The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
33
|
sequence length |
120
|
structure length |
120
|
Chain Sequence |
PASRYLTDMTLEEMSRDWFMLMPKQKVAGSLCIKMDQAIMDKTIILKANFSVIFDRLETLILLRAFTEEGAIVGEISPLPSLPGHTGEDVKNAIGVLIGGLEWNDNTVRVTETIQRFAWR
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
X-ray structures of the NS1 effector domain from highly pathogenic influenza A/Vietnam/1203/2004 (H5N1) virus
rcsb |
| molecule tags |
Viral protein
|
| source organism |
Influenza a virus
|
| molecule keywords |
Nonstructural protein 1
|
| total genus |
33
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| structure length |
120
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| sequence length |
120
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| chains with identical sequence |
B, C, D
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2010-10-04 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Nucleotidyltransferase; domain 5 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3EE9 A; 3O9R A; 3P31 A; 3L4Q A; 2RHK A; 3EE8 A; 3P38 A; 3O9Q A; 3KWG A; 3P39 A; 3O9T A; 3O9S A; 2GX9 A; 3D6R A; 3KWI A; 3RVC A; 3OA9 A; 4OPH A; 3F5T A; 3O9U A; 2KKZ A; 4OPA A; 3M5R A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4N47 A; 3AVA A; 4KHQ A; 4NCG A; 5HRS A; 5BRE A; 4JAX A; 5AQX A; 3SLC A; 3QEV A; 2FBX A; 3ULE B; 3N4Q A; 3NH0 A; 3T1Y K; 3CER A; 3CJ9 A; 3L2R A; 4IJN A; 3WUH A; 3M8S A; 2ASP A; 2JLE A; 2GEL A; 4CD3 A; 4FM2 A; 2YHY A; 3PUF A; 1K6Y A; 3D6R A; 4Z94 A; 3O4Q A; 2YNH A; 1KFD A; 3FZM A; 4CHQ A; 4PUO A; 1WNS A; 4N76 A; 4MO5 A; 5AQQ A; 1HNI A; 1E4F T; 2A3Z A; 5FRN A; 2NRW A; 1KXP A; 4DLE A; 3S41 A; 2UUC K; 2KZZ A; 3GBT A; 2YKM A; 2ZD1 A; 3NCI A; 3HJF A; 2YHA A; 1RGI A; 1U6Z A; 1S6P A; 1UOC A; 4K25 A; 1VQP N; 3RMD A; 4IWV A; 4NO7 A; 4H03 B; 1DLO A; 4FWP A; 3CC2 N; 1Y97 A; 4FLY A; 4G9Z A; 5AQU A; 3KLH A; 4CFA A; 1IJJ A; 1JKH A; 1S1V A; 3NVM A; 4RW4 A; 5EU7 A; 3VEZ A; 4WYB A; 5FDL A; 4KTZ A; 2JWL A; 4HWI A; 2IGI A; 4E7J A; 3ENO A; 2HHQ A; 1RIL A; 1NG9 A; 3LDP A; 5JS2 A; 5M1N A; 2YKN A; 1NOZ A; 2P9I B; 4DTN A; 1HYS A; 2OCE A; 5C2F A; 1WAF A; 3I56 N; 4NCA A; 1C1B A; 4FLW A; 3L6Q A; 4KH5 A; 4ELT A; 4KHU A; 3HZ6 A; 4C8L A; 1BHL A; 5JIC A; 2DFH A; 5CY4 A; 3U9Z A; 4CHZ A; 3F73 A; 4DQQ A; 3C7N A; 3UE5 A; 3HT3 A; 5IT9 O; 3KD1 E; 3AGR A; 4DUZ K; 5HOO A; 3CCU N; 2BE2 A; 1S9E A; 3PV8 A; 1J53 A; 2IS3 A; 1XNR K; 2NLX A; 4FW2 A; 3RSE A; 1YT3 A; 2QKB A; 2P9L A; 3ZT1 A; 2FC0 A; 3OYF A; 1U2V B; 5BR8 K; 3R3L A; 3DXK B; 4QS7 A; 1TAU A; 3VEY A; 3J8A A; 4DR4 K; 3AA3 A; 3VQE A; 2UXB K; 2HBJ A; 3FFK B; 2VG5 A; 1IH7 A; 2V52 B; 4FZZ A; 3HRG A; 1ZBL A; 2KHO A; 4LD0 A; 1XMO K; 3F5T A; 1JLE A; 3CFO A; 5AQY A; 3CJB A; 4BR2 A; 4GV3 A; 4QS9 A; 3EZ5 A; 3AGK A; 5M1Q A; 1P8Z A; 1ASU A; 1B92 A; 3VF2 A; 4C8N A; 4OPK A; 4U67 L; 1HNZ K; 1Q9Y A; 2EHG A; 4FLV A; 4CHP A; 4EP4 A; 3ASM A; 2BAN A; 3D7E O; 5C42 A; 3LPU A; 4HHT A; 2A42 A; 3C6U A; 3O3H A; 4CJ5 A; 1YIT N; 3WXM B; 3MCA B; 3P5J A; 4N56 A; 2Q0U A; 5I9E B; 1N36 K; 4A2B A; 4XH1 A; 1ASW A; 4BRF A; 5KQD A; 3O9R A; 5JLH A; 2VYP A; 4BGA A; 5JS1 A; 3WXL A; 1NGB A; 1ZXO A; 5LJV A; 4LH5 A; 2O8C B; 2GX9 A; 1RDB A; 4OVL A; 3FZL A; 3SQ1 A; 3DLB A; 1RT1 A; 1BQM A; 2Q1N A; 3DLL L; 3ALY A; 4A5B A; 4BC4 A; 1IG9 A; 1RDC A; 3CET A; 4DQS A; 2Y1I A; 5C2D A; 3MCP A; 4JI3 K; 4BRQ A; 4ZTF A; 4DQR A; 3GOI A; 3FE1 A; 5AQK A; 3UKU B; 4DV3 K; 4H4O A; 1R0A A; 3OTO K; 3WEE A; 1N5Y A; 5KRS A; 3KHY A; 5C25 A; 4K8X A; 4B1Z A; 3HO1 A; 2WON A; 4JEP A; 1RNH A; 1D5A A; 3I0R A; 4YHH K; 2FBV A; 3VQD A; 2DY4 A; 2GWJ A; 3JXU A; 4CZM A; 3QFU A; 1LWC A; 4L3Q A; 5M1K A; 3P38 A; 4FYD A; 1HNX K; 4YOX A; 3D45 A; 4DTX A; 3SV4 A; 2P9P A; 3CYM A; 3D0P A; 3AA5 X; 4CGJ A; 4E7H A; 1QZ5 A; 1EWQ A; 5C24 A; 4BG8 A; 5AZJ A; 3EZW A; 5GAH P; 3NGZ A; 3VGL A; 1SKS A; 1MDU B; 2OPQ A; 4OPA A; 1WSJ A; 3V81 A; 1KTQ A; 3ATU A; 5JVH L; 4OX9 K; 3OW2 M; 1X9J A; 3H6E A; 4H8K A; 5AQP A; 4CEC A; 4FK0 A; 3SI6 A; 4LFB K; 4F3T A; 2G8K A; 4MQ3 A; 4FJL A; 1FKP A; 1D9D A; 3MMV A; 3VQ6 A; 5AZI A; 2E6L A; 1T7P A; 1SKW A; 4DHY A; 3U8X A; 4GNI A; 1BWF O; 3K59 A; 3QEW A; 3A2F A; 2UYT A; 1A5X A; 2BDP A; 5C0Y A; 4HCC A; 4E1J A; 3O5B A; 4KI4 A; 4U7B A; 4M45 A; 3EYZ A; 2PYJ A; 4A61 A; 1U48 A; 3AO3 A; 4JD2 A; 1HPM A; 5C15 A; 3C6T A; 3PO5 A; 4JKB A; 1NKB A; 4GW6 A; 3WQU A; 2P9N A; 4B3O A; 1NK7 A; 3IMX A; 3AY9 A; 2VGN A; 2HHS A; 2D0P A; 4C1N K; 1X9W A; 1XHZ A; 1WAJ A; 4A2A A; 3LZI A; 4FJJ A; 4M3T A; 2F9T A; 4XH5 A; 5KPZ A; 5DM6 L; 4WE1 A; 4CIG A; 2OA8 A; 4YOW A; 1ZBS A; 2FF3 B; 1NJY A; 1EET A; 1RBU A; 3THW B; 1XMQ K; 4BWM A; 4FWS A; 1NJW A; 1NK5 A; 2FF6 A; 1D9F A; 4X62 K; 1Z25 A; 2IDO A; 2KFN A; 4B1Y B; 2HNY A; 4AQY K; 5AQG A; 1XC9 A; 4KFB A; 1WUA A; 3M5R A; 1VQL N; 3CC7 N; 2IIR A; 4CJQ A; 4YDU A; 1WSF A; 5I42 A; 1V4T A; 1NKC A; 3V1R A; 3DAW A; 2W41 A; 2O4I A; 1T8E A; 1EXQ A; 3TAB A; 4G1Q A; 4EP5 A; 3HP9 A; 1NGC A; 1S6Q A; 4YOU A; 2FBY A; 5HRO A; 3TAG A; 3CM6 A; 5E26 A; 3ZCM A; 3VEV A; 3PO4 A; 3SZ2 A; 2ATQ A; 2FXU A; 3MN9 A; 4DUY K; 1YTU A; 3R9P A; 4CEZ A; 1UA1 A; 4W5Q A; 4M3X A; 1VHX A; 1K9M O; 4EAH D; 1ATR A; 3AVB A; 3OS0 A; 4GV6 A; 3AA4 A; 4YOR A; 2HHH K; 3QO9 A; 4E1M A; 5AJ3 K; 5GIO A; 5KPT A; 1HR0 K; 4QOZ B; 3I33 A; 3O9S A; 4IO9 L; 5E41 A; 3LAK A; 4ILG B; 3CCM N; 3VEX A; 3AVG A; 3VEW A; 3KD5 E; 4UY8 O; 1CLQ A; 2G8H A; 1SS6 A; 1BGX T; 3CPE A; 4HUF A; 4PWD A; 3D2E B; 2UUB K; 5LMU K; 3WQT A; 3P1G A; 5AQS A; 3CQ8 A; 1Q9X A; 1BIU A; 3AV9 A; 1NOY A; 3G0Z A; 4YNQ A; 4N5S A; 2IVN A; 2E8A A; 4QCL A; 5KGW A; 4JI6 K; 4IDK A; 3RRG A; 4BR9 A; 1G99 A; 1WB9 A; 1QVG M; 2CGK A; 4B9S A; 3OYL A; 3HPO A; 4B1X B; 4JKE A; 4FWN A; 2D4W A; 2VCP A; 3EY1 A; 4F9O A; 4YOV A; 2NRH A; 1VSE A; 1VSK A; 4GY2 B; 2BGG A; 1BU6 O; 3J80 O; 2X78 A; 4DF4 A; 1JXB A; 4OPJ A; 2XHB A; 4Z4H A; 1E4G T; 4BY9 C; 1N34 K; 4CIE A; 5FRM A; 3E9P A; 4IOX A; 2XY8 A; 1S9G A; 3CF5 L; 3C95 A; 4PA1 A; 2G8U A; 2DPN A; 2PBD A; 1KAY A; 4BE1 A; 3HSC A; 3SAG A; 4Y1D A; 3HM8 A; 1W0H A; 4JKA A; 3NMU A; 2Q36 A; 4CGF A; 3MX5 A; 1XHX A; 1S3X A; 1JL1 A; 3H46 O; 3K58 A; 4KRE A; 4JK9 A; 2NRX A; 4E7K A; 1ATN A; 4H5N A; 3OYM A; 1WLJ A; 2WOM A; 5SZT A; 1Q82 O; 4L8R B; 3L4I A; 3BF1 A; 3F9K A; 5F2R A; 1C0T A; 4BC2 A; 4EZ9 A; 4EFH A; 4B8C A; 4OO1 J; 4QS8 A; 5EXW A; 4I2P A; 4DQP A; 4DMN A; 4CZF A; 1C0F A; 4JN4 A; 4FVU A; 1ZC6 A; 3CG7 A; 1T6C A; 4B9T A; 5CHI A; 4XEI A; 3H45 C; 4WQ5 C; 3HM9 A; 1Z6R A; 4O8K A; 1NJZ A; 2HF3 A; 4R79 A; 5TKY A; 4DQ8 A; 3PIO L; 1YHQ N; 1TUY A; 3THY B; 2YCH A; 3C94 A; 3AAP A; 3O4N A; 4DTR A; 2ASM A; 1MA9 B; 2E88 A; 1HUX A; 1MWK A; 3AAQ A; 1Z26 A; 3J7Y P; 3ZSO A; 3CPW M; 4MFB A; 4JKG B; 5LJW A; 3OJU A; 3VF6 A; 3OVN A; 4BRL A; 4I9Q A; 1RBR A; 2ZGY A; 4AF1 A; 3V4I A; 2V7Y A; 1SZ2 A; 4CD1 A; 4CGG A; 3K5N A; 1NGJ A; 2Q2R A; 4KHY A; 3ZSW A; 4CJF A; 1TYQ A; 3ZET A; 1EWR A; 3TSP A; 1MU2 A; 4LFA K; 4DFM A; 4WQ4 C; 3BGR A; 2HHU A; 4FLU A; 5H1S Q; 1NLV A; 4JI0 K; 2ZF5 O; 3QIC A; 1HJO A; 4DG1 A; 1BCO A; 3QER A; 3OYD A; 4OGE A; 4JI5 K; 5JVG L; 1J5O A; 3M3Z A; 4Y0W A; 1FK9 A; 2E2Q A; 2HVH A; 4FJH A; 3JAM O; 1H1V A; 5J2M A; 4X64 K; 4K0K K; 2O8D A; 5T7B A; 4FM1 A; 2IVO A; 5AQL A; 4FM0 A; 4CGD A; 1WBD A; 2A1R A; 3RR8 A; 4F3O A; 4CF8 A; 4BRA A; 4BR0 A; 1SQK A; 4NB4 A; 1U49 A; 3S3M A; 1Q8I A; 3NVK A; 2QWP A; 1EKE A; 1XI1 A; 4BVP A; 4BR5 A; 4DFP A; 3L2W A; 4NYF A; 5JLF A; 1W2B M; 3VTI A; 1RTI A; 4DS5 A; 4CFD A; 2DTU A; 3LWL A; 4KKO A; 5HRN A; 4ICL A; 4FOE A; 3NHG A; 3QEP A; 1NBW A; 2QK9 A; 4FPA A; 2O8B B; 3Q7B A; 4CK1 A; 2O8E A; 2ZWH A; 3MDQ A; 2HBK A; 2GBZ A; 3V9S A; 3SK3 A; 1G15 A; 1QTM A; 1OH5 A; 2WFB A; 5C12 A; 1RDD A; 4IJA A; 3L0Q A; 4IOC L; 2F7T A; 5BRF A; 3SJJ A; 4CW7 B; 3OYE A; 1O13 A; 5IWA K; 3ZT0 A; 2NRT A; 5DK5 A; 2HHT A; 1QS4 A; 1KRP A; 1QQM A; 1QQN A; 2Y1J A; 3B8A X; 1QQC A; 5E84 A; 3CHW A; 4H5R A; 4CCH A; 5HLF A; 3DLH A; 3VQP A; 3TTF A; 3M8P A; 1W7A A; 3TR8 A; 2IVP A; 2FSK A; 4CZL A; 4DV4 K; 4BDP A; 1ATS A; 1GOA A; 3BDP A; 1ZBU A; 3S3N A; 4DF8 A; 1RDW X; 2LSN A; 3K5O A; 3TAP A; 2G8F A; 3U4L A; 3CXC M; 3A5O C; 3AVH A; 4CJS A; 2X6S A; 4BG9 A; 5F1X A; 3OS2 A; 1QSY A; 2ZJP L; 1YVN A; 2YJF A; 4MO4 A; 4CFB A; 3FGU A; 3AO5 A; 3NBP A; 5K14 A; 2XY6 A; 4FPB A; 5FRO A; 1XNQ K; 3FZK A; 4DR7 K; 1OVY A; 1X3N A; 3OA9 A; 1BA1 A; 3CIP A; 1QHA A; 4B9M A; 4KI6 A; 3DLE A; 3GDQ A; 4EHU A; 3OBW A; 1NGE A; 3TTC A; 1KSP A; 5BN8 A; 4FJM A; 3CC4 N; 2KKZ A; 2E5L K; 1IKV A; 2OYQ A; 4DV5 K; 2E4L A; 3JS6 A; 4R5P A; 4CEO A; 4BRP A; 4EZ6 A; 1IV0 A; 2CH6 A; 2QW9 A; 4BGB A; 4CE9 A; 4LF4 K; 3ZSY A; 1JJ2 M; 3EKU A; 5CYQ A; 3CCR N; 4CHN A; 3A0I X; 1FJG K; 3KZB A; 2HHX A; 3T1H K; 4FSV A; 1YJ9 N; 1HLU A; 2NRR A; 3ULE A; 4NLB A; 2GEM A; 4OKK A; 3H3O B; 3HK2 A; 4J8F A; 5HP1 A; 1T44 A; 4BC3 A; 4FJ7 A; 1J9A A; 3F9M A; 4CHO A; 4CJK A; 4Z4I A; 4JRQ A; 1ILY A; 4LSL A; 4CK3 A; 4RTF D; 2UUA K; 4I6M A; 5BPM A; 3WEE B; 2XY5 A; 4KTQ A; 4FLZ A; 1C0M A; 1OH8 A; 4ISG A; 3AA2 A; 2I7P A; 3MXM A; 4FCY A; 2NRV A; 1L3U A; 3G25 A; 4B08 A; 1VQ6 N; 3NFA A; 1K8K B; 5BRH A; 4ZHR A; 2QWM A; 3L4Q A; 3DI6 A; 4DR1 K; 4IEE A; 2NUB A; 3AO4 A; 1YF5 L; 3QML A; 1WSG A; 2W6L A; 2JWK A; 1M90 O; 2YNG A; 2I7N A; 3O6W A; 2ZJR L; 3I8B A; 3C6A A; 3O80 A; 4KHW A; 1TK5 A; 2D1K A; 4DKW A; 3TAN A; 1EO1 A; 5AZJ B; 1QVF M; 1HQE A; 3TU5 A; 4C1N I; 3F2K A; 4FJ8 A; 2P9I A; 3JSM A; 4YFU A; 2UXD K; 4CER A; 3R1X A; 5M1P A; 4BWJ A; 2B6A A; 2A40 A; 1LCU A; 4IBN A; 1QE1 A; 1QSL A; 4OLB A; 3U3Y A; 2PZS A; 2W42 A; 4AM7 A; 1N8R O; 1TAQ A; 1SL1 A; 1W97 L; 4MDB A; 3Q7C A; 1KC8 O; 3PIP L; 3WNG A; 3MN5 A; 5F0X A; 2HBM A; 5GIN A; 1WN7 A; 2HF4 A; 2IOC A; 2YV0 X; 4H0T B; 4A5A A; 4BR4 A; 3J81 O; 4JHD B; 4BAC A; 2OTJ N; 3W3D A; 3DOK A; 1LV5 A; 2Z1G A; 4BRC A; 4E89 A; 1QZ6 A; 2D0C A; 4JLH A; 1U2V A; 1Q7Y O; 4EIA A; 3CCV N; 3PX0 A; 3DXK A; 3FFI A; 3KIO A; 4GV9 A; 4M3U A; 1NJX A; 1LAV A; 3KVG A; 1T05 A; 1GLF O; 4B1W B; 4IO8 A; 3TPQ A; 3VOV A; 3CCJ N; 3G71 N; 1XC3 A; 3VA3 A; 3SBG A; 4H0O A; 4N41 A; 1U04 A; 3L3U A; 1I94 K; 3DRS A; 3SJH A; 2BTF A; 3ZLJ A; 2Q31 A; 1GLA G; 4LF7 K; 3OY9 A; 4LH4 A; 3J7A P; 3QLH A; 2PYL A; 4J2A A; 4DFJ A; 1KD1 O; 1WSE A; 1R59 O; 2EX3 A; 4E1N A; 2OZM A; 4Q5V A; 3OYI A; 1JLB A; 4FW1 A; 3OYK A; 3T3F A; 1HKB A; 2HW3 A; 3DLG A; 3ULD A; 3SMP A; 4KTW A; 3LP0 A; 4H4M A; 2VG6 A; 3VN5 A; 5AR0 A; 1JCF A; 1U45 A; 4JKF A; 4XIU A; 1T6D A; 3P83 D; 3LP1 A; 1BUP A; 3JYT A; 4FJ5 A; 1WBB A; 4M7Y A; 1TKT A; 4IDH A; 4HUG A; 3TTD A; 3VQ7 A; 2CGJ A; 2O8C A; 1A5V A; 3TAF A; 2A5X A; 1NJI O; 1I39 A; 5AQJ A; 3MEC A; 1IKX A; 1XWL A; 4RW8 A; 5AQO A; 4A62 A; 3O1W A; 3N4P A; 4CJT A; 3QIP A; 3K9K A; 4DV1 K; 1DTT A; 2OTL N; 3WXI A; 1VQ8 N; 4ILH A; 4YOT A; 4ISF A; 1SUQ A; 3UKU A; 3G6E N; 3I8D A; 1Q18 A; 4F2S A; 1YI2 N; 1BL3 A; 3CFP A; 4KAZ A; 3MEG A; 3LM9 A; 2P9S A; 4AHR A; 5BRD A; 1S1T A; 3P4I A; 2E1Z A; 5C10 A; 4DV0 K; 3ZEU B; 1WOQ A; 1B9F A; 5FPN A; 3LDN A; 1E3M A; 1Z05 A; 2QA4 N; 1NK6 A; 4RW7 A; 3DJC A; 1U47 A; 2ASO A; 1L3T A; 4BVO A; 2NNW A; 1J5E K; 1SAZ A; 3K5M A; 5HL7 L; 4H5W A; 5AQZ A; 1VSM A; 4FO0 A; 2X6N A; 1QQO A; 4IG3 A; 3BZC A; 1S5J A; 5KTQ A; 3CME N; 4BRK A; 2HBL A; 4CGH A; 3CJ1 A; 4IG0 A; 4RG8 A; 3VPZ A; 1JCG A; 4HVJ A; 1VQ7 N; 3A5M C; 1L5U A; 3KTQ A; 2RE2 A; 3V1O A; 4DSL A; 4CZG A; 2QWN A; 3DMJ A; 1GLC G; 4OKE A; 1BCM A; 1LW0 A; 4M3W A; 4FWR A; 3VQB A; 4ISE A; 3SQ0 A; 3QBW A; 4KB1 A; 1NNE A; 5FPM A; 3B6P A; 3LAM A; 4FZY A; 4W5O A; 3E1Y A; 3DXM B; 3ZX3 A; 3BF3 A; 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