4CK2A

Interrogating hiv integrase for compounds that bind- a sampl challenge
Total Genus 56
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
56
sequence length
154
structure length
150
Chain Sequence
SSPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Interrogating HIV Integrase for Compounds that Bind- a Sampl Challenge.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule tags Transferase
molecule keywords INTEGRASE
total genus 56
structure length 150
sequence length 154
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-12-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4ck2A00
1Q9YA 3AO1A 2W42A 3VN5A 4BE0A 1A5WA 5J2PA 4KB1A 4KV8A 3P5JA 4E7LA 4KHUA 3HO1A 1S9EA 4F3TA 4C8MA 4CGHA 4CJKA 2VG7A 1VSJA 3PUFA 3QO9A 4KTWA 3RRHA 1RT2A 4CFBA 2A1SA 1LAWA 3LP1A 1BIZA 4CK1A 1KVCA 1IKYA 2DFHA 5K14A 3TAQA 2DFFA 2X74A 1EXQA 5DMRA 5C25A 4I9QA 4E7KA 2DTUA 4CJSA 1EKEA 1LWEA 2XY7A 2HNYA 1UOCA 3LP2A 4BWMA 3U6FA 3G0ZA 1VSKA 1XC9A 1QSSA 3OYDA 1KVBA 2NUBA 1RTIA 2RN2A 3AO2A 2IAJA 3AVFA 3HT3A 4M3XA 2IS3A 4QOZB 2D0CA 2JLEA 1D8YA 1ASVA 2RPIA 2PY5A 1YTUA 4NCBA 1C1CA 4CGIA 1HQEA 3D0PA 5HROA 4Z4EA 3B6OA 3VQAA 3NGZA 3KLEA 4M3TA 3BGRA 4RG8A 3AVCA 4N76A 2KFZA 3VA3A 4DTXA 3V9UA 1X9WA 3V1OA 3JYTA 3IAYA 3TAGA 4GMJB 4FZYA 1QSLA 5FRNA 3TR8A 1QHTA 3P1GA 4KAZA 1SUQA 3K5MA 4DLGA 1WAFA 4Z4CA 3L2UA 2XY6A 4CK3A 3F9KA 4KTQA 4FJ7A 1U47A 1HNIA 4AHCA 3LALA 1S1TA 3NH2A 1SL0A 1L3SA 2HMIA 3KLIA 3HL8A 3VQDA 3DLKA 2OPPA 3O4NA 3AVIA 4FJHA 5CYMA 2FBVA 1BCMA 3NFAA 3ASMA 3AVAA 4KPYA 2QKKA 4F4KA 1HYSA 1JLAA 3MEGA 3LWLA 2G8WA 3DRRA 3RMBA 3QLHA 2YHAA 4FM1A 1QSYA 3QEXA 3PO5A 4CIEA 4KHSA 3LP0A 5KGWA 2BE2A 4CERA 4DTSA 2HW3A 4KRFA 4YFUA 3V9WA 1JLQA 3SUPA 5KRTA 1ZBIA 1TAQA 5I42A 3K57A 1UWBA 3D45A 2BDPA 4DWIA 3HYFA 2VG5A 4ELUA 5HRSA 1TKXA 4PA1A 5HP1A 1EETA 1Q8IA 3RTVA 3L2WA 3OVNA 4FZZA 3NF9A 2HHUA 4B08A 2XO7A 3AVLA 1KLNA 4KO0A 1NJXA 2XY8A 3DLEA 2ITGA 2YKMA 3K2PA 4CJUA 3HVRA 3NCIA 4DFKA 1A5XA 3THVA 3LPTA 1SL1A 4FJLA 4BE1A 1NJWA 5T7BA 3OJSA 4DTJA 4FJ5A 4IBNA 3AVNA 1LW0A 3ZSRA 3OYAA 1S1VA 4CJRA 3OYGA 2RF2A 3MEDA 4Y1DA 4CJFA 4KTZA 4FLVA 4ZTFA 1HRHA 5EU7A 3PX4A 5HBMA 1BHLA 4OPJA 4DG1A 4O55A 4DTNA 2ZD1A 2HVHA 4AHRA 4FJGA 4KI6A 3IS9A 1J9AA 4CEQA 4CK2A 1N5YA 1FKPA 4HUFA 2HNDA 1TGOA 1A5VA 3V1RA 3JSMA 3SNNA 4GW6A 4CJVA 4O4GA 3ITHA 4M3WA 3E01A 1UAXA 4OKKA 4F2SA 1TKTA 3I8DA 3K5OA 3TAFA 3HPGA 4DTOA 4FJMA 2GUIA 1KFSA 4LD0A 3ZT1A 3RRGA 2IGIA 4H8KA 3SQ2A 1FK9A 2HHQA 5I3UA 4O0IA 3CFOA 1VSHA 4KHNA 1UA0A 4CFAA 2Q3SA 3DMJA 4FW2A 3SYZA 4Q0BA 2KTQA 4EP5A 4N5SA 2FBXA 4MFBA 3SPZA 1HJRA 3KLHA 3OYCA 4CGDA 2Z1HA 2A1RA 2HHTA 3L2QA 1RT3A 4BDZA 5FRMA 2QXFA 3MEEA 3L2VA 3NH1A 2PZSA 4W5NA 3ZSZA 2QK9A 3LAMA 1GOAA 4KHYA 2Z1IA 4OGCA 4O0JA 3OYLA 1U48A 3HM9A 2KQ2A 1VSLA 1JXEA 5E41A 1WSGA 3TARA 3AA5X 1KFDA 4FLZA 3QEVA 1MU2A 1NJZA 1C6VA 1VRTA 2O4IA 4FK0A 1KSPA 1JL2A 4AHVA 4IG0A 1JLBA 4CEOA 2HB5A 4XIUA 4DQQA 3L3VA 4LH4A 5J2QA 3MXMA 1TV6A 4CJTA 3OY9A 2YKNA 3P83D 4FLYA 4E0DA 2YNFA 3SJJA 1F21A 1TK0A 4M42A 1HYZA 3S3NA 4FLWA 4E89A 4M3YA 3SZ2A 4DQRA 4EP4A 4FJKA 1RT4A 3FFIA 1XWLA 2VG6A 2DY4A 4CEDA 3I0SA 3OYKA 4F3OA 1TAUA 2HHWA 2F96A 1RT1A 1ZBUA 1RBVA 1WN7A 4KFBA 3LZJA 1TK8A 1T8EA 1IKXA 4QAGA 3OS2A 1NKBA 5J1EA 3O3FA 2PYLA 1VSMA 4KKOA 3AVMA 1BGXT 4NCGA 4DU1A 3U3YA 2OPQA 4FCYA 1Z25A 4F8RA 1S1WA 5CY4A 1DTQA 2GBZA 1W9HA 2IDOA 3TWHA 4FZXC 3S3OA 1BI4A 1REVA 3KJVA 3NH0A 3V9ZA 3VQPA 4CHNA 1NK8A 1NK6A 3QNOA 4L8RB 2YNHA 1S5JA 2G8UA 1WAJA 3NF7A 4ZHRA 3K59A 1QTMA 4W5TA 4DFPA 4R5PA 1R0AA 2PYJA 1QS4A 2X78A 2VWJA 2R7YA 1Q9XA 1RDBA 4CE9A 1WSHA 3RMAA 1NOYA 1IG9A 4FXDA 1BQMA 3WNGA 4ICLA 3VQCA 3RWUA 3I0RA 4C8NA 3DYAA 3SQ4A 1NK0A 1J5OA 2B6AA 2OPSA 1HYVA 4CEEA 1JL1A 3OYEA 1B9DA 1B9FA 1LWFA 4DSJA 4CIFA 4CEFA 4CCHA 4B9LA 1N6QA 3MXJA 4DFMA 1FKOA 1WSIA 2G8FA 1BI4B 3V81A 1NK4A 4JRPA 4RW8A 1NK7A 5HRPA 3S3MA 4Z4GA 4PWDA 3U3GA 2YHBA 3HSTB 2AJQA 4DSLA 3NDKA 2D5RA 2RKIA 5D3GA 3SUOA 2ZQBA 3VA0A 2KW4A 1KVAA 3AVKA 1RTHA 1U45A 1JKHA 4AILC 2G8HA 4KHQA 4PQUA 1C1AA 1LWCA 4B8AB 4E19A 4BDYA 4DU3A 3BDPA 4CHQA 3AO4A 3UIQA 3DOLA 1C0UA 4J2BA 1RNHA 4AH9A 1X1PA 1U04A 2OZSA 3SPYA 4Z4IA 4FLXA 5J2NA 4Z0UA 3CFPA 1RT7A 3HJFA 3L8BA 1C0TA 3ZSYA 4CHYA 1GOBA 4FLTA 1IKVA 3AVBA 2Z1JA 3V1QA 4E1MA 3DRSA 3KK3A 1C0MA 3K5LA 3QNNA 1I3AA 1JLCA 3MECA 3MXIA 1D5AA 2XRIA 4O5BA 3ZT4A 3SCXA 3KK2A 3CQ8A 1SKRA 1WNSA 4M41A 4LY7A 3QESA 1IH7A 3WNEA 3IG1A 3HP9A 4DTRA 4C8LA 3KD1E 2F8TA 4KB0A 2KFNA 3M8SA 1EX4A 3SQ1A 1NKEA 2P5OA 3NAEA 3OJUA 2OZMA 2KZMA 1YTAA 3V9XA 1D9DA 3CFRA 1G15A 3IRXA 1SV5A 2D0AA 5HLFA 4DQPA 4Q5VA 2YNGA 3VQEA 1ASWA 1HNVA 1EP4A 3ALYA 3WNFA 4CJPA 4HVJA 4ID1A 1XI1A 4TSXA 4W5OA 4M3ZA 3QETA 4ELTA 3L3UA 1Y97A 2Y1JA 1B92A 4EZ6A 3VQ8A 3HVTA 4C8KA 3KD5E 5KRSA 4DS4A 1VRUA 3SUQA 3AVJA 4BE2A 4ZTJA 1L3TA 4OLBA 4O44A 3TAMA 3OS0A 2OA8A 3NF6A 3AA2A 3EY1A 1RDDA 3AVGA 3O3HA 3TAPA 3VQ4A 3NBPA 3L2RA 2YNIA 4CGFA 1J54A 3NE6A 1U4BA 3O4QA 3G10A 2G8VA 1ZBFA 4B9VA 2F8SA 2IC3A 4B9NA 1L5UA 4W5RA 2FBTA 3KKRA 4FM0A 4H4MA 3ZT0A 1JXBA 4CECA 4CHOA 1KRPA 2HVIA 2IOCA 5KTQA 4CFDA 3OYFA 3AA4A 4RW7A 4AHTA 4CJ5A 4DF4A 3AVHA 3DI6A 4CHPA 3F73A 3SV4A 4DF8A 3QEPA 4J2DA 4IFYA 4F2RA 1C1BA 3OYHA 1BL3A 5JS1A 1RTDA 4I2QA 4N56A 3LDSA 4DSFA 4AHSA 4CJEA 2ATQA 2I5JA 3O3GA 1BISA 4QCLA 4M3UA 1KTQA 2ZE2A 3QIPA 3LZIA 1TKZA 1W0HA 3WNHA 5FROA 3OYIA 3OYMA 1NOZA 1RT6A 3CG7A 4RW9A 5FDLA 3T19A 5SZTA 4HCCA 4WE1A 4NCAA 5CZ1A 3C94A 4B9MA 3C95A 5KGXA 2P5GA 3VQ5A 4IKFA 4E7HA 3ZCMA 1DTTA 4MQ3A 1S1UA 5CYQA 1T7PA 3DLGA 1S9GA 4CIGA 4NYNA 3ZSQA 4CF9A 3V6DA 1TVRA 3VQQA 3TI0A 4FK4A 3HPOA 3V4IA 4GVMA 2X6SA 4LH5A 4LSNA 3SI6A 2OYQA 2HHXA 1XHXA 1YT3A 4CJ3A 4CJWA 4FW1A 4E1NA 2P1JA 4JS4A 2VWKA 3C6TA 3NGYA 3TABA 1LV5A 2G8KA 4CF1A 2BANA 2B5JA 4OJRA 4CGJA 2B4JA 4H4OA 2P51A 1NK5A 4DTMA 3KKSA 2HHVA 1WSFA 2XY5A 4AHUA 4FJIA 4J2EA 3HXMA 1BCOA 2XHBA 3PV8A 1LAVA 3PX0A 4K8XA 1RBSA 5J2MA 2FBYA 4IDKA 1L3UA 3OYBA 4FJ9A 1HQUA 1I39A 3KTQA 3DLRA 3PX6A 3SUNA 4OGEA 3SV3A 3RMDA 4KHWA 3A2FA 1RBTA 1ASUA 3OYNA 1IKWA 3C6UA 4DSKA 3SQ0A 1X9SA 3AV9A 3M8QA 4FM2A 3ZSVA 1VSEA 4CEZA 3HP6A 4DTUA 3ULDA 1TL1A 1O1WA 1VSIA 4PY5A 2E6MA 1QE1A 3ZT2A 1CZ9A 4FJXA 3ISNC 3RR7A 4FYDA 4FJNA 4DLEA 1BQNA 3AO3A 4I9LA 3LANA 4DFJA 1T05A 4C8OA 4KREA 4BDPA 2KZZA 3VQ7A 4E3SA 1J53A 3KLFA 2Z1GA 3PO4A 3HK2A 4I7FA 4M3RA 5HRRA 3KK1A 1YVUA 1U49A 1RCHA 4N41A 3QINA 5JS2A 1S6QA 4UQGA 5HRNA 1ZBLA 1SL2A 1WSEA 1VK0A 4CJ4A 4KI4A 2HNZA 3T1AA 5C42A 2G8IA 4NYFA 4HTUA 3QIOA 4JRQA 1ZBHA 3S9HA 1CLQA 1WSJA 3OS1A 4DQSA 1IO2A 1KCFA 3QEWA 1NKCA 4CFCA 4OPKA 3K58A 2GV9A 4CF8A 2DFEA 4IG3A 1Z26A 4CGGA 3M8PA 3K5NA 1TKDA 4J2AA 1CXUA 4Y1CA 2YV0X 4JLHA 4G1QA 2FC0A 4CESA 4CHZA 5SWMA 4RW4A 2Y1IA 3DOKA 3LWMA 1NK9A 1JLEA 3PY8A 3ZT3A 1S1XA 3B6PA 4LSLA 3VQ9A 2HHSA 5C24A 3DRPA 1SKWA 4FLUA 1K6YA 4B9TA 1RILA 3VQ6A 4E7JA 4B3OA 3AO5A 4CJQA 1ZYQA 2LSNA 3RMCA 4K8ZA 1WLJA 3LP3A 4DSIA 4DU4A 1LW2A 4DTPA 3H08A 3CM5A 3NF8A 1D9FA 4DMNA 1UA1A 3TAEA 4I2PA 2E6LA 3DLBA 2QKBA 4B9UA 4OKJA 1T03A 4DQIA 2EX3A 1FXXA 5CZ2A 4B8CA 4E7IA 1ITGA 4OVLA 4BWJA 4HUGA 3TANA 4CJLA 1TK5A 1RDAA 4IFVA 3NHGA 1VSDA 2E4LA 3KIOA 3ZSWA 1RDCA 1HPZA 4OLAA 1HMVA 1DLOA 2D0BA 2OPRA 2O4GA 4N47A 3DM2A 4M45A 3OYJA 3M8RA 3HPHA 4ELVA 3EYZA 4FJ8A 1BIUA 1RBUA 1RT5A 2WOMA 4Z4FA 4Z4HA 5DK5A 3DLHA 4W5QA 4OKEA 3ZSXA 1X9MA 1CXQA 2BGGA 1GOCA 1QQCA 1RBRA 3EZ5A 4BACA 1TL3A 2JGUA 3QERA 3NGIA 3MAQA 4CEBA 3LAKA 3ZSOA 4FVMA 3KLGA 4DS5A 3T3FA 4ID5A 3V9SA 1JLGA 1NJYA 4CF2A 1SKSA 3AA3A 4FK2A 4EZ9A 1KLMA 2X6NA 1JLFA 3VQBA 4FJJA 2EHGA 4CF0A 1RTJA 3QEIA 3RR8A 4HCBA 4DSEA 1CZBA 1S6PA 4YNQA 4B9SA 1XHZA 5KI6A 3LPUA 4PUOA 1VSFA 3CYMA 4HHTA 4HUEA 1L3VA 2ETJA 3CM6A 4RW6A 4CEAA 4JS5A 2WONA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4BE0A 4IOAL 4ILHA 1S9EA 4C8MA 4CGHA 1P90A 4BR2A 2VG7A 2NRZA 3HOSA 3RRHA 3FR0A 3QFPA 4CFBA 4IDHA 3R1XA 1IKYA 1X9JA 3GL1A 4E7KA 2I7NA 4CJSA 4CZGA 2XY7A 4BWMA 2FLOA 3G0ZA 2ZJPL 3BF1A 1XC9A 3OYDA 1KQSM 3UB5A 3AO2A 3CMEN 4QOZB 2PY5A 1YTUA 4NCBA 4LF4K 4NLCA 1HQEA 3D0PA 4Z4EA 3KLEA 5CE3A 2W41A 3BGRA 3CIPA 4RG8A 2KFZA 3VEVA 4DTXA 3V9UA 3TAGA 5BREA 5AJ3K 3P1GA 4OPHA 4OPAA 4B1XB 5AQVA 4Z4CA 3L2UA 2XY6A 4CK3A 3F9KA 1JCEA 4GV3A 1U47A 1S1TA 1SL0A 3A5NC 3VQDA 1NGHA 1T6CA 1JLAA 4FM1A 5M1NA 4H0OA 2QWRA 3PO5A 4CIEA 1BOTO 2HBMA 3FZKA 3ID6A 3V9WA 3SUPA 5KRTA 1ZBIA 2FF3B 2KLAA 4IZ9A 4LC9B 1V4SA 3J81O 1UWBA 3QBXA 2VQEK 4DWIA 3HYFA 4HTLA 4JD2B 1TKXA 1XNQK 1NU0A 3L2WA 4JI8K 2XO7A 3AVLA 3VF4A 1NJXA 3NCIA 3F5TA 4FJLA 3NVKA 1HPMA 3VETA 1LW0A 3ZSRA 3OYAA 3OYGA 2RF2A 4Y1DA 4KTZA 5BN9A 1HRHA 2E5LK 3BY5A 4OPJA 4BC5A 4DTNA 3FLCO 4AHRA 4FJGA 4CEQA 1FKPA 2HNDA 3JSMA 5BRDA 4CJVA 4JKDA 4O4GA 4OKKA 4F2SA 1W97L 1TKTA 4GNIA 1OKJA 5KPZA 1QVGM 3OA9A 5MLCQ 2P9KB 2GUIA 4H0XB 1KFSA 1LCUA 3VPZA 3E9LA 2GX9A 1UA0A 4CFAA 2Q3SA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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