4CK2A

Interrogating hiv integrase for compounds that bind- a sampl challenge
Total Genus 56
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
56
sequence length
154
structure length
150
Chain Sequence
SSPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Interrogating HIV Integrase for Compounds that Bind- a Sampl Challenge.
pubmed doi rcsb
molecule tags Transferase
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule keywords INTEGRASE
total genus 56
structure length 150
sequence length 154
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-12-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4ck2A00
1B9FA 2GV9A 3VA3A 2Y1JA 3ISNC 1D9DA 3CM5A 3HPHA 1ASVA 2VG6A 1RTJA 4FVMA 2RKIA 4CJUA 3OYAA 3LWMA 4HUGA 3PV8A 4BE0A 1TK5A 4DSKA 1VRUA 3V9XA 4ZTFA 3KKSA 4H4MA 4LSNA 3RR7A 3T1AA 1ZBIA 4HTUA 4I7FA 4Z4HA 1XHXA 4DTMA 1CLQA 1S6PA 3K58A 2D5RA 3DI6A 3MXMA 3HM9A 3L8BA 3S3MA 4I9QA 1ZBUA 2XO7A 3HT3A 1UA0A 4N56A 2OZSA 3QEVA 1L3SA 3OYCA 4KHWA 2HHQA 4DSJA 1KCFA 1CXQA 4DLGA 4KV8A 4JLHA 4DTNA 4E89A 3K59A 3MAQA 3NF8A 3LP3A 4W5QA 2FC0A 4RW9A 4CJ5A 1L3UA 3SQ4A 3TAPA 2A1RA 3O3HA 4B08A 1B9DA 2EHGA 1RBRA 3C95A 3CFPA 3TWHA 1IH7A 1TL1A 3AA3A 3NHGA 3SI6A 3EYZA 1QSLA 4ELTA 4ZHRA 1CXUA 3KLIA 4CF8A 4FJMA 3TAEA 3CFRA 2ETJA 4RW8A 5HRSA 2G8KA 4Z4FA 3VQAA 1U04A 3L2QA 4M3UA 4B8AB 4E1MA 3ULDA 4DFPA 1TAQA 3DYAA 3VQCA 4Z4IA 1BISA 1RILA 1RDAA 4J2BA 2NUBA 4CJWA 3V81A 4DF8A 2P5GA 5CZ2A 3DRRA 1FK9A 1JL2A 1QE1A 4CK1A 4CIFA 3OJSA 5I42A 4FJ5A 4OLAA 1S1TA 1RBTA 2FBVA 2HHSA 3SQ1A 4HUFA 3ITHA 3LANA 4GMJB 3L2UA 4KAZA 1YVUA 5E41A 5CYMA 1RBUA 1D9FA 3V9WA 4M45A 3OYHA 1NJYA 4CESA 3QEWA 3SUNA 1WNSA 1BGXT 4CEDA 4E0DA 3DLGA 1HRHA 1JLEA 4AHUA 3PX6A 1Z25A 1BI4A 4CGGA 1D8YA 3L2RA 4CEEA 3LP0A 2PZSA 4PQUA 3K57A 3LZIA 2D0AA 4F4KA 4FJJA 3KLEA 3RRGA 1WLJA 2HB5A 4FLYA 1GOCA 3OYKA 3KLHA 3U6FA 5HBMA 1ITGA 1IO2A 1VSLA 3M8QA 4H8KA 1NK5A 5DK5A 1VSFA 2XRIA 4ID1A 4IFYA 3AVJA 3SQ2A 2G8WA 1I3AA 3DLKA 1VSKA 1NJWA 3AA5X 1VSEA 1HQEA 3OY9A 3KK1A 4KHSA 2ZE2A 3LZJA 2OYQA 2G8IA 1U48A 4W5TA 4HUEA 1UA1A 4DQIA 4B9LA 1J54A 1SKRA 3AVLA 3DRSA 3HO1A 2E4LA 1C1CA 4QOZB 1X1PA 2Z1GA 3HVRA 4KTWA 4AHRA 4DFKA 3DLHA 1ZBHA 4F3OA 3DLEA 1JLAA 2B4JA 3KKRA 4FLZA 4CE9A 4CEAA 4FM1A 4C8NA 3SPYA 3NF7A 4CJTA 3PO4A 1S6QA 3DOKA 3VQ8A 3ZSWA 1S9GA 3V6DA 4M3WA 4CERA 4FLWA 5EU7A 3AO3A 2RN2A 3VQEA 3ZSRA 1C1AA 3ZT3A 4DTPA 1IKVA 1VSJA 2BANA 3P1GA 2BE2A 4F2RA 1IKYA 1WSGA 3OS2A 3TABA 1DLOA 3ZSQA 3NGZA 1KSPA 1WN7A 4KB1A 2IDOA 1RDCA 4CIGA 4DU1A 3C6UA 1BCMA 3AVNA 4AH9A 4E7JA 3NFAA 4CHZA 3EY1A 3AVGA 1IKWA 2F96A 1KLNA 4OKJA 1KFSA 3ZSXA 2QKBA 3C94A 1JLGA 5DMRA 4DU3A 1TKZA 3SUQA 4FK2A 4AHTA 4PA1A 4Z4EA 1HMVA 4CGIA 3V9ZA 4DSEA 4DS5A 1RT7A 2FBXA 1A5XA 4J2DA 4CJRA 1NKBA 4F8RA 1KVAA 3SNNA 4DLEA 1HNIA 3KTQA 3AA2A 4FXDA 2IOCA 3AVHA 4E19A 4B9TA 1S1XA 1L5UA 3BGRA 4NYNA 3SYZA 1NKCA 2B6AA 1TK8A 1KVBA 4OGEA 2AJQA 1WSEA 4O55A 4DQRA 2XY6A 1NJZA 3K5MA 1QTMA 4KHYA 1YTUA 3HPGA 1C6VA 4JS4A 1S1VA 2HVIA 2QXFA 3AVIA 4AHVA 3BDPA 5K14A 3V1RA 3A2FA 3HP6A 4FCYA 5HROA 4DSFA 3VQBA 1JLCA 1N6QA 3V1OA 2KFNA 1LW0A 4NCGA 2KW4A 3MECA 4GW6A 4CJQA 4Q0BA 1KTQA 2GUIA 1RNHA 4LY7A 1ASUA 4N47A 3DLBA 4XIUA 4BDPA 4J2AA 3VQ6A 3OYJA 3HP9A 2JLEA 1A5WA 4KPYA 1TV6A 4E7IA 5SZTA 4R5PA 1XWLA 3OYBA 3S3OA 2PY5A 4ELVA 3PY8A 4ZTJA 4B3OA 3ZT1A 1QS4A 4FJ7A 3LP2A 4OLBA 2E6LA 1WAJA 3LAMA 3QNOA 5I3UA 4DG1A 1XHZA 4LH4A 2G8HA 1WAFA 3TARA 2BDPA 4LD0A 4M3YA 1NK8A 4FK0A 1VSMA 1NOYA 4CJ3A 1X9SA 1QSYA 4Y1DA 4DFMA 3KLGA 2KQ2A 3SQ0A 1SKSA 4B9NA 4FJGA 1S1UA 4KKOA 3AO4A 1S9EA 3G0ZA 3KD5E 2Y1IA 3ZT4A 2G8UA 4EZ6A 1J5OA 5D3GA 4CEQA 3OS0A 4M42A 3RRHA 3WNFA 2HMIA 4CCHA 2BGGA 2PYJA 3KD1E 4CFCA 3RMBA 1MU2A 3NH0A 2IAJA 4FZXC 1XI1A 3OYDA 2HNYA 1LAVA 3ALYA 5JS2A 4FJXA 5FRNA 4E7HA 4HCBA 1BCOA 2Z1HA 1WSJA 4K8ZA 2JGUA 3JSMA 4CGDA 1QSSA 1S5JA 4H4OA 1C0TA 3CM6A 5HP1A 1RT1A 3K2PA 2DFHA 3CFOA 2HVHA 4Z4GA 2E6MA 1JXEA 4LH5A 1RT6A 3HK2A 3I0SA 2HHWA 1NOZA 2Q3SA 4FK4A 3B6OA 3MEDA 1UAXA 1VSIA 3MXIA 3DLRA 2QK9A 4O0IA 2OPSA 3ZSYA 4DTRA 3L2VA 2DFEA 4RW7A 3WNEA 3QERA 1FKOA 5HRPA 3TR8A 5SWMA 4KTQA 4DU4A 3QETA 4F3TA 1UWBA 1Q8IA 2B5JA 3ZSOA 4CJLA 2YNHA 2ITGA 2VWJA 1X9WA 4FZZA 4CEOA 4OGCA 1S1WA 1ASWA 3U3GA 1HQUA 3HYFA 3RWUA 1KLMA 3AVKA 1KVCA 1VSDA 3AA4A 3ZSZA 1J9AA 3QEIA 2P51A 3H08A 4FJKA 1TAUA 3QEPA 4CJPA 3OYNA 2G8VA 2GBZA 3VA0A 3DM2A 4AHCA 5C42A 4DTXA 3DMJA 1TKXA 3DOLA 5FDLA 3SV3A 4PY5A 3O4QA 3SJJA 1DTQA 4FM0A 4DTOA 4M3XA 1BHLA 3K5NA 1HNVA 1BIUA 2XY8A 4BDZA 5J2MA 1T03A 4W5OA 1T05A 3T19A 4N41A 3D45A 1FKPA 1KFDA 3O3GA 3OYGA 1RTDA 3SUPA 1TVRA 1RDBA 4QAGA 4C8MA 1GOAA 1RT4A 2HNDA 3D0PA 2R7YA 3PX0A 3KJVA 5J1EA 3LALA 4O5BA 2YNFA 3K5LA 3TANA 1NK7A 1JLFA 2FBYA 4LSLA 4O0JA 4CIEA 4DQPA 3AVAA 4DSIA 1HYSA 5FROA 4B9VA 3C6TA 1SKWA 1LWEA 4CJKA 3HVTA 3NGYA 3P83D 3M8RA 1JLQA 4NCAA 4C8KA 2OPPA 3LWLA 4BDYA 4W5RA 3QIOA 3CQ8A 4JS5A 3ASMA 1RT3A 1SV5A 3CG7A 3MXJA 1QHTA 4KHQA 1YTAA 3S9HA 4FZYA 4ICLA 3SPZA 4DSLA 4FJNA 2HHTA 2HHUA 1NKEA 4EP4A 3KK2A 1JL1A 2D0CA 4B8CA 4CEBA 3B6PA 3PX4A 1IKXA 3O4NA 4CHPA 1NK0A 2X74A 3L3UA 1TL3A 1TGOA 4BWJA 2O4IA 3T3FA 5HLFA 2YNGA 3QEXA 3V9UA 4CHQA 3RR8A 2IC3A 2P1JA 2IS3A 2RPIA 4M3RA 4CEZA 2HHVA 1CZ9A 3AV9A 3VN5A 4CJFA 4N76A 4B9SA 1TKTA 1SL1A 1T7PA 2KZMA 3VQDA 4CHNA 3TI0A 3P5JA 3THVA 1CZBA 3WNHA 3NDKA 1EETA 4CJEA 1Y97A 4CHOA 4HVJA 3RTVA 4PUOA 2DTUA 2YNIA 3SV4A 2ATQA 2PYLA 2YHBA 4OJRA 2VG7A 1RT5A 3L3VA 1DTTA 4MQ3A 4DFJA 4CGFA 4EP5A 4FLTA 5CYQA 4C8LA 4BACA 4KHNA 2I5JA 3AVBA 4KRFA 2F8TA 2KZZA 4PWDA 3LPUA 3DRPA 4BWMA 3U3YA 5JS1A 4KI6A 1TKDA 4IG3A 4IG0A 1J53A 3TAMA 1C0UA 4UQGA 3HXMA 3KLFA 3QESA 1W0HA 4B9UA 1I39A 4E7LA 2HNZA 3EZ5A 4HCCA 3IRXA 1BQNA 3V9SA 1JLBA 4DS4A 3HL8A 4JRPA 1HPZA 3VQ4A 5KTQA 3L2WA 1WSFA 1BL3A 1N5YA 3LP1A 2ZQBA 1G15A 2W42A 1ZBLA 1IG9A 4RG8A 3SCXA 4FJ9A 4CFDA 1GOBA 4M3TA 1ZYQA 1BIZA 3RMAA 4CGHA 4CFAA 3TAQA 4E7KA 1WSIA 3NF6A 5KGWA 3O3FA 3MEEA 2A1SA 3SUOA 3NCIA 5J2PA 4M41A 5J2QA 3OYIA 4FJHA 3V1QA 2RF2A 1EX4A 2QKKA 3ZCMA 4OPJA 2HW3A 1UOCA 2YKMA 1R0AA 2P5OA 4Z4CA 3ZSVA 4FJ8A 3RMDA 2OPRA 3AVFA 4KREA 4CJSA 1NJXA 1JXBA 2KFZA 3PUFA 5KI6A 1U47A 1RBVA 4DMNA 3M8SA 1VK0A 3HSTB 1SL2A 4KHUA 1YT3A 4CEFA 3VQ9A 1C1BA 4CJVA 1K6YA 3OS1A 1LV5A 2KTQA 4YFUA 3S3NA 1TK0A 4EZ9A 4FYDA 1RCHA 4NYFA 3OYEA 4DF4A 1XC9A 1Q9YA 5HRRA 3AO1A 3I0RA 2WONA 2G8FA 3NBPA 3QNNA 3VQ5A 5CY4A 4FW2A 2X6NA 4CGJA 3NAEA 4Y1CA 4Q5VA 3IS9A 3CYMA 2VG5A 1SUQA 1RTIA 2X6SA 3ZT0A 3AO2A 1QQCA 3TAGA 2OA8A 1A5VA 1B92A 3KK3A 4CF9A 4RW4A 3RMCA 1BQMA 3K5OA 4FJLA 1Z26A 1RDDA 1RT2A 4Z0UA 3TAFA 4DWIA 2IGIA 4FLXA 1T8EA 4KO0A 1JKHA 2DFFA 1NK9A 4G1QA 4B9MA 1BI4B 3NGIA 4FM2A 1EP4A 2Z1IA 4J2EA 1F21A 4RW6A 4CFBA 3QO9A 4CF2A 1RTHA 4O4GA 4AHSA 4NCBA 3E01A 3SZ2A 2XY7A 4FLVA 3I8DA 1LWFA 3AVMA 4DTJA 1EXQA 4CK3A 3OYLA 2FBTA 4N5SA 4FJIA 2YKNA 3G10A 2XY5A 1U45A 2VWKA 1VSHA 4I2QA 1LWCA 1L3VA 3HPOA 4JRQA 2YV0X 3F9KA 4KTZA 4OPKA 4F2SA 4L8RB 4IBNA 1HYZA 3FFIA 5CZ1A 1Q9XA 1C0MA 3WNGA 3VQQA 4DTUA 2XHBA 4ID5A 1SL0A 3LPTA 3M8PA 1EKEA 2ZD1A 1HJRA 1ZBFA 1NK6A 3AO5A 4DQSA 5T7BA 4E3SA 4QCLA 5FRMA 3QIPA 4IKFA 4CECA 1U49A 4BE1A 5KRTA 1FXXA 4FLUA 2X78A 4M3ZA 5KRSA 1WSHA 3NE6A 3ZT2A 2D0BA 1L3TA 5HRNA 3IAYA 2HHXA 1LAWA 3OYFA 4CJ4A 5KGXA 1REVA 4W5NA 1D5AA 3MEGA 4O44A 3IG1A 5J2NA 1KRPA 2OZMA 4TSXA 3QINA 4IFVA 2O4GA 1VRTA 4FW1A 4I2PA 4KB0A 3KIOA 4DTSA 2OPQA 4E1NA 1X9MA 4MFBA 4CK2A 2YHAA 1O1WA 1HYVA 4YNQA 1LW2A 4KI4A 2F8SA 3OYMA 4CF0A 3HJFA 3LAKA 2WOMA 4OKEA 1NK4A 4C8OA 2DY4A 3VQ7A 3AVCA 3VQPA 3NF9A 4GVMA 4IDKA 3LDSA 4OKKA 2EX3A 3OVNA 4WE1A 5C25A 4CHYA 4DQQA 4AILC 3JYTA 4BE2A 1U4BA 3NH2A 3UIQA 4K8XA 3OJUA 3NH1A 3F73A 4KFBA 1W9HA 4I9LA 5C24A 2Z1JA 4HHTA 3PO5A 4CF1A 1RBSA 2LSNA 3QLHA 4ELUA 4OVLA 3V4IA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4IZ9A 1DKGD 4BRIA 1NGDA 1RTJA 4FVMA 3LWMA 4HUGA 3PV8A 3KKSA 4LSNA 3RR7A 2A5XA 3T1AA 3W3DA 4I7FA 1CLQA 3CC2N 3ATUA 5FPNA 3ENBA 4I9QA 5AR0A 4GV3A 4DSJA 4CJ7A 4JLHA 4E89A 3MAQA 3NF8A 3LP3A 4W5QA 2ASMA 3TAPA 2EHGA 1RBRA 5AQVA 3THXB 1C0GA 3NHGA 2FLOA 3EYZA 3LDPA 4Z94A 3QB0A 4CF8A 4DV5K 3CFRA 3ZX3A 2ETJA 3AAQA 1ATRA 2D0OA 3L2QA 5FLXO 4B8AB 4E1MA 2E2QA 4Z4IA 1JCGA 1RILA 1RDAA 4JK7A 4BQZA 5JVHL 4JKGB 4DF8A 5CZ2A 1SAZA 4CK1A 1JL2A 4DR2K 5I42A 2VGMA 5BPNA 4GV6A 4HUFA 3LANA 4GMJB 3L2UA 2E1YA 1RBUA 3J80O 4AHUA 1D8YA 5LMNK 3LP0A 4PQUA 2E8AA 4FJJA 4PKHA 2GWJA 1NGCA 2HB5A 2HMPA 4IXCA 4FLYA 3H1VX 3LDOA 3HI0A 3KLHA 1VSLA 3M8QA 4H8KA 4LC9B 5AZJB 3AVJA 2P9LB 1VSKA 2PAVA 3AA5X 3VGKA 3CETA 4WF9L 2QI2A 5EVZA 1UA1A 1J54A 4XEIA 1SKRA 3HO1A 2QEXN 1X1PA 4CBUA 4AHRA 4DFKA 3UKRB 4F3OA 4FLZA 2B4JA 4CEAA 2P9KA 1VHXA 3SPYA 3NF7A 1S6QA 3VQ8A 1EQYA 4CZJA 3ZSWA 4LFBK 1O13A 3HM8A 4CERA 4FLWA 2RN2A 3ZT3A 3P1GA 2BANA 3NGZA 1KSPA 1WN7A 2IDOA 3H6EA 1NU0A 3AVNA 4YOXA 4AH9A 1HNWK 3AVGA 3CHWA 2P9NA 3OTOK 1KFSA 1YXQA 1GLJO 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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