 4IG0A 4O5BA 2AJQA 3QNOA 2IDOA 4CGJA 4GMJB 1IKVA 4PWDA 1CZBA 1RT4A 4LSNA 3PX6A 1C1AA 3CM5A 4BWMA 4AHUA 2OPPA 4KHSA 3I0SA 3C94A 4CGDA 4Z4IA 2A1SA 3AVJA 3LALA 1WAFA 4C8KA 1S1WA 2DFEA 2YNIA 3SZ2A 4DTSA 4E3SA 3U3GA 3TAFA 1FKOA 4IFVA 2PYLA 3HT3A 4ELUA 1VSHA 3AA3A 3VQQA 1KTQA 4JRPA 1R0AA 1SKWA 3VQBA 3VA0A 4DU4A 3BGRA 1I3AA 3VQ9A 5FRNA 1KSPA 4LH4A 4CEQA 2ZQBA 5D3GA 3UIQA 2RKIA 4BDPA 2HMIA 5FRMA 2HW3A 1CZ9A 4RW4A 4O4GA 2YKMA 4DFKA 4OPKA 3NCIA 1JL2A 3OYFA 4G1QA 1JXBA 1D8YA 1WAJA 1Z25A 5JS1A 1QE1A 1LAVA 4FXDA 1IKYA 1TKZA 1GOBA 1SKSA 4JLHA 4CEEA 3LWLA 3SUNA 4CJ5A 3OYLA 3NH2A 1JLBA 3TAGA 3SQ2A 5K14A 1D5AA 1TGOA 4RW9A 3NGIA 3SV4A 4PUOA 1CLQA 1XC9A 3OYEA 4Z4GA 4BE2A 3VA3A 1TK8A 2QK9A 3PUFA 3QEVA 1XWLA 1RBTA 1SL1A 1RCHA 3LWMA 4KHUA 4DQRA 2A1RA 4KO0A 1UA0A 1HYSA 4NCGA 4FLTA 4E7IA 3KKSA 4CCHA 4C8OA 1S1XA 1HNIA 2RN2A 1IKWA 4CERA 1NKBA 3O4NA 5HRSA 3NGZA 2G8KA 4HTUA 4FJIA 4E7JA 4JRQA 3ULDA 3K5NA 2KFNA 4CEBA 3JYTA 1ASWA 4DSIA 5KGXA 1TAUA 4E1MA 3ZSYA 1NK7A 3A2FA 3I8DA 3V1QA 4FLUA 1BL3A 1C0UA 2HHVA 4FK0A 4CK2A 4CJKA 2KQ2A 3DRSA 1JLQA 3L2RA 3DLRA 2IOCA 4CHQA 1BQNA 5C25A 1DLOA 4DF8A 2FBVA 1QSYA 4C8NA 1JKHA 1RT2A 1TVRA 4OJRA 3C6TA 3VQEA 4ZTFA 4W5NA 2E4LA 2O4IA 4E7HA 1G15A 5DK5A 3NFAA 2RF2A 1BCOA 3JSMA 3SQ0A 5E41A 4IFYA 1RBSA 5J2PA 3WNGA 5CYMA 2OPRA 2FC0A 3ALYA 2HB5A 5HLFA 3ZSOA 2OYQA 4CF2A 1KVCA 2KZZA 3AVGA 1B9DA 3CYMA 1L3TA 1JL1A 2OPQA 2VG7A 3QEIA 3L2WA 1O1WA 4PA1A 1J5OA 4DS4A 4AHVA 4QOZB 3KD1E 4FW1A 3NDKA 2F96A 3ZCMA 1TKDA 3NF9A 3HPOA 3IAYA 4CEFA 3VQ4A 4E0DA 2D0CA 3QEWA 1D9DA 2YNFA 4AHRA 4B08A 4O44A 3MXJA 3ZSVA 4E1NA 4DQPA 3CG7A 3WNEA 3CFRA 1YTUA 2KTQA 3OYGA 1WN7A 3TAPA 3AA4A 4KRFA 1RT3A 3TAQA 3CM6A 3G10A 3F9KA 4E7KA 4KAZA 3AO4A 4CJEA 2XY8A 1A5XA 4W5QA 3QIOA 3HVRA 3SPZA 3ZSWA 3S3MA 3ZSZA 3NHGA 2JGUA 3KLIA 5J2NA 4FJLA 1SL0A 1KCFA 4CEDA 4Z4CA 4KTQA 2LSNA 1S9GA 4DLGA 2Z1HA 1J53A 4M45A 4CHYA 1ZBUA 4O0JA 5C24A 2HHXA 1BISA 3M8PA 2PYJA 3VQ8A 3OJUA 3K5MA 1YTAA 2P5OA 3AA2A 4M3YA 2WOMA 2G8VA 1YT3A 4J2EA 3ZSXA 4CIGA 4B9SA 3SNNA 4IKFA 1B92A 3VQDA 2XY6A 1ASVA 3I0RA 1I39A 4C8MA 4CHOA 4W5OA 4DFMA 1NK8A 4J2AA 3HO1A 4CFDA 4M3UA 1RTIA 1VSJA 4CJFA 4DU1A 2E6MA 3NGYA 4FJHA 4M42A 4Z0UA 4H4MA 3K2PA 1RBRA 1HYZA 1NKEA 5HRRA 3SPYA 2QKBA 2HHUA 1SUQA 1HQEA 1BI4A 2HNZA 2X6SA 2ZD1A 3HP6A 3O3FA 4CJPA 1NJZA 1S1UA 3HPHA 2B4JA 1QS4A 1C0TA 4CJRA 4DSLA 1HJRA 1NJYA 1VRTA 3HVTA 3S3OA 4WE1A 4RW6A 3K58A 4CE9A 4DFPA 1RDBA 1RT7A 1UOCA 4CFCA 3HM9A 4FLXA 4FM0A 1TK0A 4DSKA 4DSEA 1S6PA 2P51A 5HP1A 3IRXA 4H4OA 1FK9A 4O0IA 4AILC 4Z4FA 1T8EA 2KZMA 1ZBFA 3RMDA 1UA1A 1RILA 4DTPA 4CJ3A 1WSEA 4BACA 2QKKA 4UQGA 4LY7A 1HQUA 4PY5A 3DI6A 3RTVA 2G8UA 1K6YA 2Y1JA 4K8XA 3SI6A 3NAEA 4CF9A 1LW2A 1X9SA 3ZT2A 4FM1A 3AVLA 4DTOA 4GW6A 1NK6A 4KI4A 2DY4A 2FBXA 3S9HA 4FLVA 1T7PA 1L3SA 1UAXA 3AVIA 3SUQA 3L2UA 3KLFA 2BGGA 2HVIA 2W42A 3OYAA 1NKCA 1KVBA 5FROA 3EYZA 3H08A 4CFBA 3LPTA 3O3HA 3QEPA 3IS9A 3HL8A 1RT1A 1WNSA 3ISNC 4FJXA 1TAQA 4FW2A 4Y1DA 5KTQA 3K5OA 4ELTA 4KREA 3NBPA 4DMNA 3L3UA 1ITGA 4KV8A 3M8SA 1NK4A 4HUFA 1BIZA 4CIFA 3OYHA 2O4GA 1RDDA 3AVHA 4CF0A 1KLMA 1EXQA 1VRUA 3OYJA 1U04A 2GBZA 2YHAA 3U3YA 1XHZA 1LV5A 2D0AA 4TSXA 4OVLA 4CJWA 3LP2A 4DTNA 4E19A 2YKNA 3TABA 2VG5A 2DFHA 3LPUA 3P1GA 2IGIA 2F8SA 1JLFA 3K57A 4OKJA 5I42A 4DWIA 4ZHRA 5J2QA 1WLJA 3O4QA 4I2QA 2Q3SA 3SV3A 3VN5A 3SUPA 4N47A 2IC3A 4AHCA 1VSLA 1C6VA 4OKKA 3LZIA 1REVA 3HK2A 3RRGA 4CEAA 3OYNA 4FJ5A 3DLKA 1ZBLA 4FK4A 1JLGA 2HVHA 4JS5A 1WSJA 3K59A 2B6AA 5CZ1A 4RW7A 2VG6A 4HUGA 1HYVA 3OYMA 3T1AA 1EX4A 3P5JA 3ZT3A 2DFFA 5C42A 1XI1A 4F2SA 4I7FA 3M8QA 4NCAA 1RTJA 3LDSA 3SYZA 4LH5A 4CIEA 3AVAA 2F8TA 3OYKA 1L3VA 3DLBA 3PV8A 1BHLA 3DYAA 2XO7A 3CFPA 3QEXA 3PY8A 3AO3A 3DOKA 4KHYA 4LSLA 2ETJA 5FDLA 3AVNA 3ZSQA 1U4BA 4M3WA 4Q5VA 1RT6A 4OGCA 3AO2A 4GVMA 2Z1GA 5JS2A 1N6QA 3SJJA 2IAJA 1NK9A 3HP9A 1MU2A 2P1JA 3AVFA 4NYNA 4B9VA 2G8IA 4EP4A 1C1BA 1RDCA 2G8FA 3CQ8A 4KPYA 4CESA 1KFSA 3BDPA 3C95A 1L5UA 1BI4B 2PZSA 4FJKA 4CJSA 3TI0A 1Q9YA 3OYDA 1NJWA 2PY5A 4C8LA 1C0MA 4M3RA 3C6UA 1HMVA 1EETA 4DTMA 3S3NA 3D45A 1X1PA 4M3ZA 4DLEA 1WSFA 3VQAA 3AVBA 1VSKA 3QLHA 3NF6A 2XY5A 2DTUA 3B6PA 4O55A 3T19A 5CY4A 1IG9A 4HHTA 4DG1A 4CJQA 3TARA 4K8ZA 4CGIA 3KLEA 4DSJA 3SCXA 2ATQA 3WNFA 3MXIA 3V6DA 2FBTA 5CYQA 5SWMA 5I3UA 3V9WA 3AO5A 3MAQA 2X74A 1VSDA 3LP1A 4CK1A 4CK3A 4PQUA 4MQ3A 4FLYA 2BDPA 4DF4A 1ZBIA 3QO9A 3QESA 1Q8IA 3DRPA 4OGEA 4Y1CA 1RNHA 2HHSA 5KRTA 1TV6A 1Z26A 3NF8A 1WSGA 3VQPA 4FLWA 1HRHA 1LWCA 2QXFA 3V1RA 3M8RA 3RRHA 4CEZA 3PO4A 4QCLA 3NH1A 3QIPA 2YNHA 5HBMA 4BDYA 3V9UA 3VQCA 3NE6A 2X6NA 2HHTA 3ITHA 3EZ5A 3RMAA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5C15A 2ZGZA 3NH0A 4FVMA 4JV5K 4F2RA 4FJ9A 3DRRA 1KXPA 3R6MA 5AQXA 3CCJN 2VGMA 3VQ5A 2Q97A 4GKJK 3L4QA 3V9ZA 3SUOA 3DLHA 4B9UA 1HPZA 1NGGA 4MO5A 5AQHA 4M41A 1MDUB 2P9SA 3TAEA 3HRGA 1W7AA 2O8FA 1T05A 4BVPA 1IKXA 3F2KA 3OA9A 5AR0A 2P9LB 4BR5A 3PIPL 5KI6A 4BWJA 3O08A 3LDPA 3TWHA 3H6EA 2Z1IA 3I8BA 1U6ZA 2YJEA 1GLBG 4YFUA 4MFBA 1YVUA 1B9FA 2FBYA 3VTIA 3IKMA 1J5EK 4B9TA 2NUBA 4FOEA 4BDZA 1ZYQA 1WOQA 3O4WA 3AO1A 3SK3A 2OA8A 3CCUN 3L6QA 5HRPA 2P5GA 4KB1A 4WQ4C 2UUAK 4FZZA 4B3SK 2VQFK 1ILYA 3K9JA 4B9MA 2IVOA 2GEMA 4CI6A 4CJLA 1SV5A 3O3GA 2KW4A 4DKWA 2YHBA 4BRQA 3CETA 3P83D 3KKRA 3KLGA 4CF8A 4DF4A 4I9LA 1A5WA 1GLFO 5C12A 3CPWM 1NGEA 4XH4A 4KB0A 4BRNA 3HSTB 2VWKA 4HCBA 2WC9A 5TKWA 4DV2K 4HVJA 3NF7A 3HOSA 2OPSA 5BN8A 4GKKK 1NK0A 4DV7K 3WQUA 1S9EA 1RT5A 4QS7A 3ZEUB 4EZ6A 1IV0A 4N76A 3MCAB 3E01A 3CXCM 2ZM6K 4IOCL 4ICLA 4ILHA 1TL1A 2P9PB 3O9UA 2IIRA 2UUBK 3MMVA 4I2PA 2V51B 5TKYA 2EHGA 4YDUC 2P9KB 1TKXA 4NLCA 4JAXA 1W9HA 3H3NO 3V1OA 1YIJN 4FLZA 1J9AA 4FWOA 4YOUA 2ASMA 2HBJA 3L2VA 4H0OA 2I5JA 3L3VA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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